5AE4A

Structures of inactive and activated dntr provide conclusive evidence for the mechanism of action of lysr transcription factors
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
SFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRTRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEARH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Solution Configurations of Inactive and Activated Dntr Have Implications for the Sliding Dimer Mechanism of Lysr Transcription Factors.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia cepacia
molecule tags Transcription
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 60
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ae4A02
1Y3PA 4LONB 1B46A 1FCKA 1UTHA 1Z7NE 2D5WA 1R6ZA 2PMSA 3G3FA 3IO4A 3W15C 1B5JA 3HHFA 4U1ZA 3FVGA 1SYHA 5I57B 4F39A 2H98A 4NF8A 3PV0E 2RCBA 5TP9A 2RF1A 3WAEA 2Z8FA 5L9MA 4DE8A 2RC9A 2DWIA 2F5XA 3ZKKA 3GBBA 1IXCA 3TPAA 4KHZE 5H8HA 3BFTA 2DVZA 3C35A 1MXUA 2QSXA 1MS7A 4BDQA 2QS4A 4TQUQ 3MVZA 4LATA 1ANFA 2REGA 1MDQA 3FJ7A 1LCFA 2UVGA 3F11A 4X1BA 1P1UA 2XXTA 4OETA 4BDLA 2UYEA 5I58B 3RY3A 4HTGA 5ICQA 3RLFE 1IITA 1SVXB 3THIA 1ZJLA 1UQWA 2FYIA 4Q8RA 1A55A 5ITPA 3PGFA 4I62A 2REJA 3N5LA 3VE1B 3L6HA 2HQ0A 3TTRA 4IY5A 3LC8A 4BDMA 4YU0A 2CMOA 4OESA 4X9TA 4E0XA 1AOVA 1SQYA 3FJMA 3IAZA 1LBCA 3MPKA 4ZE8A 2VP1A 3HHGA 3OEMA 4H67A 3RPWA 2O69A 3FD3A 2I3WA 4QF9A 4F3BA 3S9NC 1A7LA 1JVYA 2NXOA 3MBPA 4OFOA 4ZEKA 4C0RA 1SW2A 3OO7A 4LA9A 4OQOA 1LSTA 1Y4CA 5AA1A 3TFLA 5I58A 1EZPA 3IJOB 3QK6A 2Z22A 3PPPA 2OWTA 3CFLA 1DTGA 3K1MA 4GLIA 1S9TA 1H43A 4NF5A 4H0WA 4OENA 4BDNA 2XXYA 3DP6A 5H8HB 4Z7EA 3KFMA 4QSCA 3G3JA 4ZEBA 2OWSA 1BLFA 1HSLA 2D21A 2UYFA 3MVXA 4NWCA 4UA8A 4FAJA 1AL3A 4ZEDA 2XXRA 3HV1A 4KYDA 3VVDA 3C36A 1FTKA 1M5EA 3M3KA 1SD3A 2XXXA 2VHAA 4RK9A 3VLWA 3EHTA 4EDPA 1SW5A 4QFLA 3O6IA 2I0CA 4GD5A 1QKBA 2PT1A 1IUDA 4F18A 3N26A 2Y7RA 1FQDA 3KJ7A 2IA4A 3CFZA 3RT6B 3VVFA 4EF2A 4NE4A 1DPEA 4HS7A 4GVOA 4M1VA 1MM7A 1PB8A 