1PB8A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with d-serine at 1.45 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
282
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINTERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ligand binding protein
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 282
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb8A02
1JETA 3E13X 4OERA 1FTOA 4FJPA 1NH8A 4IO3A 2RC7A 4F19A 3OEMA 4F1VA 4DZ1A 4GIZA 2A5TA 2H5YA 1LBCA 1TFAA 3HSTA 4KYEA 4DIGA 2PBWA 2HQ0A 1R1NA 1UTBB 3PV0E 5DVFA 4DCXA 3CI8A 3RTWB 2OJTA 3TUSA 1DTZA 1MS7A 3OENA 3EN3A 2UXAA 4OTEA 3CVGA 1M5BA 4KCCA 2PVUA 4QFKA 3K4UA 3N6TA 2XXRA 5AA2A 4N07A 2Z22A 2DE4A 4C1UA 4EQ9A 4H5GA 3R7XA 1Y9UA 3ILUB 3W9WA 5CMMA 4FEBA 3DELB 4H0WA 4QSDA 2WKYA 2XXUA 3LSXA 3F11A 1FQDA 1P1OA 2VD3A 4OMBA 3S4UA 1Y20A 3EF7A 4NWDA 4OESA 1QUIA 3G3KA 1LAFE 4DDDA 4JWXA 1F9BA 2B3FA 4ISUA 4OZ9A 1DTGA 1JW1A 3CFLA 2DYXA 3ZS6A 4YKPA 5CMBA 2XXVA 2E0SA 3QUJA 5HBCA 3KN7A 4EF1A 1RKMA 1H43A 4G4PA 3B6QA 3Q28A 3KSXA 3CG1A 3TTLA 1NFTA 1A8FA 3THIA 1HSEA 1O63A 2PT1A 5I56A 1FQAA 3MP1A 1MY2A 5H8QB 1SYHA 2ZXTA 5KZTA 1POTA 3W9VA 3I3VA 2UVIA 3SDFA 2F97A 1POY1 4RJZA 1JQFA 4KYDA 4TOZA 1N3XA 2I4BA 3R26A 4AB6A 3OO8A 4IGRA 1BP5A 1EZOA 4FEDA 3DP4A 4F3PA 1R9QA 1M5CA 3TCGA 3PUZE 2XHDA 1OIBA 5TU0A 4NF5A 1AIVA 3FJ7A 2V3TA 3PGFA 2XXQA 1HSJA 3O6IA 4LZ8A 1MQJA 2ZYOA 1LCFA 2G93A 3VVDA 3B6TA 2XX8A 4NWCA 2B65A 2O84X 4LUBA 3HV1A 3B6WA 3K6VA 4YKIA 2ESNA 2OWSA 3IOTA 1US4A 2XXTA 5I59A 5JK4A 5ELVA 1LFHA 3VFJA 2PMSA 1FTLA 5A5XA 2VP1A 4H5FA 1OLCA 1MQGA 4NF4A 1SW5A 2F7AA 3T22A 2R71A 1JNFA 2Y7IA 4LZ7A 4YMBA 3RLFE 4WKMA 4L17A 2Q2CA 3H6VA 4N6PA 4FE8A 3OSRA 1Z7ME 1QW0A 1GV8A 5EHSA 4F22A 5F1QA 4F31B 3T93B 3O2AA 1UTHA 4MFIA 4RXLA 2DXYA 2DWJA 3BFUA 4ZECA 3IB1A 3FXQA 2O6AA 3ZKLA 4X1DA 2O1LA 2V93A 3E9XA 1P1QA 3T96B 2YPNA 4G8MA 4GL0A 5I59B 1IIWA 2O7UA 4YU0A 3KG2A 3PPPA 5KDTA 4H67A 4XKRA 4NF4B 4IO4A 3V5AA 5K2XA 3VV5A 5H8NA 3Q25A 2XD3A 2H25A 1PBQA 4OFOA 1MH3A 3FIRA 3KJ7A 3ECRA 2HAUA 3KSJA 3ODBA 1LSTA 1IXCA 1OVBA 4IO5A 1B5IA 3QAXA 2QS3A 3HO7A 1N76A 1XT8A 3S9EA 4I9DA 5L9SA 4IY5A 4G68A 