4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
molecule tags Transport protein
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
1SQYA 4IGRA 4OFOA 4OERA 1SI0A 5I56A 1BP5A 3C36A 4LZ8A 4EQBA 4TOZA 3VLVA 3B6WA 4RYAA 2VOZA 1B7HA 1SD3A 1H43A 4QFPA 3FXUA 1Y3QA 1M5CA 3Q25A 4LATA 3TDJA 2PYYA 1TT1A 4G68A 2UVIA 5J1DA 4HCYA 2F34A 4YB6A 3LR1A 2A5TA 2OLBA 4P11A 4FORA 5TPAA 3A09A 1SI1A 4LUBA 5ICTA 1URDA 4XKQA 4QFKA 5I56B 3EHTA 3DLNA 1B7UA 3E4RA 1PDAA 3I5OA 1FTKA 1XT8A 4I8CA 4ZDMA 2ZYKA 5H8NB 1FTOA 3G3IA 1O64A 1QUJA 3K1MA 1MY1A 3LSXA 1RYXA 3E13X 1Y4TA 3H6UA 4R6HA 3IB1A 1MH4A 3VXCA 2ZNTA 2G29A 3PMWA 3RN8A 3V8XB 1MXUA 4GXAA 4OHNA 5HBCA 3G3FA 4XXUA 2A5TB 4RA1A 1ZIUA 5TPAB 3HO7A 4FATA 2F8DA 4O3BA 4RJZA 2RC9A 3MJNA 2DE4A 2XX8A 1MXWA 3K4UA 3OD7A 1NL5A 1FQCA 3C32A 2I49A 1LBCA 3K1NA 4AQ4A 1MPBA 3OENA 1DTGA 4XTCQ 3OMBA 3VDFA 2AL5A 3TPAA 5CMCA 3FXQA 2GHAA 1FW0A 1XC1A 1JW5A 2QMXA 1R9QA 4P0IA 3S9MC 3VVEA 4H0WA 4JB7A 3CFZA 5AA4A 2XXYA 3ILUB 2F7AA 3DM0A 4YMBA 4KCDA 1OQGA 1MQIA 2REGA 4ZEDA 1O7TA 2Y7PA 2PT1A 4KYDA 2DYXA 4G68C 2DXYA 3EN3A 3T9UA 2W7YA 1UIUA 1MS7A 5KDTA 1LB8A 1P1OA 2DS9A 3LSFB 2X7PA 4BDQA 2CZLA 2Y7WA 4BDNA 4H8JA 1ZTYA 4PFUA 1SW5A 3S9NC 2DWAA 3T9VA 4OXVA 4Q0CA 3LC8A 4NF6B 4JWXA 2ZYMA 3HHGA 3W9VA 1MXYA 5AA4B 3IB0A 3N94A 1QVSA 1P99A 1LSTA 1MDP1 5CMMA 3B7DA 3RUMA 5CI5A 5I59A 3B6TA 3U92A 1B6HA 4EXLA 3MP6A 3JV9A 5KDTB 4GQOA 1JNFA 1LAXA 1S7YA 1GVCA 4JSOA 2F97A 3HCQA 3Q26A 4YKKA 2QS2A 1MPDA 4LVQA 3UP9A 1B46A 3O66A 2QPQA 1OMPA 1DTZA 4PETA 3QXMA 3TTRA 4R73A 2V3UA 4ZEFA 3TQLA 4NF5A 5B70A 4QSDA 4F2OA 1WVJA 2XXRA 5BWJA 3G3HA 1PB7A 3MUQA 2DE2A 3SDFA 1OQHA 5I57A 4HW8A 1EZ9A 2ZMBA 5I59B 4JXIA 4IO3A 4NF4B 4P0GA 3PUVE 3OO7A 5I58A 1YCJA 3IOVA 3HSTA 4ZZAA 2O68A 2QMWA 1J1NA 4ELQA 3PV0E 1B52A 5CRYA 1N7WA 4GD5A 4OYVA 4F3BA 2ZYNA 3IO4A 2O84X 3CG3A 3ZKKA 1R1NA 1A54A 1UIVA 1GR2A 3RGYA 4NF5B 4ZECA 1UQWA 2YLNA 4KQPA 4R6YA 1H3DA 3PMVA 3SETA 4R9FA 1B9JA 1NNTA 3PPNA 4KFQA 1UTHA 1B0HA 3C33A 4QFLA 2HEUA 1YAEA 3PD8A 5I57B 3PUYE 4H67A 3CFXA 3DELB 5I58B 4I1DA 2DQVA 3QUFA 2F7CA 3SEUA 1HSEA 