1B5IA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with knk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b5iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b5iA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b5iA02
3G3FA 4BDMA 4ZEIA 4TLMB 4KR5A 3KJ7A 4U21A 1JW1A 3IO4A 4YZZA 1TXFA 2H25A 2GHBA 2NXOA 1ZJLA 4DXBA 1ANFA 2ZYKA 3IR1A 3SEXA 3CHGA 1LAXA 4F22A 1LLSA 5CMMA 1YTVA 2ESNA 2XXTA 3FVKA 1B0LA 4MLQA 2QRYA 2I58A 3G3KA 4H5GA 1SW2A 2XXXA 2GFEA 1A54A 4IO2A 2HXWA 4G8HA 1SVXB 2DWHA 2BJJX 5AA2B 3OSQA 5EHSA 5K2YA 2QMWA 4R75A 2ZNSA 5I58A 1ZKBA 2B3FA 3PD9A 2O7IA 4DLDA 2A5SA 2O69A 3HHFA 4R6HA 3SESA 4I1DA 2AYSA 3C34A 3IOWA 4FEBA 1Y3PA 3CR9A 3TTRA 1I69A 3U93A 4F39A 3GLBA 3MUQA 4OXVA 1B52A 1B7HA 1MPDA 1NL5A 4F1YA 1EZ9A 1Y1ZA 2Q2CA 3SEWA 1MPBA 2Q2AA 1GGGA 3QK6A 3OMBA 2DXYA 1YAEA 4G8NA 4X1DA 4NF6B 5AA3A 1M5FA 3K6XA 4XKNA 1JEVA 3PUWE 3K1MA 1BKAA 2UXAA 3EHTA 2I49A 2WKYA 2NOOA 5JTYB 3VVEA 3Q25A 3MVZA 4YB7A 4HCYA 1M5CA 2DE3A 4ZS9A 2I0BA 2UVHA 2H98A 4BDNA 2B3BA 1PBPA 4OFJA 1PB9A 3KFMA 1BIYA 3R7XA 3RY3A 4OZ9A 1OQHA 4LQ2A 3Q27A 4R6KA 2QSXA 3CFZA 3TKDA 1P1OA 2OWSA 4O3CA 5I2NB 2OWTA 2V3QA 5TPAB 5AA2A 4ZEKA 4PETA 3MP8A 1POTA 2Q88A 3MW0A 1LFGA 2REGA 4LZ7A 2HFBA 4IO5A 5ICTA 1H43A 1MG1A 4YKJA 2OK2A 1MQGA 4Q5TA 4RNSA 4G68C 1B46A 2DSFA 2QPQA 3BKIB 5KCJA 1VSOA 4YU0A 2D21A 1SDXA 1N76A 3MBPA 2DVZA 3BFTA 3RPWA 1MXVA 4X9TA 2M8CA 4IO7A 4R9FA 1FTJA 5I57A 4WEDA 1M5EA 3H4ZA 3D4CA 3B6QA 1FQAA 3OEKA 5A5XB 5AE4A 3D4GA 2CZLA 1PB7A 4QRZA 2V3TA 5KZTA 3A3CA 3KN3A 2FNCA 3PUYE 4FJPA 1DOTA 2D5WA 1B5HA 4QHQA 3GBAA 1FCKA 4IO3A 1MY2A 4M4GA 4N6PA 2GRVA 3ECRA 1UIUA 3MQ9A 4XKRA 3PMWA 1N7WA 4GQOA 2F7CA 3V89B 1Y4CA 4GVOA 4NF5B 4OFOA 4ELOA 