3PUYE 1MQJA 3TKDA 3MW0A 2OLBA 5DVJA 3TCFA 3IO6A 4ISUA 3KGCA 2F36A 4ONYA 2X26A 4PP0A 5EHMA 4NF6B 2OZZA 1LFGA 2VD2A 3FZVA 5DT6A 2DXYA 1IXIA 5DVFA 4NF8B 4MH5A 3SESA 2XXWA 4KI0E 3MWBA 1DOTA 4QFKA 4DXBA 4O3AA 2B65A 4GWOA 1JW4A 2I0BA 3IOWA 4R9FA 1Y3QA 1PB7A 4RK2A 1FTOA 2Q2CA 2V93A 3KBRA 4NEDA 1OQGA 4JBZA 1B3LA 3DP4A 2ZXTA 3PPNA 4QFOA 2AIXA 5H8QA 3PMWA 1B6HA 2O1LA 3QUFA 1O64A 1H76A 4YKKA 1PC3A 4QFPA 2HEUA 2ONSA 4FORA 2PVUA 4NWDA 1QKAA 4BDRA 2PT2A 5ISUA 1SYIA 2UVHA 3H6VA 3TEPA 1FTJA 4QHQA 2QRYA 4ECFA 2XHDA 3QIMA 4THIA 1URGA 2UVIA 4G68C 4L17A 5DVIA 3SEUA 4ND9A 3LBSA 1YTVA 1TWYA 3TTLA 2PX1A 5I2KA 3PPQA 3UK4A 4Q30B 3ZS6A 3TODA 2DYXA 2QPQA 5K2XA 4JSOA 1LGBC 3OO6A 3S4UA 3FXUA 5I59B 3KN7A 4NF5B 4ZZEA 5H8QB 3FXQA 3BKIB 4HCWA 5K2YA 4KD5A 1MPBA 1MY1A 3KOTA 4OEUA 2A5SA 1IIWA 1HSJA 2QS3A 2YLNA 5A5XA 4EQ9A 4DZ1A 1QULA 1BIYA 4OMBA 1R9QA 4MLQA 3ECRA 4U4SA 3CR9A 5FTIA 1XOCA 3MVWA 3T9VA 3EF7A 3IOUA 2H5YA 4NF6A 3H03A 3FUZA 4F1YA 1CB6A 4G8HA 1B5IA 2YPNA 4F3PA 2WKYA 1EZOA 3OSQA 3KEIA 5JTYB 1TFDA 2B3BA 4R6HA 5TU0A 3ILTB 3K01A 3TTMA 2NVUB 3C33A 2HAVA 2I58A 1US5A 1Y1MA 4OWDA 4GXSB 3T96B 1SW1A 2LAOA 4PQJA 1MRPA 3FVOA 4I9DA 5H8FB 2XXUA 4QFNA 5KCJA 1B3HA 4GL0A 4PFTA 3VLUA 3R26A 3VXBA 1LLSA 2OK2A 3MZ9A 1FQFA 1N3WA 2AL4A 2XX7A 3FIRA 2HCAA 4IO7A 3VFJA 3T9XB 3GZGA 2Y7WA 2VD3A 4POXA 2DOJA 2ZNSA 3M8UA 1QUJA 1B58A 3OD7A 3OSRA 4OZ9A 1ZIUA 2P0SA 1B9JA 1NMUA 5F1QA 4U1OA 4DCYA 1PEBA 2A5TB 4KPTA 3QXMA 3U8QA 1A99A 2Z8EA 4K3FA 4WEPA 1TXFA 1MM6A 4G2ZA 1NNFA 1T0KA 3OO8A 1UIUA 3VVEA 2VOZA 4LUBA 4KQPA 1SDXA 5AA4A 3MZBA 5AE4A 3QSLA 3KN3A 1JW5A 4DLDA 2ZNTA 1POY1 1SW4A 2H4IA 3LSFB 3Q27A 5CMKA 3OMBA 5DTBA 1JEVA 2QS1A 4OFLA 4RXLA 1B5HA 3UP9A 4F2QA 1URSA 3ILUB 1CE2A 2M8CA 1JEUA 2O1MA 2ZYNA 2O51A 3PUZE 5I2KB 1I6AA 1ZBMA 1NKXA 3P7IA 1Q1KA 3T9UA 4NF4A 4XKQA 1I69A 5IKBA 1LB9A 3FVKA 1S50A 3PU5A 4N07A 4RY1A 4TOZA 1POTA 4YAHX 3Q25A 3PMVA 1JQFA 3B6QA 1MQHA 1MXVA 3IK6B 2XD3A 1LAFE 1FQCA 4RYAA 4WEDA 1GR2A 3K00A 2HAUA 3C32A 1AH5A 3K2DA 4RJZA 