3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
molecule tags Allergen
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
4HTGA 4F2QA 3FZVA 1P1QA 2HXWA 1QW0A 3KSJA 3TTLA 5H8FA 2XX8A 2O69A 2DXRA 3AXFA 4TOZA 2YLNA 1MXZA 1CE2A 4BDRA 3HV1A 1LB9A 5I57B 2QRYA 1A99A 1YPNA 3K01A 1HSJA 4JWYA 1EU8A 4ESXA 2UYFA 2UYEA 2NXOA 3C31A 5FHNA 4G68A 2Z8DA 2Y7WA 3ZKLA 1FQBA 2DWJA 4F3BA 1UTHA 1JQFA 1PBQA 2V93A 4FEBA 1I69A 1H44A 2Z8FA 2ANJA 3SEWA 2VHAA 4QFPA 3KZGA 1P1UA 3PPQA 1SBPA 1B32A 3H3GA 4G4PA 1AL3A 1N84A 4NEDA 4Q5TA 1LFHA 3TUSA 3KOSA 4ZDMA 1MY3A 4U21A 1EZOA 1URSA 4TQUQ 3KJ7A 2AYSA 4FATA 3WAFA 1ZMGA 1MXVA 5I57A 1MG1A 5AA2D 1IEJA 1VSOA 3OSQA 3MP8A 4OESA 1MS7A 3TKDA 3K1MA 3R6UA 4Z0IA 3MZBA 3S9EA 3MC2A 1JEUA 3PMWA 4XIGQ 1CB6A 5I58B 4YZZA 4THIA 2FNCA 3A3CA 3Q28A 3TZAA 4XKNA 1PB7A 3U8QA 1LCFA 3FATA 2F7CA 1LFGA 1FCKA 3CSBA 3IOVA 3DP8A 5JTYB 2XXPA 1N0TA 1M5FA 2UVHA 4H67A 2E1SA 3PGFA 4ZEIA 2XXYA 3RTWB 1B46A 3O97A 3E9XA 4AB6A 5I2KB 1Y3PA 2D5WA 3IB0A 3K1PA 5DVIA 2R9JA 4EF1A 2F34A 1MM7A 2ONRA 1H76A 4F22A 1P99A 3RLFE 4NF8B 3K6VA 5I58A 1MQDA 4KHZE 4X1BA 1I6BA 3TELA 3U1OA 4C0RA 4EQ7A 3N5LA 3ZS6A 4BDNA 2I6EA 4YAHX 2F78A 2Y84A 5FHMA 4QRZA 1A8EA 4QFNA 3MJNA 4Z7EA 4LVQA 1MPDA 3HHGA 4MF3A 1NKXA 3PD9A 1DMBA 2OJTA 4FE8A 3ODBA 1NNTA 4ONYA 1NNFA 1S50A 2P1SA 5HM4B 3G7WA 4R74A 5I84A 3CG1A 3B6WA 1GR2A 2UVJA 3T22A 4KYEA 4XXUA 3GBAA 4BLAA 3T9VA 3A09A 5I2KA 3G3KA 2O7IA 2X7QA 4OFJA 4ZEKA 1JVYA 2DQVA 4GRKA 5F1QA 2UVGA 3IJOB 2Z23A 3GBBA 1JEVA 1VFDA 2QMWA 1FTKA 4WKMA 3TQLA 4PFYA 2Q88A 3RPWA 1PB9A 2ZNSA 2AL4A 4LUBA 3E3KA 1POY1 3M3FA 1LCTA 3FJGA 4OWDA 1FTOA 1OIBA 4QF9A 4BDOA 4BDQA 1FTLA 3DP4A 4FECA 3KFMA 1LFIA 5CBRA 2V3TA 2F35A 1TXFA 4HW8A 2B65A 4GIZA 2ABHA 3IL1B 2BJJX 3MVWA 3FIRA 1LB8A 4F3PA 1SW2A 2ESNA 3IAZA 4RJZA 5TPAB 4RPOA 2F5XA 3QSLA 4R6HA 2DWAA 1PC3A 4R9FA 2V3UA 1B40A 1ANFA 4RPNA 1N3XA 1IZ1A 2DSFA 