4POWA

Structure of the pbp noct in complex with pyronopaline
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 90
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4powA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4powA02
2F35A 3ILTB 1P1NA 3T9VA 4G2ZA 3IORA 3DM0A 4U22A 1B0HA 1TFDA 2D3IA 3TQLA 1GV8A 3IOVA 4H1XA 4QFKA 3RTWB 1OIBA 1YCJA 1Q1KA 5H8SA 2ALUA 2E0SA 2DS9A 4ELRA 2ZNUA 2KLFA 3VV5A 1MH3A 2Y84A 2DVCA 2DSFA 1NL5A 3DELB 4LP2B 1M5BA 3FV2A 5JEIA 1QKBA 1SD3A 4QF9A 1B3FA 2FA7A 1D3KA 4F3GA 4P11A 2OWTA 4NMYA 1MXXA 3KSJA 4PQJA 3IOWA 1LAXA 5DYHA 2XXUA 4DXCA 1FQCA 4F1UA 4I62A 4UA8A 1XC1A 1SDXA 2O7IA 3ILUB 4PP0A 3QYTA 4G8NA 4ZZAA 4DXBA 4HCYA 3O6HA 3N6UA 4LZ8A 5B70A 4DE8A 4KPTA 5LOMA 3C34A 4L17A 2RC9A 3KZGA 3C4MA 1PBPA 3FVGA 4DDDA 1LB9A 3KSXA 3HO7A 1SQYA 2Q2CA 3PUXE 4XKNA 2UVGA 4KYDA 2RC7A 3P7IA 3MVYA 3IOUA 2DWAA 1AL3A 2O69A 4FAJA 3Q29A 2B3FA 1JW4A 1ZKBA 1NFTA 4KFQA 1N3WA 2Q9TA 5H8FB 3A09A 3TKDA 4KHZE 4KI0E 4OHNA 3VXBA 1MM6A 1O7TA 4BDLA 2DWHA 3HSTA 1LAGE 3H6WA 3IR1A 2DXYA 4RNSA 3E9XA 2P1SA 2RCAA 1SVXB 4GF8A 1N7WA 3UA8A 4RY1A 2R6GE 3TQWA 5I56B 3TODA 5H8FA 3MQ9A 2OLBA 4X9TA 2O51A 1S7YA 1B5IA 4HS7A 4MH5A 4JSDA 2Y7PA 2XXHA 2ABHA 4XIGQ 3PV0E 4LZ5A 4NF8B 4QRZA 3K1PA 5I56A 1Z7ME 1P1UA 3CIJA 3U1OA 2XXIA 3FATA 4F3BA 1O63A 3MZ9A 4F19A 1MM7A 1B3HA 3O2AA 1TXFA 4OQOA 5ITOA 2XXWA 4DLDA 3RT8A 1ZU0A 3RGYA 3HN0A 1DMBA 2O6AA 3AXFA 4R75A 4AB6A 3ZKKA 3K01A 4NF8A 3FXQA 3MPKA 5KDTA 2I49A 3FD3A 4FJPA 1F9BA 5L9OA 1JETA 1A8EA 1IIWA 3E3KA 5J1DA 3UGWA 2P0SA 2DWJA 4G8MA 1GGGA 2YLNA 1NMUA 3FVOA 1B52A 3OO6A 4OFLA 3I5OA 1PB7A 3H6VA 2XXXA 4KCCA 4C0RA 1WVJA 3G3KA 1B32A 2AL5A 4YKJA 3FUZA 1VFEA 1A99A 2Z8DA 1FTKA 1I6AA 5CBSA 1YAEA 1B05A 2V93A 2E1SA 1T0KA 3VLUA 3T93B 2UYFA 3C32A 4H5FA 4GL0A 1P99A 2F6PA 1B3EA 4MLVA 1SW2A 3RPWA 1DPEA 3ONMA 4FIMA 3HPIA 4IB2A 1GVCA 5B7DA 2GH9A 2F7CA 2Z23A 4I8CA 3C31A 3H7MA 3PMXA 4EQ7A 3PU5A 4IO3A 3VVEA 2DVZA 3SEUA 2QS4A 4XKPA 1N76A 1UTHB 3OO7A 4QHQA 1B6HA 3MVZA 1OMPA 2QSXA 4OMBA 1RKMA 5F7VA 3QK6A 1IUDA 1N0TA 1IXCA 4JSOA 2ZMBA 2X7QA 4R74A 1PDAA 2P2AA 3TYHA 5IKBA 2ZYNA 4AB5A 