3QIMA

Histidine 416 of the periplamsic binding protein nika is essential for nickel uptake in escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSIADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Histidine 416 of the periplasmic binding protein NikA is essential for nickel uptake in Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3qimA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qimA01
1AMFA 1B7UA 4F2OA 4YMBA 5K2XA 3PU5A 1MXWA 5KCJB 2D3IA 3IO6A 1M5DA 1KWHA 3I5OA 4GF8A 3PV0E 1B58A 1MY4A 3QUJA 3U72A 3K6UA 5AE4A 4JSDA 2F6GA 3W9VA 4R75A 3H3GA 5FHNA 1ZLQA 1B40A 3UP9A 4FORA 4OESA 3U1OA 4ZEKA 4E0WA 1A8FA 1JEUA 1B0HA 4FAJA 3K01A 2DWHA 1UQWA 4NMYA 4R6HA 3B6QA 1FTMA 4MLQA 2V3UA 4ESXA 4U2RA 3R7XA 1FTJA 4GLIA 2X7PA 4U4SA 2I48A 3ODBA 3Q25A 3HHGA 3O29A 1IXGA 1B46A 2UVGA 3K6WA 2RINA 4C1UA 3RPWA 4OENA 2RCAA 3DRHA 4FEDA 2GRVA 2ZYNA 3TPAA 5ITOA 1B4ZA 3DP8A 1F9BA 4NEDA 4ZEDA 4FIMA 4HCYA 4RA1A 5FTIA 3KJTA 3TUSA 4QHQA 3FJ7A 4K3FA 1I6AA 3L6HA 3K1NA 4U21A 3B6TA 3O6HA 1B1XA 3TQWA 4F19A 3IB1A 2B4LA 2HXWA 5HPQA 4LZ8A 3C9HA 3SETA 2D5WA 3EHTA 4U1ZA 4BLAA 1NNFA 4LZ5A 2QS4A 2E1SA 2Y84A 3PMXA 4G68C 5TPAB 4LA9A 2V3QA 2A5TB 1LCTA 3T93B 3JZJA 2B3FA 1MY2A 3EPEA 1M5CA 3OXNA 1MXVA 1P1QA 1B4HA 4X1BA 4HS7A 3KN3A 2ALUA 3KG2A 4F29A 4IY6A 3G3IA 3OMBA 5L8DA 4LONB 1NNTA 2ZMBA 2UVIA 2B65A 2HEUA 4XKNA 3T9UA 1MY1A 3MP8A 3DRFA 1ZIUA 1OIBA 3R6UA 4BDLA 4QF9A 3T96B 2YPNA 4TQUQ 2O7IA 1R9QA 2OJTA 4KFQA 1TFDA 3M8UA 5H8SA 2ZXTA 1MXUA 1VR5A 3TTKA 1MRPA 5KCJA 3C33A 4ELQA 3I6VA 2RF1A 1TWYA 4JDFA 3FVKA 4NF4B 2I0CA 3TFLA 1LBBA 4WEPA 3WAFA 2E0SA 4E0XA 1Y4CA 3R26A 3MZ9A 5H8FA 2F34A 3HV1A 2DVZA 2DS9A 3TQLA 3ZKLA 1MS7A 4IO5A 3MUQA 4QFKA 4KQPA 3N94A 3SEVA 1LAHE 4I62A 2QMWA 4POXA 4GXSB 3K6XA 3HO7A 4OFLA 1OMPA 3BKIB 2XXUA 1FQCA 3KOTA 3EHSA 1N7XA 4O3BA 4ELOA 1EH3A 1Y3QA 5K2YA 3B7DA 3FVOA 4DCYA 1NNKA 3VLVA 3V5AA 1A8EA 3PPRA 4YB6A 3C34A 3GXAA 1LFGA 1Y20A 5DVFA 3C35A 4ND9A 2M8CA 2W7YA 