3MC2A 1Y20A 2A5TA 3B6WA 2I6EA 3FGSA 1JW1A 2ONRA 2Y7PA 1DSNA 5TPAA 3RT8A 2ALUA 2KLFA 4ESXA 1GGGA 1M5BA 1OLAA 1RYOA 3PPRA 3SETA 4GFRA 5JEIA 1MG1A 5A5XB 1B7UA 1MQIA 4R2BA 5CRYA 5DEXA 3HPIA 1OLCA 1LCTA 1MH3A 4GIZA 2ZMBA 3OELA 3W9VA 4FE8A 5HM4B 2I3VA 3KJTA 3QAXA 2THIA 4XKPA 4F1VA 2UVJA 3OXNA 1FTLA 1IQ7A 5IAIA 1UTHB 1YCJA 3Q28A 2ZYMA 3RQTA 4DIGA 4ELRA 4OYVA 1N04A 3TCGA 1P1NA 5H8NA 3ZKLA 1MY2A 2BJJX 3H4ZA 4WXJA 4XTCQ 1B40A 2VGQA 5JTYA 2Q89A 3PPOA 3S9LC 3DM0A 1RKMA 3SEXA 4O3BA 3K6XA 1OIBA 3MP1A 1PBPA 4IO3A 3MZ1A 3QUJA 4F3SA 3G3HA 3MPLA 3H6TA 3LUYA 4P0GA 3T22A 3IOVA 4ZEIA 3V5AA 3VV5A 4EQBA 1ZLQA 5B7DA 1US4A 2ANJA 1Y4TA 1FQAA 2GRVA 3DLNA 3LSLA 1Z7ME 4FJPA 2P1SA 3KOSA 1H3DA 3K4UA 3H7MA 2HFBA 4MF3A 5DEXB 3IB2A 2QJEA 4GF8A 3BFUA 4RPOA 3EQ1A 1B0LA 4BLAA 5AA2B 3FV2A 4IGTA 4F29A 4P11A 3EHSA 3VLVA 4JB7A 2RKMA 3T66A 1TT1A 5I56A 1D3KA 1B52A 2OCUA 1VR5A 3I3VA 4Q5TA 2HXWA 2XX9A 3OEKA 4IO2A 4OXVA 4XXUA 2HZKA 4R6YA 1NFTA 2DE3A 3SEWA 2QMXA 3U1OA 5AA2A 1LFHA 1NNPA 5I2NB 3MP8A 1JETA 1YAEA 1MDP1 1BTJA 2NUVA 1QJMA 3CFXA 3H3GA 1F9BA 5CI5A 3IR1A 3V8XB 4YKIA 2I4CA 5L8DA 1ELJA 3MUQA 4KFQA 4G8MA 3HO7A 1GVCA 2F6PA 2R9JA 3E3KA 3I5OA 3SEVA 5I84A 4I1DA 1N0TA 1MY0A 1D9VA 1A8FA 2I4BA 5FHNA 3UA8A 2DWHA 1B4HA 1BP5A 3A3UA 3U94A 1XVXA 1NH8A 3RNNA 5CMCA 2DWAA 1H44A 1IEJA 2OJTA 3O29A 4C1UA 2Q9TA 1LFIA 5FHMA 1O63A 2Q8JA 1OQHA 4ELQA 5BWJA 3TCHA 2V25A 3K02A 3K6VA 4PETA 1SI1A 3VXCA 1I6QA 4DXCA 1N3XA 2Y7IA 2YJPA 1JNFA 3TTNA 2H99A 2DWJA 3UORA 5HPQA 2F7BA 2F7CA 2Z8DA 3C34A 4LP2B 4N6PA 4O3CA 3S9MC 4PFWA 2DS9A 1VSOA 4EF1A 4H5FA 1WDNA 2DXRA 3U93A 1LBBA 2X7QA 5L9OA 3D4GA 4OTEA 1Y1ZA 5EHSA 4LVQA 1A40A 2ESNA 4G77A 1O7TA 3E4RA 4KYEA 3E9XA 4U4XA 4U23A 4NMYA 2I48A 1USYH 1Y3NA 1QVSA 2GHBA 2XXHA 3FV1A 3KZGA 3RUMA 4YMBA 5J1DA 4PFYA 3U92A 1IZ1A 2FNCA 2IEEA 1AMFA 4BDOA 2O7IA 3CI8A 5M2VA 4ZECA 4H8IA 1MXXA 4JSDA 4XIGQ 2P2AA 4U21A 4YKJA 1B05A 2B3FA 4C1TA 2H9BA 3IB0A 3A3CA 3ODBA 1ZKBA 3EPEA 3M3LA 4LQ5A 3SKPA 3TMGA 1B7ZA 5AA3A 4QSDA 1IXHA 3L6GA 2G93A 