1RKMA

Structure of oppa
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Binding protein
total genus 170
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1rkmA02
5ISUA 1A8FA 5IKBA 1B4ZA 2D21A 2PVUA 3LR1A 5KCJA 1NH8A 1B4HA 1S9TA 1IXIA 1QVSA 1BKAA 4PFTA 3WAFA 3PPRA 2GHBA 1OVTA 4O3CA 3TUSA 1B1HA 3PPNA 3UK4A 4F31B 3H3GA 4OEUA 3OD7A 4YKIA 1FQDA 1B5IA 2HFBA 4RNSA 4JDFA 4PFWA 5CM6A 1XT8A 3SEVA 3OO8A 1YCJA 5J1DA 1VSOA 4DCXA 3CG3A 3QK6A 3CHGA 3CI8A 3ILTB 2ZYKA 4ISUA 2XXRA 3MVWA 4PQJA 2XXWA 4U4SA 1XHYA 1VE4A 1Y4TA 1OQHA 3E4RA 5ITPA 3UGWA 2QS4A 3HHFA 2I6EA 4QFKA 1FCKA 1B3EA 4YKPA 3LSWA 4F22A 1H76A 2DWJA 1EZPA 2PX1A 3CR9A 3GZGA 3TQWA 3DRHA 1WDNA 4GL0A 4RXLA 1US4A 3U93A 1LCFA 1LB8A 4O3AA 4XKNA 1BTJA 1XOCA 3I6VA 2V84A 1B2HA 1JVXA 3VVDA 1B5JA 4MFIA 4QFOA 3IR1A 3VE1B 3H4ZA 4NEDA 4ELOA 3MVZA 4F2OA 2NUVA 5CRYA 2UVJA 1QUJA 4PFUA 3DP4A 1AL3A 4JWOA 4GLIA 5I58B 1IXHA 4OESA 2B3BA 3VLVA 1P1WA 4MBPA 1SYIA 5B7DA 1USYE 1JW5A 3RUMA 4R6KA 2DE2A 1BP5A 1KWHA 3S2VA 1QW0A 5BUUA 2OLBA 4NF8B 2AL4A 1P1NA 4RPNA 4ECFA 3DRGA 1MRPA 3KN8A 3MZ1A 5AE4A 2UVGA 3THIA 3MAMA 3KJTA 2D3IA 3R26A 5AA2A 2HZLA 1PBQA 4IO2A 4ZEFA 4GIZA 5HM4B 1TXFA 3T9XB 3H6VA 1HSEA 3PU5A 4QSEA 5TP9A 5AA1A 2Q89A 1B3LA 5H8HB 4OXVA 5FHOA 4TLLB 3SEXA 1VR5A 1AIVA 3K01A 3PUWE 3EF7A 3SEWA 1QJMA 1ZJLA 3Q27A 3FTOA 4KPTA 2UVIA 4X9TA 4RA1A 3PV0E 1MY1A 5I59A 1QKAA 1XVXA 1R9LA 1UTBB 2DYXA 1FQAA 1MXVA 2DXYA 1N76A 3RLFE 2F35A 4H5FA 4PP0A 1LSTA 2V3UA 5L8DA 1EZOA 1NNKA 3V8XB 2ZNUA 4OVJA 3K1MA 4ZE9A 1JVYA 3K2DA 2NXOA 4NF6A 3O6GA 3IOTA 1TT1A 3OXNA 3TELA 3PMWA 4OEVA 4DXUA 4Q5TA 3S9EA 1VFEA 3OSRA 1MDQA 1B58A 3VV5A 1EH3A 1P1UA 2B4LA 3K02A 1AMFA 5L9OA 1PB7A 2VD2A 4Q8RA 4ELRA 3SETA 2YLNA 3TTLA 2O1MA 5KDTB 3O66A 2DOJA 3QUJA 5ITOA 1B0HA 4G68A 2XXVA 2QMWA 4RK2A 1ZMGA 3KBRA 3ONMA 1NNTA 3CVGA 3MP8A 3C33A 4GOTA 1MY4A 1NNFA 3OEMA 1Y20A 3RTFB 2RF1A 2Y7RA 1IZ1A 4F1UA 2DVCA 2V3TA 2Y7KA 