1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Iron transport
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
1ZTYA 1SVXB 1IXGA 3W9VA 4I8CA 4TOZA 2PMSA 2UXAA 2RCAA 2D3IA 2AL5A 5AA2B 1FQFA 4HCWA 1H45A 4JWXA 5DYHA 1LBBA 4NWDA 1OLAA 3G3KA 5FHMA 2XXUA 4RXLA 2QL3A 3VV5A 3PD9A 4YKPA 2F78A 1B3GA 1XS5A 3IAZA 4LZ7A 3KFMA 2F35A 4YKKA 2O68A 1ZKBA 2Z8FA 3TFLA 2I58A 3CG3A 2X7QA 4LZ8A 3TTLA 3K0VA 2DOJA 1MY0A 3FATA 4RPOA 5I2NB 2RF1A 3QIMA 3KGCA 1YCJA 5H8HA 3IOTA 2F7BA 5A5XA 3BBRA 3CI8A 4BDQA 4XXUA 1XVYA 1MQIA 2DXYA 2A5TB 2WKYA 4G77A 3G3HA 2DWJA 1QULA 5H8QB 1MDP1 4TLMB 4AB5A 2UVJA 4FEDA 1MXVA 2RC8A 1ZBMA 3MZ1A 2H98A 1NNPA 1ANFA 1FQEA 3MP6A 3U93A 2ZNSA 4C0RA 4IB2A 3MPKA 5K2XA 1SW2A 3H6UA 5FHOA 2G29A 3MVXA 3TTKA 5AA1A 4LA9A 1A99A 4U4SA 3T9VA 4ESXA 1MXZA 3UGWA 2XX9A 1EZ9A 4Z7EA 3C36A 4PFUA 2QS1A 1AOVA 3CSBA 4NF6B 4RK2A 1Z7ME 3OMBA 5DT6A 4YKJA 1UTHA 2G93A 4Z0IA 2QS3A 3M3LA 1BP5A 5BWJA 2F5XA 5DEXA 3D4GA 1MDQA 1JW1A 3SEVA 3EHTA 5K2YA 3TCGA 4O3BA 2O1LA 5TPAB 1Z7NE 3B6QA 3FGSA 4M4GA 2REJA 1A55A 4I62A 4UA8A 1DPPA 1XHYA 3VE1B 3S9LC 5KDTB 1I6QA 4LUBA 3T66A 1SW4A 3TTNA 1TFAA 4WEPA 1EH3A 3RY3A 4YB7A 1N7WA 1B32A 1B6HA 3KSJA 4YB6A 3FV1A 2Y7WA 1EZPA 4PP0A 4OQOA 3OENA 3LC8A 2OWSA 1SI0A 4IO7A 1B0LA 1FQDA 4PFTA 4ECFA 2I3WA 1NNTA 3CRBA 3Q25A 3GBAA 3HHGA 4IO4A 3PMVA 3QUJA 3N26A 3K02A 3QK6A 4N6PA 5TU0A 3H06B 1XOCA 4QFLA 4ZEIA 3MUQA 1I69A 4TQUQ 4MLVA 1IXHA 3HHFA 1XVXA 3SEWA 1M5EA 1B7ZA 1B3EA 3R26A 1PC3A 4P11A 1BLFA 2QMXA 5CMMA 4H65A 5AA2D 4H8IA 3DP4A 3OO6A 2REGA 4R2BA 4GXAA 4XKRA 4XTCQ 1H3DA 3UP9A 2HAVA 3FD3A 4DXCA 3OOAA 1JW4A 4EF1A 5JEIA 1Y3QA 3OO9A 3C35A 2LAOA 1LCFA 1IXIA 2RINA 2XXIA 3MPLA 3T9HB 2Z23A 1A8EA 2H4IA 5I57B 1TFDA 3HV1A 1UIUA 2XX7A 5H8NA 1PB7A 1IZ1A 5EYFA 1LSTA 2B3FA 3PGFA 2XXRA 1N3XA 1MH4A 5KCJA 4RY1A 4F3GA 3PUXE 2NWJA 2Q2AA 2PX1A 1CE2A 2UYEA 2HQ0A 5CMBA 2DE2A 2PVUA 3C34A 4ELOA 4MBPA 1P1NA 3KOSA 2HXWA 1QVSA 2UVGA 3DP6A 1URGA 2V84A 3RGYA 5LOMA 3PPOA 1RYXA 2THIA 4KCCA 2H99A 2YJPA 3M8UA 1URDA 1I6AA 2O6AA 3GXAA 3U72A 3K00A 4P0GA 5I59A 3KN3A 4AQ4A 2DXRA 2R6GE 