5AE4A

Structures of inactive and activated dntr provide conclusive evidence for the mechanism of action of lysr transcription factors
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
SFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRTRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEARH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
publication title The Solution Configurations of Inactive and Activated Dntr Have Implications for the Sliding Dimer Mechanism of Lysr Transcription Factors.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia cepacia
total genus 60
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A02
2I3VA 4JWOA 4NF4B 3S4UA 3C34A 1MY2A 3QSLA 4GFRA 5L8DA 4R9FA 4OYVA 2XD2A 4YICA 3WAEA 1N7WA 5IAIA 1L5TA 2O1LA 3OO7A 3G3FA 3H4ZA 4XTCQ 4N6PA 4XXUA 1XVXA 1H44A 1ZBMA 3CI8A 3TZAA 3FVOA 5ITOA 1FQFA 3V8XB 2DE2A 1POTA 4PFUA 2A5TA 3CSGA 1QJMA 2XD3A 3T93B 3W9VA 2Y7PA 1FTMA 1PB8A 4THIA 3TUSA 3BKIB 3VLUA 1MH3A 3CG3A 4R6YA 3ONMA 4E0XA 1UQWA 1ZMGA 3KBRA 1LB8A 3LSXA 3OO9A 4PE5B 4YZZA 3VDFA 1DPPA 3USDA 1M5EA 3CG1A 4DDDA 3N26A 1Y3QA 1Y1ZA 4BDLA 1SD3A 2RCBA 3IB0A 3EF7A 3DM0A 4LVQA 5JTYB 1HSLA 2XXVA 1A54A 4IO7A 5H8QB 4KCDA 4H8JA 3A09A 1VE4A 4HW8A 4POWA 5AE4A 3U92A 3IK6B 3UA8A 3TCGA 4FE8A 5IKBA 1NNPA 2PBWA 3RPWA 3I3VA 4O3AA 1B5IA 2DOJA 3PD8A 3T9UA 3PUZE 3TQLA 3TTLA 2ZYNA 4Z7EA 5F7VA 4F29A 2REJA 3T9XB 3TYHA 1IIWA 2VD3A 4XKNA 3RLFE 1D9YA 3C4MA 3TTKA 5EHMA 4R6HA 3N6TA 1B7ZA 3O29A 4GLIA 4LATA 1B3FA 1SI1A 2Q2AA 1LCTA 3KJTA 3AXFA 2XXQA 3LBSA 1N7XA 4IO4A 4NWDA 4YKIA 1R6ZA 5CBRA 4H8IA 2Y7WA 3QYTA 5AA4B 4KI0E 3O2AA 1LFHA 1DPEA 4RYAA 4BDQA 3L6GA 1Y1MA 3JV9A 4XKQA 1B3HA 1I69A 4H6DA 4H5GA 4ELPA 3KG2A 1IXCA 2CMOA 2QS1A 3C33A 2QJEA 3SEYA 2HAUA 3F11A 4N07A 