1ZLQA

Crystallographic and spectroscopic evidence for high affinity binding of fe edta (h2o)- to the periplasmic nickel transporter nika
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Spectroscopic Evidence for High Affinity Binding of FeEDTA(H(2)O)(-) to the Periplasmic Nickel Transporter NikA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 160
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2005-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1zlqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1zlqA01
2F6GA 1SQYA 4O3BA 1QKAA 3IAZA 4ZE8A 2PMSA 2HAVA 3MWBA 3TQLA 5AA4B 1L5TA 4IO5A 3TFLA 5CMBA 1N7XA 5KDTB 1OVBA 4YKIA 2DVCA 4U2RA 1LAHE 3QXMA 4GOTA 4N6PA 4OWDA 1J1NA 1MG1A 4ISUA 5H8QB 5DVIA 3SEXA 3EPEA 3CFZA 2A5TA 2QSXA 1SDXA 1A55A 4OERA 1JEUA 4EXLA 2XXHA 3HSTA 3IOWA 4G8MA 3TTRA 3H6UA 3MZBA 2GHBA 1A7LA 3PAMA 4I8CA 3GBAA 2Z8FA 3SESA 5KCJB 4GVOA 3TTNA 3H3GA 3RNNA 1RKMA 1RYOA 2ZNSA 2PT2A 1PB9A 4OENA 1D3KA 4JBZA 5F1QA 1LAGE 4YKPA 1FTKA 3IB1A 5AA2D 1FQEA 2ZNUA 1XOCA 3D4GA 3F11A 4ZE9A 1EZOA 2XXTA 4QRZA 2O84X 1DSNA 2DS9A 3T96B 2H99A 3U8QA 2X7QA 1FQCA 5H8NA 3I3VA 3FTOA 3O66A 3H6WA 1Y1MA 4LONB 1S9TA 4EDPA 1Y1ZA 3TQWA 3TAJA 2A5TB 3RY3A 2OWTA 3HO7A 3TCFA 1XVXA 5H8FA 4WEPA 4NF5B 4X1BA 3BBRA 3PPPA 2I4CA 5HM4B 3FVOA 3FD3A 3GXAA 1EZPA 1AMFA 2HCAA 2F97A 4LUBA 5CMKA 1OIBA 2F35A 3RQTA 3SERA 1LFGA 5EHMA 1M5BA 4WEDA 2XX8A 4ZZEA 1USYE 3KN8A 3KN7A 4EQ7A 2AYSA 1PB7A 2DP8A 4NF6A 2DQVA 2FA7A 1Y4TA 5TP9B 3QUJA 3N6TA 3VE1B 2DE4A 4OFJA 1R6ZA 3N94A 2CZLA 1MRPA 3TTMA 3CI8A 3ZS6A 1LBCA 1R1NA 1PC3A 1QVSA 4YU0A 5HPQA 3S9NC 2LAOA 2V93A 4M4GA 1NH8A 4LQ5A 3ZKKA 4QF9A 1MDP1 2HFBA 3HHFA 4OETA 4YMBA 2ONSA 2B4LA 2PVUA 4JSOA 5L9OA 2B4MA 1Q1KA 5AE4A 3PPOA 4DXBA 4C1TA 3TUSA 2GRVA 