2GHAA 3KN7A 3H03A 4NF4B 3LSLA 2QSXA 3F11A 3RT8A 5J1DA 4NF8B 4F2OA 4NMYA 3THIA 4U2RA 4THIA 4PQJA 1OVTA 3EF7A 1FTJA 4XKNA 3QXMA 3ONMA 1NKXA 2DQVA 2YPNA 4DIGA 3VXCA 1QKBA 3G7WA 1B51A 1IEJA 1VR5A 2XXPA 1FTKA 2AYSA 4GFRA 2R9JA 1JEVA 3HN0A 2VGQA 2BJJX 1EZOA 5HBCA 2F34A 2OBGA 3OEMA 3FJMA 4OEVA 3TEPA 3GZGA 4ZZAA 3PV0E 5I58B 5I56A 4R74A 1BIYA 3WAEA 3PD8A 3I5OA 1OQGA 3K6XA 3G3JA 3RN8A 3T9XB 3GBBA 3MJNA 3TPAA 2F36A 1A8FA 4BDOA 3ZKKA 2OLBA 4F22A 1J1NA 2XXTA 3R6UA 4ND9A 3KJ7A 3TODA 4GD5A 3VLUA 3FVOA 3CR9A 1ATGA 4LVQA 3M3KA 1NFTA 1US4A 3OD7A 4AB6A 3O6GA 5ICQA 3TTRA 1VFEA 3O97A 2XXWA 2I4BA 1WVJA 4JB7A 3FXRA 4R9FA 3MVZA 4RYAA 3E13X 4IO3A 2QS2A 3PUYE 5H8HB 3K4UA 3RTFB 3GLBA 4L17A 2RC9A 2P0SA 1RYOA 5A5XB 3E4RA 3UIFA 1JVXA 3VLWA 1P1WA 3JZJA 3CFZA 4R9GA 2NVUB 4FEBA 3S9MC 1B3FA 3MW0A 4BLAA 3IO6A 1MQHA 4KQPA 4DE8A 3CFXA 5KZTA 2O84X 1LAXA 3VVDA 3OELA 3MP1A 1B1HA 1LAGE 2DVCA 1OLCA 3K1NA 1SYHA 2GFEA 4H5GA 2X7PA 2D5WA 2E1SA 5HM4B 1FQAA 4I9DA 4PE5B 1PBPA 4GVOA 4YICA 4OEUA 1XT8A 4F19A 3PUZE 1LCTA 3IB0A 4EXKA 3KZGA 1Q1KA 3HO7A 1UTHB 1A54A 1HSEA 3AXFA 4JWOA 1SYIA 1B5JA 4Q30B 5JTYB 5DEXB 4ELPA 1GR2A 3KOTA 2QMWA 5B70A 5TP9A 4GWOA 1B05A 4N07A 4YMAA 4OESA 4F39A 2Q89A 1AMFA 5H8FA 3SEUA 2XX8A 3C9HA 2V25A 2V3TA 1SW5A 1USYE 4R6HA 1IIWA 3IO4A 1DTGA 3IB2A 3P7IA 3LSFB 2V93A 2ESNA 3H3GA 4JXIA 4GXSB 4H5FA 1SD3A 5AA4A 2F7AA 1OQHA 4Q5TA 1ZMGA 5M2VA 3FXUA 4YB5A 3V89B 4DCXA 3UA8A 1XC1A 4GF8A 3LSWA 1SW1A 1B0HA 4QFKA 1R6ZA 2QRYA 3IOUA 5F1QA 4KD5A 3IJOB 3SKPA 3U92A 1FTMA 2ABHA 5CBRA 4UACA 5AA2A 5DVFA 1ZU0A 3HPIA 4QFNA 4DCYA 3VXBA 5CMKA 1ZJLA 1B4HA 5IKBA 3VDFA 3G3IA 1Y1MA 1O63A 2Z8EA 1JNFA 3C4MA 5I2KA 3D4CA 4YU0A 2VD3A 4O3AA 4LP2B 1MY2A 4RK9A 3EQ1A 3C32A 4OFLA 3I3VA 1MY4A 3MAMA 4EXLA 3FVNA 4POXA 5H8NB 3N6UA 2XHDA 3PUVE 1B46A 1IITA 4ELRA 4NWCA 2XD3A 1LLSA 4Q0CA 5ISUA 4KCDA 3VFJA 5L9SA 3S2VA 2DE3A 4RNSA 4ZEBA 3QSLA 4FECA 5L8DA 1LAFE 3FJ7A 5AA3A 2R71A 3O6HA 2A5TA 4JSDA 4XIGQ 2F8DA 3FVKA 2NOOA 2F7CA 3SEXA 3BFTA 4E0XA 4JBZA 4FATA 5IAIA 2VP1A 1BTJA 4IO5A 4KYEA 4PFWA 1Y4TA 5I59B 3MVWA 2HEUA 4QSEA 4OFOA 