4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
3MW0A 4Z0IA 5I2KA 1MRPA 3VVDA 1S7YA 3VXBA 2Q2AA 3TODA 1I69A 4TQUQ 1CB6A 2HEUA 1FCKA 1UIVA 4YMAA 3PV0E 3TCFA 1US4A 5DVIA 4H65A 1H76A 4IB2A 2I3VA 3TQWA 4F1VA 1P1UA 3CFXA 3KJTA 2F7CA 4DIGA 1URDA 2HAVA 2LAOA 2CMOA 4AB6A 3K01A 4TLLB 2ZYMA 3G7WA 3FJMA 3RTWB 4ELPA 4OESA 1UTBB 5I57A 4PFUA 1OLAA 5A5XB 1DPEA 1JEUA 2ZXTA 4FEBA 1POY1 2DOJA 3MVZA 3DP4A 5CMCA 1LCFA 1QUKA 4F3GA 2O84X 5CMKA 2OCUA 4LVQA 1XVXA 3FGSA 4R72A 1Y4TA 3O29A 3MP6A 3Q26A 1ZLQA 3K1PA 3O6IA 1BLFA 3VVEA 2B3BA 3DELB 1DMBA 5CMMA 3KGCA 2HQ0A 4N07A 3UK4A 4EF1A 2ZYOA 2HXWA 1EH3A 2KLFA 5I56A 1SYIA 2ZYKA 4ELQA 2I58A 1YCJA 5H8NB 1PBQA 3H7MA 2HZLA 2UVHA 1URGA 1NNPA 3IJXB 1MXVA 1QULA 2DWJA 5JK4A 4IY5A 4KFQA 3OEKA 2X7QA 4RYAA 1QJMA 3AXFA 4L17A 4MFIA 3P7IA 2HFBA 4WEPA 2YJPA 3TELA 1XS5A 4R6HA 4IGTA 3KJ7A 1A40A 2D5WA 4LP2B 3BBRA 4GWOA 4YZZA 3BKIB 4XXUA 1BTJA 1YPNA 1ELJA 1BKAA 2GHAA 1II5A 1J1NA 5H8QA 1SI1A 3K2DA 5ELVA 2DWHA 4GL0A 4G68B 1SW5A 4ECFA 3EPEA 1HSEA 4G8NA 1PBPA 3HV1A 5KDTA 4NTLA 4E0XA 2XXPA 3W9WA 4GD5A 4NF8B 3HHFA 2QS2A 3KN7A 4ZE8A 1IQ7A 2Q89A 2Y7KA 1LBCA 5DEXA 2I4CA 1AOVA 2OJTA 3DP6A 4F1YA 3C31A 1UTHA 3EHTA 3E4RA 1MM7A 3PMXA 4LUBA 3VFJA 5AA4A 4KR5A 3S9NC 1JVYA 4YU0A 3T9XB 3N26A 3TAJA 2XX8A 1Y9UA 3C32A 1IUDA 4UA8A 3K6WA 4F22A 3QSLA 4ND9A 3MPKA 4ELOA 3PPRA 1JW1A 2DE4A 4ZEKA 2A5TA 3M3KA 3SETA 2H25A 5ISUA 3O6HA 1PC3A 4MLVA 1QUJA 3TFLA 4I8CA 4XIGQ 4YICA 3IAZA 4OEUA 1TFAA 5TU0A 1MY0A 4OMBA 5AA1A 1GGGA 4OFLA 4PQJA 2XXVA 3N94A 4ZEBA 1UIUA 4F29A 4QSCA 1N04A 3IR1A 4R2FA 1TT1A 1EZPA 1OQGA 4ZECA 1N3WA 4RA1A 3KOTA 1LSTA 3TDJA 3S9MC 5I57B 3OO7A 1S50A 2PT2A 4U1OA 3TTKA 3C36A 2XXYA 3T9HB 2THIA 1B3EA 1OVTA 3FV2A 3TUSA 4MH5A 4FATA 3FXQA 4RNSA 1DSNA 4U21A 1B40A 3O97A 4OFJA 4R9GA 1ANFA 4DXCA 3RGYA 2F34A 4JWOA 3UORA 2REJA 2ESNA 3W9VA 3M3FA 5CMBA 1Q35A 3CG3A 4DE8A 2QPQA 1SI0A 5L9OA 4KPTA 3KBRA 2ZYNA 2E1SA 2R71A 3IK6B 1PB9A 1B7UA 1SW2A 3ONMA 3C35A 5I56B 3RUMA 1WODA 1UQWA 4P11A 1YAEA 3K00A 3GBBA 3FJGA 5HPQA 2WKYA 4R6YA 1WDNA 3H6WA 1Y4CA 4U4SA 5EHSA 