4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords AlgM1
publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Transport protein
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
1N04A 3CFLA 3K2DA 4G8HA 2YPNA 3R26A 5KZTA 1MXXA 2XXHA 2YLNA 1LSTA 4ZDMA 4ZZEA 5I59A 3TQLA 4JB7A 3KBRA 2VGQA 5DEXA 1P1NA 5JTYA 4GLIA 4X9TA 3V8XB 4FECA 1SYIA 3TTRA 2VD2A 2ESNA 3B6TA 3MPKA 1MY4A 2PT2A 2DVCA 1B51A 4YB5A 5H8FB 4H5FA 4OENA 3BFUA 4RPOA 1MPCA 4H0WA 1OLCA 1SI1A 4F2QA 3OO6A 2ZYMA 4OVJA 2W7YA 4BDRA 4GF8A 3BFTA 3PMVA 3E4RA 5JEIA 4YZZA 2QS4A 3C34A 3FGSA 4LUBA 4MF3A 3TCHA 4QFKA 3GBBA 2F36A 1AMFA 3TCFA 2QS2A 4LP2B 4DXBA 3IOVA 1B7UA 5CMBA 5KDTB 5H8FA 3KG2A 4I1DA 3G3JA 3OO9A 5A5XB 4O3AA 3QXMA 1IXGA 3C9HA 4KYDA 4IY5A 1MY2A 5CC2A 2F7BA 1LAFE 1O7TA 3M3KA 2F7AA 4R72A 1JVYA 3LBSA 3W9WA 4HCYA 1NMUA 4RK9A 3T9VA 2Y7RA 3K6VA 3H7MA 1A8EA 4KCCA 4ONYA 2F34A 4FEDA 1D9YA 3HN0A 5LOMA 3MZBA 2E1SA 4ESWA 3RUMA 3DP8A 3TTKA 5KDTA 2DWAA 5CRYA 1FTLA 2V3UA 2XXIA 5IAIA 1LFGA 3HSTA 5A5XA 2UVGA 1A7LA 4NWDA 4POXA 1MPBA 4C1TA 3S9EA 1YCJA 4FIMA 3RY3A 2F8DA 5FHMA 4GL0A 3CFXA 1GGGA 4FEBA 4ELQA 3PPNA 5CMMA 3M8UA 3BKIB 3B6WA 4NF8B 2PT1A 4G2ZA 4NTLA 1N76A 5H8HB 2X7PA 3MZ9A 3HHGA 5IKBA 3EPEA 2G29A 1MXWA 1N3WA 2VP1A 4OEVA 3GZGA 2GRVA 4R75A 3V5AA 3CSGA 2RCAA 3UP9A 2ABHA 2XHDA 4H5GA 3MWBA 1FQAA 1PBQA 4LQ5A 4ZEFA 2O84X 3WAFA 1Y4TA 4WXJA 1EH3A 3FJMA 3ZKKA 3TMGA 2B65A 3U8QA 1GR2A 3TAJA 5FHOA 2QSXA 3H3GA 5DVFA 3OMBA 2Z8FA 1H44A 2XD3A 3K01A 4EF1A 2RINA 5I58B 1TFDA 1I6QA 3IB0A 4F22A 2R71A 3UIFA 4AB5A 1VE4A 3W15C 2FNCA 5H8HA 4JWYA 2F78A 2O6AA 4R6KA 3MZ1A 1JEVA 3TELA 1P1OA 4OETA 1ZKBA 3U94A 3O6GA 1A54A 3TTMA 4HS7A 3H6UA 3EHTA 4PETA 3FXUA 3E13X 1MQIA 2H98A 2V93A 4QSEA 3IR1A 1LAXA 3FXRA 4XIGQ 4IGRA 1NH8A 4F31B 3ODBA 5TU0A 4X48A 3HHFA 4BDOA 2RCBA 3D4CA 4G68B 4ZEDA 2ONKE 4OYVA 4F18A 1TWYA 4N07A 5I58A 3VFJA 4GL8A 2XXRA 3IL1B 3L6GA 2ONRA 