3V8XB

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisserial meningitidis serogroup b in complex with full length human transferrin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
676
structure length
676
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Membrane protein/metal transport
molecule keywords Transferrin-binding protein 1
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 176
structure length 676
sequence length 676
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB03
3TCHA 5CMBA 1LBBA 3PUYE 4KYSA 4YKKA 4EUOA 1IITA 4LQ5A 1PC3A 1EZOA 2Z8FA 4KQPA 3GBBA 2P0SA 2REGA 1TXFA 4IO5A 1VFDA 4Z7EA 3RN8A 3OO9A 1IXIA 4LATA 2XXQA 1MS7A 4F1YA 3TEPA 2HAUA 4IO2A 3M3KA 2VHAA 2XD3A 3PPRA 1IXGA 4YZZA 5TP9B 4ISUA 4RYAA 3HN0A 2R9JA 1ATGA 4TLMB 2X7PA 1JW1A 3C36A 3W9WA 4MBPA 3UK4A 2D3IA 3T93B 4JWYA 3OENA 2DWAA 3CG1A 3TPAA 1GR2A 3R7XA 2DVZA 3K6XA 3TFLA 1OQHA 3K0VA 3RTFB 1AMFA 1LAXA 2DWIA 4JDFA 5AA1A 1MQIA 2HQ0A 4F39A 5KCJB 2H9BA 3VE1B 2QMXA 3KEIA 3M8UA 1QKBA 2R71A 2ZYOA 4H8JA 4QFOA 1PBPA 3T9UA 2H4IA 5H8NA 1LFIA 1UIVA 3S9EA 4FJPA 3E3KA 3IL1B 1MH3A 3PPPA 2P2AA 4GQOA 3WAFA 5ICQA 4H8IA 1B52A 1B3EA 2A5TB 3MZ9A 4MLVA 3EHUA 1NH8A 5BUUA 3CFLA 4OEUA 1A54A 2RC9A 4RK2A 1MXXA 3K1NA 2X26A 4OENA 2OZZA 3FVNA 4G68B 3ECRA 3MP1A 3K02A 1O7TA 2THIA 3RT8A 5ITOA 4YMAA 3TELA 4BDMA 4EQ9A 1USYE 3N5LA 4KFQA 3KOSA 2DE4A 3MVWA 2DYXA 2B3BA 4XTCQ 1GVCA 4YICA 2Z22A 3LBSA 2RCBA 4GL0A 4OEVA 4GRKA 2NXOA 4H67A 1LCTA 3MP8A 3W15C 4HTGA 3IX1A 5AA4B 5JTYB 5B7DA 3O97A 5I56A 3QIMA 1MY1A 2I0CA 1PB9A 4FEDA 2HCAA 1RKMA 5A5XA 3VLWA 1XVXA 1Y4TA 1YAEA 5DEXA 3MPKA 1B1XA 2O1MA 3IB1A 1Y1MA 3T22A 2F34A 4NWCA 3G3IA 1IZ1A 1BP5A 4EF2A 4R75A 4N07A 2OWSA 3N6TA 4ZS9A 3IK6B 5FHOA 1HSEA 4F22A 1YCJA 2XXUA 5HPQA 2DE2A 3A3CA 2F97A 1SYIA 2WKYA 5H8HA 3VXBA 1QUJA 4OETA 5CRYA 1I6BA 3H6VA 2VP1A 2E1SA 3FJMA 3LSWA 3M3FA 4NMYA 1TT1A 3SEUA 2Y7KA 4U2RA 2RC8A 3SEXA 1B4ZA 1URDA 4U4XA 2QJEA 3T9HB 3FUZA 