1IZ1A

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLERSHRGIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
total genus 92
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, P, Q
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1iz1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A02
3WTZA 2V9VA 3RJPA 2XV4S 3W6JB 3O9PA 2PN6A 4EJWA 3VLWA 4YFNF 2DP8A 3QSLA 3COAC 3KN8A 1MS7A 3KSJA 3RT6B 1BP5A 4BAYA 2I48A 4OINF 4IPAA 1HSJA 1SDXA 1MY2A 4IHTA 2J5PA 1Y3PA 1B4AA 1R1UA 3MAMA 1S29A 1Y9UA 1HQCA 5F6FA 1H44A 5KCJA 1U6GA 4M72A 2IA0A 5HDKA 3IL2A 1LQ1A 4GL8A 1LDJA 5EHMA 2PLYA 3I59B 4H5FA 2O68A 1B6AA 1D4NA 1IF1A 1S7OA 1ZHFA 1B52A 3SFZA 4LLLA 2F7BA 1WVJA 3CO7C 1K7AA 1JQFA 2WTEA 3BZ6A 1WSUA 2ZMBA 5CRYA 2P7VB 3MQ0A 3IC7A 3G3HA 4JSOA 4UXNA 3KBRA 1Y4CA 4WEDA 1HSLA 4ESXA 1POY1 2PMHA 4I0BA 1ZRFA 5LGNA 2KIFA 5FHMA 3U72A 2K4BA 5CMKA 4A2UA 2Q89A 2NVUB 2HDCA 3F6OA 3THIA 2XX7A 1ONVA 2UVJA 1BLFA 2UVGA 4EF1A 3TUSA 4ON0A 1J59A 4PGGA 4IO6A 1ZG1A 4RXLA 3GBBA 2WC2A 4ZYHA 4OMBA 2W84A 5FLXK 3DPTA 3Q9VA 1DPUA 1PB8A 2PVUA 2HWVA 4ESJA 3VXBA 3N6TA 4IF4A 3TTMA 3ZMVA 2F35A 3GBAA 1JHHA 3EN3A 4X1DA 4XLNF 2XXRA 3FVKA 3OO8A 1LFIA 2H6CA 2UWMA 4FAJA 4U0WA 5I2NA 3KZGA 3O6GA 1N3WA 3CR9A 4KCCA 2HR3A 3CSBA 4XRFA 1MGTA 5A5XA 2XRNA 1T0FA 4HX4A 1FNNA 2XXPA 1OYIA 3A3CA 3UA8A 2QMWA 4HX8A 4A12A 4LQ2A 1W5TA 3KCCA 4GQOA 3E6CC 4H0EA 2HOEA 5HLGA 3WE2A 4HQMA 3W15C 3CG3A 3PQKA 5K5QA 2ABHA 5HPQA 3T66A 5E1WA 2DPUA 2HAVA 4GXSB 1FSHA 3HCQA 4E0XA 4ETSA 4ESBA 3CI8A 5TU0A 3BJAA 3JTHA 3AXFA 3I0TA 4ZYGA 3WTTC 3FMRA 2YX7A 2OZZA 3N5LA 3PUXE 3K6XA 4CXFA 1GR2A 4WCGA 2M8CA 4NE4A 1PP7U 4M1VA 2Y0MA 5D5WB 2DTRA 2H25A 4F19A 3T1BA 4DXCA 1YQAA 3KP3A 3SETA 3NQOA 4Q5SF 2UXAA 4RGXA 3SXYA 4RB1A 1PBQA 4B09A 1P4WA 2QVOA 4MGRA 5I59A 1LFHA 5DT6A 4OFJA 1TTYA 2GHAA 2UYEA 2Q8JA 4QFPA 1WRJA 4TV7A 1KU2A 5E20A 4YIFA 3EUHA 4IRHA 3DFGA 5ERIA 4M6YA 3K0LA 5LHGA 3HRMA 1N04A 1J0RA 1PEBA 1YW8A 