1QKBA 1Y3QA 5TP9B 3O2AA 1T0KA 1EZ9A 2D3IA 2DP8A 1M5CA 3PU5A 5FTIA 3RNNA 4NMYA 1HSLA 1LLSA 2GFEA 4WEPA 1YPNA 1SBPA 5ICTA 1URGA 1M5BA 4YKIA 4ZZAA 2REJA 4R73A 4NF5B 4YU0A 2ANJA 3LR1A 2B3BA 1MS7A 3MW0A 4LATA 1YAEA 2V84A 4GVOA 3G7WA 4HW8A 3Q27A 2DE4A 4QSDA 2ZNTA 5HM4B 1NH7A 4G68A 4H8JA 1Y3NA 3G3KA 2NOOA 4ND9A 1GVCA 3ECRA 1S50A 2A5TA 4U4SA 3JV9A 1DOTA 1JETA 5TP9A 4U4XA 1B3HA 3GLBA 5I57B 4PFTA 5L9MA 4U23A 3VXBA 3FVNA 3THIA 1B4HA 3PMWA 5ICQA 3N26A 3FASA 1MRPA 3MUQA 2PYYA 2XXVA 2RKMA 2ZNSA 3RN8A 3T9XB 4NF5A 3O6HA 2H5YA 4GQOA 2HCAA 4DE8A 2H9BA 1VFDA 3OSQA 1MY1A 2WKYA 2Z8DA 3IORA 4E0WA 2UVIA 3U93A 1N7WA 1R9QA 1B5HA 1ZMGA 3OD7A 1XC1A 4RA1A 3G3FA 5I57A 4YB7A 2DVZA 3UK4A 4F39A 1B7ZA 2I0CA 4PP0A 4FATA 2VHAA 4G4PA 2QS3A 4YB6A 3K00A 3QIMA 3IOUA 2DYXA 1QUIA 5EHMA 1OQGA 4DDDA 4DCXA 3HCQA 1USYE 2PMSA 3MVZA 1ZU0A 4ZE9A 2F35A 4U22A 2HQ0A 4JWXA 1B58A 2F6GA 2XXYA 4EQBA 4ZS9A 1H76A 3QUJA 3KN3A 3T9UA 3FVKA 2DOJA 3IO4A 3Q29A 3SEUA 1IXIA 1TXFA 1SYHA 3N94A 1LGBC 3S9NC 3K6WA 3IK6B 3F11A 3O9PA 4DXUA 2ZYOA 4KPTA 1LFHA 1MXZA 4DCYA 3U1OA 4R2FA 1MPDA 1B1HA 2I0BA 2LAOA 3KGCA 1B5IA 3IO6A 3OO7A 3MQ9A 1BTJA 4L17A 4Z0IA 3N6UA 3PUXE 3FVGA 3S2VA 4M1VA 1UTBB 2DQVA 4ELRA 3KEIA 2ZNUA 5CBRA 1ELJA 1BLFA 2Z22A 1LAGE 5AA1A 5AA4B 4YKKA 2AYSA 3FV1A 1XVXA 1IITA 2Q88A 3ZKLA 1DTZA 1QVSA 2DXYA 3O66A 1HSJA 5H8SA 3PPOA 5ELVA 5I2KB 1UTBA 2OWSA 2Q2CA 3HV1A 1FQEA 1MDQA 4GXAA 1B0HA 3OELA 4I8CA 1H43A 1MG1A 4IGTA 2H25A 2RC9A 4OXVA 4TOZA 1FTKA 4TQUQ 4EF2A 1FTMA 3VLWA 1MXUA 2PVUA 3CI8A 1P1WA 1M5EA 1R9LA 3MAMA 1LB8A 1SQYA 1OLAA 5AA4A 1ZTYA 3K02A 5CMCA 4XXUA 4F3SA 1UTHB 3VVDA 2FA7A 4N6PA 3UN6A 1Y20A 2XXWA 2DWJA 1AL3A 4HCWA 3FUZA 5B7DA 5DTBA 1B3LA 3VVFA 1D3KA 3RT8A 5I2KA 2ZYKA 2UVJA 2NVUB 3C35A 4TLMB 1O63A 4YKJA 4JSDA 3MJNA 3OEMA 4HTGA 1URDA 2UVHA 5ITPA 3MPLA 3P7IA 1A55A 4OFLA 4I9DA 2I3VA 1SW4A 2UYFA 5AE4A 4R74A 3GXAA 1RYOA 2HAVA 3U72A 2PBWA 