2F97A

Effector binding domain of benm (crystals generated from high ph conditions)
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
EKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
publication title Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.
pubmed doi rcsb
source organism Acinetobacter baylyi
molecule tags Gene regulation
total genus 72
structure length 216
sequence length 216
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f97A02
1O63A 4RK2A 2F6GA 3CVGA 2GHBA 1II5A 2Z8DA 4NF8B 4KI0E 1MS7A 4OEUA 2VD2A 1WVJA 3MBPA 4OWDA 1NFTA 3N94A 4IB2A 2DVZA 1LAHE 3E9XA 1POY1 4M1VA 4MBPA 1MY1A 4OYVA 5TU0A 3F11A 1B6HA 1ATGA 1FTJA 3RNNA 4NE4A 4IGRA 1N0TA 2H4IA 4JWXA 5H8QA 3RT6B 5I2NA 3CFXA 3G3FA 1EZPA 3SEUA 4IO2A 2I3VA 1FCKA 1TT1A 5CI5A 2F97A 3SEWA 3H6TA 1JEUA 3T96B 1LCFA 2RCBA 1SBPA 1CE2A 3LSXA 2XXRA 3QUJA 2QL3A 2V3TA 3K01A 2DWJA 2FA7A 3TCGA 3RTFB 3M8UA 3OEKA 4LONB 1IIWA 4ZEIA 1GVCA 4ONYA 4NMYA 4H6DA 3SERA 4JXIA 3EQ1A 2UYEA 4BDLA 3DLNA 1Y4TA 1LAXA 4P0GA 3Q28A 3ZS6A 3TPAA 3H6WA 3R6UA 1B0LA 3S4UA 4ZZEA 1I69A 2RF1A 1URSA 1Z7ME 1P99A 2DSFA 2OLBA 1JQFA 1MQHA 5TP9A 2E0SA 4YMAA 1S9TA 2Y7RA 5AE4A 1I6BA 1URGA 2I0CA 5EHSA 1Y1MA 3MZ1A 4OTEA 1FW0A 2RC8A 1ZIUA 4OMBA 4RPNA 1B7UA 1D9VA 3MW0A 3HV1A 4U1OA 2Q2CA 1FQFA 2F78A 1FTKA 3U72A 3HN0A 3PUWE 3QXMA 1MQIA 4ELOA 5AA4A 3U1OA 3CIJA 3TCHA 3KJ7A 1B3HA 5IAIA 4IY6A 5IKBA 4OERA 4GRKA 1H3DA 1QJMA 1OVTA 5AA2D 2M8CA 3IX1A 3HPIA 3N6UA 1Z7NE 3PPRA 2VD3A 4KYDA 5ITOA 3MP6A 1LB9A 4ECFA 4TOZA 3BKIB 1H45A 1MG1A 4O3AA 1BLFA 3PUZE 3IO4A 3TEPA 4NF6B 3O6GA 5CMCA 3KSXA 3V5AA 2Y84A 3GBBA 2XXVA 1XS5A 2O7IA 1US4A 2P1SA 1B9JA 5ELVA 4LP2B 5TPAB 2B3BA 1LB8A 3UA8A 5JTYB 4F1VA 4IO3A 4BDNA 1M5DA 3EHSA 3MQ9A 