4R2BA

Crystal structure of sugar transporter oant_3817 from ochrobactrum anthropi, target efi-510528, with bound glucose
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MQDKQNVEVLHWWTAGGEAAALDVLKKDLEKKGISWTDMPVAGGGGTEAMTVLRARVTAGNAPTAVQMLGFDIRDWAEQGALGNLDEIANKEGWEKVIPAPLQEFAKYDGHWIAAPVNVHSTNWMWINKAALDKAGGKEPTNWDELIALLDKFKEQGITPIAHGGQPWQDATIFDAVVLSFGTDFYKKAFIDLDPETLGSDTMKQAFDRMTKLRSYVDDNFSGRDWNLASAMVIEGKAGLQFMGDWAKGEFVKAGKKPGEDFVCMRYPGTQGAITFNSDMFAMFKVSEDKVPAQLEMASAIESPTFQSAFNVVKGSAPARTDVPDTDFDACGKKAIADEKEASEKGTMLGSMAHGYANPAAVKNAIYDVVTRQFNGQLSSEDAVKELVSAVEGAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Glucose Transporter Oant_3817 from Ochrobactrum Anthropi, Target EFI-510528
rcsb
source organism Ochrobactrum anthropi
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
total genus 154
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2bA02
1H76A 1NH8A 1LFIA 3RTFB 4OEVA 4OENA 1JW1A 3QSLA 3C34A 2ZYMA 1DMBA 1O64A 2XXUA 1NH7A 3OEKA 3W9VA 3HHGA 2I4BA 3DP8A 4XKRA 1SI0A 3MQ9A 1LAGE 4F39A 2D5WA 3O66A 3H3GA 4FE8A 1B6HA 2RCBA 1II5A 1XHYA 4GF8A 3TAJA 2PMSA 4F31B 3PMWA 1B1XA 5CMKA 1D3KA 5TU0A 3VVEA 2Z8FA 4I9DA 1EH3A 2RINA 3KEIA 3MZ9A 3G3GA 4KYDA 3RT6B 3R7XA 1D9VA 1OLAA 3ECRA 3H7MA 4ONYA 4POXA 4IB2A 5EYFA 3W15C 1Q1KA 4OFLA 4F1UA 4UACA 4H5FA 3HCQA 4PFWA 5IAIA 3GBBA 4GXAA 1LFHA 5ISUA 2Y84A 2KLFA 3K0VA 4NF4B 4YKPA 3K1NA 5ICTA 3IORA 3G7WA 4F18A 3KGCA 4I8CA 1P1UA 1NMUA 5KZTA 1ZLQA 2H98A 1B5HA 3QAXA 5FHMA 1SQYA 2H9BA 4THIA 1OIBA 1M5BA 1MY1A 1ATGA 2NOOA 2QPQA 3PPNA 3TCHA 1NNTA 1IXGA 1P1OA 3PUZE 4NMYA 4EXLA 2I4CA 3IO6A 2QJEA 2DWJA 1A40A 2H99A 2DE4A 3RLFE 1XOCA 5KDTB 5A5XA 1IQ7A 3MP8A 4ZEIA 2XXRA 1GTKA 3QUFA 3VLVA 3U94A 1MXXA 3MPKA 5H8FA 4PFUA 4BDOA 1GV8A 3K6VA 3N94A 3KSXA 4H5GA 2Y7WA 4JSOA 1EZ9A 4JSDA 2F6PA 3DELB 2ONRA 4LUBA 4NWCA 1MQIA 4OQOA 2OBGA 2X7QA 1YPNA 4XXUA 5TP9B 3UA8A 4Q8RA 4GWOA 2ANJA 3FVGA 3MPLA 1VR5A 3EHUA 4FIMA 3WAEA 5I84A 3MVYA 3FXRA 2Q9TA 2VP1A 1MXUA 1LLSA 3MP1A 4KQPA 2QS2A 3MP6A 2UXAA 4OMBA 3RQTA 