1UIUA

Crystal structures of the liganded and unliganded nickel binding protein nika from escherichia coli (nickel unliganded form)
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
DEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIRADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystal structures of the liganded and unliganded nickel-binding protein NikA from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 148
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uiuA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uiuA01
3EHUA 1JEUA 3OXNA 1B7ZA 3KG2A 5I56B 2NUVA 3UA8A 2DE3A 3H6TA 3OO8A 2RKMA 1P1UA 4DXBA 1M5EA 3LVUA 1QUJA 1GV8A 2B3BA 3OO9A 3G3HA 1MXWA 2E0SA 3Q29A 4JDFA 3C32A 1BIYA 1SYHA 1Y1ZA 3TPAA 1M5FA 2HAUA 4IO5A 3RPWA 1ZTYA 4YKIA 3LBSA 1NNTA 5I59B 1B4ZA 3F11A 3HN0A 1KWHA 3C36A 3FJ7A 5DEXB 1MH3A 3B6TA 1IQ7A 4JBZA 4ZE9A 4P0IA 3WAFA 4XKRA 3FGSA 1MG1A 5I2NA 2X7QA 1N3WA 1A55A 3N6TA 4KR5A 1XOCA 1JW4A 3KBRA 4H0WA 3PAMA 2OWSA 3FUZA 3TZAA 1VFEA 2Q2AA 2Y84A 4OFJA 2Q88A 5TP9B 4F31B 1H76A 4ZECA 3DRKA 2XD2A 2VD3A 2PT1A 1EU8A 1LFGA 3CG1A 3HO7A 5AA2A 3USDA 1MQHA 1MQGA 2V93A 1ZLQA 4NF5A 4F3SA 4OHNA 3EPEA 1UQWA 2O1MA 4QSEA 3MW0A 1JQFA 1UTBB 4OXVA 3JZJA 4H5FA 4EQ7A 4KCCA 2I4CA 3FASA 4EQ9A 1IEJA 3Q27A 2O6AA 4KYDA 4AB5A 3SESA 4BDNA 1A99A 3ZS6A 4YKKA 1H3DA 3O6HA 2DSFA 4F39A 2XX8A 3DELB 3H6UA 3HV1A 1P1WA 4MF3A 4F1YA 3LSXA 3B6WA 1IIWA 5EHSA 1N04A 4OESA 3OSRA 1AH5A 4GXSB 2HCAA 4AQ4A 5DT6A 2DWJA 2Y7PA 1M5BA 5L9MA 3VLVA 1BLFA 1LSTA 2R6GE 4JWYA 1URSA 1ZKBA 3UK4A 4QF9A 4MLQA 4YB5A 4F1VA 1MQDA 2O1LA 4L17A 5DYHA 3SERA 2OWTA 3E4RA 3B6QA 5H8QB 4YB6A 4DXUA 5K2YA 4BDOA 4PETA 1RYOA 3KFMA 5BUUA 3ODBA 4P0GA 1WDNA 3H03A 2Z8FA 3K2DA 5I58A 3PV0E 1B46A 2V84A 1HSLA 3KN3A 2B3FA 