4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Transport protein
molecule keywords AlgM1
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
3EN3A 2AYSA 1MXXA 4NF5A 3MZ9A 3DP6A 4DE8A 1H3DA 1UTBB 1FQDA 1QUIA 4X9TA 4X48A 3PPPA 2I48A 3I6VA 3DP8A 2Q2CA 3R26A 5F7VA 5DYHA 4G8MA 3UORA 3VLWA 1F9BA 1N04A 4U1OA 3L6GA 2HCAA 4RPOA 4YKIA 1H76A 3EHSA 3MWBA 3V5AA 4AB6A 2PT2A 1ZKBA 1B5JA 3TTMA 3KN3A 1VFDA 1B9JA 1XOCA 4JBZA 4ZZEA 5I84A 3S2VA 4LUBA 2I3WA 2D3IA 2FNCA 1P1NA 3ZKLA 4JB7A 1ELJA 2QPQA 3K6WA 1R9QA 1QUJA 1WODA 3C35A 4R9FA 4UA8A 1SW5A 1NNKA 1SYIA 1B6HA 4MLQA 4C1TA 1FTMA 1SD3A 1LBBA 3PPNA 5H8NB 4DLDA 3A09A 5KCJA 4ZECA 5CI5A 3QIMA 3IOUA 3RPWA 4K3FA 4YU0A 1LBCA 1NFTA 4KYDA 5I2KA 2VOZA 3S9EA 2DXYA 5I57B 3MP8A 1Y1ZA 2OBGA 3SERA 2XX8A 1OVTA 3OMBA 1WDNA 1YTVA 4Z0IA 3TDJA 2XXQA 3K1MA 4H6DA 3CI8A 4OWDA 3H3GA 2V3QA 3TMGA 2G93A 5AA4A 4FECA 4DDDA 5HPQA 1ZBMA 3E4RA 3FVNA 3GBBA 1HSJA 4AB5A 5AA2B 3G3FA 1D4NA 1I6BA 1NNTA 1M5BA 2HFBA 1B0HA 4Q5TA 4YB7A 1FTOA 1GR2A 2F35A 3K1NA 4C1UA 1QVSA 2DE3A 2AL5A 4P0GA 2D21A 3QAXA 4POWA 1Y9UA 4MBPA 4TLLB 4IY6A 4R74A 1LFGA 2XXPA 3FJGA 2NVUB 1BLFA 4HCYA 4IGTA 2P2AA 1MH4A 1FCKA 2DQVA 4LATA 3IO4A 3PGFA 4P0IA 3LBSA 4ESWA 2UVHA 2WKYA 3H6UA 4KCDA 4U1ZA 2RINA 5ISUA 4OMBA 3T9HB 3CIJA 3E9XA 1O63A 1PBQA 4U21A 5EHSA 1NMUA 1UIVA 4NWDA 2RCAA 4BDRA 4F1UA 2ZXTA 1MQGA 1DPEA 5AA4B 5HM4B 1CE2A 3CR9A 4YKJA 1MQDA 4NMYA 1DPPA 4ELPA 1NH7A 4G8NA 4QSEA 4LP2B 3MC2A 1B2HA 1JW1A 2HXWA 1Y3NA 1A8FA 4TQUQ 4OFLA 4AQ4A 1OMPA 2DXRA 3OO9A 4LZ7A 1B51A 1II5A 4NF5B 2F6PA 3VVEA 2B3BA 5H8QB 3MZBA 3B6WA 4U2RA 1TT1A 2REGA 4KQPA 3B6TA 4U4SA 2ONRA 2VGQA 2NOOA 4TOZA 3RN8A 3HPIA 1LCFA 2O6AA 4DIGA 4RYAA 3OEMA 4F1VA 1DTZA 3HCQA 4XKQA 5F1QA 5H8HA 4JXIA 4YB6A 1IXCA 5L9OA 4O3AA 1LAXA 3KG2A 4MLVA 3S9LC 5ITOA 2XD2A 1DSNA 3A3CA 1M5DA 4EF2A 3U1OA 3LSFB 1B40A 3HO7A 4MH5A 2UVGA 4NE4A 4N07A 2HEUA 3TCFA 1MQHA 