3QIMA

Histidine 416 of the periplamsic binding protein nika is essential for nickel uptake in escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSIADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Histidine 416 of the periplasmic binding protein NikA is essential for nickel uptake in Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3qimA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qimA01
3TKDA 1ZLQA 5F1QA 3OSRA 4MH5A 2QMXA 4F2OA 1P1QA 1S9TA 3T66A 4YKIA 1QKBA 3ONMA 2G29A 3G3JA 5TP9A 3PD9A 3CFZA 3VV5A 3ECRA 3H6UA 4IO2A 5I57B 3R7XA 1MRPA 3S9MC 2F6GA 3PU5A 4UA8A 1B0HA 3VVFA 3OENA 2DXRA 3D4GA 3IOUA 4GL0A 1QW0A 3WAEA 1DSNA 1BIYA 1N7WA 2M8CA 3PUYE 5CM6A 3B6TA 3V8XB 2PX1A 3TFLA 4U21A 4ZZAA 5I57A 1Y4TA 5FHMA 4AB6A 1EH3A 3T22A 3A09A 4TLMB 4YB7A 4I8CA 1MPBA 3EHSA 3MJNA 1MPCA 1EU8A 2PT2A 5DEXB 3THIA 4KFQA 2Q88A 4XXUA 3CRBA 4OXVA 4M1VA 4H65A 3ZKKA 3RPWA 3C4MA 1BTJA 4U1ZA 1B3FA 3HCQA 1CE2A 2HZKA 2DSFA 2ZYMA 2E0SA 3C33A 4WEPA 2A5TB 3EQ1A 3U94A 1MG1A 1AMFA 2IEEA 1B3LA 2P2AA 4OESA 3IAZA 3MP6A 3MP8A 3K00A 2PT1A 2DVZA 2V3TA 1SI0A 1L5TA 4GL8A 5DEXA 5ITOA 4U1OA 2Q89A 2DQVA 3O2AA 2I58A 5L9SA 4F29A 2RKMA 4O3AA 4OTEA 1MY1A 3PUXE 3MVYA 4PFWA 3IB1A 1YTVA 3S9LC 4U4XA 1B7HA 5I58B 2Y7WA 4ELQA 3IX1A 2UVHA 2A5TA 4YU0A 4YKPA 1H44A 3C31A 4OERA 3UORA 2DWJA 1P1OA 2Z8EA 3EF7A 2OBGA 5BUUA 1LFIA 1QJMA 1UIUA 2V84A 1SBPA 3B6QA 4OEUA 2DOJA 3WAFA 4UACA 2OLBA 3CFLA 3PMXA 4P0IA 5I58A 1US5A 2XX7A 4E0XA 1O63A 3ZS6A 3EHTA 4RNSA 1QVSA 1FTOA 1NL5A 2UVGA 5H8NA 2H25A 2XD2A 3V83A 1A8EA 4XTCQ 1MPDA 1FQBA 3SEYA 3FUZA 1A54A 2F34A 3CHGA 3RYBA 3P7IA 1B6HA 4XKRA 4OZ9A 4R74A 5KCJB 4NF6B 5IAIA 4LA9A 5CMKA 2RINA 4IY6A 2XXUA 2WOLA 1MXYA 3HHFA 4EQBA 4ONYA 2CMOA 1P1NA 3OELA 3TMGA 1J1NA 2Y7PA 5LOMA 4HTGA 4F39A 3T9XB 1IUDA 3UIFA 4Q0CA 4U4SA 3QAXA 5AE4A 4EQ9A 3CG3A 2VP1A 2Z22A 1PB8A 2ZNTA 3RUMA 1B2HA 1US4A 4PFYA 2Z23A 3PPPA 2WOPA 5CI5A 4JB7A 4F2QA 1YAEA 5CMCA 3LUYA 4YKJA 4N07A 3FXQA 