4YZZA

Crystal structure of a trap transporter solute binding protein (ipr025997) from bordetella bronchiseptica rb50 (bb0280, target efi-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and picolinate bound active site versus apo site
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
b'NPTVRWRMSTSWPKSLDTIYGSADELCKRVGQLTDGKFEIRAFPGGELVPSAQNMDAVSNGTVECNHVLSTMYIGKNTALTFDTGLSFGLNARQHNAWIHYGGGLQQLRELYKKYNIVNHVCGNVGVQMGGWYRKEIKSTADLNGLNMRIGGIGGMVLSKLGVVPQQIPPGDIYPALEKGTIDAAEWIGPYDDEKLGFNKVAPYYYSPGWFEGSASITSMVNDKAWEALPPAYQAAFEAACGEQSMRMLANYDARNPLALRKLIAGGAKVSFFPKEVMDAVYKASQQLWTELSEKNPDFKAIYPGWKKFQEDEAGWFRVAENALDNYTFAAVARAQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a TRAP transporter solute binding protein (IPR025997) from Bordetella bronchiseptica RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and picolinate bound active site versus apo site
rcsb
molecule keywords TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
source organism Bordetella bronchiseptica
molecule tags Transport protein
total genus 133
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yzzA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4yzzA01
4RA1A 4P8BA 3SERA 3K4UA 2Q8JA 3V83A 4WEPA 4YMAA 3B6TA 4G68A 3S2VA 5JTYA 2VP1A 1US4A 4KR5A 2O7UA 3MPLA 4H65A 2XXXA 1N76A 2PFYA 4IO7A 3PV0E 2DWHA 1BLFA 1Y3NA 1YTVA 1PB8A 2QRYA 3H6UA 1B1XA 1I69A 2NVUB 1ZLQA 2DVCA 5I2NB 1R1NA 4YKPA 3FXBA 1P99A 4GXAA 3KZGA 1JW5A 3G3JA 3SDFA 2AL4A 1XHYA 1A54A 5FTIA 4E0XA 1DSNA 3KN7A 3O9PA 1MXWA 4H67A 2Q9TA 4GQOA 2XXHA 4QSEA 3T96B 3PPRA 3IORA 4ZDMA 4KHZE 1UTHB 4FEBA 2FYIA 3SEVA 1QULA 4KYSA 4AB6A 1NKXA 4NF8B 4KCDA 4PFUA 1L5TA 1B1HA 2ALUA 5CRYA 4X8RA 3GYYA 3GXAA 4EXLA 1SVXB 3MP6A 2V3QA 2V3TA 3T9VA 3LR1A 3FXQA 1N7WA 1S9TA 3GBBA 2E0SA 3OMBA 5DVJA 1ZJLA 4HCYA 1DOTA 2XX8A 3FXRA 3KOSA 3OO9A 1YAEA 4YKKA 4ISUA 3TTNA 5ELVA 1FQDA 3IJXB 2R9JA 2CEXA 1ZU0A 1B0LA 1RYXA 4POWA 4MMPA 2DE2A 1NNFA 1BIYA 5I5PA 4QRZA 4OFJA 1LFHA 3K6XA 