3V8XB

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisserial meningitidis serogroup b in complex with full length human transferrin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
676
structure length
676
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule tags Membrane protein/metal transport
molecule keywords Transferrin-binding protein 1
total genus 176
structure length 676
sequence length 676
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB03
1XC1A 1Y1MA 1SI0A 3PMXA 1JW4A 3K1MA 1PB8A 3FXUA 3I5OA 3MJNA 3MP8A 4YZZA 3UN6A 4Z7EA 2O51A 4TLLB 4PFYA 3QSLA 2UVJA 1MS7A 4ZZAA 2XD2A 3KBRA 5JK4A 2ONKE 2DXRA 4TQUQ 3G3GA 1OQGA 2Y7RA 2GHBA 3TAJA 3T9XB 4RK9A 3MC2A 4DDDA 1SW4A 1B52A 2NXOA 2O7UA 1SYIA 1I6AA 2DWAA 1MXYA 1B3EA 2I3WA 3L6HA 1H44A 5I57A 4GVOA 4WKMA 4LQ2A 1B7UA 2YLNA 1M5DA 2ANJA 3M3KA 3TUSA 1Y9UA 1QJMA 3K6WA 3QXMA 4G4PA 4M1VA 2DE3A 1A55A 3KJTA 1GVCA 3TKDA 3W15C 3KEIA 3LR1A 4ELRA 4GIZA 3S9NC 3IK6B 3PPPA 1RYXA 3OD7A 3OO7A 2D5WA 1Y3QA 1DTGA 4NF6A 4OXVA 1ZMGA 1HSEA 1PEBA 3G3IA 2NOOA 3JV9A 3KOSA 3LSXA 4IY6A 4RA1A 3FGSA 4IB2A 3FJ7A 3M8UA 3Q27A 3TTKA 4YU0A 2UYFA 2QPQA 3N6TA 4PFTA 3HSTA 1MQDA 3CVGA 5H8HA 3SEVA 3TCFA 3VVDA 1B3FA 1DOTA 3T96B 3IB2A 4OYVA 3DP8A 1LBBA 1Y4CA 2QS4A 5FHOA 2DYXA 4H5GA 1B51A 4ECFA 3A3UA 3TTMA 4ELPA 4ISUA 3MUQA 1BLFA 3G3FA 1MPCA 2XXXA 5KZTA 5ICTA 2G93A 3IB1A 1B7ZA 3CFXA 2R71A 4F3SA 4R2BA 2B3FA 4QHQA 1USYE 1VFEA 2QS3A 4OMBA 2QMXA 4KHZE 4QF9A 4R74A 3OSQA 5CMCA 2OCUA 3RT6B 2ZYOA 3O29A 3RTFB 2Z8EA 3VXBA 1AH5A 2W7YA 3O66A 2DWHA 4OWDA 3E13X 1DPPA 1LBCA 1IITA 1ATGA 1II5A 3E4RA 1FTJA 1A8EA 1MY2A 1NH8A 5L9SA 1DPEA 1JVYA 3OO6A 3CG3A 4N13A 1LLSA 2I58A 4EQ7A 4F2QA 5A5XB 4GRKA 1NNTA 1GGGA 4MLVA 4XKQA 2OK2A 4R2FA 4R6KA 5TU0A 4EF1A 4F18A 3FXRA 1QUJA 3B6WA 4QFKA 5ICQA 4H1XA 3C9HA 1SD3A 4YKKA 2OBGA 2I0CA 3VLUA 1GV8A 2QRYA 3PUYE 3MQ9A 1LB9A 3C36A 4KCCA 4YMBA 1B3GA 3G3KA 4NMYA 4QSCA 3K00A 3MP1A 4KCDA 4R6HA 3R7XA 