4R2BA

Crystal structure of sugar transporter oant_3817 from ochrobactrum anthropi, target efi-510528, with bound glucose
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MQDKQNVEVLHWWTAGGEAAALDVLKKDLEKKGISWTDMPVAGGGGTEAMTVLRARVTAGNAPTAVQMLGFDIRDWAEQGALGNLDEIANKEGWEKVIPAPLQEFAKYDGHWIAAPVNVHSTNWMWINKAALDKAGGKEPTNWDELIALLDKFKEQGITPIAHGGQPWQDATIFDAVVLSFGTDFYKKAFIDLDPETLGSDTMKQAFDRMTKLRSYVDDNFSGRDWNLASAMVIEGKAGLQFMGDWAKGEFVKAGKKPGEDFVCMRYPGTQGAITFNSDMFAMFKVSEDKVPAQLEMASAIESPTFQSAFNVVKGSAPARTDVPDTDFDACGKKAIADEKEASEKGTMLGSMAHGYANPAAVKNAIYDVVTRQFNGQLSSEDAVKELVSAVEGAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
publication title Crystal Structure of Glucose Transporter Oant_3817 from Ochrobactrum Anthropi, Target EFI-510528
rcsb
source organism Ochrobactrum anthropi
molecule tags Transport protein
total genus 154
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2bA02
2H98A 1RKMA 1LCTA 4FIMA 5I59B 5DVFA 1LB9A 4OHNA 4XXUA 3M8UA 3QIMA 1SBPA 1MXXA 4XKPA 4EQBA 4ZS9A 3KN7A 5CMMA 3T96B 3FXUA 1QUKA 1SVXB 3FJMA 1RYOA 3UIFA 4FATA 1AIVA 5AA2A 4U1OA 4BDQA 2H5YA 2VHAA 1ZLQA 2DSFA 5HM4B 1B05A 4POXA 4PFTA 4OENA 4I62A 1B7ZA 3KGCA 3RT8A 3BBRA 1MG1A 2WKYA 2F7BA 2I49A 3OMBA 1B32A 3MP8A 3LC8A 2DE2A 2Q89A 2Y7RA 2X7PA 1Z7ME 1I6QA 3CSBA 3QUFA 4X1DA 5H8HB 2O7IA 4HW8A 1A55A 5DYHA 3H4ZA 2F36A 3S9EA 4EQ9A 4LUBA 1YAEA 2B65A 4MFIA 1QKBA 3HPIA 2PT1A 3OEKA 1LGBC 3TTKA 2QJEA 4U4XA 5I57A 1P1QA 2QS3A 5I58A 4WKMA 3WAEA 4F29A 4R72A 1UQWA 3SEUA 1S7YA 2A5TA 2IEEA 4I1DA 3I6VA 4OVJA 1A54A 3KOTA 2AL5A 4X9TA 4FEBA 1OQHA 2FNCA 3S4UA 3OEMA 4G8MA 1Y1MA 1VFEA 3KBRA 2OK2A 4FEDA 1FTMA 1AH5A 1NMUA 3W15C 4G77A 4DXBA 2AIXA 2P0SA 2O84X 3MZ1A 3SKPA 1B3HA 4GRKA 5ICTA 4GQOA 3MVZA 1IXHA 2LAOA 1WODA 3MWBA 2XXQA 5M2VA 4TLMB 1ZIUA 3HV1A 1IXIA 3K4UA 2I58A 2ZMBA 2X26A 5I2NB 1N7WA 1ELJA 4KD5A 2DWAA 3K1MA 2Q2CA 4PP0A 3DM0A 1MRPA 1FQFA 3P7IA 4OEVA 2HQ0A 3SEYA 1B3FA 4HS7A 3PUZE 4LONB 1B40A 1NNFA 3KOSA 2F6PA 3M3FA 4RY1A 1MPCA 4YB7A 3KEIA 3LSLA 2PMSA 2PYYA 3TAJA 1ANFA 