4L17A 1YPNA 1BLFA 1MM6A 4OERA 4P0GA 3O6PA 3TEPA 5B70A 4C0RA 1URDA 1JVYA 4GL0A 3P7IA 1ZTYA 3TCFA 4I62A 4YKKA 4RY1A 4FAJA 4THIA 1BTJA 1P99A 3PPNA 1Q1KA 3TQWA 3O29A 3K4UA 2REJA 3S9NC 3IO6A 1T0KA 1L5TA 1B3HA 2LAOA 5AA4B 3USDA 3MP1A 1SW4A 1A7LA 3IOUA 3THIA 1D9YA 2ONSA 4ZDMA 5H8QA 5H8HA 1B5IA 1SI0A 3O9PA 4O3AA 5A5XA 4DXCA 3GXAA 1NMUA 3B7DA 3PMXA 1FTKA 2E1SA 3M8UA 3TTMA 2D3IA 4U22A 1Q35A 2QL3A 4F3SA 4ZEFA 1QUIA 1N04A 1F9BA 2KLFA 2UVGA 2PT1A 4RYAA 3Q26A 4KHZE 3S2VA 1EZOA 4FE8A 3RYBA 4OQOA 4EQBA 4U2RA 1B3LA 4G68B 3O6IA 3MWBA 2B65A 3LSLA 4ONYA 4EQ7A 1B7UA 3UGWA 5L9MA 2F35A 1IEJA 2H5YA 3EF7A 4AQ4A 2P1SA 4BDLA 3H7MA 2XXWA 3V5AA 3DRHA 3JV9A 4F2OA 4QFNA 2YJPA 1P1NA 3WAEA 4NF4A 3DP8A 3T93B 1NNPA 3TYHA 2ZYNA 1B0HA 4NMYA 2Q89A 5FHNA 1D9VA 1MDQA 3OENA 2PYYA 3M3LA 4EXLA 2XX7A 1RYOA 3CG3A 5TP9B 1QUKA 3QYTA 2XHDA 4OESA 2I4CA 5F7VA 4GLIA 1Y20A 1PC3A 3LBSA 5FHMA 2THIA 3MVYA 4ESXA 2O51A 1YCJA 2WOKA 4BLAA 1UTBB 4X48A 2DYXA 2F6GA 3IJXB 1H45A 1DTGA 3O28A 2O84X 3V83A 3LSWA 2W7YA 1LGBC 3FVGA 1ZLQA 2Z23A 3G3GA 4FORA 4NEDA 3K1PA 1SW1A 3SDFA 1MQDA 1NNFA 3LSXA 1SW5A 4ZEBA 3FVNA 1D4NA 3UA8A 1QVSA 4IB2A 4U23A 5CBSA 1M5DA 1S50A 3G7WA 3TCHA 1S7YA 3OXNA 4AB5A 1B58A 1NH7A 1MDP1 2RC8A 4XIGQ 3G3HA 3DLNA 3BFUA 2V25A 2UVJA 3VE1B 4WEPA 2FA7A 1OIBA 3RQTA 3QAXA 2PVUA 3VXCA 5DEXB 2VOZA 4TQUQ 1NKXA 2HQ0A 4HW8A 1URGA 1Y3QA 3CRBA 3C31A 4OETA 4F3GA 4YKPA 3O6HA 2R6GE 2HZKA 3SETA 3IK6B 4R2FA 3K2DA 1QJMA 1B7ZA 3E4RA 1R1NA 2YLNA 3R6UA 3IB2A 4LATA 4R73A 5CC2A 4O3BA 4NE4A 5I56B 3FXQA 4IGRA 4C1TA 3K02A 3LSFB 4KCDA 1LAFE 3VV5A 2DE4A 3G3JA 4OYVA 3HO7A 5H8NA 1LFIA 4KPTA 1O64A 2DP8A 4R9GA 3ODBA 3OO8A 4KFQA 3N26A 3B6WA 2IEEA 1H3DA 3KEIA 1B5JA 4U4XA 1FQFA 4YMAA 