1BKAA

Oxalate-substituted diferric lactoferrin
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
688
structure length
688
Chain Sequence
RSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRKVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Iron binding protein
molecule keywords LACTOFERRIN
publication title Anion binding by transferrins: importance of second-shell effects revealed by the crystal structure of oxalate-substituted diferric lactoferrin.
pubmed doi rcsb
total genus 219
structure length 688
sequence length 688
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bkaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bkaA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bkaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bkaA03
2P1SA 5DEXA 1T0KA 2XXQA 5FTIA 1JW1A 5KDTB 2RCAA 3PMVA 5FHOA 2RF1A 2ZYKA 3A3CA 2DWJA 1DSNA 1I6AA 1OLAA 5JTYB 5ITOA 1Y3PA 1FTJA 2XXIA 5I2NA 2V25A 4DCYA 1D4NA 2Y7RA 3OSRA 1YPNA 4TLMB 3F11A 1I69A 3IB0A 3MP6A 1H44A 4F3GA 2F78A 4K3FA 3OO7A 1FQEA 3IX1A 3B6WA 1MPDA 2FA7A 1JEUA 3Q25A 3KN7A 1B0LA 3K6VA 3MJNA 2ZNTA 4C0RA 4OENA 3S4UA 2F36A 2LAOA 2VHAA 4YZZA 3MP8A 3O6HA 3IOUA 1PB7A 4JBZA 1N0TA 3FVGA 3U94A 2H4IA 2QPQA 3FD3A 4NWCA 4POWA 1FTOA 3HN0A 1PEBA 3DM0A 3CSBA 1D3KA 4QFNA 3DELB 4G8HA 3L6HA 3HSTA 3RT8A 2REJA 3FATA 1L5TA 3O28A 5TP9B 1AH5A 4N07A 4P0IA 1YCJA 4Q0CA 4IO3A 1UTBB 1FTLA 2XXUA 4RPOA 1LCFA 2P2AA 1IEJA 3IO4A 2F6PA 3JYRA 1MRPA 3RY3A 1PBQA 4OFJA 4R72A 1H76A 1A40A 4UA8A 2PX1A 3TTRA 4PE5B 2THIA 4X9TA 4DDDA 3I5OA 2RC9A 4F29A 4XIGQ 4KPTA 1NL5A 1M5FA 4EQ7A 3U1OA 2Z23A 2AYSA 2DXYA 4U4XA 1HSEA 2Z8DA 1B5IA 1VFDA 4RNSA 1YTVA 1A7LA 5A5XB 2ONKE 2XXWA 4R2BA 3K1MA 3RLFE 4YICA 3CR9A 5H8NA 2Z22A 4KD5A 2AIXA 1S7YA 1LFIA 3IO6A 4GF8A 3U72A 5H8SA 2NVUB 1ZTYA 3IJOB 5J1DA 4Z7EA 4OTEA 3T96B 4QFPA 3KBRA 2QJEA 1IXGA 4R74A 2P0SA 3LSWA 2QMXA 1MG1A 4KCDA 3LR1A 1MXZA 1P99A 5EYFA 3SEWA 2DS9A 4MBPA 4NF6B 3CG1A 1QW0A 2ZXTA 1FQFA 2HXWA 2I4CA 5I58A 2V3UA 2I4BA 1LAFE 3SEYA 