1MQGA 1DPPA 4ELPA 3C31A 3KG2A 3TDJA 4EXKA 1N7WA 1M5FA 1M5DA 5DYHA 2PYYA 4PE5B 3JV9A 5F7VA 1WVJA 3SDFA 2ZYKA 4N13A 4OFJA 3O66A 2OBGA 2F7AA 2QL3A 4F19A 1MXZA 3EN3A 3AXFA 4H6DA 1B4ZA 3G3IA 5I56B 3EHUA 4XKNA 4GQOA 1A54A 1XT8A 4GOTA 1B7HA 1OMPA 2DE2A 2Q88A 4QRZA 3K6UA 4WKMA 4ZEFA 2R71A 5I57A 1GV8A 4X1DA 2AYSA 1LAXA 1NNTA 3KN8A 4KCCA 5JK4A 1USYE 3T9HB 2E1SA 1FTMA 4JDFA 5KZTA 4GL8A 1OVBA 4TLLB 5ICTA 2XXPA 4XKRA 3H6UA 1Q35A 4ESWA 3C4MA 4FEBA 4OVJA 1FQBA 4KYSA 4F1UA 5KCJB 3PD9A 3PUXE 1VE4A 4MFIA 1UTBB 2NOOA 1B32A 3R6UA 3MP6A 1P1WA 4JXIA 4OEVA 3TZAA 3DELB 1EH3A 2Q2AA 3IX1A 4NTLA 4POWA 4F22A 4YMAA 4DDDA 1MPDA 2F8DA 3B7DA 3SERA 4YZZA 4KR5A 2X7PA 4U22A 3RTFB 4ZE9A 3D4CA 5ITOA 1S7YA 1KWHA 2O6AA 5KDTA 3CG3A 3B6TA 3PMXA 3FJGA 3A09A 4IO5A 2DE4A 3PD8A 2W7YA 4ZZAA 4F3GA 4LQ2A 3HN0A 1P1OA 4R74A 1ZTYA 3GXAA 2Y7KA 1PBQA 4P0IA 2F34A 2DVCA 1XC1A 3HCQA 1B1HA 4R2FA 3IL1B 1OVTA 1Y9UA 2XXQA 2F6GA 2XXIA 3CVGA 3TQLA 4Z0IA 1MH4A 1A8EA 4EXLA 3FATA 1FQEA 4AB5A 4G4PA 1HSEA 3UN6A 4G68B 3RGYA 3Q26A 1FW0A 3RN8A 1MXYA 5AA2D 3CIJA 4RA1A 2RINA 2HZLA 3N6TA 2D3IA 3TELA 1M5CA 5FHOA 4AQ4A 3CSGA 1PDAA 1EZ9A 1AIVA 1H45A 1NH7A 1NNKA 3MVYA 2V3TA 4IO4A 2E0SA 2GFEA 3N6UA 4OHNA 2CZLA 1PB9A 3IJXB 3PUVE 3LSWA 4H8JA 3K1NA 4H65A 2F78A 4YB6A 5TPAB 4ZDMA 3RTWB 4HCYA 2XD2A 3USDA 1ATGA 1URDA 4M4GA 2O68A 4R9GA 2XXVA 1B0HA 1LB8A 2ZNUA 5CMMA 1MY3A 4OERA 1LAHE 4IGRA 3O6GA 2F35A 1UIVA 4YB5A 2G29A 4R75A 3O9PA 2GHAA 1DTZA 2I49A 2RCAA 4DCXA 4DXUA 3S9EA 3WAFA 4ELOA 4NF4B 3FXRA 2RC7A 1I6BA 3O2AA 1P1QA 3FASA 4UACA 3H06B 2R6GE 4Q0CA 4ZS9A 4YICA 2DQVA 1QUIA 3DP8A 5HBCA 3KSXA 4FECA 1B2HA 3IB1A 1B1XA 3CG1A 1VFDA 3O6HA 4H5GA 3TYHA 5H8FA 3O97A 2XX8A 3U72A 2QS2A 3KSJA 3K0VA 4F31B 5AA4B 1N7XA 2ABHA 2AL5A 5H8SA 1R9LA 3UGWA 3CSBA 3K1PA 4GRKA 3GBAA 2QMWA 4G8NA 3LR1A 3C9HA 5B70A 2F97A 4R6KA 3G7WA 4EUOA 3TQWA 3MJNA 4RNSA 1B3FA 1N84A 1IXGA 3BBRA 1B3EA 5CBRA 2Y84A 4QSEA 4FIMA 4H1XA 4MLVA 3H6WA 1J1NA 3HSTA 5CM6A 4MBPA 3T93B 5KDTB 4LZ5A 3W9WA 3OO9A 1QUKA 1TFAA 