1TWYA 5KZTA 4RA1A 3FIRA 1A7LA 2DWHA 2V3UA 1FQBA 3PPOA 4H5FA 4NF8B 5H8HB 1USYE 3DP4A 3GLBA 1MPDA 4IY5A 1JEVA 1QUKA 1R9QA 3KGCA 2V84A 4F1UA 1US5A 5H8FB 5CC2A 1D9VA 1UIVA 1OLCA 2P1SA 3E13X 5AA2B 2ANJA 5A5XB 2DE3A 4FEBA 4FATA 1B1HA 4Z0IA 5LOMA 1EZ9A 1USYH 3PUYE 1LGBC 1LCFA 3VE1B 4ZEBA 1DTGA 1NH8A 3E3KA 1FTKA 5DTBA 4GWOA 5I2KB 1OMPA 1IXHA 1F9BA 3KFMA 1SDXA 3VLWA 5I59A 3MWBA 5CMKA 3UK4A 1J1NA 4F3BA 4KYDA 4H1XA 3FVNA 3FGSA 3TQWA 4ESWA 1MY4A 1LAXA 3A3UA 3CRBA 4IGRA 2DE4A 2OLBA 2O6AA 4GXAA 4QHQA 3OO6A 3CFLA 2PT1A 3QAXA 4GVOA 3SEXA 4H65A 4R6KA 2FYIA 4GXSB 5I56A 2XX7A 1SYIA 3SETA 1Z7NE 2QRYA 3K1MA 2FA7A 3CR9A 4UA8A 3K6XA 1A55A 2XXUA 5FHOA 3VV5A 3FVGA 3CSBA 3OENA 4FAJA 2NXOA 2GHBA 4LUBA 3PPRA 3FD3A 3ZSFA 2A5TB 2OWTA 3H3GA 3PU5A 4BDRA 2RC7A 3RQTA 1MQHA 1XT8A 2R6GE 3C35A 4IO6A 4FEDA 4KPTA 1P1NA 2UVIA 2I3WA 3K6UA 3PUVE 4PP0A 4YKJA 1ZU0A 2RINA 2GRVA 3Q26A 4KR5A 1FQAA 1FTOA 2F6PA 1LAGE 4ND9A 4NWCA 1LFGA 3CVGA 1LBBA 3SEUA 4AB6A 4ESXA 2F35A 4QFOA 1FTLA 3PGFA 3O97A 1TFAA 4U1ZA 3LR1A 3MP6A 1ELJA 4YB6A 1SW2A 3TFLA 4OWDA 4ZECA 2UVJA 5DYHA 1NNFA 3MJNA 1NNTA 4HTGA 4RK2A 1B52A 3VVFA 2VD2A 1B3LA 3FJGA 4IB2A 1Y3PA 4JBZA 1GV8A 1HSJA 4YB5A 1LAFE 1CB6A 4GIZA 1DOTA 2ZYOA 5AA1A 1PB9A 3RUMA 1MXZA 2NUVA 2HFBA 1ZJLA 4JB7A 2AIXA 1IXIA 4G8NA 3FJMA 1OLAA 4G68A 3PMWA 3FXUA 3K6VA 3S9LC 4ZE9A 4F19A 5AA2A 2F5XA 2XX9A 3G7WA 3G3JA 3U94A 1FQDA 1B05A 4ZE8A 3OXNA 1TT1A 3TDJA 4F22A 2YPNA 2O84X 4K3FA 3OD7A 4YB7A 3V5AA 2RCAA 4OZ9A 5I2KA 2ZNSA 2WKYA 1M5CA 3DP6A 4EQ7A 2HZLA 3CFZA 3O28A 2O69A 4EUOA 2O7IA 1D4NA 2R71A 1N76A 2VP1A 1B0HA 2OJTA 2YJPA 4XIGQ 3FV2A 4BLAA 2THIA 3H6TA 2F7BA 2Q89A 4HS7A 4FECA 3R26A 3K1NA 3Q25A 4F3SA 4U2RA 1TFDA 2DVCA 1P1UA 4I1DA 4OMBA 4O3BA 3SERA 1D3KA 4F3PA 4EQ9A 1S7YA 4NE4A 3I5OA 3PUXE 3MP8A 