5B70A

Oxyr2 e204g regulatory domain from vibrio vulnificus
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
219
structure length
209
Chain Sequence
b'GAMMQGQLKLGCIPTIAPFLLCDLVQEINQRFPQLNLLLREDTTTNLLTALRHGELDVLILALPVEIDGMESRVVGQDPFKMVISRHQAGAIKVPIKYDDLPDESVFLLEKGHCLTEHAVSACKLTDKEKINPFSATSLHTLVQMVANGLGTTFIPQMAIDHGLLDNQNLVVIEPPGQQAYRDIGLVWRPSSSRSKTFNQLAEVVSELL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR family transcriptional regulator
source organism Vibrio vulnificus
molecule tags Transcription
total genus 58
structure length 209
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5b70A01
3OXNA 4EQBA 3VXCA 1IUDA 4L17A 1LAHE 3TCGA 2P0SA 4OVJA 3KGCA 4PFUA 1SVXB 2F7AA 3EF7A 4PETA 4QFPA 3KSJA 1Y4CA 2A5SA 4P0GA 1Y3QA 5EYFA 2H98A 3QAXA 5KDTB 3H4ZA 3EQ1A 5ITOA 2V3TA 3KFMA 3SEWA 3FGSA 4BDOA 4YAHX 3UA8A 1SDXA 1M5EA 3TAJA 1YCJA 4UACA 1SW2A 5CMKA 3G7WA 2HXWA 4BDLA 3ECRA 2ALUA 1LLSA 3PV0E 1NNTA 2AIXA 3MVXA 2G93A 3N6UA 3Q26A 1FW0A 4HW8A 2E1SA 3GLBA 2XXPA 3G3IA 1FQBA 3OEMA 2D21A 1B32A 4G4PA 1Y3NA 3B6QA 3G3JA 3VDFA 4ZE8A 2V93A 3VLVA 2ZXTA 1SI0A 5H8QA 1A99A 2H4IA 2OLBA 3TTRA 4QSDA 4FECA 3TZAA 3MP8A 4ESWA 4LZ5A 4P0IA 2HZKA 1GV8A 5I57A 2GRVA 4JSOA 3MUQA 1B1HA 4OENA 1WDNA 1I6AA 2OZZA 2Q2AA 3FATA 1JW4A 4M1VA 1UIVA 2V3UA 4YB7A 1B51A 1D9YA 3IK6B 5CMBA 4QSEA 4F18A 2QS3A 2QL3A 3MAMA 1GVCA 4QF9A 1F9BA 3PPQA 5ITPA 5ICQA 4FORA 2PT1A 3Q27A 1NH7A 5I2KB 1AL3A 4H6DA 3U8QA 3KN8A 1OLCA 2XX7A 2ZNSA 3MVYA 5KDTA 4GXSB 2I3VA 3LSLA 2DYXA 1HSLA 3S9MC 4F1UA 2H5YA 3ZKLA 1B40A 4N6PA 4KHZE 4F19A 4LATA 4I9DA 4DZ1A 2ZNUA 3KEIA 3M8UA 1OLAA 3VVEA 3LUYA 4DDDA 4I8CA 1OMPA 1MPBA 3K1PA 2YJPA 1N04A 4NF8B 1O64A 2H99A 4OTEA 3PUWE 3MZ9A 3VFJA 4AB6A 5AA4B 1URDA 5H8HB 5AE4A 4Z0IA 4ELOA 3S9EA 