4IO5A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with alanine at 1.72 angstrom resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AvGluR1 ligand binding domain
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
total genus 75
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io5A02
3OELA 1P99A 1FQDA 1WDNA 2REGA 1TWYA 3H6UA 1R9QA 3CI8A 1MQIA 1FQFA 5EHMA 3DLNA 5HM4B 4R6KA 2QJEA 2XX8A 3S9EA 2I4CA 1LBCA 3IOVA 2H25A 1L5TA 1LAFE 1LAGE 1YPNA 4R6HA 1MQDA 2I0CA 3KZGA 1XVYA 2XD3A 3RLFE 1B0HA 1QVSA 4OERA 3T9UA 1R1NA 2X7QA 5F1QA 3G3KA 2QS1A 1JVXA 3TFLA 1VR5A 2YLNA 1HSJA 2Y7RA 3C32A 5CI5A 2V84A 3UN6A 2I49A 1URSA 1AOVA 1US4A 5AA2D 2F7BA 1B0LA 2D5WA 2ONKE 4OTEA 4FECA 5DT6A 4FATA 2DE2A 3KFMA 4R2FA 3ILTB 5DEXA 1CE2A 5I56A 1B5HA 1LBBA 4UACA 4FE8A 1B5JA 3UGWA 3E13X 4Q0CA 4LUBA 4PFYA 3MVZA 2PT1A 4TLLB 1OVTA 5K2YA 1XHYA 4P0GA 3TCFA 3PD8A 2QS4A 3RUMA 1NNTA 1YTVA 4LONB 1PC3A 4OETA 3CR9A 4OHNA 4GVOA 3QUFA 2ESNA 3VFJA 1MXYA 3RGYA 4LZ8A 5F7VA 3TEPA 1SD3A 4U1ZA 2DE3A 3T66A 2LAOA 2F7CA 2AIXA 4F3PA 4PQJA 3FJGA 2PYYA 2P0SA 3BFUA 3OD7A 4IY5A 1IUDA 2M8CA 1LLSA 1A99A 2G93A 5CM6A 1KWHA 3H03A 4RA1A 1MY1A 4GD5A 2YJPA 1LAHE 2I3WA 2V3QA 4M1VA 2I6EA 3CVGA 1B32A 1B58A 5I2NA 4NF4B 1B4ZA 1NMUA 4GL8A 4XTCQ 2D21A 4NF5B 1N7XA 1QKBA 3H7MA 1MY4A 2O1LA 4H8IA 3RTFB 1B6HA 2PX1A 1Q1KA 5DTBA 4F1YA 2GFEA 1MS7A 2H98A 1FTKA 2XXRA 5AA4A 4O3AA 2Q2AA 3MVYA 3KSJA 2F97A 3QAXA 3OO9A 5H8FB 1ZJLA 1JW5A 1NKXA 4PFTA 1US5A 1Y3NA 5LOMA 4C1UA 2OWSA 4XIGQ 4YKIA 3N94A 1B3HA 2ONSA 3PGFA 2RC7A 1OLAA 5FHNA 4U21A 4JBZA 1ZLQA 2F34A 1JW1A 4GF8A 4IO7A 4G8MA 4ISUA 4THIA 3LR1A 2I0BA 3K1MA 4U22A 1FCKA 4ZZEA 3SESA 2DSFA 3R6UA 3ODBA 4GFRA 2I3VA 2GHAA 3K1NA 4PETA 4OYVA 3FV1A 1FW0A 5I58B 1HSEA 4POWA 2VGQA 4OEUA 1SDXA 3GLBA 3IB0A 2DYXA 3HSTA 4KD5A 2FA7A 1VFEA 3PMWA 3DP8A 2VP1A 4F31B 5TPAB 3TZAA 