4ZEIA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-phosphate
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 148
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zeiA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zeiA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zeiA02
5ICQA 2I0BA 3PMVA 3KJ7A 2KLFA 2NVUB 1OMPA 1FW0A 3K6UA 2GRVA 1SD3A 1ANFA 3N6TA 1DMBA 2YLNA 2UVIA 2ZYNA 1A8EA 1GGGA 2D5WA 5DVIA 3QXMA 1ZJLA 4YMAA 1QKAA 2DWAA 4MFIA 3VDFA 3TTKA 4NE4A 1Y3NA 4H8JA 4Q0CA 5HM4B 4OESA 3FVKA 2DE4A 4F19A 1N0TA 2VHAA 1T0KA 4KR5A 4NTLA 2WOLA 3V89B 5H8QB 4ONYA 4F22A 1MPBA 4NF6A 3SERA 1LBCA 1JEUA 5L9SA 3ONMA 1RKMA 3Q25A 3TAJA 4F39A 4I8CA 4AQ4A 3TDJA 3N26A 3V5AA 4X9TA 4N13A 5BUUA 3MVZA 4YKKA 1M5EA 1MH4A 1Y3QA 3VLWA 2XXWA 3EQ1A 3DP8A 1MXWA 3O66A 4G8MA 1WODA 1MG1A 4IO2A 3TFLA 4WKMA 2RC9A 3TCGA 3R26A 3UORA 4IO4A 1IZ1A 3VLVA 4NF6B 1LAXA 4P0GA 3MVWA 3MWBA 1F9BA 2HFBA 2ABHA 4RNSA 3B6QA 4G68B 3RGYA 3FJGA 4MLVA 4GL0A 3G3JA 2OCUA 1GVCA 3G3GA 3IK6B 4G77A 2PX1A 2DOJA 4HCYA 2QS1A 3RPWA 5IAIA 2BJJX 4O3AA 4GL8A 5TPAA 2DWIA 4F31B 1USYE 1ZTYA 2ZYOA 2DXYA 3KN7A 1B2HA 4EXKA 4KQPA 1PC3A 3FIRA 4PFYA 2P2AA 1LB8A 5M2VA 2B3BA 3QUJA 2NWJA 2UXAA 5BWJA 3GLBA 3TKDA 1S7YA 4U21A 2WKYA 3HN0A 5FTIA 4FEBA 3G3KA 2OBGA 3C4MA 3P7IA 5I2KB 1SW1A 1B7HA 5TPAB 4NF5B 3H7MA 2Y7KA 2NUVA 3CFLA 4PETA 1AIVA 3IJOB 1XOCA 4QSDA 1UTHA 3GBBA 2P1SA 1AL3A 4U23A 3MVYA 2Q89A 2V3QA 3QK6A 1PB9A 4YKPA 4I9DA 1LAFE 4F1YA 3U93A 1MM6A 3HSTA 1M5CA 2GHBA 3L6GA 3UK4A 3TTRA 4RXLA 1D9VA 1MXYA 3DRJA 3KEIA 2HQ0A 2PT2A 2ZNTA 1MDQA 1JNFA 3K1MA 3MPKA 4PFTA 5CC2A 1IXHA 2OZZA 4H8IA 2RKMA 3K2DA 1SW5A 4KI0E 2RC7A 4FJPA 4FE8A 2P0SA 4P11A 4BDOA 1MY4A 1PBQA 2OK2A 1R9LA 1EZ9A 