4ZEIA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-phosphate
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 148
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zeiA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zeiA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zeiA02
2WOKA 1I69A 1QVSA 3QUFA 1GVCA 2ANJA 2UXAA 1FW0A 2H99A 2V3QA 4NF8B 4H6DA 3H6TA 4LONB 4XKPA 2R6GE 2V25A 3KSXA 1DMBA 2ALUA 1JW4A 4ECFA 2XD2A 1S9TA 3K6WA 4XTCQ 4YICA 4IO2A 4G2ZA 3C33A 3FVOA 4BLAA 4NF4B 1JW5A 3MP6A 2F36A 1H45A 1MXXA 3THIA 4DCYA 1B3HA 1DTGA 4R6KA 4FORA 3PPQA 3KOSA 4JSDA 1MH3A 3K1NA 3O66A 5JTYA 4ELQA 1IXIA 3M3FA 3OXNA 2OWSA 3DRHA 2DXRA 4L17A 3TCHA 3OELA 3OMBA 1JNFA 5TU0A 4NWCA 4OENA 1QW0A 2THIA 1MPDA 2I49A 3TMGA 5H8FA 4EQ9A 3K6UA 4IO7A 4H67A 3M8UA 4R2FA 4GD5A 3SESA 3Q27A 1BLFA 4LZ8A 5ITOA 3O29A 2B4MA 4PQJA 2RCBA 5HPQA 4DCXA 2DE2A 3VVEA 3FZVA 1ATGA 2D5WA 2UVIA 5AA4A 4FEDA 2QPQA 1MQHA 1O64A 1DPPA 1JVYA 3OOAA 2Z8EA 2XXYA 4F18A 3W9WA 3K01A 3PGFA 2UYFA 1PB7A 2I3VA 5DEXB 1XS5A 3CFZA 2CZLA 3T22A 1MPBA 4Z0IA 4ESXA 1LLSA 3MBPA 1AOVA 4RPNA 4LZ7A 5CMKA 4U1ZA 5KDTA 3GBAA 4ISUA 1B51A 4WXJA 5H8QA 4IGTA 4KPTA 1USYH 3CSGA 5FTHA 4MF3A 1M5EA 4OFJA 3FTOA 3H4ZA 1NH8A 1OQHA 1FTKA 1R9QA 1B4ZA 2DOJA 2QS1A 4R2BA 2RC9A 1MXVA 1MXWA 4BDRA 1Y1MA 4F3SA 2D21A 3T9VA 3DELB 3C36A 3KBRA 1Z7ME 2REGA 1PEBA 3V83A 3SKPA 3HN0A 3TUSA 3MZBA 2KLFA 3H6UA 5EHMA 4POWA 5K2XA 1FTLA 1B5JA 4DDDA 4Q30B 3W9VA 1MQJA 4OTEA 3H03A 4R6YA 1N76A 3PPOA 3KJTA 2DVZA 1H76A 3FV1A 3W15C 2W7YA 1B40A 4TOZA 1CE2A 4IY6A 1MM6A 1LAFE 1MY1A 4YMBA 5I2NA 4F1VA 3CSBA 3R6UA 4LQ5A 2G29A 1MXYA 3PUXE 3RLFE 1P1OA 2XX9A 3MPKA 1B05A 3V89B 1HSEA 3VE1B 2ONKE 4X9TA 5EYFA 3IJOB 3FD3A 4YAHX 