5IKBA 1B9JA 4MFIA 3ZSFA 1UTBA 2Y84A 1UTHB 1B5IA 1IQ7A 1H3DA 1FTLA 2AL5A 1ZJLA 2HXWA 4XKNA 3PGFA 3S9NC 4ESWA 3K02A 1NNFA 3N6TA 5FTHA 1BKAA 2QSXA 3O6HA 5AA2D 5M2VA 1IXHA 4FECA 4GF8A 2DXYA 4P0GA 2QPQA 4N6PA 5I56B 2THIA 3RLFE 5H8HB 1UTHA 2O1LA 1EZOA 4QFNA 2CZLA 1MS7A 4Z0IA 3N5LA 3H03A 2Y7RA 3K4UA 3DRJA 1DMBA 3U8QA 3KSJA 2GHAA 4R2BA 2O7IA 3MPLA 4H6DA 4F31B 3OMBA 3PPOA 5I56A 5H8HA 3TYHA 3M3KA 2ANJA 4U22A 3HPIA 4GFRA 1SI1A 2WKYA 1TXFA 4RYAA 3OOAA 3H4ZA 2B3FA 1LBBA 2F7AA 4OVJA 1PEBA 2GFEA 4ZECA 3KFMA 3UGWA 4WKMA 3TCHA 4IB2A 3MVWA 3SEUA 3QXMA 4H5GA 1WODA 4QSCA 2W7YA 3JV9A 5DVFA 5L9OA 2B65A 1YPNA 1JQFA 3PPRA 4QSEA 4ZEFA 3K0VA 1I69A 4ZZEA 2RCBA 2ONSA 1LCFA 4KYSA 3USDA 1MDP1 4XKQA 4JSOA 2A5SA 2XXQA 4KPTA 3TTRA 1LAFE 4DXBA 1NNTA 2P1SA 2QRYA 3RT6B 1MQJA 2XXTA 1NMUA 2I48A 3HHGA 1B3HA 5ITPA 1USYH 1VFEA 3FATA 4RK9A 1YCJA 3CVGA 5B7DA 3FV2A 1DOTA 3C32A 3H6WA 4G77A 5AA1A 4MF3A 2HAUA 3G3GA 2ALUA 5TU0A 1FQAA 1D9VA 4ZEKA 1MXXA 3T9UA 4ELPA 3TCGA 4BDOA 1OLCA 3FVNA 2VD2A 4R2FA 3GBBA 4YZZA 1ZTYA 1LB9A 2NVUB 4RY1A 1NNPA 4JWXA 1MQIA 3OEMA 2Y7IA 1AOVA 3HN0A 2OCUA 4F3SA 2ONRA 4GOTA 3IOTA 2H4IA 1ZKBA 3O66A 5H8FA 5I2KB 3MWBA 2QL3A 2HEUA 3CI8A 4XKPA 3N94A 1M5FA 2O1MA 1OLAA 4OQOA 5K2YA 4YMAA 4R6KA 1XVYA 2F8DA 1VE4A 1MY0A 5CMMA 3RGYA 4HCYA 2R6GE 2NWJA 3TZAA 5I2KA 2VHAA 1O7TA 4GXSB 3FIRA 1MM7A 3MVXA 4O3CA 3LR1A 4R9FA 3K2DA 3C34A 4OETA 3PV0E 5AA4B 2XXPA 4ZE9A 3CFXA 4PETA 3MBPA 4R6HA 1B52A 4G68C 4Q5TA 2OZZA 4EF1A 3W9VA 1NH8A 3TUSA 1S50A 4X1DA 1OQHA 1MY4A 3PUWE 5EYFA 1POTA 1GV8A 3L6GA 5AA4A 4G8MA 3V89B 3DRFA 3OO7A 3FVKA 2AIXA 1PBQA 1ATGA 1JEVA 5ICQA 1URDA 1ZBMA 2PBWA 4QHQA 2XXXA 4F19A 4GLIA 3QYTA 3EPEA 3KGCA 3H6TA 3W9WA 3MVZA 1PB9A 4C1TA 2IA4A 4NWCA 1OVBA 1ELJA 3MZBA 1P1WA 4TQUQ 1MXUA 4OHNA 4R75A 2LAOA 3KBRA 4RJZA 3ILTB 3KN8A 4RA1A 1MQGA 4THIA 5FTIA 2B4MA 1SYHA 2ZNSA 3CG1A 3DRIA 4YICA 4BDRA 5H8NB 2AL4A 3ZKLA 2DP8A 2REGA 4KI0E 3FZVA 1PBPA 3KOTA 1AH5A 4JBZA 4BDNA 2AYSA 2F5XA 3BBRA 