4P3LA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
DSWRGWNIHPPSYPNGKALESFAKEVAEKTEGRVEPKVYHNAVLGDQPDAIEQTRSGALDFANFNMGPMGPIVPAANVLSLPFIFKSPDDMYRIMDGEIGERFADALAEKNLIVLSWFGSGARSLYNTDHPVETPDDVEGLKVRVMNNDLYVQMIDEMGGNATPMAYGEVYQSLKTGVIDGAENNYPSYESSGHYEVANYYSLTEHLILPECLCVAKASWEELSEKDRQAIREAAEDAAKEQRALWEEGVQASKQKILDAGVKINEVDDKSAFQAKMQPIYDQFVQEHPELESLVTDIQDAQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
source organism Chromohalobacter salexigens
molecule tags Solute-binding protein
total genus 111
structure length 303
sequence length 303
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4p3lA00
4NQ8A 4P3LA 4NG7A 2VPOA 4PDDA 3GYYA 4N8GA 5IM2A 4LN5A 5I5PA 4XF5A 2ZZWA 4NN3A 4XEQA 3FXBA 4PAKA 4NAPA 4OVQA 4OANA 2WYPA 4MEVA 4OVSA 4N91A 2PFYA 4XFEA 4PDHA 4PETA 4N4UA 2XWKA 4PC9A 4P9KA 4MMPA 4DI3D 4MNPA 4MAGA 2XWOA 4N8YA 4UABA 4PAFA 2HZKA 4YICA 5IGAA 4PFIA 4PE3A 2HPGA 5CM6A 2XWIA 2PFZA 4OA4A 4MX6A 2XA5A 4OVTA 4P1LA 4NF0A 4PFBA 4X04A 4PF8A 4NGUA 4O7MA 4MNIA 4N6KA 4O8MA 2CEYA 5IZZA 4PGNA 2CEXA 4MNCA 4P1EA 4N15A 3B50A 4N6DA 4OVRA 4NHBA 4MHFA 4YZZA 4PGPA 2VPNA 4P8BA 4P47A 4PAIA 2XXKA 4P56A 2ZZVA 2ZZXA 2XWVA 4PF6A 4MCOA 2V4CA 4PCDA 4NX1A 4O94A 4MIJA 4PBHA 4PBQA 4PFRA 2HZLA 4DI4B 4N17A 5I7IA 4OVPA 5LTCA 3U65A 2WX9A 4X8RA 2WYKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LUZA 4NEDA 4P11A 3K6XA 1JEVA 5HBCA 3N5LA 2VHAA 1KA1A 4RK9A 2X26A 2V84A 1Y4CA 4DXUA 3PUYE 4QRZA 1MY4A 1RDXA 2Z23A 3FXRA 1P1QA 4F22A 5L9SA 2WKYA 1FQCA 1M5CA 4MNPA 4MAGA 3MVXA 2QVRA 4O3AA 3I5OA 5FTHA 3TKDA 2XXWA 2PYYA 1QGXA 4DIGA 2V3UA 4NF5A 4P1LA 1MQJA 3PUXE 1K9YA 4JWYA 2F3BA 5I58A 3SEUA 3RUMA 4N6DA 3MVZA 1SBPA 2XXYA 4DDDA 4X1BA 3TTMA 4IO4A 1XT8A 2HXRA 4LQ5A 2FA7A 4NF8B 1SW1A 3MAMA 1LCTA 1BIYA 1B52A 4N13A 3G3IA 1S7YA 2B3FA 3TFLA 4YB7A 3TCFA 4DXCA 5AE4A 1EZOA 2XXIA 1VDWA 2I3VA 4LUBA 3LSWA 4OQOA 5CRYA 3MZ1A 3U65A 1ANFA 3EPEA 4I3EA 3ZS6A 4TLMB 1JW4A 1RDZA 1DSNA 4ONYA 