3QIMA

Histidine 416 of the periplamsic binding protein nika is essential for nickel uptake in escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSIADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Histidine 416 of the periplasmic binding protein NikA is essential for nickel uptake in Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3qimA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qimA01
4I9DA 3MP8A 4RXLA 4ZEKA 4LQ5A 3VXBA 3KN3A 1N84A 2QMXA 2AL4A 2HXWA 4HCYA 2ONSA 3RLFE 4R9GA 1R9QA 1Y4CA 3DELB 3FGSA 4TLLB 3IB2A 5FTHA 1ZU0A 1POY1 3AXFA 3MZ1A 4NWCA 1Y3NA 1FCKA 3M8UA 1KWHA 5TPAA 1A8EA 3EPEA 3IX1A 1MXWA 1LB8A 4JB7A 4IO5A 2QS3A 1HSJA 1ZLQA 2KLFA 4XXUA 4GQOA 2HCAA 2ESNA 1B7ZA 4LP2B 1XHYA 2HZLA 2RCAA 3HN0A 4LZ5A 4RK9A 2XXPA 1US4A 4R75A 1FQBA 3IB1A 5HBCA 1NNTA 5KCJB 3RQTA 3M3LA 3BBRA 5K2XA 1O7TA 1PB7A 2E0SA 2HFBA 3EHTA 3PPQA 5H8HA 3RYAA 3DM0A 2QS4A 3KN7A 5H8QA 4O3AA 4X1DA 1JW4A 3TCFA 2AIXA 2V3QA 1AIVA 4K3FA 1N7XA 2I3VA 1OLCA 1HSEA 3TAJA 3LVUA 4WEPA 4POWA 3TYHA 1FTJA 1ZIUA 4N07A 2UYFA 4DXUA 4N13A 4RNSA 3H6WA 3KFMA 2VGQA 4DE8A 5K2YA 1B40A 3GLBA 3RT6B 1MXZA 3O6HA 5EHMA 3ONMA 3UORA 4EF1A 2H98A 2NVUB 1QUKA 2DS9A 2THIA 3CSBA 5B7DA 4H5GA 4XKQA 3PU5A 3N6TA 5F7VA 1XS5A 3VVFA 2M8CA 2DOJA 5I2KB 3OMBA 1B5JA 4NE4A 4MLQA 5I59A 2DWAA 4O3CA 3O28A 2FA7A 1MM6A 3OOAA 3SEWA 5L8DA 1TWYA 4X48A 3FJ7A 2ZMBA 3TCHA 1T0KA 4HS7A 2OBGA 4FATA 3KSJA 3T66A 4QRZA 1TXFA 3T9HB 4IY5A 4F2OA 4ZE8A 3FV1A 2Z23A 4FEDA 4KCCA 3PUZE 4ESWA 3HV1A 1N0TA 4PQJA 4G4PA 3HPIA 3E4RA 4ZZAA 3ZSFA 3O66A 4QFPA 3G7WA 2CZLA 2PT1A 2OWTA 4OERA 5BUUA 3RPWA 3IB0A 5M2VA 1AH5A 2RINA 2UXAA 3CFZA 4G77A 5I58A 1N7WA 1A54A 3VDFA 4H67A 1R6ZA 1B05A 1JNFA 1MPBA 3UN6A 2Y7WA 1MQGA 2DXYA 2XXVA 