4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
b'KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords AlgM1
publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Transport protein
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
1M5EA 2XX8A 1Y3PA 5K2YA 3C34A 4H0WA 2HQ0A 2X7QA 1Y1MA 4NF8B 2QS2A 3QSLA 1PBPA 1LAXA 2OK2A 1WDNA 3LSLA 5L9SA 3FXUA 3DP4A 3THIA 3DM0A 1LCFA 3LC8A 1B05A 5LOMA 4QFNA 1UQWA 2DE4A 4R72A 3KEIA 2Z8FA 2ANJA 1LFGA 3CI8A 1M5DA 4OYVA 2O6AA 3EHTA 1AMFA 4ZEDA 2Y84A 3RN8A 3IR1A 4RPNA 3FJ7A 3UORA 3GLBA 5AA2B 1LBBA 5B7DA 4DCYA 1Y9UA 3RT6B 4YKPA 5TU0A 1N7WA 2Z23A 2XD3A 3QK6A 4RA1A 4PETA 4F1YA 3TTMA 1IITA 1UTBB 3KN7A 3K1NA 1R9QA 4TLLB 3B6WA 1JEVA 1FCKA 1B2HA 2REJA 5DVJA 1OMPA 4RK2A 3PUZE 5FTIA 3FGSA 1MH4A 4O3CA 1QUIA 5H8FB 1PC3A 1MRPA 4RK9A 4KQPA 4F3BA 4NF4A 1WVJA 1OVTA 4QHQA 1Y3NA 4UACA 5CRYA 2QSXA 1JQFA 3B6QA 5FHOA 1UIVA 1UTHB 1MDP1 3N6TA 1XHYA 2UYFA 2Z8EA 4OFLA 2PMSA 2RC8A 2V93A 3V8XB 4G2ZA 5A5XA 4ZEFA 3KOTA 3KFMA 4DDDA 3ZS6A 3G7WA 4F3PA 2V25A 2AYSA 2GHAA 5IAIA 3HSTA 4F1VA 5F7VA 1OLAA 1N7XA 1IQ7A 3U93A 1SW4A 4F31B 4Q0CA 2UVHA 1B46A 4ZE8A 2P0SA 2PYYA 3CFXA 1SBPA 3MZBA 5KCJA 3HO7A 4KYEA 3VLWA 1POTA 4MF3A 5F1QA 3CRBA 3PU5A 3H6WA 5DEXB 5H8HB 4ESXA 4ZZAA 2OCUA 4IO2A 1FQAA 1LCTA 4OFJA 5AA3A 1AL3A 2ZYMA 4QF9A 2PBWA 4L17A 4DXUA 2OBGA 4PQJA 2Y7RA 3MAMA 4FORA 3VVFA 4QSEA 1D9VA 3JYRA 2YPNA 2ABHA 2XHDA 2DQVA 2YLNA 1MXVA 2THIA 1MG1A 2P2AA 3DP6A 4O3AA 1Y20A 4R2FA 1H3DA 1AH5A 4P11A 1QUJA 4MH5A 3E9XA 2GH9A 3C4MA 3ODBA 4GXAA 3CSGA 1IUDA 2XX7A 2XD2A 3IO4A 3H4ZA 3H3GA 4YKIA 5I57A 3LUYA 2I3WA 1ANFA 3HPIA 1FQEA 3TFLA 1LB9A 5ITOA 3I5OA 3DLNA 4M4GA 3SEWA 3K2DA 2UVJA 3LBSA 4GXSB 4Q5TA 2Y7PA 3D4CA 3CG1A 3OEKA 1I6QA 5I56B 2OJTA 3IOWA 3IAZA 3S4UA 3TTNA 4FAJA 5EYFA 1EZPA 3PD8A 4BDNA 5HBCA 3U94A 4F29A 4GL0A 4ZE9A 1DPPA 3HV1A 4IO4A 1QJMA 1MQGA 4PE5B 3MPKA 2ZYOA 4C0RA 1B0LA 3FJMA 1HSEA 