3SERA

Zn-mediated polymer of maltose-binding protein k26h/k30h by synthetic symmetrization
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGHKFEHDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 116
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3serA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3serA01
5KDTB 2Y7WA 3U72A 1US5A 3VLUA 2GHAA 4NF6B 4RPOA 3QYTA 3IAZA 3JYRA 1MDQA 4FATA 1RYOA 4U21A 3HO7A 1IUDA 1VE4A 2V3QA 3TQLA 5H8FB 4BDLA 4KCCA 1FTOA 3FVOA 3TEPA 1POY1 4NWCA 1P99A 1B7UA 2ZYKA 4JSDA 1Q1KA 1FTMA 1DPEA 1VFDA 3MC2A 4O3BA 2OK2A 4GD5A 3DELB 4H5FA 4XKQA 1D9VA 2H4IA 1N7WA 4GVOA 5H8NA 4QFKA 2Y7KA 3KBRA 5I58B 3KOSA 2A5TA 4NTLA 1LCTA 5JK4A 3MZBA 3N94A 2O1LA 5AA2B 1NH8A 3S2VA 4LZ7A 4TLLB 2F6GA 5DVJA 4G4PA 2DXYA 3MWBA 3Q27A 2R9JA 1BKAA 1MXYA 3OENA 1UQWA 4KCDA 3H6UA 2HEUA 3PU5A 1IEJA 3KGCA 1MQJA 1OVBA 1NL5A 2QS4A 2XXIA 1SVXB 2IEEA 4JXIA 4KYSA 4G68C 3V83A 4R9GA 1IXCA 3FVKA 1SW5A 5CBRA 3GXAA 3K4UA 4EF2A 4X1BA 4BDOA 4GWOA 2HAVA 3H3GA 1MQIA 4KYEA 2DS9A 5KDTA 4R6KA 2XHDA 4E0XA 4NF6A 1M5FA 1UTHB 1SW4A 4OYVA 1MY4A 3VXBA 4ZEBA 2VOZA 1O63A 3N5LA 3HSTA 5AE4A 2ONRA 3QAXA 3T9VA 4F29A 3TTNA 5H8FA 2ZNTA 2Q89A 3QUJA 5ISUA 3CSBA 2FA7A 4XTCQ 3DP4A 1GVCA 2QL3A 2NUVA 3FVNA 3WAEA 2DOJA 4ECFA 3KFMA 2HAUA 4OESA 4UA8A 1Y1MA 4Q8RA 1NMUA 4OEUA 4QSCA 4FEDA 5L9OA 3T9XB 1QKBA 1PB7A 4F3GA 4C1UA 1ANFA 2E1SA 1MPDA 4GLIA 4P11A 5I58A 3R26A 1B9JA 2OCUA 3W15C 4R2FA 4EXLA 4TQUQ 1N3XA 4I9DA 4LZ8A 3ZS6A 5LOMA 2M8CA 1B3EA 3PMWA 5KZTA 4ZS9A 4O3CA 4NF5B 5ICQA 4OERA 1RYXA 1MS7A 3D4GA 3O6GA 1B6HA 4ELRA 5DEXB 2ZYNA 5CMKA 1S7YA 2F7CA 4F19A 4Q0CA 4PFTA 4HCYA 3OELA 1M5EA 4O3AA 3U94A 3T9UA 3U92A 4OQOA 5DYHA 3RUMA 3MP6A 1P1QA 1GGGA 2I49A 1SI0A 1N3WA 3GLBA 3O66A 2I0BA 3RLFE 3TQWA 2H98A 1UTHA 4LATA 2Z8FA 3K02A 3O97A 1URDA 2YLNA 1NH7A 3QXMA 2XX7A 3FJGA 4XKPA 1XT8A 4RXLA 1FQCA 1ZBMA 2DYXA 2FYIA 3TZAA 1LGBC 3KZGA 2H5YA 4YB7A 4H65A 4ISUA 