The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
117
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sequence length |
336
|
structure length |
333
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Chain Sequence |
NTLIFNISLDHNADTSIEKFFTVFSKKLSGKLNKKINVNFNIVDDSFTKINNIQANKADFAFVNSQAIASNNWFGYTPLIQTLTTAFKEDLELDYYEDGNLQKKAEKTNLLFLSPPYKEWDDIKQKWTGNRYDFLYEPSKLVSFYRSMILITGSASEITAIKKAWNEKNWNQFMKFGIGHGQTNSASRFELPDLLFRKHFAKNYPGLQNAINSDPDKFAVVRGREIGINKNIKIVFDDANSFSWTQNIKRPFYTPIDPNDRLEILTYSDPLLYDIGIVSNNLSRIYQKAIGEIFIELAQSSEDLYGPSIGYNGYKMINDFEKEVVEIIEKTYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insights into Mycoplasma genitalium metabolism revealed by the structure of MG289, an extracytoplasmic thiamine binding lipoprotein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
High affinity transport system protein p37
|
| molecule tags |
Vib binding protein
|
| source organism |
Mycoplasma genitalium
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| total genus |
117
|
| structure length |
333
|
| sequence length |
336
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-05-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06646 | Mycoplasma_p37 | High affinity transport system protein p37 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MYU A; 3E79 A; 3E78 A; 3EKI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FBF A; 2DS9 A; 2CZL A; 3PUY E; 2UYF A; 4WEP A; 1IMD A; 2GQ1 A; 4DDD A; 3KN7 A; 4ELO A; 3H6V A; 4ECF A; 3TEL A; 1LGB C; 1A7L A; 4YU0 A; 4O3C A; 1VDW A; 4KPT A; 4GF8 A; 5A5X A; 1B7H A; 4F31 B; 1QUI A; 2UVJ A; 1D9Y A; 4FIM A; 1SW2 A; 1Y3P A; 4GIZ A; 1CE2 A; 3OO7 A; 1NL5 A; 1US5 A; 4XFE A; 1MM6 A; 2H98 A; 4R74 A; 1POY 1; 3E13 X; 3LSF B; 4DXB A; 1FQB A; 1B0H A; 5LTC A; 3DEL B; 4N6P A; 4YMB A; 5DTB A; 4PF6 A; 1LBC A; 3PPP A; 1Y1M A; 4F2Q A; 1NH8 A; 5I84 A; 1ZKB A; 2BJJ X; 4H67 A; 4BDQ A; 3K1N A; 3Q29 A; 2QPQ A; 4IGT A; 4UAC A; 2F34 A; 3O9P A; 5DVI A; 4FAJ A; 4NG7 A; 1SW5 A; 4PBH A; 4QFN A; 3RT8 A; 2KR0 A; 2HXR A; 2NUV A; 3OO8 A; 3G3K A; 4KR5 A; 4U22 A; 3M8U A; 3C36 A; 4PF8 A; 2Y7P A; 3DP8 A; 4MF3 A; 