3V89B

The crystal structure of transferrin binding protein a (tbpa) from neisseria meningitidis serogroup b in complex with the c-lobe of human transferrin
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
339
structure length
339
Chain Sequence
DECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein/metal transport
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin-binding protein A
total genus 89
structure length 339
sequence length 339
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v89B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v89B02
1FQAA 5KCJA 1QKBA 4ESXA 2ALUA 5TP9B 3EHTA 3DP8A 4LONB 4Q5TA 1UIUA 1PB8A 3FXUA 1Y1ZA 2HZLA 3DLNA 1IXGA 3FV2A 5J1DA 3VV5A 1Q1KA 1URGA 2GHBA 2F5XA 4IO6A 4G8MA 3MBPA 4X1DA 1R9LA 3Q29A 4ND9A 4NWCA 1MXZA 2H25A 2F7CA 1NNPA 1LAXA 2F97A 3EHSA 4MLVA 3GBBA 3PUVE 3HHGA 3K6VA 2O7UA 4YMBA 2HAUA 3C35A 1BLFA 3QUFA 2OZZA 4QSDA 1LLSA 4OEVA 4HW8A 1QJMA 5ITOA 3U72A 3HCQA 3ILTB 2F78A 4I9DA 1DTGA 5M2VA 1JQFA 2UYFA 3MAMA 1A55A 3KJTA 1MY0A 2R6GE 3HPIA 3PMXA 3TQLA 2F7AA 3RUMA 4BDMA 1SD3A 4ELQA 2F6GA 3MZ1A 4RNSA 4WKMA 4EQ9A 3UN6A 2ABHA 2A5TA 3JYRA 4Q30B 3E3KA 5KDTB 1EU8A 3DP4A 3HHFA 1LAHE 4RK2A 3KGCA 3DELB 2HZKA 4DXCA 4F3BA 1NH7A 3PPNA 1OVBA 2V3TA 3TELA 4ZEKA 2GH9A 2ZYKA 3K0VA 1N04A 1JEUA 3TEPA 1B51A 4R75A 4F22A 3S9MC 3UP9A 1N3XA 1PB7A 4H6DA 1NKXA 1B1HA 1MPDA 4HCYA 2I6EA 3P7IA 2F35A 4OENA 1SW5A 5ITPA 2Z22A 1Y20A 5ISUA 4GFRA 2G93A 1MPCA 5A5XB 3ZS6A 4FATA 4RA1A 4F1VA 3CSGA 1M5FA 4GRKA 4EXKA 3T96B 1P1QA 4NF8A 3VVEA 1B3EA 4RJZA 1P1OA 4F3GA 1UTHB 3EHUA 3SKPA 2XXRA 4KHZE 2QSXA 4UACA 4R6HA 3SEWA 4LZ7A 2Z23A 3FD3A 1ZIUA 2Q88A 4F19A 3FV1A 1AOVA 4MH5A 3LBSA 3BFUA 3S9LC 4JWXA 1B5IA 2RINA 1YTVA 1B52A 2QL3A 1IITA 4YB6A 2VD3A 1F9BA 4R9FA 4QFKA 2QS1A 1MXUA 1B5JA 5DYHA 2I48A 4P0IA 4O3CA 4ELRA 4Z7EA 3D4CA 2M8CA 3SETA 3IAZA 5H8HA 2DXRA 1FTKA 5B7DA 1VFEA 3T9VA 4G4PA 4F2OA 4OHNA 2OJTA 1EZOA 2V93A 3Q26A 3QSLA 3IK6B 4YAHX 4NF4A 4X1BA 