4N6KA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio salexigens dsm2638, target efi-510113 (desal_0342), complex with diglycerolphosphate
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
YKLTLKLSHVFSPAEQLSKSMDAVAESIYEKTDGAINIQTFPQAQLPAYKEGVEQVVRGAKFISVEDPSFIGDYVPDFKALYAPMLYRSFDEYVNLTQSDLVKKMQAEAEKQGIKILALDYIYGFRNLITQKVIKTPADLKGMKIRTPGSKSYIDTLTAMGAVATPLPWGETLSAVQQGVVDGLEGSEFTNIGTKVYEGPTKNVANTRHILGTCGVYISTKVWNDIPAKYQKIIQDEFTNGANHMVNLLKSQHGGVVKELESYGVKFNEVDGDAFRAALKPLYKEQKGMTPGIYQSIFKELDAMRAENLYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
source organism Desulfovibrio salexigens
total genus 107
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4n6kA00
3B50A 4PF8A 4N8YA 4PFIA 5I5PA 4N4UA 4OVQA 4NN3A 5I7IA 4LN5A 2ZZWA 4NF0A 4NAPA 4MEVA 4N6KA 4PF6A 4N8GA 4XEQA 4N17A 4P9KA 4PFBA 4O94A 4MCOA 4P3LA 4O8MA 5LTCA 4DI3D 2HZKA 2V4CA 2VPOA 4MAGA 3FXBA 2ZZVA 2PFYA 4X04A 4MX6A 4P8BA 4O7MA 2XWKA 4PDDA 4NQ8A 4PBHA 4MHFA 4PCDA 4PGNA 2XA5A 4XFEA 4UABA 4YICA 4PAKA 2PFZA 4N6DA 4PETA 2WYKA 2XWVA 4MNPA 4OVTA 4OVPA 2VPNA 4PGPA 4OA4A 4MMPA 2CEYA 4PFRA 2XWIA 4NHBA 4PAFA 4MIJA 4MNCA 2WYPA 4YZZA 4PC9A 4P1EA 4PDHA 3U65A 4MNIA 5IZZA 5IM2A 2WX9A 4N91A 2ZZXA 4OANA 4DI4B 4P1LA 2XWOA 4P56A 4NX1A 4X8RA 4N15A 4OVSA 2HZLA 5CM6A 4NG7A 4PBQA 2XXKA 4OVRA 2CEXA 4P47A 4PE3A 2HPGA 4XF5A 4NGUA 4PAIA 3GYYA 5IGAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F1VA 2Z8DA 3D1RA 1UTBA 4JWXA 2Y5KA 4L17A 4P0GA 2OBGA 3LSFB 3KFMA 2H9BA 1SI1A 3KC1A 4G2ZA 2MKZA 3LV0A 3GLBA 1QUJA 1FCKA 4YKJA 3TMGA 3VE1B 1WVJA 4DE8A 3DELB 4Z0IA 2NVUB 3FXBA 2WBDA 1L5TA 4X1DA 4G8HA 5ICTA 2F7CA 1N0TA 4NQ8A 3QMFA 3DLNA 4QFKA 2XA5A 3E13X 2PMSA 4FEDA 4ESWA 1FTLA 1FPFA 1NV2A 3I3VA 1EZ9A 2WEFA 2XWIA 2DS9A 