1DMBA

Refined 1.8 angstroms structure reveals the mechanism of binding of a cyclic sugar, beta-cyclodextrin, to the maltodextrin binding protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Refined 1.8-A structure reveals the mode of binding of beta-cyclodextrin to the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar transport
molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA01
2ZYMA 1NNKA 3O28A 2AL5A 1EH3A 1WVJA 3FVNA 4IO7A 4NWDA 1TFAA 3R7XA 4BDOA 3QXMA 4RPNA 1UQWA 4JWXA 1TFDA 4TLMB 1MY1A 3D4CA 3TQLA 4ZEDA 2DYXA 3K6UA 1NL5A 3T9HB 3EHSA 1B5IA 3VLUA 1LFIA 3OOAA 3VDFA 4ELOA 4DXUA 4L17A 3JZJA 1BTJA 1ZU0A 1FTJA 2X7PA 4H5FA 1OQHA 4NF4A 5FHNA 2CZLA 1MPBA 1H76A 1SW2A 2XXVA 3UORA 1LFHA 4EF1A 1A54A 3V5AA 2F8DA 3VE1B 1QULA 1PBQA 3V8XB 5I2NB 1OQGA 3PMVA 4FE8A 2F6GA 5DEXA 1EU8A 3H7MA 4G77A 4JSDA 1Q35A 1IUDA 4OQOA 4QFOA 2I58A 5AA2A 3H6UA 1GV8A 1B58A 4RK2A 1Y4CA 4EXKA 4HS7A 1MPDA 1Y3QA 5I2KA 3FXQA 3MAMA 3KBRA 2P1SA 4U4XA 3E9XA 4M4GA 2O84X 3CFZA 1B3GA 4I8CA 3CSBA 4OENA 4BDQA 1PEBA 4NF6B 1US5A 2Q89A 3TCFA 4PQJA 3C34A 2GHAA 1B32A 2PYYA 3LR1A 2B3FA 3N6UA 3K02A 2PMSA 3PU5A 3VFJA 1T0KA 2B3BA 3PUZE 3C9HA 4G68A 4RJZA 3PPPA 3ZSFA 4GF8A 1B6HA 4JBZA 4XIGQ 1QUKA 1YPNA 1POTA 4ELPA 4Q5TA 1WODA 2Y7PA 1FTLA 4N13A 1GR2A 5AA4A 4Z0IA 4IO4A 4FECA 4F19A 1UIVA 2VD2A 3G3FA 2CMOA 3HSTA 5CC2A 3MP8A 1AOVA 2DE2A 3KG2A 4M1VA 3U94A 3K1PA 4IGRA 3EHUA 4ZEFA 4DZ1A 1M5CA 3LSWA 1DPPA 4JB7A 3TTNA 3TTLA 2FNCA 5H8SA 2ONKE 3UIFA 1B3EA 4P0GA 2X7QA 2RC9A 3MW0A 4OFLA 3UN6A 5H8FA 1IIWA 1M5BA 3TTKA 3SEXA 5EHSA 4WEPA 3H4ZA 1MY0A 1RYXA 3MBPA 1DMBA 3H06B 3HPIA 4GXAA 1FW0A 1FTMA 4HCWA 4PETA 1Y9UA 1MDQA 3CFXA 5ELVA 5I56A 4OYVA 2ZNSA 5DVJA 1HSLA 3RPWA 1D3KA 