3V8XB

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisserial meningitidis serogroup b in complex with full length human transferrin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
676
structure length
676
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Transferrin-binding protein 1
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule tags Membrane protein/metal transport
total genus 176
structure length 676
sequence length 676
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB03
4FATA 2HCAA 3Q29A 1N3WA 2DSFA 2ANJA 3FUZA 2A5TB 3QIMA 1Y4CA 1LAHE 2E0SA 2DOJA 1D3KA 3OELA 1SDXA 1A7LA 2UVJA 4KCDA 1GR2A 4EF1A 1USYE 4OEUA 4GL8A 2Z8DA 2XXTA 4M4GA 2HXWA 3KBRA 1Y3NA 1UTHB 5L9MA 1B7ZA 3GXAA 1D4NA 3TCGA 4RNSA 1IEJA 4RK2A 1XVXA 5CMBA 3W9WA 3RLFE 3G3HA 5H8QA 3KZGA 3IORA 2VP1A 4QFPA 1MH3A 2ALUA 2H5YA 2ZYNA 3GZGA 1AIVA 4DE8A 3I5OA 4YMBA 1LBBA 5JK4A 4PFYA 3EQ1A 4N13A 4IO5A 3OOAA 3MZBA 3VFJA 3N6UA 1DTGA 4QSDA 4U1ZA 5TPAB 3N5LA 4FEDA 5LOMA 3IK6B 2D3IA 1SW4A 2F7BA 3K6VA 4OFJA 4FAJA 3O6HA 1VR5A 3RNNA 2D21A 1LSTA 3TQWA 4R9FA 5A5XB 4U22A 1BTJA 4HCYA 4OQOA 3O66A 4I1DA 4R72A 2OZZA 1ZTYA 4F2OA 1EZ9A 3TAJA 3P7IA 4NF6B 4YICA 4OYVA 2Z23A 4RXLA 4EXLA 3O28A 1MXXA 1B3LA 2THIA 4G68A 1J1NA 4U4XA 2XHDA 1AMFA 2XXXA 1R9QA 1US4A 4OESA 3V8XB 2X7PA 5CM6A 1VE4A 3FXUA 3U8QA 5H8FB 2O69A 1SW1A 4FECA 1N84A 3TTLA 1B32A 4LQ2A 3HO7A 3T96B 2V25A 1O64A 4YB7A 3UN6A 2V3UA 4HTGA 3USDA 5ITPA 2QPQA 4BDRA 1DMBA 3S2VA 2H99A 3GBAA 1USYH 5B70A 4UA8A 3IB0A 3TTNA 4RJZA 3SEYA 2RINA 4ISUA 2Z8FA 3D4CA 4OETA 4KD5A 5JTYB 4ZE9A 4ZECA 5KCJA 3T9HB 1DPPA 3EHSA 1M5CA 2V84A 1MDQA 2REGA 3OMBA 3PD9A 2B65A 4PFTA 1Q35A 4LONB 1RYOA 3FXQA 1MM7A 3FJMA 3O6IA 4DDDA 4FIMA 3JV9A 4DIGA 1MQGA 3SDFA 2QMXA 5F1QA 1B51A 3TUSA 5EHMA 3DM0A 3PPNA 3UA8A 1N76A 1NMUA 4KQPA 3ZS6A 3FVNA 3TPAA 1B40A 2Q2AA 5KDTB 5DVFA 3MP6A 3CSBA 5ICQA 1A54A 2DE3A 3TYHA 2P2AA 4ZE8A 4RK9A 1UIVA 1ANFA 5TP9B 2YJPA 2VGQA 1LAGE 4GRKA 