4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Sphingomonas sp.
publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
molecule keywords AlgM1
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
2O7UA 1SDXA 3CG3A 1IITA 1II5A 3P7IA 1PEBA 5FHNA 2Q88A 1T0KA 1IZ1A 4RA1A 1L5TA 2DOJA 2X7QA 5ICQA 1FTJA 1BLFA 2QS4A 4OERA 4L17A 5H8SA 3LBSA 3FXUA 3K1NA 3GBBA 4ELRA 1WODA 2QJEA 3UN6A 1YAEA 1N3XA 5EHSA 1MXYA 1IQ7A 2QL3A 2XXVA 2OCUA 5TPAA 3T22A 2UVGA 1OIBA 2GH9A 2DE2A 3MPLA 4U1OA 3D4CA 2PBWA 3TTMA 3W9WA 3E3KA 2CMOA 1UIUA 4DXCA 4IO3A 2UYFA 3WAFA 1JVXA 3IORA 2VOZA 1MM7A 3JV9A 4FEDA 1SYHA 2DYXA 3GZGA 2DSFA 2OZZA 1URDA 2GRVA 2WKYA 3TFLA 2RF1A 1TFAA 4F2QA 5ICTA 4TQUQ 3C35A 4NEDA 3M3FA 3KJ7A 5BWJA 5FHMA 1R9QA 5FTIA 4E0XA 5CMCA 1B3GA 4OVJA 1Y1ZA 3TMGA 3VFJA 2F7CA 1CB6A 2E1SA 5JTYB 4NF8B 3TEPA 3KGCA 1UTBA 3ONMA 1US5A 3CFXA 1TFDA 2HFBA 1Y3QA 5K2YA 4G2ZA 4WEPA 4X1BA 4TLLB 3CIJA 5I2NA 3TPAA 1AOVA 1LLSA 3S4UA 3VV5A 4NWCA 3CRBA 3MVWA 1IXHA 4ELOA 1NMUA 4IO4A 3G3KA 2PVUA 2V3QA 5I58A 4LUBA 4I62A 3WAEA 4XIGQ 3FXQA 4IGRA 1EZ9A 2DXRA 4ZDMA 1NNTA 5EYFA 1ZBMA 3KN8A 2PX1A 2V84A 2AL4A 2I3VA 4C1TA 3UK4A 3L6HA 1MDQA 4O3BA 4U22A 2XX7A 4OHNA 3LUYA 1SW1A 1P1UA 1ATGA 1YTVA 3VVFA 4RPNA 1JNFA 5I84A 3FXRA 3TTNA 3S9NC 3MAMA 3A3UA 1AIVA 1WDNA 3SESA 3PD8A 2NWJA 1D9YA 3RT6B 1FQCA 3HO7A 1O64A 2X26A 2HZKA 2DWJA 1QW0A 2ZYKA 5CM6A 3IJXB 3TCGA 2NXOA 4QHQA 3QAXA 4GXSB 4G8MA 3R6UA 3R7XA 1US4A 3T9UA 2XD2A 4LZ8A 4U23A 5CMMA 5DEXA 3FVGA 4QFLA 2RC7A 3S9EA 2RC8A 1PBQA 4H5GA 3Q26A 4F1UA 3TUSA 4IO6A 3U72A 4YMAA 3FATA 2B65A 2Z22A 2AL5A 3U8QA 1B5JA 4YU0A 1QKBA 1LB9A 3V89B 1D3KA 4R6KA 1B0LA 1BTJA 1JW1A 1LAHE 3QUJA 5I59A 3TCHA 4YMBA 4I9DA 4ZZEA 1MG1A 4GVOA 4ND9A 2R71A 4JDFA 3MC2A 5I57B 1Z7NE 1Y4TA 1QUJA 1QKAA 3OENA 4KFQA 5ELVA 4Q5TA 4G68B 1N7WA 1P1OA 3MP8A 4FJPA 5H8FA 3PU5A 2H9BA 1HSEA 3C31A 3ECRA 2UVIA 5IAIA 2OLBA 3OEMA 3K2DA 2I58A 