4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
3IL1B 3OO6A 3JV9A 1MXYA 3T93B 4FECA 3UGWA 3Q27A 5A5XB 5AA2A 3H6VA 3KG2A 5BUUA 1Y1ZA 1LBBA 2XD3A 2R71A 3H06B 3OO8A 1Y9UA 3VE1B 2THIA 5ICTA 4RPNA 3HSTA 1ZIUA 1Y3PA 1NKXA 4U23A 4G8HA 1FQDA 3HV1A 1WODA 3FASA 1NNTA 1LLSA 3GBBA 1S9TA 1OLAA 5AA2D 4KYSA 3C31A 3PMXA 4DXBA 1PB7A 3G3KA 3THIA 4HCWA 2HAUA 1D4NA 4ZEIA 3RT8A 4THIA 1US4A 2DE4A 1Y4TA 1UIVA 3ECRA 4FJPA 4ESWA 3SERA 1TXFA 3OEKA 4U4XA 4MBPA 2D5WA 1NFTA 4JSOA 1MDQA 1D3KA 3TMGA 2DSFA 3MUQA 4C0RA 4ZEDA 4U4SA 5TPAB 5CBRA 4ONYA 1F9BA 3MPKA 3QIMA 3CG3A 2CZLA 1A8FA 2G29A 1ATGA 4GVOA 4G4PA 1CE2A 5DEXA 3KSJA 4M1VA 4XKNA 5ITPA 2H9BA 3K4UA 4QRZA 2Y7IA 2XHDA 3I5OA 4ELQA 3IK6B 3V5AA 5CI5A 1GR2A 4QSEA 5B70A 1I6AA 2Z8FA 4N6PA 4LVQA 2NXOA 4Q30B 4PFUA 3T22A 5IKBA 3FXRA 3KJ7A 1MY4A 4EXKA 2VGQA 4UA8A 1B9JA 3T9HB 2Q88A 4H65A 1B32A 3ILTB 1H76A 4I1DA 1TWYA 3MVZA 3KJTA 4JWYA 4YZZA 3PPOA 5CMCA 2PMSA 2Q8JA 1N04A 2QS2A 4NF4A 4KD5A 1URDA 1DTGA 4YB6A 1LAGE 5EYFA 4NF6B 4IO2A 1IQ7A 1AMFA 4QFNA 1DPPA 3OELA 2OBGA 1MQHA 5I84A 2F7BA 1FTJA 4QSCA 3CI8A 2ESNA 3HO7A 5ICQA 3KZGA 1NMUA 4I8CA 3VLVA 2PVUA 4L17A 1N0TA 3MP8A 5DTBA 1B1XA 1ELJA 4I9DA 3FVKA 2AIXA 4OFJA 3E4RA 4EUOA 2FYIA 4R6HA 3TTLA 3RNNA 3PUXE 3PUZE 1AL3A 4HW8A 1JEVA 3FXUA 1MPDA 3TODA 3C33A 3D4CA 2UVJA 4TLLB 4H0WA 5H8HB 4FATA 2RCAA 2DQVA 4YKKA 4FORA 1FQFA 3HHFA 1PEBA 4QFLA 4R9FA 4EXLA 1B1HA 1IXGA 5KZTA 3M3FA 1EH3A 3FJ7A 1H45A 4G68C 4ESXA 4OESA 1EZ9A 3GZGA 4U1OA 1LFHA 4PE5B 1EZPA 3TAJA 1ZJLA 2HZLA 5HBCA 4DE8A 4HTGA 2XX7A 5HM4B 3DLNA 4H8JA 1JW5A 4LUBA 2H25A 1Q35A 3MAMA 1SD3A 1RYOA 1EU8A 2ZNUA 4IY6A 4NWDA 1SI0A 5FHMA 2F36A 1YCJA 3CRBA 5CC2A 4O3AA 2HCAA 4RPOA 1H44A 2XXTA 2HXWA 3PUYE 1FTMA 3RGYA 2F7CA 2AL4A 1POY1 4POWA 1VFEA 2KLFA 3N6UA 4PP0A 1B7UA 3O2AA 1SW4A 4OVJA 1B3EA 3IB0A 3PPQA 3PMWA 2Y7WA 3W15C 4OZ9A 3AXFA 3R6UA 5H8QA 4ZE9A 3S9EA 2ALUA 4LQ5A 2I0CA 3SDFA 1GGGA 1MG1A 3A3CA 4H5GA 4E0WA 4GOTA 5CBSA 3SEXA 2XX8A 3DP6A 3TKDA 1ANFA 3JYRA 2ONRA 1B0HA 3IX1A 2RINA 1M5DA 5L8DA 1I69A 4OERA 2I58A 2XXIA 3CSGA 4BDNA 3RPWA 