3T9HB

Kainate bound to a double cysteine mutant (a452c/s652c) of the ligand binding domain of glua2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGCRDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDCGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of AMPA Receptor Activation by Partial Agonists: DISULFIDE TRAPPING OF CLOSED LOBE CONFORMATIONS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 86
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3t9hB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3t9hB02
3E3KA 3CRBA 5AA1A 3FJMA 1EZPA 1UQWA 5H8NA 1D3KA 5I59A 2AL4A 4OHNA 3FATA 3IR1A 1EH3A 2UVGA 4F31B 2I3VA 2XD2A 5I2NB 1FW0A 3ZKKA 5AA2A 1QVSA 3MW0A 3FVOA 4IY6A 4EQ9A 4LP2B 4LA9A 4IGTA 4OWDA 1II5A 1TFDA 1B4HA 2D5WA 3K00A 3LBSA 1OQGA 3EN3A 4MLQA 1UTBB 4I1DA 4KCDA 1D4NA 4OVJA 1IIWA 5CMBA 3TZAA 4OQOA 1B3HA 5FHMA 3IL1B 4AB6A 1Y3NA 3BFUA 2F36A 4H5GA 2OWTA 3DM0A 4ONYA 4WKMA 1WVJA 4H5FA 2DP8A 4HCWA 4G68C 4Q5TA 1ELJA 3THIA 3IORA 1FQDA 1USYE 4U1ZA 2H99A 4LZ8A 4POWA 4QSDA 5A5XB 1H76A 1Y4CA 3PMXA 1MXZA 3IJXB 3OO8A 4GF8A 4Z7EA 1QULA 3LSXA 4TOZA 1J1NA 1MY0A 2H5YA 2Q89A 5FHOA 4Q30B 2Q2CA 1MXWA 1A55A 1NH7A 2DXYA 4R6YA 4HTGA 3KJ7A 3FD3A 3RNNA 3O6IA 3PD8A 5I56A 3MVZA 4H0WA 2G93A 1FQFA 2IEEA 2F7BA 4H67A 2XX9A 3FXQA 1EU8A 3KN3A 4DE8A 2XXIA 3OSQA 2HCAA 3C9HA 2QS2A 3VVFA 4LATA 5JEIA 3OD7A 3FJGA 4OESA 3S2VA 4IO6A 1AIVA 3UK4A 1MY1A 4F3BA 1B05A 4X1BA 4C1TA 5ITOA 2I4BA 4FJPA 4YAHX 3E13X 1BP5A 1MDQA 3PUVE 1WODA 1SBPA 3IB2A 3UA8A 1O7TA 1IZ1A 3K1NA 3TFLA 3Q26A 5H8QB 1NNFA 4EXLA 1YPNA 1MXVA 1DTGA 3GZGA 2LAOA 5I58A 1OMPA 2I6EA 3OO9A 5EYFA 3PMVA 1MQIA 4QFLA 2PT1A 3QUFA 2O6AA 1NMUA 4MF3A 3T93B 1QUKA 4F39A 5DVFA 1B3FA 3ONMA 1A40A 2XXXA 4OFJA 3PPQA 