1RKMA

Structure of oppa
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 170
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1rkmA02
1TT1A 1NNPA 3K2DA 3EHSA 1B3FA 2QSXA 5DYHA 5H8NB 3GLBA 2THIA 4PP0A 3OD7A 1GTKA 3S9EA 4WEDA 2RC9A 4U22A 3KZGA 3IAZA 3MP1A 3E4RA 1AOVA 4ELRA 3G3IA 4G8MA 2UVGA 1POTA 1PBQA 5H8FB 2DE4A 1B52A 3IOTA 1L5TA 3TAJA 1A8EA 2KLFA 1MH3A 3HSTA 3C31A 3MZBA 1RYOA 1H3DA 5I84A 2DWHA 4U4XA 1LAGE 1B5IA 4Q8RA 4RPNA 3FVKA 3G3FA 4ONYA 1ELJA 2XD2A 5CMCA 5L8DA 3BFUA 3IJOB 4OWDA 3ZKLA 2I48A 4NWCA 2Z23A 4RY1A 1P1OA 2I49A 2V84A 3PPNA 3VVEA 2F8DA 1SW4A 1MQHA 1A7LA 1M5BA 2O1MA 2XD3A 2DXYA 3OEKA 3V89B 2XX7A 3IO4A 2XXIA 1POY1 3TTRA 3KJ7A 4H0WA 5BWJA 5CI5A 3EF7A 5I2NB 2RCBA 3KOTA 3Q27A 4F3SA 1TWYA 2HQ0A 5CM6A 4R9GA 4NMYA 4ZDMA 3MQ9A 3OO7A 3IB1A 4H67A 3C36A 1D9VA 5FHMA 3HO7A 4F1YA 4ZE9A 1LAXA 4QFLA 4DDDA 1S50A 4YB6A 2QMWA 3T22A 3FTOA 4GXAA 5TU0A 4JSDA 2H25A 2X7PA 4KR5A 3LSLA 1MXYA 4IO7A 3DP4A 3FVNA 3C34A 2X26A 1PDAA 1NH7A 1H43A 3I3VA 4GFRA 3UA8A 1ZBMA 5AA2B 3FATA 4F19A 1IZ1A 1IITA 4F31B 4RPOA 1IXIA 3PUZE 3PUYE 1LB9A 3O6HA 5I2NA 1QW0A 3TYHA 4F2OA 1R1NA 2DVZA 4G8HA 4OMBA 3D4GA 1J1NA 2QPQA 3EN3A 2REJA 4FJPA 2H9BA 1FQCA 1JQFA 5DVJA 1B0LA 3T66A 3B7DA 4NF4B 2ZNSA 4AB5A 2F97A 1ATGA 3W9WA 4F18A 3IOVA 4WXJA 4ZEBA 3SEVA 4LZ8A 3OXNA 3TODA 3DP6A 3FIRA 2ZYKA 1OMPA 4DXBA 4PFWA 3VVDA 5AA2A 4NWDA 4OEVA 2VHAA 2Q88A 3K0VA 3M3LA 4OZ9A 3UN6A 2VP1A 3CFXA 3FVOA 5DVIA 3CSBA 2VD2A 4OYVA 4TLLB 3QXMA 1LFIA 3RUMA 2ANJA 3FJGA 3TTKA 1FTMA 4KFQA 2R71A 1B3LA 4JDFA 5L9MA 4KYDA 5L9SA 3TCHA 3O6PA 5FHNA 2NXOA 3A3UA 3N94A 4LUBA 3G3KA 4R9FA 3USDA 1IXGA 3TMGA 3CG3A 4LA9A 4BDMA 5I58B 1B4HA 3E3KA 4U2RA 5I2KA 4H5FA 4F39A 4JSOA 4ELPA 1A8FA 4PQJA 3LSXA 1MQGA 2F7BA 2VOZA 1UTHB 1H45A 3VXBA 3O97A 3PUWE 1MQJA 4G68A 2FA7A 4ZEIA 3DELB 4FIMA 1ZMGA 3UORA 3TEPA 1LCFA 4XXUA 1M5FA 3RYAA 1VE4A 1WDNA 4Q30B 3VFJA 1P1WA 5CBRA 4I1DA 2OLBA 