4ZEBA 1GV8A 1MY2A 5JTYB 2REGA 3TPAA 4AB5A 3O2AA 3VLWA 3ZSFA 2P2AA 4R6YA 4LATA 4U1ZA 4KI0E 4OTEA 3K6WA 4E0WA 4G77A 4Q0CA 1BP5A 3GLBA 1R6ZA 3O6IA 2RCAA 1QULA 2DWHA 3C32A 4N13A 3HO7A 3DM0A 3IOWA 5B70A 1FQCA 3QAXA 3FGSA 2I0CA 1MM6A 3TYHA 5I84A 3PU5A 4YKPA 3MW0A 3UK4A 2AIXA 4PE5B 4U4XA 2I58A 4JSOA 4ZECA 3PPPA 1FTMA 4F2QA 1LFIA 4NE4A 1SBPA 1MDQA 4BDQA 1EZ9A 2KLFA 3USDA 5K2YA 5CC2A 4NF5A 3GBAA 2H99A 1WDNA 2ZNUA 3N6UA 4I1DA 3U94A 3O97A 1B3GA 1MQHA 4YB7A 4GD5A 4G68A 1TFAA 2PMSA 3H6UA 1ZJLA 3R26A 4EQBA 3M3LA 4OVJA 5CMKA 3SEVA 2V84A 3OEMA 2NWJA 3LC8A 4KYEA 3RT6B 1GR2A 1NFTA 1ELJA 1N0TA 2OWSA 4AQ4A 3B6TA 1AIVA 1JNFA 3EN3A 4ZEDA 2O69A 4ZEIA 2DOJA 2NOOA 4QSEA 1B32A 1FTJA 4R2FA 3IORA 1O63A 5ICTA 3H6WA 4FIMA 4QFOA 1Y4TA 3MZ9A 5H8QA 2R71A 4IO3A 4KQPA 2XX8A 2Y7IA 4OXVA 1JW1A 3CFZA 3ILUB 1XS5A 4POWA 1O7TA 4F3SA 2REJA 1FQFA 1ZMGA 1AH5A 1FW0A 1I6QA 4KCDA 1XOCA 4ZDMA 3VFJA 2DWJA 4XKRA 1NNFA 5TPAA 4U2RA 2I49A 4DZ1A 2OK2A 2F36A 2D3IA 1UIVA 1HSJA 4U21A 3G3IA 4JWOA 4ZS9A 5K2XA 4GL8A 2H98A 1NNKA 1P1NA 2ONRA 3LSWA 1MQGA 3N5LA 5H8FB 1HSLA 4KFQA 3TCHA 3SEYA 3VVDA 5CMBA 5AA3A 4H8IA 4FE8A 4BDRA 3V8XB 3R7XA 1A40A 3TZAA 2QS2A 5HPQA 1H3DA 4R74A 1SDXA 4QRZA 3T9UA 4G8NA 2ONSA 4ESWA 3ZKKA 2Y7PA 2O6AA 4OFJA 2ZMBA 4H5GA 4OETA 5FHNA 2XD3A 3KJ7A 1BIYA 3IB1A 4ECFA 4LVQA 3QK6A 4MF3A 1B3FA 3DP6A 3UIFA 1S7YA 4XTCQ 5H8NB 2XXIA 4GVOA 5FHOA 4ZE8A 3SERA 3FVOA 4HS7A 4OFLA 3CI8A 5I2NA 1OLAA 4C0RA 2DWAA 5JEIA 5DEXB 2XX7A 5KDTA 3MUQA 3TMGA 4E0XA 1R9QA 4YKJA 3K6UA 5CM6A 1XT8A 1JVXA 1AL3A 3KSJA 3MVYA 4YZZA 4R72A 1POY1 3FJ7A 5AA4B 4GOTA 2PT1A 2RC9A 1ATGA 4OYVA 1PC3A 5I2KB 3L6GA 4U22A 3QXMA 5DVFA 3CG3A 5H8SA 1B2HA 4ZEFA 1ZU0A 1XVXA 4IO2A 1US4A 3PUXE 1IZ1A 2DE3A 4IGRA 3MZBA 4KYDA 2VD2A 2B3BA 3O6HA 4NTLA 4TLLB 3RPWA 2ESNA 3KN7A 4JB7A 3I6VA 4BLAA 1MXYA 2Q9TA 3V89B 1UTHA 2GHAA 3PUWE 3MC2A 3MVZA 2DWIA 3U93A 3S9EA 1DPEA 1D9YA 4PQJA 1PBQA 3TFLA 1MS7A 1I69A 2V25A 2BJJX 4OESA 2UVHA 3MQ9A 3G3KA 3E9XA 1NMUA 4LQ5A 1MQJA 