3EHTA 3R6UA 5TU0A 3SEWA 2DQVA 4JWXA 1UQWA 2OLBA 5EYFA 3F11A 3MC2A 4EQ7A 3GBAA 2V84A 3PPNA 1YPNA 4R6YA 2FNCA 2Q2AA 1B40A 2DS9A 3KG2A 3O28A 2F8DA 4QFNA 1QJMA 3PUVE 3VXBA 1B32A 3O6IA 2XXUA 1PDAA 3MZ9A 3LSWA 2ONKE 4GOTA 3FD3A 1BLFA 1Y9UA 2VP1A 2X7QA 3G7WA 4HS7A 1SW2A 4N07A 3IAZA 4YAHX 5F1QA 1SYHA 3CR9A 5A5XB 2ZNUA 3O97A 5DEXB 2NXOA 4IGTA 4GWOA 4R2BA 5ITPA 3CVGA 4G68C 1ELJA 4OFJA 1FQDA 1PEBA 3DP6A 4LONB 2DE3A 4ZEKA 3DRHA 4BLAA 5H8HA 1VFEA 2XXPA 4Z7EA 5L9OA 1J1NA 5DVFA 1YAEA 2R6GE 2RF1A 3E3KA 1LSTA 4DLDA 2Q8JA 1IQ7A 1GV8A 4ZDMA 3FUZA 4KYSA 3H6UA 4DXUA 1TFAA 4H65A 5K2XA 1MRPA 5L9MA 3IL1B 3SKPA 1Y1MA 3BBRA 1FQEA 4ISUA 3HO7A 2HCAA 3M3FA 5H8NB 5I59A 2O51A 3S4UA 5H8HB 3RT6B 2F7BA 1QVSA 3C36A 3Q28A 3TEPA 4H5GA 3LR1A 4UA8A 2XXTA 2QJEA 4BDNA 5CMBA 3PPOA 4BDMA 2Q9TA 5I57B 3IO4A 1MXZA 3V83A 1B3FA 4Q8RA 1AOVA 2CZLA 1FQBA 4F3BA 1LCFA 2XXYA 1RYXA 3OOAA 4XXUA 3FV1A 4LZ5A 4H5FA 5JEIA 3A3UA 2XXQA 3U8QA 4U4XA 3N94A 5FHOA 4OETA 4RK2A 2O68A 1PBPA 3H06B 1B05A 3BFUA 2VD3A 2REGA 4R74A 3D4CA 4KYEA 2I3VA 4IO6A 1MXUA 1FQFA 3DRIA 3HV1A 4LUBA 2PMSA 3PGFA 3DRKA 1LB9A 1Z7ME 1P1QA 4NEDA 4JBZA 4R75A 4JSOA 4MH5A 1P1NA 3HPIA 4KFQA 4QRZA 2PT1A 5JTYB 3LSXA 4GD5A 2Z8FA 3OEMA 4F3SA 3TQWA 3OELA 3MP6A 4LQ2A 1A55A 4H67A 3C31A 2UVJA 3QYTA 3FTOA 1I6QA 3MUQA 4LA9A 4ZE9A 1UIVA 4MF3A 3U1OA 2XHDA 2I4CA 1AMFA 2Q88A 3K6WA 4NWCA 3VLUA 4TOZA 5DYHA 3H6TA 3HHFA 4NF8B 4O3BA 1POY1 1ZKBA 3E9XA 3LVUA 3OO8A 1MY0A 1PB8A 4IY5A 4YB7A 4OFOA 2GH9A 3TCFA 1OQHA 2F36A 5CI5A 3SESA 4Z0IA 5KZTA 4IO5A 2V93A 1URGA 1H45A 1N7XA 1H44A 4OEUA 3MZ1A 3K0VA 3MJNA 4YMBA 5ISUA 3H6VA 2GFEA 3Q26A 1Q35A 3MVXA 1Y1ZA 1SQYA 3QAXA 4BDQA 1VR5A 3OO9A 2H99A 2ZNSA 3SETA 3THIA 4U22A 2QPQA 2IA4A 3EHSA 2WOPA 5TP9A 