3Q28A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (58-79) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSKTKEQVTNVGGAVVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 123
structure length 386
sequence length 386
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q28A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q28A01
3KN3A 4R6YA 2Y84A 2QS4A 4R9GA 4ISUA 2F34A 1OVTA 4EF2A 3MAMA 1T0KA 3B7DA 2I0CA 1II5A 2H98A 2VOZA 5I2NB 1BKAA 3PPOA 4LA9A 1VSOA 2F5XA 4NF6B 1IIWA 3UA8A 3SETA 4P0IA 5H8QB 3MZBA 1LB8A 3K2DA 2Y7KA 3T9VA 3VLVA 3E13X 5JEIA 1FQDA 5CBSA 3TDJA 1MQIA 3TKDA 3MVWA 1UTBA 4UA8A 3HHGA 2P2AA 2B3FA 4LP2B 1L5TA 2G29A 1JEUA 1I6BA 4IY5A 4GXAA 4YB6A 3K1PA 1B58A 1A55A 1B1HA 1TT1A 3PUVE 4IGRA 3TTNA 5I56B 3T66A 1LB9A 2DVCA 5AA1A 3OELA 3PPPA 1SYHA 3DP8A 3SEWA 1ZLQA 4X1BA 1QW0A 2UYFA 4XKNA 4PFTA 3C36A 2O84X 2DE2A 2O68A 3C31A 3V83A 4ZEDA 5L9OA 2ABHA 4EUOA 3ONMA 4R74A 2Q2CA 3R26A 1YTVA 2I6EA 4F19A 5BUUA 3K1MA 1OIBA 1R1NA 4GLIA 4PP0A 1XOCA 1LFHA 2CZLA 4JWYA 4LZ7A 4ZEBA 1OQHA 3ILUB 5HM4B 2Z8FA 3IK6B 3H06B 3ILTB 1VR5A 3H6WA 2O7IA 3ZKLA 5TP9B 2UVJA 5I2KB 1H44A 3CG3A 1GTKA 3KJTA 1A54A 2DVZA 1B4ZA 1Y1ZA 3FV2A 3A3CA 2CMOA 1AOVA 1VFDA 4RPNA 3P7IA 1Z7ME 1QUJA 4ZEIA 3IJXB 4FORA 3USDA 1USYE 4GFRA 3O29A 1IXHA 1MS7A 3H6VA 5DTBA 3DM0A 1VFEA 1N0TA 4NF8A 3FGSA 1UQWA 1Y3QA 3G3FA 3QUJA 1TXFA 3K6WA 5HPQA 1O64A 2FNCA 1MG1A 4H8JA 1UIVA 3S9NC 3MZ9A 3H3GA 1LSTA 3DP6A 3N6UA 4POXA 3W9VA 2XD2A 4LZ5A 3TELA 1B0HA 2V3UA 1DPPA 1B5JA 3LUYA 4OVJA 2Q88A 5AA2B 3U92A 1JEVA 1HSLA 3MJNA 3HHFA 1B3GA 1LLSA 1NNTA 4OFOA 1MQJA 1PDAA 4H67A 1QKBA 2I48A 3VFJA 1SI1A 3W15C 4R75A 5CMCA 2I0BA 4QFPA 4G68A 4XKQA 3ZKKA 5JTYA 2QS1A 4BDOA 3SEVA 5A5XA 1NFTA 3FZVA 3QUFA 4O3CA 2NOOA 4ZZAA 3ECRA 1ZJLA 3N6TA 3G3HA 3G3KA 1M5DA 2GH9A 1MY4A 2Y7WA 1WVJA 3Q28A 3IJOB 4YZZA 1JVXA 4NEDA 3M3LA 5K2YA 4DZ1A 4TQUQ 3JYRA 3FXQA 1OMPA 1IXGA 4MBPA 3C35A 2DWIA 1O63A 