3O28A 2ONKE 2XXRA 4H6DA 3G3IA 3OEMA 1Y9UA 1MY2A 5J1DA 3C33A 4EXKA 3OSQA 5H8FB 3UA8A 3CIJA 1B1XA 4F19A 1B9JA 1N3XA 2V84A 5CI5A 4DXCA 3IB0A 4R2FA 1B40A 3W15C 2REGA 4YB6A 3UP9A 3K6XA 1LCTA 2XD3A 3OO6A 5HBCA 1H76A 3PPNA 2I0CA 5I58A 4F1YA 3RN8A 4NF6B 1B05A 3G3KA 3WAEA 2AL5A 3K01A 5TU0A 4E0XA 3FJ7A 3C36A 3GZGA 4P0IA 2F36A 3K1PA 2XD2A 4NE4A 2VGQA 4MFIA 3O29A 2Q88A 1QUJA 4RPOA 1URSA 1VFEA 3MAMA 2H5YA 3PPQA 4M1VA 4KR5A 3VFJA 1YCJA 4GIZA 2X7PA 4BDOA 2PYYA 2YLNA 3Q27A 4DCXA 1R9LA 3OMBA 3KG2A 4OQOA 3K1MA 3IO4A 4JDFA 2I48A 1TXFA 5F7VA 1B7UA 3S9LC 5JK4A 2XXIA 1ZU0A 1NNFA 1P1NA 5AA1A 2XXPA 1B4ZA 3SETA 2XX7A 4ZEDA 3FV1A 3O6GA 4ECFA 3LBSA 4KQPA 4X9TA 1MXXA 4U4XA 3SKPA 1LLSA 3VXBA 2E0SA 3PUVE 3VV5A 3KJ7A 5I58B 1PB8A 1MXYA 3Q25A 2Z8DA 4H67A 4EQBA 1UTBA 1A54A 3C9HA 3RYBA 3V8XB 1EU8A 4ELQA 1MQJA 3PD9A 4Z0IA 4DDDA 3TCHA 3C4MA 5DYHA 1S7YA 1XVYA 4R6YA 2WKYA 4RJZA 1ZKBA 2H98A 1JNFA 5H8HA 3U1OA 3N5LA 4R73A 1H3DA 3GBBA 3M3KA 2PBWA 4DXUA 2Z23A 2WOLA 4R9GA 3PPRA 3T9UA 3E3KA 1ZBMA 4OTEA 2OCUA 3QAXA 4GRKA 1N0TA 1HSJA 4OEVA 4QHQA 3S9EA 1LCFA 1MQGA 4MLVA 1B5HA 1NNKA 3E4RA 3U93A 4U23A 1B52A 4QSDA 3PU5A 3ZSFA 4GQOA 3TPAA 2X26A 3IR1A 1FQAA 3I5OA 3DRJA 3M3FA 4NTLA 4PETA 1O7TA 3DM0A 4ND9A 1B46A 3TMGA 4XKNA 3MZ1A 2ZYMA 5FTHA 4K3FA 1UTBB 4R9FA 1QJMA 3FXQA 3RPWA 3THIA 3K0VA 4KYEA 3EHTA 4H5FA 1Y3NA 4LZ5A 2DWHA 3HCQA 2QL3A 2UYEA 1XS5A 4ELRA 2I58A 3DLNA 3Q29A 3G3GA 1I6QA 5H8HB 1NNTA 3FASA 4XKPA 4DIGA 1GGGA 2UVHA 4JWYA 4BDMA 4ESWA 5I2KA 4PFUA 4YICA 5FHOA 2XXUA 1I6AA 3CFLA 3TODA 1AIVA 4XKQA 3P7IA 1N84A 3B6TA 2R6GE 2DWJA 1BKAA 3KJTA 5BWJA 4AQ4A 4ZDMA 3N26A 4R75A 1ZMGA 3OOAA 3PMWA 3MPLA 4DLDA 4PE5B 2IEEA 4I9DA 2VOZA 3TEPA 4XTCQ 3DRIA 1I69A 4Q30B 3VXCA 3RUMA 4NF5A 4FECA 3T9VA 3MVWA 1M5DA 2PX1A 3MP8A 1LFIA 