3TTRA 1DSNA 3H7MA 1SW5A 1JVXA 1IEJA 1EZOA 2VOZA 2Q8JA 1A40A 2A5SA 1FQCA 3I6VA 5TU0A 2XXYA 1MPBA 4Q5TA 3T9VA 1S50A 4JWXA 2DXRA 2OK2A 4RY1A 2GHAA 4LZ5A 2F7CA 1ZIUA 1MS7A 2DWIA 1AL3A 2KLFA 5TP9A 4U21A 3R7XA 3TCFA 2XXXA 3IX1A 4I8CA 5CRYA 3PMVA 3SEWA 5B70A 1UTBA 3EQ1A 3PMXA 3KOSA 4FJPA 3BFTA 4F1YA 2HAVA 4N13A 5I59B 1I6QA 3C9HA 3IOUA 3OO8A 1EH3A 5CM6A 3ZS6A 5EHSA 1QVSA 4F39A 2ZNTA 2ONSA 4YU0A 1LSTA 1MDP1 4R9GA 3EHUA 2NWJA 2X7PA 2XXRA 1MXUA 4WKMA 3IJOB 3U1OA 2DQVA 5I56B 1NNKA 1T0KA 3HPIA 4LZ8A 5H8SA 3U8QA 2H98A 2V93A 4ECFA 4E0WA 3RTFB 3PPNA 1R9LA 3GBBA 1B5HA 2GFEA 2ONRA 3MZ9A 1N04A 1I6AA 4Q30B 4OEVA 1VFDA 1BP5A 1Y3NA 2LAOA 1XS5A 5L9SA 4MLVA 5L9OA 5CMMA 2UXAA 1RYXA 1DMBA 3OSRA 4KD5A 1B46A 3MVZA 1A99A 1JEUA 1WDNA 2RF1A 3IR1A 2ZNUA 4OTEA 3SKPA 4OHNA 4GRKA 4RJZA 1B3GA 2F97A 2I48A 3W15C 2M8CA 2AL4A 1B2HA 5I2NB 1ZKBA 3FXQA 5KDTA 4TLLB 1MY1A 5DEXA 3MVYA 1P1OA 4WXJA 4NMYA 3CFXA 4P11A 3OSQA 3MPLA 2QS2A 3FVKA 5ICQA 2Z22A 4C1TA 2YLNA 4G8HA 1FW0A 1OVTA 1Z7ME 3Q28A 1EU8A 2ZXTA 5FHNA 3V89B 2UYFA 2REGA 2AYSA 4H67A 1SW1A 4XKRA 3QK6A 4HCYA 3K6WA 4G68B 3MAMA 4M4GA 3C32A 3G3IA 1VFEA 3SDFA 3GBAA 1H3DA 2Z23A 3T66A 3HSTA 4ZDMA 5H8NA 5J1DA 1IQ7A 2DXYA 1H43A 3EHSA 2D21A 3TODA 4U23A 4Q0CA 2DSFA 2DS9A 3UGWA 4DZ1A 1PB7A 3W9WA 2H4IA 2Z8DA 1B6HA 2Y84A 3HCQA 4I62A 2O7UA 4R72A 1MXWA 1XHYA 2HCAA 1URSA 2UYEA 3VXBA 1US4A 2Y7IA 2XXWA 3BBRA 3U93A 3EHTA 3PUWE 5DVJA 1NH7A 1LB9A 1MM6A 1M5FA 4XKPA 2PX1A 3QXMA 3B7DA 4P0GA 1N3WA 2Q9TA 4YKKA 1LBCA 2HQ0A 3KJ7A 4G8MA 1OIBA 3KEIA 4DXCA 3M3KA 3UP9A 3HN0A 1PEBA 5FTHA 1RKMA 1B1XA 1JETA 2ONKE 4U22A 3UN6A 3EPEA 1OQGA 3ZKKA 4DXUA 2AL5A 3LC8A 4P0IA 2OZZA 5AA3A 1Q1KA 2NVUB 3KN7A 2H9BA 4QSEA 1SVXB 1II5A 2ALUA 3IJXB 5DVFA 4OETA 4R2BA 5TP9B 2H25A 3PPQA 3ZKLA 3LSWA 1UTBB 