3JYRA 2OK2A 5M2VA 4OFJA 1D3KA 4XXUA 4R74A 1B3EA 3VXCA 5A5XA 1IXIA 3CI8A 3THIA 2RC8A 1YCJA 4Z0IA 5FHMA 4GL0A 2WOKA 1SW1A 4N6PA 1ZBMA 3VDFA 4DE8A 4YMAA 1A99A 1Y3NA 2QL3A 3MP6A 2ZYMA 1B05A 1URGA 4NWCA 4QSCA 5B70A 3AXFA 4H5FA 3RQTA 5TPAA 2A5TA 1QUJA 3LSLA 5CMKA 2DWJA 1Y1MA 3E13X 5EHMA 3Q29A 4RXLA 2F35A 2XD3A 3FATA 4Q30B 1YPNA 1B52A 3G3FA 1II5A 3ILTB 4LUBA 3DRJA 3JV9A 1OQHA 3VFJA 2XXRA 3Q26A 1ATGA 1PB8A 1XC1A 5IKBA 4QRZA 3MZBA 5HM4B 2F36A 4G4PA 3T22A 3TYHA 2Y7KA 1FQFA 1MXZA 4H1XA 3DRGA 3V83A 1FQAA 4P0GA 4JWOA 2B3BA 3VLWA 3G3JA 2AL4A 3FTOA 3DELB 4YU0A 3FJMA 3MWBA 1WDNA 5CRYA 3LVUA 3FGSA 3SEUA 3Q28A 4ECFA 1R6ZA 2DSFA 4LVQA 3KOSA 2X7QA 3E4RA 2Z8FA 5DEXB 3UN6A 1HSLA 3K1PA 1H3DA 1WVJA 1MPCA 1MQDA 3H6TA 1FTOA 2REJA 1RYOA 1IXHA 5H8HB 1B5JA 2FA7A 2R6GE 3H6WA 3PMVA 1SD3A 2NVUB 1M5EA 4Q5TA 2HZLA 1NL5A 1NFTA 1A40A 1FQDA 4F2QA 4QFOA 4H8JA 2O69A 3D4GA 1PC3A 3CVGA 3K0VA 4UACA 2I3WA 2YLNA 3W15C 1H76A 1SI1A 1EZPA 2Q2AA 1N04A 2WOLA 3FASA 3BBRA 4QFPA 2ONSA 1GV8A 1OLCA 4NF8B 4RNSA 2G29A 2XXYA 5H8QB 3O9PA 3L6GA 1MQJA 1DOTA 2XXVA 3W9WA 3H6VA 2UXAA 2DE3A 1GTKA 4WEDA 3KBRA 2OWSA 4POWA 3OO8A 1XVXA 1B7HA 3ONMA 3UORA 1NMUA 2UVHA 1B1HA 5H8NB 1VSOA 2OCUA 5CBRA 4RK2A 3RUMA 4BDMA 3FD3A 4HCWA 3IOUA 3K02A 3IAZA 3MVYA 4RJZA 4N07A 4G77A 2XHDA 4JWYA 3CHGA 4PFUA 2OLBA 1N3XA 1OVBA 5L9SA 4PFYA 2VD3A 2DWAA 3N5LA 4OEVA 1Q35A 4MLVA 4EF1A 3M3FA 4AB5A 5TP9B 2F97A 5AA2B 4JB7A 1J1NA 2HZKA 1H43A 4OYVA 1B9JA 3MPLA 2HAVA 4M4GA 4GD5A 3MVZA 5TU0A 1GVCA 1CE2A 3O97A 3OO9A 4IO3A 2Z22A 3T66A 3HPIA 3IJOB 4R6KA 4R2BA 1QUKA 4RY1A 5I59B 5I84A 1O64A 1Y1ZA 1UIVA 1N0TA 3M3KA 5BUUA 2GFEA 4EUOA 1MM6A 5DVJA 2Z23A 2QSXA 2Q89A 1Q1KA 3TCFA 3S2VA 1I6BA 4FE8A 4BDOA 2ONKE 5AA2D 1SQYA 5DEXA 5AA4A 3LSWA 3USDA 3VE1B 1FCKA 4ZS9A 4U22A 3M3LA 3O6PA 4H8IA 3GBBA 4XKRA 1SW2A 3H03A 4R72A 4JXIA 4YAHX 1H45A 1VFEA 1NKXA 3CFZA 5L9OA 2RKMA 3QSLA 2QRYA 3H6UA 4GOTA 1ZJLA 5I58B 1JVYA 2DWIA 2HQ0A 4EDPA 1BP5A 2Y7WA 4ISUA 4EQ9A 2R71A 