3MBPA 4YU0A 4XKQA 3TTNA 1NL5A 4OWDA 3QIMA 4LQ5A 3S9MC 1MXVA 4QSCA 3MUQA 1MH4A 3LSFB 3OOAA 2RC9A 2XXIA 3I5OA 5H8FB 3KBRA 3DP4A 1SVXB 4C0RA 3ZKLA 4GFRA 4OFOA 4XTCQ 4QFNA 3TTKA 3M8UA 1Y20A 4KI0E 1M5EA 1H44A 1D9YA 3FZVA 4NF8B 1DOTA 1MRPA 3H03A 2FYIA 3O2AA 3KJTA 4NF5B 3ZKKA 4NTLA 4RK2A 4ELOA 3SESA 4IY6A 2XXYA 1B3GA 2HEUA 1B5JA 3K00A 2I48A 2A5TB 1I69A 2O51A 1TWYA 4TLLB 1WVJA 5DYHA 4F2OA 4M4GA 3TDJA 4RXLA 2DE2A 4ESWA 5ITPA 1US4A 3N6TA 3K6XA 3C32A 3F11A 1I6BA 1B05A 2X26A 3D4GA 2O69A 3KZGA 3MZBA 4PFTA 4AB5A 5DVFA 4F3SA 1RYOA 3PUVE 2THIA 2O7IA 1LBCA 2X7PA 1R9QA 3FD3A 1B32A 3CFZA 3PUXE 4GIZA 1Z7ME 3FGSA 4YB5A 5EHSA 5H8QA 4C1TA 3Q28A 3Q26A 3Q29A 3LBSA 5TPAA 2XHDA 2ALUA 1PBQA 2FNCA 3EQ1A 2F7BA 4NF5A 2RC8A 3E13X 3SEUA 1CB6A 1IXCA 1SD3A 1IUDA 2IA4A 5TPAB 4HCYA 4ZDMA 2P2AA 3ZS6A 2B3BA 2AIXA 3LSXA 1PEBA 1UIVA 5FHNA 4EQ7A 4G2ZA 4M1VA 4XKNA 1LB9A 2REGA 4GOTA 4G8NA 1ZBMA 1AL3A 4OESA 4RPOA 4QFKA 3RNNA 4GRKA 4U4SA 4ELRA 4DLDA 2Z8EA 4IO2A 2HAVA 4GD5A 2W7YA 3M3LA 2NWJA 1NNKA 3S9LC 1LAXA 1TXFA 2XD2A 3BBRA 3O6IA 1VFDA 2B65A 4POWA 1DPPA 1LCTA 2ONKE 2VOZA 5DT6A 5H8HB 3UP9A 3VFJA 3T9UA 4F22A 3PPOA 1FQFA 1MM7A 3JV9A 5M2VA 3VE1B 3LR1A 4ZZEA 2VD3A 1OVTA 1Y3QA 3V8XB 3V83A 2Q89A 5L9OA 1JETA 3KJ7A 3T22A 2H4IA 1Y3NA 3OD7A 4MBPA 4OEUA 1FQDA 4TQUQ 5H8NA 4LZ8A 1P1NA 3QXMA 3CG1A 3VLUA 2DXRA 4G8MA 3UN6A 1QVSA 3U1OA 5CRYA 1JW5A 4I1DA 3TPAA 3OXNA 4Q30B 1OVBA 1P1QA 1YTVA 1A55A 4OTEA 4DE8A 1SDXA 3FJGA 3K4UA 3FASA 2XX8A 4HS7A 1FQEA 3N6UA 4YKKA 2ZXTA 3U93A 4DCYA 4R72A 3V5AA 1J1NA 1AH5A 3K01A 3MAMA 1MXZA 1S7YA 3G3HA 3JYRA 3KN3A 4KPTA 1R9LA 3SERA 1SW2A 1M5FA 4OETA 4HW8A 1N3XA 3OO9A 4QSDA 3Q25A 4FATA 1B51A 4JWOA 4YZZA 4P0IA 4GVOA 1SW4A 4MFIA 1O7TA 4EDPA 3T9XB 5A5XB 1A7LA 1IEJA 1ZMGA 1XVXA 3O6HA 4U21A 3O97A 2QMXA 3KOTA 4N6PA 3S2VA 1YCJA 2H25A 4DIGA 4JBZA 1WDNA 3C35A 2V25A 3TZAA 4X1DA 3FJ7A 1SW1A 4DXUA 5AE4A 3UGWA 2PYYA 3RGYA 3IR1A 4OHNA 4HTGA 2Q2CA 5L8DA 4PQJA 1MQJA 4IO4A 3RY3A 1BKAA 3H6TA 3ILUB 3VXCA 1QUKA 4FECA 2Z23A 5CBSA 2DOJA 4KHZE 3H6VA 4NF4A 1MPCA 4ZE8A 