4R2BA

Crystal structure of sugar transporter oant_3817 from ochrobactrum anthropi, target efi-510528, with bound glucose
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MQDKQNVEVLHWWTAGGEAAALDVLKKDLEKKGISWTDMPVAGGGGTEAMTVLRARVTAGNAPTAVQMLGFDIRDWAEQGALGNLDEIANKEGWEKVIPAPLQEFAKYDGHWIAAPVNVHSTNWMWINKAALDKAGGKEPTNWDELIALLDKFKEQGITPIAHGGQPWQDATIFDAVVLSFGTDFYKKAFIDLDPETLGSDTMKQAFDRMTKLRSYVDDNFSGRDWNLASAMVIEGKAGLQFMGDWAKGEFVKAGKKPGEDFVCMRYPGTQGAITFNSDMFAMFKVSEDKVPAQLEMASAIESPTFQSAFNVVKGSAPARTDVPDTDFDACGKKAIADEKEASEKGTMLGSMAHGYANPAAVKNAIYDVVTRQFNGQLSSEDAVKELVSAVEGAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Ochrobactrum anthropi
publication title Crystal Structure of Glucose Transporter Oant_3817 from Ochrobactrum Anthropi, Target EFI-510528
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
total genus 154
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2bA02
1JW1A 3VVEA 1MQJA 3S9LC 2GFEA 4H6DA 4LZ8A 1N7XA 4GXAA 4OZ9A 4QSCA 4OQOA 4GQOA 4LZ7A 3KSXA 3QSLA 3RPWA 2VD2A 3CVGA 4G2ZA 4XKNA 4I9DA 3U94A 1P1UA 4HCYA 4XKRA 3LSLA 4G8HA 4N13A 4XKQA 3TTMA 4ZE8A 3PUZE 2O69A 1KWHA 1M5FA 1SBPA 3PUXE 1UIVA 4LATA 3K0VA 4ZDMA 2X7PA 1NNTA 3CFZA 3FJGA 3PGFA 4E0XA 5AA2A 1LFIA 4U23A 3VDFA 2D21A 2V3QA 2REJA 2ZNUA 1MPCA 1MH3A 2E0SA 4KHZE 1EZ9A 3PU5A 1GR2A 1DPEA 1SW5A 3FJ7A 3A09A 4R72A 3IO4A 4YB7A 4OETA 4PE5B 2HEUA 3B6QA 1IUDA 4AB5A 5H8FA 3U92A 2HCAA 1Q1KA 3CG1A 3IAZA 2QMWA 1M5DA 2ZMBA 4EXKA 2M8CA 5I56A 1B9JA 4DDDA 3TTLA 3PPQA 2DVZA 3BFUA 3E13X 3E4RA 4X48A 3TAJA 3IL1B 1VE4A 4YZZA 3CSGA 2F6PA 5DVFA 4I1DA 4OEUA 4IO4A 5CMBA 3O28A 2IA4A 4RYAA 5BUUA 3H6WA 2AYSA 3KSJA 4ELRA 1IXHA 3KOTA 4OEVA 1J1NA 3W9WA 4ZEKA 1MY2A 3PUWE 3OO8A 1AIVA 4QFPA 3UK4A 3I6VA 5FTHA 3IB2A 1NFTA 3VFJA 5KCJA 3ECRA 1O63A 4TLLB 1B3HA 4MH5A 4NWCA 2OK2A 2ZYMA 2NWJA 1A99A 3K1PA 1LB9A 2LAOA 3O6IA 4U1ZA 2AL5A 1UTHB 5JTYA 5CI5A 3D4GA 4F31B 3TDJA 1A55A 1B40A 3K2DA 2F35A 4NF6B 1DSNA 3PPNA 3U72A 1SQYA 4ZEFA 4X1BA 1AMFA 3FASA 1Y1MA 1Z7ME 2O84X 5IKBA 2F8DA 2QJEA 3M3FA 