4KQPA 5DYHA 5EHMA 2V3QA 2OWSA 3SETA 2DE3A 3BFUA 3CIJA 1SDXA 4U2RA 2QS3A 3QK6A 2XX8A 1BLFA 4NWDA 1N76A 3CSBA 3K01A 4YB6A 1JW1A 3Q29A 2QS1A 1JW4A 1M5BA 1P99A 1B51A 1NH7A 3VFJA 4NTLA 2Z8DA 3KG2A 3TQLA 3FASA 1SW1A 2ZNUA 1M5EA 4E0WA 4IO7A 3VXCA 4AB5A 1TFDA 3FJMA 3FD3A 5DVIA 2HCAA 1IIWA 3T93B 1FW0A 1URGA 4M4GA 3RTWB 3H7MA 1B3EA 1SQYA 2DVCA 5CBRA 3UN6A 1AL3A 2FA7A 4EF2A 4I9DA 1UTBB 3UK4A 3LSWA 1JW5A 2RF1A 4MLVA 4EUOA 1PB7A 1Z7NE 3M3FA 1A40A 4ELOA 4NMYA 2FNCA 3K6WA 3FXUA 2YJPA 3G7WA 2QS4A 5L9MA 3F11A 1JVYA 1FTKA 2O69A 5B70A 2F7CA 2XX9A 3LC8A 5BWJA 3OO9A 3S2VA 3KJTA 1Y1MA 2PVUA 3I6VA 1R1NA 2RC9A 1S7YA 4DCYA 1R6ZA 1IXCA 2RC7A 3H06B 4DLDA 2F7BA 1H43A 4XIGQ 3RY3A 4FATA 2ZYOA 1Y3NA 4P11A 1HSLA 3MW0A 4MBPA 3O97A 4ZE8A 5FHNA 1HSJA 2NOOA 1FQCA 3IJXB 5JK4A 3MUQA 4LQ5A 4X48A 4NF4B 5CBSA 1B58A 3VVDA 1LBCA 5F7VA 1R9LA 1LB8A 4YAHX 2DWIA 3UP9A 2D21A 1JEUA 4R9GA 4U23A 4JSDA 2E1SA 4IO4A 5ELVA 1GGGA 4QFPA 3C35A 3H6VA 1GR2A 4ISUA 1SW4A 3G3FA 5HPQA 4QFOA 4DCXA 4NF4A 1IXIA 4F3BA 1N84A 3B6WA 4PE5B 1KWHA 2F78A 2X26A 3VLWA 2ZYKA 1B05A 3LSFB 2Y7KA 4ELRA 4F18A 4JDFA 3UA8A 1QUJA 4LUBA 2I4CA 4HCWA 3FVGA 5AA2B 2R9JA 4POWA 4QFKA 2I3WA 4YMBA 1FQDA 3MQ9A 4C1UA 3S4UA 2V3UA 3E4RA 1B3GA 2XD3A 1A7LA 2YLNA 4BDMA 3VDFA 3E13X 3PMWA 1RYXA 2I3VA 5I2NB 5J1DA 4LZ8A 3Q28A 3KZGA 1JETA 3MC2A 1XOCA 1N7XA 4DXUA 3O6GA 1GVCA 5AA2A 2I0BA 4L17A 5I84A 2GH9A 4QFLA 1JVXA 1XS5A 3GZGA 4O3BA 4YB5A 1VR5A 3N26A 4GIZA 3G3HA 3IB2A 3TODA 5I59B 4IO3A 4LP2B 1B46A 1UQWA 1I6BA 5I2NA 2XXRA 1II5A 3L6HA 4FORA 2O7UA 3TTNA 4KCCA 4OFOA 4KHZE 1FQEA 2O68A 4POXA 5JEIA 4R73A 3PAMA 2HFBA 3RTFB 1Y3QA 4OMBA 4LONB 2REJA 2G93A 4IO6A 4QF9A 5H8FB 3E9XA 3D4CA 4DDDA 4FAJA 1XC1A 5I59A 1TWYA 4DIGA 3PPNA 3TAJA 3O29A 3OSQA 3FTOA 4LATA 2UVJA 2ABHA 1QULA 5EHSA 4GVOA 1FQFA 2QS2A 4NE4A 3T9HB 3TQWA 4KCDA 4HW8A 4DXCA 3OEKA 3VE1B 3GBAA 1Y20A 2F35A 3SEXA 3OXNA 1URSA 3LVUA 1NKXA 3EHUA 4H8IA 1IZ1A 5ISUA 4IGTA 2XXYA 1B0LA 2RC8A 2VD3A 4F22A 4HS7A 