1QUJA 4OVJA 1QKAA 1ZTYA 1Y9UA 3RTWB 2DE3A 3TTRA 1TFAA 2O68A 1JEUA 3TCFA 3IL1B 3FVNA 1DTZA 4OYVA 2E1SA 4F3GA 2Y7RA 4NF6A 2CZLA 4H8IA 4WXJA 5FHOA 4BLAA 5K2XA 5H8NB 3CFXA 3HV1A 3K2DA 1URDA 3FUZA 1BTJA 1BLFA 3K02A 1TT1A 4P11A 2I3VA 2F8DA 2I49A 1Y1MA 2I0CA 5AA1A 1B4ZA 1XT8A 3R26A 4U23A 3OEMA 1PB7A 4LVQA 3T93B 1FQAA 4KCCA 3E3KA 3HN0A 4G68A 2I58A 4PE5B 2REJA 1I6AA 2HAUA 3MVWA 4ZZAA 1AIVA 2V93A 3CFLA 1B52A 2XXTA 5I58B 1MS7A 1RKMA 2GHBA 2ESNA 3H06B 1JNFA 2NVUB 2F97A 3FVOA 4G68B 4QRZA 4U1ZA 1IXIA 2Q8JA 3SEVA 1USYH 3TQWA 3RT8A 2UVGA 3TMGA 1IITA 1B7ZA 3MVZA 3PPRA 2OK2A 4RY1A 2M8CA 3BKIB 2WKYA 3L6GA 5KCJA 1KWHA 1A54A 1MY0A 3T9HB 1HSEA 3QYTA 5F1QA 4AB6A 3VDFA 3FATA 5DEXA 2A5SA 5H8HA 3T66A 1ZKBA 2XX9A 3P7IA 5TP9A 4YKJA 2PT1A 3SKPA 2F78A 3U8QA 4R74A 1PDAA 5AA2A 3FV2A 5I56A 5I58A 3EN3A 4IO7A 4IY5A 4TOZA 3IB1A 1L5TA 1B5IA 3A09A 5AA3A 2XXXA 1LBBA 3FXUA 3LSLA 2ZYNA 4KYSA 4PETA 3SEWA 2F7CA 3VVDA 1A99A 1M5CA 2V84A 4QFLA 1OQGA 4E0XA 3VVFA 3R6UA 4U1OA 1A8EA 2QS1A 4R9FA 1OQHA 4F3PA 3PMVA 5I57A 1XS5A 2UVJA 4E0WA 2XXVA 4BDLA 3O28A 3SEXA 1LB8A 3B6QA 3MW0A 3PUYE 3PD9A 3AXFA 3L6HA 5I56B 3USDA 5I59A 5B70A 3V89B 4JWXA 1MY4A 1ZJLA 2ZYOA 4KD5A 1ZU0A 3OSQA 4ZS9A 4ZEBA 4QFOA 3THIA 3CRBA 4FORA 4OERA 1XVYA 3D4CA 4MF3A 4O3AA 2OJTA 1MPDA 3PD8A 3T9VA 1URGA 2VD2A 2Y7KA 1IIWA 2AYSA 3B7DA 1MH3A 3GXAA 4JDFA 4XKPA 5IKBA 1O63A 3DP6A 3E4RA 4R6YA 3B6TA 4IGTA 3IAZA 3W9WA 4F29A 5AA4B 4K3FA 1LAFE 3OENA 4LATA 4YICA 4DXBA 3PPPA 1FQCA 2GFEA 1Y4CA 2O1MA 3RPWA 2OCUA 2R6GE 4DZ1A 4HCWA 4C1UA 1B0HA 1XC1A 5H8SA 1B3HA 2HFBA 3K6UA 4FAJA 4RNSA 2DS9A 2AL5A 3M3FA 1P99A 3HSTA 5HPQA 4MLVA 4Q5TA 2RKMA 3TKDA 4KR5A 4MH5A 2D3IA 4F2QA 3IJOB 4EF1A 5DEXB 4FJPA 4YB6A 4ZEDA 2GHAA 1YAEA 3JZJA 1B1HA 3GZGA 1DTGA 1GGGA 2NUVA 3K1MA 4DXCA 5BWJA 2ZYKA 4ZE9A 5ICQA 1B7UA 2B3FA 3IOUA 4ND9A 5L9MA 2PBWA 3A3CA 4RYAA 1B9JA 1Y3PA 1LAHE 2HZKA 1ANFA 2V3TA 5F7VA 1FTKA 1IXHA 2Z22A 5DVJA 5JTYB 3UORA 2DWAA 2DXYA 1UTHA 1MXYA 2O1LA 1N0TA 1SI1A 1NFTA 2F6GA 2HQ0A 1D4NA 2R71A 4WKMA 4NEDA 1QW0A 4XIGQ 4ZEFA 