3V8XB

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisserial meningitidis serogroup b in complex with full length human transferrin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
676
structure length
676
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Membrane protein/metal transport
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin-binding protein 1
total genus 176
structure length 676
sequence length 676
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v8xB03
2Y84A 3U93A 3D4CA 4GD5A 4O3AA 2ONKE 1B7HA 3DLNA 3TCFA 5JK4A 2QS2A 3C33A 4KHZE 5A5XB 2QSXA 4IO2A 3GLBA 5IKBA 2UYFA 4XKPA 4LUBA 3QAXA 2DWHA 2O6AA 2HZLA 2V25A 4EF1A 3H03A 2DWIA 1VFDA 1ANFA 3RQTA 3V5AA 3PUZE 1QKBA 3ILTB 3S2VA 3EPEA 1N76A 3MPKA 1YPNA 2RC7A 4R73A 4U2RA 3T9UA 1FQDA 1Y4TA 3TPAA 3DP8A 3S9MC 5CM6A 1OLCA 1B4HA 1LB9A 1Z7NE 2IA4A 4XIGQ 3IL1B 4IO4A 2GFEA 3C34A 2AL5A 1B3EA 3MZ9A 2NXOA 5H8HB 2F6PA 2VOZA 4Q5TA 5CRYA 3IOVA 1MY2A 1UTHA 3TZAA 3FZVA 4GL8A 1MY0A 1Y1ZA 4NF6B 1VE4A 3OEMA 2GHAA 1OVTA 1IXCA 3MP6A 3HSTA 4F3BA 4F22A 3Q28A 2ZYNA 1B2HA 1P1UA 3R6UA 2XX7A 3H6UA 3TUSA 3W15C 4I8CA 5I59A 5JTYB 4H65A 3LC8A 1ZLQA 3KG2A 4GVOA 2ZNSA 1M5EA 5DEXB 3OD7A 3Q26A 3PUYE 3PPRA 3ZKKA 1P1WA 1H76A 2F6GA 1OVBA 3A3UA 1SVXB 1S9TA 3H6WA 3SEXA 2Z8DA 5CMKA 5DTBA 2B3BA 3FJMA 1PEBA 1O63A 4H67A 5AA4B 4YMBA 3C32A 4OVJA 4I9DA 3UN6A 4YKJA 4QFPA 3C9HA 2I0CA 1QUJA 3D4GA 1N3WA 3R26A 1N0TA 4F29A 4BDMA 1A8EA 1MQHA 4IY5A 4N07A 3MVYA 4LP2B 3IOTA 1B0HA 5AA2A 1URDA 3ECRA 4G8MA 1IITA 3KOSA 3FV1A 3LUYA 4AB5A 3FXQA 4QFKA 4YKPA 1S50A 2VHAA 3TTKA 1EU8A 1RYXA 4YB7A 1LFHA 2Y7RA 3N6UA 2I3VA 3RNNA 2OK2A 4U23A 1RKMA 3DP4A 1IIWA 1MY4A 3VFJA 4DE8A 3N26A 2YPNA 2REJA 1MG1A 1B7ZA 1UQWA 2H99A 1CB6A 3OO6A 3KOTA 2BJJX 3ZSFA 4NWDA 2F35A 4U4SA 5L9MA 1AIVA 4IB2A 1ZBMA 4P11A 5I58B 2THIA 1Y4CA 3KEIA 3SESA 5AA1A 4JXIA 1N7WA 1VSOA 3OEKA 4KYSA 4ZEBA 1JQFA 5EYFA 2V3UA 4YKKA 1MXWA 1B0LA 1R9QA 3IJOB 2X26A 3B6WA 1BKAA 