1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
3O9PA 3VLWA 2DP8A 3QSLA 3KN8A 1MS7A 3KSJA 3RT6B 1BP5A 2I48A 1HSJA 1SDXA 1MY2A 1Y3PA 3MAMA 1Y9UA 1H44A 5KCJA 5EHMA 4GL8A 4H5FA 2O68A 1D4NA 1B52A 2F7BA 1WVJA 1JQFA 5CRYA 2ZMBA 3G3HA 4JSOA 3KBRA 1Y4CA 4WEDA 1HSLA 4ESXA 1POY1 5FHMA 3U72A 5CMKA 2Q89A 2NVUB 3THIA 2XX7A 2UVJA 1BLFA 2UVGA 4EF1A 3TUSA 4IO6A 4RXLA 3GBBA 4OMBA 1PB8A 2PVUA 3VXBA 3N6TA 3TTMA 2F35A 3GBAA 3EN3A 4X1DA 2XXRA 3FVKA 3OO8A 1LFIA 4FAJA 5I2NA 3KZGA 3O6GA 1N3WA 3CR9A 4KCCA 3CSBA 5A5XA 2XXPA 3A3CA 3UA8A 2QMWA 4LQ2A 4GQOA 3W15C 3CG3A 2ABHA 5HPQA 3T66A 2HAVA 4GXSB 3HCQA 4E0XA 3CI8A 5TU0A 3AXFA 3N5LA 3PUXE 2OZZA 3K6XA 1GR2A 2M8CA 4NE4A 4M1VA 2H25A 4F19A 4DXCA 3SETA 2UXAA 1PBQA 5I59A 1LFHA 5DT6A 4OFJA 2GHAA 2UYEA 2Q8JA 4QFPA 1N04A 1PEBA 4H8IA 3O2AA 1B7HA 3HSTA 2O7UA 3PMWA 4U2RA 1NMUA 2REJA 1B05A 4Z0IA 1DSNA 3IO6A 5CC2A 4YMBA 1QUIA 3S2VA 3LSLA 3VV5A 4BDNA 2I4BA 5I56B 3PGFA 4C0RA 2ZYNA 1B3HA 2UVHA 2X26A 3V8XB 4LP2B 5I58B 2NOOA 1SQYA 1H3DA 5H8FB 1MH3A 3L6HA 4WXJA 4ESWA 3VE1B 1B46A 4LVQA 3FXQA 2AYSA 4ELOA 3S9EA 5AE4A 3FGSA 1UIVA 5ICQA 5LOMA 2GH9A 3FV2A 4FEDA 3EHTA 2HXWA 1B51A 5ISUA 3N94A 1SVXB 3T9HB 4QF9A 3H03A 1XOCA 1OQHA 3GLBA 4ISUA 4JWOA 4LZ8A 1UTHA 3H6TA 1B6HA 1Y1MA 1ZIUA 2QSXA 1ZKBA 3H3GA 3RLFE 3C36A 4EQ9A 4DZ1A 4GFRA 2WKYA 3H4ZA 2XXWA 1MQJA 3T9UA 2FA7A 3RT8A 1DPPA 4NEDA 2NUVA 4C1UA 5FHNA 5AA4B 1XC1A 1MXZA 1H76A 2YLNA 3MVWA 3JZJA 4H5GA 1DTZA 4Q5TA 5H8QB 1TWYA 3FVNA 4QFNA 1B5HA 1AMFA 3VDFA 1B32A 1D3KA 4QSCA 3DP6A 1H45A 5ELVA 4F18A 2RC9A 4MFIA 2NXOA 2O7IA 5JTYB 4E0WA 3T9XB 3BFTA 4LONB 3V89B 3K4UA 4G68C 1FTKA 1B7ZA 1P1NA 1AOVA 4BDRA 2OJTA 3SERA 3QK6A 2O1MA 2F6GA 1SW2A 1D9VA 4O3BA 3K0VA 3IB1A 4XKPA 1B3FA 4ONYA 5AA2B 1DPEA 3PUYE 4MF3A 4IB2A 4P0IA 1B3LA 5I57B 2XXUA 1B3EA 4ZEKA 3SDFA 3GXAA 2O1LA 4OESA 1OVBA 3H06B 2PT2A 4TQUQ 3SEYA 3Q27A 3S4UA 