4LZ5A 1I69A 1DTZA 1MRPA 3EHUA 1SI1A 1AMFA 3KEIA 3K01A 1JQFA 5I2KB 3MVYA 2UXAA 1JVYA 1GVCA 2X7PA 1B3LA 3IB2A 2OWSA 4C1UA 1DPPA 2Q89A 4GOTA 2Q8JA 3OO7A 3OO8A 3O2AA 1R6ZA 1N0TA 1Y3NA 2HAVA 4H5FA 3G3FA 4MFIA 3EPEA 1MPCA 4H65A 1D9VA 3LC8A 4YKIA 2E0SA 2V93A 3IOWA 3H6TA 3QYTA 3N26A 2ZYNA 4G8NA 1URSA 4IO7A 5DT6A 4F31B 3LSXA 3MZBA 1B4ZA 1FQEA 3H06B 4G4PA 3ZKLA 1XOCA 1QJMA 3EF7A 4OETA 4YKJA 2G29A 3KOSA 3C9HA 1Y9UA 3KSXA 3TKDA 3MJNA 3JZJA 5H8HA 3OSQA 2HCAA 2F5XA 4PQJA 1B52A 2ZXTA 1WVJA 1JETA 2FYIA 1SVXB 1B5IA 3EHTA 1ZJLA 4NE4A 4BDRA 3VLWA 1NNPA 4QF9A 4POWA 4FAJA 4G68C 4OFJA 3DP4A 2O68A 5CMBA 1HSLA 2ONKE 4OMBA 4QFNA 2IA4A 3MBPA 1XHYA 1DTGA 4YICA 4RK2A 3T9XB 3TAJA 5AA3A 3EN3A 3FJGA 1A55A 3K00A 3FD3A 4GQOA 4DCYA 4KCCA 3PPOA 3IK6B 1LBBA 4EQ9A 4YB5A 4BDLA 1SW5A 3PMXA 2QS1A 3ILUB 3UGWA 4DE8A 5TU0A 3O66A 5CRYA 4KD5A 4MH5A 3TZAA 5CI5A 5I56B 3RY3A 1VR5A 4OFLA 3SETA 4BDOA 5KCJA 4JSOA 2D5WA 3N6UA 2NOOA 3MVZA 1LBCA 4RJZA 1B1XA 4MBPA 3T93B 3Q25A 3QIMA 4BDNA 5CBRA 1OLCA 5J1DA 1M5DA 1NKXA 3HHGA 3K6WA 5B70A 3PGFA 1OQHA 3SEUA 4XKRA 5L9SA 4LQ2A 3FJMA 1YPNA 2F36A 4OWDA 3OXNA 2F6GA 5I57A 2XXQA 1B58A 1IXIA 3RNNA 1MY4A 4P0GA 5DVIA 4G68A 4THIA 1IXCA 4JWYA 5DYHA 5FHOA 2F6PA 4U1ZA 3Q28A 1VSOA 3FV2A 4GWOA 4YAHX 2Q9TA 4GFRA 4AQ4A 2Z8FA 3K1MA 3PPPA 4GXAA 1OMPA 4G8HA 2I3WA 3I3VA 1EZPA 3C34A 3KJTA 1TT1A 3SDFA 1B0HA 4EF2A 1H76A 1P1NA 2H99A 1JEUA 4ISUA 4ZEDA 1UTHB 5F7VA 3PUWE 4EF1A 4HCYA 4YKKA 4ZE9A 2O1LA 1B05A 1FQFA 4FECA 2RCBA 4TOZA 4GIZA 3PUXE 2DVCA 5AA2B 4WEDA 3U1OA 3TODA 4ZECA 3FUZA 3OSRA 4IY5A 2OWTA 3B7DA 3THIA 4F3SA 1MS7A 3R26A 1R9LA 3CFZA 2VHAA 5L9MA 2LAOA 3VVEA 2UYEA 1EH3A 1N3WA 1PB8A 1BIYA 4XKNA 4F1VA 1B6HA 1FCKA 3RN8A 2V3TA 2OK2A 3VXBA 1SW4A 4DXUA 1MQJA 2REJA 3W15C 4K3FA 4NF5B 3O9PA 1N84A 3FZVA 4TLMB 3RLFE 3UIFA 4H67A 3MUQA 2ZNUA 3O6GA 3K6XA 5AA1A 4EQBA 2GFEA 2XX9A 1Y4CA 1QUKA 4JSDA 1P1WA 1LSTA 4KPTA 1NFTA 3VLUA 