5AE4A

Structures of inactive and activated dntr provide conclusive evidence for the mechanism of action of lysr transcription factors
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
SFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRTRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEARH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
publication title The Solution Configurations of Inactive and Activated Dntr Have Implications for the Sliding Dimer Mechanism of Lysr Transcription Factors.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia cepacia
total genus 60
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A02
1JW1A 4YU0A 3TDJA 1SD3A 4M4GA 5AA3A 4G4PA 3FVKA 1MPDA 3PUZE 4LQ2A 3U72A 4ELRA 1B32A 1CE2A 4H5GA 4EF2A 3PMVA 3OO8A 1M5FA 3N6TA 4F3BA 3OSQA 3VLUA 3Q28A 4H0WA 2R9JA 4H65A 3S9NC 1MH3A 2RF1A 2RINA 1Y1ZA 1FTOA 3KGCA 3ILUB 1FQEA 3VE1B 1NFTA 3R6UA 1GR2A 2ALUA 1B5JA 3JZJA 1A55A 4G8MA 3C32A 1B3EA 5F7VA 1HSEA 2PMSA 5K2XA 4LATA 3MW0A 2QS2A 3LC8A 1AH5A 3O6HA 4Z0IA 4RK2A 2ZYMA 3FXUA 4H8IA 1B51A 1ELJA 3C34A 1DTZA 4GQOA 1JW5A 3M3LA 4RYAA 3PMWA 4GIZA 3H4ZA 2DSFA 3ZKKA 3VLVA 1R9LA 3GXAA 3G3FA 3RPWA 3EF7A 2I3WA 5I57B 3MZ9A 4F31B 4FORA 5CMMA 3FJMA 4PFWA 4ND9A 2Y84A 1R6ZA 5H8QB 3USDA 1LFHA 5IKBA 2I0CA 5FHMA 3EHSA 3N6UA 4XKRA 2P0SA 4OETA 2ZXTA 3M3KA 5H8NA 1YPNA 3KZGA 4NWCA 1B05A 4HW8A 4RJZA 3T96B 2ZYKA 4JWOA 3H6UA 4OQOA 3FV2A 2UVJA 2QS4A 3LBSA 1M5DA 2I4CA 4IGRA 2OLBA 3B6TA 3K1MA 4EF1A 4NF4A 2ZYNA 4KCCA 2F5XA 3FJ7A 2RC7A 2O68A 1LB8A 2THIA 3UP9A 4ZE8A 1N7XA 4IGTA 4ESXA 3C36A 3T9XB 4KR5A 1MS7A 1MXXA 2LAOA 4JBZA 5CBSA 3QAXA 1VSOA 4ZZAA 2D21A 4BLAA 2NXOA 2RKMA 4FEDA 4R6YA 4XTCQ 1RKMA 5I56B 1H45A 2ABHA 2G29A 1S7YA 3SKPA 2DWJA 1B7UA 2VGQA 3FVNA 2DVCA 