3FZVA

Crystal structure of pa01 protein, putative lysr family transcriptional regulator from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
297
structure length
285
Chain Sequence
YTLRQLKYFVTTVECGSVAEASRKLYIAQSISTAVKGLEESFVQLFLTPAGARFYRKAQELLRMAHEFEQNLADNDVIAGQIDIGCFETVAPLYLPGLIAGFRQAYPGVEIRIRDGEQQELVQGLTSGRFDLAFLYEHDLDSTIETEPLMPPQRPHALLPEGHRFAGQAQVSLRDLCLEPMILLDVQPSRTYFVSLFEELGLTPNIAFSSPSIEMVRGMVGQGFGFSLLVTRPHSECTYDGKKVVMVDLAEPVSTSGLAAAWLKRAQLTKPARLFVDYCREQLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords Probable transcriptional regulator
molecule tags Transcription regulator
source organism Pseudomonas aeruginosa pa01
total genus 68
structure length 285
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fzvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA03
2E0SA 3KOTA 1US4A 4BLAA 3P7IA 3PUWE 1R36A 4XLNF 3WAFA 4NMYA 1SW2A 2VT3A 4RGRA 4BDMA 4HF0A 1MDP1 1TQIA 4DXBA 2L4AA 3MVWA 2Z99A 2OAZA 4YKKA 2I3VA 3W9VA 3DP6A 1A8EA 1F9BA 4O3AA 2QMWA 4GL0A 2O6GE 4ZEKA 5D8LB 1MQJA 1JETA 3TGNA 2JPBA 5D5XB 4JBAA 2QLZA 1Z91A 3BWGA 4P96A 1H0MA 4IRIA 5I2KB 2XXVA 4RK2A 2JPCA 2I4CA 2LF8A 2VE8A 2V84A 3SZTA 1Z7ME 5JK4A 1IRFA 4IF4A 4PZJA 2K86A 4ENMA 4G77A 2PMHA 1U8RA 4GD5A 1SD3A 4GF8A 3RI4A 1DSNA 3TO7A 4MHGA 2M8EA 1P1OA 1B4AA 1DUXC 3DLNA 1SW1A 5CMKA 1TQMA 4A2UA 4BQAA 1WWXA 2I48A 4U1OA 4CYDA 4KMFA 4OFLA 4AIHA 3S9NC 3LQRA 1RIOH 5IT9Z 1A55A 1G3SA 4FEBA 4U2RA 3OOPA 3MZHA 1XC1A 5ILUA 5KDTA 3CR9A 2ZNZA 4QHQA 3OEKA 1MXWA 2NWJA 5ISUA 4IGTA 3BZ6A 1P92A 4I0AA 1VE4A 3DM0A 2KRFA 1I69A 4ZECA 2Q9TA 1YW8A 2HKXA 4RGXA 4BHPA 3MFKA 4A12A 4GRKA 3G73A 3F23A 1MJ9A 2JT1A 5K5OA 3GFJA 4YICA 2Y75A 3FJGA 4OMBA 3QAHA 1QUIA 1OR7A 4LP2B 2K02A 4JDFA 5I2NA 4DXCA 3MWMA 5AIPA 1AH5A 4RPNA 3R0JA 3MZ1A 5JFRA 3QK6A 4MGRA 5B70A 3T9XB 5I57B 5EEGA 2VBZA 1ON1A 3LUYA 3HYIA 3FVOA 4RJZA 4OIPF 2GRVA 3LA3A 1W7PA 4TV7A 4YB6A 1TQPA 4HQEA 3FJ7A 3R26A 2REJA 1MDMB 3WTVC 5LGUA 5I59B 4L18B 3B73A 1MG1A 4IO3A 1S6LA 2L3DA 2P6TA 1TT1A 1MXYA 3N97A 3IJOB 3CO6C 1K6OA 1MXXA 4LB5A 