3TDJA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and bpam-97 at 1.95 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 82
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA02
1N04A 1ATGA 3K01A 3Q27A 3TTMA 4DZ1A 2Y84A 3KN3A 3MJNA 4GD5A 1ELJA 1HSJA 4JWYA 1JQFA 2F7AA 2XXRA 2NVUB 3W15C 2X26A 2QPQA 4P0GA 3RLFE 1ZLQA 3FASA 3SERA 1B3HA 3OO9A 5H8NB 4IO3A 3OOAA 2XXYA 4JBZA 4FEDA 3CFLA 5FTIA 3IJOB 4POWA 2UYFA 3UA8A 3FVGA 4BDOA 1IXIA 2O51A 3CI8A 3HHFA 3QAXA 4GXAA 3MC2A 4H0WA 1YCJA 5KZTA 1HSLA 1MH3A 2A5TA 2QS2A 3CFZA 3IJXB 3LUYA 4PFUA 3ZS6A 3V83A 3IB0A 3KN7A 3A3UA 2DXRA 3MP1A 4F1VA 4XIGQ 2OCUA 4AQ4A 4F3PA 2UXAA 1D4NA 2Y7IA 2RKMA 2F7CA 4G4PA 4OXVA 5H8SA 2XXHA 2D5WA 5I59B 1A55A 3H06B 4YKKA 2NWJA 2O1MA 4KD5A 1PB8A 4UA8A 3TPAA 1PB9A 3ZKKA 3KGCA 5KCJB 1MS7A 2Z8EA 4QHQA 3H6UA 3UP9A 2RC9A 2YPNA 3H6VA 3T9VA 3DP6A 4QFLA 2O6AA 2XXQA 2ZXTA 1IIWA 1NFTA 3DP8A 1B0LA 4IGRA 1LB9A 3ILUB 4MBPA 2XXPA 2ZNSA 4U23A 3V5AA 3VVDA 3L6GA 4YKJA 3USDA 1I69A 3OEMA 1D9VA 3QUFA 1GVCA 4R72A 2ESNA 2QRYA 1VE4A 2O7IA 1LLSA 3C32A 1B2HA 1YPNA 4R6KA 5AA4B 2AYSA 3IAZA 1FTKA 3I3VA 2KLFA 4ONYA 3LSWA 4JWXA 3UGWA 3WAEA 4OYVA 3RUMA 4FJPA 3E4RA 4MH5A 1SW5A 4LA9A 2IEEA 3TTNA 3W9VA 1FCKA 4K3FA 1WVJA 5B7DA 4ND9A 3FVOA 1NNFA 3PD8A 1URSA 2OJTA 1QUIA 2VGQA 2DE3A 3B6WA 3CVGA 2VD3A 3T9XB 2HAUA 2I4BA 2R71A 4U22A 3TUSA 1JVYA 3CFXA 3MP8A 1LSTA 3O6HA 3FD3A 4QSEA 4U2RA 3I5OA 4HCYA 2F36A 2ZYNA 3H7MA 1NMUA 3MBPA 4G77A 4PP0A 3N6TA 1LAGE 3RN8A 4BLAA 1LCTA 2LAOA 1B32A 3W9WA 2B3BA 4RPNA 2GHAA 2DS9A 1TFDA 4PFTA 2ALUA 1AOVA 3BKIB 1FQFA 1N3WA 3KZGA 1GTKA 4G2ZA 4DE8A 3TFLA 4H8IA 3OO8A 4KR5A 5JTYB 2PMSA 3MVZA 2ZYKA 2PT1A 1Y3NA 3BFUA 3G3GA 5KDTB 4I62A 1UIVA 2XD3A 3FV1A 3K02A 1NL5A 5ELVA 3CIJA 4BDMA 1O7TA 2DWIA 2Z8FA 3HCQA 4R6HA 3VDFA 1Y4TA 2FYIA 2P2AA 4X1DA 1EZOA 1B40A 2HFBA 3PMWA 2PVUA 5TPAA 3HV1A 3MZ9A 4GF8A 1QUKA 1LAHE 4O3BA 4IO7A 1BKAA 4NF4B 4MF3A 3PUWE 4RK9A 1Y9UA 2QS4A 4Z7EA 4DXCA 1OLAA 1JEVA 2W7YA 1EH3A 5BUUA 2Y7WA 4JSOA 2PBWA 1A54A 3C33A 2P1SA 3KFMA 3PUVE 1Z7ME 4H8JA 4M4GA 2XXWA 1LB8A 2HCAA 4ZDMA 5KCJA 2QL3A 4QSCA 2I3VA 