3IHUA 1F4KA 4H8IA 2RVCA 2A69F 5HVQC 2ZKZA 2D45A 3O2AA 3K9TA 5E17F 1B7HA 5J6XA 2O7UA 3HSTA 3PMWA 4U2RA 3RPUA 3EQLF 1NMUA 2REJA 2FSWA 1B05A 4Z0IA 1DSNA 3IO6A 5CC2A 3FMQA 1QBJA 4YMBA 4EVIA 1TQIA 1QUIA 1L0OC 3H92A 3ZMDA 2EK5A 3WODF 3HOSA 3S2VA 4EV0A 3LSLA 3VV5A 4BDNA 2I4BA 2YX4A 3ZMTA 5I56B 3PGFA 4C0RA 2XIGA 2P4WA 2ZYNA 1IRFA 2M1BA 2VE8A 1B3HA 2UVHA 2FA5A 2X26A 4A0ZA 3V8XB 4LP2B 5I58B 2NOOA 1F9NA 1SQYA 3ABUA 1H3DA 5H8FB 1MH3A 2CW0F 1USTA 3L6HA 1KU9A 5EEGA 3ZPLA 4WXJA 3Q9SA 3CUOA 3HSFA 4ESWA 3VE1B 2VC0A 1B46A 4LVQA 2HYGD 3FXQA 2AYSA 1ZYRF 3R60A 4ELOA 3S9EA 2FE3A 4Y15A 5AE4A 2DK5A 1I5ZA 5IT9Z 2H94A 4P96A 3FGSA 1UIVA 3OOPA 4KIBA 5ICQA 5LOMA 2GH9A 3FV2A 4FEDA 3EHTA 3QU3A 2HXWA 1LNWA 1B51A 3J81K 2K4JA 4L9VA 5ISUA 2AXLA 4MEXF 3N94A 1SVXB 3T9HB 4QF9A 5FLXZ 3H03A 1XOCA 1OQHA 3GLBA 1Z6TA 4HDUA 4ISUA 4JWOA 4LZ8A 4U0VA 1O3SA 1YLFA 4HF0A 1UTHA 1XSDA 3H6TA 1B6HA 4L18B 1Y1MA 1ZIUA 1LJ9A 2QSXA 1ZKBA 3H3GA 3RLFE 2ZMEA 3L9FA 3C36A 4EQ9A 1I27A 1SD5A 4HBLA 5FFZA 4DZ1A 4LB6B 4GFRA 2WKYA 2DQRA 3H4ZA 2MH9A 2XXWA 1MQJA 3T9UA 2DU9A 2FA7A 3RT8A 1DPPA 4NEDA 2MLGA 1V4RA 2NUVA 4C1UA 5FHNA 2RV8A 4HW0A 5ICGA 5AA4B 1XC1A 1MXZA 4RGRA 1H76A 1SAXA 3WTUC 2YLNA 3MVWA 4EJTA 3AAFA 3JZJA 4H5GA 1XCBA 4M9XA 2J5OA 1DTZA 4Q5TA 5H8QB 1AWCA 1TWYA 3FVNA 2QQAA 3WGGA 1AMFA 1B5HA 4QFNA 3VDFA 1B32A 1D3KA 4QSCA 1Z91A 3DP6A 3F72A 1H45A 2Z5UA 5ELVA 4F18A 4UUVA 1USSA 2RC9A 2LF8A 1TW3A 4MFIA 2NXOA 4XBFA 2VBWA 1UCRA 3MAJA 2O7IA 2A07F 5JTYB 1W7PD 2JSCA 4E0WA 1XGSA 3T9XB 1HW5A 3BFTA 4LONB 5D5UB 3V89B 4HV6A 3I71A 3K4UA 4G68C 1FTKA 1K6OA 1B7ZA 1P1NA 1AOVA 4BDRA 2OJTA 3SERA 3QK6A 1HBXG 2O1MA 2F6GA 2LNBA 3LA2A 1VTNC 1D9VA 1SW2A 5D4RA 2DT5A 4O3BA 5LRRA 4BHCA 3K0VA 3V7CA 3VODA 3IB1A 4XKPA 3C1DA 1B3FA 4F7ZA 4ONYA 1X3UA 5AA2B 1BI2A 1FYLA 1DPEA 4I01A 5FFXA 2F5EA 4RB3C 3PUYE 3ZQ7A 4MF3A 4IB2A 4P0IA 1B3LA 5I57B 2MC3A 2XXUA 5FB2A 1B3EA 3EDPA 4ZEKA 4L9NA 3V8LA 4EM0B 5JHUA 4K2EA 2P8TA 3KEOA 