1DMBA

Refined 1.8 angstroms structure reveals the mechanism of binding of a cyclic sugar, beta-cyclodextrin, to the maltodextrin binding protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar transport
molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
publication title Refined 1.8-A structure reveals the mode of binding of beta-cyclodextrin to the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dmbA01
3CSBA 5CBRA 1UTBB 1PDAA 3USDA 4F19A 1BLFA 4HCWA 2F6PA 3TTMA 1MQJA 1FTOA 5ELVA 4ZECA 2I3VA 4NE4A 2I48A 1SYIA 3G3IA 3C35A 4U23A 3QIMA 3CI8A 2ZYOA 4H8IA 3N6UA 4LZ7A 3VFJA 4YKKA 4BDNA 4TLLB 3E4RA 4MLQA 2PT2A 5ISUA 3O6HA 3MP6A 4PFWA 1JEVA 1OIBA 3N94A 4PE5B 5AA2D 3L6GA 2O84X 1SDXA 4F31B 4R6YA 3OEMA 3RUMA 3TTNA 1JW5A 1QUIA 1VSOA 5K2YA 2F78A 1RYXA 4GRKA 4DXUA 1URGA 1ZBMA 4P0GA 4OEUA 2O1MA 3S9LC 1RKMA 1MXXA 1JVXA 3P7IA 2Z8EA 3S9EA 3FUZA 3KFMA 3THIA 1A54A 1UQWA 1R1NA 3K6XA 3IK6B 2DWHA 3B6TA 2UVGA 4IY5A 3HO7A 2QMWA 4EDPA 4PFTA 3GXAA 1ZLQA 3KOSA 4LVQA 1MPBA 1IIWA 4QRZA 1B2HA 2DWIA 4JWYA 1R9LA 4R9GA 3TTLA 5DYHA 2W7YA 1WDNA 1IEJA 3VVEA 1GVCA 1FTLA 4Z0IA 2XXPA 3FJ7A 3FJGA 3VLUA 2BJJX 1OQHA 2LAOA 4F1YA 4BDMA 3H6UA 4O3BA 3RTFB 3T22A 3GBAA 5KCJB 1IXHA 5L9MA 3K02A 4TQUQ 2YLNA 3M3FA 3O66A 3UN6A 1IXCA 4JXIA 1GR2A 5HPQA 1B7UA 2DWJA 5I84A 1LGBC 3MP1A 1TXFA 2GH9A 1LCFA 5ITOA 1M5EA 3CG3A 5H8NB 5FHOA 3RPWA 4HCYA 3C4MA 2F7BA 3OEKA 1MH4A 3LC8A 3MBPA 4I62A 4H6DA 1DTGA 1Y3PA 3G3JA 1A40A 3QK6A 3Q26A 2F6GA 2DYXA 2I0CA 2PT1A 3HCQA 3TEPA 4RPOA 3SERA 3TODA 2HFBA 4KD5A 3T9HB 3SEUA 1A99A 5H8QB 3MPLA 1ANFA 3B6QA 3H06B 3VVDA 5B7DA 3KOTA 1UTBA 1P1NA 4UA8A 3FVNA 4RNSA 3PPQA 3HV1A 3VVFA 3G3HA 4UACA 4KYEA 2I3WA 1EZ9A 3IORA 5J1DA 1PEBA 3K1NA 1D3KA 3KN3A 1DSNA 1MXUA 2AL5A 1I6QA 3EHSA 2PMSA 1B3GA 4H1XA 5EHSA 4R6KA 2REJA 4IB2A 1IUDA 4G8HA 2F97A 3IAZA 1QW0A 3PUYE 2AL4A 4IGTA 1FQFA 3RNNA 5CBSA 1TFDA 1XS5A 2UVJA 5H8FB 1B3FA 3PU5A 1B3LA 1ZJLA 1Y20A 4R2BA 