3TDJA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and bpam-97 at 1.95 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 2
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 82
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA02
3H6VA 1PBPA 3TTNA 3FXQA 5F7VA 1MM6A 1NNTA 3SEWA 2H4IA 2Y84A 3S9LC 2QS3A 4FAJA 3H3GA 1P1WA 1Y20A 2UVGA 1SI0A 2YPNA 3QSLA 4F1VA 3PU5A 4KYEA 4RPOA 2F5XA 3EHSA 3LBSA 3SERA 3K6WA 1LFIA 1DPPA 4DCYA 4GF8A 1MS7A 3BBRA 2HZLA 2NVUB 2NXOA 4THIA 1LB8A 4G2ZA 4JWXA 1B5HA 2I4BA 5IKBA 4Q30B 1CB6A 5L9MA 2BJJX 2RC8A 3IO6A 5TPAB 1SBPA 2NWJA 2G93A 1XVXA 1B4ZA 3TTKA 3TEPA 4EQBA 2ONRA 4UA8A 1Y4TA 1LLSA 4FE8A 2RC9A 3IB2A 1R1NA 3OEMA 4LZ8A 3G3KA 5DEXB 4IY6A 1R6ZA 5I2KA 1Q35A 3IORA 3FJGA 2F34A 3KOTA 2GHAA 1AIVA 4YMBA 3ONMA 5A5XB 5JK4A 4ECFA 3Q28A 3CSBA 1DTZA 3SEUA 4NF5A 5H8FA 4OQOA 4YB6A 4PETA 2DOJA 3RPWA 4F1YA 2W7YA 3O97A 1B52A 2Q8JA 4OYVA 4ND9A 4G8NA 3G3GA 5KCJB 3HV1A 1O63A 2Q2AA 4ZE8A 1SW2A 1GGGA 4R72A 3CFLA 4G8MA 4POWA 4ZEIA 4O3AA 3IK6B 1B3EA 4IY5A 3MVYA 3A3UA 2FNCA 1JVXA 3MBPA 3KJ7A 4YKPA 2O68A 3TZAA 1M5DA 2O1LA 3RN8A 4HS7A 1QUJA 3TFLA 4OZ9A 5ICTA 4Z0IA 3FUZA 4C0RA 2QS1A 2QMXA 2I48A 1B46A 3RGYA 2Q88A 3UA8A 5DVFA 3VVDA 2O69A 4Q8RA 2IA4A 5I58B 1S50A 1VFDA 4ZEKA 4IO6A 4NE4A 4TOZA 1MXXA 2HFBA 4FORA 3K1NA 1ZBMA 1PB9A 2FA7A 4OMBA 2RKMA 4JB7A 5L9OA 1QJMA 4LQ5A 2DP8A 1PB7A 3UN6A 4R9FA 3SETA 1ATGA 4F2QA 3OMBA 2QSXA 3HHGA 1RKMA 2G29A 4NF8B 1QULA 4OFOA 2R6GE 3CFZA 3R7XA 4QFKA 3FJMA 1MQGA 3VXBA 5TP9A 4XKPA 5JTYA 4YB5A 3F11A 3V89B 1LGBC 3HSTA 5KZTA 4ZEDA 2X26A 1N7XA 3K6VA 3VE1B 2F36A 3KSJA 3G3HA 1MY3A 2CMOA 1Z7ME 4U22A 3QXMA 1IUDA 1DMBA 5TU0A 1PB8A 3H6WA 3MC2A 1BTJA 2ZNUA 4OEVA 3K6UA 1LAHE 3N5LA 3G7WA 4AB6A 4OETA 3LSLA 2B3FA 5I56B 2Y7IA 3VVFA 1QW0A 3CG3A 5L9SA 2DVCA 4YU0A 4P11A 3C33A 3IOUA 3EHUA 3FATA 3TAJA 1N3XA 4PQJA 3A3CA 4UACA 4M4GA 5CMCA 1SW1A 3EHTA 2GHBA 1JQFA 1XHYA 3LR1A 2O51A 4QRZA 4YMAA 4QSCA 1FCKA 1LCTA 1R9LA 5FHMA 4EQ7A 1MDP1 5I2NA 1TWYA 1RYOA 2H5YA 1XT8A 1D9YA 4ELPA 5I59A 4HCWA 1XOCA 1PBQA 4JBZA 2DQVA 3FXUA 3MJNA 1LBCA 1IXHA 4ELQA 4G68C 2X7PA 2AL5A 1IQ7A 