1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
5J1DA 1LAXA 4MLVA 3TELA 1UTBA 5CBSA 1SW5A 3ECRA 3T66A 2UYEA 1MQIA 3S9MC 2B3FA 4H0WA 4GIZA 2LAOA 2FNCA 1NNKA 1B2HA 2F7BA 2UXAA 2O6AA 2Q89A 1MXVA 2FYIA 4O3CA 1N0TA 4Q8RA 1RYOA 1MY0A 2QS3A 2Z8FA 3D4GA 3LSWA 1XHYA 3B6QA 3IORA 4NF4B 1NMUA 2ALUA 3FUZA 3IL1B 5ITPA 4ZEFA 1YTVA 3TQLA 4F2QA 3OO7A 5F1QA 4PFUA 4ZZAA 4FORA 4DCXA 4I9DA 4ZEBA 1B5HA 4JWXA 3BFUA 1PDAA 3ZSFA 1BKAA 3CI8A 1GTKA 2O51A 4YMAA 4GWOA 3FASA 4R6KA 2OJTA 1BLFA 1QUJA 3K4UA 1B0HA 4AB6A 4FECA 3U72A 3TZAA 1S50A 5DVJA 3MJNA 4OTEA 1B7HA 3AXFA 4X9TA 4GRKA 4O3BA 3RGYA 4BDOA 4AB5A 2DQVA 2THIA 1VR5A 1FTKA 3USDA 4JXIA 1XT8A 4H65A 4OEUA 1A8EA 3O6IA 5I84A 4YZZA 1SBPA 4PFYA 3IJOB 3CSGA 5KDTA 3KSXA 4QFLA 3TTRA 2I58A 3FVGA 3VLWA 2Y7RA 4XKRA 3H3GA 1DMBA 1EU8A 3TPAA 2Z23A 3FZVA 1YCJA 1JW5A 2HQ0A 2XXXA 4KHZE 2DE4A 2ONKE 4EQBA 1RKMA 1JVYA 2H9BA 1LFIA 1D4NA 3ILTB 1USYH 4Z7EA 1S7YA 1A8FA 1UIVA 1GVCA 4NF4A 2HZKA 4KCCA 1BP5A 1ZBMA 1GGGA 2F36A 1JNFA 2O69A 3DELB 1B46A 3PD8A 2DVZA 4OEVA 2PT1A 4XXUA 5FHOA 5ITOA 4R2BA 2AL5A 3QAXA 4JBZA 3MZ1A 5DTBA 3OEMA 2P0SA 1MM6A 1MPCA 1Z7NE 3SESA 3QYTA 1FTLA 2RC8A 3R7XA 5ICTA 3H4ZA 3GZGA 3KOTA 4M1VA 1FW0A 3CFLA 2I3WA 1MPBA 2O1MA 1SDXA 4POWA 2IA4A 1FQAA 1R6ZA 4WXJA 4BDRA 5CMMA 3UP9A 4YKKA 1JW1A 3BBRA 1P1NA 2XD2A 5H8FB 1IZ1A 3A09A 3K1NA 2X7QA 3K01A 3BFTA 3C9HA 5I58A 1NNTA 4I1DA 4QRZA 4YKPA 1Y1MA 4GXAA 3OO6A 2DS9A 4XIGQ 1Y3PA 2XXYA 2XXWA 1P1UA 4IY5A 4G68A 2QS4A 3G3IA 4YU0A 4ELPA 3E9XA 2NXOA 2D5WA 1B3FA 4YICA 4RPNA 4MLQA 3TKDA 2Y7KA 1FCKA 2I4CA 3SEUA 1POY1 3G3KA 1VSOA 4ESWA 4IO2A 5I2KB 3T9UA 4F3PA 4FJPA 4EUOA 4H5GA 1IXHA 4NEDA 4F29A 1DPEA 3OELA 1YAEA 2UVIA 3T9HB 4DXBA 4C1TA 2F6GA 3TTKA 4JWYA 3E4RA 5AA2D 1FQCA 4WKMA 5ISUA 2NUVA 3O6HA 3WAFA 1MH4A 2V3TA 5CRYA 5AA3A 1TT1A 4OMBA 2I4BA 3V89B 1IXIA 4DXUA 3VVDA 1SD3A 3N26A 1LFHA 2BJJX 4YB7A 1MQGA 1LAHE 1NH7A 3RN8A 2A5TB 4G68C 4YMBA 4OXVA 3E13X 1EH3A 3FGSA 1ANFA 3S2VA 3GLBA 1IIWA 1R9QA 1WDNA 5EHSA 3C34A 1PB7A 2PBWA 1B51A 3R6UA 2XX8A 1LLSA 1MG1A 4R2FA 3THIA 1SVXB 2RCBA 3JZJA 