5AA1A 4FECA 3W15C 4H6DA 4EF2A 3MWBA 2O69A 5DYHA 1XVXA 3FXRA 4KHZE 3K0VA 2QS3A 1N3XA 1GGGA 2XXVA 3FD3A 1LBBA 1B51A 3KN8A 2D5WA 2OBGA 3P7IA 4JWOA 1JETA 5CBRA 3LSWA 4N07A 1Z7NE 2ZNSA 3KSJA 4QF9A 3GLBA 5H8HB 1MQDA 4OEUA 2ONKE 1M5FA 2PT2A 3O6IA 5LOMA 4ELPA 3H03A 2P0SA 1FQEA 3VLUA 1TFDA 3O6HA 4WEDA 4F2QA 3HPIA 3EPEA 3K00A 4QRZA 1FTLA 1SW4A 3TCGA 1HSLA 2Q8JA 4PE5B 2OWSA 2H99A 1IXIA 4G8HA 2I3WA 3TTNA 5ITPA 1SVXB 4HCWA 4RPNA 3TCHA 4ELOA 2F5XA 3TTKA 1B5IA 3ZSFA 5ICQA 4M4GA 5CMBA 3ODBA 2V3TA 1QUIA 1AL3A 4WXJA 4F39A 1SW2A 1MQJA 1BIYA 2QJEA 3OSRA 1US4A 4TLLB 3R7XA 1ZU0A 4E0XA 2RF1A 4Q5TA 2HFBA 3C9HA 1BLFA 5AE4A 3KFMA 2Q2CA 2X26A 1D3KA 2Q89A 3H6TA 4JSDA 3EF7A 1CE2A 1Y3NA 2B3FA 1MXVA 2YPNA 3ZS6A 3MVZA 3O9PA 4OWDA 3WAEA 4IO6A 3FATA 4IB2A 4RK9A 4O3AA 4GL0A 3O97A 1USYE 2Z22A 4F18A 5FHNA 2RCAA 4ZEKA 1LB9A 4ND9A 3TODA 3RLFE 1R6ZA 3RT6B 1A99A 5JEIA 3A3UA 4IY5A 3N6UA 1B7ZA 1R9LA 4GOTA 1Q35A 2VP1A 3C31A 1B0LA 1SDXA 3RQTA 1LAHE 4X9TA 3TCFA 1B4HA 5CM6A 2F6GA 3K01A 5IAIA 2ZYOA 3C35A 4X48A 1NFTA 2HCAA 4YKJA 2Q88A 1JQFA 1A7LA 5FHOA 3MZ9A 1MM6A 3KJ7A 3MVWA 1T0KA 3IOUA 5FTHA 2QSXA 4G68B 3T96B 2P2AA 3B6QA 2Y7KA 3FV2A 2IEEA 4NTLA 3RTWB 1FCKA 2F78A 1FTMA 3FZVA 4OVJA 1Y1MA 4R6KA 1EZOA 1B3LA 3CVGA 1MQGA 3MPLA 3SEYA 3U72A 4C1UA 1VR5A 2FYIA 4U4XA 3CG1A 3Q27A 3L6HA 1L5TA 4M1VA 1DSNA 2E0SA 2RCBA 4ECFA 3FJMA 2B65A 2XX7A 4Z0IA 3ZKLA 4MLVA 2V84A 3PUXE 4PP0A 2HZKA 1ZMGA 4OTEA 2ZNUA 3DP8A 4YAHX 3M3KA 2HAUA 4GRKA 1FQBA 4ZE9A 1LAFE 3TTMA 3FVGA 1OLCA 4KCCA 1H76A 1Y9UA 2PBWA 1FQFA 2DVZA 2F36A 4MBPA 4H8IA 2Q9TA 3K6VA 5CC2A 5F1QA 5FHMA 5ELVA 5BUUA 3IX1A 3G7WA 2FA7A 4ZZEA 2ANJA 3U94A 3LSLA 4OEVA 1AOVA 2F7BA 1GTKA 4YZZA 4ESXA 1VFDA 2GHBA 4DXUA 3PPRA 4G4PA 4OENA 3SEVA 3MZBA 2O1LA 3GBBA 1QKAA 1IITA 3M8UA 4WEPA 3OEMA 4DXBA 3U8QA 2NUVA 3BKIB 4DCYA 3VFJA 3JZJA 3OEKA 1I6AA 3MP8A 1ZLQA 3U1OA 4H5GA 1EU8A 3CFLA 1EZPA 4K3FA 3TEPA 3IAZA 1D9YA 1B1HA 4MF3A 1MRPA 3TAJA 1P1WA 3Q28A 1IXCA 2E1SA 4QFOA 4U4SA 1AH5A 1URSA 3FVNA 3S9LC 3K6UA 5KCJA 4F1UA 5KZTA 4L17A 4OQOA 1VE4A 3VE1B 1S50A 1H44A 4IO4A 3FJGA 1AMFA 4OZ9A 2DVCA 