1JETA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kak
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
total genus 187
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jetA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jetA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jetA02
3QSLA 4Q30B 3V8XB 1D9VA 3RYAA 2HAUA 5AA2B 4IB2A 4H8IA 2F6PA 1B7UA 3MPLA 4NF5B 3IX1A 1LFGA 1OVTA 4EQ9A 3K6VA 3PUZE 4THIA 3PUVE 1Y3NA 4I62A 3U94A 5K2XA 4LZ7A 1Y9UA 4X48A 3OO9A 2DWAA 5K2YA 1I69A 2XXRA 3QAXA 3H7MA 3O29A 4HTGA 1IEJA 1QULA 3RTWB 3GXAA 5I56B 3UORA 4QHQA 2R6GE 1LAFE 4KR5A 2H5YA 4IGRA 1SI1A 3PV0E 3U93A 3RN8A 3QUFA 3H4ZA 1MXWA 1D4NA 4KD5A 3DELB 1EZ9A 4FEDA 2PX1A 3U92A 2ALUA 4O3BA 2I4BA 3RTFB 1H76A 4OMBA 2HEUA 2I49A 5CMKA 3O6PA 3TYHA 5FHOA 1B5IA 1JW5A 1SDXA 3ZKLA 3VXCA 3TQLA 2F7AA 1OIBA 5CMMA 3FVOA 3PUYE 2WOLA 4BDRA 3K00A 1MG1A 2RC7A 1B40A 3B6TA 4BLAA 1IIWA 1I6AA 4Q0CA 1A40A 4R74A 1EZOA 1QUIA 3DP4A 1JEVA 4G8MA 1NNKA 3LBSA 2H98A 4H1XA 4XIGQ 5JEIA 4PFUA 2Y7IA 5H8FA 4R6YA 1VFDA 1M5BA 4JBZA 5ITPA 1B0HA 4NF6A 2XXWA 1MY0A 1MXZA 1FQFA 4H8JA 1UTHB 4GWOA 3B7DA 4U23A 5ELVA 1EH3A 3ILTB 1OMPA 4IO6A 3CFXA 1YPNA 4GIZA 4OFLA 3FZVA 2H25A 2Z22A 3UP9A 2AIXA 2DP8A 3FV2A 3H6WA 3IB2A 5L9MA 4ECFA 2QMXA 4F18A 1ZJLA 4ISUA 4ZEDA 3M3KA 5I2KB 3JV9A 1IXGA 4G8NA 1HSEA 2HZKA 4OENA 2Y7WA 1LAHE 3FTOA 2H99A 1N7XA 3O9PA 3G3JA 5I57A 3K01A 4EQ7A 4JWYA 3HO7A 4F19A 2VP1A 3CI8A 4RXLA 2BJJX 5FHNA 1UTBA 1M5EA 2X26A 3SETA 4QFLA 4LZ5A 1JETA 3TCHA 2Q2AA 1RYXA 4HCYA 4GOTA 4EXLA 3VLWA 2HAVA 4OETA 1FQAA 3CSGA 1SW4A 4QSDA 4H5GA 4RK2A 1Q35A 1YCJA 2OWSA 3K2DA 2XD3A 3TZAA 1B1XA 4OHNA 1US4A 1QW0A 3CG3A 2REGA 1FTKA 3TEPA 2REJA 3CIJA 1PB9A 1L5TA 3HHGA 2PT1A 4AB5A 2M8CA 4KCCA 4NF8A 2HZLA 4BDNA 5B70A 1B52A 2DWHA 3IOUA 1MQIA 3OXNA 4NF4A 1N0TA 3U8QA 3K6WA 1H44A 1P99A 2XHDA 3PPOA 3T9UA 1M5FA 4G68A 4POWA 1PBQA 5TU0A 1A55A 2VD2A 4F3GA 5HBCA 4DCXA 4RNSA 2F7CA 3T66A 3I3VA 3D4CA 