3C35A 4MIJA 4GX6A 1DCUA 1B7HA 2FA7A 1POY1 2KR0A 4OVJA 3UA8A 1M5FA 5TPAA 3HPIA 4NF6A 1DBZA 3EQ1A 3O6HA 2V84A 4KPTA 1TT1A 2DDKA 1XHYA 3IB2A 2V3QA 2CEXA 1XI6A 5DEXA 5DT6A 4EQ7A 4IO5A 4F29A 3E3KA 4PAIA 3MZ1A 4BDOA 4G8NA 4XIGQ 1MDQA 1IUDA 2D3IA 5AA2B 4DIGA 2GHBA 4NN3A 5DYHA 4O3CA 1IQ7A 3PUWE 4QFLA 4PF6A 3SEUA 4FJPA 4TLLB 3N5LA 4N17A 4EF2A 2QMWA 3I5OA 1NI9A 1VR5A 3UP9A 3RT8A 3SESA 4NE4A 2DXYA 4YKPA 4XKRA 4YB7A 4MAGA 2I3VA 4ZS9A 1SD3A 3MP1A 4R9GA 2JJKA 2FIXA 2XX8A 4POXA 3DP4A 4PE5B 2ZNTA 1A54A 4RA1A 2VGQA 3AXFA 2WYKA 1B0HA 4E0WA 5TU0A 3OSRA 4F39A 3RQTA 2XXXA 4Q0CA 4YB6A 1JVXA 4U4XA 4PFRA 1LBWA 1SW4A 5KDTA 5M2VA 4QBAA 4AS5A 1FQFA 5L9OA 4BLAA 1UIVA 1I69A 2ZYOA 5B7DA 2Q89A 1FBGA 4OANA 4BDQA 4H65A 4DCXA 1D9QA 1MY3A 2KLFA 5L9SA 3M3LA 4R72A 5HM4B 1KA0A 1B3FA 3QYTA 1JW5A 2HPGA 4NF4B 2V25A 2REJA 3M8UA 5EQAA 3GYYA 5IZ1A 4MLQA 2RF1A 2Z8EA 3CSGA 1N7XA 2O6AA 2LAOA 2P2AA 4WKMA 3T0JA 1QGXA 3GBBA 3PU5A 2DWIA 3HO7A 5EYFA 4K3FA 4X1BA 4NF0A 4HE2A 2ONSA 4XEQA 3E78A 2HQ0A 4P9KA 3C9HA 3Q28A 4MCOA 4Z7EA 4DI3D 3R7XA 3H06B 3PMXA 4U2RA 4XKQA 4BDRA 4OENA 3CSBA 1CNQA 4LATA 1B05A 1FW0A 1SPIA 4PGNA 1A55A 1S9TA 4PETA 1A99A 1PC3A 4OVPA 3IOVA 5H8NA 4LA9A 1VE4A 3PUYE 4UACA 3FUZA 1MQIA 1JEUA 2ZXTA 3RLFE 5JTYA 3OENA 5EYGA 1EZOA 4OTEA 3G3GA 2M8CA 3GBAA 3O2AA 3KJ7A 2QS1A 1EYIA 3DM0A 2Q2AA 5CMCA 2UXAA 3SEXA 4C1UA 4I8CA 4RPNA 1LSTA 4EQ9A 2RINA 4NX1A 3FV2A 4NF5A 2QVUA 3FD3A 5CC2A 3IL1B 4OETA 3MP6A 2ONKE 5H8HB 3CHGA 4KR5A 4P47A 1LLSA 4H6DA 5ET6A 1EZPA 1VDWA 2CZLA 1SVXB 4GD5A 2I49A 4ZZEA 3MUQA 4YU0A 3HV1A 4N8YA 4PFIA 1B6HA 1IXIA 1FQBA 2Y7KA 3RYDA 1G0HA 3OMBA 1ZJLA 5ET5A 5I2KA 4NF8B 3U92A 4X9TA 2CZKA 4JWYA 4GL8A 1D4NA 4I3YA 2AL5A 4ELRA 2VPOA 1JVYA 1YZ0A 4ESXA 1Y9UA 3IK6B 2OWZA 3C4MA 2UVGA 4QF9A 