2DSFA

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA02
1ELJA 4ZEDA 4LZ7A 2V3QA 1GR2A 1JVYA 2DOJA 3LC8A 4KPTA 2OCUA 3HN0A 5DEXB 3M3LA 1LAGE 2QS1A 3CFZA 5IAIA 1B3HA 4IO6A 3S9NC 1WVJA 2X7QA 2XD2A 1YAEA 2GH9A 3IO6A 3OEMA 4OENA 3UK4A 1D3KA 3CRBA 2H99A 3K6VA 3OO7A 1EZPA 2F36A 4F1YA 2Z23A 4H8JA 1D9VA 1S7YA 2ONKE 4NWDA 4FAJA 2XX8A 3IR1A 1ZIUA 3R6UA 3SEUA 3SETA 2IA4A 1NH7A 3MVXA 4U1ZA 2XXWA 1F9BA 1B1XA 1NH8A 3LSLA 4JXIA 1HSJA 3A3CA 4LATA 2IEEA 4X48A 4RK9A 3S9EA 1Y9UA 3KOTA 1Y1ZA 1MY2A 1Y4CA 1DTGA 1A40A 3MVWA 4H67A 3RTWB 1URGA 1XHYA 4OYVA 3U92A 4R75A 1LAHE 2ONSA 1Y3PA 2R71A 3FZVA 4G68B 5AA3A 4DDDA 1XS5A 3BFTA 4P0IA 1N7WA 1UTBA 1NFTA 3JV9A 3C34A 2OK2A 2UYFA 4POWA 4RNSA 3HV1A 4X1DA 1UTBB 2Q8JA 1JETA 3K4UA 3C35A 3KSXA 1UIUA 2RCBA 2UVGA 1RKMA 1SI1A 3BFUA 3N26A 3C36A 4JSOA 4P0GA 4TOZA 4YKPA 5DTBA 1LAXA 3B7DA 4KYSA 3V8XB 1MQGA 1PBPA 4G4PA 1EU8A 1OLCA 4G8HA 4IO7A 3ZS6A 5AA4B 4K3FA 4YB5A 4OESA 1MY4A 3VLVA 5I58B 1YTVA 4ISUA 4TQUQ 3M8UA 3PGFA 3FXUA 4OEUA 1B7HA 3FASA 2I3VA 3UORA 1FQEA 1MDQA 3KFMA 1MXUA 2I4BA 5DT6A 4XKQA 2DS9A 3DLNA 5A5XB 1IXHA 4QF9A 3K01A 1XOCA 2DYXA 4RPNA 3KBRA 3ZSFA 4FE8A 4GWOA 4F29A 1NNKA 2ABHA 1DPPA 1MM6A 1B3FA 2PBWA 3IOVA 4QFOA 4ESXA 5BWJA 4PE5B 5CBRA 2AIXA 1H43A 4JWXA 4RK2A 5CMBA 1P1WA 3FVNA 4F18A 5DEXA 4OWDA 4EXKA 1JEUA 5CC2A 1P1OA 1B46A 1DSNA 1MG1A 2I49A 3OEKA 5FHNA 2P1SA 1B9JA 2OWSA 5L9SA 4XIGQ 4NF5B 4BDQA 3VDFA 3K02A 2VGQA 3CFLA 1FTKA 3AXFA 3Q27A 4JB7A 3RLFE 1XVXA 3TMGA 3TQLA 3W9WA 3KG2A 5B7DA 5I58A 3H6TA 3P7IA 4FECA 1B40A 1Y1MA 2H4IA 3DELB 3PV0E 5H8FB 4OQOA 3MC2A 1QKAA 2X7PA 4U1OA 3E4RA 3E13X 1D4NA 2Z8EA 2Y7WA 5KDTB 3SESA 2G93A 4OMBA 4DLDA 4ELOA 2F7CA 1LB8A 5EHSA 2O68A 3LSFB 2DWJA 1USYH 4C1TA 1FQDA 4UACA 3KJTA 4ECFA 3IJXB 1FQCA 4M4GA 3D4CA 2QPQA 3TTLA 1XC1A 3OSQA 3M3KA 3FXQA 4KCCA 4Q0CA 3W15C 3WAFA 4AB6A 2P2AA 1LFIA 1IXCA 3K1MA 5CMMA 