4ND9A 3BBRA 3H06B 1AOVA 2HXWA 1SI0A 3Q27A 1MXXA 2OK2A 4JWOA 3O6HA 3G3GA 3RNNA 1MY4A 4LQ2A 1B3LA 4O3AA 1MXZA 1P1NA 3FJGA 3OOAA 3MC2A 3V89B 3VVFA 3D4CA 2PT2A 2ZMBA 1TFDA 1PB7A 4YB6A 1XVYA 2NUVA 1CB6A 3UK4A 3TZAA 3UA8A 3MZBA 3PPNA 2CZLA 5H8SA 3TQWA 5H8FA 2VGQA 2RC8A 1ZKBA 4P11A 3MVXA 4JXIA 1FQEA 1NL5A 1SW2A 2NOOA 4GOTA 3PUVE 3H4ZA 1LAHE 4OFLA 3PUWE 2O7IA 1MH4A 5IAIA 1II5A 1LFIA 1B5HA 2DVZA 3QXMA 5AA1A 1EH3A 3H03A 1Q35A 4YAHX 2B3BA 1A8EA 2W7YA 4GL8A 4U22A 3TTKA 3H6WA 3EHSA 3T9VA 1HSLA 2DWHA 1UTBA 2ABHA 3VDFA 3MUQA 3JZJA 4YB7A 1FTJA 5JTYB 1SD3A 1B2HA 4GQOA 4GLIA 4M1VA 3BFTA 1N84A 4ZS9A 2Q9TA 4NMYA 4NEDA 3K1MA 3O97A 4PFTA 1IEJA 1PEBA 2ANJA 2E1SA 3T9XB 1XOCA 1B46A 4O3BA 3TEPA 1FCKA 5FHOA 1QKBA 1QVSA 3IJOB 2I4CA 1EU8A 4GFRA 3WAEA 1NNKA 1B5JA 3H3GA 1B51A 5TP9B 2DWAA 1BIYA 5IKBA 1OMPA 5FTHA 3S9MC 5ITPA 5I2KB 1Y4TA 2DE3A 3CR9A 2I3VA 4P0GA 3RN8A 4F3GA 2D5WA 2X26A 1GGGA 4U4SA 1JW4A 4TLMB 2ZNTA 4C0RA 3HHFA 4NTLA 1AL3A 1MM6A 5I58B 2F5XA 2V84A 4Q5TA 3MZ1A 3IB2A 1Q1KA 3S2VA 2DOJA 1SVXB 3USDA 1VR5A 2VHAA 3AXFA 4YB5A 2V3QA 5I57A 4IO2A 1S9TA 4OVJA 4EXLA 1SBPA 1ZBMA 4JBZA 3IORA 5H8QA 1URDA 4JDFA 3PMVA 3K2DA 5CBSA 1JEVA 5TPAB 4BDNA 5I2NA 3VXCA 4KCDA 2HCAA 1PB9A 3SEYA 3IOWA 2HEUA 3SEUA 4BDRA 1SDXA 3MVYA 4XKPA 4UA8A 3U93A 2R6GE 2QMWA 4LA9A 4ZZAA 4R2BA 5CMCA 5KCJB 5BWJA 2O1MA 3V83A 1OQGA 2NXOA 2D21A 2PYYA 3PMXA 1MRPA 3B7DA 2AL5A 3O66A 4ELRA 2F78A 4DE8A 1IUDA 3ILTB 5I57B 2XX9A 3K0VA 4AQ4A 2Q89A 5AA2D 4R9GA 2F34A 1MXUA 1OQHA 4ZEKA 2DP8A 1FQFA 3I6VA 4K3FA 5I2NB 3SESA 1YCJA 5DT6A 4F18A 4GF8A 3GBBA 4BDLA 4QF9A 1A7LA 3KOTA 1Y3QA 1MDQA 4WEPA 3TAJA 3IO4A 3FASA 4Z0IA 4ECFA 3H6TA 1M5DA 3JV9A 4LZ5A 3EPEA 3MP6A 3C35A 3T9UA 1TT1A 1IQ7A 1EZ9A 4O3CA 2YJPA 3UGWA 2AIXA 1N3WA 3C31A 2XXIA 5EYFA 1B9JA 1LAGE 3E3KA 1J1NA 1B40A 2OWTA 2Y7RA 4R6HA 4MLVA 3C9HA 2UVGA 4YICA 4KI0E 3TCHA 3TFLA 3MWBA 4DLDA 1D9YA 3VVEA 2UVHA 4BLAA 1LBBA 2YLNA 3M3FA 1URSA 1ATGA 1N04A 2UVJA 2XXWA 3A09A 5J1DA 2Z8DA 2D3IA 5I84A 3KN3A 3PPQA 3H7MA 2Q88A 1H44A 3IOUA 3QYTA 2DVCA 2OCUA 4XKQA 3N5LA 1YAEA 3FVKA 5AE4A 3DP8A 3RT8A 2I0CA 1R6ZA 3LSFB 3VLUA 4R74A 3MAMA 2QS2A 3A3CA 4MH5A 1CE2A 4R73A 