3V8XB

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisserial meningitidis serogroup b in complex with full length human transferrin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
676
structure length
676
Chain Sequence
b'KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Transferrin-binding protein 1
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule tags Membrane protein/metal transport
total genus 176
structure length 676
sequence length 676
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB03
1YPNA 4ZS9A 1A40A 2A5TB 2UYEA 5DVFA 1PBPA 5AA4B 1USYE 3W9WA 1SVXB 3Q26A 2F8DA 5CMMA 3L6GA 1SW4A 1B5IA 1URSA 3KG2A 4ND9A 4XIGQ 2DS9A 3TTRA 1LGBC 2O1LA 2QS4A 5B7DA 1DTGA 1MG1A 4NF8A 1F9BA 2DP8A 1B0HA 1SQYA 1MXYA 2DE2A 3O6HA 4E0XA 4MBPA 3RPWA 3IORA 4O3CA 4FIMA 3DELB 3QAXA 3TODA 4FEBA 1B3HA 1MXXA 3I5OA 3CRBA 2XX8A 2XXWA 1L5TA 3VVEA 1MY4A 3IO6A 4OFJA 4Z7EA 4O3AA 1NH8A 3UN6A 2LAOA 1FTOA 4LZ5A 2H98A 5DEXB 1CB6A 2O51A 5DT6A 1B3FA 5JK4A 2R9JA 1QJMA 3FVOA 4I9DA 3MPLA 4U22A 3TCHA 1XC1A 3IR1A 3JZJA 3FVNA 1UQWA 1B40A 2REJA 4JXIA 2V3TA 2I0CA 3OO7A 1LAGE 5AA1A 4F3PA 2ALUA 3PGFA 1LCTA 2ONSA 4HS7A 1P1QA 3TTLA 3OSRA 2VD2A 4I1DA 1PDAA 3ECRA 2HEUA 2PT2A 1D3KA 1M5BA 3HSTA 1N0TA 3T9HB 1POY1 3O66A 2M8CA 2Y7KA 1N7WA 2RCBA 1B2HA 3GXAA 1RKMA 3G3JA 2BJJX 4RPNA 4QSDA 2Q88A 3RTFB 3SEXA 1ZMGA 2NWJA 5IKBA 2IA4A 3CSGA 5TP9A 1H45A 4IO7A 3O9PA 1H44A 1R6ZA 1KWHA 5A5XB 3PUYE 4C1UA 1PBQA 1B51A 3HCQA 2P0SA 2E0SA 5L9MA 4UACA 4ELRA 3EPEA 1B6HA 3Q29A 4N13A 3FJ7A 5AE4A 1SDXA 3T9VA 1MQDA 5H8FB 3TFLA 1WVJA 3IAZA 5I2KB 2ZMBA 2V25A 3RY3A 3BBRA 1P1WA 1Y1ZA 3SEUA 2I48A 3GBAA 2D21A 4U4XA 3L6HA 3PMVA 1SBPA 4R72A 3TCFA 4RNSA 1A55A 3RNNA 4FORA 4G8MA 4DXBA 2NXOA 2A5TA 