3QIMA

Histidine 416 of the periplamsic binding protein nika is essential for nickel uptake in escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSIADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Histidine 416 of the periplasmic binding protein NikA is essential for nickel uptake in Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3qimA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qimA01
1N3XA 1MXWA 3RGYA 2W7YA 4ESWA 2NOOA 1ZU0A 3EPEA 3BFUA 1B3LA 3B6WA 2ZNSA 1O64A 2I3VA 2OCUA 4PP0A 4KHZE 4IO3A 1NNPA 3O6IA 5H8FB 2B3BA 1ZKBA 1N84A 3Q27A 4KYEA 3TTMA 2UXAA 3CRBA 4F1UA 4ELQA 2Z8DA 1DPEA 1UIUA 1JEUA 4QFKA 2I0CA 3ZKKA 2R6GE 4XKPA 1QUIA 3TPAA 2YPNA 1EZPA 4GIZA 5ISUA 1Y20A 3IOUA 2AIXA 1WDNA 3RTWB 2XXIA 2XXTA 3LBSA 3MAMA 4G77A 1OQGA 3ILTB 1UIVA 3Q26A 5FHOA 3OSQA 3P7IA 1D9VA 1B7UA 1QULA 1CB6A 3T9VA 5AA2B 3O97A 1MS7A 4OERA 2RC8A 1M5FA 2FNCA 5AA3A 4THIA 3K6VA 2B3FA 1A99A 4R73A 4NE4A 1MQJA 4JWOA 5H8NA 4DXCA 4QFOA 3W9VA 3PPQA 3CG1A 5K2YA 2M8CA 4JSOA 1TFDA 2XXHA 3JYRA 3V5AA 5FTHA 3OO6A 1YTVA 3T9XB 1GTKA 1R1NA 4Q8RA 3G3JA 2Q89A 4IO5A 4ZZAA 1DTZA 3M8UA 5I58B 3SESA 3IB1A 4EQ7A 1MH3A 1B0HA 5M2VA 4KQPA 2O7UA 3D4CA 1A55A 2XXPA 4F18A 3C31A 5BUUA 5AE4A 3FV2A 1BLFA 4LVQA 2QS1A 4DE8A 3PPPA 2ZYKA 1R9QA 3N26A 3SERA 1P1OA 2DE2A 4EDPA 4RJZA 3KZGA 3A09A 4U22A 2OWSA 4LONB 5KZTA 1KWHA 3S4UA 4H0WA 2HXWA 1PB9A 3FXUA 3HV1A 3B6TA 3M3LA 4Q30B 3OO8A 4R6HA 1MDQA 4HS7A 1I6AA 1D9YA 4AB5A 4OHNA 2QMXA 2I6EA 1A40A 1B6HA 5F1QA 4WEPA 3N6UA 4JBZA 1YPNA 4R74A 4OFJA 3LUYA 3U72A 3PUZE 4MLVA 1H45A 4G4PA 1I6BA 5AA2D 2F97A 4MF3A 1B46A 3DRGA 3PMVA 3K1MA 5ICQA 4G68C 1AL3A 4MH5A 5DEXB 4JXIA 5JK4A 3C9HA 3U92A 4BDOA 3EQ1A 1PC3A 3OELA 1B3HA 4EXLA 2ZMBA 3C32A 3L6HA 3SDFA 1JVXA 1B7HA 3SEVA 4KR5A 4N07A 5AA1A 2DYXA 2ZXTA 4ELPA 1SW2A 3RPWA 3FZVA 4YICA 1XS5A 5H8FA 1Y3PA 3ZSFA 4QFLA 4NMYA 1MH4A 5CMCA 5CI5A 4Q5TA 3O6HA 4C1UA 1NH8A 1EZOA 5I84A 3TDJA 2XHDA 5FHMA 3RYBA 2PT2A 4R72A 4LQ2A 