3TDJA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and bpam-97 at 1.95 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor 2
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tdjA02
4C0RA 1QKBA 4EUOA 4NF4A 1MY3A 1USYE 3OSQA 1YAEA 4IGRA 4JXIA 2AL5A 5K2YA 1LSTA 1MG1A 3HO7A 2ONSA 3VVDA 2B3FA 4KCCA 2O1LA 1US4A 3FATA 3SETA 2P1SA 2AYSA 3RY3A 4QFLA 4LZ5A 2QMXA 4ELRA 4ZECA 4ZZEA 2FNCA 4NEDA 3USDA 4RYAA 3IO4A 1SW2A 1FQAA 4WEPA 1MRPA 1PBQA 3W15C 3IORA 3HHFA 4QFPA 1SW5A 4F29A 3PPRA 3GZGA 3V5AA 2PYYA 3TQWA 4YKIA 4OFOA 4N07A 1PEBA 3IJXB 1ZU0A 1GTKA 3N26A 4OFLA 2F6GA 4LUBA 2F78A 1US5A 3UGWA 1D3KA 3RPWA 4EQ9A 4KQPA 2XXQA 1DOTA 1B5HA 3MW0A 2DOJA 2FYIA 3KG2A 2QS1A 4L17A 4BDLA 4ZEKA 2OZZA 3E9XA 2RC7A 2E1SA 1WVJA 4R2BA 1ZKBA 4N6PA 2DWJA 1ZJLA 3K6VA 4IGTA 4ZZAA 3MVZA 1MY4A 1B52A 1QUJA 4LATA 3SEWA 3AXFA 3MPLA 1R6ZA 2XXPA 1N0TA 4ZEIA 4U23A 2NUVA 2QMWA 1FW0A 3MQ9A 2XXTA 4YB6A 1XVYA 3TELA 2VD3A 3MAMA 1J1NA 1I6BA 1IQ7A 2DVZA 2VOZA 3K2DA 4ZS9A 3PPPA 2QRYA 4HCWA 2IEEA 3HPIA 3TTKA 2QS3A 1S7YA 3P7IA 1A8EA 3IX1A 3PMXA 2P2AA 1HSLA 3OEMA 2O7UA 4IO7A 5I57B 2I3WA 1Y4CA 5EHMA 4IO6A 1EZ9A 5AA2A 3V8XB 3PUZE 5CRYA 3EHSA 2DXYA 1MXVA 2Y7WA 3HN0A 1QKAA 4Z0IA 4DCYA 1B4ZA 1JEVA 1H44A 3LR1A 4I8CA 3FXQA 4QF9A 3IB1A 1IXHA 1OMPA 4NWDA 3B6TA 3TTLA 3S2VA 4E0XA 4EQ7A 3O66A 3V89B 1XC1A 4OMBA 2CZLA 3VDFA 1OVBA 1Y3QA 4GOTA 1B3LA 2OBGA 4LQ2A 3KOTA 1UTBB 2I0BA 1MY0A 1NNTA 2DXRA 1B6HA 2B65A 1ELJA 4NMYA 4RK9A 1SVXB 4XKRA 4R75A 1JW4A 1JNFA 1I6QA 2ZXTA 1A40A 4XKNA 4H8IA 3WAEA 5DVFA 2H5YA 3KJ7A 1H76A 1OQGA 3PPNA 4P0GA 5EHSA 5AA4B 3M3KA 2AIXA 1LFIA 4GD5A 2I6EA 1LAFE 3N6TA 4PP0A 3ECRA 1A55A 3OOAA 1LCTA 3MPKA 1NKXA 4KHZE 1NNKA 5F1QA 5HPQA 4XKPA 3K1MA 4YZZA 1N7XA 2I49A 5I57A 3N94A 4MBPA 1IXCA 4QFOA 1BTJA 2I58A 3C33A 4OTEA 2ONRA 1P1UA 3VXCA 2Y7KA 2PMSA 3MP6A 5KCJB 1A54A 2HCAA 1EZPA 3T22A 3LSXA 4OQOA 4WKMA 4ELQA 3G3HA 2NVUB 2O51A 4O3AA 5CMKA 1LLSA 4OVJA 1B1HA 5CMBA 4GVOA 1B2HA 4F1YA 5H8FB 1P1NA 3QUJA 2NOOA 1P1WA 1XS5A 3FXUA 1VFEA 1WODA 4YU0A 1M5DA 1QUIA 4R2FA 3K6WA 4HTGA 1OQHA 1SI0A 2H25A 1HSJA 4ZEDA 3PUYE 4EXKA 