3D4CA 4PFTA 1ONVA 3GYHX 3ELKA 2D2WA 1QJMA 2XX9A 4CDGA 3BKIB 2DWJA 3ZP5A 2ESNA 5AIQA 3CG3A 4KIFA 5L3BA 1B7ZA 3TDZC 2OWSA 1BJAA 1KU2A 2A5TB 3KBRA 2PLYA 3OELA 4FX0A 4EJTA 2F5DA 2DQRA 1OLAA 1J5YA 5H8SA 2QS4A 2VBWA 4KYEA 2K7LA 3I58A 3JAMK 3PV0E 2I3WA 5AA4B 5KVRA 2DO7A 4WKMA 3GO5A 3EHSA 1V3FA 4G6DA 4LG0A 1UFMA 2I0CA 2W85A 3WTWC 5JTYA 1O63A 5CM6A 5F6FA 1K7AA 3TKDA 3FM5A 1FOKA 2P0SA 2IA1A 1JQFA 3U1DA 1B1BA 4IXAA 1LDKB 2Y7IA 2QS2A 3VV5A 1TNSA 4ON0A 4QLCU 3O97A 4RY1A 3F21A 1I1SA 4HCYA 5DV5A 5DVJA 2DBBA 1G4DA 2BE5F 1JVYA 5ICQA 1U78A 3M1EA 1I6QA 5BMZA 3KJ7A 1L0OC 3ZMDA 3M7GA 4M6XA 5CMBA 1H45A 4LGWA 1K79A 4YKJA 2Y0MA 2P2AA 3PMVA 4KNYA 2ZMEB 3DEUA 4KT5C 3HRSA 4H0EA 3UGWA 3UP9A 2QMXA 2IVMA 1WI9A 4KPTA 4R73A 1CB6A 1TW3A 4EDPA 3OSQA 3IORA 4TQUQ 3TTKA 1QULA 5ITOA 1EH3A 4MH5A 3ULQB 4PE5B 2MLGA 3QIMA 3IB2A 4PQJA 3S2WA 2HZTA 4RK9A 3L00A 2X7QA 3F6OA 1URSA 3K9TA 3PUXE 3PMWA 4NWCA 4LJZF 4HZFA 3SQNA 3U72A 2HKOA 1D9VA 4Q30B 2Q8KA 4QSCA 2H98A 2GXGA 3V8XB 3WGGA 5L3CA 4R6HA 2EFPA 1R9LA 3TAJA 4IJAA 4MQ9F 1LNWA 3I54A 4Q47A 2H99A 4BHCA 4JQFA 2JZYA 1XVYA 2V1DA 2V3QA 4FHTA 4I2OA 1O7LA 1IXGA 4HBLA 1IITA 1P6RA 4KI0E 1BI1A 1MKMA 1HSTA 3TOAA 3IB1A 1ZLKA 1ATGA 4EGZA 1HSEA 4G68B 3GFMA 3PPPA 2FRHA 4HA8A 1A04A 1BI3A 2Z3YA 5BS6A 1O3SA 2EFWA 2P5KA 4Q8RA 4L5JA 1SMYF 1AMFA 3G3GA 4D0PA 1UTBB 2VXZA 5BPIA 2D1VA 1KYWA 2D3IA 4KFQA 3QXMA 4UNOA 4GLIA 3C18A 3I71A 1A8FA 2C6YA 2XD3A 3WGHA 4A5NA 2REGA 1BTJA 2XXYA 1FWZA 2FU4A 2XXUA 3KGCA 1F9NA 5CLSA 4P5OA 5DD4A 2ZYKA 4TOZA 5JI6A 3KFMA 1MPDA 3MQ0A 3SEVA 5ICEA 3C36A 4G8HA 3T5XA 4YZZA 3C7JA 3C35A 1F4KA 4G4PA 3EHTA 4ZZAA 2G9WA 1G6NA 2QJEA 4LK0F 4ZYHA 4ENNA 1OMPA 3KSJA 2A6EF 2XAFA 3CSGA 1FBSA 3HSTA 4HW0A 1MJBA 2EFNA 5HLHA 3GFIA 3JZJA 4H1XA 3FIRA 4IGRA 1DTGA 4L9VA 2EFQA 4AIKA 4XKPA 2LNBA 3HRTA 1OMIA 2MA3A 3Q9VA 3C34A 1UHWA 3LSWA 4HTGA 5DYMA 1E2XA 4EGYA 1A54A 5JHUA 4GYIA 3RT6B 3F22A 3TCHA 3RPQA 3IR1A 4ENKA 3ROUA 1N0TA 2EJRA 2QYOA 2W84A 4F7ZA 3R4KA 1BOAA 3NQOA 1R1UA 4LLLA 4A0ZA 5CMCA 1LBBA 2ACJA 4AQ4A 1PDAA 3TTNA 5I59A 4HDVA 5IKBA 3CUQB 