4JSOA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaripentaose
Total Genus 206
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
206
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Sugar binding protein
total genus 206
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsoA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsoA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsoA02
2DYXA 4MFIA 2I3WA 4G8NA 4ZECA 4IO3A 1N3XA 2XD2A 4Q8RA 3VXBA 1N04A 3S9EA 4F3SA 1NNPA 4AQ4A 3VVFA 3ECRA 3SERA 1MH4A 1Q1KA 2X26A 3PAMA 4ZS9A 2ZMBA 1Y4CA 3T9VA 4XTCQ 2DS9A 3KOSA 2ESNA 2P2AA 3C36A 3GXAA 5TU0A 4R74A 4R6YA 1LAFE 4F1YA 3QXMA 3DP4A 2RC9A 1BIYA 4NWCA 1XOCA 3SETA 5FTIA 1TWYA 2NXOA 4TLLB 3DRGA 4U22A 3EHTA 3R26A 3G3FA 3O29A 4IB2A 3IO4A 3L6HA 3MVZA 2RKMA 1N84A 2XD3A 5L9MA 3GBBA 5BUUA 4QSCA 1MY2A 2V3TA 1N7WA 1ANFA 5I2KB 4P11A 1JVXA 4Z7EA 3RQTA 3GZGA 5DVFA 4JXIA 1B9JA 4I9DA 4F3PA 1RYXA 1CB6A 2D21A 3N6TA 1LGBC 2PT1A 4RXLA 3V5AA 3KFMA 4DZ1A 2RF1A 3E4RA 1UIUA 4FORA 1J1NA 3FV2A 4GOTA 2XXHA 4OXVA 1IXGA 4YU0A 4X9TA 2G93A 1PDAA 5FHNA 1FQAA 1USYE 1R9LA 4OTEA 3EQ1A 1B0HA 1XT8A 2HEUA 1B58A 3C33A 4GQOA 4U4XA 2QS3A 1Q35A 5LOMA 3T22A 2DOJA 3O6IA 2Q8JA 3RTWB 1B5IA 2XXUA 5B70A 3I5OA 2F36A 1DPPA 3MZ1A 4FATA 4EUOA 2HZKA 1P1UA 2XXWA 4WEPA 3GLBA 2QMXA 1QUIA 1D9VA 5L8DA 5A5XA 4DXUA 3S9LC 1USYH 4O3AA 4XKRA 3TCHA 1MXUA 3HN0A 3PUVE 1UTHA 1GV8A 4YB5A 3DRHA 2XXRA 2DP8A 5H8FB 4EF2A 1Y3NA 1EZ9A 2QPQA 1PC3A 4BDNA 4PFTA 2XXPA 1QVSA 3P7IA 4IO7A 2UXAA 1B4HA 5AA2B 2I49A 4GFRA 4GWOA 3S9NC 4F2QA 4ZEBA 3L6GA 1Z7NE 2NUVA 1RKMA 5H8HA 3O2AA 4WEDA 1NL5A 5KZTA 3U94A 5TP9B 2B3FA 3B6WA 4ND9A 1MPDA 1VE4A 4R75A 4G4PA 3KN8A 1B52A 3MUQA 4BDQA 4HW8A 2F6GA 3CVGA 3Q29A 3HO7A 1VSOA 3LUYA 4OFLA 4I62A 1S7YA 1B5HA 3CFXA 4TOZA 1FQEA 3G3JA 2F6PA 4FE8A 1GVCA 2VD2A 3KN7A 4R9GA 3MW0A 3FVNA 4KHZE 3ZKLA 1XVYA 3RUMA 3U93A 3FATA 3FXRA 2VGQA 4LONB 2GH9A 1OLAA 3ZSFA 3SDFA 4ZEDA 2OWTA 3SEUA 2P0SA 4YMAA 