5CMBA 4LVQA 3H6WA 1A7LA 2GRVA 3TDJA 5I2NB 1XC1A 5CI5A 4I62A 2Z8DA 4XKNA 3QUFA 3PMVA 2Q2CA 3CVGA 3K1PA 4LATA 4O3AA 4POXA 2QMXA 3IJXB 3IOUA 1IXGA 1WODA 5I57A 2HAVA 1ZMGA 3O6GA 4QFKA 4R75A 3H03A 1LSTA 5I56B 1FQBA 1B4HA 3FD3A 1QKBA 2QJEA 4H8JA 3UGWA 2Z8EA 3Q28A 3RY3A 4MFIA 2AIXA 4LQ5A 4R6YA 5L8DA 3HHFA 3SETA 2AYSA 1N84A 2XXRA 1EZ9A 4R74A 4HCWA 5LOMA 1FTOA 4BDNA 4PETA 1N7XA 2ZYKA 2E1SA 3SERA 4MBPA 1MXZA 1AMFA 1SW1A 3IO6A 2VHAA 3VXBA 1OIBA 1SYHA 4F2OA 4BDQA 2R9JA 4FE8A 5K2YA 3P7IA 1FTMA 3PU5A 1EZPA 4U1ZA 2XHDA 1P99A 5I59B 2IEEA 3RQTA 3O66A 5CMKA 1R9LA 3DM0A 2A5TA 1OMPA 3MVZA 3H6UA 1OLCA 4GVOA 1HSJA 2XXUA 1JW4A 3MBPA 1B05A 2B65A 3UIFA 1RYXA 2XX9A 2H4IA 4ISUA 1MM7A 3QSLA 2ONRA 4OVJA 3MZBA 5DEXB 5HBCA 1M5BA 1FQFA 4LA9A 3N94A 1URDA 3QIMA 2DYXA 4H67A 3PUWE 3UA8A 3KGCA 4FEDA 3QK6A 3SEVA 5H8NB 1MXXA 3W9VA 4RJZA 4K3FA 4ZEIA 4R9FA 3G3HA 4C1UA 2QPQA 4PQJA 3ODBA 4N13A 5H8HA 2KLFA 1DSNA 3TMGA 4JDFA 3HSTA 3O29A 3PMXA 4GLIA 2XXTA 3IB1A 1MDQA 3VE1B 5L9OA 3FVKA 3OOAA 4IGTA 4IO7A 5AA1A 3IX1A 1M5CA 2Y84A 5CM6A 4DCYA 3FVNA 4QFPA 3SEXA 3MVWA 3Q25A 4KYSA 3N5LA 4ZE8A 1TFAA 2H99A 2V93A 3KOSA 3LBSA 1IITA 4RPOA 4U21A 3QUJA 3R26A 1ZU0A 1MQHA 3KFMA 4XKPA 3FJ7A 3C35A 2ZXTA 3HN0A 3I3VA 1AH5A 4GL8A 4NTLA 2DE3A 4KCDA 4N07A 4H1XA 2F7AA 3TTLA 2R6GE 3M3FA 3OSQA 5I59A 4TOZA 2VD2A 4YB6A 4U2RA 2PT2A 3C33A 3TODA 1URSA 3TYHA 2UVJA 3HPIA 3K6XA 2DXRA 5AA2B 2M8CA 4OQOA 1Z7ME 3SKPA 1B4ZA 4PFTA 4IO6A 2RF1A 2ANJA 3V83A 3PPQA 3L6GA 1I6AA 1BTJA 1QJMA 4RK9A 3L6HA 4N6PA 1B0LA 1MRPA 3KJTA 3T9XB 2I6EA 5H8NA 2WKYA 1ZKBA 3W15C 4G8HA 3OENA 5TPAB 1IUDA 3RTFB 2YLNA 4LONB 4TLLB 2H98A 4IO4A 1QUIA 4GFRA 3HO7A 3TTNA 4H5FA 2CMOA 4F3GA 1NNFA 3U92A 2P1SA 1T0KA 2ZYOA 1Y9UA 4OETA 2ESNA 1DPPA 3MZ9A 1B1XA 4ONYA 1Q1KA 2A5SA 3IOVA 4G8MA 1S9TA 2Y7PA 5KCJB 2DWAA 2F78A 2QRYA 2UVHA 3RUMA 1B32A 4BDLA 3CFXA 4FIMA 5EHMA 3CG1A 1JQFA 2NWJA 4U22A 1A55A 1NKXA 4NWDA 3VVEA 1JETA 3T93B 4HTGA 1JEUA 1A40A 4DXCA 5JEIA 2O7IA 2ZNTA 3T9VA 3F11A 1KWHA 4NF6B 5AA4B 3I6VA 1O64A 1B7ZA 4JSOA 1F9BA 3VV5A 3Q29A 1N7WA 3TCHA 3PPPA 