1NL5A 1LGBC 1XHYA 5KCJA 4X48A 1Q1KA 3BKIB 3RLFE 3C32A 4F39A 2DXRA 1FQFA 3R7XA 2DYXA 2QSXA 3KGCA 4AB5A 1JW1A 3C9HA 1IZ1A 3A09A 4C1TA 2IA4A 1IQ7A 2XX8A 1PBQA 1MQGA 4NTLA 5I57A 3K02A 1NNPA 3BBRA 4RJZA 2XX9A 4ZEFA 2AL5A 1B7UA 4GF8A 2FA7A 3FD3A 4G8HA 2F7BA 3GXAA 1SYIA 3L6HA 2THIA 5CMMA 2VD2A 2Z8DA 3KEIA 4H5FA 4E0WA 4KYEA 4QFKA 2F7AA 3QXMA 4F31B 5H8FA 4BDMA 4F3SA 4GQOA 2PT2A 1KWHA 3CVGA 1TWYA 3DP4A 4DCXA 1DOTA 1URDA 3FXUA 1P1UA 3VDFA 5FHMA 4BDLA 4PFWA 1JW5A 3OENA 2ZNSA 4UACA 3EPEA 1TFAA 1N7XA 5IKBA 1ZBMA 5FHOA 4JSDA 4FEBA 3RN8A 1M5CA 3OD7A 1EZ9A 1JQFA 4HCYA 2NWJA 2A5TB 2Q89A 4GL8A 2QJEA 3HSTA 2Q2AA 5EHMA 1LAGE 2OBGA 3QYTA 4LONB 2RINA 4QFOA 4Z7EA 5KDTA 1B3FA 4RYAA 1P1OA 1ANFA 2O51A 5H8HB 1B3EA 3K6VA 4OHNA 5TPAA 3SKPA 3O97A 1S7YA 1ZMGA 2QL3A 1JNFA 1S50A 1VE4A 4KFQA 3H03A 2I3VA 4H0WA 4DCYA 2Z22A 3Q25A 3RT6B 1OVBA 1D4NA 3V5AA 1H3DA 4F29A 3OEMA 3EN3A 1SW1A 2ZYMA 1B51A 2OK2A 3OSQA 2WKYA 3IX1A 2M8CA 4C1UA 2ZYOA 3FXRA 3MVXA 1MPCA 2VP1A 1SW5A 2XXYA 4R9FA 3DLNA 4ZEKA 2R71A 2GRVA 1B4HA 2QS3A 5ITPA 1OLCA 1PBPA 5DEXB 2X7PA 2W7YA 1LFGA 5FTHA 3K01A 1MY1A 5I58A 2PX1A 2Q8JA 3U94A 2XXHA 1N76A 1PC3A 1MPDA 1GGGA 3SERA 2YLNA 3O66A 3WAFA 3T9HB 1QKAA 3S9EA 2DE3A 1BTJA 3Q27A 4KYSA 3DELB 1MDP1 4PE5B 3G3JA 3QAXA 3PGFA 4OEUA 1IITA 4EQ7A 4HCWA 1XT8A 3RT8A 3TCHA 4GXSB 4I1DA 3SESA 3GBBA 4H6DA 5J1DA 4QSDA 1Y4CA 2Y7PA 4DXBA 4MH5A 2PMSA 3FVKA 1IXCA 3TAJA 2XXXA 4TOZA 3VXCA 5I2NA 3FJMA 3G3IA 2AL4A 5CMKA 2P1SA 3OEKA 4R6HA 4NF6A 5DT6A 3TTMA 2NVUB 1MDQA 4OTEA 4YB5A 5H8QA 3ZSFA 2QS2A 1DSNA 4C0RA 3C34A 3QK6A 1NNFA 2ALUA 3PMXA 4BDNA 3TCFA 3T9XB 3UGWA 3ZS6A 5AA4B 4Q5TA 1FTOA 4OERA 1A8FA 4BDQA 3IOWA 3TTKA 1MXWA 3M3KA 4MLVA 2O1LA 3TTRA 4LZ8A 4ZDMA 1MXZA 5I56A 3O28A 3IORA 2P0SA 1J1NA 3E3KA 1O7TA 1QULA 1QVSA 4ELOA 2ZNUA 3IOUA 3KBRA 1TFDA 4QFNA 3CG1A 3PD9A 4OEVA 1A40A 1LAXA 4FIMA 3TEPA 1SI0A 3PV0E 4XKRA 2UVGA 2V25A 3IO4A 4JDFA 1H76A 3O6GA 3VVDA 5I84A 1MXYA 3FJ7A 