4M1VA 1PC3A 4LQ5A 3R6UA 4MFIA 1MPBA 5ICTA 2QRYA 4O3AA 1M5BA 1S7YA 4JDFA 2RC9A 1JETA 1A8EA 1S50A 3VVFA 3OXNA 4ECFA 1POTA 4OENA 3LBSA 3SKPA 1ELJA 2M8CA 5FTIA 3QSLA 4YAHX 2AIXA 2IEEA 4GLIA 4ZZEA 2XXRA 3KN3A 1SYHA 1N0TA 2DWHA 3I6VA 3IOTA 1B7UA 2YPNA 5I58A 3CG3A 3HV1A 1BP5A 2H9BA 3GBBA 5I59A 5I57B 1JVXA 1FTMA 2F34A 2QS1A 2FYIA 3S9MC 3JZJA 4EQ9A 2ABHA 1OLAA 1GTKA 3IOWA 5IKBA 5BUUA 1IZ1A 5I84A 3M3FA 3IOUA 4LVQA 4F3SA 3FZVA 1JW1A 1B3GA 4ZEIA 2F78A 2B3FA 4P0GA 4PE5B 4P0IA 1EZOA 3LR1A 3IJOB 2FA7A 1S9TA 2HAVA 1T0KA 1B46A 3PUVE 3QAXA 2I4CA 4F29A 3FXRA 4EUOA 3LUYA 3R7XA 2OWTA 1B3EA 3E13X 4F19A 3S9NC 1II5A 1SI0A 4FEBA 2HFBA 1QW0A 3D4GA 1MH4A 1VSOA 5CC2A 4OFLA 4WKMA 1I6AA 1B0HA 1D9VA 1P1WA 1DTZA 1LCTA 3HN0A 4G77A 1HSEA 4YKIA 3Q27A 1IXHA 1AOVA 3IJXB 1P1UA 1MXUA 2O7UA 2F6PA 1IXGA 2O68A 3KSXA 2NXOA 4P11A 4WEDA 3SEUA 2QL3A 3CRBA 4OHNA 2UYFA 4YB5A 1D9YA 1LFGA 2ZNSA 3MZ1A 3IX1A 4OZ9A 1MPCA 2OJTA 4OEVA 5AA3A 1JQFA 3K1MA 5DYHA 2I58A 4NWCA 3WAFA 5DT6A 2XX8A 4H1XA 1IXIA 4IO4A 3MVYA 1LCFA 3EHUA 1FQBA 4YU0A 1IXCA 1I6BA 1EZPA 3VVEA 1Y9UA 3V83A 3KGCA 1A8FA 1N7XA 1NNFA 2PT1A 3H6UA 1FQEA 1WVJA 1GGGA 3MZ9A 2R6GE 4O3CA 1QUIA 4YKJA 3FV1A 4NF4B 2GHBA 4KR5A 3O9PA 3BFTA 3FIRA 1PB7A 4JSOA 3KOSA 3F11A 1A55A 3DP4A 2XXQA 5H8NA 3T9XB 1VFDA 2F6GA 4EQBA 3K2DA 1TT1A 3M3KA 3BKIB 1JEVA 1B4HA 3OO6A 4IO7A 2AL4A 3RT6B 5EHSA 1XC1A 5ITOA 1I69A 1Y3QA 4IY6A 2DE4A 4R6YA 4IY5A 5K2XA 4F3GA 2A5SA 4RYAA 3PPPA 3OO7A 3K01A 2XD3A 5H8SA 3PMXA 4I9DA 2F35A 1UTBB 1LFHA 1QVSA 3K1PA 2Y7RA 5ELVA 5I56A 5J1DA 2XXIA 4FJPA 3U93A 3KN8A 3KEIA 3LC8A 3DP8A 5DEXA 3SEWA 1B6HA 4IO3A 2ZXTA 2DXRA 2YLNA 1SYIA 3QXMA 5CMKA 2Y7IA 1FQDA 1H3DA 4ESXA 1B1HA 3W15C 4R2BA 2DP8A 5JEIA 5AA4A 3RN8A 1URSA 3CVGA 3CFZA 3VE1B 1NKXA 1DOTA 4F2QA 3L6HA 5I2KB 4X48A 4AB5A 4C1TA 3MW0A 1P1NA 2O7IA 3PD8A 1N7WA 2ZNUA 4OVJA 3MP8A 2PVUA 1B3FA 5H8HB 3H4ZA 4I8CA 1NH8A 1R1NA 2DVZA 3O2AA 3E9XA 1N3XA 3ILUB 4MLQA 3MPKA 4QFOA 5B7DA 2XX7A 1MQDA 3V89B 