5A5XA 4HCWA 5ELVA 3VLWA 5CMKA 1HSJA 4WXJA 3G3HA 3K0VA 3EHTA 1OLAA 1UTHA 3B6WA 3CFXA 2I0CA 4LZ7A 3UK4A 1EZPA 4LONB 5FHOA 2AYSA 5I58B 4H8JA 1JEVA 5CBRA 3KGCA 4Z0IA 3T9HB 5FHNA 5AA1A 4TOZA 1FQFA 3H6TA 4EF2A 1MY1A 3V8XB 3EQ1A 4U2RA 4NF4B 1BKAA 1NH8A 5CMCA 2QMWA 3EHUA 2VD2A 2XXRA 3BBRA 3IO6A 2I4BA 1Y1MA 2OWSA 3G3GA 1H44A 2RF1A 3FJMA 1D9VA 4POWA 2DXRA 3G3IA 5AA3A 2XXTA 1MXZA 2OZZA 3A3CA 1DTGA 4OEUA 4MFIA 1XVXA 1LFGA 1MQJA 4O3CA 1FQDA 2A5TA 5HM4B 3TFLA 3MP6A 4DXUA 2O84X 1I6QA 4NF4A 4Z7EA 4H5GA 1LGBC 5HPQA 1SW4A 1Y3QA 2H4IA 1B5JA 2PBWA 2VHAA 2F97A 3N94A 3CFLA 5H8NA 4YB5A 1XS5A 3JYRA 4IO6A 3FXRA 4QFNA 1FQAA 3PPNA 2V25A 1LAFE 1NH7A 1WODA 5AE4A 3U8QA 4K3FA 1QVSA 3CR9A 2HZLA 3TZAA 3KN7A 3OXNA 2Q89A 5ITPA 2FNCA 5I2KB 5I2NA 3MPLA 4OENA 3H3GA 4XKRA 1PC3A 4MLQA 5CM6A 1M5CA 5H8HB 3Q25A 4N07A 4H67A 2DE4A 2HEUA 4G77A 4P0GA 1NNPA 5KZTA 4F29A 3MZBA 3S9MC 1N04A 1MXVA 2QL3A 2X26A 3S2VA 2PVUA 3C35A 4PFUA 3TCFA 1R9QA 5I2KA 2ONRA 3RNNA 4OXVA 2O7UA 3IL1B 4IO4A 4NWDA 3LUYA 2XX9A 2VOZA 3DP4A 4TLMB 1B4ZA 5BUUA 1LCTA 2PMSA 1M5FA 5H8HA 1A54A 2DE3A 3MP8A 2V3QA 4ZE8A 1ZMGA 1WDNA 3S9LC 3QUJA 4E0XA 4R2FA 4ZECA 3WAFA 3V5AA 3G3JA 2ZNTA 3U92A 4F3PA 3KOTA 2F34A 2Q2AA 1PB9A 1XT8A 3K02A 5EHSA 2REJA 3SDFA 4RXLA 3PUYE 4KR5A 3IK6B 4RK9A 4M1VA 2DOJA 3VXCA 4EXKA 4GLIA 2R71A 2PYYA 4OEVA 1NNTA 3V89B 2OBGA 2AIXA 3IB1A 2R9JA 3N6TA 3CG3A 1YPNA 3EHSA 1POY1 4TLLB 4M4GA 3E13X 2RINA 2F7BA 2D21A 4OFOA 1B1XA 3LSFB 3ZSFA 1AIVA 2ONKE 5AA2D 3H4ZA 1QULA 4JDFA 3KBRA 1NNFA 2G93A 3TEPA 4POXA 1A7LA 3K1MA 3MVXA 4G4PA 4ECFA 3BKIB 2UXAA 3MP1A 4C1TA 1P1QA 4GOTA 4I9DA 4WKMA 2Q8JA 2QS1A 4ELPA 1GTKA 4R6KA 5L9MA 1AMFA 1DSNA 4EXLA 3O28A 5AA2B 4OERA 4ND9A 3MJNA 4KCDA 3R6UA 1R1NA 3D4GA 4BLAA 3RUMA 1IQ7A 3F11A 1US4A 5BWJA 4NF5A 2THIA 5TP9A 4OZ9A 4MBPA 2G29A 1Y9UA 2Q88A 5DVIA 3RLFE 4ZEKA 4ZE9A 1PEBA 3K6WA 1B7ZA 3E4RA 2O1LA 5AA2A 1JQFA 3SKPA 3D4CA 1DOTA 1EH3A 1MXUA 4BDRA 1OQGA 4PETA 1OLCA 3MC2A 1SI1A 4OVJA 3V83A 5KDTB 3K1NA 3FXUA 3ZKLA 1IZ1A 1UTBA 2VD3A 5JTYB 3LBSA 1MY2A 1CB6A 4BDMA 1B7UA 4OYVA 3GLBA 4RA1A 4F2OA 5CI5A 2F8DA 5I57B 3GBBA 4YB7A 3MUQA 4FATA 