3TDJA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and bpam-97 at 1.95 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
b'KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA02
1RYOA 4ND9A 2X7PA 1O63A 3R6UA 2O68A 4NMYA 1QKAA 3CG3A 1UTHB 3Q27A 1DPPA 3P7IA 2DSFA 2NWJA 1LFHA 3S9NC 2QS2A 4I1DA 3CR9A 4I9DA 3G3KA 5H8QA 2VD2A 4M1VA 4NTLA 2F97A 3TFLA 3T96B 1AMFA 1MY0A 2Q89A 1B6HA 1LB8A 3FZVA 3KN3A 2XXRA 3DP4A 3O97A 4P0GA 4R72A 4UACA 2F8DA 3C35A 1QUJA 4O3BA 1B32A 3SKPA 1B5IA 3K0VA 3ZSFA 3H3GA 3KFMA 1EZ9A 1EU8A 3TTRA 1TXFA 2Y7PA 3DM0A 3W9WA 4DCXA 3GZGA 2QL3A 2I4BA 3EHTA 4JSDA 2DYXA 3K01A 3LC8A 3I3VA 4F1YA 3ZKLA 4RPOA 3FVNA 2AYSA 5F7VA 5JTYB 2I58A 1IEJA 4IY6A 4FATA 1B1XA 2I0BA 4KR5A 5I2KB 5TPAA 3G3FA 2RCBA 4JWYA 1Y9UA 3THIA 3TPAA 4RNSA 2ALUA 3TTKA 4OENA 4BDOA 3MPKA 1Y1ZA 1Z7NE 4FEBA 1XHYA 2XXVA 4R9GA 4DXBA 3QUFA 4YB7A 1BLFA 1JVYA 1ZTYA 2CZLA 3SESA 1A99A 1MXZA 4YKJA 3T22A 2Z23A 4LZ7A 4PFUA 4BDQA 4EF2A 1MQIA 5I57B 1NMUA 2O51A 4QSCA 1LLSA 2DE4A 3KGCA 3BFTA 3LBSA 4ZE9A 1D3KA 3RQTA 3K1PA 3N26A 4F3SA 1ELJA 2NOOA 1B7ZA 1RKMA 2UYEA 3D4GA 3FVKA 3TDJA 5I56A 4RY1A 2DE2A 5CMBA 1LAFE 3M3FA 3W9VA 1SW5A 1FTLA 3QK6A 2F7AA 3E3KA 4ELRA 4EQ7A 1IXHA 2UVJA 3K00A 5H8HA 3Q28A 4F3GA 1MRPA 3OMBA 4E0WA 4F1VA 1B0HA 1BTJA 3CIJA 3ILTB 3IOWA 2D21A 2E0SA 3AXFA 4GXSB 4KFQA 4PETA 1XVXA 3U92A 3BFUA 1B51A 3TZAA 2OZZA 4G8NA 2Q9TA 3C33A 3OEMA 3T9VA 3B6WA 1IXIA 2I3WA 3R26A 1GV8A 3QUJA 1FQFA 3OXNA 3HO7A 1A8FA 2ABHA 4LZ8A 4POWA 4Z7EA 1P99A 1NKXA 1PB8A 4EXKA 4YB5A 4RJZA 2UXAA 3TYHA 5H8FA 1LAGE 1SYIA 1R9LA 4OHNA 5AA1A 3FVOA 1AOVA 4ZEDA 2RCAA 4POXA 3TODA 5CMKA 2HZLA 4H5FA 2RC8A 4YB6A 4G8MA 3E9XA 1SW1A 1UTBB 3DP6A 4QFLA 3MQ9A 4GD5A 1QKBA 2V3UA 4OZ9A 3U72A 3FJMA 3JV9A 1UTBA 2HAUA 5AA2D 1Y20A 4LZ5A 3Q29A 2XXPA 5L9OA 4DDDA 2HXWA 2F7BA 4FAJA 1AIVA 1Y3QA 4XIGQ 2YPNA 3PGFA 4EQBA 4F18A 5I56B 4UA8A 5TPAB 5TU0A 2QS4A 4ESXA 