1DMBA

Refined 1.8 angstroms structure reveals the mechanism of binding of a cyclic sugar, beta-cyclodextrin, to the maltodextrin binding protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
publication title Refined 1.8-A structure reveals the mode of binding of beta-cyclodextrin to the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar transport
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA01
2H99A 3PMVA 4JB7A 2ZXTA 3MC2A 5AA1A 1Y1ZA 2ZYMA 2IEEA 2Y84A 2QMXA 5JTYB 1LB9A 4BDNA 3IR1A 3G3FA 2ZMBA 4R6YA 5DYHA 2F6PA 4R6HA 4PE5B 1B3GA 5BUUA 5TPAA 1QUIA 4F18A 1PDAA 1HSEA 2XD2A 4G8HA 4HW8A 3JV9A 4GVOA 1Q35A 3C35A 3G7WA 3TFLA 3MPKA 3PU5A 1UQWA 2O1MA 4MLVA 4R9GA 3TTRA 4EF1A 1A8FA 5HM4B 5AA4A 2PT2A 1SYIA 4EXLA 2I58A 4KFQA 1WDNA 1LLSA 5CRYA 2QL3A 3H7MA 1XC1A 3MPLA 1PB9A 1NNTA 2W7YA 4X9TA 5H8FA 4R6KA 2XD3A 1VSOA 3IAZA 1JEVA 3ZKLA 4YZZA 4IB2A 3LSFB 1AH5A 4IO3A 5M2VA 2H4IA 4U2RA 5HPQA 1HSJA 4IY5A 4F19A 3K1NA 4F22A 1MXVA 2KLFA 2D21A 3CRBA 4RK2A 4H67A 5KDTB 3D4CA 1R6ZA 4ZEFA 1R9QA 4RXLA 1ZMGA 4IO6A 3TQWA 2RCAA 5A5XA 3O97A 1QUKA 1LFGA 4GL8A 3OENA 2V3QA 3T93B 5EHSA 1Y4TA 3TAJA 1YPNA 1T0KA 2V93A 4LQ5A 4HS7A 1OLAA 1LB8A 1D9YA 3RLFE 4FORA 3I5OA 2ZYKA 3KN3A 1MDP1 3UGWA 4KR5A 1F9BA 1B46A 1PBQA 1LCTA 1ZIUA 3DLNA 4QRZA 4TQUQ 3K6UA 4RPNA 1B40A 4YB5A 5I2NB 2QS1A 4ONYA 3FXRA 4LVQA 1WVJA 4XKNA 1USYE 3MAMA 2I3WA 1RYXA 1R9LA 5I56B 3T9XB 3RT8A 3RTWB 4P11A 2VHAA 1O63A 3PD8A 1GVCA 3VVDA 2F5XA 2XXPA 4BDOA 1AOVA 1BP5A 1EZ9A 1PEBA 1XVXA 4PP0A 2ZNUA 3MWBA 4LQ2A 3U92A 3FVGA 4JBZA 1DSNA 3KG2A 3RTFB 3FASA 3ILTB 1P1WA 1L5TA 3Q25A 4NWCA 4R72A 2V25A 1OLCA 3VLUA 3B6TA 1MXUA 1ZBMA 2CZLA 2ANJA 2ZYOA 1VFDA 1RYOA 3R26A 3QUFA 2DYXA 3G3GA 5FTIA 