4XTCQ 3KOSA 4POXA 1IEJA 3OXNA 1PEBA 2CMOA 1A8EA 1EZPA 3SETA 1M5EA 2B3FA 3C36A 3IO6A 5AA2A 3MUQA 3SESA 1XVYA 1LBBA 1XVXA 1Y1ZA 2QS3A 4OFJA 4F2QA 2VP1A 3M3LA 3LR1A 1JW5A 4NF5A 4X1BA 3D4GA 1QW0A 1I6QA 2OWSA 1A99A 4JSDA 1I6BA 4F2OA 3CR9A 2REGA 3B6QA 3FJGA 1M5FA 3MVYA 1MXZA 1EU8A 3MAMA 2ZYMA 3EF7A 1S50A 2BJJX 4N13A 4WXJA 4EXKA 1DPEA 2F5XA 2VD2A 3PPNA 3FXRA 4F3GA 1MM6A 4F22A 4JB7A 3T93B 4GVOA 5DT6A 3T22A 4EUOA 3C31A 1B58A 3E13X 4O3AA 2F7BA 3FUZA 4F18A 1QVSA 4ZE9A 4HW8A 5CBRA 3MZ1A 1IQ7A 3EHTA 5F7VA 3OSQA 2DYXA 4KI0E 1FQEA 1MQGA 1B52A 1B9JA 1MQHA 2O1LA 4R2BA 1P99A 2DWJA 4KYDA 1GGGA 4F29A 4BDQA 5JTYA 4F31B 3IX1A 3TYHA 3RNNA 1IXGA 2XXIA 4MFIA 1FQBA 3TAJA 3MP6A 5CM6A 4OFOA 4JDFA 3VLUA 2ANJA 4TLMB 2XXUA 4KFQA 4ZS9A 4R6YA 3S2VA 2XXXA 3QXMA 4H67A 2RCBA 3O97A 4LP2B 1LAFE 4N07A 3FV2A 4WKMA 3SKPA 3O6GA 2V3QA 3Q29A 3PMVA 1QJMA 3O29A 2I6EA 2O7UA 2H9BA 3K00A 2OLBA 2X7PA 4GL8A 3H6WA 2Q2AA 2HZLA 4LZ5A 1D3KA 1SYIA 2Y7RA 2YLNA 3VFJA 4NWDA 4ZZEA 3S4UA 5I84A 5L9MA 4LQ2A 4PFWA 3E3KA 5TU0A 3U1OA 4X48A 4QFKA 3FJMA 3FXUA 4OWDA 4AB5A 1FQDA 4G68A 4ZE8A 3UORA 5I58B 1IZ1A 4I1DA 1RKMA 2ONRA 1H44A 3VV5A 3K6VA 4BDRA 2H98A 4EDPA 3OO7A 3PPRA 2UVGA 3C35A 3RGYA 3RTWB 1Y3PA 3GLBA 1FTJA 3SDFA 1NKXA 1R9QA 3VVFA 3ILTB 4YB7A 4OTEA 3U92A 4R73A 1LFHA 2PT2A 3OD7A 4YKPA 4YU0A 1ZBMA 1FTMA 3N6UA 1NNPA 1B7HA 3FZVA 4FE8A 3H4ZA 4OENA 5EYFA 3S9MC 2M8CA 4OVJA 4QFPA 3VVEA 4JWOA 4C1TA 3LC8A 4LQ5A 4HS7A 4LATA 4BDNA 5JK4A 4DLDA 1P1WA 1CE2A 3LSLA 4G8HA 4YICA 4OETA 5JEIA 3HN0A 4WEPA 4BDLA 1TWYA 1MQIA 3PUYE 4FATA 4ZEDA 3MW0A 4RXLA 1RYXA 1M5BA 2UVHA 3L6HA 2ZNTA 4IGTA 3U72A 1Q35A 1MXXA 5I57A 2I48A 5CMMA 4DXBA 2O84X 2D21A 1QKAA 1LGBC 3GXAA 4XKPA 2I3WA 4QFOA 4EF2A 3IB1A 1LFIA 1POY1 3I6VA 3KBRA 2XD2A 1MM7A 4ZEIA 1MY0A 3K1PA 3N26A 4L17A 1F9BA 4Q30B 4ELOA 1SVXB 1UTHB 4WEDA 1OIBA 4X9TA 2OK2A 1SDXA 1AMFA 1TXFA 3FXQA 1SW1A 4IO5A 4KPTA 5DTBA 3RQTA 1B3LA 5L9SA 1IUDA 1USYE 1UTHA 2UVIA 3VXCA 1UTBA 2RC7A 3PMXA 2F97A 3JZJA 4U4XA 1PB7A 4ECFA 3HSTA 4H6DA 5AA4A 1B5HA 4YMAA 1MH4A 4RJZA 4RPOA 1B7UA 4KQPA 4LZ8A 5DVFA 4YMBA 1B3FA 1PBPA 4ZZAA 2VHAA 