2UYFA 1MXUA 5ITOA 4KI0E 3CG1A 4BDNA 1R9QA 2IEEA 3C31A 3L6HA 2ZMBA 4EF2A 1M5CA 4H8JA 2GHBA 3CVGA 2H25A 1MPDA 2Z22A 4G68A 2RKMA 3DM0A 4EUOA 4F1VA 2UVIA 4GRKA 2VOZA 1OVBA 1TWYA 4YMBA 1L5TA 3HCQA 3KBRA 3OSRA 4ZEKA 1H76A 1AL3A 1IQ7A 4NTLA 2OCUA 2ONSA 4POWA 4IO2A 1Q35A 1SDXA 3DLNA 2QPQA 3E9XA 5I56B 1P1QA 4ELQA 3B7DA 3K6VA 4WXJA 1JQFA 2M8CA 5AE4A 3N5LA 5DVIA 4KR5A 3QUFA 1PB8A 1VSOA 4FIMA 3OXNA 4U21A 1YPNA 1HSLA 1DTZA 1MM6A 1NH8A 3OO7A 1MG1A 1GVCA 3KG2A 4BDLA 3QYTA 1MQJA 2NUVA 1DOTA 3H7MA 1UTBA 2FYIA 1FCKA 3K2DA 1B7HA 4IGRA 1RKMA 3N6TA 4JWYA 1IUDA 3EPEA 4F2QA 3U8QA 3LR1A 4QFOA 3U94A 4JSOA 2D21A 5CMCA 3WAFA 1B5HA 2DVZA 2KLFA 2Q2CA 1FQCA 5FTIA 4ONYA 2I3VA 2Y7PA 1R1NA 2QJEA 3K6WA 3TZAA 2OK2A 3CFLA 4ISUA 4U1ZA 3FXQA 1DMBA 1LBCA 5CM6A 3U1OA 4ZEDA 2Q9TA 2ZYKA 4LZ5A 1YAEA 3IK6B 4HW8A 1MPBA 2VD2A 4X1BA 3CSGA 4FAJA 3VVEA 1Y3NA 3PPNA 1LFIA 1JVYA 4EDPA 2V3QA 4H1XA 3O2AA 3B6TA 4QSCA 4GL0A 1DPEA 3OEKA 3L6GA 1MXXA 2ZYOA 2ANJA 1KWHA 3OO8A 4LQ2A 2ZNUA 2Z8DA 2F97A 3MZBA 3UN6A 1B1XA 1FTOA 4YZZA 4WEDA 4P0IA 2XXXA 3W9WA 1Y20A 4U23A 1MQDA 4DXUA 3LUYA 1WDNA 2FA7A 4NF4A 1OMPA 1B3LA 2PYYA 3OSQA 2XXHA 3S9NC 4OXVA 1URSA 5H8FB 4GLIA 4IO6A 4QHQA 1JEUA 1NNKA 2OJTA 3FASA 3RQTA 5CI5A 1QJMA 1A7LA 4XKQA 4Q8RA 4OYVA 4EQ7A 3TTMA 3IR1A 3H6TA 1ZLQA 1NH7A 1N76A 4FORA 4FJPA 2B3BA 3RPWA 1LAHE 4OVJA 2CZLA 1VE4A 3Q26A 5AA4B 1TT1A 3TELA 1MRPA 2E0SA 3H6VA 1ELJA 4G8HA 1P99A 1CB6A 4LONB 3S4UA 4HCYA 5FHNA 1I6BA 4IGTA 1VFDA 5I58A 1PEBA 1FW0A 1QW0A 2HZKA 3R7XA 3SEYA 1B58A 2XD2A 3G3FA 1II5A 3N94A 4H0WA 1O64A 3Q29A 1SBPA 5FTHA 1Y1ZA 1H43A 5I2KB 4R72A 1D9VA 1PDAA 1US5A 2I6EA 3O9PA 2ZYNA 3ILUB 2DSFA 4OTEA 3IORA 3BFUA 4JDFA 1IXCA 1NMUA 3TDJA 3KJTA 3Q27A 5BUUA 3SERA 3ZSFA 3UK4A 4MFIA 4F3SA 2OWTA 3UORA 4F1YA 3TCFA 4X9TA 1NNFA 4WKMA 3PMWA 4R6YA 3ODBA 2Q88A 4OETA 3A3UA 3IOWA 1USYH 4ZECA 3USDA 3RTWB 1M5BA 1S7YA 1LB9A 2H9BA 4K3FA 2PT2A 3IOVA 2FNCA 3JV9A 4NF5A 3IL1B 3VVFA 1Y9UA 2XXQA 1LB8A 3LBSA 2O51A 2DWIA 1R9LA 1B2HA 2W7YA 3BKIB 3V5AA 4NE4A 4MH5A 1F9BA 4N13A 1POTA 2P1SA 4LATA 4EQ9A 4R2FA 5CRYA 2F6GA 1UIVA 1LGBC 