3PMXA 5K2YA 3OO8A 1B3EA 4JDFA 3FJ7A 3TTRA 4LVQA 4EDPA 2I0CA 4F1YA 4ZECA 1XVXA 1MG1A 3E13X 4IO5A 3KN8A 1B32A 2F35A 2ONSA 3O6PA 5H8HA 1MXUA 4NE4A 2DSFA 2PX1A 4OYVA 2GRVA 1ZKBA 1BKAA 1SYIA 4UACA 2XXVA 1FTJA 1EH3A 2FA7A 1NL5A 5AA2D 2ZXTA 2RF1A 2Y7RA 1Y4TA 2I0BA 3FVKA 2DVCA 2HAVA 3G3HA 2IEEA 3TTMA 1DSNA 2DXYA 3C31A 5A5XA 3U1OA 1POY1 5ITPA 5CI5A 1IEJA 3MJNA 4PE5B 3RYBA 3Q28A 4I9DA 5JEIA 1PB8A 3EPEA 3PPNA 4IO3A 4LP2B 1M5BA 3SEXA 3PUYE 3G3GA 1MH4A 1N3XA 3D4CA 5CBSA 3GLBA 4MLQA 3Q29A 3DRKA 4MLVA 3FVGA 4IB2A 1UTBA 2OCUA 3FXQA 3R7XA 2RC8A 1YCJA 2R9JA 2QMWA 4GOTA 4U22A 4PFTA 1SVXB 3TKDA 2Y7IA 5L9OA 4PP0A 4KCCA 4AQ4A 1H43A 2QS2A 3UA8A 4MBPA 4RXLA 3M3KA 3T96B 4YB6A 3C34A 5FHMA 2Q2CA 1FTMA 3PU5A 1SBPA 2F78A 4GLIA 4NWDA 3DRIA 4NF5B 2A5TB 4KI0E 3PUZE 1A7LA 3OSRA 3DRFA 3N5LA 3UGWA 4F39A 3L6HA 4HW8A 4OEVA 3K6XA 4DZ1A 1FQAA 1B7HA 5AA2B 4PFYA 4F2QA 2HAUA 2XXHA 2F7AA 4G68A 3KN7A 1US5A 4NEDA 3IB2A 4RJZA 3A3CA 4GQOA 4TLLB 2XXWA 3KEIA 3ONMA 3IO4A 5TP9A 2Q9TA 4I1DA 4QFKA 4ZZEA 1B52A 5FHOA 2Z23A 3L6GA 5BUUA 4H5GA 3ZSFA 3KGCA 2O7UA 3K2DA 4KD5A 2GHAA 2QS4A 4EXLA 3K02A 1A40A 2XXXA 2FYIA 2OBGA 3LC8A 2ZNSA 1A8FA 1UIUA 4KYSA 5IAIA 3MVWA 3WAEA 4ELRA 3U93A 3U8QA 2Y7KA 3HPIA 2P1SA 3B6TA 1USYE 2ESNA 1YPNA 3TZAA 1A54A 1JQFA 5H8FB 5J1DA 3DLNA 2P2AA 3FXUA 4XKNA 1JEUA 5L9SA 2X7PA 4ESWA 2H5YA 4E0WA 1BTJA 3RTWB 1A99A 1SYHA 3RQTA 3PAMA 3HO7A 3BKIB 1QULA 2NUVA 3MC2A 3E4RA 5AA4B 5HM4B 2F7CA 1S7YA 1TXFA 3TTNA 1MQGA 4YB7A 3TCGA 1QKAA 5F1QA 1PBPA 1AMFA 4GXSB 2I6EA 4Q5TA 3EHTA 3G3KA 4FECA 4QSDA 3VDFA 1EZ9A 1AL3A 4ZE9A 3RUMA 3PUVE 3UORA 2RKMA 2QRYA 2CMOA 2XD3A 4O3CA 3TQLA 4F22A 1B2HA 4U4SA 4R74A 4P0GA 1N84A 3TYHA 3H7MA 3LSFB 4YKIA 3CIJA 5BWJA 1KWHA 5B7DA 3GXAA 2Y7PA 