4R74A 3A3CA 3EF7A 4FAJA 4FIMA 5AA2A 2ABHA 1JW4A 2WOKA 4G4PA 2Y7IA 3UN6A 3ILTB 1LFHA 4F2OA 5I2KB 1FTJA 2Y7PA 2V3TA 1B51A 5TP9A 1MH3A 4EUOA 1MDQA 1AOVA 3V89B 2DVZA 5I59A 1FQBA 4H8JA 1Q35A 1B58A 4F3PA 1FTOA 1KWHA 2AL4A 1GVCA 3I6VA 1B7HA 2XXWA 2VD3A 1SD3A 2HQ0A 1DOTA 2AIXA 5ELVA 3G7WA 1P1WA 4OXVA 1LAFE 2V25A 2BJJX 3U94A 3TCGA 3JZJA 3DELB 4ELOA 3OO7A 3ZKLA 4YB7A 3SEVA 3V5AA 1NL5A 1MQIA 3PUXE 4F1UA 3KFMA 3SEUA 3Q28A 1SI1A 1IZ1A 4YKJA 3G3FA 4QSCA 2P0SA 2XXVA 5ITPA 2OLBA 1IXHA 5AA2B 2IA4A 4R6HA 1R9QA 4GXSB 4F18A 5FTIA 3QK6A 4H8IA 4TQUQ 4RYAA 3FJMA 3KGCA 1LSTA 2Q89A 1MXVA 1WVJA 3HN0A 2NVUB 3N6UA 4KCCA 1JQFA 1ZTYA 4ZEFA 4RK2A 1MH4A 2QJEA 3FZVA 5I59B 3C31A 1WDNA 2F7AA 1Y3QA 1PEBA 3LR1A 3B6QA 2H4IA 1FTLA 1B1HA 3C34A 3TYHA 1QW0A 3FVGA 3ODBA 4OYVA 3KEIA 2QMXA 1TWYA 1B3FA 2F6PA 2THIA 3PGFA 5L8DA 4AB5A 4ESXA 3BFUA 4OEUA 4JWOA 3DP6A 2G93A 3PV0E 4NWDA 4EF2A 1LBBA 1MM7A 4KPTA 2UYFA 1POTA 3TELA 4U21A 4F1VA 3LSLA 4HTGA 2Q8JA 2O6AA 3FUZA 4MH5A 4YMAA 3IJOB 1QKBA 1ATGA 4YAHX 1N76A 5L9SA 2W7YA 4AB6A 2ZYOA 3IX1A 3VLUA 3TTLA 3KZGA 5CBRA 4PQJA 4JXIA 1QUKA 2ESNA 1AH5A 3E13X 5AA3A 2Y7RA 2ANJA 3CSBA 1D4NA 3O6IA 3B6WA 2H9BA 3MP6A 2QS4A 4OMBA 4XKRA 3CRBA 4H65A 3LSXA 2D3IA 3QYTA 1MXWA 3IL1B 4XXUA 5CMMA 3G3JA 2HZKA 3HHGA 3OD7A 4BDLA 1SW4A 1MY3A 3K1NA 4Q8RA 3O97A 4G77A 1TFDA 3PUZE 3R26A 4DE8A 2XXQA 2DE2A 3A3UA 5DEXA 2OWSA 4HS7A 1IITA 5CBSA 3JV9A 3FIRA 1ELJA 1SYHA 3ILUB 1XT8A 1IXGA 4NF4B 2GFEA 3UIFA 1XC1A 4IO3A 3OEKA 3DRFA 3DRKA 3VVFA 4FORA 4L17A 4ZS9A 1USYH 4G8HA 1QUIA 1H44A 4G68C 4E0WA 4KYSA 3H7MA 1GV8A 4C1UA 2R9JA 4U1OA 4JB7A 1FQDA 5FHMA 3MQ9A 4NMYA 4X1DA 1P1UA 3MVYA 2QS1A 2V3QA 4YB5A 1SW1A 3H06B 5ICTA 4WKMA 4DCYA 1MM6A 2O7UA 4Q5TA 4F3SA 4PFYA 3AXFA 2NOOA 1CE2A 4ELPA 3B7DA 3MC2A 3DP4A 2NXOA 3FATA 