4RPOA 4F1YA 2V3UA 2X26A 1B7HA 4FAJA 1FQDA 1FQEA 3M3KA 3OSRA 5FHMA 4YU0A 2HQ0A 4FEDA 1EZPA 1B7ZA 2QPQA 2B65A 3CIJA 2F34A 4QHQA 2H5YA 4ZZAA 3IOUA 2FNCA 4PFTA 3KEIA 4O3AA 3IOTA 3PUYE 5AA2D 2XXQA 1I6AA 3MP8A 4QSCA 1GVCA 4H1XA 4IY6A 2V3QA 2QS4A 2O84X 3N26A 3B6QA 3G7WA 5I57A 2E0SA 5KZTA 1GTKA 3KG2A 4U4SA 2ZNSA 2D5WA 4NF6A 1IEJA 1LBCA 1N84A 3K00A 4IO4A 1II5A 2XXWA 1B05A 3FXQA 1XVYA 1SW1A 4GWOA 3TTNA 2OBGA 4KCCA 4NMYA 4N6PA 4DCXA 1QUIA 4EXLA 1ZKBA 1OVTA 2QJEA 4ELOA 3KN3A 5I56B 5CMMA 1ZTYA 4NWDA 3K02A 1SVXB 2F8DA 3RT8A 1USYH 3S4UA 3THIA 2GRVA 2O51A 2PVUA 5I58A 4XKNA 2ZYOA 3RN8A 4JSDA 3FXRA 3T93B 3M8UA 3TQWA 4H0WA 4KYSA 1Z7NE 2XX9A 2I0BA 1QUKA 3JV9A 4RYAA 5EYFA 1MH4A 4DXBA 5L8DA 1XHYA 1I6BA 2HXWA 4K3FA 3VLVA 3KSXA 2W7YA 2UYEA 5EHSA 3C33A 4EQ7A 3U8QA 3CG1A 3FVGA 1SQYA 3O28A 3FVNA 1AMFA 4M1VA 4FJPA 4GF8A 3K4UA 3S9NC 5CBRA 3TTKA 3OO8A 5FTHA 3N94A 1MDP1 2Z8DA 5F1QA 4GXSB 1QKAA 4OWDA 1OQHA 3T22A 2E1SA 3VVFA 2QMWA 2ZYMA 2VGQA 3IB2A 3VLUA 1SI1A 1RYOA 4G8HA 5L9MA 3PD9A 2THIA 3I5OA 3C4MA 5H8HB 5FTIA 4WEPA 5LOMA 1B40A 1BKAA 3HN0A 2ZXTA 1B9JA 1D4NA 3CFLA 4C1UA 4PETA 2RF1A 3WAFA 3MJNA 5I59A 4NF4B 3TTLA 1T0KA 1B1XA 4L17A 3G3JA 1MQIA 4DXUA 4WXJA 1QW0A 2XXYA 3RTWB 5HBCA 3ECRA 4OZ9A 2XXXA 3KOSA 4I8CA 1JW4A 3IO4A 2FYIA 4FORA 4H8JA 1Z7ME 2AYSA 1A8EA 3BKIB 4U23A 4LZ5A 3IOVA 3OMBA 1TWYA 3OO7A 3U1OA 1HSEA 3HSTA 5DTBA 1MM7A 3KOTA 5IAIA 3TODA 3OD7A 4YICA 1Y3NA 2UVJA 3SESA 1PEBA 2FA7A 1QVSA 4X48A 2I4CA 1SYIA 3FATA 2H4IA 3JZJA 3VE1B 3CFXA 1H43A 1KWHA 5AA2A 2GFEA 1VE4A 4HCWA 2YLNA 4LQ2A 3PPRA 3H3GA 1NH8A 1TT1A 3PV0E 4XIGQ 4F31B 5TP9A 5HM4B 4NF5B 5F7VA 3ONMA 1O64A 4RK9A 2O7IA 2IEEA 2PBWA 1YAEA 2XXPA 1LB8A 5DEXA 4G68B 3H7MA 3W9WA 1M5DA 1LAFE 2DSFA 3M3FA 5TU0A 4RY1A 4MLQA 2Q89A 3OENA 2UVIA 2AL5A 2O1MA 3TCGA 1NL5A 2I3VA 1LAGE 3K01A 2A5SA 1MY1A 3TDJA 2YJPA 3D4GA 4DIGA 4F29A 1EH3A 4Q8RA 1SW4A 1DTZA 1JEVA 1H44A 3G3GA 1ZBMA 3KZGA 3UGWA 4R73A 3IJOB 3L6HA 5H8QB 4IB2A 4QFPA 1IQ7A 2HAVA 1P1WA 3ZKLA 