3TTKA 3BKIB 1JETA 4U4XA 4HCWA 4LQ5A 4M1VA 4N8YA 4OVRA 4NX1A 1JW1A 1P1UA 1GTKA 4JSOA 2DYXA 5FTHA 3OSRA 5DEXB 2XWIA 2THIA 4ZZAA 2O7IA 2DP8A 4MEVA 4NQ8A 4F39A 5A5XA 1LLSA 1H45A 3BFUA 4H0WA 4F3GA 2XX7A 4R73A 3SEWA 4N15A 3PPPA 2XX9A 2XXWA 5M2VA 1A99A 2B3FA 2DXRA 2V4CA 2NUVA 2WYKA 1MXXA 5CMMA 3USDA 4GL0A 4EXKA 4PF6A 3K1PA 2V93A 4GVOA 2VD3A 5EHMA 3A3UA 4U21A 2CZLA 5AA2D 1IXIA 4DXUA 3EQ1A 3FVOA 4RXLA 5IM2A 1LBCA 1LB8A 3TDJA 4K3FA 1HSJA 2O1LA 4PGPA 3QUFA 5H8QB 4EQ9A 4RPNA 4KD5A 3GBAA 4N91A 2H25A 4IO3A 3K6VA 4TLLB 3TMGA 1OIBA 5I56A 2Y7PA 1QUJA 1LSTA 1TFDA 4OA4A 1QKBA 4ND9A 4LUBA 1SW1A 5EYFA 4OTEA 3PD9A 4ELRA 4DE8A 1IXGA 2ZYNA 3RT8A 3PMWA 4POXA 4F1UA 2DOJA 4GOTA 4PF8A 2P0SA 5HPQA 3PUZE 1POY1 1M5DA 3MVZA 3OEMA 3TYHA 1B51A 3LSWA 3E9XA 5B7DA 3R26A 4IB2A 3C9HA 4IGTA 5JK4A 3K02A 4ELPA 3IO6A 3N26A 3K2DA 1WVJA 4R6YA 4YU0A 1II5A 2Z8FA 1LGBC 4ZZEA 1B3GA 2H4IA 4PAKA 5I2NA 1Y4CA 4G8NA 3UORA 4F3SA 2XXVA 2UVIA 2X7QA 4BDNA 2RINA 2ZZVA 4HS7A 4N6PA 1O7TA 4DLDA 3G3IA 1EU8A 2ZMBA 2F7BA 2DE3A 1VSOA 1JNFA 4DDDA 3H3GA 4F1YA 1SI1A 4MNPA 4WXJA 3PPNA 1UTHA 2OJTA 3E4RA 4G4PA 3G3FA 4PP0A 2ONSA 2Y7IA 3UK4A 5K2YA 1USYH 4JXIA 4JDFA 2G93A 1H76A 4XKPA 3KFMA 2HQ0A 3ZS6A 1ELJA 1EZOA 2UXAA 1MQGA 1D9VA 3LC8A 1A8EA 3VV5A 3SEXA 3U72A 2KLFA 2V84A 2Y7WA 5H8HA 4R9FA 1MPBA 4ESXA 4MIJA 2A5TA 1ATGA 1Z7ME 3HSTA 4JSDA 1OVTA 4NF4B 3K6UA 3JYRA 3PMXA 1ZKBA 4TLMB 1PC3A 3OENA 2Z8EA 3PGFA 4ZE8A 3D4CA 1FQEA 2D21A 3KJ7A 1LCFA 5ICTA 1LBBA 5H8FB 3TEPA 4MNIA 3T9UA 4N6DA 4BDQA 1NMUA 5ICQA 3H6VA 3U1OA 3V5AA 2HAUA 2QSXA 3CSBA 3G7WA 4QHQA 3FGSA 1YPNA 3PUWE 3MP1A 4BDOA 3DP8A 1XVXA 3FXUA 2H98A 2I6EA 1A55A 2M8CA 4WKMA 1B2HA 2QL3A 1P1NA 3DLNA 5I59B 2AIXA 4YAHX 3RN8A 3MBPA 3P7IA 5F7VA 3O6GA 5FHMA 4QSDA 3OXNA 4F31B 3FJ7A 3O29A 5AA2B 3T93B 4XKQA 1XC1A 4DI4B 5KDTB 4FJPA 2DSFA 2GFEA 3PMVA 4LN5A 1AH5A 4OMBA 4NF6A 4P11A 4R6KA 3V89B 3VXBA 3RGYA 1Y1ZA 3TTMA 3ILTB 1D3KA 2YPNA 5ITOA 2RC9A 1OQHA 1MQIA 4NHBA 2BJJX 1MQDA 5FHOA 1PB7A 3ILUB 3FATA 2Z8DA 3T9HB 1IITA 