1MM7A 4FEBA 2F8DA 3QUJA 4H1XA 3MVYA 2UVJA 4KYEA 4U2RA 3TCGA 4R2FA 3B6QA 1MPDA 3VFJA 1ZLQA 1B5JA 1FCKA 4WEPA 1VFEA 3HO7A 4OEVA 1AL3A 3R26A 3RQTA 1IXIA 2ZYMA 3CG3A 4Q5TA 5H8NA 3PUWE 1IXGA 3EF7A 1A8EA 3U72A 1MY3A 3FUZA 3S9LC 3H6UA 3T22A 1Z7ME 4DZ1A 1DPEA 1LBCA 3MZBA 3MVZA 3FATA 1JW1A 2XXQA 5TP9A 3TELA 1I6AA 1MRPA 2XXTA 3MJNA 1Q35A 4IO2A 1SW4A 2M8CA 3CI8A 1TXFA 2Z8FA 4QFNA 1P1NA 3KOSA 4YICA 5L9MA 3FJGA 3S4UA 4BLAA 1B1HA 4MLVA 4BDRA 1BP5A 1II5A 1MXWA 3SKPA 1R9QA 1B0HA 3FGSA 3IO4A 4HS7A 3R7XA 3RTFB 4AB5A 3CSGA 4MH5A 1LLSA 2VP1A 1GV8A 2A5TB 1BKAA 3PPOA 2QSXA 1NNTA 2BJJX 2P0SA 3S2VA 4XKNA 1H44A 5JTYB 1Y20A 4U4XA 4U22A 1QW0A 3CSBA 4YB7A 3WAEA 1FQAA 2ZNTA 3FVOA 1Q1KA 4EXLA 2QJEA 1FQBA 4NWCA 5F1QA 1J1NA 2REGA 1WDNA 4YU0A 3EHTA 5FTHA 4EF1A 4G8NA 2DWAA 3K6WA 5H8NB 5I56A 3QK6A 5H8QB 1MY1A 2QS4A 2FA7A 1B3EA 1QUKA 4NF8A 3Q25A 2NVUB 3KN7A 4GRKA 4OTEA 5I2NA 5ICTA 1SVXB 3BBRA 4I8CA 4RA1A 3TDJA 3TEPA 4FIMA 1SYIA 2O6AA 4N13A 5M2VA 1BIYA 4BDMA 2OBGA 5I57B 4TLMB 3W9VA 2XXUA 3K1PA 3TODA 4KQPA 1XVYA 3EN3A 2F7BA 2XX7A 3G3JA 1P1QA 4QRZA 1EZOA 1LCTA 4NF6A 2UVHA 3T9UA 2A5TA 2DXRA 2V25A 5B70A 2HEUA 4FATA 3E3KA 3Q28A 4ZEIA 1ZMGA 2A5SA 1KWHA 2AL5A 3H3GA 4R6YA 4R6KA 3G3HA 4ELPA 5L8DA 3N5LA 1BLFA 1B4ZA 1MPCA 2DVZA 3PMXA 1LB9A 4U21A 5CMCA 2DXYA 5KCJB 3K6XA 4C0RA 3SEYA 3VXBA 3CR9A 4FORA 3RY3A 4GL0A 2PVUA 3QXMA 1NNFA 4QSEA 2B3FA 1IQ7A 4LZ5A 4I1DA 3TKDA 3LR1A 2DWIA 1IEJA 4GXAA 3PMVA 4R9GA 5IKBA 1IITA 4H65A 1N04A 3LSXA 3OO6A 4P11A 3MP8A 3U1OA 3VVEA 5ELVA 5I59A 1LGBC 4F1VA 3OXNA 5TU0A 1R9LA 3MZ1A 3T9HB 3IB0A 4Q30B 2VD3A 4R6HA 4UA8A 2I58A 3C31A 3KZGA 1JQFA 5FTIA 2F97A 5HBCA 3ZKLA 1SQYA 3TUSA 4HTGA 5AE4A 1B51A 1HSEA 3ILTB 3K00A 3RT6B 3N6TA 1H76A 3IL1B 1A54A 1LBBA 2I3WA 2UVIA 1OMPA 3CG1A 1N76A 4IO5A 4QSCA 5F7VA 3TZAA 3QYTA 1B5HA 3N6UA 4RJZA 3IOUA 2VD2A 1M5FA 4OERA 1PB9A 3PUZE 3PPRA 4NTLA 3MP6A 