4POWA

Structure of the pbp noct in complex with pyronopaline
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 90
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4powA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4powA02
3THIA 1UTHB 3MAMA 5HM4B 4XKNA 5JTYA 2BJJX 4DIGA 1MXUA 2OCUA 1CE2A 2QS4A 4KHZE 3E4RA 4YU0A 1YCJA 4GD5A 1SW2A 5JTYB 2HZLA 3T66A 3U72A 1M5BA 3KN3A 3PMVA 2YPNA 4MLQA 2H4IA 2VOZA 3OO8A 3U92A 1Y9UA 1NH7A 2XXXA 4FECA 4OEUA 2YLNA 3RTFB 2B3BA 2VD3A 4DCYA 4R6HA 4X48A 3S9EA 1FQFA 5H8NA 1R1NA 5I58A 1ZLQA 1DMBA 1B7UA 1P1WA 3WAEA 4OXVA 3TCGA 2Z8DA 5BUUA 5CMKA 3KN8A 2XXTA 1M5CA 2GHAA 4LVQA 5H8NB 1I6QA 2Y7PA 5I58B 3TQLA 2DE3A 3IB1A 4JSDA 2F34A 4THIA 4K3FA 2AL4A 4F1UA 4R73A 5TPAA 3MVYA 1LCFA 1F9BA 1O63A 4OFOA 1SBPA 2ZMBA 3M3FA 5TPAB 2HCAA 1B4HA 1O64A 4JBZA 2B3FA 4OVJA 4U2RA 3TEPA 4KPTA 4Z7EA 3PUZE 2NOOA 4HS7A 1LAXA 4IB2A 4F18A 3KBRA 3FV2A 5I57A 1QULA 3C31A 1WDNA 3MUQA 5H8QA 4LA9A 4P0GA 1EZPA 4N13A 3TQWA 4ELRA 1NMUA 4F39A 5I57B 2Z22A 2XXWA 4ELQA 4Q30B 5H8QB 2X26A 5EHSA 3HO7A 4NMYA 3SETA 3G3IA 1ZBMA 3OELA 4ONYA 1POTA 2P2AA 3B6WA 3O28A 4XKQA 2HAVA 4QSDA 3G3GA 2XX7A 3PU5A 2XXYA 4HTGA 5CMBA 1B5IA 3ZKKA 5AA2D 4DLDA 4U22A 4ZEFA 1OVBA 3S9LC 2WKYA 4OETA 2R9JA 1NH8A 2NVUB 1P1QA 3K6VA 2OJTA 3U93A 3V83A 4ELOA 2X7PA 4LONB 1Z7ME 3LUYA 3H6WA 4KCDA 5K2XA 2QS1A 1S9TA 1H76A 3SEUA 2ZYOA 5H8SA 2O7UA 4H8JA 2Q2AA 1R9LA 1AL3A 3TZAA 1MY4A 1IXGA 4NTLA 4OYVA 4R9FA 4RPNA 2PVUA 5LOMA 4YB6A 1XVXA 3C32A 4FJPA 3GZGA 1QW0A 3V8XB 4ESXA 3HV1A 2F36A 3KN7A 3KSJA 4Q8RA 3ONMA 1B9JA 5I2NA 3QYTA 2V3QA 2Q88A 2I49A 5FHOA 1SW1A 4R72A 4RPOA 5JK4A 1DSNA 2ZNSA 1LBBA 5I2NB 4MH5A 2DSFA 1VE4A 1B3FA 4RYAA 4RK9A 2X7QA 1USYH 1M5DA 3SDFA 4KYEA 1JEVA 4IO4A 3O6IA 4I62A 5KZTA 1RKMA 2I48A 1OQHA 3VXBA 1N3XA 2XHDA 3GBBA 2F78A 1N3WA 3PMWA 5J1DA 3IJXB 3OO6A 3O6GA 3CSGA 3BKIB 2PYYA 3OSRA 2IA4A 3TDJA 2D5WA 1B32A 3MP1A 1A7LA 3CR9A 1A8FA 4U1OA 4U23A 2NUVA 2RKMA 1ZIUA 1MG1A 3IO4A 4HCWA 4MBPA 1DTZA 3W9WA 3CFXA 3FUZA 3K01A 1LFGA 4EDPA 2OWSA 4OESA 1MXXA 4NF5A 2V84A 2I4BA 2ESNA 1M5FA 1PC3A 2DXRA 4PQJA 3VLVA 1MXVA 4PFUA 3EHSA 