3IB0A 5DT6A 3IJOB 1MPCA 2PX1A 4L17A 1GR2A 4XFEA 3Q27A 1MM6A 4PDDA 1H3DA 3PUVE 4U2RA 4YZZA 1IQ7A 4LZ5A 2XXQA 3K1MA 3H03A 2ANJA 4C1UA 4F3BA 1NNPA 5B70A 1NFTA 1AMFA 3CSGA 3W9WA 3THIA 3MVYA 1M5FA 1P1OA 2F34A 3VLVA 1EZPA 4RPOA 1IXCA 4LZ7A 3TPAA 3MAMA 1XOCA 3OO7A 1DTGA 5KCJA 5I7IA 4TOZA 3DP4A 3HPIA 1LAHE 4DCYA 3C32A 3KJTA 4XTCQ 4N13A 5IKBA 3WAEA 2F7CA 1I6AA 4PAIA 1Z7NE 2UVHA 3PU5A 4QF9A 3RQTA 3PUYE 4YMBA 1H44A 3UIFA 3TKDA 3MVXA 1MY2A 4TQUQ 1WDNA 4X9TA 3RTWB 2H9BA 3W15C 5BWJA 4N6KA 3SEUA 3I6VA 5KZTA 1MRPA 4P56A 4P9KA 1VFDA 1ZMGA 1MQJA 3IOUA 2CMOA 4I8CA 4OVQA 4GFRA 2PFZA 4H5FA 1AOVA 2OWSA 3FJMA 4FATA 4BDLA 2GHBA 3TTRA 4F18A 3K01A 2GHAA 3LBSA 2F78A 2HAVA 4YB7A 3OD7A 4NF5A 2DQVA 3GLBA 2LAOA 2REJA 3CI8A 5IGAA 3TCHA 2HZKA 4U23A 3TFLA 3O2AA 4OENA 5EHSA 4PBHA 4F3PA 4PFWA 4OVPA 1B4ZA 3CR9A 2HEUA 3M3KA 2ZYMA 1QVSA 4P47A 1UTBB 5DYHA 5H8FA 3H4ZA 4FAJA 2XXTA 4LONB 2DWAA 5H8NA 2Y7KA 1FQBA 1SW4A 3TELA 4R74A 3Q29A 5ISUA 2VHAA 3PPQA 4NWDA 3RUMA 3HV1A 1LCTA 1GVCA 4ESWA 4OETA 2FA7A 1DPEA 4PFBA 3OO8A 4EQBA 5IAIA 5TPAA 4P1LA 3CFZA 4PE5B 3TQLA 1MXVA 4XKRA 4FORA 1B7HA 4PFYA 1Y4TA 4U4SA 1LAXA 1MDP1 4OYVA 2Q88A 4H6DA 4MF3A 4EDPA 1US5A 5CMBA 3VDFA 4DCXA 3I5OA 2VPOA 5AA2A 1MY4A 5I57A 2Z22A 5CI5A 3B6WA 1XT8A 5KDTA 2QJEA 4OVJA 1N7XA 3VLUA 5L8DA 3JV9A 1D4NA 1NL5A 4NN3A 2Z23A 2O68A 4KYDA 3HCQA 2I4CA 2XXPA 3B50A 3M3LA 1Y3QA 5I58B 3IR1A 5HBCA 3MZ1A 5L9MA 4KI0E 3FJGA 4NEDA 3RNNA 4BDMA 4O94A 4MAGA 1MY0A 1N0TA 2UVJA 3S9NC 2I0CA 3KEIA 2XWKA 2CEYA 1OLCA 1B5IA 5I84A 2F97A 5AA4B 4YKIA 3IK6B 2ZZWA 2YLNA 4I1DA 3B6QA 3VVEA 3H6TA 2NOOA 2Q89A 4YB6A 1IUDA 4C1TA 4G68C 2F7AA 4O8MA 1URGA 3HO7A 3PPOA 4ECFA 2I4BA 3N5LA 5JTYB 4UA8A 3E13X 2ONRA 4EF2A 1PB9A 5BUUA 1R6ZA 2O69A 2ZXTA 3TZAA 1JQFA 3L6HA 4PQJA 4EF1A 3KGCA 2RCBA 5L9SA 1URSA 4QFKA 4F29A 4MCOA 2XD2A 3PUXE 1VE4A 1FCKA 4NGUA 3O6IA 4NF8A 1YCJA 3C35A 1B3HA 2PT1A 1MXZA 2Y84A 3OSQA 3G3GA 1FTLA 4DI3D 2RF1A 1PDAA 1BTJA 3U94A 3LSXA 1Q35A 3MC2A 3H06B 3A3CA 4PFIA 1OQGA 1FTKA 2F35A 1B05A 3UN6A 