3DP4A 1IXIA 2B65A 2P3NA 5TPAB 4GFRA 5A5XB 2Q9TA 1Y1ZA 4ZE8A 3TEPA 3RN8A 1BK4A 4OVQA 2RKMA 3K02A 2QMXA 1MXXA 4MEVA 1MY0A 2KLFA 2WEFA 1FQBA 3SETA 4FIMA 1CE2A 4GWOA 3G3FA 1TFAA 4KHZE 2QJEA 3MYUA 2I48A 3B6QA 1FPIA 2MKZA 4G2ZA 3IB0A 1IXGA 1Q35A 2Z8EA 2G93A 5CM6A 4OTEA 1BLFA 4RPOA 3EHUA 2VT5A 3ILUB 3FJMA 2F3DA 2O7UA 4MH5A 1OIBA 3KJTA 3TPAA 3C32A 4OWDA 4P0IA 4OVRA 2HXWA 1RYOA 3OO7A 4EXLA 4OXVA 5EQ9A 2XXXA 4P56A 1MXWA 3CG3A 2I6EA 1UQWA 3OO8A 1GGGA 3N6UA 3Q27A 1HSJA 4I40A 3D4CA 3O6GA 3HHFA 2ZNUA 2ONRA 2ABHA 2F6GA 1G0HA 2P3VA 1TT1A 4OESA 2ONKE 4LATA 3VVFA 5CMCA 2Z22A 4RA1A 3H6TA 4KYEA 1BKAA 3IFCA 3CSBA 2Y7IA 1FTOA 2OZZA 4F3GA 3OSRA 2ANJA 4DCXA 1FQEA 2PBWA 2Q89A 3ROJA 5EYGA 2D3IA 1AIVA 4MMPA 3ZKLA 1FTAA 3MPKA 3HHGA 4UABA 4OFOA 4RNSA 1G0IA 3T0JA 1A99A 2HPGA 2ZYMA 3FV1A 3K1MA 4NF0A 1IEJA 4O7MA 3TTLA 3MJNA 2KQZA 1OQGA 5IZZA 3VVDA 2ONSA 2DWHA 4F3BA 4N81A 3FVOA 1LBVA 3ILTB 4GL0A 2FBPA 2VPNA 3IOVA 5I57B 2UVIA 2F5XA 3B8BA 1P1WA 1O63A 1USYH 4FE8A 1MRPA 1UIVA 3IO6A 3EHTA 4THIA 5KZTA 2V4CA 3RPWA 1DBZA 1HSLA 3PUZE 1H76A 2HEUA 1B3HA 1NV5A 1UTHA 4NMYA 2H98A 3T93B 3NOHA 3DP8A 3O6HA 3RTWB 5I7IA 3FXUA 2XXUA 3G7WA 5ICQA 2OWSA 4G68B 3MZ9A 1MH3A 2YPNA 1S9TA 1NNFA 3B6TA 2FVZA 3OXNA 2FIEA 5M2VA 2QVVA 4IO3A 2DXRA 3H4ZA 4L17A 5AA1A 3TTKA 2YJPA 2DE2A 5I59A 5JTYB 2DVZA 4U22A 3FJGA 3PGFA 1R1NA 1CB6A 3PPRA 1OMPA 4I9DA 4LA9A 3IB2A 2XWOA 2G29A 1ZMGA 5J1DA 5ITPA 5DVFA 4OA4A 1IITA 2F34A 2DWJA 2XX9A 3W9VA 1B32A 1SD3A 1USYE 1A54A 2Q8JA 3FD3A 2XD2A 3RPLA 4IY6A 2Z8DA 3U72A 2F97A 2H25A 3B50A 5AA4A 3T1BA 1FRPA 3U92A 3TTRA 2I4CA 2O6AA 2GFEA 4MHFA 4DXBA 3FASA 3OEKA 2XHDA 1PEBA 5I2NB 1Y4TA 5LOMA 4H5FA 3M3KA 4MCOA 5FTIA 3K6UA 3FXQA 4GQOA 4G68C 3CI8A 2R9JA 4HXVA 1A7LA 3TCGA 2QVUA 1RKMA 4BDOA 5F7VA 4RY1A 3PUVE 1DMBA 1K9ZA 1NI9A 2PCRA 1NV2A 4Q5TA 4NG7A 2PT1A 2P1SA 3KG2A 2WBDA 5H8FA 3IK6B 1GTKA 3LBSA 3SERA 4YMBA 2NUVA 3VDFA 5ICTA 3TAJA 4F29A 1WODA 3CFXA 1LBCA 1FBFA 4KR5A 3WAEA 2QSXA 