3MVWA 4ELPA 3ZKLA 3IOTA 3ILTB 3B7DA 4F3GA 3OXNA 4QFLA 3FGSA 3C35A 2Y7KA 4FATA 2DP8A 3E13X 3SESA 3OEMA 2KLFA 1TFDA 3MJNA 3HHGA 3OSQA 3UA8A 3RGYA 1JVXA 1WVJA 3FJMA 5DVJA 2P1SA 1SYIA 2Y7IA 2GH9A 3I3VA 2F97A 1I6AA 1VFDA 1OQGA 3K6UA 3T9HB 2CZLA 4MFIA 3K00A 4FE8A 4NF4A 1D9YA 2A5TA 5M2VA 2I4CA 1N04A 1LB9A 4NF4B 5AA1A 2A5TB 2V93A 2DVZA 4NE4A 2ZYMA 4RA1A 1PB9A 4EF1A 4F29A 3JV9A 3K1PA 5HBCA 1D3KA 4N6PA 5I2KA 4R74A 3FZVA 1QKAA 1P1NA 2ZYKA 2UVJA 3N6TA 4NEDA 5KDTA 5I2KB 4QFKA 1RYXA 4YZZA 3Q27A 4PFWA 5F1QA 2LAOA 3FXUA 3IR1A 4F19A 3T9UA 5KDTB 5I84A 3IB0A 4P0IA 4OFLA 3EPEA 4ZECA 4R9GA 4H65A 4NWDA 3USDA 4YMBA 3R6UA 2O51A 2DOJA 3UK4A 1B1XA 2PBWA 3UN6A 1NFTA 2XXUA 3FVOA 2DXYA 3VV5A 3G3JA 2I58A 3VLWA 1N7XA 1Z7NE 1JEUA 2VHAA 3EN3A 1ZTYA 5ITPA 3SKPA 2D3IA 4TQUQ 1XT8A 4XTCQ 2GFEA 3K4UA 3T93B 1LLSA 3MBPA 1B0HA 3KOTA 5L9MA 4JSOA 3OO7A 3HSTA 2Y7WA 4MF3A 4I8CA 1HSLA 1MPBA 1JETA 3UP9A 4L17A 3N26A 4OERA 1MPDA 3KJ7A 3TFLA 1TFAA 1T0KA 3IOWA 3PUXE 3IAZA 4F3PA 1B3GA 1VFEA 2ANJA 2XXPA 3M3KA 3U8QA 2RCAA 3A3UA 3CIJA 2XXQA 4WEDA 2DS9A 4GQOA 4IO3A 3QUJA 3TAJA 2W7YA 4G8NA 3KSXA 2XD3A 3JYRA 1JW4A 3PV0E 1B4ZA 3T9VA 2V3TA 3HPIA 4PFTA 4TLLB 1MY2A 2QMWA 5HPQA 3DELB 1MQIA 2IEEA 5L9OA 1OLCA 3VVDA 1LSTA 4LZ7A 2E1SA 3G7WA 3Q28A 4UA8A 1PEBA 5ELVA 1POY1 2ZNUA 3KFMA 3PGFA 4YAHX 4X1DA 4H0WA 4KFQA 4YMAA 3FJ7A 3C33A 3FJGA 1N84A 2O69A 4RXLA 3OENA 4OENA 2R6GE 4G77A 4O3CA 1A40A 3H6UA 3I5OA 4RNSA 5I59A 3GLBA 1B51A 1B6HA 2OBGA 3FV1A 3RPWA 1XHYA 3F11A 1SI0A 4Z0IA 3LSXA 1Y20A 4EXLA 4C0RA 1H45A 3IJOB 2O84X 4RK2A 1P1OA 2HQ0A 1LAHE 4ZE8A 4EQBA 1B40A 4EUOA 1JVYA 2XXRA 1ZKBA 4OEVA 4N07A 2ONRA 3H3GA 3M8UA 1A8EA 1H44A 2UVGA 1R6ZA 2F7AA 2RCBA 3HHFA 4EXKA 1BKAA 2PT1A 4I1DA 4BDQA 4FEBA 3CSBA 1JNFA 2Z8FA 1H3DA 1OLAA 1PBPA 1QUKA 1HSEA 3VFJA 3MZ9A 3IOVA 2Q8JA 4XKRA 1Y4CA 2HXWA 1MQHA 3PPRA 1B5HA 4KQPA 4QF9A 1H43A 1PB8A 4X9TA 2Q89A 4GWOA 1B3EA 4TOZA 3KOSA 4F31B 5ITOA 2F7BA 4ECFA 4PP0A 2ALUA 3B6QA 4JDFA 1XVYA 3JZJA 1O7TA 1RYOA 1MDQA 2O1MA 1MQJA 1Y3QA 1A54A 1IQ7A 2QS3A 1URDA 5CC2A 4M4GA 4F1VA 3V89B 5DTBA 3MZBA 4QHQA 4BDMA 2AYSA 4BDLA 4DCXA 1FQDA 4EQ9A 