3HV1A 2QL3A 3H6UA 5ITOA 2OK2A 3W9VA 3HCQA 1H43A 5KDTA 5LOMA 1NH8A 3LVUA 4GLIA 3A3CA 3DLNA 4IGTA 1D3KA 1Y4CA 4EF2A 1H45A 4BDLA 1USYE 1MDQA 2RCBA 4G4PA 4OESA 4I1DA 2ANJA 5TP9A 4H5FA 1LBCA 3FJMA 4LA9A 2DWIA 4DXBA 1B9JA 4LONB 1DOTA 3HHFA 3FVGA 3EPEA 4LUBA 3K6UA 5L9OA 2PT2A 1XOCA 4F3SA 2YPNA 3VFJA 4I8CA 5CBRA 3USDA 4FAJA 4L17A 1OLCA 3O2AA 1XC1A 4QFNA 5I58B 4U2RA 4TOZA 1PB7A 1B05A 1LAXA 3CVGA 4F1UA 2IA4A 4XXUA 1IZ1A 4MBPA 5DVIA 1QUJA 3UK4A 3FASA 1GTKA 3CRBA 1B2HA 1FCKA 4BDOA 3Q26A 3R6UA 2ZYKA 1T0KA 4IO3A 3MZ9A 5EHMA 4LP2B 3DRJA 4PP0A 1FQEA 1IITA 2VD3A 5F7VA 1WVJA 3PGFA 3VE1B 4R9GA 1AOVA 1OVBA 3KSJA 1B0LA 1HSJA 4U4XA 2Q8JA 4F2OA 3T9XB 5IAIA 4WXJA 4F39A 3Q29A 1Q1KA 3SEYA 2ZYOA 2UVGA 2I3WA 4QFOA 4BDMA 3VVFA 2HFBA 4KYSA 2THIA 3FJGA 3C35A 4H65A 2NXOA 1B3EA 1MXXA 1PEBA 3TPAA 4PFWA 4IY5A 1UQWA 4KCDA 4ZEBA 4DCYA 3EN3A 3S4UA 4WEDA 4DXUA 1O7TA 4OZ9A 3UN6A 1ATGA 4YICA 4KHZE 2AL4A 1LB9A 3M8UA 5H8QA 3G3GA 5JTYB 1S50A 3SKPA 3KJTA 1B4ZA 2F8DA 2QS3A 2GH9A 5CRYA 1GV8A 1WODA 1CE2A 3CR9A 2V84A 4R6HA 2XXTA 3PD8A 4YKJA 1MH3A 4YKPA 3IJOB 2O1MA 2UYFA 4GXAA 3TCGA 3H6VA 5H8HA 3THIA 1AL3A 1JW1A 4MH5A 3I5OA 3IO6A 4E0WA 2WKYA 3O6HA 3N6UA 1MY4A 3OELA 5H8NB 3KN7A 1MH4A 2Z8DA 3VXBA 3K0VA 1NKXA 3G3IA 4HS7A 3E13X 4OQOA 2W7YA 3QIMA 3SEXA 3SESA 3TTLA 5IKBA 2DQVA 2I0CA 1R9LA 4U21A 1FTMA 1I6BA 3MW0A 3ILUB 3CHGA 1DPEA 4OEVA 3MPKA 3FATA 3N5LA 1SBPA 5TPAA 4R2FA 3M3FA 4AB6A 3S9NC 2Q88A 2QMWA 1GVCA 1FTJA 3BFUA 3PMXA 2DXYA 1LSTA 1DMBA 3O97A 2XXYA 3HN0A 3TTNA 5ICQA 3VLUA 4F22A 1AMFA 4X9TA 4ELOA 3PD9A 3OO6A 4PE5B 3T22A 3KZGA 3K1PA 4KQPA 3OENA 5JK4A 1UTHA 1MRPA 3BBRA 2OJTA 2ZYNA 4RA1A 2ZNTA 3FVKA 4YMAA 3WAFA 3DRFA 3LUYA 2A5TA 3S9LC 4P0GA 1N3XA 1MY2A 3E3KA 5EHSA 1Z7NE 2RCAA 1LCTA 1OQGA 3PUWE 4TQUQ 5AE4A 3RYBA 2ESNA 2I6EA 3KGCA 3LSXA 3EF7A 1DPPA 3GBAA 2XXIA 2ZNUA 4ESWA 3CSBA 3Q27A 1GR2A 3CFZA 2V25A 3RY3A 4ZEFA 1GGGA 1RYOA 3O6IA 3TTRA 1URGA 1US5A 2ZNSA 4GQOA 2P1SA 2F35A 