1MXWA 1UTBA 2F7AA 4C1UA 3PUVE 5ITPA 1XT8A 1B3FA 3T66A 1MPBA 1FQBA 2NWJA 3PD9A 3W9WA 4LONB 1N7WA 3N6UA 3QXMA 5I58B 1DSNA 2HZLA 1GV8A 1BKAA 4PFUA 1M5EA 2XX8A 2ZYNA 4PE5B 1LBBA 3K6XA 1URGA 3TCFA 2O6AA 3A3UA 3U94A 4ESXA 4THIA 5AA4A 4GLIA 2R6GE 1M5FA 3T9XB 1MPCA 3RGYA 4DIGA 4OFJA 1D9VA 2XXUA 1NNFA 3FJ7A 1Y20A 3O2AA 4EXLA 4PQJA 5CBRA 4HW8A 3MC2A 4JB7A 4TQUQ 1GVCA 4F3PA 4POXA 3OENA 2ONKE 2XD3A 5KCJA 3QUFA 3VE1B 3KJTA 4RJZA 1D4NA 5A5XA 5CBSA 3CRBA 1POY1 5HBCA 4K3FA 5KZTA 3TEPA 1Y3PA 4U1ZA 1POTA 4G77A 4U21A 5H8FA 5JTYB 4OWDA 1TFAA 4TLMB 4PFWA 1LCFA 1QJMA 1JEUA 4FJPA 4ONYA 1ANFA 1NMUA 1R1NA 4C1TA 4X1DA 4OYVA 3MVYA 3LUYA 2ZNUA 4DXUA 4H5FA 2UYEA 2ABHA 3N5LA 3CSBA 4LA9A 4KD5A 4GQOA 3FJMA 2Z8DA 1H43A 2OCUA 1FTJA 2P0SA 3E3KA 2XXYA 3MBPA 4UA8A 4ZEBA 2OWTA 3IO6A 3UN6A 2UVGA 1B1XA 1MM7A 3IL1B 2DVCA 3MVWA 3UK4A 4AB5A 3R7XA 3MZ9A 5I59B 2Z22A 4OHNA 3H6UA 3TTRA 3H6WA 3H7MA 5BUUA 3VLVA 1MH4A 1B51A 1N84A 3SEYA 4ZDMA 4KYDA 3A09A 4R6HA 5DTBA 4XIGQ 1P99A 2UYFA 1Z7NE 2F34A 3G3FA 3PUXE 2ZYOA 4YMBA 1VR5A 2XXXA 4HS7A 2E0SA 3VVEA 5TPAB 2ZYMA 3QK6A 3K6UA 5FHOA 1FTOA 4F1VA 4YKKA 4H65A 4ND9A 3JZJA 1AH5A 4ELOA 3FVGA 3ZKLA 2H99A 4DDDA 3U93A 3HSTA 1RYOA 2YLNA 5JTYA 4F2QA 3L6GA 4JSOA 3MWBA 3RLFE 3TUSA 3CVGA 1O7TA 2YJPA 3CG3A 4GFRA 4FORA 4G8MA 5L9MA 5I84A 1EH3A 4QSDA 1PDAA 4RNSA 1CE2A 3L6HA 3SDFA 2GHBA 2QS4A 1KWHA 2GFEA 3GXAA 4Q8RA 2V3UA 3DP6A 3FZVA 2I4CA 1UTHB 3RUMA 1FQCA 4MLQA 2F35A 4NF5B 1R9QA 2Z8FA 4H6DA 1JQFA 2ZNSA 1P1OA 4R6YA 4R9GA 1A8FA 4H1XA 2QJEA 4EF2A 3B6QA 4FIMA 5I2KB 4Q5TA 4NF6B 3R6UA 3BFUA 3EF7A 4F39A 3TTMA 1S50A 4X1BA 1FTLA 1OLCA 4DLDA 1MY2A 1UIVA 1GR2A 3U1OA 3VFJA 3RT6B 1RKMA 1NH7A 1MS7A 1VSOA 3VVFA 3Q29A 4M1VA 3VV5A 4ZEFA 1VE4A 4R72A 4IY6A 1B5JA 4QSCA 2G29A 1QULA 5DVJA 1EU8A 4O3CA 3K1PA 3OEKA 5TPAA 3Q26A 3T93B 3LSFB 2O69A 4XXUA 3QYTA 2ZNTA 1DPPA 4YKJA 3G3IA 4DXCA 2OK2A 2F6PA 1USYH 1IEJA 1R9LA 3M3LA 2UVJA 3DP8A 3K1NA 5H8QB 1CB6A 5H8SA 3GLBA 3RTFB 1QUKA 2XD2A 4JDFA 3FUZA 4ISUA 2HAVA 3S9MC 2RKMA 4MF3A 3OO6A 4FEDA 1D9YA 3RQTA 3FASA 1MY1A 3TDJA 3KSXA 1UTHA 2XHDA 3G3GA 4NF5A 4RPOA 2D3IA 3KSJA 