4JSOA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaripentaose
Total Genus 206
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
206
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 206
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsoA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsoA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsoA02
1MXUA 2Y7KA 1RYXA 1Y9UA 3TTMA 1CB6A 3QIMA 2H4IA 1MXVA 1XOCA 4I1DA 4ZDMA 1B3HA 2ZYKA 4L17A 3PPNA 3TPAA 3S9NC 2PX1A 1FQBA 3D4CA 1B51A 4NF8A 3FJGA 3BFUA 3IAZA 1MQDA 3FATA 1URSA 3PPOA 4G8HA 4YU0A 2XXWA 1P1QA 3GBAA 3R6UA 3T22A 3UN6A 5ICQA 2H9BA 1MRPA 2QPQA 3RT6B 2RF1A 1FTMA 3DRFA 1WODA 4YKJA 3LBSA 4F3SA 5EHSA 4BDRA 3FIRA 2AL5A 3CFZA 4WKMA 4BDOA 1AL3A 4EF2A 2O7UA 4GL0A 3O9PA 2F5XA 1N0TA 2RC9A 4TLLB 1P1OA 4HCWA 4OETA 3DRIA 3BKIB 4MBPA 1MG1A 2V93A 4MFIA 4NMYA 3DM0A 1B4ZA 4HTGA 5AA2D 3KN3A 3KN7A 1Z7ME 3K4UA 3VE1B 4DZ1A 5H8QB 3RPWA 3H03A 3ILUB 4IB2A 3JV9A 3IOVA 3C32A 3I3VA 1NMUA 3EHSA 1P1NA 4JWYA 1USYH 2XD2A 2DE3A 4GLIA 2D3IA 1JEVA 1SQYA 4F2OA 1FTOA 1EZ9A 3MQ9A 3O2AA 4LP2B 2RCAA 2P2AA 1IEJA 1TWYA 1HSJA 2OZZA 1ZLQA 3PGFA 3MZBA 1UTBA 1SD3A 2ZNSA 4F3PA 1Y20A 1UIVA 4HS7A 4KFQA 4DE8A 3HO7A 4QF9A 3VV5A 4YB6A 3OEMA 1MM6A 2XXHA 4P11A 2CZLA 3T93B 2Q89A 4OERA 4MLQA 1SYHA 3OENA 3OO6A 3TUSA 3ZSFA 2Q2CA 2Z8EA 3H6VA 5CI5A 2OBGA 3IB0A 2REJA 4U22A 2ZYNA 2NOOA 3I5OA 2ESNA 4FEBA 4GQOA 5A5XB 1MY1A 4QHQA 3B7DA 2DXYA 3RTFB 1UQWA 1MXZA 2R71A 4LUBA 4RA1A 2V3TA 3LSWA 3T96B 3QXMA 2F97A 3VFJA 2Y7IA 4MH5A 2I0BA 4G2ZA 1NL5A 3C35A 1MM7A 3GBBA 4FE8A 4N13A 5TPAA 1OIBA 4KYSA 2DXRA 1Y1ZA 4R2BA 4GF8A 3QSLA 4G68C 3R26A 3CG1A 4ELPA 3RYBA 2F35A 3N6UA 3H6WA 1LAFE 1XHYA 2I3VA 4KCDA 4EQBA 2HZKA 2O51A 5HM4B 4Q0CA 3TTNA 1II5A 4G4PA 3DRJA 3CI8A 2AYSA 5AE4A 3T66A 1MDQA 3O28A 2ZMBA 2ALUA 5JTYB 3FXUA 3O6PA 1MY3A 3Q26A 4IO4A 4R6YA 4LQ2A 3LSLA 5ICTA 5I2KB 2F6PA 3KFMA 3FUZA 3VDFA 4ZEIA 3H6TA 5I58B 1JNFA 1B3EA 3EN3A 4RK2A 3FXQA 