2DSFA

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with xylose at 2.8A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dsfA02
2ZNTA 3OO9A 3FXRA 1RYXA 3TKDA 4UA8A 3EHTA 3UIFA 2GRVA 1TFDA 3E13X 4R2BA 1PB8A 4TLMB 3CFZA 1I69A 1VR5A 1EU8A 2ONSA 3SEYA 3K6XA 1CE2A 2GH9A 3BFTA 1LLSA 2LAOA 3EF7A 3K2DA 3A3UA 4N6PA 2DXYA 1FQAA 2XXHA 4EQ9A 2X7QA 4F3GA 3RLFE 2I6EA 2VOZA 4JSDA 4PFWA 2A5TB 2O84X 4POWA 3GLBA 3D4GA 3SEXA 5AA1A 3IOUA 3PUZE 2I49A 1I6QA 2UXAA 3O9PA 4FE8A 4NTLA 1NMUA 3TCHA 2A5TA 3ZKKA 1Y9UA 1Q35A 2ZYMA 4QFPA 2PVUA 5JEIA 3K4UA 2XXQA 2F6GA 3VXBA 5H8QB 4GRKA 2YLNA 1SYIA 3MUQA 4NF8B 3V83A 2BJJX 2DVCA 2F5XA 4YKIA 4RA1A 3V5AA 4EF1A 3FGSA 1H43A 1B6HA 4GQOA 4BDNA 1OVTA 4JDFA 5H8QA 3EPEA 1ZMGA 4NF8A 1EH3A 1PBQA 4LVQA 1O7TA 4LONB 1N84A 1BLFA 2NOOA 3UN6A 4YB7A 1MRPA 2O6AA 3CIJA 3HCQA 3G3FA 3MP8A 1B3LA 3ONMA 4LQ2A 2VD2A 1R9LA 1UIVA 1URGA 4KPTA 4FATA 1URSA 2D5WA 1SW2A 1LAHE 4F22A 3M3FA 4PFYA 1JVYA 1LCFA 3H6UA 4JBZA 2R71A 3H06B 1P99A 2XX7A 3RQTA 3SETA 1AOVA 2O51A 3IB0A 5CC2A 4IGRA 1DSNA 1B1XA 5TU0A 1MH4A 1MM7A 3FXQA 3KJTA 4EQ7A 5HM4B 1RKMA 2V93A 5I57B 1SI0A 1MXZA 4OEUA 5J1DA 5HPQA 3KG2A 3ZSFA 3H6WA 2Y7RA 3PPPA 3M8UA 4XKRA 1ZTYA 3C33A 4RK9A 5I57A 1IITA 2ZNUA 3PUYE 2X7PA 3VV5A 2F97A 1PDAA 3S9EA 1B3GA 1JETA 1QKAA 3A3CA 3ECRA 3KOTA 3LSLA 5EHSA 3FD3A 5ICTA 3N94A 2X26A 4U4SA 2Q9TA 4OHNA 2AL5A 1MY4A 1Z7NE 2XHDA 3FUZA 1N7XA 2QMWA 3CR9A 3QK6A 3O28A 1XS5A 2PT2A 4R73A 4LQ5A 1MPCA 3TFLA 4ELRA 2RKMA 3U93A 4DDDA 5FTIA 5AA2D 5CM6A 1MG1A 2RINA 1S50A 1XVXA 2Y7WA 1M5FA 5DVJA 1F9BA 2DSFA 4U4XA 2HAVA 3FVNA 2R6GE 4F1YA 1TXFA 1EZPA 1IZ1A 3SESA 3LSFB 1IXCA 4P0IA 1Q1KA 3PUWE 5ELVA 3L6HA 3TDJA 3IOWA 4HS7A 3SERA 1J1NA 3TTKA 2QS4A 5H8NA 1LSTA 4FAJA 3TPAA 1OMPA 2B65A 4KI0E 3T9VA 3QUFA 1NFTA 4QFOA 2F8DA 3WAEA 3KSXA 2GFEA 4NEDA 1POTA 3DLNA 2F35A 1O64A 1D9VA 3H7MA 3O6IA 3BFUA 4ZZAA 4IB2A 1B0LA 2RC7A 5FHMA 3O6GA 5CMBA 2Q8JA 3Q26A 2NWJA 2Q89A 3AXFA 3MPKA 2DXRA 1QUJA 4RK2A 1II5A 2G93A 3MWBA 4KCDA 1GVCA 1MDQA 3K6WA 1P1OA 1IEJA 3FATA 3P7IA 2I0CA 3IR1A 2E1SA 3QAXA 2NUVA 3CSGA 4F18A 2NXOA 