4MH5A

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand binding domain in complex with (s)-glutamate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
GTNRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRGSGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 3
publication title Binding site and interlobe interactions of the ionotropic glutamate receptor GluK3 ligand binding domain revealed by high resolution crystal structure in complex with (S)-glutamate.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Receptor/agonist
total genus 80
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mh5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mh5A02
3O2AA 4N07A 1O64A 3OO7A 2F78A 4MLQA 5J1DA 1ZU0A 3EHTA 4YMAA 3LUYA 4FEDA 5I2NA 3S9NC 1FTMA 1SD3A 3TAJA 4JWYA 1B5JA 1A40A 5TPAB 2ONKE 5I2KB 2Y7IA 2A5SA 1Q35A 1MDQA 3PUVE 4ONYA 1B4ZA 3ODBA 1M5DA 4NF5A 2QMXA 2HCAA 1HSEA 4YAHX 1Y4CA 2XXRA 2UVHA 4ZZEA 1US5A 5DVIA 4R6KA 3VFJA 2VD2A 1XC1A 3G3GA 4IO6A 4RA1A 1FTJA 3HN0A 3KN8A 5ITOA 5CMKA 4GFRA 3DP6A 3C9HA 4KCDA 4ELRA 2ZYOA 1I6AA 1DTGA 2V84A 4NWCA 3ILUB 2D5WA 1SW5A 2O51A 3QXMA 3CG3A 1A7LA 5H8NB 3EQ1A 4BLAA 1ZMGA 4NTLA 4BDRA 2I4CA 4LZ8A 4IO4A 5H8QA 1FTKA 1S7YA 3FVNA 1IXCA 4UACA 3V8XB 2DVZA 1QUJA 3GLBA 3WAFA 4OEUA 1P1UA 2RC8A 1QUIA 4ZEDA 4IY6A 4EXKA 1EU8A 4G8HA 5AA2B 4U1OA 2ZXTA 1LFGA 2O69A 1MY0A 5KDTB 4X9TA 5TU0A 2O7UA 5ICTA 4U4SA 1JNFA 1MXXA 3U1OA 3H03A 3MP6A 1Y20A 2Z8FA 1D3KA 2Y7PA 3DP4A 3TTMA 2FA7A 3FUZA 4DXBA 4YB5A 2ZYKA 4MF3A 1B9JA 2F8DA 1MXYA 4XKPA 3MVYA 2XXIA 4DDDA 3N6UA 4RY1A 2RINA 2OJTA 4R74A 2P2AA 2W7YA 3KSXA 3FXQA 3KZGA 4OFJA 3OXNA 3MP1A 4H0WA 3IX1A 1URDA 2H9BA 2PVUA 2XXQA 2P0SA 3AXFA 5F1QA 1OLAA 2QMWA 1N7XA 1J1NA 1B7HA 4YKIA 3M3KA 1B5HA 4OZ9A 5DT6A 