3O6IA 4TQUQ 5CMBA 1ZLQA 3O6GA 2O68A 3IX1A 5AA4A 2GHAA 2QRYA 1JW4A 4LZ7A 3H4ZA 3IOWA 4HW8A 4OESA 2FA7A 5EYFA 3FUZA 4ESXA 5I56B 4ELPA 1LB9A 1B05A 2Z22A 4FJPA 2Y7IA 1PC3A 3C9HA 4QSEA 1YTVA 4ESWA 4KYEA 3FJGA 4GF8A 4N07A 4JSDA 3KSXA 1OQHA 4R74A 4ZEKA 1N04A 4UA8A 2HCAA 2GHBA 1B3GA 4GFRA 4R6HA 3K02A 3E13X 1UIUA 3QIMA 1MY2A 3V89B 2QS2A 4LA9A 1GTKA 3R26A 2H4IA 2NOOA 4YZZA 1NH7A 1ELJA 5F1QA 4LUBA 4IY5A 3WAEA 3MC2A 4F1VA 3M3LA 2PVUA 3K1PA 1OQGA 4NMYA 5DEXA 1MM6A 4H0WA 2RF1A 2HXWA 1I6QA 1JEUA 3IJXB 4YB7A 2NVUB 1SW5A 3DP4A 4YKIA 4H8JA 1Z7ME 1ZKBA 1JNFA 2Q89A 4PE5B 1RYXA 4X1DA 3MZBA 3IO4A 2D3IA 2RC7A 2XX7A 1MDQA 4MLQA 5KZTA 2ZYMA 4JB7A 2ZNSA 1D9VA 2Y7WA 2QSXA 3TPAA 5HBCA 4IO3A 3E4RA 3VLVA 1NNTA 1Z7NE 1A8EA 2ZNUA 4P0GA 1B32A 3OXNA 3ZS6A 1OVBA 4QHQA 3EHUA 1B7UA 3SKPA 4AB5A 1LBBA 3ILUB 3B6WA 1M5CA 4R75A 4X1BA 5K2XA 5I2NB 3BFTA 2Q2CA 2UVGA 2XXUA 1B7HA 1TFDA 1S9TA 4YB6A 1AOVA 3IOTA 1I69A 5ICQA 3OO8A 1N84A 2CMOA 4I62A 3OEKA 5A5XA 5JTYB 2OLBA 2I3VA 2IEEA 4OETA 3OEMA 3K0VA 3G3HA 3U72A 5CC2A 5H8FA 1VR5A 4Q0CA 5I2KA 3O97A 4GL0A 1MY0A 1QUJA 2OJTA 4XKPA 3CR9A 5EHMA 1N3WA 4RYAA 3KGCA 4H65A 3S9NC 1ZIUA 3FV1A 2PT1A 3FXQA 4GLIA 1IIWA 1JVYA 3A3UA 1JETA 3H03A 1MPDA 4EF1A 4DXCA 2DVZA 2QPQA 4GQOA 3SEWA 1SD3A 3CFXA 4NWCA 2AYSA 4KHZE 1D4NA 3CVGA 3TEPA 4ZDMA 1B0LA 3U94A 4RJZA 1Y3NA 3UA8A 3D4CA 2V3UA 3GBBA 3SEVA 1II5A 3MWBA 3FXUA 2F36A 4ZEDA 3KSJA 1I6BA 2O84X 3BFUA 1TWYA 4ELOA 2F34A 4F29A 4FE8A 3GZGA 4DCYA 3TKDA 4QFOA 4QSCA 4BDNA 1MPBA 4YKPA 4AB6A 1HSEA 2Q8JA 3T66A 1LAHE 3MUQA 1BLFA 1T0KA 3HN0A 4FATA 3PUZE 3TDJA 1MXWA 1SI1A 1H76A 1US4A 3QXMA 2KLFA 1Q1KA 4DCXA 3TTNA 1Q35A 3TUSA 1TT1A 4NF4B 1IEJA 2F35A 3PUVE 2OBGA 4ELQA 1QUKA 1Y9UA 4XKRA 3H6VA 3VFJA 3RT6B 1IUDA 3IB1A 1NMUA 4U2RA 