2QS1A 3U8QA 4R9GA 2QS2A 2H98A 2R9JA 1A8EA 1PBPA 1ANFA 2G93A 4DXBA 4R72A 4OFOA 1B5IA 3IR1A 1B58A 1A55A 2OK2A 3KG2A 1MPCA 3BKIB 3HV1A 4XIGQ 2P2AA 5FTHA 3N26A 2ZYKA 4JWXA 1NKXA 4G8NA 2RC8A 5L9MA 5CMMA 1ZU0A 4PP0A 4F3GA 4ND9A 3VVDA 1I6QA 2XXTA 3JV9A 3FVGA 1LAHE 2O69A 1JVXA 4RJZA 1MXYA 4NF5A 2X7PA 1I6AA 3B6WA 2XXQA 4ECFA 3SEUA 3OSQA 1A99A 3IOVA 2HQ0A 3RTWB 3K00A 5HBCA 3K1NA 3K6VA 2DVCA 1NNFA 3P7IA 3E13X 4U1ZA 4G2ZA 4FE8A 3S9LC 3FV1A 3B7DA 2D21A 2QL3A 3KJTA 4TOZA 1DMBA 2ZYMA 2ONRA 2F7CA 1XVXA 4H8JA 4OETA 3MQ9A 2LAOA 2Q9TA 3IK6B 4G4PA 2FYIA 3O29A 1B3GA 3KJ7A 2ZNSA 1IEJA 2B3BA 1I69A 2I4CA 4F3PA 4JXIA 2P0SA 1MXXA 1JVYA 1R6ZA 4LZ5A 1CE2A 1Y3QA 1NNKA 2DYXA 3OELA 3G3IA 4IO4A 3IB0A 5H8NA 3OENA 4BDOA 4BDLA 2DE3A 2HAUA 2Q2CA 2ONKE 1TFDA 2RKMA 3M8UA 1B1HA 4ZEFA 4EQBA 2H9BA 2RINA 2VGQA 2D5WA 3K6WA 4ZECA 1QKBA 2CMOA 3FUZA 4GRKA 1YCJA 2Z8EA 4IO7A 2IEEA 4R6KA 1M5CA 3PPNA 4U22A 3KGCA 3RUMA 4R2FA 4HCWA 1FQCA 1VE4A 1EU8A 1IXCA 1FQAA 2HEUA 1MRPA 1LBBA 3M3KA 4NF4B 2OBGA 1MXVA 4F29A 2DVZA 3HPIA 3KFMA 1LGBC 1SYHA 1RKMA 4LZ7A 3BFUA 4ZEIA 3IORA 2VD3A 2OCUA 4R73A 4NF6B 2O51A 1MDQA 3UN6A 1MQIA 5CMCA 3CRBA 1Y20A 3KEIA 3TYHA 3MZ1A 2RC7A 1R1NA 4GL0A 4U23A 3Q28A 4OEVA 3E9XA 1LCTA 1US5A 2F7AA 5EHSA 1FTJA 3PPOA 3C32A 3U92A 1Z7ME 3C34A 2I3WA 3PUWE 1USYE 4H0WA 1Y3NA 2F34A 4JB7A 1IZ1A 4JWYA 2DXYA 3LSXA 3RTFB 5K2YA 4KQPA 1HSEA 4OWDA 4PFWA 2VD2A 3CFZA 3B6TA 2G29A 1MXUA 3VVFA 4QFOA 1NFTA 5CM6A 4F1UA 3TTLA 2ESNA 5IAIA 4YKKA 2DWIA 1JNFA 4YAHX 3MJNA 1B5JA 3MW0A 5TP9B 1M5FA 1AH5A 2PX1A 3D4CA 4ZZEA 3S9MC 3MZ9A 5L8DA 3TTKA 2QRYA 2DE4A 2I49A 2KLFA 5ICTA 4EQ7A 4NMYA 5FTIA 1Y1ZA 2ZXTA 1TXFA 3M3FA 4U21A 1SW5A 2RF1A 3PD9A 2H99A 4IO5A 3FIRA 5F7VA 5H8HB 3TTNA 4IGRA 1XT8A 3G3GA 3ECRA 4GD5A 2A5SA 2XXYA 4H1XA 3OOAA 5AA2D 3MP8A 2F97A 4OENA 2HZLA 3MVZA 3PPPA 1NL5A 1TFAA 1PC3A 4POWA 4R6HA 4DXUA 3FJGA 3RN8A 3W9WA 