4KYDA 1EZ9A 3LSFB 5AA2D 3O6IA 1R9LA 2DXRA 4OTEA 3QSLA 4FE8A 1URSA 2QS2A 2QSXA 4WEDA 4QRZA 2B65A 3E13X 1USYE 2DE3A 4OMBA 3MVXA 1M5BA 4RK9A 2RC7A 3G3IA 1MXUA 3Q29A 3CIJA 4OVJA 1SW1A 4ELPA 3UK4A 1Y3PA 3R7XA 2O1MA 1AL3A 3SDFA 3L6HA 3ZKLA 2R6GE 3SERA 4NF5A 2REJA 5I84A 4R9FA 5DEXA 2QMWA 1IXHA 3G3GA 2YPNA 2V84A 2UXAA 3FV2A 4QFLA 3ILUB 1FW0A 1A99A 4NMYA 2XXHA 2DP8A 3QUFA 1T0KA 1OIBA 2PYYA 4U2RA 3FZVA 3DP6A 1BP5A 1EZPA 2VD3A 4YB5A 4OXVA 3AXFA 3HCQA 2I4BA 1LCFA 3KSJA 3MP1A 3TKDA 4GXAA 1DTGA 5HM4B 3TUSA 2I58A 3OO7A 4OFOA 1IITA 4KR5A 2G93A 3IB2A 4H8JA 2O68A 2XXUA 3O28A 2QMXA 3LSXA 2F34A 4DIGA 4GL8A 1AIVA 3H06B 4OHNA 4F2OA 3T9HB 3IOVA 3VVEA 4G2ZA 4DXBA 4GRKA 3M3KA 3OEMA 4IY6A 2OLBA 3RNNA 3ONMA 1B2HA 4JWYA 1RKMA 2P2AA 3V5AA 2QS3A 1FCKA 4Q30B 4DLDA 1B58A 2PMSA 4POXA 5CC2A 3H6TA 5HPQA 1LBBA 1Y20A 4LP2B 3PPNA 3CFZA 3S4UA 4RA1A 2VP1A 3TTMA 3SKPA 3K6WA 3TELA 1LAHE 2I0CA 3H7MA 1S50A 2XXVA 1FTJA 3UIFA 2B3BA 1Y3QA 4RK2A 2F35A 2QJEA 3MPLA 3PV0E 3CG1A 3CI8A 1NNFA 3T66A 2REGA 2F97A 4QFPA 2HXWA 3SEVA 4BDRA 1Z7NE 3OOAA 3VE1B 1MXZA 4ESWA 1M5DA 1B40A 4R73A 1OMPA 2XXQA 5CMCA 3TPAA 3MQ9A 1A8EA 2ONSA 4LUBA 3MVWA 4MLQA 4JSOA 1H76A 4HTGA 1SYIA 3G3KA 4YB6A 4U1OA 2ZMBA 5I59B 1B3FA 2V25A 5AA4B 3O2AA 1WDNA 3UP9A 5BWJA 3K6UA 2ESNA 2XXTA 3TTLA 3ECRA 4YMAA 3EHSA 4EQ7A 1OQGA 3EQ1A 2Q8JA 2IA4A 4GL0A 1D3KA 2FNCA 2ANJA 4IGTA 2ZYOA 3FIRA 4LQ2A 4PFUA 2X7QA 3G7WA 3KOTA 4H0WA 3U8QA 4YMBA 4G8HA 1B3HA 4G8NA 3IJOB 3ILTB 4EQ9A 2I3VA 4HW8A 3K1MA 2AYSA 5ITPA 3SEXA 1A40A 1NNPA 4DE8A 4X1DA 4GXSB 3UORA 2D21A 4OZ9A 1YAEA 3IR1A 1J1NA 3H03A 2DVCA 3S9NC 4X9TA 2B3FA 4AB5A 1B51A 3BBRA 4TLMB 4FAJA 1ZIUA 4GQOA 3FXUA 3BFUA 2XXRA 3U1OA 4ZZAA 5CI5A 1FQEA 1N04A 3UN6A 1P1OA 5I59A 3FUZA 2DWHA 2OBGA 1LAFE 5AA4A 2LAOA 2WKYA 2Z22A 3Q25A 4NEDA 5DTBA 3IX1A 3OO8A 4YKKA 1JQFA 3TMGA 1GR2A 5AA2A 3TCHA 1ZLQA 2XD2A 4R74A 3M3FA 3A3UA 3MW0A 2O69A 4BLAA 3RPWA 2DWIA 4QSDA 4F1VA 5F7VA 3LR1A 