4ZZEA

Raffinose and panose binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04, bound with panose
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
384
structure length
377
Chain Sequence
QVTLDFFQFKAEAADWFKQAAQEFEKENPDIRININDLRTRFVKDRVPDVITFNGDYSFGTFAASGVFHDFTDDPLVSELNEGMVNIAKNLVQTSDPAKKRLYGLPFAGNASGYIYNKDLFRKVGLDPDNPPQTWDEFIAMLKKFRDAGINPVQATLADAWTTQAPLASLAGTLVPESEYAALKSGDTTFKQIWTEPIEKEIELFKYADSEKGVTYQQGTQNFAKGTAAIIPLGTYAIPQITMVNKDIDLGFAQMPATNDASKQILTAGDDVILTMGANSRHKEQSMRFIRFLMSKKQLENYADAQSAITPLKETYFGNKALEPVRPFFESNRVADFCDHYIPSSINIGGYLQSAIMSGNVNQFIDSMQNEWNKVQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sugar binding protein of ABC transporter system
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis
total genus 134
structure length 377
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zzeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zzeA02
3TELA 3LSWA 1LGBC 4M4GA 2B65A 2ANJA 3KGCA 1T0KA 3DELB 4FEDA 1WVJA 3G3JA 3PMVA 1ELJA 1B7UA 2Z8FA 5JK4A 3GXAA 2ZYKA 5FHMA 3S9LC 4QFNA 2NXOA 1R6ZA 3QAXA 3R7XA 4MF3A 2RC8A 1F9BA 4ZE9A 1LB9A 4ZEKA 3V83A 5EYFA 1ANFA 4G8NA 3IX1A 5FTHA 2HQ0A 2XXWA 4QRZA 1ATGA 1GGGA 3PUWE 2YLNA 4F29A 1TWYA 4G2ZA 2FYIA 2LAOA 2V3UA 1ZKBA 4IB2A 5M2VA 1JETA 3DP4A 4C1UA 1N0TA 3C32A 5AA2D 4BLAA 5H8FA 3MWBA 1B2HA 5I56B 4NWCA 1OQGA 2V84A 4JBZA 1ZTYA 3OO6A 3EF7A 3S9MC 5L9MA 3OSRA 2XXVA 1N7WA 3TTRA 2VGQA 2XX8A 4KPTA 4XKNA 5IKBA 4BDRA 3HV1A 4GLIA 4IO2A 1MS7A 4RJZA 4ZS9A 1TFDA 3KJTA 3IOWA 3FJ7A 4UACA 4F22A 3Q27A 5AA4A 3M8UA 3IJXB 1URDA 3MVZA 2O1MA 2Y7IA 3OMBA 3I6VA 3BKIB 4HTGA 4DXBA 5KCJB 1SDXA 4PETA 4KHZE 1N84A 2RF1A 2HCAA 4QSCA 1OVTA 3MZ1A 3U92A 2M8CA 3RUMA 2AIXA 4PFTA 3KOTA 1MDQA 4ND9A 5CMCA 3MVYA 2ZMBA 1FQCA 4PFYA 3THIA 4NF6A 3FIRA 4C0RA 1A40A 3B6TA 4JXIA 4DCYA 1ZBMA 3IB0A 2O1LA 1WODA 2QS1A 4XIGQ 1US5A 1YTVA 4POWA 5H8SA 2A5SA 2XXYA 1N76A 1Y3PA 3O28A 5HPQA 1MY2A 3FV2A 2D5WA 4FAJA 1UTHB 1SYIA 2DQVA 4NF5A 3SKPA 1BKAA 4U4SA 2O7IA 1PBQA 5FTIA 1VFEA 3FXUA 3SEWA 3R6UA 4ONYA 4PE5B 2HEUA 