2O7IA 1YTVA 1O64A 4FEBA 5DT6A 2Z8EA 2GHAA 3KN3A 3K2DA 3K00A 1MY0A 4O3AA 4JSDA 1IQ7A 4GWOA 5DEXB 1B4HA 3A09A 4ZEIA 5I56A 3K02A 5B7DA 3R7XA 1MPCA 3K4UA 3UORA 3QIMA 1YPNA 1TFAA 2WOPA 4MLQA 1Y3PA 3RYAA 4IO2A 4OESA 2RINA 4ZZAA 2NWJA 3C32A 1I6BA 1Z7NE 3VLWA 3GLBA 3PUYE 4U22A 4KFQA 2I0BA 1UQWA 3K6UA 4ZEKA 3M8UA 1VR5A 3R6UA 3E9XA 4RK9A 4GXAA 4HW8A 1MXUA 3UGWA 2QPQA 4Z7EA 3WAFA 1ZIUA 4G68B 2B65A 2KLFA 4F3BA 3VVDA 1A99A 1B0LA 3H6TA 2QS2A 3MVZA 3DP8A 1DPEA 3LSFB 4UA8A 4LZ8A 4FATA 3TZAA 4KYDA 5IKBA 1YAEA 4U4SA 4TLMB 5CC2A 2I6EA 3U72A 2Z22A 3PMVA 4OVJA 4ZEBA 5I56B 2QS3A 3T66A 3O2AA 4KD5A 1IXIA 1MPDA 4PP0A 3IB2A 4R6KA 4IO7A 2VP1A 4R2BA 3QSLA 4JWXA 2Q9TA 2VD2A 4G2ZA 4FEDA 1VE4A 1SVXB 4EQ9A 3KOTA 1S50A 2VHAA 1MQHA 4GLIA 4QFPA 2P2AA 2XHDA 4PFWA 5I84A 2O69A 1WODA 4P11A 2DWAA 2RC7A 1SBPA 3O6HA 2REJA 1HSEA 3FJGA 3FVKA 4H5GA 2O51A 3MZ9A 1NFTA 2XX9A 3OO9A 1MQDA 1N3WA 3HPIA 1B3EA 2G29A 2RKMA 1POY1 3FXUA 2DXRA 4H0WA 5DTBA 5A5XA 5KZTA 1GTKA 4BDNA 1B7ZA 1JW5A 4C0RA 2ZNTA 2M8CA 1XHYA 1B0HA 1H43A 3UK4A 3RLFE 3IOTA 2FYIA 2RC9A 4IGRA 4U1ZA 4FE8A 4IB2A 3MUQA 1B5IA 1EZ9A 3CG3A 2HAUA 2A5SA 2Y7KA 5CM6A 2Q2CA 1JVXA 3K6VA 1M5EA 3T9XB 1UIUA 1URDA 1OMPA 2Y7WA 2HXWA 2V3UA 3LVUA 4LVQA 3H03A 1AL3A 3LC8A 3PMXA 2OK2A 2DE3A 3K6WA 3W9VA 4IGTA 1BIYA 3OSRA 5CMCA 4BDQA 4POXA 4F29A 1UIVA 2UVIA 3USDA 4THIA 3RGYA 3CFXA 1MY1A 5ITOA 1JW1A 1A8FA 3DRHA 5ISUA 4R72A 3H4ZA 1A8EA 1FQFA 1ANFA 2P1SA 2QRYA 3V83A 3VVEA 2RF1A 3CVGA 2DXYA 2XXYA 5A5XB 1D9YA 4MF3A 2DSFA 2OBGA 5I57A 3MVXA 1F9BA 3DRGA 3EHSA 3OXNA 1FCKA 2HEUA 1Y20A 1DPPA 3EN3A 4KI0E 2I3WA 1LAXA 1NMUA 2ZYNA 3OELA 3LSWA 1FTMA 1JVYA 4PFTA 3L6HA 1PBQA 4GF8A 3T22A 3O6PA 3G3HA 3LUYA 4IO6A 3MP1A 3L6GA 3TTKA 3KBRA 4QFNA 1II5A 3O9PA 2FNCA 2OZZA 5K2XA 1UTHA 4FJPA 5H8NB 