4M1VA 3DM0A 4H5FA 5TP9A 5JTYA 3C4MA 1FTJA 3TYHA 4O3AA 1NKXA 1NFTA 1B5JA 3S2VA 3UP9A 1B4HA 3CI8A 1LAHE 3PUXE 1Y3NA 3L6GA 1P1OA 2NVUB 4KQPA 1DTGA 3F11A 3MQ9A 5TPAA 5BWJA 1N84A 4QSDA 1M5BA 1D4NA 1PEBA 1EZOA 1MQGA 4ESXA 4YAHX 1N76A 1MPDA 1QW0A 3RPWA 4OEVA 3FATA 3JZJA 3C33A 5H8QB 4GL8A 2AYSA 2DXYA 2YPNA 2Y7WA 1B4ZA 1USYE 4F3PA 4ZE9A 1D9VA 1ZBMA 1JETA 2VOZA 5KDTB 4OQOA 1CE2A 3USDA 4G2ZA 3SEVA 1NL5A 5HBCA 2F5XA 4EQBA 3R26A 4ISUA 4BDMA 4NEDA 2XXTA 1S9TA 2QS4A 4X1DA 1B51A 1N7WA 1H43A 5DEXB 1XOCA 1L5TA 1UTHB 2XHDA 2H99A 4FEDA 4KYDA 5ICQA 4BDRA 4AB5A 3Q29A 5AA4B 3Q25A 3FVOA 5H8SA 4GIZA 5FHOA 2PBWA 2Z8DA 2HAUA 5K2XA 1NNTA 1I6QA 2ONSA 3KG2A 3O9PA 1MY3A 1A8FA 4LQ2A 3PPQA 4QFNA 1XHYA 1MQIA 2NWJA 1FQEA 1B9JA 3WAFA 1MDQA 3K02A 1NNKA 1B52A 2A5TB 3EHSA 1MXUA 3EF7A 1B1XA 4EDPA 1LAFE 1VFEA 4FECA 5I2NA 2I49A 4DCYA 3BFTA 1JVXA 4ZDMA 2F97A 1M5FA 3GXAA 5CBSA 1AIVA 4ONYA 2DXRA 2P1SA 3FVKA 1XT8A 4YKPA 1B7ZA 4YKJA 5FTHA 3OO9A 2V3TA 4X9TA 3K6XA 3H06B 1ZJLA 2DVCA 2Y7IA 4YB5A 3RY3A 3IORA 1HSLA 2V93A 1ZIUA 1MQHA 4C1UA 1QKAA 1N7XA 2CZLA 1VSOA 4KHZE 3PPNA 4I9DA 1LB9A 4PE5B 4NF4A 2X26A 2Z22A 2GRVA 2M8CA 4PFWA 5L9MA 3KN8A 4YKIA 4BLAA 4U23A 1SW4A 3S9LC 4QFLA 2Z23A 3FD3A 4GOTA 3R6UA 3B6WA 1OQHA 2AL5A 1ZMGA 3T9VA 3OO6A 2GHBA 5B7DA 2F7AA 4H5GA 4N6PA 1B58A 1LB8A 2ZNUA 1MY4A 3CRBA 3RQTA 1ZTYA 3I6VA 4G8MA 3MBPA 3KSXA 2I0CA 3MZ9A 2DWAA 3LSWA 4O3CA 3IOWA 3U8QA 5I58A 2O1LA 3FVGA 1MG1A 2GFEA 3K6UA 4HCWA 3SEUA 1WVJA 5TP9B 5JTYB 2ZMBA 4IO7A 4H0WA 1LFHA 2IEEA 5H8FA 3PMVA 3KSJA 5FTIA 3TCGA 1MY2A 3TTNA 1B3LA 1SYHA 1BP5A 4IO4A 3W15C 4KCDA 5TPAB 1IZ1A 2V3QA 2X7PA 3G3KA 2OZZA 3TTRA 4FE8A 2FA7A 2VHAA 4DZ1A 2P2AA 1LAXA 4XKPA 3FIRA 3MUQA 3TMGA 3OXNA 3OD7A 4KI0E 2PX1A 3Q28A 3RTFB 3SERA 5KZTA 4K3FA 1Y1MA 2PVUA 4WEDA 4OETA 3VXCA 4FIMA 4WKMA 3U72A 4R75A 2XD2A 3ECRA 2B65A 4JWXA 1PB8A 1B1HA 3H3GA 4U2RA 3K0VA 2QS1A 2ANJA 5FHMA 3H03A 2A5SA 2F36A 2ALUA 4KYEA 1RYXA 3TTMA 5IKBA 1EU8A 2Y84A 1I6BA 4MLQA 4NE4A 3THIA 4F3SA 4GVOA 3VVFA 4JSOA 4LQ5A 4LZ7A 1LGBC 5I2KB 5H8HA 2ONKE 3IB1A 4XKRA 3ZS6A 3CG1A 