1PBQA

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with 5,7-dichlorokynurenic acid (dcka) at 1.90 angstroms resolution
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
286
structure length
274
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 73
structure length 274
sequence length 286
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbqA02
4NEDA 2DVZA 3MJNA 4MH5A 1N7XA 3O66A 2XD2A 1LFHA 3CG3A 1URDA 2AIXA 5I2NA 1ANFA 3VVFA 3MPLA 5ELVA 3M8UA 4IO7A 2RC7A 4QRZA 1B1XA 5HPQA 5H8QA 4DCYA 2HFBA 5CBSA 1O63A 3OO8A 1SD3A 2XXXA 4ELOA 4R6KA 3GBAA 3MWBA 2NUVA 4IGTA 3VVDA 3U72A 3TKDA 1MG1A 2IEEA 4WEPA 3V89B 3U93A 1FCKA 3IL1B 1Q35A 2GH9A 4ZZEA 1XC1A 4R72A 4ELRA 3MP6A 1B0HA 3TPAA 4GLIA 1MQJA 3HO7A 3E4RA 3ILUB 3TMGA 3BFUA 3O9PA 1J1NA 1ZIUA 4U23A 4UACA 1PBPA 4ZEKA 4ZS9A 4U4XA 3VLUA 3V5AA 1RKMA 3PPRA 1DPPA 1P1QA 5I59B 1UIVA 1Y4TA 3B7DA 2GHBA 4LZ5A 1MDQA 2RKMA 3OO7A 3SEYA 2ZNUA 4RPNA 3FXQA 4KD5A 3DM0A 4Q0CA 4ZEBA 1GR2A 4R2BA 1H43A 3IB0A 3KBRA 4GXAA 1AIVA 5I2KA 4ZE8A 5FHOA 4L17A 3VLVA 3O6GA 4JWOA 4RA1A 2ALUA 2PX1A 4O3BA 3FJMA 3L6GA 3M3KA 2UVIA 3ONMA 4G8MA 1I69A 5L9OA 4DDDA 4DXBA 2P1SA 2Y7IA 2NXOA 1PDAA 1R1NA 4IO2A 1P1UA 5AA4B 4F2QA 3TODA 2Q9TA 5KCJA 5CMMA 2ZXTA 4RPOA 2XD3A 4JWXA 3K0VA 1II5A 5CM6A 2VOZA 1P1NA 1WODA 4GQOA 1OLCA 2Z8FA 4H65A 1RYOA 2I6EA 4LQ2A 3BBRA 2R71A 2OWTA 4C1UA 1Y9UA 3OENA 5CMBA 1P99A 2IA4A 1N84A 1F9BA 4OHNA 3SEWA 1NFTA 4YB6A 4KQPA 4BDRA 2H99A 1LGBC 1FQDA 3KJ7A 3R26A 1PC3A 3E13X 2H5YA 1YTVA 3MW0A 4EQBA 2I49A 1B3LA 1EZ9A 1BKAA 4IGRA 5FTHA 3DELB 1CB6A 3B6QA 5DVJA 3QXMA 4MF3A 1B51A 4GFRA 1QVSA 2Y7RA 3ZS6A 2QS4A 2YJPA 4OFLA 3SEUA 3T9XB 3MC2A 1NNTA 3LR1A 4ONYA 5K2YA 3CSBA 2R6GE 1VFEA 1B0LA 