2QS1A 2F78A 1RYXA 1TFDA 2G93A 2Q9TA 4IGTA 3I3VA 3T9HB 1B5IA 3CRBA 3C34A 4ND9A 3RN8A 3EHSA 3QUJA 3KEIA 3GLBA 1LFGA 1H43A 2IEEA 1LBCA 4BLAA 4N07A 1MY3A 4RJZA 1MDQA 5TPAA 3MZ9A 4RY1A 5CMKA 1AH5A 5I59B 1LGBC 3MQ9A 1TT1A 4DE8A 5H8QA 1Y4CA 1USYE 3FVKA 1FTLA 1LAHE 3B6TA 4R2FA 5B70A 1PB8A 3IB1A 4KI0E 4JWYA 4EF1A 5KZTA 2I49A 3FIRA 3GBAA 2VP1A 2A5SA 1TWYA 3FGSA 1IZ1A 3QIMA 3MUQA 3IJOB 4P0GA 4FEBA 5HBCA 4GXSB 4GOTA 4RK9A 3I5OA 4RA1A 4C1TA 3THIA 1DTZA 4G77A 4DLDA 2D3IA 4R9FA 4EUOA 5AA2D 3TELA 1XHYA 4MLVA 1N7WA 2V25A 4R73A 3V5AA 1DPPA 3KZGA 4U21A 4O3BA 5TU0A 1N76A 4JWOA 1DMBA 1PBPA 3SETA 5H8NA 1JNFA 1IITA 1XS5A 3W9VA 2XXUA 3RT6B 1HSEA 5DYHA 3LBSA 2Z22A 2DP8A 4C1UA 3UIFA 3SESA 1QJMA 4UA8A 4U4SA 2ANJA 5I58A 1GTKA 2OLBA 4XTCQ 2FYIA 3O9PA 1A54A 4P11A 3MW0A 2Y7KA 4F2QA 5CMMA 4G4PA 5DTBA 4ZZAA 1B1XA 2X26A 2XXWA 3FJMA 3B7DA 4KYEA 2REGA 1MXUA 1MY1A 2XD3A 1SYIA 2R6GE 3VLVA 1RYOA 4ZEIA 1NNFA 2PBWA 3FVGA 3MPLA 5CBRA 1MXVA 4DCYA 3EF7A 4EDPA 4NF4A 4F22A 1A7LA 1LAGE 2A5TB 1FTOA 1M5CA 4OWDA 1I69A 3QK6A 3ZKLA 5JK4A 3RGYA 5IAIA 4F1YA 4ELOA 3EQ1A 3VXBA 1SI0A 1B2HA 3HHGA 1AL3A 3W15C 5I84A 2O1MA 5AA1A 1LFHA 3HV1A 1MY4A 4KYDA 5DEXB 1QULA 1GGGA 3DP6A 2XX9A 3M8UA 4WKMA 1SW2A 3VVFA 1XC1A 3G3KA 2FA7A 3BKIB 3M3KA 4TLMB 4R6HA 3RUMA 1CB6A 4KCDA 3U8QA 3FVNA 3G3IA 3VXCA 3TFLA 2PX1A 4NF5A 2OBGA 1MQGA 3R26A 3PMXA 3E9XA 1CE2A 3IR1A 1FQDA 2AL4A 2RC9A 3OSRA 1FTKA 4ZECA 4F2OA 3TYHA 3CFXA 1R1NA 2F34A 3CIJA 4H65A 3K1NA 3VV5A 2DSFA 4E0WA 2RC7A 3MBPA 4F1VA 1II5A 1P99A 2DE3A 3OENA 2XX8A 4BDQA 4K3FA 5HM4B 2F36A 3SEWA 5TP9B 1PBQA 1JQFA 3S9EA 1QUIA 1US5A 4OYVA 2DWJA 1JETA 1Y20A 1POY1 1L5TA 3A3CA 2XXVA 1UTBB 5A5XB 4BDRA 4FATA 5ELVA 5L8DA 3O97A 3D4CA 1EZOA 3Q28A 2V3TA 2RF1A 4PFUA 4ESWA 1ZBMA 2UVJA 5CBSA 1Y3QA 1MPBA 4PFYA 2Q88A 1Y9UA 3O2AA 2Y7IA 4MFIA 1URDA 4G68A 2H99A 3LSXA 4F18A 2QS3A 3SEUA 1YPNA 2NUVA 4H67A 3SKPA 3KOSA 4QSEA 3A3UA 4OXVA 2QRYA 3IOUA 1OQGA 4YKPA 1DOTA 1P1NA 4F19A 3HO7A 5AA2B 2RKMA 3S9MC 2F5XA 5ICQA 2P0SA 3UP9A 3IOTA 1LCTA 3RLFE 1TXFA 4JXIA 3SEVA 3V8XB 1BKAA 