2YJPA 1N3WA 1XVYA 2HZLA 2XWVA 3MVWA 1MH4A 1JW4A 3MZ9A 1LB9A 4Q5TA 3MWBA 3Q25A 4OZ9A 1MG1A 1JEUA 4GD5A 3C4MA 4QFNA 3UGWA 1OLAA 3A09A 3FVKA 1B32A 2HXWA 5DEXA 2UVGA 4MLQA 4RYAA 5DVIA 5LTCA 3UP9A 1UQWA 3S4UA 1QUIA 4X04A 1EZ9A 2P2AA 2Q2AA 3QSLA 1OMPA 3U65A 2XXUA 3LUYA 3IOVA 4X1BA 1QJMA 4R2BA 2F36A 3CIJA 3KBRA 4AQ4A 3U92A 3K6WA 1MXUA 1ANFA 2ZZXA 1OVBA 1NH7A 1LAGE 2F8DA 4F1VA 4GL8A 4IO2A 4QFPA 4ZEFA 2F6PA 4OQOA 3SKPA 2VGQA 1VR5A 3U8QA 3EHSA 4XEQA 4FE8A 3RLFE 2B65A 1FTOA 5AA3A 2ESNA 1DMBA 2ZNTA 4PAFA 4O7MA 1B0HA 3FV2A 5H8QA 4PFRA 2OZZA 2VD2A 2R6GE 4GWOA 1SW2A 4GXSB 1N84A 3TUSA 3CG1A 2PMSA 5IZZA 1Y3PA 4OXVA 1FW0A 1SI0A 3SETA 3VLWA 4KPTA 4NF0A 5I58A 1SW5A 2E1SA 4H5GA 1TWYA 4G8MA 3S9LC 4XKNA 1FTMA 2D3IA 3FUZA 2XXKA 3VVFA 4G8HA 1TT1A 3KN8A 4ZECA 3OOAA 1NNTA 5H8SA 4PDHA 4F22A 4O3CA 4R2FA 1BKAA 3IOWA 1AL3A 1J1NA 4IY6A 2ONKE 3BBRA 3K00A 3F11A 3FIRA 1XS5A 4JWOA 1M5CA 2I49A 3G3HA 1I6QA 4ZEKA 1QUKA 5AA4A 4RNSA 1B9JA 1SQYA 4UABA 4P0IA 3UA8A 3IOTA 1MY1A 1FQAA 3L6GA 3GZGA 1B46A 3TCFA 3FVGA 4LVQA 2H99A 3DELB 2GH9A 4N4UA 3IB1A 2WKYA 3B7DA 3KOTA 1B40A 3ZKKA 3TQWA 3DM0A 4DXCA 4U1ZA 4H1XA 3SEYA 1GV8A 2RC8A 2W7YA 3O6HA 1ZIUA 4NTLA 4ZEIA 3N94A 3AXFA 4PGNA 3Q28A 3CFLA 4LQ2A 1TXFA 3TAJA 4PFTA 4QSCA 2QMWA 1HSLA 3M3FA 3ZKLA 1PBQA 2IEEA 1IEJA 4MBPA 4JWXA 3QUJA 3T66A 1A7LA 4U22A 4N8GA 2REGA 4QFLA 1CB6A 3MPKA 3I3VA 2Q2CA 2XXYA 3S9MC 3Q26A 4GLIA 2ZYOA 3R7XA 3MZBA 3V8XB 4PETA 4ELQA 3OELA 1IIWA 4ELOA 3TTLA 4LATA 1URDA 4IGRA 3HN0A 1LAFE 1N3XA 4P0GA 4U1OA 1NNKA 3CVGA 2Y7RA 4NF4A 2UYFA 4OFLA 1MPDA 4XF5A 4YB5A 2O6AA 5CMCA 3H6WA 5CMKA 4NG7A 1SYHA 5TP9B 4LP2B 1SBPA 4FECA 3U93A 4P3LA 4RJZA 4H8JA 2NXOA 2OLBA 2ZNSA 1S50A 2RC7A 1R9QA 3O28A 5H8HB 5J1DA 4E0WA 2V3UA 4I9DA 2ZYKA 3VFJA 3MQ9A 4R72A 5TU0A 4UACA 2A5TB 3ONMA 4GIZA 4KQPA 4MNCA 1B7UA 4OWDA 4F2QA 3S9EA 4N17A 1SYIA 5F1QA 3OO6A 3EF7A 3RPWA 2UYEA 4DZ1A 1B5JA 3M8UA 2R71A 4XXUA 1VFEA 3WAFA 1UIVA 3DP6A 2I3VA 2XD3A 5FHNA 4AB5A 3T9XB 4WEDA 3QK6A 4FEDA 4MFIA 1B58A 4OEUA 2ZNUA 