1R1NA 4LZ7A 4RPOA 5CMBA 3I5OA 2P2AA 5FTIA 5DEXB 3GZGA 3FV2A 2B65A 4JDFA 2Y7RA 2D21A 3MC2A 4MLVA 3KGCA 2RC9A 1NNFA 3C34A 4XKRA 3H4ZA 3TELA 2OWSA 3K1NA 4G8NA 1SI0A 5A5XA 1RYXA 5TPAB 2ZNUA 3K00A 1SW5A 5DYHA 4OYVA 3QYTA 2WOKA 5ITOA 3RTWB 4QF9A 3RNNA 3U1OA 4EXLA 3T9XB 5KDTB 3G3KA 4YMAA 3EF7A 1I6QA 1A55A 1LSTA 4LVQA 1LAXA 1IQ7A 4R2BA 5AA4A 1MY0A 1OLAA 1B7UA 1QKBA 4KQPA 2F35A 1M5BA 4DXBA 2O1LA 3K1PA 4DLDA 4IO3A 2NXOA 3RGYA 1XC1A 4X1BA 1H45A 2VOZA 3SESA 3S9NC 4KI0E 2Z8FA 3T9VA 3OD7A 4RJZA 2GHAA 4OWDA 3FUZA 3MBPA 3Q25A 3PPOA 3SEUA 1AOVA 4WKMA 2ZYOA 1P99A 2HZKA 4IB2A 2Q89A 2AYSA 5ISUA 4HCWA 5AE4A 1IXIA 1JVXA 1I6AA 3SDFA 2F97A 1B3EA 2UVJA 4GL0A 3H7MA 4XIGQ 4FAJA 2I4CA 3ODBA 4LQ2A 3EHSA 2ANJA 2I0CA 2B4LA 1ATGA 3FIRA 1B0LA 3B7DA 4OENA 4OQOA 1UQWA 3O97A 1LBCA 1SI1A 4YKJA 3Q27A 3TQWA 3P7IA 4JWOA 3SKPA 5DVIA 1MDP1 4GVOA 3SETA 1D9YA 5I59B 4IY6A 3I3VA 5CMMA 5CRYA 5ICQA 2Z22A 1PBQA 4E0WA 3UK4A 2GHBA 1Y1ZA 5CMCA 1OVTA 1LBBA 1UTBA 2ZXTA 4YKKA 5ELVA 1IUDA 3M3KA 3OENA 5I2NA 2I6EA 1TT1A 3K0VA 3EHUA 4KYDA 1GTKA 1JETA 1SW1A 5H8NA 2QPQA 3V83A 4P0IA 2DE3A 1BIYA 3LBSA 3MP1A 3TODA 3LC8A 4F31B 4OFOA 3VLWA 3WAEA 5I57A 2I3WA 4FEBA 1SYIA 3TPAA 2V25A 1A8FA 5I58B 1MXVA 5AA1A 1PBPA 3W15C 3FVOA 1ELJA 3UGWA 1BP5A 3CRBA 1WVJA 4IO7A 2XD3A 1O64A 2NWJA 3VLUA 3R7XA 2DE2A 1OQGA 4UACA 1XVXA 2O84X 1JVYA 2XXQA 4LATA 4P11A 5TP9A 1DPEA 3EQ1A 4DIGA 1B1XA 3QUJA 5A5XB 3LUYA 3UIFA 2REGA 4F39A 2UYEA 5H8SA 5AA2D 4QFNA 4U21A 4JXIA 3S9EA 1IZ1A 1OIBA 4Q0CA 1B0HA 1CB6A 4M1VA 4PFTA 1LCTA 3H06B 2B3FA 2YLNA 1WDNA 4ZEFA 5DTBA 3IORA 1MPDA 5B70A 4XKPA 3ILTB 4Q30B 2O7UA 3IO4A 1NKXA 4IGTA 4G8HA 4FIMA 2PX1A 4MBPA 1FQCA 1DTZA 2F5XA 3PGFA 5FHOA 1QUJA 5ICTA 2HAVA 3TKDA 3R26A 3G3JA 5I84A 4AB5A 1M5EA 4RPNA 2O7IA 