4X1DA 2QSXA 3UGWA 2O7UA 2DQVA 1FTJA 4F29A 4EF2A 3EPEA 1B52A 2O6AA 4ELPA 1B05A 1ATGA 4OESA 4G8MA 2G29A 3K6WA 2XHDA 1NKXA 1M5BA 3OXNA 3KBRA 2H9BA 4IO5A 4F3GA 1YAEA 3UORA 2QMXA 2XXTA 4GL0A 1MQDA 1QUJA 4ZEDA 1B1HA 3U1OA 2VOZA 1PDAA 3CFLA 4U4XA 1BIYA 3M3LA 1ELJA 3UA8A 1B3LA 3KG2A 4H5FA 5I2NB 4I62A 1MPDA 4JWXA 3IB0A 1UIUA 4THIA 1I6AA 3TTNA 5KCJB 2QL3A 4H0WA 4RXLA 1LLSA 2NOOA 2E1SA 4U2RA 2O1LA 4N6PA 1ZLQA 1S7YA 1EZPA 1ZU0A 1URSA 3MC2A 4KYSA 3K6XA 1JEVA 3TMGA 3RTWB 2Q2AA 2THIA 4PFWA 2XXXA 3KFMA 5AA4A 3SEYA 1A8FA 1MS7A 2H5YA 3T93B 3L6HA 5KDTB 1GV8A 3C36A 5H8HB 3T22A 1MRPA 4OVJA 1B51A 4JDFA 4NE4A 3ZKKA 2XD2A 3G3FA 5AE4A 5I59A 1R6ZA 4GL8A 1PB9A 3GBBA 2RCBA 3QUFA 1HSLA 1SVXB 3HPIA 1SYHA 1OQHA 2P1SA 3H6UA 1XT8A 2PT2A 2F7BA 5ISUA 2DXYA 1QUKA 1QVSA 4KQPA 3Q25A 1D4NA 1T0KA 4FECA 2W7YA 1D9YA 3C9HA 2I4CA 1N3XA 3TQWA 5LOMA 1O64A 4BDLA 1OMPA 4G68C 4QFNA 1EU8A 3RY3A 4Q5TA 4F39A 4IY6A 3T9UA 4PQJA 2PMSA 4XIGQ 1USYH 2YJPA 1N04A 3MP6A 3VE1B 2I3WA 4POWA 1MY0A 1UQWA 1ZTYA 1VFEA 3S2VA 1LB8A 1M5EA 2H4IA 2AIXA 2BJJX 2O68A 4OENA 3JZJA 3K01A 1MXYA 1FQBA 2XXYA 1B4ZA 5H8SA 2HQ0A 3H4ZA 1B58A 1N3WA 1H45A 4DIGA 4WEDA 4OFJA 2Q8JA 2ZXTA 2GHAA 2ONSA 4MF3A 2VD3A 3Q27A 4KR5A 1BP5A 1QKBA 4HTGA 1PEBA 4KD5A 5CM6A 2DVCA 2XXRA 4LQ2A 4YB5A 3MWBA 3MJNA 5AA3A 1IIWA 2ZYKA 1P1WA 1QW0A 3N5LA 3K02A 4MBPA 4NEDA 2Q89A 2I48A 3DP4A 3KJ7A 4C0RA 1MG1A 1R9QA 3KN3A 3PD8A 4ZS9A 2F7CA 5EYFA 3C32A 3MVXA 5BWJA 1NNKA 3N26A 3G3GA 3JV9A 3T9VA 1NH7A 3IORA 2I4BA 2Y7PA 3FUZA 1B0LA 2X7QA 4DXUA 1B7UA 2XX7A 1PB7A 3IOWA 1JEUA 1MXXA 5ITOA 3PPRA 3FXRA 2DOJA 3IK6B 3GZGA 1P1OA 5CC2A 2R71A 1IXCA 3OMBA 2PT1A 3MVYA 5J1DA 4Z7EA 2NXOA 4LA9A 3LSFB 2Z8DA 3OD7A 5DEXA 1ZMGA 3HSTA 5HPQA 5FHNA 1FQEA 3TEPA 3OOAA 1SW1A 1XVYA 1MM6A 1URGA 1ZKBA 1O7TA 2QS4A 4NF8A 3HHFA 1FW0A 1PC3A 4H1XA 4WEPA 5FHMA 2F97A 4R6YA 3DP8A 1ZJLA 1AOVA 3CI8A 2PVUA 4TQUQ 4YKJA 5CMCA 3SEXA 4OFLA 2QS2A 5I2KA 1LAXA 1Y1ZA 2RCAA 1ANFA 2DS9A 3RQTA 2GRVA 4GD5A 4IO7A 4JSDA 3R6UA 3E3KA 4FIMA 4I8CA 3ONMA 5L9MA 2ZYOA 1WDNA 3C35A 3O6GA 2ZNTA 