1UIUA

Crystal structures of the liganded and unliganded nickel binding protein nika from escherichia coli (nickel unliganded form)
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIRADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystal structures of the liganded and unliganded nickel-binding protein NikA from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 148
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uiuA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uiuA01
2DXRA 4AB5A 1Y1ZA 3C9HA 3IX1A 4IB2A 3R7XA 1N84A 2GHAA 4NWDA 4EUOA 4NF8A 3KFMA 5BUUA 2Z8EA 5I56B 2XX9A 4G68A 3FJMA 3D4CA 3W15C 3FIRA 2UVGA 2OWSA 2DVZA 2XXYA 3OEMA 3U72A 3SEUA 4ZE8A 3U93A 4OENA 1GV8A 2B3BA 2ESNA 4AB6A 4ECFA 2Z22A 3OO6A 3A09A 2O69A 4DCXA 4R6YA 1Y20A 1DPEA 1UIUA 4X9TA 4U2RA 3TODA 5ICQA 1O7TA 5H8NB 3G7WA 1S50A 4IO2A 4JB7A 1B2HA 3G3JA 1B3LA 1VE4A 3PAMA 2PVUA 1N04A 1BP5A 3PPPA 3O66A 3R6UA 4RK2A 2WKYA 4G8HA 4RY1A 3M3KA 1UTHA 3ZS6A 3DRHA 1VSOA 2QS2A 4NF8B 5I2KA 4G68B 5ELVA 1Y1MA 3Q25A 4O3AA 3OO9A 3S9LC 1B05A 3TCHA 4KI0E 4BDQA 2OK2A 4OEVA 2E0SA 1QW0A 1MQDA 1VR5A 3H6UA 4H0WA 1Y4CA 4Q5TA 4U23A 1H44A 1I6BA 2UYEA 5AE4A 2F35A 2OWTA 3TQWA 3T9HB 1R1NA 2NVUB 1H43A 2I58A 4DXUA 4EQ7A 2XD2A 3TAJA 1P1UA 4OFLA 4KR5A 1PBPA 1MM7A 4R73A 2Y7KA 4F3GA 3K6XA 2F8DA 1EZ9A 3HV1A 4TQUQ 2XXXA 1EZPA 3LC8A 2H25A 1XHYA 4XKNA 4QFKA 1MM6A 2XD3A 3M8UA 3I3VA 3UIFA 1URDA 1UTHB 2Q8JA 5L9MA 3ILTB 2I48A 5AA3A 3SESA 5CMKA 3EHSA 2XXQA 1GVCA 2ZXTA 3G3GA 2O7UA 1LSTA 2QRYA 5J1DA 2ALUA 2OJTA 4F39A 2REJA 2DXYA 5KDTA 1LCFA 3MPLA 3MVXA 1N7WA 1POTA 3C33A 4ND9A 5I59A 3U92A 2Q9TA 3B6WA 3P7IA 1B9JA 5A5XA 4I9DA 3JV9A 3FV2A 2I49A 4F1UA 1AH5A 4H5GA 3TTRA 3T66A 2CZLA 3M3LA 2DWHA 4RNSA 4EXKA 3QUJA 3FD3A 4OWDA 3TPAA 2DE3A 2B3FA 2OCUA 3IL1B 1TT1A 3KN3A 4U1ZA 1FTJA 1FQFA 2B65A 1AL3A 5FTHA 5CI5A 4G2ZA 3DRFA 3H6VA 3HCQA 4ONYA 4G4PA 3MPKA 2M8CA 3RTWB 3OEKA 2XXUA 1XT8A 3RTFB 2ZMBA 1JW1A 2V25A 3K6VA 3BBRA 1M5DA 3IJXB 4QSEA 