1DMBA

Refined 1.8 angstroms structure reveals the mechanism of binding of a cyclic sugar, beta-cyclodextrin, to the maltodextrin binding protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
publication title Refined 1.8-A structure reveals the mode of binding of beta-cyclodextrin to the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar transport
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA01
2DXRA 4BDQA 2ZYMA 5HBCA 3H06B 3MPLA 3G7WA 1B1HA 4EDPA 4NF8A 1LAGE 2O69A 4OETA 1XT8A 2PMSA 2D5WA 2HQ0A 3K02A 4G68B 3KG2A 4H5FA 1O7TA 3OSQA 2UYEA 3Q25A 4Z7EA 3HV1A 1MS7A 1NNFA 4EQ7A 3CIJA 4FATA 2ESNA 3ILUB 2PX1A 4QSCA 3PUWE 4TLLB 3T96B 4GXAA 2QJEA 4YAHX 2F97A 4FEDA 3SEVA 1SYHA 4P11A 1CB6A 4G8MA 4QFLA 1BKAA 4N13A 3G3HA 3O6HA 5I58A 3TQLA 4H6DA 2ZYKA 1QUJA 3MVWA 4L17A 1A54A 2RINA 4R72A 2GHBA 2RKMA 3LSXA 4GWOA 3PV0E 5I57A 3O2AA 2OBGA 2YPNA 1QKAA 1JQFA 3Q28A 3CVGA 4F29A 2I4BA 1B51A 4P0IA 1AIVA 3LR1A 4FE8A 4E0WA 4NWDA 4AB6A 4IGTA 4PFUA 1XC1A 5AA1A 1DTGA 5ICQA 3FJMA 4JSDA 2FNCA 2NWJA 1HSEA 2UYFA 1A8EA 1TFDA 5H8QB 3MWBA 2OK2A 1MH4A 1P1QA 3MVXA 4N07A 3T66A 2R9JA 1TFAA 2V93A 4WXJA 4PETA 5LOMA 3TUSA 5ICTA 4F39A 3GXAA 3TCHA 3PPNA 5A5XA 2DS9A 4P0GA 4HW8A 1N3WA 1MQJA 2QMXA 2XXIA 1MPDA 4YMBA 4EXKA 3KSJA 5CBRA 1PB8A 3M8UA 4F2OA 1ZLQA 2ABHA 1R9LA 3LBSA 2XXWA 1P1NA 1URSA 3SEWA 2O1LA 3SETA 3U93A 1Q1KA 3IO4A 1RYXA 1A99A 3TQWA 1MQGA 3TYHA 3I5OA 1JVXA 5AE4A 1AL3A 3CFZA 4OWDA 2AL4A 3QUFA 3MQ9A 1VFEA 3TMGA 3T22A 4DCYA 2I0BA 4NF6B 3MZ1A 4JWYA 3DP8A 4LONB 2DWAA 4U21A 3FV1A 5I2KB 4LA9A 3S9MC 3K1MA 1AH5A 1TXFA 3DELB 3S9LC 1DMBA 1A7LA 3RGYA 1GGGA 1Y4TA 4G8NA 2F6PA 3MP8A 3PU5A 2YJPA 1GTKA 3IO6A 2VD2A 1P1UA 4KI0E 2B65A 4GLIA 3KJTA 4NF8B 4BDLA 1KWHA 2V3QA 4PFYA 2ONRA 4DIGA 3H7MA 2HXWA 4I1DA 2QS2A 1N0TA 3DLNA 3RLFE 3B7DA 1UTHA 1YTVA 4LQ2A 3UK4A 3FJ7A 2AL5A 1POY1 2PT2A 4KQPA 3R6UA 3KZGA 1N3XA 3IL1B 1HSLA 4U4XA 3DP4A 2F34A 4ZE8A 4ISUA 1OQHA 1IQ7A 