4JSOA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaripentaose
Total Genus 206
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
206
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 206
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsoA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsoA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsoA02
1JETA 3W9WA 2Q2AA 2I0CA 4HS7A 4QSCA 4OZ9A 1SDXA 5I58A 2V3QA 1Y4TA 1SQYA 2D21A 3K1PA 4O3CA 3CRBA 3VFJA 1ZLQA 2ALUA 5L9MA 3K0VA 4HTGA 3PD8A 1FW0A 1KWHA 4IO4A 2ZYMA 3T9VA 4XKNA 1LAFE 4G68C 4GQOA 5H8QB 4ZEFA 2Y7KA 4G8NA 3UIFA 3MPLA 2RC9A 4RK9A 3K6UA 5AA1A 4FAJA 3N94A 3TQLA 3KN8A 3OO9A 1TFAA 4XXUA 3VLVA 1USYH 5F1QA 4P0IA 3E4RA 3IL1B 4JBZA 3FGSA 2HCAA 4QSEA 3CHGA 3MAMA 2ZNTA 3TCGA 3T9XB 3ILUB 1IEJA 1JQFA 3O28A 3LSWA 5CC2A 1OQHA 3U1OA 4QFKA 3PMVA 3K6XA 2PBWA 2Z8EA 2DSFA 5KDTA 1PC3A 2CMOA 1ZTYA 3CFLA 2DWIA 1B32A 2Y84A 2IEEA 4R9GA 4MLVA 4H8JA 3BBRA 4F18A 2ONRA 3T96B 1OVTA 4F19A 4ESXA 3CIJA 4NF5B 1B6HA 4POXA 4H6DA 3PAMA 2GH9A 4YU0A 5EHMA 2R9JA 2HEUA 5CBRA 4ZZEA 3M8UA 1B51A 4E0WA 2B4MA 5CRYA 3RGYA 4C0RA 1I6BA 3QSLA 1XC1A 4I9DA 3T66A 5H8HA 1XVXA 2P2AA 5H8SA 3RY3A 3OENA 1N7WA 3PUVE 3GBBA 4OQOA 5CI5A 3RNNA 2RKMA 3KZGA 1MXYA 5AA4B 2H99A 3UP9A 1R6ZA 4F29A 2F7CA 3SERA 4ISUA 3MZBA 4RPNA 3MPKA 2UXAA 1S50A 1SW2A 2QRYA 2XXHA 1BKAA 1DTZA 2UVHA 3LBSA 1B1XA 1LSTA 3A3UA 1RYXA 2V84A 4F3SA 4R6HA 4EQ7A 4KCDA 3OO6A 5CMBA 1RYOA 3SEVA 3I5OA 3FJ7A 3MBPA 4EDPA 1MQHA 3SEUA 3A09A 5DYHA 2DE3A 3THIA 1MDQA 2Y7IA 2V3TA 2F35A 3OXNA 1QUIA 4IO5A 4G2ZA 4OTEA 2VD2A 3HHFA 2OWSA 2XX7A 2XXYA 4GOTA 3O6PA 2Q2CA 4RYAA 4FEBA 4PE5B 4U4SA 3SETA 4Z0IA 1OIBA 4Q8RA 1IIWA 3TTRA 4KHZE 2O84X 3SESA 4NMYA 4BDQA 2DE4A 3MVXA 