3MC2A 2O1MA 4DXCA 3UORA 1UTHA 1Y9UA 1ATGA 3T93B 2ZMBA 3JZJA 2Q89A 1JVXA 3QSLA 3PV0E 1NNFA 3N5LA 4DIGA 1MY0A 3PUZE 4IO3A 3E9XA 3MVXA 1SI0A 1Y4CA 1MH4A 3G3IA 1B9JA 2OZZA 1YTVA 1B1XA 2AL4A 2H4IA 4QRZA 2FYIA 2V3TA 5ITOA 2NUVA 2P0SA 3CFZA 2QMWA 1B7HA 2ONSA 2OK2A 1BIYA 4DZ1A 2Z8EA 1WVJA 3M3FA 4XKRA 3QYTA 3O29A 3VLUA 4KCDA 5CI5A 4XKPA 3MP8A 3FD3A 1A40A 1JW5A 1SDXA 2XX8A 4NF8A 2Y7IA 4JBZA 1B0LA 3T66A 5L9SA 2IEEA 5CBSA 4O3CA 5FTHA 2O1LA 4IO5A 3K6XA 3ZSFA 1FW0A 1P1UA 4JXIA 3RLFE 1ZLQA 2YJPA 3D4GA 3HO7A 2HFBA 3TQWA 3K1MA 4RY1A 3B6QA 3EQ1A 4QHQA 3KN7A 4R2BA 3VDFA 1KWHA 1MXYA 2B3FA 4MH5A 5AA2B 3KSJA 1Z7ME 3MVWA 4RJZA 3K6UA 3DP4A 4BDNA 1AOVA 3W9VA 1D9VA 4YMBA 4F3GA 3ILUB 4F1UA 4LONB 4IO4A 5FHNA 4O3BA 2ALUA 2P2AA 3KOTA 1AH5A 2GHAA 2OWTA 4FORA 1R6ZA 3Q28A 4NF6B 1L5TA 3PMXA 1J1NA 3QUFA 1FCKA 2DE2A 3RTFB 1NL5A 1M5FA 1QJMA 2THIA 2DWHA 1GTKA 3OO8A 1OMPA 2QJEA 5AA2A 1ZJLA 1OQHA 4MBPA 3UA8A 1MM7A 1URSA 3TFLA 5BWJA 2RC8A 4M4GA 2IA4A 4ELPA 4DLDA 4R6YA 3G3GA 4QFLA 1AIVA 4KHZE 3DM0A 4TLLB 4NF6A 2XXUA 3KN8A 4KFQA 1BP5A 2XX7A 1UQWA 2AIXA 2F5XA 2KLFA 1DPPA 5K2XA 3TZAA 1B52A 3FZVA 3CSBA 4OQOA 3KJTA 3RQTA 4KI0E 3RTWB 3FIRA 1UIUA 3PPQA 3OSRA 4PE5B 3V83A 1A99A 3TTNA 3Q25A 3EHUA 1B46A 4IO7A 3QAXA 1IXHA 2Q9TA 3ZS6A 1JNFA 2V25A 1QKAA 3CG3A 3K0VA 4ZE8A 3IOWA 4R6HA 2Y84A 4UA8A 2I3WA 2F7CA 2F6PA 2DE3A 1QULA 1SVXB 3V89B 3JYRA 4G68C 5BUUA 2XXPA 5DVJA 1NNPA 1S9TA 2I4CA 3KZGA 1GV8A 4AQ4A 4PFUA 1JEUA 1DMBA 3TODA 1BKAA 2QPQA 3H06B 5B70A 2UYEA 1B4ZA 2DWIA 2Y7KA 5CM6A 2AL5A 4F1YA 1FTJA 3MVYA 2NXOA 1FQBA 4QF9A 1TT1A 1PEBA 5I59B 1FQFA 4GFRA 5AA2D 2X7QA 1QUJA 1CE2A 3SETA 4OERA 2R6GE 4F3PA 4PFYA 3TYHA 4UACA 4RYAA 2QRYA 4MLQA 1I6BA 1H3DA 3TEPA 4X1BA 3VXCA 3CIJA 2PX1A 2H99A 4I62A 1WODA 2Z23A 4GXSB 2OJTA 4KYSA 1M5DA 1LCFA 1MDP1 3RPWA 1IZ1A 4X1DA 4ZEKA 3TUSA 3C31A 4IB2A 3MP6A 1Q1KA 4THIA 1F9BA 4BLAA 4Z7EA 3KSXA 1SW1A 3EF7A 3FVOA 