3KGCA 3FUZA 1QW0A 5KZTA 3FIRA 4L17A 1P99A 3EF7A 4R6YA 3ZKKA 1MDP1 3IK6B 1H45A 5A5XA 3TAJA 2QS3A 3MUQA 2Z23A 2H4IA 1VSOA 4NF8B 1PB7A 2GHAA 3MQ9A 4MFIA 5H8NA 3C9HA 3VFJA 1FTJA 2XXXA 4E0XA 3RGYA 2H98A 1YPNA 1N7XA 3V83A 4IO5A 3JZJA 3TUSA 3L6HA 4EF1A 4RY1A 4ZE8A 2F7AA 2OCUA 3CG3A 3ZSFA 3IOTA 4ZDMA 4IO7A 3EHTA 3H6VA 5DVIA 5ITPA 3IOVA 1B05A 1ZTYA 1PC3A 3PUXE 4QFNA 2V3TA 3MW0A 4OEUA 5BUUA 3M3LA 2QL3A 3RTWB 3O66A 3ODBA 4GLIA 4WEPA 3KZGA 2NUVA 3MPLA 1FQBA 2F34A 1LB8A 2O7IA 1IXHA 4R72A 4R9GA 3HHFA 1I6AA 3CVGA 1TFDA 3PUZE 4G4PA 3CSGA 3BKIB 4ZEBA 3C32A 1OVBA 3PUYE 1P1WA 5CRYA 1USYE 1EZOA 3RLFE 3TTLA 3OOAA 3T9XB 1MY0A 4XKNA 5I2NB 1ZIUA 2FA7A 2THIA 1Q1KA 1GVCA 5H8QA 1Y4CA 1LFHA 1MXWA 4RK9A 3CG1A 5ICTA 1IUDA 4ECFA 4F39A 3Q26A 5I58B 4P11A 3W9VA 2Y7IA 4GD5A 4QSCA 4WEDA 2ESNA 2Y7WA 2V93A 1VR5A 2F36A 1LSTA 2UXAA 4JSOA 4KR5A 4PE5B 3A3UA 3N6UA 3PPRA 3I3VA 3JV9A 3SEYA 2M8CA 1TFAA 3TCHA 1JEVA 1B4HA 2O7UA 4M1VA 5K2XA 2A5SA 2PBWA 4FAJA 1AIVA 3P7IA 1MPCA 4YICA 4H8IA 2R71A 5DT6A 3GBAA 3KSXA 1MDQA 3HSTA 5H8FB 3S9NC 1DOTA 3TTNA 3KFMA 4ZEFA 4EQBA 4OESA 2NXOA 2OWSA 1RYXA 4FORA 2I0BA 4QFPA 1D9VA 5M2VA 3R6UA 4GVOA 3U93A 3U94A 2RF1A 1MRPA 1XC1A 3K6VA 4GQOA 4LZ5A 4QFLA 4HW8A 1WVJA 4G68A 3KN8A 3S4UA 2XXRA 4ESXA 4GIZA 2DWHA 2IA4A 5CMMA 2Z8EA 4JWOA 1LGBC 1IIWA 1B3LA 2XD3A 1AMFA 2QMWA 1LB9A 4GXAA 4OTEA 4F22A 2DE2A 3G7WA 5H8HB 1LAGE 3K4UA 2I58A 1B3GA 4KD5A 1SW2A 4LONB 3QUJA 4YB5A 3EQ1A 4NTLA 3N6TA 3Q28A 1RKMA 1J1NA 1JVYA 2KLFA 1BP5A 1NH8A 3TQLA 3V89B 1IZ1A 3SETA 5IKBA 2R6GE 2UVJA 1YAEA 2A5TA 3OO8A 3V8XB 1NL5A 3VE1B 5CM6A 5H8SA 1A7LA 1TWYA 1B3EA 2OLBA 4NF8A 2I3VA 4YMAA 1P1OA 2PMSA 3K2DA 4ZE9A 4RK2A 1HSLA 3FVOA 4WXJA 4EDPA 1FTKA 5JTYA 4OEVA 3H7MA 1O7TA 1B1HA 2PYYA 1IITA 3TELA 1QJMA 1PB8A 4JWXA 3O28A 2F7CA 3MPKA 5KCJB 1SDXA 3F11A 3O9PA 1MPBA 3RQTA 1IEJA 1A54A 3FXUA 2DSFA 3G3GA 3FASA 2I49A 1XT8A 1NKXA 2I6EA 