2HFBA 3LC8A 1UTHA 3W9WA 1Q1KA 4E0XA 2I49A 2O7UA 4JSOA 2DXRA 3PPRA 2X26A 3GLBA 4DLDA 3MP1A 2QPQA 4R72A 5CMMA 3TQWA 2DWJA 1FTJA 4QFKA 3FXRA 4XIGQ 5CMCA 3TDJA 2XXRA 3KOTA 1SYHA 4IB2A 4RA1A 1LLSA 1OIBA 5CMKA 1PC3A 4HS7A 2XHDA 3C33A 5H8FA 1SD3A 3G3JA 1B40A 3VE1B 2F35A 3P7IA 4NEDA 4EF1A 1LCTA 1R9QA 2DVCA 2F97A 2QSXA 5EHMA 3VLVA 3QAXA 4OEUA 4R74A 4KFQA 4YKKA 2O1MA 4FE8A 1SW4A 3O29A 3KG2A 2HZKA 2FA7A 4IO7A 4ZE9A 1VSOA 2UYEA 3ILTB 4H65A 3MVXA 1M5CA 4MH5A 1AL3A 4UACA 2QS4A 4ZZAA 5ICTA 4YKPA 1NKXA 3S9NC 3B6QA 3K01A 2YLNA 2OJTA 3SDFA 1PB8A 3UGWA 4EDPA 1LGBC 4PFUA 3PD9A 4OEVA 4NMYA 3IB1A 1FQEA 3USDA 3IJOB 2ESNA 4MBPA 3TEPA 3H3GA 3FV1A 1LAHE 4BDMA 1A8EA 1EZOA 5DEXA 1QKAA 3RTFB 4P0GA 1IEJA 1ZTYA 3S9LC 4JWOA 1M5DA 2FYIA 3VLWA 3G3HA 3K1MA 3PV0E 1MXYA 1XC1A 3FVKA 3OOAA 3W9VA 3VFJA 3C34A 1GGGA 1S7YA 4R6HA 3O9PA 4GL8A 5BWJA 3DP4A 1P1WA 4R2BA 2X7QA 4ELRA 2A5SA 3H6VA 1XVYA 1B7HA 3PUYE 3RGYA 3VV5A 4JWXA 4F1VA 2QRYA 1IXGA 4H6DA 3T22A 4R2FA 5H8SA 1VR5A 1NFTA 2Y7KA 3DP6A 2H4IA 2NXOA 3HHGA 2QS1A 1PDAA 3IO4A 2UXAA 2DSFA 3TTNA 1BTJA 1FTKA 2I0BA 3O97A 4YU0A 3TTMA 2UVHA 4EUOA 4EF2A 3T9VA 4KCCA 4OENA 1R1NA 4L17A 2YPNA 4G68A 3M3FA 3T9UA 4I9DA 4F3GA 5I2NA 1MH3A 1MQHA 1CB6A 4G77A 4ZDMA 3IK6B 3H7MA 5HM4B 2O69A 1B1XA 1LSTA 2VD3A 3K02A 3V5AA 4R6KA 1LFGA 3TUSA 4GLIA 1Y20A 1ZIUA 4M1VA 2DE2A 4ELOA 1LAXA 4NF5B 2XX8A 1MY3A 5IAIA 4GVOA 3BFTA 3MC2A 2A5TB 2NWJA 1H43A 1JW1A 3U93A 3TQLA 2YJPA 4QHQA 2H98A 2D21A 3HCQA 2PVUA 4LZ7A 4N07A 1B0HA 2V93A 3O6HA 2ZYMA 3FZVA 3KJTA 4TLLB 1B3LA 4GXAA 3TTLA 1SVXB 1MPDA 3U92A 3MBPA 4GL0A 4KPTA 3CR9A 4F19A 4U1OA 4BDRA 1Y4TA 4LUBA 4G8NA 3QIMA 3ZSFA 2PT2A 3C4MA 3RQTA 2IA4A 1AMFA 1UIVA 3IOUA 3RPWA 1EZ9A 3ZKLA 2Q88A 5CI5A 5I84A 3DLNA 4KQPA 5AA4A 1MG1A 3E4RA 