3DP8A 3TUSA 2AL4A 4OERA 1BKAA 1QUJA 4OFJA 3FVGA 1MXYA 5ELVA 4M1VA 1MPCA 3S9EA 3I6VA 3RUMA 3O6IA 3FV2A 4DDDA 4G68B 4YKIA 3FZVA 1POY1 5JTYA 5DVJA 4BDRA 2Y7RA 1MS7A 1MXWA 3E3KA 3V8XB 4PETA 1DSNA 1D9YA 4QF9A 4GIZA 4DLDA 5I2NA 5L9OA 5JK4A 3PUWE 2DYXA 2X26A 2UVHA 5KCJB 5F7VA 4H67A 3MBPA 4RPNA 2DWAA 4ESWA 2I0CA 3B6WA 3FIRA 1N3WA 3M3FA 3SETA 1S50A 5H8QA 4G2ZA 2HAUA 1FTLA 2HFBA 3JYRA 2DWHA 3TQLA 4G8NA 4KPTA 2RCBA 3T9UA 4ZEFA 3TKDA 5L9MA 4E0WA 3V83A 4OMBA 4GOTA 4DZ1A 1N04A 1N7XA 1B4ZA 2ONKE 2QS4A 2I0BA 4FE8A 1UTBB 1M5DA 1EU8A 4U4XA 3PPPA 1HSJA 1PBQA 3DELB 1B52A 1GV8A 1B9JA 1SI1A 1B40A 4H6DA 3MZ9A 4NF6A 3O66A 4QRZA 1D3KA 2AIXA 1D4NA 4R6KA 4R73A 3C33A 3RNNA 5TPAA 3T96B 2O1MA 2P2AA 4GQOA 3A3CA 3TYHA 3KEIA 2GH9A 3ECRA 4G8MA 1M5FA 1OIBA 2Y84A 4ZZEA 4QFPA 1LFGA 4PFYA 4ZS9A 5KDTA 4MLQA 3MQ9A 1AH5A 2PT1A 3MC2A 5B7DA 2CMOA 3FUZA 4G68C 1H44A 3ZKLA 2O7UA 1N0TA 4XKPA 3IX1A 2HZLA 2GRVA 5I84A 2VHAA 4YAHX 4EQBA 3KN8A 3PMXA 2ZYMA 4F1UA 1P1OA 2F6PA 1JETA 2A5SA 1NL5A 4OENA 4LQ5A 2IA4A 5EHSA 4TLLB 1TXFA 2PBWA 2O69A 3LSXA 3TAJA 3ZS6A 1FQBA 1B3HA 4ZE9A 3G3GA 3MP8A 4X48A 1B5IA 4F31B 1N84A 3K6UA 3T22A 1B7UA 5CC2A 4KYDA 2ZXTA 4C1UA 3HSTA 2Q8JA 1WODA 4R75A 1Y3PA 3CIJA 3K01A 1QUKA 1Y4CA 3VLVA 3H6WA 5I57A 2OZZA 3K1MA 1PB9A 3H4ZA 4DXBA 2V3UA 2ZNTA 3EN3A 1GGGA 4ZDMA 1JW5A 3A09A 2DS9A 1MH3A 1S9TA 4C1TA 2HCAA 5CBSA 4F29A 4OWDA 4F3BA 4F3PA 4O3CA 1MQGA 3MWBA 4OZ9A 4RJZA 4I1DA 4KFQA 5DTBA 3SDFA 4BDMA 1UQWA 3EHUA 2Y7KA 4HS7A 2XXVA 2RC7A 4ZE8A 3K1PA 4F18A 3EHSA 2Y7IA 2XXYA 3TCHA 4IY6A 2O7IA 2I4CA 4X1DA 4NEDA 3IJXB 3O28A 4KHZE 3RT6B 3RLFE 1GTKA 2B65A 2ONRA 3PPQA 2ALUA 3QAXA 5HPQA 4QSDA 5TP9B 4U1OA 1MY3A 3MVYA 1SQYA 3W15C 4NF8A 1AIVA 3FJGA 1P1UA 2I49A 4U22A 3KSXA 3O29A 3IB1A 3SESA 1A40A 4IY5A 4MF3A 5H8SA 1O7TA 4HTGA 1LFHA 1ZIUA 2I48A 1YTVA 2DP8A 4GL8A 2NXOA 5ICTA 3Q28A 4G4PA 2H5YA 3PU5A 1QUIA 1MY1A 3TMGA 3T93B 4NF5B 2DE4A 1T0KA 4RA1A 4OHNA 5ITPA 2YLNA 5EHMA 3ILTB 3TQWA 3PPRA 1QKAA 1MM7A 4KYSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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