1Y9UA 2UYEA 2HEUA 3OOAA 2UVIA 3SERA 2O6AA 2NUVA 3B6TA 4IO7A 4HCYA 4DXUA 3VXBA 1UTHA 4XKQA 3CFZA 3M8UA 3FUZA 2DQVA 2DYXA 4R9FA 3QIMA 4F3SA 3RPWA 4R2FA 4OFLA 2NOOA 3PV0E 1SD3A 2XXYA 1MQHA 5I84A 5FHMA 1MQJA 4IO4A 1II5A 4AB5A 4NTLA 4MLVA 2I48A 1MY1A 3MPKA 2BJJX 1JEVA 4FEDA 5F7VA 1ZU0A 4GXSB 2CMOA 5M2VA 3C33A 2OZZA 3E3KA 2O84X 3G3GA 4LQ5A 3T9UA 1GV8A 4BDMA 4R6YA 3THIA 2X26A 1FW0A 1FCKA 3AXFA 3FVOA 4KFQA 4WKMA 1ANFA 3FIRA 4NF5B 4ZEIA 4DXBA 2G93A 2QS2A 5I59A 1JW4A 1DPEA 4M4GA 3O6IA 4G8NA 4KQPA 4LZ8A 1B3HA 3QK6A 2A5TB 1QUKA 1URSA 4C1UA 3IORA 2AL4A 3FXQA 2F97A 4H65A 3KN8A 1PC3A 5KZTA 2PVUA 2H5YA 3GLBA 3BKIB 1P1OA 5JEIA 4WEPA 1MXVA 2F6GA 1AL3A 1VR5A 2HAVA 4NF8B 1DMBA 3LBSA 1H45A 2PMSA 2RINA 3GBBA 3N6TA 2DP8A 4EXKA 4YU0A 3TODA 2FYIA 4FATA 5EHSA 1M5DA 4THIA 4FECA 4IGTA 4LVQA 3TCFA 4AB6A 2D5WA 1IXHA 1MH3A 1QULA 3IAZA 4F2OA 4IY5A 3TFLA 1HSJA 1NMUA 3T9VA 3VFJA 3WAFA 4ZEKA 1SI0A 2F35A 1NNFA 4GL8A 2A5SA 3LSFB 1TWYA 2VD3A 4LP2B 3TQLA 4TQUQ 1FQDA 2UXAA 1LBBA 2I3WA 1SVXB 2ZYOA 4OYVA 4POXA 3IB2A 1SW2A 3Q28A 2V3TA 3E13X 3MW0A 1HSLA 1B3LA 4LZ7A 1M5CA 1MPBA 3O2AA 1WDNA 4DXCA 5TPAA 1H3DA 2UVJA 5I56A 1EH3A 3PU5A 4NEDA 1B46A 3KEIA 4EXLA 2DXRA 4RXLA 3G3HA 4ZDMA 4KI0E 4YAHX 3UK4A 2Q88A 1B9JA 1PB9A 3HO7A 4ZE8A 3UP9A 5DVFA 4TOZA 3TTMA 1QKBA 1D9YA 4H8IA 4IO2A 2Q2AA 3DLNA 1LSTA 3U92A 4ECFA 3OD7A 5CRYA 3ZSFA 4ELPA 4ZZAA 4H6DA 2PYYA 4ESXA 1S50A 4DZ1A 2XXVA 1Y1MA 1MQGA 3PPPA 3EPEA 4G68B 1H43A 1B2HA 4OEVA 1IUDA 3RTWB 3KN3A 1N76A 3V83A 4ZE9A 3IOTA 3TAJA 3O29A 2QSXA 1LAXA 3T66A 5HPQA 1B3FA 1FTKA 3C9HA 5I2KA 3KSXA 3K00A 2ZNSA 4R75A 3OO9A 4BLAA 1I6QA 3CFLA 3H6WA 3FZVA 5ICTA 2DE3A 3VV5A 3FJ7A 2R71A 5L8DA 4BDNA 2G29A 3R26A 1B1HA 2WKYA 5ICQA 3TTNA 2VGQA 3FVKA 3U93A 4MLQA 1SQYA 4N6PA 1LCTA 3C32A 4E0WA 1USYH 4EDPA 5CBRA 1ATGA 2ANJA 3FV2A 3SEVA 1NFTA 4F3BA 1WVJA 1N7XA 2I58A 4LQ2A 1GR2A 1AIVA 3V8XB 2ABHA 4ELRA 1FQCA 2XXXA 5KDTA 1LAHE 4YMAA 3VE1B 3VLVA 5L9OA 1XOCA 1MY3A 3MWBA 3MVYA 1US4A 4ZEFA 1JW5A 3SETA 3TELA 4G8MA 4IO5A 3C31A 3N94A 5BWJA 