3G7WA 5JEIA 2XXPA 2UYEA 2KLFA 1A8EA 4YMBA 4U1OA 3ODBA 3T96B 3FD3A 4PETA 1TFAA 2VGQA 3R7XA 3KN8A 2HXWA 4JB7A 3G3HA 5DT6A 4R6KA 4YMAA 4IB2A 3V83A 4H5GA 4QRZA 1Q35A 4QSDA 4YAHX 2Q2CA 3OO9A 4FE8A 4RPNA 2VHAA 1B3FA 1BLFA 1IEJA 3DLNA 4IO6A 5I57B 4P0IA 1Y4TA 3ZSFA 2NVUB 1IXIA 1I6BA 3N6UA 3TTKA 3K6UA 4HCWA 1MH4A 2I0BA 4FJPA 3FATA 3MP8A 1MDP1 1B0HA 3PMVA 3ZS6A 1VR5A 5F7VA 4OMBA 1MXWA 3IO6A 3VLUA 4ISUA 5ICTA 4LONB 2Y84A 2O7IA 5FHOA 3OO6A 3N6TA 2D5WA 4DCXA 4QHQA 4R75A 2H98A 3SDFA 4EQBA 3H6TA 4XXUA 2HZLA 2R9JA 3FXUA 3H7MA 4JBZA 2I6EA 5CRYA 3PPOA 3ILUB 1B4HA 1FQCA 3TPAA 4G68B 4H8IA 3LR1A 1OVBA 1HSJA 3TCGA 4HS7A 3OSQA 3P7IA 1NNPA 3MZ1A 1B46A 4QF9A 1H44A 5H8FB 4GFRA 4YU0A 4OTEA 3C31A 3S4UA 1N84A 2HAVA 1S9TA 1F9BA 2QPQA 1MQHA 5I56B 1D3KA 4JSOA 4QFOA 1B5HA 5K2YA 3VVDA 1ZIUA 3FV1A 4YICA 2DXRA 4KPTA 5B7DA 3K4UA 2H25A 3DM0A 2DWIA 1SW4A 4RK2A 3KJTA 4LUBA 3TZAA 1OLAA 3H06B 1UTHA 3KN7A 4R2BA 1VSOA 4F3SA 5I2NA 4EQ7A 2I3VA 2Z8EA 1DTGA 2ESNA 3L6GA 3TUSA 4DZ1A 1LBBA 2CMOA 4NF6A 2WKYA 2ONKE 3H03A 2OWTA 2GH9A 1B3EA 3FZVA 4DXCA 1B3GA 4H8JA 2FNCA 1BTJA 1SDXA 4IO3A 3AXFA 1P1QA 1N0TA 1B32A 3HN0A 4RNSA 4HW8A 4F3BA 5JTYB 1JVYA 1WODA 2DYXA 4LQ5A 1R9LA 4R74A 1OVTA 5KDTA 3K00A 3Q26A 5H8HA 1JVXA 2O51A 3MP1A 4F1UA 4G8NA 3FXQA 4BDNA 1FCKA 3PUVE 3KGCA 4F3PA 4BDMA 1NL5A 4NTLA 5L9SA 4ONYA 3T9XB 4FAJA 1MXZA 3EHUA 4FEDA 3RNNA 2DE4A 1GVCA 4ZZEA 2ZYNA 1FTMA 3WAEA 3H6VA 5AA4B 3LSWA 4POXA 1OLCA 3FVOA 2XXIA 3DELB 1Y3NA 1JW5A 1IQ7A 1LAFE 4AB6A 3EN3A 3ILTB 5FTIA 3TTRA 4EXLA 3B6WA 1LCFA 4GIZA 2XXQA 5TPAB 3RTFB 1SD3A 1WVJA 3VLWA 2OJTA 2B65A 4MLQA 2F7AA 3LUYA 5H8QB 3UN6A 5EHSA 4ESXA 4M4GA 1US4A 1YCJA 2DWHA 1NMUA 4FORA 4OFOA 3HCQA 2I0CA 1VFDA 2UXAA 1MQIA 1OIBA 3O29A 4X9TA 2V93A 4Q0CA 4Q30B 4KFQA 3CG3A 3Q29A 4Z0IA 3CSBA 3T66A 3PD9A 2DE2A 2RINA 4DXBA 1Z7NE 2Z23A 4GVOA 3U93A 3G3JA 2Y7RA 2HZKA 2UVHA 1B7HA 4YB6A 2ONRA 4EQ9A 3MZBA 3FV2A 4OHNA 1H3DA 2YLNA 3PUYE 3CR9A 3OO7A 4O3CA 3PPPA 1H76A 4QFKA 3IOVA 3MAMA 2HAUA 3QAXA 3C4MA 4GRKA 2P2AA 1B6HA 2YPNA 2F6GA 1JW4A 5H8NB 1A40A 