4H5FA 4YICA 1B3GA 2XXIA 4XKRA 5I84A 5JTYA 3K02A 5K2XA 5EYFA 1I6QA 1N84A 3T66A 3UK4A 4LQ2A 3CR9A 1OVTA 1IZ1A 4F31B 4U1OA 4NWCA 1N3WA 4ELRA 5CBSA 1Q1KA 2OZZA 4XKNA 1OVBA 2XD3A 1N04A 2O51A 5L9OA 1A55A 1NKXA 1JVYA 4RPOA 4LZ5A 1A40A 4MFIA 5KCJB 2XXPA 1DMBA 1PEBA 4BDRA 1IUDA 2I0CA 4NE4A 1LCTA 4X1DA 1B5HA 4FEDA 4HTGA 2Y7RA 1N7XA 2HQ0A 4KYSA 5JTYB 4LP2B 1WODA 3PUWE 4F1YA 1MG1A 4DIGA 4FEBA 1N76A 4N6PA 2AYSA 1Z7ME 3GZGA 2O6AA 2DWIA 1D9VA 1JW1A 4Z7EA 2UVJA 1PB8A 3OO8A 2I48A 3IB2A 1CB6A 3EHSA 1M5EA 2QRYA 3KG2A 3K1PA 2GRVA 1NNKA 1PB9A 1PC3A 4R74A 1POY1 2O7IA 4FJPA 3CIJA 3BFUA 3G3GA 3QIMA 4DCXA 1NMUA 2Z8EA 4U23A 1AIVA 3IR1A 2OCUA 4IGTA 2OWTA 4GL8A 4DE8A 4YKIA 5DEXA 2RC7A 5HM4B 4POXA 2I58A 5H8FA 3KZGA 3RPWA 4FIMA 1UTBA 2DP8A 4H65A 1ANFA 1UTHB 1MY0A 3M3FA 2XX9A 4PQJA 4O3CA 2NOOA 1FQDA 3C34A 4JWYA 1JEUA 3KOSA 5B7DA 4YU0A 2DSFA 2FNCA 2ESNA 4TLMB 3JYRA 4EQ7A 3H4ZA 4OFJA 2H98A 3H6WA 2Z8FA 2XXWA 1ELJA 3RY3A 4F29A 4F3PA 2D3IA 2PVUA 2ALUA 3KN3A 3MVXA 3MAMA 2R9JA 4F3SA 4EUOA 4OMBA 2PX1A 1ZJLA 2GFEA 2UVHA 3BFTA 4ESWA 3VVDA 5CMKA 5DEXB 2O1MA 5H8FB 2DWJA 4NMYA 1PBQA 3KJTA 1P1NA 2VD2A 3KBRA 5F7VA 1ATGA 3MBPA 2R71A 1B1XA 1OIBA 3MZ1A 3T9HB 1B3HA 4PFWA 1HSJA 5AA2D 3F11A 3MC2A 3RTFB 1LAGE 3QUJA 1MQHA 2XXQA 4KI0E 3FV1A 3V89B 1WDNA 3M3LA 2H25A 3SERA 5HPQA 4GIZA 3EQ1A 3PU5A 3PPOA 4R9GA 1EH3A 4PFYA 1LCFA 4NWDA 1POTA 4ZEIA 4BDMA 1DPEA 1MY4A 4XKPA 3PGFA 3CSGA 2QS1A 1LGBC 3ILTB 1FQAA 5DVIA 1TXFA 3C4MA 2DWHA 1LLSA 3FVOA 4JDFA 4LZ7A 1B4ZA 5H8NA 2ONRA 2XXTA 4I62A 3AXFA 2LAOA 4YB7A 1ZKBA 4FE8A 3FIRA 4BDLA 4YB5A 2V3QA 3H7MA 1P1UA 2ZXTA 3GXAA 2VGQA 3UGWA 3TZAA 2H9BA 4OFLA 3ONMA 1USYH 4G77A 3SEXA 2V25A 3DP6A 3K6XA 1PBPA 4RY1A 1DPPA 4C0RA 3V5AA 3K6WA 3OELA 5AA3A 3TYHA 5DVJA 2XXXA 3CSBA 1RKMA 2OJTA 2RKMA 1XS5A 3OSQA 4DDDA 3IJOB 2F35A 3IOWA 4GWOA 3TMGA 2XXHA 5JK4A 3I6VA 1MH3A 3G3JA 3UORA 3HV1A 2RC8A 1JEVA 1VFEA 2UVGA 2DOJA 4BDOA 2HAVA 3U93A 3UN6A 3L6GA 4DZ1A 1QKBA 4YKPA 2CMOA 1I69A 2IA4A 1MY2A 3FGSA 4KD5A 1QULA 1Y1ZA 1B32A 1JVXA 3KEIA 1NNPA 5FTIA 3QAXA 2Y7IA 5L9SA 3KOTA 1IEJA 4U22A 4ZE8A 1B2HA 1YTVA 