1BP5A 4U4XA 1PB8A 4GFRA 5JK4A 4JSOA 3MBPA 4H5FA 1N76A 4RK9A 3PMXA 3L6GA 4P0IA 4LATA 2ZYOA 3C4MA 1DTZA 3S9NC 3H03A 4YKJA 3FJ7A 4ZECA 4GLIA 5I2NB 1FQAA 4H5GA 4GOTA 2Y7PA 1YTVA 2QSXA 3THIA 3Q26A 1POTA 4F3GA 1RYOA 3PUYE 3KEIA 3P7IA 1M5EA 4XTCQ 2E0SA 4WXJA 1D4NA 4G8HA 3K6UA 4KFQA 3G3HA 1B0LA 2FYIA 4PETA 4PFWA 3FXQA 4WEDA 3RT8A 4QFOA 1JETA 1MY1A 4QSDA 1M5CA 5H8NB 1IIWA 1B5HA 3UIFA 1GVCA 2QMXA 4F31B 1LBCA 3LSXA 1RYXA 3QXMA 1B3FA 3PMVA 2HZLA 3PPRA 1Q1KA 2QS1A 3EN3A 1I6AA 4RXLA 2I4CA 1OMPA 5I59B 1LAHE 1US5A 1MQJA 4ECFA 2ZNUA 3LUYA 4I9DA 1QKBA 1LAXA 1SW5A 5H8FB 3CFZA 4OVJA 1P1NA 3VXBA 3CI8A 2P0SA 2O68A 2LAOA 3OMBA 3O66A 3O28A 5KDTA 5K2XA 2O1MA 3T93B 1UIVA 2XXVA 4R72A 1MH3A 4OERA 3VLWA 4LQ5A 4POXA 1SYHA 5H8NA 1TWYA 3ECRA 3ZSFA 1N7WA 2DXYA 3I3VA 2ALUA 2Z22A 3SERA 2XXWA 3DLNA 2PT1A 3H6VA 2ZYKA 2I3VA 4NWDA 3FVKA 3MVZA 1UTHB 1O64A 3WAEA 4M4GA 3S9MC 3C36A 4ZZEA 3TPAA 5I59A 1XT8A 3BKIB 5H8SA 2IA4A 1JNFA 5EHMA 3W9WA 2NOOA 3H6UA 2VP1A 1MY0A 2OK2A 5CBSA 1H43A 4JDFA 5IAIA 1NMUA 3W9VA 2QS4A 4LZ7A 1GTKA 4LA9A 4PQJA 3PUWE 1D9YA 3OO6A 3UV1A 4YU0A 3I6VA 1M5DA 3CIJA 3KJTA 1AIVA 5A5XB 1MXXA 3MP1A 4RNSA 4N13A 1B52A 2KLFA 1TT1A 1R6ZA 4JB7A 4YMAA 3IX1A 4DE8A 4R2FA 2X7PA 1A55A 5LOMA 1B4HA 4IY5A 5L9OA 5TU0A 2P2AA 2DVCA 3B6QA 4HCWA 2I49A 2F6GA 1SW4A 1DTGA 3N94A 3MZ1A 1XHYA 4GWOA 1MXYA 4GL0A 3VE1B 4HCYA 2F36A 3K1NA 2W7YA 4KYSA 4EXKA 1J1NA 3PUXE 1XVYA 1MM6A 5FHOA 3E13X 4OMBA 2PBWA 1SVXB 3KN3A 4JBZA 1B7ZA 5A5XA 4ZE9A 1B3HA 1VE4A 1ZIUA 2FA7A 1OQHA 5CMBA 1OLAA 2GRVA 3TDJA 4ZEBA 1XVXA 5CRYA 4O3CA 3T9HB 4KCDA 4P0GA 5DEXA 1OVTA 1IQ7A 1NFTA 4MBPA 5ITPA 2DP8A 5KZTA 3VLUA 4LZ5A 1SYIA 1MY4A 3N26A 3OO9A 1FTJA 1FQFA 1B7HA 2HFBA 4OEUA 4ZZAA 5HBCA 4X1DA 5K2YA 3SDFA 1BTJA 2VGQA 4X9TA 1B1XA 5HPQA 4IO5A 4F1UA 3F11A 1Y1ZA 4FEDA 1SW1A 4EUOA 3U72A 1IXHA 4G68C 4OEVA 3U94A 4XKQA 1LAGE 3MPLA 2RINA 2G29A 3OEKA 1UTBB 5FTHA 1JW5A 