3I6VA 4PFUA 4F2OA 1FTKA 2M8CA 3O66A 3OENA 4GVOA 3FVGA 4OEVA 3SEUA 4PP0A 4DCXA 4E0XA 2NXOA 3QUJA 4I1DA 4QSDA 1MH3A 4MF3A 3G3IA 5I57A 1EZOA 2OZZA 2H99A 4U1OA 3TODA 4YB5A 4NF4B 5FHMA 2HCAA 5I56B 1MY4A 4ONYA 1B1HA 3TUSA 3FV2A 2HAVA 3E13X 5FTHA 4F1UA 1BLFA 3QYTA 4XKRA 2RF1A 3KN7A 3B6TA 3TQWA 2NOOA 2OWSA 2NUVA 3AXFA 5K2XA 4IO6A 2XXYA 3S9NC 3MP1A 2ALUA 1F9BA 1LGBC 1YCJA 5H8QA 3RGYA 5I59B 2X26A 2A5TB 4G8HA 3I5OA 1LAHE 4NE4A 1FQFA 4H5GA 4QFKA 3F11A 1ZJLA 1FQAA 5AE4A 5I84A 4R2FA 2AYSA 4OTEA 1ZLQA 1SW1A 2QRYA 2O1MA 1VFDA 1Y1MA 1N3WA 2UYFA 4NEDA 3UK4A 2F7BA 4G68B 2XXUA 1IXIA 3PPRA 4YB7A 1UTHA 4RPOA 5BUUA 1UTBA 4LZ7A 4X9TA 4N6PA 2G93A 3K1MA 4F22A 1SQYA 5CMCA 1DOTA 5JK4A 5AA4B 5EHMA 4G8NA 3S4UA 3TZAA 2E0SA 1SBPA 4GRKA 3HHFA 5FHOA 3UGWA 3C33A 1MXVA 1FQBA 2Y84A 2DWJA 5KDTA 3N94A 3GZGA 3OEKA 5B70A 1VSOA 4QHQA 1OIBA 2Y7IA 4RXLA 5KCJA 2V93A 1A40A 2Y7KA 1OVTA 5DT6A 3I3VA 4X1BA 3HHGA 4NF8B 4IY5A 1A55A 1D4NA 2OCUA 3FUZA 4R75A 4OWDA 1MQIA 2UVGA 2XD2A 5L9OA 4TQUQ 3QIMA 1SVXB 4LONB 3PD8A 2XXTA 2V3TA 1CE2A 1USYH 2V3UA 2DSFA 2I0BA 2QS3A 2XXPA 1QVSA 2Z8EA 3SEWA 3EN3A 4RYAA 1Y3NA 1O7TA 2XD3A 4PFWA 3LUYA 4KHZE 5H8FB 3IB1A 5ICQA 3R6UA 4YMBA 4HCYA 4NF5A 4XKPA 1B9JA 2REJA 3IOTA 2XX7A 2YLNA 3IOUA 3C36A 3FJGA 2GHBA 2VD3A 3S2VA 5I58A 4R73A 3U92A 4KPTA 5F1QA 2UVHA 3VLVA 1PDAA 5KZTA 3E3KA 1B5HA 3ILTB 4AB5A 5ICTA 3RT6B 4JWYA 2ZMBA 4R9GA 1MQJA 1EZ9A 2IA4A 4O3CA 1P1QA 5H8HB 2NWJA 1RYOA 3BFUA 4GL0A 4NF5B 3K01A 1SW5A 2LAOA 1P1UA 2RCAA 3KGCA 4NF6A 3K0VA 3MVZA 4YZZA 3PUWE 1B2HA 2RCBA 3T9UA 1N7XA 2UXAA 2H25A 2O7UA 1TXFA 1YAEA 3N5LA 3TDJA 1R6ZA 2O6AA 3CIJA 3FV1A 4IO2A 1URGA 4ZS9A 1MH4A 2H98A 1H44A 4QSCA 1MXYA 1A7LA 2V25A 3MUQA 3MPLA 5TP9A 2D21A 2O69A 1LCFA 