4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords AlgM1
publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
2F34A 1ZJLA 3GLBA 4RK9A 2X7PA 1SI1A 4X48A 1B3GA 1Z7ME 4KCCA 4F1VA 4FIMA 5I58B 4MLVA 3CR9A 4RY1A 4DIGA 1S50A 1FW0A 3RQTA 3K0VA 5ISUA 3TMGA 4HW8A 1JNFA 1LBBA 3OELA 1DOTA 4EQBA 4I1DA 1MDP1 1HSJA 2O1MA 2QS1A 3BBRA 3Q28A 2HAVA 1ELJA 2VGQA 3S4UA 3G3KA 1LCFA 2NOOA 4X1BA 1FCKA 4MBPA 4OZ9A 4PFTA 1LB9A 5EHMA 2B3FA 2H98A 3M3KA 3F11A 4P0GA 1OQHA 4JWXA 1Q35A 5CMCA 3MVWA 3IB2A 2XXRA 3V89B 3PPNA 1DPEA 1ZBMA 1FTKA 3MP1A 1SW1A 1QUJA 2F78A 5I2NB 1OLAA 2O68A 1QULA 3RGYA 1B05A 3OSRA 2Y84A 4LVQA 3CSGA 3SDFA 2ALUA 3H4ZA 3T93B 3MPLA 2V3TA 3OO6A 5IAIA 2RF1A 4RK2A 3TTLA 3H03A 1CE2A 4YKKA 1DSNA 1IXIA 2G29A 4N6PA 3IB0A 1LBCA 3O6GA 3VLVA 3FXUA 5I56B 3RUMA 2PT2A 2O51A 3R6UA 3OSQA 1N04A 2DVZA 4MF3A 2ZNUA 2DWIA 4Z0IA 3W9WA 2I3VA 1DMBA 1LGBC 3TUSA 3IOTA 3IORA 1AH5A 1MRPA 3K6XA 1GV8A 3OEKA 3FXQA 2YLNA 1VE4A 4Q8RA 4DCYA 3EHUA 3CFZA 1OVTA 2ZNTA 4MH5A 1PB9A 3O28A 3LSWA 3KN8A 4OWDA 1B5IA 2QS3A 1PDAA 3M3LA 2P1SA 4ELRA 2ZMBA 2LAOA 3UN6A 1MQGA 3KOSA 4G68B 2PVUA 2AIXA 2UVJA 1UIUA 4FJPA 4RPNA 4ELQA 2I4BA 4JSDA 1B1XA 1MXUA 4IY6A 3D4CA 3U94A 3TCHA 3VDFA 3MUQA 3UGWA 2I4CA 2FNCA 2Y7RA 3E13X 3SEXA 3KG2A 3PMXA 1LLSA 3V8XB 3TEPA 3SKPA 3G3IA 4OMBA 4THIA 4BDNA 4EXKA 3OO7A 4YAHX 4UACA 4LONB 4G4PA 2UVHA 5FHOA 4RPOA 2WKYA 2XXIA 2I0BA 2DYXA 2Q88A 4U22A 1R1NA 4R74A 4ESWA 3O2AA 4IGRA 1LAFE 1TWYA 4NF8A 4QSCA 4XXUA 4U2RA 1NKXA 4JDFA 3RN8A 4ELPA 1YCJA 1URDA 1LSTA 4O3AA 4AB5A 2XX9A 1R9QA 4OEVA 1MQDA 2PMSA 5H8HA 2QS4A 5TP9B 2GFEA 2HZKA 3FATA 4IO2A 4XKNA 3DP8A 1N7WA 1LFIA 1XC1A 2THIA 1FTJA 2ZNSA 4EQ9A 5HM4B 2X7QA 3WAFA 3TDJA 2PYYA 1A55A 3IO4A 4OVJA 4XKQA 4ELOA 5AA1A 2I3WA 3TKDA 1MQIA 4ESXA 3S9NC 1D9VA 4BDRA 3Q29A 5FTIA 5HBCA 2V3UA 3ECRA 3PUYE 4EQ7A 3MVXA 1Y3PA 2OK2A 5BWJA 1N76A 1ANFA 1OLCA 2RC8A 4F18A 1EU8A 1MH3A 3IJOB 1SW5A 1AL3A 4F1UA 3KBRA 1B6HA 3B7DA 5ITOA 4MFIA 2P0SA 2F7BA 3BFTA 3EPEA 5KCJA 1A99A 1PB7A 4RNSA 3TFLA 4F3SA 2DWAA 4HS7A 3QK6A 2RCBA 3ZKLA 5AA4B 4OERA 2D3IA 3CIJA 1TFAA 