3ECRA 2F78A 2FNCA 4GL0A 3IB2A 4F1UA 1P1NA 3N5LA 2R71A 1N84A 4G8NA 1B1HA 4RXLA 4C1UA 4GD5A 2LAOA 1LFHA 2O84X 4FEDA 1LB8A 3FJMA 4R9FA 3E13X 1RYXA 1S50A 1PB8A 1D9VA 1N7XA 2XXPA 3FXRA 3TTKA 3H6VA 3VLUA 5H8HA 4YKPA 4FE8A 1FQCA 2I58A 1N3XA 1IXIA 3V89B 5A5XB 3O28A 3RY3A 1AOVA 2FA7A 5M2VA 2XXXA 1D4NA 2I0BA 2AIXA 1JVXA 2VOZA 4ISUA 4OMBA 1DSNA 1LCFA 4LZ5A 4UACA 1URGA 4JSOA 2PBWA 3Q26A 1PB7A 4NF6B 2M8CA 4LONB 4XKPA 4F3GA 2HQ0A 4YMBA 5CI5A 1DPPA 4G4PA 3KOTA 3K02A 1FTMA 2R9JA 4KHZE 5EYFA 3M8UA 4KCDA 1NFTA 1B5IA 3MJNA 3S2VA 2ZMBA 4I8CA 5AE4A 1ZIUA 3VXBA 4LA9A 5AA3A 2HXWA 3H7MA 1SYIA 4NE4A 3DRJA 4TOZA 3UP9A 3A3CA 1US5A 4ECFA 4F2OA 3T9UA 3R26A 4X48A 2F36A 2QS2A 5L9SA 2YPNA 1Z7NE 3O66A 5ITPA 2A5TA 1Y4CA 1Y3NA 1YCJA 3IO4A 4JXIA 3RT6B 1P99A 2Z8EA 2O7IA 3SEWA 4DZ1A 1OQGA 3K6UA 2DWIA 4M1VA 1QUKA 5LOMA 4YU0A 3PUXE 4ZE8A 1B0HA 1S7YA 1YPNA 4G68B 1H44A 1AMFA 4RPOA 1DOTA 4LP2B 4U21A 1LBBA 1MPBA 3KSXA 2Q89A 1CB6A 3I3VA 5F7VA 3LSFB 1Y4TA 2RF1A 4GQOA 2REGA 2O51A 4QFPA 3IB0A 4TLLB 1Y20A 1I6BA 3L6GA 5AA1A 2XXVA 2G93A 2F7CA 3A3UA 2DQVA 3OD7A 1URDA 1MDQA 3O6IA 1WODA 4OEUA 2WKYA 1IZ1A 3IJXB 4F3PA 2IEEA 1VE4A 1LB9A 4GIZA 1SW1A 2I4BA 3OEKA 3K0VA 1JW5A 3KEIA 1B3EA 2HZKA 1GGGA 1GTKA 2QMWA 1QW0A 2QPQA 2DVCA 4TQUQ 3TODA 1B3GA 3SEVA 3K01A 1RKMA 1P1QA 3Q28A 4ZEBA 3EHSA 1LAXA 3SKPA 2UVIA 5IAIA 1B4HA 4DCYA 4HW8A 3TEPA 3TCHA 3KOSA 4LQ2A 3MQ9A 2QS1A 2WOPA 5AA4A 4ELPA 2HFBA 2Y7KA 5DVIA 1A54A 1I6QA 3GZGA 3RQTA 2OLBA 2F97A 3H06B 2PVUA 2NXOA 3IB1A 3S4UA 1ATGA 1DTGA 3W15C 3OO6A 4NEDA 3O9PA 1B7UA 4IO2A 4LQ5A 5B7DA 4ZS9A 4RJZA 3DRIA 3M3FA 1SW4A 4F18A 1QVSA 3VXCA 2I3WA 4DLDA 5I59A 3OENA 3MBPA 5KDTB 3EHTA 3T9HB 1ELJA 3IOVA 5KCJA 4QSDA 3TTMA 3UGWA 2F34A 2B4MA 3HCQA 2OK2A 3MVWA 4H5GA 1LAGE 3GLBA 4OTEA 4P11A 1SQYA 4N13A 