3VVFA 1MY1A 5I56B 2NUVA 1H3DA 4JSDA 2F35A 1A99A 3LR1A 3CFZA 2R71A 4IO7A 1MY4A 3T9UA 2O68A 1BIYA 4NWDA 4N07A 2UVGA 2YJPA 1I69A 5EHMA 2P2AA 3E13X 4PFYA 4R9GA 3SESA 1I6AA 1FQCA 4JSOA 2D21A 5AE4A 2OZZA 4TOZA 5KDTB 1NH7A 3FJGA 1JETA 2ZYOA 4XTCQ 3E4RA 3G3IA 3H6UA 1M5CA 2XD3A 4KR5A 1B3EA 2W7YA 3L6GA 3OELA 3FD3A 1OLCA 4IY5A 1B5JA 3DP8A 4XKNA 5CBRA 3PV0E 4ZEIA 1PB9A 4OFOA 5JTYA 3U1OA 4E0WA 2VP1A 4RA1A 5CMKA 4OEUA 4EXLA 1ATGA 2QS2A 1PC3A 3GBBA 1HSLA 4H8JA 4YU0A 3LBSA 3IR1A 3IO4A 2REJA 4C1TA 4YB6A 1DPEA 2DVZA 3QSLA 4R2BA 4F39A 1MH4A 2REGA 4OQOA 3K0VA 2DWIA 5TPAA 2RCAA 3Q28A 5H8QA 4I9DA 1JVYA 4G8HA 5AA2D 2Z23A 5EHSA 3SDFA 2P1SA 4H8IA 1DMBA 1QKAA 4GIZA 4G2ZA 1P1UA 4DZ1A 1N0TA 4NF8A 3RQTA 4ND9A 2HAVA 1PB8A 3GLBA 3TTNA 3RNNA 3U72A 2GFEA 2VD3A 3HN0A 4EQ7A 3VLWA 3OD7A 4IB2A 1Y20A 2ABHA 2KLFA 3C33A 4AB6A 2R6GE 2HXWA 2FYIA 2AL4A 3JZJA 3O2AA 1EZ9A 1PB7A 4I8CA 3IL1B 3IX1A 1YTVA 4U21A 2F5XA 2CZLA 5ITPA 2Z8DA 4LQ5A 4EDPA 3VE1B 2V3TA 3PMVA 3KJTA 4P0GA 1POTA 1IXCA 1FCKA 1MDP1 2ONSA 3KFMA 1R9QA 1R9LA 4XKQA 5CC2A 4DXCA 5AA2B 1HSJA 1CB6A 3R7XA 2XXHA 3ECRA 5H8FA 3SETA 3ODBA 2F6GA 1MQHA 4R74A 1Y1ZA 2V3QA 1A8EA 3C36A 5I84A 4AQ4A 3MJNA 3PUVE 4H65A 2GH9A 1H44A 3E3KA 2NXOA 4Z0IA 4RPOA 3LSFB 3FV1A 1SW5A 4R6HA 2DWHA 1MDQA 3K00A 1A40A 4JDFA 4Q8RA 1GGGA 2XX9A 1A7LA 3VVEA 3VV5A 3FGSA 1EU8A 4XKRA 2ZNTA 4H5FA 3DELB 3FV2A 5CMBA 3VFJA 4R6YA 1QUJA 5I57B 4C1UA 5I58B 3S9LC 1US5A 2HZKA 2Q2AA 1D3KA 1B0HA 4GXAA 2B3BA 2A5TB 4FORA 2XXRA 1GR2A 2ZYNA 3TCHA 1EZOA 1B0LA 1B7HA 5CM6A 3C4MA 3TCGA 1VE4A 3ILTB 4WXJA 3IORA 4YMBA 2DP8A 2O51A 4JWXA 4F31B 5DT6A 2HEUA 1MXUA 3EF7A 1VFDA 2UYFA 4LZ7A 4EF2A 1TFDA 3VDFA 1LSTA 2XXUA 3EPEA 4ONYA 3O29A 4MLQA 1FTLA 1OQGA 2F7AA 2HFBA 3C31A 3UN6A 4OTEA 2V93A 1JEVA 3VLVA 1DTGA 1NL5A 5H8NA 1JW4A 3HCQA 1MY2A 2DXRA 2V84A 2I4CA 1LAFE 4GXSB 1MPDA 2OWTA 4YKKA 4HTGA 3G3HA 4QSDA 2Y84A 4BDRA 2F7CA 4GOTA 4G8NA 3CI8A 3O6HA 5ISUA 4GFRA 3BFTA 3PPNA 4Q30B 3IOUA 1IXGA 2DE4A 3FUZA 3UGWA 4EF1A 4R6KA 1IQ7A 5ICQA 4RJZA 1FTKA 3K2DA 1Y3QA 2V3UA 4PFWA 4LVQA 4MLVA 