3JYRA

Crystal structures of the gach receptor of streptomyces glaucescens gla.o in the unliganded form and in complex with acarbose and an acarbose homolog. comparison with acarbose-loaded maltose binding protein of salmonella typhimurium.
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEQDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEVTPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLVPNPPKTWEEIPALDKELKVKGKSAIMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKFENGKYDVKDVGVDNAGAKAGLTFLIDMIKNKNMSADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDKSKVNYGVTLLPTFKGKPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDQGLEAVNKDKPLGAVALKSFQEQLAKDPRIAATMDNAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALKDAQSRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title Crystal Structures of the Solute Receptor GacH of Streptomyces glaucescens in Complex with Acarbose and an Acarbose Homolog: Comparison with the Acarbose-Loaded Maltose-Binding Protein of Salmonella typhimurium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA01
3G3IA 3T22A 2GFEA 4RPOA 2BJJX 3OMBA 1BIYA 4PQJA 1A8EA 2UYFA 2DE4A 2RC7A 4OEVA 1FTLA 1UTBA 4GL0A 3QIMA 4XKRA 2ZYOA 3FGSA 2Q2AA 2H25A 2VD3A 4H5FA 2XXVA 3OELA 5I2NB 3RGYA 3FATA 5CI5A 1EZPA 5TPAA 3H6WA 1B3FA 4GFRA 4I8CA 3TMGA 4O3BA 2RC9A 2THIA 3RUMA 4EXKA 4O3CA 4FEDA 4ZE8A 2O84X 2RF1A 2HCAA 3FV1A 1MXYA 3HHFA 2ZNUA 4U22A 2ZMBA 2DXYA 4K3FA 3ILTB 3PD9A 1D3KA 3C33A 4GXAA 4I9DA 1ZIUA 1OVBA 3QYTA 3S2VA 5AA4B 5FHNA 4OEUA 2I4BA 2ZYKA 2GRVA 2DVCA 3MVZA 2P1SA 4LONB 1D9VA 4ELRA 1H3DA 4G68C 1B2HA 3PUVE 3TAJA 1OMPA 1B05A 2F35A 3CSBA 3L6GA 2X7PA 5ITPA 1I6QA 2QSXA 3SETA 5H8FA 1LBCA 1RKMA 1LCFA 2PMSA 1MS7A 2KLFA 3TFLA 2F6PA 3N6TA 3SEWA 5ICTA 1OLCA 4NWDA 3KJ7A 4XXUA 3PU5A 1YAEA 2F8DA 1B0HA 3LSLA 4H8IA 4QSDA 1PDAA 1MG1A 1MM6A 3R7XA 3PGFA 1QUJA 1GR2A 4C1UA 4KCCA 4RY1A 2DWAA 3GZGA 1D4NA 5I59B 2E1SA 5CBRA 4EQBA 1O7TA 2Y7RA 3ODBA 1MY2A 3TELA 3PUYE 3TEPA 1SW1A 1FQAA 3F11A 2X26A 1MXWA 3H3GA 2I0CA 1IXCA 1US5A 1B1HA 5ITOA 