1N76A 5ELVA 1MY3A 4H8JA 4GRKA 3CG3A 4OENA 3K0VA 1BP5A 4OEVA 3N6TA 5DEXA 1IIWA 3WAFA 5ISUA 4DXCA 5EYFA 4F18A 1N7XA 1SI1A 5I58B 3QXMA 5L8DA 4IY5A 3VVFA 4U2RA 4MLQA 3PPQA 2QL3A 1NH7A 4OVJA 2VD3A 4ELQA 3KJ7A 2CZLA 4F1UA 3UORA 5I57B 1F9BA 3T9XB 3H6UA 3V5AA 1ZMGA 5JK4A 2OWSA 4KPTA 4YB5A 1N7WA 3K1PA 3IB0A 4JWOA 4ELOA 1IEJA 3MAMA 3P7IA 1JEVA 2I48A 5DVFA 4YKJA 2V3TA 4H1XA 1MM7A 2ANJA 3H3GA 3OOAA 2Q9TA 1US5A 1RKMA 4KR5A 1B4ZA 4G77A 2DE2A 3VXCA 3KGCA 2I49A 3OEKA 1XVXA 1PEBA 4IB2A 1B5JA 1WODA 3RT6B 2PYYA 1B32A 1JW5A 3T9VA 4GF8A 2Y7KA 1USYH 2Q89A 2OWTA 3L6GA 1B5IA 2XXQA 2Z8EA 3MP1A 3U92A 4GOTA 1B6HA 1O64A 1FTLA 4EXLA 2DXYA 4KYDA 4RY1A 1ZJLA 1QULA 5A5XB 3MZ9A 2F7CA 3AXFA 4KCCA 2I6EA 1B5HA 3EQ1A 1MPBA 4F1VA 2VGQA 4GL8A 2I0CA 3K00A 3U94A 3N5LA 4TLMB 1OIBA 1B0HA 2Z22A 3IOVA 4C0RA 4KFQA 3HO7A 4PE5B 3MPKA 2OZZA 1VFDA 4F3BA 4GL0A 2XXHA 2ZNUA 1FQFA 5H8NA 3MVZA 2Z8FA 5CBSA 1YAEA 5CI5A 4ECFA 3VLUA 1MXZA 1I6BA 1DOTA 1VE4A 2UXAA 5IKBA 5FHNA 4EF2A 4GQOA 1UIVA 5CM6A 3VVDA 4NF6A 1GR2A 1SBPA 4RK2A 1Y9UA 2F6GA 1LFGA 2RF1A 1LGBC 5EHSA 3SDFA 1FTKA 4I9DA 1VSOA 4JDFA 2O7IA 4O3AA 3MUQA 3H6WA 1AMFA 3TFLA 2RC8A 1MXWA 3K6WA 3TTMA 2B3BA 2GFEA 3N6UA 4ZZEA 4BDRA 1H3DA 3C34A 3ZKLA 4THIA 1B9JA 3TPAA 1URDA 4QFKA 2IEEA 2I58A 1UTHB 2P1SA 4E0XA 4LZ7A 1NL5A 2R71A 4RJZA 1FW0A 3G3GA 1B7HA 4QFPA 5J1DA 3RPWA 2OLBA 4ONYA 2HAVA 5AA2A 3TEPA 1OMPA 1LAHE 2VHAA 4ESXA 3CR9A 3HHFA 3VE1B 3HSTA 2HAUA 3OO9A 1M5FA 2F35A 4EUOA 2H5YA 3U8QA 4XXUA 5DEXB 4LP2B 1ANFA 3HHGA 3KN8A 3O28A 4LUBA 3E9XA 4JB7A 4F3SA 1A8FA 4ND9A 1XOCA 1MXYA 1M5CA 3RNNA 4RPNA 2AYSA 4GXSB 3VXBA 1WVJA 3S4UA 1Y3QA 4BDOA 4RPOA 3G3KA 2QRYA 4RYAA 4YICA 3MBPA 3G3IA 3VFJA 3FATA 5CMCA 2H4IA 2F7BA 1B4HA 4I8CA 1FQCA 3OELA 5AA3A 3EN3A 4ZEDA 3O6GA 2VP1A 2NUVA 1DPPA 4NMYA 3G3FA 1FTJA 4MH5A 3CRBA 3OD7A 1FTOA 3RT8A 1Y3PA 2H98A 5TU0A 2E0SA 1IZ1A 4F22A 3ILTB 4LZ5A 4R9GA 5B7DA 2G93A 1S9TA 2G29A 3OO6A 4QSEA 3EPEA 2QS4A 2QMWA 2Q2AA 4KD5A 