3FWEA 2DW4A 5JR3A 4R2BA 1MQDA 3WODF 3U1OA 3IAZA 4YG2F 3RGYA 4G7ZF 2ZNYA 3B6WA 4ESBA 2W25A 3IL2A 5HPQA 3CFXA 3ECOA 5D6EA 1WODA 4L9JA 5F1RA 3KN8A 4MLVA 2Y7PA 4IHSA 1YO5C 3HV1A 1IXSB 3O9PA 4U0YA 1YIOA 5TPAA 2A5TA 4L0YB 4DCXA 4DNCA 3G7WA 3O2PE 1JW5A 3M3KA 4GYGA 2DQLA 1ZIUA 1IAWA 2XAHA 2DQVA 4QFKA 4KN7X 1TTYA 1HW5A 2BYVE 5FTIA 4OTEA 1NNPA 2CZLA 3K6XA 1B3GA 2XASA 3NEUA 2DE3A 1R58A 1Z6RA 2RINA 3K0VA 4NF6A 3GWZA 4ECFA 3PMXA 2R9JA 2PT1A 4ZEIA 3HCQA 1XN7A 4GGGA 4P11A 2QL3A 1BI0A 4JWXA 2XUBA 4RAZA 3WGIA 1IUDA 3LAJA 3M9AA 1Y3QA 5F7VA 2CW0F 1GVJA 2CSOA 4P0IA 1NMUA 1SD5A 1M5BA 4PGHA 3RYPA 3I5UA 1J75A 4KHZE 1EH8A 1I27A 4EQQA 2O51A 3UA8A 3PPOA 3I64A 3RPUA 5FD6A 4DLDA 2VC0A 3E6MA 4QRZA 2ZMEA 1UQWA 3KN3A 1TNTA 4EXLA 1FSEA 3WG9A 1T0FA 4HX4A 4EM1A 2XROA 3LQQA 4UVCA 5IT3A 1FQAA 1XDSA 4I01A 3D0SA 1MZBA 4YKPA 4CO8A 2VHAA 1FT9A 2XXQA 4F2QA 3KZGA 3T9VA 1ZYRF 4EV0A 2PVUA 4F3GA 2FNCA 5BOXA 3RIRA 1N76A 4WEDA 3RTFB 4ESJA 5HS7A 1QZYA 2ZO4A 2QBYA 3B6QA 3K2DA 1XVXA 1RUOA 3TTLA 1II5A 1D3YA 1U5TA 1EH7A 4RYAA 3M3LA 3ZMTA 1FTKA 1RYXA 1D8JA 3H4ZA 1FQFA 2H94A 1N3XA 5FTHA 3R0AA 2FMLA 5EHMA 3GX4X 2DAOA 1B0LA 4M1VA 2HXWA 4ZYEA 4KUMA 2H27A 3H3GA 4E0WA 2I58A 2FNPA 2PEXA 3C32A 1PP7U 4GFRA 5KDTB 3F3XA 3ILTB 2OLBA 3I5OA 5I56B 3IWZA 4ESXA 3KOSA 1FQCA 2GXBA 1SVXB 2BGCA 1UB9A 1ZU0A 2Z8DA 2DVCA 2RGVA 2DWHA 1FQBA 1P99A 1Y1MA 2VN2A 3WTXC 4O5VA 2NOOA 4RAYA 1BM9A 2DYXA 2VP1A 3WU1B 3ONMA 3P7NA 4PETA 1Q35A 5CBRA 1Z6TA 1LLSA 3WTTC 3N4MA 2Y7RA 2Z33A 1ON2A 2MH9A 2GFEA 4H8JA 5E1ZB 3VEPA 1KQ8A 2X4HA 1MS7A 1O57A 2GQQA 2F7AA 4P9FA 1LQ1A 3E9XA 3VLVA 3L09A 4LLNA 2IA2A 2HGCA 4GWOA 1Y9UA 5FLXZ 4DIGA 2HZKA 2R7DA 4M73A 3RJPA 2DE4A 3OV8A 4KMUX 1R9QA 1U6GA 4MTDA 2A3SA 1GTKA 2O1MA 5JEIA 1FCKA 3KZYA 5K5QA 4ZZDA 3KFWX 3ZN1A 1B3FA 2R7FA 2HCAA 3A3UA 2QENA 3B7DA 3V89B 4PDKA 2QRYA 2RKMA 4POXA 1XS5A 1T38A 2A5YB 1FP1D 1YFHA 4H67A 2P7VB 3EHUA 4LONB 4KN4X 3RKYA 3U2RA 1UTHA 5ERIA 4R75A 4R1HA 5F64A 4M74A 3CUQA 1S29A 2F2EA 1U2WA 1LAGE 3H6TA 1ANFA 4LG0B 5ICGA 2V9VA 5L3FA 3BFUA 2ISYA 5JTYB 4MLQA 5ILVA 1IZ1A 