1IUDA 2XX7A 1IXCA 4YB5A 1NNKA 1MXYA 2Y7WA 1EU8A 3FXRA 2XXUA 2F6PA 4F3PA 4QFPA 3IB2A 2XXXA 1M5CA 4F31B 3I6VA 3G3JA 2R71A 3K1MA 4NF8A 3MZBA 3E3KA 3DP4A 2X26A 1JW5A 5KCJB 4QFKA 2WKYA 5CMKA 4G8MA 4ZECA 3AXFA 3CSBA 3ZKKA 3FVGA 3IR1A 2ABHA 1PEBA 2AIXA 1D9YA 1D3KA 3CG1A 2G29A 5DVIA 2VP1A 4DXBA 1OVBA 1LGBC 5CM6A 1Y1ZA 3S9MC 4GWOA 4PFTA 4OFJA 2Q8JA 1F9BA 1FQAA 3TTLA 5L9OA 4P11A 5FTIA 2QS2A 1JW4A 4YMBA 5L9SA 5B7DA 1UTHA 3VE1B 4UACA 5LOMA 3BFTA 2I48A 2ONKE 2NXOA 1OLCA 4UA8A 1Y9UA 2V3QA 3FD3A 5CBRA 4NEDA 4PFUA 1DPPA 3DM0A 3EN3A 2D5WA 2RCAA 2ZYMA 4YKJA 1MY0A 1OQGA 4MF3A 4G8NA 3TTMA 4GL0A 3TMGA 2THIA 2O1LA 4R73A 4H8IA 4O3CA 1PB9A 1J1NA 3V89B 1AOVA 3FV2A 1GV8A 4FEBA 4Z0IA 4HS7A 4G2ZA 5I84A 3W9WA 3DELB 1N76A 4KD5A 5DYHA 4LZ5A 4F3BA 3SETA 2O51A 3LC8A 4DCYA 4OETA 4PP0A 3N6TA 2A5TA 4DLDA 2OWTA 4GVOA 1IXHA 1ELJA 3KBRA 4MFIA 4YKKA 4EDPA 1M5EA 3G7WA 1O64A 4M4GA 5I59A 3RN8A 4FIMA 4FORA 5KDTB 1HSJA 3IK6B 5ICTA 3THIA 4LQ2A 1MH4A 2UXAA 3V83A 1M5BA 1QUJA 3I3VA 4LUBA 4ZEKA 3ZSFA 1R9LA 5CMBA 3ILUB 4IO7A 4NF6A 3L6GA 4LZ7A 2F34A 1DPEA 1HSLA 3USDA 1A8FA 3K00A 3MC2A 3K02A 5JEIA 2HXWA 1BTJA 4NF5B 3C4MA 2YJPA 4DE8A 5JTYA 3OO8A 3FV1A 3V8XB 1MQGA 4C0RA 4F22A 2ZYOA 2UVJA 1FQDA 1XVXA 1IEJA 1MM6A 3KG2A 4F3SA 1Y4CA 5ICQA 3BBRA 4RNSA 1B3EA 5F7VA 2X7PA 2LAOA 2DXRA 2NUVA 1QUKA 4Q8RA 5H8NB 5BUUA 4NWCA 5I57B 1VR5A 5KCJA 2F7BA 1B7ZA 1DOTA 3PMWA 4JB7A 5FHMA 4ELQA 2DWAA 3OMBA 4ELPA 3K0VA 4KYEA 1SW5A 3KJTA 3IB1A 1ZTYA 1P1OA 2Q89A 3OENA 4U23A 4HW8A 2HFBA 5I2KB 2REJA 1SW1A 3UIFA 4FATA 1XVYA 3OO7A 5H8HB 4F1YA 3K6UA 3VXCA 2QS3A 5FHOA 3KOSA 3CRBA 2DE3A 2RC7A 4LA9A 5DVFA 2DQVA 4JWYA 2PVUA 1Y3PA 3K2DA 4BDQA 2XXTA 4YICA 4IGTA 1LAGE 2F5XA 3Q26A 2XD3A 2QSXA 4F18A 1TXFA 4R74A 3OXNA 