3CG1 A; 2F7B A; 1QVS A; 2H9B A; 2HAU A; 1P1W A; 5BUU A; 2QRY A; 3GBA A; 1D9V A; 4PAI A; 4JXI A; 4GWU A; 2A5T B; 5H8S A; 1DK4 A; 4PFI A; 3H6W A; 3MPL A; 1B6H A; 3SET A; 3PPO A; 4GL0 A; 1ZBM A; 2HQ0 A; 3PUW E; 1NUY A; 4YKI A; 5KDT A; 4KI0 E; 3U93 A; 5ET6 A; 1CB6 A; 1FPI A; 1QKA A; 4YB5 A; 3N5L A; 4N15 A; 4I9D A; 4QSD A; 3I6V A; 2ZNT A; 5DEX B; 2YLN A; 1IMB A; 3CSB A; 4IO3 A; 4PFR A; 1JET A; 3IOW A; 3S2V A; 2VT5 A; 4C1U A; 4P9K A; 3G3I A; 3R26 A; 3SEY A; 2DWJ A; 1FBE A; 1UQW A; 3RPL B; 3T9X B; 2HXW A; 2RC8 A; 1LAG E; 3HCQ A; 3MC2 A; 1FJ9 A; 2CEY A; 3IOV A; 1LFI A; 4TLL B; 2Y7I A; 4GRK A; 2Z22 A; 3RQT A; 2XD3 A; 4BDN A; 1USY E; 3U1O A; 1AIV A; 4POX A; 3TAJ A; 3U92 A; 2UXA A; 4TOZ A; 1YZ0 A; 2DOJ A; 2DWI A; 1LAX A; 4FEB A; 1UTB A; 5CBR A; 2ZMB A; 2GHA A; 3H6T A; 3VXC A; 5H8F B; 4N4U A; 4LQ5 A; 3OEK A; 1OQH A; 1NMU A; 2DVZ A; 3ONM A; 2XXX A; 2QS3 A; 2Q2C A; 3S9M C; 3FV2 A; 3MYU A; 4NF0 A; 4X9T A; 2Z8D A; 4YB7 A; 3UK4 A; 2AL5 A; 1GVC A; 1LBX A; 1LBZ A; 4C1T A; 3N94 A; 5K2X A; 2XXP A; 2Q88 A; 1ZJL A; 4NF4 B; 4P11 A; 2O69 A; 4XF5 A; 4F1Y A; 3IAZ A; 1IIT A; 3FVO A; 2ONR A; 4YB6 A; 4JSO A; 1MQJ A; 2UYE A; 4ZE8 A; 3M3L A; 2QVU A; 3ISP A; 1NFT A; 2D5W A; 5DVJ A; 4OFL A; 4ZEC A; 2XWI A; 4P47 A; 2QMX A; 1MM7 A; 2XXU A; 3VDF A; 3LUY A; 1P1N A; 5DW8 A; 4N17 A; 5L9S A; 2O6A A; 3TKD A; 3PPN A; 1FPE A; 4JSD A; 3HHG A; 5I56 B; 3FAT A; 1KZ8 A; 3MWB A; 4RK9 A; 4NQ8 A; 2I4C A; 5IZZ A; 3MUQ A; 4LZ7 A; 4NED A; 3OEM A; 3FIR A; 1EZ9 A; 2ZYM A; 5JTY A; 4NWC A; 4KCC A; 2NXO A; 4O3B A; 3PV0 E; 4IO6 A; 4IGR A; 1AL3 A; 3BIH A; 4I3E A; 3LSX A; 2RCA A; 2AYS A; 2PBW A; 2GFE A; 3WAF A; 3HV1 A; 4NHB A; 1O63 A; 3VLU A; 1YCJ A; 1URG A; 1B58 A; 1SW4 A; 3S4U A; 1LB8 A; 1SBP A; 3TQL A; 5KZT A; 1MRP A; 3MZ1 A; 4NGU A; 4F3G A; 1LCT A; 3PPQ A; 1LBY A; 1FBG A; 2VPN A; 1B05 A; 1VFE A; 3T22 A; 1LLS A; 2O7I A; 4BLA A; 3ROJ A; 3TOD A; 3IO6 A; 4H8J A; 2VHA A; 2Z8E A; 2X7Q A; 4PC9 A; 4H65 A; 2G29 A; 3OSQ A; 3DLN A; 1B0L A; 1XVY A; 1SYI A; 1Z7N E; 4JVI A; 4OVP A; 5KCJ B; 4JWX A; 3MZ9 A; 3TQW A; 1B5I A; 5ET5 A; 4MHF A; 3TYH A; 2DDK A; 3FZV A; 3IOR A; 3KJ7 A; 2XWV A; 1BIY A; 4YIC A; 1RDX A; 