2VGQA 1QKBA 3TELA 3C34A 4GOTA 1Y4TA 1SYHA 3K01A 2QS2A 3IOUA 1WVJA 1USYE 1LAXA 1WODA 2RCAA 4G8MA 5IAIA 3O28A 4F29A 1AL3A 4GXAA 4R72A 5CC2A 2XX7A 1HSJA 4YB7A 4RYAA 5BWJA 2QSXA 2FNCA 3U92A 3M3LA 3UK4A 3M8UA 3QUJA 3IOWA 2DVCA 3IO6A 5CM6A 3CG1A 4U4XA 3MVWA 3DP4A 1MQIA 1N7WA 4LZ5A 2B3BA 1N3XA 4R75A 1Z7ME 3FXUA 4XKQA 2OK2A 3PMXA 4IO3A 4FEDA 4MLVA 2XXQA 3EQ1A 5L9SA 2KLFA 3O6GA 4EXLA 1H43A 4XKRA 4ZZEA 4G2ZA 1IQ7A 3JV9A 4ZZAA 4FATA 4ONYA 3ZSFA 1H44A 4N6PA 1PBPA 4HW8A 2XD2A 3ZKLA 2F5XA 4GF8A 2F7AA 5H8NA 4XIGQ 4ISUA 1ZMGA 3VLVA 2Y7IA 4EQBA 1FW0A 3CIJA 5CMBA 1SI1A 4EF2A 1OMPA 4NF4B 2RC9A 4RXLA 1H3DA 3EPEA 3C32A 3FV2A 2Y7PA 1O63A 2RCBA 1FQCA 2DVZA 4FORA 3R26A 4DE8A 1OVBA 1EH3A 4OYVA 5H8QA 1EU8A 3RN8A 2ONKE 2F7CA 3EHUA 4ZS9A 3SDFA 3MAMA 3FXRA 4QF9A 1QJMA 1B3HA 3RT6B 3UP9A 5BUUA 3UA8A 1CB6A 3MVZA 1Q35A 3H03A 3RQTA 4DDDA 1MQGA 2UVIA 4F3PA 4G68C 5IKBA 4TLMB 1JNFA 1PB7A 4NWCA 1UTHB 3QXMA 1S50A 4F39A 3S2VA 3E3KA 5H8FA 5CMMA 1QVSA 3LSFB 3E13X 1LB9A 4GD5A 3RY3A 4XXUA 3OO6A 1IZ1A 4HS7A 4F2QA 4DCYA 4JWOA 4RPNA 2ONSA 4OQOA 1AMFA 5AE4A 4DCXA 4GWOA 1MY0A 5I56B 3MW0A 4YICA 4EXKA 2ANJA 1US5A 4G68B 4F2OA 4YB6A 2NVUB 4GL0A 2RC8A 2RKMA 4JSDA 5I2NB 1JETA 3VE1B 4QFOA 1UIUA 4LQ5A 4Q0CA 5AA4B 1J1NA 5KZTA 1NNKA 3KJ7A 2ZYMA 1Y1ZA 5FTIA 3KN8A 4IY6A 2DWAA 4ZE9A 1GGGA 2FYIA 3OO8A 2B3FA 1Y1MA 4WKMA 3SEVA 2F34A 5F1QA 4THIA 1MY1A 2XX9A 2I58A 4Q5TA 3LSXA 2XXYA 2QS1A 5DT6A 1DPEA 1MXYA 3IJXB 2D21A 3FVGA 1YTVA 4X1BA 3O9PA 2QL3A 1XOCA 3TYHA 3DM0A 4BLAA 4F1UA 3FJMA 4ESXA 5FHMA 3MC2A 3VXCA 2XXWA 3W9WA 4LA9A 3H6VA 4NWDA 2OLBA 4L17A 3OOAA 1FTJA 2IEEA 4QSCA 5I57A 1P99A 2CMOA 2HAUA 3BFUA 4C1TA 3IL1B 1TT1A 5JEIA 3K2DA 4O3AA 2O7UA 4POXA 2R6GE 3L6HA 3O97A 3GLBA 2NUVA 2XXXA 1NH8A 4OXVA 2D3IA 2I0BA 1XC1A 2PX1A 5DVIA 2Q89A 4OTEA 4ECFA 3CRBA 2I4BA 5L9OA 1ZIUA 5HBCA 3V8XB 3O29A 1FQEA 1MPDA 3RTWB 4KYSA 5JTYB 4OFLA 4M1VA 3T9XB 4LZ8A 3TCHA 2O69A 3SEWA 1JQFA 1MQDA 5K2XA 4YKPA 1AIVA 4U22A 