4WKMA 2ONSA 4F2QA 4BLAA 1UIUA 4L17A 3VVDA 4PFYA 4I8CA 4DXCA 1QULA 4U4XA 3GXAA 1H43A 1PB7A 2PX1A 1MXVA 4ZEDA 4ZEFA 2XXQA 2IEEA 1NNPA 1Y3NA 3R26A 4QRZA 1MDQA 1AIVA 2F36A 3FXQA 3KZGA 3RUMA 3T93B 2OWSA 4WXJA 4LZ8A 4IO5A 5K2YA 3ZKLA 1SYHA 2GHAA 5CBSA 4OEVA 3KFMA 1A8EA 3PGFA 3FVOA 4GLIA 2CZLA 4R2FA 3O2AA 5JK4A 1BIYA 1XC1A 2DWIA 2ZYNA 2O84X 1MY4A 4JSDA 2UVGA 4PQJA 3FASA 1P1NA 5KDTA 3IO6A 4ZEBA 3O9PA 1TFAA 1WDNA 1DTGA 2DVCA 4ESXA 1FQCA 3UN6A 3MPKA 3QSLA 3TTKA 2RC9A 3SESA 3G3HA 3QYTA 2XX8A 3C9HA 4GXAA 3LSFB 3TFLA 1JVXA 1UIVA 1S50A 1Y3QA 3ECRA 4OESA 4NWDA 2V3UA 2AYSA 4NF5A 4Q5TA 1URDA 3RTWB 1GGGA 3KGCA 4RJZA 2I49A 1N3XA 3VVFA 4U1ZA 3VLVA 2NWJA 3TODA 3UGWA 2Y7PA 4H5FA 5H8FA 4OHNA 4I1DA 1IXGA 5HM4B 4N6PA 2QMXA 3MAMA 2F35A 2I3WA 2ALUA 3VVEA 4N07A 3HHGA 4R72A 3T66A 1FTLA 1PDAA 3H03A 2ZNUA 3CFZA 1US5A 4EUOA 4H65A 4G4PA 5AA2B 3QAXA 3N5LA 1SYIA 3OOAA 4OENA 5M2VA 4NF4A 3QUFA 5KZTA 1R9QA 2FNCA 1XHYA 3MVYA 3VLWA 1TFDA 2QPQA 3ILTB 3PMXA 4E0XA 4F29A 4R6HA 2PT1A 3UK4A 3PU5A 1NNFA 3FIRA 5H8HA 1L5TA 1MQDA 3R7XA 2PMSA 4JDFA 1QVSA 4GQOA 1B0HA 3PPPA 1R1NA 3TKDA 3SDFA 4R6YA 2Q2AA 1ZBMA 4H8JA 1ZKBA 1B32A 3IAZA 4RYAA 2GRVA 4XXUA 3FVNA 3KOTA 2R9JA 3C35A 3CFLA 5FHNA 4XKQA 1B5HA 2O68A 1LAFE 4HTGA 1RYXA 3MP8A 4RK9A 1B58A 3E4RA 2KLFA 3MVWA 1AH5A 4BDMA 3H6VA 1WODA 1HSEA 3EHTA 3T9HB 1QKAA 2OJTA 5A5XB 4OFOA 4KFQA 1POTA 1VE4A 1B40A 1MY3A 1Q1KA 3KN7A 3MPLA 3BFUA 2H25A 5CMMA 3O66A 1EZOA 4ESWA 2XHDA 1I6QA 1YTVA 4Z7EA 1MXXA 1IITA 4OZ9A 4PFWA 2O6AA 1JEVA 2O7UA 1SQYA 4GF8A 2Z22A 4XKPA 3TCFA 3N26A 1JETA 3O29A 4POXA 4YU0A 2XD2A 4NTLA 2QJEA 2DOJA 5BWJA 2YLNA 3KEIA 1GR2A 4FEDA 3ODBA 2H5YA 1OQHA 2PT2A 4X1DA 5F1QA 2ZNSA 1PC3A 3H4ZA 4MLQA 4WEPA 4DXUA 1P1UA 1B4ZA 4H67A 2NOOA 4AB6A 