5KCJB 3KZGA 3MZBA 4F31B 3PUXE 1NNTA 2ESNA 4IO5A 4Q5TA 4QFNA 4HW8A 3EQ1A 2H99A 3O6HA 5DVIA 2O7IA 2QJEA 5FHNA 3L6GA 3Q26A 2ANJA 2A5TB 2F5XA 3FGSA 3UP9A 3H7MA 4F1UA 1XC1A 2Q2AA 4QF9A 4QFPA 3IJOB 3N6UA 5DTBA 4H0WA 3TELA 1H3DA 1SQYA 1NNKA 2I49A 5I58B 5KDTA 1UIVA 2V25A 2F6GA 3K1NA 1OMPA 4ECFA 5JTYA 2HQ0A 1LSTA 4MBPA 1VSOA 3N6TA 1LBCA 4GLIA 1FQEA 1ZU0A 4R73A 3MAMA 3JZJA 1II5A 3PPOA 5HBCA 5H8NA 3VLWA 3TAJA 1D9YA 1QW0A 1VR5A 1O7TA 2O1LA 1Y3NA 3A09A 2CMOA 3M3LA 3MW0A 4IO6A 4QHQA 3LUYA 3QSLA 4KYDA 3U94A 3L6HA 4X1BA 1D9VA 3HSTA 3TTNA 4KYEA 4I8CA 4LATA 4QFKA 3FXRA 4O3CA 3VLVA 4GF8A 4XKQA 2OK2A 2QRYA 3FUZA 3U1OA 1MXXA 1FTOA 1P1QA 2AL4A 1WODA 2GFEA 2PX1A 3IR1A 4GVOA 5DVFA 4EUOA 5I2KA 2D5WA 3IJXB 4C0RA 2Y7KA 1IQ7A 1LB9A 1JW4A 5AA2B 1I6BA 1GVCA 4Q8RA 5I84A 4NWDA 5I57A 1DSNA 3GLBA 2ONSA 4Q0CA 4F2OA 1NNPA 4C1TA 3FJ7A 1DMBA 4C1UA 1MM6A 3C4MA 3MJNA 5HPQA 2DQVA 3KOSA 4G77A 3V8XB 2HZKA 3OO9A 3OD7A 4NF6A 3TTMA 1JETA 2GHBA 1BP5A 4KPTA 4LVQA 4JWXA 1B46A 3SEWA 3C31A 5ISUA 4Z0IA 4JBZA 1XVYA 3U93A 1B3FA 1LAHE 2I0CA 3B7DA 4NF5B 3TMGA 2QS3A 3IOUA 5IAIA 2XD3A 2X7QA 5H8QB 4TOZA 4IO4A 4R6KA 1T0KA 4LP2B 4ZEFA 2F78A 3KJ7A 5AA4B 3RGYA 2E1SA 3GXAA 4AB5A 3H4ZA 3K6UA 3IO6A 1JW5A 3UA8A 3QXMA 2F35A 3TEPA 2B3FA 1R1NA 2ZYOA 3CSGA 4EQ9A 3QAXA 1IXCA 2UVIA 1FCKA 2DVCA 2P1SA 3FD3A 3IOTA 2PMSA 4NF6B 5DT6A 3VXBA 2GH9A 2ZMBA 1Q1KA 2LAOA 1URSA 3KSJA 3KN7A 3CFZA 4YU0A 3HCQA 3VV5A 3IB1A 4FORA 2IEEA 1B7HA 3CRBA 3K6WA 4H5GA 4H8IA 1B5HA 5AA2A 2AIXA 4KI0E 1MXYA 1OLAA 4MLVA 2XX9A 5ELVA 2PVUA 5I59A 1B5JA 2FA7A 1DOTA 3ILUB 1IIWA 4KHZE 2XXTA 2OJTA 3KG2A 1WVJA 4OEUA 3O29A 1MDQA 1B05A 3PPRA 2FYIA 4LQ2A 3U8QA 1NFTA 2ZYNA 3G3HA 3SETA 2Y84A 5ICQA 4OVJA 1ZKBA 4RXLA 1JNFA 2RKMA 1A40A 1H44A 3H6TA 2ZNUA 1LGBC 1B3LA 1MY3A 4I62A 1MXUA 2I3VA 1FTKA 4OXVA 2O6AA 1FQCA 1OQGA 3MVXA 4G68A 4BDNA 3OSQA 4GRKA 2Z8EA 4DXUA 3PU5A 4WXJA 4BDRA 4OEVA 4ZS9A 2XXQA 