2O7IA 4R9GA 3LVUA 3MUQA 3FJMA 1LCTA 4FORA 2F34A 4LVQA 2XXUA 3KZGA 2ONKE 4G77A 4QSDA 3CSGA 1O7TA 1JW1A 4ZS9A 3ILUB 1F9BA 4N07A 1Y3QA 1SW5A 1D3KA 3A09A 4ZEIA 3T9VA 2DWAA 2G93A 3IOWA 4KYEA 4IY5A 1A99A 3H6UA 3E13X 5FTIA 4U1ZA 2RKMA 2DQVA 3FXUA 2RCBA 2F5XA 4R6HA 5AA3A 1NH7A 1MH4A 5CMCA 3V5AA 1M5BA 4POXA 4AQ4A 2WOLA 1N7XA 4OETA 4YICA 4LUBA 4LZ7A 2GFEA 4Q0CA 4YB7A 1R1NA 1Y3PA 2F97A 3DP8A 4ZDMA 1M5DA 4KHZE 5CMMA 2YPNA 5JTYA 3C32A 1II5A 1OQGA 4YAHX 3K1PA 2XXQA 2NVUB 1IIWA 4MLQA 3DRKA 1I6QA 3RTWB 3JV9A 5I2NA 5CI5A 5H8NB 3A3CA 1BLFA 3OENA 3KGCA 3FVKA 4KCDA 2FNCA 2VHAA 4GXAA 4IO3A 2OWSA 2OWTA 4EQ7A 3U94A 2Z8DA 3FV2A 4BDQA 2M8CA 3OO9A 3TKDA 2VP1A 4OMBA 5A5XB 3HN0A 1O64A 1EZ9A 2QS1A 1H43A 3FVNA 4G4PA 1NL5A 3R6UA 4ZZAA 4NF4B 3IAZA 2O51A 2A5TB 4DDDA 3FXRA 3DRFA 4H8JA 3DP6A 3R7XA 4RK9A 5EYFA 1L5TA 1QUIA 1Q1KA 5DVJA 2D5WA 1OMPA 5I58A 2UYEA 4OFOA 1FTOA 4ZEDA 1MQDA 4RYAA 2LAOA 4GXSB 2Y84A 4XTCQ 1SW4A 3GBBA 2X26A 4LZ8A 1ZKBA 2H5YA 4LP2B 2B3FA 3DRJA 3M3KA 4RJZA 1A7LA 4P0GA 5DEXB 3TCFA 2WKYA 5F7VA 2X7QA 1JW4A 3FIRA 2V93A 2DSFA 4GFRA 2R71A 3VVFA 2ZMBA 2Z8FA 3G3HA 2DWIA 1B46A 4UACA 3TMGA 1XS5A 3SDFA 5H8HA 1B3GA 4Z0IA 1LLSA 1O63A 2AL5A 2ZYOA 3G7WA 4LQ5A 5I84A 4IO4A 2DS9A 3K1NA 3BBRA 3ODBA 5CMBA 1ZLQA 1NMUA 1I6AA 3SEUA 1S7YA 3P7IA 4ONYA 1PBPA 3UN6A 4DXBA 3B6WA 1YPNA 3G3GA 4FEBA 3H7MA 3B7DA 4OHNA 3A3UA 5DVFA 3QAXA 1JETA 3FGSA 3QUFA 2HEUA 4YU0A 4ELQA 3IB2A 4TLMB 2QRYA 5LOMA 4P11A 3G3JA 4H67A 2B65A 1HSLA 4R2BA 2PBWA 1I69A 4GD5A 3PAMA 4M4GA 3KJ7A 2I4BA 2Q8JA 4DCYA 3O9PA 1H45A 4FJPA 1LBCA 1RYXA 3JZJA 3FD3A 3H06B 4NMYA 4BLAA 3HSTA 4C1TA 4XIGQ 5AA4B 1MG1A 1IXGA 4N13A 4OENA 3PMXA 1FW0A 3W9WA 2UVHA 5KDTA 2Y7PA 4KQPA 3V83A 3BKIB 3CFXA 3CFZA 1LAHE 1T0KA 5TPAB 4HTGA 3SERA 4R9FA 3B6TA 3OSQA 1GV8A 3KEIA 3IX1A 2VOZA 3K6UA 1Y1MA 4FECA 1ANFA 3C36A 4I62A 4IY6A 3OMBA 2HQ0A 4H65A 2HZKA 4EUOA 3MBPA 2ZYMA 3RT8A 4LATA 3RPWA 1POY1 4QHQA 4OZ9A 