1S9TA 2VD3A 3LUYA 1MY3A 1VSOA 1XVYA 1MXZA 2HZLA 3KN7A 4QSEA 5DT6A 3TTLA 2I4CA 1ZBMA 5TU0A 4NF6A 4ZEBA 5ITOA 5L9MA 3O6GA 5L8DA 5I2KA 2P1SA 1KWHA 3SKPA 3GBAA 3R6UA 3TUSA 4R75A 4LONB 1NNFA 2KLFA 4EF1A 3I3VA 4ONYA 3EHUA 4I9DA 3CRBA 4G8NA 2F6PA 3S2VA 4GFRA 1B3FA 3VLWA 3IO6A 5DVFA 2GH9A 4IO5A 4ZS9A 2XD2A 1MM7A 1MXXA 3S9EA 4G2ZA 4F19A 1IXHA 4OESA 4IY6A 4FAJA 3QK6A 4QFNA 2HXWA 3DP4A 5H8SA 3VVFA 1H45A 1XOCA 4R2FA 1F9BA 1US5A 3KGCA 4EQ9A 5I2KB 3PMXA 3D4CA 2BJJX 4C1TA 2THIA 4EXKA 1M5DA 2H4IA 3O29A 3E9XA 3TKDA 1FTJA 1QUKA 3OO6A 4NF4A 4XIGQ 1MPCA 3SESA 2UYEA 1Y20A 5EHSA 2Q2AA 3MW0A 4GF8A 4ISUA 3T22A 5AA2A 4KYEA 2NWJA 2H5YA 1I6BA 2REJA 3PPQA 4RXLA 5EHMA 5I2NA 4KPTA 2M8CA 3IOTA 4PFTA 3H06B 3IK6B 3N5LA 1O63A 2I0BA 1SW1A 3KSXA 3Q29A 4AB6A 4LA9A 1II5A 2B3BA 1LFGA 3N6TA 2XXUA 2QS4A 5A5XA 4GXSB 1TFAA 2Z8DA 4NEDA 1URGA 3OOAA 2Z23A 3E3KA 2R6GE 1D4NA 2NXOA 1N0TA 4R2BA 4WKMA 4DXCA 4MH5A 5AA2B 2I6EA 3H6VA 3LBSA 3IORA 5ISUA 3IL1B 3SEWA 1Y3PA 3USDA 2X7QA 5I2NB 2O7UA 3N26A 2NVUB 4BLAA 4THIA 3FVKA 5TP9A 1RYOA 1B3EA 1QW0A 4RK2A 2WKYA 4IO2A 4Q30B 3UA8A 4F22A 5H8HA 4F1VA 4POWA 4KR5A 3OXNA 3IJXB 3BBRA 4JBZA 3VXBA 5IKBA 2OK2A 4NF8A 5A5XB 3THIA 3O2AA 3WAFA 3D4GA 2DE3A 4QHQA 5H8QA 1IQ7A 3FUZA 3MQ9A 3TELA 4UACA 3RNNA 2ABHA 3ECRA 4YMAA 1A8EA 4U21A 1SYIA 4G8MA 4GVOA 4U2RA 1B58A 1SYHA 3V83A 4F3GA 3QYTA 1MDQA 5TP9B 1TWYA 3RT8A 4GLIA 1P1QA 1Y4CA 2PMSA 2AIXA 4HS7A 2YJPA 4RNSA 4LQ5A 1A8FA 4IO7A 4QSCA 2V93A 3A3CA 3TQWA 2Y84A 3PD9A 3QSLA 1IXGA 3H3GA 5K2YA 3TFLA 4NF8B 3G3KA 3FJ7A 3K2DA 5M2VA 3HN0A 1XHYA 4N13A 1DOTA 3CI8A 2I4BA 5H8QB 2D21A 3HHFA 2ONSA 2AL4A 2DXRA 3VV5A 1NH7A 3MVYA 3W9WA 2G93A 4MLQA 2UXAA 1BKAA 4R72A 1UTBB 3O28A 3T9XB 4TQUQ 4U1ZA 3R26A 3PPPA 3UIFA 5DTBA 2RINA 3S4UA 4Q8RA 4UA8A 1JW4A 1GV8A 2XHDA 2A5SA 4X1BA 1SBPA 1LFIA 3MPKA 2UYFA 1IIWA 3FASA 2QL3A 1BTJA 3T93B 4AB5A 1M5BA 1B05A 4EDPA 1LFHA 3PUZE 4OETA 1NH8A 1YPNA 4E0WA 4H1XA 2I3VA 1QJMA 1OLAA 3OO9A 3MP1A 1B40A 2VHAA 1B5JA 4DLDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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