3QIMA

Histidine 416 of the periplamsic binding protein nika is essential for nickel uptake in escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSIADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Histidine 416 of the periplasmic binding protein NikA is essential for nickel uptake in Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3qimA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qimA01
3C35A 1SQYA 3HSTA 1FTMA 3DRJA 1JVXA 1O7TA 1USYH 2OJTA 3ECRA 3C9HA 4RYAA 4UA8A 3TTKA 3MZ9A 4OEVA 3CG3A 3BKIB 3FUZA 1N0TA 2UYEA 3C4MA 1WVJA 4OETA 3FVKA 4H5FA 1Y4TA 3K4UA 3UK4A 1LAGE 3O66A 2KLFA 4EF1A 3EF7A 3RTWB 4MF3A 4NF4A 1B3FA 2PT1A 3W9VA 4DDDA 5H8FA 1BIYA 2GH9A 3THIA 3VXCA 4Z7EA 1POTA 3WAFA 1DOTA 4IO7A 3D4CA 3IB1A 5CC2A 3FV1A 4NWCA 3VVDA 3CRBA 3TZAA 5KDTA 3UN6A 3IB2A 1RKMA 4Q30B 4YAHX 1Y3QA 4PE5B 5CRYA 1UTHB 4AB6A 2ANJA 3K6UA 1MXYA 2O51A 3DRHA 3RLFE 4F2OA 5I2NB 4LZ8A 3C36A 1N3XA 4KFQA 1DPEA 1LFIA 1Q35A 4OXVA 4F19A 1SYIA 1NNKA 3H6UA 2PBWA 1QVSA 1L5TA 3U8QA 1UTBB 2F34A 2YPNA 4JXIA 2O1MA 4TOZA 3A3UA 1B7UA 4IY6A 4KYEA 2CMOA 3VLVA 4ZEBA 1HSEA 1QULA 4U22A 4YICA 2B3FA 3A3CA 3TODA 3FXQA 4ECFA 5A5XA 4OFLA 1Y4CA 1OQGA 1SBPA 2DP8A 3C31A 3CI8A 3QXMA 4YB6A 3RT6B 2H99A 4BDLA 4H8JA 4QSEA 1N3WA 1P1OA 4OYVA 5EHSA 3LC8A 1FCKA 3RUMA 4F1UA 5ISUA 1OLCA 3IJXB 3IL1B 1US5A 4H5GA 4C1TA 5H8NB 1B4HA 2ZNUA 3VE1B 4JWOA 3VLUA 2UVHA 1DMBA 4FJPA 4GFRA 2ZYMA 3PU5A 3EHUA 1UIVA 1OIBA 4PP0A 2Z8FA 3S4UA 3OO9A 4I9DA 4X48A 4H0WA 5DVIA 3LBSA 1H45A 5AA4B 1NMUA 1O63A 1B2HA 2Q9TA 4BDOA 4QFOA 1VFEA 2QS1A 3LUYA 3OENA 1IXIA 3U1OA 4ZEFA 3VLWA 2UVJA 4NF8B 4QFNA 4DCYA 4X9TA 4ZEIA 2I4CA 2RF1A 3GLBA 3UGWA 1T0KA 4DE8A 3MQ9A 4TQUQ 4ZE9A 2XD2A 3RNNA 2RCAA 4FIMA 2F7BA 3ILUB 3OMBA 