1B3EA 4NEDA 2ONKE 3U1OA 3C36A 4LATA 3QUJA 2RC7A 1UTBB 4FJPA 4BLAA 4DXBA 4C1UA 5F1QA 3A09A 5CMBA 1LAFE 2VOZA 5ITOA 3TTLA 2H9BA 3PUXE 2H25A 3O6IA 3T9UA 1JEUA 1LB9A 2O51A 3O66A 3RTWB 4H0WA 1LFHA 2F8DA 4ELPA 2ZYOA 1EH3A 2B3FA 3CFLA 1FQBA 3M3FA 5I56A 3B6QA 4BDMA 3BKIB 5H8NB 4PQJA 3EHTA 1M5BA 3FXRA 3KBRA 4EQ9A 1IXCA 5AA4A 1MRPA 1A40A 1LSTA 3H4ZA 3E4RA 3KN3A 3V83A 3VV5A 4HS7A 5H8HA 3UGWA 1ZKBA 3CG1A 2DYXA 1I69A 4FEBA 3MZBA 1J1NA 1UQWA 4YB6A 3TZAA 3PPOA 4KHZE 2P2AA 1L5TA 1R9QA 3O9PA 1I6AA 4YU0A 5K2YA 1MPCA 2Z23A 2Y84A 1GVCA 1PB7A 2DSFA 4O3CA 2LAOA 1CE2A 2DWJA 4OXVA 2DVCA 3UIFA 1FQEA 3HCQA 1NFTA 4YKIA 3D4GA 4WEDA 4OERA 3H6VA 3TAJA 1NMUA 3PUVE 4U22A 3B6TA 4GVOA 3PGFA 1EZOA 4G2ZA 3OSRA 1B3FA 1R1NA 3D4CA 4QFOA 2CMOA 3KEIA 1S7YA 5B70A 5AA2B 1QJMA 1JVYA 4WKMA 3QIMA 3O97A 1IITA 1XVYA 1D9VA 3PMWA 4PFTA 1N04A 3IX1A 1ZIUA 4RXLA 5H8SA 3K6UA 1XHYA 2F7AA 2Q8JA 4AB5A 3TELA 1LBBA 2O6AA 1NNTA 4X48A 2I3VA 3K4UA 3K6XA 1JW1A 5H8FA 2V25A 2QS1A 4MLVA 3C9HA 4OESA 4H5GA 5F7VA 4ZEIA 1Y20A 1SDXA 3G3JA 2NXOA 1LB8A 2Y7RA 2REJA 4OEUA 4R2FA 4JXIA 2QPQA 3HN0A 2UVGA 4K3FA 4JBZA 4XKPA 2UVHA 3PD9A 3FV2A 4N6PA 4IO2A 4LZ8A 1DSNA 1UIUA 1B3HA 3WAEA 3K6VA 1D4NA 3DM0A 3HPIA 4MBPA 4LQ5A 4F1YA 2XXTA 2AIXA 4OQOA 4F3GA 4R6YA 3PMXA 1Y1ZA 4IO7A 3KOTA 1Z7ME 3TTRA 3R7XA 2XXPA 1UTBA 2XHDA 4KYSA 5KDTA 2OJTA 4ZZAA 4UACA 3JV9A 4ELRA 3OENA 4ZEKA 3FJGA 4OMBA 3MJNA 3LSLA 3A3CA 3FVKA 3W9WA 3OO8A 4I62A 3FASA 1II5A 4EF1A 1MQDA 5I56B 3RUMA 2XXXA 4FECA 2A5TA 3F11A 2QSXA 3N26A 4HCWA 1N84A 2Q88A 5FTHA 1B2HA 4TOZA 3DP6A 3U72A 3ONMA 4KCDA 4OZ9A 1POTA 2A5SA 5AA4B 3KN7A 1LBCA 2XD3A 5FHOA 3T9HB 4Q8RA 4POWA 4WEPA 3C31A 5H8HB 2XX7A 5TPAA 2ZXTA 1HSJA 4DDDA 1URGA 1RYOA 5L9OA 3GBBA 4R74A 3GZGA 2F36A 1MG1A 1Y3NA 1P99A 3PUZE 4G8HA 2UVIA 2E1SA 3Q29A 4U1OA 5I59A 3OMBA 5I84A 1FTMA 4YMAA 5I2NA 1FQDA 1LFIA 2HCAA 2O68A 3IOUA 3LC8A 3CI8A 3CFXA 4RK9A 4ESWA 4XKQA 2X7PA 1SYIA 2PT1A 3FIRA 5JEIA 4TQUQ 1ZU0A 4C1TA 