1GV8A 1N7XA 4EF2A 1P1QA 3N6UA 4NF8A 3QSLA 4G68C 3OEMA 1Y4CA 4N07A 4RK2A 1UIVA 1VR5A 3FUZA 1XC1A 5DT6A 4OEUA 3S9EA 1LAXA 3ECRA 1XOCA 1URDA 1B0LA 3GZGA 3TELA 3C32A 3VLWA 3QUJA 1ZMGA 3IJXB 1LCTA 2PMSA 4OQOA 1B58A 2A5SA 3V5AA 4OXVA 3EQ1A 1B1HA 4F3BA 3MVXA 3USDA 3HHGA 2O7IA 1D4NA 4I8CA 4DXBA 3IL1B 4G77A 2I4BA 3K6VA 1J1NA 3T9HB 4RYAA 4BDNA 2P0SA 2YPNA 1Q35A 1ZU0A 1MY2A 3SEUA 1VSOA 2REJA 2DE4A 3O28A 4FJPA 2F97A 3RTFB 3FASA 4F2OA 3ILUB 1QUKA 2QL3A 1WDNA 2O68A 1WVJA 3N26A 4BDOA 4F1UA 3FJGA 3AXFA 1I6QA 4YKKA 2ONRA 4M1VA 1A55A 3S9MC 5H8SA 3MP1A 1SW2A 2XHDA 1NMUA 2DWJA 2OJTA 5L9MA 4XKRA 5AA3A 4ELPA 3C35A 4ZZAA 1YAEA 5DEXA 4DXUA 2Z8FA 4LUBA 5CMBA 3RPWA 3PUWE 1LFIA 3OENA 4OESA 1MDP1 3TDJA 1JVXA 1N04A 4JB7A 4C0RA 4LA9A 1QUIA 2H25A 4ZEKA 3O6HA 1LSTA 1OQGA 4G8HA 4R73A 2XXUA 4RNSA 1CB6A 1H3DA 2OWTA 2VHAA 2Q88A 2V3TA 1LGBC 1GR2A 5I59A 2DYXA 2UYEA 3LSXA 4I62A 2HZKA 2RINA 3MWBA 4QFPA 1B4HA 4GVOA 4AB6A 1MY4A 2XX7A 1LAGE 5AE4A 5ICQA 1SI1A 1B46A 1SD3A 2ZNUA 2B3FA 3PD8A 3O6IA 3ODBA 1N0TA 4X48A 1SI0A 2E1SA 1URGA 1MY3A 3H3GA 5ELVA 1R1NA 1US4A 5H8NA 3C9HA 3IR1A 1UTHA 3B7DA 3IAZA 2DE3A 2UVHA 1IXCA 3I3VA 4X1BA 5CBRA 1UQWA 4WKMA 4GF8A 4E0XA 1FQCA 1UTBB 5EHSA 3CRBA 2XXQA 3IORA 1WODA 1RKMA 3K0VA 5M2VA 4KQPA 3CFLA 4DXCA 4Q8RA 2RC7A 1IXGA 3EHSA 3JYRA 4H8IA 3SERA 3OO6A 3QXMA 2YLNA 1MXZA 2O1LA 1OIBA 1LBBA 5DVJA 5I56A 3IOVA 3H6VA 2G93A 2E0SA 5L8DA 1D3KA 2HCAA 3JZJA 2GH9A 1SW1A 1TT1A 5I57A 4RPOA 4PFWA 3T66A 4U1OA 3EF7A 4H0WA 1B3GA 2PBWA 4JXIA 4IO6A 5I58B 3MVYA 1R9LA 4EQ7A 1B5HA 1LFGA 2H4IA 3CVGA 3D4GA 1LBCA 2WOLA 2O69A 2BJJX 3SEVA 1B3FA 3B6WA 3K1PA 4Z7EA 1I6BA 4FE8A 1S50A 4DE8A 3KFMA 2YJPA 3HSTA 4G8NA 1Y3PA 3VV5A 4C1UA 3VLUA 2O6AA 3LUYA 4NF6B 3FXRA 