3K6UA 3IOVA 1B7HA 4Z7EA 2DVZA 1Z7ME 5DVFA 3LSWA 3IOTA 5CMMA 3HHGA 2H99A 2I4BA 3MPLA 2UVIA 4OERA 2HZLA 3B6TA 5FHOA 4OEVA 3SEUA 1N3XA 1WDNA 1B3EA 3CFLA 2GHAA 4KCCA 2ZYNA 5AA3A 1N3WA 2Q88A 3JYRA 4ZE9A 4BDMA 1H44A 2PT1A 3ILUB 3U92A 4U21A 4ZEFA 1MM6A 1I6AA 4MBPA 4OZ9A 4H0WA 4KHZE 1IUDA 4XTCQ 3BBRA 4PFUA 3IX1A 3GZGA 1AMFA 3TTLA 4NWDA 5A5XB 1A7LA 1SW1A 4NF5B 2RCBA 1LFIA 2QRYA 4QSDA 3TTRA 5DTBA 3S9NC 3T9HB 2XX8A 2IEEA 4NF5A 3T22A 3RY3A 4F19A 1IXGA 2Q2CA 3MAMA 3G3GA 4R2FA 5H8HB 1Y4TA 3TZAA 5CBRA 2O7UA 2WKYA 1I6BA 2DYXA 3KZGA 4OENA 1B40A 5ITOA 4F1UA 1A99A 5H8HA 4F3SA 4QHQA 4G8NA 4KR5A 2OLBA 1L5TA 1R9QA 3K00A 1B52A 3R7XA 3TYHA 4BLAA 1D3KA 5ISUA 2XXVA 4OTEA 1PEBA 2OCUA 3QYTA 3UK4A 1NNFA 4YZZA 1B58A 3Q27A 1QUKA 4K3FA 4KFQA 5I59A 2F34A 3DP8A 1P1UA 2AYSA 4KQPA 2RF1A 4QSCA 3O6HA 4ESXA 5JTYA 4R6YA 4OFLA 2ONRA 3TCFA 3LBSA 1Y3QA 4R75A 1JW1A 3TODA 2Y84A 1H45A 5IKBA 1WVJA 1B46A 4TQUQ 4U1OA 4MLQA 2XXPA 4BDQA 3IB1A 4LA9A 2ZMBA 2GHBA 3W9VA 5ICQA 1FTKA 3A09A 3PGFA 4R9GA 2I3WA 1SQYA 4N07A 1PB7A 4GWOA 1B5HA 4XKPA 1B51A 3PPRA 4RPOA 3OOAA 1ZIUA 3MZBA 1SYHA 3K6VA 3K02A 1DTZA 1VE4A 4M4GA 3FJGA 3TMGA 2H98A 1HSLA 2XXWA 3D4CA 3I3VA 1SBPA 1JW4A 4DE8A 2V25A 3FV2A 4YKKA 1YTVA 4RNSA 4X9TA 4PFTA 3O2AA 2PYYA 1XC1A 3U8QA 3T9UA 1A54A 1A8EA 5F7VA 1O63A 1SDXA 2XXXA 4IO2A 1P1WA 2XXUA 3OEKA 1BP5A 3O97A 5FTHA 2Y7KA 3UGWA 4KD5A 3OSRA 4RY1A 2QS2A 4IGTA 4G68B 1Y3NA 1YAEA 4QSEA 4XIGQ 3TQWA 1LGBC 2QSXA 4M1VA 4H67A 3FJ7A 2QPQA 3PPQA 2B3BA 4QFNA 4KYDA 3ZKLA 3PPOA 1T0KA 4FEBA 5BUUA 3QIMA 3F11A 1LAGE 3LC8A 3FASA 1ATGA 1S7YA 1UTHB 5I58B 2ZXTA 3V89B 2XD3A 4H6DA 3U72A 5DVIA 3MP6A 3C9HA 1QUIA 1Y20A 1B7ZA 3E9XA 5I2KB 3KOSA 4MH5A 1UTHA 5I58A 3Q25A 2G29A 3UP9A 2QS1A 3OXNA 2P1SA 4RXLA 2V3TA 1FTLA 5I2KA 4QFKA 1OQHA 3RGYA 4ELPA 1PB9A 4U1ZA 3IK6B 1MQJA 3DP4A 4G68C 4LATA 3LR1A 5F1QA 1MQGA 3SEVA 3TELA 3PU5A 4GL8A 3OO6A 5K2XA 4AB6A 4ZDMA 4IY5A 4X48A 1UTBB 3PMXA 5L9MA 3S4UA 3QSLA 3OO7A 2FNCA 3PV0E 2CMOA 3USDA 4ZEDA 3H3GA 4ND9A 4THIA 4OETA 2QS3A 3VFJA 1UTBA 4EF2A 4ZZEA 3CG1A 4OQOA 4GOTA 1LAXA 4DCXA 2YJPA 3KFMA 5IAIA 4F31B 