4BDOA 4QHQA 3BBRA 2Z22A 2FYIA 3KJTA 4OFOA 1I6BA 4Q8RA 1PBPA 3IK6B 2ZNTA 2CZLA 3CG3A 3TDJA 1SQYA 2E1SA 3ZKKA 1B7ZA 1O7TA 4EF2A 3C35A 2DOJA 4F3BA 1TT1A 2Y7KA 3G3IA 4BDNA 2O7UA 4G68A 2VD2A 2FNCA 2DWHA 1DPEA 1TFAA 2Z23A 5H8FA 3KSXA 3H3GA 1UTHA 3C34A 1JQFA 2O68A 4I62A 4R72A 4M4GA 4BDMA 3O2AA 1Y3PA 2ABHA 2O1MA 4OEVA 4DCYA 3FUZA 5FHMA 4O3CA 4DXCA 2H99A 2HEUA 3FVKA 4R6YA 3FATA 1LAXA 3HHFA 1UIUA 1IQ7A 3O28A 4H6DA 1B4HA 3ECRA 4XXUA 1BTJA 4JSDA 4L17A 1IXHA 3F11A 1MRPA 1ZMGA 4YZZA 1N3WA 5ITOA 3M3FA 2THIA 1IITA 1II5A 1Y4CA 2HFBA 2YPNA 1LCTA 4PP0A 4GXAA 2AYSA 2DS9A 4N13A 3SEYA 4X1BA 4POXA 1JETA 4KCDA 3KN7A 1ELJA 4H1XA 4TQUQ 1JW4A 3DP4A 3FXQA 4GRKA 3MZ9A 4WEPA 3A3UA 2H5YA 4QSCA 4HCYA 4I1DA 1WODA 4KCCA 3U72A 5HPQA 3JV9A 2Z8DA 2A5SA 2NWJA 3C33A 3OO8A 3PPQA 5DEXB 1QUJA 5I56B 5TPAA 1XOCA 1Y1ZA 2I48A 2ZYMA 2DWIA 1M5DA 3MPKA 1MY0A 5TU0A 3E4RA 2IEEA 2Y7WA 3TTMA 4TLMB 3K1PA 4Q5TA 1B9JA 3E3KA 4JB7A 1MQJA 4QSDA 2HXWA 3Q25A 4YICA 2NUVA 1AL3A 1Y3QA 2DVCA 4ONYA 1FQCA 2Y7IA 3LBSA 2QL3A 2DE4A 1VSOA 3RTWB 3IORA 1B1XA 4GWOA 2O69A 2F36A 3IJXB 1MXXA 1USYH 1FQEA 5J1DA 4NF8A 1MH4A 4QFLA 4IO5A 1GV8A 1S50A 1FTLA 4WXJA 3N6TA 4ZEBA 3TUSA 5CMMA 4F29A 4ZS9A 2IA4A 1ZTYA 1MM6A 2UVGA 4GL0A 3DELB 2A5TA 4JWOA 4C0RA 4G68C 3EHUA 2DP8A 2Z8FA 5I2NB 1S9TA 2O51A 3U92A 4MLVA 4LZ7A 3WAEA 1T0KA 1EZPA 2RCAA 3CSGA 3BKIB 1I6AA 3QK6A 2WKYA 3L6GA 2B3BA 4YKPA 5EYFA 4WKMA 2Q2CA 1PEBA 5AA4B 1P1NA 4EQ7A 5FTHA 3B6WA 2R6GE 3MZ1A 4H5FA 2V3UA 3QIMA 1M5FA 3Q29A 5BUUA 2E0SA 4G77A 4EDPA 3CSBA 3FV2A 2ZXTA 4H65A 1AH5A 1Q35A 1B46A 4QFPA 3OMBA 3VV5A 2XXTA 1N0TA 3THIA 4XKQA 3GBAA 5JTYA 1QULA 1N84A 4RK2A 2OK2A 4OQOA 3D4GA 2UVJA 1N76A 1QJMA 4DE8A 3PUYE 3EN3A 3IO6A 4PE5B 3KJ7A 3SEWA 1MDP1 3EHTA 3SEVA 4IY6A 4YB7A 4R9FA 1RYOA 2ZYNA 1ZIUA 3IR1A 4ZEDA 3G3GA 2HCAA 4LP2B 4NEDA 2DWAA 4X48A 1A7LA 2OJTA 2RF1A 3OEKA 