1MXYA 3SEUA 3KJ7A 2F7BA 4NF4B 5I59B 3HV1A 4X1DA 1GTKA 5L9SA 1R9LA 4F18A 5L8DA 4I8CA 1DMBA 5I57A 1MXUA 4M4GA 2GH9A 4ISUA 3OSQA 3QYTA 3TTKA 4GL0A 4IY5A 2ABHA 2E1SA 4GFRA 3VXCA 4DZ1A 3LR1A 5DEXA 4YZZA 3S9MC 3B6QA 2ANJA 2QS4A 1QKBA 2VD2A 3PD9A 2O1MA 4FIMA 2ZNSA 5I2KB 2PVUA 3DELB 1VE4A 3GZGA 3FGSA 4OENA 4KFQA 4F1YA 2NWJA 1OLAA 3D4GA 2ZYKA 3M3KA 3OSRA 3IAZA 4FEBA 3MJNA 3T66A 1L5TA 1B7ZA 1DTGA 2F97A 2OJTA 1MM6A 3QUFA 4QRZA 2X7QA 4R2FA 2DYXA 3RT6B 1XVYA 4OVJA 4BDMA 2Q89A 4LZ8A 4XKRA 1S9TA 3PUWE 3SKPA 5I56B 1MG1A 4ONYA 3O6HA 4RPNA 4ZEIA 4QHQA 2O1LA 1N76A 4EXKA 1I69A 4I1DA 2CMOA 4IO6A 4OZ9A 4QFOA 1POY1 4ELRA 3K1PA 3DP4A 2H5YA 4IGRA 2ZMBA 2E0SA 2XX7A 4IO2A 1ATGA 1MY4A 2DP8A 5FHMA 4BDNA 1Q35A 2V3UA 3CFLA 5TPAA 5AA3A 4YKPA 1N7WA 4NF6B 3KBRA 4H0WA 1Y1MA 3IB0A 1MXVA 3C34A 4JDFA 2ONKE 2ZYMA 3GLBA 3O97A 4PFYA 4YMBA 5J1DA 1B3HA 3T93B 2ZYNA 1XS5A 3KJTA 2B3FA 3G3JA 4XKPA 3UN6A 1POTA 2GRVA 3CFXA 3KOSA 1M5EA 4KPTA 4LA9A 4OETA 4PFUA 5L9MA 4QSDA 3VDFA 1EZPA 1B32A 4DCXA 5AA2D 2XXUA 2H9BA 3M3FA 3C33A 4QFKA 2RC7A 4HTGA 5CBRA 5JK4A 2F78A 3N94A 3RY3A 3SDFA 3PV0E 1IXIA 3TFLA 3OEKA 3TTRA 4E0WA 4LQ5A 1Z7ME 1IQ7A 1JQFA 2W7YA 2Q9TA 1MY2A 2X26A 2GFEA 3N26A 2R9JA 1EH3A 3HN0A 4G2ZA 1XHYA 4KYEA 4NEDA 2Q8JA 4F3PA 5JEIA 1FQAA 1BKAA 1SQYA 2A5TB 2DWAA 1PDAA 3IOWA 2REJA 1N3WA 3OXNA 5LOMA 3C31A 3H06B 4FATA 5IAIA 3SEWA 1S7YA 4ELQA 1PB9A 4H67A 2RC8A 4OXVA 2HAUA 4I62A 1UQWA 3RT8A 3WAFA 1R6ZA 4ZEDA 1OQHA 1Z7NE 3SEVA 2RKMA 4KYSA 3ILTB 4LVQA 1LAFE 1URDA 3ILUB 1B7HA 1PBPA 5CBSA 2Y7RA 2YJPA 2F6GA 5CC2A 2UVIA 3VVFA 2F5XA 4POXA 3H6WA 3O6GA 3U92A 3FV1A 5K2YA 1Y4TA 3OD7A 1PEBA 3W9WA 3U8QA 1US4A 5FHNA 1SW1A 5TU0A 4RJZA 3I5OA 5FTHA 3AXFA 5DEXB 3SEXA 1M5FA 3E3KA 3QK6A 1JW4A 4PFWA 4X1BA 2X7PA 5I2NA 1MY3A 1D9YA 2I0CA 4PP0A 4QF9A 1QULA 2ZYOA 3IX1A 3MP1A 5FHOA 1UTHB 4KI0E 4R75A 2P1SA 4F31B 4F3BA 2OK2A 3T96B 1RYOA 1EU8A 1Y20A 3FZVA 