4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Transport protein
molecule keywords AlgM1
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
4QFLA 5F7VA 4G68A 2F5XA 4IY6A 3N6UA 2Z8FA 4YMAA 5L9OA 4IO2A 4C0RA 1NMUA 4KQPA 4FATA 1NNPA 4GD5A 1QUJA 2G93A 1VE4A 2UVGA 4PETA 3K6VA 4H1XA 4NEDA 1NNFA 3PMWA 3FXRA 3KBRA 3TEPA 1XVYA 4NF5B 1OVTA 4LZ7A 3MUQA 2O7IA 4GWOA 3R26A 1JVYA 4GF8A 3R7XA 3M8UA 4KFQA 1GTKA 4KCCA 1IUDA 1NH7A 4ZE8A 1H45A 2ZYOA 3EQ1A 4XIGQ 4YB5A 1VFDA 3PUWE 2ALUA 2RC9A 3K4UA 4THIA 5AA1A 2RCBA 2OLBA 4OESA 3TTKA 4DXBA 5CBSA 3IO6A 4JWYA 2DE4A 2HZKA 1F9BA 5I59A 3VVEA 5DVIA 1ZTYA 1A8EA 5ICTA 1NL5A 1JETA 1HSEA 3CFZA 1UIUA 4NMYA 4OEUA 4F3PA 2Q89A 2KLFA 4WEDA 3SEVA 1JW5A 4LQ2A 3W9VA 1OVBA 3CG1A 4IGRA 2O6AA 4R6HA 1ELJA 5FTHA 3RTFB 4YB7A 5HM4B 4ZEBA 4MH5A 2XX8A 1FTJA 3V83A 3T9VA 2F34A 4DXCA 4BDQA 1P1QA 4Q30B 5JK4A 2I0BA 1BTJA 5CBRA 3FATA 5BWJA 1NNTA 1OIBA 2I0CA 2OJTA 4FECA 2O84X 3WAFA 4ZEKA 4M1VA 1MH3A 3CI8A 1TWYA 3JYRA 1MDQA 2ONKE 3KZGA 3OO7A 3PU5A 3LSFB 2XXHA 2P1SA 4GL0A 5I2KB 4F31B 5L9SA 1EZPA 2ABHA 3TCFA 1IIWA 1DTZA 3O28A 5JTYA 1Y3QA 2HZLA 3RLFE 2P0SA 1CB6A 1H43A 1N0TA 2ZYMA 4NWCA 4TQUQ 1B32A 3FZVA 2I3WA 3OD7A 2NWJA 4DLDA 4H0WA 1FQBA 2I4BA 3KN3A 3TODA 1MY3A 3TCGA 1N04A 3Q25A 2I48A 1LBCA 2VOZA 2ZNSA 4XKRA 3DELB 2H25A 1YCJA 1VFEA 1HSLA 4LQ5A 1B4ZA 3LC8A 3FVGA 3RN8A 1N7WA 1B46A 2BJJX 2NOOA 1M5FA 4YZZA 2R71A 5ICQA 1URGA 1WDNA 3H6TA 3TKDA 4KD5A 3VLVA 4EQ7A 3PPNA 2HCAA 3HSTA 1H44A 2ZMBA 3OO8A 4TOZA 1B1XA 1MXXA 2Q8JA 4BLAA 4DXUA 5KDTA 1GVCA 3OEKA 1J1NA 1LBBA 2XHDA 3SDFA 2XXTA 2NVUB 3MZ9A 3SERA 5A5XB 4OFJA 3OO9A 3QUFA 2Q9TA 3K2DA 3TQWA 3TYHA 1SYIA 5TP9A 3TZAA 1FTKA 3B6QA 2QS1A 3EHSA 3ZKKA 3U72A 1A7LA 1D3KA 4I9DA 4KCDA 1YTVA 1AH5A 4POWA 1FQDA 4U1ZA 1Z7NE 2LAOA 5I84A 3U94A 4YMBA 2Z22A 1WODA 4NF6B 4QSEA 1A55A 4OWDA 3RT6B 3USDA 4R74A 4QF9A 1MY0A 1Y20A 1MY4A 1XT8A 2AL4A 3IAZA 