4I9DA 2O7IA 1USYH 3FASA 4U1ZA 4ZDMA 3VE1B 1JEUA 1XHYA 1XVXA 3RUMA 2HFBA 4N07A 3D4CA 3E3KA 3CR9A 3PMWA 1US4A 3U94A 2ESNA 3THIA 1B4HA 3VLVA 2UVHA 4F1VA 1SW5A 4F29A 1IIWA 1SW2A 1P1QA 5AA4A 4U1OA 3A3CA 5F1QA 2V25A 1A7LA 2GH9A 5ELVA 4BDOA 2O1MA 2VHAA 4F1UA 3LC8A 2Z22A 1AL3A 3KN3A 3PMVA 2BJJX 2LAOA 4RXLA 5KCJB 1MY4A 1ZTYA 1B3LA 1N3WA 2D3IA 1OMPA 2RCBA 2Z8FA 3IB0A 3T9VA 3TCHA 1I6BA 1FTOA 1M5BA 1BTJA 4ZE8A 3PPNA 4GWOA 5CMMA 5A5XA 3OXNA 2DWIA 1B40A 4U21A 3IJXB 1WODA 4RJZA 1H76A 3LBSA 4HCYA 5CMBA 1N0TA 3GLBA 4F39A 2QS2A 2I4CA 4OTEA 4Q8RA 5AA2D 1MQHA 2DS9A 1ZLQA 1EU8A 1JVXA 1MH4A 2DE4A 2XHDA 1VE4A 4R72A 2E0SA 3TODA 2X7PA 1Q1KA 3K6VA 1B46A 4XKPA 1N84A 4YKIA 3SEYA 3KJ7A 3KN7A 4AQ4A 5AA2B 4EQBA 2PVUA 3B6QA 1Z7ME 1H45A 3L6GA 4OEUA 2XXVA 4Q5TA 3S4UA 3TEPA 3GZGA 3RPWA 5DVFA 1PB7A 4GQOA 1F9BA 2F5XA 3PPOA 3ECRA 1P1WA 2I48A 1N04A 2G29A 2F7CA 2ZNTA 2WKYA 3ILTB 2XX8A 1SYHA 4FECA 3M3FA 3PU5A 2ZYMA 4FATA 1UTHB 1B1HA 4FJPA 4QFOA 3U8QA 4E0XA 1GTKA 2I3VA 1US5A 3O28A 1KWHA 3PPQA 4IO5A 4ND9A 1URDA 2ZYKA 4IO7A 4Z0IA 3UIFA 4OETA 1URSA 3FVOA 3F11A 4POXA 1A99A 2ZYNA 1MXVA 1FCKA 2D21A 4UACA 2QL3A 4DCYA 3R6UA 3ONMA 4PP0A 4ZZEA 4XTCQ 2XXQA 2ONSA 2F6GA 3EN3A 2F97A 4ONYA 4IY5A 1MY1A 4C0RA 4MBPA 5K2YA 3EHSA 3SDFA 3UORA 2XX9A 1B5IA 3QUFA 1P1OA 1FQFA 1UIVA 2QSXA 5FHMA 5JTYA 3HN0A 4ESWA 1HSJA 5AA2A 4QSDA 2UVGA 3RQTA 3C32A 2YPNA 2XXWA 4R75A 2RINA 4G8MA 4NF4A 4YB5A 4G68A 4GL0A 3MP6A 3V83A 1I69A 1P1UA 1A54A 2AYSA 2V3QA 2I4BA 3IL1B 1D4NA 4I62A 4LVQA 1B1XA 1B32A 1Y4TA 1MH3A 1MXWA 4YB6A 2X7QA 2PMSA 4NWDA 4EXKA 3H03A 1UTHA 3CG1A 3CI8A 4DLDA 3PPRA 3QYTA 3HHFA 2DQVA 2Q9TA 3USDA 2DE2A 3H6UA 4JXIA 4FEBA 3RY3A 2Q89A 3MPKA 1UIUA 4PE5B 3IOUA 3UGWA 4DIGA 1MM7A 5I56B 1QVSA 2XXPA 3HCQA 3H6WA 5AE4A 1OLAA 5H8HB 3RLFE 3O2AA 3T93B 2Z23A 3LSWA 2H4IA 1FQCA 4F3BA 3T9HB 4OQOA 2DSFA 2H5YA 3VVEA 1DSNA 1SW1A 2H25A 3IOVA 4NF5B 3H3GA 4JSOA 1MY3A 2RC8A 4U4XA 4DE8A 5TPAA 4F3GA 2UXAA 3MW0A 4NF4B 1OVTA 2E1SA 