4YZZA 3C31A 1Z7ME 3PUYE 3PGFA 2QSXA 3CG1A 5TPAB 2GHBA 1OMPA 4QFNA 2O69A 5CBRA 2DE2A 2B4MA 5AA4B 4BLAA 2OCUA 5DYHA 3RPWA 2R6GE 3LSWA 3TZAA 1EH3A 5I59B 4LZ5A 4YAHX 3N26A 4KI0E 4GL8A 4LP2B 1B3LA 3H3GA 1MQIA 2DE4A 2F7BA 3K4UA 2Y7RA 1B7HA 5H8FA 1FCKA 3SEWA 4F2OA 5I2NA 1O7TA 2PBWA 4WXJA 4BDOA 1PB8A 5BWJA 3WAFA 3CRBA 3IX1A 5TP9A 5AA1A 4GF8A 4GVOA 3BFUA 5I58A 3H6TA 3VVDA 3KEIA 1MM6A 3S2VA 4C0RA 1URDA 1LAGE 2H99A 3UP9A 3IK6B 3PU5A 5AE4A 1HSEA 1URGA 1TXFA 1AH5A 3W15C 4X1BA 5CMBA 4OZ9A 4NF6B 3TYHA 3RNNA 1IUDA 3OO6A 1A8EA 4M1VA 1WVJA 3DP6A 2X7PA 4LA9A 2RINA 1SI0A 1FTOA 5DTBA 3K1PA 1LLSA 4QRZA 3OEKA 5AA2D 4DXCA 4JWXA 5TPAA 3MZBA 3TCFA 4OERA 3TODA 1QKBA 3RT8A 3KSJA 3OEMA 4OVJA 1Y9UA 5AA4A 4PFYA 4H5FA 2HCAA 3O6HA 3O66A 3FJMA 4ISUA 1B4ZA 3ZKKA 4KYEA 4NEDA 1LB8A 1DPEA 2O1LA 4N6PA 3PD9A 1MPBA 2Q9TA 4RPNA 5DEXA 2DVCA 4G77A 2RC7A 3MWBA 4QHQA 1A99A 3FZVA 1MQDA 4DXBA 1OQHA 3CI8A 4JWOA 4RYAA 3HCQA 1MQHA 4BDLA 2LAOA 1M5EA 5I57A 2B3BA 3IJXB 1F9BA 2XXQA 3UORA 3S4UA 4E0WA 1PBQA 3CSGA 1BLFA 3ONMA 4F3GA 4FJPA 4OESA 2CMOA 3IB0A 1MXVA 3EPEA 3OD7A 3RN8A 5IAIA 1MG1A 3MVWA 1MY1A 2ZNUA 1IZ1A 5CC2A 3D4GA 3Q25A 1FTJA 3OSQA 5F7VA 4F29A 4OETA 5KCJA 1DTZA 1UTBB 4LVQA 2O84X 4NF6A 4DLDA 1II5A 3H7MA 5FHOA 3T9HB 2D5WA 4YMBA 3MAMA 3UIFA 3TTMA 3K6UA 5L9SA 5EHMA 1P1OA 3OSRA 1R6ZA 4GD5A 1MQJA 4L17A 3A3UA 3IR1A 2UVJA 3TTLA 3FJGA 3C4MA 5L9OA 4QSDA 5B7DA 1LCTA 4KYSA 1P99A 4POXA 1MS7A 1URSA 5I56B 1ZIUA 2P1SA 3O97A 1PBPA 3DM0A 3U1OA 4G8HA 1FTMA 2B4LA 1B3EA 1FTKA 3K2DA 3FVGA 3C34A 1MY0A 4NF4B 4IO4A 3PMWA 3O28A 3SEVA 2YJPA 3QYTA 3TUSA 1AL3A 3LSLA 4DCYA 1DSNA 1YAEA 2QMWA 1LBCA 2UYEA 3M8UA 4YKIA 3W9WA 3PUWE 4NTLA 4F39A 1MXWA 3UN6A 5J1DA 3TEPA 4ZEKA 3LC8A 4IGTA 1NMUA 1SBPA 1LFIA 1QKAA 2ANJA 2REGA 5JTYB 3HSTA 5K2YA 2X7QA 1ZKBA 4ESWA 2QS1A 3OO9A 3MQ9A 3G3HA 1PB9A 4IY6A 2H5YA 3CSBA 4HCYA 2OLBA 3VLWA 1UTBA 3H4ZA 2Q88A 1XS5A 1YTVA 4OQOA 2M8CA 4R72A 3EN3A 4OFOA 4U23A 2F5XA 1M5BA 3HV1A 4F31B 1ZBMA 4OWDA 