2H25A 1MM6A 4DDDA 4RYAA 2ZXTA 3IK6B 1F9BA 3CSGA 1Q1KA 1MXUA 4KQPA 2D5WA 3PMVA 2P2AA 2HAVA 3MP8A 1US4A 5FHOA 2Y7RA 2QS3A 5TPAA 1D9YA 2QJEA 3QAXA 1CE2A 3FTOA 4R6KA 4Q0CA 1TFAA 1OIBA 2F5XA 2GFEA 3CG3A 4NWDA 3FVKA 3O97A 4JSDA 3ILTB 4POWA 4XXUA 3PUWE 4R9GA 2W7YA 1B9JA 3DP4A 3MVXA 3DLNA 1B32A 2Q2CA 2F8DA 4NF8A 1B5HA 4QSCA 2OBGA 3CFZA 2YJPA 3M3KA 4Q8RA 4ESXA 1M5CA 4ZEIA 5CMKA 2RC7A 3IX1A 4LVQA 4M4GA 1A40A 3PUVE 5FHMA 4FJPA 2ZNUA 1B3HA 3U94A 4OFLA 4F2QA 5ITOA 5I2NB 3RYAA 3S9LC 3G3JA 3L6HA 3MZ9A 3KSJA 5DTBA 1DPEA 2OCUA 4Q5TA 3TDJA 1MY4A 2DVZA 4BDMA 3TQLA 3RT8A 4F3BA 1JW1A 5AA2B 4U4SA 4NF5B 2UVGA 2V3QA 1YAEA 3TCFA 4FORA 4HCYA 2V3UA 4Q30B 3HSTA 3MZBA 4MBPA 3I6VA 1JVYA 1MM7A 1O63A 1R9LA 3TELA 1VSOA 3G3GA 4G68C 3IJOB 2O68A 3CIJA 1II5A 4ZZEA 4GXAA 1BP5A 2VGQA 2DWAA 3FXQA 4Z7EA 5JTYA 4GLIA 1HSEA 2DXRA 1QKBA 1HSJA 3T9VA 4N6PA 3SEUA 1MQJA 3FVGA 1IXHA 2QMXA 3HHFA 1ZBMA 3GXAA 1N7WA 4KYEA 3S9NC 3IR1A 3TCGA 4ZEFA 2XXRA 1B3FA 3OMBA 4FAJA 3MP1A 5H8FA 5DVFA 4PFUA 1POTA 2XD3A 3C31A 4WKMA 5ICTA 1Y1MA 1I6AA 4H1XA 1B05A 4YB7A 1MY1A 3HPIA 3UN6A 3PD9A 4THIA 1NH7A 2ONKE 3C4MA 4F19A 4LUBA 3PPPA 2I49A 2GH9A 4H8JA 1LBCA 3IORA 1LCTA 4GOTA 2X26A 4C1TA 2Q8JA 4QHQA 2CMOA 1PBPA 3W9VA 4IY5A 5H8SA 1PB9A 1MY3A 4RK9A 3LSLA 1SW2A 3VFJA 5I58B 1UTHA 1BTJA 3EF7A 5B70A 1XVXA 3E9XA 2DYXA 4RK2A 2XXHA 3CHGA 5H8NA 2OZZA 4ZDMA 4DE8A 1B3LA 3IO6A 2ZYMA 3MUQA 3JV9A 2XHDA 3CVGA 4EDPA 4U4XA 3PD8A 4PFYA 2RC9A 1Q35A 1LGBC 3FV1A 3PUYE 2VHAA 5H8HB 4KI0E 4R2BA 2DE2A 1EZOA 2A5SA 5FTHA 5TU0A 1IITA 3N26A 3PPNA 4WXJA 1AIVA 4BLAA 4E0XA 4KPTA 2I48A 2ALUA 3TQWA 3QXMA 2WOKA 5FHNA 3BKIB 5I57A 3G3IA 2XXWA 1I69A 1NNPA 4KYSA 5EHMA 2NWJA 1EZPA 2Z22A 3RTFB 1TT1A 2KLFA 1NNFA 2RCAA 1MXYA 4YKJA 5ELVA 2Z8DA 4IGRA 4ELQA 1PEBA 3U1OA 3MVYA 1N76A 