2I3WA 3THIA 1N04A 3KJ7A 2HQ0A 3O2AA 2H5YA 2OWTA 1EH3A 1OLAA 3RGYA 1FQCA 1A99A 4YMBA 1IUDA 3U1OA 3OO6A 5L9MA 4MF3A 2G93A 3PPRA 5JK4A 1FTMA 1QUKA 4PQJA 2RCBA 4RK2A 2UXAA 5TP9A 3FUZA 4G8MA 5F1QA 5L9SA 5I2KA 1H43A 3HPIA 3D4GA 4Q30B 4GIZA 5H8NB 2XHDA 3T96B 3EHSA 4F3GA 5K2XA 1UIUA 1CE2A 5ISUA 5I59B 1N3XA 1XS5A 5DVIA 1LAFE 1MM7A 1ZIUA 4FE8A 4GVOA 2XXUA 3VVFA 4KCDA 4EDPA 3MPLA 4DIGA 4PFYA 3PD8A 2HFBA 1DMBA 4N6PA 1MH3A 5DVFA 3QSLA 1US5A 3LSWA 2AYSA 4WXJA 5EYFA 1Y1MA 3Q26A 1FW0A 2DWAA 1B6HA 4THIA 2DXYA 3B6QA 2H9BA 3K1NA 2F6PA 3VVEA 2V3TA 2E0SA 4NF4B 3CI8A 1B9JA 2REJA 2UVHA 4YB7A 5AA2A 1URGA 1NH8A 4JXIA 2HCAA 3HN0A 3IR1A 1FTKA 1AH5A 1P1WA 4G8NA 3U72A 2H4IA 4P11A 1ZKBA 3VLWA 4FATA 4ZECA 4R73A 3MVZA 1US4A 1Y4TA 5TU0A 2RF1A 3OMBA 2DWHA 2RC9A 4ESXA 2AIXA 4RY1A 3T22A 4OZ9A 3CSBA 1LCTA 1S9TA 3S9LC 1QJMA 4DXCA 2V3QA 4Q0CA 2KLFA 3IOVA 3CSGA 2XX7A 1NNKA 4NWDA 3MP6A 3CRBA 2R9JA 3MP1A 4Z0IA 4X9TA 3SDFA 3UK4A 3LSLA 3K4UA 1B7HA 2ZXTA 5EHSA 4OQOA 5CRYA 2F35A 5DVJA 2Q9TA 5I57B 1RKMA 1UTHB 1N84A 1FQAA 4IY6A 3U93A 4QF9A 2F36A 2QPQA 3UP9A 2PYYA 3CFZA 4ECFA 4LQ2A 4F2QA 2XXTA 2RC8A 4GOTA 3B6TA 1IEJA 4OFJA 1B3LA 3SEYA 1WDNA 2F7CA 1Y9UA 2FYIA 5IAIA 3VE1B 3E9XA 1B05A 2HEUA 1FQBA 3K6UA 3RQTA 3G7WA 2E1SA 1B32A 2OWSA 4RNSA 3PUWE 1NKXA 2V93A 3GBAA 2Y7IA 4MFIA 5CBRA 4WKMA 2I58A 2HAVA 2VD3A 3IB0A 4NF5B 1MRPA 3I5OA 5B7DA 3PUYE 2QMWA 4G2ZA 3AXFA 4U1OA 3G3GA 4YICA 3K6XA 2HAUA 3FVGA 4H1XA 2O7UA 3R6UA 3TUSA 4H65A 3MW0A 3FVNA 2D5WA 1MH4A 1I6AA 3KFMA 3MP8A 4DLDA 1MY2A 3O9PA 3PU5A 1SQYA 4DXUA 2A5TA 2ESNA 4IB2A 4QSCA 1NMUA 3HV1A 3IB2A 4HS7A 2YPNA 3OXNA 1B40A 3FVOA 2O1MA 4F1YA 2DE4A 3IOTA 3M3FA 5H8HA 1ZTYA 1NH7A 4H8IA 2DQVA 3C4MA 2OZZA 3UORA 3CIJA 1B52A 5M2VA 3V89B 1POY1 3MC2A 4RXLA 3RUMA 4H5GA 4GRKA 2H99A 2OCUA 3B6WA 1D9VA 3LC8A 3CFLA 1IXIA 2DP8A 4POWA 5ITOA 2XD3A 5AA2D 3FIRA 3MPKA 4JWXA 4K3FA 4BDRA 3C33A 3TPAA 4ESWA 4YAHX 4ZS9A 3EHTA 3GLBA 2F8DA 2F78A 