3CFZA 2V3QA 3SERA 3UORA 1OVBA 2B65A 4IY5A 5JTYB 4F3SA 4PQJA 3IOVA 5DVJA 5FTHA 1LB9A 3R6UA 1FQAA 4DIGA 4NF8A 4QSEA 4ZE8A 3QXMA 3VXBA 3CIJA 1M5EA 4XKPA 4PFYA 5KCJB 4IO3A 2UVIA 3O6GA 3K6WA 3VDFA 3EPEA 1SI0A 3D4CA 4FEBA 1FTOA 3TODA 3AXFA 1B0LA 2AIXA 4NE4A 2ANJA 5DVIA 1A8FA 3KEIA 1MPCA 2O1LA 1TXFA 3EF7A 3MWBA 3GBAA 4C0RA 3L6GA 3GXAA 3MPKA 3HPIA 1XT8A 2R71A 2REJA 1NNKA 3PPPA 1AOVA 4U4XA 5H8NB 4R9GA 5F1QA 5I59B 1YTVA 3HSTA 3VLUA 4GWOA 1R6ZA 3Q28A 2V3UA 5BUUA 5AA2B 4IO4A 2NOOA 1HSEA 3U8QA 2QMXA 3O66A 3KBRA 4HW8A 1SI1A 1PB7A 4I62A 4N13A 2DE3A 3VVEA 4FATA 4IO2A 2I3WA 4O3CA 4U23A 2RC8A 2P0SA 3OELA 3CFLA 1JVYA 3N94A 4ZEBA 1F9BA 2Y7IA 1TFAA 1JW4A 2HXWA 4KI0E 5H8HA 1I6BA 1OLCA 3TCGA 3KSXA 2Z22A 3OEMA 1PB9A 3QYTA 3ODBA 1M5BA 1B2HA 3FGSA 1LCFA 1IITA 5TP9B 3LUYA 2Z23A 2VHAA 4QF9A 3SETA 2Q8JA 1P1QA 1B9JA 4F22A 3Q27A 1B5JA 4PE5B 1URDA 1TWYA 4NF4A 4DCXA 5DT6A 3VXCA 2VOZA 1XS5A 3HO7A 1JQFA 3TMGA 2I48A 1A99A 4RYAA 2OCUA 4F2QA 3S9EA 5I56B 4RXLA 1QW0A 1URSA 4AQ4A 4OMBA 3Q25A 1NL5A 2ONRA 2Z8EA 2I0CA 5I57A 2ABHA 4PETA 4WEPA 1O64A 5TPAA 3TYHA 4Q8RA 1BKAA 3K6VA 3TTKA 3RT6B 3RY3A 3I3VA 3V83A 1ATGA 1NNTA 3K1PA 1B32A 4DZ1A 3R26A 3FVGA 2QL3A 4U21A 2DOJA 2UYFA 5KDTA 4ZEIA 3H6TA 3A09A 4DXCA 3HHFA 4G8MA 2V25A 5I58B 5ISUA 3PPNA 5I2KA 1MQJA 1SW2A 3D4GA 3UIFA 4OFLA 5JK4A 1BIYA 1YAEA 4ESWA 4F1UA 5TU0A 1QUJA 3DP8A 4MLVA 4EQ7A 2F6PA 3G3KA 4FEDA 1LBCA 3IAZA 2ALUA 3M3LA 4YMBA 1UTHB 1FQBA 4TQUQ 3RUMA 1B7UA 3RN8A 3K6XA 1A54A 1B3GA 3DELB 4G4PA 2H25A 2F8DA 3OEKA 3T9XB 3K4UA 3WAEA 3MP6A 4YZZA 1JEUA 4JXIA 5IKBA 1SW5A 3UN6A 4NWDA 1IXCA 4C1UA 3SEYA 2RC7A 1QUIA 4RY1A 1B4ZA 2Q9TA 4LVQA 3MP8A 3MVYA 4XTCQ 1R9LA 2XXWA 1ZBMA 3QSLA 4ZZEA 4NF6A 2Q2AA 2WKYA 1IXHA 4RJZA 1JVXA 3V8XB 2ONSA 3H4ZA 5CM6A 