2X26A 4N13A 3RT6B 3U1OA 3TPAA 4GF8A 1SW5A 1P1QA 2RF1A 4F3PA 1NL5A 3TCFA 3W9WA 3P7IA 4G2ZA 5JK4A 1FQAA 1P99A 2Q89A 1TT1A 3IJOB 1QVSA 2XX9A 2ABHA 1AIVA 2NWJA 3KFMA 4IO4A 2E0SA 2ZYNA 3FXQA 4C1TA 4OXVA 1MY0A 1Y1MA 2V3QA 1LBCA 2XXHA 2I48A 4H8IA 2DWJA 2FA7A 4YKIA 2OZZA 1M5BA 4LA9A 1UIUA 1Y3QA 3CVGA 1O64A 1URSA 2OK2A 3K00A 3GXAA 5ELVA 1PB9A 1N3WA 5FHNA 1B6HA 2I6EA 2O68A 5KCJB 3FGSA 2A5TA 3EN3A 3E13X 1JVXA 2QMXA 1CB6A 2IA4A 3LSFB 3MVYA 1OMPA 2CMOA 2YLNA 3MP6A 1JW1A 3ILUB 1Z7ME 4KQPA 3WAFA 4R2FA 4JSDA 4TLMB 1LFGA 1MY3A 4QHQA 3Q28A 1VR5A 4LZ7A 4RK9A 2PX1A 4EDPA 1IUDA 3K6XA 5A5XA 3LBSA 5BWJA 2D21A 3K6UA 5I59B 1FQCA 4FE8A 4H6DA 3PPRA 5DT6A 4GQOA 3TQWA 1FQEA 2Z8EA 5I59A 4FEBA 3VVDA 3H03A 3CR9A 1XC1A 3S2VA 3K1NA 3PU5A 3MZ9A 4JWOA 1QUIA 4RYAA 2QJEA 4ZEBA 1NNFA 5CM6A 5I58B 1IXHA 3TCHA 2F34A 1P1OA 4DDDA 3OO9A 1MXUA 5I58A 3LSLA 4KYEA 4R6KA 3OSQA 3S4UA 2H5YA 2UYEA 4O3BA 2O51A 3K6WA 1YPNA 3T66A 4NWCA 4BDRA 3TEPA 5I56B 1R9LA 4P11A 5CMBA 1VSOA 4GFRA 1KWHA 4F2QA 4YICA 1QULA 2F97A 1B7HA 4F1VA 5DVJA 2XD2A 3TCGA 3RLFE 2I4BA 4NMYA 1MXWA 3QAXA 1UTHB 2OJTA 2BJJX 3BKIB 3G7WA 5AA3A 1OLCA 1EZOA 2I49A 4NE4A 3FZVA 5TPAA 3M3LA 3TTKA 3PMVA 1UTHA 2Z8DA 2GRVA 3E3KA 3O6HA 1LCTA 2Q9TA 2DE3A 1OQHA 1QKBA 1UTBB 3D4GA 4NEDA 3TTNA 4NF8B 3FIRA 1SI1A 3Q25A 4MLVA 1A55A 4LZ5A 3EF7A 3TDJA 4G8MA 4HS7A 3T9XB 5H8NB 4GLIA 1MQJA 2OLBA 2Y7PA 2AYSA 3O6IA 4QFPA 4U1ZA 3UA8A 3T96B 5TP9B 3VDFA 3RQTA 3B7DA 1DPEA 3WAEA 3MVWA 1QJMA 5TP9A 4WEPA 1B58A 1VFDA 1XOCA 2XXYA 1BKAA 1B52A 1MQIA 4QFOA 4YAHX 3MP1A 4XKRA 3T9VA 4Z0IA 5H8FB 3HHGA 4EQ7A 2F6PA 4X9TA 1Y4CA 1FCKA 2LAOA 3MBPA 4MLQA 3SETA 2P1SA 1JW4A 3B6TA 4DCXA 3Q26A 4NF6A 1B5HA 3OMBA 1FQBA 3SEYA 1B51A 3OSRA 3N94A 2DXRA 4YU0A 1ZLQA 5AA4B 4NF5B 3OO7A 5I2KB 1B2HA 4MFIA 3C36A 2HAVA 4NF5A 5I2KA 1D9VA 4GL0A 4M4GA 2OWTA 3V89B 3CFLA 3VXCA 2Z22A 2PYYA 3S9MC 1XS5A 2B65A 2RC9A 2QS4A 5HPQA 1MH3A 3H3GA 1P1WA 3IAZA 3N6TA 4BDOA 4RNSA 2IEEA 3W9VA 3UIFA 4E0XA 3FV1A 3M3KA 3MZ1A 2DWHA 3RN8A 3T9UA 3IOVA 5H8HA 3L6GA 4JWXA 3UP9A 1H43A 3U92A 1JQFA 3DM0A 3K01A 2VD3A 