1ZKBA 4RY1A 1POTA 1ZJLA 3K6XA 1JW1A 4KYEA 4R9FA 4OFJA 2V3UA 2H98A 1N84A 3B6QA 1SYIA 5H8QA 3K02A 4DXUA 3AXFA 4OYVA 4QRZA 4U1OA 3SETA 5AA3A 2B4MA 3PUXE 5FHMA 4NF5B 2QS2A 4X48A 4OEUA 1B7ZA 1MS7A 1NNPA 3B6WA 2ONSA 4BDQA 1A7LA 1LLSA 1P1UA 1PEBA 1B52A 3TFLA 2I6EA 3EPEA 5I84A 2XX8A 3RNNA 4FATA 5JTYA 2RC8A 2QJEA 3M8UA 4QFOA 1A8FA 3RUMA 4R75A 1JW4A 3MAMA 2XXXA 5CMCA 5ELVA 1DPEA 4OFLA 3LUYA 4GD5A 5CBSA 3R7XA 5F1QA 2DVCA 3QK6A 3PMWA 2GRVA 1SW4A 4OXVA 3EF7A 1TXFA 1SI1A 2I4CA 4M1VA 1MQGA 1B7UA 1GVCA 1PB9A 2RKMA 2QS1A 3TTKA 1GGGA 1LBCA 3K6WA 1FTKA 3OXNA 2PT2A 3PPPA 4P0IA 4QSEA 2RC7A 2XXTA 3TTLA 2PBWA 2Y7PA 5CC2A 4PFYA 1UTBB 2F7BA 3TDJA 3C31A 4MF3A 3VLWA 4PFWA 3QUJA 4IO5A 2ZNTA 4XIGQ 1SI0A 5I2NB 4DCXA 3KOSA 5CM6A 1UTHB 3CSBA 3H6UA 3OO7A 4RJZA 3Q27A 4WXJA 4H5GA 4QFKA 4Q30B 4XTCQ 2CMOA 5FHOA 4Q8RA 5I59A 5J1DA 2OWSA 5H8NA 1AOVA 1P1WA 4G8MA 1QVSA 1FW0A 3IO6A 4F31B 1BKAA 1FTJA 5A5XA 5L9SA 2DP8A 1N04A 1ELJA 4O3BA 4OHNA 1FTLA 1B46A 2O1LA 1DPPA 1LAGE 2IA4A 2REGA 4JDFA 2HAVA 4MLVA 1QJMA 5H8FA 5L9OA 2DWHA 4ESXA 3RLFE 4EF1A 2Y7RA 1B32A 4YMBA 2AL4A 1Y3PA 3SESA 3G3JA 4GRKA 4OFOA 2PMSA 2G93A 2UVGA 1EH3A 3K00A 1FQEA 3MW0A 3IJOB 1IXGA 5IKBA 1O7TA 2YPNA 1L5TA 2ONKE 1MQHA 3M3KA 4U4SA 3TKDA 2B4LA 3MP6A 4G8NA 3T9HB 3FGSA 5I59B 1B1HA 5CMBA 1R1NA 4IY6A 3HSTA 1NNFA 3KJ7A 3RGYA 1DTGA 5M2VA 1FQDA 3C4MA 3OSQA 1QKAA 3EHUA 1Y4TA 4JWOA 4OWDA 1USYE 1US4A 4GOTA 4JSDA 4AB5A 1BIYA 3N5LA 4R72A 4F22A 1SW1A 4Z7EA 1B1XA 1Y1MA 2ZYMA 2PT1A 2PVUA 1XS5A 2B3BA 3GXAA 4IGTA 3QYTA 5DEXA 3OOAA 4PQJA 5K2XA 3MUQA 2FYIA 2GH9A 3IOTA 2QSXA 4BDMA 1SW2A 1AIVA 2WOLA 3MPKA 3MVZA 4U2RA 3OO8A 1LFIA 1IZ1A 4UACA 1MY4A 3S9EA 1B3LA 4F1UA 2KLFA 4OQOA 4X1BA 2E1SA 2GFEA 3DLNA 1LCFA 3WAEA 1FCKA 4WEPA 5KDTA 2WKYA 3OEKA 3C9HA 4EXKA 1O63A 1B5JA 1A8EA 2XXQA 4XKRA 2XXPA 3MZ1A 4FEDA 4H1XA 4DCYA 3D4GA 2WOKA 4YKIA 5DVFA 5DYHA 1B05A 1PB8A 3MBPA 5ITPA 3VVEA 1BP5A 1OQGA 2XXYA 4OESA 2DE4A 1N7WA 3MPLA 2DQVA 3PU5A 3TQLA 