1MQDA 1LBCA 3TCFA 4GXAA 4U4SA 3S4UA 4P11A 1GGGA 4R2FA 2F6PA 3DLNA 1B3LA 2DWHA 4G8HA 4G4PA 1FQEA 3H4ZA 3T22A 1NKXA 2QJEA 4EQ7A 5EYFA 1BLFA 4G2ZA 1MM7A 5I56A 5AA2A 4H5FA 3IORA 4GFRA 3P7IA 1N76A 3ZSFA 3EF7A 3DM0A 3TTMA 1DOTA 5F7VA 5I56B 4R6YA 2YJPA 2F8DA 3G3FA 5FTHA 3BFTA 1SYHA 3PD8A 3QUFA 4POXA 2I0BA 2Z23A 2DE4A 1URSA 1QUIA 5CBSA 2XX8A 1NNTA 1LFIA 3VXCA 4G8MA 1LGBC 1DPEA 2UYFA 3IK6B 5CM6A 1GTKA 3SEYA 1CB6A 4GL8A 4LZ5A 1I6BA 2H99A 2QRYA 3PD9A 3OD7A 3CFZA 4YKJA 4ZDMA 1Y3NA 3ILUB 4ZEBA 1S7YA 3H03A 3ODBA 2B65A 4NF5B 4XXUA 4F22A 4LZ8A 2PX1A 1SDXA 4DDDA 4DXBA 3OO9A 4WEPA 4GOTA 1TXFA 4LP2B 3W15C 5IAIA 2M8CA 1PDAA 5TP9A 3O29A 4GXSB 3LR1A 2ZYNA 1KWHA 3L6HA 1MY3A 1B2HA 1QUJA 1GVCA 4H67A 2DQVA 3IB2A 5TP9B 3K0VA 2QL3A 1XC1A 3O9PA 3N5LA 4DXCA 3CI8A 3O97A 3FXQA 3VLUA 5IKBA 2O6AA 3QIMA 4O3BA 4E0WA 4PETA 5AE4A 4KYDA 3CG3A 5KCJA 4EF2A 3K2DA 1IIWA 4OZ9A 3H06B 2UXAA 4GL0A 4JXIA 3RUMA 4XIGQ 2Q2CA 1Y1MA 2DWAA 4RY1A 3H7MA 5FHNA 5KCJB 2D21A 3R7XA 2I0CA 3EHUA 2QMXA 3N6UA 4GF8A 1XOCA 1LAFE 2UYEA 4UACA 2O1LA 5TU0A 5DVFA 2RC9A 2O7IA 1FTKA 3FASA 3GBAA 4OHNA 4QSCA 1Y4TA 1LFHA 4HW8A 5CBRA 2ONSA 1L5TA 1BTJA 3VDFA 4QSEA 5CMCA 1LB8A 4JWXA 2R71A 3U94A 4F1YA 5FHMA 3MPLA 4YB7A 1BP5A 2NWJA 4LQ2A 3A09A 1GR2A 2VGQA 4GLIA 3ZS6A 1A99A 5JEIA 2XX9A 4AB6A 2F7CA 3E3KA 3N94A 5L9SA 4LATA 1SW4A 2F6GA 2H9BA 1P99A 2H25A 4POWA 1B0LA 4GIZA 1FW0A 4G68A 4DE8A 4E0XA 3DP4A 3LSFB 1PB7A 2NXOA 3MP6A 4NWCA 4AB5A 1SD3A 3CRBA 5FTIA 1N7WA 2H5YA 3MWBA 4RJZA 2F35A 4ZEKA 3RQTA 1ZMGA 4M1VA 4O3AA 2G29A 4IO6A 1IZ1A 1NNPA 1MH4A 1FTOA 4F2QA 4GRKA 3IO6A 1EU8A 3UORA 3PUVE 4QRZA 3T9XB 3TODA 1UQWA 3TTKA 3KJTA 1GV8A 1B58A 3VVEA 1PBQA 4QFOA 4YKIA 1NL5A 4R2BA 1Y3PA 3C9HA 3BFUA 2QSXA 5CI5A 1MQGA 5ICTA 3A3CA 1YAEA 1VR5A 3RT6B 3TCHA 1ZU0A 3PPPA 4WKMA 4PE5B 4PFYA 1UIUA 2ONKE 4KR5A 3B6TA 1I69A 4FEDA 3TYHA 1ANFA 2CMOA 2REJA 3WAFA 4DXUA 5CMMA 1P1UA 3HCQA 2QS2A 4F3BA 3M3LA 4NF8A 2XXVA 1B05A 3IL1B 2Y84A 4LUBA 4U21A 3FIRA 1BIYA 4NF8B 2OZZA 3EHTA 3G3KA 1D9VA 4OWDA 5AA3A 3E9XA 1EZOA 2DYXA 4U4XA 1ATGA 1D4NA 2HEUA 5I59B 4U1ZA 1MH3A 2G93A 3UGWA 4YICA 4GVOA 2RINA 