2QS2A 2I0CA 2V3TA 2R71A 2NOOA 5CMKA 4IGRA 3O6GA 1O7TA 4K3FA 3FJ7A 2O84X 2Z8DA 1A99A 1HSEA 4XKNA 5AA1A 4PFUA 4ELQA 2XD2A 3OSRA 4F3PA 4R9FA 4WXJA 4JXIA 2F5XA 2XXRA 5ELVA 3G3IA 2RCAA 1MQHA 3Q27A 2O6AA 4JWYA 2PVUA 4F2OA 3RYBA 1OLCA 2VGQA 3UA8A 2XX9A 3Q29A 3AXFA 1YTVA 2QS4A 4ELRA 4C0RA 3FV2A 3T66A 3S2VA 4KCDA 1B7UA 1JETA 2Y7IA 3EN3A 1QW0A 1MQJA 2LAOA 1P1UA 2VD2A 4XTCQ 3S9NC 4ZEBA 4M4GA 3DM0A 1NH8A 4E0XA 3FXQA 4AB6A 4F1UA 1QKBA 2I4BA 1JVXA 1R1NA 1B3LA 3KSXA 4LZ7A 2RCBA 4AB5A 3USDA 3PMXA 2E0SA 3KN8A 4GXAA 4KCCA 3KSJA 1TXFA 4G8HA 1Z7NE 1B5HA 2XX8A 2UYFA 3SEVA 1Y3PA 1SBPA 3EHUA 3FJMA 3IOUA 2OJTA 1BP5A 4F2QA 3C9HA 2PBWA 3PPQA 3UGWA 4NMYA 1B4HA 3A09A 3VVDA 2O69A 3TZAA 4Q30B 4YB5A 4YKIA 3PV0E 2DVCA 1IXCA 2Z22A 4OWDA 1Y20A 3RT8A 3S9MC 1XS5A 2F35A 4LVQA 4F1VA 3ZSFA 3I3VA 4NWDA 4GF8A 4GLIA 4F3GA 1FQAA 3R7XA 1D9YA 4OFLA 4I1DA 1TT1A 1FTJA 1B3HA 5IKBA 4QFOA 3C35A 3PUWE 2ONRA 4GIZA 4OERA 1UTHB 3RQTA 3CG3A 1URSA 4N6PA 4EQBA 2ZYMA 2UYEA 2E1SA 1B52A 4ZE8A 5DTBA 4H1XA 4FIMA 2B4MA 4X1DA 3TTNA 3UP9A 1NNTA 3K1NA 1ZBMA 4LATA 3SEUA 4OVJA 3G3FA 4YKJA 2V25A 1D4NA 5DVJA 1MH3A 2ZYKA 5I2NA 1NFTA 1POTA 3IJXB 1M5DA 5H8FA 1B6HA 3H3GA 3ZKKA 3T9UA 3M8UA 3LC8A 1JQFA 4R2FA 4FEDA 3K4UA 2F78A 2W7YA 4RPOA 3CFZA 1A7LA 1B1HA 2X26A 5KCJA 1P1OA 3FVNA 1MQIA 1NH7A 3B6WA 3TELA 3TYHA 4ZEIA 3MQ9A 2XXHA 1RYOA 2QRYA 3K00A 4OTEA 4ESWA 4R73A 5I2NB 2QMXA 3LUYA 1O63A 4JWOA 1MQDA 4ZS9A 1US5A 3LSFB 3PUXE 2Y7PA 4DE8A 4QFLA 3T22A 3KN3A 3SEYA 1I6BA 2DE2A 5CBSA 4TLMB 1BTJA 1JEVA 4BDLA 4JB7A 2O7UA 2XXIA 5AA4A 3RLFE 5KCJB 1NNKA 2A5TA 1P99A 3PPRA 5B7DA 1DOTA 2ZXTA 4Q5TA 3ILTB 4RK9A 1XVYA 4BDRA 1B58A 5I56A 2HAUA 1A54A 2DSFA 2Q2CA 3FASA 3FVOA 3MBPA 4ELOA 3OENA 4U1OA 5FHNA 2ANJA 