3SETA 4GIZA 4EXLA 2I4BA 3KSJA 3E4RA 5H8HA 1L5TA 3LSFB 3ZS6A 4R9FA 5H8NA 2HEUA 3FXRA 5I2NA 5JTYA 3JV9A 1M5DA 1DSNA 1B4HA 1M5EA 1OMPA 4R6KA 5L9MA 2I3VA 2Z23A 2ABHA 4U21A 2Q2AA 2V3QA 3K6VA 1SYHA 1XHYA 2DP8A 4ZZAA 4F18A 2DE4A 4TOZA 3FXUA 4G2ZA 3U93A 4ESWA 5IKBA 3TYHA 4U23A 3A09A 4EF2A 3LC8A 5A5XB 1UIUA 3EPEA 4JXIA 3IAZA 4KD5A 4Q8RA 2XXWA 1QKAA 5AA2D 2OBGA 3FZVA 3VV5A 2OJTA 4DE8A 4R6YA 4ZDMA 5BWJA 4ND9A 1LB8A 3QUFA 1XT8A 5IAIA 2Y7WA 3VXCA 1MXXA 3ZKKA 1B1XA 1JW1A 1Q1KA 1MY2A 3BBRA 1MQGA 1B7ZA 1SDXA 1MXUA 4MLQA 4QF9A 1ATGA 5F7VA 2VHAA 3VLWA 4OFOA 2AIXA 3N6TA 2ONRA 1B7HA 3PPQA 4LP2B 2QS4A 3CVGA 3Q27A 3HO7A 2Z8FA 5JEIA 2R71A 3CI8A 3T93B 2RC7A 4LQ5A 4RK9A 3T96B 1US4A 3TCHA 3SERA 3WAEA 4OXVA 1PBPA 1HSJA 4KCDA 1B3LA 1VFEA 4OHNA 2HXWA 4OZ9A 1FCKA 3KJTA 1NNFA 2G29A 4RNSA 4F31B 1D9YA 2UVIA 5TPAB 1LAXA 1JEUA 1JNFA 2QSXA 3PUYE 3S9LC 2F97A 4GLIA 3SEVA 3FASA 1MDP1 5I58B 3IR1A 2F36A 2H5YA 1LCTA 1NH7A 5CMBA 4OEUA 1IXCA 2YJPA 2I4CA 3T22A 3G3JA 1IXGA 2ESNA 5L9SA 3Q29A 3FATA 1RKMA 1SW4A 3H6WA 3OO6A 3DELB 3IJOB 5HPQA 1SI0A 5AA3A 3PV0E 1JEVA 4LATA 2ANJA 3FVKA 1H3DA 5LOMA 1P99A 3UP9A 3C32A 1H45A 4KI0E 2F5XA 2HZLA 4MLVA 4KYDA 2B65A 4N07A 4OESA 3TTMA 5I2KB 3DLNA 4MFIA 4GQOA 2I3WA 4ECFA 4WKMA 3DP4A 2AL4A 4LZ8A 5JTYB 4DIGA 1MXZA 4YMAA 1A99A 4PFYA 4GOTA 1I6AA 1DTGA 3DM0A 1BKAA 3BFTA 4LQ2A 5ITPA 4Q30B 3PUXE 5KCJB 3PUVE 3C31A 3O6HA 3O97A 1S7YA 4P11A 1ZKBA 3OD7A 4UA8A 4R74A 3T9VA 3RTWB 3Q25A 4BDRA 4OMBA 1N76A 2XXRA 4YU0A 3MZBA 2QMXA 2F7AA 3KJ7A 3KOSA 2HQ0A 3MQ9A 4OERA 2PT1A 4H6DA 4KQPA 2Y7RA 3G3KA 3PMXA 4F29A 4F3PA 1DTZA 2A5SA 2RKMA 4NTLA 1I6QA 1B3FA 1ELJA 2ZXTA 1A8FA 2F78A 3H6VA 4IO5A 2OWTA 3M3FA 4GXSB 3V89B 2Q88A 4Q0CA 2Z8DA 2D3IA 4OFJA 2WKYA 