3QK6A 4C1TA 2PT2A 1B46A 2ABHA 4IO5A 2F5XA 3OEKA 2HFBA 3BBRA 5B70A 5BWJA 1IXCA 3RNNA 3Q26A 2AL5A 1Q1KA 3MVXA 1JW5A 5H8HA 4OMBA 3I6VA 1DTGA 2A5SA 3MP8A 3K6WA 3O66A 4KCCA 3VE1B 3IOUA 3TMGA 1Q35A 5H8HB 3MPKA 4F2OA 3MZ1A 4IGRA 2FA7A 5L8DA 4KD5A 3O2AA 2UVHA 2P0SA 3S9MC 3PUYE 4AQ4A 2DE2A 4G68C 3VVFA 1QKBA 3PPNA 1NNFA 2XXHA 1JQFA 5CRYA 1ZJLA 1MM6A 4MLVA 3LSLA 2FNCA 4ZS9A 3RY3A 3QXMA 3D4CA 3T96B 3V5AA 3LSWA 4TLMB 1MDP1 5DYHA 3SERA 2GHBA 4WXJA 4Q0CA 5ICQA 3D4GA 1FTMA 4BDNA 4OTEA 1MXZA 1SQYA 1B3HA 1UTBA 4NF6A 2I3WA 2XD2A 4ZEIA 1OMPA 3TKDA 4ZZAA 3RLFE 4YKKA 3S9NC 1UTBB 4NF6B 3FVGA 4KYSA 1MY0A 1VSOA 2DWJA 2UVIA 3H6TA 2H98A 4R6KA 4IY5A 1AOVA 3FXRA 1USYE 1B7ZA 3LC8A 1UIVA 1OIBA 3R26A 1LAGE 4FAJA 3MVZA 1LCTA 4QFPA 1TT1A 3OOAA 3PPQA 1DPPA 2DWIA 3TTLA 4JB7A 4JWOA 4H8IA 3AXFA 1R9QA 5ISUA 1FQBA 2OWTA 3EQ1A 4I9DA 5AA2B 1FTJA 3LBSA 3S2VA 3G3HA 4X1BA 3OMBA 4IO2A 3RT8A 4R75A 4Q5TA 3C34A 2OK2A 5DVIA 3C36A 4ESWA 3K1MA 1A55A 1Y1ZA 3DP8A 4BDRA 3Q29A 2Q9TA 3TTRA 1EH3A 5EHMA 2GRVA 1OVTA 5DT6A 4DZ1A 4QFNA 3TELA 3Q25A 4IO7A 3RN8A 1TWYA 1IUDA 3K6XA 1M5EA 3K1NA 2I6EA 4ZEDA 1MXWA 1MS7A 1IXHA 3CFLA 1II5A 1MPCA 2PMSA 1IXIA 3W9VA 3KEIA 4BLAA 1MY1A 3TPAA 5B7DA 2AIXA 3L6GA 2V3UA 4ND9A 1AMFA 4HCYA 4LQ5A 1ELJA 3KGCA 3PUWE 1FCKA 1J1NA 5AA4A 1NNKA 4H5GA 2THIA 3QSLA 3SEWA 3MQ9A 5K2YA 2DVCA 1AH5A 5DEXA 3PMXA 4ISUA 3HN0A 5AA4B 3CG1A 1EZ9A 2REGA 4IGTA 3KG2A 3CVGA 3FATA 3FD3A 3SEXA 1SVXB 5DEXB 1IEJA 1JW1A 3RTWB 4OQOA 1YTVA 3PPOA 1IITA 4H6DA 4KI0E 4YKPA 3TTNA 2VD2A 4JWYA 1US5A 2HAUA 2OLBA 2Y7RA 4FIMA 2ZNTA 1FQCA 1SI1A 4IY6A 1HSJA 2ZXTA 3MC2A 3H6VA 2O68A 4OFJA 2RC8A 1AIVA 3ECRA 2Z8EA 2RC7A 5A5XA 1B1HA 1MXYA 3KZGA 1WODA 4ZE9A 1B7HA 4FORA 2VP1A 1S50A 2HZKA 3MW0A 3SEVA 3C4MA 5A5XB 1FTLA 5H8FA 3FVNA 2I3VA 1QVSA 1YPNA 1US4A 4F3SA 3QAXA 3FVKA 4C1UA 2RF1A 5H8FB 1XS5A 3GXAA 2QPQA 2XXIA 3UIFA 1QJMA 4ZZEA 2V25A 4XKPA 2E0SA 1B52A 3IX1A 1SW5A 1N0TA 1UTHA 2FYIA 3DP6A 3O6HA 4G68B 1FQAA 1MRPA 4H1XA 1B5JA 3K02A 4YB5A 4BDOA 1URGA 3TUSA 3U1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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