3PGFA 4P0IA 3HO7A 4FAJA 1GVCA 1M5CA 2DXRA 3KOTA 3M8UA 2GRVA 3K6WA 3HPIA 3O6HA 4WEDA 2G29A 1J1NA 3C9HA 4HCWA 3VVEA 1IQ7A 4X1DA 1N3WA 1URSA 3MZ9A 3F11A 2XD2A 4IO7A 4I9DA 3TODA 5I56B 3OELA 3IO4A 4N6PA 4ZEBA 5H8FB 5HBCA 2YJPA 5ELVA 3HCQA 2I49A 1LAGE 2Y7IA 4C1UA 1B5HA 1D4NA 2IA4A 2QMXA 1JEUA 1URDA 3DRIA 3IORA 1MQGA 1GGGA 1CB6A 1ZU0A 4BDNA 4KI0E 1OIBA 4PE5B 2PT1A 4G8NA 1PB9A 3PUZE 2XX9A 3PD8A 3I5OA 3W15C 4H5GA 3KSJA 3MWBA 1XVYA 4OFJA 2RC9A 2Q88A 4Z7EA 4ND9A 4IO5A 1Y1ZA 4XKQA 4L17A 3N26A 3U1OA 2AYSA 3MPLA 3Q26A 3RYBA 5CC2A 5M2VA 1M5EA 1DTZA 3VDFA 1B3FA 3EHUA 3SEYA 1XC1A 1LAXA 5F1QA 1JEVA 3KN3A 3FATA 3V89B 1N84A 2PMSA 1URGA 2Q2AA 3IB1A 3D4GA 3LSFB 2XX8A 2Q9TA 1B52A 5I57A 1D9VA 1Z7NE 4RPOA 3CIJA 4GWOA 3KN7A 3CG1A 1B6HA 4JB7A 4ZE8A 4JWXA 5A5XA 2R9JA 3QSLA 2ZNTA 1MXYA 1MY0A 1Q35A 2A5TA 4UA8A 3E9XA 4KD5A 1PDAA 2GH9A 3BFUA 3RT6B 3VLWA 1UIVA 1MPCA 1YTVA 3FZVA 3N94A 4HS7A 1H44A 1OLCA 3T9UA 3FASA 4G68C 1LFIA 2XXPA 4OYVA 4PFYA 4H0WA 1MDP1 3AXFA 2ZYNA 3VXBA 3OEKA 3I3VA 3RYAA 4IGRA 3RGYA 3C4MA 3K4UA 4F29A 1FTKA 5FTHA 1N3XA 4FE8A 2O7UA 5HPQA 1FQFA 1MPBA 3EQ1A 1MM6A 3EN3A 3FVOA 5L9SA 4NWCA 2CMOA 4HCYA 1MY2A 1USYH 3JYRA 4DZ1A 1QKBA 1B9JA 1P1OA 2DE3A 3CSBA 4WKMA 2XD3A 3OOAA 3VXCA 1DPPA 1HSJA 4QFNA 3QIMA 1AH5A 3FV1A 4FIMA 4DIGA 3RY3A 2F78A 3IL1B 4DXCA 5DTBA 4X1BA 4JXIA 2CZLA 2IEEA 1Y4CA 4TQUQ 2NOOA 4F3SA 3IOVA 3DELB 4OWDA 4LA9A 4R6YA 1WODA 1ZTYA 2ANJA 3PUVE 1RKMA 2Z22A 1UQWA 1B0LA 2O84X 4QF9A 4DE8A 5JEIA 1QUKA 2I58A 2I48A 1SVXB 1MXZA 3LUYA 3DM0A 3LSXA 2WOKA 1N04A 4GF8A 1BIYA 3PD9A 2ZNSA 1H3DA 2O1LA 3PUXE 3PUYE 1N0TA 4LZ5A 3T96B 4ZEKA 5I2KB 4JSOA 3Q25A 4KYSA 2OZZA 1OVBA 5AA4A 2V3QA 4U23A 2I3WA 3GBAA 4FATA 1MQHA 4NF5B 4MF3A 3VLUA 4ESXA 4H6DA 1MQJA 1SYHA 3QYTA 2VGQA 3H6TA 5TPAA 3MJNA 3TCGA 1B3HA 3L6HA 4IO6A 1NKXA 4YMAA 3Q29A 3USDA 2F36A 2O6AA 3TDJA 4NF8A 4G8MA 4K3FA 3IO6A 1SD3A 3IB0A 3O28A 4R2FA 1TWYA 1A55A 2HAUA 1S50A 