4X48A 3TCFA 4X1DA 1GR2A 3PUZE 1MY3A 3C36A 3TQWA 5I56A 2DXYA 2H4IA 4O3CA 3PUYE 1RYXA 1N76A 2CZLA 3HN0A 4R72A 2XHDA 2HQ0A 2QRYA 3SERA 4OYVA 1I6BA 4F1YA 5A5XB 5EHMA 1IUDA 3N6TA 4BDMA 5DTBA 2VD2A 4XXUA 4N6PA 3FVNA 4E0WA 1Q35A 1B5HA 2XXIA 4R9FA 4GF8A 4F2OA 3HSTA 5K2XA 3A3CA 2REGA 3UP9A 1XVYA 2FA7A 3B6WA 5JEIA 3SEVA 4H8IA 1B4HA 3K4UA 3MZ9A 1B32A 1B7UA 3OO9A 2QS3A 5ISUA 3QUFA 3SEYA 3C33A 4OENA 3BFTA 1EZOA 5AA2D 4RY1A 1B7HA 2M8CA 5CBSA 2PT2A 2ANJA 5AA4B 2F35A 3BBRA 4EXLA 2YPNA 2O6AA 2A5TB 1UTHA 3G3GA 1KWHA 1MQDA 1MQIA 4ZZAA 3KOTA 4R74A 4NMYA 1LFGA 4R6HA 2Q2CA 3OOAA 2THIA 3T66A 4X9TA 3O97A 3LSWA 5AA2A 2YLNA 4PE5B 3K6UA 3FGSA 3FVKA 2D3IA 4R73A 2DQVA 3PPRA 5DVJA 1NH8A 4YZZA 3IOTA 3AXFA 3H3GA 3F11A 3PMWA 4F39A 3GLBA 1XS5A 1JEVA 1MY2A 5KDTB 3U92A 3Q27A 1B3FA 1LGBC 2ZYMA 3I5OA 1A7LA 1UIVA 1NNKA 3PV0E 4PFUA 3VDFA 2DVZA 4LONB 3V8XB 5JTYA 4NF8A 1LAXA 1LB8A 1FQAA 1F9BA 4ZEKA 1JW4A 5CC2A 1FW0A 1DPEA 4I8CA 4NF5A 1Z7ME 1LCTA 2AIXA 4YKPA 4F3GA 4RXLA 2P1SA 5H8QB 3OD7A 3EQ1A 1VE4A 1MXWA 1MM6A 1B46A 3TTRA 4M4GA 2RINA 3HPIA 3KN3A 2O69A 4KI0E 1Q1KA 4ONYA 3N5LA 2R9JA 4NF4B 2ZNSA 3HV1A 1MQHA 3IR1A 4HW8A 4IY6A 5HPQA 1SW2A 2XXXA 2PYYA 2Z23A 3E4RA 2ALUA 1B7ZA 5AE4A 2ZYOA 3C4MA 4U4XA 4P0IA 2RCAA 3IAZA 1QVSA 2I0CA 4DZ1A 3B6QA 4LATA 1ZLQA 4GLIA 4NF6B 4OZ9A 4JXIA 3JYRA 4OTEA 3K1PA 3S2VA 2Y7RA 1TWYA 1PB9A 3MZ1A 4OEVA 1H45A 3Q29A 3RTWB 2XXRA 3KBRA 4MLQA 3H6UA 3RQTA 2DP8A 4FE8A 4R2FA 3DM0A 2QMWA 2I4BA 3FVOA 1MXVA 1LCFA 1SD3A 3N94A 3E9XA 5I2NB 3BKIB 2XXPA 1OVBA 3C32A 2NVUB 5H8NB 2HZLA 3V5AA 3KZGA 4QSDA 2GHAA 3M8UA 2OBGA 3I6VA 1RKMA 2VP1A 2DWAA 2F8DA 2XXUA 4KHZE 1B51A 3MP6A 2ZNTA 1YCJA 1QULA 1GGGA 1M5BA 2ABHA 3HCQA 4OFOA 2F7AA 4KYEA 4EDPA 1A99A 3IOVA 2I0BA 4XKPA 3KSJA 1XVXA 3MQ9A 5L8DA 1A8FA 3CSGA 1LAFE 3IO6A 5KDTA 2V3UA 3TYHA 3LSFB 5ITOA 2IEEA 2Q2AA 2H5YA 1IIWA 1M5CA 2H25A 2QSXA 2ONRA 3M3LA 3H03A 2FNCA 4JWXA 1N04A 4UA8A 