4JDFA 4F1UA 1P99A 1N3WA 2CZLA 3KN8A 1IIWA 1RKMA 3O6GA 4DE8A 5TPAB 3TTMA 3E4RA 3VXBA 4ISUA 3PMWA 3PPOA 4EDPA 1A7LA 3TTRA 1IXHA 1LFHA 1JETA 3UORA 1US5A 4LZ8A 1FCKA 4PFUA 2OCUA 2B3FA 2F7BA 3N6TA 3BBRA 1Y3PA 3FASA 4BDLA 4TOZA 1QUJA 4NEDA 2X7QA 1IUDA 2Y84A 1MXXA 2QMXA 5BWJA 1N7XA 1B5HA 5A5XA 4PFWA 3PGFA 2DS9A 2DQVA 4JWYA 3IX1A 5IKBA 5CRYA 2DE2A 3MPLA 2ZNTA 1B46A 1LB9A 3O66A 4QF9A 3KBRA 1B6HA 1CE2A 2WKYA 3K1MA 1FTLA 3Q27A 3Q25A 3T9HB 1UTBB 5CBSA 1CB6A 3H03A 3GXAA 1TXFA 1UQWA 3OO9A 5KCJB 3ODBA 1XC1A 1ZLQA 1IXIA 4IO5A 4KD5A 2RCBA 4XKQA 1OLCA 3O29A 1POTA 1A99A 1FQBA 2O1LA 3FZVA 1P1UA 5I2NB 4R2BA 5ELVA 2DXYA 2NVUB 1VSOA 3WAEA 4IO7A 4X9TA 4UA8A 3LSFB 3RLFE 3PUZE 3H4ZA 1JW5A 1MG1A 1MY4A 3T9XB 3C36A 3EPEA 4OERA 1URDA 4JBZA 5I56A 3BFTA 3I3VA 3MPKA 1SI0A 1RYXA 4ZZEA 3C9HA 3RTFB 4Z0IA 3IR1A 1B58A 5DVJA 1WODA 1B3HA 3PPQA 5JTYA 3HV1A 3RGYA 3FVKA 1SYHA 5L9SA 2Z8FA 1YPNA 2RC8A 2PYYA 2Y7RA 2I4BA 1NNTA 1DMBA 4H67A 4KPTA 3IJXB 4MFIA 4GXAA 3FIRA 2A5TB 2CMOA 2LAOA 4M4GA 4GIZA 2Y7WA 3RQTA 4LA9A 4YB5A 3MP6A 2H9BA 2OLBA 4U1OA 3G3FA 2DE4A 1B4HA 1M5CA 2XD2A 5CMCA 1VR5A 3B6WA 3CSBA 1LGBC 2F6PA 4H5FA 1TFDA 4GQOA 4BDOA 4P0GA 4TQUQ 4YKIA 4POXA 1LFGA 2HEUA 4TLMB 3TCFA 2DVCA 2UVGA 1L5TA 3MVWA 3MWBA 3LUYA 1OIBA 4F18A 4LP2B 3LR1A 3W15C 4EUOA 4OFOA 4IGTA 5AA1A 1N76A 2HCAA 4FEBA 4OQOA 3E13X 2VOZA 3QYTA 1GGGA 3OEKA 3QIMA 4QFLA 1LCFA 1WVJA 1FTOA 2RKMA 4NF8B 2D21A 1D3KA 4JXIA 3EQ1A 3PMVA 1B0LA 3A3CA 1J1NA 3GZGA 2O68A 1PBPA 3A3UA 5I57B 4RXLA 3C31A 1MRPA 5L9OA 1SW2A 2HFBA 1Y3QA 3H6TA 4WEDA 2Q2CA 4NF6B 3OXNA 2OWTA 3T66A 1MH3A 4DCYA 2DYXA 4N07A 1M5BA 3A09A 4BDNA 4PFYA 1S9TA 4G68C 1YCJA 5ICQA 1LSTA 2YPNA 2ZYNA 1PB9A 1VFDA 1DOTA 3OSQA 4HTGA 2XHDA 2ANJA 1MY3A 3FJGA 3V83A 1B7UA 3PD8A 4OEUA 1URSA 1LBBA 3EF7A 2Q8JA 3TAJA 1M5EA 1MQDA 3VDFA 1Q35A 2QS3A 4GLIA 4KR5A 1R1NA 3CR9A 2XXTA 3OO6A 4EF1A 2XXUA 3K6XA 1BTJA 4XKPA 1USYE 2IA4A 2Z8EA 3KFMA 5I58B 3VXCA 4P11A 2PX1A 4RPNA 3RNNA 4OMBA 4PP0A 5H8FA 1B3LA 2X7PA 