4BDQA 3KJTA 3KN8A 3TQLA 4U23A 3VLWA 3H03A 2O7IA 4IO6A 1I6QA 2I58A 4NF4B 5I2NB 4KD5A 1D3KA 4MFIA 3DRIA 2PVUA 1USYE 3QK6A 1DPPA 3H3GA 2QS2A 4GD5A 2HQ0A 4MLQA 1B05A 2H9BA 3DP6A 3HHGA 2UVGA 1JW1A 4F31B 3H7MA 2HAUA 4H67A 4NF6B 4YB7A 2XXQA 4I1DA 5AA2A 1IXGA 2NWJA 3K1NA 3DM0A 3U93A 4GXSB 4JSDA 3G3FA 3GLBA 1FTJA 2DWIA 1B4HA 1MY4A 1H43A 3HPIA 2RF1A 3M3KA 2XX7A 4ZEFA 1J1NA 4PFYA 2FA7A 3KOTA 4JB7A 4TLMB 1LLSA 1YAEA 5I58A 4QFNA 2QMWA 1VFDA 4ZEBA 1LAHE 1SW4A 3ECRA 2QPQA 1IIWA 5FHNA 4RPNA 4LZ8A 3PMXA 2UVJA 3BKIB 1JW4A 2DWJA 4IO7A 1XVXA 4OMBA 5CMKA 1OLAA 4YKJA 1FTLA 3LVUA 1AH5A 4NF8A 3LSFB 2O69A 5H8QA 4DDDA 3TCGA 2IA4A 4OFLA 5EHMA 1ATGA 4M1VA 3T96B 3GZGA 1Z7NE 1A7LA 1TT1A 1Q1KA 1UTHA 3FATA 1MXUA 1R6ZA 1Y9UA 1LBCA 1UQWA 4KI0E 4QRZA 3V8XB 4UACA 1MQDA 2RC9A 2HZKA 3HSTA 3E13X 5HPQA 1XHYA 3S9MC 4RK2A 1HSLA 2DWHA 1PBQA 3IOVA 3FVKA 4WXJA 4P0GA 4XXUA 1FTKA 1O7TA 1MQGA 3VVEA 1IXCA 1FTOA 5ITPA 2ZYMA 3KG2A 4ZE9A 1MM6A 1BKAA 2XXRA 3HN0A 2I4CA 1RYOA 1B3EA 2DE4A 1P1WA 5CBRA 1SW5A 1VE4A 5AA4A 4FATA 2GH9A 3K6UA 3TKDA 4ND9A 3VFJA 1LFGA 3OD7A 3GXAA 3UORA 2O6AA 3SKPA 1SVXB 4WKMA 1HSEA 1LB8A 3WAFA 4IO4A 1LCTA 2X26A 4R9FA 4DXUA 3UGWA 4DCYA 3BFTA 1MQHA 5L9MA 3O6GA 2O1MA 1B52A 1POTA 4K3FA 2DVCA 4E0XA 4H6DA 2F34A 4NTLA 4ELRA 4TQUQ 1GR2A 3OOAA 1POY1 1JVYA 1A8EA 1LFIA 4NF4A 5H8SA 1LAFE 1EH3A 1BIYA 3C4MA 4U2RA 5I2NA 3E3KA 2AL4A 2QRYA 3MP6A 2PBWA 1QUKA 1B51A 3O28A 3SEYA 1M5CA 4HW8A 3SEUA 4YB5A 2XXYA 4PETA 3KGCA 4KCDA 4NF6A 1F9BA 4ESXA 3N5LA 1Q35A 2WOPA 4G68A 1YCJA 4ZECA 4Q0CA 2XXWA 2Y7WA 1FQFA 1MY3A 4GRKA 4EQ9A 3RN8A 3KFMA 5DVIA 1OVBA 3R6UA 1US5A 2V25A 2UYEA 3CFXA 3JZJA 3G3GA 1Y3NA 4ECFA 3H6VA 4U4SA 1Y3QA 2PMSA 3IR1A 3FJGA 3VXBA 2H25A 4O3BA 1NH7A 2OWTA 3FXRA 4XKRA 4DIGA 4H8JA 3C33A 3O66A 4EQBA 2VOZA 4R75A 3DRKA 2RCBA 1B5IA 3R26A 3IAZA 3PPRA 4GVOA 1JNFA 1NMUA 2CMOA 3CR9A 1NKXA 3F11A 3O29A 5TP9B 1H44A 2D21A 2RCAA 3D4GA 3QUJA 1ZMGA 4Z7EA 3O2AA 5TPAA 3KN3A 3KBRA 3KOSA 2Y7RA 2Z22A 5IKBA 