3BFUA 1RYXA 1ZIUA 3KZGA 3SESA 1XVYA 1B7HA 1NNPA 4LA9A 4QHQA 2F7BA 1PEBA 2I4CA 1B7ZA 1B46A 2O7IA 3TCHA 1MH4A 1P1NA 5CMCA 4OWDA 3O2AA 4GRKA 1FQFA 3DLNA 4TLMB 2ZNTA 4GL8A 3B6WA 1FQCA 3S4UA 2Z22A 1RYOA 3FVNA 3DP8A 1Q1KA 1GR2A 3TFLA 3RT8A 4JXIA 2Q2CA 3N6TA 2B65A 1ZBMA 4NEDA 3K1MA 3MWBA 5CMMA 2IA4A 5BUUA 3ILUB 1MY1A 1MXVA 2XXWA 4JWYA 4DIGA 3TODA 3B7DA 4RYAA 3U92A 3V8XB 2V84A 4ZECA 2V25A 1DTGA 3OSQA 3OO8A 2VHAA 4EQ7A 1UIUA 4EDPA 3C9HA 1NKXA 2ONSA 4Q5TA 2LAOA 2Z23A 3S2VA 1FQEA 1P1UA 2F6PA 2O7UA 3M3LA 2UYFA 1D4NA 4QSCA 2QMXA 2XD3A 1VE4A 1SYHA 2QS4A 2CZLA 1SW1A 4G8MA 5DVJA 5EHMA 3C32A 1II5A 4FIMA 5H8HA 4JWOA 5FHOA 4NMYA 3FJMA 4U4SA 4NWCA 1N3XA 3EHSA 4ZS9A 1GGGA 4LVQA 5HPQA 1NMUA 1J1NA 1LCTA 1I69A 5AA2B 3MVZA 4MFIA 3M3FA 1MM6A 1FTMA 4ZZEA 4GF8A 3TELA 3EHTA 3IJXB 2DVZA 3CI8A 3H03A 2XXQA 1B6HA 3RN8A 1JW1A 2P1SA 3JZJA 3K6WA 4DXCA 2PMSA 4BDMA 3UP9A 1MQDA 1MXZA 2Y7WA 1EZOA 4H67A 1QW0A 1MM7A 1QKAA 1SQYA 2D3IA 3OO6A 3SKPA 4G8NA 4Z7EA 1R6ZA 4QRZA 1B5HA 4KYDA 4K3FA 1POY1 2Y84A 4O3AA 1SI1A 3CVGA 2A5TB 1R9QA 3PMVA 2DE3A 1B3HA 2REJA 3A3CA 3W9WA 1EZ9A 3UK4A 3UN6A 5HM4B 4XKRA 1A55A 1IEJA 4GLIA 1DOTA 3D4CA 3N5LA 1H3DA 2HCAA 4KCDA 4C0RA 1MPDA 3O97A 2QSXA 2XHDA 2RC9A 3R26A 3TQWA 3RY3A 3PUXE 3VXBA 4RK2A 4LONB 1XVXA 1DPEA 1P1OA 3PPPA 4R6HA 4QFLA 4X1BA 1EH3A 3V5AA 3TTLA 3TDJA 2DE4A 4OFLA 2Z8FA 3IB1A 5TP9B 2XXYA 2H9BA 3I6VA 3O28A 1Y9UA 5KCJA 2GH9A 3UIFA 4OEUA 4P11A 5I56B 3K6UA 5AA2A 3OENA 1OVBA 4R75A 2XXVA 1Y1MA 2DWJA 4JB7A 4F2OA 3QXMA 2DVCA 4LUBA 3RGYA 3BKIB 3R7XA 4KYEA 1WODA 1QKBA 2VD3A 1PDAA 4RNSA 4WEPA 1MPCA 4JDFA 3PPRA 4XKQA 4BDRA 4ZE9A 3VVDA 3JV9A 4RY1A 3H3GA 3PU5A 5DVFA 3A09A 4KR5A 2I0BA 3D4GA 3TKDA 4ZZAA 2DE2A 3IR1A 2QPQA 1OQGA 3QUJA 2I48A 3WAEA 3MPKA 3U1OA 4ELPA 3IB2A 4MLVA 4N13A 