1IXHA 1VR5A 1M5DA 3CHGA 1A40A 2WOPA 1MPBA 4I62A 1NH8A 1LAHE 2OWTA 5HBCA 1QULA 2QS3A 4YKKA 1MY2A 2B65A 1ZIUA 2I49A 2XD3A 3PUYE 3RTWB 2F36A 2HEUA 4E0WA 1H44A 1VFDA 4F1YA 3O6HA 3MVXA 5FHNA 4JXIA 1ZTYA 1N7XA 2THIA 4ZS9A 5BWJA 4RPNA 1NNTA 3K6UA 3CR9A 5KZTA 4PETA 5ISUA 3S4UA 3U93A 3V83A 1T0KA 5BUUA 2B3FA 5L8DA 3HV1A 1OLCA 1TFAA 4R2FA 1MXXA 1D9YA 1QUJA 3IX1A 3LSFB 3ZKKA 4DXCA 1AMFA 1FQCA 1XVYA 3E4RA 1D4NA 3K0VA 4K3FA 4FORA 5H8HA 3SERA 3UK4A 3VXBA 1OQHA 1SDXA 3FASA 4AQ4A 3A09A 1Y3NA 2X7PA 5TPAB 1YAEA 3MC2A 1LFHA 3THIA 1GTKA 2Z8FA 1LFGA 3EQ1A 4ONYA 2V84A 2DWAA 3HPIA 4M4GA 4NF4B 2P1SA 1D3KA 4IGRA 3O29A 2R6GE 1LBBA 3G3IA 4FJPA 5F7VA 4AB6A 4GWOA 5FTHA 3CRBA 5CMKA 4F39A 4RPOA 2QMXA 3CFLA 1DOTA 3SEWA 2UVJA 5H8NB 2O84X 4LA9A 1M5FA 3G3FA 3Q25A 1SBPA 4LQ5A 3IB1A 3TAJA 3VLUA 1MXYA 2DS9A 4NF5A 3KBRA 4P0GA 4RK9A 4UA8A 4G77A 3G3HA 3PMVA 1JEUA 2O6AA 4RYAA 4GXAA 2UYEA 3M3FA 3JZJA 4I9DA 2UVHA 1B0LA 4IO7A 1HSLA 4N6PA 3W15C 3DP6A 4ZZAA 3TYHA 3IR1A 4POWA 4WEDA 3SEYA 1IUDA 2HXWA 2Q8JA 4THIA 4IO6A 2YLNA 1P99A 2OJTA 3G3GA 4NF4A 4F1VA 2UXAA 4N07A 1Q35A 2PYYA 2D5WA 4LVQA 2F7AA 3ZS6A 4YAHX 5EHMA 4E0XA 5DEXB 4DDDA 3HN0A 3DRGA 4U23A 1I6BA 1IITA 3SEXA 3VLVA 3O66A 4U21A 3VVDA 2A5SA 2NUVA 1NH7A 1I6AA 3KSJA 3O6IA 3ODBA 1R6ZA 4LZ7A 4Q5TA 4ELQA 2I3WA 2NVUB 4BDLA 1B40A 1PC3A 3C36A 1LB9A 3G3KA 3TCGA 3GLBA 2F34A 2Y84A 4U1ZA 2DVZA 5CRYA 4R73A 2XXVA 3K6VA 4FECA 4YB5A 4ZEDA 1HSEA 1EZOA 3FV2A 4JBZA 2I48A 4PP0A 1MXWA 1JVYA 4H67A 1AH5A 3PUWE 3K2DA 3ILTB 3WAFA 3KGCA 4X1DA 2X26A 1BLFA 3ECRA 3TELA 4C0RA 2BJJX 3KSXA 4H8JA 5TU0A 1ATGA 3DP4A 3PUZE 4YKPA 4ELOA 4H5FA 4F2QA 2O7IA 1S9TA 1O64A 2VD2A 2XXRA 3E3KA 5I57A 1JVXA 4HCYA 4X9TA 4ECFA 2R9JA 3FVGA 2Q9TA 4ESWA 2ABHA 4GIZA 2H25A 1JQFA 1OVBA 2QS4A 3MJNA 1UTHA 4G68A 5H8FB 1GR2A 2YJPA 1DTZA 1H76A 3IOWA 1VFEA 2QMWA 3I6VA 5DTBA 1M5EA 2OLBA 2HCAA 1PBQA 3PPQA 3PUVE 3QUFA 5AA1A 1WDNA 3KG2A 1S7YA 2IEEA 4NEDA 2D21A 2O1MA 2XX9A 1VSOA 2VOZA 3KN8A 3CG3A 