3Q29A 5EYFA 3R7XA 2ZYOA 2H25A 4JWYA 4RPNA 5I59A 3GLBA 3VDFA 1ZU0A 4IY6A 2O7UA 2RC8A 5H8NB 1ZMGA 4IB2A 1UTBA 3JZJA 4EQ7A 4F2OA 5CMBA 3ZSFA 5L9SA 1XHYA 4YB7A 4AB6A 5CBSA 2PBWA 2DSFA 1MQDA 1NL5A 3CRBA 1RYXA 1JVXA 4I8CA 1LAGE 1VFEA 1YPNA 4U2RA 2V3QA 5I2NA 5LOMA 1XVYA 4PFUA 3IOTA 3S2VA 1B3GA 2UXAA 3JYRA 3QYTA 1MY4A 4JWXA 4GXAA 5FTHA 2FA7A 5BUUA 1D4NA 3I6VA 3M3FA 1QW0A 1GTKA 1N76A 3MAMA 4R73A 3G3GA 4FATA 2NWJA 1DMBA 4HW8A 1R1NA 2V3UA 1BKAA 1II5A 1SBPA 1WODA 3IORA 4IO6A 3TAJA 2V84A 3TTKA 3LSXA 5ELVA 3N94A 5TP9B 3SEYA 1EU8A 4E0WA 4FEDA 4R72A 1B51A 1XS5A 3V83A 1L5TA 3MQ9A 3UIFA 3O28A 4LZ8A 3TUSA 2Z23A 1MXWA 1D9YA 3E13X 3OENA 4LZ7A 3OOAA 4G68A 4TLMB 4X48A 3K6WA 3ONMA 2DP8A 4JWOA 3V89B 3FVNA 5CC2A 1MPCA 2O84X 3PUWE 3G3KA 1SI0A 4KCDA 4YKPA 1P99A 2ONKE 2GH9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2ALUA 2KLFA 1RDYA 5DEXA 1MH3A 4FE8A 1FTLA 1UTHB 3Q28A 4OVTA 4DIGA 3TCGA 5H8NA 2BJJX 2VGQA 4PC9A 5JTYA 3PPOA 3DM0A 4O3BA 3K6XA 1PBPA 4IO3A 4F3SA 3G3HA 4EQBA 3V5AA 1Y4TA 1FQAA 2GRVA 3LSLA 1H3DA 2HFBA 5AA2B 1B0LA 4Q5TA 1B52A 4IO2A 4XXUA 2HZKA 4GX3A 1QJMA 5CI5A 2F3BA 4G8MA 1D9VA 1A8FA 2DWHA 3U94A 4C1UA 1YYZA 5FHMA 5BWJA 2V25A 4DXCA 2Y7IA 1JNFA 2H99A 2DWJA 2Z8DA 3C34A 4PFWA 2DS9A 1VSOA 2X7QA 3D4GA 4LVQA 2ESNA 4U4XA 4U23A 1USYH 1QVSA 3RUMA 4PCDA 4PFYA 3U92A 1AMFA 1FPGA 2O7IA 3CI8A 4YKJA 4C1TA 3IB0A 1B7ZA 1MQGA 3TDJA 4PE5B 3JV9A 4N13A 4P1EA 2ZYKA 2QL3A 1MXZA 3AXFA 1B4ZA 5I56B 1XT8A 1KA1A 4GOTA 5ET7A 3FBPA 4QRZA 4WKMA 4X1DA 2AYSA 1NNTA 4H45A 4GL8A 3B50A 4TLLB 5KCJB 1UTBB 1P1WA 4OEVA 3TZAA 1EH3A 3IX1A 4F22A 1MPDA 3SERA 2X7PA 3D4CA 4MHFA 5KDTA 3EKIA 4ZZAA 2W7YA 4MNIA 1ZTYA 4AS5A 1P99A 1PBQA 4P0IA 1XC1A 1B1HA 3IL1B 3TQLA 2F6GA 2XXIA 3CVGA 1G0HA 4G68B 3TELA 3CSGA 1EZ9A 4IO4A 2V3TA 3N6UA 2CZLA 1PB9A 3IJXB 4H65A 3RTWB 4ZDMA 1ATGA 2ZNUA 4YB5A 4R75A 1DTZA 4GWZA 2RC7A 3FASA 2PFYA 2DQVA 3CG1A 1VFDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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