4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
3MP6A 2NUVA 3PPOA 3HPIA 1P1UA 4U1OA 3BBRA 4ESXA 2RC9A 4POXA 4R6HA 4LQ2A 4YU0A 3KG2A 1PEBA 3EHSA 3TODA 1XT8A 3N5LA 5CBRA 4MH5A 5DVFA 4KYDA 2FA7A 2D3IA 3H6VA 1GGGA 3T9XB 4ONYA 4KD5A 2DVZA 4GL8A 1Y1MA 1YPNA 2XXXA 3V83A 2XXHA 1ZMGA 4F39A 4C1UA 1LCFA 2ONKE 3SETA 3TTLA 1JETA 2DP8A 1UIVA 4QFNA 5FTHA 4LZ5A 4QSDA 1S9TA 3DM0A 3ECRA 4JWXA 4G68C 2H5YA 4JBZA 3BFTA 1JW1A 4X48A 4KR5A 3KN7A 1H43A 2AYSA 4RK9A 5AA4A 2F5XA 1LFIA 2HEUA 4MF3A 4DIGA 3PD8A 1DOTA 3MP8A 4K3FA 5H8QB 5BWJA 3OO8A 1LAGE 1B3HA 2O1LA 2I3VA 5CM6A 1TFAA 3G3HA 3SEWA 3THIA 4POWA 3GZGA 1MH3A 2A5TA 3MPLA 2O1MA 2W7YA 4PP0A 1Q35A 3G3GA 1AIVA 1FQDA 4MLVA 3C9HA 3B6QA 1MXYA 1P1NA 4U1ZA 2ABHA 1JNFA 3JV9A 4MFIA 2IEEA 2H98A 3H06B 2F6GA 1NL5A 3O28A 1MQJA 2DE2A 1US4A 3RTFB 1EZPA 3T93B 3GBAA 1N7WA 4RPOA 1M5FA 1XHYA 4IO3A 3CRBA 2GHBA 5JK4A 3ZSFA 4NWDA 5F1QA 1Y3NA 4FIMA 1IIWA 2Y7IA 4X1DA 3VLVA 5CMBA 3KEIA 3H3GA 2B3FA 4KI0E 1P99A 1II5A 1BTJA 2KLFA 1N76A 4JWOA 2XXUA 1HSEA 1IEJA 3QSLA 1ZLQA 3LR1A 3CSBA 4GRKA 1MPDA 2Q2AA 2H4IA 4O3AA 1M5CA 3O6HA 3QUFA 2DYXA 3TTMA 2XHDA 1B46A 2YLNA 5KCJB 4XTCQ 5ICQA 1NH7A 3MW0A 3RT8A 2Q89A 4QSEA 5H8SA 4R74A 3K1PA 1Z7NE 3M3KA 3M8UA 4X9TA 3UORA 2ZYNA 4YKPA 3VVEA 1A99A 4DLDA 2ANJA 4DXUA 1QUIA 3IJOB 1LAXA 1SQYA 4H8IA 3A09A 1N84A 3IB0A 1MY4A 4P11A 5L9OA 3MZ9A 1MRPA 2HAUA 3EHTA 1LGBC 3S2VA 3MQ9A 3FIRA 3MVZA 1D9YA 3K00A 4NMYA 4UACA 2QSXA 4Z7EA 2I6EA 5FHMA 4HCWA 3TYHA 5CMKA 3VVDA 4BDQA 4LVQA 4NTLA 5K2XA 4RA1A 1MQIA 4O3BA 1PDAA 3USDA 2ZNUA 1B32A 5I56A 4KQPA 1B3GA 1BIYA 3TTRA 3VVFA 1VFEA 4N13A 3FJ7A 3TTKA 2X7QA 4GXSB 3IB1A 5BUUA 1OIBA 5H8QA 2DS9A 4EXKA 1US5A 2H99A 5I84A 3MVYA 4JWYA 3LSFB 3PUYE 1XS5A 1B3FA 4F1VA 2ONRA 2DXYA 3T9VA 5H8FA 3PUVE 3S9NC 1MG1A 2B65A 3K6VA 4GWOA 1IXGA 2OCUA 4OTEA 1XOCA 3CG1A 1FCKA 4F1YA 2QS1A 5KZTA 1YTVA 1URDA 5B70A 4KCDA 2CZLA 4RY1A 3OOAA 4H1XA 1SI0A 3K6WA 1OQHA 4ZECA 4H5FA 4QFKA 4G8NA 1GTKA 1M5BA 4AQ4A 4ZEIA 3S9LC 1QUJA 2XX7A 3KSXA 1B6HA 4G68B 3RT6B 1XVYA 2ZXTA 2Z8DA 4FATA 4ZZEA 4XXUA 4P0IA 3QAXA 