1SQYA 4R2BA 5F7VA 1USYE 1YTVA 3LSWA 1YPNA 3PUWE 3FV2A 4NF8B 3FASA 5DYHA 4ZDMA 5I84A 3PD8A 4U1ZA 1PDAA 3RNNA 3OO8A 1UTHA 1NL5A 3TTLA 2ALUA 3W9VA 2RKMA 3BFUA 2F34A 3A3UA 1QULA 3IB0A 1JW5A 2HFBA 4LATA 3C4MA 5CRYA 1NH7A 1JVXA 3N94A 3TTKA 1MRPA 2HXWA 4HW8A 1SVXB 1LSTA 3UA8A 3DM0A 3D4GA 1P1QA 2QSXA 1ATGA 4FAJA 1B7ZA 3T22A 3FXRA 3RTWB 5FHMA 1MQGA 2DXRA 5H8HB 4RPNA 2VOZA 4OTEA 3SEVA 1FQEA 1PB7A 2NVUB 2I49A 3KSJA 3CSBA 3OENA 2UXAA 3C35A 4OYVA 4OWDA 3IO6A 4G8MA 1FQDA 5LOMA 1OMPA 2O84X 3HHFA 1MS7A 1A8EA 4KCCA 4C1UA 2QPQA 1M5CA 4PE5B 1O63A 5EYFA 5IKBA 3P7IA 5M2VA 2DWIA 2O68A 2O1LA 2HZLA 3QIMA 5JTYB 1UTBB 1R1NA 3MZBA 4XKNA 4AB5A 3CG1A 3TCFA 4YICA 2XD2A 1MQJA 2ANJA 1NNPA 4JXIA 4R72A 4RPOA 3EHUA 1PC3A 4LQ5A 2XXVA 4F1YA 2UVIA 3IOTA 5H8HA 4FORA 3CIJA 4F2QA 2Z8EA 2KLFA 1NKXA 3SEXA 5KCJA 3PGFA 5DEXA 5AE4A 3MJNA 3OOAA 1B3FA 2DSFA 3O6GA 3QAXA 1YCJA 4X48A 4F19A 3K4UA 3TZAA 4X1DA 1LAHE 1IQ7A 4OERA 4U21A 1IIWA 3RTFB 1FTOA 4WXJA 1WDNA 5HM4B 1R9QA 1UTBA 2Z8DA 1I6BA 3MC2A 1LLSA 3C31A 2XHDA 3U8QA 2D3IA 4I62A 4DCXA 3OELA 1LAFE 4ECFA 1ANFA 2QS2A 4QFPA 1B1XA 1MG1A 3T9HB 3R7XA 2IEEA 4QHQA 3UORA 3C32A 3SEWA 3MP8A 4ND9A 1H44A 5I57A 2ABHA 3VLWA 1NFTA 3OSQA 3TTNA 5AA2D 4K3FA 1FW0A 1MXVA 1P1OA 4PFUA 5TP9B 4Q30B 2XXPA 3SDFA 2R9JA 4IO2A 2P1SA 1L5TA 2Y7RA 2F7AA 1GGGA 3U94A 1SDXA 3PV0E 4F22A 4N13A 3RLFE 1ZBMA 2O1MA 2ONSA 1Y4TA 3PD9A 2QRYA 1M5EA 4NF4B 2H4IA 2QS1A 3K1MA 1TFDA 2VP1A 3H3GA 3I6VA 2DYXA 4XIGQ 3LC8A 4IO3A 1NNKA 4ELQA 3HV1A 1SI1A 3G3KA 3ZKKA 1FQFA 2V25A 1P1NA 4QSEA 2PYYA 1H43A 3N5LA 3G3FA 3K0VA 4YKPA 5I58B 4RYAA 1B32A 3SKPA 3MVWA 4JB7A 4ZEFA 1XOCA 2F97A 1B0LA 2F6GA 1I6QA 1OVBA 2GHBA 2G93A 4GWOA 1ZLQA 1MPDA 4ISUA 4QFOA 1BTJA 3K6WA 1Q1KA 4UA8A 1OLCA 5CC2A 4FE8A 4GQOA 2E0SA 3SESA 2Z23A 4F39A 3PMVA 1VE4A 