3W15C 3TQWA 4G77A 4YMAA 4POWA 3RT8A 4OFJA 3PV0E 1UTHA 1B1HA 2DOJA 2A5SA 4KCCA 4H65A 4NEDA 3E9XA 4AQ4A 2V84A 2OWSA 3IB2A 3OENA 5AA1A 2HZLA 2P2AA 1SW4A 5CMKA 3IJOB 5H8HB 3FVKA 1XHYA 3K1PA 2Z8FA 2OBGA 2PYYA 1SVXB 3OSRA 2CZLA 1LFIA 3D4CA 2XX8A 1PC3A 3OSQA 1II5A 3H4ZA 4JB7A 5I56A 4MH5A 3MPKA 1PB8A 2VOZA 2ZNTA 1L5TA 1Y3NA 2OZZA 4G68A 4TOZA 3IX1A 1D9VA 1S7YA 5I2NA 5TPAB 4FEBA 4U1OA 1B7ZA 2I49A 1B46A 3ONMA 1POY1 2PVUA 2O7IA 3TCFA 1B40A 1S9TA 1OVTA 3V83A 2OJTA 4GFRA 4F18A 1VFDA 4GLIA 4OMBA 4EF1A 2Z22A 4IO5A 1MXWA 1M5FA 3PPOA 1CE2A 2O68A 4Q30B 5AA2B 1MY4A 4DXCA 2G93A 2XD3A 4GIZA 3TTKA 5F7VA 1SW1A 2DQVA 4OFOA 3QSLA 1MPCA 3Q27A 3F11A 3TTRA 2M8CA 2ZMBA 2XXUA 2FA7A 1H45A 2Y84A 5H8SA 2VP1A 3KN7A 3B6WA 3IB0A 3RLFE 4NF6B 5B70A 1ZTYA 2QS3A 1MY3A 3KSJA 3T96B 3FD3A 2VD3A 3OD7A 3U93A 2XXTA 2O1LA 3CR9A 2V3TA 2NWJA 3H6WA 2WKYA 2IA4A 1N7XA 3CFZA 4R2FA 2Y7RA 3UORA 1YAEA 1GTKA 2HAVA 2REGA 2HZKA 5I59B 1A7LA 3OO9A 3FATA 5KCJA 3MP8A 1M5CA 4YKJA 1HSLA 3T9VA 1NMUA 1M5BA 2Q8JA 4H0WA 3PUZE 4ZEBA 1B32A 1D9YA 2ZXTA 5JTYA 2P0SA 2F35A 1ZU0A 3KZGA 2AYSA 4N13A 2DE3A 3FIRA 3PPPA 1OLAA 2HXWA 5CRYA 4U4SA 1NNPA 3M3KA 4DXBA 3FGSA 1LAHE 4KHZE 1EZPA 3PMWA 1LCTA 4FE8A 5I58B 5FHNA 4JSOA 3KG2A 2DS9A 3OELA 1VR5A 3HHFA 3O6IA 3Q25A 1R6ZA 4YKIA 4NF8B 1O7TA 1JW4A 3U8QA 4Q8RA 1MY2A 1B4ZA 2ZNUA 4QHQA 1FCKA 4BDOA 4I1DA 3TUSA 1B7HA 4BDLA 4OEVA 5ICTA 1B1XA 2GRVA 3PPNA 5DEXB 4N07A 4YAHX 1NL5A 2X7PA 2ZYKA 4PP0A 1MG1A 1US4A 4ZEIA 2RINA 4H8JA 4DIGA 4PFYA 4LONB 4KCDA 4DLDA 1FTMA 3C9HA 4F22A 1AH5A 4OHNA 3K6UA 4KFQA 3LBSA 3K6VA 4F3GA 2QMXA 1N0TA 5JK4A 1XVXA 2Y7WA 4IO4A 4LQ2A 3FZVA 3MZ9A 2B65A 1Z7NE 3T9UA 1F9BA 4ZEFA 3IB1A 2ZYNA 3Q28A 3SESA 1POTA 1SW5A 1BKAA 1B4HA 1MDQA 3H7MA 4I9DA 2DXYA 3TMGA 3EN3A 5AA2A 5CI5A 1LLSA 1RYOA 3ZKKA 4P11A 1TWYA 1NFTA 3N26A 3B7DA 3U94A 3JYRA 2QPQA 3G3GA 1QUJA 1B58A 5HM4B 3K4UA 1B0LA 4F3BA 4BDRA 3V5AA 1MS7A 3IR1A 1ELJA 4E0XA 4XKNA 4NF5B 1QUKA 2UYFA 3WAEA 3SEXA 