4NF5A 1URDA 4MLQA 2ZYMA 3G3GA 3QIMA 3T9HB 5I2NA 2XXPA 1A8EA 4FORA 4KYEA 5FTIA 5CI5A 1GR2A 3B6QA 2QSXA 2F7AA 2OBGA 3IOTA 5KCJB 4O3CA 1MXXA 1JW1A 2B3FA 1KWHA 1MM7A 2QS4A 2O1MA 4TOZA 5EYFA 3TKDA 1OQHA 2UVGA 2FNCA 3CIJA 2QMXA 4RPOA 1ATGA 3IB1A 4OQOA 2B65A 3T96B 1JW5A 3BFUA 3EN3A 1EZPA 4OEUA 4ISUA 4YKPA 4LA9A 1HSEA 2Y7KA 3O6HA 1JQFA 2I0BA 3RGYA 4GF8A 3TTMA 2VHAA 2DWAA 3ILTB 4BDMA 4QRZA 3M3FA 3B6TA 2DVZA 2G93A 3S2VA 4LQ5A 2E0SA 4F2OA 4KQPA 3OEMA 1GGGA 2QMWA 1GTKA 1JVYA 1MQDA 4X1BA 5L9MA 4FIMA 5B7DA 3M3LA 1PDAA 2RKMA 1Q35A 5KDTB 4IY6A 5HM4B 2VGQA 1SI0A 5DEXB 4TLMB 1JW4A 4ZS9A 3RNNA 4LZ7A 1DTZA 2PT2A 3RN8A 1MDQA 4LP2B 2O51A 3TELA 2XXHA 1PC3A 1MY3A 1SYHA 2W7YA 1YTVA 4AQ4A 5ELVA 1YAEA 1B51A 1MY0A 1WVJA 3C36A 2D5WA 3MP1A 1MRPA 4UACA 3G3HA 3VVEA 2E1SA 1UTHA 3VVDA 1ZTYA 4LQ2A 1Y4CA 1NL5A 3RT6B 4X9TA 1SBPA 1Y4TA 4KHZE 3L6HA 2RC9A 4F1VA 3P7IA 1IUDA 3QUJA 4ZEKA 1H45A 4QFKA 1P1QA 3IOWA 1ANFA 2ABHA 1POY1 2DYXA 1AH5A 1A8FA 1QKAA 4JSOA 4QFLA 2PVUA 5H8NB 1LLSA 1QW0A 3K02A 3H03A 1IXGA 3SEVA 1BTJA 1B3EA 3FATA 2H5YA 3K2DA 1NMUA 1M5BA 3FJ7A 1RYOA 5HBCA 1N0TA 4IO2A 4L17A 3HV1A 2NOOA 3OOAA 3RY3A 3KN8A 3K00A 1B4ZA 1AOVA 3IB2A 3S9EA 4KCCA 1URGA 5TPAA 3C31A 1YPNA 3OMBA 1R1NA 4ELQA 4GOTA 3TAJA 3VFJA 4NF6A 5KCJA 5CMCA 1Y20A 3MQ9A 4M1VA 3HO7A 1H76A 2O68A 1BLFA 3O66A 4U1OA 4R2FA 1N3XA 3O9PA 5DVIA 4PFTA 4JSDA 3K01A 1SW4A 3KN3A 1AMFA 3FASA 4QFNA 4F31B 3SESA 3ECRA 3TTNA 1S9TA 1B5JA 4MF3A 1IITA 2BJJX 4RK9A 3RT8A 2Q88A 3VXCA 3TEPA 1XVYA 5BUUA 4IO3A 3FV1A 3UORA 5I57A 2X7QA 4DE8A 2XXIA 2I6EA 4G68C 2OCUA 3M8UA 3IO4A 2DWJA 3OEKA 1O64A 2P2AA 3MBPA 2H99A 4JXIA 5ISUA 4OFLA 2Y7RA 2RC8A 3N94A 4NF5B 3MZ1A 3N5LA 1P99A 4LONB 1B9JA 3MW0A 5F1QA 4OERA 4JWYA 1OVBA 2HZKA 4GL0A 3LSLA 3D4GA 4PFWA 1TXFA 2F34A 5ITPA 2XHDA 