2DWIA 4X1BA 1LFGA 3IJXB 4R9GA 4NWDA 5CBRA 2I3WA 5EHMA 1MXWA 1N04A 3IOTA 4O3CA 3IOWA 3MC2A 3U92A 4Q0CA 3UK4A 1DSNA 3G3JA 5I59B 3FVKA 3VV5A 2DVZA 3TODA 2QRYA 5HBCA 1Q35A 1JQFA 2I0BA 1FW0A 1BIYA 2BJJX 2F34A 2IEEA 2R9JA 2XX7A 3GLBA 4NF6B 4X9TA 3TEPA 3IOVA 1MY3A 2OLBA 5AA4A 3ODBA 4EXKA 1UTBB 3MZ1A 4QSEA 1MM6A 4IO3A 2LAOA 4IO5A 3SETA 4F3BA 2RC7A 3RN8A 1FTLA 4QHQA 1TFDA 3TELA 3VXBA 4JWYA 3DLNA 1Z7NE 4QFPA 5CMCA 1B58A 5HM4B 5BUUA 1HSJA 2Q2AA 3OO6A 5I2NA 1WODA 2UYFA 1B40A 1BP5A 1B3LA 4ISUA 1LSTA 2XXWA 4U22A 5K2YA 2DP8A 1I6QA 3PMXA 4OZ9A 1MG1A 3TTMA 2PT2A 4ELQA 1B2HA 3O9PA 3WAFA 2OZZA 4G68C 1OMPA 3KFMA 5AA2D 1AOVA 4DDDA 2V3UA 3KG2A 3KN7A 2F35A 2Z8DA 1QULA 4FEBA 4EQ9A 4EF2A 5CC2A 5ITOA 2XXPA 3I6VA 3OMBA 4H65A 3H6WA 2XXQA 4H67A 4EUOA 2V3QA 3PGFA 3K1PA 3ONMA 2ABHA 2QS3A 4O3BA 4UA8A 1T0KA 3EPEA 3C33A 3M3KA 3BFUA 2VGQA 1A8FA 1ZIUA 4ZEKA 1PB8A 3O29A 2O6AA 4GLIA 4H0WA 3E9XA 5FTIA 4EQBA 4Z0IA 2A5TA 4L17A 4N07A 4BDQA 2RCAA 4LP2B 5JTYA 2Q88A 3EF7A 4JXIA 1UTHB 2Y7PA 1MDQA 1N84A 1NNPA 2YPNA 1H45A 4H1XA 1F9BA 2ZNSA 1MY2A 3OO8A 1US5A 2P1SA 3EHTA 4I62A 4P0GA 3G3IA 1S9TA 1VSOA 5DTBA 4R6HA 1OLCA 1USYE 3OSRA 2VHAA 2UVHA 2DQVA 2ZNTA 4U4XA 5ELVA 2DWHA 2H5YA 2Y7IA 1EZPA 3PUWE 2UVIA 3H6UA 1ELJA 4ESXA 1N76A 3B6WA 4YKIA 3HPIA 3HO7A 1B3FA 5I2KA 4N13A 3MJNA 1B4HA 2GH9A 5CMMA 4RK9A 3TTLA 1LGBC 3S9NC 3S9EA 1MQGA 1SBPA 1JEVA 4WEPA 4YB7A 4H8JA 1FCKA 1SW5A 4GXSB 2YLNA 1GR2A 4G8HA 2QL3A 3DM0A 4G4PA 2QSXA 3TCGA 1MPBA 1SYIA 2ZNUA 3LC8A 1EU8A 3T96B 4F19A 4Z7EA 2HZLA 2QS4A 3CG3A 2GRVA 3HHFA 4IGRA 1URSA 4LONB 2DVCA 3S4UA 3RUMA 4AQ4A 1UQWA 5CMBA 5LOMA 4R2FA 1HSLA 4YAHX 1M5DA 1MQDA 3ILTB 3KN8A 4TLMB 5KDTA 3CI8A 3LSWA 4YMBA 3IB2A 4U2RA 3BFTA 1DPEA 1AMFA 1R6ZA 3Q27A 4LZ7A 1H43A 2DYXA 4OXVA 4ELPA 2F36A 5I57B 3IO4A 1JW4A 1B0LA 4QF9A 2PX1A 3KSJA 2I6EA 3QK6A 3C4MA 3G3KA 1POTA 2E0SA 3K6WA 3ZSFA 3EHSA 5CI5A 1PC3A 5I2NB 1B7HA 4ECFA 5CM6A 3MWBA 1EZOA 4NE4A 4RA1A 3N26A 4BDMA 2O7UA 1Y4TA 2G29A 3C9HA 1FTMA 4G77A 5J1DA 1FQBA 3G3FA 3UIFA 4BDRA 3IX1A 4KFQA 4X48A 3KOSA 1UTBA 