4U22A 1UQWA 3HHGA 1MDQA 1PB9A 2HAUA 3I3VA 5I2KA 3PUWE 2XXWA 4GIZA 2VP1A 4NF6A 1NH8A 5L9OA 3TFLA 2I0CA 1I6AA 4EF1A 1H3DA 3FIRA 3CSGA 4ELPA 3O6GA 1ATGA 3IAZA 3TQLA 1MXZA 2RINA 3TZAA 4RA1A 4IO2A 3ZS6A 3JV9A 2ANJA 3IJOB 4FECA 2Y7IA 2F8DA 3H4ZA 2YPNA 2UVIA 2Q8JA 3H3GA 1MXYA 1PB7A 2XX9A 4KYSA 3K01A 3UORA 3G3JA 5L9SA 1TWYA 3CI8A 3SEVA 5CC2A 3MVXA 1OIBA 1SI1A 1LAHE 2G93A 2F5XA 3KN3A 2KLFA 4G2ZA 4U4SA 1IIWA 5M2VA 4WEDA 2HZKA 4OETA 4GF8A 3WAFA 2R71A 3C31A 2X26A 1B3HA 2ZMBA 4LVQA 2A5SA 1M5BA 5H8QA 3IR1A 4BDQA 3EHTA 1S9TA 4TLLB 2R9JA 3HV1A 3E13X 3EHUA 4XKQA 2CMOA 1B7HA 4N13A 2XXIA 4XTCQ 2HQ0A 2W7YA 4JWOA 4X9TA 1FTMA 4DXBA 3ZSFA 3S9NC 4NE4A 1B5IA 1N04A 2QPQA 3RTWB 4UACA 3S9LC 2V25A 3D4CA 3OELA 2VGQA 2XX7A 3S9EA 1QW0A 3DP4A 1VFDA 3T96B 1URDA 4JBZA 2DWIA 3HCQA 4PFTA 1B3EA 3FV2A 3KBRA 1NFTA 2QS2A 4F3SA 2V3TA 3SESA 3K0VA 2H98A 4F18A 4YMAA 2O7IA 4KPTA 4G68B 5CMMA 3SERA 1MH3A 4IY5A 3TCGA 4Z7EA 1Y1MA 3MUQA 2DWAA 3B7DA 4U1OA 2X7QA 3K00A 3MP8A 3RNNA 3K02A 3O28A 4LQ5A 4F22A 4G68C 5K2XA 1NL5A 1MQHA 4KR5A 3C32A 1N3WA 4DE8A 3TCHA 2I4BA 4F2OA 3JYRA 4GXAA 2DP8A 1LAXA 4RPNA 2PT1A 2OWSA 2H9BA 3FVNA 2B3BA 2F7BA 4POWA 1RYXA 1IUDA 5J1DA 4BDMA 4RY1A 4QHQA 3H6VA 3IOUA 5ICQA 4MFIA 3DLNA 1MDP1 1SD3A 3MZBA 3MP1A 3V83A 5I58A 4KYEA 2F97A 1IITA 4PFYA 1TT1A 2DQVA 4ZE9A 4BLAA 3VLWA 3QIMA 1SBPA 1L5TA 1P1QA 2D5WA 4X48A 3H03A 2HEUA 5I56B 4QFNA 3U92A 2H4IA 1IXIA 1LGBC 1PC3A 1Q1KA 3OMBA 1BLFA 4KCDA 4G68A 1MXXA 5AA2D 3CR9A 3TTNA 5TP9B 4R9FA 4JWXA 3IK6B 3O97A 1OVTA 2Q2CA 2QSXA 3MJNA 5AE4A 1LB8A 3CFLA 3E4RA 2DE2A 5FTHA 1BIYA 3D4GA 4I62A 1N76A 2Q88A 4HCYA 5AA2B 2V3QA 3CIJA 4OXVA 2I48A 4MH5A 3I5OA 2Y7PA 2O68A 2Y7RA 3IB0A 3MZ1A 4G4PA 3A3CA 5F7VA 2XXVA 5ICTA 1JVXA 1IXGA 1B32A 3I6VA 3QSLA 1B3GA 1Z7ME 3UIFA 2PX1A 4KFQA 1BP5A 3PPOA 3IOVA 3FV1A 3H6TA 4F3BA 4YICA 5IKBA 2REJA 5TU0A 1AMFA 1N3XA 2LAOA 2V93A 3IOWA 4F31B 4DCXA 4NWCA 1FTKA 5H8NB 3KGCA 3OSRA 1FCKA 2QL3A 3W9VA 3KFMA 1MQGA 2RC9A 4O3BA 3PU5A 4NF8B 4R6KA 1II5A 1SDXA 2Q2AA 3C9HA 5FHMA 3TAJA 5I59A 4R73A 3TYHA 4H0WA 3KN8A 2RCBA 5I56A 1PB8A 2UVHA 4LP2B 4ZE8A 5IAIA 1YPNA 