1AMFA 3LSLA 3FGSA 4RA1A 4XKRA 4FE8A 4G77A 1LCTA 1NKXA 2YPNA 3T9VA 3C32A 1KWHA 2DP8A 5H8QB 5I2NB 2RINA 3K6WA 5DTBA 1MDP1 1NNTA 4YB6A 4X1BA 4AQ4A 2DE4A 1AL3A 4R6KA 2ZNTA 2GH9A 4R75A 1JNFA 5L9MA 5AA2A 1B3LA 4F1UA 3TUSA 2UVHA 3IJOB 3T9UA 1MQJA 2Y7KA 3VDFA 1B05A 4XTCQ 1VSOA 1FQEA 4QFLA 1PB8A 4N13A 3H7MA 5TPAA 1N04A 1QUIA 2F7AA 4QSCA 2H99A 3O97A 1BKAA 1VFEA 1P1QA 3CG3A 5I58B 3LR1A 3IOTA 4EXLA 3EF7A 1NL5A 1P1WA 1XOCA 3CSGA 4QF9A 1B2HA 4KQPA 3OEMA 3OELA 3EHUA 3LSWA 5FTHA 3A3CA 3TTRA 3A3UA 5CC2A 4DZ1A 1UTBB 4ELRA 3RY3A 3PUXE 3SKPA 5A5XA 4KHZE 4YAHX 1Y20A 1EZ9A 2O69A 4HCWA 2I6EA 2R6GE 1A40A 4WEDA 2HCAA 1ZU0A 4X48A 4Q30B 2XX9A 1SDXA 3TELA 4Q0CA 4HCYA 3MP1A 3RPWA 1USYE 3QK6A 4AB5A 4IO6A 4JSOA 2BJJX 2V84A 3IOUA 4R9FA 1USYH 3KSJA 4YKIA 2XXWA 3GLBA 1LBBA 2RKMA 1B51A 1CB6A 2Y7IA 3VLUA 3C34A 4ZDMA 1I6AA 3B7DA 4FJPA 1B52A 1NMUA 4YB7A 3SEYA 4H0WA 1MH3A 3E13X 2I4CA 5AA1A 2XXPA 4ISUA 3TQWA 4LQ5A 2HZLA 4LVQA 3FATA 2VGQA 2PYYA 5B70A 2D21A 2ONRA 4F3GA 2QS4A 5L8DA 3KN3A 1UTHB 1YCJA 3EPEA 5HPQA 1LFIA 1PBPA 3IOWA 1JW1A 4IY5A 4OXVA 3OSRA 3TZAA 2OK2A 3H06B 3O6IA 5K2XA 2VOZA 1SD3A 2I0BA 4ZZAA 1FTMA 1LLSA 4GL8A 1XT8A 3K4UA 3LBSA 2B65A 1PBQA 1YAEA 1UQWA 4P0IA 4E0WA 3K6XA 2ZMBA 5AA3A 5DT6A 1IQ7A 1DTZA 3IORA 4MH5A 1OMPA 4U21A 4OQOA 2REGA 5I58A 1JVYA 2W7YA 3G3IA 4BDRA 4F19A 3FJ7A 4G8HA 4GD5A 1A7LA 2A5TB 3OD7A 3S9LC 2UVIA 1MRPA 2QMWA 1ZJLA 2IA4A 4QHQA 1A99A 4RY1A 2HZKA 3O28A 1LSTA 5I59B 3IOVA 4F39A 3HO7A 1SI0A 4I9DA 5H8NA 5I57A 4R2BA 4PE5B 3C36A 2HAUA 1N3WA 4XKNA 2Q88A 1MY2A 3B6TA 4GOTA 2QRYA 2DXYA 2O1MA 1UTBA 5I2KA 2I4BA 3FUZA 3B6QA 4YZZA 5J1DA 4GIZA 4EF2A 3FVKA 1D4NA 4R9GA 3RT8A 3C33A 3HCQA 1B5JA 2H9BA 1FTOA 3DP6A 3KN8A 1OIBA 4G68B 1VFDA 3MVXA 3W9VA 1N7XA 