2ZNUA 2R6GE 3SESA 4F3PA 2D3IA 2PYYA 4IO5A 3FUZA 5B7DA 1GTKA 5DTBA 1N7XA 5J1DA 3KN7A 3TCFA 3IX1A 1JETA 1N76A 4KR5A 3GBBA 4JDFA 4JSDA 5FTIA 2O7IA 2UVJA 3G3GA 3L6HA 2OWSA 1N84A 4YB7A 4OXVA 2H9BA 2ZMBA 3TCHA 4EXKA 4NWCA 3K2DA 1GV8A 2HQ0A 4Q0CA 4RPNA 4UA8A 2HAVA 2O84X 1FQCA 1LBBA 1KWHA 4GFRA 5M2VA 1B58A 1MPBA 1MQDA 1UTBA 5DEXB 5AE4A 3KOSA 1PEBA 4X48A 3SEWA 4BLAA 1URGA 2B3FA 1MXUA 5CRYA 2XXQA 5DYHA 1H44A 3FASA 2HZLA 2ZNSA 5A5XA 1SW1A 1XVXA 2CMOA 2RINA 4XKRA 1UIUA 3HN0A 5EHSA 4U22A 2DWIA 1ANFA 3B6WA 1SDXA 4ZEDA 2P2AA 4KD5A 1Z7NE 2Y7RA 4R75A 3B7DA 5AA3A 1GR2A 3EHTA 1XHYA 2DS9A 4RPOA 4ESXA 3V89B 4M4GA 1HSLA 3OENA 1GVCA 3CSBA 4ZEFA 3KSJA 4H8IA 5L9OA 1I6AA 1JW5A 1FCKA 4G68B 3FVNA 1B52A 4F29A 4WEDA 3RLFE 3UP9A 4DCYA 4DXUA 4YICA 4GOTA 1ZLQA 3C36A 2HAUA 1RYXA 4U2RA 1T0KA 2O51A 1ZJLA 3T9HB 4P0IA 4OTEA 2HEUA 4KYSA 4LQ5A 2DWAA 1IQ7A 5F7VA 3CI8A 1DMBA 3RT8A 3B6TA 4HCYA 1QJMA 3BBRA 2Z8FA 5H8QA 1D9YA 2ONKE 3OSRA 1JEVA 2XXUA 3PMWA 3VVDA 1MY4A 5TP9A 5HBCA 2ZNTA 4ELQA 4R73A 2OZZA 4ECFA 1OVTA 1POY1 3R7XA 1Y3PA 4FORA 2RF1A 3M3KA 2XD3A 3S4UA 3ZS6A 2RCAA 5CBRA 1US5A 2QJEA 3S9MC 1DOTA 1B51A 3U72A 3G3IA 3E9XA 1LAFE 2B3BA 4QFOA 5ELVA 3HV1A 3LSLA 1H45A 5L9MA 3I5OA 4OZ9A 1CE2A 1MM6A 4EQBA 1MRPA 3KGCA 5K2XA 3N26A 3PUXE 2W7YA 2F6GA 3ILUB 3JV9A 2PBWA 2GRVA 4YB6A 4RK2A 4F18A 1NH8A 2KLFA 1VFEA 2F7AA 2QS3A 4GRKA 3MZ1A 4RK9A 3MUQA 4THIA 3PUZE 1VE4A 5AA4B 3KZGA 2GHBA 3BKIB 2REGA 4F1YA 3N6TA 4R9FA 4KHZE 1JNFA 4O3BA 2XXVA 4JB7A 4XKNA 2FNCA 3SEXA 3JZJA 1XOCA 4GQOA 4NF8B 3QK6A 2XXPA 1TT1A 1DTZA 2M8CA 1N3XA 2V3TA 4JBZA 1FTLA 3EQ1A 3IB0A 1PBPA 1US4A 2VP1A 5LOMA 4ZS9A 1P1NA 1MXXA 2GFEA 1MH4A 4PP0A 2RKMA 4QFNA 3TTRA 4P11A 4QSCA 3EHSA 4PFWA 3H6WA 1MQGA 2G29A 3C35A 3ECRA 1N3WA 2RCBA 1Z7ME 