2Q2AA 3KJTA 4EDPA 1MXWA 4X1BA 3E4RA 1QUKA 4QFKA 4MFIA 3ECRA 1SYIA 5K2YA 1EZPA 2AL5A 1D4NA 4FJPA 5FHOA 1DPPA 1TWYA 2Q2CA 4WEPA 4EF2A 4GL0A 1M5BA 3D4CA 1MQDA 3IL1B 3TUSA 4I1DA 1IUDA 3K2DA 3VVEA 3FVKA 3M3LA 3C34A 1MPCA 5AA4B 4KYDA 3TPAA 5I59A 1MM7A 3Q25A 4G68C 3PPRA 3M8UA 5L9SA 3TELA 4G4PA 3IB1A 4HTGA 2ESNA 3CVGA 3G3JA 3S9LC 3GBAA 4M4GA 4OEVA 3E9XA 2QJEA 3H4ZA 2F35A 4XTCQ 1Z7ME 4Q0CA 2B65A 4WKMA 1BKAA 4JSDA 4PQJA 2E1SA 5TPAA 3RUMA 5I2KA 2RC9A 2VGQA 4MBPA 3OO9A 4RXLA 3PUXE 4GRKA 3K00A 2DE2A 2NXOA 5FHNA 3T9UA 1B40A 3M3FA 3B6TA 2F7CA 1QKBA 3IJXB 4YB6A 4F3BA 2OWSA 3Q27A 3KOSA 1WVJA 2YLNA 2H5YA 4Z0IA 4G68B 4BDOA 1NNTA 5JK4A 4IO7A 5AA4A 3L6HA 2H98A 3W9WA 5CBRA 2HAUA 2Q89A 3MVXA 4IO5A 1PB8A 2V93A 4NWDA 2ZMBA 1GVCA 3FJ7A 1TFAA 3PUZE 1MY3A 2H25A 1OVTA 2Y84A 4KPTA 3S4UA 5H8NA 4ZE8A 4PP0A 1A99A 2F5XA 3O28A 2AL4A 3KJ7A 5CM6A 4WEDA 1XT8A 3T66A 3CSGA 5L9OA 3QSLA 3VLUA 1B3GA 1IXGA 2DE3A 4ZE9A 2I0CA 4DIGA 3T9VA 1OQHA 1XVYA 5L8DA 4TQUQ 4C0RA 1H45A 1LFHA 1ZJLA 2Y7WA 2ZNSA 5AA2A 3K02A 1AOVA 2H99A 4DE8A 3USDA 3B6WA 3TFLA 5KDTA 1I69A 2O7IA 3B6QA 3PPQA 2HEUA 1BLFA 1NMUA 2REJA 4KI0E 4GXAA 1AL3A 3V83A 3G3HA 2DXYA 4H6DA 4ESWA 3SEYA 4HS7A 1II5A 3E13X 4OESA 4LQ2A 4KHZE 2YPNA 3ZSFA 1B6HA 2AIXA 3N6TA 4OENA 3K01A 3KEIA 1MH3A 1ZKBA 3R26A 5ELVA 1WODA 5CI5A 3GBBA 3QUFA 4GVOA 5AA3A 3VE1B 4AB6A 1MH4A 4I8CA 1Y3NA 4DCYA 3TDJA 1TT1A 3G3IA 1B5IA 1LB9A 3N26A 3B7DA 3LSXA 3UN6A 4EXLA 4NF8A 1LCTA 4QRZA 4R6HA 4E0WA 3OD7A 2OCUA 4H65A 1IXIA 2DS9A 1PEBA 1P1WA 3MZ1A 2UVJA 4OETA 3CFLA 3S9EA 4MH5A 1SW2A 3H6WA 4ZS9A 4F3SA 3JYRA 4LZ7A 1Y1MA 3EHSA 3U92A 2X7PA 4XKQA 2BJJX 3S9MC 3FJGA 3IR1A 4FIMA 2HZKA 4BDLA 2D21A 4H5GA 1DMBA 4OFLA 3VVDA 5I56B 2RC7A 4TOZA 1S50A 2PT2A 3ONMA 1D9YA 2F6PA 2FNCA 3Q29A 4HCYA 4LUBA 2XXYA 4ZEIA 