3RN8A 2RCBA 2GHBA 5BUUA 1JEUA 1MXUA 3MP8A 2XXYA 1VR5A 1DSNA 1I6BA 3IOUA 3ONMA 2Y84A 4Q5TA 5JTYB 3TUSA 1OMPA 2E1SA 1M5BA 4NE4A 4U2RA 5EHMA 3N6TA 5FTIA 3B6TA 1TT1A 1TXFA 4ZZAA 5AA2B 5B70A 3TCGA 1R9QA 2P1SA 3WAEA 2A5TA 1VSOA 3G3KA 3ILTB 3R6UA 4DXCA 1QKBA 1Z7ME 2RC9A 2UYFA 2Y7KA 3Q28A 4IO3A 4XIGQ 4ZECA 1OVBA 1IXHA 1LGBC 2ESNA 2UVIA 2V25A 3U72A 1F9BA 3JYRA 3CSGA 1SW2A 3MJNA 1FQEA 4QRZA 4XKPA 4LP2B 2XX9A 2DXRA 2XXHA 1BLFA 3FVNA 4E0XA 2GRVA 4ZE8A 4RJZA 2HZLA 1ZU0A 5TPAA 3TTLA 3GBBA 2XX8A 1SW5A 4RA1A 1FTJA 3FIRA 3KJ7A 1FQDA 1Y9UA 3HHFA 3FXUA 4WXJA 4FATA 1SI0A 3SEVA 4OVJA 2I49A 1ELJA 2O7UA 4JBZA 3SEUA 4F3PA 3O6PA 1B1XA 2FNCA 3IOVA 2G29A 1XVXA 3MPLA 1ZMGA 3RT8A 3B6QA 4IO5A 1FQAA 1M5EA 1YPNA 3PMXA 3HV1A 2QL3A 3MC2A 3PD8A 1SVXB 1USYE 4TLLB 5DEXB 5TU0A 1N76A 4F2QA 2Z22A 3Q26A 1PBPA 1GV8A 1MM7A 4K3FA 2QS3A 3LVUA 1FW0A 3O9PA 2OCUA 3C32A 1QUIA 2P2AA 3QUJA 3TYHA 3TPAA 1US4A 2A5SA 1MXVA 2H5YA 1B0LA 3O6HA 3SEXA 2E0SA 3H3GA 4QSCA 2NWJA 4BLAA 4QHQA 4R6YA 4EXLA 2XD3A 3OO8A 2RINA 3Q25A 1H44A 1S7YA 4ISUA 1LFGA 1M5DA 1NH8A 3UP9A 1B9JA 1H76A 5F7VA 1PC3A 4G68B 1GVCA 3V83A 2V3QA 1Y3PA 1JW4A 2HAVA 1MG1A 4HS7A 5ICTA 2XXTA 3IR1A 3VVEA 3EN3A 3PAMA 1SYHA 4KR5A 3KN3A 4HCYA 5HM4B 1SW4A 2FYIA 2O68A 4ESWA 2Y7IA 1A55A 1A99A 1SDXA 2A5TB 2Z8EA 3PUYE 2BJJX 4OWDA 2XHDA 3N6UA 4PFTA 3QYTA 1B3HA 1B4ZA 3KN7A 3S9MC 3MPKA 3ZSFA 3I5OA 4YMAA 1GGGA 4OZ9A 3TCHA 1WDNA 4EQBA 1MXZA 4NF8A 1AL3A 3IX1A 3OSRA 4RPOA 4ZS9A 3PPQA 5AA3A 1DPPA 3IOTA 4GL0A 4GLIA 2B65A 4PFUA 4EXKA 1B7HA 3CHGA 1CE2A 2XXIA 2I4BA 1R1NA 3PUVE 3W15C 5I59A 3KJTA 3E4RA 4LQ5A 1XC1A 3T9XB 3PV0E 4YB7A 2M8CA 2PVUA 4DIGA 1R6ZA 4Q0CA 4LATA 1MQDA 4LZ7A 3O6IA 3Q27A 2DWHA 1UQWA 3CFZA 5AA2D 1XOCA 3G3IA 5HPQA 2H4IA 3DM0A 5AA2A 5DEXA 3C34A 