5F24A 1B7ZA 3TUSA 5J1DA 3CI8A 3SDFA 5H8QA 1RDYA 3B6WA 2HXWA 4DDDA 4JB7A 3Q29A 2W7YA 5ET8A 3IFCA 3VLWA 1FTAA 2Y7PA 2WYPA 2O1LA 4UA8A 1ZTYA 2XD2A 4GF8A 1GVCA 4U22A 3T9VA 5F7VA 5CMMA 5ITPA 5I2NB 3TFLA 2QS2A 3EHSA 1XVXA 3ZKLA 1MDP1 3PPPA 5AA4A 4P1LA 1R6ZA 4JBZA 3CFZA 3LSWA 2O68A 2HZLA 5CM6A 3C31A 1MM6A 3K1PA 3IJOB 1MM7A 3NOHA 4ZZAA 3KBRA 2ESNA 3T9HB 3VFJA 3V89B 2R8TA 1B7UA 3MVXA 1A8FA 4O7IA 2Y5LA 4LQ5A 3FV1A 3VLVA 4OWDA 4HCWA 4KYDA 3LC8A 2VT5A 2GHAA 4Q5TA 5KCJB 1B1HA 3PD9A 2L5VA 1IXCA 4GWUA 3U8QA 2UVIA 3UIFA 3PGFA 3IORA 4KYSA 1US4A 1OIBA 5EQ9A 1NFTA 5B70A 3MVYA 3PV0E 1B58A 1MY4A 4BDLA 1EU8A 1BK4A 2XXIA 1NUXA 4IO2A 2YLNA 3D4GA 3HSTA 4DXUA 3JV9A 2AL4A 2HAUA 2RC9A 2ABHA 1D3KA 1NH7A 3C32A 2F7BA 2Y7RA 4MMPA 1MY1A 1Y4CA 1SW5A 1N04A 4C1TA 4PFTA 2HAVA 1B1XA 1N84A 2Q88A 5BUUA 4ECFA 3G3JA 4N91A 5LOMA 4HTGA 5A5XA 1Z7NE 2B3FA 1B52A 3CVGA 1TFAA 4OVSA 5ET7A 4P11A 3CIJA 4YAHX 4MFIA 3S9EA 4JVCA 1AH5A 3OD7A 3K01A 3MP8A 1A7LA 1VSOA 2PCRA 3QXMA 1JETA 5K2YA 2DYXA 1BKAA 1JNFA 2FIEA 4ELQA 2NOOA 4Q30B 1NNKA 3FXUA 4OEUA 5H8SA 3MJNA 1YTVA 4PFWA 5I59B 2ALUA 3K00A 4N6KA 1II5A 1VFEA 3MZBA 1YYZA 3KGCA 3QK6A 3K1NA 4GWSA 4R75A 3BIHA 1IITA 3BIGA 4FATA 1LAGE 3W15C 3RNNA 5DVJA 1QKBA 2OLBA 1PEBA 3N6TA 1NUWA 1PB8A 4AB6A 1BP5A 4G8MA 3PPRA 1D9VA 1Q1KA 1M5EA 4UABA 5I3SA 3RUMA 4N6DA 2DQVA 5DEXB 1LFGA 4JVIA 4YKKA 3OEMA 4G68C 2CEYA 2F97A 1ELJA 1FTJA 4P0IA 3L6HA 4HE1A 3PMWA 3O6GA 2BJIA 4P1EA 4PDHA 4WXJA 5AA1A 1HSJA 1M5BA 3V8XB 3H3GA 1AIVA 3CR9A 3VXCA 2XWOA 3A3UA 4HW8A 3ODBA 2BJJX 3G3KA 3MVZA 1KA1A 1IMFA 4U23A 3QIMA 4H46A 2Q8MA 5FHNA 3H6TA 4JXIA 4GLIA 1Y3PA 3G3HA 1URDA 3O97A 1NV5A 1QKAA 4NEDA 1YPNA 4GWZA 3JZJA 4O94A 1FBHA 5EHMA 5I58A 4IO7A 2RCAA 2O84X 4KD5A 2FNCA 2THIA 3OO6A 4ZDMA 1URGA 1YAEA 2PVUA 