1SD3A 2Q88A 3O2AA 3O9PA 4AB6A 5L9SA 3LSFB 1NNFA 1AL3A 1B3GA 1ZTYA 2X7QA 3O6HA 4XKNA 2RCBA 3TCFA 3P7IA 2QMXA 4WEPA 3PMXA 1A7LA 4HCYA 1QULA 3MPLA 3KBRA 5L9MA 1B7HA 1SYIA 3CFZA 4RK2A 1LAGE 4DZ1A 5DTBA 4R9FA 2XXWA 4C0RA 1SVXB 2RCAA 1SI0A 1FQBA 3TYHA 4ECFA 3FJMA 4QRZA 1H76A 3SDFA 3W9WA 1TFAA 1ATGA 4O3AA 1PEBA 3K2DA 2DE3A 4FATA 1HSLA 4IY6A 3IJXB 3CR9A 1B9JA 4H0WA 2XX7A 2HEUA 3O29A 4JB7A 2OK2A 2NXOA 5I58A 1LB8A 2XXIA 3B6WA 3CRBA 1QKBA 3S4UA 1LFGA 3CFXA 3O6IA 3R6UA 4OFOA 2HFBA 5BUUA 4R2BA 1QW0A 3FXRA 1B4HA 4X9TA 4GL8A 2A5TA 4NWCA 4WKMA 4FORA 2AL5A 2ONRA 3MZ1A 4OQOA 2DWIA 3MP1A 5I57B 3HSTA 1ANFA 3VDFA 4NMYA 1ZJLA 5H8HA 1B6HA 4IO4A 4JBZA 4F1YA 4P11A 4IGRA 5HM4B 3OO7A 2XHDA 4EF2A 3LSXA 2Z8DA 5I2KB 5L8DA 4DCXA 1MH3A 3K02A 1ZU0A 1HSJA 1R6ZA 4RJZA 1YTVA 1BTJA 1N3XA 1EH3A 2XXXA 3IO4A 1LGBC 3KFMA 4U1ZA 1CE2A 4ELOA 4YZZA 4AQ4A 2NUVA 2H99A 1B32A 4N07A 4FECA 4EXLA 3PD8A 4EF1A 1MXVA 1M5EA 1IITA 3W9VA 4IO3A 4P0IA 2QJEA 1B7ZA 4R6HA 3B6QA 2H4IA 4H67A 4ZZAA 3ZKLA 1XVYA 3V5AA 4I62A 4R72A 3C36A 5A5XA 3O6GA 4OWDA 5F7VA 1FTOA 2XD3A 3IJOB 3V8XB 2F36A 3VLVA 3S9EA 1MQDA 4YB6A 5H8NA 1JEUA 1USYH 2ZNTA 4HW8A 3SKPA 1ZMGA 4NF4B 2O1LA 2NVUB 1NH7A 4JWYA 3T9UA 4YU0A 3IORA 4LVQA 2Y84A 4MBPA 5KDTA 4PFWA 4M1VA 1QUKA 1S9TA 4OETA 3U94A 3MUQA 4YMAA 2I3VA 4ZEKA 2DP8A 4NF8B 2ZYMA 3W15C 4C1TA 4GD5A 1NNTA 1XT8A 2HQ0A 1MM7A 5ISUA 5KCJB 5AA2B 2PT2A 5EHMA 2GHBA 3M3FA 1J1NA 4E0XA 1UTHA 1SW5A 2O6AA 5IKBA 1FTMA 2WKYA 4GRKA 1JEVA 4G68B 4X1BA 5HBCA 4QFLA 1S50A 3IO6A 2I6EA 4U1OA 2AIXA 4OENA 2QMWA 3O28A 3A09A 1RYOA 2I48A 3SERA 4JSDA 4UACA 3IK6B 3JV9A 4QF9A 4KHZE 1FQFA 4BLAA 5H8QA 3UORA 4G8HA 2DE2A 2F6GA 1USYE 3JYRA 1NL5A 5H8SA 4DCYA 2GH9A 3B6TA 4LATA 1A55A 3K0VA 3VFJA 4QFKA 2Z8FA 1XHYA 3M8UA 4R6YA 1FTKA 3IB0A 1MRPA 1FQEA 3DELB 2DYXA 2V3TA 3PUXE 3RNNA 4OVJA 2ONKE 4KYEA 1IUDA 3D4GA 1NFTA 2B3BA 2UVJA 4BDNA 4R73A 1MXUA 1OQGA 4RA1A 1BP5A 3G3FA 4NF5B 3KG2A 4JXIA 3HCQA 5FHMA 2ALUA 4KFQA 4YAHX 5JTYB 4KR5A 2R9JA 2Z8EA 2YJPA 1IQ7A 3RTFB 1Y3PA 1EZOA 4THIA 3I3VA 4DLDA 1GV8A 2ESNA 2DVZA 3V83A 4F31B 5CRYA 3HV1A 2DSFA 1LCTA 