1MXWA 3M8UA 3K4UA 1QUJA 3S9LC 4GXAA 2VOZA 1DPPA 3V5AA 2VD3A 1BIYA 3HCQA 3M3LA 1B1HA 4R73A 2XXTA 5ICQA 4KPTA 5DYHA 4EQBA 2Y7RA 3GZGA 4Q0CA 4YMBA 4EQ9A 3MZ9A 5I56B 2I4BA 3TYHA 5F7VA 1DPEA 1NH7A 2RC7A 3LBSA 1DOTA 2DOJA 2HCAA 4DXCA 4P11A 4R6YA 2Q2CA 2Y7IA 3K0VA 4DZ1A 3VVEA 3K2DA 2I58A 2B3FA 4ELPA 1NNKA 1AH5A 3H4ZA 3E4RA 5L9SA 3DELB 3C9HA 1B5IA 1UTBA 4ELRA 3PUVE 4OFLA 2Y7KA 2DS9A 3PUZE 3TEPA 1H3DA 3V83A 4LQ2A 1SDXA 3K6WA 4NMYA 3PPPA 4N6PA 3VV5A 3D4GA 4G8MA 3FGSA 5I56A 3O9PA 4KD5A 4G8NA 4GD5A 3G3GA 3QIMA 4AQ4A 3LSFB 4NF5B 2XD3A 4H6DA 5H8QB 1R1NA 4OZ9A 2QL3A 2XXRA 3TCFA 2F7BA 4GXSB 2F8DA 1B5JA 1PEBA 4UA8A 3LSWA 4YB7A 3OSRA 3JYRA 3RT6B 3PU5A 2OBGA 3BFTA 1YAEA 1Y3NA 2PT2A 3FVNA 3SEXA 4DIGA 3VDFA 2RF1A 4ISUA 2RCBA 4DCXA 1ZJLA 4BDMA 2M8CA 3MVYA 3CSGA 3MP6A 1R9QA 1SI0A 3C32A 3KBRA 2XHDA 1IXGA 4M1VA 5JEIA 4TLMB 3IORA 1R9LA 4DLDA 1EZ9A 2ZYNA 2HAVA 3FD3A 1KWHA 2R6GE 4QSCA 3U92A 3HSTA 4NF5A 4XKRA 4ZEFA 5H8QA 2X26A 4EXLA 3ILUB 3LR1A 1LSTA 3IO4A 2RKMA 2V25A 1JVXA 1EH3A 1MDP1 1B7UA 1PBPA 3SETA 4RY1A 1P1OA 3IB1A 2RC8A 2R71A 5KDTB 3PD8A 5J1DA 4KCCA 5BUUA 4NE4A 1B51A 4F1YA 5ITOA 2AIXA 1FTMA 3MAMA 2O84X 1JW1A 4PFTA 1DSNA 4OHNA 5EYFA 3OXNA 4JXIA 4OQOA 2D3IA 4IO7A 2F97A 3IK6B 5DVJA 3K00A 4OFOA 4N07A 2REGA 2O6AA 1F9BA 3LC8A 3ILTB 1TFDA 3CFXA 3CFLA 1B58A 4LP2B 1N3WA 3H6TA 4LONB 3CR9A 3FUZA 2H99A 2ZNTA 2H98A 4IO3A 1Y20A 4RYAA 4F2OA 4O3AA 4IY6A 4ESWA 2UXAA 4U22A 2REJA 1QJMA 1JW4A 3FASA 4YB6A 2Q2AA 1US4A 2XX7A 1MXUA 1SD3A 4DDDA 5L8DA 4R2BA 5ICTA 3TFLA 1Y1MA 4L17A 1MPBA 1B05A 4H1XA 3EF7A 2H25A 3PPOA 1LLSA 4ELOA 5CMKA 3CVGA 1XS5A 2CMOA 3L6HA 3T96B 1MPCA 4I62A 1T0KA 4ELQA 3H06B 3VXCA 1B2HA 3RNNA 2DWIA 3O2AA 4QSEA 2GHBA 1PDAA 1RKMA 1A54A 3IB2A 2XXXA 3USDA 3UGWA 1P1WA 2PX1A 3S2VA 2O51A 1B3GA 3TMGA 4RA1A 3OELA 4YKIA 3A3UA 2V3QA 2F7AA 3UA8A 2PYYA 2THIA 4OETA 2O7UA 1URGA 2D21A 2GFEA 3VVFA 3FXUA 1UIUA 