1IEJA 1SW5A 4N07A 4FIMA 4BDLA 4YU0A 2PMSA 3TYHA 1URGA 3I3VA 1SW2A 2X7PA 3B6TA 3AXFA 4E0WA 3OEMA 2OLBA 4LZ5A 4X9TA 5K2XA 3IAZA 1VE4A 4ND9A 3CG1A 3LSWA 1B2HA 1FQBA 1CB6A 2Z8EA 3V89B 4ESXA 1MPBA 1DTGA 3PPPA 3RT6B 2F8DA 4KYDA 3TTKA 2Q8JA 3T93B 3T96B 3RN8A 4OESA 4YB6A 3A3CA 2OBGA 1O63A 4YKJA 1WVJA 4QFNA 3VVFA 4FEDA 2ZYOA 4I8CA 4I9DA 2XXYA 5B70A 3CFLA 2UXAA 3K02A 3O9PA 1A55A 2QMXA 4G68B 3Q26A 4U1OA 5JEIA 1PB7A 3H6TA 1UTHB 5I2KB 4F1VA 2GH9A 4JWXA 4KFQA 1H3DA 2QS3A 4DXBA 3GZGA 1J1NA 1B05A 5DVFA 3UK4A 3KN3A 4ZDMA 1N7WA 3MBPA 2UYEA 3IOTA 5TP9A 3V8XB 4G8HA 3MP8A 3VVDA 2R9JA 4RK9A 5CMBA 3MP6A 1YAEA 4YMBA 3O66A 4LVQA 4QFOA 5H8QA 4AB5A 5H8HA 1MQGA 1IXGA 3RPWA 2XX7A 1NNPA 4BLAA 5I84A 2ZNUA 3CFXA 5FTIA 2X26A 4U2RA 3VLWA 1IXIA 3OSQA 4QFKA 5M2VA 3JZJA 1Y4TA 3PMXA 4R73A 3H6WA 5I57A 5H8NB 3R7XA 2XD2A 2F6GA 1SW1A 3KN8A 2VOZA 4E0XA 3OXNA 5FHOA 1OIBA 1B3LA 4PFWA 4LQ2A 4EXLA 4WEDA 3GXAA 1D9VA 2UVHA 4NE4A 3S9MC 2O84X 2QPQA 3MJNA 4F1UA 2DXYA 1H45A 3T9VA 3HHGA 4KR5A 3BFTA 5B7DA 2NVUB 4MBPA 4RPOA 3CIJA 1AIVA 1H43A 5BWJA 5L9SA 1ANFA 5JK4A 3MVXA 2CMOA 1BIYA 5CMKA 1XT8A 1POY1 3QYTA 4ZZAA 4OMBA 1DPPA 1P1QA 3TTNA 2NXOA 4GIZA 4OZ9A 2O7IA 4YMAA 5ITPA 1BP5A 3IL1B 3UA8A 3MZBA 2I4BA 3C36A 1LFGA 1P1WA 3FIRA 3O97A 4FJPA 3EF7A 5I2KA 4OWDA 1UTBA 1PDAA 3K6WA 3PPOA 1N3XA 4H0WA 3RNNA 3FVOA 3H6VA 2DWJA 4NF8B 3V83A 3G7WA 3Q27A 1ZU0A 2F5XA 4NTLA 4KYEA 2Q89A 5KZTA 3EQ1A 2I58A 3K6UA 2A5TB 4ELOA 1GTKA 1B7HA 1MY2A 3K0VA 2F7AA 1MPDA 3KOTA 5ICQA 2O6AA 1JEVA 5IKBA 4RXLA 5ELVA 4F22A 5L8DA 3G3HA 1SYHA 1R6ZA 4F18A 2G29A 1EZOA 3MPLA 4XKNA 3DP6A 1NNFA 1F9BA 2OZZA 2ZYKA 5H8NA 2XXWA 1O64A 2OCUA 3HPIA 1SI1A 1GVCA 3C9HA 4TOZA 2AL5A 3TELA 3D4CA 4R9GA 4ZEIA 5DVJA 4RY1A 3PUVE 1HSLA 3VLVA 5I59A 5CBRA 4KHZE 1LSTA 2QRYA 2HQ0A 4FORA 1LFIA 5JTYB 1LCFA 1NL5A 1OQGA 3TMGA 3U94A 4X1DA 4UA8A 4C1TA 4P0IA 