1B5HA 3SDFA 3JV9A 4QFKA 1LSTA 5I57B 3DP6A 4OERA 1IZ1A 2DQVA 2R71A 4JWOA 1DMBA 4JWYA 4F39A 4F18A 3FVKA 3K1NA 5FTIA 1VSOA 1FQFA 3K6WA 4KD5A 1MXVA 2VOZA 5I2NA 4H5FA 1VFDA 1QULA 3MZ9A 3E3KA 3VVFA 2QMWA 4XKQA 4OMBA 4QRZA 3EHSA 1HSLA 1FW0A 4P11A 3KZGA 4LVQA 2B3BA 2UVIA 3FV2A 2XXPA 4OXVA 5JTYA 2QL3A 4YAHX 2Y7RA 4U4SA 2AL4A 2YJPA 4LQ5A 4C1TA 4I8CA 4TOZA 1FCKA 5KDTB 4THIA 1DSNA 1QW0A 3N6TA 5CRYA 2DVCA 4DE8A 3K01A 3OMBA 4LATA 5DVJA 4FAJA 2Z8FA 1MQGA 5FHNA 1MQIA 4JDFA 3G3FA 1SYIA 3Q28A 1XT8A 1XVXA 3T22A 4U23A 4K3FA 2F7AA 3G3KA 1B9JA 3TQLA 1FQCA 5L9SA 4IO4A 1JQFA 2H99A 1POTA 3W9VA 4EQ9A 1B46A 3MQ9A 4OVJA 3HHGA 3OOAA 4RPOA 4BLAA 4HCWA 4L17A 1Y3PA 2DOJA 2VHAA 4YB5A 3ODBA 4N6PA 2QS3A 2P2AA 4PFWA 3CIJA 4BDQA 1JVXA 3U8QA 1EZ9A 1FTMA 3TAJA 4H6DA 2PBWA 3OELA 2Y7PA 4YMBA 2X26A 1H3DA 4F2QA 1N3XA 3O2AA 3MVYA 1FTKA 3PV0E 1URDA 3C32A 4KPTA 1WDNA 1GR2A 4KFQA 1MH3A 3QUFA 2X7PA 1RYOA 1USYH 2DWHA 1PB7A 3FIRA 2QJEA 1B1XA 5CMKA 4U1OA 5ICTA 1R9LA 3N6UA 2Y84A 3CI8A 2I49A 3QYTA 4IO6A 3RQTA 3N26A 2QS1A 1NNKA 3IL1B 1AIVA 4NF4A 1VFEA 3S4UA 4PFTA 3MJNA 1AH5A 3C35A 3U93A 2DWIA 4LQ2A 3R7XA 3LSXA 3UORA 2ZYKA 1IXCA 2B65A 1NKXA 4LZ8A 3AXFA 1AL3A 4ZZAA 1P1OA 2I4BA 3G3IA 3H06B 4HTGA 3G7WA 3RT8A 3VXCA 3MW0A 5I57A 5B70A 3CFZA 2PYYA 2I3WA 2GFEA 2QMXA 2O7UA 3B6TA 4F2OA 2XXTA 5DYHA 3SETA 2UYFA 1S50A 3RN8A 2RC8A 3K6UA 3CSBA 3KOTA 1SW2A 5CMCA 4JSOA 3PMXA 4KYDA 2ESNA 3RUMA 4R2FA 3MVXA 2XXIA 1OVTA 2VGQA 1YCJA 1LFHA 2R6GE 4MH5A 1UTHB 3KJTA 4ZECA 4F1YA 1SW1A 3HO7A 4QFPA 5H8HB 1N7XA 5TPAB 1SYHA 1FQBA 1I6AA 3PD9A 3EF7A 3RTWB 1ZBMA 2FNCA 3LC8A 3G3GA 5DVIA 5KDTA 2Z23A 1GGGA 2RC9A 3M8UA 5I59B 1O64A 1D9YA 4ZE8A 3H7MA 4RXLA 1QUIA 2ZYOA 4X9TA 3EQ1A 1FQDA 4G68A 4NF6B 1IXHA 4OFLA 3KEIA 2G29A 3UGWA 