1KWHA 3T9XB 1B58A 5A5XB 4N6PA 3TKDA 4GLIA 3TCGA 3VVFA 1GR2A 1RKMA 5CMCA 1POY1 4FATA 1FTLA 1SW1A 2RF1A 4M1VA 1SYHA 3FATA 1B4HA 1N3WA 2PMSA 1N84A 2OLBA 2VHAA 3IK6B 2XXXA 1RYXA 1AH5A 4IGRA 1P99A 3FJMA 2I3WA 5JTYA 2RCBA 3MVZA 2HAVA 4LVQA 4ZECA 3WAEA 3ZS6A 4FEBA 4R73A 3KG2A 3KN3A 1MXZA 3LSFB 3PPPA 3VLVA 4QFNA 2UYEA 1SW4A 4POXA 4ELOA 4F1UA 4JWOA 3OEKA 5A5XA 1A8FA 3OMBA 1DSNA 3I3VA 3K6VA 4U2RA 2Q8JA 3LR1A 4R6YA 2OK2A 1OIBA 4TLLB 3MPLA 3T96B 2V3TA 2DWJA 1CB6A 3A3CA 1POTA 2THIA 4R9GA 2AYSA 2NOOA 3K1NA 3UGWA 3K1PA 5I2NB 4F2OA 4RNSA 2OWTA 4XKRA 1LCFA 1FQAA 1NNFA 3G7WA 4QSDA 1B3HA 5L9MA 3IORA 3HSTA 4NF5B 3KOTA 3U93A 4EQBA 3O9PA 1MXUA 1VFDA 1ZTYA 1Y3QA 4FECA 4O3AA 4EUOA 3Q28A 3DLNA 3HCQA 1URGA 1XHYA 3K6XA 3MW0A 3FVGA 1B05A 1DTZA 4OFOA 1H3DA 1LBBA 4JDFA 5TP9A 4DXCA 1YAEA 2XXTA 5AA1A 5FTIA 2OBGA 4KYEA 1LB8A 1HSLA 1Y1ZA 3IO4A 5B70A 1O7TA 3TCHA 2R6GE 5H8QB 2V3UA 4NF4A 3THIA 3EN3A 3IOWA 3BFTA 1LGBC 4RK9A 5DVJA 1RYOA 4EQ7A 3UK4A 1H76A 4YMBA 1URSA 5FTHA 3IOUA 3O66A 4U22A 2X7QA 5I58A 1DOTA 3RN8A 5IAIA 3I5OA 1LAGE 2M8CA 3DELB 2LAOA 1QW0A 2GHAA 4LA9A 1ZIUA 5JEIA 4H67A 3C36A 2PBWA 2PT1A 3A09A 1MDP1 4Q8RA 3T93B 1OQGA 2I58A 1JETA 4G8NA 1JW1A 3IAZA 4OXVA 3U72A 1MY4A 2QS3A 5ITPA 4QFLA 3CI8A 3IJOB 4OVJA 1UQWA 5CMMA 1S9TA 5CBSA 3FIRA 4H1XA 2NUVA 1IXHA 1QKAA 4U23A 5H8SA 3E3KA 1PBQA 1BP5A 1MQIA 2I3VA 5BWJA 4ELPA 3VXCA 3CRBA 4LONB 1US4A 2UVGA 2B3FA 1MM6A 4GIZA 4POWA 3PMXA 4GF8A 4F3PA 1MQHA 2UYFA 4DZ1A 5DTBA 1VFEA 2Q9TA 1UTHB 3H7MA 3SETA 3O29A 1B2HA 2Q88A 4MLVA 1N0TA 1FCKA 3SEUA 1Z7NE 1DPEA 5CMBA 4IGTA 3PMWA 4GXSB 4DXUA 1D9VA 1SBPA 1B3LA 4ZEBA 1N04A 1B51A 1MY2A 2I6EA 4PFYA 3PUYE 2ZNTA 1SI0A 3TEPA 2DE4A 3OEMA 4YZZA 5HPQA 4G2ZA 2GH9A 3TYHA 3KFMA 2OZZA 1F9BA 3JZJA 3QYTA 3Q26A 2CMOA 3EF7A 4G68A 2GRVA 2GFEA 