2THIA 1JVYA 3QIMA 3C32A 2R9JA 3RY3A 1N84A 1H76A 1LFHA 1USYH 2XXVA 4GXSB 2DYXA 4ELPA 2A5TB 1LAHE 1N3XA 2I3WA 1N7WA 4EDPA 4RYAA 4KD5A 4QHQA 1EH3A 1NMUA 5I56B 4IB2A 3ILUB 2A5SA 2HZKA 3CSGA 4M1VA 5CBRA 1SYIA 1SW4A 1XVXA 3FATA 5I59B 1KWHA 3H4ZA 4EQ9A 4F18A 1FTOA 3E13X 4ZEDA 4GRKA 1MXVA 3O9PA 5FHMA 3CG1A 4E0WA 3C33A 1OQGA 4XKPA 5I58A 2ALUA 4QSCA 1JW4A 1QUIA 4U1ZA 4C1UA 5CMMA 3N6UA 3QSLA 2ZMBA 2D3IA 1BIYA 4FECA 4H0WA 1B3GA 2REJA 1MY1A 3S9LC 2F7CA 4KHZE 3I5OA 1ZLQA 1LBBA 1FTMA 3WAFA 2DVZA 4X1BA 1GR2A 1IXIA 1SI1A 3ECRA 4OQOA 3T9VA 2CMOA 4G2ZA 2YJPA 4TLLB 3IO6A 2Y7RA 1L5TA 2G93A 1TFDA 4O3CA 4X48A 4PE5B 3PD9A 5I58B 1MS7A 1MM7A 2I49A 4DXCA 2FA7A 4IO3A 1WDNA 4GQOA 3O6HA 1BKAA 1MXXA 1B46A 2QMWA 2B65A 4ESXA 3K01A 2F6GA 3KOTA 4C1TA 2RC8A 5H8QA 4WEDA 2XX7A 5J1DA 2DP8A 2DWJA 1US4A 1FCKA 2AL5A 2HAVA 3VE1B 4FAJA 1LLSA 3N5LA 1N04A 1H3DA 1M5BA 2I48A 1MY2A 2DWHA 2I6EA 3RTFB 3D4GA 1SDXA 4THIA 3GZGA 3IOWA 4R9GA 3VXCA 3CI8A 3MP1A 4ZEFA 1CB6A 4GVOA 3MW0A 4TQUQ 1FQCA 4UACA 3OMBA 1LFGA 3OD7A 1XC1A 3PUYE 3VFJA 2FYIA 1O64A 3SEXA 3CFXA 2QSXA 1HSLA 1OIBA 1Y4CA 4OZ9A 4RA1A 2RINA 4G68A 2H9BA 1ATGA 1H43A 4DDDA 3OO7A 3FXUA 5ICTA 5TP9B 4U2RA 4QSEA 3M3KA 3RYAA 4POWA 1IXGA 3HHGA 1NNPA 1N3WA 1IEJA 5AA2A 3O29A 3VV5A 2YPNA 4ZZEA 3HCQA 5F7VA 4LZ8A 1DPPA 2ONSA 2HXWA 1B0HA 3GXAA 3T93B 1JW1A 4OENA 3B6TA 4WEPA 3U72A 3IOVA 1II5A 5JK4A 2O1LA 4OMBA 3FXRA 4HW8A 5CRYA 3I6VA 3BFTA 5CMCA 3RUMA 2D21A 5I2KA 4PQJA 2DXRA 4QFPA 4OXVA 4NF5A 3TODA 1D3KA 3TTMA 3KGCA 5HPQA 5AA2B 3TTLA 2Z8EA 3OEKA 3A3CA 1XHYA 3JYRA 4NF4A 2H25A 2PYYA 2O1MA 4R6HA 1HSJA 3OO6A 3MP8A 4F29A 2QS3A 2F34A 4XIGQ 4DIGA 1VFDA 4P0IA 1SI0A 4R6KA 1MDP1 4QFKA 3C34A 1I69A 2HZLA 3DRFA 1ZMGA 1EU8A 3L6HA 3W9VA 3LBSA 