1S7YA 4M1VA 2RKMA 4IO4A 3FJ7A 4QFKA 3ILTB 4I62A 4OYVA 1US5A 3U72A 4ZE9A 4KQPA 4XIGQ 2XD2A 3MZBA 2DE4A 5KCJB 2DXYA 1A40A 1B7HA 1LFGA 3MP8A 4C1UA 2HQ0A 4H8JA 1MY3A 4G77A 3KGCA 1JVYA 4R73A 4HCYA 2Q8JA 3PMWA 2UYFA 1UTHA 1DTGA 2GH9A 2Q2CA 1P1WA 3HN0A 1P1UA 1EH3A 4KCDA 4GLIA 4YKIA 1I6QA 3LC8A 4Q0CA 4QF9A 3TODA 3MAMA 1H44A 2F6GA 3PPRA 4F3BA 1JW1A 3FV1A 4QFLA 5CBRA 5CMMA 3PUXE 1N3WA 2OBGA 1TFDA 3VV5A 1JW5A 1N3XA 3KZGA 4C1TA 1P99A 1LB8A 4IO3A 3FVOA 2UVIA 4YB6A 3OEMA 1BP5A 3K6VA 4NF6B 2XX7A 1N7XA 1IIWA 4ZS9A 3O6HA 3B6QA 2RINA 4GVOA 1O64A 5A5XB 3MBPA 4GRKA 1JVXA 2QRYA 1BIYA 4PFWA 3QUFA 4ZEFA 3I3VA 2Y7WA 3RY3A 3V83A 3TTKA 3G3JA 4RA1A 2O69A 1FQDA 2M8CA 3OO8A 1FQBA 3H6UA 4R6KA 3R26A 4BDQA 1A7LA 2REJA 2XXWA 1POTA 5M2VA 5KDTA 2DXRA 2VD3A 2Q89A 1USYE 4X9TA 1Y3NA 3T9VA 3KSJA 1FTOA 4LQ2A 3H06B 3IO6A 4OQOA 4U23A 2AL4A 1B0HA 3T9HB 1UQWA 2QPQA 2QS2A 2ONRA 1URSA 1HSEA 5DEXA 3K00A 2Y7PA 4QSEA 4DDDA 3ONMA 3MP6A 3FVGA 4DLDA 4R9FA 4YB5A 1MG1A 4K3FA 2Q2AA 4LA9A 1MY1A 4DE8A 1VFEA 3C9HA 2XXPA 1FQEA 4IGTA 2IA4A 1A54A 5L8DA 1IXGA 2HZLA 3KJ7A 3ODBA 4YKJA 5DVIA 2F36A 3O9PA 4RJZA 1N84A 3Q25A 1UTBA 2VOZA 3GBBA 4NMYA 4H5FA 1NNKA 4IB2A 1HSLA 4YB7A 4HCWA 4P11A 3KOTA 1RKMA 3KSXA 4OFLA 1B40A 2E1SA 1A8EA 4TLMB 5EHSA 3VLWA 5B7DA 3MW0A 3TPAA 3TELA 3UA8A 4OESA 4AB6A 2YPNA 1I6BA 1MPDA 1MPCA 4NF4A 3B6WA 3RNNA 3K02A 3GXAA 1GVCA 4JB7A 1NFTA 3C31A 3HSTA 3EN3A 1O63A 1B2HA 3G3GA 1N0TA 2XXHA 3ILUB 2OCUA 3K6UA 4DCXA 4RYAA 2Y7IA 3DP6A 4P0IA 4H0WA 2I0CA 3MQ9A 2E0SA 1B4ZA 2A5SA 2DS9A 4ONYA 4KR5A 4H67A 1JETA 1B5JA 3O66A 5AE4A 3H7MA 3OMBA 4NF4B 3SEYA 3CFXA 3DELB 1B32A 2ZYMA 3RTWB 1J1NA 3BKIB 3C32A 4GIZA 5CBSA 2OZZA 1YPNA 4N13A 1VR5A 3IOWA 2ABHA 4LZ7A 5JTYA 1Z7NE 4Z7EA 4GXAA 3CRBA 5H8SA 5KZTA 3RPWA 3HHGA 3Q26A 1QKBA 3KEIA 2A5TA 1IUDA 3CG3A 4JSOA 5L9OA 3PMVA 2NWJA 3UIFA 4JWOA 4NTLA 1LFHA 5K2YA 3VVFA 1MM7A 5FHMA 1Y4TA 3E3KA 1JEUA 4WEPA 1PB8A 1FQCA 3JZJA 4R75A 1MS7A 3JV9A 4DXBA 2V25A 2PBWA 1LAXA 3ZSFA 3UK4A 3USDA 5IKBA 3UORA 1QKAA 1I6AA 2DVCA 2QJEA 4ISUA 3IB1A 1B7ZA 4U4XA 3G7WA 1SD3A 4AQ4A 2I6EA 2HFBA 2A5TB 