1Y1MA 4Z0IA 3IO6A 2OZZA 1NL5A 3RY3A 3MW0A 3S2VA 2Q2CA 1QULA 3T96B 2Y7PA 1N3XA 1OVBA 2V84A 3B6QA 3KBRA 2DSFA 2PMSA 3IOVA 4F1VA 3OSQA 3U72A 3S4UA 1H43A 1TFDA 3TTMA 4AB6A 1DSNA 2GH9A 2F7CA 1TFAA 1MPCA 3MZBA 3JYRA 1JQFA 2OJTA 3PAMA 3FATA 1MQJA 2XXXA 2B3BA 4R74A 3CG3A 3IL1B 2D3IA 2AL5A 4R9FA 3PPRA 1UTBB 1H44A 5J1DA 4OETA 3VE1B 4ZEBA 3A09A 2OCUA 3DP8A 4NF4B 3QIMA 4NF6A 3VLVA 3RT8A 3JV9A 3TTKA 3O6GA 1I6BA 3GXAA 5H8NB 1AL3A 4F19A 5DVJA 1SW2A 4X9TA 2XXIA 1JW5A 3L6HA 4MH5A 3RTFB 4ZECA 4H8JA 4TQUQ 1CE2A 4GRKA 1MY4A 5F1QA 3DRFA 4LUBA 3IR1A 4I1DA 5I57B 4YAHX 4PE5B 1MY2A 3OEKA 4G68B 3A3CA 3KSXA 4ECFA 3DRGA 3MVWA 3SEXA 2DVCA 1B5IA 1JEUA 2QSXA 1GR2A 2H99A 1BKAA 5L9SA 4OEUA 1B58A 4H8IA 4R6YA 4FORA 4U22A 5JK4A 5ITPA 1USYE 3A3UA 1NH8A 3W9WA 3CHGA 3RN8A 1MS7A 4OVJA 2GFEA 2QMWA 3VV5A 4KYSA 2O68A 2PBWA 2ONRA 2B4MA 3KJTA 3QUFA 2O69A 4ZEDA 2WKYA 4NTLA 2PVUA 4F1UA 1Y20A 2ABHA 1EZPA 2G93A 2R6GE 3C32A 1R9LA 3MPKA 1NNKA 1SD3A 4H0WA 1NNPA 3C31A 1SYHA 3OSRA 4DCYA 1B51A 2H9BA 2DVZA 1B1HA 2R9JA 2RC8A 3BFUA 5CBSA 4QSEA 4NWDA 1Y3PA 1ZBMA 4EQ7A 3E3KA 1FQAA 3N6UA 3G3GA 1UTHA 1Z7NE 1GVCA 2QJEA 3QSLA 2IEEA 4N6PA 2Z8DA 5FHMA 2HEUA 4RK2A 1B6HA 4F2QA 1HSLA 3BFTA 4Q5TA 2FYIA 3ZKLA 2ONKE 2ZYMA 3LSFB 1B3GA 4C1TA 1D4NA 2ZYKA 3BKIB 3C4MA 2RF1A 3TQLA 3QK6A 4YB7A 4JBZA 2DWJA 2RCBA 1LFIA 4FJPA 2F7BA 3FJGA 5H8HB 2D5WA 3FASA 1DTGA 2PT2A 4NF5A 5H8QB 3K6UA 1IXHA 4G68C 5I56A 4LZ8A 2Z8EA 1MG1A 4GF8A 3KEIA 3THIA 1UIVA 4DCXA 4C0RA 1MRPA 3FZVA 3GBAA 1YPNA 4G8MA 4U1ZA 4R73A 3WAFA 1VE4A 4F1YA 1FQFA 3FTOA 3Q26A 4F18A 2HAUA 4EQBA 1I69A 2RC7A 5EHSA 4EQ9A 4POXA 4WEDA 1EZOA 1M5CA 3HCQA 2DWIA 4GD5A 3KJ7A 3TDJA 4F22A 3K2DA 5KCJA 2OLBA 4NF8A 3N26A 4IO2A 4ZS9A 4TOZA 1NMUA 1B4HA 3CFLA 4MFIA 3CR9A 4I8CA 