2ANJA 1B2HA 2V3QA 2OWSA 4Q30B 5CMBA 3LUYA 1UIUA 4F39A 3H7MA 4QSDA 3I6VA 3DP8A 2PT1A 4KI0E 4KPTA 4GLIA 3K1PA 4PQJA 3C33A 4QFKA 1ZLQA 3CIJA 2F6PA 1MH4A 3JYRA 5I56A 1B9JA 3G3JA 1FTMA 2XHDA 2F78A 3SKPA 4HW8A 5I58A 4LUBA 3T96B 5H8FA 3HHFA 1JETA 3FASA 2I6EA 3G7WA 5HM4B 1N7XA 4ELPA 4X9TA 2DQVA 4MBPA 4ELRA 1LFGA 1FTLA 2XD2A 4BDMA 3USDA 3ONMA 4ZEDA 4F31B 3C4MA 2QJEA 2V3UA 3FJ7A 2VOZA 4YU0A 1LAFE 3U1OA 3SEXA 4LATA 2W7YA 4XKQA 5I2KB 2A5TB 1F9BA 4AB5A 4N13A 2AL4A 3LBSA 1MM6A 1S9TA 3M3LA 5BUUA 4YKJA 1N7WA 3U93A 4O3CA 3DP4A 5L9SA 1PDAA 1URGA 2ALUA 3ZKLA 1EZOA 5JTYA 1JW4A 1MM7A 1PB9A 2DXRA 2QMXA 4GXAA 5DVFA 2HFBA 2RCAA 4EUOA 1B7UA 4I1DA 5CBRA 3OO9A 1B0HA 4NF8A 1URSA 4EF2A 1LAXA 5TPAB 2V93A 1O64A 3KN3A 1DTGA 5AA2A 3ILUB 4P11A 3K01A 2VP1A 1SBPA 3D4GA 5I57A 2HZKA 3TTRA 2Y7PA 4KCDA 3VVEA 1XHYA 1QVSA 1R9QA 3CFLA 4HS7A 1NH7A 4AQ4A 3C9HA 5JK4A 5DEXB 1MQDA 2OWTA 1MDP1 1IIWA 4G68B 1GTKA 1J1NA 3RQTA 2Z22A 3O28A 4TLMB 1AIVA 4YICA 4U1OA 4RPNA 1UQWA 3LSWA 4GWOA 3TCGA 2O84X 4MLVA 1QUJA 4KD5A 3IOWA 1LB8A 4K3FA 1Q35A 2Y7RA 1VSOA 4I62A 3G3KA 4IY6A 5F1QA 1JEUA 2YJPA 4Q8RA 5FHOA 4EDPA 1NNPA 3MVXA 3OD7A 3UIFA 3UK4A 3ODBA 4YZZA 3E4RA 4R74A 3TCHA 2Q2AA 1IUDA 1JEVA 4ZE9A 1EZPA 4MH5A 1RYXA 1MPDA 1WDNA 4RA1A 3I5OA 4X1BA 2ZYOA 4DCYA 1QW0A 3PU5A 2AIXA 3OEMA 3VLVA 4RK9A 1CB6A 1N3XA 1ATGA 3B6QA 1UTBA 3G3FA 2I0BA 3TDJA 1FQBA 1IXHA 5DVJA 1A7LA 4NTLA 5DVIA 5B70A 1SYIA 2D3IA 3TELA 4PFYA 5KDTB 2F36A 3T22A 2E1SA 1L5TA 1YAEA 4NWDA 3SEWA 1ZJLA 1FCKA 1H43A 4IGTA 4OXVA 2B3FA 3KN7A 3TQLA 3Q25A 4F1VA 3WAEA 3QAXA 1JW5A 3TAJA 2Z23A 2Q88A 3K6UA 1ELJA 2UYFA 1GV8A 2O6AA 4FJPA 5AA1A 1QKAA 4R6YA 4HTGA 1PB7A 2DS9A 3KOSA 4F2QA 4DIGA 4O3AA 3V5AA 4PETA 2PYYA 4U4XA 4XKNA 3OO7A 4FORA 5ITOA 4NF4A 3CSGA 3VFJA 5EYFA 4OERA 5I84A 1LAGE 5KCJB 1DOTA 3CG1A 1VFDA 1P99A 1II5A 3MZBA 1MXWA 3PMVA 5K2XA 2P1SA 4NF6A 1BKAA 4Z7EA 