4PFWA 3U93A 1MY2A 2F5XA 2UVGA 4FAJA 4GWOA 1EZOA 1P1UA 2O69A 2FA7A 2NOOA 5A5XB 1MQJA 1POY1 2VP1A 3R26A 3TMGA 4IO4A 4DXBA 3FATA 1ATGA 3P7IA 4R9FA 1LAHE 2OWTA 1N84A 4H1XA 4IO2A 4C1UA 3M3FA 2I48A 4NEDA 3K6VA 1H3DA 1M5CA 4NWDA 1H43A 1AMFA 1LBCA 4R9GA 1ZTYA 4OESA 3K02A 3TDJA 4AB5A 1BKAA 2X26A 3S9LC 1PDAA 5TP9B 1Q1KA 1IXGA 4JWYA 3OO7A 3H6WA 4YKKA 1B5JA 3CR9A 3JZJA 5DTBA 3KSJA 4ELOA 1B5IA 3KZGA 3OELA 4QFKA 2O6AA 4R74A 4EF2A 2F7AA 4ELQA 4HW8A 3S2VA 1B51A 3DRGA 1YTVA 4KQPA 3T9HB 3FXRA 1B6HA 5FHNA 3TAJA 3MVXA 2D21A 3MUQA 4MH5A 3OEMA 5H8QB 5J1DA 2Q2CA 3ZKKA 3SESA 3L6HA 3O6GA 3QAXA 4RY1A 5DYHA 2WOKA 3RQTA 2NUVA 3L6GA 4O3CA 1MQIA 4FECA 1A7LA 3BFTA 3ZS6A 1ZIUA 5CMKA 3IJOB 1LB9A 4MBPA 3K6WA 4BDNA 4F1VA 4QF9A 3A09A 3PPPA 3KGCA 1URGA 3QUFA 3CVGA 1NNFA 2PYYA 3RGYA 4N07A 5IKBA 1TFDA 1MH3A 1IUDA 5CI5A 4U4SA 3VFJA 4DZ1A 3RYBA 3O29A 2F97A 2I0BA 4ZEKA 4JSDA 3HCQA 3SDFA 1YAEA 4F31B 1TWYA 1P1WA 1QUKA 3K1MA 1MPDA 5DVFA 5I58B 4I62A 3OXNA 5AE4A 1LCTA 4LONB 3RTFB 2DWAA 4N6PA 5H8HB 1P99A 2ZXTA 2I3VA 2DQVA 1JW5A 5L9OA 3DP4A 2HCAA 2Y7RA 4OQOA 1A40A 2I58A 2D5WA 1FQFA 4YMBA 1GR2A 4WEPA 5CMCA 4LA9A 3OOAA 2HEUA 1B1HA 3KOSA 4THIA 4QFPA 2DE4A 5FHOA 3T22A 3W9WA 3OSQA 3S9NC 2I6EA 4I8CA 4F3SA 3LSXA 1Y20A 5CM6A 1MQHA 3UA8A 1B0HA 5FTHA 1FQCA 2P0SA 1RYXA 4GIZA 4FE8A 1B05A 1B7ZA 3M3KA 1J1NA 1S50A 2WOLA 2QJEA 2H98A 4LQ2A 2ABHA 4RK2A 1II5A 5DVJA 5AA4A 1B5HA 2ALUA 1LLSA 4EDPA 3G3HA 4XTCQ 3T96B 2O7IA 4QFLA 2RKMA 2Z23A 2Y7WA 3K2DA 3KSXA 2ONSA 3DELB 4H8IA 2WKYA 2CZLA 3PMWA 1N04A 3MWBA 5H8QA 3FV2A 4LZ5A 5CMBA 4YKPA 2OWSA 1R9LA 3N26A 4OHNA 4YZZA 3K0VA 1A8EA 1JW1A 1O64A 2IEEA 3PPOA 3D4GA 4KYDA 5H8NA 4O3AA 3USDA 1MXWA 1NFTA 3JV9A 4F3BA 4MLQA 1D4NA 4EQ9A 1KWHA 1MS7A 1ZLQA 4XKQA 1MDQA 1XHYA 