3RLFE 2P1SA 4MFIA 5ISUA 3JZJA 4NF8A 3MPKA 2M8CA 2HFBA 1MQIA 3H6WA 1PB7A 1R6ZA 2CMOA 4ESXA 2D3IA 1B32A 1MY4A 1OLAA 4H8IA 3T9HB 4EQ7A 1S9TA 4XKRA 4MBPA 1UTHA 3O6GA 1EZPA 2Q9TA 4LZ5A 3QK6A 1BIYA 3G3GA 3UK4A 1SYHA 5ELVA 3DRHA 4DXUA 2H5YA 4QSDA 1US5A 2XXQA 1FTOA 1Y3QA 2ONKE 1A55A 3TUSA 3K02A 1A99A 1R9LA 1T0KA 4JWYA 3DRKA 3TZAA 1SDXA 1XS5A 3DP8A 3UIFA 1S7YA 3W9VA 1UIVA 3CHGA 2PMSA 2NWJA 2OZZA 3FXRA 4IGTA 1NNFA 2V3TA 2O7UA 4EQ9A 4ECFA 3CI8A 5JTYB 3KGCA 3L6HA 3ZS6A 3PV0E 1RYXA 3T9XB 3PD8A 1B1HA 1QUJA 4DXCA 4QFOA 1LAFE 4G2ZA 1ZKBA 4TOZA 1MQDA 5ITOA 1LLSA 2GHAA 3RYBA 4QF9A 1B5JA 4TQUQ 1SBPA 3FASA 2F36A 3SEUA 2RF1A 3H06B 3VLUA 2QRYA 1OLCA 1PB9A 2F35A 2Y7RA 1B9JA 4IO5A 3KN7A 1AIVA 3C32A 3OOAA 3OO9A 1ANFA 4YU0A 1R9QA 2V93A 3K6UA 4EXLA 2O68A 3KSXA 4NEDA 4PETA 3HHGA 5JEIA 3FJMA 4EDPA 1NKXA 1CE2A 1SW5A 3IOWA 2H99A 3O29A 4ZECA 5JTYA 2XX8A 2DS9A 2XX9A 2X7QA 1UQWA 2QJEA 3V5AA 4DZ1A 3ONMA 3QSLA 3JV9A 4OFJA 3B6QA 4ND9A 1XOCA 4BDNA 3RQTA 3MVZA 4TLMB 5H8HA 4RK2A 3GBAA 3THIA 4KI0E 4R75A 2XXTA 3KG2A 4G4PA 4BLAA 4ZEFA 4BDOA 4LATA 3C4MA 4EF1A 3QUFA 1OIBA 3DLNA 1H44A 4JWOA 3S9LC 2P0SA 4YMBA 3R7XA 1TFAA 3WAEA 1ZJLA 2O1LA 2PT2A 2PVUA 1DPEA 4OERA 3SEXA 3LBSA 4PE5B 2GH9A 1N76A 4KYSA 3N5LA 3Q28A 1P1NA 1Y1MA 4LQ2A 2PT1A 5AA2D 1BLFA 3MVXA 4Q5TA 4F3PA 1XT8A 3BKIB 4ZEKA 3N6TA 2REGA 3FV2A 1MY0A 1II5A 2Q2AA 2F78A 2Z8DA 3MAMA 1PB8A 3VLVA 2PBWA 1NNKA 4X1DA 1B46A 3PGFA 3DRGA 2I3WA 1Y4CA 3LC8A 2AL5A 1B05A 3ZSFA 3RPWA 5CMMA 4P0GA 2AL4A 3QAXA 2OCUA 4F29A 1MS7A 1MXWA 1MM7A 4RA1A 4ZS9A 3T93B 2WOPA 1SI0A 4GXSB 3V8XB 1B5HA 2Y7KA 2HAUA 4U1OA 3B6TA 3CFLA 2XXWA 3E9XA 4QSEA 2R9JA 4GF8A 3O6IA 2XXHA 3O9PA 3VE1B 3KBRA 1NNTA 1MRPA 3TTNA 3TPAA 2RCAA 1CB6A 4R72A 2UVHA 4KHZE 2O51A 3C35A 4LONB 1P1UA 4QSCA 4JXIA 4N07A 1BKAA 4FEBA 2DWAA 2HAVA 4QFKA 1YPNA 4ZZAA 1H76A 1EH3A 3LUYA 5A5XA 5DT6A 3GBBA 3HV1A 3EHUA 3L6GA 4POWA 2UVIA 3M3FA 4RYAA 1XHYA 1JW1A 