2AYSA 3OXNA 3TKDA 2UXAA 1QKBA 1QVSA 4Z7EA 2O1MA 3S9MC 3LUYA 1FTJA 3PGFA 4PE5B 3IJOB 4XXUA 3Q27A 4EXKA 1P1UA 4ELRA 4QFNA 1S7YA 1DOTA 3N26A 1MQDA 3P7IA 3KJTA 1MY2A 3KBRA 4BLAA 1B9JA 4NMYA 3M8UA 5HPQA 2Z8DA 3TCHA 3TCFA 1FQEA 2VGQA 4G77A 1SVXB 1B0LA 3DP6A 1ZKBA 1NNPA 3T9UA 5JEIA 4FEBA 5DVIA 1B3LA 1US5A 1JW5A 3T66A 4LA9A 3T9XB 4U4SA 1TFAA 2H25A 4G68B 2A5SA 2Q89A 1PC3A 2ZYKA 1I69A 3DM0A 4KCCA 4F3SA 3RUMA 1BKAA 2ZMBA 3K01A 3RT6B 5L8DA 2A5TB 2HXWA 1WVJA 1LB9A 4XTCQ 3B6WA 2XD3A 1NNKA 3FIRA 4QFOA 1SW5A 3OOAA 3VXCA 3MZBA 1P99A 4MLVA 4LP2B 4H65A 2Y7RA 1HSLA 2O7UA 4RA1A 5HM4B 5B70A 2UVIA 1URGA 2REJA 1PEBA 3EN3A 3U92A 4ESWA 1AMFA 2XXPA 3PPOA 1B0HA 1SYIA 4LZ7A 3TYHA 1AOVA 3S9EA 2UVHA 3ZKLA 1Q1KA 1UTHB 4ZECA 3RTFB 3V5AA 4NF6B 3IOVA 1MPCA 3KZGA 4F22A 2M8CA 1Z7NE 1L5TA 3GBAA 4OXVA 4BDNA 3H6TA 5CC2A 1D4NA 4OERA 2XX9A 3C32A 3HN0A 1B51A 3G3IA 2E0SA 3K02A 5ICQA 1LAGE 5H8QA 1YCJA 4HW8A 3VLVA 5DTBA 4NF4A 2RINA 3FZVA 1ZIUA 1EH3A 5I57A 3IX1A 4H67A 4R75A 2QS4A 2HAUA 2VHAA 4ZE9A 1ZMGA 3RLFE 1POTA 3KG2A 3OO8A 4TLLB 2I4CA 2F7BA 3MPKA 1MY4A 3UGWA 1FTOA 1URSA 5I2KB 3PV0E 3IOWA 3OO9A 1US4A 1M5BA 3TTRA 4I9DA 2V93A 3O6IA 4DXCA 1R9QA 4G4PA 1FTKA 5H8FB 3ECRA 5CBRA 3ZKKA 2OLBA 3IOTA 3SEYA 4KYDA 2ZXTA 1MY0A 2PMSA 3PD9A 2ONSA 3EPEA 2VP1A 3TCGA 2XXUA 4KHZE 5AA3A 5ITPA 1DSNA 1MG1A 2I58A 2LAOA 5TPAA 3S2VA 4ISUA 3JYRA 3V83A 3W15C 1MDQA 2Q2CA 1Y9UA 5LOMA 3C36A 4KPTA 3CG1A 4GXSB 4NWCA 3FJ7A 4GXAA 3ILUB 3PPRA 1LFGA 5DEXA 3DP8A 2WKYA 3PUYE 1JNFA 2DE2A 4Q0CA 4FECA 3MAMA 5A5XA 4R6HA 4GWOA 4U23A 2PT1A 4R6KA 3QK6A 2P1SA 3M3FA 2DXYA 4F39A 4R9GA 2NUVA 4BDMA 4EDPA 3BFTA 1QKAA 2F78A 4KR5A 2XX7A 5AA1A 4YKJA 3K4UA 4H0WA 2DSFA 1TFDA 3Q29A 4RXLA 3RQTA 2DS9A 5KCJA 1MQHA 3S4UA 3MVWA 3E3KA 4F31B 2ZNTA 1LAXA 4RY1A 1I6BA 3FVKA 3T96B 3PPNA 4I8CA 3MPLA 3TQLA 3MZ9A 4KFQA 1GR2A 3GBBA 2F97A 3OD7A 2V3UA 2HQ0A 5TP9B 2Z22A 3FVNA 1A40A 3O9PA 2XX8A 5HBCA 4R73A 1I6AA 2PYYA 4PFUA 3LSWA 3RTWB 4IO2A 2UYEA 4F3GA 2XXQA 4KQPA 2ESNA 2I6EA 3K0VA 4C1TA 2Y7WA 3OEKA 3WAEA 3U8QA 1OLAA 5KDTA 5I58A 1TXFA 2GRVA 2I3WA 4ZS9A 1B6HA 3MVZA 5H8NA 3C4MA 3HHFA 3FV1A 4NF8A 