3TCGA 1LAFE 3LSLA 1MDP1 2HZKA 4EDPA 4YU0A 3C4MA 3B6QA 5IAIA 3N5LA 3I6VA 4G8NA 5J1DA 5CM6A 1XHYA 5FHMA 4WEPA 1B58A 2XXQA 5H8NB 2F6PA 4NEDA 5ITPA 1EH3A 3M3KA 3H6TA 3CG3A 4GXAA 4R2BA 1FTLA 2H5YA 4OEUA 4R6KA 4G4PA 4BDOA 5EHSA 4FECA 4G2ZA 4TLLB 3KJ7A 3DLNA 3IB0A 2XXYA 3OO6A 3R6UA 4G68C 3MPKA 3IOUA 3JYRA 1MXZA 2F7CA 1NNFA 4Z0IA 1MPCA 2PMSA 3EN3A 1QVSA 1PEBA 1P99A 1LAXA 4YICA 2ZYNA 2CZLA 4R73A 3VDFA 3KN7A 4GXSB 4LONB 3BKIB 2DE4A 4Q5TA 1B1HA 1OIBA 3VV5A 4QFNA 4IGTA 3RGYA 4DXUA 1S7YA 1LCFA 3IOVA 4NTLA 5H8SA 1ZJLA 1DTZA 2FYIA 1Y1MA 4NF5A 3KBRA 1XS5A 3MP6A 3OSQA 4H67A 2W7YA 1MY3A 1VE4A 5BUUA 1DPPA 3D4GA 4DZ1A 2Q9TA 3DP8A 3LUYA 4OFOA 3Q25A 3T9XB 1OLAA 1MQJA 2UXAA 1ANFA 4ECFA 4EXKA 4RY1A 3ZKLA 3FASA 3IB2A 3M3FA 4ZEIA 2D5WA 1Y3QA 1OMPA 2RCAA 4G8HA 5CBSA 1LBCA 4WKMA 4XTCQ 3V5AA 5I58B 3SEYA 3PUXE 3T93B 3FATA 1UTHA 4KI0E 5AA3A 2ZXTA 2NUVA 3MBPA 3PU5A 5CI5A 2OWTA 1MH4A 5KCJB 4EF2A 1BKAA 4G77A 3ONMA 4OZ9A 5H8HA 5HPQA 5TPAA 4PFYA 2UVJA 3H3GA 1Y4TA 3IJOB 2WKYA 2XXHA 1ZU0A 3RLFE 1IXGA 4JBZA 4KR5A 5TU0A 3LSWA 5I59A 4X48A 3VLUA 4DLDA 1B4ZA 1EZOA 4OYVA 5AA2B 3MVWA 3K6XA 1DPEA 3DM0A 4OTEA 4PQJA 4NF6A 1BIYA 1R9QA 3PPRA 4XXUA 4Q8RA 2HAUA 4IGRA 3T9UA 5H8QB 1TFAA 4IO2A 1GV8A 4H1XA 2UVHA 4F1UA 3W15C 1M5FA 4WXJA 3P7IA 1IXIA 2I0BA 3FZVA 4R9GA 2V3QA 3SESA 3K2DA 2OZZA 3MVZA 3PPPA 4ZEBA 3KN8A 2DYXA 4E0WA 3K4UA 1P1UA 3V8XB 1A8FA 5H8NA 3B7DA 4O3BA 1QKAA 2Q2AA 1LB8A 4QFLA 4YKKA 4G68B 3QSLA 3QK6A 4OHNA 4Q30B 3ZSFA 1MRPA 2HZLA 1BTJA 1LLSA 1IQ7A 3A3CA 4IB2A 5ELVA 4HCYA 3PUWE 4POWA 5LOMA 2GH9A 2ABHA 2B3FA 4H8IA 2V93A 3PD8A 5L9OA 4F3BA 2G93A 1ZTYA 4R9FA 3VE1B 1O63A 4YMAA 3IK6B 3LR1A 4ZEFA 4EQ7A 3C36A 4WEDA 1JW1A 3Q27A 5I84A 4KCDA 3TYHA 4ZZEA 2E1SA 4U1ZA 2XXRA 1Y4CA 4ONYA 2Z8EA 2YPNA 