3FD3A 5H8QA 5DVFA 3FVGA 5TPAB 4ISUA 5HM4B 1FTOA 1Y20A 3FVNA 1MXUA 4ZZAA 3RGYA 2XXQA 1DSNA 3M3KA 4M4GA 3C36A 1USYH 4H5FA 4NF8B 3PPOA 1LAGE 1JVYA 1BIYA 2PVUA 4OWDA 4RJZA 4RK9A 3MAMA 3SKPA 4BDQA 2I0BA 3QUJA 1LAXA 2Y7PA 1IUDA 1LFGA 5KZTA 5L9OA 4U1ZA 3Q25A 5A5XA 2VP1A 1GVCA 4ZEIA 3MVXA 4RA1A 3B7DA 4TLLB 3M3FA 3SEUA 1Q35A 1B9JA 5DYHA 1P99A 4GFRA 2NUVA 4I1DA 4PFYA 2DE3A 1H43A 3U92A 3OMBA 3C4MA 2V3TA 4Z7EA 1MQGA 2RCAA 2X7PA 1OIBA 1B05A 3K6WA 1N7XA 4AQ4A 3IORA 3E4RA 5HBCA 1I6AA 2O7UA 3CSGA 4C0RA 1M5BA 4Q0CA 3VV5A 2NVUB 3I5OA 4DCYA 4F1VA 2GRVA 2CZLA 3Q27A 3MWBA 1SQYA 4XKRA 3UP9A 1MQIA 3CRBA 2XD2A 1MM7A 5H8HA 1B3LA 2DYXA 4F31B 4M1VA 1Y3NA 4MF3A 3OOAA 2ONSA 4PFTA 1TFAA 3MVWA 1ZTYA 4NF6A 3SERA 1D3KA 2ZMBA 4ZE9A 1XC1A 4YU0A 2ZNTA 3S9NC 4G77A 4QRZA 3MZ1A 3C31A 5JTYA 2XHDA 1II5A 3U94A 1D9YA 4H8IA 3T9HB 2ABHA 1HSEA 3PPNA 1RYOA 2DOJA 3FASA 4JBZA 5DEXA 4ESWA 4GXSB 1PB9A 3V83A 3FXRA 3IAZA 3PPPA 3O9PA 2XXVA 4BDNA 2AIXA 2ZYOA 5CMBA 2XXPA 1B46A 4C1TA 1FQBA 2QS4A 2QJEA 1LSTA 1FTLA 3JYRA 4I62A 5AA4A 4JDFA 2E1SA 2F7BA 4QSCA 3O28A 4PFUA 4ESXA 3GXAA 3N5LA 1WODA 1URSA 3H7MA 2HAVA 4KR5A 4KPTA 4PQJA 1DPPA 1WDNA 3C35A 3LSWA 4G8HA 4F2OA 2DP8A 4GWOA 1NH8A 2QPQA 2ANJA 3EHTA 2R71A 1AH5A 1PB7A 4R6KA 5IAIA 2O1MA 3OENA 3CI8A 1LBCA 3HCQA 1GR2A 1N04A 3BKIB 3FGSA 4DDDA 3DELB 3RUMA 4Q30B 5CMMA 3MBPA 2FNCA 1IZ1A 1ZU0A 4R2FA 1MRPA 4OMBA 5I58A 3FVOA 4OESA 3B6TA 4F1UA 4IO7A 3L6GA 3K02A 5H8NB 4HCWA 3AXFA 4NE4A 3IOUA 1QKAA 1B5HA 4MLVA 2Q9TA 1VR5A 3PMXA 3RT8A 4FIMA 5TPAA 1B51A 1SI0A 3QK6A 4P0IA 2KLFA 2Y7IA 1HSLA 3LR1A 4UACA 2QS1A 3GZGA 1M5CA 3IR1A 3KSXA 4R72A 3I3VA 3ODBA 1D9VA 4U22A 1N3XA 4IY6A 4ZS9A 1SW1A 3K4UA 1IEJA 5AA2D 2O84X 4RNSA 3PPQA 4NF8A 3OELA 1GTKA 1GV8A 5H8SA 2RINA 4IGRA 1JW1A 2F78A 5CBRA 1KWHA 3PV0E 1XS5A 4ZEKA 3CSBA 4R74A 3MC2A 1FTMA 3CFZA 3IB2A 4ZEDA 2HZKA 4IGTA 1P1OA 3UGWA 1LCTA 2XX8A 2Q88A 3U72A 1FQAA 3L6HA 4PETA 4Z0IA 3F11A 1I6BA 5I2KB 3FATA 1ZJLA 3O66A 3TMGA 4TOZA 