1Q35A 2PVUA 2QS3A 3O6IA 4GL8A 2DE2A 3FV2A 3VVDA 4QFKA 1IXIA 3V89B 1II5A 1IUDA 2PMSA 2OCUA 1QUKA 3SESA 4ND9A 5CMCA 4NF6B 1SI1A 2B3BA 4LZ8A 4MLQA 1H45A 4FJPA 5DEXB 4C1TA 3TTNA 3FJMA 2XXIA 1GV8A 4POWA 2G93A 2VD2A 2HAUA 2YPNA 4G77A 5H8HB 3SEUA 2HQ0A 3SEVA 4TLLB 4ZE8A 3OEMA 2NVUB 3D4CA 1D9VA 3ZKKA 5AE4A 3KGCA 1QVSA 3K6XA 5AA3A 3C33A 1B9JA 1B6HA 2Z8EA 3ONMA 1XC1A 1EZPA 1LGBC 3KSXA 4NTLA 2DVZA 2OLBA 4ZS9A 1USYH 1ELJA 3MUQA 4E0WA 3UORA 3PV0E 3QK6A 4BDLA 4NF6A 2RC9A 1NH8A 1FQEA 1ATGA 5DT6A 4YB5A 3FVOA 5EHSA 4F3SA 4KR5A 4R9GA 2DE3A 1WVJA 3MWBA 3BBRA 4QHQA 2UVIA 4IGTA 1UQWA 5H8HA 1USYE 4MFIA 4PP0A 3GXAA 5ELVA 3V8XB 1AOVA 4OXVA 4DXBA 3MW0A 3C35A 4U23A 2I0BA 1ZBMA 1IXCA 1YCJA 5TP9B 4C1UA 1B4ZA 4AB5A 5L9MA 5M2VA 4K3FA 3EHTA 4F1VA 4H8JA 5BWJA 5CM6A 1M5BA 3UN6A 1S7YA 3IOWA 2GH9A 3Q29A 4FORA 1Z7ME 3MVXA 2I48A 3SKPA 1Y4TA 2OWTA 3O29A 1L5TA 1URDA 2I3WA 4F19A 1N04A 4NF4B 1ZKBA 3EHUA 1A7LA 1NNPA 1O7TA 2ZYMA 4JWOA 2Q8JA 2HZKA 2DE4A 3BFUA 4JSDA 1NL5A 1B3EA 3UP9A 2H9BA 3TTMA 1OQGA 5B7DA 4GVOA 2XD2A 5DVFA 5TP9A 3N6UA 4ZEDA 5FTIA 3C34A 2XX9A 3G3JA 3H7MA 1QKAA 5JTYA 1B0HA 2CZLA 3TAJA 3EQ1A 4R6KA 5AA4B 4O3BA 4E0XA 1B3LA 3Q25A 4JWXA 2ONSA 1MQHA 1HSLA 3OOAA 1LAFE 2IEEA 3LSLA 4U4SA 1FQDA 4FIMA 4NWCA 4IO6A 2A5SA 5KCJB 1FQCA 1QUIA 4U1OA 4WEPA 3HO7A 4KYDA 4NF4A 3IOUA 1IITA 4NF8A 5AA2B 3KOTA 2ZXTA 2XXQA 3VFJA 3W15C 4U1ZA 4XKPA 2ONKE 3TTRA 2GHAA 4FAJA 3RTFB 1XOCA 5DTBA 4IGRA 5AA4A 1OLCA 4H8IA 3IO6A 3TCGA 1VFEA 2AL5A 4IB2A 3RUMA 4GF8A 1SQYA 5KCJA 3JV9A 3TODA 4OTEA 3EPEA 1Y4CA 1MDQA 3O6GA 3JZJA 5IKBA 1FW0A 3QAXA 4QFLA 4OENA 1Y9UA 2F6PA 3OENA 3R7XA 2A5TB 3U93A 3OO8A 4G2ZA 3UK4A 3K02A 5AA2A 1I6QA 4EF2A 4YKKA 2NUVA 1BLFA 1WDNA 1D3KA 3N6TA 4DCYA 5B70A 3FVGA 2H4IA 4YKPA 3T66A 4F39A 1MRPA 2Q89A 3KN7A 3IR1A 1AMFA 4RK2A 4MH5A 1ZLQA 1ZU0A 1WODA 5CC2A 1Z7NE 3PPNA 4U2RA 4IO2A 4OYVA 2QS2A 3MQ9A 3G3IA 2NWJA 5CI5A 