1H45A 2R71A 5LOMA 2Q2AA 1A40A 4RA1A 1BP5A 5DVJA 4RNSA 4NEDA 2B3FA 4QFLA 4NWCA 3D4CA 1URGA 1IEJA 1MXZA 4YKKA 1US5A 2DYXA 5JEIA 2ZYKA 3IORA 4WXJA 4RXLA 4LQ2A 3EHUA 2YPNA 2OJTA 1MS7A 1D9VA 5ICQA 3KSJA 4GL0A 1OQGA 3S4UA 2D21A 4NF8A 4NF4A 4DZ1A 2F7BA 4RPNA 2RCBA 3TDJA 1SW2A 1VFDA 4OFOA 1O63A 4IY6A 5I57B 3RTWB 2DOJA 3W9WA 3JYRA 3M3LA 4N07A 1Z7ME 4Q0CA 3H6VA 4X48A 2RCAA 3TKDA 3RT6B 1ZJLA 4GD5A 4LP2B 4P0GA 1EH3A 4LZ7A 4GFRA 3T93B 3FVNA 1M5FA 1DTGA 1N04A 5TPAA 4O3CA 4BLAA 5K2YA 3VLVA 2RC8A 4F22A 2D5WA 1ZLQA 4HCWA 1SI0A 2UVGA 4F31B 4I62A 5JTYA 4OZ9A 1UTHB 4LATA 4TLLB 2H25A 4F39A 4N13A 3CSGA 1IXCA 2QMWA 3RT8A 1OQHA 1B2HA 3IOUA 5BUUA 4IY5A 1B6HA 3IK6B 4EF1A 3IO6A 3ONMA 1NKXA 3MBPA 3IJXB 1B32A 2ALUA 3IOVA 1M5CA 4ZECA 1P1QA 4NF8B 2HZLA 4QFKA 3BFTA 1NNPA 4GL8A 5EHSA 2F7CA 3CHGA 5CRYA 3KOSA 5H8SA 1US4A 4F2QA 3HV1A 1BLFA 4OFLA 1SW5A 4MBPA 4LA9A 2F5XA 1PDAA 3RTFB 5L9MA 1B3GA 4OHNA 2F34A 4XIGQ 2I3VA 5TPAB 2GH9A 3FGSA 4YZZA 1N7WA 4HCYA 1LB9A 4G68A 5DVFA 3ECRA 5I2NA 2PT1A 2UVJA 1NH7A 3BKIB 2I4BA 5JTYB 5EYFA 1JETA 1IIWA 1TT1A 2UXAA 1LGBC 2ZXTA 3EQ1A 4KCDA 3C35A 1LB8A 3KSXA 3SDFA 5FHNA 1OLCA 2O1MA 3S9MC 3OO8A 1B3LA 2E1SA 4TOZA 1PBPA 3OENA 3Q26A 1B3HA 1DTZA 4RY1A 4KHZE 4BDRA 3MPKA 1HSLA 2NUVA 3U92A 1OVTA 2YJPA 1SYIA 5AA4A 1P99A 4UACA 3QUFA 5KDTA 3FXRA 1P1OA 1Y4CA 1JEVA 4POWA 2ONRA 1MPBA 2I49A 3PUWE 4G8NA 1VSOA 2O68A 3CR9A 1CB6A 3SEWA 1IUDA 1QULA 3PD8A 5H8QA 3SEYA 2Y84A 1MY4A 2F8DA 5IAIA 4QSEA 1T0KA 5I2NB 2O1LA 2DWIA 3T9HB 5M2VA 3FV2A 3MW0A 4IO4A 2ZMBA 1B5JA 5KCJA 4H1XA 1DMBA 2F78A 5B70A 2XXXA 1BTJA 3S2VA 3VDFA 3MJNA 4ONYA 1GR2A 4I1DA 4QFOA 2B3BA 2CMOA 1OLAA 1RYXA 4F3GA 1FW0A 3CG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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