2AYSA 2PMSA 4PFWA 5DVJA 3A09A 2GRVA 4POXA 3ILUB 4YAHX 1FQFA 2XXIA 3RLFE 4QFNA 1SVXB 4IGTA 1OLAA 2XX9A 1Y9UA 1FQDA 2ZYNA 2H99A 1SBPA 2DXYA 3KN8A 4EXKA 4HTGA 3KZGA 4WEPA 3T22A 5L8DA 2D3IA 3RTWB 3PPOA 2F35A 5K2XA 3ZKLA 4OYVA 4R6YA 4NF4A 1R1NA 1QKAA 1MXVA 1EH3A 3S9MC 4AB6A 2PYYA 5ISUA 5HBCA 4ONYA 2CZLA 3LUYA 3LSWA 5AA2D 1O7TA 2B65A 3M3LA 2V3TA 4F29A 1ZJLA 4PQJA 4XKNA 3OO7A 5CMBA 2OJTA 3TKDA 1S9TA 4ZEDA 2ZYOA 4ELRA 3O29A 4FECA 3VVEA 3IOUA 3PU5A 2F7BA 1JNFA 4YICA 3C34A 3U8QA 3BFTA 2RCBA 3SEYA 3FD3A 3KJ7A 2H4IA 1PC3A 3G3KA 3QSLA 2ESNA 3TYHA 4U2RA 5I2KA 3K6VA 3FJGA 4GVOA 1XVYA 2B4LA 4BDQA 4LZ8A 5I56A 1USYE 4LZ7A 3DP6A 4KD5A 1SDXA 3HHGA 1SD3A 4QFKA 3KJTA 2Y7WA 3W9WA 2DE4A 1NMUA 3V8XB 4I1DA 4IO6A 3BBRA 1XT8A 4BDLA 1B2HA 1H45A 4KFQA 1ZU0A 2Y7IA 3FATA 1M5DA 2RC8A 1PDAA 1MDP1 4PE5B 5DEXA 1UIUA 2DP8A 1Y3PA 3U93A 3ZSFA 4R6HA 5CM6A 4X1BA 3DM0A 1GR2A 4H67A 4RY1A 1XHYA 1B40A 2UVHA 3MPLA 1XS5A 5AA4B 3FVOA 1FQAA 3TTNA 4H65A 5TP9A 3O2AA 3E3KA 4N07A 3TTRA 2XXUA 1MPCA 4GWOA 5HPQA 4X9TA 1A8FA 3VDFA 4G2ZA 2QS4A 4XIGQ 4NWCA 5J1DA 2P1SA 4MFIA 2FYIA 3T93B 1FTJA 2ANJA 2G29A 1IXGA 4OVJA 4IY6A 2HEUA 4R2FA 5L9OA 1R9QA 3DP8A 2ONRA 3T66A 1UTBA 3VE1B 4X1DA 5KCJB 4ZEKA 4WEDA 4EF1A 5ICQA 4FIMA 3DRHA 3MAMA 2NOOA 4H6DA 3O6PA 1MXXA 3K1MA 4R73A 3MZ1A 3SDFA 3OOAA 1SI0A 4QRZA 5CMMA 3GBBA 3T96B 3P7IA 3CRBA 5I84A 4R74A 3PGFA 3N94A 3OELA 4R72A 2UVJA 5TPAB 3TMGA 4DCXA 1POY1 1OLCA 2XXQA 1FQBA 5H8QA 5CBSA 2I0CA 2Z23A 1P1OA 4O3CA 1QUIA 3C33A 3VVFA 2E1SA 3TTLA 4ELOA 1MH4A 4GFRA 2GHAA 2BJJX 1JETA 4DIGA 1TXFA 4NF8B 3K6XA 4I9DA 1B5JA 3VV5A 4JB7A 3QUJA 4FATA 1VFDA 2UYFA 3U72A 2F7AA 3WAEA 4XKQA 1MQIA 1B52A 1B1XA 4HS7A 3T9XB 2I6EA 3MWBA 4XTCQ 5A5XA 1FW0A 1H43A 4ESWA 1A8EA 3VLWA 3FIRA 1SW5A 3CFXA 3FVNA 1B58A 4E0WA 4YMAA 