3PUZE 4NE4A 1JW5A 2FA7A 3TFLA 3K02A 3HPIA 4ELQA 1B7UA 2Q89A 3UA8A 3LVUA 4R2FA 1H45A 3IO6A 4OEVA 2NVUB 3RY3A 1QUJA 2HXWA 4ECFA 3RT6B 2FNCA 1DTGA 5H8SA 3K1NA 3A3CA 4RK2A 3CFLA 3DRKA 5I2KA 1N0TA 1SQYA 4C1TA 1P1QA 3FASA 1LAHE 2F78A 4H5GA 4FEDA 2ONKE 4DCXA 1MPCA 1US5A 5HBCA 1AMFA 4JB7A 4LUBA 1MXYA 4NF4A 2VP1A 5IKBA 3UK4A 5ICTA 4QFOA 4H8IA 5M2VA 2ZYMA 5H8QB 2ZNTA 1O64A 2I0BA 1HSLA 3HHFA 1ZJLA 1BTJA 1B7ZA 4OEUA 3OO7A 3VLUA 3PV0E 1SDXA 4EQ9A 3RYBA 4N13A 4EQBA 1AIVA 4JBZA 1O63A 4XKQA 3OELA 3A09A 1B3FA 3R6UA 2FYIA 1MXXA 1GGGA 4Q5TA 1MY4A 2ABHA 4NF8B 4NF5B 5JTYA 2RCAA 3VVEA 3AXFA 3SESA 3ZS6A 1YPNA 1SW5A 3TTRA 1LFGA 2R71A 1A55A 1OLCA 1SI1A 1CE2A 2ONRA 2YPNA 2W7YA 1MXZA 1I6AA 2QS2A 1BKAA 1SW2A 3VFJA 3FXQA 1MY3A 2OJTA 4Z0IA 3DRFA 4F19A 3U92A 3T66A 3FXUA 4F18A 3EHSA 3SKPA 2XXIA 1UQWA 4U1OA 1ATGA 2WOLA 3EF7A 2OBGA 2Z22A 5ITPA 3O9PA 2HAVA 3M3KA 3PPNA 4R6KA 3TQWA 3M3LA 4AB6A 1Y4TA 3KG2A 1RYOA 4MBPA 5AA2A 1I6QA 3H03A 4PETA 1NNTA 2IEEA 2Q2AA 2V3QA 3E3KA 4X1DA 4DE8A 4BDMA 1S9TA 3LBSA 3KZGA 2Z23A 2O68A 1ZU0A 4Q0CA 3VV5A 3PPOA 4UA8A 3OO8A 4RY1A 3TAJA 2DQVA 3B6QA 5CMMA 3I6VA 2A5TB 3JYRA 3C32A 2Z8EA 3FJ7A 2F7AA 4KYDA 1JETA 3LSFB 4EXKA 3PD8A 2XXXA 1FQDA 1NFTA 2DWAA 3UGWA 4JDFA 1H44A 1QUKA 1POY1 4HCWA 1N3WA 1Y20A 1IXIA 2ZYKA 3DRJA 4YKJA 2Z8DA 5H8NB 3K0VA 3PPQA 1MM7A 1IITA 5HPQA 2DVZA 2ZYOA 4RA1A 3IORA 2UVIA 3DP8A 5JEIA 2OWSA 4F1VA 1LFHA 3Q26A 5CM6A 4IO6A 1P1WA 3W9VA 1IQ7A 1FTLA 5I59A 2VHAA 2Z8FA 3H6UA 4PFUA 2G29A 5ELVA 3FV1A 4GRKA 4YICA 3PPRA 2GHAA 1TFAA 3FVOA 4X48A 1DMBA 3FVKA 1A40A 3OMBA 2B65A 1LBBA 4LQ2A 2ONSA 1SYHA 2ZYNA 5FHMA 3QUJA 3VDFA 4POWA 2O6AA 1POTA 1B2HA 3OXNA 4FIMA 3VLVA 1S50A 4QFPA 5JK4A 3VE1B 1EU8A 1B05A 2ZNSA 2XXTA 3M3FA 2WOKA 5CI5A 4XIGQ 2I0CA 4E0XA 1B1XA 2YLNA 2O7IA 4NMYA 4G8MA 3DRIA 3PMXA 3EHUA 3TPAA 2A5TA 1IXCA 2QS4A 4YKPA 1XHYA 4QFLA 1ZMGA 3IOWA 4ELOA 1SW1A 3MPLA 2HFBA 1JQFA 3Q28A 4I1DA 3V89B 2DE3A 4U21A 1M5FA 1B0LA 3PUXE 3G3KA 4GXSB 2UVHA 3JZJA 