2PT1A 3S2VA 4R2BA 3K6XA 5L8DA 4G8HA 2ONSA 3UK4A 4PFWA 5CMMA 3VXCA 2R71A 1B4ZA 1US4A 1VR5A 2O84X 2I49A 1N7WA 1B32A 2R9JA 3PUXE 2LAOA 2WKYA 2F6GA 4O3CA 3CFLA 1MG1A 4ZZEA 4NF8B 1MXZA 3DELB 3CHGA 2F5XA 5H8QB 2RC7A 2Q88A 1AIVA 3DRHA 4IGRA 1MXVA 2KLFA 3O9PA 4AQ4A 3Q29A 2Q8JA 2FYIA 4OEVA 2F8DA 5I56B 1SYHA 3MVWA 4OQOA 1UTHB 4GOTA 2V84A 1OMPA 3TYHA 3TZAA 1Y1ZA 1P99A 1LB9A 3KSXA 2V3QA 1DOTA 3U94A 3U1OA 1ZLQA 4X9TA 2XXVA 1N0TA 1Z7ME 2ABHA 2VP1A 2ZNUA 2Y84A 4OXVA 3MC2A 5LOMA 2Y7IA 4ONYA 1SI1A 4GL0A 4F3BA 4ELOA 3W15C 2F78A 3QYTA 4O3AA 3S9EA 4WEDA 2UVHA 2DOJA 1QUJA 1XT8A 3GBAA 3TUSA 3Q25A 4RY1A 3OO7A 3H4ZA 3RT6B 1NNTA 5B7DA 3FGSA 3FVGA 4OEUA 1B40A 5AA4B 3R7XA 2BJJX 3LR1A 1SBPA 4OYVA 2NXOA 5BWJA 1LSTA 1B7ZA 2HFBA 1XC1A 1MXXA 1EZ9A 3EN3A 4GFRA 3FV1A 2H4IA 2Z8EA 1OIBA 3IJXB 1LGBC 3MVYA 3RLFE 3KSJA 2YJPA 2IEEA 1WVJA 3ZKLA 3RNNA 4GLIA 1P1NA 2XX9A 3PPNA 3Q28A 3H6TA 5KDTB 4C1TA 2OBGA 3TQWA 2F7BA 3THIA 2CZLA 1FQEA 1IEJA 1QVSA 4I8CA 3I6VA 4QF9A 3OEMA 3MP1A 4TOZA 3DP4A 4MBPA 1DMBA 4H8IA 2O1LA 5DYHA 2QSXA 1FQDA 2DWAA 2REGA 2WOLA 1MM7A 5DTBA 1OVTA 3B7DA 4F3SA 1ZJLA 3FJMA 4G68B 4LP2B 3ZS6A 5A5XB 3FIRA 2OZZA 5K2XA 3RQTA 1JW5A 1IZ1A 3HHFA 3TODA 1Y4CA 2A5TB 2F35A 3EHSA 2GHBA 3E9XA 3A3CA 2ZYNA 1N04A 3KN7A 1WODA 4FE8A 3T22A 1MXYA 5TP9A 1FQAA 4R2FA 4OFOA 4NF5B 3T93B 4R6YA 2QJEA 1B5HA 2I48A 3IL1B 1QW0A 1LFHA 4QHQA 2ONKE 3VE1B 1ZTYA 3K2DA 2E1SA 3MJNA 3VLUA 2DXRA 4F22A 4JWXA 1N76A 1NFTA 4OVJA 4QSCA 4ZDMA 3OXNA 2H5YA 4LZ5A 1S50A 2B4MA 1AOVA 1A54A 2ALUA 3OSRA 1I69A 3DLNA 4F3GA 3TEPA 1HSJA 1IQ7A 4E0WA 4KFQA 4HTGA 5TPAB 5J1DA 3PU5A 3TFLA 4G8NA 1M5DA 2V3TA 5I56A 1B0LA 3K4UA 3FTOA 1GGGA 3G3IA 2H99A 3C36A 3PAMA 2F36A 2THIA 4DLDA 3TTNA 4GF8A 1B58A 2YLNA 1O63A 3IB0A 3KJ7A 1PB7A 3VDFA 3ILUB 4HCWA 2G93A 3LSLA 3MVXA 1FTMA 2DXYA 1MY1A 1UTBB 4OZ9A 3O6PA 3MPKA 4C0RA 3OENA 2HZLA 4N6PA 1PEBA 4FECA 2Y7PA 1ZBMA 2DP8A 4F39A 1M5BA 4IGTA 3L6GA 4H5GA 5DT6A 4RYAA 3E4RA 1XVYA 1H3DA 4NEDA 3DP8A 1LAXA 