2QS1A 1N84A 1A8FA 2GRVA 3K4UA 1TFDA 1S9TA 2YLNA 4NMYA 5H8FB 1P1QA 4YZZA 2Z23A 3VDFA 4GFRA 4YAHX 4EQBA 2O7UA 4FECA 3JYRA 5DVJA 3FXQA 3TUSA 1XVXA 1TWYA 4GL0A 1LAGE 1XS5A 1XT8A 3S2VA 2AL5A 4DIGA 1VFEA 2Z8EA 5HPQA 5DVFA 5H8SA 3TODA 1B3GA 1EU8A 1R9QA 2VGQA 4ELRA 1FW0A 5F1QA 1BTJA 2I3VA 1VR5A 2V3UA 3IOWA 2HQ0A 3IOVA 5L8DA 1N7WA 1B7ZA 1BIYA 2Q89A 1B51A 1NFTA 2F5XA 2DXRA 3Q28A 3PPNA 1QKBA 3EHUA 4QF9A 3H6TA 2UVHA 3O66A 3T93B 5I59A 3CFLA 4NE4A 4YB5A 2PVUA 1UTBB 1ANFA 1YTVA 1LB8A 3KOTA 1EZPA 4ZZEA 3IR1A 1JEUA 2XXQA 4NTLA 4FATA 3F11A 5I2NA 1JQFA 4KFQA 2I0BA 1TFAA 4ELPA 4UACA 5CMCA 3MP1A 1SW1A 3ODBA 1ELJA 3FUZA 3MZBA 2HXWA 2IEEA 1MQHA 3JZJA 1P1WA 3GBBA 3MVXA 1DTGA 3G7WA 4MFIA 3A3UA 3KN8A 5KCJA 1TXFA 4TLMB 2B65A 2ONSA 3DM0A 3Q25A 4NF4B 5I58A 3B6WA 3PAMA 1N3WA 1P1OA 1NH7A 4PFTA 3H3GA 2PBWA 3O28A 3MP8A 4FE8A 4G68B 1CB6A 1O64A 3TAJA 1Z7ME 3TFLA 3KN3A 5A5XA 3RUMA 1FQCA 4C1TA 2CMOA 1Y1ZA 4RJZA 1J1NA 3K6XA 2LAOA 4G68C 3LSFB 4UA8A 3N94A 3CG1A 1LBBA 5DTBA 4F3BA 2DYXA 3OEKA 2UYEA 2V3TA 4U4SA 4N6PA 2V93A 3S9EA 4GD5A 4C0RA 4JDFA 3MP6A 3OD7A 5KDTB 3IB1A 2D5WA 4LATA 4OEUA 3UGWA 3ZSFA 2B3BA 1UIVA 1POY1 5BWJA 2OCUA 5CC2A 4F1VA 3IOTA 1ZIUA 2QRYA 2DE3A 2Y7RA 4NEDA 2RINA 4GXSB 1B6HA 4KI0E 3R26A 2F34A 3H06B 2XXHA 2E0SA 4KYEA 2I58A 4QRZA 4P0IA 3RGYA 4ZECA 3L6HA 4FORA 2FYIA 5AA4A 2DVZA 2I4CA 4RYAA 1QUKA 3IL1B 5AA1A 1PC3A 2WOPA 4YKIA 4Z7EA 3ZS6A 2DS9A 3TTKA 1FTLA 3VV5A 3IORA 1A99A 2R71A 3ECRA 2XX9A 1MXVA 4R72A 1MY3A 4QSCA 2OWTA 2H4IA 3C4MA 2FNCA 3QK6A 3G3KA 3OO8A 1JW4A 5DEXA 3IO4A 1Y20A 3PPQA 3C9HA 3TCFA 2XD2A 4OFOA 5ISUA 4ZDMA 3OOAA 4PFYA 3OEMA 4DXCA 3GLBA 3QXMA 2XXXA 3V5AA 4ND9A 3MQ9A 2NWJA 1MQDA 2XXUA 4N07A 4JSDA 2WOKA 1NNTA 4YU0A 4FJPA 1SD3A 5AA2A 3FXRA 1BP5A 1B4HA 3IB0A 4NF5A 4NWCA 3PUXE 3M3LA 3RLFE 2F7BA 5L9SA 1USYH 4DE8A 4H0WA 3RQTA 3V89B 3EHSA 4IO7A 2RC8A 2ONKE 1ZTYA 3PPPA 5I56A 3FGSA 4BDQA 3IK6B 4EXKA 1PB8A 3TDJA 1LFHA 3OSRA 2CZLA 4I9DA 3OMBA 1QVSA 