1QKAA 2F7AA 3H6WA 2O7UA 1UQWA 4MLVA 3EHUA 3OO6A 1SI1A 1IXGA 4Z7EA 5DVIA 4POXA 4IO4A 2H99A 3OELA 1USYE 3RN8A 1IZ1A 3FD3A 2XD3A 3K1NA 1D3KA 5FTHA 3N6TA 2RC7A 2UVIA 5CM6A 3TTLA 4TLLB 3DM0A 1SD3A 4H6DA 3HPIA 1QKBA 4ELRA 1Z7ME 3VLWA 2RF1A 1H76A 1P1QA 3T9XB 4DE8A 4F19A 3KSJA 2YPNA 5KDTB 4OTEA 3HHGA 3PV0E 3Q28A 2F7BA 1B40A 4F2QA 4R6YA 3CFLA 4LVQA 3A3UA 1R6ZA 3I3VA 3IOVA 2A5TB 1ATGA 3PUZE 3OEMA 2ZNTA 2Y7IA 2NWJA 4P11A 1QUJA 4HTGA 1LBBA 2I3WA 4OHNA 3T9UA 1UIVA 4NF6A 1TFDA 3V8XB 3IORA 3L6HA 3LR1A 1MXZA 2V3UA 1HSEA 4OEUA 1RYXA 4ISUA 1UTHB 1LAHE 3C9HA 1XVXA 1NFTA 5JTYA 2F34A 3KG2A 2G29A 1NH8A 4DIGA 2OZZA 1FQDA 3OSRA 3KJTA 2G93A 4UA8A 4ELPA 2VHAA 2QS4A 1MQHA 1Y4TA 3U92A 1WDNA 4IY6A 2O6AA 3PPQA 2XXYA 3VLVA 4I8CA 3EPEA 1B05A 5FTIA 1OLCA 4EF1A 5DVJA 5I2NA 4ECFA 1XHYA 4DCXA 5TPAA 2O68A 3MC2A 4YB6A 3HCQA 2I4BA 3T22A 3S4UA 3DELB 2XXHA 1MXWA 4OWDA 3I6VA 3FVOA 5H8SA 1FQCA 4LA9A 2H9BA 3DRGA 4OENA 4F3BA 4FIMA 2RKMA 1PEBA 4EF2A 1JW4A 3FJ7A 4G77A 3IL1B 4NF8B 1LB8A 2X7QA 5J1DA 3TAJA 2ABHA 2DWJA 3DP4A 4PFWA 1A99A 1SYHA 1PB8A 3FV2A 3H3GA 1MXUA 4R74A 5I2KB 1TFAA 2HZLA 5LOMA 1JETA 1A8FA 2ANJA 4XTCQ 1FW0A 2XD2A 3MVWA 3KN7A 1XC1A 3U1OA 3N5LA 2AL4A 3S9MC 5HM4B 3TELA 2ZYOA 3RNNA 1AOVA 5I59B 3ILTB 4OEVA 3EQ1A 2P2AA 3U8QA 3E3KA 1LB9A 3O6GA 4H65A 1P1UA 5CBRA 2QJEA 3KBRA 4NF5A 3OOAA 1LAGE 2DVCA 2F5XA 1IUDA 5EYFA 1US5A 1N7XA 3MPKA 4ZZAA 3TCGA 1AIVA 1VE4A 2V84A 2FYIA 3TFLA 2I48A 3TUSA 1DMBA 3PPOA 4QSCA 2OLBA 4QFOA 1BP5A 3U72A 2QS1A 4KCCA 1SYIA 3T9HB 1ZMGA 1LBCA 1B1XA 1VFEA 2PBWA 1PBQA 4MFIA 2VD3A 5FHOA 1N3XA 3BBRA 4IGTA 2R9JA 4HCWA 3PMVA 4NF8A 3GZGA 4H0WA 3PAMA 4TOZA 5I58B 4OFLA 5ITOA 5AA4A 5JK4A 3O66A 1MQJA 1TWYA 4K3FA 1CE2A 3DRKA 2PMSA 