1B4HA 3E9XA 4N6PA 3MBPA 1OLCA 2HFBA 3HV1A 2ONKE 3SEUA 3IK6B 4ZEKA 1POTA 2ALUA 1JW4A 3B7DA 4FORA 2R71A 3F11A 1JW1A 4WKMA 1JVYA 3PUXE 4FEBA 3B6WA 5I57B 4EF1A 2OJTA 2VGQA 4F22A 2ZNUA 3PUWE 3MPKA 1I6BA 1QUKA 1Y9UA 3OEKA 3TDJA 1DOTA 1FQDA 1OVTA 3UA8A 2UVJA 5IKBA 4MFIA 1ZMGA 5EHMA 2Y84A 1LFHA 1I6QA 1BLFA 3G3HA 2UYEA 1B32A 3SEYA 2F7BA 4GFRA 4QFNA 4LQ5A 1D9YA 2AL5A 3TODA 2O51A 5DVFA 3RT8A 3VLVA 1R9QA 2BJJX 3FASA 4U4SA 2ZNSA 2Q9TA 3A3CA 1MRPA 3KG2A 5FHNA 5L9MA 1XC1A 3FJ7A 4MF3A 1ZU0A 4U1ZA 4YZZA 3C32A 4R6YA 3C9HA 2F78A 4IO7A 5FTHA 5ELVA 5DVIA 3DM0A 3KEIA 2HZLA 1Y3NA 4NF4B 3I3VA 4G68B 2KLFA 1MY1A 2CMOA 4XXUA 4DCYA 3KN3A 1LFIA 3ZSFA 1LB9A 1MPCA 2UVGA 5TPAB 1MXVA 3RQTA 2ABHA 4AQ4A 2HQ0A 2I3WA 4LVQA 1FTKA 1CE2A 3R6UA 1D4NA 1H43A 1Y4TA 5H8HB 1OQHA 3N6UA 3MJNA 3BKIB 3PPOA 3DLNA 3KN7A 3PUZE 5H8SA 1H45A 4F2QA 1II5A 4QFOA 5I57A 1XS5A 3U93A 2I6EA 4R2BA 5J1DA 3H6VA 2O84X 4YAHX 5HBCA 1Y1ZA 3KN8A 4F18A 3TAJA 4EUOA 2V93A 1B0LA 1N0TA 3MAMA 2Q2AA 3W9VA 1TFDA 1JNFA 4POWA 4H67A 4F39A 2DWJA 2Y7PA 2QS1A 4IO6A 2AL4A 2OZZA 4I62A 4G77A 4I1DA 3M8UA 4IO4A 2AIXA 4OFJA 5CMMA 1L5TA 4OWDA 1URGA 5I2NB 3VVFA 4H8IA 1MM7A 3CRBA 4UACA 5TU0A 1MQDA 2F7AA 4ZEIA 4H6DA 3OO6A 3USDA 2Q2CA 1AH5A 4ZE9A 2Y7IA 3OXNA 5F1QA 4XIGQ 4KPTA 4EDPA 1XVYA 2DE2A 3ZKKA 2F36A 3TYHA 2XX8A 5KCJB 2DE4A 1VR5A 3MP8A 4U22A 4QSEA 4NF4A 4G68A 2DVZA 4ZEDA 1B7HA 4IO2A 4BDMA 1CB6A 5I56B 2ZXTA 2GFEA 5TPAA 3RT6B 1ATGA 3UGWA 3TTKA 1XHYA 1NFTA 3T96B 1MY3A 5H8HA 2RC8A 1USYH 3THIA 4TOZA 1QVSA 3I5OA 4FJPA 1SW2A 4H1XA 2I48A 1MM6A 3PUVE 4Q5TA 3TCFA 3PPRA 1SQYA 1QULA 2YJPA 3KSXA 1HSLA 1DTZA 3VLWA 4GF8A 4YKJA 1MY2A 4DXCA 2Y7RA 3SETA 1HSEA 1O64A 4KQPA 4F31B 3B6TA 1B0HA 1EZOA 2HCAA 1GTKA 3MVZA 4ELOA 3TFLA 1B5HA 4KD5A 2PX1A 1B3LA 3LSWA 4GOTA 4ELQA 1B05A 3RTFB 3MZ1A 2RKMA 4RYAA 5I2NA 4IB2A 1YPNA 3FD3A 4F3BA 1TT1A 5M2VA 1QW0A 1QUJA 4YU0A 3O9PA 1BIYA 4DXUA 1TXFA 4YKIA 4ZEFA 3QK6A 2F8DA 3VXCA 