1EH3A 1N76A 3KSJA 1JQFA 5HM4B 2XHDA 5AA2B 2DWHA 4YB6A 3EHTA 3TYHA 3PUWE 4JB7A 4LZ7A 5ELVA 3TODA 3UK4A 1TT1A 4YKKA 4KCDA 4YZZA 3G3GA 2DE3A 4G8HA 3IOUA 3IOWA 2X7PA 2CZLA 2E0SA 2O7UA 4C0RA 3HHGA 3K01A 2REGA 2VP1A 3IOVA 4IY6A 4R9GA 3LSWA 3HN0A 1NNKA 3VVEA 2XX8A 4MF3A 3Q27A 2QS3A 3MQ9A 3A3UA 2HQ0A 3BKIB 5F1QA 3TZAA 4ELQA 3CFXA 5I59B 4RPOA 2I0BA 3TELA 3OOAA 1FQBA 5DVJA 4ZEIA 5ICQA 1QULA 4YICA 1NH7A 4JSDA 4ZDMA 2I4BA 1O63A 1VE4A 3UIFA 2Y7PA 1QKAA 1MY4A 4O3CA 1DMBA 5L8DA 3MZ1A 1Y4TA 2H98A 1MQHA 3K0VA 3QIMA 4G68C 4GD5A 2O1LA 3AXFA 4POXA 2AL4A 3R7XA 4ZEBA 4O3BA 1WODA 3H3GA 1B3LA 4FECA 2R71A 1OMPA 2CMOA 1KWHA 4GWOA 1AOVA 1BTJA 4WEDA 5H8FB 1QVSA 1NNPA 3O29A 5EHMA 3E13X 5CMCA 5ITPA 1D9VA 1R9QA 1USYE 3TTNA 4POWA 4F1YA 3KN7A 3BBRA 2XXHA 4KFQA 4MH5A 1D3KA 2XXIA 1IXCA 3DP6A 3CR9A 3PD8A 2H4IA 3LUYA 5I2KB 3IB0A 1SW2A 4TOZA 1II5A 4YKJA 3HHFA 4F2OA 5B7DA 2ZMBA 1B3FA 1MQDA 5HBCA 1NH8A 3FD3A 3IJXB 4XIGQ 4FATA 4TLMB 5KDTB 5DT6A 3C9HA 4QFNA 3VXBA 4NF8A 4YMBA 3BFUA 3PGFA 4IO6A 4LZ8A 3KFMA 3PU5A 2OBGA 1SW4A 3IL1B 4DDDA 2O69A 4OESA 3OMBA 3CRBA 1HSLA 3OENA 1MXZA 3SEVA 2Y7RA 1IXHA 1P1WA 1LAGE 5DTBA 4PFTA 5K2YA 3GBBA 2PBWA 2OJTA 1XOCA 3THIA 2DS9A 4IY5A 3OEMA 4EQBA 5I58A 4WXJA 4FEBA 1I6BA 4JWYA 3KN8A 3O97A 4H6DA 4U22A 4U1ZA 3FJGA 2QL3A 3U1OA 3S9MC 4KYSA 5H8FA 5EHSA 4Q0CA 4GXSB 4IO5A 1PBPA 2AYSA 3C33A 3MPLA 5TPAA 1VFEA 3V89B 5H8SA 3QXMA 4YB5A 3Q26A 3LR1A 3QK6A 3S2VA 1I6QA 2F6PA 4JXIA 1JW4A 3K02A 3E4RA 4I1DA 3OO9A 5I2KA 4P0GA 2XXTA 4NE4A 3MUQA 4U2RA 5CI5A 5TU0A 4WEPA 4PFUA 2O84X 1B58A 5FTHA 2VD3A 4KQPA 4OEUA 3HV1A 1DOTA 2V25A 5KDTA 2Q2AA 4U21A 1LGBC 1Z7ME 4QFOA 2PT1A 3MVXA 3G3JA 1B0HA 4R2BA 1OQHA 3FVGA 3K1PA 3B7DA 4XKPA 4RY1A 3DP4A 1B2HA 3CG3A 4DLDA 1GV8A 2G93A 2QRYA 1FCKA 3MVYA 4QFLA 1MM7A 4Z7EA 