3DP4A 2WKYA 4ZDMA 2R71A 3S4UA 3RYAA 4R6HA 1PBQA 1Y20A 3KG2A 1JW1A 4DLDA 4FEBA 4P11A 4LQ2A 4F19A 5TP9B 3VLVA 1Y3QA 1NNKA 1Q1KA 1FCKA 3CFXA 2LAOA 3OEKA 4IO4A 1ZLQA 4RA1A 1ZTYA 4ELOA 4WEPA 4YKPA 1B7ZA 1DPEA 3MP8A 2UVJA 2PVUA 4U23A 3FJMA 4XIGQ 2HFBA 3E3KA 4QFNA 3ILTB 2XXPA 4YKJA 3MZ1A 2F6PA 2RCAA 4QSCA 1NNTA 4ZEDA 3UN6A 2FNCA 5CC2A 1NKXA 4MH5A 4F31B 3G3FA 4OFLA 1OVTA 3T93B 3MVZA 2GHBA 1VFEA 3N6TA 3RY3A 4YMAA 1IIWA 3CR9A 4KYEA 1FQEA 5JK4A 3T9XB 5I2KA 5KZTA 4GFRA 1O63A 2I48A 1MQIA 4XKQA 2Q8JA 3SETA 4U21A 4LATA 5KCJA 3N94A 4G8MA 3K00A 3F11A 1QUJA 4U4XA 5JTYB 3VXCA 3OSQA 4H5FA 1N7WA 4K3FA 2H98A 4IY5A 3LBSA 3EN3A 2AL5A 4NF5A 4OHNA 1RYOA 3TPAA 1TWYA 3OO7A 2Q89A 4QRZA 4OFOA 3QK6A 3IK6B 2H9BA 4OMBA 2PYYA 1JETA 1PC3A 3K4UA 3FV2A 3I6VA 4BDLA 2O51A 1VFDA 4OZ9A 1NNFA 5AA2A 4KYDA 3TODA 4DIGA 1B6HA 1MY0A 2XXIA 3PD9A 1N3WA 4QSEA 1FQFA 1VE4A 2ZYKA 3JV9A 3G3IA 3O2AA 3QAXA 3UP9A 3OD7A 4PFUA 3MAMA 3DRGA 4GXAA 1XHYA 3MQ9A 2Y84A 4R9FA 3G7WA 2NWJA 1DOTA 1HSLA 4FATA 3KJ7A 3SEWA 1R6ZA 5KDTB 3UK4A 5ICTA 1AIVA 1LCFA 2DP8A 3LR1A 4JWXA 5TPAA 4NTLA 5H8QB 3S9LC 3BFTA 3BFUA 1EZPA 4R9GA 4GWOA 3TQWA 5ISUA 4EXKA 4JWYA 2B4LA 3FIRA 1GGGA 2QJEA 3R26A 1EZOA 3B6QA 2I58A 2VD2A 3LSWA 3RGYA 2F6GA 4WEDA 2AYSA 4KHZE 1H44A 4BDMA 2Q2AA 2F5XA 2OLBA 2Y7WA 3EHUA 3TTLA 2NXOA 2NVUB 1DTZA 2AL4A 3P7IA 4NF4A 5I84A 2B3BA 3VFJA 1Z7NE 2F8DA 3BBRA 1IUDA 3PMWA 4UA8A 1IQ7A 1URSA 4HCWA 1ZIUA 3IX1A 4GL0A 3RN8A 1NFTA 2V3UA 2ZYMA 3K1MA 3V8XB 1I6AA 3PV0E 5I2NB 1POTA 1OLCA 4GL8A 3CG1A 5DYHA 2XXTA 4H8JA 3U92A 2X7QA 5CMMA 1OVBA 2Z8DA 2V84A 1SW5A 1MRPA 2DS9A 5IKBA 3CHGA 2D3IA 4N6PA 1Y9UA 4JBZA 2DWAA 1YTVA 3KZGA 2F34A 4N13A 5I59B 4IGRA 3Q25A 5F7VA 4ZS9A 3IB1A 2VGQA 2DWIA 1GTKA 2DWHA 2O1MA 