2DE2A 3MZ9A 2P2AA 2P0SA 4ND9A 1DSNA 3RQTA 3T9XB 3OO6A 1DMBA 4RXLA 2F8DA 2DWHA 3WAEA 3Q25A 2DS9A 1IZ1A 2X7QA 3SEVA 3VFJA 1M5FA 3TYHA 1RKMA 4K3FA 3K6VA 2CMOA 3U94A 2OZZA 3M3LA 4POWA 1TWYA 3HHFA 3HSTA 3OSQA 5DEXB 4PETA 2NVUB 3PD8A 2DYXA 2V25A 4H5GA 4TQUQ 1B3FA 1B5IA 3VV5A 1SVXB 4QFNA 2D3IA 2OCUA 3QIMA 4ZS9A 3CR9A 2ANJA 1SW2A 2OBGA 1H44A 1B7HA 4KR5A 3GBAA 5DVJA 3TTNA 1BP5A 4RPOA 3Q27A 4H1XA 5I56B 4TLMB 1OLAA 4KYSA 3OO9A 5ITPA 1LFGA 4KPTA 4JBZA 4QSEA 1T0KA 2GFEA 5CRYA 3U8QA 3PD9A 1MXZA 1YPNA 3IJXB 2ZXTA 3FZVA 3ONMA 3A09A 2H98A 1B3GA 3GZGA 4LATA 3IL1B 3SEXA 1SW4A 3MWBA 2Z8FA 5HBCA 2E1SA 3C31A 2FYIA 3TAJA 1QKBA 1H76A 2B3FA 4DCXA 3G3GA 4XIGQ 3H6UA 2HQ0A 2HAVA 4X9TA 1SI1A 3PUVE 4KCCA 4EQ7A 1R6ZA 3S2VA 1MPBA 4C1TA 4TLLB 1NH7A 3PPNA 4OVJA 3K1PA 2A5SA 4OFLA 4F2OA 4C1UA 3K1NA 4BDOA 4MLVA 1B1XA 3S9NC 2G93A 3VXBA 3Q29A 2PBWA 3B6WA 1RYOA 1S7YA 2Z8EA 4THIA 4IO4A 1MPDA 2F7CA 4JWOA 3W15C 4U22A 2UYFA 4FAJA 1EH3A 3M3KA 2XXHA 1QW0A 3P7IA 4U4SA 1GTKA 5TP9B 1IXIA 3PUYE 1B4HA 1FQBA 4ZE8A 2ZYKA 3RGYA 4KCDA 3DP8A 3IB0A 1ZLQA 3O6HA 2Q9TA 1A55A 3PV0E 4YKPA 1LBCA 4G68A 3G3KA 3JV9A 2Z23A 3I5OA 3TDJA 2XXIA 3UP9A 1N7WA 4I62A 5EHMA 3H3GA 4DIGA 5AA4B 3FJMA 4ZE9A 5H8FB 3FJGA 4EQBA 4GXSB 3LUYA 5H8SA 1MM7A 3CI8A 4QSDA 5ISUA 1Q35A 3MUQA 1MXUA 1ANFA 4EQ9A 3WAFA 3MJNA 1B1HA 1MXWA 3PPOA 1N84A 3MVZA 4NF4B 3U92A 3UORA 3PMVA 1LFHA 2ESNA 3D4GA 3JZJA 4U2RA 4G68C 1B46A 2AL5A 1MPCA 5DEXA 1A54A 4FECA 2AL4A 3FXUA 3T22A 3L6HA 3TQLA 3U93A 5EYFA 2VHAA 4O3BA 1NH8A 3M3FA 3D4CA 3S9EA 2V93A 2HEUA 2I58A 2XXYA 1ZMGA 2QS1A 3JYRA 4DDDA 4QFOA 3PPQA 4EXKA 3RLFE 4GFRA 4EF1A 1O7TA 5I56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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