1DPPA 3B7DA 3SDFA 1FTMA 4KCCA 1SQYA 3G3GA 4DXBA 3QUFA 3PUZE 1FQCA 5I2NB 4U4XA 2RC8A 2I3WA 1OIBA 3CFLA 3KEIA 5HM4B 1D9YA 3T9UA 3HHGA 1NMUA 1A54A 1FQDA 4QSEA 4WXJA 1US5A 3MJNA 1B3FA 5I84A 4FAJA 1JNFA 2XXIA 4QFPA 2NOOA 1B3GA 5ICTA 3KOSA 5KCJA 3B6TA 5LOMA 4F3BA 4RXLA 5IAIA 4TOZA 3OSRA 2Y7PA 5A5XA 4ZEFA 3R7XA 3G3FA 4EXKA 5K2YA 4NMYA 3OEMA 4NF4B 4NF5A 4Z7EA 4U22A 1O63A 3G3JA 4OWDA 2HZKA 3SEWA 3TQLA 4KYSA 2Y7RA 3CIJA 4F39A 3T93B 3SKPA 3OMBA 2Q9TA 4OERA 1USYH 4GFRA 2HCAA 3WAEA 3E9XA 3PPOA 3GZGA 4HS7A 4XKQA 4QHQA 4OENA 1FW0A 4RY1A 1RYOA 2XXRA 2UVJA 3PPPA 2DE3A 2O1MA 1O64A 4YB7A 3TPAA 3OOAA 1JQFA 1FQAA 3IOTA 3RLFE 5L8DA 4OYVA 5AE4A 2NUVA 1R9QA 3QYTA 3HCQA 1BIYA 4OHNA 1B05A 2XD3A 2PYYA 5I58B 2OWSA 2UVIA 3LUYA 1MH3A 1MY1A 1TFDA 4OZ9A 2P0SA 1YTVA 2DQVA 1A55A 3KFMA 4NF6A 2Q8JA 4E0WA 5H8FB 4GLIA 3EN3A 3HSTA 1Y1ZA 1D3KA 4M4GA 3PUVE 4NWCA 1Z7NE 1QUIA 3O28A 3FVNA 4H8JA 2XXUA 1F9BA 2O51A 1ZU0A 3MWBA 2QS3A 1AH5A 3O6GA 2FNCA 4EQ9A 1LFGA 1Y3PA 4PFYA 2REGA 4PP0A 2NXOA 5J1DA 2F6PA 4BDNA 1P1QA 1B5HA 2UXAA 3N6TA 3V5AA 3VDFA 4UACA 3ZKKA 1DOTA 5AA3A 3CFZA 2H98A 3DP8A 4RK2A 3K4UA 3CR9A 1QVSA 4JWYA 2QMXA 2DVZA 2O7UA 4FORA 5CBRA 3G3IA 3A09A 3K1NA 3IO4A 4JBZA 4LZ8A 3FJ7A 3CSBA 4P0IA 3LSXA 3FV1A 3GLBA 3UIFA 5DVFA 2PMSA 1PB7A 4OXVA 3VV5A 1JEVA 4DLDA 1LFIA 4PFTA 3MZBA 4FJPA 2H4IA 5H8HB 4F2QA 4NWDA 4F1UA 3IOVA 3MVWA 1H3DA 2QSXA 1B0HA 3E3KA 2VD3A 2F7BA 1GV8A 3TZAA 3DLNA 2B3FA 4QRZA 2V25A 4DDDA 1AMFA 2RC9A 4F2OA 3ODBA 3U94A 4GF8A 1B7HA 3S4UA 3VLVA 1TXFA 2XX9A 1POTA 1JW4A 1SDXA 1T0KA 1DTZA 1KWHA 1B6HA 3EHUA 3E13X 1VFDA 4JXIA 4LATA 3IJOB 3JV9A 4RJZA 1AL3A 1B46A 4G68C 5KCJB 2XXXA 1FTOA 3RT6B 1SW1A 2OLBA 1LBBA 3N5LA 5CI5A 1MQJA 4DXUA 1M5EA 2RKMA 3ZSFA 2AIXA 3V8XB 4G77A 4EXLA 3LC8A 1B0LA 3M8UA 2RCAA 3FASA 4NF5B 4THIA 1MS7A 2O6AA 3FXRA 4R74A 2RF1A 1HSJA 3K6VA 5AA2D 3VLWA 3IB0A 3LR1A 5M2VA 4X1BA 3FXUA 4GXSB 3U93A 4ZZEA 2F35A 2Q88A 3UA8A 1H45A 4AQ4A 3MPLA 3O2AA 1B2HA 4DCXA 3CVGA 3RT8A 2YLNA 3QIMA 3I5OA 3ZKLA 2D3IA 1MXZA 4OTEA 4EF2A 2DP8A 3D4CA 3OO8A 4QFOA 3TTLA 4RPNA 4U1ZA 