4F1YA 1XVYA 5TP9B 4BDMA 2Z22A 1N7WA 2O7IA 4YKIA 3DP8A 5M2VA 1Y4TA 1AH5A 1NNTA 2P2AA 4MH5A 4LUBA 1P1WA 4ZE8A 2ZYOA 1OLAA 5KDTB 4THIA 4EDPA 4IGTA 3GBAA 4NF8A 3SKPA 3R26A 4FEDA 1QJMA 3CFLA 4FJPA 4BDLA 3IOVA 3IORA 5CRYA 1KWHA 3Q28A 4I9DA 2O68A 3W9VA 1MQDA 3OEMA 4LZ5A 1NNPA 3QK6A 1MG1A 3T9XB 1USYE 5TPAA 1OVBA 4KFQA 3EQ1A 4ISUA 4DLDA 1PB7A 4DXCA 1B52A 3U72A 5DVIA 1FTOA 1MXWA 3WAFA 2PVUA 3D4GA 3G3HA 3MP6A 5CMKA 4U4SA 1IZ1A 4YKKA 5B7DA 4XXUA 4HW8A 1TT1A 3L6HA 2UYEA 4XKQA 5H8NB 1Z7ME 3MZ9A 1N04A 2XHDA 3ILUB 4G4PA 3TEPA 3SEYA 3O29A 3ZKLA 4R72A 1JVXA 2QJEA 4MBPA 3S9MC 3GXAA 1R9LA 3A3CA 3IK6B 5AA1A 2THIA 5DTBA 1ANFA 3CG1A 4KYEA 4QFLA 5H8QB 4DCYA 1SYIA 3JYRA 3RTFB 3U8QA 2FA7A 1B5JA 1S9TA 1YTVA 1SI1A 3FD3A 3K2DA 5A5XA 2GH9A 3GBBA 4FEBA 5ISUA 5CMMA 1VR5A 3PPNA 1IEJA 1JETA 1OLCA 1II5A 4H1XA 4YAHX 5DEXB 1NFTA 5AA2B 1UTHB 1FQDA 3LBSA 1P1NA 3RT8A 3FJ7A 3P7IA 3IB2A 2QPQA 3W15C 4G68C 1PC3A 2DXRA 1D9VA 3CSGA 3OMBA 1ZBMA 3VVEA 5I57B 2KLFA 4O3AA 1B51A 1LLSA 4Z7EA 1DPEA 3HCQA 3KFMA 3M3LA 3Q26A 4RA1A 4YKPA 3ODBA 3FGSA 5CBSA 2ZYNA 4BDNA 2H4IA 2DVCA 2YPNA 1NKXA 1LAFE 4X48A 5K2YA 1POY1 1URSA 3K6WA 3TMGA 3MPKA 3ECRA 3VVFA 1Z7NE 4GD5A 2W7YA 3RNNA 4E0WA 3MWBA 3RLFE 1XOCA 2REGA 3MZ1A 3KN8A 1O63A 3O9PA 4JSOA 4H0WA 1BP5A 1SD3A 4NWCA 2D5WA 3CG3A 4RY1A 3RQTA 4ZE9A 3PGFA 5I59A 2XX8A 4YKJA 2I0CA 1LAGE 1WDNA 1J1NA 2H9BA 4LA9A 4F2QA 2PT2A 1S50A 2I48A 3OO7A 1Y1ZA 1AL3A 1JQFA 2RINA 4KYSA 3TPAA 4QFNA 4O3BA 3N26A 4WXJA 3S9EA 4YB6A 4H8JA 4I62A 3IJXB 1GGGA 5CI5A 3THIA 4IB2A 3GLBA 2GRVA 3MVWA 4EUOA 2DE3A 5DVFA 4H65A 4ZEBA 1LB9A 1MPCA 3TTRA 1TWYA 2HAUA 2DWIA 4BLAA 5DYHA 3TELA 2VP1A 3RUMA 3FVOA 3H3GA 3MJNA 1B0HA 1CB6A 1MRPA 4FAJA 4GFRA 4ELRA 4HTGA 3RN8A 4XKNA 