3VE1B 4F3BA 4FECA 5ITOA 4LZ5A 4KFQA 1AMFA 1P1NA 4NF5A 1MH4A 5DTBA 4MFIA 1VFEA 3TFLA 1XS5A 4M1VA 5I59B 4GLIA 1N3XA 2V3UA 5H8NB 1RKMA 1D4NA 2OZZA 4G8HA 1DPEA 3LUYA 3DRJA 2DXRA 2RCAA 3H06B 4YKJA 4TLLB 3FZVA 4RPOA 1H76A 1LB8A 3Q28A 2B4LA 3H6UA 1AOVA 1YCJA 4GF8A 4R72A 3C33A 1QULA 4JWOA 5AA4A 1QUKA 1D9YA 2QS4A 1L5TA 1S9TA 3C34A 5B7DA 1A7LA 4XIGQ 3WAEA 2ONSA 1QUJA 1SW1A 2GRVA 4H67A 5CMCA 3QYTA 3TTKA 3B6QA 2ONKE 1MY2A 5I57B 2OJTA 3BKIB 5IKBA 2NVUB 2O1LA 3N26A 3FUZA 2DOJA 4BDNA 3WAFA 3O6IA 5BUUA 3QK6A 1GGGA 1T0KA 3O6HA 3N5LA 4LZ7A 4ZE9A 1B3FA 1FTOA 5HBCA 3TZAA 2UYFA 3C4MA 4WXJA 3EF7A 2A5SA 5I56B 4OESA 1B7UA 5DEXB 1NKXA 3B6TA 1URDA 1IITA 1LLSA 3QUFA 1JNFA 3OOAA 3D4CA 4F1YA 1P1QA 4F31B 2VHAA 3LSLA 4ZE8A 2F7BA 2UVGA 4OFJA 5ICQA 1VFDA 4IO3A 1A8EA 1WDNA 3LSFB 1N3WA 1B0LA 2XXTA 4EF2A 4PFUA 3W15C 1SVXB 3FJMA 3N6TA 4EUOA 3SEYA 4ND9A 1R9LA 4PP0A 3T22A 2QJEA 1B3EA 3IO4A 1J1NA 1USYE 3T93B 2DVZA 1TT1A 1MXUA 1IXIA 1II5A 1TXFA 1LAGE 3L6GA 1AIVA 2XXWA 1IXCA 4IY6A 5I59A 5H8FB 2HXWA 5H8NA 3H7MA 1B40A 2Z22A 3Q27A 3UN6A 5L9OA 3O2AA 3DRHA 3TCFA 3RQTA 3FXQA 2UVJA 5KCJB 3K00A 3FJGA 4OEUA 4MF3A 4QF9A 4GIZA 1FTJA 3OELA 4G68B 1QKBA 5CMMA 4ZZAA 1A99A 3H6WA 4ZEDA 1SBPA 1AH5A 2REGA 4AB6A 3K01A 5A5XB 5I57A 2Y7RA 1PDAA 2XD3A 1JW1A 3H6TA 1GVCA 1M5CA 4R2BA 2H5YA 4X1DA 4IO2A 1GR2A 1O64A 1Q35A 3LC8A 4GRKA 3TMGA 2P1SA 3RTFB 4QFLA 4R74A 4F1VA 4PFWA 4X9TA 1O63A 2ESNA 1FQEA 4F1UA 3FVKA 1NFTA 4OHNA 3S4UA 4ZDMA 4IO7A 5I56A 1DOTA 4JB7A 3O9PA 3PD9A 1LCTA 1URSA 3DRGA 2B3FA 2XHDA 1DMBA 1P1WA 1NMUA 3FVGA 1POTA 4NF4A 4DCYA 5ICTA 5DVJA 3E9XA 3IAZA 1B3GA 4IO6A 4YICA 3ODBA 3QAXA 3OSRA 1ATGA 4BDLA 2I48A 2FA7A 3IR1A 3ZSFA 4ZEBA 4R9FA 3S9MC 4TOZA 2XXIA 1QKAA 2W7YA 3MW0A 2NXOA 4ELOA 3GZGA 