4YKIA 2OCUA 3K2DA 4EF2A 3CFXA 3KG2A 1B3GA 3RTFB 1VSOA 3FXUA 2NWJA 1VE4A 4RJZA 1B05A 5H8QB 5CMKA 1A8EA 1Y3NA 1WODA 1QKAA 1A8FA 1KWHA 2Y7KA 1LFGA 4H5FA 4PFWA 3USDA 1MS7A 3GBAA 3KOSA 4G2ZA 4LUBA 1NH8A 3TKDA 3M3LA 3MBPA 4OFOA 3UGWA 2HCAA 1N04A 3MZ1A 4BDOA 3IB1A 1RKMA 1DTZA 3OENA 5TP9A 1SBPA 3H03A 3KFMA 3VXCA 2YLNA 1UTBA 4RK2A 1ZMGA 2XD3A 5AA4B 4LZ5A 1UIUA 2O69A 5DVIA 1IIWA 3TYHA 2Z8EA 1URGA 3FVNA 3MZBA 2O1LA 2QS1A 3VVFA 5DT6A 3CRBA 1A54A 4QF9A 4FE8A 2DWAA 1YAEA 2I0BA 1O64A 2UYFA 1LB9A 2UVHA 4QFKA 1PB8A 3S9LC 3DP6A 4HW8A 1MDP1 4U4SA 4UACA 2M8CA 1D9VA 4KR5A 4PFUA 4R6HA 2X7PA 3FXRA 2OBGA 4Z0IA 3S9EA 3ZKKA 2IEEA 5A5XA 1B4HA 1OQGA 3HPIA 4H1XA 5I57A 1DPPA 3FJMA 1CB6A 2ONSA 3L6GA 3K0VA 2XD2A 5L9SA 4JXIA 2O51A 4RK9A 3OELA 2ZYMA 2DOJA 4F18A 2OLBA 1NKXA 5B7DA 1TT1A 2ZYNA 5H8FB 4GQOA 1ZLQA 1SYIA 2XX9A 3TQWA 2CZLA 2DWHA 4O3BA 2GFEA 3TZAA 5DTBA 3TEPA 3B7DA 2QMWA 3OSQA 4NF6A 1MXXA 3BFTA 1XS5A 4F19A 3DP4A 4EUOA 1FQAA 4MH5A 2O1MA 2F34A 3IOWA 3M3FA 2DSFA 4AQ4A 4DIGA 1PBPA 2H9BA 1TFDA 4WEDA 5HM4B 3HHGA 2RKMA 3ODBA 1XVYA 3Q26A 4PP0A 3D4CA 1B6HA 1QVSA 4R6KA 1B32A 1FTMA 3EQ1A 1A99A 4XKPA 3OO6A 2REGA 5AE4A 2I49A 3LSXA 1UIVA 1Y1ZA 3EHUA 3C4MA 3KJ7A 1SW1A 2F7CA 1JQFA 5H8HB 3OO8A 3HCQA 4HCWA 4IGRA 3WAEA 3PUWE 4YKJA 4GL0A 4G77A 2I0CA 3HV1A 4JWXA 1JETA 3T9HB 2Y7WA 2NXOA 4G4PA 2RCBA 2RC8A 4F2QA 5IKBA 1P1NA 3FJGA 1BP5A 4O3CA 4F1YA 5CMCA 1Y3QA 1AMFA 4FJPA 4IO6A 3PGFA 3T22A 4FORA 1B3EA 3JZJA 3PPNA 1B51A 4NF5A 3G3KA 2XXRA 4YMBA 4DCXA 1IZ1A 2PT2A 1IQ7A 3T93B 3ZS6A 3G3IA 4OHNA 2YJPA 4NF4B 4PFTA 1BIYA 5AA2B 4G68C 1MY4A 2QL3A 3CI8A 3KZGA 4OQOA 3RQTA 3FGSA 3RT6B 4OETA 5DYHA 2H99A 3PPRA 1GTKA 2HAUA 3Q27A 1ZIUA 2OJTA 4IY6A 4H67A 3O6GA 4NF8A 4H0WA 3SEUA 2VP1A 3MVWA 1LAGE 3TCGA 3BFUA 3IR1A 2Y84A 3K6XA 4RPNA 2ONRA 2O68A 3PUXE 1P1UA 1M5EA 2XXPA 4GVOA 3KSJA 1OIBA 4QHQA 3UIFA 3GXAA 1MXYA 4MFIA 4JB7A 4JWYA 1PDAA 5DEXB 3H06B 4PETA 5I2KB 5CMBA 4QFLA 3KGCA 1NNTA 4E0XA 5ITPA 5DVJA 3JV9A 4ESWA 4HS7A 1B7ZA 1LLSA 1M5BA 3GZGA 1R1NA 1MDQA 2DWIA 