1BIYA 1VE4A 2IEEA 3EHTA 1B7UA 1B46A 1FQCA 3FIRA 4AB6A 4C1UA 5CBRA 2DOJA 3OO8A 1QUJA 3H6TA 3OO9A 2Q2CA 1JW4A 4OVJA 5FTIA 5L8DA 3KN3A 3USDA 2UVJA 3OSRA 4X1DA 1MM6A 1N0TA 1MS7A 3VVDA 1PB9A 4F3BA 2ZNUA 1JW5A 2DWHA 2XXHA 1M5FA 4K3FA 4POWA 3FJMA 2VOZA 3K00A 4C1TA 2Q8JA 3CRBA 3IOWA 1A8EA 2O51A 4JWOA 4POXA 3V83A 4FIMA 2FYIA 3M8UA 3TAJA 1I69A 2E1SA 2XXQA 3IO4A 3A3UA 3O2AA 1LSTA 3B6QA 3PD9A 1QKBA 2Q9TA 4U22A 4AQ4A 1LBCA 2I49A 3HV1A 1IITA 4NMYA 2DS9A 3K6XA 4GWOA 1QW0A 2DVZA 4ELQA 4F3GA 5HM4B 1ZIUA 3MVYA 4JDFA 1HSEA 3VXBA 3T66A 3OXNA 2HZKA 2BJJX 1FQEA 2XX9A 3DP6A 3W9WA 2GFEA 2F6PA 2F35A 3KSXA 2OLBA 4PFTA 4ZZEA 4UACA 1XS5A 4P0IA 4PE5B 4ESXA 4U1ZA 4QFPA 1URDA 2ONSA 1R9QA 1JVYA 1UTBB 4F39A 2R6GE 4EQ9A 3UA8A 3BKIB 1GTKA 1B3HA 2P0SA 3QSLA 3C4MA 1QUIA 3K4UA 1GVCA 4EQBA 1AIVA 3KEIA 4IO3A 1IQ7A 3MC2A 3G7WA 3K1NA 3EF7A 4KCCA 4QSEA 2F7CA 4WEDA 5TU0A 4EQ7A 4XTCQ 3G3GA 2DXYA 2PX1A 4G8MA 1MM7A 4ZEKA 5ITOA 3RY3A 5HBCA 3TCGA 3PPOA 4F1VA 4F3SA 1Y3PA 4U2RA 4KR5A 2F34A 2OK2A 2NVUB 1LFGA 2QL3A 3TKDA 1NMUA 2ZYKA 2QMWA 3L6GA 3H03A 3MVXA 4H8IA 3SDFA 4ZECA 1B40A 4FATA 1N84A 1R1NA 3LSLA 4OETA 3TFLA 4DDDA 2DWAA 3O6GA 1N3XA 4ZEIA 1MQHA 1O64A 2O1LA 2VGQA 3LSXA 1ZTYA 3OELA 4H67A 4QRZA 1B4ZA 3M3KA 1P1OA 3CR9A 4GL8A 4YICA 4R2BA 1EZPA 2QS2A 2V84A 4R6HA 5CM6A 1XVXA 1B05A 4FORA 5EYFA 2XXXA 3IO6A 4IY6A 3HN0A 1I6BA 3IB0A 4DXBA 3IX1A 4TLLB 3U1OA 2R9JA 2PBWA 2XXIA 3KOTA 3KZGA 3OSQA 2RC8A 4LVQA 2HFBA 3B7DA 1LBBA 5J1DA 1B0LA 1PB8A 1Y20A 3B6WA 3C35A 3O6IA 3IL1B 3ONMA 3SESA 2DQVA 1H43A 1ZMGA 1AMFA 1MY3A 2ZNTA 1NH8A 3PMWA 1IXHA 3QAXA 2QS1A 2I6EA 1XC1A 4C0RA 2A5TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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