3RTFB 3TAJA 1D9YA 3H7MA 2AIXA 1ANFA 1MPCA 3H6VA 1Q35A 2DWIA 4OERA 3CFZA 4NEDA 2QMWA 3N5LA 5JK4A 2D3IA 4NF5B 1YCJA 1Y3QA 5BWJA 4TQUQ 3CFLA 1NNFA 4F1UA 1LFGA 1SI0A 4N13A 1NNTA 2Z8EA 2PX1A 1Y20A 3TTRA 1XHYA 3W9WA 4OZ9A 5L9OA 1J1NA 1ZMGA 1A7LA 2HZKA 2I3VA 2V3UA 4DZ1A 2H9BA 1POTA 5FHNA 3OXNA 3QSLA 1MH4A 1ZJLA 3EN3A 3IJOB 2XX9A 3RN8A 1JNFA 4QFKA 5CC2A 1B4ZA 1ZBMA 2XD3A 3PUYE 2O1MA 2HAVA 2OWSA 4UA8A 4GFRA 1POY1 5AA4B 5KZTA 2GRVA 1MXYA 4YB7A 1AL3A 4OTEA 5DVIA 2Q88A 1S50A 3O6IA 2NWJA 4PE5B 1ATGA 3T9HB 4DXUA 1EZ9A 2O6AA 2F35A 3O28A 4X9TA 2VD2A 3KJTA 2FNCA 1TFDA 1MQIA 4ECFA 1GTKA 1LBCA 3SEWA 5AA2D 4LP2B 2REJA 4IO7A 1AIVA 2ZYOA 3KJ7A 4QSEA 2XXXA 3FIRA 2XX7A 2ZNSA 3MWBA 3ONMA 4H67A 4F3SA 3TTMA 4N07A 3TUSA 5TP9B 1PB7A 4NF6B 2ESNA 5KCJB 2Q2CA 1B1XA 2PVUA 4R75A 3TTKA 2B65A 1N0TA 4XKQA 4F39A 1N04A 4EQ9A 4GL0A 3M3FA 1N7WA 1URSA 2I49A 1B1HA 3RLFE 3MVWA 2YJPA 1MXWA 1H43A 3ZKLA 1UIVA 1MY3A 4ZZEA 4BDLA 3FZVA 4KYDA 2Y7KA 1DTGA 2RC8A 3OEKA 1M5EA 4NTLA 1PDAA 3MZBA 3S4UA 1IZ1A 5LOMA 1IXIA 5I57A 4KHZE 1HSJA 1PB8A 1B9JA 2QSXA 3JYRA 2FYIA 5ISUA 4GOTA 3F11A 5H8QA 2DE4A 3FXQA 4BDOA 5AA4A 5JEIA 1P1OA 3MP1A 3FATA 1BKAA 3UN6A 1USYH 1UQWA 3LSXA 3N94A 1LSTA 2Z8DA 4MBPA 2GHBA 2H25A 3K6VA 4JSOA 1Y9UA 3KG2A 2OZZA 1B5IA 4EXLA 3V83A 2O7IA 1A99A 3DLNA 2A5SA 4YMAA 2P2AA 4OYVA 2HEUA 1SW5A 3FGSA 5TP9A 2RC9A 4OFLA 1GGGA 1R1NA 5DYHA 3V8XB 4O3AA 1QUJA 3T66A 4OXVA 3K6WA 2ZNTA 1B4HA 2ONRA 3B6WA 1JEVA 3MPKA 3UORA 2F97A 1A40A 1B40A 1MQJA 1LLSA 5BUUA 4EXKA 3RUMA 3T93B 4KI0E 4R74A 2Q89A 2D5WA 3CG1A 3V5AA 5I56A 3O66A 3VVDA 2QMXA 4EQ7A 4ZEKA 2E1SA 3GLBA 4ZE9A 4JWXA 3RY3A 1FQCA 3IAZA 5EYFA 4FE8A 4YKPA 3I6VA 1S9TA 3LSFB 3D4GA 3MVZA 2NOOA 5JTYB 4EDPA 3K00A 2NVUB 3G3IA 4DCYA 2QJEA 2I58A 4I9DA 4R2FA 5AA2A 3CSBA 5DVFA 