2F7AA 1M5EA 4KI0E 5ITOA 3TCFA 2O7UA 1SI0A 1SW5A 3RPWA 1VR5A 4LVQA 2DQVA 3OOAA 3UGWA 5DYHA 3VLWA 2PT1A 3EHUA 3L6GA 4ZDMA 3PUYE 4EQ9A 5H8HB 3USDA 2V84A 3LSWA 4I62A 2ONRA 2RINA 5AA1A 4BDOA 3GZGA 3KGCA 4MLQA 2D21A 3I3VA 3CVGA 3KSJA 3O97A 3PPNA 3DP6A 3SEXA 3O9PA 3PMWA 3G7WA 4XKPA 2Y84A 1USYE 1MQHA 3VLUA 2F5XA 4WXJA 1I6QA 1VE4A 4YKJA 5EYFA 4G68C 4ND9A 2F78A 5H8FA 2XXHA 3OO9A 4DXBA 1Y4TA 1S9TA 1SD3A 4IB2A 1LCFA 1MH4A 3O28A 5LOMA 4IGTA 2ZYOA 1LFHA 1Y3QA 2PT2A 4G8MA 4BDNA 1CB6A 3DP4A 3H6VA 2ANJA 3RGYA 2HAVA 2XD3A 3KN8A 3F11A 4EF2A 1MXYA 1YCJA 2GFEA 4JBZA 1ZTYA 5A5XA 3CIJA 2XXYA 4F22A 1SYHA 1O63A 2H9BA 2ZNSA 3FXRA 3HSTA 4GVOA 4PFTA 2RKMA 3PD8A 4Z0IA 1MS7A 3VVFA 4EDPA 4F3BA 1N0TA 5TPAA 2HXWA 4AQ4A 3O2AA 3SDFA 2O69A 3HHFA 2D5WA 1SW2A 1B05A 3ILUB 3OMBA 4F31B 3D4GA 4HW8A 5HM4B 2NOOA 2DE4A 4QFPA 4HCWA 5DVFA 5AA2A 4DCYA 4LP2B 2Q9TA 4RYAA 4PFUA 1O64A 3JYRA 1NKXA 4ESWA 1R1NA 3MPKA 4IO4A 3RNNA 3DM0A 2YLNA 3FJ7A 1YPNA 3OSRA 4GIZA 3VV5A 1LFGA 2I4CA 2E0SA 1NNPA 1ZKBA 2H5YA 4DE8A 1MXZA 3B6TA 1DTZA 3O29A 5DVIA 4WKMA 4O3BA 4Z7EA 4XKRA 3T9XB 3TFLA 5K2XA 5KDTA 3HCQA 5H8HA 5CI5A 2YPNA 4HCYA 2HQ0A 4ZEFA 1AOVA 3SEWA 1JW5A 2VOZA 2B65A 5FHMA 5H8SA 1GTKA 1R6ZA 1IZ1A 2F6PA 2I0CA 4WEDA 5J1DA 5TPAB 3OELA 4OHNA 3T93B 1H3DA 5FHOA 3TYHA 4R74A 4NF5A 3C32A 4KD5A 4EQBA 1UIVA 1B7UA 1JEVA 1Y3NA 2B3BA 2XXRA 4BDLA 2REJA 1JW4A 5JEIA 4YMBA 3FD3A 2QL3A 4C1UA 1AIVA 2PYYA 4NMYA 3GXAA 4H0WA 1L5TA 5L9OA 1MXVA 2HZLA 3Q29A 4YAHX 3T96B 4EUOA 1MXXA 2RC9A 1CE2A 1A99A 4N07A 2Q2CA 4O3CA 1ZBMA 4ELQA 5I2KA 1ZJLA 3MPLA 4KCDA 1MQDA 3O66A 3DP8A 4LZ8A 1A55A 1M5CA 2DE3A 2F6GA 2OZZA 4H5FA 4OFOA 3OO8A 3TTMA 3O6GA 2QMWA 4EQ7A 3IOWA 1MQIA 1PB8A 1N84A 1DOTA 2I48A 3IJOB 1B52A 3M3FA 2DWHA 4O3AA 4R2BA 4L17A 4F39A 4JDFA 3ODBA 4ZZAA 2CZLA 3H6WA 3FVGA 3UA8A 1B58A 1OVTA 1TT1A 4JWOA 1EZ9A 1N3XA 4PFWA 4Q8RA 2RF1A 2NXOA 3IAZA 1WODA 