5CMBA

Mnemiopsis leidyi ml032222a iglur lbd r703k mutant glycine complex
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
LIGRHLRLGSVEEQPFMFFATEGCEGNDCWSGMVNDMVVKLSEDLGFTYEYIQPDDRKFGALNKTTNEWNGMIRDLLDDKTDMIAIDLSTNSARKSAIDYSFPFMDAGIKAVVKGEGTTLNQVLELLDQDKYKWGVIGSKHPETLLKTHRDSRYSRLVDEGVELKDLNHAIETLRGGLFVFIDEGPVLAHNLISDCDVFSVGEEFQSFEYAFGLPKDSPYKSLIDSHLLKFREEGFIDILWEKWSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular lock regulates binding of glycine to a primitive NMDA receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Mnemiopsis leidyi
molecule keywords ML032222a iGluR
total genus 78
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmbA02
1N3WA 4LZ8A 1NNFA 4OVJA 4YAHX 5ELVA 1VFEA 3MZBA 1NMUA 3C4MA 2Y7PA 3EF7A 1FTKA 2XHDA 4H65A 1Y3PA 4WXJA 1B5JA 4QSCA 3TCGA 1VR5A 1P1NA 3PGFA 2ESNA 2F78A 4X9TA 5HBCA 5AA2D 3PMXA 2ZNTA 4KYDA 1DTGA 3N6TA 4QHQA 3IO6A 3R26A 3ODBA 3K4UA 2A5TA 3R6UA 1I69A 4ZE8A 3TDJA 1GV8A 1DSNA 1Q1KA 4GRKA 5H8FA 4G68B 1M5BA 3HO7A 1A54A 5JTYB 1P1WA 3KBRA 4ZEIA 3G3FA 4C1UA 4IY6A 3MVWA 3UGWA 1D4NA 4KHZE 2OWTA 2XXTA 4GIZA 2DWHA 3K0VA 2P2AA 1MS7A 1LAHE 2HCAA 2YPNA 3IJOB 3OO7A 2R6GE 3MW0A 4R6HA 3S9NC 4AB5A 3SETA 1JW1A 1TWYA 3H3GA 4ZS9A 2E1SA 4JSOA 1MY2A 1FQDA 1QW0A 3RNNA 2HEUA 2THIA 1OVBA 4O3BA 4ELQA 3TTMA 4ELRA 1Y3NA 4LQ5A 4RK9A 2DWIA 3G3KA 4K3FA 3O2AA 4YZZA 1PBQA 3FVGA 1XVYA 1QUJA 1A8EA 1B3HA 1PB9A 3PPPA 4WEDA 1B51A 5TPAB 1B3LA 1CB6A 2OK2A 5I57B 4BDRA 2DS9A 2QMXA 3DP6A 3H03A 4QFKA 3LBSA 4I1DA 1ANFA 1N04A 2OCUA 4IGTA 5FTIA 1JW5A 2I3VA 1LB8A 1WVJA 2O51A 4RNSA 3M3FA 3O6HA 4DXCA 3M8UA 4XKQA 1PDAA 4YB6A 3FGSA 3O9PA 5I59A 4I8CA 2H25A 5B70A 5TP9A 1NNPA 4QF9A 4ZE9A 3L6GA 3C9HA 1B3EA 4KYEA 1PC3A 1EZOA 4LP2B 1JVXA 3U94A 4NF4B 1KWHA 1US5A 3VFJA 1EH3A 