3BFUA 1SI1A 4KCCA 4KYDA 3EQ1A 4LONB 2V3TA 4DCYA 4H8JA 4YB6A 1EU8A 3T96B 1M5FA 4U1OA 1FTMA 4KD5A 1N04A 4BDMA 1P1OA 4ZEKA 2DE4A 5AA2A 3CI8A 4OETA 4ZE9A 1JEUA 2HQ0A 3SDFA 3KSJA 3CR9A 5ICTA 4DXBA 2GFEA 1B5JA 3PUWE 1LGBC 1MPBA 2DS9A 4R73A 2RINA 3RN8A 2M8CA 2DE3A 2VOZA 3PPPA 5FTHA 2B3BA 5FHMA 4QFPA 2XXVA 1POY1 3PUYE 2O7IA 2XXRA 1LCFA 1URDA 2ABHA 4NWDA 3VLVA 2FNCA 4HCYA 1OVTA 3QYTA 1R1NA 4AQ4A 5BWJA 2PYYA 4THIA 4FAJA 3DP6A 2AIXA 1Y3NA 3KOSA 4NF8B 3LC8A 4M4GA 1MY2A 2YLNA 5TP9A 1N7WA 4KQPA 1CE2A 3RUMA 5I2KA 3W9VA 4WXJA 3RPWA 1MQDA 2A5SA 3E13X 3N94A 4GD5A 2NWJA 3TTNA 1S50A 4RJZA 2Z8FA 1TT1A 2V84A 3O66A 3HN0A 1NNPA 4DXCA 5FHOA 5H8FB 4JXIA 1IUDA 1DOTA 2P0SA 4F3GA 1FQEA 3V83A 3PPNA 2QS3A 4JWYA 2R71A 1SW1A 3CVGA 5L8DA 1SDXA 3HHGA 4QSDA 5K2XA 4ESXA 4XIGQ 1SW5A 2B65A 2GH9A 3SKPA 2THIA 4Q8RA 1LBCA 3H06B 5A5XB 3PPRA 1JVXA 3HHFA 3T9UA 3W9WA 2QMWA 4OFLA 1XT8A 4OTEA 1QKAA 1ZU0A 3KSXA 3TUSA 4R2FA 2E1SA 3EHSA 1FTLA 2F7CA 2DOJA 1RKMA 5H8NA 2F6GA 4PFTA 3S9EA 2OBGA 3IO6A 3C31A 1B4ZA 1FCKA 1BLFA 3MP1A 4R2BA 4X1BA 4F2OA 3UK4A 2I4BA 3MP6A 3H6VA 4OWDA 2REJA 2XXUA 3Q26A 3V8XB 3FV2A 1B7HA 2O7UA 4I1DA 4NF4A 3QUJA 3EHTA 3MVWA 4WEDA 3UN6A 3FATA 4LATA 4YKKA 1M5CA 1H44A 3OO9A 2OWSA 3RY3A 2YPNA 1MH3A 4ECFA 1SI0A 2D3IA 2H25A 3IOUA 5I57A 1PC3A 4ELQA 3C9HA 2IA4A 3VXCA 1SVXB 3A09A 4N6PA 2OZZA 4UA8A 3JZJA 2Q2AA 3IORA 3S4UA 4H6DA 5EYFA 2H98A 3M3LA 1PBPA 5I58B 2E0SA 3IOVA 2Y7IA 1B05A 1YCJA 3FXUA 2F7AA 4H0WA 4GFRA 2Q89A 3MUQA 2D5WA 2DVCA 3OO6A 3I6VA 4P0GA 1EZOA 4F3PA 2DWJA 1XS5A 3CG3A 2FA7A 4Q0CA 4RPOA 3O28A 3V5AA 3PPOA 1MQGA 3B6QA 2AL4A 3K6XA 3SEYA 3K6VA 2QRYA 2R9JA 4NE4A 2YJPA 4X48A 2R6GE 3KJ7A 1VR5A 2HAVA 4H5GA 4NF6B 1MRPA 4FATA 5CI5A 1NL5A 1B2HA 4ISUA 3F11A 