3DRIA 4ZE8A 2XX7A 4YMBA 1AH5A 4C1UA 3N6TA 1IUDA 2F78A 3MJNA 3RT8A 5H8QB 1D9YA 1O63A 1SW2A 3O6GA 3D4GA 2O68A 1DSNA 4GF8A 3LC8A 2GFEA 4XKQA 5FHMA 4PQJA 4G8HA 5CM6A 4DDDA 3G3HA 5H8HB 5FTHA 4TLLB 3SERA 1Y1MA 2I48A 1M5CA 2NOOA 4WKMA 1FQBA 1B5JA 3L6GA 4R73A 3PMVA 3LSLA 4R9FA 1B58A 2VHAA 3K1NA 2ONRA 2B3FA 2O51A 4M4GA 2XX8A 1RKMA 2Z8FA 3TTMA 1LGBC 1VSOA 4MLVA 3FVNA 5TPAB 4EF1A 1QKAA 1SYHA 3A09A 1IXHA 5FTIA 2QS2A 3MZ1A 3VVEA 3MVYA 4RY1A 2X7QA 2DOJA 2Y84A 3C32A 3I6VA 1I6QA 2P0SA 3KEIA 3OSQA 2DE2A 1MPCA 2KLFA 5I2KA 3MWBA 4E0XA 4EUOA 4F31B 5KZTA 3MVWA 4JXIA 5I84A 1XVYA 4U1OA 1MDP1 1MS7A 4IY6A 3KOSA 4N13A 1IQ7A 5J1DA 2NVUB 5DYHA 3FJ7A 1FTOA 2AYSA 4R75A 2VOZA 3KBRA 3SEUA 2GHAA 1KWHA 3GZGA 2A5TB 4OERA 3R7XA 1BLFA 2NUVA 1B3FA 1NNFA 1ZMGA 1SI0A 4JWXA 2DWJA 4NF6B 3SEWA 4H67A 4ONYA 2B4LA 1A7LA 2HCAA 3KJ7A 5DT6A 1YAEA 4QSEA 1MQJA 4H6DA 3B6QA 4JSOA 1NNPA 3VLVA 3SDFA 3PU5A 3DRGA 3ONMA 4F3PA 1IXIA 4HCWA 1OQHA 3SEVA 3H03A 1Y3PA 3S9MC 1Y3QA 1TT1A 4ZZAA 2RF1A 3FV1A 2OLBA 1MXYA 2PMSA 2G93A 1VE4A 1B5HA 1A54A 4POXA 1MPBA 2Q9TA 4ZEIA 5I57B 3P7IA 1B1HA 3RT6B 3FIRA 4QFPA 4U22A 3C34A 2X7PA 1JVXA 4IO5A 4HW8A 3MBPA 4IO2A 2D3IA 1B7HA 1NL5A 3N26A 1HSLA 1MM6A 2RC9A 1N76A 3FXUA 1MY1A 4F2QA 5AA2D 4IO4A 5ICTA 1P1UA 3TMGA 4YB7A 1LFIA 4LVQA 2ABHA 2DE4A 2QS4A 1QJMA 2UVJA 5AA3A 4RK9A 1A8EA 3WAEA 2ZMBA 1JNFA 4R2BA 1F9BA 3TELA 4RPNA 1URSA 3E4RA 1R6ZA 4NF8B 5I59B 5M2VA 3C31A 3K02A 4OYVA 2E1SA 3OO7A 4MLQA 3RPWA 3DRHA 1MM7A 4XTCQ 4ZE9A 3BFTA 1B3LA 3TKDA 5I2NB 4GRKA 4P11A 2QPQA 4EDPA 3V83A 3LR1A 1P1NA 4O3CA 3C33A 1MXUA 4O3AA 3T96B 2O7IA 2F97A 4X1BA 1JVYA 3VVDA 3W9WA 4YB6A 3T9VA 2XXVA 3QUJA 2GHBA 2PYYA 4GL8A 5KCJB 4KYDA 1LCFA 2ZYMA 1S7YA 5CI5A 1ZLQA 3UA8A 2O84X 3EHTA 4G77A 4F1YA 4RPOA 1AIVA 5TP9B 1POTA 2XXPA 3QYTA 2OBGA 2H9BA 4JWOA 3E9XA 2Q2CA 1PBPA 1R1NA 1FQDA 2R9JA 2UVIA 2V3QA 2YJPA 1B46A 1ZBMA 4LQ5A 5A5XB 5CMBA 2QJEA 2F36A 4XKPA 4DLDA 3G3FA 1SW5A 3FD3A 1N04A 1DTZA 