1AMFA 1B4ZA 3I5OA 3JYRA 2B3FA 3G7WA 3C31A 2I6EA 5TU0A 1N0TA 2I0BA 4EXKA 1B0HA 1PB8A 1A40A 3KSJA 4N07A 3SEXA 4FJPA 1BP5A 2D3IA 3EQ1A 5KDTB 1MXWA 5K2YA 1XT8A 2O7UA 1FTOA 1B2HA 3QAXA 5FHNA 2XD2A 5I2KA 2Z22A 4XXUA 3S9LC 3T9VA 5AA4B 4NF5B 4QFNA 1IZ1A 4YU0A 1SBPA 1JVYA 4MBPA 1UTBB 4DDDA 3KEIA 3U72A 2QS1A 3PUZE 1N7XA 3TTKA 4JDFA 4P0GA 4BDOA 1POTA 3FATA 3V5AA 5DVFA 4X1BA 1Z7ME 1NNTA 2W7YA 4OEVA 3LUYA 2G29A 1Y4TA 1URSA 4U1OA 3BKIB 2H4IA 4ELPA 5DT6A 5ITPA 3E4RA 2Z8DA 2F7BA 1LAXA 3T96B 1O7TA 3IJXB 4OWDA 2F36A 5EHMA 1B3GA 3W15C 5CBSA 5L9SA 5ICTA 1B5IA 3FV1A 3LC8A 5L8DA 1ZMGA 4U1ZA 1MRPA 1UTHA 1FQCA 4IO3A 3N26A 1MXUA 1RYXA 1SW4A 4ISUA 2ZYMA 4POWA 4O3CA 3QK6A 1GGGA 2F8DA 1FQFA 4OFOA 4QSEA 3MJNA 4NTLA 1SW2A 3MUQA 1MY1A 4OETA 2DSFA 5H8HA 1LBBA 2VOZA 3MAMA 3LSFB 1VSOA 3OXNA 3IK6B 3RGYA 2DQVA 1JW4A 2X7QA 3CIJA 1M5DA 3FVNA 3S9EA 1ELJA 3D4GA 2Q8JA 3Q29A 5AA2B 3CR9A 1IQ7A 2OWSA 4MF3A 4GL8A 2Q2AA 4NE4A 3FZVA 3HCQA 1MXYA 4LONB 3RN8A 4OFJA 3IOUA 1B3FA 4NF6A 2I48A 2VD2A 3ZS6A 3IOTA 3SESA 3A3UA 1O63A 5ICQA 3SDFA 4WEPA 1MDQA 1Z7NE 2O7IA 4Z7EA 1SQYA 4LUBA 1Y3QA 3UN6A 1WDNA 1MY0A 2F6PA 4OYVA 1MPDA 1HSEA 2DYXA 2X7PA 4FEBA 1IXCA 3T9XB 2Q2CA 3B6TA 1R9LA 3KOTA 4BDLA 4R73A 1IXHA 2XX9A 1P99A 3KG2A 3WAFA 2F7CA 4KCCA 3ONMA 4RY1A 1MXVA 1LAFE 4Q5TA 2LAOA 5H8NA 2ONSA 2H5YA 4HCWA 3QIMA 3DP4A 3SEWA 1QULA 3MVZA 3RTFB 2RC9A 4MH5A 4FORA 3E9XA 2XXVA 1MQDA 1DPEA 5FHMA 3CSBA 4F3BA 4F2QA 4QRZA 2QS4A 4OTEA 1BTJA 4PQJA 3PUXE 2RKMA 2BJJX 4Q0CA 3N6UA 3G3GA 3KJTA 3G3JA 3RPWA 4IGRA 5L9MA 4TLLB 5CMMA 1DPPA 1B6HA 1GTKA 4GXAA 4RXLA 4OXVA 4RK2A 2VGQA 3ILTB 5M2VA 4ELOA 1UIVA 3O66A 1SYHA 2REGA 3P7IA 1H45A 4EXLA 5H8SA 4YMBA 4E0WA 3K1PA 1SD3A 1B1XA 1YPNA 2RC7A 1DMBA 2Y7KA 1OQHA 2O68A 2O84X 1ZU0A 2ZXTA 2P0SA 1D9VA 3F11A 1L5TA 