4MLQA 1LAXA 1MS7A 5H8HA 4EF2A 3IJXB 4ZECA 1B0HA 1SBPA 3L6GA 1SW2A 1JNFA 4OVJA 3O29A 4G8MA 4WKMA 2HZKA 2Z22A 3LR1A 3IX1A 4ZS9A 4PETA 3G3KA 4IO7A 4JWOA 1N3XA 1TFAA 3MP8A 4NF5B 2HZLA 4EDPA 2RCBA 2Y7WA 4QFKA 2X7PA 1AIVA 5TP9B 4G77A 2RF1A 4R74A 4IO2A 4GOTA 1B3LA 3MQ9A 5KZTA 4NEDA 2ESNA 3E4RA 2VD2A 2XXYA 5I2KB 3EN3A 3S2VA 4EQBA 1B3EA 4F3SA 1A8EA 2DWHA 1P1UA 2G29A 4C1UA 4HTGA 3SEVA 3OMBA 2Y7PA 2RC9A 1UIVA 1URSA 1GR2A 3GBAA 1B3HA 1XOCA 3FVKA 3TYHA 3T22A 1LBBA 3H4ZA 3DM0A 2OCUA 3JYRA 2GHBA 5LOMA 4GLIA 4ELPA 3FJ7A 3CSGA 3PD9A 1MXYA 4RYAA 1NNKA 2DSFA 1NKXA 4XKPA 2F34A 1Y3PA 4GQOA 1N84A 2PMSA 3ZKKA 4NMYA 3G3IA 1NH8A 1BIYA 1A99A 1DTGA 4QFLA 2DVZA 1IQ7A 3A3UA 3HSTA 1B6HA 3IB2A 2Q8JA 1WODA 3PUZE 4DCXA 3S9LC 4TOZA 3K02A 4ELRA 4IGTA 3DELB 3QAXA 2OLBA 3FVNA 1VE4A 2VGQA 4RK9A 4IO5A 3VV5A 1Q1KA 4POWA 5B7DA 4N07A 4OXVA 4ZZEA 4R9FA 4QFNA 3W15C 1ELJA 1P1NA 1N76A 2ONSA 3ODBA 4XKQA 1B7UA 3EPEA 1M5EA 1IEJA 4ZEIA 3Q28A 3H3GA 3R6UA 4XKRA 4OEVA 3UA8A 4NF4B 4F31B 1IIWA 5KCJB 4EXKA 3G3JA 4OFOA 3I3VA 1SD3A 2QJEA 1S9TA 4F39A 1N7XA 3MZBA 5CBSA 3OD7A 2O68A 1FQCA 2GRVA 3EF7A 3DP4A 3HCQA 1NH7A 2X7QA 3O2AA 4KCDA 3Q27A 5F7VA 2OJTA 4FJPA 3ZS6A 2F35A 1JW1A 3KEIA 4F2QA 4Z7EA 4DIGA 3GBBA 1DPPA 2QSXA 4GL0A 1A40A 3G3HA 2F7BA 3KBRA 4WEPA 2Z8DA 1LAGE 3FZVA 1LAFE 3VE1B 4BLAA 3RNNA 2FYIA 3KGCA 1MPCA 3IB1A 3WAEA 2H5YA 3LSWA 4N13A 5TPAB 4LZ8A 4GF8A 3MW0A 3BKIB 1B5IA 1JQFA 2BJJX 5DTBA 5TU0A 5F1QA 4ZEDA 4EUOA 4YKIA 2XXXA 4GRKA 3LBSA 5JEIA 1MQIA 5KDTA 3VVFA 3CIJA 5L9OA 5CBRA 3TKDA 4DE8A 3DP8A 4EQ9A 3CFZA 5CM6A 3PMWA 2HAUA 3UP9A 3QK6A 3EHUA 5AA4B 3OO8A 4EQ7A 1LFIA 1ZLQA 1ZJLA 3OSQA 4R75A 2QS2A 4YICA 4I62A 5H8SA 1OQHA 5ISUA 4DXUA 1SW4A 2Q88A 5CMCA 4ZEBA 1QJMA 4KI0E 3VFJA 