4G68C

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Caldanaerobius
publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter
total genus 142
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68C01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68C02
3VVFA 3KBRA 1YPNA 1B3EA 3FVKA 1D3KA 4F1YA 1OLAA 2ONKE 3DP4A 2QS3A 5JEIA 3BBRA 2RC8A 1M5EA 4PE5B 4FE8A 3HV1A 3S9NC 1JW4A 3PPNA 3TZAA 4IO4A 2XXYA 2DYXA 2HAUA 3QXMA 1B7ZA 3FVOA 3N94A 1MRPA 1URDA 2Y7PA 4IY5A 4BLAA 3TEPA 5H8QA 2W7YA 4R6KA 1PBQA 2NWJA 1DTGA 1ZLQA 4NF5B 4P11A 3BKIB 3S9MC 4YMBA 4FIMA 2YPNA 3WAFA 3PMWA 4R6HA 3H03A 1IIWA 3PUVE 3RTWB 3E3KA 2O7UA 1MY2A 4NF6A 1S50A 1YAEA 4YB7A 3FV1A 3B6WA 1MXYA 3TAJA 1Y1MA 2QMWA 1H44A 4LP2B 3MBPA 3FXQA 3IAZA 1UTBA 2ZXTA 5H8QB 3H6TA 1B51A 2D21A 3E13X 5ELVA 3TODA 3RLFE 1A54A 5DEXA 4OEVA 1R9LA 2ONRA 5I84A 2PT2A 3DP8A 3L6GA 1US5A 1PC3A 2DWHA 2HQ0A 1H76A 5FTHA 1GR2A 3UP9A 2F8DA 1B40A 4U2RA 4OQOA 3K4UA 3VXBA 1MQHA 4I9DA 1NNKA 1EZ9A 4NF6B 3TTNA 4H6DA 1NNTA 4DCYA 5H8FA 3M3FA 3ILUB 1FQAA 2Y7RA 3K02A 2HCAA 1QUJA 5I57A 1FQDA 3H06B 1ANFA 1OVTA 2HAVA 3PGFA 4BDRA 2F6GA 4RPOA 4P0IA 3WAEA 1UTBB 1MPCA 3DELB 2F35A 3DP6A 3VFJA 3CVGA 3QYTA 5DEXB 3TUSA 2ALUA 3LSLA 4U4XA 3N26A 4LQ5A 1SDXA 4C0RA 4F3BA 3I5OA 4I1DA 4OESA 1FQCA 3IB2A 1SYHA 2DWIA 4F29A 3KJ7A 4IB2A 3USDA 3KGCA 1P1WA 3OXNA 3IORA 1B7UA 3CG1A 5H8FB 1XVYA 5BWJA 1NH8A 4MH5A 1MXZA 5CM6A 5KDTA 3TQWA 4O3BA 2RCAA 5FHMA 1LCTA 3U94A 4Z0IA 4ZZEA 1LBCA 2I49A 4XIGQ 1POY1 1LAXA 3U93A 3CG3A 1RYOA 3LR1A 4DCXA 3KOSA 4P0GA 4NF4B 4U21A 2UVJA 2DWAA 3VE1B 1ZKBA 2G93A 5M2VA 5AA1A 3M3KA 2KLFA 1FTKA 4GWOA 5FHNA 1A55A 1CB6A 1AMFA 4QSDA 1P1QA 3SEYA 3HHFA 3IR1A 4ONYA 2OK2A 1B32A 3T96B 1WODA 1B5HA 3IB0A 1N3XA 1PB8A 2F7AA 1OQHA 1OMPA 2QMXA 5LOMA 4QFOA 4TOZA 1WDNA 2NXOA 1YTVA 3ODBA 3U1OA 1BKAA 1MXXA 3T9UA 1SYIA 4HS7A 1B0HA 4H65A 1MQIA 3FXUA 3P7IA 1T0KA 2FYIA 1SD3A 3FD3A 2DE4A 1B3HA 4H5GA 4OFLA 4JWXA 2H25A 1GV8A 1B05A 3SDFA 2GHBA 1BTJA 4EXLA 3FJ7A 2XXIA 2I6EA 5KCJA 4ELRA 4ZEDA 1N7XA 2Z8EA 2R71A 1SI1A 4O3CA 4HCYA 3RT6B 4G68A 5EHMA 4EUOA 1D9YA 1Y20A 2QS4A 4IO3A 2Z22A 1O7TA 