5DYHA 2I0BA 4QFPA 2RCAA 3TKDA 2OWTA 1TFDA 4YZZA 2QS1A 2FYIA 4OFOA 3M3LA 2H99A 3GZGA 1NNTA 1DTZA 3TZAA 2E1SA 3RLFE 1JEUA 4OTEA 3TTLA 3C33A 2A5SA 3UIFA 1VSOA 4TOZA 3T9HB 4X1BA 4I9DA 4H5FA 5AA2D 1MY1A 3FIRA 3V83A 1WODA 4ZZEA 3H03A 4EF1A 5A5XB 3GXAA 2XXQA 3IK6B 3UK4A 3FD3A 1QULA 3R6UA 3Q29A 4G8MA 4G8HA 4IY6A 3SESA 2NOOA 1N04A 4F39A 3O6HA 4JSDA 3PMVA 2DVCA 3EPEA 1CE2A 1Y4TA 1H44A 2IEEA 5CM6A 1DMBA 3H7MA 3RNNA 2P1SA 1SVXB 4QFKA 4YMBA 1MM6A 5JK4A 1PB7A 4XIGQ 2R71A 3KN8A 1M5FA 1N0TA 2DP8A 4DCXA 5KCJB 1NH8A 1J1NA 2HZKA 1LFHA 4IO7A 2G29A 2ZYKA 4GL8A 1MXWA 1IXIA 3E3KA 2ALUA 4LUBA 4QSDA 3KN3A 2O1LA 2XXYA 5I2KB 4RNSA 3RT8A 4JWOA 4MLVA 4I62A 4PFUA 1BP5A 2DXRA 1NFTA 1URDA 1B4HA 4AB5A 4EQBA 3U92A 2XXPA 1A8EA 2HEUA 1BTJA 3KGCA 4Z0IA 2NXOA 2Y7IA 1VE4A 4F3SA 5JTYB 5FHMA 1BLFA 4DE8A 2V3UA 4OHNA 1O64A 1OIBA 1QVSA 1SW1A 3VLUA 2M8CA 3RQTA 2UXAA 4NWDA 3WAEA 4KI0E 4R9FA 4U1ZA 3OXNA 4R9GA 2DVZA 3HHFA 4OETA 1OLCA 1XC1A 1R1NA 2VHAA 4DXCA 4LP2B 1IEJA 2F36A 5DVFA 3QAXA 1FTKA 1PBQA 4RJZA 3I6VA 1NNPA 1AOVA 5HPQA 1RYOA 5CBRA 2F7CA 5I59A 3K6UA 2GHBA 2DWIA 1M5CA 5L9OA 2W7YA 4OENA 2QJEA 5DVIA 2HAUA 4F3GA 3N6UA 1XVYA 2I48A 4F1UA 1YTVA 3UP9A 3TQLA 5HM4B 3MP8A 3TPAA 3RY3A 4KHZE 3W15C 4P0IA 2XXXA 3OSQA 1XVXA 3OSRA 1DPEA 3TQWA 3T22A 4G68C 1GTKA 4OZ9A 5TP9A 3UGWA 3CVGA 3IX1A 5KDTA 3FVNA 4QFLA 1B3GA 2XXHA 4TQUQ 1PEBA 3O9PA 1EU8A 4GD5A 4PFTA 3AXFA 4KCCA 1P1QA 3K1PA 3Q25A 3UA8A 3U1OA 2R9JA 4ELPA 3A3CA 1EH3A 4FEDA 4N6PA 2UVGA 2OWSA 1SD3A 1OVBA 4X9TA 2R6GE 4PP0A 4AQ4A 1B9JA 3FUZA 3L6GA 2NUVA 5BUUA 2X26A 4ESWA 3HN0A 4HCYA 4DLDA 3U72A 1US4A 3M3KA 1FQDA 2F34A 4KPTA 3PGFA 2AIXA 2OLBA 2QS3A 3VVDA 1MPBA 4YKJA 3G3FA 5H8QA 2Z8DA 4ZEKA 3H6UA 3PMWA 4Q30B 3O66A 1N3WA 2RCBA 3RGYA 3VVEA 4G4PA 3C36A 4OMBA 3KBRA 1IZ1A 2PVUA 1PB9A 1O63A 4F22A 1BKAA 4ELOA 4HS7A 2DYXA 1LAFE 2XXIA 2I3VA 3SEYA 1LBCA 3FVOA 4OVJA 4GOTA 2VD2A 4XTCQ 2DWJA 5AA4A 3MQ9A 2I0CA 