3S9MC 1EZPA 1N04A 3DELB 1F9BA 3UGWA 1FTJA 1R6ZA 3PMXA 4KD5A 1ATGA 2Q2CA 3KEIA 1N3WA 1I69A 5CRYA 5I2NA 3OO8A 1N84A 5CI5A 3V83A 2HFBA 4H1XA 5K2XA 1YAEA 4IO2A 2DWIA 1MQJA 1PEBA 1PDAA 3IL1B 3O9PA 4IO3A 3VVEA 3MVWA 3FXUA 3PD9A 3FASA 1P1NA 1B40A 4G8HA 2XXXA 3EHUA 5M2VA 1PBQA 1AL3A 4NEDA 2QMXA 2F7CA 2D3IA 1J1NA 3MVZA 1B0LA 1MH4A 2DVZA 4G68B 3H03A 4IY5A 2Q8JA 4HS7A 4F3BA 1SBPA 1MDP1 4MF3A 5KZTA 3JYRA 4JXIA 4H8JA 4NWCA 5AA4A 3RY3A 2OWSA 4KQPA 4BLAA 2V84A 1I6AA 4OERA 1JVXA 1N0TA 1ZIUA 4KCCA 3DP8A 3FVGA 2VGQA 3VLUA 1FQBA 1B52A 2G93A 2FNCA 4GL0A 3O28A 4XKPA 2G29A 5DYHA 1M5CA 2Y7IA 1OVBA 4NE4A 1EH3A 3MP1A 2H98A 1SDXA 2VHAA 2QMWA 1SD3A 5F1QA 3LSXA 4AB6A 3USDA 3HV1A 3ZS6A 2I48A 4DLDA 1PC3A 4ZZAA 4OMBA 2P0SA 5FTIA 1FQDA 3TCGA 3Q25A 5LOMA 2XXHA 2AL5A 3CG1A 3MPLA 1ANFA 3C34A 1JQFA 1H76A 1MXWA 3CI8A 2OWTA 3MWBA 2HCAA 3SEYA 4ISUA 1LFIA 5TP9B 4F22A 2QPQA 5CMMA 3M3KA 5FHOA 4OESA 1Q35A 3EHSA 1GGGA 4LQ5A 4N6PA 4P0IA 1L5TA 1GTKA 2O1MA 3EPEA 3O6GA 4PFTA 5FHMA 1B7UA 4FJPA 4U21A 1MQHA 1KWHA 1A7LA 1SW2A 3OO6A 4ZE8A 3SEUA 2VD3A 2X26A 1URDA 1UIUA 2NVUB 3R7XA 4F2QA 3I6VA 3O2AA 5A5XB 4F39A 5J1DA 1O64A 3RN8A 4TLMB 1B2HA 2H9BA 2OCUA 1S50A 2V93A 1LFGA 4FECA 4IGRA 3S9LC 3B6TA 5FTHA 4OFLA 4ZDMA 4MLQA 4X1DA 1N76A 1S7YA 4GFRA 3SEXA 4R75A 4R6HA 3IAZA 3H6VA 3RLFE 4WEPA 4O3AA 4U1OA 1IITA 1B9JA 1MY2A 4R6YA 4F3PA 2F6PA 4QSDA 4HCYA 3PPPA 1N7XA 1H45A 1VE4A 3K4UA 4LUBA 3UN6A 3V89B 2P2AA 2F34A 4BDLA 1A54A 4OETA 4TLLB 3PUWE 4QRZA 5L8DA 5BUUA 2B3BA 4AQ4A 3T9XB 3B6QA 3BBRA 1IUDA 3H6UA 3RPWA 1LCFA 4YAHX 5CC2A 2DXYA 2BJJX 2V3QA 1SYHA 3QIMA 4JB7A 4ONYA 4RA1A 4ZECA 4GWOA 3OELA 4MFIA 1URGA 1YPNA 4OQOA 3G3GA 1YTVA 2I4CA 3C32A 5DEXA 3SEVA 2A5SA 2GHAA 1MPBA 2O7UA 2XXIA 4IGTA 2B65A 3TTLA 1SW4A 1ZMGA 1LAXA 1MH3A 2XXYA 3PV0E 3IB0A 4JWOA 3W15C 1MG1A 5A5XA 1IZ1A 1USYH 4BDMA 3S9EA 1TWYA 4GIZA 4R9FA 4GL8A 1MS7A 1OLCA 4PFWA 3I5OA 1MM7A 3IO4A 