3SESA 3N5LA 2Z8FA 4H5FA 1ZTYA 3KFMA 5TP9A 4XKQA 5TU0A 1S9TA 1CE2A 4WXJA 3PPOA 3T9VA 4YZZA 2H4IA 3K1NA 4RYAA 4F1VA 4OZ9A 1XVXA 3R26A 1ZU0A 5ISUA 4KPTA 4OFJA 4ELOA 5H8NA 3MPLA 1MY1A 3MAMA 5BUUA 1Y4TA 3FJMA 3MP1A 4TLLB 5KCJB 4KYSA 3H7MA 1LFGA 4GVOA 2VD2A 2DQVA 4L17A 4JB7A 4I62A 5L9OA 3MWBA 3KSJA 4ZEBA 4UACA 3RQTA 3S9LC 3T9XB 4G68B 4XKNA 2AYSA 2O6AA 3RT8A 2A5SA 3T66A 4BDNA 1OIBA 3G3GA 4XXUA 4QFPA 1D4NA 3FV2A 5TP9B 3GBAA 4R9FA 3R6UA 2ZYOA 4KYEA 3TTKA 1B6HA 2ZYMA 4M4GA 3SEUA 2VGQA 3C33A 4LZ8A 5CMKA 2OCUA 1H43A 2GHAA 3EQ1A 5H8NB 3FIRA 2PVUA 4H67A 3K00A 1JEVA 1I6QA 2REJA 4WEDA 4R74A 4R6YA 2ESNA 4AB5A 4PQJA 3HCQA 2F34A 3T93B 3PD9A 1IZ1A 1PDAA 5HPQA 3KEIA 3MP6A 1FQBA 1NH7A 1B5IA 2VP1A 4NF5A 1M5BA 4XKPA 4IO6A 2D5WA 1ELJA 1PB7A 3O6IA 4N13A 1N84A 3E9XA 3V89B 3IO6A 1A99A 3HN0A 2XX7A 4R2FA 4YAHX 1FTMA 4TLMB 2CZLA 1GGGA 1XOCA 2I3WA 2F78A 3PPRA 3QAXA 4OWDA 1P1UA 1FQFA 4IY6A 2F7BA 2THIA 1US4A 1FW0A 3Q27A 4F3PA 2UVGA 3ECRA 4NE4A 5ITOA 4FORA 4H8JA 1QUKA 4LATA 4R2BA 3PMXA 2PMSA 2R6GE 4GQOA 4QF9A 5I58B 4DLDA 3THIA 5F7VA 1I6BA 3G3KA 4Q30B 2ZNTA 3H3GA 3HSTA 1FQEA 4GRKA 1B4ZA 3M3LA 3C9HA 3IO4A 1EZPA 3VLUA 4QFKA 4G4PA 3GZGA 4F3SA 3FVGA 3QUJA 1P1OA 1JNFA 3PV0E 5L9SA 5I59A 4H0WA 1MM7A 5CBSA 4POWA 2IA4A 4G77A 4DZ1A 5L9MA 2QPQA 4ZDMA 2Z23A 2REGA 2R9JA 4ZEFA 3W15C 3ONMA 3VV5A 4YKIA 3K1MA 5AA2A 1OQGA 1Q35A 1MPDA 3RGYA 5JTYB 2NOOA 2I58A 4RK2A 4GXAA 4M1VA 1DSNA 4GF8A 4RY1A 4F18A 2HZLA 1Y1ZA 2Q88A 3QIMA 2OWTA 4QSEA 2P2AA 3DLNA 1B5JA 1Q1KA 4K3FA 1ZBMA 3MQ9A 2OJTA 1KWHA 4JXIA 2DE2A 4X9TA 1NNFA 2GFEA 4OMBA 5I59B 2Q89A 4OETA 2DS9A 2XXTA 2ZMBA 2RKMA 3OD7A 5EYFA 2Q2CA 3F11A 1R9QA 3RUMA 3IK6B 1I69A 4ECFA 3KN3A 5K2YA 1Y3NA 2HEUA 3GBBA 4NF4A 5CMBA 1JEUA 2LAOA 2HFBA 5AA2B 1MXWA 2UVIA 4ELQA 4F31B 1LGBC 4QFNA 3S9EA 1H3DA 4PP0A 3A3CA 3L6HA 2ONSA 1LLSA 1II5A 2V25A 3O9PA 4OENA 4G2ZA 1FTLA 3TCHA 3RN8A 2H98A 3MZ9A 1A7LA 1XT8A 5DVFA 5FHOA 1LB9A 1JW1A 3ZKKA 3H6UA 1QJMA 3CSBA 4JBZA 4RPNA 4F2QA 1IXCA 4EF2A 3G7WA 3G3IA 5DYHA 4MLQA 1QULA 3G3FA 3UIFA 3Q28A 4OFOA 2UYFA 4GL8A 3H6WA 1VR5A 2Y84A 3N6TA 4DE8A 5A5XA 2UXAA 3CR9A 1N04A 3OO9A 3SKPA 