1B40A 4OFJA 4N13A 1NNTA 3PD9A 4F29A 4LQ2A 3IJOB 3O97A 3C33A 1ANFA 1OVBA 3MP1A 4ZEIA 4RK2A 1Y1ZA 4ISUA 4H65A 3I3VA 2HZLA 5I84A 3IOTA 4QSCA 3N6TA 3T9HB 3S9LC 4YICA 5H8NB 3IX1A 4YKPA 4C0RA 1Q35A 5H8QB 4RXLA 3KFMA 3K4UA 3OENA 1R1NA 3OOAA 1LB9A 1B3EA 4AB6A 4OZ9A 4FAJA 3RT6B 3H6WA 4NEDA 1B05A 1IQ7A 4R9GA 3MBPA 2OCUA 1Z7NE 4PQJA 1SW5A 4EDPA 4GRKA 4H67A 3WAEA 4EUOA 3K1PA 4Q30B 5HBCA 1N7XA 1SW2A 3C36A 3FJ7A 4MLVA 1JQFA 5H8NA 4EXLA 3PUYE 5EHSA 4ECFA 1JW4A 3EN3A 4ZEBA 5H8QA 1N84A 1WDNA 1D4NA 3CR9A 4WKMA 1B3GA 1OVTA 4RPNA 4F2OA 5HPQA 2RF1A 2VD3A 2I58A 4OMBA 3IB1A 3RGYA 3PGFA 3OXNA 5L9OA 2HEUA 2O68A 1N0TA 4ESXA 3KJ7A 2I48A 2R9JA 3PUVE 2HXWA 3H03A 1LBBA 1IIWA 1SD3A 4OHNA 4NF4B 4OESA 3FV2A 1H45A 4P0IA 4F1VA 3LSXA 2I4BA 1HSEA 3SERA 1US5A 1B3FA 3USDA 5JK4A 1O64A 2XXTA 3VV5A 4LVQA 3VE1B 4Q5TA 4F3BA 4ELOA 4H8IA 3G3HA 3TKDA 4LZ8A 3LC8A 3LSWA 1MXVA 4Q0CA 1MQDA 4KYEA 3O28A 4F19A 2Q8JA 3FJGA 1Y3PA 3K1NA 4MFIA 1OIBA 2XD2A 5AA3A 2RC7A 1NKXA 4XKNA 2X26A 1VR5A 2REGA 4NE4A 3H6VA 2QL3A 4P0GA 4NF4A 3TCGA 1POTA 3TTLA 3VVEA 1TFAA 5CMKA 4YMAA 4OWDA 3DLNA 3CVGA 3T22A 4QFNA 3EHSA 3FATA 1EZPA 2CMOA 2XXXA 4P11A 2HZKA 3A09A 4U2RA 2CZLA 2E0SA 3R6UA 5F1QA 4U1OA 1XHYA 3PD8A 1PDAA 4KQPA 2DS9A 3SEYA 1XT8A 1IUDA 3PPPA 4BDLA 1B32A 1PB9A 4ZECA 1MM6A 5DT6A 1NNKA 2OBGA 2XXQA 4G8MA 5L8DA 3QK6A 2V3QA 5EYFA 3A3UA 1P1QA 1ZIUA 4LA9A 5M2VA 2F97A 2Y7WA 5TPAB 4LZ7A 4U1ZA 2Y7PA 2A5SA 5ISUA 3SESA 3S4UA 3DELB 1UIVA 1XVYA 2D5WA 3TPAA 3B7DA 1DPEA 3C4MA 4WEDA 4OTEA 4XTCQ 1VSOA 2GHBA 4POWA 2A5TB 3L6HA 1DTGA 2OLBA 3IJXB 3R7XA 1B5JA 2ZXTA 2ZYNA 1LFIA 4IO6A 3FXQA 2HAUA 3ONMA 4K3FA 1LAHE 4IY6A 5TPAA 1II5A 1NFTA 4FE8A 3S9MC 1FTOA 5I2NB 4U21A 5KCJB 1RYXA 5I56B 1QUKA 1S7YA 1A8FA 1QW0A 4OFOA 1MQGA 4IO2A 3Q26A 3SEVA 1USYH 4GIZA 3A3CA 1P99A 4EQ9A 3C32A 1LCTA 1JW1A 4BDMA 4GWOA 5J1DA 2G93A 4YAHX 1MQJA 3ILTB 1IEJA 2D21A 3O6IA 1XS5A 4GOTA 3OEKA 1FQCA 