4Q30B 4EF1A 4GQOA 5FHMA 4KR5A 3PPPA 3MP6A 3O6PA 2OJTA 4KFQA 1D9YA 4U2RA 3MPKA 4NWDA 3SESA 2RCAA 4U4XA 3T66A 5KZTA 3S9MC 1UTHB 4WEPA 4AB5A 2E1SA 4MH5A 5I56A 1FQEA 5ICQA 2XHDA 4OQOA 5H8FA 4F3BA 1IUDA 3VFJA 1ELJA 4F3GA 5JTYB 1UTBA 3TEPA 4KCCA 2P2AA 3C35A 3ZKKA 3MW0A 5BWJA 5I2NB 2I3VA 3EHTA 2KLFA 3H6WA 4F1YA 1LFGA 3MVXA 4GL8A 4F1VA 2WOPA 5DT6A 3G3KA 3O29A 2ESNA 3HV1A 4OFLA 5EHSA 4YKKA 3MQ9A 2B4MA 1ATGA 4WXJA 3TTRA 1I6BA 1SW1A 1ZIUA 2RC8A 4U21A 1DTGA 1US5A 4ZECA 4G2ZA 3W9VA 1JQFA 3S9NC 1NFTA 2F7BA 4OERA 2XXYA 3TZAA 4ZZEA 1SW2A 3PPQA 2QS3A 1FQBA 3K6VA 1B7HA 3QXMA 2ONSA 1Y9UA 3FVGA 3FJ7A 2QJEA 4POWA 3LC8A 4OTEA 4QFLA 1R9QA 1RYOA 5H8QB 3FUZA 3T22A 1SI0A 2OBGA 2RINA 3KG2A 2E0SA 5CBRA 1CE2A 2REGA 3IK6B 3O97A 4O3BA 3S9LC 1OLAA 1LGBC 2XXXA 2F7CA 1VFDA 3TTMA 4EQBA 4HW8A 4LONB 5L9MA 2DP8A 2W7YA 3N5LA 1B7ZA 1WVJA 2VD3A 3C34A 4F18A 1R6ZA 5KCJB 3IJOB 1POTA 3UIFA 2H9BA 4E0XA 5K2XA 2DWHA 4NE4A 1PC3A 4XKPA 4U22A 4JBZA 4R75A 5DVIA 4FEDA 3OO6A 1LAFE 3U8QA 2ALUA 4E0WA 2OK2A 4YKJA 5AA2D 1AOVA 1LFHA 2I4CA 2GHAA 2QS2A 2HAVA 3N6TA 2DE4A 1LBBA 1MS7A 4H8IA 2PYYA 1B1XA 1B05A 4F19A 4YZZA 2QSXA 3RNNA 1ZBMA 1GTKA 2F7AA 3K0VA 5TU0A 2Z8EA 3UP9A 4R72A 4BDRA 3G3FA 1PB8A 3K00A 5H8NA 5EHMA 2HCAA 3ZS6A 1DMBA 2QPQA 4F3PA 2F8DA 4ELPA 4I1DA 1DSNA 4YB6A 1EU8A 2QL3A 3TYHA 2H25A 2AIXA 2THIA 4YMBA 4F2QA 4EXKA 1MH3A 2R6GE 4KYDA 3UA8A 3EPEA 4I8CA 3ZKLA 4X48A 1NNPA 5DYHA 1SQYA 4YB5A 4RY1A 3M3FA 4TOZA 1IEJA 1B32A 3DLNA 3TTKA 3CRBA 1Y3NA 2I0CA 3B6QA 3TTNA 3LBSA 3GXAA 1FTMA 2ZXTA 1FQCA 4NF4A 3M3LA 1B51A 3MZBA 1JNFA 4ESWA 5CBSA 3RQTA 2I0BA 2Y7WA 4GVOA 2H4IA 2UYFA 1PEBA 3E3KA 1A40A 5I2KA 2ONRA 3C31A 1GR2A 1SI1A 3G3IA 2P1SA 1A54A 3ZSFA 2PT2A 5AA2B 3TCHA 4NF5A 1MPDA 1MM7A 4EF2A 2X7PA 3U72A 3TFLA 2XX7A 1LB9A 5TP9B 4EXLA 3D4CA 4QSCA 1B40A 4QFPA 5H8SA 1M5FA 2XXHA 1IXCA 3Q28A 1IITA 3IOUA 2O69A 2V25A 3UORA 5DEXA 4BDMA 1TFDA 2FA7A 3WAEA 4BDLA 4R74A 2F6GA 