3TTLA 4MLVA 3T9HB 5DEXB 4MF3A 5ITPA 2GHBA 2KLFA 4H0WA 3MP1A 1B9JA 5I2KA 3DLNA 3TDJA 3PMVA 1PBPA 1RYOA 5H8QA 1NL5A 1I6AA 1DSNA 4OQOA 4FORA 3K0VA 1MY0A 1O7TA 1ZIUA 1URGA 1OVTA 1ZMGA 2I6EA 3G3IA 2Z8DA 4WXJA 5LOMA 4NWDA 4F3PA 3S9LC 4NF4A 2ESNA 1B40A 3USDA 4QRZA 4N07A 4HS7A 4BDQA 3TELA 1POTA 1AH5A 4OXVA 3ZS6A 5I59B 1ZTYA 4ZEFA 5HM4B 1FTLA 3IB0A 3QXMA 1MH3A 4NF6A 2PT1A 1B2HA 2QS2A 4ELQA 2R6GE 2D21A 4XKQA 5H8FB 1BKAA 3RTFB 2HXWA 3T9VA 1BP5A 1P1QA 4DLDA 4UACA 2XX8A 3LSLA 1XT8A 2XXWA 3PPNA 3H6VA 3QK6A 4KCDA 3LR1A 1B1HA 4P11A 1FQBA 4LVQA 3ODBA 1ANFA 4ELPA 2NUVA 3IX1A 4PFWA 3A09A 2XD3A 3H7MA 1J1NA 2QMXA 3G7WA 3MVXA 1QUIA 5H8NA 3O6HA 3PPQA 4FIMA 2F7BA 1R1NA 2Z8EA 4GD5A 3IOUA 1A54A 3K02A 1TXFA 1USYH 1S7YA 4I1DA 3DP6A 1MPBA 3RGYA 2O1MA 4QSCA 1MXUA 4G77A 3CG1A 3SKPA 5H8HB 4PETA 4GL8A 3DP8A 3PD9A 1FQDA 1H43A 1P99A 1ZU0A 2V25A 4IGTA 3B6TA 2ZMBA 3IO4A 5JK4A 3ZSFA 1GV8A 5KZTA 1NNFA 1DOTA 1DMBA 2DE3A 3FV1A 5IKBA 3ILTB 3G3JA 4AB5A 2F97A 3FASA 4U4SA 3D4GA 3VVDA 2Y7IA 4F29A 3KG2A 4R6YA 5BUUA 2F34A 2UVHA 4U2RA 4QSEA 1HSJA 2F78A 1MQGA 3IB1A 3VLVA 2Y7KA 4ZS9A 3O6IA 5B7DA 1Y3PA 1FTOA 3TQLA 3RT8A 5FTHA 3DELB 5CMKA 5HBCA 3U94A 4BLAA 4QFPA 4ZE8A 4RK9A 4KYDA 5KCJB 1SI0A 2OJTA 1ELJA 3VXCA 3CSBA 1MY1A 4Q0CA 2XXHA 4FATA 3O29A 4LZ7A 1H44A 2I48A 4ZEIA 1POY1 5TP9B 3MW0A 4DCXA 2O84X 5L9OA 2YJPA 4DXBA 1OQGA 1FTKA 3FJ7A 1O63A 4F18A 4AB6A 4NTLA 3PUVE 4HTGA 3CI8A 3OEKA 2B3BA 4H6DA 4O3AA 4EUOA 4LA9A 3GXAA 4OEUA 3UORA 4POXA 1Y1MA 4H1XA 2XXYA 4EQ7A 3RPWA 3CFLA 1D4NA 2DWHA 4ESWA 4R75A 3E13X 1IXGA 4R2BA 1EU8A 1USYE 3V83A 2Y7WA 4IO2A 3IJOB 4OESA 5TPAB 3MWBA 4LQ5A 3H4ZA 4PP0A 5DVFA 2ONSA 4JBZA 4N13A 2RC9A 3L6GA 4PFYA 2DWIA 4QFKA 2I4CA 4LP2B 3CVGA 3O28A 3EHSA 1SQYA 1VFDA 1FTMA 4Q30B 4ECFA 3T96B 3OMBA 2QPQA 3UA8A 1PB7A 4Z7EA 4DIGA 5A5XA 1I6QA 4FEBA 2AYSA 3M3KA 3QSLA 3ZKKA 4C0RA 1A8EA 4RPOA 1AL3A 3S9MC 1XC1A 3KFMA 1N7XA 5M2VA 