1H3DA 4OVJA 4QFLA 5EHMA 1MXUA 4OFOA 2DS9A 2REGA 1IXIA 1M5CA 4IO7A 1LB9A 4C0RA 2NVUB 3UORA 2I58A 4RPNA 3CG3A 4HCWA 4TLLB 2O1LA 2XD2A 3T96B 2XXTA 1P1QA 4OWDA 2Z8EA 2PX1A 2QJEA 1MS7A 3CI8A 2OZZA 3SEWA 3DP6A 3RUMA 1EZOA 4EQBA 1EZ9A 4PETA 2I48A 4WEPA 4HCYA 3RTFB 1VFDA 4AQ4A 3RPWA 5CMKA 4EUOA 4DIGA 4P0GA 4H8JA 4IY6A 1QULA 5K2YA 4O3BA 3FVKA 1H76A 2IA4A 2ZNSA 3T9XB 1MXVA 3Q28A 5L8DA 3QUJA 3MVWA 1KWHA 4PP0A 2F7CA 4IO6A 2O1MA 3OENA 2HAUA 5JK4A 1ZJLA 2UVHA 2DWJA 4NWCA 1MPBA 4UACA 4Z0IA 2H4IA 3R6UA 3IJXB 4YB6A 4FECA 2THIA 2H9BA 3VVFA 4JXIA 3H6VA 1XOCA 1TFAA 3FXUA 1NNTA 2P2AA 1QW0A 4QF9A 3O66A 3C4MA 3KGCA 1LFGA 5CBSA 3SDFA 3VDFA 2I0BA 2RC9A 1M5BA 3TAJA 1FQEA 1B05A 1LFHA 1D4NA 1TT1A 4E0WA 3I6VA 4WXJA 2ONKE 1FQFA 3PD8A 2DE3A 4OYVA 2VGQA 4F3PA 3SKPA 1FQCA 5CMCA 2F78A 4P11A 1SW5A 2XXYA 2DE2A 3FVGA 3LUYA 1URDA 4I1DA 4WEDA 3IJOB 3IB2A 4R6HA 3KJ7A 4JB7A 4G2ZA 4I9DA 2DWHA 1OLCA 5A5XA 4KYSA 5DEXB 1JEUA 4H65A 1TWYA 3HN0A 4ZE8A 5H8FB 2HQ0A 3ILTB 3VE1B 3K01A 3H6TA 3E3KA 3O29A 5DEXA 2VHAA 3E4RA 1ZBMA 1GTKA 1N0TA 4OXVA 1A40A 3FJMA 4PE5B 4G8HA 2PMSA 3RTWB 1FTOA 3N5LA 1NH7A 1VSOA 3DELB 1N76A 3EHSA 1NH8A 3BKIB 3CVGA 3OMBA 4LZ8A 3OEMA 2D3IA 5AA4B 4X1BA 3G3IA 4R6KA 4GXAA 1XHYA 1MXXA 4ONYA 1Y1ZA 5AA4A 3MC2A 3KN3A 4NMYA 2Q2AA 3KSJA 3U94A 2PBWA 2REJA 1UQWA 5ITPA 1FW0A 2OBGA 5KDTB 4F1VA 1BIYA 1IIWA 2DWAA 1B2HA 2R9JA 1USYE 5I2NB 2RC8A 3G7WA 3TTMA 5KDTA 1RYOA 4H1XA 1SD3A 4G4PA 3S9MC 1D9YA 4F39A 2I3VA 5I2NA 4I62A 3TUSA 3B6WA 3G3HA 2V84A 1DOTA 5TP9B 3VLWA 2F7AA 3IO4A 3N26A 3KEIA 1BTJA 1PBPA 1XT8A 3EHUA 4G77A 4YMAA 1N04A 3THIA 4F2QA 4YKJA 5AE4A 3OELA 5TP9A 3JZJA 1DPEA 3VLUA 3RNNA 1OIBA 5B70A 2AIXA 2Z22A 2OWSA 3I5OA 1MXWA 1R6ZA 3IAZA 1MY2A 2V3UA 4XKQA 3K0VA 3C35A 1HSJA 1ZKBA 2QL3A 4DCYA 4MFIA 1POY1 1QVSA 2VD3A 4ZECA 2UYFA 2YPNA 2HZKA 1SW4A 4IO5A 4U2RA 3M3KA 3GBAA 3T66A 3TEPA 2Z8FA 2O7IA 4YU0A 2F6PA 1B7UA 3HO7A 1US4A 4RJZA 5BWJA 1MDP1 2AL4A 1NL5A 3K1NA 3CRBA 4E0XA 4DXUA 2XXIA 2A5SA 4G68A 4RYAA 3G3KA 2I4CA 1Y1MA 3ODBA 4Q0CA 3C32A 2UYEA 5H8SA 4DXBA 2HCAA 1M5DA 1FTMA 1US5A 3V8XB 3TQLA 3R26A 1UIUA 