3IO4A 2FYIA 4JDFA 4U23A 5DEXA 3EHTA 4DXCA 2Q88A 3O6HA 5FTHA 3S2VA 3K1PA 2OLBA 2UYEA 4JWOA 4R9GA 1T0KA 1OVBA 3W9VA 3FD3A 2VOZA 3OOAA 3MVYA 2FNCA 2P2AA 4H8JA 3N5LA 4C1UA 1URGA 2VGQA 4NF8B 4EQ9A 5B7DA 1PDAA 3OELA 1SDXA 2NWJA 1S50A 1VR5A 3IORA 5B70A 1ZU0A 3SERA 4WXJA 4ZEFA 3O97A 1MXXA 4U22A 3D4GA 1SQYA 4FORA 5TP9A 1IQ7A 4RPOA 4R73A 4F31B 5LOMA 4YAHX 4BDLA 3Q28A 1BIYA 3IOTA 4X1DA 3TTNA 2AL4A 1Z7NE 1N7WA 3OEMA 1R9LA 3FZVA 3K2DA 4ZS9A 5H8NA 2O69A 4H6DA 3G3JA 4NF5A 1P99A 3C33A 1IXHA 3PGFA 3IR1A 3BKIB 3M3LA 4IO3A 4AB6A 1IUDA 1S9TA 1YPNA 4JWXA 1QW0A 2ALUA 5TPAB 3ZKKA 5I59B 3SEXA 1EZOA 3QIMA 4H65A 2OWSA 2RF1A 4OFOA 4YICA 3PUWE 4MFIA 1D3KA 3CSBA 3MAMA 1M5EA 2P1SA 4G68C 2F7BA 4NEDA 1WVJA 2F36A 2HAVA 2PT1A 1HSLA 1UTBB 2V84A 3K6UA 3BFTA 3K6XA 4PETA 4NF8A 4QSEA 3H4ZA 1XOCA 3U72A 5AA3A 1PBQA 1B0LA 1OLCA 2A5TA 2RC9A 3PD8A 4FEDA 1SVXB 1LCTA 2R9JA 2DXYA 3A09A 5H8QB 3SKPA 4C1TA 3FJMA 3P7IA 4P0IA 3IX1A 4HW8A 3MZ1A 4H8IA 1MQGA 1BKAA 1O7TA 5ITOA 3T9UA 4F1YA 5I59A 2GRVA 4IO6A 1O64A 3OMBA 5KDTA 1B58A 3PUXE 1LAGE 4RPNA 4NE4A 5TP9B 3TTRA 1MDP1 5EYFA 4UA8A 1MPDA 4GF8A 3RNNA 1B05A 2GFEA 1EH3A 4HTGA 1CE2A 2HZKA 1FTKA 3EQ1A 4KPTA 3K0VA 2THIA 4FE8A 1SBPA 4BDNA 1LFHA 1NNPA 5FTIA 5H8NB 4JWYA 3ILUB 2F7AA 2I49A 3K1NA 4KD5A 4OHNA 2NVUB 3ZS6A 1MXUA 1LGBC 3W9WA 2ONRA 4LA9A 1SI1A 1LB8A 3EPEA 3KG2A 1JW5A 1TWYA 3LSFB 4DCXA 2QMWA 3VXCA 4LUBA 1J1NA 1B2HA 3CFLA 2PYYA 3SETA 4RY1A 3N26A 4YKPA 3GXAA 4ZE9A 1FTMA 3KOTA 2F35A 1UTBA 3Q26A 2DWJA 5IKBA 3ZKLA 4GXAA 4RNSA 3BFUA 5I58B 3RN8A 2A5TB 5CM6A 1FTLA 2FA7A 5K2XA 4DZ1A 4EUOA 1MRPA 4K3FA 4O3AA 5BUUA 5J1DA 1LAHE 4ZEIA 3LSLA 2QJEA 4XKNA 3TQLA 4F2OA 3B6TA 3Q25A 4BDRA 1S7YA 1YCJA 2IEEA 3H06B 3PUZE 5CRYA 4E0WA 5I2NB 3CSGA 3UA8A 1VFDA 1NKXA 5JTYB 3N94A 1FQAA 1PB9A 4OESA 4ESXA 1A40A 1B6HA 2H9BA 2I0BA 1YTVA 2HEUA 2IA4A 4XXUA 1FQBA 2PT2A 4OFJA 4PFWA 5EHSA 2F6PA 4G68B 2ZNUA 3IOWA 5DYHA 4ELQA 2Z8DA 1B3HA 1QKBA 5FHNA 2DVCA 3QAXA 1FQDA 2F34A 3HV1A 