3RNNA 1MPDA 2HZLA 2QL3A 1LAHE 5CRYA 2F6GA 2UYEA 2XX7A 2AL5A 1UIVA 4NMYA 3DRGA 1FQEA 1Y3QA 3IAZA 2V25A 4O3BA 1B7HA 2DS9A 4NF6A 3PMXA 3V83A 2WOLA 4GF8A 3G3FA 2NVUB 3GBAA 3ZKKA 4LATA 4RNSA 1R6ZA 1OMPA 4ZZAA 1MRPA 4MLVA 4IO7A 4ND9A 4OENA 5JTYB 3PPQA 2PX1A 3PUZE 2DOJA 3V5AA 1LLSA 3TUSA 2XXYA 3VVDA 4U1ZA 3KN7A 4TLMB 3IOTA 1XC1A 1BKAA 3LC8A 4IO3A 1ZMGA 2Q9TA 1Z7ME 3QIMA 5H8FB 1J1NA 4OZ9A 3B7DA 1B0LA 1MY2A 1VR5A 2H9BA 2THIA 3U92A 4DXCA 4QFOA 1DTZA 3MC2A 4FEBA 3D4GA 3OSQA 4RPNA 1MS7A 3R6UA 1FTKA 1FTOA 3CI8A 3KGCA 5JK4A 3AXFA 1B6HA 1UTHB 4G68A 2X7PA 3SETA 4JWXA 3Q25A 1OVTA 2UXAA 5H8NB 1FCKA 2AL4A 1L5TA 1A7LA 3D4CA 3JYRA 1ANFA 1TWYA 3K1NA 1LAFE 1FTLA 3QK6A 4U1OA 3DRFA 1USYH 4OETA 3FZVA 3N6UA 3R7XA 2ZNSA 4I62A 2D21A 5CMCA 1IUDA 5HM4B 5CC2A 2PT2A 3H6WA 5IKBA 1NL5A 1T0KA 1NH8A 2DWHA 1WVJA 2ZNTA 2QSXA 4EUOA 3CR9A 2ONSA 3CSBA 4PFTA 4OEVA 3I5OA 4EF2A 2F6PA 1QJMA 1TFDA 4HCWA 3TFLA 3THIA 3G7WA 1GVCA 5KZTA 5FTIA 2O69A 4YZZA 4OERA 1LFIA 1NNKA 1D3KA 2H98A 4G77A 3TAJA 2ZYKA 1EZ9A 5I57B 3FXUA 4GRKA 2QRYA 2A5TB 4K3FA 4NTLA 4QFLA 2H5YA 4G8MA 3K6WA 3K00A 4O3AA 4UA8A 1O64A 1JEVA 4JWOA 1OVBA 3BFUA 4EQBA 1MXZA 4U22A 3EQ1A 3SEXA 3O6GA 4C0RA 5F1QA 1B51A 1AL3A 3PMWA 2YLNA 2VP1A 3MP6A 3EN3A 3IOWA 4F22A 5BWJA 2IA4A 3FV2A 3C9HA 3H3GA 2P0SA 3ONMA 5JEIA 4IB2A 1DMBA 3LR1A 1OQHA 3MPKA 1MY0A 2VD2A 3QYTA 1YTVA 3H4ZA 2RINA 5KDTA 4GL8A 3IL1B 3RYBA 4R75A 1IXCA 3CFLA 3PPRA 4BDRA 3S9EA 3RUMA 5CBRA 4G8HA 4IO4A 4NF4B 1N0TA 3K4UA 4OWDA 2O7UA 4Z0IA 1QULA 2XXTA 3OEMA 2REJA 3C35A 4PP0A 1PBQA 3QUFA 3UIFA 1NKXA 4U23A 4OFOA 4H8IA 3RN8A 4EXLA 3K1PA 4MH5A 2I3VA 3RGYA 4RA1A 2GHBA 4OQOA 2ABHA 1SI1A 3MVZA 3UORA 5I2KB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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