3SEVA 3TUSA 2RC8A 3FJGA 4KFQA 4KR5A 1LB9A 4DCYA 3OEMA 4FIMA 3VVFA 2PBWA 4PQJA 1MQGA 4P0IA 1Q1KA 2XXRA 3CSBA 1LSTA 1PBQA 1URGA 2DOJA 4YB7A 4F2OA 3FV2A 4LONB 2Q2AA 4TQUQ 3ZS6A 4FEDA 2O7UA 3HPIA 3ZKKA 1QKAA 2Q2CA 1DTZA 1ZTYA 3R26A 3N5LA 4GXSB 1WDNA 1GV8A 3GBAA 4H5FA 3G3IA 4O3CA 4NTLA 3SKPA 5EHSA 4GRKA 4Q0CA 5L9MA 1B4HA 3ONMA 3K0VA 3TZAA 2F35A 1FTOA 1HSEA 2H4IA 4PFWA 3KGCA 2I3WA 2Y7KA 3MWBA 5L9OA 2UVHA 3OXNA 4F3GA 1IXCA 4ISUA 2H98A 1N7XA 1B0LA 3MJNA 5ITOA 2Z23A 2Y7RA 4Z7EA 3ZKLA 1JNFA 4RJZA 3G3GA 1MXXA 3M8UA 1HSLA 4WEDA 1ZU0A 3S9NC 1XHYA 4F1YA 2I3VA 3OD7A 3HN0A 1QW0A 2O84X 3HCQA 3FVNA 3TYHA 4JDFA 5AA1A 3PUVE 3O97A 3H6UA 1N76A 4RXLA 3K1MA 4ZEFA 4OENA 1I6BA 3KOSA 4KYDA 3TELA 4H1XA 4H67A 2ZNTA 3LR1A 4ZDMA 4XKPA 4Q5TA 1IXIA 2ANJA 4X1BA 3CG1A 4ECFA 1M5CA 4OHNA 2XXPA 4JBZA 4ZEKA 4X48A 5IAIA 1A54A 4XKQA 1B46A 2DXYA 3S9LC 2VD2A 3H7MA 4IO3A 5JTYB 5DYHA 1P1UA 3A3UA 3UK4A 1Z7NE 4ELOA 2RC7A 2I4CA 1B4ZA 4LZ8A 4GXAA 1XVYA 3O6GA 4F39A 5K2XA 4XIGQ 2UYFA 1JETA 2GHAA 3K6VA 5K2YA 3V8XB 1PB8A 2G93A 2M8CA 3B6QA 1MXVA 1MY2A 5J1DA 5KCJA 3N26A 3MW0A 4BDLA 1BTJA 1BP5A 2F78A 4ZZEA 3IOUA 1MRPA 1LAXA 4Q8RA 3KN8A 1US5A 4R73A 4JXIA 3PPNA 5I2NB 3H6TA 3Q29A 3BFUA 1FTKA 1MPCA 2DVZA 3RTFB 1T0KA 1ZKBA 3KN7A 2D3IA 4ZE8A 1A99A 1RYXA 1B5IA 1USYE 5F1QA 5FHOA 3TQLA 2H99A 2O1MA 4BLAA 1NNPA 1DSNA 2NOOA 4IB2A 4MH5A 1AH5A 3R7XA 1SVXB 1DOTA 4XXUA 3F11A 3O9PA 3KEIA 2DWAA 3A09A 2OCUA 1MDP1 5LOMA 2QL3A 3RTWB 2REJA 3PD8A 1A7LA 3IO4A 1MM6A 3C32A 4IO5A 2ZMBA 1N84A 1IIWA 2B3BA 2F8DA 4OFLA 2PT2A 1PC3A 4AB5A 3CFZA 3SEWA 4OQOA 3IOTA 2ZXTA 2VHAA 1B7ZA 1R9QA 4ZS9A 4YKJA 4ZECA 4R6YA 1JVYA 3RUMA 4ELRA 1SQYA 1IITA 2QS1A 4OYVA 4FAJA 3DP8A 4HCYA 2GH9A 5I56A 2ZYOA 2R9JA 1MM7A 4F29A 1PBPA 2XXVA 3FJMA 1SYIA 4OETA 4F22A 3OOAA 2OWSA 4GL8A 2HZKA 1IZ1A 2XXQA 4POXA 3FVGA 5DEXB 2UVGA 3G3FA 1WVJA 4K3FA 2UXAA 4JB7A 5EHMA 3QXMA 1YAEA 4R2BA 1UQWA 1PDAA 5ISUA 2DVCA 4DXCA 1UTBA 1OVTA 4BDMA 4NF8A 3TTRA 1TFAA 2O7IA 1SW1A 1H3DA 4U22A 3O28A 3KSXA 1P1NA 2QS3A 5DVIA 4XTCQ 5H8NA 1S50A 4YMBA 3MPLA 2A5SA 1B5JA 3MQ9A 