3K00A 3EHSA 3MW0A 2CZLA 3A09A 4JSOA 2F6PA 4EUOA 3VLVA 3B7DA 3MPLA 3ZKLA 2VGQA 3JZJA 4KD5A 4NE4A 3CFLA 4WXJA 3ONMA 4E0XA 4IO6A 4KCDA 4XXUA 1P99A 1D4NA 2REGA 4G68B 4YB6A 1NKXA 2I6EA 5KZTA 1Q35A 4IGRA 3T96B 3E13X 3MVYA 2AL5A 1B0HA 1II5A 2DWHA 2B3BA 2D21A 4QFOA 3CIJA 1URSA 1LFIA 4F18A 1MY4A 2HZLA 1PB8A 3K6XA 1P1WA 3OD7A 2AL4A 4BDOA 2XX9A 1B40A 2A5TA 5I58A 3PUXE 1SQYA 4R75A 2H9BA 3DELB 3IORA 2GFEA 3N5LA 1EZ9A 3ZKKA 4GLIA 5M2VA 3S9EA 2H4IA 1I69A 4BDMA 4GFRA 3U8QA 2B65A 4I8CA 1PDAA 3IL1B 2Q89A 3KJ7A 3BBRA 2B3FA 2ZNSA 2CMOA 2V3TA 2ZYNA 3A3UA 4ECFA 5CMBA 5DT6A 3JV9A 4OWDA 2F5XA 1YCJA 4OERA 1TT1A 4WKMA 3IOTA 5TP9B 4FJPA 2Q88A 4XKRA 1OQGA 5KDTB 4KFQA 1D3KA 4F2OA 3QUJA 1BIYA 3QXMA 4ZEIA 2RF1A 3H06B 3Q27A 1Q1KA 5ICQA 1F9BA 1B1HA 2DOJA 1MY0A 3TCFA 1FTOA 1SYHA 5EHMA 3MP6A 3O97A 1ZKBA 4POXA 4NF4B 5CMMA 2NVUB 2Y7WA 4OXVA 3O28A 2I49A 4H8JA 4YKKA 2RKMA 4OEVA 3FXRA 2ESNA 1H76A 3MVZA 1I6AA 2XXVA 4GWOA 3OO6A 1M5BA 1S7YA 5EHSA 5CMKA 3TAJA 3SDFA 1JW5A 1XT8A 4LQ2A 3KSXA 2GRVA 2WKYA 4YAHX 2Q2CA 4R2BA 1QKAA 3LR1A 2V3QA 4H67A 2ONRA 2Y7KA 2F97A 3C9HA 3LSFB 5CI5A 5IKBA 3R26A 4FEBA 3K6WA 2OZZA 3G3HA 5JEIA 2Z22A 4H6DA 4DXBA 1A99A 1JW4A 3IO6A 1Z7NE 3DP8A 1UTHA 1DTGA 5CBSA 4WEDA 4KYDA 2QMWA 5ITPA 5CMCA 2VOZA 1QUKA 3TCHA 3VXBA 1TWYA 1A54A 3PPPA 3PPRA 1ZBMA 1SW2A 3VDFA 4K3FA 5FTHA 4R6HA 2F6GA 2HXWA 1MDQA 3BFUA 2ONSA 4JB7A 4ZDMA 4BDLA 4THIA 3OEMA 4RYAA 2QS4A 3TEPA 3KSJA 3F11A 2I4CA 4ONYA 1VR5A 3K01A 3G3GA 2QMXA 4WEPA 1ZJLA 1YAEA 3IOVA 4UA8A 1GR2A 4I1DA 4P0GA 5I57B 2DSFA 2XXWA 2IA4A 2O7IA 3IJXB 4U4XA 4H65A 2A5TB 3MVXA 1MXXA 4ND9A 5I58B 3TDJA 1N76A 1ZLQA 3K0VA 2XXUA 1P1NA 4OESA 4OEUA 3RTWB 3T9VA 3ILUB 1B51A 1IXCA 1L5TA 4LZ7A 2ZNUA 1B3HA 3W9VA 2G93A 1A8FA 3IJOB 1MXZA 1FQBA 4IO3A 4JWYA 2E0SA 5AE4A 3T93B 2QL3A 4QSCA 4MBPA 2RINA 4LATA 1IIWA 3O6GA 2F7AA 3S2VA 3VFJA 4ELQA 4U21A 3T9UA 3S9MC 4JDFA 4EQ7A 2DE2A 1OQHA 3MC2A 3USDA 1POY1 