5KDTA

Structure of the human glun1/glun2a lbd in complex with gne0723
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
280
structure length
278
Chain Sequence
DNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
publication title Discovery of GluN2A-Selective NMDA Receptor Positive Allosteric Modulators (PAMs): Tuning Deactivation Kinetics via Structure-Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 278
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kdtA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kdtA02
1FTOA 4C0RA 3IO6A 3C36A 4ZEIA 1R9LA 4F39A 5L9MA 1B5JA 4R6HA 2H4IA 4LZ8A 2XXVA 1LAFE 4OENA 1OQHA 4YMAA 5CBSA 2I4CA 4IO6A 3RTWB 2IA4A 4GIZA 2I4BA 3IR1A 1MPBA 3H6WA 4IO3A 2Q9TA 3K0VA 5ICTA 3T66A 5I2KA 4XIGQ 4MFIA 5I57A 3PUZE 4NF6B 4C1TA 1TXFA 4R2FA 1B05A 3O9PA 4ESWA 2VHAA 4QSCA 3RGYA 1Z7NE 4OHNA 4RJZA 2GRVA 3V89B 2AL4A 4U21A 2O51A 1MXWA 2XXXA 3A3UA 4P11A 3C31A 1B4ZA 1GGGA 4IO5A 3IOVA 1IITA 1OLAA 3VVEA 2H25A 4NF8A 1XS5A 1OIBA 3EF7A 4DE8A 1QKAA 1B58A 4OFLA 4OMBA 4XKQA 4OEVA 5H8HB 3PUWE 1T0KA 3C34A 2F36A 3KJ7A 1KWHA 3FJGA 2RC9A 3SEVA 3B6WA 2PMSA 1PDAA 1D9YA 5ITPA 1WVJA 5F1QA 1Q35A 3AXFA 3DP6A 3ZKKA 4Q30B 3FVNA 1SBPA 4R2BA 1J1NA 5KCJA 3LSFB 2Z22A 1LGBC 1Z7ME 1HSEA 1EH3A 3K1MA 1F9BA 2V3TA 2OJTA 1JVXA 1Y20A 4OFJA 5KDTB 5FHNA 2ANJA 2Y7RA 3BFTA 3ODBA 1LSTA 4I9DA 2O68A 1B46A 3LBSA 1NNFA 2Q8JA 2PX1A 1XC1A 4ELQA 3DP8A 1D4NA 2QS4A 2W7YA 3A3CA 3UORA 3G3HA 1MRPA 4FEDA 4ZZEA 3B6QA 3FVOA 4RXLA 3K2DA 3I3VA 1M5FA 2XXYA 4IGTA 4HW8A 5J1DA 3IAZA 1NL5A 3G3FA 1MXXA 3G3GA 2YLNA 4P0GA 1EZOA 4JWOA 2QS3A 1ATGA 2H5YA 4X9TA 4GXAA 3HO7A 4MH5A 2AL5A 5HBCA 1B7UA 1Y3NA 4DCYA 1MH4A 2B3BA 3H6VA 3KSJA 2O7IA 5B70A 1QUKA 4YKIA 4WKMA 3OEKA 1FQBA 4G8HA 