3H6TA 2XX8A 4RYAA 1EZPA 2OJTA 2XXRA 4WKMA 5DEXB 3G3HA 4EQ9A 1B52A 2Y7IA 3PPRA 1NFTA 1B9JA 1QKAA 1Y1ZA 5AA1A 1NNKA 4M4GA 1FQBA 2RC8A 3FVOA 4FEDA 3K6UA 2PX1A 2IEEA 3HV1A 3K6XA 1LAGE 4NEDA 2I58A 3GZGA 1OLAA 1QUKA 1BIYA 2FYIA 2Y7RA 4EF1A 5I2NB 3PD9A 3MC2A 2I49A 4U4SA 2CMOA 4IO7A 1FTMA 4H5GA 4DZ1A 5A5XA 3K2DA 4C0RA 4ZEDA 2F7AA 4RPOA 4OESA 4NF8B 2DE2A 1OVTA 4R75A 3EPEA 3O6IA 3QYTA 4EDPA 4F22A 2QSXA 2I0CA 5EHSA 1NH7A 2X26A 4NWCA 3EN3A 5ITOA 4FIMA 4KYSA 4M1VA 2IA4A 3CFXA 1B32A 2OLBA 3VLUA 1A55A 1N3XA 3IX1A 1FQAA 2H98A 3RT6B 1B7UA 3UP9A 1URDA 3QSLA 2ONRA 3VV5A 1YCJA 4YKPA 3VDFA 4ZEBA 3I6VA 3IO4A 4YMAA 2I4CA 2XXUA 3N94A 3LSWA 2RCAA 1Q35A 3TODA 1NH8A 1SW5A 2A5TB 2Q89A 3PUYE 1P1OA 3TZAA 2O69A 3O97A 3ILUB 1XC1A 3DP8A 5B7DA 5H8FB 1LCTA 5I56A 4KD5A 3VXCA 2O6AA 1SYIA 2UVGA 3MP6A 5ISUA 2RINA 1DOTA 4GOTA 1OMPA 3QUFA 4QFLA 4XTCQ 1D3KA 2UXAA 4LZ5A 1FCKA 3OO9A 4G8MA 4R72A 4KFQA 3TTRA 1MY3A 3H7MA 1OIBA 3EHUA 4H8JA 2DOJA 2XXWA 3Q28A 1EZ9A 2XXXA 2GHAA 4R9GA 3TMGA 3M3KA 1S7YA 3MQ9A 3OMBA 3IB2A 3PV0E 4G4PA 3JV9A 3SEYA 3DLNA 5I58A 2DVZA 1TFDA 1SW1A 3C34A 3FJ7A 3A3CA 2DWAA 3Q26A 3SEVA 3RLFE 1I6AA 3MP8A 1OQGA 5FTHA 1ZJLA 5BUUA 2V3UA 2GH9A 4GWOA 3Q27A 5H8QA 1IEJA 2PBWA 4PETA 4JSDA 2FA7A 1URGA 3KSXA 4N6PA 4GF8A 3VXBA 3ZKLA 2DE4A 1MH3A 1LFGA 3LSXA 2XXYA 3UORA 3N5LA 4H6DA 5DTBA 4ESXA 1GR2A 1SVXB 1A99A 4QFOA 4O3AA 5I59B 1R9QA 4G2ZA 1MQHA 3PU5A 5DVJA 1AL3A 5TP9B 1NKXA 2GHBA 4C1TA 3FXUA 5F1QA 4JWYA 5LOMA 4THIA 4XKNA 4JXIA 4YB7A 4ZECA 1POY1 4PFYA 4KR5A 3Q25A 3VLWA 1AOVA 4YB5A 2PVUA 3O28A 4H0WA 2AIXA 2HAVA 2Q9TA 3VVFA 4R2FA 2HZLA 2NUVA 3MPLA 4NMYA 5I84A 4GQOA 2D5WA 2ZYOA 2GFEA 3MP1A 4MLVA 5KCJA 5I2KB 4R6YA 4RJZA 2F97A 4F2OA 3MPKA 3IR1A 3OO8A 3UIFA 1A7LA 4OMBA 1JNFA 1JEUA 4F1YA 4BDQA 3OSRA 3ZSFA 4X48A 