2V3UA 5IAIA 4N6PA 3FVGA 2Y7WA 3K6WA 4I62A 3QUJA 1N7WA 4U21A 3H4ZA 1IXCA 2DP8A 4KD5A 1LSTA 1MXUA 3P7IA 3DRJA 4AB6A 4R73A 1N7XA 3ZKKA 5AA1A 1US4A 3TQWA 2AYSA 5EYFA 4L17A 4OQOA 1LFHA 1A40A 1BTJA 2Q8JA 1ZTYA 5I2KB 1BP5A 5BUUA 1MDP1 5JK4A 4K3FA 1B3GA 1B3HA 4OFOA 3IJXB 2DYXA 3CIJA 4F1VA 3I6VA 4NE4A 2D21A 1MM6A 2QS3A 3EPEA 1IIWA 1A54A 1ZU0A 3Q25A 4QFNA 2F7AA 4G68B 3K01A 3BFTA 2A5SA 3DRFA 3RN8A 3O28A 5H8SA 4ZEDA 4GIZA 1USYE 3I5OA 1Y3PA 5F7VA 4PFUA 4JBZA 3C33A 3DM0A 1D4NA 1AH5A 2DWIA 1XVXA 4ISUA 1FTJA 3N26A 4U1ZA 2FNCA 4NF8B 4GWOA 5DTBA 1ZIUA 4Q0CA 1EU8A 1LCTA 5F1QA 2O69A 4M1VA 4QRZA 4E0XA 2B4LA 4GL8A 1N04A 4PFYA 3RNNA 1B0HA 4XTCQ 4BDQA 3PMVA 3RTFB 1IQ7A 3FV1A 1B51A 1ZLQA 4YICA 1LB8A 1OQHA 4FATA 3IB2A 4ZE8A 3PPOA 3TKDA 4EUOA 1FQAA 3IO6A 1OQGA 2QS1A 1B2HA 5LOMA 4X1BA 4XKQA 2XXXA 1Y20A 2OBGA 1QKAA 4OETA 1GR2A 3AXFA 4HW8A 1MDQA 5K2XA 3EQ1A 1VR5A 2GRVA 1DOTA 3A09A 4MLVA 4MH5A 4LQ5A 2E0SA 4XKPA 5ICTA 2QMXA 3O2AA 2WKYA 2HXWA 3KFMA 5TP9B 1VFEA 1MPBA 1DMBA 4KYEA 4P0IA 3PD9A 5FHOA 2I3VA 3T9VA 2O84X 4IY5A 3BBRA 3MBPA 2B3BA 1FCKA 1NFTA 2DXRA 4R2FA 1DTGA 2BJJX 4RNSA 4YKKA 4ELQA 3MVWA 3TFLA 4FEDA 1Q35A 3KN3A 2F6PA 2Y7IA 1D9YA 3MWBA 3VVFA 4XIGQ 2B4MA 5HM4B 3KEIA 3B6WA 4IO2A 1MPCA 2WOLA 1SI1A 1M5DA 2CZLA 3KJTA 3M8UA 3G3HA 1MXXA 2H98A 1MG1A 4C1TA 3PU5A 4LP2B 1UIUA 2UVJA 5KCJA 2O6AA 3TELA 4R2BA 3K4UA 3OMBA 4DIGA 1QKBA 3K1NA 5KZTA 2Z22A 5FTIA 3VLWA 3CFZA 5TP9A 3ILTB 1B3EA 3S4UA 4AQ4A 3LVUA 5H8QB 3Q29A 3T96B 1FQBA 4OVJA 1FQDA 1QJMA 1B4ZA 3TCFA 3ODBA 3GXAA 1DSNA 1YAEA 4H5GA 4N13A 2F5XA 1OVBA 4RJZA 3PAMA 1B40A 4IO3A 4KQPA 5H8HB 4Z7EA 4HS7A 2YLNA 3MW0A 1QUIA 5DVFA 3SEYA 3M3KA 4UACA 2WOKA 4OENA 3K00A 3K1PA 2Z8FA 5IKBA 3TDJA 4C0RA 5K2YA 3U94A 1B1XA 3SETA 4E0WA 5TPAA 1QVSA 3QIMA 4IO4A 1URGA 3A3CA 2PYYA 3OENA 3H03A 2ALUA 1VSOA 5H8QA 5HPQA 1IUDA 2XXRA 3LR1A 3RT8A 3OO6A 1Y1ZA 4IY6A 4GQOA 4OEUA 2DVCA 2QS2A 1F9BA 2DWJA 2D5WA 