1IITA 3KEIA 1JEUA 3PPQA 2V3QA 2VHAA 1LB9A 3RNNA 1UTHB 3DM0A 4GRKA 2DWAA 4EUOA 1MY2A 1FTJA 1Y1MA 2DP8A 4TLLB 4DXBA 1BP5A 3CIJA 1JETA 5H8HB 3U93A 2W7YA 5CMBA 5I59A 2F8DA 2QS1A 1OLAA 3CI8A 3B6QA 3RT8A 2F78A 3E3KA 1I6AA 3HCQA 1O7TA 4OMBA 4OEVA 3IB1A 5A5XB 1T0KA 1VR5A 2KLFA 4I8CA 4LUBA 3IR1A 1MG1A 4G68B 3Q29A 3VVFA 2VOZA 3KSXA 3OO6A 4BDNA 4C1TA 4ELPA 4YKIA 3O2AA 3CVGA 3M8UA 3DELB 2XXQA 4U23A 5HPQA 3C35A 3FXRA 4R72A 2F7CA 3JV9A 1PBQA 4LZ5A 2GFEA 2Q8JA 1B52A 1B5HA 4X48A 2H5YA 1RYOA 3VXCA 4OENA 3ODBA 3L6HA 1UIUA 2XXPA 2DYXA 3VDFA 2PT2A 4F2QA 2QPQA 2OK2A 3IO6A 3GZGA 4ZS9A 4E0XA 1IQ7A 4U1OA 1F9BA 3A3CA 3IOTA 1BIYA 3VLWA 1OVBA 2XXRA 3PUXE 1UTHA 2Z23A 4QSDA 3U92A 1H76A 3SEXA 1SBPA 5AA1A 1TXFA 3R26A 3PPNA 1DSNA 1I69A 2XXWA 1SVXB 5CM6A 2IA4A 1M5CA 2YPNA 1NL5A 2ONKE 1MRPA 2UYFA 1IXGA 1YTVA 4XXUA 1TFAA 5CBRA 4R9FA 3HSTA 4K3FA 3SDFA 2H99A 5H8NB 3A09A 4HS7A 4F29A 2HFBA 3Q25A 5FHOA 1B7HA 1Y3NA 4I62A 5A5XA 1URDA 4GL8A 4BDMA 2DQVA 1US4A 4G68A 2F6GA 4AB6A 1RYXA 4BDRA 4KPTA 4NMYA 1H44A 4ESWA 3UA8A 4WKMA 1MY1A 4NF4B 3HO7A 1EU8A 3G3HA 2PYYA 4F3GA 1XS5A 5FTIA 1UTBB 1MM6A 3C4MA 1OVTA 4ONYA 1NMUA 1A8EA 1LFIA 1QJMA 3TCGA 1CB6A 4PQJA 1DPEA 1US5A 4P0IA 5CMKA 2IEEA 2NUVA 2UVIA 4G77A 2F36A 5L9SA 3PV0E 4OFOA 2B3FA 2BJJX 4GLIA 2V93A 3IK6B 3SESA 1N3XA 1MQGA 3QYTA 4QHQA 4Q5TA 4PP0A 3K4UA 3IB2A 4GXAA 1LAHE 3ECRA 1XT8A 4QF9A 4MLQA 2UXAA 4ZECA 4ELOA 1FQDA 5L9MA 3FVOA 4Q30B 1TWYA 4F3PA 4UACA 4BDQA 2WKYA 3PMXA 1P1NA 3C31A 3LSLA 4KYEA 3KBRA 4H1XA 3IX1A 3MC2A 3CSGA 1O64A 2XD2A 5I84A 4M1VA 1XVYA 1FTLA 3FV1A 3K2DA 2HAUA 2I6EA 2XXVA 1YAEA 4HCWA 3ZS6A 2I48A 3MJNA 3W9VA 1SI1A 4X1BA 3I3VA 4HCYA 3S9EA 2Q9TA 1ZTYA 2F34A 3K6UA 2UVGA 3SEUA 4OFJA 1WDNA 4RPNA 4U4XA 1URGA 3H06B 1QW0A 2Z8FA 3MAMA 4G2ZA 3EQ1A 4NF5A 1MDQA 