1B52A 1NKXA 1LAGE 1SD3A 3T22A 4YICA 1MQGA 4Z0IA 4RNSA 3MZ9A 4Z7EA 2RCAA 1MH4A 1GV8A 3K00A 3HPIA 5KCJA 2PVUA 1BTJA 1AMFA 4M1VA 2RINA 4QHQA 3PUYE 5CBSA 4HS7A 3FVGA 1PBQA 2NXOA 3V89B 1JETA 1PEBA 1Z7ME 1VFEA 5K2XA 1LFGA 4LZ5A 3W9WA 3FGSA 5I56A 2HZKA 4NF8B 3IB1A 1WODA 4R75A 3IJXB 3O6HA 5B70A 1S9TA 5IAIA 1B5JA 1MH3A 5CRYA 5JEIA 4EXKA 3LBSA 3IOWA 5DT6A 1NNTA 4DCXA 5AA1A 2D3IA 2XX9A 3RY3A 1LLSA 3Q26A 1PC3A 2PT2A 4IO3A 1XVXA 3CG3A 4U4XA 2XXXA 4M4GA 1IQ7A 3C34A 5A5XB 3G3FA 5ITOA 3LSLA 3BFTA 3VFJA 1PDAA 1ZJLA 3K6XA 1M5CA 1JEUA 3S9EA 3L6GA 1MQHA 3KJTA 3PMVA 1KWHA 1SI1A 2H25A 1IIWA 2F6PA 2PT1A 4OFLA 1YCJA 4ND9A 2XXYA 4JBZA 4XKNA 5ICTA 3C36A 3K0VA 3K1NA 5FHOA 5I2KB 3IOUA 2O7IA 3IOTA 1LB8A 2Z8EA 4AB6A 3PPQA 4ZECA 4ZZEA 2G29A 3K1PA 4PFWA 4F1YA 5B7DA 1QKAA 3GBBA 2E0SA 2OWSA 1B1HA 4N07A 3H6WA 1B7ZA 1YTVA 2RF1A 4NF8A 3PGFA 3JV9A 1DPPA 1NNKA 4MH5A 3EHUA 4FIMA 1LSTA 2X26A 3SESA 4C1TA 2NOOA 1ZKBA 4R72A 1LBCA 1PBPA 3WAFA 3JZJA 5BUUA 3CR9A 4P0IA 5L9SA 4P0GA 1JVXA 4RPNA 3S9LC 1XOCA 4PP0A 2THIA 1F9BA 3CFXA 5A5XA 2UYFA 1H3DA 2X7PA 1JEVA 1MPBA 1HSJA 4DZ1A 4KHZE 3OO9A 5H8QB 1P1WA 2P1SA 1B3GA 2DSFA 3G3JA 3FXRA 2RC9A 5JTYB 4PE5B 1A54A 1PB9A 4JWXA 3M3LA 1B46A 4YKPA 4IY5A 3K01A 4F3SA 3I6VA 3VDFA 4WEPA 4E0WA 4XKRA 3K2DA 5I2KA 3PD8A 2GH9A 4JWOA 1WVJA 2UVIA 2D5WA 5EHSA 3OSRA 3PD9A 4BDQA 4OENA 2A5SA 3LC8A 1JW5A 2UVHA 3MVYA 2Q88A 3C35A 1VSOA 1MY0A 3H4ZA 3N26A 3A09A 1UTBB 3MUQA 5FTIA 4BDNA 4MBPA 3OD7A 1IXGA 2W7YA 2QRYA 1Q35A 3IORA 5EYFA 3V8XB 3VV5A 4K3FA 3FATA 3FV1A 3GZGA 2H99A 3OSQA 3IO6A 2H9BA 1P1NA 2QPQA 1N76A 3TTRA 1IXIA 3P7IA 1A55A 3CSGA 2Z8DA 1MG1A 3C4MA 2ZYMA 4ZDMA 3QIMA 3E4RA 2NWJA 2XXPA 1UIUA 2RCBA 3OMBA 4MLVA 3HHFA 4NWDA 3RN8A 1LAXA 3IL1B 1H44A 1A7LA 4ZE8A 3S9MC 2CZLA 1AOVA 3D4CA 1B5IA 4KFQA 1UIVA 1TFAA 5TP9B 2O6AA 4IGRA 4HCWA 2DQVA 2V3TA 1OLAA 3IO4A 2VD2A 3HHGA 4R6HA 1SBPA 5H8QA 2XD3A 1DMBA 1PB8A 3CVGA 4DDDA 1FQAA 1EH3A 4QF9A 1MXXA 