3PPQA 2XXRA 3AXFA 1N7WA 2I3VA 3TTMA 1ELJA 4JWYA 3PD8A 4EQ9A 4MH5A 1NNFA 3GZGA 4F29A 2QPQA 3WAFA 4JDFA 1DTGA 4R2BA 1YAEA 4U21A 5I2NB 1XS5A 4FEDA 3R26A 3ZS6A 1M5CA 3TQWA 2DWAA 3B6QA 4GLIA 1H76A 4DE8A 3MQ9A 3VV5A 5I59B 1Y3QA 4OESA 3H6UA 3N6UA 5I84A 5FHNA 1VFEA 2XD2A 3UIFA 2HZKA 4IB2A 1MQIA 1DPEA 4BDLA 2DE4A 2O84X 1IIWA 3CFXA 5I56A 4KI0E 4LZ5A 1A99A 3H03A 5K2XA 1LFHA 1JVYA 1FTLA 3T22A 3CVGA 5M2VA 2X7QA 1UTBB 2GH9A 3L6GA 3Q26A 3SEXA 1EZPA 3IAZA 3PMVA 4IO3A 1M5FA 4OFJA 5DVJA 2KLFA 4M1VA 2I0CA 3W9VA 3G3FA 3KOSA 3U1OA 1H43A 3SKPA 1EU8A 5CBSA 3K1MA 1WODA 5AA4B 5CM6A 1BP5A 1B5IA 3K00A 3OELA 3RNNA 4WEDA 4U4XA 5FHOA 1J1NA 1FQCA 4FIMA 1WDNA 4OENA 3D4CA 2PBWA 1B4HA 4EXLA 2OK2A 3CSGA 1B7UA 1FQBA 4I1DA 4ZZAA 3DLNA 5CMBA 2D21A 1XC1A 2AIXA 3MVXA 2I49A 4GL8A 2DVZA 5ISUA 2OJTA 4XKNA 4QSDA 3IO4A 5EHMA 2OWSA 2H99A 4EUOA 4YZZA 3BFUA 5FTHA 5ELVA 2VD3A 2AL4A 3FV2A 2UYFA 3TDJA 1I6QA 2ZYMA 4KD5A 2V25A 2XXIA 4OHNA 1H45A 4JWOA 4TLMB 1OLCA 5K2YA 4F2OA 3HO7A 2ALUA 1FQFA 5AA2B 3W9WA 1OVBA 4NEDA 1FW0A 1HSEA 3IL1B 4G68A 5H8HB 2XXWA 3OO6A 1NMUA 1NH8A 3QAXA 3N6TA 4YB7A 1SI1A 3RY3A 3GLBA 1B7ZA 4HCYA 1JW1A 2A5TA 4XIGQ 4TQUQ 2DWHA 3PUZE 3MWBA 4MF3A 4R2FA 3T93B 2ABHA 4EF1A 1HSJA 4ONYA 4RJZA 1A8EA 5H8QB 1P1OA 5J1DA 4X1DA 3FD3A 3OSQA 3KFMA 3HPIA 5FTIA 4F19A 4NF4B 3I6VA 1LCFA 4E0XA 4X1BA 4DIGA 1B05A 4C1UA 1JETA 1B3FA 2ZYOA 4E0WA 4MFIA 3SESA 4POXA 4R74A 1OMPA 1M5EA 1B2HA 1N76A 1UTHA 4XKQA 3UORA 4QF9A 2P0SA 5CMMA 4NF6A 4QFLA 2RCAA 1IEJA 1MXWA 4BDOA 4H5GA 2XXTA 2H98A 3MP6A 3RT8A 3E9XA 1A8FA 1MQJA 2QRYA 1A54A 4N6PA 2UVJA 5EHSA 4DXBA 1B5JA 2THIA 5H8SA 4U2RA 4IGTA 5AE4A 1BIYA 3M3KA 1NH7A 1D3KA 4ZEBA 3D4GA 3LSXA 3IJXB 3R6UA 3TMGA 4NF5B 4WXJA 1II5A 3B7DA 1MRPA 2XXVA 3OO7A 3KEIA 1UQWA 3GXAA 1IZ1A 3FXRA 2F8DA 4GRKA 1MPBA 4ZDMA 4AB5A 3MUQA 5F1QA 2P2AA 5IAIA 1S9TA 4HTGA 4RYAA 1IITA 3E13X 4RNSA 2XHDA 4QFPA 1B7HA 3IB0A 2Y7KA 2DWIA 1D9VA 2QMWA 3I5OA 3C9HA 2DE3A 1Y4CA 5ITOA 1AL3A 4LATA 3DELB 4LVQA 2QL3A 1UIVA 1FQDA 1IXGA 1OQHA 1QUIA 3OSRA 3LC8A 2ZNSA 1MH4A 1VE4A 4IGRA 1YTVA 2R71A 4ZZEA 4Q5TA 4RK9A 3FVOA 3T9HB 3I3VA 3ILTB 3KSXA 3THIA 