4G61A 2PVUA 2XX7A 2I58A 2I0CA 4PC9A 2XWKA 5IZ1A 1Y3PA 2XXHA 5ET7A 1B4HA 4GXSB 1A40A 4KI0E 5ET5A 4Q8RA 4JWXA 3B6WA 4QF9A 4DCYA 4PFTA 3E3KA 3IOWA 1VE4A 2GQ1A 2PFZA 3K00A 4DE8A 4X04A 5IZ3A 1FQDA 4Z7EA 2FHYA 4EQ9A 1MQIA 1JW5A 4HE2A 4O8MA 5DT6A 5HPQA 3UN6A 3KOTA 1VFEA 3K1PA 3PU5A 4M1VA 2PMSA 4IO5A 1VR5A 1N7WA 3VLUA 1B3EA 4KFQA 1B4ZA 2CZHA 1II5A 2XWVA 4YB6A 1LFHA 4OZ9A 3W15C 1OVBA 4EDPA 1I6BA 4AS5A 1ZBMA 3C31A 4O3BA 2VOZA 5I56A 3A09A 3TMGA 3C33A 4O3CA 4PBQA 4PFRA 1IUDA 2ESNA 4ECFA 3GLBA 4RK2A 3QUFA 4OVPA 3H6WA 4LP2B 4HCWA 1UTHB 2D21A 4IO6A 3PMXA 2HFBA 4NF4B 1B58A 3KOSA 3HPIA 4N8GA 2O69A 3IFAA 4FJPA 4R9GA 3EN3A 1IMFA 4NF6B 1Z7ME 2B3BA 3E78A 4PAKA 1GVCA 1UTBA 2RCAA 2HHMA 4NTLA 4OVSA 4LZ7A 3MWBA 3MVYA 1OVTA 4ZEFA 4PDHA 1Y20A 3MSTA 4YKKA 1FQAA 5ITOA 1LFGA 1M5BA 3FVKA 4ELOA 2UYEA 1QKBA 1JP4A 4KYDA 1ATGA 4GLIA 4NWCA 4YICA 3H3GA 5CC2A 3QAXA 1XVYA 4U23A 4NE4A 3LSFB 5H8HA 1Z7NE 2XWIA 3MC2A 1EYKA 3E13X 5KCJB 3V5AA 1A55A 1A8FA 3O6IA 1QULA 3MUQA 1NV4A 4F2QA 5FBPA 1LBXA 4R6YA 2OK2A 3SEYA 2GHBA 1QJMA 4PGPA 3C9HA 3RPLB 4P8BA 2X7PA 3QK6A 1MM6A 2B4MA 4BDNA 4UACA 1KWHA 3FVNA 5I3SA 3T96B 1LBYA 4XKPA 2RCBA 4GWWA 3MQ9A 4AB5A 3RGYA 5K2XA 4OERA 2WX9A 2DSFA 5H8QA 3UK4A 1LAFE 2RINA 2O1LA 1O7TA 4BLAA 1R9LA 3HO7A 2YLNA 3S9EA 4AS4A 4RJZA 3FVGA 4BDMA 2JJKA 4OANA 2WYPA 5H8NA 1GR2A 1LBZA 4GBVA 4U21A 2F7BA 3RTFB 4EQBA 5K2YA 4ELPA 2FNCA 1P1UA 4KPTA 3K01A 4N8YA 5CBSA 4FEDA 4OMBA 1FJ6A 2RC7A 2H4IA 2P0SA 2H5YA 1N0TA 1B1HA 4JVDA 5EHMA 3VXCA 3K1NA 4WKMA 1B3FA 3DELB 1DPPA 2UVJA 2REJA 3BBRA 2F78A 3CVGA 1NV0A 4PF8A 3FV2A 4KYSA 3CSGA 3KEIA 4TLLB 3GZGA 1D4NA 2WBBA 4UA8A 1IQ7A 3SZPA 2A5TB 3JYRA 3S9MC 3OSQA 5TP9A 1LGBC 1TWYA 4YZZA 3G3GA 1QW0A 3IJOB 5ESYA 4LONB 1KZ8A 3K6VA 2XXVA 1FCKA 1XOCA 3M3LA 2GHAA 1D9YA 3H06B 2I3WA 2OX3A 4U4SA 2QS3A 2F6PA 3OO6A 2GH9A 3S9NC 4ZDMA 3IR1A 1NNKA 4F2OA 4X1DA 3N6TA 1EH3A 5DEXB 2OJTA 5F1QA 1DTGA 1NFTA 2PX1A 5I56B 1B3GA 3LSXA 3Q28A 3T22A 3CG1A 1FPKA 4H1XA 