1VFEA 3FASA 4IY5A 4BDQA 1GV8A 3IB1A 4EQ9A 1SW5A 1O7TA 5AA1A 1DOTA 3EN3A 1MPCA 5I56A 3R7XA 3UN6A 3VV5A 1S9TA 1B5IA 1ZMGA 3KG2A 4H1XA 4NF6A 3G3IA 1B7ZA 3CG3A 1US5A 3K6VA 4F19A 1YPNA 3OO8A 1B7HA 4M1VA 5BWJA 4U22A 1USYH 1ZU0A 1MQDA 2QRYA 1SYIA 1Y3QA 1A7LA 1MY3A 3O2AA 3FV1A 3CSBA 1EZOA 2VP1A 3VXCA 4BLAA 2DXYA 4C1UA 5B70A 3TTRA 3SERA 4ZS9A 4E0WA 2I58A 4LONB 4NEDA 3P7IA 3TMGA 1MXYA 4RY1A 1AIVA 4LQ5A 4Z7EA 3OMBA 1MPDA 2D3IA 2RC7A 4YU0A 4R73A 3D4GA 2H98A 4ISUA 2QPQA 4LZ8A 3SEVA 4LZ5A 3OELA 3TCGA 2KLFA 1Y4CA 1USYE 2XXTA 1SI0A 5I2NA 3M8UA 1B5HA 4RPOA 4AB6A 1MQJA 1VFDA 5FHNA 3I3VA 1B32A 2FNCA 3B6TA 3CR9A 3N26A 4NF5A 3FVKA 5H8SA 4EXLA 4NMYA 4GQOA 2VD3A 3K1MA 5ICTA 1A40A 3HCQA 3K02A 3LSWA 2DS9A 1LB8A 2HAVA 1P1OA 1DSNA 3PMXA 1B7UA 1MH3A 1ATGA 5L8DA 4GVOA 1HSJA 5H8NA 3MP1A 3MWBA 1QW0A 3S9LC 3MBPA 1FTLA 4QRZA 4KR5A 3SKPA 2F35A 4JXIA 3IOUA 3TUSA 4IO5A 1LSTA 3IB0A 3VE1B 3T9XB 5I2KA 4JBZA 2ZNTA 1SDXA 2O7UA 1I6BA 4TLMB 2ZMBA 3ZSFA 2PX1A 3WAFA 4ELRA 4ZEBA 3TODA 1ZIUA 5CC2A 3IB2A 1B52A 2V84A 3O6IA 3KOSA 1IXHA 1A55A 3K4UA 2O69A 4PFYA 2DE3A 5I59B 5JTYA 5L9MA 1GGGA 2Q8JA 1FQCA 1SI1A 4Q8RA 3RPWA 3OENA 3MUQA 3EF7A 3OOAA 1MY2A 4NWCA 1LGBC 4YMAA 5TPAA 5ISUA 1T0KA 3QUFA 3CFZA 3SETA 1B3LA 2DWAA 3T66A 4U2RA 1ZTYA 2LAOA 4NF6B 3PPQA 2FA7A 4C1TA 3PPOA 4ZECA 3MZ1A 2YJPA 4YICA 1S50A 1MXUA 4NF8A 1URGA 2H25A 4G77A 3LSXA 1GVCA 1N3XA 2O68A 2X7PA 3SEUA 4FE8A 1NNFA 4EXKA 3GBAA 3PV0E 3OO7A 1JNFA 1LAHE 3QIMA 4F2QA 1NMUA 2I4BA 4OQOA 4R6YA 3EHUA 1B1XA 3OO9A 4LVQA 3MZ9A 3KZGA 3C35A 4FECA 3PD9A 3HHGA 3FVGA 3O29A 4JWXA 3FJGA 5K2XA 1LAGE 3TYHA 2RC9A 4YB5A 3V89B 3MJNA 4N13A 3G3JA 1P1UA 5AA2A 1FTJA 1B3FA 5ELVA 1KWHA 3EQ1A 3FZVA 3FV2A 4PFWA 2PT2A 4NTLA 4DZ1A 1D9YA 2UVIA 3Q28A 1HSLA 1CB6A 1LLSA 5H8QB 3N94A 3S9NC 3GBBA 5I2NB 1RKMA 1UTBA 1FW0A 1XOCA 4HCWA 1B4ZA 4POWA 4N07A 3TTKA 4NF5B 4KYSA 4O3BA 1IXGA 2F8DA 1R6ZA 3G3KA 2ONKE 2ZXTA 4FIMA 4YB7A 3V5AA 