1GGGA 4AB6A 1I6QA 3QAXA 4G68B 4NF5B 2FNCA 4F39A 5JEIA 4NF8A 1SYIA 3KZGA 5H8QA 1MXXA 3CIJA 2PT2A 1S9TA 5JK4A 2THIA 1POY1 5DTBA 2F7CA 4XKPA 1CB6A 5H8NA 4DIGA 3GZGA 3GLBA 4GFRA 3OELA 3OD7A 3HCQA 2ESNA 4LQ2A 1URDA 2F8DA 1LFHA 3HHFA 1FTKA 5F7VA 2KLFA 2DE2A 2OWTA 3OEMA 1MY3A 2O1MA 4I1DA 3DP4A 4ZE8A 2RCBA 3KJ7A 4R9FA 1UTBB 1B3GA 3RGYA 4GIZA 2DXYA 2ZNSA 1JETA 2PT1A 1N76A 2DYXA 2PVUA 4OFOA 1MQGA 3O28A 2H4IA 4PFTA 3TTLA 3TZAA 4G8NA 3ILUB 3RY3A 4ZE9A 1B3HA 5KDTB 5ITPA 2V3TA 3UGWA 2RC7A 4U4XA 1OVTA 2Y7PA 4P0IA 3CRBA 2VOZA 2DVCA 1LFIA 3IORA 2I0BA 3H7MA 4TLLB 3SEWA 3PUZE 4QSDA 1HSEA 5EHSA 2VD2A 4JSOA 5I59A 1A55A 2R9JA 4OERA 5I57B 4OEUA 3IR1A 3DM0A 2NXOA 4KPTA 3SESA 4BDQA 3QUFA 3SEYA 1Y9UA 1LSTA 5I2KB 3I3VA 4N13A 3PPQA 4PETA 2XXHA 2PYYA 3MW0A 1O63A 5DVIA 3KGCA 4WKMA 1NNPA 2DP8A 3FJGA 3PPPA 1MQIA 1D4NA 3B6WA 2ZYOA 1DSNA 1P1OA 2QS2A 5AA3A 4F3BA 4OTEA 1MDP1 1MH4A 1DPPA 2QJEA 4R9GA 1L5TA 3U94A 5I58A 2UYFA 4FJPA 3ZSFA 1MDQA 2UYEA 3E3KA 1N7WA 1QULA 4F1UA 5JTYB 1P1UA 1MM7A 1P99A 3TEPA 4EF2A 1OQGA 5ELVA 3TKDA 2VHAA 3DLNA 1LLSA 2ONRA 3T9HB 1Z7ME 2DQVA 1LGBC 3A3UA 2QS3A 2NWJA 3UIFA 2PBWA 3ECRA 3OSRA 3TDJA 4IB2A 4R2FA 1LB9A 3IK6B 1JVXA 4L17A 3CR9A 1B2HA 2NUVA 1IIWA 3U92A 4MFIA 4H0WA 4F3GA 1TXFA 4OHNA 1IXCA 1VFDA 5EYFA 3QYTA 1YAEA 4DXCA 1BKAA 1AOVA 1QUIA 2V84A 4NF4A 1UIUA 5ICQA 1PBPA 5CM6A 3KFMA 3ZS6A 2QS1A 3TCGA 2IEEA 3UA8A 3LUYA 4ZECA 1P1NA 4QFLA 1JW4A 5AA1A 1FQEA 3RT8A 1USYH 2XXIA 1S7YA 2ZNTA 5CI5A 3IB2A 3G3HA 3S4UA 5I2NB 5KDTA 1XT8A 3G3GA 3RTFB 2AYSA 3O2AA 1FW0A 3S9LC 1M5BA 3IOTA 3SEXA 1M5FA 3U8QA 4DXUA 1B7ZA 3TCHA 2F5XA 1XVYA 1SYHA 5I57A 4ZZAA 2O7UA 2LAOA 4F31B 3TTRA 1MQHA 4NTLA 5I2KA 1B5IA 3K2DA 3FV1A 2CZLA 4MH5A 4NF6B 1JNFA 2YJPA 2OBGA 1SW4A 1GR2A 4KYEA 1B6HA 3KSXA 4PE5B 3PD9A 3T9VA 2GHBA 3MAMA 4TLMB 4IGRA 1R1NA 3CSGA 1IUDA 4EXLA 3TTNA 1ZKBA 3PMWA 4C0RA 3O6IA 5CMCA 1OLAA 4G8MA 1ZMGA 3MP1A 1B3FA 3QXMA 4OMBA 1ZTYA 3N6UA 2P1SA 3EN3A 3MQ9A 3F11A 4YKJA 4JWXA 1SW5A 