5I5PA 3TODA 3PTYA 2M8CA 2ZZWA 3BKIB 5H8SA 2W7YA 2XX8A 4NN3A 1SYHA 1QKAA 2I4BA 3S2VA 1DK4A 4BDRA 1LAGE 3H03A 4HE1A 3RY3A 1N84A 4MJOA 4R2BA 1ELJA 1AWBA 2DS9A 1PC3A 4HCYA 1ZKBA 5CMMA 1AH5A 1FPJA 2HZKA 4EXKA 4EQ7A 1ZJLA 5A5LA 3O66A 3MW0A 3SKPA 1FBPA 2A5SA 1B0LA 4FAJA 1IMEA 1XC1A 4OVTA 3TQWA 4GWYA 2O51A 4YKIA 2FIXA 4PE5B 1SI0A 4Q30B 2OWTA 4PQJA 4N15A 4ZZEA 4IO2A 4GWZA 1RYXA 2OLBA 4EF1A 4TQUQ 1KA0A 3KJ7A 1JEUA 3T9HB 4R2FA 4OHNA 1URDA 3FUZA 3A29A 4FORA 4NX1A 1MXUA 1L5TA 2IEEA 5EYFA 4NF5B 4R6KA 1XVXA 3SDFA 1SPIA 1PB9A 4H8IA 1SW5A 1IXHA 5LTCA 4P0GA 5I58B 2ALUA 2ZXTA 1IXCA 1NUXA 1XHYA 3PD9A 2PT2A 3MBPA 1NUYA 5L9MA 1Q9DA 4LN5A 4KD5A 1N3XA 1LCFA 4R75A 5I2KA 3Q25A 4YB5A 1B05A 3M3FA 4AQ4A 1B2HA 3FATA 1MY3A 2XD3A 2VD3A 3U8QA 1NUZA 5H8NB 4PFWA 4PAFA 3R7XA 1O64A 4BDQA 3G3HA 3IB1A 5FHOA 4GBWA 1P1OA 1B5IA 1FPEA 4F19A 1MPCA 3TDJA 4YU0A 3QYTA 1I69A 1P99A 1JW1A 2CEXA 2REGA 3K0VA 1SDXA 1B46A 2HQ0A 2I49A 4QHQA 4RPNA 5IAIA 4ZEBA 3CFLA 2I0BA 4OEVA 1I6AA 2H9BA 4PAIA 4R72A 2V3QA 1R6ZA 1FTMA 3RT8A 1M5FA 1TXFA 4GL8A 2D5WA 3VE1B 2LAOA 3UIFA 3PMVA 1B5JA 1NNTA 4ZEIA 4GX3A 2F7AA 3K2DA 2ZNTA 4U2RA 3KGCA 4WXJA 3VLVA 1URSA 3THIA 4ELRA 3TTNA 4JXIA 5CBRA 5KDTA 2VPOA 5ISUA 3E4RA 1JNFA 1PBQA 1N7XA 1MY2A 3A3CA 2KR0A 1M5EA 4R73A 3T66A 2F35A 1EYJA 3SEWA 4XEQA 4OFLA 5AA2D 1P1NA 1OQHA 1MXVA 3U1OA 3BFUA 4OENA 1FTJA 1LBWA 5CMKA 5J16A 3PPNA 4DI3D 4NF8A 3WAFA 1QVSA 4GD5A 3IO4A 1B0HA 1PBPA 3QIMA 2O84X 1H3DA 3B7DA 1CNQA 5IGAA 4MLVA 1D9VA 4PE3A 2OCUA 1B51A 3PPPA 4X9TA 4MX6A 3KN3A 4F3SA 2XXRA 4H45A 1A8EA 5EYHA 3L6GA 4JB7A 3EF7A 1N04A 4NWDA 1MG1A 2B4LA 5DVIA 4GWUA 3RT6B 3E9XA 5TPAA 5A5XA 1AL3A 5EQ7A 4C1TA 3DP6A 1NV6A 3O28A 2Q2AA 2HAVA 1IMDA 2O7IA 1IZ1A 3AXFA 3EHSA 5F24A 1NNPA 1FPLA 2HAUA 3CIJA 5I84A 1D3KA 4DLDA 4QFOA 5DYHA 1EZ9A 4X8RA 3IL1B 4IY5A 1Q1KA 1FPDA 1MPBA 3D1RA 3PPQA 3KBZA 3SESA 1MPDA 3ONMA 2O1MA 1YPNA 1LFIA 3FXBA 4NAPA 1N3WA 4I8CA 2R71A 1ZTYA 5JEIA 4GVOA 4N91A 2XXPA 4GX6A 