4I8CA 4XKNA 5KCJA 4OEUA 5FHNA 4P0GA 2AL5A 3MP1A 4ZEBA 3ILUB 1BTJA 5I2NB 4F22A 4YB5A 3H6UA 3VVDA 2DVCA 1Y4CA 4GXAA 3E9XA 2RC7A 2D3IA 3LC8A 3TUSA 3G3FA 2I6EA 4X1BA 4PFYA 3OXNA 2YPNA 3R6UA 4OMBA 4GRKA 2GH9A 1POTA 1QUJA 3EHTA 1MXUA 3C35A 1IXCA 3EF7A 4F31B 3K6WA 4JSDA 2XXTA 4HTGA 3K6UA 2DE2A 1MQDA 1XC1A 3FASA 4U1OA 3MC2A 2HFBA 2XXHA 4OWDA 5LOMA 3MVZA 3EHSA 3QXMA 2B3FA 4G68A 1BLFA 3N26A 3K1PA 2QRYA 1N3XA 2ESNA 1MXWA 3TPAA 2PBWA 2HQ0A 3MUQA 2Y7PA 4Q30B 3CIJA 2E0SA 4OERA 4H8JA 3T9XB 1JVXA 3OEKA 3O66A 1LGBC 2ZNUA 3E4RA 2IA4A 4R73A 1B4ZA 4ZZEA 4DLDA 5CMMA 5JTYA 4ELQA 4XXUA 3VLUA 4F39A 1N84A 4H5GA 3UORA 4GOTA 1UQWA 2F8DA 1B7HA 3IL1B 1NNKA 2X7QA 4PQJA 4TLLB 2Q89A 1R6ZA 1OLCA 2FNCA 5CM6A 1GGGA 3W9VA 5H8NB 3ECRA 2Q8JA 4BDQA 3N6UA 5AA2D 3PMXA 1Z7ME 3UN6A 1OQHA 5BUUA 1OVBA 1QUIA 2R9JA 1OMPA 2B3BA 3RGYA 2F7BA 1ZJLA 5CC2A 3QAXA 1MM7A 4ND9A 3V5AA 4JDFA 3TDJA 4U2RA 3KJTA 3N5LA 4FAJA 3PD9A 3H4ZA 4NWDA 1NNPA 5I58B 2R6GE 5AA1A 1GVCA 4O3AA 3UA8A 4F1VA 3PMWA 3ILTB 3QYTA 4IB2A 2PT1A 1RYOA 1MY2A 5K2XA 1R9QA 3IOVA 3I3VA 5H8QA 1B5HA 2O7IA 4QSDA 3D4GA 1AOVA 5I57B 3TCHA 4YKPA 1UTHB 2V3QA 2V84A 2KLFA 3HHFA 1POY1 1S9TA 5ELVA 1MM6A 2XHDA 4XTCQ 5F1QA 4NE4A 4EQ9A 4RA1A 4U1ZA 2OK2A 2V93A 2F7AA 1MPCA 1US5A 3W9WA 4GLIA 1TFAA 3CG3A 3R7XA 4I62A 3VLWA 1LFHA 5TU0A 4QRZA 2D21A 3PUVE 2O7UA 1Z7NE 4NMYA 4N13A 3TTLA 3TTKA 3RUMA 4M1VA 3VDFA 4YB7A 3O9PA 3PD8A 5AA4A 3O97A 3BBRA 4ZEDA 3OMBA 2F5XA 3G7WA 3SKPA 4JSOA 3PPOA 2ALUA 1LBCA 3MQ9A 1URDA 4QFOA 5L9MA 1EU8A 1OVTA 4L17A 2HZKA 1BKAA 3S9MC 3K4UA 2Z8FA 4F1UA 5I59B 4EQBA 1EZPA 3SESA 1B52A 4OVJA 1EZ9A 2H98A 3H3GA 1Q1KA 4U23A 4LATA 2Q9TA 4OXVA 2ZMBA 4GD5A 1R9LA 2W7YA 2GRVA 1DOTA 1CE2A 5ISUA 3CSGA 3IJXB 4JWOA 3K1NA 3W15C 1XVXA 3OEMA 1B58A 1F9BA 4FEBA 5AA3A 4MF3A 4U21A 1J1NA 4GWOA 1EZOA 1SI1A 4I9DA 5H8FA 3KOTA 3MZ9A 2XX8A 1NH7A 3QUJA 4LONB 2UVGA 1N7WA 4F3PA 3LSLA 1ZBMA 1XT8A 5FTHA 1Y4TA 4EF1A 1MH4A 1MY0A 1DTGA 3TMGA 2QS3A 2Y7IA 3Q29A 1O63A 1TXFA 5K2YA 1P1QA 3S9NC 2DVZA 4Q8RA 4QSEA 1SW4A 4GIZA 