3MVYA 2NVUB 5EHSA 3PUVE 3O66A 2VD3A 2FYIA 1MXVA 4Z0IA 2F34A 3OSQA 2XXYA 3MJNA 3FJ7A 4H65A 4G77A 2I4CA 3LSFB 4QHQA 3OSRA 5L9OA 3TQLA 1N84A 2AIXA 1JEVA 4OESA 2Y84A 4YB5A 2V25A 1MY1A 1O63A 3W15C 4QFPA 4LZ7A 3N6UA 2UXAA 1MY3A 5EHMA 4R6KA 2I4BA 2ZMBA 1HSJA 2NOOA 3PUXE 4MLQA 2DE3A 3C9HA 1WODA 2XXVA 2ONSA 1AL3A 4YKPA 3CG1A 3UP9A 2QL3A 4FE8A 4ELOA 2RKMA 4ZZEA 4IO6A 2RINA 3FZVA 2P2AA 1P1QA 4M4GA 3GZGA 1MH4A 3MUQA 4WKMA 4EQBA 1KWHA 1P99A 5H8NA 3TTMA 3MP8A 3TCGA 4G8NA 2I6EA 5AE4A 1SW2A 2ZYOA 4XKNA 1I6QA 3RTWB 5A5XB 2Z8EA 4RXLA 3JYRA 3KOSA 3RT6B 2ZXTA 5H8FA 4G68C 3ILUB 1MPDA 1JEUA 1AMFA 3IOUA 3EHTA 1OVTA 4I8CA 3HPIA 2XXPA 4GRKA 2GHBA 5ITPA 2F7CA 1RKMA 1N3WA 1DPPA 4YB7A 1NH8A 3R6UA 2V3QA 2XXUA 1FQEA 4F1UA 1XVYA 5B70A 3V83A 5CMKA 1Q1KA 4DLDA 2UYFA 3HHFA 1B7HA 1URDA 4H6DA 2W7YA 1SVXB 1HSLA 4JWXA 5KDTB 1IEJA 4X9TA 2LAOA 4IB2A 4F3BA 2H4IA 4YAHX 3Q26A 1NL5A 3G3JA 1I6AA 4HCYA 3VXCA 4YKJA 1Z7NE 5AA4B 2DQVA 4R74A 2OWTA 4YZZA 3VDFA 4KPTA 4YMAA 1USYH 3PMXA 3IORA 1HSEA 2YJPA 2ABHA 3SEWA 1PC3A 1D3KA 3IB0A 2ZYMA 1YTVA 4HTGA 1LFGA 3FXQA 2GFEA 3S9MC 2F6GA 2B3FA 4FECA 2RC8A 4O3BA 4PFTA 2Q2CA 3MC2A 5CC2A 4LVQA 3H6TA 1JVYA 1URSA 5KDTA 3IK6B 3OELA 2OWSA 3PPQA 1JW4A 3D4CA 3R26A 3S2VA 1NMUA 3H3GA 4F2QA 2ONRA 4MF3A 5AA4A 4C1UA 3UGWA 1TFDA 3G7WA 5CRYA 2ZNTA 3E13X 5AA3A 2ESNA 1MXZA 3IL1B 4F3GA 3HCQA 5FTHA 1YCJA 2E1SA 4I9DA 3KSJA 4UA8A 4POXA 4NF4A 3U93A 4ESWA 4GOTA 1I69A 1MY2A 4U4SA 1GGGA 1DTZA 3PMWA 1Y4TA 3SDFA 3MZ9A 1LBBA 4OFLA 1UTBB 4OXVA 2DSFA 3ECRA 2O7IA 1LAHE 1B7ZA 4OTEA 5CBSA 1O64A 1FQFA 5I59B 4NF5B 2I58A 4OHNA 1EZ9A 1IXHA 2IEEA 2HCAA 4GLIA 1M5CA 4NTLA 2ZYNA 4X48A 2NUVA 2R6GE 4NF6B 5KCJB 3U92A 3S9NC 4EF2A 2XHDA 1SYIA 2DE2A 3OEMA 1N0TA 5M2VA 4H1XA 1B7UA 4GD5A 4R6HA 4FORA 1I6BA 1GV8A 3KN8A 2Q89A 4DCXA 1SW1A 3H6UA 3TTLA 4EXKA 2A5TB 4THIA 2RC7A 3H6VA 1B6HA 5CMBA 5I57B 3PPPA 1QUKA 1N3XA 1JETA 1PEBA 3WAFA 4YKIA 1UTBA 4FAJA 1O7TA 