4U22A 1MG1A 1B40A 3IX1A 2XXTA 4OEUA 4U2RA 1QULA 1UQWA 3MVZA 3JYRA 4H5FA 5K2YA 1TFDA 3C9HA 3PGFA 2XXQA 1MS7A 1OMPA 4FAJA 2O69A 3U92A 5I58A 1DTZA 4QSDA 4GF8A 4YKKA 1B5HA 1MY4A 4GQOA 4R72A 4JWXA 4ZE8A 3CIJA 3N94A 1LBCA 2DWJA 1TT1A 4PE5B 3PPNA 3KJTA 4QF9A 5AA3A 4QFKA 5CMBA 3R6UA 3VV5A 3EPEA 1EZ9A 4RK2A 5BUUA 5H8SA 4L17A 2GFEA 1PBQA 3T9HB 2DS9A 1MY1A 2DQVA 2Z23A 1ZTYA 4Q8RA 2YPNA 3G3IA 4THIA 2OWSA 3Q27A 4XTCQ 4IO2A 1LB8A 3K6UA 3O28A 5FHMA 2A5SA 3G3JA 2G29A 3U93A 2OK2A 3TELA 3IO4A 4X1DA 3D4GA 4DXCA 4QFOA 4N6PA 1Q1KA 1QUIA 3FZVA 1YPNA 4LVQA 1VR5A 4TLMB 2F34A 3EQ1A 3KOTA 1B32A 2Y7WA 4OZ9A 4BDNA 2Z8FA 3ZSFA 3C35A 4F31B 3LR1A 3KSXA 3TTNA 1DPEA 1XOCA 4GFRA 5H8HA 3HPIA 4R75A 2OLBA 4I8CA 2I3VA 2R71A 5ICQA 4YAHX 4I1DA 1TWYA 5JEIA 3SKPA 5M2VA 4DIGA 3ECRA 4UACA 3MZ1A 1VFEA 3C4MA 2HAUA 1DOTA 1O64A 4FATA 1EZPA 2QMWA 2Y7IA 4PFWA 1HSJA 3OO6A 2QL3A 2I0BA 1MXZA 2P1SA 1XVYA 1B4HA 4EQ7A 1SI0A 3C33A 3QXMA 1FTMA 4ISUA 2DXRA 5KDTA 3MC2A 1RYOA 3TODA 3U94A 1A99A 2ZYKA 1P1QA 4F1YA 3VVDA 2V3QA 1BIYA 1IUDA 4RNSA 5AA1A 1OLCA 3SEWA 1US4A 2DP8A 3IOTA 5DT6A 2F97A 1N04A 4ESXA 1QUJA 1MY3A 3B6TA 5AE4A 4BDOA 3VLVA 4IO7A 2DE2A 4RPNA 5ITOA 1IIWA 4DCXA 2YJPA 2Z8DA 4PFUA 2O1MA 2XD2A 4FJPA 4ELRA 5AA4B 1B3LA 4QFPA 3M3LA 2F5XA 3M3KA 4KI0E 5AA2A 1SW4A 4OVJA 4X48A 2VOZA 2D5WA 2RF1A 3JZJA 4G68C 3D4CA 3CVGA 3TTRA 3Q29A 1MXUA 4R6KA 3PV0E 3CFXA 3DM0A 3HHGA 4YU0A 3PPRA 1LB9A 4UA8A 2IEEA 5I56A 1ZMGA 3KN3A 1MXVA 1Y4CA 5H8FB 4RK9A 2OBGA 2XXPA 3O66A 2ZXTA 1GTKA 4G77A 1ZIUA 4Q0CA 1N7WA 3TQWA 3UGWA 2QMXA 3KEIA 1O7TA 4RYAA 3HSTA 4NE4A 1O63A 1GR2A 1JQFA 3OENA 4EXKA 1MH3A 4HCYA 2XXWA 1FQFA 3IJXB 5H8QB 2ZNSA 2Q2CA 3W9VA 3ZS6A 5CBRA 1WDNA 1URDA 3MPLA 2X7PA 4LZ5A 1B3EA 3TMGA 1MY2A 3MZ9A 3OD7A 3WAEA 1PB8A 