3MAMA 1O7TA 3V89B 1VFEA 4KYDA 2VD2A 2DE4A 3B6QA 3PUYE 1USYE 5TPAB 3RN8A 5I56B 4YKKA 4BDRA 1JNFA 4ZS9A 5B70A 2Q2CA 1Q35A 3H6TA 4KYSA 3ONMA 3H7MA 5H8HA 2A5TA 2HZLA 4KCCA 3RNNA 1SDXA 1LB8A 4GFRA 1IITA 4BDLA 4DE8A 4R9GA 5EHMA 1Y20A 4U22A 3FV1A 4XKRA 3PUZE 4FIMA 1A55A 1SYHA 1N3WA 1QJMA 4ELOA 3H6VA 4OESA 2XX7A 4I1DA 1FQBA 3CVGA 2B65A 4Q5TA 4ISUA 5KCJB 1SW5A 2I3VA 2QS4A 1ZKBA 1P1WA 2H25A 4KYEA 4KHZE 3P7IA 4P11A 1B5JA 3C36A 4C1TA 1IXIA 4ONYA 1XHYA 4RYAA 3M3KA 3EN3A 5CI5A 4NF4A 1B1XA 5AA2A 5IAIA 3QSLA 4ZECA 2GHBA 3VVEA 3S2VA 4X1DA 3C34A 3K02A 1ELJA 3DP8A 1JVYA 4OZ9A 3MPLA 3SEXA 4QSCA 3QUFA 2E1SA 1I6BA 4X48A 4YB6A 5HBCA 1B0HA 4WXJA 1MQIA 3A3UA 5JK4A 4LA9A 3PPQA 3I6VA 3ZKLA 3A09A 5CBSA 3G3JA 2OWSA 3LUYA 2GHAA 3SDFA 3K01A 2VOZA 1B40A 2OWTA 4RY1A 3MVXA 3IK6B 1RYXA 1B7UA 3U8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P1SA 5DEXA 3BIHA 1T0KA 2XXQA 5FTIA 1JW1A 5KDTB 2VT5A 2RCAA 3PMVA 5FHOA 3FBPA 4N17A 4PGNA 2RF1A 4X8RA 4MNPA 2ZYKA 3A3CA 2DWJA 4PAFA 4OVTA 1DSNA 1I6AA 1OLAA 5JTYB 5ITOA 1Y3PA 1FTJA 4N8GA 2XXIA 4O7IA 5I2NA 2V25A 4DCYA 2CZKA 1D4NA 2XWKA 2Y7RA 3OSRA 1YPNA 1LBYA 4TLMB 3F11A 1I69A 3IB0A 3MP6A 1H44A 4F3GA 1FBHA 4XEQA 2F78A 4K3FA 3OO7A 1FQEA 3IX1A 5ET5A 2CZIA 4X04A 3B6WA 1MPDA 2FA7A 1JEUA 3Q25A 3KN7A 1B0LA 3K6VA 3MJNA 2ZNTA 4C0RA 4OENA 5ET7A 3S4UA 2F36A 2LAOA 2VHAA 4YZZA 3MP8A 3O6HA 3IOUA 1YXIA 1PB7A 4JBZA 1N0TA 3FVGA 3U94A 2H4IA 2QPQA 3FD3A 1SPIA 4NWCA 4POWA 1FTOA 3HN0A 4GWYA 1PEBA 3DM0A 2VPOA 3CSBA 1D3KA 4QFNA 3DELB 4G8HA 3L6HA 3HSTA 3RT8A 4N81A 3FXBA 2REJA 3FATA 1L5TA 3O28A 5TP9B 1AH5A 3RPLB 4N07A 4P0IA 1YCJA 4Q0CA 4IO3A 5EQAA 4P1EA 1UTBB 1FTLA 2XXUA 4RPOA 4LN5A 4O8MA 1LCFA 2P2AA 1IEJA 3IO4A 2F6PA 3JYRA 1MRPA 5EQ8A 3RY3A 1PBQA 1NUXA 4OFJA 4R72A 1H76A 1A40A 4UA8A 1IMCA 2PX1A 3TTRA 4PE5B 2THIA 4X9TA 4DDDA 2HHMA 3I5OA 2RC9A 4F29A 4XIGQ 4P56A 3MSTA 4NX1A 4KPTA 1NL5A 1M5FA 4EQ7A 3U1OA 2Z23A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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