3I5OA 3CG3A 3QUFA 1N7XA 2ZMBA 4X48A 4R75A 4I8CA 5TPAA 3RGYA 3EHSA 3H6WA 4Q8RA 2RCAA 3B6TA 3O6HA 3OD7A 3KN8A 4KI0E 3DM0A 3QUJA 4I1DA 2A5TA 1MQIA 4EDPA 1MH4A 3OO7A 1HSEA 5ISUA 2OZZA 1S9TA 4UACA 3SEYA 2QPQA 3MPKA 4HS7A 1ZTYA 3TCHA 4DXUA 2Q9TA 5I2NA 4H0WA 1MY2A 3FV1A 3B7DA 3T9XB 1Y3QA 4MLVA 3RY3A 4GQOA 3GLBA 4F29A 2DWHA 4Q30B 2V84A 3Q27A 3VLVA 1TFAA 1LBBA 4KQPA 3HPIA 3DP6A 2XXHA 1GGGA 3IJXB 3QYTA 1QULA 3T9UA 2H5YA 3M3KA 1VR5A 4YICA 2QJEA 1O63A 1A8FA 1OVBA 1A40A 3RQTA 2HEUA 3RN8A 2O1LA 5CMMA 3KG2A 4PE5B 3IOTA 3TTKA 3G3FA 1BKAA 2I0CA 3TQWA 3S4UA 3HHFA 3HN0A 4IO4A 3FXRA 4G68B 2WKYA 4F18A 4H65A 3R26A 3CRBA 4PFUA 2OWSA 5AA1A 2DYXA 2XXUA 1MQGA 2YJPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HTGA 4F2QA 3FZVA 1P1QA 2HXWA 1QW0A 3KSJA 1NV3A 3TTLA 4HE1A 5H8FA 4PTKA 5LTCA 2XX8A 2O69A 1LBXA 2DXRA 3AXFA 4TOZA 2YLNA 1MXZA 2L5VA 1CE2A 4BDRA 3HV1A 2WBBA 1LB9A 1FPIA 5I57B 2QRYA 1A99A 1YPNA 1FJ9A 3K01A 5ESYA 1HSJA 4JWYA 1EU8A 4ESXA 2UYFA 2UYEA 2NXOA 3C31A 4GWWA 5FHNA 1DBZA 4G68A 4AS5A 2Z8DA 2Y7WA 3ZKLA 1FQBA 2DWJA 4F3BA 1UTHA 1JQFA 1PBQA 2V93A 4FEBA 4PAKA 1I69A 1H44A 2Z8FA 2ANJA 3SEWA 2VHAA 1IMCA 4QFPA 3KZGA 1P1UA 3PPQA 1SBPA 1B32A 3H3GA 4G4PA 1AL3A 1N84A 4NEDA 4Q5TA 1LFHA 3TUSA 4XFEA 3EKIA 3KOSA 4ZDMA 4P1EA 1MY3A 4U21A 1EZOA 1URSA 4TQUQ 1BP1A 3KJ7A 2AYSA 4FATA 3WAFA 5EQ7A 1IMDA 2FVZA 1ZMGA 1MXVA 5IGAA 5I57A 1MG1A 2JJKA 1XI6A 3KC0A 5AA2D 1IEJA 1VSOA 3OSQA 1BK4A 3MP8A 4OESA 1MS7A 3TKDA 3K1MA 3R6UA 4Z0IA 3MZBA 3S9EA 3MC2A 1JEUA 3PMWA 1NV4A 4XIGQ 1CB6A 5I58B 4YZZA 4THIA 2QVVA 2FNCA 1KA0A 3A3CA 3Q28A 3TZAA 4XKNA 1PB7A 3U8QA 1NV0A 1LCFA 3FATA 2F7CA 1LFGA 1FCKA 3CSBA 3IOVA 3DP8A 1FSAA 2HXRA 5I5PA 5JTYB 2KQZA 1N0TA 2XXPA 1M5FA 2UVHA 4H67A 2E1SA 3PGFA 4ZEIA 2XXYA 3RTWB 1KA1A 1B46A 3O97A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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