3U92A 3MP1A 5I59B 2FYIA 4IGTA 4BDOA 2A5SA 1DPEA 3GLBA 3TPAA 4IB2A 3HHGA 1UIUA 2HXWA 1UTHA 4F39A 2H98A 4M1VA 5K2YA 4LQ2A 5IAIA 1FTLA 3FJGA 2P0SA 1MXXA 4XKRA 3TQLA 4MLVA 3ECRA 3RN8A 4NF6B 4JWYA 3PMVA 3SKPA 4EDPA 2UXAA 3KOSA 5JK4A 1P99A 1TFAA 2RC7A 1DOTA 2BJJX 1FTJA 2REJA 5FHNA 3L6GA 1MQIA 5CMKA 4XXUA 4H1XA 5I57B 4NTLA 1SDXA 4G8HA 4G68B 1P1QA 4GRKA 3FXQA 3O6IA 2DVZA 1MXWA 1Z7ME 3O2AA 3T9HB 4PETA 5B70A 4R73A 2XXTA 3MC2A 3IJXB 2O68A 3KSXA 1YAEA 4THIA 2NWJA 3CFLA 3OO7A 3KFMA 1MXUA 1B7UA 2OCUA 3PPOA 5ICTA 2ABHA 5H8QA 3S4UA 2Q2CA 4U1OA 2XXIA 3BFTA 4DLDA 3T93B 4JSDA 4AB6A 3TAJA 4QRZA 1QULA 3N6UA 3MVYA 2Z23A 3K6XA 3H03A 1N7WA 4C0RA 1MY3A 2F6PA 2H99A 3LSLA 1SBPA 1A8EA 3EHSA 4EQ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ISUA 1A8FA 5IKBA 1B4ZA 2D21A 2PVUA 3LR1A 5KCJA 4X04A 1NH8A 1B4HA 1S9TA 2P3NA 1IXIA 1QVSA 1BKAA 4PFTA 3WAFA 1DCUA 3PPRA 2GHBA 1OVTA 4O3CA 3TUSA 4JVIA 1B1HA 3PPNA 3UK4A 4F31B 3H3GA 4OEUA 3OD7A 4YKIA 1FQDA 1B5IA 2HFBA 4RNSA 4JDFA 4XEQA 4PFWA 5CM6A 1XT8A 3SEVA 3OO8A 1YCJA 3IFCA 5J1DA 4N8YA 1VSOA 4DCXA 3CG3A 3QK6A 3CHGA 1DK4A 3CI8A 3ILTB 2ZYKA 4ISUA 2XXRA 3MVWA 4PQJA 2XXWA 4NQ8A 4U4SA 1XHYA 1VE4A 1Y4TA 1OQHA 3E4RA 5ITPA 3UGWA 1FPEA 2QS4A 3HHFA 2I6EA 4QFKA 4HXVA 1FCKA 1B3EA 4YKPA 3LSWA 4F22A 2Y5LA 4DI4B 1H76A 4I3YA 2DWJA 1EZPA 2PX1A 4HE0A 3CR9A 4GWZA 3GZGA 3TQWA 3DRHA 1WDNA 4GL0A 4RXLA 5IZZA 1FBDA 1US4A 3U93A 1LCFA 1LB8A 4O3AA 2Q74A 4XKNA 1BTJA 1XOCA 3I6VA 2V84A 1B2HA 1JVXA 3VVDA 1B5JA 4MFIA 4QFOA 3IR1A 3VE1B 3H4ZA 4NEDA 4ELOA 3MVZA 4F2OA 2NUVA 5CRYA 2UVJA 1QUJA 4PFUA 3DP4A 1AL3A 1LBXA 4JWOA 3SZPA 4GLIA 5I58B 1IXHA 4OESA 2R8TA 1IMFA 2B3BA 4P1EA 3VLVA 2VT5A 1D9QA 1P1WA 4MBPA 1SYIA 5B7DA 1USYE 1JW5A 3RUMA 1LBZA 4R6KA 2DE2A 1BP5A 1KWHA 2PFYA 3S2VA 1NV0A 1QW0A 5BUUA 2P3VA 2OLBA 4NF8B 4NHBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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