4KD5A 4C1UA 1FQDA 3U92A 2BJJX 3LSFB 4H1XA 2GH9A 4FJPA 2O7IA 5I2NA 4RNSA 4QFPA 5KCJA 1B6HA 2NWJA 3VLVA 5I56A 1I6AA 3LSLA 3PUWE 3LUYA 4OEUA 1US4A 3SDFA 4PFWA 1EU8A 3SEXA 2O7UA 3GBAA 4EQ7A 1PB7A 1VFEA 1RKMA 1I69A 4R9FA 3AXFA 4H6DA 4KR5A 3HPIA 1CB6A 3I6VA 2Q2AA 1B2HA 1DSNA 4XKQA 3E3KA 5DYHA 1PBPA 5F7VA 1EZOA 3TDJA 2I6EA 1LBCA 4JSOA 5K2YA 1POY1 3BBRA 4E0XA 1MQHA 2M8CA 3PPRA 2QMXA 1PC3A 1XOCA 1ZBMA 4JWOA 2VOZA 3H6TA 2O69A 4QFOA 4NWCA 3DP6A 4Q8RA 2O51A 3IB2A 3IAZA 4GD5A 2UXAA 4G8NA 5DVIA 4JDFA 1IXCA 4BDQA 3KOSA 2P1SA 4G77A 5DEXB 1PB8A 4LZ5A 3M3LA 5JTYB 3I5OA 1MH3A 2DSFA 1MY3A 2QS1A 2XX9A 1Y1MA 3T96B 3CG1A 3SKPA 3UGWA 3SEWA 1N3XA 3CRBA 2DXRA 4EXKA 3H4ZA 2I49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N04A 3CFLA 3SZPA 3K2DA 4GX4A 4G8HA 2YPNA 3R26A 5KZTA 4GWUA 1MXXA 4N6DA 1QGXA 2XXHA 2ZZWA 2YLNA 1LSTA 3KC0A 4ZDMA 4ZZEA 4LN5A 5I59A 3TQLA 4JB7A 3KBRA 4N6KA 2VGQA 5DEXA 1P1NA 3LV0A 4GLIA 5JTYA 3ISPA 4MMPA 4X9TA 3V8XB 4FECA 1SYIA 3TTRA 2VD2A 2ESNA 3B6TA 3MPKA 4IR8A 1MY4A 2PT2A 4G61A 2DVCA 1B51A 4YB5A 5H8FB 4PTKA 4H5FA 4OENA 3BFUA 2BJIA 4RPOA 1MPCA 4H0WA 1OLCA 2VPOA 1SI1A 4F2QA 3OO6A 2ZYMA 4OVJA 2W7YA 4BDRA 4KXPA 4GF8A 3BFTA 4HXVA 3PMVA 3E4RA 5JEIA 4YZZA 2QS4A 3C34A 4FBPA 4N8GA 3FGSA 4LUBA 4MF3A 3TCHA 4QFKA 3GBBA 2F36A 3IFAA 1AMFA 3TCFA 2QS2A 4GWYA 4LP2B 4DXBA 3IOVA 1B7UA 5CMBA 5KDTB 5H8FA 3KG2A 3QMFA 4I1DA 5EQ7A 3G3JA 1DK4A 3OO9A 5T3JA 4O7IA 5A5XB 4O3AA 3QXMA 1IXGA 2MKZA 3C9HA 4KYDA 4H45A 4IY5A 1MY2A 5CC2A 2F7BA 3D1RA 1LAFE 1O7TA 3M3KA 2F7AA 4R72A 1JVYA 3LBSA 3W9WA 4HCYA 4NX1A 1NMUA 4RK9A 3T9VA 2Y7RA 3K6VA 4PFIA 3H7MA 1A8EA 4KCCA 4ONYA 2F34A 4FEDA 1NV6A 1Q9DA 1D9YA 3HN0A 5LOMA 3MZBA 2E1SA 4ESWA 3ROJA 3RUMA 3DP8A 2ZZXA 3TTKA 5KDTA 2DWAA 5CRYA 1FTLA 2V3UA 2XXIA 2KQZA 1LFGA 2Y5LA 5IAIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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