3MJNA 5I57A 4N13A 1MY1A 3FXQA 3S9LC 1D9YA 2V93A 3H6WA 3PUVE 1O64A 1AIVA 1UTHB 3VLWA 1GGGA 1NKXA 1PC3A 3HHFA 2A5TB 5TPAB 3TTRA 3M3KA 1LCTA 1QUKA 5ITOA 2UYFA 2VD2A 5TU0A 3FIRA 3O6IA 4JWXA 1MXUA 3MVZA 4BDLA 5CMBA 2DXRA 3O6GA 2W7YA 4JSOA 1S7YA 4LZ5A 3H6VA 4ELOA 3E9XA 4ESWA 4FAJA 2DQVA 2I3VA 2RF1A 4U2RA 3SETA 1NFTA 3S9EA 4F2QA 1LAGE 2O51A 2Y84A 4R6YA 3FVNA 2DP8A 1D9VA 3VE1B 2HEUA 1B3LA 2F36A 3I3VA 3OSQA 4RK9A 1B4HA 4H67A 4U22A 3HHGA 3MVXA 4H8IA 4OMBA 3OOAA 3RY3A 5JTYB 3MP1A 1QKBA 3FXUA 1MM6A 4H8JA 1XVXA 4QHQA 1DSNA 3SEUA 1NNKA 4F18A 4ISUA 4I62A 3UIFA 5DYHA 1B51A 3HO7A 4QFKA 2I6EA 1DPEA 1LGBC 1B52A 1RKMA 4LATA 4QFOA 1US5A 4ELPA 3QSLA 3C34A 4K3FA 2QL3A 3G3IA 4UACA 4G68B 4WEPA 3U8QA 1GR2A 1P1WA 3B6TA 1ZBMA 2QS2A 3Q27A 3IOUA 2Z23A 3S4UA 4N07A 2QJEA 2PX1A 3PD8A 1PB7A 1DTGA 1VSOA 1MPBA 1Y9UA 2DWJA 2WKYA 5CMMA 3W9WA 5ITPA 3RTWB 4EDPA 3ONMA 1JW1A 4RNSA 4F3SA 3H6UA 1LAXA 1CE2A 1KWHA 1M5CA 3T9HB 4C1UA 3K6XA 2H4IA 2Z8EA 4ECFA 4EF1A 4OFLA 1OLAA 4YB6A 5B70A 4GVOA 1PEBA 5KCJB 1FTLA 4Z0IA 4LONB 2ZYKA 2FA7A 3TTMA 2F8DA 4LUBA 2H9BA 2VGQA 1TT1A 2QSXA 3CG3A 2DVCA 3U93A 5AA2A 4IGTA 3K02A 4H5GA 4PQJA 1JQFA 4YKKA 1BKAA 3IOTA 3PUYE 1UIVA 5H8QB 3V5AA 4DIGA 4EQ9A 1TXFA 4U1OA 3L6HA 1BLFA 3N26A 3H7MA 3C31A 3EPEA 3K0VA 3MWBA 4YAHX 3PPOA 1I6QA 4DDDA 2CZLA 4ELRA 4EQBA 1B0LA 3RNNA 4ESXA 1AL3A 4HTGA 4IO3A 4R9GA 2HFBA 1MDP1 4KPTA 5JEIA 3E13X 1JNFA 5FHMA 4JB7A 3KOSA 4YKIA 1IXCA 1MXZA 3GZGA 5ELVA 1B7ZA 2QMWA 3DLNA 3GLBA 4OHNA 5I56A 1RYOA 2P2AA 2OCUA 3GBBA 3K6WA 1B58A 2R9JA 3QYTA 1JEVA 3FV1A 4QFPA 4E0WA 3MVYA 1MQHA 2CMOA 4U4SA 1OMPA 2IA4A 4DCYA 3S9NC 3JV9A 2HXWA 3FJ7A 1B5IA 1NH8A 1M5DA 2Y7IA 4FE8A 1B3FA 4GRKA 4LP2B 4OVJA 4O3CA 3SKPA 4EF2A 2O1MA 1B3HA 1US4A 1Y4CA 2PMSA 4KYDA 4O3AA 3WAEA 4OFOA 2OBGA 2I4CA 1FQAA 1H3DA 3ECRA 2RKMA 3O9PA 4BDNA 4JWOA 3TTLA 2X7PA 4OETA 1MXVA 2R6GE 3D4GA 3OEMA 4POXA 2V25A 2O68A 