2ZZVA 4M4GA 1Z7ME 4GX3A 4MX6A 5ICQA 4O7MA 1P1OA 3TODA 5L8DA 2V3TA 3KZGA 3H6UA 3IJXB 2PFZA 4DLDA 1PB9A 2QPQA 3L6GA 2XD3A 3BKIB 5I84A 1XOCA 2WKYA 1B32A 1UQWA 1ZKBA 1B40A 1SW1A 4PC9A 1NV7A 3TYHA 1XVYA 4MNIA 3U65A 2DOJA 1MXVA 4ZE9A 4R2FA 1URSA 1B9JA 1P1UA 3E79A 3IOTA 1BTJA 1DK4A 2UVHA 3FVKA 2FVZA 1PB7A 1O63A 4GWYA 2NWJA 4PTKA 1O7TA 5L9MA 2XXKA 4PE3A 2O69A 2I6EA 3OXNA 2DWAA 3QSLA 2WBBA 3VVDA 4N81A 5I56A 3A3CA 3FVGA 4QRZA 1RYOA 3K6WA 3A09A 5IZ3B 2YJPA 4QFPA 4PQJA 3TEPA 3QAXA 3M3FA 1F9BA 1MQJA 3UK4A 2FBPA 3SZPA 1B51A 4LN5A 3V5AA 4F3BA 1XC1A 5AA2A 2I48A 4F31B 2H25A 2V4CA 3G3IA 2IEEA 1RDXA 4RJZA 2O7UA 1G0IA 1B2HA 4LQ2A 3E4RA 3KSXA 1IZ1A 2XWKA 4DCYA 2XX9A 5CBRA 4NF5B 2Y84A 3TTLA 1OVTA 3SEVA 3O6IA 1B3HA 3RY3A 1S50A 4F3SA 2UYEA 1ZBMA 4Q8RA 1LCFA 4C0RA 5HBCA 5T3JA 1DPPA 2DWHA 3GXAA 1B3LA 4FEBA 4PFYA 1LCTA 1FPDA 4FBPA 4RNSA 1IMAA 4FE8A 3H6WA 2ONRA 4HCYA 5I2KB 2DE2A 1QULA 4M1VA 3EHTA 3BFTA 1MXYA 3K6VA 1NNTA 5IKBA 4X8RA 2XXTA 2F34A 4ZEBA 2DP8A 2XXUA 2VD2A 3TCHA 4R9FA 3SKPA 3IO4A 4NWDA 3IB1A 1QUKA 3OO8A 4JVDA 3VXBA 2H4IA 4NF4A 4ONYA 2CMOA 3IR1A 2H5YA 4G68B 2O7IA 1USYE 2QJEA 1MPDA 4AS4A 3ILTB 2NUVA 2VOZA 3ECRA 4GBWA 4FECA 3PPOA 3KEIA 3ROJA 1XT8A 1SYHA 3TCGA 3TTKA 1AWBA 2PFYA 2B4LA 3VDFA 2RC7A 2F8DA 3FASA 3TDJA 1LFIA 4P8BA 5TP9B 3MZ9A 4KFQA 4PCDA 3RPLB 4F3PA 1LGBC 1P1NA 4OVTA 4PGPA 1MG1A 5DVIA 5I57A 1FQEA 2DE4A 2PT1A 4NHBA 4I62A 5ELVA 1B4ZA 1FPLA 4R74A 5IM2A 4XKNA 1VFDA 3PUZE 3Q26A 4G77A 2VHAA 4BDMA 1MXXA 1NNFA 3VLUA 4ZE8A 1POTA 3RN8A 3QUFA 2HFBA 1H44A 4LONB 1QW0A 2DVCA 4NG7A 4OVRA 1JW1A 5F1QA 3MC2A 4GFRA 4R2BA 3T93B 1LAXA 2R6GE 3G3FA 4OYVA 4F1YA 3VV5A 1NV4A 3B6QA 5H8HA 4GVOA 3IX1A 3GZGA 1FBCA 2PYYA 1H43A 4QFNA 1I6QA 4IY6A 4NTLA 4ZEFA 2DVZA 3G7WA 4LZ8A 4NAPA 3FJMA 