2XX9A 1MY1A 2XXRA 5JEIA 3WAFA 4UACA 1LFHA 3MZ1A 2AIXA 4LP2B 4GF8A 5CMBA 1OVBA 1KWHA 1DSNA 3OD7A 2R71A 1M5BA 4GIZA 3PPRA 1MM7A 3CSGA 1OQGA 2ZYMA 4NWDA 1IQ7A 1A8EA 2VP1A 1B3GA 2XXUA 4Z0IA 3SKPA 1DTZA 3K00A 4PFTA 4YAHX 3LUYA 4JWXA 4QF9A 4NTLA 4IY5A 2WOPA 2VD2A 2RINA 1PDAA 3DRFA 1NNTA 1QW0A 3VVFA 2XXPA 1N84A 1MY3A 1LCTA 2Y7WA 3C32A 4GWOA 5DYHA 4G68A 1JW5A 2Y7KA 3IB1A 2O1MA 3R26A 3FJMA 2E0SA 3E13X 3CVGA 4RA1A 4R2BA 2I0CA 1N3WA 1J1NA 5TU0A 4F18A 1A40A 2V93A 1JQFA 4GXAA 1MY0A 1IITA 2Y84A 4GFRA 1DPEA 4KD5A 1LSTA 5DT6A 4FATA 2HCAA 1B51A 3W9VA 4GD5A 5AA2D 4GOTA 4U4SA 2Q9TA 1TT1A 4XKQA 3MZBA 4EXKA 3RT6B 4ND9A 4NWCA 3PD8A 3SEYA 2ZXTA 1GVCA 1S9TA 3G3IA 4ZECA 5TP9A 2ONKE 4JB7A 1FQBA 4BDQA 2DWAA 3MJNA 5CI5A 3L6GA 5HPQA 4X1BA 4E0WA 1OVTA 5BUUA 4KYSA 4DXUA 2X7PA 3RT8A 4MF3A 1JEUA 5KCJB 3CI8A 1UTBA 4GXSB 1SBPA 4P0IA 1HSLA 1MH4A 3KGCA 2XX8A 4EDPA 2Z8DA 5IAIA 1JVXA 3TODA 2F8DA 4H8JA 4ZZEA 4BDRA 2NVUB 4U1ZA 3UIFA 5I57B 4OMBA 2QMXA 1DPPA 4PP0A 3FZVA 1B4HA 3H03A 1II5A 1FTOA 3B6TA 4BDOA 3K01A 3TZAA 3VXBA 3MVXA 3FXUA 3SEUA 2B4MA 4H1XA 4H5FA 4JSDA 5L8DA 4H8IA 4KYDA 3H6TA 3EHSA 5I84A 3FV1A 4ELQA 2UYEA 5M2VA 3M3KA 2I6EA 1WODA 1FTLA 4F1UA 3UK4A 5DEXA 4RPOA 4AB6A 2HAUA 3HN0A 3FGSA 1WVJA 1XOCA 2DE2A 2UYFA 3CIJA 2F36A 3I5OA 3GBBA 3F11A 4JWOA 4PFYA 2RC9A 1FTMA 5EHMA 3AXFA 4OVJA 3K6WA 2XXIA 2HAVA 4DCYA 2IA4A 5AA1A 4H67A 3JYRA 3TMGA 1AL3A 2OBGA 4PQJA 4EUOA 3EN3A 3H06B 2Y7RA 4G8MA 3K6UA 3DP6A 3UN6A 5I56A 1MPCA 3W15C 2Q8JA 4HS7A 4YICA 3PGFA 4C1UA 2VGQA 1I6BA 3N94A 3ZKLA 1URSA 4GRKA 1B6HA 3QUJA 3H6UA 5IKBA 3K0VA 1MY4A 3SERA 4RPNA 4R72A 2Z8FA 3E9XA 1ZIUA 1O63A 4QSDA 2Z22A 5CMCA 4QSEA 3N6UA 4ESWA 5H8QB 1B9JA 1Y1MA 3DRIA 3TPAA 5ELVA 5H8HB 1QULA 