3UA8A 3H4ZA 2UYEA 2X7QA 3LR1A 2GH9A 1UTHA 2XD2A 1FQCA 3JZJA 3I5OA 4KHZE 2YPNA 3FASA 3GXAA 3IB2A 5H8SA 4ZEFA 3VLUA 1Y1MA 4EXLA 4DE8A 4ZS9A 1QUIA 4FORA 2QS3A 3Q28A 4TLLB 5FHNA 3O97A 5TP9B 3U92A 5I2KA 5ISUA 1DOTA 2XXIA 1DMBA 4XKQA 3FJMA 4FEBA 3TDJA 3TQLA 1O63A 3IOVA 1HSJA 1Q1KA 4OQOA 2B3FA 4UA8A 4EXKA 4F29A 4E0XA 5IAIA 1UTBA 3G3HA 3C32A 3IL1B 5HPQA 4FEDA 4PP0A 5I58A 3A3CA 4OTEA 3KN7A 4G68C 4I1DA 2OWTA 2Q88A 4R2BA 1XC1A 1IZ1A 1XHYA 3PUXE 4OXVA 4G8MA 3UN6A 3KEIA 1LAFE 3HV1A 1Z7ME 2VD3A 1DPPA 1B2HA 4MLQA 4KYEA 2ZNUA 4GLIA 5AA2D 2ESNA 4IY5A 5H8FB 4X9TA 4PFUA 4QSCA 4RYAA 5TPAA 1B5HA 1B3GA 4HCYA 3TAJA 2QPQA 5AA4A 2B3BA 1QULA 2GFEA 3FVKA 3T9XB 3MZBA 5I2NB 3LSLA 1POY1 3N5LA 4AQ4A 1QKAA 4HCWA 3IJXB 3PUZE 1MQDA 3CR9A 3EHTA 3W15C 5AA4B 1BIYA 1ZU0A 4F22A 3PMVA 3KG2A 4P0GA 1LSTA 2NUVA 4YKPA 1JW4A 3TCHA 1B6HA 1LLSA 4R75A 5B7DA 1JVXA 3DP8A 3TUSA 5H8NA 4PFYA 2XXXA 2UVIA 2X26A 3M3LA 1IXIA 3MBPA 4RPNA 3PGFA 5CC2A 1B7UA 2ZXTA 2FNCA 2UVHA 1XOCA 1YPNA 3OXNA 3QXMA 4F2OA 2Q2AA 3BFUA 4R6KA 4HS7A 4OERA 4F3GA 2YLNA 3E4RA 2M8CA 3RUMA 1USYE 5H8NB 1LCFA 3D4CA 3VVDA 2UXAA 5LOMA 3EHUA 2H5YA 3VVFA 4R73A 1B0HA 2GHBA 2ONRA 4GL8A 1ZIUA 1A40A 4ZECA 2PBWA 2XXWA 3MW0A 1ANFA 2DVZA 3VXBA 1FCKA 3ZKLA 3IK6B 3S2VA 5IKBA 4ZDMA 3CSGA 3BKIB 2F6GA 3C9HA 3O2AA 4OENA 1I69A 2GRVA 4AB5A 2REJA 3T96B 3VXCA 4AB6A 4HW8A 2DXYA 4Q8RA 1IXHA 4JBZA 1QJMA 4NF4B 2AIXA 5K2XA 3T22A 3TMGA 1BP5A 3UK4A 3HCQA 3OO6A 3K1MA 4F39A 4XKNA 3MVWA 1N3XA 5K2YA 2O1LA 4ELQA 2F35A 1EZ9A 4X48A 3E3KA 4RPOA 2I49A 2D5WA 3CRBA 3QAXA 4NF4A 1LB8A 1PB8A 1Y4TA 1Y3PA 3ILTB 4GXAA 4JDFA 4L17A 5EHMA 5FHOA 3V89B 4G77A 3FD3A 3MQ9A 4BDRA 2Y7WA 3EN3A 5I59B 2DE3A 3FJGA 4G4PA 5I56B 1SYHA 3ODBA 2PT1A 1A8FA 1AMFA 4EUOA 2DSFA 4I8CA 4RY1A 2H98A 3ZS6A 3BFTA 4MFIA 3G7WA 3RPWA 4YKJA 3OENA 5H8FA 3AXFA 2E0SA 4F1VA 3H03A 2ZNTA 3VV5A 4Q0CA 3MC2A 4QSDA 1M5BA 3H3GA 2VP1A 2YJPA 3U1OA 