1ZKBA 4OTEA 3K2DA 3CI8A 2W7YA 4OFJA 1IXHA 1OIBA 3FV2A 5DVJA 4F39A 4OFOA 2RCAA 3DLNA 4F29A 3S9MC 1SYHA 1JW4A 3SERA 1BKAA 3E4RA 2PX1A 5JEIA 3THIA 5CMKA 4ZEBA 3SEWA 1SQYA 2I49A 2Z22A 4R2FA 1OQGA 1EZ9A 4PQJA 1XOCA 5AA2A 2HEUA 3VVEA 1I69A 3PGFA 3GBAA 2F5XA 4WEDA 1MDQA 2H9BA 3TAJA 2G93A 3TTRA 2ESNA 4POWA 4I9DA 3SETA 1II5A 4ZEKA 1OVBA 3C4MA 4NF8B 4ZEDA 2AL5A 4JBZA 3H6VA 1M5BA 5DYHA 4YMBA 2I58A 3ZS6A 1M5EA 4KYEA 3FUZA 3SESA 4R72A 2OWTA 3FXRA 2Z8DA 3RLFE 2CMOA 3PUZE 5ICTA 1PEBA 3A3UA 5H8HB 4L17A 5I84A 3K4UA 5CMBA 2V93A 4ZEIA 4OHNA 4BDLA 4YKPA 1QUKA 3DP4A 1B7UA 3EF7A 1B3LA 4E0XA 3K6WA 3H6TA 4YMAA 2F7AA 3HCQA 3U93A 2DWJA 3EQ1A 3TTMA 4RXLA 1MH4A 2QL3A 2Z8EA 2B65A 4G8HA 4GOTA 3C33A 3TCGA 1B3EA 1Y20A 1Y1ZA 1MXWA 2Z23A 3TZAA 5TPAA 3LR1A 3M3FA 2O7UA 3FGSA 1PBPA 4MLQA 4H5GA 2I48A 1USYH 3MVYA 3RTFB 2ONSA 2ZXTA 1AIVA 1XHYA 4U21A 3UP9A 3IX1A 4Q5TA 4LATA 5ELVA 2UXAA 5CM6A 5AA2D 2FA7A 2ANJA 2NVUB 5H8QA 1XT8A 2H4IA 5H8NA 4WKMA 4O3BA 4FE8A 1FTLA 5I2KA 3OENA 4E0WA 3T22A 1NNTA 1KWHA 1LCTA 5TPAB 3CVGA 4H8IA 4DZ1A 2VP1A 2DSFA 3I5OA 3HO7A 2Q9TA 3FJGA 3RT6B 1JQFA 1PBQA 1VFDA 3T9XB 1EZPA 4OENA 2QSXA 5CC2A 2XX8A 4U1ZA 4LZ8A 3D4GA 1EZOA 3FJMA 1Y4CA 1AMFA 4NE4A 2FYIA 4NF5A 4KI0E 3PD8A 3IK6B 5H8QB 5H8NB 3HV1A 5I2KB 2IEEA 4KYSA 2GRVA 1DTZA 1NNPA 1D9YA 1M5DA 4R2BA 2XXQA 1UTHB 3LSXA 1D3KA 4FAJA 1LAGE 4JXIA 2F35A 3CG1A 3MVZA 2H25A 5I59A 1L5TA 5I58A 1SDXA 3VE1B 5K2XA 3EHTA 2QMWA 1M5FA 4QFOA 3O29A 1IQ7A 5BUUA 4G68C 3GZGA 4I8CA 4R9GA 3TYHA 2Z8FA 3FIRA 4U1OA 4GF8A 3B6TA 3N5LA 2ZYOA 2F7CA 2VHAA 2D21A 4NWDA 4QFNA 5B70A 2XD3A 5I59B 4G2ZA 4BDOA 2XXYA 1US4A 4KYDA 1AOVA 1F9BA 4GFRA 3QYTA 3VFJA 4F19A 1OMPA 3RT8A 4BLAA 1SI0A 2Y7KA 3LUYA 4YZZA 5I2NA 2CZLA 5KDTB 1NL5A 4QRZA 1SW2A 3OOAA 3FASA 1PC3A 1QUIA 5DEXB 1B3HA 5I57A 3N94A 4C0RA 1XVXA 1Y1MA 3G3HA 1B0LA 1B46A 4OETA 1M5CA 3TQWA 2OJTA 3TQLA 5I56A 4GL8A 4PFUA 5JK4A 4EF2A 1S9TA 1ZTYA 1RYXA 3IR1A 4LP2B 3FVKA 1WODA 1B9JA 3Q27A 2XXTA 1UTBB 3G3FA 3OD7A 3S9EA 1H76A 3IOUA 5DVFA 1MY2A 2H5YA 1IITA 1O7TA 5I57B 3T66A 4G8NA 2GHAA 3DM0A 5HPQA 4F2OA 4JWYA 2GHBA 