3N26A 2PBWA 4F2OA 1M5FA 3EPEA 2I6EA 3A3UA 4ONYA 2I4BA 3K00A 3K1MA 4IY5A 5CM6A 3TUSA 3KN7A 3K4UA 1TFDA 2ZYNA 4R9GA 4JB7A 2O68A 1MY3A 3TDJA 4PFTA 1B58A 4QFPA 3HHGA 5KDTA 4ZEIA 2Y7RA 2QS2A 5KZTA 2DOJA 1B0LA 3GBAA 2DE3A 4YAHX 4KCDA 1FQCA 2IA4A 4HCWA 4XXUA 4NEDA 3G3HA 2I0BA 4HS7A 4ZE8A 5DVJA 2RKMA 4DLDA 3MP6A 1TWYA 1OQGA 3MVXA 3I6VA 3TTLA 4YKPA 3O6HA 4GFRA 2QL3A 3TAJA 3PPNA 3OO8A 2VGQA 5I2NB 2NOOA 3KJ7A 1N04A 1MPDA 4KHZE 2G93A 1DOTA 1OIBA 4HW8A 2Q2CA 5JK4A 1B40A 5ICTA 2H5YA 4N13A 1OLCA 1UQWA 3H6WA 3HSTA 3B6TA 3CFXA 4F18A 4WEDA 1MH4A 3TTRA 4DIGA 1WODA 2P1SA 3MW0A 4LZ8A 3T9XB 1D9VA 3FVOA 3VV5A 4BDRA 3SETA 4ELRA 4F1VA 4IGTA 3B7DA 4DE8A 2QS1A 3T9VA 4AQ4A 4ESXA 1SQYA 4U1ZA 1Y3QA 3GZGA 2HEUA 3TCFA 1NNPA 3SEYA 1OMPA 3FASA 1MQJA 3Q26A 2Z8DA 1MM7A 1MQDA 3IOUA 1NFTA 4K3FA 5TU0A 2DWJA 2RINA 2FYIA 1I6AA 3ZSFA 3H4ZA 4MH5A 4RPOA 2UYEA 3OO6A 1MY2A 2AL5A 4PETA 1SW5A 3MVYA 4R74A 4OHNA 1JEVA 1N7XA 1IEJA 2XXTA 1QJMA 4G68A 3O2AA 1O63A 1MXVA 2QRYA 1LGBC 3FVKA 2NVUB 1JETA 1JW4A 2A5SA 4H5FA 4M4GA 4PP0A 3S2VA 1II5A 3UP9A 1JEUA 3QXMA 1JQFA 3H3GA 1DTZA 2XXXA 1B51A 4KPTA 4DDDA 2B65A 5JTYA 5HM4B 4FIMA 4LONB 4PFYA 5CMCA 3SKPA 1URGA 4R72A 1MG1A 4NF6B 4IGRA 2I58A 3TTMA 3VLVA 4EF1A 2ONRA 2DVCA 3OEMA 3H7MA 1PB8A 4EXLA 3FATA 1FQDA 3C9HA 1HSLA 4KD5A 3K2DA 1B32A 2H99A 1A99A 4E0WA 3PUVE 1IQ7A 4Q5TA 3OEKA 1LFGA 3USDA 1S50A 3IJXB 4JWOA 2F7AA 3O6IA 3KN3A 1XT8A 1OVBA 1R9QA 4EXKA 1HSJA 4DZ1A 5FTHA 2Y84A 3FJGA 1BKAA 4ELPA 3ILUB 2Y7WA 1B05A 1I69A 3VFJA 3UN6A 3E9XA 3H03A 3MC2A 3MVZA 3RNNA 2ALUA 3VXCA 4QRZA 3DP6A 4P0GA 1URSA 4IO4A 4JBZA 2UXAA 4L17A 4QSDA 1H44A 3PUWE 5B70A 3L6GA 3D4CA 3EHTA 1IIWA 1YTVA 4MLQA 1FTLA 3ILTB 1R1NA 4XKRA 2LAOA 3MJNA 5IAIA 3U72A 2R6GE 1J1NA 1S7YA 5I58B 1ZU0A 5AE4A 1FQBA 4G4PA 1A40A 4QF9A 1SI0A 4TLLB 4I1DA 4OFOA 4FE8A 1TFAA 2V3UA 4G8NA 4JXIA 3PU5A 3MZ1A 4RJZA 5H8QA 1D3KA 1JVYA 4GXSB 3K6UA 1N3XA 3FXUA 2XX9A 4F3BA 2O6AA 5DT6A 1B3GA 3PMWA 5FHNA 3BFUA 4F31B 1ZJLA 2AYSA 