3VLVA 1QULA 3IR1A 1MXWA 5FHOA 2H99A 2IEEA 1JEUA 3OD7A 3IO4A 1LAFE 2OBGA 5KDTB 1KWHA 1FTLA 3PMXA 4QSCA 4LUBA 1IXHA 2ONRA 2G29A 4GIZA 5I59B 1MQGA 3SKPA 2I0BA 3FASA 5A5XB 2RKMA 3AXFA 3DM0A 5DVFA 4XTCQ 1H45A 1M5FA 1MG1A 2QMWA 4ZDMA 3FZVA 2AL4A 3HO7A 1YPNA 1OQGA 4WKMA 1ZJLA 3FXQA 3MZ1A 2R71A 1DPPA 2QSXA 4P0GA 4PP0A 2VP1A 2QPQA 4LA9A 3PUXE 3MP8A 2GH9A 3BFTA 3CI8A 2Y7WA 1ZBMA 4GVOA 3GBAA 1L5TA 1IXIA 4GL0A 2ABHA 5AA2A 1MRPA 1XVYA 5H8QA 2DWJA 4PFWA 5TP9A 2QS1A 2F7AA 4R9FA 4DIGA 1MY2A 3BKIB 1SYIA 2H9BA 4FIMA 4QRZA 2AYSA 3S2VA 1NFTA 4PQJA 2DE4A 2O68A 4YB5A 4NF4A 1H3DA 3KSJA 4YICA 2F34A 4EQBA 1XOCA 3KN7A 4F19A 1POY1 2RC8A 4ZEFA 3TKDA 3BFUA 4JWOA 1OLAA 4OETA 3KJ7A 3CVGA 4X1BA 3O6IA 3E4RA 4KCDA 3OENA 3V5AA 4H65A 5HPQA 2UYFA 4OYVA 3VVFA 2W7YA 3OMBA 4WXJA 3QK6A 5DYHA 3TYHA 1MXZA 5FHMA 4U4XA 1MQJA 1PBQA 1B4ZA 3F11A 3TTMA 3O29A 2VOZA 2OLBA 4HTGA 3U1OA 4UACA 1HSJA 4LONB 5AA2B 2VD2A 2F7CA 1MDP1 4OZ9A 4GFRA 2FNCA 2F36A 1A40A 1LB9A 3T9VA 1NNKA 2E1SA 4U4SA 1MY1A 3FVGA 4Z0IA 3RPWA 4NF4B 1P99A 3UK4A 5JTYA 4PFUA 3B6QA 4OHNA 2XXPA 3SDFA 1S9TA 1Q35A 2BJJX 1A99A 3LVUA 1F9BA 4DZ1A 4P0IA 3MQ9A 3TMGA 5EHSA 4FATA 5JEIA 4YKPA 4UA8A 3N6UA 2V84A 1P1WA 3PPOA 3RYAA 3V83A 4KHZE 2DS9A 1XC1A 1T0KA 1BLFA 2Y7RA 1MDQA 2RCAA 2F6GA 1LB8A 4JSDA 1LAXA 2HZKA 1PC3A 5JK4A 1EU8A 2ONSA 1USYH 4I1DA 1ELJA 5DTBA 3K1NA 2THIA 3QIMA 1B3HA 5H8HA 1LCTA 4YB7A 1QUJA 4P11A 1TFAA 3MVYA 2I0CA 4R72A 3ZSFA 1YCJA 5DEXA 1Y3NA 1QVSA 5JTYB 4H6DA 3K1MA 2CMOA 1D4NA 1LLSA 1ZIUA 5L9SA 4RPOA 3UN6A 3N94A 1AOVA 5ISUA 2PYYA 3S4UA 2Q88A 2WOPA 2DSFA 1CE2A 4NEDA 1UIVA 1H76A 4NTLA 2YLNA 2YPNA 1P1QA 3DRKA 2X7PA 1QUKA 3KZGA 3KJTA 2PT1A 3CSBA 2ZYKA 1MY0A 3RUMA 4N07A 3PUYE 1ZU0A 2XXIA 3PV0E 5CMCA 1QUIA 4YZZA 2O1LA 1OVTA 5KCJA 4MLQA 4TLMB 1Z7ME 3IB0A 5H8HB 3T9XB 4Z7EA 3M3FA 1UTBA 3PD9A 5DEXB 1SW4A 3Q26A 1WVJA 2XXVA 4YU0A 3ILUB 5H8FA 4G77A 5CC2A 4R6HA 1DTZA 1JNFA 3TEPA 2DVCA 1JW4A 1GR2A 2Y84A 1MXVA 1FTKA 3MC2A 2UVHA 3H03A 3O6HA 4ESXA 1M5EA 3KSXA 