2HEUA 2ONRA 1B32A 2UXAA 3CSBA 5H8HB 3TELA 3PPQA 1MY1A 1PB7A 2Z8EA 1NMUA 4P0IA 2O84X 4U22A 1M5BA 3PUXE 1SQYA 4BDLA 4G4PA 1H45A 5CMKA 2PT1A 3C4MA 3LSLA 4OFJA 1GTKA 3E9XA 1LFHA 1D4NA 1AMFA 4MBPA 3TTLA 3PGFA 2VD3A 4FE8A 4FECA 3B6WA 2ZNSA 2I48A 3FJGA 1I6AA 4FIMA 3C36A 3QSLA 2X26A 3MZ9A 5I84A 3M3KA 5DVIA 5CMBA 1UTHA 3H6WA 4I9DA 1MM7A 1Y4CA 3LSXA 1SYHA 2I0BA 4G68A 3MVYA 5IKBA 5L9SA 5AE4A 2UYEA 1Y3QA 3T9VA 2VP1A 1B9JA 3OSRA 4FEBA 2DWAA 4OYVA 1FW0A 4GWOA 3FVOA 4G68C 5EHMA 4C1TA 4M1VA 4U23A 5ELVA 1UTBA 2RKMA 1POTA 1LSTA 1FQDA 2Q9TA 1B51A 5H8QA 3PV0E 3AXFA 1Y9UA 4OZ9A 3UORA 2DXYA 4I8CA 1Y20A 3FJMA 5JK4A 1FTJA 3K0VA 2UVJA 2A5TA 3SERA 4QSCA 3N26A 3BFTA 2PVUA 3P7IA 3V89B 1O64A 3R7XA 4IGRA 3WAFA 2DQVA 1KWHA 4OENA 4U4XA 2I3VA 1MXWA 1ANFA 3GZGA 1MM6A 3C32A 4LUBA 4QF9A 4FEDA 1O7TA 4PFWA 3OEMA 2AL5A 2O69A 1MQHA 4Q30B 4AB6A 4LA9A 5DT6A 3K2DA 4NF8A 3IK6B 1ZTYA 1DMBA 3IOWA 4YAHX 1FTOA 2Y7RA 4OEUA 4U21A 3OELA 4U1ZA 3CFLA 4DZ1A 5AA2B 3GLBA 5ICQA 2Q2CA 2I6EA 3SESA 2I4CA 2XXWA 3SEWA 3K00A 3RGYA 4POXA 2NUVA 1OIBA 3FGSA 1QUJA 5J1DA 4QSEA 2HFBA 1IXGA 2UVIA 3TTKA 3HV1A 4ZDMA 4MH5A 1D3KA 1LAHE 3MVXA 3VVEA 3SETA 4NTLA 1MPDA 2Z23A 1FQAA 5AA3A 3USDA 1EZPA 4OHNA 3ONMA 1I6QA 3H6TA 3C33A 3K1MA 3Q29A 2XXIA 1OMPA 3MVZA 5DEXA 5CMMA 1JW5A 3HO7A 1MDQA 3BBRA 3UIFA 2OK2A 3KN8A 3H03A 4Q5TA 1TFDA 1MXXA 2LAOA 3HPIA 1B5HA 3VLWA 2I49A 4DDDA 1QW0A 3TMGA 2H9BA 4H5FA 5DVJA 3TCFA 1YAEA 3OEKA 2XXTA 2B3FA 1QVSA 2DWIA 1P1QA 1XHYA 4G8NA 1URGA 1B1XA 3QIMA 4ZZAA 3KOTA 2HXWA 3IOTA 3ILUB 4JDFA 2HCAA 3M3FA 3O6IA 4H65A 5I59A 1Z7NE 1N3WA 4O3CA 3N5LA 3ZSFA 1ATGA 3D4GA 2RC7A 4LZ5A 3U1OA 3K1PA 2V3UA 2F8DA 2QS4A 3A3CA 2O6AA 4OMBA 3O6GA 1B3FA 4KYSA 3RT6B 3OO7A 2AYSA 2NVUB 2O51A 2CMOA 