4KQPA 3H3GA 1VFEA 5L9SA 3CFLA 1ELJA 4DIGA 4QFNA 1A99A 3DM0A 3CR9A 2OLBA 2WKYA 3RT6B 3IB1A 1FCKA 3LSXA 5H8FB 3UIFA 3E13X 4EQ9A 2B3FA 3EN3A 4FEDA 3N94A 3KGCA 3M8UA 4GLIA 4FE8A 3K00A 4ND9A 2DSFA 2E0SA 5FHOA 3QIMA 5BWJA 2I4CA 1NKXA 1Y3QA 3EQ1A 5I57B 4BDRA 4G4PA 1JEVA 5K2YA 2I4BA 3OSRA 1FTKA 3KZGA 4RPOA 4YAHX 3VVDA 2QMWA 2O51A 1MPBA 1B7UA 3PMWA 3FUZA 1PBQA 4E0XA 5ICTA 1TT1A 1MDP1 4OZ9A 4GIZA 4TQUQ 3K6UA 1L5TA 1MS7A 4BDLA 1R6ZA 3THIA 3WAFA 3TTLA 1ZIUA 5I56B 1LFIA 1YAEA 3RLFE 1B1HA 2DQVA 1AMFA 2Q8JA 1WVJA 3MJNA 5KCJB 2F7CA 4ZZEA 2PT2A 3HV1A 3ONMA 3MQ9A 4XTCQ 5ISUA 4R6YA 3CIJA 1MXYA 5CBSA 4F1YA 3IX1A 1NH7A 1PDAA 5DVJA 2DWJA 4LVQA 2DWAA 3QYTA 2PMSA 5F1QA 4DZ1A 4LATA 2HXWA 4OEVA 4KYEA 3RTFB 3N6TA 4FORA 2F5XA 3VE1B 4ZEFA 1TWYA 3VXBA 2V84A 5KDTB 1F9BA 1B3FA 1XVYA 3FJGA 2GH9A 4UA8A 4QSDA 4DXCA 3GBBA 4ELPA 4Q8RA 2GHBA 3H06B 5FHMA 5M2VA 2P0SA 3KJTA 1B58A 3KBRA 4QHQA 3JZJA 2UVGA 4OFJA 1M5DA 4OFLA 5H8NA 1SYIA 3ZKLA 3PGFA 3A3CA 1A55A 1LAHE 4NF5B 3IB0A 2QL3A 3E9XA 5FTIA 1MQDA 2AL4A 4X1BA 1R1NA 3H4ZA 3K0VA 4ECFA 3DP6A 2ONRA 1SYHA 4HTGA 4YZZA 3UORA 5K2XA 4RY1A 2ZNUA 3FIRA 2W7YA 4DCXA 4YICA 1SDXA 1US4A 4X48A 4WKMA 4DLDA 2M8CA 3TYHA 1AL3A 4GL0A 1URGA 1NMUA 3PMVA 5DVIA 4KFQA 3OO7A 1P1QA 1MY1A 5CMCA 1J1NA 4OENA 1PC3A 3E3KA 2HQ0A 2D5WA 3TTNA 5AE4A 1IXHA 3IOWA 4LONB 4F3PA 2DVZA 2Z8FA 3RN8A 4N13A 3PD9A 4R75A 1A54A 4E0WA 4PP0A 1LAFE 1B32A 4OHNA 3VDFA 2Q2AA 4FECA 3WAEA 1XT8A 1FQFA 5I2KA 3TTRA 4EF2A 1R9LA 2A5TB 4R9GA 2Z23A 3EHSA 2OWTA 4THIA 2DS9A 3OSQA 4KI0E 2XXIA 4FATA 1DOTA 4F3GA 3OO8A 1DPEA 5CC2A 2PX1A 4G68C 5B70A 3MUQA 1BTJA 1FQCA 3BFTA 4WXJA 1JETA 2FA7A 4ELRA 1B52A 2ZYKA 5H8FA 3T96B 3H6VA 4LZ5A 4JWXA 2NWJA 2P1SA 3TEPA 2DXRA 4NF4B 2YJPA 1MH4A 4JSOA 3FJ7A 3TCHA 3W9VA 3P7IA 4MBPA 4MH5A 1SI1A 2XXHA 5I57A 4ZECA 1JEUA 4GXAA 5TU0A 1NNFA 1SW5A 4H6DA 3MW0A 1OLAA 4KCDA 4POWA 2QMXA 1B6HA 2OWSA 4F39A 4GRKA 3G3GA 2LAOA 3CFXA 1NNTA 2DVCA 3QSLA 1QJMA 4NTLA 3O2AA 1DTZA 4OFOA 