5JTYB 4KYEA 5FTHA 2PT1A 2F6GA 5L9OA 3KBRA 3H7MA 5I84A 2G93A 4F22A 3RTFB 2RC7A 2E0SA 2DYXA 4P0IA 2O1LA 3USDA 1UTBB 1GV8A 4G4PA 3TTLA 3IORA 3H3GA 4YICA 4ZS9A 3VLUA 4OYVA 4JSDA 3S9EA 1USYH 4KCDA 2XXIA 3CI8A 1DPPA 5A5XA 2DSFA 1PBPA 4IY6A 4QFNA 5DEXB 3G3KA 2PT2A 2AIXA 4NF4B 3MW0A 5CI5A 1H43A 4QRZA 1NKXA 2O7UA 4DDDA 4NMYA 4RA1A 3QUFA 1SVXB 3QUJA 4U4SA 3LSLA 3OELA 2ALUA 2QRYA 3K6XA 1IXGA 4POWA 2FYIA 3RY3A 2QS2A 4YB7A 4LATA 1JW1A 3RT6B 1N3WA 2GH9A 2QJEA 1SQYA 2CZLA 4RPOA 1FTKA 1B5IA 2I48A 2R9JA 5JK4A 2UYEA 3H06B 4F1VA 1JVYA 2VD2A 5F7VA 1MPCA 3SESA 5I59B 5CRYA 5I2NA 2XX9A 2Z8EA 3O2AA 3FJ7A 1Y9UA 3FVGA 3EHTA 4JB7A 3LSWA 1IQ7A 1MXYA 1NNTA 1YAEA 1BP5A 4HCWA 3T96B 2HZKA 2X7QA 3U8QA 3CG3A 4K3FA 3K6VA 4F3PA 4C1UA 1SDXA 3SEYA 1ANFA 3S2VA 5DTBA 4NWCA 4OESA 1UTHB 3IB2A 1YCJA 3H4ZA 3MWBA 3RUMA 2XXHA 1US5A 5ELVA 1USYE 3GLBA 3DP4A 3Q28A 5IAIA 1POY1 2REGA 1MQDA 3FIRA 3FVKA 1NH7A 3PPQA 3W15C 4QFLA 3IL1B 3L6HA 2RC8A 2THIA 3OO7A 3IB0A 4U1ZA 2F35A 4F18A 3I6VA 3OXNA 5AA2D 4PQJA 3RLFE 1POTA 2DWHA 2ZYNA 1JNFA 1DTGA 2DXYA 3PMWA 1MY0A 2H98A 1JETA 4H0WA 3TYHA 1B1HA 3VVFA 4QHQA 1AL3A 5H8FA 1H45A 4IO4A 2Y84A 5HM4B 1R6ZA 1B3FA 4X1BA 4AQ4A 2PVUA 3K02A 4ZEDA 3IOWA 4RY1A 3UN6A 3OMBA 1MDP1 4GLIA 3U72A 4OWDA 4NF6A 4F2OA 2GHAA 2XXUA 3VE1B 4ZEBA 3VLWA 1MQJA 1LFHA 4F3GA 2I3WA 2XHDA 4H1XA 1H76A 1B7HA 2RINA 1D9VA 1B51A 1ZU0A 1N76A 5EHMA 4FECA 5FHOA 3OOAA 3MQ9A 4G8MA 4GL0A 5JTYA 2ESNA 4R9FA 4XKRA 4TQUQ 1I6AA 1UIUA 4LA9A 4DXUA 1Y3QA 2H9BA 1MQHA 4EF1A 4GD5A 1UTBA 3RNNA 3PMXA 3UA8A 3TTKA 4G68B 4DXBA 4JDFA 1SYHA 3S9NC 4PETA 1UIVA 1FCKA 1XHYA 3VDFA 4FORA 1JW5A 2DE4A 4H65A 2R6GE 3S4UA 3TFLA 3TUSA 1CB6A 4H5GA 2ZNUA 4F19A 2REJA 4R9GA 3CFLA 3IK6B 4ZDMA 1B6HA 4MF3A 1AOVA 3PD9A 3U1OA 3PPPA 1IXIA 