2ZYKA 3CVGA 4PFTA 3G3FA 3OEKA 2GFEA 5I59A 2I4CA 3C33A 4R72A 4YKPA 3FVNA 2PT2A 5JTYA 4OETA 1P1WA 5EYFA 3HV1A 4GWOA 3KG2A 5I57A 3QSLA 2UVHA 2XHDA 1URGA 2I0BA 2YPNA 2NUVA 2M8CA 1B4HA 4X1BA 1B2HA 1QW0A 1IXGA 3VVFA 3MWBA 2H5YA 3TTKA 3DP6A 2Y7KA 5ISUA 3LSLA 3W9WA 3PGFA 4EQBA 3RTFB 3M3LA 1FQEA 4TQUQ 1BP5A 3H03A 1MPCA 5TU0A 3O9PA 4HTGA 1S50A 4U1ZA 4U4XA 3CG1A 5TPAA 2ZXTA 4EF1A 1RYXA 2NOOA 3USDA 3HCQA 4LATA 1J1NA 1FTOA 1JW1A 2Y7RA 2UVJA 3ECRA 4JB7A 3R7XA 4F2QA 3EPEA 1BIYA 1BLFA 2WKYA 5ICQA 3Q28A 1Y4CA 1POTA 5A5XB 3CI8A 3RY3A 2ZYOA 2GRVA 3CRBA 5K2YA 2IEEA 5DVJA 4H0WA 3K4UA 4GQOA 1ZTYA 3OD7A 4RPOA 3IJOB 5DTBA 1Z7NE 2I3WA 4QFPA 1SW5A 4OFJA 4YMAA 1UIVA 4RPNA 3VE1B 3S4UA 1SYIA 1HSLA 1N7XA 3O29A 4OWDA 2O1MA 3BFUA 1DTZA 2QMXA 4EQ9A 3LC8A 2UYEA 5L8DA 4BDOA 1JNFA 2X7PA 2PT1A 3FJGA 1CE2A 4JBZA 4X48A 1Y4TA 3OEMA 4NTLA 3SEXA 1ELJA 1XVYA 5DT6A 1VSOA 4BDQA 1YTVA 3B6QA 3CFZA 2VP1A 3O6IA 3TELA 3C36A 2A5TB 3FASA 1Y1ZA 3MBPA 2HXWA 1R9LA 4H8IA 4F1VA 1B1HA 4ZEIA 3MZ1A 3BFTA 4Q8RA 3B7DA 1NNKA 3KJTA 2H25A 5K2XA 1NKXA 1MY4A 2PX1A 5H8NB 1EU8A 4ZEDA 3PUZE 4E0WA 2V3UA 1DPPA 1UQWA 3VVDA 4ZZEA 1QKAA 3KEIA 1R6ZA 2F5XA 4WEDA 1IITA 4U23A 4YICA 1MPDA 4QSCA 1H45A 2FYIA 2QRYA 4JXIA 4X1DA 2QS3A 3TAJA 5I2NB 1QUJA 3T66A 4LVQA 2DYXA 2I3VA 4YZZA 2XX7A 2D5WA 1URSA 3KOSA 3JZJA 3VDFA 2XXPA 1Y3PA 1BTJA 4ELOA 4WEPA 5FTIA 2XD2A 5I84A 3IJXB 2UVIA 3PMWA 3FV1A 1MXYA 4O3AA 1Q35A 1MS7A 1LLSA 4ELQA 2ZNSA 1FTLA 4FE8A 4YKKA 3SEYA 5CRYA 3O97A 4GD5A 1LFHA 2QS2A 1TWYA 4ESWA 4DZ1A 2NWJA 1ANFA 1SI0A 1URDA 2H98A 3OMBA 2OCUA 3DP8A 3FJ7A 2F6GA 5ICTA 4Q0CA 1N84A 4IY6A 4NF6B 2RC8A 4YB6A 4KD5A 3UIFA 2A5SA 1I6BA 2F78A 1MXWA 4GIZA 4XXUA 4KYEA 3DLNA 4GRKA 3OSRA 1B7HA 2QJEA 2NVUB 1KWHA 2I58A 3SEWA 4PFWA 3TCGA 1MY0A 4NF6A 2DWIA 4N13A 3LSWA 3B6TA 2HCAA 4NWCA 1MG1A 3H6UA 1A8FA 4HW8A 3IAZA 1L5TA 1N3XA 3EN3A 4XKQA 3RQTA 2HAUA 2XX8A 1MQGA 3TMGA 1TFAA 3FVKA 4FORA 4THIA 2Z8FA 1I69A 1EZ9A 1H76A 2HQ0A 3IOTA 3FIRA 4XTCQ 3U93A 1PBQA 4ISUA 4GVOA 1IEJA 4R9GA 1Y20A 4FEBA 1B3LA 3MAMA 2YJPA 3PPOA 3K6UA 4NF5B 4YMBA 5TP9B 3ZS6A 4DIGA 2W7YA 3TTMA 2B65A 2CMOA 3SERA 