3CFZA 1Y4TA 4KCCA 4F31B 4YKJA 3VVDA 3PU5A 1FQBA 3PPRA 1MXUA 3QYTA 3S9NC 4QHQA 1LGBC 3Q29A 1TXFA 3V89B 3H6TA 2HAVA 3LUYA 4GLIA 3O9PA 3MVWA 2I3WA 1B7HA 4I8CA 5KCJB 2DYXA 2X26A 1USYE 1UTBB 4JSOA 5I2KB 3PUVE 2RC7A 4IY6A 1IIWA 2HQ0A 4KYDA 2D3IA 1JQFA 3FVOA 4FAJA 3CFXA 3GXAA 5H8FB 3I6VA 1VFDA 4O3BA 4ELQA 2ZNUA 1QKBA 1MH4A 4ZECA 2NUVA 3VXCA 4ZEDA 1OIBA 4BDRA 1SI0A 3SEXA 2YJPA 1P1NA 1B0HA 3HHGA 2Y7IA 3A3CA 1URSA 3UGWA 2DOJA 1VFEA 1LFIA 2Z23A 1A7LA 1FQDA 1HSEA 1B32A 3KEIA 3FGSA 3CFLA 2F97A 1B40A 1TWYA 4FEBA 2ONKE 1SW5A 2HXWA 3MWBA 4K3FA 3B7DA 4LZ7A 5IKBA 1NKXA 4XKQA 1IITA 3JYRA 3MAMA 4YMAA 1GGGA 5AA4A 3OELA 1US4A 3KOTA 1PB8A 3TTKA 1PDAA 1EH3A 3IB1A 2H4IA 2AL5A 4OVJA 1AMFA 4IO4A 3G3HA 3IO6A 4ZS9A 3A3UA 4BDMA 4RK9A 2DWIA 2PBWA 3GZGA 1MS7A 3KG2A 3TFLA 2P1SA 3Q28A 4OQOA 3TTLA 3O97A 4POWA 3LR1A 2WOKA 3MUQA 4POXA 4HCWA 3SEWA 3TELA 1A8FA 4GQOA 3KOSA 3FUZA 1LFHA 4JBZA 3C35A 3H4ZA 4PFYA 4LVQA 4R9GA 3QUFA 4RA1A 3SERA 4YAHX 2HCAA 2XX7A 4RJZA 1LFGA 1SVXB 4ZEKA 4ESWA 2AIXA 1MXXA 3VV5A 3T93B 1I6AA 5AA4B 3RLFE 4ELOA 2V93A 3RQTA 1N3XA 2GHBA 4EF2A 3ONMA 4ZZAA 3LSFB 1YTVA 1FTMA 5B7DA 1Y3PA 4FJPA 3E3KA 3C32A 4XXUA 1NH7A 4F1VA 1TFDA 3OXNA 4KFQA 1FQEA 3IJOB 2R9JA 4XKRA 2RINA 3QXMA 4NF6A 2WOLA 4OFOA 2HFBA 5H8SA 4EXLA 3JZJA 3VLUA 2F6PA 4ZEIA 2XXHA 3EPEA 4WEPA 1B3FA 2DQVA 4KD5A 4JWYA 4IO7A 1O63A 3QSLA 1A55A 3K4UA 3SETA 3FXUA 3DP8A 2XXTA 2D21A 3RT6B 3VFJA 4E0XA 4F29A 3T22A 4U1OA 1CB6A 1FQCA 4E0WA 2ZNTA 3K1PA 5HBCA 5H8QB 5M2VA 1RYXA 1WODA 5TP9B 2Z8DA 5DT6A 1IQ7A 1D3KA 4AQ4A 4YKIA 4BLAA 1MY4A 4DXCA 4I62A 4YB6A 1SI1A 1URGA 4F3PA 4TLLB 3IB2A 1NNFA 3OO7A 3RGYA 4YMBA 4NF6B 3IK6B 4PETA 2QMXA 4KQPA 4QFLA 2ZYOA 2DE2A 2NXOA 1ZTYA 2X7QA 3V8XB 2V3TA 4GL8A 2Q2AA 1DTGA 1JVYA 3UA8A 4DLDA 4ELRA 5I58A 4GF8A 3VVEA 1MH3A 5TU0A 1B1HA 4R2FA 1D9VA 2ZYMA 3O28A 1MPBA 1NMUA 2B4LA 3U94A 1M5BA 4MBPA 4N6PA 1B7UA 3TZAA 4LZ8A 4PFTA 3GLBA 1MY3A 4JXIA 1PEBA 4PE5B 3KN8A 1ZLQA 5B70A 3TTNA 4JDFA 5EHMA 3B6TA 3RY3A 3CRBA 3G3FA 