3U72A 4H8JA 2V3QA 1OQGA 3UN6A 3DLNA 2I0CA 2REGA 3P7IA 3TCGA 3G3FA 5ELVA 1B51A 5I59A 1F9BA 1LBBA 1FTLA 3N26A 1OMPA 3IORA 3QUJA 4U4XA 3PPPA 2D5WA 5KCJA 1N7XA 4HTGA 3MPKA 4EXLA 3LSWA 4R75A 2NXOA 1MY1A 4AB5A 2XX9A 4GIZA 3LSXA 2V3UA 2OWTA 1R1NA 4JDFA 2R9JA 3LSLA 3N6TA 3SESA 3OMBA 4LUBA 1UTBB 3MJNA 4ZE9A 3RTWB 3Q26A 1NNKA 4HS7A 5DEXA 5AA2A 1QJMA 4H0WA 5FTIA 2QRYA 4N6PA 1B7ZA 4YKIA 3Q25A 1S7YA 4I62A 2HZKA 3CVGA 1R9LA 2QMXA 2UYEA 1B4ZA 3UP9A 3TELA 4IO2A 2E0SA 3IO4A 3HHFA 1MPCA 2BJJX 5CBSA 3MWBA 3OO7A 1FTMA 5TPAB 3H4ZA 2O7UA 3IB2A 2RCAA 1JEVA 3K6XA 5DVJA 1MQGA 2HFBA 3D4GA 1BP5A 3C4MA 3JZJA 3CI8A 4Q30B 5L8DA 2AL5A 3FJMA 4I8CA 3W15C 3K6UA 4KYSA 2YPNA 1Y4CA 4IO5A 2I58A 4IO4A 1OLAA 5JTYB 3L6HA 3PMXA 4ZS9A 1QKBA 3CSGA 2HZLA 3IOWA 5JEIA 2Q2CA 2I48A 4PFUA 4F1UA 1WDNA 1MS7A 4GFRA 4R2FA 1TT1A 2VGQA 3T66A 3OO9A 3QIMA 1FQAA 1IQ7A 3FXRA 2UVGA 4QSCA 1LAFE 1WODA 4M4GA 5KDTB 3HHGA 1MDP1 4JXIA 3O2AA 1P1WA 4E0WA 1FW0A 2PVUA 1SW4A 5B7DA 4OENA 4R9FA 3C33A 2DVCA 1MM7A 1PB7A 1LSTA 3IOVA 3RLFE 3LUYA 1SYHA 5HM4B 4OEUA 3VLWA 1H3DA 3KZGA 4QFLA 2Y84A 3L6GA 1IITA 1B0LA 1JVXA 2Q9TA 1SW5A 3B6WA 1Q1KA 3MUQA 1I69A 5H8HB 3TEPA 3DP4A 2I0BA 1TWYA 1DMBA 4N07A 4PQJA 3DELB 4NF5B 4MBPA 2AIXA 4OQOA 4BDRA 1ZTYA 2V93A 3DP8A 1SW2A 2DXRA 4U23A 3MZBA 1Y20A 4OZ9A 3VXBA 3K2DA 1PB9A 2XXIA 3ZKKA 3FVKA 5DTBA 3FUZA 4G8MA 5ISUA 3T96B 5IKBA 3FV1A 4NF4B 1NKXA 4H65A 4OETA 4YKJA 4RJZA 4ZEBA 1IXHA 1O64A 2RKMA 3MAMA 4NF6B 4F29A 5H8NB 1FTKA 1LCTA 4ELRA 1DPEA 1YAEA 2YJPA 1MY3A 3JYRA 1A8FA 1NH8A 4WEPA 3M3FA 4PFYA 1ZBMA 1B9JA 3IL1B 3VV5A 1POY1 1VSOA 3KGCA 3R26A 5ITOA 2F78A 3PMVA 1RYXA 4NF8A 3TCHA 1TXFA 4F2OA 4F31B 1MXXA 2R6GE 5I2KA 4EQ7A 4L17A 1VE4A 1IXCA 5AA2D 2E1SA 3FV2A 5I2NA 3LC8A 1M5DA 2X7PA 2Y7KA 5FHOA 4ESWA 1VR5A 2NWJA 3V8XB 2F8DA 4RPNA 1I6AA 2PX1A 5JTYA 3H6UA 3O97A 2F35A 1EZ9A 3EQ1A 3ILUB 2Y7RA 4RK2A 3FJGA 3U93A 1B5JA 4NEDA 1GR2A 5TP9B 1JW5A 1URSA 1B7HA 1MY0A 4OFLA 3MVWA 3V5AA 4KCCA 4U22A 4WEDA 3O66A 4TLLB 4LP2B 1MXVA 4MLQA 5KDTA 1MPBA 1MH4A 1XC1A 3IK6B 4GLIA 3KN8A 3FVOA 4YKKA 1MQHA 3OEKA 