3N6UA 5ISUA 1QUIA 1B7HA 1OQHA 3C35A 2ZMBA 3B7DA 4OENA 3Q29A 3FXQA 3WAFA 4IO2A 2QS1A 2HZLA 3C31A 1FW0A 2F8DA 2O68A 4FAJA 1MQJA 5AA1A 4KFQA 4LATA 3T66A 3H7MA 2Y7WA 5I58A 1ZJLA 1P1NA 2V93A 4BDQA 4QFLA 4JBZA 4QFNA 5I56A 1WDNA 2CMOA 3FUZA 4R9FA 5I2KB 3S9LC 2DOJA 1I6QA 1TFAA 2GHAA 3EHUA 4OEVA 4WEDA 5M2VA 4EDPA 4TLMB 3PD9A 5HM4B 4THIA 2DP8A 2B65A 1D9YA 4YB7A 4LONB 1LSTA 3TFLA 5I2NA 3KSXA 1POTA 1FQEA 1XVYA 4G8HA 4I8CA 4BDMA 1O63A 3FJGA 1AIVA 3OEKA 1JETA 2VD2A 3UP9A 3FVKA 1MXZA 3DM0A 5ITPA 4XKRA 3CIJA 4JSDA 1N76A 3IJOB 1ELJA 3FV1A 1LAXA 1MPBA 3UK4A 3WAEA 5DEXB 5DVIA 2R6GE 1H3DA 1PC3A 2O1LA 4IO4A 1IXGA 3CRBA 4P11A 2VP1A 4NWCA 2M8CA 4F3PA 5CBSA 4H67A 3S9MC 2V3TA 4G77A 1TT1A 1N7XA 1DTZA 2HQ0A 3G3HA 1LAFE 3HO7A 4G2ZA 2O84X 4I1DA 4IGTA 4MH5A 4OFLA 5I84A 5CI5A 3KN8A 2XXTA 3VFJA 4IGRA 1Y3PA 3VVFA 3TCGA 3DELB 4QFPA 3OENA 2XXUA 4YKJA 4JB7A 1QULA 2PBWA 4XIGQ 5DVJA 4NTLA 5L8DA 2RKMA 1L5TA 4GLIA 3EF7A 4RYAA 4MLQA 4X48A 3V8XB 1DMBA 4RK2A 4OVJA 5I2KA 2Y7KA 5L9OA 4O3CA 4AB5A 1D9VA 1MM6A 1M5FA 1Q35A 1TFDA 3R26A 4LQ5A 4LZ7A 5DT6A 3RT8A 3RTWB 2RC7A 1CB6A 3VV5A 1B9JA 2XX7A 3MZ9A 3DP6A 1NFTA 2VD3A 4X9TA 4ZEKA 3FVGA 1OIBA 3IO6A 1MQIA 3IAZA 4KR5A 4GL8A 2UVIA 3PV0E 1JQFA 3K02A 3MVZA 3MPLA 1POY1 2I6EA 4U2RA 3U93A 3V89B 4LZ5A 3OO9A 2Q2CA 1EZ9A 4OERA 3S9EA 1B4ZA 1IZ1A 2NUVA 3LUYA 2Y7PA 2Q2AA 4R6YA 4LP2B 4WEPA 2XXIA 3SESA 3TZAA 4F22A 5H8SA 1XT8A 3CFZA 5CC2A 4DXBA 2O6AA 3KZGA 4TOZA 5DTBA 4X1BA 1VSOA 4HCWA 4Q30B 2REGA 4F19A 1MY0A 2F78A 2H99A 3O6IA 3ODBA 2AL5A 4M4GA 2DVZA 4Q0CA 3C4MA 4G8NA 5H8QA 4ZEDA 3GBBA 3KFMA 4U4SA 1Y1ZA 1R1NA 3G7WA 3KSJA 2H98A 5KDTB 4ELOA 1EZPA 1LFIA 1Y3NA 2B3BA 3JZJA 3HPIA 5H8FB 1LFGA 3FATA 3SEUA 3HHGA 3I3VA 3JYRA 2HXWA 4MF3A 5CBRA 3E9XA 3MVXA 1PBPA 1Y20A 1B5JA 1YAEA 2XXRA 3V5AA 1IEJA 3C34A 5F7VA 1NNFA 1M5CA 3DLNA 3FVNA 4FIMA 3QUJA 1MG1A 4GFRA 3SEWA 3ZSFA 1RYOA 3FIRA 1NNKA 1QKAA 2A5SA 1N3XA 1NMUA 5EHMA 3DP4A 3QK6A 5AA4B 5I57B 4KYDA 5L9MA 2HCAA 