1B7ZA 4EF1A 5H8FA 4HW8A 4H0WA 3IOVA 3EHUA 1UIUA 5B70A 1CB6A 3UORA 3PPPA 4EXLA 4XTCQ 1UTHB 5JTYB 1ZJLA 4LP2B 2F6PA 3R6UA 3B6WA 1FTKA 3IOWA 2GHBA 2I6EA 4WEDA 4NF8B 2VOZA 5TP9B 2WKYA 2XXXA 2QS1A 4F2OA 3FXUA 1FQFA 4YKKA 3HPIA 3G3HA 4OENA 3Q25A 3VDFA 2XXPA 4E0XA 5FHOA 4KCCA 1XVYA 1P1OA 1H3DA 3HHGA 2O68A 1ZKBA 4DXUA 1MXXA 2XXRA 4ZEKA 1MM7A 5A5XA 5I2KB 3TDJA 1R9QA 3U93A 4TQUQ 2O6AA 4FJPA 3GBAA 4BLAA 4BDRA 5DVFA 3ECRA 3PUYE 2Q88A 3PPQA 1P99A 2X7PA 2OCUA 3K2DA 3C32A 2THIA 3EQ1A 4UA8A 1FQDA 1YAEA 1JEUA 1B7HA 4QSDA 1CE2A 3RPWA 2Z23A 3CR9A 4TLMB 4PETA 4RNSA 1JEVA 1POY1 5H8QA 3O66A 4GFRA 2QSXA 5CMKA 4NE4A 3O29A 2F8DA 1LAXA 4F3GA 4OFLA 1PBPA 5I84A 4DXCA 3HN0A 4PQJA 1MQIA 1D3KA 2XXVA 3L6HA 1EZPA 4I1DA 3MWBA 4U1ZA 1MS7A 4LQ2A 2NWJA 1BP5A 4DLDA 3FD3A 1O7TA 1UIVA 1ANFA 3FASA 4ELPA 2AL4A 3FATA 2VP1A 4POWA 2OK2A 1P1UA 1MQDA 2B65A 2ZYOA 1H43A 1ZBMA 1LFGA 4FEDA 3MP6A 4ZS9A 3MZ1A 3MQ9A 5AE4A 3ONMA 1MY4A 3RUMA 2ZNSA 3EHSA 2FNCA 2XXQA 1XT8A 1B46A 3SDFA 4IY5A 4OXVA 3JV9A 4YKIA 3PPOA 3I6VA 4NF8A 5TP9A 3OD7A 3SEWA 2F78A 2GFEA 1I6AA 4F39A 4PFYA 1D9VA 1Y9UA 4OEVA 2PVUA 4ZECA 3KOTA 3KEIA 1LFHA 3RT8A 4P11A 2IA4A 4X48A 4IGRA 3DP4A 1MY3A 3W9VA 4Q0CA 2V25A 2F34A 4KYDA 3HCQA 4ONYA 5BWJA 2R6GE 4JSOA 1LB9A 3F11A 4G77A 3VXCA 1H44A 2Q89A 5I2KA 1PBQA 2DYXA 3KOSA 1WODA 1N7XA 4R2FA 3G3IA 1EH3A 3SEXA 5I2NB 3HV1A 1MRPA 4ELRA 4DDDA 2ZYNA 2FYIA 2I4CA 2QS2A 4XKRA 1VSOA 3KFMA 1EU8A 3DRKA 3TELA 4FATA 4Q5TA 3KGCA 1MG1A 4NF6B 4RA1A 4DE8A 4U1OA 2ZYKA 4G8MA 3TODA 3USDA 4WEPA 4OYVA 1FTMA 2F5XA 1FCKA 4NWDA 3CFXA 1VR5A 1LCFA 3H4ZA 1BIYA 4GL8A 4C1TA 4F2QA 3RT6B 1HSJA 3U8QA 2AIXA 2F36A 4JWXA 4ZEIA 2F97A 3MZ9A 3DM0A 2O69A 1B5HA 1M5BA 5CBSA 1NNKA 3MUQA 4PFTA 4DIGA 2E1SA 4RJZA 2HFBA 5AA2B 