4R6HA 1UTBB 2OCUA 2G93A 1POY1 2RC8A 5ELVA 3VLVA 1FW0A 3UA8A 3T93B 1LLSA 1IQ7A 1A8FA 2F7AA 4IO5A 5F7VA 3HHGA 3G7WA 1AOVA 4ELOA 1H3DA 3PUVE 3SDFA 1MQJA 2R6GE 5I56A 4RYAA 3SETA 4TLMB 3G3FA 2R9JA 1FTJA 2DXYA 1MXZA 4RK2A 3K1PA 4DXBA 5KCJA 4F3SA 5HPQA 2X7QA 5DT6A 5TP9B 1DMBA 3O29A 2Y7KA 1A40A 3HN0A 2UVJA 1Z7ME 2XX9A 3RPWA 2XD3A 4PFWA 3PUXE 1LGBC 3USDA 4KCCA 1EZPA 3PUWE 2O69A 3H6TA 4ONYA 1BLFA 2AYSA 3MVZA 1LCFA 1QUIA 1B1XA 1B3GA 5EHSA 2F8DA 4BDOA 2D3IA 1MY3A 5KDTA 4NMYA 5I2NB 5EHMA 2I6EA 1A7LA 4F19A 4OQOA 3TTMA 1DTGA 1B5IA 3ILUB 1XVXA 4ELQA 4EXKA 4HCYA 2DE2A 2IEEA 4O3BA 4RXLA 4OERA 4MFIA 4WEPA 1MDQA 1B4ZA 1SD3A 1NNPA 4JB7A 3ZS6A 3KN7A 4DXUA 4G68B 4NF5A 4H8JA 2B65A 1Y1MA 4LA9A 4JWYA 1IXIA 5ITPA 4FAJA 3LBSA 4MLQA 1OMPA 2UVHA 3QUFA 1TFDA 1YCJA 4ZDMA 3KN8A 3OO9A 1YTVA 2XXRA 3JV9A 1SW4A 3GBAA 3MP8A 3TQLA 3CVGA 3IJXB 2Q2CA 1US5A 2VGQA 2Q89A 3MP1A 2OJTA 3KSJA 3OXNA 4P0GA 1PBPA 3VVEA 1TXFA 4R9FA 3LSFB 3VLWA 3KJ7A 2QS3A 1OQHA 3SEVA 2H4IA 2ZXTA 3EHUA 3TKDA 3VLUA 3EF7A 3TQWA 1JNFA 4K3FA 2Z8EA 3HPIA 4H1XA 2XXWA 1Q1KA 1D4NA 3S9EA 1O7TA 2UVIA 3A09A 1ZMGA 1MH3A 4IO6A 3BFUA 4C1UA 5BUUA 4AB6A 3O6HA 1ZKBA 4QF9A 3LSLA 2A5TA 2F34A 1MPDA 1ATGA 1P1NA 3G3KA 4YB6A 2VD2A 4PE5B 5CI5A 1SW2A 1H45A 3T66A 5LOMA 4LZ8A 4H5GA 4G8NA 3V8XB 1B5JA 1PB8A 2XXTA 5ICQA 3PD8A 3HHFA 3V89B 4GQOA 1N84A 2O1LA 2Y7WA 4F18A 3VXCA 2NOOA 2F36A 1FQEA 3G3HA 4EDPA 2DE4A 2I58A 2H9BA 2FYIA 2ALUA 4NF4A 3VVFA 1UTHB 1NNKA 2QRYA 2Z22A 1IXGA 1SBPA 2HFBA 5AA3A 1XHYA 4RPNA 4OXVA 4JSDA 3RY3A 1UIUA 3TODA 1MM6A 3K6XA 4EUOA 2V3QA 3IO6A 3T9VA 3FXUA 3I6VA 2I48A 4OYVA 5I59B 4OEUA 3U8QA 3O6GA 3K1NA 4XKNA 1M5FA 2H25A 4KD5A 2UYEA 2ZYMA 1POTA 1EH3A 2PYYA 5ITOA 1UTBA 1Y3PA 4U1OA 1OQGA 1I69A 1LBBA 3KN3A 2UXAA 2H98A 4QFLA 2PBWA 4OETA 3UK4A 2G29A 4L17A 4OTEA 1UIVA 5L8DA 2I49A 3R7XA 3S4UA 2YLNA 3U1OA 3CG3A 4WEDA 4U21A 2P2AA 4XXUA 4ZE8A 3T9XB 2F97A 5TP9A 4X1DA 2OBGA 5AA2B 3MZBA 5I84A 3K01A 2HAUA 4EQ7A 3RTWB 4HW8A 1MPCA 