3H4ZA 1LCFA 5AA2B 1N7WA 2P0SA 3CSBA 1VE4A 5I2KB 2QMWA 3TQLA 5B7DA 1JVXA 3SDFA 4MLQA 1QKBA 3GBAA 3C31A 3FXQA 3LUYA 3SEYA 3MVXA 1PBPA 4R73A 2UYEA 3FJMA 4WEDA 5FTHA 2DSFA 1PB9A 2FA7A 1QUIA 3A3UA 3CSGA 3I3VA 3OO7A 2F7AA 4IO6A 4R2BA 4YMAA 4R6KA 3CVGA 4PFYA 3FV1A 4R75A 2NXOA 5JK4A 1N7XA 1VFEA 4DCXA 3IB0A 3FIRA 5JEIA 2YJPA 1CE2A 1P1WA 2ONSA 4GL0A 3QUJA 4KCDA 2XXHA 3N5LA 4LA9A 1IZ1A 2OWTA 3PPQA 4FEDA 4OFJA 2HCAA 1Y1ZA 4JB7A 3VLWA 3PV0E 1RYXA 4H6DA 2AL4A 3CIJA 1NKXA 4GQOA 2O84X 4NF8A 2G93A 4LQ2A 5KCJB 1FTJA 3CR9A 2XD3A 3PU5A 4GL8A 3TFLA 4RPNA 1NNFA 4KYEA 5DVIA 4RJZA 2F5XA 3O6GA 1SYHA 1UIUA 1N3WA 1B46A 2CMOA 3C36A 3OELA 1FTOA 4LZ5A 2HXWA 1GVCA 3TUSA 1POY1 1JVYA 2ZMBA 5L9SA 1B3EA 2OWSA 1R1NA 3TYHA 4F1VA 2D21A 2RF1A 3U72A 4F1YA 2PVUA 1MDP1 1S50A 1MQHA 1QJMA 4PP0A 5H8QB 4BDNA 1H3DA 4ZECA 3IK6B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W9VA 3MQ9A 1II5A 2PMSA 3PMWA 1D3KA 2L5VA 2Z8FA 2RINA 4O7MA 3W15C 3ECRA 5ET5A 5ET8A 1NUXA 1LFHA 4GXAA 2P3VA 3G7WA 3KGCA 1P1UA 1B5HA 5FHMA 4NMYA 2QJEA 3RLFE 3MP8A 4ZEIA 3QUFA 1FPGA 1CNQA 4PFUA 4BDOA 3N94A 3KSXA 4H5GA 2F6PA 2XWOA 4LUBA 4N4UA 5EQ7A 1MQIA 2ANJA 3EHUA 4FIMA 3FXRA 2Q9TA 2QS2A 2XWIA 3TTNA 3QIMA 3S9MC 4OFOA 1FPJA 1M5EA 4NF8B 1DOTA 3O2AA 3KJTA 4NTLA 3K00A 5I7IA 2HEUA 2HPGA 2I48A 2A5TB 2O51A 4TLLB 1WVJA 4M4GA 4ESWA 2OWZA 3MZBA 3KZGA 3T9UA 2F3DA 4XEQA 3FGSA 1YXIA 3Q28A 1PBQA 4NF5A 2PFYA 3NOHA 1IUDA 4DI4B 2P2AA 5FHNA 1UIVA 4G8NA 4OESA 4RPOA 4GRKA 2Z8EA 4IO2A 4GBVA 3S9LC 3BBRA 2OX3A 1DPPA 1DK4A 3UP9A 1MM7A 1OVTA 3V8XB 2Q89A 1FTAA 4AS4A 5H8NA 3CG1A 3TPAA 4N15A 3OXNA 4Q30B 1OVBA 1P1QA 1A55A 4DE8A 1SDXA 3K4UA 2XX8A 4HS7A 4GX4A 3MAMA 4KPTA 3KN3A 5I3SA 1R9LA 2ZZXA 4HW8A 4GVOA 4PAFA 1O7TA 4EDPA 1IEJA 4U21A 4N6PA 4DIGA 3C35A 3TZAA 1K9ZA 2F3BA 5FBPA 3UGWA 2WBBA 2Q2CA 1MQJA 4GBWA 1BKAA 3H6TA 4MCOA 1QUKA 1RDXA 4FECA 4ZE8A 2XWKA 1Y9UA 2DE3A 4N8GA 1DTZA 2Y7RA 5FHOA 5H8NB 3HV1A 3FUZA 3K02A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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