1USYH 4KYSA 2F34A 3OOAA 3U92A 3PPRA 3SERA 4RYAA 3IOVA 1ZU0A 2QL3A 4XIGQ 3H6WA 3G3KA 4RXLA 1P1OA 4DE8A 3HO7A 5EYFA 1MXZA 3IB0A 3V8XB 1M5DA 3PMWA 3OO8A 4WEDA 4OETA 4KYEA 1H76A 4TQUQ 4MF3A 2XXXA 4KHZE 2AYSA 5LOMA 5JTYB 2QPQA 4KYDA 4KI0E 2XX8A 5BWJA 1B5IA 3FXQA 1CE2A 1N04A 5DEXA 4BDNA 1IEJA 4C0RA 3RLFE 1FTJA 3B6WA 2ALUA 4U2RA 4F3PA 3H06B 3H7MA 4NF4A 5I2KA 1JW1A 4IO6A 5TPAB 2H99A 2UVHA 4PETA 3K02A 4IGTA 1WVJA 4ZEFA 1IUDA 3DP6A 1USYE 4GF8A 5H8QB 3MAMA 4OWDA 3KJ7A 4H0WA 3K1NA 4YMAA 4QFPA 3RN8A 2XXYA 1B4HA 4JBZA 4NF8B 2UVJA 2O7UA 3OXNA 4JXIA 2RC9A 4LATA 4G68A 3V89B 3G3JA 3O9PA 3N6UA 1EH3A 5HPQA 2D3IA 3H03A 3CR9A 3MVXA 3FZVA 2DWJA 4FAJA 3N94A 5JEIA 2ONRA 4M1VA 4H1XA 1LAGE 2XHDA 3IB1A 3FVGA 3QUJA 3MP1A 2HCAA 3TMGA 3G3FA 2QS1A 5CMCA 2DVCA 3IK6B 3TTLA 2PVUA 5KCJA 2RF1A 4OERA 3D4GA 3N26A 2QS4A 3E9XA 2HZLA 1QULA 3O28A 4AB5A 1SYHA 1MQJA 1TFAA 4G4PA 1SW1A 1POY1 3IAZA 1DTZA 2UVIA 2XD2A 3PPOA 4KCDA 5AA3A 3G7WA 1BKAA 3QK6A 1LFHA 1ZTYA 1UIUA 2H9BA 2O6AA 3TELA 1MXYA 5H8FB 4F2QA 2B3FA 1MQIA 3PUWE 1QUIA 3KG2A 1D4NA 2Y7PA 4JB7A 1FTOA 1LFIA 4H6DA 4H5GA 4F1UA 2I48A 4F1VA 1GV8A 1MM6A 2ZYMA 3U93A 3FIRA 4U22A 3KN3A 2PX1A 2VD2A 3UP9A 5AA1A 1MXVA 1YPNA 3UORA 3Q29A 3A3UA 1PBPA 3VVDA 3EN3A 1XC1A 2DYXA 1D9VA 2I4BA 1B51A 3RY3A 3MW0A 4RK2A 4EXKA 3PUYE 1DPPA 4ESXA 1BTJA 3AXFA 3TCFA 4ZDMA 1D9YA 5FTIA 2GHBA 4Z7EA 3ZKKA 4FECA 4QRZA 2ANJA 1XT8A 3DLNA 5AA4A 2Y7IA 3SEWA 4GL8A 1I6BA 2E0SA 3QAXA 2ESNA 1S9TA 3IJXB 1MS7A 1MPBA 3KZGA 2QMWA 5L9OA 4H67A 3T22A 4N13A 4NF6A 2Q9TA 3OSQA 3SEVA 2XXTA 3ZSFA 4P0IA 3H3GA 3A09A 3MUQA 4OYVA 3U8QA 2BJJX 3OO7A 2CMOA 4F2OA 4QFOA 5H8NB 2G93A 3RUMA 5L9MA 4K3FA 5IAIA 1URDA 1MXWA 3K1PA 3GZGA 3PU5A 3OO9A 2GHAA 5BUUA 3T66A 3C34A 3F11A 4PQJA 4NEDA 1P1NA 3WAFA 4GWOA 4JWYA 2RC7A 3CIJA 3USDA 3O6IA 3OSRA 4LZ8A 3OENA 1SW2A 1GVCA 4QFKA 1UTHA 4R9FA 3IJOB 4ZZAA 1EZPA 3FXRA 2XXVA 3LSWA 1HSEA 3CFLA 4U23A 1O64A 1FQAA 2OCUA 4MH5A 4BDLA 5B7DA 2V25A 1NNTA 1Q1KA 3O6GA 4X48A 3MPKA 2FA7A 3O66A 5ELVA 5TP9A 3PD9A 2I6EA 5K2YA 3THIA 4R75A 3ZKLA 4YKPA 