2O84X 4ZE8A 4YB5A 1HSJA 3O6GA 3PMVA 1BIYA 4YU0A 2M8CA 2VD3A 1QJMA 3S2VA 5CMCA 1B7UA 4THIA 3O97A 5FHNA 2ZMBA 2NOOA 3RT6B 1P99A 4JSOA 5CM6A 5H8NB 1F9BA 5H8HB 3TFLA 4F3PA 4OETA 1UTHB 4EF1A 4MFIA 2X26A 3TAJA 3A3UA 4HS7A 3ZS6A 3O9PA 4HTGA 4H1XA 1IZ1A 1ZJLA 4QFOA 2ZYOA 2Z22A 4F3GA 3DP6A 1NNPA 1ELJA 4TQUQ 4R75A 4QHQA 3IOTA 4X1DA 1M5DA 3ZKLA 5A5XB 1LB9A 1B0HA 4XXUA 2F7BA 2AIXA 3DRJA 3PPPA 5I56B 1ANFA 3DM0A 4KFQA 2VP1A 1MQDA 5I57B 2WOPA 2QSXA 2HQ0A 4U2RA 2XXRA 1EU8A 1MPCA 1XVYA 3MW0A 2I4CA 1FQDA 1FTOA 2UVGA 1P1WA 4H65A 3U72A 4EUOA 3KOTA 4ONYA 5FTIA 4OVJA 1SQYA 4FAJA 4QF9A 2ZYNA 1D9VA 3T9UA 4OERA 3RNNA 3SDFA 4AB5A 3E9XA 1SW4A 1TFAA 2I3WA 3A09A 3H06B 4NMYA 4M4GA 3CI8A 3S9NC 2VOZA 5DVIA 1JEVA 3KSJA 4ZEFA 5AA1A 3M3LA 3LSLA 1T0KA 3I5OA 4R72A 4YZZA 1TFDA 2ZNTA 3FVNA 1O7TA 1XT8A 3QYTA 3KN3A 1BP5A 2OK2A 4O3BA 5LOMA 4G4PA 3GBBA 1B3LA 1FQBA 2HXWA 1QKBA 1P1UA 3MZ9A 3IO6A 4RK9A 3VXBA 4EQBA 2HZLA 1P1NA 5DVFA 4HCYA 5B70A 4G68B 5CRYA 3OO9A 2QS3A 3FATA 1B1XA 3UIFA 4F29A 1ZBMA 1MS7A 1AH5A 2OZZA 3ZKKA 5I2KB 1OMPA 3VVFA 1PB9A 4BDQA 4RY1A 1SDXA 1M5FA 4FIMA 4GIZA 3DP8A 2V93A 5KCJB 1PDAA 4P0IA 2GFEA 1LAHE 3VVDA 3QIMA 1B5IA 4OWDA 5I58A 2ABHA 4TLMB 3SEYA 3H6WA 3MUQA 3IOWA 3PPRA 1L5TA 5DTBA 4ZEBA 4JWOA 3HHFA 4O3AA 1IXHA 2IA4A 1M5CA 3LVUA 3TEPA 2PT1A 3IB0A 1IITA 1B9JA 3C4MA 1RYXA 1Y3NA 1MDQA 3TTKA 4KR5A 3MPLA 4ZEIA 4PETA 1NH7A 4NF6A 4GRKA 3HCQA 4Q0CA 2QMXA 3TCFA 2XX8A 2DQVA 4C1TA 3G3JA 3FGSA 1A8EA 1II5A 3RT8A 1LB8A 4ND9A 4QFLA 1OLAA 1MM7A 2HEUA 1Y1ZA 2A5TA 3CG3A 2B65A 3IOUA 4LZ5A 4POXA 3U94A 3WAFA 4KCDA 3HV1A 1LFHA 2PT2A 3Q26A 1D9YA 5TPAB 5HBCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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