5H8NA 4KQPA 3RYAA 3WAEA 1JNFA 3U72A 3K6XA 2QJEA 5CMCA 2NWJA 5ICQA 3N5LA 1SW4A 4U1ZA 3K00A 4OHNA 2V3UA 5A5XB 4H67A 4IGRA 1GR2A 2AYSA 3TKDA 4LZ8A 1UTHB 2PVUA 1NNFA 2H9BA 5I84A 2XX8A 3IOVA 2QL3A 1TFDA 3RLFE 2NOOA 1XC1A 1T0KA 4XKNA 2I58A 4H0WA 3IAZA 4JSDA 1EZPA 1NNKA 2HAUA 2XXVA 4GIZA 1Y1MA 3MC2A 4QFKA 3H6WA 4FECA 2DWHA 1B6HA 1Y3PA 1L5TA 5H8HB 1WODA 3ILUB 4MLQA 3KBRA 4KD5A 4R9FA 5FTHA 3CG3A 4LATA 4OENA 5K2XA 1NH7A 3G7WA 2VOZA 4JSOA 3T9UA 4H8JA 4AB5A 4LQ5A 2UVGA 2O1MA 2RC8A 4QF9A 2HZLA 4WKMA 2WKYA 4ESXA 1FW0A 5AA3A 3SEYA 1B46A 3KN3A 4THIA 2PX1A 2D3IA 3FD3A 1M5CA 2Y84A 3FGSA 3K01A 2H25A 4U2RA 1UIVA 3C9HA 5HM4B 2E0SA 2Y7WA 3MPKA 1FQFA 2PT2A 1IIWA 2QRYA 3PMVA 4M4GA 5CRYA 4F22A 1OQGA 5ISUA 3T96B 4XXUA 3THIA 4F3BA 4XKPA 1PB7A 3JV9A 4RK9A 2XX7A 4OMBA 1D9YA 1B51A 3RGYA 4HTGA 1SVXB 5DT6A 4I8CA 4RJZA 2ALUA 4G2ZA 3R7XA 3G3IA 4N07A 1SD3A 4KCCA 3GBAA 3CR9A 5DVIA 2AL5A 4EQ7A 1LSTA 5EYFA 2DWIA 2OZZA 3CFZA 4EDPA 4RPOA 4GXAA 5I56A 4R6HA 4EF1A 1QULA 3IB1A 4ELPA 1A54A 4GL0A 4OYVA 1JW1A 4H6DA 3N94A 1WDNA 2F97A 2AIXA 5I2NB 1A7LA 4G68B 3OOAA 2AL4A 1M5DA 2A5SA 3S9MC 2UYFA 2WOPA 1LAXA 3MBPA 2KLFA 4DIGA 1ELJA 2V84A 4TQUQ 2IA4A 4HS7A 1D4NA 3E9XA 3HHGA 5EHSA 4KFQA 2XX9A 3KGCA 5I58B 5KDTB 4BDRA 5ITOA 4Q30B 4G68C 4TLMB 4IY5A 3RTFB 1H76A 4GLIA 4UACA 1JEVA 5F1QA 1QJMA 1PEBA 2HQ0A 4O3BA 4C1UA 2R9JA 2Y7PA 4ELRA 3TTKA 3FIRA 1HSJA 2DXRA 1NKXA 2ZXTA 2Q2CA 5CMKA 1P1NA 2I48A 4H1XA 1GTKA 4U4SA 1KWHA 3G3GA 3ILTB 3FTOA 4FEBA 1B1HA 3IOUA 3MP8A 3MZ9A 4ZE8A 4PFWA 3D4CA 1XVXA 4ONYA 3H6VA 4ZZEA 1B3HA 1IEJA 4KPTA 2F8DA 4R73A 2GRVA 3KOTA 2OK2A 4PQJA 1VR5A 4EXLA 2V25A 2BJJX 3MJNA 3KJTA 1EZOA 4IO2A 3I3VA 4MF3A 3U8QA 3LSXA 1US4A 2E1SA 1BP5A 1R1NA 3K6VA 1Y1ZA 3K6WA 4ZDMA 1R9QA 3SEXA 1H3DA 3IJOB 2VD3A 1QW0A 3BFTA 4NWDA 4P0IA 4KCDA 3TCGA 4P0GA 1LB9A 4MH5A 2F7CA 2PYYA 3USDA 1OVBA 5DEXB 1JVYA 3ODBA 1B3GA 1I6BA 1AOVA 3V83A 1MH3A 2DXYA 4G68A 1B40A 3C35A 3MVXA 1FQBA 2F34A 1MDP1 3VXCA 3QSLA 1TT1A 5I57B 