5DVJA 3FUZA 3GBAA 3HN0A 3IL1B 4IO6A 3CSGA 2RCBA 2OK2A 1H44A 3HPIA 1FQFA 2UYFA 4IO5A 2UVGA 4X48A 1LAGE 4NF6B 4F19A 5L9SA 3UN6A 3SEYA 1MXYA 2DE2A 4BDQA 3PD9A 2ZNTA 1P1NA 1Y20A 2O68A 2Z8FA 1EZ9A 2VP1A 4IGRA 4R73A 1N0TA 1I6AA 2Q2CA 2ZNSA 2XXQA 1MPBA 5I59A 1ATGA 3D4GA 3PU5A 2DS9A 2ONRA 4OVJA 1IXCA 2XXWA 4LZ5A 4POXA 1Y3QA 3M3LA 1A99A 2FYIA 4F31B 1Z7ME 3MP8A 3A3UA 3H4ZA 1B32A 3QK6A 1XVYA 2UYEA 1R6ZA 4QF9A 3N6UA 3H6TA 1VE4A 1NH7A 2QRYA 3V89B 3MVXA 4BDOA 2F8DA 3VE1B 5FHNA 4ESWA 4C0RA 2QL3A 1QKBA 2RINA 3U92A 1MQDA 2I6EA 1VR5A 2I4BA 4EQ7A 5F1QA 5AA2A 1TWYA 2QMWA 4GRKA 1NH8A 5CM6A 5ITOA 3HO7A 4XTCQ 4GQOA 4PETA 1ZKBA 5JEIA 5CRYA 5ITPA 1LLSA 1MPCA 4R2BA 3C9HA 4ZS9A 2OBGA 1OVBA 2W7YA 4JSDA 1MDP1 1URSA 3ILUB 3H6VA 3T22A 1GTKA 3B6QA 2O7IA 1A8EA 3T96B 4I1DA 3LSLA 2PT1A 2DSFA 2XXHA 1IITA 3KN3A 4H67A 2V84A 4IO2A 1P1WA 3LSFB 3H6UA 1O7TA 2ABHA 1Q1KA 2DWIA 4Q30B 4IY6A 4O3BA 3RN8A 1OLCA 4ELRA 3MC2A 4OFOA 3PMWA 1UTBA 3BFUA 4Q0CA 3PGFA 4ZEDA 3IOUA 2E0SA 4I62A 1R1NA 4JDFA 5DTBA 1M5DA 3QUJA 4P0GA 3ILTB 3KZGA 5DYHA 1FTLA 3O66A 4HCYA 5CC2A 3QXMA 5EYFA 4R6KA 4YB6A 2VD2A 4GXAA 3UGWA 3IO6A 1IXIA 2F78A 3IB2A 3MVYA 4IO3A 4Q5TA 3SESA 4LA9A 4R9FA 2I48A 3LBSA 2V3UA 1NNFA 4YMBA 5DT6A 1SVXB 3U1OA 1A7LA 1SD3A 4RPOA 5BUUA 2G29A 1B3HA 2G93A 3FZVA 5H8NA 4BDLA 2H9BA 4MF3A 2IA4A 4F18A 1PDAA 4XKNA 3OSQA 4MBPA 1IEJA 4C1TA 4LONB 3MAMA 1IIWA 1M5CA 1FTKA 2DYXA 3Q27A 3C34A 3OENA 1MXXA 5EHMA 3K1MA 4EUOA 4G4PA 4N13A 1GVCA 2R6GE 1XC1A 3RNNA 1IXHA 1RKMA 2OWTA 4ZZAA 3T66A 1IXGA 2XX7A 2BJJX 1MXWA 4G68A 4G8HA 3PUWE 2RC7A 5I59B 2F6GA 1OMPA 4JB7A 2GH9A 4H8IA 1R9LA 2I0BA 1LCTA 3G3HA 1B5IA 2D21A 2QJEA 4HW8A 3VLUA 4KD5A 4POWA 4HTGA 3V83A 3PD8A 4NF8A 4ZEIA 1JW5A 5F7VA 3TKDA 3I3VA 3TCHA 4TLMB 4H6DA 4H1XA 3A3CA 1N3XA 4Q8RA 4QFKA 1MM6A 1SBPA 1GR2A 3MP1A 3S9EA 3PUYE 3IX1A 3EQ1A 3SEXA 2H5YA 3JYRA 5AA2B 2VGQA 4YKKA 1MH4A 3OELA 2R9JA 3TEPA 2Z8EA 2AL4A 1P99A 4RK9A 1FQBA 3QAXA 3MZ1A 2O69A 5B70A 3L6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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