4R75A 3CFZA 4OETA 1VE4A 1LGBC 3M3KA 4GXAA 5M2VA 2H25A 3KN3A 3UGWA 1ELJA 3CG3A 2YJPA 1F9BA 2I49A 1N84A 3VVFA 3LSXA 5AA3A 4ELQA 3HO7A 5HM4B 3S9LC 4X1BA 2PT2A 4I62A 3G7WA 1PB8A 1IUDA 1MPBA 3EN3A 2NUVA 4UACA 2RINA 4YAHX 3U94A 4FE8A 2PX1A 4I8CA 4XKPA 4EQ9A 5ITPA 1MXVA 3GXAA 2UYEA 2P0SA 3K6WA 4H8IA 1ZIUA 4U2RA 3M3FA 1MPDA 5L9SA 1BLFA 1US5A 4ECFA 4QFNA 4KI0E 3VXBA 1YPNA 2DWJA 3IB1A 1FQBA 3KG2A 2Z8FA 2RC7A 1B5JA 3K6VA 2WOPA 3OEKA 1B05A 2YPNA 5H8HB 3CVGA 4KR5A 1PEBA 1US4A 3FV2A 4NF6A 3V83A 2KLFA 1FQAA 2HQ0A 5K2XA 2O7UA 3TUSA 1I6QA 3H3GA 1LFIA 2RC8A 1MM6A 3JYRA 4GVOA 4O3BA 1SYHA 2F7AA 3PUXE 1MXZA 1I69A 2DVCA 3UK4A 5ISUA 1HSLA 2UVIA 4JSDA 5DEXA 5JK4A 3RYBA 1Y1ZA 2QMXA 1WVJA 3OSQA 3V8XB 1XHYA 3IX1A 4DXBA 3CG1A 5KZTA 1A54A 2QMWA 2X7QA 4JWYA 3K02A 2PMSA 3KN7A 3FXRA 1GV8A 4THIA 3ZKKA 3KSJA 2ABHA 4KD5A 5AA2A 3TYHA 2HAUA 2DWHA 3ILTB 4FORA 4JXIA 1NNTA 3DP8A 4BDOA 4QHQA 2Q9TA 3LVUA 1B3HA 1DTGA 4Q30B 3Q26A 3PUZE 3ZKLA 3T9UA 1UQWA 4KYSA 4LQ5A 1Y3PA 3H6VA 1IZ1A 2I0BA 3IOUA 4F22A 4HCYA 3DRIA 1URGA 1OVBA 3RLFE 1TFDA 3KSXA 1Y3NA 4GL0A 4LONB 2DP8A 5KCJA 3FTOA 3IB2A 5ELVA 4LUBA 1B4HA 2HZKA 4N07A 4YZZA 1B1HA 5EYFA 4G4PA 1B2HA 3QIMA 3OO7A 5DT6A 3PPRA 3H03A 1JW5A 3E13X 4G68A 2DQVA 5EHSA 4FIMA 3B7DA 3PUWE 3V5AA 3BFUA 1Y3QA 2H9BA 1GTKA 2REJA 4EXKA 2A5TB 4HCWA 3S9NC 1AL3A 5IAIA 5CM6A 2CZLA 3PU5A 4K3FA 2VD3A 3BFTA 2Y7WA 3IK6B 3VLUA 1OMPA 4N13A 1MH3A 3DLNA 3TKDA 3O6GA 3CI8A 5J1DA 3K4UA 1SW4A 2DWAA 3MVZA 2ZXTA 2RCBA 3KBRA 4QFOA 3K1NA 4H1XA 3GLBA 3G3JA 3PGFA 2GHAA 5HPQA 2HAVA 1OLAA 4GWOA 3CSBA 3V89B 1PB9A 3MJNA 2PT1A 2NOOA 2E0SA 2AYSA 1UTBB 2B3BA 4N6PA 3MC2A 1MQJA 4BDMA 4C1UA 2DXYA 5TU0A 4L17A 1NH7A 2I58A 2ANJA 2QS3A 4KPTA 3R7XA 3CSGA 1B5IA 4KYEA 3QUJA 4U21A 