4QSCA 3IK6B 4BLAA 3IJXB 4KQPA 3RN8A 3TZAA 3DELB 3MZ9A 4ZE9A 1MPCA 3KEIA 4KCCA 4IO3A 2A5TB 1FQAA 1YCJA 2XXIA 4LONB 4OZ9A 1JETA 2OK2A 2ANJA 3K1MA 3OELA 4ZZEA 2Y7WA 1B58A 3OMBA 4RNSA 3V8XB 5B7DA 5I57B 1Y3QA 3M3LA 2UVIA 3FZVA 4GXSB 3KOTA 1A55A 1RYOA 5TP9B 1XVXA 3TEPA 2M8CA 1ZBMA 5AA2A 3O97A 1PDAA 1A99A 3QAXA 1QW0A 3CVGA 1LSTA 1PB7A 1R9QA 2XHDA 4TQUQ 4LATA 3FXRA 4QSDA 3U1OA 4F18A 1NFTA 1URDA 4F3GA 2XXUA 1QUIA 3ONMA 1PBPA 1ZU0A 4O3CA 2VD3A 3IO4A 3H3GA 4KD5A 1EU8A 1WVJA 3IB2A 3FD3A 4EUOA 3DP8A 1H3DA 3HHGA 4FAJA 4H6DA 4R9GA 4NF6B 1IIWA 3SDFA 4GL8A 2F8DA 5KCJA 4NF8B 4EXLA 1H43A 3H06B 5TP9A 5KDTB 1QKBA 2Z23A 3L6GA 1BTJA 2FA7A 3U72A 5HPQA 4KPTA 3LSXA 4H65A 3H7MA 3JYRA 2F7CA 2Q2AA 3CIJA 4XKNA 2UYFA 4LZ5A 4GFRA 2ZXTA 2DOJA 3PPRA 3S9LC 4ZEBA 3PV0E 3UORA 3L6HA 1Z7NE 2HFBA 5DVIA 2ZNUA 3USDA 4ZE8A 3K01A 5ITOA 3U8QA 4EQ7A 2VP1A 2V3QA 1OLAA 1OVTA 3MP1A 4OENA 4F3BA 1J1NA 1FQFA 4EDPA 5AA4B 1A54A 3PAMA 3N94A 4H8IA 3TQWA 1US5A 3E13X 1MH3A 2HQ0A 3SEUA 3V89B 1Q1KA 1M5CA 3W9WA 4YZZA 3IOUA 4OTEA 4YICA 3RYAA 1VE4A 4IO2A 2I58A 2E0SA 1QUKA 4U4XA 4RXLA 4ZEFA 1GV8A 4KYDA 4KR5A 2DE2A 4R6KA 3FVKA 3UP9A 2NXOA 3MVYA 4H0WA 3FTOA 2QL3A 5H8HB 3BBRA 2DSFA 5CMMA 4C1TA 1DSNA 3FJ7A 1M5BA 5KCJB 4NWDA 1POY1 3DRKA 3C33A 4OVJA 3TTRA 4QFNA 4NTLA 5I56B 1ANFA 1LAXA 4TLMB 3RQTA 3RY3A 3TCHA 1I69A 1B3FA 1IXIA 1F9BA 1H45A 2A5TA 2H5YA 2ZYOA 1B2HA 4KHZE 1B9JA 3IORA 3UA8A 3KZGA 3OD7A 5JEIA 1N3WA 3U94A 5AA4A 1D9VA 3C34A 4OMBA 2V25A 3F11A 2HAUA 2HZLA 1URGA 1LCTA 3IL1B 5FTIA 3ZKLA 5IAIA 1MQIA 4PE5B 1LB8A 3U92A 2GHBA 3MP8A 5I2NA 3A3CA 3PD8A 2VHAA 3FVOA 4GVOA 4DIGA 4KI0E 5AA2B 1MY0A 3B6TA 4ELRA 3GZGA 1RKMA 4QFPA 3P7IA 4HW8A 2NWJA 5I58A 3DRHA 1JW5A 4ZEKA 5EYFA 2Q88A 4JWXA 5LOMA 1OMPA 3A3UA 5DVJA 3OO9A 3Q29A 3LVUA 2VGQA 2ONRA 3FJMA 4R6HA 3T9XB 1XT8A 1KWHA 2GHAA 2O69A 3MVWA 3G7WA 3VXCA 3Q28A 4C1UA 2DYXA 1UIUA 4F29A 1B4HA 4I8CA 1IXCA 3TCFA 1SW5A 4JB7A 1S50A 2P0SA 4ZECA 1B7HA 2I4BA 3PMXA 4NF6A 4NWCA 