1Z7NE 5ICQA 3QAXA 4LQ2A 3K2DA 3T9VA 1ANFA 4IO3A 3UIFA 4OVJA 2CMOA 2OJTA 2OWTA 2ZNUA 3MW0A 5I84A 3GBAA 1OQGA 3IB2A 2UXAA 1QKBA 3KJ7A 4OZ9A 1OIBA 3ONMA 1MPBA 1QJMA 2ZXTA 1N3WA 3PPQA 2LAOA 3N94A 2QRYA 2VHAA 3L6HA 1OLAA 4POXA 1PEBA 1SBPA 2F35A 5K2YA 5AA2B 4XTCQ 4F2QA 4YZZA 2G29A 2Y7IA 4YKIA 4NF4A 2H25A 3H06B 1D9YA 2O7IA 3U8QA 4ZEBA 5EHMA 3ZKKA 4E0WA 1B7ZA 4ONYA 4ZECA 4KR5A 2FNCA 3MZ9A 4MBPA 4LONB 2O1MA 4LQ5A 1LSTA 4ZS9A 3LUYA 4ZEKA 2R9JA 2Y7KA 2O1LA 4LUBA 2O84X 4R72A 2H98A 1PB7A 4G2ZA 1B3LA 4U23A 4E0XA 1FTLA 3T66A 4H8IA 4GXSB 1N7XA 1FTMA 2RC8A 2W7YA 2GHBA 2V93A 1US5A 4RPOA 2QS3A 1UQWA 4F3GA 1OVBA 1TFDA 3TTKA 1UTHB 5CBSA 1I69A 2XXIA 2RC7A 4JSDA 3QSLA 4PFYA 4FEDA 1M5BA 1POY1 2E1SA 3A09A 1QULA 2DE2A 5BUUA 3SERA 4QHQA 4ZE9A 1PDAA 5ISUA 4R9FA 4GQOA 5AA2D 1QUIA 5TP9B 4QFKA 3IK6B 4OFLA 1OQHA 2HAUA 3IOTA 4YKKA 1BTJA 4KFQA 3TTRA 3GBBA 4H6DA 3V89B 1GVCA 1JVXA 5I57A 2R6GE 3G3KA 4IY5A 3OENA 1M5DA 3UP9A 2X26A 2HCAA 2Z8DA 3QUFA 3HHGA 1SW1A 2Q89A 2GRVA 2XXXA 2OLBA 1B32A 4NF8B 1A7LA 4RY1A 2F34A 3IX1A 3FV2A 2ALUA 4G77A 4NF6B 3B6WA 4GLIA 1A8FA 4NF4B 4NEDA 3TTNA 4GFRA 3FJMA 1ZU0A 1TWYA 5I56B 4JWYA 4M1VA 2I0BA 3KN3A 4PQJA 3EQ1A 3Q26A 1NL5A 1FW0A 3EHSA 5ITPA 3O6IA 1MDP1 4R73A 2QS2A 3VE1B 4RXLA 4YMAA 3S9MC 3V83A 4MF3A 3TCHA 3ECRA 5JTYA 3C9HA 1T0KA 2FYIA 2XX9A 4KYDA 3JZJA 3H7MA 3MP1A 4H5GA 3VVDA 2Z22A 3TQWA 4OETA 2DP8A 3V5AA 5HPQA 1B2HA 1IUDA 3G3IA 3MAMA 5H8QA 1P1UA 4GF8A 4N6PA 3U93A 4F3PA 2ZYKA 1MQJA 2XHDA 3EPEA 3RUMA 4F3SA 2Y7PA 1UTHA 3PUXE 3UN6A 4ZE8A 4F2OA 2XXVA 2KLFA 4I9DA 4LA9A 4PP0A 4OFJA 4GD5A 4FJPA 5KZTA 3C4MA 4F1UA 1VSOA 3GLBA 1FTOA 3MUQA 1FTJA 3BKIB 2Q2AA 3SEVA 4DCXA 1B5IA 1NMUA 1URSA 2THIA 3VXCA 3IB1A 4OXVA 3FIRA 3A3UA 2D3IA 1S50A 2V3TA 3H03A 3QIMA 5KCJA 4X9TA 4IY6A 2YJPA 3PUVE 5I2KB 1ATGA 1PBQA 4THIA 3TAJA 2RCAA 1GGGA 1TFAA 3G3FA 3I6VA 2PX1A 4QFLA 4PETA 5DVJA 5CM6A 