3QIMA 3IK6B 3WAEA 4UA8A 3N6TA 1GV8A 4F29A 2E0SA 1EU8A 2H98A 1B1HA 5HM4B 3KEIA 3QXMA 1PB8A 4LQ5A 3SETA 3K6WA 1II5A 3MZ9A 3LC8A 3MP8A 4RK9A 1USYH 2NUVA 1BP5A 1IXIA 1VFEA 1FCKA 4GWOA 3MUQA 1S7YA 3PUWE 1LCFA 3C34A 3HO7A 5KDTA 1QKAA 4N13A 2Q9TA 2Z23A 4PFTA 3FASA 4LA9A 2WOKA 4ISUA 3CI8A 3MZ1A 4FAJA 3PUYE 1Y4TA 4OETA 2VGQA 4ZEIA 2F7AA 2VD2A 2HAVA 3FVOA 3T66A 4G8MA 5CBSA 1P1UA 4R9GA 4YMBA 2XD3A 5TU0A 3PUVE 1SDXA 2Q2AA 4IY6A 3OMBA 1SYIA 5A5XA 4YKIA 1R9LA 1VSOA 3K01A 4P11A 4IO2A 2A5TA 1A8FA 3H6UA 4PE5B 3K02A 3CG3A 3ONMA 4F2OA 3CSGA 1JQFA 3BBRA 4NF5A 3RYAA 1MPDA 3PD9A 3MW0A 4H1XA 3UIFA 3G3KA 4XTCQ 4OESA 1NL5A 1M5EA 4U1ZA 1Y1MA 5KCJA 4XIGQ 5I57A 3I5OA 1H76A 4FEDA 5JTYB 1ELJA 4F19A 3SEWA 2ONRA 2XXUA 3LSXA 3RUMA 5CC2A 3UN6A 4EXKA 5ELVA 2O51A 2ZNTA 2HCAA 1TWYA 2P0SA 3K00A 4BDNA 3FXQA 3N94A 3IX1A 2B65A 2X7QA 4RXLA 2I4BA 4EUOA 2XX8A 3T9UA 4KCCA 4YB6A 4POWA 1JETA 4YZZA 4GL8A 2P1SA 1TXFA 1MY0A 3A3UA 4DZ1A 2DQVA 1NNFA 1SW1A 2VHAA 3TMGA 3C35A 2XXXA 1OQHA 3PMWA 2REJA 1B3FA 1ZIUA 3PGFA 1L5TA 1N3WA 3VLVA 5I59A 1PBPA 1ANFA 1JEVA 4U21A 4LUBA 3MZBA 5H8HA 1UTBA 4YU0A 4F2QA 1CE2A 3FD3A 3LSWA 1FQCA 3VVDA 4FJPA 3IB2A 1LBBA 2ZYOA 3MBPA 3RY3A 2B4LA 3CSBA 4ZE8A 5I2KA 2UVIA 4F1YA 4XKQA 3W9WA 3IORA 3QSLA 2F6PA 1T0KA 4KYSA 2GFEA 4FIMA 4NWDA 4RA1A 1MDP1 4PFUA 1MRPA 5EHSA 4JDFA 2HEUA 3T9HB 2Z8FA 3TAJA 3OEKA 3I3VA 4QSEA 3G7WA 2O68A 5L9OA 3UP9A 2A5SA 1BTJA 1DTGA 3MPLA 1MPCA 3FJ7A 4IY5A 2AL5A 2G29A 1SI0A 3MWBA 4I9DA 1P1QA 2QL3A 3FUZA 4YKKA 5HBCA 4QFPA 2DS9A 1FW0A 3CIJA 3QUFA 3V83A 2AYSA 4R6KA 3PD8A 3EHTA 1XOCA 4BDMA 1D4NA 3RTFB 5JEIA 2I3WA 4POXA 1FQBA 3IO4A 4BLAA 5B70A 4Z0IA 3PPOA 3RT8A 3USDA 3VV5A 4FEBA 1TFAA 3TCFA 2QS4A 4DXBA 5L9SA 4KPTA 3VVFA 3AXFA 1RKMA 4RNSA 4M4GA 4GXAA 1LAGE 1AMFA 1NNKA 3IJOB 2OK2A 4P0IA 3QAXA 4I62A 5JTYA 3S9NC 1URDA 5DVFA 4F3PA 2ESNA 4YKPA 1IUDA 3HCQA 1IXHA 1QKBA 3EHUA 4PQJA 1B2HA 3MVZA 4YAHX 2NVUB 3H6WA 4H5FA 4G2ZA 3ODBA 4EF1A 1MQIA 1QJMA 4OWDA 2P2AA 4BDRA 