5J1DA 2HAUA 3LSWA 1FW0A 5DVFA 4G2ZA 1N7XA 4ZEIA 4TLMB 3O29A 1USYH 3N6TA 2B65A 4ZZEA 3KJTA 3K6UA 3N94A 1TFAA 4GOTA 2RCAA 1MQGA 3G3KA 4H5FA 2Y7PA 4P11A 3TFLA 4PFWA 3VFJA 4O3BA 2Y7RA 3C35A 1P1OA 1MY2A 3H06B 4F1YA 4P0IA 1YAEA 2DS9A 2V84A 4RA1A 3OSRA 3BBRA 1PB9A 1SW1A 1MH4A 3IO4A 2IEEA 1OLCA 1B7HA 1MRPA 2F97A 2XX9A 4IO6A 1MPCA 2I58A 4ZEDA 1A99A 1RYXA 3CIJA 4QRZA 5CMKA 4NF8A 3GBAA 4DZ1A 1IQ7A 1ZKBA 2RC7A 3DP4A 3DM0A 4G8HA 4XXUA 5AA3A 5I57B 4F3BA 1I6BA 4M4GA 3UORA 1LFIA 4LZ8A 1PBPA 3G3GA 5AA2B 1GV8A 1PBQA 1A54A 1URSA 4GFRA 1IITA 1FQEA 2VHAA 4H6DA 5DVJA 4C1TA 4FIMA 4ZE9A 1B5JA 4KYSA 4RK2A 3MAMA 1JEUA 3MPKA 1URDA 2AYSA 3MPLA 4IO7A 3B6WA 4X1DA 1VR5A 3EF7A 3G3JA 4QFNA 4BDOA 3KGCA 1B1HA 2PVUA 2F7BA 1QW0A 2XD3A 2XX7A 1B40A 1S9TA 3KFMA 3PD9A 4U23A 4OYVA 4PE5B 2Y7KA 2OK2A 1MXWA 2D3IA 3CFLA 3KJ7A 3CFXA 5EHSA 5A5XA 1MPDA 1R1NA 1ATGA 1SQYA 1MM7A 1Y3NA 5DTBA 5KDTB 4MF3A 1N76A 3TELA 4IO4A 2HQ0A 4YU0A 4GIZA 5HBCA 2V3TA 3KSXA 2DWHA 1QVSA 5I58B 3MP6A 4XKPA 3SEYA 3THIA 5M2VA 2REGA 1R9LA 2XXQA 2ZYNA 1B05A 1SW2A 2PYYA 3K1NA 1SVXB 2DOJA 3PPPA 3F11A 4N6PA 4R9FA 3C33A 3CVGA 4IB2A 1R9QA 2XXRA 1FTOA 1OQGA 4WKMA 3DP6A 2DE2A 1II5A 1EH3A 2RC8A 3O66A 3OELA 3R6UA 4GXSB 3PPQA 1WVJA 4ONYA 2O69A 2NXOA 4X1BA 3A3UA 2A5SA 4F1UA 4LVQA 4YICA 2F6PA 3ILUB 3T93B 2XXUA 3IX1A 1SD3A 4GQOA 4R2FA 1L5TA 3L6GA 3TTNA 3Q29A 4U4XA 1O7TA 2O7UA 2Q2CA 1ZMGA 2HAVA 2QMXA 4R72A 4OZ9A 3RGYA 1MQIA 4F19A 4ND9A 2RINA 4MBPA 4ZZAA 1N3WA 3PPRA 1MXYA 1XS5A 3V8XB 4NTLA 5KCJA 5DEXB 3SEXA 2QS4A 3FGSA 3MP8A 1M5EA 4H65A 1FQFA 2AL5A 3O6HA 3IORA 1I6AA 2DWAA 2Z8DA 4NWDA 3IOWA 5F1QA 5CM6A 5DT6A 4PFTA 5BUUA 4KR5A 4Q5TA 1S50A 3TPAA 3S9MC 3I6VA 2V3UA 3K00A 1EZOA 3IJOB 5DEXA 1SW4A 4G8NA 5H8HA 1EU8A 2XXVA 2DWIA 4JXIA 4BDMA 2D21A 4DCXA 1ZLQA 3LSXA 4RXLA 4IO5A 5KZTA 3OMBA 3FV2A 3HN0A 3A09A 1PDAA 3IR1A 3PMXA 4JSDA 5L8DA 1SBPA 1LB9A 3T66A 3LUYA 4XTCQ 3CSBA 