1YTVA 3MVWA 2V84A 4IO2A 4ECFA 1NH8A 4ELQA 4NWDA 4BDOA 4UACA 1XVXA 3EHTA 2HFBA 4GLIA 2ABHA 2OWSA 2UYFA 4LVQA 4IGRA 4NMYA 2RC8A 5I58B 2A5TA 3SERA 3QYTA 4M1VA 3MPKA 3PV0E 4ZEBA 2OCUA 3TCHA 2OZZA 3USDA 4XKPA 1POTA 2V3UA 4AQ4A 2GHBA 1B7ZA 2UVIA 2XXHA 4LP2B 4U22A 2CZLA 5DVJA 3S9NC 4L17A 2B3BA 4WXJA 4TOZA 1S50A 3JYRA 4R9GA 3O66A 4QFLA 3WAFA 4NF4B 4GF8A 2DWAA 1FQAA 3TCFA 1IXGA 2ALUA 1I6QA 1FQFA 3MVZA 3K1MA 1QKAA 4LZ5A 3C33A 3QXMA 4IY5A 5K2XA 3O6HA 3N94A 1RKMA 3BFTA 3PMWA 1SI1A 3TODA 1EH3A 2Y7WA 1Y3PA 2Z8FA 4NF8B 4PFTA 5ITPA 3TQLA 3IJXB 2PYYA 1D9VA 5I2KB 1LSTA 4RPOA 1MM7A 4GWOA 5TP9A 2UVGA 4PP0A 3H3GA 2ZNSA 4NF5B 4KCCA 3GXAA 4Q8RA 4YKKA 2B3FA 3OEKA 4YKIA 5EHMA 3OELA 1B5JA 1XOCA 2I58A 5I57A 4ZE9A 5L9OA 3K6VA 3OEMA 4OERA 3LC8A 5DVIA 3TKDA 5F1QA 1UTBA 5A5XA 3F11A 3V89B 3BBRA 5M2VA 4O3AA 3IX1A 3RT8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BJIA 1JW1A 3VVEA 1MQJA 3S9LC 2GFEA 4H6DA 4LZ8A 1N7XA 4GXAA 4OZ9A 4QSCA 4OQOA 4GQOA 5ET6A 4LZ7A 3KSXA 3QSLA 3RPWA 2VD2A 3CVGA 4G2ZA 4XKNA 4I9DA 3U94A 1P1UA 4HCYA 4XKRA 3LSLA 4G8HA 4N13A 4XKQA 1SPIA 4ZE8A 3PUZE 3TTMA 4MEVA 2O69A 1KWHA 1M5FA 1SBPA 3PUXE 1UIVA 4LATA 3K0VA 4ZDMA 2X7PA 1NNTA 3CFZA 3FJGA 3PGFA 4E0XA 5AA2A 1LFIA 4U23A 3VDFA 1NV3A 2D21A 2V3QA 2REJA 2ZNUA 4PFIA 1MPCA 1MH3A 2E0SA 4KHZE 1EZ9A 3PU5A 1GR2A 1DPEA 1SW5A 2WX9A 3FJ7A 3A09A 4R72A 4AS4A 3IO4A 4YB7A 4OETA 4PE5B 2HEUA 2WYKA 1IUDA 3B6QA 4AB5A 4UABA 5H8FA 3U92A 2HCAA 1Q1KA 3CG1A 2OWZA 3IAZA 4N8YA 2QMWA 1M5DA 2ZMBA 4EXKA 1YZ0A 4N6DA 2M8CA 5I56A 1B9JA 4DDDA 2FIXA 3TTLA 1IMAA 3PPQA 2DVZA 3BFUA 3E13X 3E4RA 4X48A 3TAJA 3IL1B 1VE4A 4YZZA 3CSGA 2F6PA 2JJKA 5DVFA 4I1DA 4OEUA 4IO4A 5CMBA 1NV1A 3MSTA 3O28A 2IA4A 4RYAA 5BUUA 3H6WA 2AYSA 3KSJA 4ELRA 1IXHA 3KOTA 4OEVA 1J1NA 3W9WA 4ZEKA 1MY2A 3PUWE 3OO8A 1AIVA 2L5VA 4QFPA 3UK4A 3I6VA 5FTHA 2XWVA 3IB2A 1NFTA 4P56A 3VFJA 5KCJA 3ECRA 1O63A 4TLLB 1B3HA 4MH5A 4QXDA 4NWCA 2OK2A 2ZYMA 5EYGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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