1EZOA 4KHZE 1FCKA 1Y3NA 1A8EA 1SBPA 4ELRA 1M5EA 3TQLA 4U2RA 3LSXA 2PVUA 3ODBA 4OESA 3SEXA 2A5SA 2ONRA 3RTFB 1AIVA 1B3HA 5DEXA 3S2VA 2RKMA 2DS9A 3KZGA 1ZU0A 3W9WA 4EQ9A 2YJPA 3CFXA 1RYXA 4ND9A 3QIMA 3KN8A 4YMAA 3MQ9A 3LBSA 1DPEA 4KQPA 4F3BA 1MQHA 3IL1B 4L17A 4MLQA 4G4PA 4EQBA 3LR1A 1M5FA 3KG2A 1YCJA 2D3IA 4OWDA 3FJGA 4JSOA 4EXKA 3TMGA 3TFLA 1UTBB 3PUZE 1CB6A 2HXWA 5AE4A 4GL0A 4R2FA 4TLMB 1PB8A 3V8XB 1Y20A 3MZ1A 1XVYA 1LBBA 2DOJA 3L6GA 4QFLA 4OXVA 4YKKA 1R6ZA 4G68C 1M5BA 2D21A 2XXRA 4DDDA 1PB7A 2LAOA 1USYH 4GD5A 4IO3A 4ONYA 3TCGA 2GHBA 4U1ZA 3EF7A 1JW4A 2O69A 3MUQA 2B3BA 3K0VA 1SW2A 3GZGA 2XXVA 4XIGQ 2BJJX 4M1VA 3FATA 1GR2A 2OLBA 4YKIA 5AA4A 2HZLA 4IO6A 1I69A 2X26A 3UN6A 1AL3A 1LBCA 1P99A 4FAJA 4HW8A 2ONSA 4IO4A 3T93B 4F3PA 4XKPA 4JWOA 3H6UA 1SD3A 4EXLA 4JB7A 5B70A 1OQGA 3TODA 1SW4A 4ZZEA 4WEDA 3KSJA 4KI0E 3S4UA 3O6HA 3RPWA 1B1XA 3E4RA 4KCCA 1FTLA 1JETA 3A3UA 3S9MC 1XVXA 3TTLA 1URSA 4YKPA 4N07A 2F6GA 4NF8B 2VHAA 3CR9A 4I62A 5ICQA 1LFIA 4XTCQ 2IEEA 4QSEA 1YAEA 3H4ZA 1ELJA 3HCQA 1DTZA 4KR5A 2X7QA 4KYDA 4U4SA 1AMFA 5H8NA 4FECA 4P0GA 4QRZA 4OFLA 4NMYA 5DYHA 5CC2A 5HBCA 2ANJA 2I4BA 1MXVA 5I59A 2XXIA 2B65A 2REGA 3N94A 1FTJA 2Z8EA 4HTGA 2O6AA 4G68B 2QRYA 1P1QA 3TYHA 5JTYB 3SEUA 1BIYA 2UYEA 4KPTA 3HO7A 5A5XB 3VV5A 1POTA 1SDXA 3TQWA 1GVCA 1QUIA 1RYOA 1PB9A 1B0LA 4NF4A 1R9QA 1GV8A 3H6TA 1FQEA 4FEDA 3N26A 5FTIA 3OO8A 3EQ1A 4OETA 2I4CA 3MVYA 3PUXE 4IO5A 4WEPA 3EHUA 5KCJB 3M8UA 4U4XA 3WAEA 3PMVA 2RCAA 4LATA 2RC7A 4O3AA 3FASA 3KSXA 4IO7A 3JV9A 1SVXB 5KZTA 4AB6A 1N7WA 3KOTA 4OYVA 3LSFB 2Y7RA 2NXOA 4M4GA 2GHAA 3N5LA 3MWBA 2DWJA 1F9BA 4I8CA 4F1VA 2ZYKA 3FV1A 4X1DA 1BP5A 1N3WA 2GFEA 2F97A 2V84A 1UTHA 1DTGA 1R9LA 3VLUA 5H8FB 4NWCA 3VXBA 4LQ5A 1A7LA 4RPOA 1D3KA 4O3BA 1MY3A 1MY0A 2PBWA 4U21A 1D9YA 1MPBA 4U23A 4IO2A 3OO9A 3OOAA 4EF1A 1JVYA 5L8DA 2XXPA 1B7ZA 2ZMBA 4DE8A 2PT1A 4R2BA 1LAHE 4G77A 3F11A 2QMXA 4LUBA 2VGQA 3K00A 1Z7NE 