1B52A 1D9VA 1S7YA 3MPLA 5HM4B 3S9MC 3MUQA 3V89B 2QL3A 5TU0A 5JEIA 3G3FA 1VFEA 4RYAA 2ZNTA 1URSA 2H25A 5EYFA 2DYXA 4PFYA 4EXKA 3MP6A 1N04A 2F8DA 4EUOA 1B4ZA 4JWXA 2YJPA 1DMBA 3FVKA 1GGGA 3O9PA 3SEVA 1N76A 1FQDA 4GXSB 4R72A 2REJA 1B3HA 4QFKA 1DOTA 4MF3A 2H4IA 1OQHA 1B32A 4OFLA 3HSTA 5DT6A 2F78A 1IEJA 2P0SA 4GIZA 5CMKA 1B7HA 3TEPA 4I62A 1LAFE 1S50A 1Y3QA 2XX8A 1A40A 3K01A 3IOTA 4JSDA 2WOLA 2X7QA 2Q8JA 3H3GA 2E1SA 1NFTA 2UVIA 3KOTA 3TUSA 2I4BA 1FTLA 3D4CA 1NH7A 3ZS6A 3PUWE 3O2AA 4ISUA 2LAOA 3QXMA 2I48A 3DRHA 3KN8A 2UVGA 3B6TA 1J1NA 1UTHB 4GFRA 5AA2A 3U93A 4YKIA 1JEVA 4QHQA 2RKMA 1PDAA 3U92A 1LCFA 4ONYA 4PP0A 5AA4B 4QSDA 4JSOA 1II5A 2F6GA 4Q8RA 1MDQA 1SVXB 3LR1A 5JTYA 3UP9A 3PD8A 2A5SA 4YB5A 3OEMA 5DEXA 1P1UA 2F34A 1RKMA 1O63A 3KZGA 3K02A 4OZ9A 2A5TA 5IAIA 1MQHA 4GOTA 1Q1KA 3C33A 3FJMA 2PYYA 4NF5B 3C36A 1B5HA 4DXCA 1ZTYA 1VSOA 5I56B 4AQ4A 3G3HA 4H6DA 1B46A 2P1SA 1M5FA 1QUIA 1USYH 4ELOA 1IITA 4C1UA 1MQIA 3MVXA 5H8FA 5KDTA 2Q9TA 4TLMB 3S9LC 4F3SA 2VHAA 3OXNA 1S9TA 3O29A 3PUVE 3IJXB 3RYBA 3TZAA 3ILUB 3C9HA 4F3PA 3HHGA 3PMVA 3O6IA 4QFOA 2I49A 4OEVA 3HO7A 2V3TA 3H6UA 3OO6A 2H5YA 5AA3A 2XHDA 4NF8B 3CI8A 5CBRA 1P1NA 4HW8A 1IXCA 1MM7A 1LB9A 1IIWA 3C35A 3W9VA 3F11A 1EU8A 3K1MA 4F29A 3MQ9A 4U1OA 2ZNSA 1XVYA 1B3FA 1LAGE 4KPTA 3TFLA 1FTMA 3TTLA 3GBBA 3FD3A 4OHNA 1Q35A 4F3BA 1BLFA 5I2NB 1BTJA 4IO4A 3MVZA 3DP6A 3PPNA 4BDNA 3OO8A 3V5AA 1PB9A 1EZ9A 1LAHE 2X7PA 1PB8A 4L17A 2ZYNA 2Y84A 2VP1A 1FTKA 3N5LA 2V93A 4YB6A 1URGA 2QS2A 1OMPA 1ZKBA 3KG2A 3SEYA 3E13X 3RUMA 3K6WA 2WOPA 4OFJA 3CIJA 3VVDA 3IAZA 4DZ1A 1B9JA 3H6VA 3M3FA 3FXQA 2XXUA 3TTNA 4UA8A 4IGRA 1XOCA 1MXYA 2VD3A 4JWYA 3USDA 4ELPA 3MZ9A 4KHZE 4YKPA 3MVYA 4HTGA 2BJJX 4ZE9A 1F9BA 4KFQA 1GV8A 5TP9B 1EH3A 