1PB9A 4IO4A 1ZU0A 2DOJA 1LBCA 3N6TA 4NE4A 2O68A 3K4UA 3G3KA 2WKYA 3U93A 3CFXA 3CSBA 4FEBA 5FHOA 2AL5A 1B3LA 2QMXA 3KN7A 4RPNA 4IO6A 5ICTA 5H8FB 2AIXA 1Y3PA 2QPQA 3VXBA 4H6DA 3PAMA 5I56B 2XXPA 2A5SA 1DTGA 5L9MA 1JW1A 4YB7A 2HCAA 3EQ1A 2FYIA 3CG3A 3C4MA 4LP2B 3H06B 1WODA 4H5GA 4RK9A 4RPOA 3EHUA 4OVJA 4ONYA 1EZ9A 5CC2A 3RNNA 4I9DA 4KR5A 4PP0A 2PMSA 3PGFA 3RTWB 3KSJA 1IQ7A 3TMGA 4UA8A 3RLFE 1AL3A 4RYAA 4Z7EA 5FTHA 4ZEIA 4GWOA 1FTLA 3LSFB 1N3WA 2X26A 5H8HA 3TODA 3V8XB 3BFUA 2Q9TA 3K00A 5LOMA 1QKBA 4X1DA 4YB5A 4DXBA 5I2NA 5CBSA 4G8HA 3OEKA 3RT6B 4GXAA 1XOCA 4PFWA 4MF3A 4ZEBA 5A5XB 2HFBA 4YICA 4KYDA 2Z8DA 2XX8A 2IA4A 1NH8A 1PB7A 3LC8A 1QVSA 3FVNA 5B7DA 1UTHB 4DDDA 2F7BA 1URSA 4TOZA 3CFLA 3P7IA 4OQOA 2GHAA 3IO4A 4X9TA 3C36A 4YZZA 1EU8A 1VE4A 2OZZA 3EF7A 3IL1B 4YKIA 4KD5A 3PPNA 3WAEA 1D9VA 4KI0E 1P1WA 3IB0A 2F78A 2GH9A 4NF6A 3MVXA 1IEJA 2H98A 1MPBA 2O51A 2V25A 1MY0A 1DPEA 3LSXA 2H25A 4DLDA 3RN8A 1QJMA 2XX7A 3A09A 2DXRA 3DP6A 1US4A 2Z8EA 2XXXA 4LQ5A 3HN0A 3H4ZA 4QSEA 4LATA 3TTMA 3IJXB 3OO6A 1POTA 1Y4TA 3OOAA 4IO7A 4XIGQ 3S9EA 2Q88A 4IO2A 3D4CA 3FXRA 4EXKA 1AH5A 2REGA 1IZ1A 3C31A 1QW0A 1XS5A 1PDAA 2ABHA 1A7LA 1BLFA 1LB8A 4ZDMA 4ELPA 5TP9A 5AA2A 4OZ9A 1LAFE 3GBAA 4EQ7A 4F3SA 2F7AA 4Q8RA 2V93A 3FZVA 1MXYA 2XXQA 1MH3A 1QKAA 4GVOA 2NOOA 4ZZEA 4JBZA 3OENA 5I56A 4X48A 4EQBA 4IGTA 2O84X 1NH7A 3FIRA 4GRKA 1B51A 5J1DA 5CMBA 3S9NC 2O6AA 3FUZA 3VLUA 4OXVA 3MC2A 3LBSA 1JEVA 3E9XA 1SBPA 1R9LA 4PQJA 4M1VA 2DE4A 4NWDA 1B5HA 1B0LA 4R73A 2XXTA 2VGQA 4MBPA 3PD8A 4H65A 2ZYKA 1Z7NE 2ANJA 3S9MC 3IOVA 1SVXB 3O6GA 4GL8A 2Q2CA 3QIMA 1DTZA 3V89B 1IITA 1HSJA 3IX1A 4FECA 4H67A 3PUYE 2WOPA 3FV2A 2UVJA 2F6PA 3K6VA 4F18A 1LCFA 2XXWA 1UTHA 4I8CA 3SERA 2PX1A 4R6YA 3A3CA 5IAIA 2I3VA 1JQFA 4G68A 4ZEFA 4NF5A 4BDNA 1PEBA 3MVWA 4P11A 3FXQA 1MG1A 2RC9A 2I6EA 3QK6A 1JW5A 4DZ1A 3OO7A 2H9BA 4OETA 4YKKA 2H5YA 5HBCA 3T9XB 1T0KA 3PUVE 1USYE 3N26A 3MJNA 3TAJA 3FVGA 2H99A 4OWDA 1S50A 1BIYA 3SDFA 4Q0CA 