3TODA 3WAFA 4HS7A 5KZTA 3KN8A 4L17A 4IGTA 5DVIA 4QSEA 5DEXB 5EHSA 3RLFE 5M2VA 2V25A 1RYXA 4H1XA 1MY0A 3MZBA 4DDDA 2Y7KA 2XX9A 3OEKA 4IO6A 2RINA 1IEJA 2Y7PA 3VE1B 1XC1A 1A54A 2M8CA 1A40A 4H5GA 1O63A 3A3CA 2ZNSA 1UTBB 3K00A 1B40A 3G3HA 3PMWA 3TQWA 1SYHA 1P1OA 1MDP1 1FW0A 4EQ7A 4QHQA 1II5A 5TPAB 3KN7A 4XTCQ 4EQ9A 1LB9A 1P1QA 3LC8A 5J1DA 1I69A 3VLUA 1MQIA 2Q2CA 3PUWE 1B51A 1SDXA 1I6AA 2P0SA 1VFDA 5ELVA 5K2XA 3FXUA 1R9LA 3SEVA 3QXMA 4YB5A 1N0TA 4OYVA 3Q28A 2REGA 1MY3A 3EPEA 3G7WA 1AH5A 4ND9A 2QL3A 1N7WA 2XXQA 3CI8A 5CC2A 2FNCA 1Y3QA 1GVCA 4H65A 4F3BA 4F2QA 1LAXA 4TQUQ 2DXRA 3MQ9A 3PUZE 3SEYA 5HPQA 3FVGA 4OHNA 3N5LA 1CB6A 1MPCA 3RT6B 4POWA 2I49A 3KSXA 5H8FB 2RC8A 4G77A 4Q30B 4KQPA 3KEIA 3H6UA 1VE4A 3QUFA 1MXZA 4EUOA 1IXIA 5I56A 1PB7A 3G3JA 1GTKA 2HZLA 3K6VA 3TUSA 3T93B 4U23A 4ZZEA 1JNFA 3IX1A 1PBPA 1MH4A 3JZJA 1UIVA 3HO7A 1NMUA 2UXAA 4LZ5A 3IAZA 1SQYA 4Q0CA 4ISUA 4DE8A 1OLAA 4R9GA 3SESA 3C4MA 3FVOA 3UGWA 3OXNA 3VV5A 5AE4A 2XXYA 3CIJA 3K6XA 2Q89A 4POXA 1NH8A 3O97A 4KD5A 3BFUA 5FTIA 2F7AA 4Q8RA 5CMCA 3C32A 4QFPA 2VHAA 5JK4A 4OMBA 4XKQA 1B1XA 3H06B 3TTNA 1LAHE 5TP9A 2DS9A 1LFHA 3T9HB 3Q25A 1WODA 3G3GA 2OLBA 4XIGQ 4G2ZA 4G8MA 3TCHA 3DP8A 1UIUA 1VR5A 2GHAA 4UA8A 3E13X 3EHTA 4GWOA 4LA9A 4R74A 2PYYA 1LSTA 3OENA 3OOAA 3VVDA 5I58B 3S9NC 2G93A 1B5IA 3LSWA 3EF7A 2OZZA 3L6HA 4PE5B 5IAIA 5CMMA 4U4SA 4F29A 4BDRA 3TPAA 1Y20A 2XXPA 4TLLB 3FXQA 4IB2A 4ZECA 4DIGA 2A5TB 4NF6A 3H6TA 4IO5A 4LP2B 1Y4CA 3T9XB 4GLIA 2D5WA 3OEMA 5H8HB 1JW5A 3EN3A 3K6WA 4BDQA 3IL1B 3LR1A 3TCGA 3OSRA 4NE4A 4BDLA 2D21A 2IEEA 2XX8A 4YKKA 4GVOA 3MAMA 1IXHA 4YICA 1M5FA 1Q35A 2DWJA 2UVIA 1GGGA 3FVNA 2DOJA 2Y7WA 3HHGA 2Q9TA 2QS2A 4F3SA 3ILUB 2H9BA 3E9XA 1MXXA 3MBPA 1DSNA 3U93A 3KOTA 1US4A 1Q1KA 1TWYA 4H8JA 4U2RA 1Z7ME 4YB7A 4M4GA 3M3LA 2QRYA 4IY5A 4DXCA 4EDPA 5AA1A 1MQHA 3K1PA 2B3FA 2AYSA 3IOUA 1P1WA 1H43A 3K6UA 4ZS9A 3ONMA 5ICQA 5A5XB 4RK9A 3N6UA 3OO6A 1URDA 4Z0IA 3MVXA 3VVEA 1XOCA 2A5SA 2I58A 4RPNA 2YLNA 3DP4A 4PP0A 1JW4A 2ONSA 1POY1 2ANJA 1PB8A 5H8NB 1JVYA 1L5TA 4QFOA 1B46A 2HXWA 1NNPA 5FTHA 1HSEA 