2HQ0A 2DOJA 1OLAA 3MVZA 2GHAA 1EH3A 3HHGA 1BTJA 3LSWA 4U21A 4F39A 3QSLA 3G3FA 3VDFA 4MLVA 3B6WA 3SKPA 4DXUA 2XXWA 5I59B 4AQ4A 5ITPA 2YJPA 3H6VA 4JB7A 3PUXE 2F7CA 3GBAA 4GRKA 5LOMA 1P1QA 2DE2A 4I1DA 4RPNA 2B4MA 4QSDA 3ZKLA 4P11A 3TCFA 4KHZE 4NF6B 3PD9A 2OZZA 4H65A 2H25A 4IY5A 3U94A 1PEBA 1IIWA 1Y3NA 4R73A 2NVUB 3PPRA 4BDMA 1CB6A 1QKAA 4R2BA 2HXWA 4DCXA 4OFJA 1QUJA 3OO6A 3KEIA 1I6QA 1URDA 2AL4A 2IA4A 3O97A 4FEDA 1HSJA 4R6KA 4KYSA 1B3GA 3MVWA 4IGTA 4IGRA 5AA1A 2RC7A 4F1YA 2PX1A 3OEKA 2QS2A 1A54A 3PUZE 4BDRA 2QS4A 2ZMBA 1EZPA 3SEWA 5JEIA 2V3TA 5KDTB 1NH7A 2WOPA 4G68A 2QSXA 4M4GA 3KFMA 3IORA 3E3KA 1EZ9A 1IITA 3IAZA 1I6AA 1ANFA 1BP5A 1UTHA 4EQ7A 4OEUA 1MPCA 3E13X 3SETA 4YKIA 3E9XA 5I2KA 5I58A 2Q88A 3DP8A 4ZZEA 1HSLA 1B58A 3B7DA 2H9BA 1AH5A 5IAIA 1PB7A 4N13A 1Y1MA 2GFEA 2DYXA 2XXUA 1ZJLA 3T9UA 4G8HA 2AL5A 3R7XA 3PMVA 2F78A 3AXFA 4OFOA 3IO4A 5DT6A 3T9VA 2XXPA 1FQBA 4UACA 4ND9A 4G2ZA 1QW0A 4GVOA 2B4LA 1MDP1 4GL8A 1MY1A 2THIA 3UORA 4C0RA 2DE3A 3FVOA 1PB9A 2PT2A 3FJ7A 3I3VA 3TTRA 1PBQA 1JNFA 1AOVA 3RYAA 1MY4A 1B46A 4OMBA 4HCWA 4KCCA 4O3BA 4XXUA 5KCJA 1B32A 3MVYA 1N7XA 1MPBA 2F6GA 3HPIA 1MM6A 3H7MA 1FTLA 2F6PA 4TLMB 4RXLA 1MY3A 2W7YA 2VD3A 3FVGA 3VVFA 3VV5A 4KCDA 4R6HA 1B52A 4U1OA 3MW0A 3N94A 4NF4B 5H8FB 4NF5A 3GXAA 4L17A 3FJMA 1S9TA 1JVYA 2ONRA 1M5FA 2X7PA 2ZYOA 4RK9A 4XKNA 1URSA 3DP6A 1IZ1A 3O28A 1DTZA 1YCJA 3FASA 1LCFA 1MY0A 4H6DA 3VXBA 4M1VA 1JQFA 1NKXA 2VD2A 1D9YA 2F35A 2ZYKA 3CIJA 3LSLA 4LUBA 3N5LA 5F1QA 4POWA 5H8HA 4NF6A 1WODA 2REGA 3T66A 1FTOA 2XXVA 3MAMA 3V8XB 2I3WA 4GXSB 2V84A 1PB8A 1NNPA 1D9VA 1FTKA 1TFAA 3G3GA 3I6VA 3K01A 3KG2A 2X7QA 1JETA 4IO6A 2UXAA 4LVQA 5CBSA 3MBPA 2QMXA 2HZKA 3CFXA 4Z0IA 2VOZA 1NL5A 5I56A 2DXYA 2Q2AA 4GF8A 1IEJA 