4QFNA 4NF5B 3IOWA 4DXBA 3PMXA 2NVUB 1IXGA 1DMBA 3VE1B 2DXYA 1NNFA 2A5TA 4YZZA 3IO4A 4GFRA 3DP6A 3T9VA 3DELB 1Y1ZA 5CM6A 4H8IA 4RPNA 3EHUA 3PGFA 4R6KA 4TQUQ 4WEDA 4XIGQ 2X7PA 2VD2A 4XTCQ 2BJJX 2AYSA 3U94A 3FVKA 1IIWA 3PMWA 2CMOA 2NUVA 2WKYA 4POXA 3ILTB 4ZEIA 4ZEKA 3PPNA 3FJGA 3MP6A 1BIYA 1UTBB 3FD3A 1GTKA 1Z7NE 2PVUA 3FASA 4X1DA 1B7UA 5TP9A 5DT6A 4HS7A 4POWA 1AH5A 3ONMA 5I56A 1N84A 2I49A 5FTIA 5I2NB 4O3BA 3B6TA 3O29A 2RCBA 1DTZA 2OBGA 4OYVA 4OFJA 1MY0A 2HEUA 1ELJA 3JYRA 1S9TA 3U72A 3KJTA 1MDP1 1N3WA 1O63A 1JETA 2ZMBA 3KOTA 4IB2A 2XXXA 1QULA 3LBSA 4YB5A 4WXJA 3AXFA 4PFTA 3FXRA 1MS7A 5B7DA 3Q25A 3IJOB 2DOJA 3MW0A 4R9GA 4NWDA 4KQPA 4BDNA 3KJ7A 5I59B 3HCQA 4U1OA 4NF5A 1T0KA 1XT8A 4ONYA 3K4UA 3HN0A 5H8SA 3SDFA 3TTNA 3K00A 1RKMA 3TTMA 1PC3A 2OJTA 3IOTA 3TQLA 2F78A 4PE5B 4R73A 2PT2A 2Y7IA 1SBPA 1B1XA 1SYIA 1N0TA 4IO6A 4C1UA 1IXCA 2NWJA 3GBBA 1MQGA 4R9FA 1TXFA 2OK2A 1XHYA 4ESXA 2GFEA 4LZ7A 3K01A 5IAIA 1FCKA 1UTBA 4G68C 5L9SA 1USYH 5K2XA 1FQDA 2XXTA 1IXIA 3H6UA 3KN3A 2HAVA 3O6GA 3SERA 4FAJA 4DCXA 2ONRA 3BBRA 3IO6A 3VV5A 2NOOA 5I2NA 2O69A 1USYE 3OEKA 1M5DA 5DTBA 1Y3PA 5F7VA 2HZLA 1PB8A 2DXRA 2XX9A 1YTVA 3O6IA 2R9JA 4OHNA 3BFTA 3CG1A 1FTJA 1I6QA 1A8FA 3C34A 4XKNA 1ANFA 1OIBA 1LB8A 3FZVA 4NTLA 3C31A 2QS1A 2UVHA 4H5GA 1BKAA 3G3GA 4ZEFA 4Q8RA 4DE8A 5I59A 2I3WA 2Q89A 3FJ7A 4FJPA 2PX1A 1S50A 5B70A 1MXUA 3CSGA 4IY5A 5CC2A 4DCYA 1HSEA 1PB7A 4GVOA 1N7XA 4F3SA 2P2AA 4E0XA 3FXUA 4EF2A 3S9LC 5DVIA 2I58A 3MBPA 4N07A 4KI0E 1AIVA 1QVSA 4YKIA 1SW5A 1XOCA 3DP4A 5ICTA 4ZEBA 3MQ9A 4F1YA 3A3UA 1ZLQA 4RA1A 3OMBA 5JEIA 3LSXA 3C36A 1Z7ME 3GXAA 3I5OA 2O84X 3CR9A 3K6XA 3M3KA 4F22A 2O68A 5KCJB 3MC2A 3RPWA 4OQOA 2ZYOA 4F1VA 2DP8A 4THIA 4C1TA 3C33A 1US4A 1WVJA 3T96B 4ND9A 3CFXA 2XXHA 5AA3A 