2DQVA 5I2NA 1JVXA 1H45A 3IB1A 4FEBA 1VSOA 2F78A 1URGA 3TTRA 5KDTB 4HTGA 2VOZA 4KI0E 1SBPA 1OQHA 2Z23A 3C34A 4F22A 1MQJA 1DPEA 3PMVA 2D3IA 1P99A 1M5BA 1QVSA 1PB9A 3K1NA 2F7BA 4YKPA 5DVFA 3TTMA 3VXCA 3GXAA 3THIA 1KWHA 3GBAA 2NWJA 4FJPA 4OZ9A 2PT1A 2Y7IA 1QKAA 3TQLA 3CSGA 5F1QA 2R6GE 3HPIA 1TXFA 1UTHB 1QUIA 3MZ9A 2O69A 5AA4A 3KZGA 3FASA 2I0BA 4F18A 5FHOA 3S9LC 4TLMB 4Z7EA 5CMBA 1XS5A 3WAEA 1B5HA 1Z7NE 2H5YA 3LBSA 2XXUA 3FV2A 2XD2A 4G4PA 1SW2A 3KJTA 1OIBA 4PETA 3IOVA 3KN3A 2REJA 1B58A 2OBGA 4R75A 3LUYA 2NOOA 3TKDA 5B70A 3CVGA 5H8QB 4H6DA 2RKMA 3UN6A 4OERA 3OO8A 2CMOA 3USDA 5I84A 3E3KA 1N84A 4JWOA 3RY3A 4MLQA 1B3EA 3EHSA 1Y1MA 2H98A 4LQ5A 4GIZA 4GQOA 1YCJA 3MVWA 4JSOA 1H44A 1OVTA 2OCUA 3B7DA 3Q26A 4RYAA 3QK6A 5I59A 3FD3A 2QS4A 3VXBA 3I5OA 1R1NA 3GBBA 3U92A 4ZEIA 4RXLA 3KSJA 3Q27A 3FJ7A 1DTZA 3H6VA 1S7YA 3KGCA 4YMBA 2AL4A 2XXTA 4X48A 1LAFE 2PBWA 5LOMA 2OWSA 3OO9A 2O1MA 3T66A 1VFEA 1ZLQA 1ZBMA 3ZSFA 3I6VA 3PPOA 2E0SA 3G3KA 1Y1ZA 1M5CA 3IR1A 4YKIA 3DLNA 3SEXA 3OD7A 1SW4A 4GOTA 4IO7A 3U8QA 3BKIB 1NKXA 1D9YA 3UP9A 4MH5A 1P1UA 5K2YA 1B52A 2I4CA 2O68A 5DVJA 4OFLA 2IA4A 1P1NA 4ESWA 4FAJA 3R26A 4N13A 4NTLA 1A99A 3SEUA 2YPNA 2F7CA 3T96B 2UYEA 4Q5TA 3H7MA 3N94A 1I6BA 1A8FA 1JW1A 2F5XA 1LBBA 4JWXA 4LQ2A 4WXJA 1FCKA 2HAVA 3K4UA 2PX1A 3K1MA 3VVFA 4E0WA 4KYSA 4F2OA 1PC3A 5L9OA 3FJGA 1UQWA 4R6KA 3V89B 3ECRA 3DM0A 4FIMA 1URSA 4ELPA 5I57A 3VLWA 3A3UA 4F3PA 4OXVA 4F1VA 4WEDA 2ZXTA 3EHUA 1WDNA 3RN8A 4XKPA 4YKJA 5TU0A 3H03A 3FUZA 4HCWA 4PFUA 2VGQA 1B3HA 3DP6A 5I2KA 3O66A 1IZ1A 3CG1A 1DPPA 1EZ9A 2DWHA 4BDOA 1F9BA 1IXGA 2O51A 2VP1A 5AA2D 4OTEA 1BLFA 3PPQA 1MY4A 3MC2A 1DMBA 1Y4TA 1N04A 1POTA 3TTKA 3CG3A 4QSCA 3RT8A 1N76A 1PBQA 3U72A 5B7DA 4F3GA 1MQGA 4OFJA 4R2FA 4KPTA 3E4RA 3C9HA 2W7YA 3TDJA 3MP6A 4KYDA 4U4XA 1Y3NA 1MPDA 1B5JA 4QFNA 1B0LA 4P0GA 1FQCA 3MP8A 5I56B 1LFIA 2CZLA 3QUJA 3MW0A 4ZEBA 4ZEFA 1YPNA 2F97A 2VD2A 1AMFA 1M5DA 4DXUA 4MF3A 1SI1A 5BWJA 1IIWA 2Z22A 4FE8A 2PVUA 5DYHA 3RPWA 3K01A 2UVHA 4LZ8A 2QS3A 3OSQA 3S9MC 4NF4A 1O64A 2QS1A 3H4ZA 3MJNA 5AA3A 4JDFA 1FQDA 3M3KA 2ABHA 