4EDPA 3R6UA 5CC2A 4GD5A 1N04A 4F3PA 3PUVE 1FTJA 3O6PA 2F97A 1NFTA 1H76A 4F1UA 2H5YA 2PYYA 4FIMA 3IR1A 3MPKA 4KYEA 1D9YA 1R9QA 1D3KA 3ODBA 4RXLA 5CRYA 4RPNA 3K6UA 3OD7A 3IJOB 4BDLA 1MQDA 3K1NA 4FEBA 4GRKA 4Q30B 3K1MA 1MXVA 1RYOA 3ILUB 4H67A 4TOZA 2DWAA 2Q2AA 1Z7ME 3DP4A 4I1DA 2XXVA 1XVXA 2H99A 1B32A 3EN3A 3QIMA 5L8DA 3TELA 1A8FA 1IXGA 4OWDA 4LQ2A 3G3IA 2X7PA 3MAMA 5CMBA 4R6YA 4OYVA 3SERA 1B40A 3MZ1A 3M3LA 3CSGA 1OIBA 1IITA 4OFLA 2Q8JA 3K6VA 2B4LA 3I3VA 3TTKA 3MZ9A 2XXHA 3T9VA 1MY3A 1WDNA 1SYIA 5H8QB 3OO6A 1NNKA 2D5WA 4EXKA 2DWHA 3GXAA 4LVQA 3N6UA 3I5OA 3Q25A 2OK2A 1AIVA 3A3UA 2ONKE 3RYAA 3O9PA 1MY2A 1F9BA 4OEVA 1B4HA 3BKIB 4NF8B 3M8UA 2F6PA 2XXIA 4IGRA 1ZMGA 3PUZE 3PPQA 5H8QA 2GRVA 1M5DA 3IOVA 4ND9A 3O6IA 4JWOA 4G8HA 1EZPA 3FXRA 1Y3PA 1DPPA 2I6EA 1O64A 3SEWA 1SD3A 3RT8A 1PC3A 4NF8A 3FGSA 3VLUA 4X1BA 1Q1KA 4MLQA 3SEVA 4BLAA 4GWOA 1LCTA 3TCFA 3VXBA 3QUFA 2Q9TA 4PFUA 1LGBC 4LZ7A 1TFAA 2H9BA 2DE4A 2VOZA 1OQGA 4KR5A 2R71A 4DZ1A 1B7UA 1MH3A 3FJGA 1QUKA 3C9HA 1Y1ZA 1IEJA 3FV1A 2YPNA 1M5CA 2O6AA 3KN3A 5TPAB 1I6AA 4EXLA 4FE8A 2UXAA 3LSLA 3B7DA 2I49A 1MM6A 4NF5B 1B1HA 1FTMA 3IK6B 3TDJA 2NXOA 3KOSA 3IOWA 3KEIA 4Z7EA 4OENA 3DP6A 4G8NA 5TPAA 1HSEA 3LBSA 1BP5A 3IB0A 5KCJA 3SDFA 4FJPA 3GLBA 4NF6A 3H3GA 1GTKA 1LFHA 1JNFA 1DTGA 3C36A 1A55A 4NF5A 4ECFA 1LAGE 4ZS9A 5H8SA 4GQOA 5A5XB 4ZEDA 3Q26A 3QSLA 1H45A 2FYIA 3IL1B 4KYDA 4H1XA 3V5AA 1PDAA 2O51A 3VVEA 5DTBA 4Q8RA 5ICTA 3K1PA 2HAVA 3Q27A 1N3XA 3LSXA 1POY1 3KSXA 4TLLB 5JTYB 1WVJA 3IO6A 1USYE 5DVJA 4NEDA 1CB6A 2B3BA 2PMSA 4LZ5A 2ESNA 1ANFA 3PD8A 3U93A 1LLSA 5A5XA 1LAXA 4ZEIA 3KJ7A 1MXWA 3IORA 1N0TA 2ZYNA 1B4ZA 1P1UA 2DE2A 3OO8A 2V25A 5JTYA 5K2XA 3O28A 4G68B 3E3KA 4FEDA 3U92A 4QSDA 3MP1A 5HBCA 1MQHA 2ZXTA 2WOKA 3QUJA 4BDQA 1Y4CA 5KDTB 4I62A 4EQ7A 2UYEA 3HSTA 1N3WA 3AXFA 3TPAA 4QRZA 2HQ0A 1QUIA 2I4BA 3FJ7A 1T0KA 4JWYA 1B5HA 3DRGA 4ZEBA 3SKPA 4H0WA 3W15C 3BFTA 2X7QA 4G68A 4X9TA 3CR9A 3RNNA 2QMWA 5KZTA 3A3CA 3HO7A 4JXIA 