1HSEA 3CSGA 1YCJA 4NF6A 1I6AA 2H98A 1QKAA 3TZAA 4EQ9A 3R7XA 4H5FA 2XXIA 4MFIA 3AXFA 2G29A 3TPAA 3HSTA 2Q2CA 3A3UA 3N6TA 4XTCQ 1YPNA 3CFXA 5ICQA 2DE4A 3SETA 2P1SA 1MDP1 5I59A 3MZBA 4JWXA 4AB5A 3DP6A 2H9BA 1BP5A 3K1MA 2Y7KA 3KJTA 4U1ZA 3HPIA 5I2KB 2VHAA 3MVXA 4U2RA 1I69A 4O3CA 2UYEA 4OERA 2H25A 3OMBA 1MXVA 3KBRA 4XKPA 4ELRA 5DVJA 2ONRA 1A8EA 2A5TB 3V89B 3QYTA 3LR1A 4NF4A 4ZE8A 5L8DA 3HHGA 4RK9A 5I58A 3U1OA 1D4NA 1P1WA 4R9FA 1IXGA 4FECA 4LUBA 2X7QA 4NF8A 3GBBA 4QSDA 4K3FA 1NNTA 4ELQA 4FAJA 5EHMA 1P1OA 2D5WA 4RJZA 3A09A 2Z23A 1ATGA 5DEXA 2V3UA 4QFLA 1SBPA 1LAGE 1B0HA 3DELB 5TP9B 3ECRA 4KPTA 5A5XB 5KDTB 4DZ1A 1MM7A 2Q88A 4F1VA 2RC7A 5CMCA 2R9JA 1DOTA 3C31A 3MZ1A 3QAXA 3RGYA 1ZKBA 3PGFA 3G3KA 2GFEA 1B5IA 1M5DA 2DP8A 2NOOA 4PFUA 2OCUA 3K00A 3TDJA 4MF3A 5ITPA 4R6HA 1A55A 3T93B 3UIFA 2XXHA 3Q29A 4MBPA 2GHAA 4NMYA 4X48A 1LFGA 1DTZA 1IXIA 3A3CA 3H3GA 2Q9TA 3IO4A 1I6BA 1UIVA 4OESA 4PETA 2I6EA 3U72A 1OLCA 2UXAA 4KQPA 2HCAA 1BIYA 4F3SA 3PD9A 1N76A 3HN0A 4YMBA 4KR5A 4U21A 4RK2A 3KSXA 1Y4CA 4H5GA 4NF5A 3I6VA 2HQ0A 4C0RA 1JEUA 5EYFA 1MRPA 5AA4A 3JZJA 1FQBA 1DMBA 2PBWA 3KGCA 4H67A 4WEPA 3FASA 2ALUA 3S4UA 4YU0A 1SD3A 3VXBA 5TU0A 4OWDA 2F36A 3PPRA 3GZGA 1URDA 1B52A 2H4IA 5FTHA 3TKDA 3I3VA 4RA1A 3C36A 1LSTA 5M2VA 2ZNSA 2GHBA 1USYH 4ZEKA 2V3QA 3VLWA 1P1QA 1QULA 2UVHA 4OETA 4ND9A 2ESNA 1O64A 5I2KA 4IO2A 2RF1A 2DE2A 3PUVE 1FQAA 1NKXA 1IITA 1FQDA 2F8DA 1NNFA 1URSA 2HEUA 1LFHA 1AOVA 4IO7A 2H5YA 4FJPA 4YZZA 4AB6A 1NH7A 1VE4A 2NXOA 1B9JA 2QS4A 1B5JA 3OO7A 3W9VA 2A5TA 4R73A 3ODBA 3FVOA 2THIA 4ZEDA 2AIXA 4OZ9A 1LBCA 3VDFA 2R71A 1MM6A 1BTJA 4JBZA 1T0KA 1B51A 3VV5A 1P1UA 1N04A 1PBQA 2O6AA 2ABHA 4GXSB 1B3EA 3CVGA 4PQJA 3CFLA 2QJEA 3IOVA 1B5HA 3FV1A 4WEDA 3DLNA 2X26A 2XHDA 4E0WA 5LOMA 1FTKA 3MQ9A 3MJNA 2O51A 3C33A 3WAFA 3SEYA 5TP9A 4NTLA 5A5XA 3LSWA 4G4PA 5KDTA 3BFTA 3UGWA 3OXNA 3FXQA 4GVOA 1SW2A 3T66A 1MQHA 4IGRA 2V93A 4EUOA 2QRYA 4JDFA 1XT8A 2OWTA 1PB9A 