1USYH 1RKMA 3CFLA 4DIGA 3OO6A 3TPAA 4HTGA 1TFAA 2ZYNA 4BDMA 4U2RA 4ZZEA 3B6WA 3KN8A 5AE4A 4FATA 1MG1A 1MXZA 2UVIA 3PUWE 5L9OA 1MM6A 2VHAA 1ATGA 2QPQA 1WODA 4F39A 1QVSA 2GRVA 4R9FA 2HXWA 2DE3A 3KFMA 3KJ7A 2ONKE 3KOSA 3GBAA 1NL5A 2B3BA 3H06B 3PPOA 4FAJA 2CZLA 4G68A 3SEUA 3TTLA 3OENA 3T22A 1ZLQA 5JTYA 1Y4CA 2ALUA 3E3KA 1IIWA 1FW0A 4F18A 1UTHB 3HPIA 4ZEKA 1SI0A 2M8CA 3PMWA 1YAEA 1H3DA 3A09A 3IAZA 1SI1A 4ZDMA 2REJA 5FHOA 1IUDA 2QS3A 3TYHA 3M3LA 3IB0A 2RF1A 5H8HB 1DTZA 1P1QA 1B5HA 4QFPA 1M5EA 4TQUQ 5IAIA 3HHFA 3GXAA 5AA3A 3CFZA 3RUMA 4NWDA 4H1XA 4MFIA 4ND9A 1D9YA 2DXYA 4YKJA 3VE1B 1MDP1 2Y7WA 2V3QA 3FUZA 4JWOA 1YTVA 1MXXA 5TPAA 2VP1A 5I57A 1M5FA 2E0SA 3K00A 3IL1B 4NF6B 2HZKA 3H6WA 1H44A 2Y84A 1S50A 3U1OA 1QJMA 3V8XB 2UVJA 4ESWA 1B7ZA 4JB7A 2DXRA 3KZGA 3HHGA 3CG3A 4MLQA 4I62A 3I3VA 3T93B 4PP0A 3UA8A 3R7XA 3W9WA 3K6WA 4X1DA 3TQWA 2P1SA 3IOWA 3FD3A 4OENA 1QUIA 4H5FA 2QL3A 3DELB 3PUVE 4F3PA 5EYFA 4BDNA 2RCBA 2O1MA 4LQ2A 1FTJA 4PFTA 2B65A 5CBRA 4G8NA 2HFBA 3VLVA 4F29A 1SDXA 4HW8A 3CVGA 1F9BA 4KPTA 4NF4A 1US4A 4U4XA 3H4ZA 3C32A 2AYSA 1B7HA 3K02A 3PD8A 3RT8A 5CI5A 3FV2A 3MZ1A 4ZEFA 1MQJA 3TQLA 2G93A 3RQTA 5H8NB 4R2BA 3K01A 3TCFA 3HSTA 3U92A 2F6GA 2QS2A 5KDTA 2OZZA 2DP8A 4KCDA 3K1NA 3U8QA 1UQWA 1JETA 4OZ9A 3BFTA 1OLCA 4AQ4A 1Y1MA 5AA4A 2QRYA 4NF5A 3DM0A 5CC2A 2O1LA 4Q8RA 1LFIA 4RPNA 3SKPA 3IOVA 2ZYKA 1UTBA 3BBRA 3EHSA 1HSJA 1PBPA 2HQ0A 4Q30B 5F7VA 3GLBA 1FQEA 3C35A 1PEBA 3KGCA 3TKDA 3RY3A 3O6GA 4YKIA 3TTNA 4KI0E 3FXRA 1CE2A 3S2VA 5DYHA 3V89B 1P1UA 1MPCA 2Z8FA 4DCYA 4KQPA 1Y20A 5JK4A 4G8HA 3E13X 2QJEA 4IO2A 3TCHA 4R6KA 2Z23A 2D21A 2R71A 4JBZA 2F5XA 3FIRA 4GXSB 3JZJA 5HPQA 1LLSA 4H67A 1B4HA 3CSGA 4F3SA 3OD7A 4OFLA 2I4BA 3V83A 3U93A 3H6UA 3RTWB 1MPBA 4DXUA 1USYE 4FE8A 4OQOA 3W9VA 