3E4RA 1ZLQA 3VVFA 3QYTA 2NXOA 1DTZA 1DPEA 1MY4A 2UVHA 1MXVA 1P1UA 3KN8A 2ZXTA 3O6IA 4JDFA 2R9JA 4MH5A 4FEDA 3T66A 2DE3A 2PBWA 4X9TA 5BWJA 1TFDA 2HAVA 5I2NB 1PB9A 3O66A 4PQJA 1TFAA 2QS1A 1LCTA 2IA4A 2QSXA 5CBSA 4ZEIA 3EF7A 2NUVA 4G4PA 4XXUA 1EZOA 4NF8B 4EF1A 1SI1A 3RUMA 4YMAA 4F19A 3PMWA 2UYFA 1MQGA 3OO7A 1AH5A 2DWJA 4HCWA 4PE5B 3ECRA 1US5A 3FXQA 4X48A 3M8UA 4NF5A 1MY1A 3LR1A 3GBBA 5I58A 5KDTB 1FQAA 1B4ZA 1OQHA 2O69A 3FV2A 3HHGA 3RTWB 4XKNA 4N13A 3RNNA 3TCHA 5I59B 2KLFA 2R71A 1XS5A 2DOJA 4NF4A 1BIYA 2GRVA 3PD8A 3PUZE 3TQWA 3CFXA 3OEKA 4RYAA 3OENA 1Y3PA 2WKYA 4U23A 3KSXA 4WEDA 2F36A 4ZZEA 1SVXB 2HEUA 3OOAA 3H06B 2DS9A 4OWDA 4PFYA 5EHMA 3T93B 3ODBA 1POTA 4FIMA 2Q88A 1VFEA 2H4IA 2XXWA 1M5BA 1B58A 1NH7A 4JSOA 2DXRA 4U4SA 4QSEA 3LSWA 2Y7RA 4U4XA 3VDFA 4YICA 1N7WA 3MC2A 4RPNA 4DXCA 5L9SA 4OFJA 1ZBMA 1P1WA 1TT1A 1XOCA 2ZNTA 4U2RA 3LSFB 4GXAA 3C36A 4YKKA 5L9MA 3UORA 1IXGA 3IOVA 1D4NA 3KOTA 3BKIB 3T9UA 4EDPA 4EXLA 4G2ZA 5CBRA 4XKRA 2ONKE 5B7DA 5IKBA 1Y1MA 4XTCQ 1ZJLA 1QULA 4YZZA 4DE8A 4R2FA 1HSJA 5B70A 1CE2A 1OIBA 2M8CA 1A8EA 3CVGA 4FE8A 5EYFA 5H8NB 1YCJA 4PP0A 5H8HB 1USYE 1M5EA 1JEUA 3PPQA 4YKIA 5ICTA 1QJMA 3N94A 4L17A 2XX7A 1QUKA 3RTFB 2THIA 4H6DA 1QVSA 5K2YA 3F11A 2Y7WA 4G68C 3WAEA 3A3UA 1HSEA 2DWAA 2OLBA 3D4CA 4OTEA 1UQWA 1OVTA 4OFOA 3UK4A 4H65A 5JEIA 3K6XA 4R2BA 3KBRA 4RK2A 1B3EA 3VE1B 4ELOA 1P1OA 3HPIA 4N07A 2H5YA 2VP1A 2VOZA 2Z22A 3G7WA 3MZ9A 3ONMA 1R9QA 1UTHA 2R6GE 3GBAA 2RF1A 4IB2A 1I6QA 4OYVA 3SDFA 5CM6A 3SERA 2PT2A 3FV1A 3RT8A 3IORA 1FTMA 4U1ZA 3TCFA 4DIGA 2DP8A 4LONB 4YMBA 1NH8A 4KYSA 2YLNA 4H67A 1US4A 3T9HB 3HN0A 1Z7ME 4ZEBA 5ITOA 3V5AA 2YJPA 2ZYKA 3ZKKA 4DZ1A 4YKPA 5KCJA 2PT1A 3MP6A 3N5LA 1B4HA 3C9HA 2W7YA 1GR2A 1HSLA 2Z8FA 3FJGA 3MUQA 3PPNA 4GOTA 4K3FA 3RT6B 3A3CA 1DTGA 3K6VA 3S4UA 4ELPA 5HM4B 3TUSA 1CB6A 3KJTA 4Q30B 2XHDA 1WDNA 4KCDA 4RK9A 3K2DA 4ELQA 5AE4A 4ESWA 2RC9A 