5TU0A 2NWJA 4GOTA 3KZGA 3MUQA 1JW4A 2ZMBA 3TKDA 4F2QA 2HFBA 1BKAA 3E3KA 1ZLQA 2XD3A 1M5EA 2AYSA 2PBWA 2BJJX 1MDQA 4NTLA 3FGSA 4EQ9A 5ISUA 1H44A 5L9SA 1I6BA 2UXAA 1VFDA 5BWJA 1NMUA 1B1XA 4EF2A 3ONMA 3E4RA 2V93A 4PFTA 3DELB 1OVTA 3FXRA 3RQTA 3V5AA 4OFOA 1LAHE 1LFIA 4BDQA 4MBPA 1PC3A 4GL8A 3O29A 3EN3A 4GRKA 4NWDA 4ONYA 1N0TA 3MP1A 3TCHA 1M5BA 2HZLA 3GBBA 1SI1A 4DLDA 3K6WA 3MP6A 4EDPA 5TPAB 4H8JA 3H03A 3MJNA 3TCFA 4YB6A 1MQGA 4G8NA 2V84A 1DMBA 4LQ5A 4H8IA 4KCCA 4KR5A 1UTHA 3CG1A 2XX7A 4ELPA 1A8FA 1N7XA 4U1OA 1MM7A 4ECFA 1N84A 3VXCA 2DWIA 1MPDA 1ZJLA 4QSEA 5TP9B 2ABHA 2Y7KA 4YB5A 1M5DA 3FJMA 1VSOA 2NVUB 5I58B 3FXUA 3HHFA 4MLQA 3A09A 3FUZA 3S9MC 2PYYA 1TFAA 2RKMA 1Y4TA 4OERA 4NF5B 3MBPA 3HN0A 2Q88A 1SYIA 4FE8A 1S9TA 4GXSB 3UK4A 1A7LA 2DE3A 1BTJA 2I0CA 4KD5A 1B0HA 2P0SA 2HCAA 3QSLA 3UIFA 4NEDA 2QS1A 4OTEA 1LLSA 2M8CA 4Z7EA 4EQBA 3T9VA 4BLAA 1PEBA 1JEVA 3K4UA 1R9QA 2UVIA 2ZYOA 2RCBA 4MLVA 5EYFA 4IGRA 3T93B 1FQAA 1JEUA 1IXHA 2UYFA 2H99A 3FATA 2FNCA 4YMBA 3PUVE 3OEMA 1OVBA 2Q89A 2V25A 3CR9A 3CRBA 3C32A 2ONSA 4HTGA 2F7AA 1B7ZA 4JXIA 3TTMA 1LBBA 1ELJA 3HCQA 4EXLA 2DVZA 4IB2A 2A5TB 5LOMA 4KFQA 1ZKBA 4FIMA 3TZAA 3PMVA 5FTIA 4XXUA 1Y1MA 3TAJA 1LCTA 1II5A 3FD3A 1BLFA 3QAXA 1FQEA 1H3DA 4G68A 3O6GA 1NH8A 2VGQA 3DLNA 1CE2A 4R6YA 4O3AA 1XT8A 2ZYMA 4LUBA 3MP8A 5DYHA 2O6AA 3QYTA 1P1UA 3FV2A 2D21A 4PFYA 1A8EA 3O97A 3MVYA 1B3HA 3OO9A 4F3BA 4ELOA 5DVFA 3V8XB 4POXA 1AH5A 4DZ1A 3B7DA 3K00A 3BBRA 4BDLA 3E13X 3M8UA 4AB6A 4LP2B 3M3FA 2KLFA 5H8NB 5CMMA 3CFZA 3PPOA 1I6QA 3LSXA 1IZ1A 4G2ZA 2DOJA 1FQDA 5CC2A 2HAVA 1Y1ZA 2F8DA 2UVGA 4YKJA 3IJOB 3E9XA 3WAFA 4R74A 1N3XA 4KHZE 3T9XB 3G7WA 3SDFA 2V3UA 1DSNA 2XXRA 2ONKE 2O84X 2OCUA 2VD3A 4YZZA 4BDMA 3RPWA 5CM6A 1L5TA 3KFMA 