4R9FA 2FA7A 1ELJA 1RYOA 1BKAA 3CRBA 1FTMA 5B70A 4Q0CA 3OO6A 1P1UA 3ZSFA 3G3FA 4ONYA 3N94A 4AB5A 1YTVA 3QUFA 2O69A 4JB7A 2QL3A 1DMBA 1TWYA 4OEUA 3TKDA 2RCBA 4RK9A 1R9LA 4U21A 4JSDA 1GR2A 3ZKKA 3C36A 1N7XA 3K02A 2V3UA 5CM6A 3IAZA 1LGBC 3N6UA 3Q29A 4QSCA 2P1SA 4ZZEA 4ELOA 1JW5A 3PD8A 3KFMA 1Y1MA 1B1HA 4DCYA 2REGA 2H98A 4NF6B 4G8NA 1L5TA 2VOZA 2M8CA 3E4RA 5ISUA 2GHAA 1MY3A 1ZTYA 1I6BA 1LAXA 2RKMA 4EF2A 5B7DA 2AL4A 3EHTA 4Q30B 3IO6A 1DOTA 3OXNA 4F29A 4X48A 3P7IA 2P2AA 4MF3A 3MVWA 1B0HA 4R72A 3KOSA 4QFLA 4RYAA 2ZNSA 4MLQA 3K1PA 3IR1A 1B32A 5JTYA 3FVGA 3G7WA 4KYSA 2OLBA 4H65A 2ALUA 1O7TA 1NNPA 3PUXE 1O64A 3EQ1A 4F39A 3L6GA 4F2OA 2HFBA 4ZEDA 2DQVA 4DXCA 5ITOA 4LVQA 5DTBA 3G3JA 1B52A 5TP9A 3U92A 1JEUA 4OHNA 3FV2A 1Z7NE 2OZZA 1DSNA 1MPBA 1ZLQA 1NNFA 4OFJA 2RINA 5CRYA 1MM7A 5I2KA 1OVTA 1IZ1A 2I48A 1T0KA 3RPWA 3TCFA 2QMXA 5HM4B 3TMGA 2QS4A 4IO6A 4QHQA 3U8QA 1ZJLA 5DEXB 2VD2A 3M3KA 4RPNA 4F3SA 5HPQA 5L8DA 1B3EA 2XXYA 2GFEA 5I58A 3D4GA 1XS5A 3VE1B 1H76A 4R6KA 5AA4B 3TODA 1P1WA 1FW0A 4PFUA 4R75A 2HZLA 1A40A 2F7BA 1D4NA 2KLFA 3OO7A 2ZYNA 1MXVA 4F3BA 1N0TA 4XKNA 3JYRA 3MBPA 4R2FA 1ZMGA 3IJXB 3FGSA 1LLSA 5TPAA 4LQ5A 4OENA 3UP9A 2A5SA 4EQ7A 3VLVA 4ELQA 1MQHA 1OLAA 3HPIA 4ESXA 4U1ZA 1Y3PA 2UYFA 1US5A 4FORA 1B7HA 3S9NC 4ELPA 5L9MA 4RPOA 3QK6A 4GXAA 3BKIB 1S50A 1I6AA 5DVIA 1N7WA 1Y4CA 2ZNUA 5KCJA 3KZGA 3HN0A 3DM0A 2NVUB 1B4HA 2PX1A 4HCWA 3HCQA 2H4IA 1USYE 1RYXA 4R6YA 4I1DA 4TLLB 2DSFA 4BDOA 2XXXA 1PDAA 3IB0A 1D3KA 3T9HB 1QJMA 4NE4A 4G68C 2I0BA 3KEIA 4FIMA 4GXSB 1LCTA 3LBSA 4NF8A 3UIFA 3U72A 4XXUA 2A5TB 2HZKA 1MDP1 1M5FA 3G3IA 4JWYA 3FZVA 1MPDA 2ZYMA 1VE4A 2F6GA 3TTMA 3S9LC 2H99A 3QSLA 4PP0A 2Y84A 3MZ9A 4Q8RA 4HW8A 4C1TA 1GVCA 1B1XA 1NH7A 2DS9A 1LB8A 2IEEA 3SEVA 1NKXA 3V8XB 4XTCQ 1QUKA 4Z7EA 4FAJA 1QULA 3EHUA 3FV1A 3PPRA 3QIMA 1MG1A 2RC9A 1SQYA 3RT6B 2GHBA 3SEWA 3SKPA 3FD3A 5AA2B 4JSOA 4HCYA 2H9BA 4KQPA 2QRYA 4I62A 1Y1ZA 1BTJA 4G77A 4NF8B 3O29A 3OELA 3CSGA 1B58A 5EHMA 2FNCA 4DXBA 1WDNA 4E0WA 3U1OA 4WEDA 2O68A 4N13A 1B7UA 2Y7KA 1IITA 3TTRA 4IY6A 2FYIA 3IK6B 4RK2A 4THIA 4BDMA 3KJTA 4H1XA 4ZEBA 2QPQA 4PETA 1WVJA 1I6QA 2XXPA 2RCAA 3RY3A 