3UA8A 2ZYOA 2Z8DA 2ALUA 3OD7A 4NF6B 3T93B 3MVXA 4FORA 1LB8A 3VLVA 2DOJA 3IO6A 4FIMA 2KLFA 2V3QA 1FQBA 3RN8A 4HW8A 4NF6A 3VVDA 2F36A 3VXCA 4U22A 3TTNA 4GIZA 1VFEA 2ABHA 1JVXA 1IQ7A 3GXAA 2E0SA 2Y7PA 2FYIA 3N6TA 1LCTA 4EXKA 3MZ1A 1MXYA 3B6QA 4KYEA 2P0SA 5KZTA 3FZVA 3IL1B 3RT8A 3RT6B 4OESA 4GVOA 3GBBA 4GF8A 4XXUA 2B3FA 1QKBA 1DMBA 3L6GA 1OLAA 5M2VA 1IXHA 1HSEA 1OVBA 3MVZA 2RCAA 2HEUA 1JW5A 4YKPA 4G8MA 2M8CA 1GV8A 2DWIA 4ESWA 4U23A 4H5FA 1M5EA 2H25A 1B4ZA 1P1NA 4X1DA 4DZ1A 4R9FA 2W7YA 3C36A 1MQIA 4EDPA 2UVJA 4TOZA 1MQDA 3DM0A 3PD9A 5KCJB 4N13A 1SI1A 3G3JA 1A55A 3OSQA 4ZEKA 4ELOA 3W9WA 5TPAB 3HPIA 1ZLQA 5KCJA 4BDLA 1SVXB 3K1MA 5H8NB 1DPPA 4LZ7A 5I56B 3LSXA 1B3HA 1NNKA 2HXWA 5TPAA 2Y7IA 1AIVA 1JQFA 4JSOA 2ESNA 5I56A 3K1PA 1Y3PA 2O69A 4IO3A 5I84A 2XX9A 2XXRA 3CSBA 5EYFA 1LBBA 3H4ZA 2UVGA 1MPDA 1GR2A 4MLVA 3HV1A 4F3BA 3M3LA 4ECFA 1QJMA 1B1HA 1YPNA 1A8FA 1GGGA 4C1TA 1ELJA 3HHFA 3KN8A 1DTGA 4WKMA 4Q8RA 1MY1A 1AH5A 4ELQA 1NKXA 3Q29A 1MY0A 1XVYA 4YICA 1B5IA 2DP8A 4GFRA 1JNFA 2FA7A 2OJTA 3MZ9A 4C1UA 3PPNA 3QXMA 4H8IA 4NF4B 5CI5A 4Q30B 3WAFA 1Y4CA 3EN3A 2HFBA 1LAFE 1ANFA 4Q5TA 5CRYA 2ANJA 2OK2A 4NF4A 3IORA 4ZS9A 1S9TA 1R1NA 3FV1A 4O3AA 3CFXA 4LP2B 2QMXA 2DE4A 1MY3A 5DYHA 4LZ5A 4JWXA 4GL0A 1OQGA 4YAHX 3MJNA 1YCJA 5HBCA 4ISUA 4IO4A 3FIRA 4PQJA 3N6UA 1FTJA 4AB5A 3MQ9A 1LBCA 4YB5A 5AA2B 3PMWA 3C31A 4QRZA 4O3CA 2O68A 5LOMA 1MQHA 4I8CA 3H03A 4OFJA 2ZYKA 4GLIA 4HTGA 1CB6A 5AA2A 5L9SA 1BKAA 2CZLA 4BDOA 1WODA 5FHNA 1JEVA 3S2VA 3B7DA 3MP1A 3PUXE 1USYH 1PC3A 1B3FA 3W15C 4ZEBA 5B7DA 5H8FA 3EQ1A 3S9LC 4JWOA 4L17A 3MW0A 1B32A 4XKNA 3C34A 3VVEA 2H5YA 2VP1A 3FVOA 4LUBA 2D21A 2DQVA 1FCKA 4F29A 4R72A 4ZEIA 3MVYA 1B5JA 4BDRA 4POXA 4EXLA 4NE4A 3U1OA 5DT6A 3KN7A 1ZU0A 1B9JA 4FEDA 3JV9A 1B0HA 5I59B 1N7WA 4GD5A 3OO8A 3ZS6A 1MH3A 4DXCA 4F2OA 4YMBA 3MBPA 5JTYB 1AL3A 1FQDA 4DLDA 2Z23A 2OWTA 4H5GA 4FJPA 2F7BA 4R74A 3HSTA 4MF3A 4OMBA 3KBRA 1NNPA 5L9OA 3PMVA 3TCGA 1B4HA 4JWYA 4GXSB 3PUVE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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