4F3BA 4TLMB 3C35A 3ONMA 5DVIA 4DCXA 3GXAA 3MP1A 3C32A 3F11A 4OFJA 2O7IA 3U92A 4HW8A 4PFTA 4EDPA 1P1QA 3C34A 4QHQA 4C0RA 4IO7A 4R9GA 1VFDA 4HCYA 1OVTA 1KWHA 3C36A 3QXMA 4KYEA 3BKIB 1JEUA 3KJ7A 3EN3A 1D3KA 3HV1A 2WKYA 4I9DA 5F7VA 3IO6A 2V3TA 2V84A 3O9PA 2PT2A 4ZEKA 3TTNA 2HQ0A 4QFOA 2R71A 3N6UA 5M2VA 4FEDA 4E0XA 4FJPA 2PBWA 2LAOA 3SEUA 5EYFA 4PFWA 3FZVA 1IZ1A 1LFGA 2VHAA 1B0HA 2I4BA 4NF4A 3EPEA 5L9MA 3SDFA 1NMUA 4LONB 2I4CA 3W9WA 1CE2A 2O68A 4NF6A 5H8NA 3PMWA 1H44A 1MY2A 3U1OA 4YB6A 3GBBA 3IOTA 5K2YA 3N94A 3M3LA 1ATGA 1R6ZA 4Q5TA 2HAVA 4F3SA 4XKPA 2D21A 5EHMA 2F7BA 1S50A 3FXUA 1HSLA 4G77A 1T0KA 1B58A 3C31A 3PUZE 4ISUA 1D9VA 1A7LA 4OEVA 2M8CA 4R6KA 1Y3QA 1ELJA 2QPQA 3O29A 3PV0E 2ESNA 1SBPA 3S4UA 5HBCA 4OYVA 1B05A 2H25A 2OBGA 4LATA 2QJEA 3VXCA 4FE8A 5AA4B 1FTOA 1DTZA 4JB7A 1USYH 3VE1B 5LOMA 4Q0CA 1BLFA 2F7AA 5TP9A 3RN8A 4DE8A 1EH3A 1A8EA 3ILTB 1MDQA 4G8HA 2RF1A 4KFQA 3TMGA 1B2HA 3QK6A 3AXFA 4LQ5A 2F34A 2F36A 4C1TA 3TQWA 4IO6A 2O84X 1P1OA 4F22A 3PU5A 4U21A 4R73A 2AL4A 3PUXE 2QS4A 2ZYMA 2P0SA 2RC8A 3MBPA 1QULA 1YCJA 4BDMA 4G4PA 4X1BA 5I57B 4THIA 5ICTA 1QW0A 1B5IA 3FXQA 1B7UA 2XD2A 4BDLA 4OXVA 3BFUA 1O63A 5TU0A 4WXJA 3S9MC 1JW4A 3IJXB 3HN0A 1GV8A 1QUKA 1PB8A 4BDNA 4F19A 1NFTA 2ONSA 3KFMA 3E9XA 4P0GA 3KOTA 3TUSA 3PUWE 1DPPA 1LB8A 5DYHA 4OFOA 1SD3A 4GD5A 2ZNSA 2F7CA 4PE5B 2VOZA 2DE4A 1M5EA 2Z8FA 2P2AA 1Y9UA 2ZNTA 3KBRA 2XXRA 2XXWA 3G3JA 5AE4A 4LZ7A 1UIUA 4KHZE 3I6VA 4U4SA 2ALUA 2O51A 2DWAA 3IOUA 3RGYA 2VD2A 4G68A 2Q88A 3K4UA 3LBSA 3RQTA 4ZDMA 4ELQA 2RINA 1POTA 4YMBA 5IAIA 2F6PA 3OENA 1R9QA 4EQBA 3B6TA 1SVXB 2UXAA 2PT1A 2X26A 4R2BA 3E13X 1ZU0A 3WAEA 1NNPA 2HXWA 4LA9A 1N04A 1A40A 4GVOA 2O6AA 4YMAA 4RNSA 3H03A 3OEMA 2QS3A 1MXWA 3QYTA 2Z8EA 4XKRA 1D4NA 5I56B 4IY6A 2QMWA 1H76A 2OZZA 4JSDA 5CMCA 4XKQA 1IXIA 3H7MA 3IR1A 4ZEDA 1Z7ME 5AA3A 3TKDA 2OLBA 1ZJLA 3K1MA 2I49A 4YICA 2G93A 3TZAA 1B40A 1UTBA 4U2RA 3K0VA 3G3KA 2F97A 4BLAA 4ZZAA 5H8FB 2REJA 4G2ZA 4XKNA 1LLSA 4GXAA 2XD3A 3EF7A 4ELOA 2Y7PA 3A3UA 4EF2A 2XX8A 3OO6A 3A3CA 5I58B 4OVJA 1IUDA 4YAHX 