1MDQA 2BJJX 3U1OA 5KDTA 2Q2CA 4N13A 4C0RA 3DM0A 1UIVA 4K3FA 3RQTA 1TT1A 4IO5A 2V93A 4OFJA 3VLVA 2VGQA 1MH4A 1I6QA 3HV1A 3DP8A 4KD5A 4DE8A 1A99A 4IY5A 4ZDMA 2D3IA 4H5FA 3SESA 4RK2A 4F1VA 1SVXB 5DT6A 2ZMBA 3RN8A 1ZIUA 3KN7A 4ESXA 4WEDA 1QKAA 1D4NA 1LAHE 1XT8A 3TTMA 3T96B 1ZU0A 1RKMA 3DRHA 3DELB 1DPEA 4H8JA 2F36A 4F1YA 4R72A 2DYXA 3PMVA 4AQ4A 4PQJA 3JYRA 1EZ9A 4G4PA 2Z8FA 1B7ZA 1SW2A 1XHYA 1SW5A 4YKKA 2RCAA 3G3KA 4F3GA 3DLNA 3TTLA 3FVOA 4PP0A 2HZLA 1VFDA 3R26A 1LFGA 2OJTA 5HM4B 2UVIA 2UYFA 2KLFA 3DRKA 2I0CA 1Y9UA 4GXAA 2GHBA 3IO4A 1B1XA 1DTZA 2H98A 3K6XA 1Q35A 1B5JA 2O84X 1VSOA 4PFTA 2NUVA 1OMPA 5FHOA 1FCKA 2OWTA 5TP9B 3TEPA 2XHDA 2QJEA 2XXWA 1MXZA 3U72A 2P0SA 2DS9A 1LSTA 4WXJA 1OVTA 3S9EA 5AA3A 4RPOA 3JZJA 4G2ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TKDA 1ZLQA 5F1QA 3OSRA 4MH5A 2QMXA 3IFAA 4F2OA 1P1QA 3LV0A 1S9TA 3T66A 4OANA 4YKIA 1QKBA 3ONMA 2G29A 3G3JA 5TP9A 3PD9A 1K9YA 3CFZA 4GBVA 3VV5A 3ECRA 3H6UA 2WBDA 4IO2A 5I57B 3R7XA 1MRPA 3S9MC 2F6GA 3PU5A 4UA8A 1B0HA 3VVFA 3OENA 2DXRA 3D4GA 3IOUA 4GL0A 1QW0A 3WAEA 1DSNA 1BIYA 1N7WA 1EYIA 2M8CA 3PUYE 5CM6A 3B6TA 3V8XB 2PX1A 3TFLA 4U21A 4PTKA 4ZZAA 4DI3D 5I57A 1Y4TA 5FHMA 4AB6A 4OVTA 1EH3A 4PDHA 4TLMB 3A09A 3T22A 4YB7A 4I8CA 1MPBA 3EHSA 3IFCA 3MJNA 1MPCA 1EU8A 2PT2A 5DEXB 3THIA 4KFQA 2Q88A 4XXUA 3CRBA 4OXVA 3BIHA 4M1VA 4H65A 3ZKKA 4NHBA 4X04A 3RPWA 3C4MA 4PCDA 1BTJA 4U1ZA 1B3FA 3HCQA 1CE2A 3KC0A 2HZKA 2DSFA 2ZYMA 2E0SA 3C33A 4WEPA 2A5TB 3EQ1A 3U94A 1MG1A 1AMFA 2IEEA 1B3LA 2P2AA 4OESA 3IAZA 3MP6A 3EKIA 3MP8A 3K00A 2PT1A 2DVZA 2V3TA 4PDDA 1SI0A 1L5TA 4GL8A 5DEXA 5ITOA 4U1OA 4PFBA 2Q89A 2DQVA 3O2AA 2I58A 5L9SA 4F29A 2RKMA 4O3AA 4OTEA 1MY1A 3PUXE 3MVYA 4PFWA 3IB1A 1YTVA 3S9LC 4U4XA 1B7HA 5I58B 2Y7WA 4ELQA 3IX1A 2UVHA 2A5TA 2F3BA 2ZZWA 4YU0A 4YKPA 1H44A 4XEQA 3C31A 4OERA 3UORA 2DWJA 1P1OA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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