4ZDM A; 3UN6 A; 5A5X B; 1A40 A; 2CMO A; 1J1N A; 4ZED A; 2CZK A; 3CG3 A; 3K01 A; 4NE4 A; 1N3X A; 3OXN A; 2V84 A; 1MQH A; 3LBS A; 3RT6 B; 4U21 A; 2KQZ A; 4POW A; 3OMB A; 4QRZ A; 2I58 A; 4TQU Q; 3OEN A; 3B6Q A; 2KLF A; 4FJP A; 1KA0 A; 1H76 A; 1MXW A; 2OWZ A; 2V3U A; 2OJT A; 3RUM A; 1MY2 A; 3HST A; 5B7D A; 4O8M A; 2PX1 A; 1ATG A; 3U65 A; 3O29 A; 3MZB A; 2QS4 A; 2P3N A; 4F18 A; 3FXB A; 4DI3 D; 5HM4 B; 3LR1 A; 1OQG A; 2XXR A; 4NF5 A; 4MCO A; 4PFT A; 3VFJ A; 4GFR A; 1DBZ A; 3JYR A; 4YMA A; 3D4C A; 4PAF A; 1A99 A; 1B4H A; 4YKJ A; 1QJM A; 5FHM A; 1NV1 A; 4DXC A; 5TP9 A; 4EQB A; 5F24 A; 3A09 A; 3TCH A; 1A8E A; 3CRB A; 4BDR A; 1FBD A; 1ANF A; 3MP8 A; 3ZSF A; 3MPK A; 1IXG A; 1BTJ A; 4PE5 B; 4F1V A; 2ZYN A; 1IMF A; 4KFQ A; 1IME A; 2NOO A; 4GWO A; 1NV3 A; 1JEU A; 3L6G A; 4IO5 A; 3T9V A; 5KDT B; 3WAE A; 1T0K A; 3RNN A; 3RYD A; 1USY H; 3BFT A; 1JEV A; 4N81 A; 5EQ7 A; 2DE4 A; 2BJI A; 1LBW A; 5ELV A; 3SDF A; 1P1U A; 4OMB A; 1M5D A; 2O68 A; 1Q9D A; 3N6T A; 2PFY A; 1MXY A; 3OO6 A; 2JJK A; 3CFZ A; 3C4M A; 2E1S A; 1MY1 A; 2B4L A; 2ZXT A; 1UIU A; 1TFD A; 3K6W A; 1H45 A; 1R6Z A; 2P0S A; 3TCF A; 3F11 A; 3RGY A; 3RLF E; 5M2V A; 3OO9 A; 4X48 A; 2ZNS A; 4WXJ A; 4OHN A; 3TTK A; 4RY1 A; 3FAS A; 1A8F A; 1NV7 A; 3Q26 A; 3UP9 A; 4MH5 A; 2DXY A; 4NF6 A; 4GWW A; 3IFA A; 4I40 A; 2CZH A; 1JNF A; 2B3B A; 3O66 A; 3LSW A; 1FQA A; 2RIN A; 1FTA A; 1UTB B; 3S9E A; 4GWX A; 3I3V A; 1MY0 A; 3MP6 A; 2I4B A; 2O1M A; 2I0C A; 3KFM A; 3PUV E; 3TTN A; 4IY6 A; 3K1M A; 3K0V A; 4OVR A; 2QVV A; 3C33 A; 4R75 A; 4XKN A; 1FQF A; 4OYV A; 1NV2 A; 3IR1 A; 3VE1 B; 2I3W A; 1M5B A; 4MLQ A; 1IQ7 A; 5I2N A; 1B1X A; 3SEW A; 2F7A A; 1SDX A; 3FD3 A; 1B40 A; 3ZKL A; 2OBG A; 2O7U A; 5FTI A; 4E0X A; 4R73 A; 1SPI A; 3PTY A; 1Y3Q A; 3AXF A; 4AQ4 A; 2HAV A; 2HZL A; 4GX4 A; 2XX8 A; 4XKR A; 4GXA A; 3C9H A; 4GXS B; 1IEJ A; 4HCW A; 5F7V A; 1VSO A; 1DOT A; 3QK6 A; 4QBA A; 2E0S A; 5K2Y A; 4H45 A; 1ZTY A; 3K4U A; 3VLW A; 1VFD A; 5JTY B; 5BWJ A; 3UA8 A; 1IXC A; 4OER A; 2DE2 A; 2OK2 A; 1YTV A; 4GWS A; 1A54 A; 5I59 A; 4AB5 A; 5FBP A; 1JW4 A; 2V3T A; 1L5T A; 4L17 A; 2XXI A; 2OLB A; 1P1Q A; 2B4M A; 5CMC A; 2YJP A; 3FVG A; 