3MVXA 3FD3A 3UA8A 5CMMA 1OLCA 5I57A 2VP1A 3I3VA 4ND9A 3VFJA 1FQBA 2XXPA 3HO7A 4GQOA 1B5HA 3I5OA 4I1DA 3FGSA 2GFEA 1N0TA 5TPAA 4DXCA 3K1NA 5HPQA 3SEYA 4M1VA 1SYIA 4EUOA 2XXTA 4ZEFA 1AL3A 5EHSA 1EZOA 4YB5A 4BDOA 3HSTA 1A55A 4NWCA 2ZYOA 1Y3PA 5ITPA 3OXNA 4PETA 4TOZA 1FQEA 3CFXA 1SW1A 1GVCA 1UQWA 3Q28A 4RYAA 2DSFA 3FASA 1LBCA 3FATA 1MQDA 1JQFA 4JSOA 2GRVA 5I59B 3CIJA 1FTJA 2O69A 4QF9A 3O6IA 4GF8A 1CB6A 3SEXA 3UIFA 1DSNA 1AOVA 3TQLA 3T9HB 5J1DA 1ZIUA 3UGWA 1AH5A 2PYYA 3PD9A 4Z0IA 3H6TA 4LZ8A 5A5XB 1UTHB 1PC3A 2Y7WA 4YZZA 1QKAA 2Q8JA 3H6WA 1N3XA 5DEXB 5AA2B 4O3CA 4KPTA 2ZYKA 2Z22A 3TPAA 3D4CA 1H45A 1J1NA 3ODBA 3CG3A 1FQCA 2THIA 4OESA 1EU8A 1AMFA 3DP6A 4DZ1A 4QFPA 4IB2A 3MC2A 5H8HA 1HSJA 3RUMA 1MXUA 3TCFA 3ZS6A 4ECFA 4F3PA 1SDXA 2I3WA 4NF5A 4H6DA 4EF1A 4EQ9A 2B3BA 2DWJA 3CFZA 4FAJA 1PBPA 3PPRA 4XIGQ 4QRZA 1RYOA 1DTGA 3MZ1A 2DQVA 2NVUB 2OK2A 2UYFA 4IGTA 1LB9A 2DE3A 4OMBA 3R7XA 4AB6A 4IY5A 4IGRA 4WKMA 2QS2A 4OERA 2DWHA 1B1XA 3O6GA 1RKMA 3CFLA 1OVBA 4R72A 3HCQA 4RXLA 3WAFA 3EHUA 2XXYA 2FYIA 2UVJA 3KSJA 1Y1ZA 1TFDA 3Q27A 1NNFA 3V89B 2H9BA 2OJTA 1O7TA 3TFLA 5I58A 3IX1A 2RCBA 2GH9A 2PMSA 5CI5A 4Q8RA 4OHNA 4DDDA 4F3GA 3RY3A 1SI1A 3K02A 2V25A 5FHNA 4H5GA 3FVNA 3TAJA 3VLUA 3OSQA 3OELA 1B3LA 2A5SA 1ZKBA 4F18A 2GHAA 5AA1A 2RC7A 5L9SA 4R6YA 2DWIA 4ZE8A 3S9EA 1A54A 4FEBA 4F2QA 1I6BA 3SEVA 2G29A 3GLBA 4DXBA 1URGA 1MXZA 3E3KA 3G7WA 3E4RA 2ZMBA 3PPQA 1LFHA 3T9UA 3KN3A 3R6UA 3SKPA 4OWDA 2IA4A 4FECA 4YB7A 3PGFA 1Y4TA 1B3EA 3T22A 1B52A 3RPWA 3TDJA 3RNNA 3FVGA 4UA8A 5CRYA 2A5TB 1XVXA 3IAZA 1L5TA 5A5XA 1UTHA 1PBQA 4TQUQ 2FNCA 2UVHA 2DOJA 2NOOA 1USYE 3B7DA 2OWSA 1LAHE 4NE4A 3ZKLA 1N3WA 1ANFA 3U94A 2VD3A 2XXVA 3Q29A 3UK4A 1MM6A 4DCYA 1NNTA 2UVIA 3W9VA 1I6QA 3VDFA 5CC2A 3CR9A 1FQFA 1JVYA 3K01A 4H67A 4ELPA 3KJTA 3PPNA 2HCAA 1QVSA 4NF8B 3U8QA 1WVJA 2P1SA 5I2KB 2XXQA 4GL0A 5DT6A 4GOTA 3G3IA 1B4HA 1BKAA 2CMOA 4FORA 3OD7A 2QL3A 5I2NB 3OSRA 3KOSA 2Z23A 1B1HA 3SERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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