1HSEA 1IQ7A 3Q29A 3P7IA 2OWTA 3HSTA 5TPAB 4LZ8A 4YKPA 3VLWA 3M3LA 1SI1A 3QXMA 4OERA 3S2VA 1A8FA 2O1MA 1JW4A 1SYIA 4KQPA 2H4IA 3G3FA 3IJXB 5LOMA 3RN8A 1MPCA 1UTHA 5JTYA 3N6UA 4QRZA 3MVWA 1NNPA 2I3VA 3S9EA 5L8DA 1M5DA 2XX8A 3C31A 1Z7NE 4MBPA 3TTLA 1R1NA 3DELB 2QPQA 1ZMGA 1B3LA 1EZ9A 4OFOA 1N04A 3TPAA 2LAOA 3TQWA 1M5FA 3VVDA 5K2YA 4O3AA 1SD3A 3C9HA 4LVQA 4XKQA 4JDFA 3C35A 4U4XA 1DSNA 4NWCA 1Z7ME 5FTIA 3PMXA 3ZS6A 2Q8JA 4OWDA 3DRFA 3TAJA 1QJMA 2D5WA 3TTNA 4R6YA 5DVIA 2A5TA 2M8CA 2XX9A 2ZMBA 2Z8DA 1MY0A 2YLNA 3TCHA 3FV1A 3IO6A 1QW0A 3PPNA 4LA9A 3MP8A 4RXLA 2XD2A 2WOKA 3PV0E 4YMBA 3RTWB 3IJOB 1B9JA 3TTMA 1A40A 3TEPA 3EHTA 2D3IA 2XXUA 3SKPA 2G93A 4WKMA 4DCXA 1NL5A 1Y20A 1JVYA 1M5EA 4YB5A 4M4GA 4IB2A 1UTBA 5F7VA 3PMWA 1PB7A 4IGTA 3FIRA 3MVYA 4GD5A 5FHMA 4H65A 3FVOA 1TWYA 3VVEA 5I58B 1LAHE 2G29A 3RYAA 4DZ1A 1SI0A 3G3GA 1Y1MA 1NH8A 3UA8A 1DPPA 5JEIA 4U22A 5TPAA 4ESWA 4R73A 1MY1A 1Q1KA 3KJ7A 4GXSB 1H45A 2I4BA 1MXWA 3I3VA 3G3KA 3FVNA 3OO8A 3D4GA 3T9HB 1YTVA 2H98A 1JVXA 4EQBA 2BJJX 1XOCA 3DP6A 1MQGA 2DE2A 1N0TA 1LBCA 4NF4B 3IOTA 1SW5A 2WOLA 3AXFA 1LBBA 5FTHA 3JZJA 3U72A 3IB0A 2OLBA 4Z7EA 2RF1A 5FHNA 1IXHA 2O7IA 3LR1A 1EZOA 4H5FA 5AA2D 1A55A 4MLQA 3OEMA 4R6KA 4YMAA 3U92A 3EPEA 1ZU0A 1MDP1 4P0GA 2OBGA 5KDTB 1Y4CA 2F6GA 1NNFA 4NTLA 1B58A 4OMBA 4U23A 3R26A 1BTJA 3KJTA 2HZLA 1QVSA 1FTLA 1FQCA 1B4ZA 4AB5A 4F3PA 2I3WA 3A3CA 2R71A 4OVJA 2PYYA 2DS9A 1OLCA 3OMBA 4QFPA 1N76A 2AL5A 5I2NA 2V93A 3IORA 4RK2A 1S7YA 3VV5A 3O97A 2X26A 4AQ4A 3K1MA 3MP1A 4H5GA 1B52A 2QL3A 2ZNUA 1OQGA 4NEDA 4MH5A 1IXGA 1B0HA 3C36A 2VGQA 3E3KA 4YB6A 4LATA 4RY1A 2Y7PA 2O51A 4YB7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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