1N76A 3OSRA 4ISUA 4Z0IA 3LC8A 3TODA 3T9UA 1I6QA 3PD9A 2OCUA 1NNKA 5DT6A 2LAOA 5B70A 1IQ7A 4BDNA 2RCBA 3W9VA 1SVXB 2FNCA 1TT1A 5K2YA 3S9MC 4DXBA 3EHTA 4IY5A 5H8SA 1N3XA 2F6GA 2O68A 1CE2A 4OEVA 1Y4CA 3FV1A 4XXUA 5L9MA 2H99A 4FIMA 1DMBA 4ND9A 1MH4A 1B6HA 1B3GA 1YPNA 2I0CA 2QRYA 2AIXA 2F78A 3S2VA 4YMAA 3UIFA 1B5HA 1YTVA 3N26A 4LZ8A 4NE4A 3VVFA 4EQ9A 1MQJA 4F19A 3FVNA 1B5IA 3CSGA 2G29A 2Z8DA 4JSOA 4DLDA 2XX7A 1NKXA 1R9LA 1MPDA 4G68B 3KJTA 3HCQA 3SKPA 3V5AA 4O3AA 3SEVA 3UGWA 3T9VA 1ZMGA 4TOZA 2RINA 3K1PA 4XKPA 3CFXA 1MDP1 1B0HA 2DWIA 4R74A 3E9XA 1TFDA 2W7YA 2X7QA 3N6TA 4YB7A 3TMGA 4QFLA 5I2KA 5JK4A 3H4ZA 3HHFA 4POXA 4PFTA 2DWJA 3LR1A 3RT8A 5CBRA 3K1NA 1XC1A 2Z22A 1LGBC 3BFTA 3MWBA 3O6GA 4PFUA 5I56A 1EZPA 4XKQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FBGA 1B3HA 1FSAA 3BFUA 1MQDA 3PPOA 3UN6A 4AS4A 2H9BA 3RT6B 2V4CA 3LBSA 5EHSA 3KC0A 1AL3A 2O7UA 4TLLB 1FTAA 1P1OA 3DRIA 4MBPA 4NMYA 1B4ZA 4HTGA 3K4UA 1FPJA 3MYUA 3EHSA 1P1NA 2Q8MA 1YYZA 2DE3A 4LP2B 1HSJA 2OZZA 3PGFA 3U65A 3HO7A 4YB6A 3PTYA 3T93B 1SYHA 1JP4A 5CBRA 4U22A 4GQOA 3B7DA 4P9KA 1NUWA 2R71A 1NV3A 3LSWA 3T96B 3VFJA 4FE8A 1MM7A 3GBBA 4KYSA 2FBPA 2DXRA 4R2BA 4G68C 1II5A 3DRJA 3CI8A 5JTYB 4IO4A 4R6YA 5I58B 4RK2A 1POTA 3IFAA 4KYEA 1N84A 2WYPA 4DXUA 4QRZA 4U1OA 2B4MA 4GBWA 4OEUA 1MS7A 1NNPA 3B6WA 4BDQA 2WEFA 1A7LA 1PEBA 3EPEA 5EQ9A 1LBVA 3B8BA 1A8FA 3RUMA 2XA5A 5ELVA 4GD5A 5F1QA 2DVCA 3QK6A 1SW4A 1TXFA 2I4CA 4M1VA 1FPIA 1B7UA 1PB9A 2RKMA 1GGGA 3K6WA 3PPPA 4QSEA 3TDJA 3VLWA 4PFWA 3QUJA 4XIGQ 1SI0A 3KOSA 3H6UA 4RJZA 4XTCQ 5H8FA 3Q27A 4H5GA 2R8TA 4OVRA 4Q30B 5I59A 2OWSA 1FTJA 1N04A 1FTLA 2IA4A 2DWHA 4ESXA 3RLFE 4GRKA 4GWSA 1EH3A 5IKBA 1L5TA 1NV7A 4MCOA 3TKDA 5IZ1A 3MP6A 3T9HB 5I59B 3RGYA 1DTGA 4JWOA 1USYE 3ISPA 1SW1A 1B1XA 1XS5A 3GXAA 2FIEA 3OOAA 3MUQA 2FYIA 4U2RA 2KLFA 4OQOA 3T0JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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