3CFLA 3GLBA 1YAEA 5ISUA 2DXRA 3OOAA 4OETA 3K6WA 1MPDA 3JZJA 1BIYA 4GL0A 1P1WA 3CR9A 3MBPA 1QJMA 4QHQA 5JEIA 4OFOA 1PBQA 5DTBA 4YB7A 1MQHA 3U92A 4IB2A 4LATA 2CMOA 2UVJA 2H4IA 1MXZA 1USYE 1B7UA 1JQFA 1LB8A 4NF8B 3G3JA 3RTWB 2Z22A 2O1MA 3PUZE 3KN8A 3MUQA 1MY1A 2F35A 5AA3A 1LSTA 2AL5A 5FTIA 2Z8DA 4Z0IA 3K6UA 2O7UA 4U1OA 1QW0A 3QUFA 1SDXA 2ZYOA 4YMBA 1MS7A 4X1BA 4R74A 3PUXE 2XHDA 1FW0A 1QULA 3E9XA 2QS1A 4I8CA 1MPBA 2OCUA 3SEXA 4RNSA 3PPPA 2F7BA 4FJPA 3T9VA 1B6HA 2DXYA 3C31A 3IB2A 3TYHA 4WEDA 5H8NB 3VDFA 2LAOA 4F1VA 2B3FA 3T96B 4EF1A 3GBBA 3KFMA 3W9WA 4ELQA 2VGQA 1CE2A 1QKAA 4G77A 5TPAA 1TT1A 2O7IA 3Q27A 4Z7EA 1LBCA 4O3CA 4NF6B 3FATA 3CG1A 2Q89A 2H25A 2F78A 4QFOA 4JXIA 3OELA 3K4UA 1ELJA 5I84A 5CBRA 4QFKA 2V93A 5DVFA 3RY3A 4X48A 3HHGA 1SI1A 1MXXA 4YKPA 1MXWA 4NWDA 2ABHA 5F1QA 2HZLA 3U1OA 4JDFA 3L6HA 4OZ9A 5B70A 4OEVA 1IXHA 1VSOA 4QSDA 1N3WA 3AXFA 4OXVA 2XXIA 4POXA 2HQ0A 4XKPA 1WDNA 5ICTA 1B3HA 4LP2B 2F5XA 5DEXA 3HHFA 2Y84A 2XX7A 4DXCA 3PD9A 2DSFA 5I59A 3MZ1A 2Y7PA 1A55A 1BTJA 2DYXA 3N6UA 3KZGA 3OMBA 1B5JA 5TP9A 2ANJA 3T93B 3B6TA 1OIBA 1KWHA 4ZEDA 2H9BA 2F34A 5JK4A 4THIA 4WXJA 4H5FA 3EF7A 3SEVA 4H67A 1MQIA 1MY2A 4QFLA 1B7HA 3W9VA 1Z7NE 3TAJA 1MQDA 4F3PA 3FXUA 1MRPA 1M5DA 1ZTYA 4FAJA 2DWAA 3IJXB 3C35A 4FEDA 4KCCA 3JYRA 1M5FA 3PMWA 1H76A 5AA4A 1A8EA 3WAFA 1US4A 2DE3A 4OWDA 4YAHX 3BFTA 4U4SA 1XT8A 2AYSA 5B7DA 1URSA 2DWJA 2AL4A 2NVUB 3H06B 2I0CA 3U8QA 3D4GA 3HN0A 1ZKBA 4GD5A 3LSWA 4E0XA 1DTGA 3IOUA 4M4GA 3LUYA 1LB9A 1S50A 4EXKA 2VHAA 4YZZA 1JEVA 3GZGA 1MY3A 4GF8A 1ZMGA 3C9HA 2HAUA 5AA2D 1FQBA 3MAMA 1GTKA 4H8IA 3KOTA 3RGYA 2M8CA 1IITA 1IEJA 2FA7A 1A8FA 2XXWA 1H44A 4KCDA 4RXLA 3HV1A 1QKBA 4BDLA 1M5EA 1Y20A 4RYAA 2RINA 