3FJMA 3MP8A 1VSOA 1UQWA 3W15C 3R6UA 3MVZA 2R9JA 1SW1A 2CMOA 4EUOA 4E0XA 1D9VA 1XC1A 1A54A 5LOMA 3CG3A 1B7ZA 3SETA 4WXJA 4RNSA 3FUZA 3K6WA 1WODA 1JVXA 3GXAA 4TQUQ 2I6EA 3SEXA 2X7PA 4YZZA 3MPKA 3TTNA 3TYHA 2DWIA 1NNTA 4ZDMA 3ONMA 1ZU0A 2ONRA 3C4MA 1TXFA 1MY1A 3CFZA 3T66A 4U1OA 1SYIA 2Z23A 5I56B 4H8JA 2LAOA 3RQTA 4GWOA 1M5EA 4GD5A 5DVJA 1MQIA 2F36A 3O6GA 4U4XA 4FECA 1FTKA 4FATA 5ICQA 3CIJA 1VFDA 2I49A 2P0SA 1QKAA 4IO7A 3PMWA 2F7CA 2F6PA 4F1UA 3TQLA 3TPAA 3PPOA 2AYSA 4RY1A 4POXA 3KN8A 5ICTA 4KHZE 3OD7A 1A99A 1FQCA 3PUYE 1FQBA 2Y7PA 4F1YA 3GZGA 1S7YA 1Y3NA 4X1BA 4NF5B 3LSWA 4PFWA 2V25A 5CI5A 2F8DA 2ONKE 4LATA 3DLNA 1ZIUA 1IXHA 1GTKA 4NF6A 3C32A 3DP6A 3FATA 4PE5B 2Q8JA 2QJEA 5DYHA 5F7VA 1MQDA 4PFYA 3A3UA 2GH9A 4YKJA 3IOVA 3VLWA 3CFXA 4LP2B 2UYEA 2ZYKA 3TDJA 4XIGQ 3LSLA 1B4ZA 4M4GA 3UN6A 1VFEA 3KGCA 5A5XB 1NMUA 5CMKA 4PQJA 1AMFA 3FVOA 3K00A 4YMAA 3LUYA 2O51A 2X7QA 1B3GA 4HTGA 2XD2A 4YKKA 2QSXA 1XHYA 4QSEA 3CSBA 5JEIA 2HAVA 4GVOA 5K2YA 3O28A 3FXUA 5CC2A 1KWHA 5H8HA 1MXYA 4RA1A 2Z8FA 3FVNA 2XX7A 1UTHB 4OYVA 4KPTA 3G3HA 3M3LA 3K6XA 3GLBA 4EDPA 1B3HA 3OO9A 2REJA 4KFQA 5AA3A 5BUUA 2DE2A 4BDQA 1MY0A 2Q2AA 5FHMA 1JVYA 3K1NA 3MJNA 2DXRA 4P0IA 4QRZA 1DPEA 3U94A 2OBGA 3VXBA 2Z8EA 1URGA 5KDTB 3PD9A 4ZE8A 1QUJA 3C34A 2THIA 2XXHA 1A55A 1LFGA 5M2VA 4EXKA 3GBAA 1EZPA 1XVXA 5H8NB 3O9PA 3SERA 1B3FA 4QFPA 1LB9A 4I8CA 5H8HB 5DEXA 1UIVA 3MW0A 4H6DA 1UIUA 3N26A 2Y7WA 3HHGA 1B05A 5AA4A 4QFOA 4ESWA 4H8IA 3LR1A 1I69A 4LONB 4F2QA 4ZEFA 5L9OA 4G68B 3Q26A 4QFNA 4OWDA 1BLFA 4ZE9A 5FHNA 4X9TA 1MXWA 4G2ZA 2RF1A 4G8HA 3MQ9A 4GRKA 1B6HA 2G29A 1MPCA 3L6HA 4MBPA 4OQOA 1H45A 3OSQA 3TELA 3M8UA 4EQBA 2QS1A 1AH5A 3LC8A 4KR5A 3C33A 3IX1A 1P99A 3IL1B 1B0LA 3UORA 1H3DA 3KBRA 2BJJX 5CBRA 1IXGA 3RUMA 4UACA 5FTIA 3I5OA 1SW4A 2NWJA 3FXRA 4IGTA 1DPPA 2GRVA 4OETA 1PB8A 3OMBA 1SI1A 3K01A 2ONSA 3RTFB 4U23A 4IB2A 3WAFA 2I3WA 3PU5A 1PC3A 2IA4A 3K6UA 4KD5A 4ZEIA 2F35A 5H8FB 1PBPA 3MPLA 3OEKA 4OXVA 1ANFA 4DXUA 1IXIA 4POWA 3RGYA 3H6UA 1YPNA 1USYH 2I58A 4U2RA 4OEVA 4HS7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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