3W15C 3MP8A 2Z22A 1EZOA 1N84A 4DE8A 1UTBA 3T22A 3UGWA 1Q1KA 3TCHA 1JVXA 3K6XA 4DIGA 3MBPA 3TKDA 1MXVA 1A8FA 4GVOA 1D4NA 4RK9A 4LQ5A 1P1UA 4KD5A 1WVJA 1A54A 1Y3PA 1SYHA 2ZNUA 1IUDA 2RCBA 3ZSFA 2ONSA 4F19A 1NKXA 1IEJA 3KOSA 3EHUA 4F22A 4YAHX 2XXUA 4LVQA 1AMFA 3SEYA 1SYIA 3TTLA 3EPEA 3QUJA 1XC1A 3N26A 4DCXA 1PC3A 3TPAA 3T9UA 3H03A 2DOJA 2ANJA 2P1SA 3PPPA 5I2NB 1LAXA 5M2VA 3FUZA 4MFIA 3H6WA 1H3DA 3TQWA 4N6PA 1FTMA 4IB2A 3VFJA 4QSCA 1B3HA 2A5TB 2V3TA 4GF8A 3D4CA 4NF6A 1OIBA 3P7IA 5KCJA 4PETA 1PB9A 4NF8B 5J1DA 5ICTA 3PPRA 2X7QA 5B70A 1P99A 3KOTA 1FQFA 3WAFA 1FW0A 4DXCA 2UVHA 2DXRA 1B0LA 1B7ZA 4X1DA 1QKBA 1L5TA 5DEXB 1FQAA 4FAJA 4IO3A 1M5BA 4AQ4A 1QUKA 3MP6A 2F7BA 4OHNA 5I58B 1XVXA 3TEPA 1B3GA 4E0WA 2HCAA 1Y4CA 4FJPA 3RTWB 3SETA 2DE2A 1ZU0A 4PFYA 4R6KA 3G7WA 1LCTA 3I5OA 1FTKA 3WAEA 1Z7NE 1MXUA 3OELA 4LONB 3O6GA 1ZLQA 1BLFA 2YLNA 3E9XA 5TPAB 3RQTA 2DVZA 5I2NA 4R6HA 3DP8A 2RCAA 3FASA 3TFLA 2UYEA 4AB5A 4G8NA 4FIMA 2A5TA 4IO4A 4C1UA 1MDP1 4ZEFA 3BFTA 4R73A 1B6HA 3IORA 2DXYA 4H8JA 4QRZA 4RNSA 4XKNA 3IO4A 1B46A 3K1NA 2V84A 3TMGA 3T9VA 1VFDA 4JDFA 2Y7WA 4MLVA 2X26A 2Y7IA 2HZLA 2B3BA 1SW1A 3L6GA 1ZIUA 4P11A 4U4SA 1EZPA 5DEXA 4ZEDA 4F18A 4Q8RA 2AL5A 3ILTB 2R6GE 4IO2A 3OSRA 5ITOA 1OLCA 3U94A 3PUVE 5CRYA 3PD9A 2XXYA 1MPBA 4L17A 1P1QA 5JTYA 1QUIA 2HXWA 4HTGA 3OO7A 2FA7A 2OCUA 2O51A 3TQLA 1DPPA 3PPOA 3GBAA 3HPIA 4QFPA 3H6TA 2M8CA 4ISUA 3TCFA 1SQYA 4RA1A 3G3KA 4LA9A 1PEBA 1SDXA 2GH9A 3RGYA 4RXLA 5AE4A 5IAIA 1LAFE 2GHAA 3QUFA 1N3WA 3U8QA 4H5FA 1ZKBA 1OQGA 4THIA 4F1VA 3S9LC 4OVJA 1LCFA 3KN3A 1MY0A 3O9PA 5H8HA 3OD7A 2F7AA 4OWDA 1LBBA 1IIWA 3RT6B 4NWDA 2OWTA 1JVYA 1GVCA 3SERA 3VV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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