4U22A 1IITA 2H9BA 4GD5A 4HS7A 1GVCA 3O29A 3OSQA 4AB6A 2R9JA 1JQFA 3G3IA 1XOCA 4EQ7A 5IKBA 1H76A 4PFUA 1S9TA 3QUJA 4PFWA 4IO4A 2I3WA 4DXBA 4P11A 2NOOA 3T9UA 3HN0A 1R1NA 3AXFA 4N13A 4EUOA 4GLIA 3T9HB 3TUSA 2A5SA 4GFRA 2AL5A 2QMWA 3FJMA 1N7WA 3OOAA 5A5XB 1J1NA 3H6VA 2NVUB 4DE8A 2XD3A 4UACA 4Z0IA 5JEIA 3B6QA 5AA2A 1B1HA 2ZNSA 1B58A 3ECRA 1AIVA 1I6QA 5DVIA 4U23A 5K2XA 2PYYA 2UYFA 1MQGA 3PPNA 3WAEA 1VFDA 2XX7A 2VD3A 3USDA 2Q88A 4LA9A 1A8FA 3PPQA 4DLDA 4G77A 4XIGQ 2V93A 2F35A 4OHNA 3VVEA 1B46A 3UK4A 4IO6A 2PT2A 4FECA 1IXGA 3TELA 1LB9A 2PMSA 5CMBA 4IY5A 3FJGA 4L17A 1XVXA 4BLAA 3MWBA 1B05A 3CG1A 1PB7A 4E0XA 2FNCA 1IXIA 1RYOA 1LGBC 3C36A 3B7DA 2DVCA 4UA8A 1MH4A 1HSLA 2UVHA 1BLFA 1AH5A 3T66A 5I56B 5CM6A 1LFHA 3KN3A 3FXQA 3THIA 3L6HA 5CMCA 2V84A 4LATA 3LSLA 3IB1A 2HAUA 3KN7A 5J1DA 3EHTA 3QXMA 1N76A 5CRYA 1EU8A 3C33A 1MY4A 2V3TA 1Y9UA 3OELA 2YJPA 4R74A 4ZZAA 3K6VA 2ZMBA 4LZ7A 1TT1A 3GBBA 4GVOA 3IORA 2H99A 2ABHA 2ZNUA 4P0IA 4LVQA 1JEVA 3MZ9A 3OEMA 1O64A 4PE5B 1M5CA 4IO5A 1II5A 3FVKA 2UYEA 4RA1A 5CMKA 4HCYA 2XXPA 4IB2A 5I58B 4OERA 1LCFA 4ECFA 4I9DA 4EF2A 4GL0A 1BKAA 1XHYA 4XKRA 5HM4B 3VVDA 1N84A 4G68C 2NWJA 2XXQA 4F1UA 2NXOA 3TFLA 5H8QB 2XXIA 1MM7A 4YICA 4F1VA 2WKYA 3BFUA 3MVYA 4F31B 4POXA 3MVXA 2F34A 1R6ZA 3MBPA 2YLNA 4JWXA 2KLFA 3CI8A 5BWJA 1UIUA 1MQIA 4TOZA 3FASA 2XXHA 3CRBA 1I6BA 3K1MA 1ZTYA 4XKPA 2DWJA 1QKBA 4TLMB 5DEXA 4QSDA 3TAJA 3TEPA 1XS5A 3D4CA 1VE4A 3PMVA 3S4UA 1ZKBA 1LSTA 3OEKA 3LR1A 2V25A 4OEUA 1T0KA 4F19A 2OBGA 4YKKA 1B40A 4DCXA 1B0LA 5I2NA 2Z8EA 2PT1A 1ZIUA 1LBCA 2ANJA 4H8IA 1FTLA 4U21A 5KCJB 3S9MC 4NF8A 2AL4A 3ZKKA 4EQBA 1ZBMA 3SERA 4F3GA 5KZTA 4ONYA 1TXFA 1H43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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