3IX1A 4YKJA 2P1SA 1S7YA 4M4GA 1H43A 4NMYA 4FIMA 5I59A 5L9OA 2XA5A 4XIGQ 3SESA 1FQCA 2PT2A 2DS9A 3JZJA 5DVFA 3D4GA 1MM7A 3C31A 5K2XA 5ITPA 2XXRA 3IAZA 3VXCA 2X26A 5DTBA 3CG3A 1MXYA 2V25A 3HHGA 1ZBMA 1CE2A 2HCAA 1MH3A 4HTGA 3CFXA 1TFAA 1R9LA 1QKAA 3T22A 1IZ1A 1JVYA 2O51A 1AIVA 1SD3A 2I0BA 2DWIA 2F5XA 2WYPA 1JEVA 4RK2A 3VVDA 4R6HA 3BFTA 5AA1A 4N07A 4LA9A 4JWYA 3KN3A 2DVZA 3QYTA 4PC9A 4O3BA 1MDQA 1DPPA 4NF6B 2PVUA 1WODA 4OEVA 4MX6A 1P1QA 2OCUA 3FZVA 4O3AA 4DIGA 1B4HA 1P1WA 4EUOA 4JBZA 3FVNA 5AE4A 5I2KB 3VE1B 4DXBA 3PD8A 1B5HA 4X48A 3ODBA 4MH5A 2PBWA 3RTFB 4KYEA 3G3KA 4R9GA 1POTA 2GRVA 2QPQA 4IY5A 1MQHA 1T0KA 4BLAA 5HM4B 3K0VA 5CC2A 3W9VA 1HSEA 4G68B 3EN3A 3C36A 1LFIA 2ABHA 2AYSA 1NH8A 2FNCA 2DXYA 2G29A 4ZEDA 2QS4A 4HW8A 3EHUA 3H7MA 4NWCA 4I62A 4KCCA 3KSJA 4G77A 4ZS9A 3E3KA 4NAPA 4PBQA 2XWOA 5KCJB 4X1DA 1O64A 4OVSA 4OVTA 3QXMA 3TODA 5JEIA 4H8IA 3IB2A 1B7ZA 2AL5A 4F19A 1B3EA 1USYE 4PCDA 4MHFA 3RT6B 4OERA 4YICA 2DE4A 2X7PA 1DTZA 2I48A 1EH3A 3CRBA 1O63A 4IO5A 2QS2A 1B3FA 2QMXA 2H5YA 4Z7EA 1B52A 2QS1A 1B6HA 1Y9UA 3ECRA 5TP9A 3O66A 1FTJA 3C34A 3IL1B 3N6UA 4F2OA 4OESA 4C0RA 2I3WA 4KFQA 3R6UA 1GGGA 1UTBA 3QIMA 1PBPA 2O84X 2PYYA 3TCGA 1MS7A 5CBRA 4LZ8A 4OHNA 2A5SA 4QFOA 2XXIA 1UIUA 3EHTA 1Q1KA 3C33A 2XHDA 4NF5B 4Z0IA 1Y20A 1B3LA 2O1MA 3RY3A 4EQ7A 4IO4A 3FD3A 4G2ZA 4OFOA 2OK2A 1I6BA 2VOZA 2QS3A 1D9YA 4ZE9A 5LOMA 1M5BA 1QW0A 4P1EA 2RKMA 3FASA 3QAXA 1BP5A 2OBGA 4NE4A 3FV1A 3EPEA 5A5XB 5H8NB 2IA4A 4BDRA 2F6GA 2WX9A 3OEKA 2RCAA 3MUQA 1SDXA 4GF8A 4JB7A 4IO6A 2HPGA 4R75A 1IXHA 2OWTA 1LFGA 5TPAB 4RY1A 3MW0A 1RKMA 1M5EA 2D5WA 3IO4A 3HHFA 4ONYA 5I57B 1A40A 3LSFB 5CM6A 4OANA 2DWJA 1KWHA 2HFBA 3KSXA 3LSLA 1MY3A 4GRKA 4RK9A 3MP8A 2NWJA 1FQFA 1A8FA 4Q8RA 4PE3A 5I56B 3KG2A 2I58A 3MJNA 1PEBA 3N6TA 2B3BA 5I2KA 4THIA 1JVXA 4MLVA 1N04A 3ZSFA 5CBSA 1RYOA 4ZEBA 1F9BA 3O97A 2VPNA 4Q30B 1Y1MA 3K1NA 1ZTYA 4Q0CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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