3LC8A 1FTOA 3CIJA 3T96B 5AA2A 4ELOA 1SVXB 4DXCA 4LA9A 2OBGA 1L5TA 1DTGA 4R6YA 1MY0A 3R26A 2O7IA 4U21A 1AL3A 1F9BA 3KOTA 4O3AA 3E4RA 4U1OA 1LB9A 4RXLA 3HV1A 3V83A 4LVQA 2XXRA 2O84X 3JZJA 4NF4A 1T0KA 4P11A 1MPBA 3JV9A 2XX8A 1A8FA 2YLNA 1MY4A 4IB2A 3IOWA 4P0IA 4DXUA 5CMKA 2ZMBA 4YB5A 1NH7A 5I57B 2PVUA 1NNTA 2ONSA 3KGCA 5TPAA 1GV8A 3BFTA 3KFMA 1FTKA 1M5EA 3Q28A 4E0XA 1USYH 3C32A 4NWDA 1N7WA 4I62A 1R9LA 4OVJA 1POTA 3FVGA 2UYFA 5H8FB 4IO6A 3QSLA 2O1LA 1A7LA 5I59A 2QS3A 4G8MA 2YPNA 3QK6A 1NL5A 2CZLA 2GHAA 3LSXA 4QSCA 4R6HA 3UA8A 4HCYA 4OTEA 3OOAA 1US4A 2CMOA 1P1QA 4I9DA 2OLBA 4UACA 1NNFA 3PD8A 2ESNA 1D9YA 2F78A 1QKAA 3M3LA 2QPQA 1SYHA 2Q8JA 4KYDA 3DP4A 2NUVA 3K6WA 3IORA 1DPEA 1BLFA 4ZZAA 5AA2D 1DPPA 3FXQA 4NF5B 1Q1KA 1N0TA 1B4HA 2I3WA 4OZ9A 3KSXA 3ZS6A 3C34A 2H98A 3T66A 3V5AA 4OERA 2UVIA 1SD3A 1QW0A 3V89B 1FTJA 3SEVA 3FIRA 1SW4A 2H25A 2RF1A 2DXRA 3KBRA 2DP8A 1MQGA 1VFEA 1ZIUA 2DQVA 4JWXA 4FAJA 5FTIA 3G3GA 5CI5A 4YU0A 1PEBA 1OLAA 2XXYA 1LCFA 1NMUA 3I5OA 3DLNA 4EDPA 1MXYA 2QSXA 4LUBA 2HXWA 4THIA 5CMMA 3TZAA 4GXAA 4KCCA 1PB7A 4BDOA 5TP9A 3G3KA 2D5WA 4XKPA 4BDQA 3MPLA 4AB5A 3TODA 3IJOB 4OMBA 2OJTA 2ZYKA 5M2VA 4NE4A 1Y3PA 4BDLA 4ELQA 1H45A 1VSOA 2OK2A 3AXFA 3PV0E 4U4SA 1BIYA 2F6GA 3CRBA 3RY3A 2D21A 2ZNTA 4ZECA 2DXYA 1OVTA 3O66A 4C1UA 5H8NB 3DP8A 4RPNA 2F35A 3CR9A 1LSTA 1B7HA 3VVDA 3OSRA 1B7UA 2HAVA 4ESWA 1B2HA 3BBRA 3KN8A 1ZKBA 5EHSA 1CE2A 1SI1A 4RK9A 3CFZA 2PT1A 1UTHB 1P1OA 1AIVA 1NNKA 3UGWA 2PT2A 4YKJA 1Y20A 2ABHA 5KCJA 3TTNA 4H6DA 3FJ7A 3CVGA 3PPOA 4IY6A 2ZXTA 3QUFA 1US5A 1O64A 3EHSA 3K6VA 4YKIA 1XOCA 3FV1A 3RPWA 1MRPA 5L8DA 1N3WA 2XXPA 3IB0A 3TMGA 2ONKE 1XVYA 4R73A 5EYFA 3EF7A 3U94A 3FV2A 2A5TA 2I4CA 2AL4A 1MDQA 4QHQA 3S9MC 5L9MA 3VLUA 2VD2A 4FATA 3THIA 3BKIB 4G2ZA 3S9LC 3G7WA 1Y9UA 5A5XB 1YPNA 5DEXB 4H0WA 4PQJA 4ZEFA 1LBCA 2Y7PA 3G3FA 1MDP1 3WAEA 1Z7NE 3U8QA 3S4UA 1SW1A 3G3JA 5I57A 3U92A 2YJPA 4U22A 4C0RA 2UVJA 1B7ZA 1LAHE 1P1UA 4M1VA 4QSEA 