3FXRA 3T9UA 1H76A 1FW0A 1A7LA 1ANFA 3N94A 1US5A 1M5DA 1ZMGA 3OELA 4OESA 4ESXA 5AA2B 1SBPA 5CC2A 2QRYA 1P1OA 4BDRA 4KR5A 2G29A 4FECA 2XXYA 3B6WA 1MQDA 3TTRA 1LFHA 5JTYB 3ZKKA 4G2ZA 1PC3A 4XKNA 1YTVA 3Q28A 1DPPA 3PV0E 2R71A 2A5TB 2V3UA 2Q88A 2OK2A 4GLIA 4NEDA 1MH4A 4XTCQ 1RYOA 2O6AA 5IKBA 4M4GA 3FVGA 4U2RA 2F36A 3PUYE 4GXAA 3H6TA 2QS1A 4FE8A 3DRJA 3I6VA 2O51A 2I58A 4THIA 3CG1A 3FVNA 3H03A 3IOWA 4QFLA 4GWOA 2NOOA 4QSCA 3PMWA 5H8FB 3IOUA 4O3BA 3TMGA 2YPNA 2DWHA 3L6GA 1MY1A 3MAMA 4OXVA 3DRKA 3U94A 3ECRA 4R6KA 2Y7KA 5FHNA 4Z7EA 1FQEA 3PPPA 5CM6A 4RY1A 1SQYA 3T22A 3K6XA 4YMBA 1SDXA 3OO9A 4WXJA 4EDPA 2W7YA 4H5FA 2X26A 3G3IA 3O6PA 3EN3A 4YICA 1Y9UA 4DDDA 4BDQA 2XX9A 3LSWA 4ZEIA 3PD9A 1YCJA 2IA4A 1B2HA 4ZDMA 1JW1A 2UVHA 2Y7IA 2F7AA 4U23A 4H65A 5DVFA 3KOSA 2XXTA 3VVEA 4RA1A 5LOMA 1LFGA 2HQ0A 3DP4A 1D3KA 3PMXA 4PFUA 4NF6B 3MJNA 2XX7A 3LSXA 3VXCA 2NUVA 3HHFA 1Y4TA 1N3WA 1MY3A 4U4XA 3R6UA 1MXXA 1FTOA 3TCGA 3FXUA 5KZTA 1MH3A 4LA9A 4OMBA 4IO6A 4BDMA 2FNCA 1QVSA 3CVGA 3CSGA 3SERA 1ZJLA 3MWBA 2O1MA 2XXWA 2Q2AA 1URDA 1P1QA 4R6HA 3VFJA 2DE4A 3LSLA 4YU0A 3U8QA 3T93B 1Z7ME 4E0XA 2GRVA 4YZZA 4OTEA 1PEBA 1P1WA 3DLNA 1WODA 4KCDA 2XD2A 4NF4A 4KD5A 4ELRA 4KYEA 3UA8A 5I2KA 1QJMA 4ZZEA 3IK6B 3K4UA 2F6PA 4PETA 5L9OA 2DQVA 5HPQA 1POTA 3IJOB 1SW4A 1A99A 5BWJA 4BDOA 4GL8A 4PFWA 4G68A 1B3LA 4P0GA 1LGBC 4ND9A 4U4SA 1L5TA 1IXGA 1QKAA 2CMOA 3D4GA 4R2FA 1H3DA 1VR5A 3QAXA 5CI5A 4ELQA 2XXHA 4NMYA 4EF2A 3JZJA 2ALUA 2XXRA 4BDLA 2DP8A 1LLSA 2DXRA 1VFDA 1AMFA 2I0BA 3DRIA 3PUXE 3Q29A 5L9MA 3CFXA 1YAEA 3E9XA 3V8XB 2VD2A 4F3GA 4H1XA 3K6VA 1UIUA 1QW0A 1MXUA 3OO7A 4BLAA 4LONB 1XT8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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