4HCWA 4MFIA 3U93A 4YKJA 4F1YA 3MBPA 5ITOA 2REGA 3T9HB 2DXRA 3FXQA 3TPAA 5JTYA 1I6BA 3IO4A 1ZKBA 1DPEA 5ITPA 1FQBA 1M5DA 2F97A 3T66A 1NNFA 4O3BA 1OQGA 3OXNA 5H8NB 4RA1A 1BTJA 1UTHB 2XX9A 1B7ZA 4LP2B 4G2ZA 4PFYA 1MQJA 4G68B 5I58A 1MG1A 1CB6A 5IAIA 1A7LA 1VFEA 2QPQA 3E3KA 1JVYA 3CG1A 4BDQA 3U8QA 4TLLB 3CFXA 1GV8A 3U72A 1NFTA 1A54A 4RNSA 2XHDA 4LZ7A 4YMAA 2GHAA 1UTBB 2UVGA 1B0LA 2DE2A 4F3BA 3VDFA 1JETA 4ESWA 1I69A 3K01A 3ECRA 1US5A 4OQOA 2UVHA 2XX8A 4H8IA 3C34A 4KYEA 5H8QB 1BKAA 3PMXA 3S9NC 5I57B 4TLMB 4YKPA 1B58A 4YU0A 4NF6A 1MY4A 1B1HA 4F1VA 3KN7A 2A5TB 3MZ1A 3IJOB 4JSDA 4YMBA 4QHQA 3QXMA 2DP8A 1IXIA 1H43A 3SEUA 4ND9A 4KHZE 1B52A 3VXBA 1P99A 4OERA 4ZE8A 4MF3A 2XXHA 1TWYA 2RC8A 3SEXA 3OOAA 2P2AA 3TCGA 3U94A 3TQLA 3GXAA 4NF5A 4GIZA 2WKYA 4Z0IA 4PQJA 1IXCA 4KPTA 5L9MA 1J1NA 5FHNA 3FUZA 4F29A 1DTZA 3TTMA 3H6UA 3FV1A 4IO4A 4L17A 1H3DA 3TCHA 1IITA 4U4SA 3IL1B 2ZNTA 2ONKE 3B7DA 1MY0A 2ALUA 2F36A 5I2NA 4RY1A 3TEPA 1S7YA 1A55A 1MH4A 2XXQA 4H1XA 1D9VA 4ELOA 4BDRA 5DVFA 1AL3A 3N6UA 5I56A 3M8UA 1H76A 2NOOA 5AA2D 3O9PA 2OWTA 2I0CA 1QKBA 3KZGA 2O1LA 3O6HA 1TXFA 4DLDA 1PB8A 4GXSB 3LUYA 3K4UA 5HBCA 1B4HA 2NXOA 4X1DA 1FQFA 5DEXB 3K6WA 1EH3A 1US4A 3N6TA 5K2YA 1USYH 4IY6A 4XXUA 2PX1A 3PUVE 3IB0A 1Y1MA 3THIA 2ZYNA 1YTVA 1MY3A 1XVYA 2P1SA 3TZAA 1QULA 1JW4A 4GXAA 1Z7ME 2PBWA 1GGGA 4O3AA 4F1UA 1OVBA 4XTCQ 3MJNA 1IXHA 4YB7A 1HSLA 4QFOA 3TDJA 4E0XA 3FIRA 4C0RA 1MXZA 1FTKA 3S9MC 5CC2A 3KJTA 4JSOA 4UACA 2G93A 4PFUA 5I59B 4K3FA 3L6HA 1IZ1A 4OESA 4JWXA 4E0WA 2XX7A 4AB5A 5B70A 3RQTA 5KCJA 2UYFA 1UIUA 3FD3A 1II5A 1N0TA 2F78A 2Y7KA 3KFMA 3TODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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