3B6WA 1XS5A 3W9VA 5AA4A 3MQ9A 2RC7A 5H8HB 1SDXA 5JEIA 5DVFA 4KR5A 4WEPA 3RT6B 1D4NA 1M5CA 3IOTA 3PUXE 2UVGA 2W7YA 4OQOA 2REJA 3S9NC 1QUIA 1ZLQA 3U1OA 2Z8EA 1QULA 1VE4A 4DCXA 1FTMA 1JW5A 1JVXA 3HPIA 3I3VA 4PE5B 1NKXA 1PBQA 1P1WA 2NWJA 1FQEA 3OMBA 3Q25A 4QFKA 3IAZA 4IO3A 4NF8B 1FQAA 1FQFA 2XXVA 1P99A 1S9TA 1BTJA 4ND9A 1B5JA 2F6PA 3GXAA 3ZKLA 4GL8A 1B3HA 3F11A 1B9JA 1EZ9A 1MQHA 2ANJA 2XHDA 3MBPA 1IXHA 3E13X 5F7VA 5ELVA 3KJTA 1B3FA 4OYVA 4X9TA 1P1NA 3H6TA 1GGGA 5I84A 4NF5A 4WKMA 5J1DA 2F5XA 3TQLA 1VR5A 3FD3A 5KDTB 3IB2A 1MM6A 4O3CA 1M5DA 5DYHA 2F7BA 1MXZA 3LSLA 1UIUA 4N6PA 1M5BA 5BWJA 4Q30B 4ZEBA 3C35A 2AIXA 4FEBA 3C31A 1MXWA 5I2KB 1SBPA 3K1PA 1Z7ME 4TOZA 1PDAA 1Y4CA 3P7IA 3H06B 4ZDMA 3O28A 4PFWA 2GHBA 1A55A 4RA1A 4FORA 2PYYA 3TYHA 2F7CA 4EQ7A 1ZTYA 2V3TA 4X1BA 4F29A 4ZEKA 5CBRA 1MPCA 3UORA 5K2YA 3C33A 3B6QA 3IO4A 5I2NA 1XC1A 3O9PA 3N94A 4Z0IA 4YB6A 2Z23A 2ZNUA 4LQ2A 1JNFA 4DXBA 4JSDA 3LSFB 4OESA 1RYOA 3O6GA 1ANFA 3OELA 1POY1 3QAXA 1UTHA 3OXNA 3IOVA 4BLAA 4GIZA 4R2BA 1AOVA 3CI8A 2HFBA 4OFLA 2DWHA 1EH3A 1ELJA 4NTLA 4TQUQ 2UVHA 3VDFA 4ZE9A 1R6ZA 3VVEA 2VOZA 2E0SA 2X7QA 3K01A 4H5GA 2HZLA 3RQTA 3TQWA 1I6QA 4GD5A 5DTBA 2V3QA 2Q2AA 4MFIA 4EQBA 1A8EA 3PD9A 1EZPA 4RY1A 1B1HA 4OFJA 1B6HA 3GLBA 3PGFA 2O69A 5L9SA 1UTBB 1DMBA 4H65A 3A09A 4GLIA 3SERA 2Q89A 3Q27A 2OWTA 4QFLA 5AA3A 3Q29A 2F8DA 5HBCA 2XD2A 2G29A 2V25A 2XXWA 2Q9TA 5LOMA 2B3FA 3HHFA 1CB6A 1ZBMA 3V8XB 3EQ1A 3CSGA 2XXIA 1MXUA 2O51A 3FXRA 4NF6A 1H76A 3QYTA 1IXCA 1B5IA 2Y7IA 4FECA 5ITPA 2ZYMA 3SESA 3OD7A 2PX1A 4XIGQ 1EU8A 4POXA 4BDNA 4GVOA 4NF8A 4ZZEA 4I8CA 1H43A 2OCUA 1B46A 4GWOA 1XHYA 1GTKA 4UA8A 1ZMGA 1KWHA 2GFEA 3EN3A 1WVJA 5EHMA 2GH9A 3SEWA 4F1UA 1LLSA 3O29A 4Q0CA 4X1DA 1DSNA 4XKQA 3VVFA 4AB6A 2O7UA 3HCQA 5H8QB 1H3DA 5DVIA 4F3SA 3KZGA 4G77A 1LB8A 3LUYA 3ODBA 4R6KA 4MF3A 4KI0E 4QFNA 3PMVA 3MZBA 4LZ5A 3H6UA 2PMSA 1Q35A 3TCGA 1Y3NA 5AA2B 5I58A 1QUKA 1N84A 5I2KA 1SW2A 4LZ7A 3RLFE 3DM0A 2V84A 4GF8A 