1M5FA 4DZ1A 1JW5A 1WVJA 3CHGA 3JZJA 2G29A 2AYSA 1MPDA 4PP0A 4LP2B 4XKQA 4U4SA 1URDA 4NF4B 4EUOA 2QL3A 2AL4A 3UN6A 3T9HB 1LCTA 1QULA 2UVHA 1B5JA 4GFRA 1QUKA 3PMWA 4ZZAA 4HTGA 3VVEA 2Y84A 3SDFA 4G4PA 5B70A 3RNNA 3FVGA 2F97A 4YU0A 1OVTA 3KFMA 1A8FA 4OYVA 4OHNA 2OWSA 1IITA 4YB6A 1P1WA 2B3FA 3KJTA 1I6AA 3MZBA 1DTGA 1EZPA 1OVBA 3G3HA 1A40A 4FORA 1VE4A 1S50A 1B51A 1LFIA 3TCHA 3DLNA 5K2YA 5EHSA 5L8DA 4HCWA 3MPLA 4DCYA 3VVFA 1QUJA 3BKIB 1DTZA 3ODBA 4EF1A 1MY3A 4YICA 3DELB 5A5XA 1B3EA 2B4LA 3H03A 3JV9A 3WAEA 3U94A 5DEXA 3K6XA 3W15C 3PUZE 3IR1A 2WOKA 3M3LA 1ZU0A 5H8SA 1GTKA 1B0LA 5CM6A 4EXLA 5ITOA 1IIWA 3OXNA 5HBCA 2AIXA 3K1PA 4KYDA 2Z23A 5H8FB 3O6PA 1R9QA 2F6PA 4MLQA 4QF9A 3KZGA 3IB2A 3PPPA 5AE4A 1FTLA 1OLAA 3T96B 2H4IA 2H98A 4YZZA 3LSLA 3DP4A 5H8NA 4EF2A 3IOTA 3KBRA 3UIFA 3FGSA 2XD3A 4MBPA 3K6VA 1FTKA 2ESNA 4LQ5A 3S9EA 1AH5A 2UVGA 3RTWB 3QUFA 3IB1A 3E4RA 3PD8A 4H6DA 5I57A 2V3UA 4OEVA 2F7AA 3V8XB 1N76A 2VOZA 4ZECA 1B5IA 4RJZA 5EHMA 4FATA 5KDTA 3MAMA 4JSDA 5AA4B 3RN8A 2M8CA 1TWYA 3TUSA 1B1XA 3IX1A 1MPCA 1LGBC 4IO7A 3EF7A 4ECFA 1NNFA 2OWTA 1UTBA 3CSBA 2H5YA 4IY6A 2X7PA 3OSQA 3DRGA 4KPTA 5LOMA 1CE2A 2HEUA 1NL5A 5DT6A 3U92A 1DPEA 5JTYA 1LAGE 3PU5A 5KDTB 1B7ZA 1ZIUA 1UIUA 4JDFA 1EZOA 1B4ZA 1MQGA 4G8NA 1DSNA 3W9WA 3ZS6A 3T9XB 3CIJA 5AA3A 3IORA 1VSOA 1S9TA 4DCXA 1UTBB 3KOSA 4DXBA 2IEEA 5AA2D 3EPEA 1Q1KA 3O2AA 1Y4TA 2Y7WA 5I84A 1SVXB 4NF8A 3IB0A 4RPNA 4I62A 3ZKLA 1IUDA 1YCJA 1NKXA 2O7IA 1XT8A 2GHAA 2I58A 3TQLA 3H6WA 4R72A 3K02A 1PB7A 3PAMA 4PFWA 4RY1A 3CRBA 5FTHA 1R6ZA 4POXA 3TPAA 3B7DA 3TMGA 3FZVA 4XKRA 1B9JA 4ND9A 4L17A 2XXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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