3CFLA 3UIFA 5JK4A 4LA9A 1B3GA 5H8SA 4THIA 3H6WA 3PMVA 1RYXA 3G3JA 3EN3A 5CMCA 3CSBA 3MZ1A 3VVDA 4F29A 2XX8A 1BKAA 4NF4B 3MVYA 3K1MA 1JW1A 1MQDA 5TP9A 1XT8A 4WKMA 3IK6B 2RC7A 2REJA 2ZYMA 3FATA 5DEXB 3G3IA 1NNFA 1N3XA 2O84X 1M5FA 5AA3A 1B3HA 2PYYA 2REGA 3MBPA 3TQLA 3S2VA 3VFJA 3WAFA 2UVGA 2XD2A 2Z8DA 3PUYE 3HHFA 1SI0A 1H43A 1PB7A 1S9TA 1POY1 1Y4TA 3IX1A 5ITPA 4TQUQ 2V3TA 2DWHA 3DLNA 1QUIA 4GQOA 3PUVE 4IO7A 1PBPA 1Y4CA 2RINA 4P11A 1M5DA 2ZNSA 5H8FB 1A55A 2H25A 4QFOA 4U22A 3LSLA 3VXCA 4E0XA 1LBBA 1MPCA 2OBGA 2ONRA 3E13X 3IB2A 3TKDA 1JEVA 3OSRA 4M4GA 3K02A 2XXUA 4ZEKA 3MP8A 1VFDA 2I6EA 5EHSA 1NL5A 4R74A 4NF8A 1MPDA 4DCYA 1B1HA 1FW0A 4HTGA 2A5TA 3FIRA 5DVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O68A 1UTHB 4DI3D 2XA5A 3LUZA 4I1DA 3G3KA 2VD2A 4NTLA 3T96B 1AMFA 3FZVA 3KN3A 3DP4A 4UACA 3KC0A 3ZSFA 1B5IA 1FPFA 1TXFA 2Y7PA 5I7IA 3W9WA 4DCXA 5EQ7A 3ZKLA 3FVNA 2I58A 4IY6A 4P1LA 2I0BA 4JWYA 4R9GA 4DXBA 5ET7A 2CZLA 5IKBA 4YKJA 4PFUA 3LBSA 1D3KA 3K1PA 3N26A 5IGAA 2BJIA 2UYEA 1B7ZA 3TDJA 5I56A 2KR0A 1SW5A 1FTLA 2F7AA 3E3KA 5H8HA 3Q28A 4F1VA 1NV4A 1BTJA 3IOWA 2D21A 3AXFA 4PETA 4GXSB 1B51A 4PDDA 1FQFA 2ABHA 4POWA 1EYIA 1PB8A 4EXKA 1LBYA 1LAGE 4MNIA 1AOVA 3FVOA 2RCAA 4H5FA 2RC8A 4YB6A 4G8MA 1SW1A 1QKBA 2V3UA 3B8BA 4GX3A 1AIVA 4FAJA 5TPAB 2QS4A 1FTAA 4HW8A 1NNTA 4Q5TA 2H99A 3O6HA 5DVIA 2QJEA 3L6GA 2Q2AA 5DTBA 4H0WA 3TELA 4H46A 1H3DA 1SQYA 1NNKA 2I49A 4P56A 1LSTA 3MYUA 4MBPA 1VSOA 1FQEA 3JZJA 1FPKA 1D9YA 1VR5A 3MW0A 1O7TA 4OVPA 3TAJA 3M3LA 3LUYA 3QSLA 4KYDA 4DI4B 4MHFA 4KYEA 4I8CA 4GF8A 4XKQA 2OK2A 3FUZA 1P1QA 2AL4A 3SETA 4EUOA 5I2KA 5DVFA 4O7MA 3IJXB 1JW4A 4MX6A 1I6BA 4Q8RA 5I57A 4Q0CA 3MJNA 3V8XB 2GHBA 2VPOA 4LVQA 4JBZA 1XVYA 4NF5B 2QVVA 4LP2B 2FIEA 2F78A 1EYJA 2HXRA 3K6UA 3QXMA 1R1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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