4PFWA 1JW4A 4Q5TA 1IEJA 2NWJA 2I0BA 3OSRA 3ILTB 4F31B 4LP2B 2ZYNA 3TMGA 2X26A 2DOJA 1IZ1A 4QSCA 3IOVA 2I48A 4NF6B 4P0GA 2IA4A 3HPIA 3VV5A 3CFZA 2VD3A 4P0IA 4BDQA 2A5TB 4BDNA 3C33A 3TODA 1NH8A 3RT6B 3MBPA 4F18A 1MY1A 3GZGA 2F36A 3IB2A 2XD3A 4G77A 2HQ0A 4H8JA 3V5AA 2DWHA 4KQPA 4AQ4A 4EQ9A 3OO6A 2QS4A 3BBRA 3JV9A 4OQOA 3O6IA 4H8IA 3KGCA 4C1TA 4GD5A 2DQVA 1HSJA 3HHGA 4R75A 3MZ9A 1B0HA 2XXWA 5KCJB 4OHNA 4EF1A 5DEXB 3FD3A 4THIA 1MPBA 1M5FA 1QJMA 1R6ZA 5KZTA 2PX1A 3FZVA 1Y9UA 3F11A 4XXUA 5B7DA 3O6HA 5K2XA 4R2FA 4NF6A 1LBCA 4F3GA 4HCWA 1JQFA 4ZZAA 2DWAA 3TQWA 2R71A 2A5TA 3DP8A 3TTRA 1QVSA 1AMFA 3H6VA 4Z7EA 3H06B 4JSOA 2Z22A 1USYH 3RT8A 1LAXA 3MUQA 3PPNA 4TLMB 3MPKA 1XVXA 1N3XA 3VXBA 1ELJA 2DVCA 2ONRA 3TQLA 4IB2A 4PFTA 3L6GA 5ISUA 4YKJA 3LBSA 5H8FB 1Y3PA 5I57B 3UIFA 3K6UA 3SERA 5EHSA 3VDFA 2XX7A 4RK2A 3MQ9A 3FXUA 4NMYA 2B3BA 1T0KA 1JEVA 4I9DA 4NE4A 1EZOA 4KFQA 2XX8A 1JVYA 2O6AA 3MAMA 3RQTA 3CR9A 4R9FA 2Y7KA 1B3EA 4KD5A 4LZ5A 4GL8A 3H6TA 2CZLA 1B1HA 1GV8A 4GOTA 4U4XA 1EH3A 1FQBA 1IITA 3FV1A 1LFIA 4F1VA 1AIVA 2V3QA 1EZ9A 2RCAA 4ESXA 4QF9A 1A55A 3PPOA 3V89B 5I56A 3PU5A 5BUUA 2G29A 2WKYA 3RPWA 4O3BA 4E0XA 1N7WA 3KN7A 3CFXA 4H5FA 1PB9A 3KBRA 2I4BA 3UP9A 1B52A 4YU0A 4YB7A 4P11A 4KR5A 4ZEKA 1CE2A 4O3CA 5H8FA 4IY5A 4DLDA 2REGA 3BKIB 2YJPA 4BDMA 3MWBA 4NEDA 1VR5A 2ZYMA 5ICQA 5EHMA 3ZKLA 3FGSA 2XXHA 2F7BA 3GXAA 1VSOA 3LSLA 4JBZA 2XX9A 1TXFA 3R6UA 5HBCA 4OMBA 3HO7A 3S2VA 1B46A 4YKKA 1XS5A 3FVOA 1N76A 1GTKA 1R9LA 4JWXA 3EPEA 2DP8A 1UIVA 5DVFA 3RY3A 1BIYA 1UIUA 1A54A 2QL3A 2ZNUA 1B7UA 4KYSA 2FYIA 5I59B 1JEUA 3RGYA 3H6UA 4RJZA 2XXUA 4F29A 4PETA 3QUJA 1FQCA 1PBPA 3O97A 4L17A 3W15C 3QK6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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