2OQRA 3V8KA 3USDA 3RQTA 1FTJA 5LLQA 4LZ7A 3M8UA 3KJTA 1HKQA 3HTUA 5LEJA 1XGMA 3PFIA 2FEZA 3EQ1A 3ZS6A 3S9LC 5H8FB 2CMOA 2RKHA 4EJUA 3G3KA 1MGTA 4XKQA 2YU3A 2Z23A 2HFBA 2DFIA 3RKWA 1NFTA 3O28A 3VXCA 1XSVA 2H09A 2O3FA 4OU0A 1HSJA 4Z2YA 4P9UA 2MD5A 1D5VA 1ZN2A 1EZOA 1O7FA 4I09A 1EU8A 3HUGA 4GCVA 4B09A 2IT0A 1FYLA 3S9EA 3JSPA 1LGBC 1B3EA 3QU6A 2ALUA 2EWNA 3PUZE 2ZYMA 1O3RA 2AS5F 1STZA 2DT5A 3QSLA 3BROA 5D8KB 2E1SA 3I0TA 4R72A 3LWFA 3H6WA 2FA5A 2EK5A 1ZG5A 1USYE 3TTRA 3BY6A 1HKSA 4F22A 3SEXA 3U92A 3KETA 4MBPA 3QPTA 1XMAA 3F11A 3FVNA 1USYH 2L01A 2P8TA 5KCJA 1TW2A 4O3MA 1O3TA 1ZJLA 1HXDA 3I4PA 1IXCA 2CO5A 4ESFA 2HTJA 1FTOA 3MEXA 4C1UA 2GA1A 4BDRA 4LD5A 4G6QA 4ZYGA 2KJBA 1J2XA 3V8JA 4CZZA 4HLYA 3E5QA 1XOCA 3PPRA 2H5YA 3O6IA 3BP8A 3F8FA 2AL5A 4KA4A 2V3TA 4MEYF 4XLPF 3IX1A 3OO9A 4FAJA 3FM3A 1YCJA 3F8BA 2X0LA 3CDHA 4ELOA 4KR5A 3J80Z 2K27A 1NNFA 5HM4B 4XSXF 3RYRA 1KA8A 4LQ2A 3E97A 2H9BA 4UV9A 4Y17A 2V1UA 2DTRA 4WK8F 1P4WA 5HDGA 4Q48A 5LHGA 4GQOA 2ADUA 3GZGA 2COMA 2ZNUA 3T66A 2RC4A 1ZBMA 4DQ2A 2GH9A 2PN6A 3FMQA 5I56A 2B3FA 2XKPA 4OOIA 1B51A 3LAPA 2MLKA 5A2QK 2H6BA 5DCFA 4AB5A 1Y4CA 2NYXA 4KIGA 4OFJA 1DPEA 4L0ZB 1BBYA 5LGTA 1H44A 3QOPA 2RQPA 1GV8A 1T98A 3U9GA 1QZZA 3J7AO 1HBXG 4HS7A 3GXOA 2ONSA 5M2VA 2QQBA 2NXOA 1UIUA 1OYWA 2W7YA 3SXYA 3ILUB 3V83A 1FYMA 2HQNA 3ZKLA 3OSRA 1EH6A 3DKWA 4U22A 3MP1A 3IKVA 2DVZA 1FC3A 2V93A 5BWJA 2OCUA 2XKOA 3VDFA 3DF8A 2A07F 3CUOA 4I9DA 3J81K 4R6KA 1ZLJA 2H4IA 4L5IA 3KN7A 3K0LA 5JVTA 3KEQA 3F8NA 1LAHE 3KP7A 3K4UA 2XGXA 4XRFA 4ZZLA 2VE9A 4Z0IA 3FVKA 5B7DA 2EA2A 3BPXA 4JXIA 3I53A 3PD8A 4HYEA 2XIGA 2O69A 4OMZA 2XX7A 5CVVA 1Z7UA 4OERA 1B2HA 2OWTA 2DXYA 5TPAB 2O7IA 3HOSA 4U7BA 4G7OF 4I1DA 1T39A 2PYYA 1XT8A 2UVGA 1YQAA 3MPLA 2OZZA 3U8QA 2AYSA 1DPPA 3IWFA 4JWYA 3S2VA 5HLIA 3HRUA 5LRSA 2M8CA 4NF6B 1IXIA 1LFGA 2XV4S 4YMBA 1XD7A 1B59A 1KU7A 5AA1A 1SFXA 2XXHA 2NVUB 3QYTA 2Z22A 3KEOA 1H76A 1R00A 3T96B 5H8FA 3FZVA 3GZ5A 2XVCA 2ZJ2A 2PFBA 1H9GA 3BJ6A 4U4SA 1FTLA 2KLFA 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