1SVXB 2P2AA 4ESXA 1LLSA 1Y4TA 4G2ZA 4JB7A 1ZKBA 2QSXA 3KG2A 1B3HA 4AQ4A 4LZ8A 4NWDA 4OVJA 4U1ZA 2ZXTA 3U72A 3T9HB 3ZKKA 4FEBA 1UIUA 2DVCA 1XHYA 2F6GA 2UXAA 2Y7KA 3UIFA 3IAZA 1OLAA 4M1VA 4DZ1A 4PETA 3DRKA 3HSTA 2Y7PA 5JTYA 4OFJA 3BKIB 4OWDA 3K1MA 1MPDA 2D21A 3MC2A 4XKRA 5AA4B 4WEPA 3AXFA 4OXVA 5HM4B 3DP8A 1M5DA 1BKAA 3MUQA 3MVZA 3HPIA 4Q5TA 3W15C 3DP6A 1SQYA 3RNNA 1H3DA 1PDAA 3IJXB 3LSWA 5H8NA 1WDNA 4K3FA 3U1OA 4ZEKA 4YKKA 2FA7A 2B4MA 4QFKA 1IXCA 4KPTA 2RKMA 4FIMA 1NMUA 4MF3A 2O69A 5CBSA 4ZS9A 4Q8RA 4LQ2A 4Z0IA 3TQWA 2O6AA 3PPRA 5DEXB 3MAMA 1SYIA 2G29A 5BUUA 3EQ1A 1URDA 4R6KA 3C36A 4F29A 2DSFA 3PMWA 4XKNA 4X1DA 2OZZA 1MQGA 4GVOA 3KFMA 2A5SA 4OTEA 5EYFA 3KSXA 2O1LA 1B32A 1II5A 1ZU0A 5B7DA 4ELQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QSLA 4Q30B 3V8XB 1D9VA 3RYAA 2CZIA 2HAUA 5AA2B 4IB2A 4H8IA 2F6PA 1B7UA 3MPLA 3A29A 4NF5B 3IX1A 1LFGA 1OVTA 5ET6A 4EQ9A 3K6VA 3PUZE 4THIA 3PUVE 1Y3NA 1FTAA 4I62A 3U94A 5K2XA 4LZ7A 1Y9UA 4X48A 4O7MA 3OO9A 2DWAA 5K2YA 1I69A 2XXRA 1NUXA 3H7MA 1RDXA 3QAXA 1FBFA 3O29A 4HTGA 1IEJA 1QULA 3RTWB 3GXAA 5I56B 3UORA 4QHQA 2R6GE 1LAFE 4KR5A 1YYZA 2H5YA 4IGRA 1SI1A 3PV0E 3U93A 3RN8A 3QUFA 3H4ZA 1MXWA 1D4NA 4KD5A 3DELB 1EZ9A 4FEDA 2PX1A 3U92A 2ALUA 4O3BA 2I4BA 3RTFB 1H76A 4OMBA 2HEUA 2I49A 5CMKA 1FBHA 5IZ1A 3O6PA 5ESYA 3TYHA 5FHOA 1B5IA 1JW5A 1SDXA 3ZKLA 3VXCA 3TQLA 2F7AA 1OIBA 5CMMA 5LDZA 3FVOA 4PFRA 3PUYE 2WOLA 4BDRA 2XWVA 3K00A 4OVQA 1MG1A 4JVIA 1VDWA 2RC7A 1B40A 3B6TA 4BLAA 1IIWA 5DW8A 1I6AA 1LEVA 4Q0CA 1A40A 4R74A 1EZOA 1QUIA 3DP4A 1JEVA 4G8MA 1NNKA 3T1BA 3LBSA 2H98A 4H1XA 4XIGQ 5JEIA 4PFUA 2Y7IA 5H8FA 4R6YA 1VFDA 1M5BA 4JBZA 2F3DA 5ITPA 1B0HA 4NF6A 2XXWA 1MY0A 2CEXA 1LBVA 1MXZA 1FQFA 1NUWA 4H8JA 1UTHB 4GWOA 3B7DA 4U23A 5ELVA 1EH3A 3ILTB 1OMPA 4IO6A 3CFXA 4DI4B 1YPNA 4GIZA 4OFLA 3FZVA 2H25A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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