4LZ7A 4O3CA 1MPDA 3MPKA 2P2AA 3OSQA 3VVFA 3RYBA 3Q27A 4F1VA 4QFNA 1DMBA 3C32A 2Y7IA 2D21A 4G2ZA 5DT6A 3HSTA 5KZTA 1ANFA 3K1MA 5DYHA 1UTBA 2Y7RA 4KYSA 2VP1A 4FATA 4U1OA 1US5A 3BFTA 3G7WA 1RYXA 3FXUA 4U23A 2I58A 4KCDA 4AQ4A 1N84A 3KEIA 2O1LA 4IY5A 1PBQA 1ELJA 5AA4B 3UK4A 3TELA 4HTGA 5CMMA 1XHYA 2Q8JA 2I4BA 4C1TA 1LAXA 3DRIA 3DRKA 2XD2A 1AIVA 3IOWA 4F22A 1SDXA 4THIA 4HW8A 3KN8A 4BDRA 3PUXE 4F3PA 1BTJA 1A54A 3VVEA 3RYAA 1RKMA 3PUWE 2CMOA 1H44A 3SKPA 1FQBA 3ZKKA 2P0SA 3CG1A 4O3AA 3MBPA 4KCCA 1I69A 4ESWA 4GQOA 1YTVA 2G93A 1O7TA 4XKQA 2BJJX 2I4CA 3MZ1A 4DCXA 3VVDA 2HAUA 4YKPA 1D9YA 1B32A 2B4MA 4WXJA 2I49A 2XX9A 5F1QA 1LAGE 1TFAA 1TT1A 4KHZE 5BWJA 1SI0A 4F1YA 3LR1A 2ZNUA 5ISUA 1EZOA 3O66A 3VV5A 5JTYA 4XTCQ 4ELRA 3PPOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AMFA 1B7UA 4F2OA 4YMBA 5K2XA 3PU5A 2PCRA 1MXWA 5KCJB 2D3IA 3IO6A 4NN3A 3A29A 1M5DA 1KWHA 4GX4A 3I5OA 4GF8A 3PV0E 1B58A 1MY4A 3QUJA 3U72A 3K6UA 5AE4A 1NV1A 3QMFA 1NV7A 4JSDA 2F6GA 2XXKA 3W9VA 4R75A 4N8GA 2WYPA 3H3GA 5FHNA 1ZLQA 1B40A 3UP9A 4FORA 4OESA 3U1OA 4ZEKA 1NV5A 4E0WA 1A8FA 1JEUA 1B0HA 4FAJA 3K01A 2DWHA 1UQWA 4NMYA 4R6HA 3B6QA 1FTMA 4MLQA 2V3UA 2L5VA 4ESXA 4U2RA 3R7XA 1FTJA 4GLIA 4I40A 2X7PA 4U4SA 2I48A 3ODBA 3Q25A 3HHGA 3O29A 1IXGA 1B46A 2UVGA 3K6WA 2RINA 4C1UA 3RPWA 4OENA 2RCAA 3DRHA 4FEDA 5ET8A 2XA5A 2GRVA 2ZYNA 3TPAA 5ITOA 1B4ZA 3DP8A 1F9BA 2FVZA 4NEDA 4ZEDA 4FIMA 4HCYA 3BIGA 4RA1A 5FTIA 3KJTA 3TUSA 4QHQA 3FJ7A 1EYKA 4K3FA 1I6AA 3L6HA 3K1NA 4U21A 3B6TA 3BIHA 1LBZA 3O6HA 1B1XA 3TQWA 4F19A 3IB1A 2B4LA 2HXWA 5HPQA 4LZ8A 3C9HA 3SETA 2D5WA 4MMPA 3EHTA 4U1ZA 4BLAA 1NNFA 4LZ5A 4NHBA 2QS4A 2E1SA 2Y84A 3PMXA 4G68C 5TPAB 4LA9A 2V3QA 4N8YA 1G0IA 2A5TB 1NV2A 1LCTA 3T93B 3JZJA 2B3FA 1MY2A 3EPEA 1M5CA 3OXNA 1MXVA 1P1QA 4PGPA 1B4HA 4X1BA 2VPOA 4HS7A 3KN3A 2ALUA 3KG2A 4F29A 4IY6A 3G3IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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