3SDFA 2XASA 3GXAA 2O1LA 4OESA 2XROA 1OVBA 2P5VA 4UV9A 3H06B 2Y75A 3N4MA 2PT2A 5L3GA 4TQUQ 1B1BA 3Q27A 3SEYA 3S4UA 2QS1A 3U8QA 2IA2A 2GXBA 4R9GA 1QZYA 2QS2A 2H98A 2R9JA 1A8EA 1SD6A 2GWRA 1PBPA 1STZA 1ANFA 2BEOA 1S8NA 4ENNA 4FT8A 2OZUA 2G93A 4DXBA 4R72A 4ENMA 4OFOA 1B5IA 3IR1A 2A6HF 1B58A 3KP7A 1U78A 1A55A 2OK2A 3KG2A 1MPCA 3LQRA 3BKIB 3HV1A 4XIGQ 2P2AA 1FLIA 3N26A 5FTHA 3P9KA 3R4KA 2ZYKA 5ICFA 1TQMA 5DEQA 4JWXA 1T6SA 2X4HA 1DDNA 3QOPA 2ESHA 1NKXA 4G8NA 1XDSA 1I6XA 3OV8A 2RC8A 5L9MA 5CMMA 1ZU0A 4PP0A 4F3GA 4ND9A 3VVDA 1I6QA 4G8XA 4O6JA 2XXTA 3JV9A 5K5RA 3I54A 3FVGA 1LAHE 2O69A 3F23A 1JVXA 1RUNA 3M9AA 4RJZA 1MXYA 4NF5A 4RGSA 2X7PA 1I6AA 3B6WA 5D8LB 1ZG3A 2RDPA 2XXQA 4ECFA 1D5VA 4PDKA 3OSQA 3SEUA 3TOAA 1A99A 3IOVA 5H20A 2HQ0A 3RTWB 3K00A 4M6XA 5HBCA 5J8FA 4M9SA 3K1NA 2XVCA 3K6VA 2DVCA 3EYYA 1NNFA 3P7IA 3E13X 4U1ZA 4UHTA 1QO0D 2Y48A 2BV6A 4G2ZA 2D1HA 2HYFA 4FE8A 3S9LC 3FV1A 1XSVA 2O8XA 2EB7A 2D21A 1ZRDA 3B7DA 2NAZA 2QL3A 3O3KA 3KJTA 4RAZA 4TOZA 3FWEA 4L9JA 1R7JA 4HLYA 1DMBA 1XGOA 4CO8A 2ACJA 2GA2A 5BPDA 2ZYMA 2ONRA 2F7CA 4E70A 1XVXA 4H8JA 4OETA 1CF7B 3MQ9A 2LAOA 2Q9TA 3IK6B 4YFXF 4G4PA 3GFLA 4IXAA 2FYIA 1ZGAA 3O29A 1B3GA 4BXUA 3KJ7A 2ZNSA 1RZ4A 5ILVA 1FC3A 2JT1A 1FY7A 1P2FA 1IEJA 2B3BA 2E1CA 1I69A 4GYIA 1MD0A 2I4CA 4F3PA 4I7HA 4JXIA 3GZ6A 2EWNA 3REOA 5ED4A 3ELKA 1J9IA 3DPLC 1YS7A 3I58A 2P0SA 5J8CA 4I98B 1Z1DA 5E1ZB 1FT9A 1MXXA 2IJLA 1JVYA 1R6ZA 4LZ5A 2Z3YA 4KNYA 1CE2A 1Y3QA 1NNKA 2DYXA 3T0YA 3OELA 3G3IA 4IO4A 4LK1F 3IB0A 5H8NA 1KU3A 2Q8KA 3OENA 1W4MA 3I53A 4BDOA 4BDLA 2DE3A 2DPDA 2EA2A 3MEXA 2HAUA 2Q2CA 4A5MA 5CYVA 2ONKE 1TFDA 1U5TB 3E5XA 1IAWA 2RKMA 5CVUA 2HQNA 3M8UA 5JVTA 1B1HA 4ZEFA 3WTSC 4EQBA 3M8EA 3GW2A 4ZYDA 2G7UA 2H9BA 5H6RA 1ZARA 2RINA 1U2WA 2QENA 5D6FA 2VGQA 1K78B 3WE3A 2D5WA 3K6WA 1FBSA 1QKBA 4ZECA 2CMOA 1R00A 2Z99A 1BIAA 3FUZA 4GRKA 1YCJA 5D5XB 2Z8EA 2P7CB 4EMSA 4IO7A 2IEEA 3HTUA 4RB2C 2ZCWA 1M5CA 3PPNA 4R6KA 