5AA2A 4Q0CA 2REGA 4R72A 3IR1A 1GV8A 4QF9A 4ZDMA 3MAMA 5A5XB 2VD3A 2OWSA 3PMWA 4QFNA 4F3SA 1PBPA 3PUZE 1VFDA 2V3UA 4OESA 2DOJA 1II5A 2O7UA 1XVYA 4EDPA 4DZ1A 1JVXA 1B6HA 4NE4A 4ZECA 1LB8A 5TU0A 4NMYA 4F3BA 2OLBA 1B3GA 5TPAA 1LBCA 3RNNA 1PB8A 4DLDA 1A54A 4ZEKA 1FQEA 3O9PA 4OZ9A 3PV0E 4Q30B 2OK2A 3LSXA 1LBBA 3EHTA 5CMCA 5L9SA 3HCQA 1H45A 4G4PA 1B5JA 3OD7A 5B7DA 3FJMA 3OMBA 5M2VA 3OXNA 2QS1A 1XS5A 1N76A 1MDP1 4EQ7A 4WEDA 5KCJA 1ATGA 3CFZA 2OCUA 3K1MA 2Y7IA 1OVTA 3A3UA 1L5TA 3H6TA 1OLAA 5TP9B 2F5XA 3IK6B 3B6TA 1Y4CA 3K6VA 4RXLA 5FTIA 4NF5B 1UIUA 4I8CA 3VDFA 3FJGA 5JTYB 4OFJA 4ECFA 1MY1A 2PX1A 2I48A 4P0GA 3BKIB 3UK4A 1IEJA 5H8FA 4NF6A 2QL3A 3FIRA 4GF8A 2B3BA 1GR2A 1WVJA 2X26A 1CE2A 1US5A 4NF8B 4PP0A 3CRBA 4Q5TA 4MF3A 4ELOA 1NNPA 4G8NA 1XOCA 3CG3A 2NVUB 3VVFA 2F34A 3C36A 1MQJA 5A5XA 1Y1ZA 1I6QA 3LUYA 4IY6A 2GFEA 4JSDA 3CR9A 4GL0A 4PE5B 3LC8A 1R1NA 2Q88A 2RKMA 5I2KA 1UQWA 2DSFA 2XXPA 3OO8A 1SI1A 2ONSA 4GD5A 5EYFA 1JEVA 1B1HA 2DWHA 1TFDA 4IGRA 1MY2A 2V25A 2XXHA 2GH9A 4LZ5A 2P2AA 3V8XB 5DT6A 5H8SA 1PB9A 2V3QA 1M5EA 1SQYA 4GOTA 3FV1A 4QSDA 4C0RA 4F1VA 4XTCQ 1USYE 4L17A 4DDDA 3A3CA 1Y3QA 3MPKA 5TP9A 2PMSA 5AE4A 4EXLA 3PUXE 3Q26A 5JTYA 2OBGA 3GBBA 2XXVA 2I0BA 3G3GA 3TAJA 4U1OA 1QUKA 1M5FA 3K00A 5I2NA 4RK2A 2I3VA 3O97A 2QS2A 3FXQA 4TLMB 1VFEA 4IO3A 4NF8A 2Q9TA 3HHGA 4F31B 4LQ2A 3QXMA 4ZEDA 1LGBC 3KN8A 1DOTA 4RNSA 1AL3A 3OEKA 1B3EA 4QSCA 3KSJA 4KD5A 5I56A 1B9JA 3H6VA 3G3FA 1FTJA 4JB7A 4OYVA 3D4CA 4M4GA 3GBAA 4WEPA 4R9GA 3ZKLA 3TEPA 1IXCA 4G77A 4R6HA 1XVXA 1B52A 5B70A 4KQPA 2R71A 2E0SA 3DP6A 5KZTA 4P11A 1SYIA 2DP8A 2F97A 3U8QA 3G3JA 5CC2A 1LCTA 1I69A 4U23A 1D3KA 3VLUA 3RPWA 3KJ7A 2V84A 3C4MA 4PFWA 4XKQA 3EN3A 1NFTA 3PUYE 3MVXA 3FXUA 3PPOA 5BWJA 3RT6B 1N3XA 4X1BA 3CSBA 3U93A 1P1WA 1Y4TA 4OFLA 4YB5A 5H8QB 3GXAA 2DWJA 3N6UA 3MP6A 2DE2A 2I0CA 3UN6A 3VLVA 2QMWA 4LZ8A 3PPRA 4QFOA 3IOTA 5I58B 3H7MA 1B7UA 4F18A 4U4XA 5DEXA 3B7DA 1FQDA 1HSLA 4JWOA 1I6BA 4KI0E 1B40A 2HCAA 2YJPA 5DVFA 3U94A 1LB9A 3IB2A 4ZS9A 3MVYA 4G68B 3SDFA 4HCYA 4DIGA 5JK4A 2DWIA 4H8IA 