1H43A 2CZLA 3H06B 1IXHA 5H8QA 3CIJA 4H65A 4DDDA 2REJA 4FAJA 3T93B 2H98A 1OVTA 2V93A 2GFEA 4OFJA 3N6UA 1YCJA 1ZLQA 1MQGA 2XHDA 1OIBA 5KDTA 3MVYA 2Y7IA 3MP1A 3OENA 4PE5B 3DELB 1B5JA 4LZ7A 3LR1A 5KCJB 3TTNA 3E13X 4NF8A 4NF5A 4YB6A 3B7DA 3QIMA 1N7XA 3O6GA 3TMGA 4PP0A 1A8FA 4F1UA 4O3CA 1Y3QA 2THIA 3DLNA 2H4IA 3IL1B 1NH8A 2RCBA 3IOTA 1DOTA 2I3VA 3F11A 1N76A 1VFDA 1SYIA 3PPPA 2Y7KA 2DSFA 1ZTYA 1I69A 3B6TA 4K3FA 5CBSA 1JEUA 1MRPA 3FUZA 3BKIB 1D3KA 2I4CA 1B32A 4ZE9A 1MDQA 3V8XB 2I4BA 2DWJA 2F35A 3QK6A 4ZZAA 4R2BA 3TQLA 4KR5A 3MP6A 5DVJA 3K1MA 3QUFA 1JW4A 1VFEA 4IO5A 2I6EA 4JWYA 4ZEIA 4YKKA 2PMSA 3T9XB 1FQCA 3BBRA 3TDJA 3KJ7A 2O7UA 2XXYA 4YB7A 3KSXA 4QSEA 3TELA 2O51A 3Q27A 1LCFA 3IB2A 3QAXA 3CHGA 4ZEFA 4MLVA 3O6PA 4RNSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DYXA 4MFIA 2I3WA 4G8NA 4ZECA 4IO3A 2WBBA 1N3XA 1FBHA 2XD2A 4Q8RA 3VXBA 1N04A 3S9EA 4F3SA 1NNPA 4AQ4A 3VVFA 3ECRA 3SERA 4PE3A 1MH4A 4PAFA 1Q1KA 2X26A 3PAMA 4ZS9A 2ZMBA 1Y4CA 3T9VA 4XTCQ 2DS9A 3KOSA 2ESNA 3FXBA 2P2AA 3C36A 3GXAA 5TU0A 4R74A 4R6YA 1LAFE 4F1YA 3QXMA 3DP4A 2KR0A 2RC9A 1BIYA 4NWCA 1XOCA 4OVPA 3SETA 5FTIA 1LEVA 1TWYA 2NXOA 4TLLB 3DRGA 1NI9A 4U22A 3EHTA 1DBZA 3R26A 3T1BA 3G3FA 3O29A 4IB2A 3IO4A 3L6HA 3MVZA 2RKMA 1N84A 1G0IA 2OWZA 2XD3A 5L9MA 3GBBA 5BUUA 4QSCA 1MY2A 2V3TA 1N7WA 1EYJA 1ANFA 5I2KB 4P11A 1JVXA 4Z7EA 3RQTA 3GZGA 1FBFA 5DVFA 4I3YA 4JXIA 1B9JA 4I9DA 4I40A 4F3PA 1RYXA 4GX4A 4O7MA 1CB6A 4HE2A 2D21A 4PAKA 3N6TA 4XF5A 1LGBC 2PT1A 4RXLA 3V5AA 4MAGA 3KFMA 4DZ1A 2RF1A 1FPGA 3E4RA 1UIUA 4FORA 1J1NA 3FV2A 4GBWA 4GOTA 2XXHA 4OXVA 4PF8A 1IXGA 4YU0A 4X9TA 2G93A 1PDAA 3D1RA 5FHNA 1FQAA 4PF6A 1USYE 1R9LA 4OTEA 5F24A 2VPOA 3EQ1A 1B0HA 1XT8A 2HEUA 1B58A 3C33A 4GQOA 4U4XA 2QS3A 1Q35A 5LOMA 3T22A 2DOJA 3O6IA 2Q8JA 3RTWB 1B5IA 2XXUA 1G0HA 5B70A 3I5OA 4AS4A 2F36A 1DPPA 3MZ1A 4N8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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