3UA8A 5DEXB 3GBBA 1JW5A 1B7ZA 5H8HB 3CFXA 1ZIUA 5BWJA 3PGFA 3OO8A 4P0IA 3O6HA 5TP9A 4G8HA 4Q0CA 5I2NB 4OERA 4OZ9A 3M3FA 1MQIA 1B58A 5KDTB 2HFBA 2OLBA 5AA1A 3TKDA 5AA3A 3PMWA 5JK4A 3Q27A 3U72A 2Z8EA 5DVIA 4R74A 2F36A 4AQ4A 1LFHA 1FQFA 4WXJA 1LB9A 2DWHA 4EQBA 3T9UA 3SEXA 1MXUA 3PD8A 4IO3A 1B0HA 1B4HA 3DELB 1SQYA 4GRKA 4LZ7A 3H06B 1O64A 2VD2A 4OEUA 2DS9A 3FJGA 1DPEA 3BKIB 3FVKA 1DTZA 1XOCA 3RN8A 1Y1ZA 2UXAA 1FQEA 1M5CA 4IB2A 1FQDA 1B40A 1MM6A 4F3GA 2IA4A 5H8NA 3GBAA 3IOTA 1NNPA 3LBSA 4U2RA 3LSWA 4RXLA 4BDRA 2XXHA 5B70A 4F1UA 4MLVA 4H5GA 2VHAA 1A7LA 2O1MA 4NF8A 3OD7A 4E0WA 2ZYKA 5JEIA 4F19A 3B6WA 3KEIA 3CG1A 5DEXA 1YCJA 2Z23A 1DTGA 3PPQA 3EQ1A 5H8HA 3F11A 3C35A 1ZBMA 4FEBA 1SW4A 4GWOA 3PMVA 1B0LA 2NXOA 3EN3A 5I2NA 2XXRA 3UP9A 5KDTA 2RCAA 1WDNA 5FTIA 3Q25A 2HXWA 2ESNA 1EZOA 4QFKA 4OEVA 4P11A 4YB5A 4ECFA 2Q9TA 3DM0A 3TMGA 4H67A 1B7UA 4BDOA 3LSLA 4U4XA 1LAGE 4FAJA 1URSA 1H45A 3C4MA 2GRVA 1Q35A 5A5XB 5FHNA 5LOMA 4YAHX 1TFDA 4IO4A 2FA7A 3ILUB 3IB2A 5ELVA 4Q30B 1JW1A 3OXNA 3G7WA 3T9HB 3OO7A 5EYFA 2V84A 4YB7A 3VXBA 2WKYA 2O84X 4GL0A 3Q28A 3TODA 2I3VA 3QAXA 2X7PA 5CI5A 1JVYA 2M8CA 1DMBA 2A5TB 3KOSA 3LC8A 2DE3A 4GL8A 1UIUA 5DYHA 1PBPA 1T0KA 3C34A 1Y3NA 3TPAA 4TOZA 1XVXA 4G8NA 2GHAA 1ZMGA 2AL4A 4FATA 3BBRA 2DE4A 3OO9A 1ZTYA 3R26A 1LFGA 4NF4B 1XHYA 1Y4TA 1MQJA 3THIA 3SKPA 3M8UA 3ONMA 2BJJX 3O6IA 1AOVA 4H8JA 3RT8A 2RF1A 1SYIA 5ISUA 2ALUA 4JSDA 1MQDA 3O9PA 4KI0E 5L8DA 3O29A 1MPDA 4AB6A 4JWYA 3KZGA 2PVUA 3K4UA 3FXRA 1SYHA 2PT2A 5DT6A 4QRZA 1AIVA 1LBCA 1SW1A 2DSFA 4I9DA 1TXFA 3EPEA 1QVSA 1B9JA 1Y9UA 1GGGA 1YTVA 4OENA 4PETA 5CMCA 3U8QA 1O63A 2F7CA 5HM4B 3VLUA 3ILTB 4LZ8A 4ESWA 5ITOA 3BFTA 2Y84A 4NTLA 2GH9A 1JETA 4M4GA 3SEUA 2PBWA 2REGA 1AL3A 3S4UA 1I69A 3FGSA 5CM6A 2OJTA 3FVOA 4GXSB 4OESA 1F9BA 1B05A 3FD3A 3T9VA 5B7DA 1OLAA 4RK2A 3KN7A 3PV0E 3ZKKA 4FE8A 3ODBA 4QSEA 3CFZA 1A99A 4BDNA 2A5TA 4EDPA 3G3KA 4YKPA 1HSEA 2D21A 1B46A 4DZ1A 1ZLQA 2RC8A 4I1DA 3C36A 4IO5A 2DYXA 1IZ1A 2THIA 2Q89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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