4UACA 3M8UA 2RC9A 3DP4A 4QSEA 3PGFA 4KR5A 4FEBA 4F1YA 1POTA 3T96B 2RINA 3M3KA 1OQGA 4KPTA 1MXUA 3TCGA 4KFQA 3FATA 4NWCA 1P1OA 1PEBA 1UTHB 2I49A 4H6DA 5BUUA 3IO4A 4U4SA 5ELVA 3K6UA 3MW0A 3V5AA 1H44A 1ZIUA 3H06B 3UORA 5ICQA 5DVIA 1B58A 2VP1A 2Z22A 3T22A 1O63A 4OENA 5CBRA 1MXYA 2F6PA 3MC2A 1Y20A 4EF2A 2AL4A 3KZGA 2ZMBA 2G93A 2D3IA 3FV2A 2GHBA 1DTGA 2F35A 1B3HA 1ELJA 3TCFA 3W9WA 3EHUA 1YPNA 1HSEA 2HEUA 4DE8A 3N6TA 1SW4A 2ABHA 2G29A 2X7PA 4KYEA 4LZ7A 1MXWA 3S9EA 1QVSA 1MY4A 2ZYMA 5H8QA 3TTMA 1PC3A 1MQDA 3K02A 3FXRA 1D9YA 3LR1A 3MQ9A 5F7VA 2ZNUA 4LP2B 5L9MA 4EF1A 1LAFE 3S9NC 1OQHA 5IAIA 4MH5A 3CIJA 4FATA 5I57B 3ILUB 4KYDA 1B3LA 1DTZA 1MPDA 2DXYA 3S4UA 3MUQA 4OWDA 1PBQA 3TQWA 1MH3A 3TUSA 1H43A 4X1DA 3RT8A 2HXWA 4OHNA 1OVBA 3ONMA 2HAUA 2H5YA 1D9VA 3KN3A 2RCAA 5FTHA 1N3WA 3EHSA 1Y3NA 3WAEA 3KG2A 5FHMA 1J1NA 1UTHA 4OERA 1LCFA 3Q27A 1BIYA 2VGQA 1B5IA 3EQ1A 2NOOA 4E0XA 2OWTA 2O1LA 1AOVA 3JYRA 1ZLQA 3I5OA 3MPLA 2FA7A 4ZE9A 3TFLA 3S9LC 2XX7A 4GXSB 2HZLA 3OO9A 1IQ7A 3ZS6A 3MP8A 4ND9A 3FVOA 2PYYA 4ELQA 4RY1A 3PPNA 4THIA 5HPQA 1N04A 3M3LA 4FAJA 2XXIA 3EPEA 4RYAA 2Q8JA 4OFOA 4EQ9A 1A99A 3PD9A 4BDMA 2YPNA 1QULA 1M5DA 1MY3A 2O84X 2ZYNA 3U1OA 1AIVA 2RC7A 4Z0IA 4P0IA 2OZZA 3PUVE 5AA4A 3KEIA 1EZOA 3K0VA 4YKJA 3O28A 4F39A 3VXCA 3OSRA 3ZKKA 3VFJA 1UTBB 1CB6A 2UVGA 1LFGA 1TWYA 4LUBA 3B6WA 2H25A 3RLFE 4GQOA 2QSXA 1VE4A 1SI0A 2UYFA 1H3DA 4AQ4A 1ZTYA 1US4A 3LSLA 2F7CA 2Y7WA 1LAGE 2GHAA 4EXKA 4X48A 2O68A 3JV9A 2D21A 5H8HB 3DP8A 4G2ZA 1URGA 3SEYA 3LSFB 3RTWB 4RA1A 1ZJLA 3K2DA 4BLAA 3MP1A 4E0WA 4HS7A 3DLNA 1SW2A 4YAHX 3O2AA 4R73A 4ZZEA 3IAZA 2VOZA 1TXFA 4UA8A 1QKAA 3IOWA 2ZNSA 4ESXA 1P1QA 4F22A 5IKBA 4F19A 1NH8A 1QW0A 1O7TA 5HM4B 3K6WA 3G7WA 2Q2AA 3KN7A 2W7YA 4YKIA 5FHNA 2XXQA 3C31A 4ELRA 1H76A 3IB0A 1MS7A 2F8DA 3C32A 2REJA 4IO5A 2DVCA 2XD3A 3E3KA 4F1UA 4NF5A 1NL5A 4IB2A 4HW8A 2HFBA 5KDTB 3KBRA 2PVUA 3EF7A 3MWBA 1Q35A 5K2XA 4QHQA 5DYHA 2CZLA 3SEWA 4TQUQ 3HV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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