3IK6 B; 5J1D A; 3IJX B; 2XXT A; 4H46 A; 3VXB A; 1GTK A; 1TFA A; 1VR5 A; 3P7I A; 2AIX A; 4U2R A; 5FHN A; 4PP0 A; 4IB2 A; 1FQC A; 5IM2 A; 3QUJ A; 4MBP A; 2XD2 A; 3V89 B; 2Q8M A; 1G0I A; 1KA1 A; 2P1S A; 4KHZ E; 2D3I A; 2MKZ A; 4ESX A; 4G68 C; 1N7X A; 1ZU0 A; 2VD2 A; 2HPG A; 3E9X A; 1FQD A; 3KGC A; 2DP8 A; 4NN3 A; 4PE3 A; 3JV9 A; 4EXL A; 2F5X A; 1LAF E; 3T96 B; 3K2D A; 2G93 A; 1PDA A; 4JWO A; 4K3F A; 1NH7 A; 1HSE A; 4ELR A; 1OLC A; 2HHM A; 3G3F A; 3HHF A; 1DPP A; 2H99 A; 4EXK A; 1MXU A; 1LST A; 1MXX A; 4JWY A; 1B3H A; 1FCK A; 1XT8 A; 3GLB A; 4AB6 A; 1OVB A; 3B8B A; 2F7C A; 4DCY A; 2X26 A; 1IXH A; 1LFH A; 1NV6 A; 5T3J A; 4F39 A; 4NTL A; 1O64 A; 1FPD A; 1ZIU A; 3PU5 A; 3BKI B; 1FTJ A; 4N91 A; 3EQ1 A; 4FBP A; 4N6D A; 4OVS A; 4HE1 A; 2AL4 A; 2UVI A; 3FBP A; 3FJ7 A; 1QKB A; 3HPI A; 2HEU A; 4NF5 B; 2ZYK A; 2QJE A; 4OES A; 4OQO A; 2XXW A; 2HCA A; 2OX3 A; 3N6U A; 3HFU A; 1HSL A; 3KSJ A; 3B6T A; 4QFL A; 3S9N C; 3LUZ A; 1FQE A; 3IO4 A; 1SI0 A; 2ALU A; 5JK4 A; 2FA7 A; 4PFW A; 4XTC Q; 3V83 A; 2XWK A; 5H8H A; 1P1O A; 2ANJ A; 4HS7 A; 1KWH A; 3U8Q A; 4I8C A; 3W9W A; 3DM0 A; 3O6H A; 3Q25 A; 3QMF A; 3PUZ E; 1PBQ A; 1SYH A; 2XXQ A; 1H43 A; 3KG2 A; 4OET A; 2NVU B; 2Y5K A; 4FEC A; 3H3G A; 1R1N A; 1N3W A; 4QHQ A; 4R9F A; 4F1U A; 3FVN A; 4MNC A; 4ND9 A; 5TU0 A; 5CRY A; 4Q30 B; 3MVX A; 1LAH E; 5EHM A; 2I48 A; 3IB1 A; 3W15 C; 3A3U A; 3ILT B; 3JZJ A; 4R2B A; 2M8C A; 4X1B A; 3K00 A; 1PB7 A; 1XVX A; 1JQF A; 4E0W A; 3IOU A; 4KYS A; 1AWB A; 5EHS A; 3VV5 A; 1PB9 A; 4PFY A; 4NF6 B; 3O6G A; 1OMP A; 5J16 A; 3UOR A; 3EKI A; 4RK2 A; 2RC7 A; 4R6K A; 3O28 A; 4OA4 A; 3FVK A; 4LUB A; 1QUK A; 1DTG A; 4LON B; 1DTZ A; 2Y7W A; 4DIG A; 3UIF A; 1H44 A; 2ABH A; 4BDL A; 2ZZW A; 2XX7 A; 2FVZ A; 1FPJ A; 1NI9 A; 4N6K A; 4LA9 A; 4RPN A; 4N8G A; 3KBR A; 2F6P A; 1POT A; 1F9B A; 4GOT A; 4H6D A; 4R6Y A; 4Q0C A; 3GYY A; 5F1Q A; 1Y20 A; 3TDJ A; 1BP5 A; 4U1Z A; 1B32 A; 2Y7R A; 4ZEB A; 4P0G A; 1ZMG A; 3T93 B; 4M4G A; 3BIG A; 2IA4 A; 4P1L A; 5CMM A; 3IFC A; 2RKM A; 4LZ8 A; 4LQ2 A; 5ITO A; 1QUL A; 5HPQ A; 3IB0 A; 1IUD A; 3Q27 A; 4JVC A; 2PYY A; 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