1QKBA 1UTBB 2I4CA 3HV1A 1M5EA 2VP1A 4POXA 3I3VA 2RKMA 4BDLA 5CBRA 2OCUA 2A5SA 4EQBA 1LFIA 2I58A 1A54A 3OO9A 3F11A 4F31B 3U92A 2REGA 4R6YA 1HSJA 3K6VA 3A09A 4GWOA 1DOTA 5HM4B 2O1MA 3HPIA 4FEDA 3V83A 1SI0A 4KYSA 4NWDA 1OLCA 2H25A 2ONKE 1Y20A 2ANJA 1XOCA 4IO5A 1N76A 3OD7A 2I6EA 1MQHA 3PMWA 4NF5B 4TLMB 1NL5A 3ILTB 1MS7A 3USDA 5I58A 4YKJA 3WAFA 3MAMA 1B52A 3OENA 4DIGA 3S9EA 3GLBA 1B4HA 1AMFA 4M4GA 3KN3A 1MM7A 1NFTA 5KCJA 1M5DA 4EXLA 1IITA 4GIZA 5ISUA 1P1NA 3S2VA 1B3EA 4ZE9A 1BP5A 2DWJA 1LFGA 2HQ0A 2F97A 2OWSA 4QF9A 1TXFA 3QUJA 3LBSA 3VVDA 4BDRA 3O28A 1B3LA 2RINA 2XD2A 2Z8DA 2XX9A 4LP2B 4XKNA 4F22A 2V84A 5BWJA 1ATGA 3ZKKA 4NF8B 5JEIA 3CFLA 5AA2A 5L8DA 2XXVA 5M2VA 4F3SA 3U1OA 4H5GA 3THIA 3K1MA 2DXRA 5DTBA 4GRKA 1US5A 1JEVA 4PP0A 2ZNTA 2X7QA 3TZAA 5H8QA 1MXUA 4P0IA 1O7TA 1FTJA 4GL8A 1FQAA 3FJMA 3PPOA 2H9BA 4KQPA 2DXYA 4BDMA 1B7ZA 1GVCA 1UIVA 3UP9A 4RA1A 3LSFB 4KCCA 1URGA 2ONRA 1XVYA 5ITOA 3C31A 5FHOA 4JWXA 2DE3A 4OEVA 4PETA 4F3GA 3SERA 1J1NA 4DDDA 2THIA 4GD5A 3S9MC 3UIFA 1MY1A 1EU8A 1CE2A 3MP8A 2PX1A 1R1NA 3FGSA 4NE4A 4RK2A 1YAEA 5FTHA 3VXBA 2F78A 4U21A 3EHTA 4C0RA 4OQOA 2HAVA 3N94A 1NNPA 1H43A 1A7LA 3FVGA 3TMGA 4GOTA 4AQ4A 2P1SA 3HHFA 5AA2D 4RK9A 3MP1A 3PPNA 2AIXA 2XHDA 4OENA 4PFUA 4GVOA 3KOSA 1FQEA 1JW5A 4MF3A 1UTBA 2OK2A 4MLVA 1PB8A 2XD3A 4IY6A 2O7IA 3S9LC 5TP9B 3T96B 3FD3A 2XXXA 4EUOA 1B5JA 3C34A 4M1VA 3O29A 2GRVA 3TTMA 2O6AA 2F6GA 2HFBA 4MFIA 3K00A 5F7VA 3C33A 4F19A 5K2YA 3MZ1A 1A99A 3TELA 3UK4A 4OWDA 3PPQA 2DWAA 3VLWA 2VD3A 1WODA 5I56A 3H6UA 1EZPA 2YLNA 3TQWA 3E9XA 2F7BA 2AL5A 3FXRA 2DSFA 3CG1A 3TTKA 4ISUA 1PB9A 3KFMA 2F5XA 3H6WA 2O69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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