3N6TA 4QSCA 1JNFA 1AL3A 3L6HA 1M5BA 1AMFA 1O7TA 2UXAA 5IKBA 4U1ZA 4POWA 3LSXA 3QYTA 3MVWA 4KPTA 1OVBA 1IITA 3HHGA 3PPQA 1SW4A 1LLSA 1R6ZA 3M3LA 4L17A 3C9HA 1II5A 5FHMA 3MP6A 3EHTA 3TUSA 1J1NA 4ZZEA 2DE3A 3CG3A 1R1NA 4KFQA 2XXIA 3FJ7A 3EHUA 1B5HA 1TWYA 1B7UA 4PE5B 4OFLA 4NMYA 5DEXB 4ZE9A 3B7DA 1VSOA 1FW0A 3C32A 4ZECA 4ELOA 4NF4B 5I2KB 2OLBA 3UA8A 1IZ1A 2PT2A 5L8DA 5A5XA 4P11A 3PGFA 1ZJLA 3JYRA 3TQWA 1YCJA 4QFNA 4Q5TA 5DVIA 1NNKA 1MM7A 1MH3A 2QSXA 1UTBA 4NF5A 1KWHA 3V83A 1B1HA 3W9WA 4ZEBA 2GRVA 4RPNA 1SYIA 4ELPA 1LCFA 4R73A 3K6WA 3K01A 2O1MA 3K6XA 4IO2A 4F19A 1SQYA 4HCWA 3TYHA 1JW5A 1NNPA 1N76A 3BFUA 1O63A 4G68B 2H25A 4ELQA 4OXVA 1F9BA 1JQFA 3TODA 2O69A 4THIA 2X7QA 1ZMGA 1B2HA 1LAHE 1ZBMA 2THIA 4X1BA 1P99A 4JWOA 5F1QA 4YB5A 5L9SA 3N5LA 5JK4A 1TT1A 2RINA 1OVTA 3IOTA 5KCJB 2DXYA 4IGRA 4DDDA 1TXFA 1B46A 1XVYA 1Y3NA 1H43A 5I59A 3K6VA 3R26A 1PDAA 5F7VA 1SD3A 4HCYA 4YAHX 1OLAA 1Y3PA 1B3GA 4NTLA 3MQ9A 3RT6B 1XHYA 3MBPA 2Y7KA 1IIWA 3S2VA 5K2XA 3CVGA 1SI0A 4QHQA 3IO6A 1M5EA 4LP2B 3O97A 2ZNUA 3MZBA 4LA9A 4IO5A 5J1DA 1LBBA 4WEPA 3MZ9A 4YKJA 5FHNA 3LUYA 3FVNA 4KCCA 1MY0A 4FJPA 1B1XA 1SI1A 3KSJA 3I5OA 3TZAA 3K6UA 3T93B 4QSEA 5B70A 4GL0A 3TTRA 2NOOA 1VR5A 5H8HA 3PUXE 4QF9A 4BDOA 3MVYA 2Z8FA 3W9VA 1FQDA 3EQ1A 3EHSA 1SDXA 2DS9A 4DCXA 3TKDA 1LFGA 4MBPA 3D4CA 1Y9UA 4NWCA 1B52A 3T9XB 4F3SA 3FVOA 3I3VA 4IY6A 4OFJA 2YPNA 3ONMA 3RTFB 3Q27A 1Z7NE 2F97A 5AA4B 1US4A 2Q88A 2A5SA 4OMBA 4BLAA 1Y4CA 2IA4A 2D5WA 1N7XA 2RC8A 3MPLA 1N3XA 4YZZA 4ECFA 3QXMA 1M5FA 4E0XA 4NF6B 3PD8A 1MQGA 4N6PA 5HBCA 1LAXA 4ZE8A 3HHFA 1S50A 2RCBA 1WDNA 3GBAA 3TTMA 4RNSA 3BKIB 1Y4TA 3CG1A 4G68C 1XVXA 2OWSA 4OZ9A 1LB8A 5CBSA 5I2NA 2NWJA 1B58A 2Z22A 4DLDA 1JEUA 3VLUA 1XOCA 1DOTA 3Q25A 3KN8A 3GXAA 1MY3A 3FVKA 1UTHB 3R6UA 3H6VA 1T0KA 2DQVA 4F3BA 4YKIA 2ZYKA 5CI5A 1PEBA 2R9JA 4F3GA 3VXCA 3G3GA 4O3CA 1NKXA 1OMPA 2XXWA 3B6QA 1URSA 5I56A 5CRYA 4DCYA 2NVUB 2QRYA 3RPWA 5KZTA 2M8CA 2Q8JA 1A8FA 4ELRA 4QFLA 3CSGA 2F78A 3CFXA 3TQLA 5TP9B 2I0CA 4RK9A 2YLNA 1P1WA 4U4SA 1FQEA 2I3WA 