4DXBA 3PPPA 2G29A 4TOZA 2XXRA 3IOTA 4ZDMA 4LZ7A 3CFLA 3QAXA 4NF8A 2Q8JA 1B4ZA 2FYIA 4KCDA 2V3QA 4X1DA 5KCJA 5AA2A 3FZVA 2I3WA 3N26A 2ZYNA 2HZKA 2XXHA 3RQTA 1AIVA 2V3UA 5TP9B 3PV0E 4G68A 1MPBA 3TTLA 4PFYA 4PFTA 1B3LA 1EU8A 2B65A 2QPQA 1JQFA 3GLBA 2R71A 4ZE9A 2P2AA 4BDMA 1FTJA 4GF8A 3ZKKA 4MLVA 1ZKBA 1T0KA 1BKAA 2F34A 3U1OA 1TFDA 1WVJA 2LAOA 3ZS6A 3UK4A 4ESXA 2O7UA 4ONYA 3FVKA 2FA7A 5JEIA 3PPNA 1LLSA 1TT1A 3BBRA 3FIRA 1AOVA 4LUBA 4IO2A 3IB2A 3UA8A 4NF6B 4N6PA 1NNKA 1XVXA 2V84A 1DTGA 1DOTA 4MFIA 4OESA 3MVYA 3TZAA 1ELJA 3C35A 4I1DA 3EQ1A 4U21A 1JETA 3BFTA 3HN0A 5DT6A 3T9VA 3QSLA 4F1UA 3PPRA 4G8NA 1MY1A 5CMKA 4NF5A 4NEDA 3KOSA 3UIFA 1N3WA 2OJTA 4F19A 2HAUA 1R9QA 4ELQA 1N7XA 3AXFA 5JTYA 4GXSB 2O7IA 2UVGA 3RTWB 4RNSA 3Q29A 5EYFA 1B7UA 5CBSA 3MWBA 4ZEDA 1MDQA 4AB5A 2OWTA 2V93A 4F39A 1QJMA 3C31A 3MPKA 5CM6A 1Y9UA 5DEXA 3IOWA 3D4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PTKA 3G3IA 3T22A 2P3VA 2GFEA 4RPOA 4N8YA 2BJJX 4N6DA 3OMBA 2WEFA 1BIYA 4PQJA 1A8EA 2UYFA 2DE4A 2BJIA 2RC7A 5EQ7A 4OEVA 1FTLA 1UTBA 4GL0A 3QIMA 4XKRA 2ZYOA 3FGSA 2Q2AA 2H25A 2VD3A 4GBWA 4H5FA 2XXVA 3OELA 5I2NB 3RGYA 3FATA 5CI5A 1EZPA 5TPAA 3H6WA 1B3FA 4GFRA 4IR8A 4I8CA 3TMGA 4O3BA 2RC9A 2THIA 3RUMA 4EXKA 4O3CA 3MYUA 1YYZA 1SPIA 4FEDA 4ZE8A 2O84X 2RF1A 2HCAA 3FV1A 3ROJA 1NI9A 1MXYA 3HHFA 2ZNUA 4U22A 2ZMBA 2DXYA 4K3FA 3ILTB 3PD9A 1D3KA 3C33A 4GXAA 4I9DA 1ZIUA 1OVBA 3QYTA 3S2VA 5AA4B 5FHNA 1FJ9A 4OEUA 1D9QA 2I4BA 2ZYKA 2GRVA 2DVCA 4NQ8A 3MVZA 2P1SA 4LONB 1D9VA 4ELRA 2XA5A 1H3DA 3KC0A 4G68C 4OVSA 4PBQA 1B2HA 1FSAA 3PUVE 3RYDA 3TAJA 1OMPA 1B05A 2F35A 3CSBA 4OVTA 4MNPA 3L6GA 4PF6A 2X7PA 5ITPA 4DI3D 1I6QA 2QSXA 3SETA 4PCDA 5IZ3A 5F24A 5H8FA 1LBCA 1RKMA 1LCFA 2PMSA 1MS7A 1G0IA 1VDWA 2KLFA 3E79A 3TFLA 2F6PA 3N6TA 4JVCA 3SEWA 5ICTA 1FBEA 1OLCA 4NWDA 3KJ7A 4XXUA 3PU5A 4HE2A 1YAEA 4HE1A 5I3SA 2F8DA 1B0HA 3LSLA 4H8IA 4QSDA 1PDAA 1MG1A 1MM6A 3R7XA 3PGFA 1QUJA 1RDYA 1GR2A 4C1UA 4KCCA 4RY1A 2DWAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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