3DM0A 2ZNTA 3FVOA 2QS4A 2E0SA 3HN0A 4XTCQ 3C31A 4M4GA 1LB9A 4GVOA 2X7QA 1MQGA 3Q26A 2I3VA 1LLSA 1SW4A 1QULA 4THIA 4OZ9A 1M5DA 3ZSFA 3MC2A 3UP9A 1ZTYA 4ELQA 1Q1KA 4IO3A 4N07A 5DYHA 1N76A 1Z7NE 3QXMA 4POXA 4EXLA 4JDFA 5I2NB 4GIZA 2DWHA 3O97A 3IL1B 5A5XB 1YTVA 3WAFA 3IB2A 5CI5A 1B4HA 1LSTA 5J1DA 1NNTA 1SI1A 4PFTA 5TP9A 2Y7WA 1OLAA 4HCYA 3EF7A 1MQHA 2XX8A 1FW0A 1FQFA 3TEPA 3U94A 2THIA 1IQ7A 1ZMGA 3DELB 4QRZA 1SI0A 3IJXB 4XKRA 4WEPA 5I59B 1FQDA 4NWCA 4P0GA 2BJJX 5H8HA 3EHSA 5AA3A 3L6GA 2AL5A 2XXXA 2FNCA 2UVIA 5DTBA 4FECA 2DSFA 3C35A 4KYSA 3T93B 4QHQA 4ZS9A 4KYEA 4Q0CA 1EZ9A 3IO4A 2CZLA 4ZZAA 3FXRA 3VXCA 4PE5B 4X48A 3E3KA 2Y7KA 2ONSA 2GFEA 1SW1A 1M5EA 4H6DA 3VLUA 3LSFB 4U4SA 3MUQA 2HCAA 4RNSA 3ILTB 2PBWA 2XXVA 1O7TA 1A54A 1P1UA 4YB6A 3OO6A 3TPAA 4I8CA 3S9NC 1QUKA 4I9DA 3I3VA 4GOTA 3H6UA 3O6HA 3QUFA 3O66A 2GHBA 3IOTA 2F8DA 3T9VA 1UTHB 1YPNA 3FXUA 3K2DA 4F2OA 1OLCA 1TT1A 4RK2A 1VFEA 3TODA 4KR5A 1IXGA 1XS5A 3A3UA 3HO7A 5CBSA 4FIMA 5L9OA 2XD3A 4ZE8A 3TMGA 4H67A 4ZEBA 3KSXA 4OTEA 1QJMA 3RY3A 1B4ZA 5B7DA 4DDDA 2QPQA 3CVGA 3QIMA 4DCXA 5JEIA 2Y7IA 2XXHA 2I58A 3UORA 3Q29A 5AA4A 4YB7A 1XVYA 5I2KA 3OXNA 2A5TA 5H8QA 3K1MA 4LA9A 1POTA 4IO2A 3FZVA 3O6IA 2V3TA 4BDQA 1SD3A 3OSRA 4XXUA 3KOTA 3RGYA 2GRVA 2VHAA 3EQ1A 1JW1A 1LBCA 2YPNA 4KHZE 1NH8A 1N84A 4BLAA 4NF8B 5KZTA 4OEUA 3GZGA 4YKIA 2F5XA 5M2VA 4RYAA 2QS3A 4OVJA 4EXKA 4YB5A 1AL3A 2H5YA 4UACA 1EH3A 3MBPA 3W9VA 1MPBA 5TPAA 3CFXA 3UGWA 3QUJA 4AB6A 4OQOA 3N6UA 1USYH 2XXIA 4C1TA 1URDA 4QFLA 2DWAA 1B1XA 1BTJA 5H8SA 1OMPA 1B0LA 4RY1A 4L17A 2B65A 3PMXA 1VR5A 2DWJA 1OQGA 3V83A 3ZS6A 1GGGA 5DEXA 3HHGA 4G68A 3TKDA 3TQWA 3OEKA 3MP6A 4DLDA 3PUVE 4NF5B 2Z8DA 1N0TA 3R6UA 1P1QA 4N6PA 1FTOA 3SESA 3IOUA 4G8HA 3TCFA 3IX1A 1MY4A 1P1WA 4KYDA 4OYVA 4JSDA 1KWHA 3OMBA 3DLNA 1B40A 5ITPA 1MY1A 4GF8A 3K02A 3LC8A 2RCBA 3FD3A 1M5BA 3PPQA 2V25A 2I0CA 