3N94A 3SERA 2Q2CA 5HPQA 1MXUA 1IUDA 3LSWA 1QUKA 2KLFA 3KOSA 4NF4A 4DLDA 1XS5A 4R6KA 3TCFA 1MY0A 1B0LA 1OQGA 2Y7WA 1SW2A 2D3IA 3TTKA 3FVGA 5BWJA 4UA8A 1OLAA 2PVUA 1B58A 1M5DA 5JTYB 5BUUA 4BDNA 2ZNTA 1OLCA 2DE3A 1B7UA 4YKPA 3ZKKA 4YB7A 3B6WA 3Q27A 4HTGA 2XX9A 3H6TA 4DXUA 4U4SA 5H8FB 1IXIA 4IO6A 3L6HA 1ATGA 4R9FA 1NNPA 2DWIA 4H8IA 2XXVA 1FCKA 4IO4A 4OFLA 4X9TA 2ZYNA 3K2DA 5DVIA 1BIYA 4YZZA 3QYTA 3A3UA 4M4GA 1SD3A 3MP6A 1Z7NE 1PBPA 4EQBA 3RQTA 5KCJA 3IORA 5L9MA 1H45A 3IK6B 3MVYA 4OFJA 3CSBA 3ODBA 2Z8DA 2ALUA 4NF5B 1IXGA 3E3KA 3TCGA 2DOJA 4GD5A 3M3LA 3V89B 5TP9A 2F5XA 2NOOA 2OCUA 1MDQA 3IB2A 4IO5A 5AA2D 2NVUB 1IXHA 4ZECA 3MC2A 3TTNA 4IY6A 4FAJA 4QRZA 5KDTB 2YLNA 4IO3A 2V84A 2I4CA 3SKPA 1LCFA 4QSDA 3VLVA 2GHAA 4QHQA 3THIA 3UA8A 4DCXA 2WKYA 1EZ9A 2HFBA 1NNKA 2A5TB 2HEUA 3PUYE 1QVSA 4XTCQ 1SW1A 1MQHA 5CMMA 5FHMA 1QUIA 5ITPA 4XIGQ 3RTFB 1WDNA 2RCAA 3JYRA 1NKXA 4R75A 2P0SA 4RA1A 2HZKA 4M1VA 1H43A 3V8XB 2O84X 3FXUA 3KSXA 5TPAB 4U23A 3OO7A 5CRYA 4H65A 4ZE9A 2Y7PA 4G4PA 1Y4CA 1ZTYA 5L9SA 1O63A 2ZMBA 1EU8A 3FD3A 1MXVA 3GLBA 5I59B 2FYIA 4ZDMA 1TT1A 5DVJA 3FGSA 3FXQA 2HZLA 4X1DA 1B40A 4FORA 3C32A 4JWXA 5I2NB 3LSFB 1ELJA 5DT6A 4PFWA 1LLSA 1T0KA 4NWCA 3S9NC 2XXYA 4OYVA 3JZJA 1M5EA 3SEXA 5EHMA 4Z0IA 2XXRA 3BFTA 3S2VA 4AQ4A 1PC3A 1B52A 1US4A 3RN8A 2QS3A 3IOTA 5DTBA 3K1NA 2O7UA 4NF4B 1BTJA 3SEUA 1USYE 1DTZA 3IB1A 1P1OA 2IA4A 1DPEA 2REGA 4G68A 2M8CA 3ZSFA 1YPNA 3PPPA 1SW5A 4OHNA 3USDA 1BLFA 4OFOA 1FQAA 3LUYA 1ZBMA 4H67A 5JTYA 3PD8A 4QFNA 5CMKA 3IAZA 1D3KA 1SVXB 3BBRA 1MY2A 3ZS6A 4IGRA 4Q5TA 4PP0A 5HM4B 2GRVA 1H44A 2DE4A 3UN6A 1MDP1 4F31B 3RY3A 3S9EA 4ZEFA 5CC2A 4Q30B 4FIMA 4NTLA 3Q26A 1JETA 1OVBA 1B46A 2GH9A 1MM6A 4JSOA 3I6VA 4Q0CA 4YKKA 4DZ1A 5FTIA 1TWYA 3FUZA 1QW0A 4MF3A 2F78A 3EHUA 3EHSA 3QAXA 5KCJB 2D21A 1P1WA 3FVOA 2X26A 4NE4A 3C35A 2PBWA 3PMVA 3UP9A 3E13X 2I3WA 1B3LA 1R6ZA 3VDFA 3QSLA 3SESA 1I6QA 1PB9A 4NF5A 1H76A 3IJXB 3TDJA 5TP9B 