2VGQA 4ESWA 2UYEA 4ZEDA 2PBWA 5FHOA 2RKMA 5FTHA 4IO3A 3TFLA 1QJMA 1B4ZA 4KQPA 4TLLB 3T9HB 5KDTA 1GTKA 2HAUA 1BP5A 4IO4A 4GVOA 2OJTA 3V5AA 3FASA 4R2FA 2H4IA 4UACA 2XX7A 2ZXTA 4O3AA 3A3CA 3PPPA 5DVJA 4LQ2A 1MQDA 1DSNA 2QMXA 2ZNSA 1PBQA 3VXBA 4Q0CA 4ISUA 4NE4A 4UA8A 4M4GA 3SEXA 2Y7WA 4F18A 4GLIA 3TDJA 1OIBA 1XS5A 3S9MC 1B9JA 3FATA 1UIVA 5A5XB 1QW0A 3CRBA 1L5TA 2OBGA 3IOWA 3TEPA 3Q26A 3H6TA 3KSXA 2ONKE 1N84A 4O3BA 4EUOA 1UTBB 4NF5B 5ITOA 3JV9A 4ZEKA 1ZKBA 1AOVA 1N3WA 3ZS6A 1FQBA 3DP4A 3OO6A 4DIGA 3UK4A 2E1SA 4LZ5A 3RGYA 4YICA 1NFTA 3MC2A 3TPAA 2DOJA 2I0BA 3C35A 4PFUA 3T9VA 3U94A 4BDMA 2VOZA 5TU0A 4FE8A 4OESA 4F22A 1JVXA 3ILUB 1B6HA 1RYXA 4GD5A 3HSTA 2O1LA 5DTBA 3B6TA 4F1YA 1NH8A 5H8SA 2XXPA 4DXUA 2G29A 2Z8EA 1H45A 2F8DA 3M3KA 3S9NC 3RTWB 2I3VA 3IB2A 1BLFA 1URGA 1B3LA 1LBCA 3PMXA 1QVSA 1Q35A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H98A 1RKMA 1LCTA 1KA1A 4FIMA 2GQ1A 5I59B 4NQ8A 5DVFA 1FBDA 1LB9A 4OHNA 4XXUA 3M8UA 3QIMA 5EYHA 1SBPA 1MXXA 4XKPA 4EQBA 4ZS9A 3KN7A 1IMEA 3T0JA 5CMMA 3T96B 3FXUA 4N6KA 5IM2A 1QUKA 1SVXB 3FJMA 1RYOA 3UIFA 4FATA 1AIVA 5AA2A 4U1OA 4BDQA 2H5YA 2VHAA 3E78A 1ZLQA 2DSFA 2XWKA 5HM4B 1B05A 4POXA 4PFTA 1FSAA 4OENA 4I62A 1B7ZA 3FXBA 3KGCA 3RT8A 3BBRA 2CEYA 1MG1A 4JVIA 2WKYA 2F7BA 2I49A 3OMBA 1EYKA 1B32A 4PAIA 3GYYA 3MP8A 3LC8A 2DE2A 2Q89A 2Y7RA 4NAPA 2X7PA 1Z7ME 1I6QA 3CSBA 3QUFA 4X1DA 4GWUA 5H8HB 2O7IA 4HW8A 1A55A 5DYHA 1NV0A 3H4ZA 3B50A 2F36A 3S9EA 1NUWA 4EQ9A 1K9YA 4LUBA 1YAEA 4N17A 2WEFA 2B65A 4MFIA 5ET5A 1QKBA 3HPIA 2PT1A 4N81A 3OEKA 1LGBC 3TTKA 2QJEA 4U4XA 5I57A 1P1QA 2QS3A 5I58A 4WKMA 3WAEA 4F29A 4R72A 1UQWA 3SEUA 1S7YA 2A5TA 2IEEA 4I1DA 3I6VA 4OVJA 1A54A 3KOTA 1YXIA 2AL5A 4X9TA 4FEBA 1OQHA 2FNCA 3S4UA 3OEMA 4G8MA 1Y1MA 1VFEA 3KBRA 2OK2A 4FEDA 1FTMA 1AH5A 4H46A 1NMUA 3W15C 4G77A 4DXBA 1QGXA 2AIXA 1LBXA 2P0SA 2O84X 3MZ1A 3SKPA 1B3HA 4GRKA 1VDWA 4HE1A 2XWOA 5ICTA 4GQOA 2WYPA 3MVZA 1IXHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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