4X48A 3M3FA 2F7CA 3U8QA 5KCJB 2OJTA 5I57B 2D3IA 1B1XA 2OLBA 4U1OA 4OTEA 1IITA 4F1VA 1DSNA 4ZEDA 5FTIA 1SQYA 1URSA 2ANJA 2UYFA 4EF2A 4H65A 5F7VA 3B6QA 2DVZA 1MPBA 5H8NB 2DE3A 1PDAA 1B3GA 3DRFA 3G3HA 2I0BA 4X1DA 4OENA 4GQOA 4KYDA 2V93A 4LATA 2RKMA 2XD2A 5IAIA 1SD3A 2V3UA 4AB6A 3GBBA 5I59B 3EF7A 4NWCA 4YMAA 4BDLA 4FORA 2PX1A 3PV0E 2Y7KA 5H8HB 4ZS9A 3S9LC 4X1BA 2DSFA 2X7PA 1GVCA 4IB2A 3TELA 1N7XA 4QSDA 3TCHA 2QS3A 3UA8A 4HCYA 5DVJA 3MQ9A 5I2KB 5CRYA 3JV9A 2PYYA 3K0VA 4U4XA 3DRJA 5ICTA 1B9JA 3H06B 1RYXA 3CFZA 2D5WA 1B5JA 3SEXA 4RPOA 4L17A 1OLCA 5EYFA 3K1PA 5ITOA 5DEXA 3OO9A 1MY2A 2VD3A 3IO6A 4TLLB 3CVGA 3IOTA 1S9TA 4DCXA 4JWYA 3IOWA 4ZEKA 1URGA 2RINA 2GRVA 2Q2CA 3V89B 5CMBA 4XKNA 3FVNA 3TTRA 3TTKA 5CM6A 4LZ7A 3TTLA 2GHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XF5A 3IFAA 1N3XA 1MXWA 3RGYA 2W7YA 4ESWA 2NOOA 3KC1A 1ZU0A 5EYHA 3EPEA 3BFUA 1B3LA 2P3VA 3RYDA 3B6WA 2ZNSA 1O64A 2I3VA 2OCUA 4PP0A 4KHZE 4IO3A 1NNPA 3O6IA 2FIEA 5H8FB 2B3BA 1ZKBA 3BIHA 1N84A 3Q27A 4KYEA 4QXDA 4AS4A 3TTMA 2UXAA 3CRBA 4F1UA 4ELQA 2Z8DA 1DPEA 1EYKA 3U65A 1UIUA 1JEUA 4QFKA 2I0CA 3ZKKA 2R6GE 4XKPA 2FVZA 1QUIA 1YYZA 4PTKA 3TPAA 2YPNA 1EZPA 4GIZA 5ISUA 1Y20A 3KBZA 3IOUA 2AIXA 4P8BA 1WDNA 1FPGA 3RTWB 4LN5A 5EQ7A 2XXIA 2XXTA 3LBSA 3MAMA 4G77A 1OQGA 3ILTB 1UIVA 3Q26A 5FHOA 3OSQA 3P7IA 1D9VA 1B7UA 1QULA 1IMAA 4UABA 1CB6A 3T9VA 5AA2B 3O97A 1MS7A 4OERA 2RC8A 5DW8A 1M5FA 2FNCA 4N8GA 5AA3A 4THIA 3K6VA 2WYKA 2B3FA 1A99A 4R73A 1QGXA 4NE4A 1MQJA 4JWOA 5H8NA 4DXCA 4QFOA 3W9VA 3PPQA 3CG1A 5K2YA 2M8CA 4N17A 1NV6A 4JSOA 1FPBA 1TFDA 2XXHA 3JYRA 3V5AA 5FTHA 3OO6A 1YTVA 3T9XB 1FJ9A 1GTKA 1R1NA 4Q8RA 3G3JA 2Q89A 5ET6A 4IO5A 4ZZAA 1DTZA 3M8UA 5I58B 3SESA 3IB1A 4AS5A 4EQ7A 4PCDA 1MH3A 1B0HA 5M2VA 4KQPA 2O7UA 3D4CA 4P1LA 1A55A 2XXPA 4F18A 3C31A 5BUUA 5AE4A 3FV2A 1BLFA 4LVQA 2QS1A 4DE8A 3PPPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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