4PETA 1POTA 3SEXA 1OLAA 5I2KB 3RYDA 1NL5A 3MPLA 4F39A 4G4PA 1NUWA 3TCHA 3G3JA 4IGRA 1IMCA 4HW8A 2Y7PA 3H6UA 2NXOA 4K3FA 1FPFA 4KXPA 3BIHA 3C34A 2NOOA 4H0WA 1NV1A 3RQTA 2XXTA 2CMOA 2VP1A 1IMBA 4N07A 4ZZAA 5ET8A 3D4GA 3IAZA 4ELQA 1DPEA 3CRBA 2AIXA 5L8DA 1MDP1 1ZU0A 5I59B 1US4A 4H65A 3P7IA 3S4UA 4HTGA 4PF6A 3GBBA 3EQ1A 4GIZA 2AL4A 1ZIUA 3JZJA 1JVXA 1FJ9A 3QUJA 4PBHA 3I6VA 3PUWE 4YKPA 3ZSFA 2RC9A 3I3VA 5FHNA 1PDAA 4OETA 1LEVA 1B6HA 2UXAA 1PB7A 4KCCA 2THIA 3IOTA 4GWSA 1MY1A 3VVEA 1DOTA 5AA4B 4GXAA 4PDDA 4X48A 4MFIA 5IM2A 1SYIA 4H5GA 3W9WA 4JVCA 5IKBA 3O97A 4AB6A 5AA2A 5KDTB 1WVJA 2QMWA 4LZ5A 3TQLA 2ZYNA 4JVIA 4BDLA 4N4UA 4F18A 4QFKA 4ISUA 5I57A 3LC8A 2DP8A 2AL5A 2QRYA 2Y84A 2R6GE 4XKRA 3ZKKA 2R8TA 4JWOA 4FEBA 3MP8A 3ECRA 5H8FB 1H43A 1BTJA 1MXZA 1LBBA 3N26A 3L6HA 2CZIA 3IORA 4F31B 3OD7A 2IA4A 4MF3A 4C0RA 3T9UA 3O29A 3T9XB 1B9JA 1JQFA 4KCDA 3U94A 4G68A 4QBAA 3MP1A 2Q74A 3U93A 5HM4B 2V93A 4ZEKA 4ESWA 4PFUA 1IMAA 3F11A 3T9VA 2Q8MA 4QSDA 3CR9A 4RXLA 3IX1A 1MM7A 5JTYA 1SW2A 1H45A 2AYSA 1ZLQA 2HZLA 2ZYOA 5IZ3B 1IIWA 1EYIA 3OO9A 3UA8A 1YCJA 1FTKA 2UVHA 2P2AA 4GOTA 3TYHA 4XXUA 4GX4A 4JBZA 4G77A 4P3LA 3GBAA 3KN8A 1FQFA 2DE4A 2V25A 3VXBA 4IO7A 3S9LC 4H67A 3SEVA 2DQVA 3BFTA 1SQYA 1B7UA 1WDNA 2QPQA 1B5HA 2VGQA 3K4UA 3N94A 1FBCA 3MVWA 4Z0IA 3KSJA 5I2NA 4POXA 4F1YA 2Y7WA 3HN0A 4R6HA 3M8UA 3HCQA 3G3KA 1US5A 3KC0A 5EHSA 2BJJX 4EF2A 1POY1 4N6KA 4YMAA 2FYIA 1B1XA 3OMBA 1UTBB 1RDYA 1YYZA 1MH4A 2UVGA 4M4GA 4NHBA 5B7DA 2Y5LA 4JDFA 4YKJA 1MQHA 3UP9A 4G8MA 4WEPA 4P47A 4JSOA 4R9FA 1F9BA 3IOUA 2QS4A 1LAHE 2Q88A 2H99A 3HFUA 3MP6A 4N6PA 1MS7A 5H8HB 4YAHX 2UYFA 4IGTA 1LLSA 5TU0A 4XTCQ 3HSTA 3A3UA 4H46A 5EQAA 3FGSA 5B70A 3RNNA 3QMFA 1TFDA 3FJ7A 4IB2A 5FHMA 1D9QA 2F36A 2V3TA 2Y7KA 1LB9A 3ODBA 4QFNA 1Y3QA 3KSXA 2RC8A 2XXQA 1FBEA 2VD2A 4XF5A 4O7IA 1VSOA 2PFYA 4F1VA 3IJXB 2DWIA 3GXAA 5AA2B 3OENA 1UIUA 5AA3A 2DVCA 1YXIA 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