4OYVA 3VLUA 3THIA 4BLAA 4DXCA 1FQCA 4KCCA 3IB1A 4Q8RA 3RTFB 2XXIA 3QSLA 4YAHX 3TEPA 2Y84A 3MBPA 2O68A 4G77A 1LAHE 1A40A 3OO7A 4FEDA 4GOTA 1MXZA 2HAVA 2O69A 4GRKA 4H5FA 2XXYA 1OQGA 5HBCA 2AIXA 1EZ9A 3GXAA 2XXHA 1A99A 2Y7PA 1R1NA 1SVXB 3CFZA 3PU5A 5CMKA 1GV8A 3ZS6A 5EYFA 3EPEA 5I56A 2HQ0A 1MPDA 2QS1A 3LC8A 4H8JA 3IR1A 3O29A 4BDQA 1H44A 5KDTB 1OLCA 3CSBA 2DVZA 3U72A 2XHDA 5TP9A 2DS9A 3BFTA 2O84X 3JYRA 3TKDA 1MQJA 4R73A 4ZEKA 4R2BA 1CB6A 4Q30B 1D3KA 1VFEA 2QSXA 1SW4A 1N0TA 1XVXA 2Q88A 4GL8A 3WAEA 4NF6A 3IL1B 4EQ9A 4Z7EA 1B46A 2QS2A 2YPNA 3PMWA 1OIBA 4OHNA 3T9VA 4G68B 5AA1A 3VVDA 5B7DA 5H8FA 1MY1A 3FVGA 5CMBA 3K02A 2O51A 5I58A 1ZMGA 3G3IA 3TZAA 1A8EA 1S50A 1ANFA 2Z22A 2VHAA 3PD8A 1B1XA 5B70A 3MAMA 1QUKA 2I4BA 3OELA 2Q2AA 4IO4A 1P1QA 3PPQA 3RUMA 3UGWA 4F2OA 4F2QA 3G3KA 1BIYA 4DXUA 2QJEA 2ZNUA 1AH5A 3PMVA 4GXSB 2V25A 2XX9A 5TP9B 1B7UA 3R7XA 1B5IA 3Q25A 5EHMA 2PX1A 3LSXA 2Z8FA 1JNFA 2ONSA 4DXBA 4HCWA 1MQIA 3IO6A 4PETA 3D4CA 2AL4A 3C4MA 4TLMB 3KN7A 3KSJA 4NWCA 3OO6A 4DCYA 2HZLA 1I6QA 1M5CA 2OZZA 4G8HA 1SI0A 5DVFA 4F19A 1GGGA 2YLNA 4OFJA 3FXRA 4Q0CA 3K6UA 4U4XA 4F3GA 2CZLA 3H6TA 3MZ1A 1FW0A 2OWTA 3FJMA 1IXGA 4EQ7A 3MP6A 3TQWA 3VXBA 3Q27A 4C0RA 4IB2A 1HSEA 1SI1A 3IORA 3W15C 3FVKA 1MM7A 1A55A 2UYEA 3HHGA 3QXMA 1B5HA 1FQEA 4ZS9A 5I59A 5CMCA 4R6HA 3FJ7A 3BBRA 2BJJX 5A5XB 3MVYA 1ZLQA 3KOTA 3SESA 4ELOA 1MS7A 4THIA 4XTCQ 3T22A 3MVWA 4UACA 3IB2A 4NF4A 1SBPA 1UTHA 3M8UA 2H99A 1BTJA 3G3HA 4H1XA 3UA8A 5BWJA 1SYHA 1B58A 4FE8A 5JTYB 3UK4A 2D5WA 4G68C 1ZJLA 4BDOA 1B0LA 1LCTA 4OFOA 4GWOA 1TXFA 1UTBA 4N6PA 3IJOB 3DLNA 2RCBA 4I9DA 3C36A 2IEEA 3DM0A 4YKKA 1URSA 2DE4A 4H65A 4JSDA 1JETA 2B65A 1FTLA 2Z8DA 4U23A 3RNNA 3USDA 5DTBA 1NNPA 2GHBA 4XXUA 2ZNTA 3O2AA 5AE4A 4KHZE 1P1UA 3VLVA 1Y3PA 1N3XA 1Y3QA 3IJXB 2QRYA 3EHUA 2PT1A 1JW5A 2LAOA 1QKAA 3PUVE 3ONMA 4ND9A 1B3FA 4XIGQ 5ELVA 3BFUA 4OERA 3B7DA 2VP1A 