5ELVA 2Q88A 3GBAA 4ISUA 3E13X 2XXUA 3K0VA 3UGWA 1PB9A 3TTKA 1R1NA 3LSFB 3L6HA 1H43A 3TCFA 1OVTA 2QRYA 3SEYA 3MP1A 2QMWA 4DLDA 3O66A 3H6VA 4KYSA 4Q30B 3FVGA 1B0LA 1US5A 1A8EA 1FQAA 5H8NA 4RK9A 4QFKA 4KCCA 5ISUA 2ANJA 3FV1A 4LZ8A 1VSOA 1B05A 4GOTA 3C4MA 4U21A 3OO7A 1L5TA 1POTA 2UYEA 1JVYA 2O6AA 4G8HA 3O6HA 2F8DA 4H8JA 5CRYA 3ODBA 4TLLB 3K2DA 5JK4A 1M5CA 1MRPA 3C35A 1A40A 2ZYMA 3TYHA 3OO9A 3H06B 3O9PA 2THIA 1DSNA 4GQOA 3RQTA 1JW5A 5K2YA 2DSFA 5HBCA 4JBZA 2DWIA 1PBQA 1LFHA 2M8CA 1H44A 4IO7A 3KBRA 4H5FA 1FTLA 2X7QA 2DQVA 3QUFA 1LAGE 3HHFA 3I3VA 3SEUA 3EN3A 4PFYA 4U23A 3RUMA 2UVJA 4OETA 4E0WA 4NE4A 4EXLA 5JTYB 4OFOA 3PUYE 3N26A 3LSWA 3S9NC 2PBWA 3MJNA 4AB5A 1TT1A 1D9VA 3CSBA 1JEUA 3IOVA 2Y7KA 2AL4A 2I4BA 1VFEA 4RPOA 4G77A 3F11A 2R71A 5J1DA 5L9OA 3T66A 5FHMA 1M5BA 4NF4B 4OERA 3KSXA 5DEXB 1LFIA 2F35A 1ZU0A 4MBPA 4WKMA 3UORA 1NL5A 4U2RA 2F6GA 3CIJA 4IGRA 3H7MA 1JVXA 5I58B 1QJMA 1B9JA 4UA8A 4ZEDA 5I84A 3CG3A 2DWHA 2FNCA 3R6UA 3K6VA 3ZKKA 4GL0A 2V3QA 4HCYA 2RC7A 4IO4A 4R6YA 4GD5A 1O7TA 4F31B 1MXYA 1XC1A 4X48A 3PUVE 4MF3A 3TEPA 1ZTYA 2H25A 1MXXA 1EU8A 4BDQA 3FIRA 3EPEA 4IGTA 1MQJA 4RJZA 2IEEA 1B5JA 3U93A 1SD3A 5H8FA 3TPAA 2UVIA 3W9VA 3L6GA 1N7WA 2XXRA 1D3KA 4U4XA 2RC8A 3E9XA 5LOMA 3KG2A 3GZGA 4GWOA 2YPNA 1BLFA 3OOAA 1PBPA 4I1DA 1Y20A 4NF6B 3TUSA 1B2HA 3W15C 5JTYA 4YMAA 1XS5A 3RTFB 4PP0A 3ZSFA 2O1MA 4H65A 1MDQA 4XKPA 1M5FA 3V89B 2RINA 2X26A 5FHNA 3P7IA 2PYYA 2FYIA 3E4RA 4GXAA 4EQ9A 1B52A 4IO3A 1LAXA 4PFWA 1MQIA 4NF4A 5TPAB 4TOZA 5EHSA 1FTKA 2DWAA 2DS9A 1LFGA 2AL5A 2NXOA 3FV2A 1JNFA 4G2ZA 1VFDA 5DEXA 1Q35A 3SETA 2B3FA 5FTHA 4R2FA 5L8DA 2HAUA 1S7YA 3QYTA 1MY4A 3QK6A 2ESNA 5I58A 2F97A 1IITA 4MH5A 4IY6A 4FEBA 1URSA 5AA2D 2KLFA 1UTHB 1P1QA 3HPIA 3PD8A 1TFAA 3HHGA 1IXHA 