1H45A 4F1UA 1B2HA 3MBPA 4FJPA 2ONKE 3T9UA 1Q35A 4F18A 4TLLB 3TZAA 2I49A 3IB1A 2H25A 5KDTB 1MXXA 2OJTA 3D4CA 3JZJA 2ZNTA 3U8QA 2UVIA 2R6GE 4NF5A 3BFUA 5TPAB 3KOSA 3O6IA 4ELPA 4OMBA 5H8SA 4JBZA 1HSJA 4PFUA 5CMBA 3RTWB 3PPNA 2HZKA 4N13A 5AA3A 4KD5A 3I3VA 3OO7A 4PETA 4R6KA 4QHQA 5LOMA 4U22A 5CI5A 4F22A 4E0XA 1MQDA 4RK9A 4I9DA 1I6QA 3OSRA 3I6VA 3Q29A 2XXQA 4XXUA 4IGTA 4GWOA 1MXUA 1WODA 1EU8A 1PEBA 4F2OA 4YKJA 1LCFA 2ZYNA 3PPQA 4YU0A 1HSEA 3IAZA 5ICTA 4BLAA 2NUVA 5CM6A 1XC1A 1B5IA 4ELQA 1B5HA 1P1NA 5I58B 4AQ4A 3KN7A 4ZE9A 1ATGA 1Y3PA 5F7VA 4R72A 5FHNA 3RY3A 4NE4A 4LVQA 2Z23A 3RNNA 3H7MA 4ZE8A 4Q8RA 5ELVA 4OENA 2XXWA 3PMWA 5BWJA 1MM6A 3BFTA 1YPNA 3UIFA 1BLFA 4RA1A 1B46A 3IO6A 2DSFA 1EZPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O8MA 3KN3A 4R6YA 2Y84A 2KR0A 4MNCA 2QS4A 4R9GA 4FBPA 4ISUA 2F34A 1OVTA 4EF2A 3MAMA 1T0KA 3B7DA 2I0CA 1II5A 2H98A 2VOZA 1FPGA 5I2NB 1BKAA 3PPOA 4LA9A 1VSOA 2F5XA 4NF6B 5EQAA 1IIWA 1FBGA 3UA8A 3SETA 4P0IA 5H8QB 3MZBA 1LB8A 3K2DA 2Y7KA 3T9VA 3VLVA 3E13X 4GX3A 1DCUA 5JEIA 1FQDA 5CBSA 3TDJA 1MQIA 3TKDA 3MVWA 5I7IA 1UTBA 4OVPA 4UA8A 3HHGA 2P2AA 2B3FA 3IFCA 4LP2B 1L5TA 2G29A 1JEUA 1I6BA 4IY5A 4GXAA 4YB6A 3K1PA 1B58A 4GWXA 4NHBA 1YZ0A 1A55A 1B1HA 1TT1A 3PUVE 4H46A 4GX4A 4IGRA 3TTNA 3D1RA 5I56B 4MHFA 3T66A 1LB9A 2DVCA 5AA1A 3OELA 3PPPA 1SYHA 3DP8A 3SEWA 1ZLQA 4X1BA 1QW0A 2UYFA 4XKNA 4PFTA 3SZPA 3C36A 2O84X 2DE2A 2O68A 3C31A 3V83A 4ZEDA 5L9OA 2ABHA 4EUOA 3ONMA 4R74A 2Q2CA 3R26A 1YTVA 4PE3A 2I6EA 4F19A 5BUUA 3K1MA 1OIBA 2Y5LA 1R1NA 4GLIA 4PP0A 1XOCA 1LFHA 2CZLA 4JWYA 4LZ7A 4ZEBA 1OQHA 3ILUB 5HM4B 2Z8FA 3IK6B 5I5PA 3H06B 1SPIA 1INPA 1K9YA 3ILTB 1VR5A 3H6WA 2O7IA 3ZKLA 5TP9B 2UVJA 2BJIA 5I2KB 1H44A 3CG3A 1GTKA 3KJTA 1A54A 2DVZA 1B4ZA 1Y1ZA 3FV2A 3A3CA 2CMOA 1AOVA 1VFDA 4RPNA 3P7IA 1Z7ME 1QUJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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