4YU0A 3VFJA 4FORA 4JBZA 2RCAA 4HCWA 1SVXB 1ZU0A 3PPNA 2QPQA 4C1TA 4Q30B 1ZLQA 3KSXA 2X7PA 1LCTA 3FASA 3SDFA 3OSRA 3K2DA 2R9JA 5H8FB 4GIZA 4BLAA 4H1XA 1GVCA 1JVXA 1HSJA 2Z23A 1AOVA 4LA9A 2V84A 2D21A 1D9YA 3MZ9A 3TTLA 3Q26A 3HPIA 1N0TA 3UIFA 3K6XA 3PUWE 2XX8A 3K1MA 1OMPA 4LZ7A 1B7ZA 3PV0E 2ZNSA 3S9EA 4R6HA 3FVGA 3K00A 4HS7A 2QL3A 4P0IA 4NF8A 5K2XA 2Z8EA 3MVXA 3I6VA 3LSXA 2O1LA 3T9UA 3IJOB 1DOTA 3OEKA 2FYIA 4R9GA 1NNPA 1POY1 2DE4A 4DLDA 4ND9A 1MXVA 1XVXA 1FQFA 4NF4B 3D4CA 1MH3A 4U22A 1UTBB 2Y7KA 3TUSA 4U1ZA 5IKBA 2DE2A 3VLWA 3H7MA 4IY6A 1A7LA 3TQLA 5H8SA 3N5LA 3O29A 5H8NA 3CFZA 3KG2A 3O97A 2DP8A 1XVYA 4MLQA 4N07A 2RC9A 4G68B 3TDJA 2XX9A 2V3TA 1I6BA 2O51A 5ICQA 4ISUA 1DSNA 2QMWA 3QIMA 3TTNA 5EHSA 4NF6A 1R9LA 4I62A 5TU0A 1B1HA 4XKNA 5KDTB 1YPNA 4R9FA 1JETA 3IAZA 1PB7A 3MPKA 3TZAA 4H5GA 3TTMA 1NH7A 2QMXA 2UYFA 3PPQA 3S4UA 2X26A 3Q28A 2HEUA 3A3CA 4XKQA 3QYTA 4C0RA 1AMFA 1TWYA 5JTYB 4G4PA 2ZNTA 1LCFA 3RLFE 3USDA 2H98A 5H8HB 1OQHA 2XXHA 1FTOA 3PU5A 2O84X 3GXAA 3CFXA 2THIA 5I58A 2RC8A 1JW1A 3FJ7A 3G3GA 3V83A 3THIA 5I2KB 4NWCA 4F2OA 4KPTA 1VE4A 3CRBA 4XKRA 4YMAA 4H8JA 4R2FA 5I57B 3PUVE 3DP8A 1FTMA 3H03A 2PYYA 1P1OA 3EN3A 3IOVA 4PFWA 2V3UA 3MVWA 3K01A 4ZEIA 2D5WA 1IZ1A 4FATA 3SERA 2PVUA 3C4MA 4Q5TA 4JSDA 3Q29A 2A5TB 3I5OA 2P0SA 2PT2A 2ZYNA 1EH3A 1SYHA 3ZSFA 4EF2A 2QS3A 4IO5A 4K3FA 3TELA 3I3VA 5BWJA 2G93A 1R9QA 1Y3NA 4P0GA 3DLNA 1L5TA 4IY5A 4HW8A 4N13A 1OQGA 4GVOA 4X1DA 4H0WA 3BKIB 1EU8A 5CC2A 3FIRA 4YB5A 3WAEA 4F3SA 1POTA 3KN7A 4JWYA 4OTEA 3O6HA 4OVJA 3PMXA 1FQAA 3M3FA 4ZDMA 5AA1A 4UA8A 3FXRA 5DYHA 2ZYKA 3K1PA 3N26A 1D4NA 5J1DA 3HCQA 4AB5A 1Y4CA 2QJEA 1UQWA 3DP4A 3HSTA 3G3HA 3CIJA 5FHNA 3T22A 1B4ZA 4HCYA 5I56B 2YPNA 