2ZYOA 1MS7A 1B7ZA 2QMWA 2I58A 2E0SA 4DXBA 3T66A 3PUWE 4U4SA 2XXTA 4O3AA 1D9VA 4JWYA 4OETA 3M8UA 4OERA 5L9SA 2XXYA 4H8JA 2Y7PA 4G8HA 1FTMA 1M5FA 5FHNA 4XKQA 3C31A 3SEVA 1Q35A 3EHUA 1MM7A 4LQ2A 3FIRA 4PFTA 1WDNA 1Y1MA 3H6UA 3PPOA 2Y84A 2PMSA 4LZ5A 4GIZA 4NTLA 4QFPA 1B1HA 4BDNA 5H8HB 5KZTA 1AH5A 4GD5A 3U94A 3OO7A 4BDQA 5CC2A 1HSJA 2OK2A 4E0WA 4XXUA 1H3DA 3H06B 3MJNA 1OLAA 1B3EA 1SQYA 2P1SA 3PGFA 4GXSB 3K0VA 5B70A 1P1UA 2Z8DA 4ZEKA 3JYRA 1MY2A 4N6PA 2CZLA 3FXUA 1Y9UA 3SKPA 2I4CA 2VGQA 1IUDA 1PBQA 3Q29A 3CSGA 3QUJA 3TKDA 3A3UA 4NF4B 2X7PA 4F2OA 3LR1A 1MDP1 3WAFA 2OLBA 4WXJA 3CVGA 1DPPA 4YMAA 1P1OA 2E1SA 2DE4A 1Y1ZA 2F78A 3MQ9A 1B46A 1Y3QA 4FAJA 1P99A 3RTWB 2F5XA 1DSNA 2ZXTA 4YKIA 2O68A 2DYXA 5HPQA 3K6UA 2NVUB 2BJJX 3OMBA 5I57B 3IOWA 3CG1A 1YCJA 4BDLA 4G2ZA 4NF5A 4YB5A 3C32A 5ICQA 2PX1A 1DPEA 2ZYNA 3I6VA 2DQVA 1S9TA 2Y7WA 1B5IA 5TPAB 1LFIA 2A5TA 5ITPA 3G7WA 1ZMGA 1I69A 2AL5A 3MZ9A 3W15C 4I8CA 3T96B 5H8FB 1RYOA 3U1OA 1RKMA 4POXA 4FIMA 3SEUA 3CFXA 3OXNA 2GHAA 3FJ7A 2NUVA 3LSWA 4AB5A 1NNPA 3TELA 4OYVA 5KDTB 3O2AA 4KYDA 1N7WA 1POTA 3PU5A 4ELPA 4BDOA 2R9JA 5I2KB 4Z0IA 4DDDA 1BLFA 1VFDA 1IXIA 1N04A 4ZECA 4OFOA 5K2YA 3MZBA 3LSFB 3IOTA 4IGRA 3KFMA 1QKBA 3MVWA 2XXHA 2ZYKA 1A7LA 3N6UA 4H1XA 4QRZA 1I6QA 1S50A 2AYSA 2DWHA 4LONB 4MFIA 1B5HA 3TPAA 3H03A 2OBGA 4K3FA 5JTYA 2DVZA 1B6HA 1SYIA 3MAMA 4ISUA 5L8DA 3F11A 1USYH 3O28A 2RC9A 1ZKBA 2V84A 3CG3A 5AA2D 4ND9A 5KCJA 4KYEA 2THIA 1OQHA 2VD2A 2GH9A 3N5LA 4YKJA 1N0TA 1O63A 2XX7A 5CBSA 2F34A 1LAGE 3IO6A 1L5TA 4RNSA 3OO6A 3TAJA 1ZU0A 4NF6B 1LFHA 4X1DA 4X9TA 2F7CA 3KN8A 1LB8A 4FECA 3FV2A 3A3CA 4TLMB 3G3FA 3MPLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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