4QHQA 5DEXB 3CFZA 3H6VA 1MRPA 1IXCA 3MAMA 3PPRA 4YICA 2PBWA 5H8QB 3SEYA 3VLWA 4I62A 1DMBA 3VVDA 3TTNA 2ZNTA 4FECA 1Y9UA 1B7ZA 1SW2A 3RT6B 1LCTA 4OEUA 4RNSA 4DDDA 3IR1A 4TQUQ 3CIJA 1IEJA 1PB8A 4LA9A 3UIFA 2RC7A 3U72A 3DM0A 4LZ8A 3U1OA 3H7MA 3KBRA 5ICTA 5JEIA 4O3AA 1L5TA 3M3LA 4NF4A 4ZEBA 2G93A 2FNCA 2HAVA 3FVGA 3N6UA 2XXUA 4H8JA 3I3VA 4FJPA 3SETA 4DLDA 1Z7ME 4WKMA 4RK9A 4YU0A 4OMBA 1USYE 1QVSA 1YAEA 2QJEA 4YMAA 2D21A 3RT8A 4GIZA 3I5OA 4KCCA 3RTWB 3Q28A 4GXAA 3IO4A 1LB8A 1POY1 4G8HA 2PT1A 3QXMA 4WEDA 4GRKA 1YCJA 4ECFA 4EXLA 3K02A 4G77A 2O6AA 3VXBA 3T22A 1VR5A 4QSDA 2DS9A 3T96B 4G68B 1XC1A 2F7AA 3V5AA 1UQWA 3U8QA 3C31A 4YKIA 3ZS6A 3O6IA 2DOJA 2H5YA 4HCYA 3T9XB 4X48A 5BWJA 3L6GA 1N3WA 4UA8A 3V89B 5KCJA 2F35A 2PVUA 5F1QA 5CMKA 1VFDA 3T93B 2Y7WA 3CVGA 3O29A 3PMWA 4YMBA 1MY0A 3W15C 3FUZA 2NOOA 4QFPA 2ZYMA 1AOVA 2YPNA 3LSXA 4KFQA 1FTJA 2UVGA 2OLBA 1Y1ZA 2VD2A 1NKXA 1QKBA 3TCGA 4GXSB 3WAFA 3IOUA 1I6QA 2F8DA 1POTA 3HPIA 2GRVA 2RCBA 4H67A 3OD7A 2OWSA 3IJOB 3K00A 4ESWA 2DWHA 4F1YA 1FTLA 1UTHA 2DXYA 2ZNUA 3VDFA 5DVIA 3MBPA 2ABHA 4MLQA 1QJMA 3B6WA 1H43A 1GTKA 2AL5A 2PYYA 2HAUA 4F2QA 3IB1A 5I57A 4R6HA 4KYEA 5DEXA 1URSA 4TLMB 4F18A 3FASA 1N7XA 4BDMA 2R6GE 1P1WA 4IO7A 4Z0IA 1ZIUA 4YB7A 3KFMA 5AA4B 3S9NC 4ZE8A 3RGYA 1M5CA 1OLAA 1B52A 4HW8A 1EZ9A 1SW1A 4YB6A 4LVQA 3TQLA 4QFLA 4DXUA 5IAIA 3Q29A 3K6XA 4IO3A 3MW0A 4GVOA 3MPKA 4R9GA 2XX7A 3MPLA 1FW0A 3RLFE 1LSTA 2H98A 4OFLA 3UORA 1P1QA 1XOCA 2Y7RA 5TU0A 4H8IA 5J1DA 2RINA 3SERA 2I4BA 4NF6B 5JTYB 2DE2A 2I3WA 3PD8A 1RYXA 1IZ1A 3UP9A 3RY3A 5CBRA 1B0HA 5EHMA 3MP8A 1NH7A 2QRYA 1N3XA 3HHFA 3E13X 4OFOA 1MH4A 5I2NB 3FJGA 5CI5A 1NNPA 2PX1A 1B51A 3GLBA 1QUKA 4PFUA 1MY1A 3VXCA 4U4XA 3O97A 1XVYA 1H45A 5KZTA 3PMXA 2Q88A 4JWOA 3UK4A 4GL0A 3SEUA 4NF5B 1FCKA 1NFTA 1A7LA 2AYSA 3KG2A 5HM4B 3VVEA 4G68A 1QULA 1JNFA 2UVJA 4THIA 3VLVA 2HZLA 3CSBA 2BJJX 3H6TA 3VVFA 3TPAA 1R1NA 4IO5A 4PP0A 3C9HA 4ZECA 5ITPA 1SYHA 1FQEA 5H8NA 4RPNA 3B7DA 5DT6A 1ZMGA 4U22A 3K6UA 4OQOA 3KJ7A 3TUSA 3CI8A 4YB5A 1A54A 1JEUA 4R74A 