3SEXA 5EHMA 4R9GA 2P0SA 3IO6A 1MXVA 2NUVA 1N7WA 3G3HA 2DP8A 4THIA 1A54A 4AB6A 2Y7KA 3C34A 1ANFA 2I3WA 5AE4A 3IL1B 4YMAA 2RC7A 2AL4A 3QUJA 3H6VA 1H76A 3IB0A 5BUUA 4MBPA 2XXVA 3B7DA 4C1TA 5H8NA 1Y4CA 3S2VA 3FUZA 5CI5A 4R6KA 1H45A 2R9JA 1OQGA 1OMPA 1Y9UA 3OELA 3SDFA 2P1SA 3MP1A 4DDDA 3K1NA 3RY3A 1DPPA 4F39A 4ZE9A 1D9VA 1Y1MA 3R6UA 3TKDA 3H06B 1LCTA 2ONKE 3K1PA 4EF2A 3MVXA 3Q28A 1MPBA 2NXOA 4H65A 3CRBA 5I59B 4GL0A 1DSNA 3CVGA 4IY5A 4ELPA 3W9VA 1S50A 3AXFA 2VP1A 5AA4A 1JVYA 3SEUA 3O9PA 4I62A 5I2KA 1A8FA 2G29A 4ONYA 4LUBA 2XXHA 2VHAA 3TUSA 2PT2A 2Q2AA 3FJMA 4G2ZA 1PDAA 5DVIA 3LSLA 1B0HA 4FECA 5JK4A 4XXUA 1MXWA 4DLDA 4F3PA 4YKKA 3K2DA 3LSXA 2UXAA 2DVZA 3OOAA 5DT6A 3UA8A 2QRYA 3U92A 3V5AA 3F11A 5AA2B 1UTBA 1IXCA 4O3BA 4QFNA 1B4ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FQAA 5KCJA 1QKBA 4ESXA 2ALUA 5TP9B 4AS4A 3EHTA 3DP8A 4LONB 4Q5TA 1UIUA 1PB8A 3FXUA 1Y1ZA 2HZLA 3DLNA 1IXGA 2CZHA 3FV2A 1NUYA 5J1DA 3VV5A 1Q1KA 1RDZA 1URGA 2GHBA 2F5XA 3FBPA 2V4CA 2CZIA 4IO6A 5IM2A 4G8MA 3MBPA 4X1DA 1R9LA 3Q29A 4ND9A 4NWCA 4PE3A 1MXZA 2H25A 2F7CA 1NNPA 1LAXA 2F97A 3EHSA 4MLVA 3GBBA 3PUVE 3HHGA 3K6VA 4MNIA 2O7UA 4YMBA 2HAUA 3C35A 1BLFA 3QUFA 2OZZA 4QSDA 1LLSA 4OEVA 4HW8A 4XF5A 1QJMA 5ITOA 3T0JA 3U72A 3HCQA 3ILTB 2F78A 3EKIA 4I9DA 1DTGA 5M2VA 4P1EA 1JQFA 2UYFA 3MAMA 1A55A 3KJTA 1MY0A 2R6GE 2FHYA 3HPIA 3PMXA 3TQLA 2F7AA 3RUMA 4BDMA 1SD3A 4ELQA 1DK4A 2F6GA 3MZ1A 4RNSA 4WKMA 4EQ9A 3UN6A 2ABHA 2A5TA 4MEVA 3JYRA 4MJOA 4Q30B 3E3KA 4N81A 5KDTB 1EU8A 3DP4A 3HHFA 2HXRA 4NGUA 1LAHE 4RK2A 3KGCA 3DELB 2HZKA 4DXCA 4F3BA 1NH7A 3PPNA 1OVBA 2V3TA 3TELA 4ZEKA 2GH9A 4NAPA 2ZYKA 2GQ1A 3K0VA 1N04A 1JEUA 3TEPA 1FBCA 1B51A 2OX3A 4MAGA 4R75A 4F22A 3S9MC 4PGNA 1Q9DA 3UP9A 1N3XA 1PB7A 4H6DA 1NKXA 1B1HA 1MPDA 4HCYA 2I6EA 3P7IA 2F35A 4OENA 1SW5A 5ITPA 2Z22A 1Y20A 5ISUA 2WBBA 4GFRA 2G93A 1MPCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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