4GRKA 3G3JA 4F3BA 1A40A 4GIZA 5H8FB 3OSRA 3CG3A 2F78A 2OBGA 2RINA 3K1NA 1FTLA 3QSLA 3ZSFA 2ONKE 3EN3A 1EZ9A 3SEUA 4G8NA 2GRVA 2DE2A 3AXFA 3IOTA 5I56B 1USYH 3PPQA 2P0SA 4ZEFA 5CRYA 4TOZA 3MQ9A 3Q28A 4JXIA 4HCWA 4RY1A 3K1MA 2V93A 5CC2A 2WKYA 1IXHA 3BBRA 3PV0E 1A8FA 2I49A 1UIUA 4I8CA 4GXSB 4TQUQ 1Y1MA 1ZTYA 5ICTA 5ITPA 1VR5A 2F6PA 1OLCA 4ZEKA 3QK6A 1LBCA 1ZKBA 3LSFB 3S9EA 2R9JA 3SEVA 2ZNUA 1MXUA 1SD3A 3G3HA 1H43A 2E0SA 4TLLB 1N76A 1DOTA 4OZ9A 1VFDA 4IO2A 4YB6A 3G7WA 2REJA 1IITA 1Q1KA 3MPKA 3RY3A 1Y20A 5A5XB 4ZECA 3SEYA 4PQJA 1YTVA 1M5CA 3ZKLA 2RCAA 4NTLA 3IB2A 4OERA 4OHNA 1YAEA 2E1SA 5TPAB 2Y7KA 5K2YA 2GFEA 1L5TA 4LONB 2O68A 3U93A 2A5SA 1MQJA 1OQHA 1P1OA 3GBBA 4XXUA 4LVQA 2I0CA 2H4IA 3T66A 1OQGA 1D9YA 1MY2A 4EQ7A 5J1DA 4HTGA 4QSDA 1ZJLA 3A3CA 1XS5A 2DSFA 1AIVA 3OELA 4FORA 2V3TA 4FEBA 4THIA 3G3IA 3IOVA 3K4UA 3B7DA 2Q2CA 5ICQA 1CB6A 2VOZA 3EQ1A 3R6UA 5H8QB 1N7WA 4EF1A 1VFEA 1DMBA 3Q25A 1B3EA 1MPCA 4GL0A 4GQOA 4OEVA 5HBCA 5H8QA 4LZ7A 2XX7A 1VSOA 4GLIA 4EQBA 4FAJA 1B5JA 1NNKA 1US5A 4O3CA 4F39A 3H6TA 4FECA 1DSNA 3P7IA 4GOTA 3VE1B 1P1UA 1SW4A 1XT8A 3IOWA 4G68C 4IY5A 3N94A 1J1NA 1MXWA 1TFAA 2F35A 2RC8A 3M3FA 4KCCA 4QRZA 5DVJA 3CRBA 3HO7A 2IA4A 2I4CA 2UYEA 3O6IA 5AA1A 4U1ZA 5TP9B 3U94A 5H8FA 2YJPA 1LFGA 4C1UA 3TQLA 3N5LA 3UN6A 1LCFA 3K6WA 3TMGA 3IL1B 3IR1A 3JYRA 1RYOA 2NUVA 3K2DA 3S9LC 2HXWA 1NH8A 1ZIUA 1T0KA 3O2AA 1JW1A 3T9HB 4LUBA 5IKBA 5I2NA 3TCHA 3PPOA 3IORA 4I9DA 4QF9A 1JNFA 2QSXA 1FQAA 2AIXA 3BFTA 1R9LA 3LSXA 2OZZA 2DQVA 3MWBA 1B5IA 2UVJA 5I57B 3T9UA 3H3GA 4NMYA 4M1VA 5DEXB 1SQYA 2NOOA 2PX1A 3KG2A 4DIGA 4ELQA 3MPLA 4DCXA 1MY1A 3VLWA 4R2FA 3OMBA 3TZAA 5M2VA 4C0RA 1OVTA 1B4HA 2X7QA 4Q5TA 3MVWA 3PPPA 1DTGA 3GZGA 4U4SA 1AH5A 1GR2A 1MY4A 1WODA 3EHUA 3IO4A 5DYHA 3TDJA 4G8MA 2FA7A 5FHMA 4EQ9A 2OWTA 4ESXA 3CSBA 1UTBB 3CSGA 4E0XA 3K0VA 4R9FA 3SEWA 3WAFA 3KEIA 2AL4A 3PU5A 5CMBA 4KCDA 1A7LA 1N3XA 2F8DA 2HAVA 1O64A 3OENA 1PDAA 2AL5A 1MG1A 1JETA 1B3GA 4NF8B 5HM4B 2H25A 3MVXA 4R74A 3TTLA 1NH7A 1MPBA 3G3FA 4FIMA 3R7XA 3Q26A 2RF1A 5CBSA 2DOJA 3K6UA 3K6XA 1XC1A 2GHBA 4OESA 3DM0A 3KSXA 