1US4A 3N6TA 1QUIA 3C31A 5AA3A 5JTYA 4EQBA 4LA9A 4GIZA 4PFYA 3PMXA 1Y4CA 1FQBA 4I8CA 2I4CA 4H5GA 1FTLA 4ONYA 3EF7A 1DSNA 1MXWA 2DWAA 1R1NA 3K6VA 5CMBA 1B1XA 1I6AA 5FHMA 3VVDA 4NE4A 4THIA 1TWYA 2P0SA 1EU8A 3SEWA 3E3KA 4LONB 1A8FA 2VHAA 1N7XA 1I69A 3ODBA 1UTBA 2XXWA 1B4ZA 5H8NB 3DP8A 3O29A 4X48A 2A5TB 4IO5A 4JB7A 4OEVA 3PPPA 1FQFA 4FECA 3FJMA 1ZTYA 3CFLA 4WXJA 3IB0A 2NVUB 3HN0A 1MDP1 3KJ7A 4OETA 3B6QA 3EHTA 2F5XA 4L17A 4F1UA 1O7TA 4C0RA 1N84A 1IZ1A 4JDFA 3EN3A 2GRVA 3EPEA 3Q28A 3T93B 4RY1A 3TCGA 2PBWA 1R6ZA 4PETA 3GBAA 1ELJA 2Z23A 4PQJA 1QJMA 5K2YA 4ESXA 3RGYA 4N13A 3C33A 1SYHA 3FXQA 4G8MA 1P1UA 4U23A 5TP9A 4RJZA 2O7UA 5CM6A 1SDXA 4KI0E 3RTWB 4F3PA 5L8DA 2GHBA 2V3UA 2OWTA 3LUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IFCA 1FPFA 2WYKA 4P56A 5KDTB 2Y7WA 2XA5A 1US5A 3U72A 3VLUA 2GHAA 4OVSA 4NF6B 4RPOA 3QYTA 3IAZA 3JYRA 1MDQA 4FATA 1RYOA 4U21A 3HO7A 1IUDA 1VE4A 2V3QA 3TQLA 4XF5A 5H8FB 4NN3A 4BDLA 4KCCA 1FTOA 3FVOA 5EQ9A 3GYYA 1POY1 3TEPA 4NWCA 1NV2A 1P99A 1B7UA 2ZYKA 4JSDA 1Q1KA 1FTMA 1QGXA 1DPEA 1VFDA 3MC2A 4O3BA 2OK2A 4GD5A 3DELB 4H5FA 4XKQA 1D9VA 2H4IA 1N7WA 4GVOA 5H8NA 4QFKA 2Y7KA 3KBRA 5I58B 4PDHA 3KOSA 2A5TA 4NTLA 1LCTA 5JK4A 1FBDA 3MZBA 3N94A 4N15A 2O1LA 5AA2B 1NH8A 5I7IA 3S2VA 4MX6A 4LZ7A 4TLLB 2F6GA 5DVJA 4G4PA 2DXYA 3MWBA 3Q27A 2R9JA 1BKAA 1MXYA 3OENA 1UQWA 4KCDA 3H6UA 2HEUA 3PU5A 1IEJA 3KGCA 4PAFA 1MQJA 1OVBA 3ROJA 1NL5A 1DCUA 2V4CA 2QS4A 2XXIA 1NV7A 2MKZA 1SVXB 2IEEA 4JXIA 4KYSA 5IM2A 4G68C 4HE0A 3V83A 4R9GA 1IXCA 3FVKA 1SW5A 5CBRA 3GXAA 3K4UA 4EF2A 4X1BA 4BDOA 4GWOA 4GBWA 2HAVA 3H3GA 1MQIA 4KYEA 3MYUA 2DS9A 5KDTA 4R6KA 2XHDA 4E0XA 4NF6A 4GX3A 1M5FA 1UTHB 1SW4A 4OYVA 1MY4A 3VXBA 2WBDA 4ZEBA 2VOZA 1O63A 3N5LA 3HSTA 5AE4A 2ONRA 4PAIA 3QAXA 3T9VA 4F29A 1NV4A 3TTNA 1FPGA 5H8FA 2ZNTA 2Q89A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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