3PUWE 5CMBA 3LSXA 4M1VA 4C0RA 5AA1A 3HSTA 5FHNA 4DCYA 4QSDA 1IUDA 5KZTA 1MQHA 1QKAA 2VHAA 4Q8RA 1FW0A 1B5IA 2LAOA 1N76A 1IXCA 1JEVA 4F18A 3ZKKA 5CMMA 2FYIA 3Q27A 3H7MA 4ZE9A 5I58B 3MP1A 2O84X 1DSNA 3S9MC 2F78A 3EHUA 5IAIA 2RC9A 4KYEA 4OTEA 2RF1A 4OXVA 1NL5A 5AA2D 4L17A 1JETA 1B5JA 4GXAA 1IXGA 2I3VA 2XHDA 2ZNSA 2XXWA 4IO6A 2O6AA 4Q30B 4NWCA 1J1NA 3MJNA 3HHFA 1HSLA 4OESA 1SW2A 1SYHA 3RT8A 4GOTA 1SDXA 3IOWA 3WAEA 1I6QA 4RXLA 4R2BA 3W9WA 2UVIA 3KGCA 2OZZA 2IA4A 1RYOA 3T96B 1DMBA 1LAHE 3S9EA 2A5SA 1MPCA 2I6EA 3IAZA 3U8QA 4ZEBA 5CBSA 1XVXA 3GBBA 2XXRA 1BTJA 3EF7A 4BDOA 3SEYA 1B0LA 1N7XA 2H5YA 1YAEA 1R9QA 2HEUA 1JVXA 4H5FA 3CR9A 4QFPA 3K00A 3MP6A 3PPQA 5LOMA 2PT2A 3T9UA 3VLWA 4LP2B 1I69A 4BDNA 3THIA 4GWOA 3LBSA 1SD3A 3DP4A 4QFNA 2O7IA 3N5LA 5EYFA 1O64A 4LATA 1SW1A 1R6ZA 2RCBA 3L6GA 5F7VA 4DXBA 1B5HA 1B46A 2A5TA 3W9VA 3CIJA 2O1MA 3L6HA 3DRIA 1UQWA 2KLFA 5L9OA 3N26A 4MFIA 1RKMA 2R6GE 1M5CA 2QS4A 3TUSA 5I2NA 5HM4B 1ZKBA 3K6WA 3O6PA 3IOTA 3K2DA 2HZLA 1B1XA 3CG3A 4R74A 4FEDA 1P1OA 2XX8A 1II5A 3USDA 2VGQA 4EF1A 5DVJA 3SEVA 4M4GA 3TQLA 3QAXA 4ZZEA 2V3QA 4IO5A 3DRGA 1OLCA 4QFOA 1D9YA 2PMSA 4IGTA 3OSQA 3H6WA 1Y3QA 4LZ5A 4F3BA 4G68C 3DELB 3OO8A 1NNPA 3PMWA 4Q0CA 5I84A 4EDPA 2Y7PA 2P0SA 1MQIA 3DP6A 4F2QA 3H3GA 2F5XA 4G8MA 3EHTA 4H8JA 2A5TB 3C34A 1B3GA 1OMPA 4EQ9A 2UVJA 4ISUA 3WAFA 4HW8A 3VXBA 5I2NB 2NOOA 3K0VA 4R75A 3OSRA 3TCFA 4X48A 3MZBA 1N3WA 3C36A 4IO3A 4NF5A 3CG1A 3K02A 1LBBA 4TOZA 3CHGA 1IEJA 3G3KA 2REGA 1GTKA 3FVNA 3MVZA 4DE8A 4OFJA 4GXSB 3PUZE 3E9XA 3FV1A 2NWJA 1A8EA 3MW0A 4KPTA 1FTOA 2I4BA 5L8DA 2GRVA 2GFEA 4JWXA 2HAUA 3FTOA 4MLVA 2VD3A 2B4MA 3O2AA 4FORA 4GD5A 4G8NA 3RN8A 4IGRA 4THIA 4F3SA 4OERA 4ELPA 4QF9A 4KYSA 3TDJA 3VE1B 1LAGE 1XS5A 1NNTA 1S7YA 1R9LA 3EN3A 1NH8A 2H98A 4MH5A 1B6HA 4WEDA 1PB9A 4O3CA 3MBPA 3FVKA 4OMBA 1DOTA 3HN0A 4R6KA 4HCYA 1OVBA 1BKAA 4IY5A 5K2XA 4C1UA 4NF5B 5TPAA 2Z8FA 3OOAA 3IORA 1BIYA 5FTIA 5ITPA 1B52A 1AIVA 1A54A 3K01A 5CRYA 3G3IA 4YKKA 4RYAA 