4G8NA 4E0WA 2HZKA 5I2KA 1MM6A 4OXVA 1MH3A 2O69A 3Q25A 3LSXA 4EF1A 3KN8A 4LA9A 1HSEA 1L5TA 3JYRA 4QFLA 3UN6A 3R7XA 3TDJA 4KFQA 4GLIA 4ZEKA 1AH5A 1S7YA 3C32A 3G3HA 4BDOA 4MFIA 3C35A 1JVXA 3OMBA 3KSXA 5AA2D 4N6PA 5AA4A 3FVNA 1QUIA 5JK4A 3PPQA 3PPPA 2DSFA 4Q5TA 5A5XB 2Q8JA 2ZNSA 1MQJA 2I4BA 1NNPA 3S4UA 2Q9TA 5I2KB 4PFWA 3LSFB 1VFEA 3PUWE 4U4SA 5H8HA 3UGWA 1ZJLA 3EHUA 3LUYA 3C4MA 3PUYE 1IITA 2I0BA 4NF8A 3TFLA 3MVXA 1MPBA 4KYDA 4ESWA 3MVZA 1I6AA 4EQBA 3Q29A 5CMCA 4YKJA 3U72A 1R1NA 2M8CA 3A3UA 4NMYA 2PT1A 4YKKA 1TFAA 2VD3A 2RC9A 3U92A 5ICTA 4FATA 5I2NA 5CBRA 4WEPA 3FGSA 5AA4B 3OEKA 3IX1A 4U1OA 1JETA 3O2AA 4RA1A 3C36A 1PEBA 1GTKA 3H4ZA 3PU5A 1NMUA 2O51A 4JDFA 3O6GA 5DVJA 1MY0A 4JWYA 4PFTA 2AL4A 5DVIA 2V3UA 4ZEIA 4QHQA 4OERA 4GFRA 4RNSA 1B46A 2I3VA 5H8HB 3T9HB 4JSOA 4U23A 3SEVA 4NF8B 1LCFA 3CIJA 1D9VA 1SI0A 4F39A 4F1UA 2F7CA 4IO5A 3K6WA 2A5TA 3W9VA 2FNCA 4XKRA 3SETA 1FTJA 1GVCA 2PX1A 4FECA 4YICA 4R9GA 5I2NB 2UYEA 3OSQA 5TPAA 2NUVA 1LFHA 1O63A 2PBWA 1URSA 3MVYA 2YJPA 4IGRA 3EN3A 1TWYA 2F97A 3OO7A 1LAGE 1R6ZA 5L8DA 4LUBA 3MVWA 1EU8A 1F9BA 3VDFA 4YMAA 1RYXA 1NL5A 3K1PA 2XXHA 2DVZA 1JVYA 1YCJA 1MQGA 1UTHB 1XHYA 1MXUA 3EF7A 4LQ2A 5I58A 4YKPA 2VHAA 2A5TB 1A8FA 4U22A 4LONB 3TYHA 2QRYA 4QSCA 1ZIUA 3KN7A 1BLFA 4Q8RA 4ZE8A 2X26A 3UK4A 3T22A 3D4CA 3PD8A 3OOAA 4H8IA 4GIZA 2ZNUA 2DVCA 3MZ1A 3ZKLA 5TPAB 1ZMGA 1Y3QA 1NFTA 4E0XA 5IAIA 3FASA 1VE4A 3K2DA 4GOTA 5FTIA 1A40A 1AL3A 1EZOA 3B6TA 1N3WA 4NWDA 3IL1B 2XXUA 4RJZA 1MXVA 3QK6A 5EHSA 3CFXA 3U8QA 3H6VA 2Q2AA 4U1ZA 5DTBA 4C1UA 3MZBA 1LBBA 1MDQA 1MS7A 1B58A 3MUQA 4EQ9A 1A8EA 4MLVA 2RC7A 4EDPA 1TFDA 3LC8A 5J1DA 3G3JA 3KZGA 3OELA 5JTYA 3VLVA 5CI5A 3TTMA 3BFUA 2XXPA 2I4CA 3JV9A 2AIXA 3I6VA 2OBGA 1SVXB 1Z7NE 2P0SA 4X1DA 1B3GA 3FATA 4X1BA 4THIA 3TQLA 1UIVA 1SBPA 1LFIA 4OVJA 3PMVA 2QS1A 3FZVA 3TELA 4NTLA 4C1TA 1N0TA 4KI0E 1IXGA 1QW0A 4NWCA 4LZ5A 3RTFB 2QJEA 3CFZA 2BJJX 2G29A 5CRYA 2ABHA 4KQPA 4F22A 1B1XA 3SERA 2PYYA 4ISUA 1LSTA 1XS5A 3KG2A 3CI8A 4F19A 4OHNA 2YLNA 4HTGA 2VOZA 3E4RA 1MY4A 4DXBA 3DM0A 1B1HA 3IOVA 1DOTA 1FCKA 4GL0A 4R75A 3ILTB 3OEMA 4DDDA 4QRZA 1SQYA 