4R6YA 1FTJA 5AA2B 3EHUA 4U21A 1IXCA 1H3DA 3MZBA 1VR5A 4YICA 4E0WA 1XS5A 1MM7A 4F1UA 1UTHB 3OD7A 1ZBMA 3H6TA 1DPEA 4YKJA 3OO6A 4OESA 4ESWA 4XTCQ 4F3GA 4EUOA 5CRYA 4O3AA 1N76A 1LLSA 2XXYA 1JVYA 2OZZA 3MVZA 5H8FA 3FV2A 3G3IA 3EQ1A 4PFYA 3IK6B 3O2AA 4F18A 1B58A 1D9VA 3M3LA 3LSLA 3UORA 2ONRA 1LAGE 4PFTA 3VV5A 4TLLB 1XOCA 4NF5B 1O64A 4OERA 3RTFB 2ONKE 3IB1A 4YKIA 3VE1B 2PT1A 2DOJA 5EHMA 3T9HB 3U94A 1LAFE 2QSXA 4BDQA 1MDP1 3FGSA 2XXPA 1AL3A 1Y3PA 4NF4A 2RCBA 1H45A 1UIUA 2F7AA 2PMSA 2F6PA 2I58A 1UTBA 3KSJA 1B05A 1MY4A 1Q1KA 4OQOA 4LQ5A 3KEIA 3UK4A 1S9TA 1NNFA 2WKYA 2E0SA 4QF9A 4EQ9A 3E3KA 3CSGA 5TPAB 3PGFA 1B4HA 1I6AA 1RYXA 5L8DA 2OK2A 4G68A 3VXCA 2UVHA 3W15C 3R7XA 3RN8A 3LC8A 1HSLA 2KLFA 2HAVA 4KR5A 4KFQA 2Q8JA 4POWA 1OLAA 2DWIA 4KHZE 1LFIA 3TTKA 4IO4A 4QSCA 1TFDA 1Y1MA 3H4ZA 5KDTA 4GRKA 1WVJA 1JEUA 3KGCA 1US5A 3IOTA 3OO9A 2XXVA 3TFLA 1S7YA 2OLBA 1SW2A 4RJZA 4M1VA 4N6PA 4QFPA 4LVQA 1NH8A 1FTKA 2I0BA 3QAXA 4ZEFA 3S9LC 2I3VA 1PEBA 4XIGQ 5EYFA 1JW5A 3KJTA 1A99A 1EZPA 5JTYA 2A5SA 2P2AA 4H6DA 1LFGA 3SETA 2I48A 3IOWA 4LONB 4R73A 5H8HA 2QRYA 3KN3A 1ATGA 3PMVA 3A3UA 5DEXB 1M5BA 1EZOA 3TCFA 1N3XA 2G29A 2B65A 4HTGA 1OVBA 2Q2AA 5TP9B 1URGA 4F1YA 2ESNA 1B52A 1FQEA 4OEUA 5M2VA 2GFEA 1A54A 4KI0E 1IUDA 1B46A 3N6TA 5I57A 4OMBA 2NWJA 3ILTB 2ZYMA 1B9JA 5L9MA 2ONSA 4DCXA 4EXLA 4EQ7A 5KZTA 4FIMA 4ZE9A 3SKPA 3MP1A 3N94A 1N7WA 2V25A 3G3FA 2REGA 3K02A 4IO3A 1ZJLA 2A5TA 1N04A 3FVKA 2UVGA 5A5XB 4X9TA 3B6WA 3MVYA 5CMCA 1B5IA 1Y3QA 3K6VA 3ECRA 4GXSB 2GHAA 3EHSA 1TFAA 3S9NC 1MM6A 4U2RA 3R6UA 5BUUA 1MPCA 2X7QA 3FVNA 1NL5A 2REJA 3TEPA 2UYEA 1SW5A 5I2NB 4DXUA 2W7YA 3PD8A 3Q25A 3ZKLA 1MXYA 1T0KA 3V8XB 4FEBA 2B3BA 3H3GA 2V3QA 5H8QB 1DTZA 4NMYA 