4DXCA 1RYXA 2HFBA 1URDA 2O51A 3OD7A 5CMKA 1O7TA 5I59B 3MWBA 2V3UA 4TLLB 1DMBA 2PMSA 3LBSA 1POTA 3I5OA 1HSLA 2Y7RA 3KEIA 3MBPA 3U94A 1I6BA 2NUVA 2DVCA 3THIA 1B3GA 3RT8A 3FVKA 2HZKA 4F19A 4IGRA 1US4A 4YB6A 5I2NB 3H4ZA 3K0VA 1AH5A 2UYEA 3HPIA 2QMXA 3O6HA 3RN8A 4GL8A 3K6UA 1IIWA 2ESNA 4DXUA 1PC3A 2DSFA 4MFIA 5AA4A 1AMFA 1B0LA 1H45A 2Q88A 3MQ9A 3PD9A 3TPAA 2XXPA 3IORA 2I6EA 2ZMBA 3C33A 3CFXA 4ELRA 4XXUA 1FQFA 1B4HA 1VFDA 2ZYNA 1EH3A 2AYSA 1RYOA 3PPPA 4GOTA 4U4SA 1LAFE 4X1BA 1JNFA 2NWJA 1SDXA 3FV1A 1MY0A 1XT8A 2GHAA 1B6HA 1P99A 1QUJA 2WKYA 5CRYA 5JK4A 3G3GA 4G68A 2AL4A 4NE4A 3PU5A 1MH3A 1QVSA 3E9XA 4DIGA 4ZZEA 3K1NA 4KHZE 4QSDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V3QA 1GR2A 2OCUA 3CFZA 1IMAA 1B3HA 3S9NC 2XD2A 3IO6A 3OEMA 1D3KA 2F36A 4F1YA 4H8JA 2L5VA 2ONKE 4FAJA 2XX8A 3R6UA 3SEUA 4U1ZA 5ESYA 3LSLA 4X48A 4XF5A 1MY2A 4H67A 1A40A 1URGA 4OYVA 4R75A 1NV4A 3FZVA 3C34A 2OK2A 2UYFA 3C35A 2UVGA 3C36A 1LAXA 4G4PA 4G8HA 3ZS6A 4YB5A 1DBZA 4I3YA 4TQUQ 3M8UA 3FXUA 2I3VA 1FQEA 1MDQA 2PFZA 2DS9A 3DLNA 2WBDA 1KA1A 3ZSFA 4FE8A 4F29A 3IOVA 4QFOA 4F18A 1H43A 3QMFA 5CMBA 2GQ1A 3FVNA 2QVUA 4XIGQ 3GYYA 3TMGA 3TQLA 3W9WA 3KG2A 1Y1MA 5H8FB 4OVSA 2Q74A 2X7PA 5KDTB 4OMBA 4ELOA 2F7CA 1LB8A 2O68A 3LSFB 4OVQA 1FQDA 3IJXB 1FQCA 3TTLA 1XC1A 3OSQA 4Q0CA 3W15C 1LFIA 1IXCA 5CMMA 1K9YA 2F8DA 5DW8A 4U2RA 3IFAA 4H45A 4OEVA 3R26A 4N81A 4Q5TA 2ZYMA 3S9LC 4DZ1A 1DPEA 3MZBA 5TP9A 1BK4A 1MRPA 2XXTA 1TXFA 4QFNA 4MLVA 1QGXA 1B0HA 3IO4A 4HS7A 4P56A 4HE0A 4XKNA 1FQBA 4NWCA 1J1NA 3EHTA 3K6WA 3QK6A 4GWXA 5H8QB 1MY1A 2FA7A 1RDZA 3KN7A 4PF8A 5EQ7A 1SYIA 2O6AA 5M2VA 1EZOA 3G3JA 1NV5A 2A5TA 3E3KA 2FIXA 3N5LA 1BLFA 1LB9A 4U21A 4C0RA 4FORA 3RY3A 4GL0A 4I1DA 3LR1A 1IEJA 1XI6A 1N04A 3VVEA 4F1VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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