3KN3A 2VP1A 4BDQA 3PPPA 1BLFA 4EQBA 4OTEA 4F3BA 4YMAA 3VLUA 3VXBA 2HQ0A 3LSWA 1LAFE 3OENA 5FTIA 2YJPA 4R74A 3DP4A 5CMKA 1LFIA 2REGA 1Y3NA 1RKMA 3VFJA 1B40A 4RA1A 4OEUA 4GWOA 2DYXA 4P0GA 5DVFA 3USDA 2X7PA 2O69A 3LC8A 4NF4B 1N3XA 4KCCA 5H8FA 3DELB 3IB2A 2ONSA 1LB8A 4G68B 4DIGA 4F1UA 2ONKE 2Y84A 1I6QA 2O1LA 5FTHA 2QPQA 1O63A 5JEIA 3H4ZA 1D9YA 1Y20A 3FATA 3IJXB 2QMWA 5TU0A 4G68A 2ZYKA 2HFBA 3QUFA 3CFXA 3JZJA 1II5A 3K1PA 3MVXA 4U21A 5F7VA 1USYH 4WKMA 5AA4A 3KBRA 5KDTB 4U2RA 3V83A 3MZBA 3ODBA 4R72A 5KDTA 3LUYA 4IO6A 3IO6A 4PETA 1M5FA 5H8SA 2AL5A 1R6ZA 1LAHE 1S7YA 2QSXA 1POTA 1SYHA 1R1NA 4WXJA 3PV0E 1GVCA 4OMBA 3C35A 2XXUA 1OVBA 4I62A 2GHBA 1B3FA 2GFEA 2V3UA 3IOWA 1OIBA 2DS9A 4IGRA 1J1NA 4F3SA 1MY1A 3RY3A 1IEJA 2RKMA 1B3GA 1MXZA 3ZSFA 4YKPA 2WKYA 3PUWE 1B3LA 4KCDA 1GTKA 4OFOA 1JEUA 3L6HA 2UVIA 1DMBA 3QYTA 3PD9A 1N7WA 4EF2A 4IGTA 3E9XA 2FNCA 3FUZA 5B7DA 3U72A 1SBPA 1LCFA 3TFLA 2F5XA 4PFYA 4N07A 3QSLA 1MQDA 3FVOA 3GLBA 1TFDA 3VVEA 4RK2A 3BFTA 2RCBA 3I6VA 2ZNSA 3U94A 4DZ1A 4YB5A 2XXXA 1ZMGA 3O66A 4X1DA 4F31B 4KI0E 3C9HA 3VLWA 4UACA 5M2VA 4ZZAA 1NH8A 4AB6A 4GD5A 3MC2A 5L9SA 2F7AA 4RY1A 2XXWA 3KOTA 4F19A 1NH7A 2V93A 5H8QB 1OQGA 3FD3A 4G77A 1BIYA 2NVUB 1SW2A 3C34A 3CIJA 4IO7A 2V84A 3K02A 4LQ2A 3C4MA 5CRYA 4AQ4A 3G3HA 3K2DA 2HEUA 3H6WA 1QUKA 1MS7A 2W7YA 3TTMA 3SESA 1ZBMA 3G3JA 4QF9A 5AE4A 1O7TA 1MH4A 4G8NA 3EHTA 3U93A 4ND9A 1SDXA 4EF1A 1FTLA 3BBRA 4R75A 1AOVA 1YTVA 2E1SA 2YPNA 1NNKA 2O6AA 1XVXA 3EQ1A 3SEUA 3I3VA 4PFTA 4TOZA 2B3FA 3LSXA 3IORA 3QUJA 1B3HA 3IB1A 1M5EA 5CMMA 5I57B 3QK6A 3B6WA 4LP2B 4KHZE 2I0BA 3VV5A 2DP8A 4ELPA 1XT8A 4MF3A 5I57A 4DLDA 5JTYA 1A8EA 2QRYA 4OWDA 1FW0A 2ZYMA 3UN6A 3EHSA 3EHUA 2V25A 2DWIA 1L5TA 1B05A 2A5TB 4GIZA 1VE4A 2VOZA 3U8QA 1A40A 2X7QA 3EPEA 4QFKA 2P2AA 4IY5A 4LATA 3PGFA 2V3TA 2R6GE 2PT1A 2DE2A 2P0SA 4F18A 4EQ9A 4KPTA 4QSDA 3IR1A 5I2NA 3O29A 4R9GA 2F6GA 1LGBC 4OEVA 4DXUA 1MPBA 5AA2B 3UORA 2NUVA 4C1UA 1QUJA 1HSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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