1WODA 1US4A 1ZBMA 2V84A 3EPEA 1IITA 4WKMA 4OHNA 1D9YA 3H6WA 1R9LA 4PFUA 1O63A 1MY3A 3FJMA 2REGA 1BIYA 4RPOA 4IY5A 3TFLA 3FATA 4FATA 3F11A 2NWJA 3LR1A 2IA4A 4G77A 2R6GE 1S7YA 1UTBB 4G8MA 3R26A 2ZNUA 4LQ5A 2XX9A 3MVYA 1Y4TA 3PPRA 3QYTA 1RYOA 2DE2A 4YMAA 4R2BA 1S50A 4DE8A 4TLLB 1A40A 4R75A 4YKPA 1IXIA 3IJOB 3MWBA 3RNNA 3PUZE 5H8NB 1P1OA 3RPWA 2PMSA 3A09A 3R7XA 3TZAA 4F22A 3BBRA 2Z8FA 4R9FA 1MY0A 4ZDMA 1OIBA 1FQEA 1I6BA 5KDTA 4OFLA 3H6VA 3SEVA 4F3SA 3PD8A 5IKBA 4QSEA 4H65A 2R71A 1A8FA 4JBZA 5BWJA 3IAZA 1LCFA 4UA8A 1MG1A 4MLQA 3EHUA 2OLBA 3MP1A 2H4IA 1GVCA 4FEBA 4F3BA 3MPKA 1T0KA 4KFQA 4F1YA 2DOJA 2Y84A 1OVTA 3MPLA 3PV0E 3ZKKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPBA 3O9PA 3VLWA 2DP8A 3QSLA 3KN8A 1MS7A 3KSJA 3RT6B 1BP5A 4LN5A 2I48A 3CHGA 1HSJA 1SDXA 1MY2A 1Y3PA 3MAMA 1Y9UA 1LBXA 4PE3A 1H44A 5KCJA 5EHMA 4GL8A 1FSAA 4H5FA 2O68A 1DK4A 1D9QA 5EQ7A 1D4NA 1FBHA 1B52A 2F7BA 1WVJA 4PGPA 1JQFA 4N8GA 5CRYA 2ZMBA 1FBCA 4I40A 3G3HA 4O94A 4JSOA 3KBRA 1Y4CA 4WEDA 1HSLA 4ESXA 1POY1 4NX1A 2B4LA 5FHMA 3U72A 5CMKA 2Q89A 2NVUB 3THIA 2XX7A 2UVJA 1BLFA 2UVGA 4EF1A 3TUSA 1XI6A 4IO6A 4RXLA 3GBBA 4OMBA 1PB8A 2PVUA 3VXBA 3N6TA 3TTMA 4GWXA 2F35A 3GBAA 3EN3A 4X1DA 2XXRA 3FVKA 3OO8A 1LFIA 4FAJA 5I2NA 3KZGA 3O6GA 1N3WA 3CR9A 4KCCA 3CSBA 5A5XA 2P3VA 2XXPA 3A3CA 3UA8A 2QMWA 4LQ2A 4GQOA 1NV3A 3W15C 3CG3A 4GX6A 2ABHA 5HPQA 3T66A 2HAVA 4GXSB 3HCQA 4E0XA 5IZ3B 3CI8A 5TU0A 3AXFA 3N5LA 3PUXE 2OZZA 3K6XA 1GR2A 2M8CA 4NE4A 4M1VA 2FIEA 2H25A 4F19A 3T1BA 4DXCA 1NV7A 3SETA 2UXAA 2QVVA 1PBQA 5I59A 1LFHA 5DT6A 4OFJA 2GHAA 2UYEA 5I7IA 2Q8JA 4QFPA 3GYYA 2FIXA 1N04A 1INPA 1PEBA 4H8IA 3O2AA 1B7HA 3HSTA 2O7UA 3PMWA 4U2RA 1NMUA 2REJA 1B05A 4Z0IA 1FPLA 1DSNA 3IO6A 5CC2A 4P1EA 4YMBA 1QUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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