1LBVA 4LUBA 1JP4A 1P1WA 1TWYA 5CMBA 1FPEA 3S9MC 4R6KA 4NF8A 1GR2A 4BDNA 3FXRA 4X04A 4HS7A 4N07A 2D5WA 5FBPA 3MBPA 4MHFA 4ZEIA 2HEUA 2I0BA 4FORA 4YICA 4RY1A 3ZSFA 3DP8A 1K9ZA 5EQ7A 1NV3A 3TTRA 1RKMA 1SDXA 1JQFA 1FSAA 4WEDA 4RK2A 4AQ4A 2A5TB 3LUYA 2Q74A 1IEJA 1QVSA 3TELA 4THIA 4U1OA 2F7AA 3ZS6A 4OHNA 3HFUA 3T9UA 2ZZXA 1B3GA 3H03A 3TQWA 5LDZA 2QS4A 4OEVA 3IOWA 4JDFA 5FTIA 5I2NA 3KG2A 2QVRA 4QSDA 4YB5A 3SETA 1UTBB 2QS3A 2VD3A 3RGYA 1Y3QA 1FPJA 4ZEDA 1MY0A 2Q2CA 3EKIA 3OSQA 1PBQA 5IGAA 2I3WA 3B50A 2I58A 1P99A 2DE3A 1LFHA 2X26A 2PBWA 1IMCA 4MH5A 2O1MA 4F2QA 2P3NA 2GH9A 4FIMA 1I6BA 2V93A 3K6XA 4GWOA 4TQUQ 3MAMA 3QUJA 2Q9TA 1A8EA 1INPA 1MQHA 4GWWA 4GWXA 1SYIA 2Y7WA 2A5SA 4G4PA 3PUXE 1FPKA 1T0KA 3RT6B 3BBRA 2GRVA 2E0SA 5K2XA 2B65A 3P7IA 2AIXA 1A40A 2H99A 4PDDA 5KCJA 3MQ9A 3T9XB 2NXOA 4IB2A 4PAKA 1UTHA 1OQGA 2VPNA 3TKDA 3T22A 2XXVA 1Y1ZA 1M5CA 3S9NC 5TPAB 4NF6B 3SERA 1FQAA 5DVFA 3VVFA 5H8FA 1MRPA 2WX9A 1PDAA 1EYKA 1FPGA 1R9QA 2O51A 4F19A 1BIYA 3UORA 4IR8A 3LSLA 3S4UA 2B4MA 5DTBA 5I58B 4POWA 1IMDA 2IA4A 1FTOA 4H1XA 3KOSA 1FBPA 4R73A 1H45A 3CRBA 4RK9A 3FBPA 1B0LA 1B5HA 3T66A 1B4HA 1ZU0A 5CRYA 3C33A 3FIRA 4YMBA 2P1SA 4H0WA 3KN8A 3Q27A 1DSNA 3TCFA 2XXRA 3H4ZA 1CB6A 1N3WA 3WAEA 2X7QA 2UYFA 4N4UA 4MBPA 5I7IA 4N8GA 3VVEA 2ZNUA 2QRYA 4JSOA 1FJ6A 4KYEA 3USDA 3TAJA 4EDPA 1R1NA 2G29A 5ITOA 4PP0A 2XXYA 5I59A 3ONMA 4OZ9A 1IXHA 4H5FA 3LR1A 4PFUA 4OFLA 2F3BA 3MPLA 3MWBA 2DSFA 4LZ7A 3IB0A 2FYIA 2DXRA 3OO7A 3N26A 3EN3A 1LBCA 1WODA 3OOAA 3T1BA 3LUZA 4F22A 4EXKA 4F3GA 1SW2A 2KQZA 2HXRA 1LBXA 5KDTB 1MH4A 4KI0E 4OESA 2V3UA 2QSXA 3O29A 5I56B 1S7YA 2ANJA 4I40A 4QHQA 4MNCA 4YZZA 1HSLA 1Y1MA 4U4SA 5A5LA 3KC0A 4IO4A 3PPQA 1SBPA 1LAHE 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