3PUXE 4LP2B 4BDQA 3PMVA 3SKPA 2DSFA 4R74A 1H76A 4QSEA 2DXRA 4P0IA 3K6WA 2XXVA 3G7WA 1EZOA 4X9TA 4Z7EA 4X1DA 1OQGA 3G3FA 4QFNA 4QFKA 2Q2AA 5H8HA 1XVYA 5DVFA 1Y9UA 3IOTA 1LAFE 3K0VA 1GV8A 1KWHA 3TCGA 5DTBA 5I57B 3ILTB 4GL8A 4ELOA 3O2AA 3N5LA 3QUFA 1B05A 2H99A 4KYDA 3D4GA 3PD8A 1JVYA 3BKIB 3PUWE 1Y3QA 1R9QA 3R6UA 2VD2A 1B6HA 4OVJA 2YPNA 3S9MC 4M4GA 3EHTA 3TQLA 1DPPA 1TFAA 1N3WA 4ELPA 1LBBA 4ESWA 4LATA 4HTGA 3TFLA 1SQYA 1Q1KA 1LB8A 5TPAA 3BBRA 5AA3A 4EQ7A 3MWBA 4WXJA 2Z8DA 1MH3A 4C1UA 1MXZA 4G8NA 1N84A 3I5OA 2E1SA 3MUQA 3ILUB 3ZS6A 4GQOA 4FIMA 3S9NC 1VFEA 4QFPA 4OENA 3LSLA 4I8CA 1JW1A 2E0SA 1SI0A 4RY1A 2V25A 2I4CA 3MVYA 4KI0E 1A8FA 2XXRA 2YJPA 3KEIA 3DP8A 3EF7A 3H6TA 4YB5A 3TAJA 4IO6A 4ZDMA 3LUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CSBA 4GWZA 3RYDA 3MYUA 1JP4A 5CBRA 1UTBB 1PDAA 3USDA 4F19A 1BLFA 4HCWA 2F6PA 3TTMA 1MQJA 1FTOA 5ELVA 4ZECA 2I3VA 4NE4A 2I48A 4PAFA 1SYIA 3G3IA 3C35A 4U23A 3QIMA 3CI8A 2ZYOA 4H8IA 3EKIA 3N6UA 4LZ7A 2VPNA 3VFJA 4YKKA 4BDNA 4TLLB 3E4RA 4O7IA 4MLQA 2PT2A 5ISUA 3O6HA 4FBPA 3MP6A 1FRPA 4PFWA 1JEVA 1FSAA 1OIBA 3N94A 2ZZXA 4PE5B 5AA2D 3L6GA 2O84X 4MNPA 1SDXA 4F31B 4R6YA 3OEMA 3RUMA 3TTNA 4GWUA 1JW5A 1QUIA 1VSOA 4H46A 5K2YA 2F78A 4P3LA 1RYXA 4GRKA 1FPIA 4DXUA 1URGA 1ZBMA 4P0GA 4NAPA 2VPOA 4OEUA 2O1MA 3S9LC 1RKMA 4XF5A 1MXXA 1JVXA 4X8RA 3P7IA 2GQ1A 2Z8EA 3S9EA 3FUZA 3KFMA 3THIA 1NV0A 1A54A 1UQWA 4P47A 1R1NA 3K6XA 3IK6B 2DWHA 3B6TA 2UVGA 4IY5A 3HO7A 2QMWA 4EDPA 4PFTA 3GXAA 1ZLQA 3KOSA 4OA4A 1IMFA 4LVQA 4O94A 1MPBA 1IIWA 4QRZA 1B2HA 2DWIA 4JWYA 1R9LA 4R9GA 3TTLA 5DYHA 2W7YA 1WDNA 1IEJA 3VVEA 1GVCA 2R8TA 1FTLA 4Z0IA 2XXPA 3FJ7A 3FJGA 1FPDA 3VLUA 2BJJX 1LBWA 1OQHA 2LAOA 4F1YA 4BDMA 3H6UA 4O3BA 3RTFB 3T22A 1NV4A 3GBAA 5KCJB 2FVZA 1IXHA 5L9MA 3K02A 4TQUQ 2YLNA 3M3FA 3O66A 3UN6A 1IXCA 5A5LA 4JXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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