2DWJA 2BJJX 2OLBA 2Y7KA 4K3FA 3FV2A 4OFOA 1BKAA 4TQUQ 4X9TA 3H7MA 1SQYA 3ODBA 1OIBA 4KI0E 3Q28A 3T9VA 3VXBA 4R2FA 2NUVA 3B7DA 4Q8RA 3QYTA 3M8UA 1SVXB 2ONKE 5I2NB 4IO2A 2NVUB 3T22A 1WDNA 3OENA 5ISUA 5K2YA 2REJA 3H03A 2DXYA 4GFRA 3UK4A 1Y3PA 3IR1A 1B5HA 3C35A 4ZEFA 1N04A 1MXYA 2F5XA 1MDP1 2I49A 3CI8A 1OLCA 3EN3A 3QUJA 2HZKA 4LZ8A 1KWHA 3C33A 4GXSB 3OO8A 3MQ9A 3B6WA 1QULA 3G3JA 4YZZA 4NF5B 3MWBA 4GOTA 4KFQA 2UVIA 4UACA 1JEUA 2XXUA 2A5TA 1LAXA 2F8DA 1B2HA 4G68C 5HM4B 3VDFA 1RYXA 4ZDMA 2XXHA 4U2RA 3PUYE 4ONYA 2FNCA 4QFNA 1URGA 4R6HA 1UTHA 3S4UA 1M5EA 4RA1A 1SD3A 1MRPA 1QUJA 4DCXA 1XHYA 3RTFB 1XOCA 3HSTA 5F7VA 2F97A 3E3KA 3OO9A 3A3CA 2I3VA 3H6TA 3TQLA 4F3BA 3VLWA 3EHTA 3WAEA 1R6ZA 1ZU0A 3L6GA 3TTRA 3BFUA 3TCHA 2DYXA 5H8QB 3QUFA 3QK6A 2Z22A 4OTEA 4LATA 1LGBC 1IQ7A 4MF3A 2PX1A 3IOVA 2V3TA 4XTCQ 1FW0A 4U1OA 3CIJA 5TPAA 4LZ5A 4EQ7A 4F1YA 4JXIA 2XXWA 5IAIA 1NL5A 3MAMA 4H6DA 2W7YA 3SESA 3O29A 3FJGA 2Q9TA 3ILTB 3A09A 3TEPA 2I3WA 3LSFB 1B3HA 5A5XA 3RY3A 1MXWA 3K6XA 1B05A 2HEUA 2QSXA 4LP2B 2QMWA 4AQ4A 2ESNA 3KJ7A 3M3LA 2RCBA 4KYSA 4EF2A 3VLUA 1URDA 1POY1 4YKKA 2NWJA 1QKAA 3C32A 3MBPA 4H5FA 3C9HA 4H67A 4QFLA 2GFEA 2Z8EA 1I6QA 1M5FA 1BLFA 4ZEDA 2D5WA 5L9OA 4G68B 4Z7EA 4H8JA 3THIA 1XVYA 4I62A 4Q30B 4KCCA 1B4ZA 2VD3A 1NNTA 4QHQA 4GIZA 2I4BA 1HSLA 3JYRA 5H8FA 2GRVA 3ONMA 4R75A 3TCFA 4PFUA 5CI5A 3MJNA 3FD3A 4AB6A 3LSXA 4QSEA 4G4PA 1Z7ME 1MQJA 3TMGA 3KSJA 4H65A 4WXJA 1JW4A 1FTKA 1JW5A 1OQGA 4POXA 2XX9A 2I0BA 4ZZAA 2DWAA 4ELPA 4HW8A 1LLSA 5AA2D 4BLAA 2HQ0A 4LA9A 3H6WA 3HPIA 2O84X 1ZIUA 4XKNA 4F1VA 2VHAA 3KN7A 5FHMA 3TTMA 2GHAA 3R26A 4TOZA 3ZSFA 4ZS9A 1TFAA 2H25A 1IIWA 2ONRA 1QKBA 1OVBA 1B5IA 5KCJB 5EYFA 5KZTA 2Q89A 3H6VA 3U94A 4BDOA 1MG1A 1B7HA 5M2VA 2O51A 4NF8A 3IO4A 3TELA 3PMVA 1TWYA 3VLVA 4F22A 2ZNTA 4RY1A 3MP1A 1PB9A 4O3BA 3TODA 1ZBMA 3N94A 5BWJA 3K00A 5KDTA 4XIGQ 2O6AA 1AH5A 2R71A 2RF1A 2PMSA 3B6TA 5HBCA 4FE8A 2R9JA 3VVDA 3FGSA 1A99A 2O1LA 3A3UA 3CR9A 5TP9A 