5H8HB 5CRYA 2F7CA 2ONSA 3SESA 2OWSA 1IEJA 3FVOA 3QIMA 3VDFA 2QRYA 5EYFA 3UP9A 3LBSA 2PT2A 3M3FA 1AOVA 3KSJA 2F7AA 2OZZA 1ZJLA 4U21A 1Q35A 3ZSFA 1OQHA 2A5TA 3Q26A 3B7DA 3C36A 1UQWA 5I2NA 1B3EA 4KI0E 1H76A 2DYXA 1POTA 1SI0A 3K01A 1MQJA 1SDXA 4OEVA 5CI5A 2UVJA 3MZ1A 2E1SA 3FUZA 1Y1ZA 1B9JA 2ANJA 3KN8A 3P7IA 4LA9A 4NF5A 2XXYA 1LAHE 2THIA 3KOTA 3K1PA 1LFHA 1TFDA 2GHAA 4NF6A 5FTIA 2FYIA 3IB0A 3C4MA 1N84A 1SI1A 3IB1A 1FTMA 2XXPA 3QK6A 3RQTA 3T9UA 1IXGA 2F78A 5L9MA 4MLVA 4NE4A 4Z7EA 3UGWA 3PV0E 1UTBB 1P1UA 4RJZA 1T0KA 2V3QA 2H99A 4WXJA 1D4NA 2G29A 3SEWA 1P1NA 1SW5A 1R6ZA 3QUJA 5AE4A 1P99A 1MS7A 4NF8B 5CMCA 1MG1A 5H8QA 3G3FA 1LFGA 4FJPA 3HPIA 3RT8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QFLA 4G68A 2CZHA 4C0RA 4FATA 4GD5A 1NNFA 3KBRA 3TEPA 4NF5B 2CZKA 4LZ7A 3MUQA 3R7XA 1JVYA 4YB5A 3K4UA 5AA1A 2KQZA 4DXBA 1FJ6A 2HZKA 1A8EA 1JETA 1HSEA 5IGAA 4F3PA 2Q89A 1JW5A 3CG1A 4R6HA 5IZ3B 4YB7A 4MH5A 4PFIA 1FPFA 4BDQA 4FECA 3WAFA 4ZEKA 4M1VA 4NAPA 3CI8A 2XXHA 2P1SA 4GL0A 4N6KA 5L9SA 1FBCA 1CB6A 1H43A 4GBVA 1N0TA 4TQUQ 3FZVA 3BIGA 4DLDA 4H0WA 3KN3A 3TCGA 3Q25A 2VOZA 4XKRA 1YCJA 4LQ5A 1B4ZA 1VDWA 3A29A 1M5FA 5ICQA 1URGA 3MSTA 3VLVA 3TKDA 3PPNA 1H44A 2ZMBA 2XXTA 2NVUB 3MZ9A 3SERA 3ZKKA 3U72A 1D3KA 4I9DA 4KCDA 1FQDA 2CZIA 2LAOA 3U94A 4O8MA 1A55A 1MY0A 1MY4A 3IAZA 3MJNA 5I57A 1MY1A 1D9YA 1GGGA 1PC3A 2A5TB 5TPAB 3TTRA 1QUKA 2VD2A 3MVZA 4OVSA 3SETA 3S9EA 4F2QA 1LAGE 2O51A 2Y84A 4NG7A 2HEUA 3I3VA 2F36A 4RK9A 3RY3A 4JVDA 3CHGA 4I62A 5J16A 3PTYA 4PGPA 3C34A 4O7IA 2QL3A 3G3IA 3IOUA 4AS5A 3S4UA 2QJEA 3PD8A 2DWJA 5ITPA 3W9WA 4RNSA 3H6UA 1BK4A 4MEVA 1CE2A 3T9HB 3K6XA 4OFLA 1OLAA 4X04A 1PEBA 1FTLA 2VPOA 4LONB 2VGQA 1TT1A 3CG3A 3K02A 1NUYA 3V5AA 4DIGA 4EQ9A 3L6HA 3H7MA 4DDDA 4ELRA 4EQBA 4R9GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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