2OK2A 4WKMA 5L9MA 4ONYA 4ZDMA 4ESXA 2V3UA 1B3EA 4GQOA 2REJA 3KBRA 4R75A 4POXA 2XXQA 4F22A 1B40A 3TTMA 3DRKA 3SERA 2B3BA 4F18A 3FD3A 4X1BA 2R9JA 3EHTA 4IB2A 4OTEA 5FHMA 4OENA 3TKDA 3PPNA 4F3GA 3RY3A 2F8DA 4GD5A 1P1NA 5M2VA 1XVYA 1MQGA 3H06B 3DRFA 3BFUA 2R6GE 2OLBA 1OQHA 4FORA 2DWIA 1AIVA 1SI1A 4XKRA 2ZNSA 3TQWA 1QJMA 3O2AA 4P0GA 5JTYA 1N7WA 3Q29A 3FJGA 1VE4A 1JEVA 2D3IA 3IO6A 5KCJB 4GOTA 1OVTA 3DRIA 2XX7A 3IB0A 3SEYA 2V93A 1LAFE 1ZBMA 4JSOA 2VGQA 3MP1A 5H8SA 1VFDA 1LB8A 5TPAB 2Q8JA 2OBGA 3FZVA 1ZKBA 4PQJA 1NNTA 3M3LA 5CBRA 4P0IA 4BDQA 2QPQA 5I84A 1EU8A 2AIXA 2QMWA 1MRPA 1LSTA 2AYSA 3OD7A 1DTGA 1UTBA 3QK6A 4G8MA 3UIFA 5BWJA 1MXXA 3M8UA 5K2YA 5I2NA 2I0CA 3RPWA 2QRYA 4G68C 1A8FA 5I57A 5EYFA 4RNSA 2DWJA 2YLNA 5ICQA 2ONKE 3PGFA 4R2FA 4F29A 1Z7NE 3V89B 3CSBA 5K2XA 3LR1A 4Q8RA 4ELRA 1LFHA 1GTKA 4KD5A 3TEPA 5ELVA 4PETA 2NXOA 5I56B 2RC8A 1RYOA 3EPEA 3EHSA 3KOTA 1MH4A 4U1ZA 1IQ7A 3MZ1A 4GXAA 5JK4A 1SD3A 4NTLA 4U4XA 4DLDA 2HAUA 3H4ZA 4KI0E 3C33A 2DVZA 2VHAA 3T93B 3EQ1A 4PFYA 4KPTA 5B7DA 4YB5A 1B3LA 1SW1A 2LAOA 4H67A 4JWXA 4R72A 3BBRA 2DSFA 2XXXA 2G93A 3TFLA 4E0WA 3S9EA 2F36A 4U23A 3TELA 1UIUA 4OERA 2O1LA 2Y7PA 3K1PA 4JDFA 3G7WA 4MFIA 2HFBA 3G3JA 4HTGA 3TQLA 3TTNA 3MZBA 3QIMA 3CFLA 2O84X 2XXRA 2Z8DA 3F11A 4YKJA 2DS9A 4EUOA 3HO7A 4NMYA 1LAXA 5HBCA 3K6XA 4WEDA 5L9SA 3IOWA 4YU0A 4G77A 2R71A 3FGSA 5I2KB 2ZYNA 3K1NA 3FTOA 2ZNTA 3PUWE 2PMSA 1IXCA 1D3KA 3ODBA 4X1DA 3V5AA 5I57B 4ZEDA 3DLNA 3H6TA 4G4PA 1XS5A 3HN0A 3LSFB 3KN8A 4NF5B 5TP9A 5KZTA 1I69A 3U92A 3K00A 3MP6A 3H03A 1LBBA 3GZGA 5L8DA 4G8NA 1XT8A 5CMMA 5ITOA 4ELPA 1Y1ZA 2Q89A 4FEBA 2DVCA 3CG1A 3IK6B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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