3SEXA 3K01A 4TOZA 4EUOA 2Q2AA 3OO8A 1Y3PA 1LAXA 2HQ0A 4OETA 1MQIA 3EHSA 5L8DA 4F3SA 3PUXE 3QK6A 4JSOA 2CMOA 3O6IA 1A54A 5AA4A 4AB5A 3KN7A 3H6TA 2HXWA 4JWYA 2F6PA 1SW5A 3ILTB 2D3IA 4O3CA 3FXQA 5AA2B 5TPAA 1RKMA 4LZ7A 3PD8A 3TCGA 1ZBMA 4BDRA 4GWOA 5DVIA 4LQ2A 2WKYA 1S7YA 3GXAA 1MM6A 2HEUA 2LAOA 4H6DA 3QIMA 2GHBA 3OSQA 3SETA 2P2AA 1FW0A 3N5LA 3KOSA 3K1PA 5I56B 2I6EA 5TP9A 1VE4A 4XKNA 1B3GA 2F7CA 2Y7PA 3LUYA 2F7BA 3MPKA 3OSRA 3T22A 4WXJA 3FASA 3Q26A 1P1OA 4M1VA 1SD3A 5HPQA 3V83A 4E0XA 4NF5A 2B65A 5I2KB 1D3KA 1FQCA 1IEJA 1B2HA 5I57B 2F78A 4HS7A 1M5CA 1A55A 1P1WA 4M4GA 1SW2A 1B9JA 1PB9A 1R1NA 4ZZAA 4ND9A 3PUYE 1B0LA 3EHUA 3GZGA 1LCFA 5KZTA 3IOUA 4TLLB 5H8QA 3JV9A 1XVXA 3R26A 2FA7A 4F1UA 2XX8A 4YKPA 1QW0A 4Q5TA 3ZKLA 3PU5A 1LAGE 4ZEFA 1S50A 3LC8A 3TEPA 1P99A 1GVCA 3BFUA 2ZNTA 4NF8B 1PB7A 1QVSA 2RCAA 2VP1A 5CMKA 4H67A 3R7XA 3THIA 2DVCA 1A40A 3S9LC 3MVXA 3Q25A 3T9UA 1NNPA 3VXBA 2A5TA 5A5XB 1EU8A 2I49A 1AMFA 3RN8A 4ZECA 2ONRA 4PP0A 3L6GA 5IKBA 1WODA 3MAMA 4O3BA 5DEXA 4NF4A 4U4XA 1B52A 4KYDA 5K2XA 5KCJB 3O6HA 2DWAA 4OQOA 4GVOA 1NFTA 3KN8A 2NUVA 1IXCA 2QPQA 2I58A 3CSGA 3GBAA 1YTVA 2OWTA 1FTLA 3IB1A 3MZBA 3ILUB 5B7DA 3MVWA 2NOOA 2B3FA 2NXOA 3F11A 4FEBA 4OXVA 3SERA 4WEPA 5H8NA 2QSXA 2OZZA 1URSA 4KQPA 1SW1A 3FV1A 3TDJA 1OQGA 3RT8A 1URGA 3CSBA 5I2NB 4ZE9A 4F29A 5I59A 1FTJA 3N6UA 4LONB 3TQLA 1QJMA 3P7IA 1I69A 2UVJA 3SEUA 1AIVA 4ZEKA 3BKIB 3KGCA 1LFGA 4XKPA 4IY5A 1HSLA 2X26A 3HV1A 3N26A 3TPAA 1P1NA 4KYSA 4N07A 3VFJA 1NNKA 4WEDA 4U23A 3I5OA 4I62A 3N6TA 4JBZA 3UP9A 1RYXA 3K1NA 3W9WA 4KPTA 4E0WA 5DVJA 4N13A 3H6UA 5EHSA 1QKBA 2UVHA 2E1SA 4R73A 4Z0IA 5CMCA 3KG2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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