4F39A 1ZBMA 3PUVE 1MH4A 2GHBA 1UIUA 3IX1A 1A40A 3RN8A 1B40A 3G7WA 4ZDMA 3M3FA 1EZOA 3THIA 3I3VA 3VFJA 1ZIUA 4F18A 1QUKA 4EDPA 4KYSA 2I48A 1LBCA 2XXYA 5H8QB 5FTHA 1UTBB 3PD9A 1QJMA 3PMVA 3UP9A 3TUSA 3TDJA 3PPQA 1D9YA 3SETA 4R6YA 1B46A 2ANJA 3JV9A 3R26A 3M8UA 3SESA 3MVWA 3PD8A 2RKMA 2XD3A 1LCFA 5I59B 5KCJB 3LSXA 2ZYMA 4IY5A 4Q5TA 4RJZA 1ZJLA 3KFMA 5H8QA 4P0IA 1RYOA 3TTLA 1VFDA 2DE2A 1JW5A 5L9SA 3PUWE 3KN8A 4G68C 2BJJX 1LAHE 4H65A 2HAVA 2HZKA 1GR2A 4AQ4A 4KQPA 4F1YA 1XHYA 3GXAA 3T9XB 5KCJA 1HSEA 4G8HA 2IA4A 1IXHA 4U21A 1A55A 2DQVA 1LFIA 4RYAA 3KJ7A 4GL8A 4GXSB 1SW1A 3L6HA 3WAEA 3S9EA 4YU0A 5TPAB 4RK2A 2I6EA 2GHAA 3K2DA 4QSEA 4O3BA 3OOAA 1S9TA 3UORA 3QXMA 1B5HA 1SYHA 1OVTA 5CMMA 2ESNA 3IO4A 2HFBA 3IB0A 3MW0A 1LSTA 2F7AA 1Y3NA 3QAXA 4N6PA 2AL4A 4IO7A 3OENA 3HHFA 4U4SA 3GBAA 3VLVA 1H3DA 1B51A 4H6DA 4IO5A 3TTNA 1USYH 4G68B 1M5DA 1VE4A 4R2BA 1MPBA 3TTRA 2XXVA 1AH5A 3RT6B 3K00A 4NEDA 2DP8A 3IB2A 4U1OA 1MDP1 4MF3A 4F31B 1OQHA 1ATGA 1PB8A 1MQHA 1US5A 5CC2A 4FECA 2XXQA 1TT1A 3U94A 2H99A 3KN3A 3C9HA 4G68A 1JEUA 5F1QA 4IGTA 4LQ5A 4DCXA 5JK4A 4ESXA 5FHMA 1MDQA 1P1OA 5M2VA 2ONSA 3HHGA 2CZLA 1O64A 4JWOA 3PPRA 1B0LA 3OSQA 4GFRA 3K6VA 1MRPA 4YKIA 1ZLQA 1FTMA 2REGA 3GZGA 4EUOA 2OK2A 3FGSA 2OJTA 4LUBA 3L6GA 3I6VA 3CSGA 4C1UA 2QPQA 2RCBA 1IXIA 1JVXA 1OVBA 3Q27A 3H06B 3O6GA 1B9JA 3CSBA 1MQDA 4ONYA 3OO8A 2V84A 4ZS9A 2Y7WA 3TPAA 3T96B 1MY3A 3N26A 2B3BA 3U72A 2H9BA 1XOCA 2F36A 4IGRA 1JVYA 2LAOA 3S9NC 4YAHX 1LB8A 4IO2A 1AOVA 1H43A 2Y7IA 3PPPA 4OTEA 5DEXB 3LR1A 4R9FA 3Q26A 3EF7A 4ZEFA 4NE4A 4I1DA 3A3UA 3M3KA 4PFYA 4F3SA 1VR5A 2NXOA 3SEVA 1FCKA 5DVFA 3FZVA 4JWYA 5I58A 4FEDA 3K6XA 4BDNA 1II5A 4F22A 1FW0A 2VGQA 2O68A 3TCHA 1FTJA 4R6HA 1SBPA 1QUIA 4JWXA 3W15C 2Z22A 1FQBA 4R73A 5DEXA 3T22A 5AA4B 4QFLA 3N5LA 4PE5B 3W9VA 2V3TA 4Q30B 3UN6A 1MQIA 5EHMA 3ODBA 4LQ2A 4QSDA 4LA9A 5IAIA 1B58A 1M5EA 4UACA 3T9UA 3OO9A 1B3GA 1D4NA 1USYE 1LBBA 3QUFA 3OELA 3QIMA 4DCYA 3O66A 5HBCA 4OESA 4ZEBA 5AA4A 2Z8EA 5CMBA 4GXAA 4QFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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