3L6HA 1VSOA 1LBBA 4QHQA 3B6TA 4F18A 4L17A 4GQOA 1H3DA 2F6PA 4NTLA 4YKKA 4PP0A 4PFYA 4DLDA 4GOTA 2OBGA 3H4ZA 5CI5A 1P1QA 4GVOA 3KGCA 3QIMA 1ZTYA 2CZLA 3CR9A 3BKIB 1B40A 2H9BA 2DWJA 1SQYA 1N3WA 4U1OA 2Z23A 2QS2A 4LONB 1MH3A 2PX1A 3SEVA 3KN7A 1GVCA 3OENA 4O3CA 5JTYB 5KDTB 3PMWA 2IEEA 4PFWA 3V8XB 3CRBA 4U1ZA 3TTLA 1ANFA 4R6YA 3O28A 4EF2A 4GIZA 1Y1ZA 1CE2A 3CIJA 4FATA 2YLNA 5H8NB 3FGSA 2RCBA 1B1HA 1N84A 3VLUA 3QYTA 1NL5A 3O66A 1H44A 2V3QA 3IR1A 3QUFA 4IO7A 1IXIA 3FASA 1B1XA 3USDA 4IO5A 1LSTA 1O64A 3SDFA 2O7IA 1QUKA 2I0BA 1USYH 3G3JA 1N0TA 2OWTA 2PVUA 4YKIA 1P1NA 2XXXA 2F6GA 4XKRA 4G8HA 1USYE 1ZU0A 2PT2A 3TODA 1EZOA 3KN8A 1OIBA 3EQ1A 2Y7PA 2OCUA 4JXIA 2VOZA 1GV8A 4F3BA 3MW0A 4ZEFA 2V3TA 3UK4A 1Y3PA 4ESXA 5AA2D 3ZSFA 4PFTA 2NOOA 3K2DA 4JSOA 1AH5A 1XVYA 3K6XA 4N13A 1A55A 3VVEA 3CI8A 1F9BA 4MLQA 4N07A 1B3GA 3ODBA 1KWHA 5BUUA 4H6DA 4GD5A 3U72A 1NFTA 2Z8EA 2HEUA 5BWJA 2HAVA 2B3BA 4F3PA 5DYHA 1URDA 4RK2A 1ZJLA 4NWDA 4QSEA 1MXVA 4DZ1A 4O3BA 4DDDA 1SD3A 3HCQA 1LAFE 3C34A 1FTMA 1ZLQA 2B65A 4DCXA 3C31A 3MP8A 1Y3NA 3UP9A 1SYHA 1OVTA 2Z8FA 4OVJA 1O7TA 2XXYA 3Q25A 3IB1A 3U94A 1RYXA 4YICA 2FYIA 4IO4A 3TUSA 4LUBA 3KN3A 1MXZA 1PDAA 3QUJA 3H7MA 3U93A 1UTBA 3N94A 1POY1 4KCDA 4MBPA 1B3HA 2XXHA 1B58A 4AQ4A 2HCAA 3C35A 5CMKA 2OZZA 4P0IA 4FJPA 2VD2A 1IXCA 2O6AA 4JSDA 3TELA 2F7CA 3T9VA 3PUVE 4KYSA 2V84A 5AA4A 2F7AA 1BLFA 1SDXA 3EF7A 2YJPA 2E1SA 4K3FA 3TPAA 4H1XA 4ELOA 2GFEA 3DP4A 2DXRA 4WKMA 4X48A 1MXYA 4P0GA 2RC7A 3A09A 5DT6A 3VDFA 3S9NC 4GFRA 4OTEA 1JEUA 4I62A 5EYFA 1SW4A 2ONKE 4F1UA 2REGA 1NKXA 4DXUA 4RPNA 3H06B 3LSFB 1Y1MA 3PPPA 4BDRA 3O29A 4YAHX 1OQGA 3O6HA 2Q9TA 4OWDA 1JW4A 2R9JA 1B32A 4H8IA 4WEPA 2RF1A 1GTKA 3O6GA 2D3IA 3VLWA 3VFJA 3PUXE 1MY1A 3MZ1A 5CRYA 3E4RA 1TT1A 3O2AA 2D5WA 2QJEA 1A7LA 3PUWE 3PMXA 4BDQA 4X9TA 5AA2A 4H8JA 2DYXA 3MP1A 1MXUA 1FQAA 2ZYNA 4OEUA 3JZJA 1MPDA 5H8HA 1MM7A 1T0KA 5B7DA 3JV9A 2ANJA 3M3LA 4GL0A 1YPNA 4OFLA 3K1PA 1JEVA 1N04A 2F35A 5I57B 4H5FA 4LQ2A 3FVGA 1UIUA 1VR5A 1EZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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