3HN0A 1Z7ME 5I58A 4O3CA 5I59A 4GVOA 4NF5A 4R6YA 4DCYA 1XC1A 3IX1A 5I56B 3MPLA 2B65A 3OO8A 3H7MA 2I0BA 4HCWA 2PX1A 1B58A 4H8JA 3U1OA 4NF6A 2ZNUA 3T9UA 4KCDA 1JW5A 1SQYA 4RK9A 3U72A 5TPAB 4U23A 1VFDA 1SD3A 2OJTA 1JNFA 4DE8A 2UYEA 4BDRA 3U8QA 3LSWA 3K6VA 4F22A 1FTLA 3F11A 3PPRA 4JB7A 2A5TA 1JVXA 2G29A 4GL0A 3RGYA 1M5EA 5I57A 4IGRA 4WEPA 3SESA 1WVJA 2DOJA 1GVCA 1PBPA 4KCCA 5DEXB 3VV5A 4O3AA 1Y3NA 1QULA 1Y9UA 5I56A 3K1MA 2IA4A 3CSGA 3CVGA 2Y7PA 3SKPA 3FUZA 2HZLA 5ICQA 2QS4A 5HBCA 3IR1A 3MP6A 3MZ1A 3K6XA 1FW0A 4P11A 2HEUA 3CR9A 3SERA 2VGQA 1LBCA 3RY3A 2I0CA 3FXUA 3CRBA 3FD3A 1LGBC 3QYTA 5B7DA 1TXFA 3FGSA 1EZOA 2HZKA 2G93A 3DRIA 1FTKA 5DEXA 5J1DA 4BDLA 2OK2A 2YPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TT1A 1NNPA 3K2DA 3EHSA 1B3FA 2QSXA 5DYHA 5H8NB 3GLBA 2THIA 4PP0A 3OD7A 1YYZA 1GTKA 1LBYA 3S9EA 4WEDA 2RC9A 4U22A 3KZGA 3IAZA 3MP1A 3E4RA 1AOVA 4ELRA 3G3IA 4G8MA 2UVGA 1POTA 1NUWA 1PBQA 5H8FB 2DE4A 1IMFA 1B52A 4JVDA 3IOTA 1L5TA 1RDZA 3TAJA 4PCDA 1A8EA 2KLFA 1MH3A 3HSTA 3C31A 3MZBA 1RYOA 1FJ9A 1H3DA 3PTYA 2DWHA 5I84A 4U4XA 1LAGE 2F3BA 4MNPA 1B5IA 4Q8RA 4RPNA 3FVKA 3FXBA 3G3FA 4ONYA 1ELJA 2XD2A 4HE2A 5CMCA 5L8DA 4PF6A 3BFUA 4IR8A 3IJOB 4PAIA 4OWDA 3ZKLA 4PDDA 2I48A 4NWCA 2Z23A 4RY1A 1P1OA 2I49A 2V84A 2WBDA 3PPNA 3VVEA 2F8DA 1SW4A 4GWZA 1MQHA 1A7LA 1M5BA 2O1MA 2XD3A 4G61A 2DXYA 3OEKA 3V89B 2XX7A 3IO4A 2XXIA 1POY1 3TTRA 3KJ7A 4H0WA 5BWJA 5CI5A 3EF7A 5I2NB 2RCBA 4GX3A 4GX6A 2HPGA 3KOTA 3Q27A 4F3SA 1TWYA 1FBDA 2HQ0A 5CM6A 4R9GA 4NMYA 4ZDMA 3MQ9A 3OO7A 1LBVA 3IB1A 4H67A 3C36A 3KC0A 1D9VA 5FHMA 4LN5A 3HO7A 4F1YA 4ZE9A 1LAXA 4QFLA 4MHFA 4DDDA 1S50A 4YB6A 2QMWA 3T22A 3FTOA 4GXAA 5TU0A 4JSDA 2H25A 2X7PA 4KR5A 3LSLA 3BIHA 1MXYA 4IO7A 3DP4A 3FVNA 3C34A 2X26A 1PDAA 1NH7A 1H43A 3I3VA 4GFRA 2QFLA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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