1MXXA 3FVNA 5TPAA 2PT2A 1B32A 2HXWA 1MY4A 1DPPA 2Q89A 2F5XA 1B1HA 4JSDA 2DXRA 2F7BA 4ZZAA 1AL3A 1BP5A 4NF4B 2ZNSA 3UA8A 3IAZA 5H8HA 3Q26A 4G4PA 1SQYA 1O64A 2DSFA 2XXQA 3CFXA 3T9UA 3D4GA 3BFUA 2XD3A 3W9VA 3S9EA 3MC2A 1MQHA 1BTJA 3KZGA 1D9VA 4H5GA 3N26A 3TTKA 3O66A 4F3GA 3CSGA 3PPNA 1NMUA 2VP1A 4NTLA 2ZXTA 2XXHA 5L9SA 3A3UA 3K2DA 4NWDA 2Z22A 1NH8A 5CMBA 2I4CA 1SI0A 4AB6A 2IA4A 1LCFA 4NMYA 4OETA 1SW5A 1O7TA 2H25A 3D4CA 2I48A 1FQDA 4DIGA 3USDA 3H06B 3DP6A 1O63A 4LONB 3MVWA 3K1PA 3FVOA 2O51A 3FXQA 5JTYA 3FATA 1A55A 1IUDA 4OVJA 1MG1A 3DLNA 3EHUA 3JZJA 3TCFA 3PUYE 3MP6A 2ALUA 2I0CA 3M3KA 4G68C 3RTFB 3S4UA 5I2NA 4R2FA 3ECRA 1B6HA 1D4NA 3S2VA 2DWAA 1CB6A 4WEPA 3PGFA 1MQIA 4P11A 1JW1A 3KSXA 2ONSA 4FATA 3MZBA 4LQ2A 1FQFA 3K6VA 3FXRA 2XHDA 3C35A 1MPCA 5I57B 4LP2B 3HO7A 3VLUA 1UTBB 4PQJA 3FGSA 4RA1A 2ESNA 1HSLA 1AMFA 3RNNA 2ONKE 3ONMA 4Q8RA 1M5FA 4MFIA 1LBCA 4GFRA 3VE1B 1QKAA 5FHOA 1PB7A 4FORA 2CZLA 2P2AA 4N6PA 4RY1A 1CE2A 3HSTA 2DVZA 4PFWA 4YAHX 2E1SA 5CMMA 4R6YA 3IL1B 1JVXA 1B0LA 3AXFA 1HSJA 1NNTA 4QFOA 2XXTA 1OQHA 2RC9A 4NE4A 1H44A 1Y3QA 3L6HA 3K1NA 4TOZA 3OOAA 4I9DA 4O3CA 5TP9B 4QFKA 2OWTA 4F39A 3U93A 2HFBA 3KSJA 1PC3A 5DVJA 2XXRA 1B40A 5KDTB 3ODBA 1MPDA 5F7VA 2QS3A 3EHTA 3F11A 3EN3A 2Y7KA 4RK2A 3CR9A 3DP8A 1BIYA 3G3GA 2Z8EA 4JSOA 2QMWA 1Q35A 4U1OA 1RYOA 4EXKA 1MQGA 2FA7A 3LC8A 3M3FA 2B3FA 4ESXA 4OEVA 5HBCA 4YKPA 4KCDA 3TTLA 1QUJA 4OXVA 5ICQA 4KI0E 2G29A 3A09A 2P1SA 1MM7A 3K01A 3FJMA 2QS2A 4ZEIA 1HSEA 5I84A 1Y4CA 1MY3A 2XD2A 4HCWA 2UYFA 4H6DA 5H8NB 2H99A 3G3FA 3TQWA 3EHSA 3K1MA 2F36A 4XXUA 4R73A 1FTKA 5TPAB 1II5A 1I6BA 4ZEDA 2P0SA 1FTOA 2DWJA 4IO6A 3EQ1A 3O9PA 4RYAA 2KLFA 3UN6A 1I69A 2GHAA 1M5BA 4U23A 1NL5A 1R9LA 3SEVA 2WKYA 5H8HB 1B5HA 3N6TA 3QYTA 3R26A 3N5LA 1B5JA 3RN8A 1TT1A 3PD9A 1S9TA 3IOVA 3HHGA 3CG3A 4O3BA 4EQBA 2O69A 4P0IA 4XKQA 4X1DA 2Z8DA 2B3BA 4L17A 3UGWA 2Q2AA 1UTBA 2RKMA 4F3BA 4JWYA 1Z7NE 4AB5A 4OERA 3H03A 3OELA 4RXLA 3OO7A 4R75A 3TODA 2I3VA 5I58B 1GR2A 4KYSA 3Q25A 2ZYNA 4GQOA 5L8DA 1FQBA 3C33A 3MUQA 4H0WA 