2VD3A 4RA1A 3MVXA 4MF3A 1JVXA 3TYHA 1FQFA 2DWIA 2H25A 2DVCA 2DWJA 1N84A 3E13X 4RNSA 4U22A 5DVJA 1US5A 3TODA 3UIFA 4BDLA 4ZZAA 5AA2A 4O3BA 2XXWA 2XXTA 3PMXA 4OQOA 4N13A 2QMXA 2Y7KA 5TPAB 1UIUA 3UP9A 3PPOA 3OENA 2F8DA 4PFTA 4F29A 3T9UA 1JEUA 3MVZA 1ZU0A 3K00A 1KWHA 3FATA 1B52A 3LUYA 4H5GA 3CRBA 4RXLA 2V84A 3LSWA 2FYIA 2P0SA 3FV2A 4EXLA 3H4ZA 3N5LA 1USYH 4HS7A 3FD3A 1NNFA 4JWYA 4PQJA 3LSLA 4EUOA 3H03A 4IO3A 4R6KA 2XXVA 3TPAA 2ALUA 4F3SA 1MH3A 2G29A 4GF8A 3FXQA 3K01A 1B4ZA 3Q29A 1AL3A 2DOJA 3O6IA 3K0VA 1LFIA 2I4CA 5ICQA 5KDTA 1T0KA 2HZKA 2UYFA 4FJPA 4LQ2A 2RC9A 3TCGA 1YCJA 4WKMA 1AOVA 1URGA 3K6XA 1H43A 1O64A 5FTIA 3VV5A 1LLSA 4O3CA 3KEIA 3ECRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NF5A 3DP6A 4DE8A 1FQDA 1QUIA 4X48A 3PPPA 2I48A 3R26A 3DP8A 3VLWA 5DYHA 1F9BA 1N04A 3L6GA 3EHSA 4AB6A 5I84A 1B9JA 5T3JA 1ELJA 1WODA 4UA8A 1SYIA 2P3VA 4MLQA 4C1TA 1FTMA 4DLDA 2OWZA 3A09A 1DK4A 1G0HA 4K3FA 1NFTA 1Q9DA 3S9EA 2DXYA 4MJOA 1WDNA 4Z0IA 4OWDA 2KQZA 3H3GA 2V3QA 3NOHA 4P56A 4FECA 4HE0A 5AA2B 3GBBA 1IMBA 1D4NA 1FTOA 4P0GA 2DDKA 4MBPA 4R74A 2XXPA 1MH4A 2VT5A 3LBSA 4OMBA 3T9HB 3E9XA 1DPEA 5AA4B 2F3DA 1FBHA 1JW1A 1A8FA 2L5VA 3OO9A 4LZ7A 2F6PA 2REGA 1LBZA 2VGQA 4TOZA 1LCFA 4NHBA 5F1QA 4JXIA 1FPKA 4O7IA 1IXCA 1LAXA 4MLVA 5ITOA 1DSNA 3A3CA 4F31B 1B40A 1NV6A 3EF7A 1NUYA 3MUQA 4NF8B 5H8NA 1PB7A 3MQ9A 4E0XA 3VFJA 3RGYA 4RY1A 2F7AA 2OCUA 3IOTA 4X8RA 5FBPA 4IO7A 5ITPA 3IOVA 1B05A 3PUXE 2V3TA 3MW0A 2FVZA 2Y5LA 4WEPA 1IXHA 3CVGA 1TFDA 3PUZE 1LBXA 4XF5A 4XKNA 5I2NB 4PBQA 1LFHA 1GVCA 1Y4CA 4ECFA 4F39A 2QVUA 4GD5A 4QSCA 5IZ3B 2F36A 1LSTA 4KR5A 3JV9A 1JEVA 5K2XA 1AIVA 2A5SA 4FAJA 4YICA 3S9NC 2WX9A 3KSXA 1DOTA 3KFMA 4EQBA 1FRPA 2OWSA 4FORA 5M2VA 3U94A 3K6VA 4QFLA 3KN8A 2WYKA 1IIWA 1AMFA 2QMWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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