1B05A 5M2VA 2XXUA 5KZTA 2H99A 2DVZA 1MQIA 4ZEBA 1SI0A 3C4MA 2V3UA 3FVNA 3TKDA 4XKRA 1SQYA 1D9YA 5H8QA 2FA7A 4POXA 3C33A 2DQVA 3TODA 2DWHA 1MY1A 3M3KA 3I3VA 2XD2A 2BJJX 2RC9A 3R26A 2THIA 2XX8A 3GBAA 4KYEA 2ONSA 1Y1MA 3W15C 3OEMA 1YCJA 4R6HA 3VVEA 1MXXA 1VR5A 4QF9A 4ZS9A 1SW4A 3EF7A 4OTEA 4R73A 3K01A 5IAIA 1MH3A 2O1MA 4MFIA 1EZPA 4XKNA 4F19A 3KFMA 1S50A 3H03A 3OXNA 1GV8A 3CSGA 3SEYA 3W9VA 3PPRA 5DYHA 3VLWA 4G68C 2ZNSA 1A55A 2Y7IA 3IOWA 1PBQA 1B7ZA 1QKBA 2W7YA 1Q35A 1JW4A 1B3GA 4U1ZA 3FZVA 3BFUA 1AOVA 4RNSA 3MW0A 3IR1A 4GIZA 4R2BA 2X7QA 4F3PA 1PDAA 5I2KA 4GFRA 3IJOB 4HCYA 2R6GE 1MY4A 3O29A 4O3BA 5K2XA 2DP8A 4X1BA 4DE8A 1OVTA 3T93B 1B1XA 2UVJA 4F2QA 4LVQA 1NH8A 1JNFA 3QK6A 2RCBA 1LAXA 3ECRA 1LCTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DXRA 4BDQA 2ZYMA 5HBCA 2VPNA 3H06B 4OVSA 2HXRA 3MPLA 3G7WA 1B1HA 4EDPA 4NF8A 4NG7A 4PGPA 1LAGE 4MEVA 2O69A 4OETA 1XT8A 4PFIA 2PMSA 2D5WA 2HQ0A 3K02A 2CZKA 4G68B 1FPFA 3KG2A 4H5FA 4N8YA 1O7TA 3OSQA 1FPLA 4GWWA 2UYEA 3Q25A 4Z7EA 3HV1A 1MS7A 1NNFA 4EQ7A 3CIJA 4FATA 1FPEA 2ESNA 3ILUB 2PX1A 3KC1A 4QSCA 3PUWE 4TLLB 3T96B 4GXAA 2QJEA 4YAHX 2F97A 4FEDA 3SEVA 1SYHA 4P11A 3E78A 1CB6A 4GX3A 4G8MA 4QFLA 1BKAA 4N13A 3G3HA 3O6HA 1NUXA 2CZHA 2PFZA 1FBDA 2CEYA 5I58A 3NOHA 3TQLA 4H6DA 2ZYKA 1QUJA 3FBPA 2PCRA 3MVWA 4L17A 2HHMA 1A54A 2RINA 4R72A 2GHBA 2RKMA 3LSXA 4GWOA 3PV0E 5I57A 3O2AA 2OBGA 2YPNA 4AS4A 1QKAA 1JQFA 3Q28A 3CVGA 4F29A 2I4BA 1B51A 4P0IA 1AIVA 3LR1A 4FE8A 4E0WA 4NWDA 4AB6A 4UABA 2FHYA 1NV6A 4IGTA 4PFUA 1NUWA 1XC1A 5AA1A 1DTGA 5ICQA 3FJMA 4JSDA 2FNCA 2NWJA 1HSEA 2UYFA 1A8EA 1TFDA 5H8QB 3MWBA 2OK2A 1MH4A 1P1QA 3MVXA 4N07A 3T66A 2R9JA 4PBHA 1EYIA 1TFAA 2V93A 4WXJA 4PETA 5LOMA 3TUSA 2Q74A 5ICTA 4F39A 5IZ3B 1FPBA 3GXAA 3TCHA 3PPNA 5A5XA 2DS9A 4P0GA 4HW8A 1N3WA 1MQJA 2QMXA 2XXIA 5ESYA 4DI4B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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