3CG3A 3PUZE 1Y1ZA 4F2QA 2RCAA 1RYXA 3ONMA 1LAFE 1AH5A 2KLFA 3L6HA 2V93A 3MAMA 1LAGE 3IR1A 2QS4A 3KSJA 4DCYA 4NF4B 2GRVA 3FZVA 2ZNSA 1FW0A 2M8CA 4WXJA 2DSFA 2IEEA 4X48A 3TTKA 2Q88A 3DELB 2FA7A 4U23A 4YMBA 3C4MA 4RNSA 5TPAB 3TKDA 3RTWB 4POWA 5ISUA 1IUDA 2XX7A 4OXVA 2BJJX 5L9OA 3PMXA 1QVSA 4Q8RA 4GOTA 1WDNA 2FNCA 4IO7A 2XXHA 5I56B 5FHMA 3OSQA 1N76A 4G8HA 4R2FA 5I59B 1B0HA 1LFHA 4R9FA 3MWBA 2I3VA 3PPQA 5H8SA 1FCKA 2QMWA 4F3PA 3N6UA 3CSBA 2F36A 3JYRA 3LR1A 4KYEA 4LP2B 3SDFA 4JSOA 5CC2A 2I49A 4PFUA 4G68C 3OO7A 4H1XA 3ZKKA 3QUJA 5F1QA 3U93A 4ZEDA 4XKNA 3MUQA 4C1TA 3HO7A 2HZKA 4O3BA 2VD3A 4OWDA 1B3LA 5CBSA 5H8FA 2I48A 4F3GA 3UIFA 3FGSA 4F19A 4ECFA 3D4GA 3IO6A 2DS9A 3KG2A 1UTBA 3RGYA 3RUMA 1B5HA 4YB7A 3R6UA 5IKBA 5K2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ISPA 3TCHA 5CMBA 3RPLB 1LBBA 3PUYE 4KYSA 3MSTA 4YKKA 4EUOA 2XWOA 1IITA 5DW8A 4LQ5A 1PC3A 1K9ZA 1EZOA 2Z8FA 4KQPA 3GBBA 2P0SA 2REGA 2VPNA 1TXFA 4IO5A 1VFDA 4Z7EA 3RN8A 4GX3A 3OO9A 1IXIA 4LATA 2XXQA 1MS7A 4F1YA 3T0JA 3TEPA 4GWWA 2HAUA 4IO2A 3M3KA 5FBPA 2VHAA 2XD3A 3PPRA 1IXGA 3FXBA 4IR8A 4YZZA 5TP9B 4ISUA 1YXIA 4RYAA 3HN0A 2R9JA 1ATGA 4TLMB 1NUZA 2X7PA 5ESYA 1JW1A 3C36A 3W9WA 4MBPA 3UK4A 2D3IA 3T93B 1LBXA 2VT5A 4JWYA 3OENA 1FJ6A 2DWAA 4PC9A 3QMFA 3CG1A 3TPAA 1GR2A 3R7XA 2DVZA 1RDXA 3K6XA 1FPBA 3TFLA 1OQHA 3K0VA 3RTFB 1NV7A 1AMFA 1LAXA 1NV4A 2DWIA 4P1EA 1NV2A 4JDFA 4P8BA 2DDKA 5AA1A 1MQIA 2HQ0A 4F39A 5KCJB 2H9BA 3VE1B 1NUWA 2QMXA 3KEIA 3M8UA 1QKBA 2R71A 2ZYOA 4H8JA 4QFOA 1PBPA 4P9KA 4MCOA 3T9UA 2H4IA 5H8NA 1LFIA 1UIVA 2QVVA 3S9EA 4FJPA 3E3KA 3IL1B 1MH3A 3PPPA 2P2AA 4GQOA 3WAFA 5ICQA 4H8IA 1B52A 1B3EA 2A5TB 3MZ9A 4MLVA 3EHUA 1NH8A 5BUUA 2F3BA 3CFLA 4OEUA 3KBZA 1A54A 2RC9A 4RK2A 1NUYA 1MXXA 3K1NA 2X26A 4OENA 2OZZA 3FVNA 4G68B 1D9QA 3ECRA 3MP1A 3K02A 1O7TA 2THIA 3RT8A 5ITOA 4YMAA 3U65A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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