1LBCA 4DDDA 2D5WA 1SQYA 4F2OA 3R26A 4LQ2A 4NMYA 1MXYA 4N13A 4OEUA 3LSLA 3LSWA 3FJGA 3O6GA 2P2AA 5ITOA 5ICTA 2G93A 2QJEA 4HS7A 3C31A 3RYBA 5I57A 5F1QA 4XIGQ 5K2YA 3PD8A 1MPDA 1B4HA 5DVIA 4XKPA 1B51A 1JW5A 1IZ1A 2O51A 4F22A 3EQ1A 2DWAA 1Y9UA 1SBPA 3IOVA 3TCGA 1ZMGA 2Q89A 2QS3A 4U21A 2DP8A 3KBRA 3K6UA 2V3UA 3FXRA 1FQAA 1FCKA 5CBRA 5TPAB 3N6TA 1ANFA 2FA7A 1QJMA 2Q2CA 3VDFA 4BDLA 1Q1KA 3C4MA 3FJ7A 3I5OA 1Z7NE 2QL3A 1ATGA 3D4GA 3CSGA 5I56A 4H8IA 2ZYNA 4MF3A 4X1DA 3H06B 4NE4A 1PB7A 4FECA 3ZKLA 3PGFA 2PX1A 4LQ5A 5CM6A 5BWJA 3IOUA 4RPNA 4U22A 5I57B 3PMVA 2F7BA 3RNNA 1WDNA 3HPIA 2I4CA 4C1TA 1B58A 4F1YA 3E13X 1B3EA 4H67A 1N0TA 3FATA 3DLNA 4GRKA 1OQHA 2UXAA 1EZOA 4H1XA 3MZ9A 1B7ZA 2ANJA 3UP9A 5H8NA 3ODBA 1US5A 3ECRA 3UORA 3PPNA 3DRJA 4FE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DXRA 1Q9DA 4AB5A 4I3YA 1Y1ZA 3C9HA 3IX1A 4O8MA 1IMFA 4IB2A 3GYYA 3R7XA 1N84A 2GHAA 4NWDA 5I3SA 4EUOA 4NF8A 3KFMA 5BUUA 2Z8EA 4GX4A 5I56B 2XX9A 4G68A 1AWBA 3FJMA 3D4CA 4NF0A 3W15C 3FIRA 2UVGA 2OWSA 2DVZA 2XXYA 3MSTA 3OEMA 3U72A 1NV2A 3SEUA 4ZE8A 3U93A 1NV7A 4OENA 1GV8A 2B3BA 2ESNA 4AB6A 4ECFA 2Z22A 3OO6A 3A09A 2O69A 2GQ1A 4DCXA 1XI6A 4QBAA 4R6YA 1Y20A 1DPEA 1UIUA 4X9TA 4U2RA 3TODA 1KA1A 5ICQA 3E78A 1O7TA 5H8NB 3G7WA 1S50A 4IO2A 4JB7A 1B2HA 3G3JA 1B3LA 1VE4A 3PAMA 3LV0A 2PVUA 1N04A 4P9KA 1BP5A 3PPPA 3O66A 3R6UA 4RK2A 1K9YA 2WKYA 4NQ8A 4G8HA 4RY1A 2PFZA 3M3KA 1UTHA 3ZS6A 3DRHA 1VSOA 2QS2A 4NF8B 5I2KA 4G68B 5ELVA 1FPKA 1Y1MA 3Q25A 3OO9A 4O3AA 3S9LC 1B05A 3TCHA 1G0IA 4MMPA 2KQZA 4KI0E 4BDQA 2OK2A 2R8TA 4OEVA 2E0SA 1QGXA 1QW0A 2FHYA 1MQDA 1VR5A 3H6UA 4H0WA 4OA4A 1Y4CA 4Q5TA 4U23A 1H44A 1I6BA 2UYEA 5AE4A 2F35A 4GWUA 2OWTA 3TQWA 3T9HB 1R1NA 2NVUB 1H43A 2I58A 4DXUA 4EQ7A 2XWKA 3FBPA 2XD2A 4PCDA 4DI3D 3TAJA 1P1UA 1NV5A 4OFLA 4KR5A 1PBPA 1MM7A 4R73A 2Y7KA 4F3GA 3K6XA 2F8DA 1EZ9A 3HV1A 4TQUQ 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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