5H8FA 4U4SA 2Q2AA 2HCAA 1JW1A 1B6HA 4XKNA 1MQIA 3QYTA 1Y1ZA 3PUYE 4X1DA 4U23A 4H5GA 1TXFA 2D5WA 1B3EA 5AA4B 5H8NB 1B5JA 4GF8A 3C32A 3FXQA 1H45A 4GIZA 4RXLA 4XKQA 3MVWA 4LA9A 3SEXA 1FTMA 4R6KA 3Q26A 4EDPA 3RUMA 1H43A 2UYEA 1Z7ME 4IGTA 4G8NA 4R74A 5I84A 4U1OA 2F7BA 4HTGA 3L6HA 3ILTB 5DTBA 1NH7A 1FQFA 1JVXA 4EF2A 4MLQA 2O1MA 4GRKA 1NL5A 1JVYA 1ELJA 4BDRA 1N84A 5J1DA 1RYXA 2XXRA 3C31A 2BJJX 3H6TA 1TFAA 2PT1A 2O84X 1JETA 3FATA 3KJTA 2O51A 2F78A 2NWJA 4FATA 5DEXA 5H8HA 1MS7A 3PPNA 1B58A 4H8IA 4X48A 2H5YA 1UIUA 4HW8A 3W9WA 3PUVE 1NNKA 3H6VA 4DIGA 4MFIA 2Q9TA 1MM7A 2HFBA 1XS5A 3BKIB 4XKPA 1R9LA 5TPAB 3TELA 3M3FA 4IB2A 1MQHA 3E4RA 4G68A 3RTFB 3BFTA 3ECRA 1QKBA 3PUWE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M5EA 1JP4A 2XX8A 2ZZWA 4GWXA 1Y3PA 5K2YA 3C34A 4MAGA 4H0WA 2HQ0A 2X7QA 1Y1MA 4NF8B 2QS2A 3QSLA 4OVSA 1PBPA 1LAXA 2OK2A 1WDNA 3LSLA 5L9SA 3FXUA 3DP4A 3THIA 3DM0A 1LCFA 3LC8A 2FVZA 1B05A 5LOMA 4QFNA 1UQWA 3LV0A 2DE4A 4R72A 3KEIA 2Z8FA 4XEQA 2ANJA 4AS5A 4PDDA 1LFGA 1FPEA 3CI8A 1M5DA 4OYVA 2O6AA 3EHTA 1AMFA 4ZEDA 2Y84A 3RN8A 3IR1A 4RPNA 3FJ7A 4N91A 3UORA 3GLBA 5AA2B 1LBBA 5B7DA 4PDHA 4DCYA 1Y9UA 3LUZA 3RT6B 4YKPA 5TU0A 2PFYA 1N7WA 2Z23A 2XD3A 3QK6A 4RA1A 4PETA 4F1YA 3TTMA 1IITA 2CEXA 1UTBB 3KN7A 1FJ9A 1NUWA 3B50A 5EYHA 1LEVA 3K1NA 1R9QA 4TLLB 3B6WA 1JEVA 1FSAA 1FCKA 1B2HA 2REJA 5DVJA 1OMPA 4RK2A 3PUZE 5FTIA 3FGSA 1MH4A 4O3CA 4MMPA 1QUIA 1CNQA 4O7MA 1PC3A 5H8FB 1MRPA 4RK9A 4KQPA 4F3BA 4NF4A 1WVJA 1OVTA 4QHQA 1Y3NA 4UACA 5CRYA 2QSXA 1JQFA 1YZ0A 3B6QA 5FHOA 1UIVA 1NV5A 1UTHB 2HHMA 1MDP1 3N6TA 1XHYA 2UYFA 2Z8EA 4OFLA 2PMSA 2RC8A 2V93A 4MX6A 3V8XB 4G2ZA 5A5XA 4ZEFA 3KOTA 4P1EA 3RPLB 3KFMA 4DDDA 3ZS6A 3G7WA 4F3PA 5EQ8A 5J16A 2V25A 2AYSA 2GHAA 5IAIA 1FPKA 5T3JA 3HSTA 4F1VA 5F7VA 1QGXA 2KR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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