1JW4A 3K1NA 4YKKA 2I4BA 2O68A 5HM4B 1TXFA 4GL8A 2F8DA 1B2HA 5DVIA 4BDNA 1QUKA 3TTRA 1SW4A 3C33A 3P7IA 5I56A 5AA2A 3RT8A 1GGGA 3UGWA 3RUMA 5FHMA 3TQWA 4EDPA 4ZECA 4NTLA 2DVCA 3EHTA 1DMBA 4G2ZA 1UTHA 3A09A 2BJJX 3EPEA 3LSFB 1VFDA 2DS9A 3H6UA 3RT6B 4MLVA 4KYEA 2F97A 1B3GA 1NNKA 2CZLA 1SW1A 3G7WA 4RK2A 1QUJA 2NOOA 4OENA 3UN6A 4BDOA 4F29A 4DE8A 5LOMA 1MXUA 3RQTA 2Q2CA 1I6QA 3FD3A 3O6IA 3C32A 2QS2A 2HXWA 4R75A 1NMUA 4AB6A 3H6WA 4NE4A 3F11A 4NF5A 2UXAA 2I3WA 4RY1A 1SQYA 5CI5A 1QUIA 3IO4A 1Z7ME 1FTLA 5KCJB 3UA8A 4DIGA 3TCGA 1SI0A 2XXRA 1AH5A 3S2VA 3VXBA 4F39A 1B3EA 1MQGA 1BP5A 3IR1A 4LUBA 4QSEA 3SESA 4F31B 1PB8A 4JSOA 1PB9A 2VD2A 3OSQA 5AE4A 2ZMBA 4ELPA 4LZ8A 2I4CA 4KYSA 1MH4A 4P11A 3H6VA 1MY0A 1OVTA 4F3BA 5F7VA 2F6GA 3QK6A 3QSLA 2Y7WA 4I9DA 3PUYE 1D3KA 2GRVA 5CMKA 1GV8A 1XHYA 4TOZA 4Q8RA 1IQ7A 1LAHE 3CVGA 1IIWA 3QUJA 1B32A 4TQUQ 4BDMA 4PQJA 2E1SA 2PBWA 3C36A 1USYH 3O28A 2FNCA 4TLMB 3OEMA 1A40A 2F36A 1NKXA 2XXQA 3MP8A 1LAXA 2OBGA 4PFUA 5HBCA 3FZVA 3T66A 1B40A 2Q88A 4QFNA 4FECA 5ITPA 1SBPA 3S9MC 1LBBA 1O7TA 4JB7A 2XXUA 5L9SA 1SYIA 3IORA 2DQVA 1JNFA 4DZ1A 2O69A 2F7CA 2XXTA 2OWSA 1R6ZA 4ECFA 4GWOA 3IO6A 2O6AA 4G68C 3RNNA 2DWHA 4RK9A 5I58B 2OJTA 3JV9A 1YCJA 3FVOA 3TCHA 4G8NA 2D3IA 3RPWA 5IAIA 2VD3A 4OYVA 3ODBA 4XXUA 4F19A 4PP0A 1M5CA 4MBPA 4WKMA 1Y1ZA 4ESXA 3FJGA 3KOSA 3IX1A 4KYDA 1IXGA 3VVEA 3MQ9A 4MFIA 1B3FA 2HZKA 4IO6A 3LBSA 1FQCA 2VP1A 3FV1A 1HSEA 4OFJA 5ITOA 3G3KA 3C34A 3DP6A 4GOTA 4PE5B 5DT6A 4FE8A 4I1DA 4G8HA 2RF1A 1BLFA 3UP9A 5A5XA 3FUZA 3CI8A 1IXIA 4ZZAA 2HCAA 2YLNA 3PPOA 3ZKKA 4AQ4A 1B5HA 3OXNA 4PETA 4F22A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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