4ZEFA 4NEDA 2X26A 1IXHA 4X1BA 1B46A 1KWHA 5AA3A 4YKJA 4NF8A 3TDJA 2XXIA 2RCAA 1LAHE 2UYEA 4BDOA 5CC2A 4MLVA 1B3LA 2Q2CA 4R6KA 1M5EA 3TKDA 4JB7A 2I0BA 4POXA 4JDFA 5TP9A 3TZAA 2ZYOA 3K0VA 3MJNA 3IK6B 2NVUB 3SESA 1SBPA 4GWOA 1JQFA 5KDTA 1JW5A 1ZU0A 2Q9TA 4F31B 4GOTA 5FHNA 2OZZA 1SD3A 4F3SA 1H76A 3E9XA 3KN3A 1ZJLA 3G7WA 4EUOA 5DVFA 1Q1KA 4F2OA 3LSLA 4OESA 3PUVE 5CM6A 2DVCA 1NNKA 2XXXA 3QK6A 2X7QA 1LFGA 4LZ7A 3H6UA 3TMGA 3C34A 4Q0CA 4GD5A 1OIBA 1S50A 4C1TA 4N13A 3TEPA 1A8EA 5K2XA 2Q8JA 1QW0A 2UVIA 1N04A 4H1XA 2X7PA 5A5XA 1M5DA 4TLLB 3E3KA 3CG1A 1Y3NA 3C4MA 1JEVA 4ELRA 3H3GA 2A5TB 3G3IA 3PUXE 3A3CA 4KD5A 1LBBA 1XS5A 2F78A 1US4A 1AH5A 2XXPA 1GV8A 2VOZA 3SEXA 4HS7A 2AL4A 1MQJA 2OJTA 3MQ9A 1DOTA 1SVXB 2F34A 4OTEA 1QUIA 5ELVA 4ELPA 4Z7EA 4DCXA 3K6WA 2O84X 4AQ4A 4U2RA 1IITA 3P7IA 4U21A 3E4RA 4XTCQ 4YZZA 2V25A 1EZPA 1S7YA 3TTMA 2OBGA 4XKRA 4FE8A 3O6HA 4MH5A 2REGA 3ILUB 2XX9A 3ZKLA 1B9JA 4Q5TA 1XHYA 2NUVA 3FD3A 2GH9A 4H5FA 3RQTA 3K4UA 1A99A 4OZ9A 1P1UA 3KEIA 2ONRA 3IO6A 4XKPA 3KN8A 4G8MA 3OXNA 1IXIA 1MDP1 5I58A 1PB9A 1XT8A 3H4ZA 3GZGA 1B4ZA 1PEBA 1Y1MA 2CMOA 4OENA 5I59B 4ZDMA 4E0WA 3WAEA 3C36A 2O68A 4IGRA 4H65A 2REJA 1OVBA 2PMSA 5AE4A 4LUBA 3QSLA 2H9BA 4ELOA 3U94A 4I1DA 3TCHA 3EPEA 4DZ1A 4F19A 1FQAA 3T9HB 3TYHA 3PPPA 1D9YA 1LAFE 1LLSA 5I2KA 4FEBA 1EZOA 2DWIA 2R71A 3QUFA 1B3EA 5ITOA 5AA1A 2QSXA 1P99A 3ZKKA 4P0GA 2Z23A 3TFLA 3O2AA 3OO8A 1DSNA 3VFJA 3G3HA 3CFLA 4IO4A 3OEKA 1B3FA 1IIWA 4DE8A 5B70A 4QF9A 1RKMA 4F1UA 5ISUA 5LOMA 4KR5A 5AA2B 2F7CA 4IY6A 4QSEA 2THIA 3RPWA 2NWJA 1WDNA 2GHBA 2OCUA 1TFAA 3PPQA 3CRBA 1SW4A 1B7HA 2I58A 2GFEA 4RPOA 3IORA 2A5TA 2QL3A 3FV1A 4GF8A 1SI1A 1MXVA 2H4IA 1OMPA 1EU8A 1BLFA 2VD3A 1NNFA 3PPOA 3ZSFA 4NF8B 4F3PA 1Y4TA 3PUZE 4LZ5A 2F97A 4ZZEA 2IEEA 1DTGA 4LATA 3BBRA 2R9JA 4M1VA 1MXZA 1Y20A 3V8XB 3HN0A 3IOTA 1PDAA 5B7DA 2OK2A 2F6GA 3FVKA 4K3FA 3LBSA 4GL8A 4DXCA 3PU5A 5I56A 3FZVA 4X9TA 1B4HA 4I8CA 4N07A 3QUJA 4MBPA 2UXAA 2QMXA 1LFHA 2W7YA 1H3DA 1UIVA 4WXJA 1LFIA 1MM6A 3OO9A 4EDPA 3BFTA 3VV5A 1XVXA 4EQ7A 