2OWTA 2OZZA 3TQWA 2Q8JA 4ZECA 2YJPA 4POWA 2Y84A 3MVWA 4ZEBA 2RCAA 5KCJA 4N6PA 3O6GA 3O9PA 3TYHA 4DXUA 4EXLA 1ANFA 1XS5A 1AMFA 2V3UA 5BWJA 3AXFA 4KYEA 3OSRA 4O3BA 3TELA 2AIXA 2HAUA 1B0HA 2ZXTA 2ZNSA 3K4UA 1BP5A 3PUVE 3VLWA 1GR2A 4OZ9A 4P0GA 3FV2A 1ZKBA 3MWBA 1JW1A 3TTLA 4EF2A 1MDQA 3KGCA 3OO8A 1QUKA 1UQWA 2Y7IA 1R9QA 1JEVA 5H8FA 1ZBMA 3TPAA 5JEIA 3MBPA 5CMKA 1H43A 4L17A 4LZ8A 2X26A 4KI0E 1NH7A 4GOTA 2OJTA 4KYSA 2KLFA 5HBCA 4PQJA 3BBRA 3T22A 5HPQA 3MZBA 3TDJA 4QRZA 1IXIA 2ABHA 3K01A 2XXYA 3U92A 4GXSB 3GBAA 3VDFA 1JNFA 3TMGA 4BLAA 4PFUA 2PX1A 2XD3A 2CZLA 3I6VA 2P0SA 4KQPA 3RGYA 1IXCA 4H0WA 1LCFA 1ZIUA 3U1OA 4YMAA 3H6VA 4NF6B 1B5HA 4HS7A 4H5FA 5IAIA 3H6TA 1RKMA 2REJA 2XXHA 1R6ZA 1NL5A 1A8FA 1TXFA 4GD5A 1AOVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PMXA 1JW4A 3MP8A 4TLLB 3QSLA 2UVJA 1MS7A 4TQUQ 2NXOA 2WBBA 1SYIA 1B3EA 1H44A 4MNPA 1QJMA 3QXMA 1GVCA 3KJTA 3W15C 4GIZA 5IZ3B 3S9NC 3IK6B 2CZKA 3OO7A 4NF6A 1HSEA 4IY6A 2PFZA 3FJ7A 1YZ0A 2FHYA 4X04A 4PFTA 1MQDA 3CVGA 3TCFA 1B3FA 4FBPA 3IB2A 1LBBA 1Y4CA 5ET6A 2HXRA 4ISUA 1BLFA 5KZTA 1B7ZA 4NQ8A 3CFXA 4QHQA 1USYE 1VFEA 4QF9A 3RTFB 3O29A 3VXBA 2Z8EA 1II5A 4N17A 1A8EA 1DPEA 3CG3A 4EQ7A 2KQZA 4MLVA 2OK2A 4R6KA 4LN5A 3C9HA 2CZIA 2OBGA 3VLUA 1GV8A 3MQ9A 4KCDA 4I9DA 3FASA 4U1ZA 1JEUA 1XHYA 2HFBA 3THIA 1B4HA 1NV5A 1SW5A 5I57A 1SW2A 1P1QA 4U1OA 3A3CA 2GH9A 5ELVA 1AL3A 3KN3A 1FBDA 4GWOA 5A5XA 3OXNA 1B40A 4RJZA 5CMBA 3GLBA 1ZLQA 4R72A 3TODA 1N84A 3KN7A 4AQ4A 1Z7ME 4OEUA 4O3CA 4FECA 3M3FA 3PU5A 1UTHB 1B1HA 4QFOA 2I3VA 3O28A 2ZYKA 3UIFA 3F11A 1FCKA 2QL3A 3R6UA 4XTCQ 5K2YA 1B5IA 3QUFA 4NGUA 5FHMA 5AA2A 4QSDA 3C32A 4G68A 3V83A 1A54A 2I4BA 3IL1B 1D4NA 1Y4TA 2X7QA 4NWDA 2XWIA 3H03A 1UTHA 2Q9TA 1UIUA 1NV7A 2XXPA 3T93B 4F3BA 2H5YA 4U4XA 5A5LA 4DE8A 1SPIA 2UXAA 1OVTA 2E1SA 5DEXA 4DXCA 1NV6A 5FTHA 4H8JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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