3FXQA 3G3KA 1FTOA 1NH8A 1QUKA 3LR1A 1QUIA 3IB0A 4LQ2A 4Q0CA 2OWTA 1NNKA 1SW4A 4EUOA 4RXLA 2F5XA 5KZTA 4LQ5A 1MQHA 5IKBA 1IZ1A 2F34A 1Y4TA 4NF6A 2E0SA 1MH3A 5CI5A 4OESA 1MY3A 2XD2A 1B3LA 2UVGA 3HO7A 1BTJA 3MPLA 1TFDA 2QJEA 4U22A 5AA1A 1N76A 3G3HA 3T9HB 2ZYNA 1B0HA 2F7CA 2OWSA 3K02A 1B3EA 3MVWA 3IOUA 3E3KA 2ZYKA 2W7YA 2Y7RA 5I2KA 5H8NB 5TPAA 1HSJA 4G68B 1H76A 4F39A 1YAEA 3ZS6A 3WAFA 2I6EA 1NFTA 1LGBC 4EF1A 2GHAA 4OXVA 3Q29A 2Z8EA 4M4GA 3V83A 4YKPA 4IO2A 3T22A 4LP2B 3N94A 4YB6A 1B4ZA 4ECFA 1LAFE 4YKKA 4H0WA 4ELQA 2O1LA 4YU0A 4F3PA 5M2VA 1UTHA 3MZ1A 4I62A 1B3FA 2RF1A 4FEDA 4O3CA 3FUZA 1DPPA 1ZKBA 3PPOA 2XX8A 3G3FA 1B4HA 3KOSA 4X9TA 1OQHA 2VGQA 2HFBA 4IO5A 4U1ZA 4NF8A 1KWHA 4R72A 3TMGA 2RCAA 5AA4A 3RT6B 1H45A 3OELA 1CE2A 4DXUA 3H6WA 3IX1A 1VR5A 4QFOA 1UQWA 5A5XB 4YICA 3SEVA 4F3BA 1JEVA 1P1WA 2ONKE 3QIMA 1CB6A 1LCFA 3RLFE 3CFLA 1R9LA 4R2BA 4F2QA 5DYHA 4MLQA 1BP5A 3IL1B 4XXUA 1IQ7A 3K1NA 2VOZA 2XXIA 1LBBA 2Z8DA 3USDA 2Y7PA 1A7LA 2F36A 3DM0A 2R6GE 4HCWA 3LC8A 4G68A 4PQJA 3RNNA 4YMBA 3SEXA 3CFZA 5F1QA 3THIA 5CBRA 1LB9A 4YKJA 3KN7A 4OEVA 5BWJA 4F3GA 5CBSA 5TU0A 3VVFA 3T9XB 2QS2A 3MZBA 3FVOA 1A54A 3Q28A 4KD5A 4F29A 2YLNA 1AOVA 1MXWA 2G29A 1B58A 1B5IA 3PUZE 1AMFA 2FA7A 3VLWA 3OD7A 4BLAA 3OSRA 2OCUA 1ATGA 4EXKA 3RTWB 1P99A 1QUJA 4H1XA 4HTGA 4FATA 4KPTA 1B3GA 1ZMGA 2VP1A 5H8FB 2UXAA 3T9UA 2HQ0A 3VLUA 5H8QB 4OMBA 4JWXA 1EZPA 2REGA 2I0CA 3T93B 1YPNA 1LBCA 1MG1A 1MY2A 1TWYA 4OZ9A 5I57B 2O51A 3HV1A 4ELRA 1URGA 3CRBA 4AQ4A 5A5XA 2ABHA 1LSTA 3IAZA 1I6BA 2D5WA 4FE8A 4KFQA 4R74A 1ZJLA 1JQFA 2Q8JA 3QSLA 4GIZA 2GHBA 4ZDMA 4JSDA 2RKMA 2Q9TA 3HSTA 3H6TA 5L9MA 3PD9A 2B3BA 3IORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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