4U22A 1ZREA 3KGCA 3LQQA 3RUMA 4R2FA 3GO5A 4HCWA 1FQCA 4FX4A 2JRTA 3TQNA 1VE4A 1EU8A 1YG2A 3QPHA 1IXCA 1FQAA 4WK8F 2HEUA 1MRPA 1LBBA 3ECOA 4LG0B 3M3KA 2CO5A 3WTVC 4NF4B 2OBGA 2MA3A 2FBHA 1ZRCA 1MXVA 4F29A 1GXQA 1Q1HA 4WXDA 2ISZA 2DVZA 3HPIA 4KN4X 1ON1A 1HXDA 2IRFG 3KFMA 1LGBC 1SYHA 1RKMA 2QZ8A 1IN8A 4LZ7A 3BFUA 4N9HA 1IXSB 4ZEIA 2YU3A 3IORA 2VD3A 4UVCA 4CGZA 2OCUA 1FOKA 1U8RA 4R73A 5DUKA 4NF6B 5KK1A 2O51A 1R23A 5LGUA 1MDQA 3QP5A 3UN6A 1MQIA 5CMCA 2HQRA 3CRBA 2EJRA 2V6CA 1GXPA 1Y20A 1FSEA 3KEIA 3TYHA 3ROUA 3MZ1A 1QZZA 2RC7A 1R1NA 4GL0A 4U23A 4EM2A 3I4PA 2XAQA 3Q28A 1KQ9A 4OEVA 4HQEA 3E9XA 4MTDA 4RAYA 2FU4A 1O3QA 1LCTA 4LMYA 4R8HA 1US5A 2F7AA 4O3MA 5EHSA 2XAJA 1FTJA 3PPOA 1BI0A 1D8KA 3I59A 5D4SA 4BH9A 1I1SA 3WGIA 2CSOA 3E6DA 3ZP5A 3C32A 3U92A 1MDMB 1Z7ME 3C34A 2I3WA 1PP8F 3PUWE 1USYE 4H0WA 1Y3NA 2F34A 4JB7A 1IZ1A 4AIHA 4JWYA 4OOIA 2DXYA 3LSXA 6PAXA 3TO6A 3RTFB 5K2YA 2FF4A 1ZN2A 3LA3A 4KQPA 2WWYA 1HSEA 4OWDA 4PFWA 3VOEA 2VD2A 3CFZA 2LDUA 4CHUA 2FNAA 3B6TA 1GVJA 3G73A 5E8IA 1BI3A 5E18F 2G29A 2EV6A 2QUFA 1MXUA 3VVFA 4QFOA 1R58A 3CJNA 4IRGA 1NFTA 2MH2A 5CM6A 4F1UA 3JAMK 5LHIA 3TTLA 1WI9A 2ESNA 5IAIA 2VBYA 3BPVA 5BS6A 3IKTA 2DWIA 1K79A 4YKKA 4PZJA 2R3SA 1JNFA 4YAHX 4JQFA 2BGCA 4KFCA 2STWA 3CDHA 3MJNA 1B5JA 3MW0A 5TP9B 2LSOA 1M5FA 1AH5A 2PX1A 3E6BA 3D4CA 2Q0OA 2DI3A 1TNSA 4ZZEA 3S9MC 2NRAC 3MZ9A 5L8DA 4KT5C 3TTKA 2QRYA 1KYWA 3F6VA 5ICCA 2DE4A 2OAZA 2I49A 1A04A 2KLFA 5ICTA 2LKPA 3VEPA 4EQ7A 4NMYA 1SMYF 5FTIA 1Y1ZA 2ZXTA 5HS7A 3QPTA 3BJ6A 1TXFA 2EFWA 3M3FA 4U21A 3RTRA 3GX4X 2O3FA 1SW5A 3F22A 2RF1A 3HRUA 3PD9A 2H99A 4IO5A 3FIRA 5F7VA 5H8HB 3GXOA 4A0XA 1MJAA 4KA4A 3TTNA 1OKRA 4U7BA 3ZN1A 1ZLJA 4IGRA 3G3ZA 1XT8A 3BWGA 2QM3A 3G3GA 3O6BB 3RDIA 3ECRA 4GD5A 2A5SA 3F8BA 2XXYA 4H1XA 4KN7X 3OOAA 3MZHA 5AA2D 3MP8A 1XSXA 2F97A 4OENA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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