4YB5A 2XXYA 4NEDA 1HSJA 3KFMA 1QW0A 2A5SA 3BBRA 3FV2A 2H5YA 1JW5A 4FJPA 4F2QA 2HCAA 3S9LC 3G3JA 4H0WA 2VD3A 1XOCA 4JWOA 2RC9A 1B40A 2O68A 4QSEA 3K6VA 3O6IA 4GF8A 1JW4A 5I2NA 4EQBA 4HS7A 2RF1A 2V93A 3IO4A 3B6QA 4LQ2A 4KYDA 3O97A 3TELA 1USYE 2ESNA 1O64A 1MXXA 4POXA 5JEIA 2RKMA 1QUKA 4EXLA 3IK6B 1CE2A 4NWCA 4G68A 3TDJA 1H44A 1Y9UA 3PU5A 4R2BA 3HO7A 2PT1A 3TCGA 4U4XA 3FVKA 4FEBA 2OZZA 1S7YA 2I3WA 3M3LA 1GGGA 2CMOA 3Q29A 2O7IA 5H8QB 5J1DA 4YKIA 4YMAA 1EZOA 4O3CA 3SEYA 1JVXA 4LQ5A 4G2ZA 3K1MA 3SEWA 5FTHA 1EZ9A 1T0KA 4GOTA 4XKQA 3TFLA 1B3HA 4IO3A 1LB8A 4LZ7A 1QULA 1NFTA 4N6PA 3K2DA 1MXVA 1BP5A 3W9WA 5B7DA 1I6QA 3CG1A 2XXUA 1QVSA 2XXXA 4QFOA 2D21A 2REGA 4X9TA 5FHNA 3MPLA 3G3IA 1NL5A 4BLAA 3QXMA 3T22A 2HEUA 3TAJA 2RCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y84A 3U93A 3D4CA 4GD5A 4O3AA 2ONKE 1B7HA 3DLNA 3TCFA 5JK4A 2QS2A 1LEVA 3C33A 4KHZE 5EYHA 5A5XB 2QSXA 4IO2A 3GLBA 2HXRA 5IKBA 2UYFA 4XKPA 4LUBA 1NUXA 2DWHA 3QAXA 2O6AA 2HZLA 2V25A 5ET6A 4EF1A 3H03A 2DWIA 1VFDA 2WX9A 2CEYA 5T3JA 1ANFA 2KR0A 3RQTA 3V5AA 3PUZE 1QKBA 3ILTB 3S2VA 3EPEA 1N76A 3LV0A 3MPKA 2R8TA 1YPNA 2RC7A 4R73A 4U2RA 3T9UA 1FQDA 1Y4TA 3TPAA 3DP8A 2ZZXA 1QGXA 5LDZA 3S9MC 5CM6A 1OLCA 1B4HA 1LB9A 1NV0A 1Z7NE 2IA4A 4XIGQ 3IL1B 4IO4A 2GFEA 3C34A 2AL5A 1B3EA 3MZ9A 2NXOA 5H8HB 4N81A 2F6PA 2VOZA 4Q5TA 5CRYA 3IOVA 1MY2A 1UTHA 2F3DA 3TZAA 3FZVA 4GL8A 1MY0A 4NF0A 4OVPA 1Y1ZA 4NF6B 1VE4A 3OEMA 2GHAA 3CHGA 1OVTA 5EQ9A 1IXCA 3MP6A 3HSTA 4F3BA 4F22A 3Q28A 4NAPA 2ZYNA 1B2HA 1P1UA 3A29A 3R6UA 2PCRA 4GWSA 2Q8MA 2XX7A 3H6UA 2QVVA 3TUSA 3W15C 4I8CA 5I59A 5JTYB 4XEQA 5LTCA 2F3BA 4H65A 3LC8A 4X8RA 1ZLQA 3KG2A 4GVOA 3IFAA 2ZNSA 4PDHA 1M5EA 5DEXB 3OD7A 3Q26A 3PUYE 3PPRA 3ZKKA 1P1WA 1H76A 2F6GA 1OVBA 3A3UA 1SVXB 1S9TA 3H6WA 3SEXA 1K9ZA 2Z8DA 5CMKA 5DTBA 3T0JA 2B3BA 3FJMA 1PEBA 1O63A 4H67A 5AA4B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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