2O84X 3VVDA 1TXFA 1MPBA 3PD9A 3PPPA 4GXSB 4M4GA 2OLBA 4FORA 3OO9A 2R71A 5TU0A 5ITPA 2R6GE 3A09A 1P1OA 3L6GA 5ICQA 2NUVA 3E9XA 3BFUA 3O6IA 1GTKA 4POXA 2F6PA 2DE2A 4G68A 1Y3QA 1RYOA 1QVSA 3C34A 3S9LC 3N6TA 4PP0A 1TT1A 3LSLA 3I6VA 1ZLQA 3V5AA 3MPKA 4X1DA 5F1QA 2D5WA 3W9VA 3ZKKA 1H45A 3T9UA 4FATA 4KD5A 4XKPA 3KFMA 4KPTA 1ZU0A 2XXXA 1MXXA 4R6HA 3K1PA 3M8UA 3QAXA 4KFQA 2BJJX 2PT1A 3VLUA 5JTYB 3MWBA 1R6ZA 3QUJA 4H65A 2DQVA 2ONKE 1B1HA 4LZ5A 3MZ1A 1ATGA 1QW0A 3SEVA 1H3DA 3PUWE 1BTJA 3H6WA 5F7VA 1GGGA 1IEJA 3W15C 2HXWA 3IAZA 3QSLA 3EHSA 5CI5A 1MQJA 5TP9A 5DT6A 5H8FA 4F3PA 1D4NA 3IL1B 1SYIA 3QIMA 1R9LA 1MXVA 1QJMA 2XXVA 4R6YA 4PFYA 3K1MA 4BDMA 1NNFA 2HAUA 3N26A 3U8QA 1MY0A 3C35A 2DWHA 2V3QA 4F3GA 4LUBA 3U92A 2DE3A 2P2AA 3FVNA 1GR2A 1T0KA 3QXMA 4ZE8A 1IZ1A 1NH7A 4H6DA 4DXCA 1ZMGA 3A3CA 4IO7A 5H8FB 5FTHA 4EUOA 2YJPA 4YU0A 4GD5A 2ZYNA 4EDPA 1FTMA 1XS5A 3JYRA 4ECFA 1XVYA 2F97A 1NMUA 5AA3A 5AA2B 2DP8A 3HPIA 1B3FA 1FQFA 4EF1A 5AA4A 2F8DA 5LOMA 3VXBA 2HCAA 3U1OA 4QFPA 1VSOA 1FQAA 4Q30B 3MC2A 2KLFA 3CFLA 1JEVA 1P1NA 1ZIUA 3R7XA 1WVJA 1SW4A 1MM6A 1MQHA 3PV0E 2UVGA 2VD2A 1MY4A 4ZECA 3KN7A 3MZ9A 3PPOA 2OWSA 4IO5A 4G8MA 1LAHE 2V84A 4OEUA 3K1NA 3OXNA 1YAEA 4HTGA 4DXUA 3VXCA 4F1YA 4O3CA 4FEBA 3FZVA 3SEUA 3IJXB 4FECA 4NEDA 4IY5A 1H43A 1URGA 4TOZA 1BLFA 3O97A 4H1XA 1B4HA 5L9MA 2O6AA 4ND9A 4F2QA 5DTBA 1B5HA 1NH8A 1B52A 3S2VA 1WDNA 1Y9UA 2RC7A 1CB6A 3IOVA 4YICA 2QMXA 1IXCA 4XKRA 5EYFA 4LQ5A 1A8FA 1B58A 3TTNA 4QSDA 4ZZAA 1YTVA 1P1QA 2REGA 3K01A 1POY1 4PETA 3WAEA 4NWCA 4GQOA 1SBPA 4GL0A 2O7IA 2XHDA 4NF6A 1SVXB 2DOJA 2X26A 4KHZE 3LSFB 4XTCQ 5A5XA 1MXZA 4UA8A 4FEDA 5L9SA 4N07A 2XXUA 2AYSA 2UYEA 1MXYA 4TLLB 4EXLA 3CSBA 3KN3A 2NXOA 1B51A 3KJTA 3PPQA 3PUVE 1Q1KA 4PE5B 4IO6A 3TCFA 3AXFA 4WXJA 2B3BA 3P7IA 4TQUQ 3L6HA 5CRYA 3MJNA 3HHFA 5FHNA 4F22A 4ZZEA 1UIVA 3LBSA 3H3GA 2O1LA 4OXVA 4NF5B 3FD3A 1DPPA 4F31B 2ZYKA 4ZDMA 3PU5A 3T96B 3N6UA 4QHQA 5J1DA 2H99A 2R9JA 4U4SA 4GWOA 2RC9A 3C36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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