2Q2CA 3K6UA 3SEXA 3T93B 2OWSA 1CE2A 2QS3A 4DXBA 3W9VA 1H43A 2I48A 3OEKA 3BBRA 2GH9A 1YPNA 3B6QA 2XXVA 3UP9A 4OMBA 1MY2A 3MC2A 4G2ZA 4ESWA 1B9JA 5TU0A 4F1UA 3KJTA 4R9GA 3H06B 3MPLA 4LUBA 3VXCA 4EDPA 3T66A 2B3BA 4JWOA 3EF7A 2DE2A 4ZEKA 5I57A 2F7CA 2Q88A 1Q1KA 3OEMA 1EU8A 1WODA 3KG2A 4G8NA 4PFWA 3PPRA 2PYYA 2QJEA 4Q0CA 3FASA 4PETA 5I58B 4IB2A 1XT8A 1QJMA 1PBQA 5I59B 2HAUA 4N07A 4OXVA 3CSGA 2WKYA 4PQJA 1ATGA 2Y7WA 4F31B 3O97A 3AXFA 1B0LA 2X26A 2UYEA 3IB1A 3UGWA 4R74A 3I3VA 3K0VA 3SEVA 1B52A 1JNFA 2KLFA 5DTBA 1FTOA 1F9BA 3EPEA 3FJ7A 5CMMA 2AYSA 3PMWA 2DWIA 1DSNA 5L9SA 3CFLA 1GVCA 2P0SA 1CB6A 1ZJLA 3MVZA 3MUQA 3HHFA 1PEBA 3IO6A 3IAZA 3K02A 3RPWA 3FATA 4H0WA 4NE4A 3OSQA 3S9LC 1FCKA 2RC7A 4XKPA 4XXUA 1HSJA 2UVHA 3Q26A 4G8MA 4H5GA 2Y84A 5FHOA 3C4MA 4DZ1A 2CMOA 1B5JA 3K1NA 3G7WA 5AA2A 3LSLA 4C0RA 1XS5A 1Y4TA 2PT2A 4JBZA 4IGRA 4Z0IA 2F36A 4QSCA 4EXKA 1IUDA 1YTVA 4F18A 4X1BA 4BDMA 4MH5A 3RQTA 1MS7A 1SW5A 1MQHA 4NTLA 3GLBA 4DXUA 2DQVA 2IA4A 4THIA 3TKDA 1IITA 4HCWA 3K6WA 4HS7A 3SETA 2RKMA 4MLVA 5DVJA 2P1SA 3PGFA 3ECRA 1BIYA 3SERA 1A40A 1H45A 1QUKA 1O63A 1MY4A 1EH3A 1MXZA 2H98A 4GVOA 3DELB 5AE4A 4U23A 4C1UA 1GV8A 1SI1A 1RKMA 3U1OA 3VV5A 3PUWE 4WEPA 4FORA 4NF4A 3FVKA 2Q8JA 4NF8B 3O6GA 1LB9A 1SW2A 4H8IA 3TZAA 3IB2A 4NWDA 4GL0A 1P99A 3MVWA 2V3QA 3T9UA 5CBRA 3LSWA 4DCYA 1Y1MA 4DXCA 2DVCA 3RT8A 5H8NB 1YAEA 4OWDA 4QRZA 5CMCA 4JB7A 4L17A 4R6KA 4GF8A 3TDJA 1O7TA 5AA1A 3RGYA 2XXPA 4GXAA 2XXYA 3OSRA 2HZLA 2RC8A 5CRYA 1ZMGA 3KOTA 2I6EA 1MY3A 2PBWA 2UXAA 4DLDA 3MVXA 4PP0A 3IL1B 4N6PA 1SBPA 4RPNA 1UTBA 1JVYA 4U4SA 1YCJA 3DLNA 5L8DA 1ZLQA 3PV0E 3ZKKA 1Z7NE 4QFKA 1FQCA 2VOZA 2I0CA 1NH7A 2AL5A 4LZ7A 4X1DA 3N26A 5I56B 4IO6A 2VD2A 1NNPA 1OQHA 2E1SA 5DEXB 4ELRA 3PPQA 1MY0A 2OBGA 4MBPA 1LFIA 3FVGA 4GD5A 2QS4A 1FQAA 1LAFE 2ZYKA 5FHNA 1H44A 5CBSA 1Y1ZA 2ONSA 1MXVA 2OK2A 3Q25A 2ZYOA 4QF9A 3U92A 1M5DA 3FVOA 1L5TA 1LB8A 1B1XA 4JWXA 5I2KA 4GWOA 3TTKA 3G3GA 5AA4B 1P1QA 4NF6A 3PPOA 