1S50A 1JW5A 3SEXA 1UQWA 1Y20A 4EXKA 2VD3A 1PDAA 4H8JA 2W7YA 2G93A 1UTBB 1SBPA 4YB6A 2Y7PA 4ESXA 3RUMA 4F19A 1A40A 1MPDA 3OELA 1LAGE 4M1VA 3FIRA 1M5FA 4YB7A 3G3HA 3HHFA 2O7IA 2H98A 1S9TA 1VFEA 2O51A 4IO5A 4RNSA 5F1QA 3MPKA 2DS9A 3BFUA 1CE2A 5I58B 2HAUA 4QFOA 2BJJX 5AA4A 4DDDA 2UVJA 1OLAA 2RKMA 2B3FA 1MXZA 2A5TA 3TTKA 4PFTA 3K6VA 4KR5A 4HCWA 2PMSA 4KYSA 1LFIA 1NH7A 3H6WA 1B3EA 2Y84A 4U21A 4KQPA 2I49A 3SEWA 1GTKA 1M5EA 4F3BA 1MH4A 2A5SA 2P0SA 4XTCQ 1H3DA 3CR9A 2DE4A 1B3HA 1SYIA 2XXTA 3KN7A 3U93A 4R9GA 4RYAA 2P2AA 4GL0A 5TP9A 1ZKBA 4JWOA 4IB2A 2VGQA 4ZEBA 4GRKA 4WKMA 3VE1B 1MDP1 3OO6A 1IEJA 1MXXA 3GBAA 2HEUA 1LFHA 1PC3A 3IL1B 4Z0IA 4JB7A 3W9VA 4Q8RA 4F22A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O7UA 1SDXA 4AS4A 3CG3A 1IITA 1II5A 3P7IA 1PEBA 5FHNA 2Q88A 1T0KA 1IZ1A 4RA1A 1L5TA 2DOJA 2X7QA 5ICQA 1FTJA 1BLFA 2QS4A 4OERA 3GYYA 4L17A 5H8SA 3LBSA 3FXUA 3K1NA 3GBBA 4DI4B 1WODA 4ELRA 2QJEA 3UN6A 2WYKA 1N3XA 1YAEA 5EHSA 1MXYA 1IQ7A 2QL3A 2XXVA 2OCUA 5TPAA 3T22A 2UVGA 1OIBA 4XF5A 2GH9A 4HXVA 1NUXA 4X04A 2DE2A 3MPLA 2WBDA 4U1OA 1RDZA 3D4CA 2PBWA 3TTMA 3W9WA 3E3KA 2CMOA 1UIUA 4DXCA 4IO3A 4PC9A 2UYFA 3WAFA 2CEYA 1JVXA 3IORA 2VOZA 1MM7A 3JV9A 4FEDA 1SYHA 5FBPA 2DYXA 5ET7A 3GZGA 4P56A 2DSFA 2OZZA 1URDA 2GRVA 2OWZA 2WKYA 4PGPA 2RF1A 3TFLA 1TFAA 4F2QA 5ICTA 4TQUQ 1NV4A 3C35A 4N81A 4NEDA 3M3FA 2CZHA 3KJ7A 5BWJA 5FHMA 1R9QA 5FTIA 4E0XA 5CMCA 1B3GA 4OVJA 1Y1ZA 3TMGA 3VFJA 2F7CA 1CB6A 2E1SA 5JTYB 4NF8B 3TEPA 1DBZA 3KGCA 4PF8A 1UTBA 3ONMA 1US5A 4PF6A 2BJIA 3CFXA 1TFDA 2HFBA 4N8GA 4AS5A 1Y3QA 5K2YA 4G2ZA 4WEPA 4X1BA 3MYUA 3B8BA 3IFAA 4TLLB 3CIJA 5I2NA 3TPAA 1AOVA 1LLSA 3S4UA 3VV5A 4NWCA 1KZ8A 1FBFA 3CRBA 3MVWA 5EQ9A 1IXHA 4FBPA 4ELOA 1NMUA 4IO4A 3G3KA 2PVUA 4MMPA 2V3QA 5I58A 3D1RA 4LUBA 4I62A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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