2AL5A 4R73A 3MP8A 3V8XB 1NKXA 1M5FA 2Z8DA 3UORA 2ZYKA 3V83A 3TTRA 3MW0A 2NVUB 3IOTA 1XC1A 1HSLA 2O84X 4ZS9A 3B7DA 2XXVA 5I56A 1JW5A 2X7QA 4DIGA 3HHGA 4O3AA 2V84A 5CC2A 3CFLA 1MDP1 4ZECA 5B7DA 3LSWA 3K0VA 1B9JA 3I3VA 2DP8A 1DTZA 2O1MA 3C34A 4AB6A 1QVSA 2XHDA 3KOTA 3O66A 3CSGA 3RY3A 1DMBA 4POXA 3JZJA 4KCDA 2DOJA 3TCGA 3K6UA 4LVQA 4F2OA 2IEEA 3TKDA 2QL3A 4G8MA 4I8CA 5IKBA 2P1SA 2O1LA 4KHZE 1UIUA 1B7HA 1UQWA 4KCCA 4Q0CA 1Y9UA 2E0SA 1LAFE 3N6UA 3A09A 1SW1A 2I0CA 5I56B 3M8UA 5H8SA 1VFDA 3TMGA 5F1QA 5I57B 2B3BA 4PFYA 1Y4CA 3VXCA 4EXKA 1SW5A 2WKYA 2F6PA 3V5AA 3MJNA 3HO7A 4DXCA 2XX8A 4BDMA 2GRVA 4F3GA 3RPWA 2H5YA 2F36A 3B6QA 3S2VA 1URGA 2ANJA 2E1SA 3GXAA 1IXIA 2O7IA 3IJXB 3OSRA 5HM4B 2V3TA 3BFTA 3K01A 4DXUA 3K6VA 2RINA 1P99A 3FJGA 1FTOA 1POTA 3C31A 2DWJA 1BP5A 2Y7WA 2DXRA 3FXRA 3PUZE 3QSLA 5HBCA 4PFUA 2RF1A 4KR5A 1VSOA 2Y7IA 4NEDA 4OTEA 5KDTB 2O68A 2HXWA 2H99A 3O97A 2X7PA 2XX9A 1WVJA 4ZZAA 4N07A 1B4HA 2XXXA 2XXRA 3IOUA 1TXFA 4OYVA 4G68C 4KD5A 1TT1A 1LB8A 3SEWA 1P1NA 1DPPA 3W9WA 4GXSB 3OO8A 3TPAA 1LAHE 2XD2A 2CMOA 3TTLA 3VVEA 3CRBA 1SW2A 3Q26A 4YB5A 3EPEA 3O6HA 3MPKA 3QUFA 2QS2A 1HSJA 2B65A 4X48A 5DT6A 2D3IA 4AQ4A 1IUDA 1SW4A 4HW8A 2UVHA 4EQ7A 4FJPA 2GH9A 1MY3A 2Y7KA 4IGTA 1USYH 5K2XA 2RCBA 1AIVA 2V3QA 1B2HA 5AE4A 3EHSA 2DXYA 4FEDA 4YB6A 3O29A 1B52A 1O64A 2F5XA 2I48A 1ATGA 4JWOA 1J1NA 1B3LA 1Y3PA 1IQ7A 4YU0A 4HCWA 1MH4A 4JSDA 2V93A 1AOVA 3OENA 1Z7ME 4RK9A 3VVDA 5KZTA 2OLBA 3PUXE 4XTCQ 1UTHA 1MQDA 3K6XA 1B0LA 1PBPA 1N7WA 4WKMA 4TQUQ 3TCFA 2H9BA 2XD3A 2B3FA 5AA3A 3SEXA 3UA8A 4BDLA 3FUZA 4H1XA 4MF3A 2XXWA 3HPIA 1N76A 4UA8A 4ESXA 2QSXA 4BDQA 2OWSA 3ZS6A 5B70A 4PETA 4ND9A 1QKBA 1DPEA 3IB1A 1IEJA 2FA7A 4R72A 3O28A 1PB9A 1MG1A 3IJOB 4IO7A 3MC2A 4FEBA 1BIYA 1M5DA 2OZZA 1USYE 3LBSA 5ITPA 2DE3A 4OEUA 1B3FA 3AXFA 2ZYNA 5ICQA 1M5CA 4RXLA 4MBPA 3RNNA 1RKMA 4ELPA 4IO2A 1EH3A 3EHTA 4FAJA 4GD5A 4G8HA 1H45A 3VLWA 5CMMA 3IOWA 3KJTA 4Z7EA 1OVBA 4LZ7A 1JQFA 1OLCA 3ZSFA 4ZE9A 3D4GA 1IXHA 3OO6A 2XXQA 3GLBA 1QKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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