3E4RA 2NOOA 4JWYA 4ZEBA 5H8HA 2F7AA 1PDAA 4NEDA 4XKRA 3HCQA 4ND9A 1OVTA 1TXFA 1NNKA 3C36A 3RUMA 2CZLA 1PBPA 1LBCA 4ELQA 2G93A 4KPTA 1MQIA 4BDQA 2Y7PA 4KYDA 1UQWA 2RCAA 4YMAA 4POWA 1MM6A 3PU5A 1UIUA 4GQOA 4BDLA 2G29A 2ZYMA 1US5A 1B58A 3H3GA 4TLMB 2XD2A 1TFDA 3UORA 3K4UA 3CFXA 1FTJA 2O1MA 5FTHA 2X7QA 1ZKBA 4U21A 2H4IA 3C31A 5HPQA 1MY1A 2V93A 2QS2A 3UIFA 3U72A 4TLLB 5I2NA 4E0XA 1AL3A 4F3PA 2OCUA 3ZKLA 4F39A 3PUXE 1PB8A 4R73A 2ZMBA 4IGTA 5AA2B 2DS9A 1MPDA 3DP6A 1H76A 5JTYA 3G3FA 2UVGA 1P1OA 1R9LA 1OMPA 3CG1A 3N6TA 4NMYA 1Y20A 4RPOA 1NFTA 4KHZE 3PUZE 2LAOA 4YB6A 4BDNA 3RTWB 4E0WA 3C34A 3G3KA 4YKPA 3HHGA 3OD7A 1VFEA 4OERA 4JSDA 5DVIA 4NF5A 3S9EA 4XKQA 1DPEA 4G8HA 4Q5TA 3V5AA 4ELOA 4KYEA 3TFLA 3KFMA 1FTLA 3G3IA 1FQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FATA 4O7MA 2HCAA 3Q29A 1N3WA 2DSFA 4MMPA 2ANJA 3FUZA 2A5TB 3QIMA 1Y4CA 1LAHE 2E0SA 2DOJA 2WYKA 1D3KA 3OELA 2XWKA 1SDXA 1A7LA 4MNIA 2UVJA 1FPIA 4KCDA 4O8MA 3RPLB 1GR2A 4EF1A 1USYE 4OEUA 4GL8A 2Z8DA 2XXTA 4M4GA 2HXWA 3KBRA 1Y3NA 5EQ9A 1UTHB 5L9MA 1B7ZA 3GXAA 1D4NA 3TCGA 2B4MA 5EYHA 4RNSA 1IEJA 4RK2A 1XVXA 5CMBA 3W9WA 5EQ8A 2WEFA 3RLFE 3G3HA 5H8QA 3KZGA 3IORA 2VP1A 4QFPA 1MH3A 2ALUA 2H5YA 5EYGA 2ZYNA 3GZGA 1AIVA 4DE8A 3I5OA 4YMBA 1LBBA 5JK4A 2DDKA 4PFYA 2WBBA 3EQ1A 4N13A 1NV2A 4IO5A 3OOAA 3MZBA 2FVZA 3VFJA 4H45A 3N6UA 1DTGA 4QSDA 4U1ZA 5TPAB 4MJOA 2FBPA 5ET5A 3N5LA 4FEDA 5LOMA 4OVQA 3NOHA 3IK6B 2D3IA 4LN5A 1SW4A 2F7BA 3K6VA 4OFJA 4FAJA 3O6HA 1VR5A 4GX4A 3RNNA 2D21A 1LSTA 3TQWA 4R9FA 5A5XB 4U22A 5A5LA 1BTJA 4HCYA 4P56A 4OQOA 3O66A 1EYKA 4I1DA 4R72A 2OZZA 4GWXA 1ZTYA 4F2OA 1EZ9A 3TAJA 3P7IA 4NF6B 4YICA 1FPKA 4OYVA 1LBWA 2Z23A 4RXLA 4EXLA 2XWOA 3O28A 5FBPA 2ZZVA 1MXXA 1B3LA 2THIA 4G68A 1J1NA 4U4XA 2XHDA 3EKIA 1AMFA 2XXXA 1R9QA 1US4A 4OESA 4HXVA 2ZZWA 3V8XB 2X7PA 3T1BA 5CM6A 1VE4A 3FXUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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