2DVCA 5AA3A 5H8NA 3TCFA 1DPPA 1SBPA 2HEUA 2ONSA 3CG1A 3R26A 5EHMA 2NXOA 1BTJA 5KDTA 1M5DA 2Q88A 4KYSA 1S9TA 3C9HA 4H65A 5L9OA 1IXCA 1UQWA 3TTKA 1B1HA 4R75A 2Z8DA 1US4A 1XOCA 2H99A 1BIYA 1XHYA 4OFLA 1B7ZA 5I2KB 2A5TB 2ABHA 1SYHA 1B6HA 3KN8A 5FHOA 2DE4A 1LAXA 1JVXA 1SI0A 4PFYA 3RTFB 4RA1A 4DDDA 4Q8RA 5AE4A 1B05A 4NEDA 2GH9A 4NWCA 4OEUA 3RT6B 4ELRA 3F11A 4AB6A 3QIMA 3IOUA 2G29A 1MPDA 5CMCA 5FTHA 1MXYA 5I59A 4H5FA 3RT8A 4MLQA 1ANFA 3JV9A 2V84A 5BWJA 2HZKA 2FNCA 3M3KA 4ZEBA 4GWOA 2Q8JA 3UIFA 4F1UA 1B46A 1AL3A 3PUZE 5AA2B 1BP5A 1BLFA 3EHSA 3G3KA 2O69A 4F19A 2QJEA 4ISUA 2Z23A 1DTZA 2XHDA 3HPIA 3THIA 1MQDA 5A5XA 2F6GA 3PGFA 1S7YA 1MRPA 4R9GA 3V8XB 4NF5B 4RNSA 4N6PA 2G93A 2XX9A 5DVIA 3FGSA 5K2XA 1QKBA 4KYEA 1NNTA 2XXVA 3PD9A 4XKRA 4IO4A 4EXLA 3O66A 3LBSA 4NE4A 5CMKA 1FTOA 4XKNA 5AA2D 4F1YA 3ODBA 5ITOA 1MDP1 1H3DA 1PC3A 1URGA 2V3UA 1MXVA 1OMPA 2ZYOA 3UK4A 3TQWA 1Z7NE 1ZU0A 2XXTA 5LOMA 3D4CA 2HQ0A 3ONMA 2XX8A 4OMBA 5F1QA 3U8QA 4RK2A 1WDNA 1GV8A 4RYAA 3ECRA 4XKQA 2DP8A 3RPWA 2F34A 5EHSA 3TCGA 4P0IA 4GFRA 5L8DA 1JW4A 4YB5A 2DWHA 2DWAA 1P1NA 3TELA 4UACA 1FQCA 1MY3A 2H5YA 4NF8A 3KJTA 1H45A 5ISUA 5TP9A 4OQOA 4U1OA 3FJ7A 2DVZA 3OO6A 2B65A 1QUJA 3M8UA 2QMXA 4PE5B 3V89B 2Q89A 3MZBA 3OEKA 1KWHA 4IB2A 1HSEA 4F3SA 4H5GA 4IY6A 3T96B 2ZMBA 1N84A 2THIA 1PBQA 3DELB 1Y3QA 3E9XA 2Q9TA 5B70A 5I2NB 4U21A 5I56A 1Y4CA 1SW2A 3O9PA 3KOTA 1B1XA 2CZLA 3A09A 1R1NA 3C4MA 3EPEA 4IO6A 1QULA 2Z22A 4KHZE 4NF6A 3QUJA 4YAHX 3HHGA 4YZZA 4DCYA 5I2KA 2QS1A 1N7XA 2I0BA 5DEXA 3FIRA 3FATA 1B4ZA 4NF6B 3VLVA 4E0WA 5FHNA 3KJ7A 3SEXA 4ESWA 4DXUA 4NF4A 1FW0A 1ZMGA 2I58A 4PETA 2Y7PA 3GBAA 2PYYA 1OVBA 3PUXE 4Z0IA 3TTRA 5HPQA 2QMWA 4ELPA 2R6GE 4Q0CA 1O63A 1TT1A 1POTA 3DLNA 1N0TA 3S9NC 3FVNA 3VXBA 4YKIA 1JEUA 3DP4A 1B0HA 2DXYA 3KSJA 5CI5A 3O28A 5H8HA 2D3IA 1I6AA 3TEPA 1B51A 3TKDA 1II5A 1MDQA 1P1QA 1R6ZA 2V25A 3IK6B 5H8HB 3TODA 5IAIA 4G68B 1URDA 3FVKA 4MLVA 5I58A 1SI1A 1H76A 4H1XA 3C34A 4QFNA 3B6TA 3QYTA 4P11A 3H03A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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