1GTKA 4GL8A 1POY1 2WOLA 3TTKA 1GV8A 1EZPA 1XVYA 3KSXA 3U94A 3ZKKA 1AH5A 3SEVA 4LZ5A 2GH9A 4M1VA 1XS5A 1Y3NA 4G4PA 3RUMA 2PT2A 2GHAA 4G2ZA 3RGYA 3VVDA 3O2AA 5CRYA 3C4MA 4JDFA 1LCFA 3FXRA 2OCUA 2X26A 4MBPA 2DS9A 4DZ1A 5K2XA 1ELJA 5H8FB 5KDTA 3MZ9A 3ZS6A 3FATA 3RLFE 4ZEDA 1P1WA 4MH5A 4Q30B 2DOJA 1A55A 1VR5A 2A5TA 2XXVA 4U1OA 4QFPA 3T96B 1IXHA 3FIRA 4EQ9A 3MPLA 4E0XA 3MP6A 1R9LA 3CFXA 4LONB 3C36A 2F6PA 3Q29A 1OLAA 2ONRA 4Q0CA 3C35A 3CSBA 3OO7A 1NNKA 4POWA 4PFUA 3IB0A 5ITPA 3JZJA 1JNFA 1OMPA 1MXYA 4Q8RA 4NF4B 2F78A 3FUZA 2DXRA 1MXXA 3O97A 4N13A 1SQYA 1B1HA 5F1QA 4YB5A 4XKPA 2OJTA 3IJOB 1UTHA 3KOTA 1MRPA 3TDJA 4JWYA 3FJGA 3QIMA 1MS7A 1H44A 3IX1A 3QSLA 4WXJA 4KYEA 3FASA 1B2HA 2I3VA 1IIWA 1IXIA 4FECA 3VDFA 1EU8A 3IOTA 4LUBA 3HV1A 4F31B 1B32A 3RYAA 1B3FA 4LZ8A 2NUVA 2ALUA 3ONMA 4RK2A 5L9OA 2Y7PA 3T66A 1I6AA 1US4A 3UP9A 3RTWB 3MAMA 3M3FA 3UORA 3ILUB 4QFLA 3TTNA 2F97A 2QS2A 4RJZA 2PX1A 4I9DA 1AMFA 2QS3A 3TQLA 2CMOA 3FTOA 1HSJA 5H8FA 3S9EA 2ZMBA 3C33A 3QUFA 3RTFB 1N0TA 1FQEA 3KZGA 3PPPA 2DWIA 2HEUA 1MQIA 1R9QA 4WKMA 3S9LC 4DDDA 3OO9A 1GR2A 4JBZA 4PE5B 3CG1A 2RCBA 1VFDA 3PUVE 4KQPA 3QXMA 4LQ5A 3KN8A 4F3PA 2RCAA 3LVUA 4IO6A 3VFJA 5DTBA 3IAZA 4JSOA 5I2KA 4YKIA 3HSTA 4XXUA 1O7TA 2B4LA 2AL5A 1XT8A 3LC8A 1B3EA 3W9WA 1I6QA 4F29A 2P0SA 4F1VA 1IXCA 1MH3A 2XXQA 5CMKA 4KI0E 3K6VA 1EH3A 5BWJA 1USYH 4YMBA 3T9VA 5I59A 4ZE8A 3PUXE 3A09A 2Z8EA 3ZSFA 2DQVA 5B7DA 5ISUA 1CB6A 5L9SA 3KOSA 5H8NB 3DRJA 1Y9UA 5ICQA 4FEDA 1RKMA 2O1LA 3H6VA 4N07A 5DVFA 3VLUA 1B4ZA 4RXLA 3PU5A 5HBCA 2ZNUA 1ZU0A 1Z7NE 2H4IA 4RK9A 4QFKA 4ZE9A 4JXIA 1ZBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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