2V3TA 4IGTA 4EQ9A 1LAXA 2V93A 4KQPA 5I59A 3GBBA 5A5XB 3PV0E 1MH3A 5BUUA 3N94A 2QPQA 2VHAA 1D3KA 1IXGA 5CRYA 1P1OA 1VSOA 3JV9A 2O7UA 4ISUA 5CBSA 3GBAA 1DTZA 4R2BA 1EH3A 4E0XA 2DE4A 3KOSA 3IB2A 1UIUA 2V3QA 4OHNA 1TXFA 1B5IA 1B58A 4OFJA 2HZKA 1ZLQA 2F6PA 2I49A 3LUYA 3LR1A 1B3GA 1JW4A 2QS4A 3TAJA 1MXWA 5H8FB 5DTBA 4F1VA 1URGA 5DYHA 1B05A 3OEMA 3OENA 3QIMA 3ILTB 2Y7PA 2DP8A 1MPBA 1JVYA 1IQ7A 1MQDA 4BDLA 5AA2A 3MVXA 1B1XA 4JWXA 2E0SA 1P1NA 1PBPA 4LQ5A 4U1ZA 4BDQA 3T66A 1LAGE 4R72A 2YJPA 3JYRA 1FTMA 3MZ9A 1OLCA 4EF2A 5H8QA 4EF1A 5EHSA 4ELQA 1I6AA 2DE3A 2UVHA 4YKKA 4OYVA 3MP1A 5K2YA 3T9VA 4KYDA 2DYXA 3OSQA 4Q30B 1A8FA 1DPEA 1VE4A 3B6QA 5L9OA 4FIMA 4BDNA 1USYH 1AIVA 3SDFA 3O6GA 3HCQA 1GVCA 5I2KB 3LSFB 3W9WA 1B3HA 1MXYA 4OWDA 1R9QA 2I6EA 1J1NA 2Y84A 2D3IA 1YPNA 3KN7A 4IY5A 1MXUA 4R9FA 3G3KA 3H6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ESYA 1NUWA 4I40A 3TELA 3LSWA 1LGBC 4JVIA 4M4GA 2B65A 2ANJA 3KGCA 1T0KA 3DELB 4FEDA 1WVJA 5IZ1A 2VPNA 4N8YA 3G3JA 3PMVA 1ELJA 1B7UA 2Z8FA 5JK4A 3GXAA 2ZYKA 5FHMA 3S9LC 4OVQA 2NXOA 1R6ZA 2B4MA 4QFNA 3QAXA 3R7XA 4MF3A 2RC8A 1F9BA 4ZE9A 4GX4A 1LB9A 4ZEKA 3V83A 1EYIA 4PGPA 5EYFA 1RDYA 1ANFA 4G8NA 3FBPA 4P47A 3IX1A 5FTHA 2HQ0A 4MJOA 2XXWA 4QRZA 1EYKA 1ATGA 1GGGA 3PUWE 2YLNA 4F29A 1TWYA 4G2ZA 2FYIA 2LAOA 2V3UA 1ZKBA 4IB2A 5M2VA 1JETA 3DP4A 4C1UA 1N0TA 3C32A 5AA2D 4N17A 4JVDA 4BLAA 5H8FA 3MWBA 1B2HA 5I56B 4NWCA 3ROJA 1OQGA 2V84A 4P1LA 4JBZA 1FPJA 1ZTYA 3OO6A 3EF7A 3S9MC 5L9MA 3OSRA 2XXVA 1N7WA 3TTRA 2VGQA 3U65A 2XX8A 1FTAA 4KPTA 5EQ9A 4N6DA 4XKNA 5IKBA 2R8TA 4BDRA 3HV1A 1AWBA 4GLIA 4IO2A 1MS7A 4RJZA 3RYDA 4ZS9A 1TFDA 3KJTA 3HFUA 3IOWA 3FJ7A 4UACA 4F22A 3Q27A 5AA4A 3RPLA 3M8UA 3IJXB 3E79A 1URDA 4P8BA 3MVZA 2O1MA 2Y7IA 3OMBA 3I6VA 3BKIB 1FSAA 4MNPA 4HTGA 4DXBA 5KCJB 1SDXA 4PETA 4KHZE 1N84A 2RF1A 2HCAA 4QSCA 1OVTA 3MZ1A 3U92A 4NG7A 4DI3D 4OVPA 2M8CA 3RUMA 2AIXA 4PFTA 3KOTA 1MDQA 4ND9A 5CMCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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