3A3CA 4PETA 3R6UA 3FZVA 3O6GA 1FTJA 2HXWA 4HCWA 4YMAA 3IOVA 1M5DA 1B4HA 4KFQA 3MZBA 3UIFA 3H6VA 5JEIA 3Q29A 2G29A 2ZYKA 2Q2CA 4PFYA 1MQIA 5I58A 1BIYA 3V83A 4WEDA 3ODBA 4C1UA 1NKXA 3GZGA 4NF4A 3KZGA 1AIVA 4IGTA 3IO6A 3G3KA 2V3TA 2Z8FA 1XOCA 2QPQA 3DP8A 3MC2A 3O6IA 3MVWA 1CE2A 2D3IA 5CMBA 2PYYA 3E9XA 4G2ZA 1MH4A 1B7UA 2DP8A 3OELA 5HPQA 1QUJA 4WEPA 4OFJA 3T22A 4ELRA 1QULA 4GL8A 4DCYA 2UVHA 3HHFA 5FHMA 2R9JA 1MPCA 5DT6A 1BKAA 1MXYA 4DCXA 4F3GA 1B7HA 4QSDA 1B58A 3DLNA 2P0SA 3IORA 4ZZEA 2PMSA 4TQUQ 3LSFB 4DIGA 2B3BA 1I6BA 1QUIA 4ZEFA 5JK4A 4QF9A 3GXAA 3PPPA 3QUFA 3B6WA 5CBSA 4RXLA 2F78A 2V25A 1PBPA 2I58A 5JTYA 1UTHB 5H8QA 1GVCA 1WODA 3VLVA 4DXBA 2OWSA 2HEUA 2QS3A 3KSJA 5K2YA 1JNFA 3IAZA 2XX8A 1XC1A 4G4PA 4QFPA 1MQJA 3TMGA 4NTLA 4OFOA 4ELOA 1FQEA 2CZLA 2IEEA 3Q27A 4EDPA 4GD5A 4DLDA 4BDNA 4OESA 4X48A 1QKBA 3K1PA 1O7TA 4EXKA 4NEDA 4QSCA 1N84A 1VSOA 1P1WA 4MBPA 4OENA 2X26A 4BDOA 3K0VA 1MQGA 1MG1A 4H0WA 5I84A 2Z8EA 2F8DA 4MH5A 5TPAB 4JDFA 1SQYA 5K2XA 4EF1A 5AA4A 1LFIA 4U4SA 4OXVA 4NF6B 4RPNA 2I0CA 4OVJA 3H06B 4POXA 4F18A 3RTWB 4IO5A 4Q8RA 4ONYA 4EF2A 4U4XA 3JZJA 1ZLQA 4KYSA 4R74A 3FUZA 4C0RA 4R75A 5BWJA 2XXTA 3KOTA 4I9DA 4ZEDA 1B0LA 4EXLA 3PV0E 3MVXA 4YAHX 4ZEIA 4RNSA 4NF8A 5H8HA 4G77A 3E4RA 3JYRA 1MXVA 3DELB 4MFIA 1LAHE 2ESNA 4R73A 2V3QA 5H8FA 5I57B 3H6UA 3K4UA 4YMBA 3HHGA 3FXRA 5A5XA 1B40A 3H6WA 4ZZAA 2I4CA 1UIUA 3KSXA 3TPAA 1PBQA 2IA4A 3THIA 3ILUB 5M2VA 3MPKA 3PD9A 5ICTA 3TCHA 4X1DA 1YCJA 3N6UA 4EQBA 4GQOA 3WAFA 4F2QA 3S9NC 2GH9A 2F6GA 5AA2D 1O63A 1Y9UA 3U72A 2QL3A 2F36A 3D4CA 1IZ1A 3S9MC 4PQJA 1B32A 1VR5A 1NFTA 2I49A 3LUYA 4AB5A 1FCKA 5I58B 3IL1B 2I4BA 3MUQA 2ZMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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