4MH5A 3ZKLA 3MAMA 3K6XA 5HBCA 3ONMA 3TAJA 4ESWA 4YKKA 3SEUA 3B6QA 5DYHA 3IOUA 4U4XA 3MW0A 4IO2A 3RY3A 1P1UA 4NMYA 3JYRA 4NF6B 1NNKA 1Z7NE 3O6HA 4ELQA 4RNSA 2V3TA 3QSLA 3SKPA 1JNFA 1B51A 3PPNA 2VD3A 4G4PA 2HAUA 3VXCA 3SDFA 3MUQA 4LQ5A 3QUJA 5A5XB 4N6PA 4LATA 2XXPA 3VDFA 3G3JA 1RYXA 4DZ1A 5ICTA 1M5EA 1NH7A 2B65A 3V5AA 4AQ4A 2XXVA 4PFUA 1Y20A 3PD9A 1B7UA 2F78A 3TODA 3PPRA 3GBBA 3M8UA 2ONRA 3K4UA 1DMBA 1BLFA 4QSEA 5AA1A 4HW8A 1OLCA 4G2ZA 4RJZA 3FGSA 3ZS6A 2OWTA 1PBQA 3TTRA 3FXRA 1GR2A 5KCJA 3PUWE 2XXXA 2AL4A 3HV1A 2ALUA 1B3GA 1MQHA 3LC8A 2RINA 1SYIA 2Q88A 4F19A 3VE1B 3KG2A 1LGBC 2V93A 5TP9B 1B3EA 4H5GA 4P11A 1D4NA 4ECFA 4XKPA 2D3IA 3LSFB 3HCQA 1A54A 4OXVA 5H8QB 4F2OA 3FJMA 5H8HB 4U23A 3TCHA 1SI0A 5DVIA 4ZECA 1FTOA 1EH3A 1R9LA 1B3FA 3TQLA 2XXUA 1XC1A 3OO6A 4DIGA 3MQ9A 4IGRA 3OO7A 3SERA 3T9HB 4HS7A 3R26A 3LSLA 3U93A 4BDQA 5I57B 1POTA 4NF6A 2PT2A 3C31A 1TXFA 1B1HA 3PV0E 1IZ1A 1PB9A 3K6VA 4IB2A 3KBRA 4ZE8A 4DXUA 2DVZA 2ZNSA 4OENA 5A5XA 3FZVA 1LB9A 2UVIA 1JVYA 3N6UA 4H67A 4OFLA 1FTMA 1OQHA 2RCBA 3SEXA 3FVGA 1Z7ME 3T9XB 2H4IA 4U4SA 3Q28A 4GXSB 1I69A 4EQ9A 2ANJA 2QSXA 3MVWA 1DOTA 3I5OA 2XXIA 1MG1A 4H8JA 5CRYA 2Y84A 4F3GA 1MY3A 3IO4A 3ZSFA 2VHAA 3M3KA 2V25A 1MXUA 1MPCA 4K3FA 1Y1MA 1UTBB 4JSOA 4F39A 3IX1A 3IJOB 3CRBA 3TCGA 1SVXB 4Z7EA 1H76A 3VXBA 1NH8A 3LSXA 3H4ZA 2GHBA 4MF3A 1VFDA 1B52A 3RT8A 3O6IA 1PB8A 2XX9A 4R2BA 3S9NC 4EF1A 1QW0A 5AA3A 4YB5A 1FQAA 3H06B 4R74A 1USYE 2HAVA 3TQWA 2NOOA 3KEIA 3EPEA 4JWYA 3S9LC 2F6PA 4KQPA 5KDTB 1LB8A 3IOWA 1D9YA 3N26A 1M5BA 3OOAA 4Z0IA 3TKDA 5IAIA 4IO4A 4ZEFA 5AA2B 4DLDA 2BJJX 4DDDA 1FTJA 1YCJA 3O6GA 1A8EA 1S7YA 3K01A 3OSRA 2PVUA 1H44A 4IO3A 3W9VA 5H8SA 3VLUA 4EQBA 5I59B 3K00A 4ZE9A 1D3KA 3E9XA 4ELPA 3N5LA 1B5IA 3PUZE 2RKMA 4KPTA 4O3BA 2REJA 4ELRA 2XHDA 1M5CA 3UP9A 3IB2A 4G8NA 1Y9UA 1N04A 3EHSA 1I6QA 1TFDA 5CMCA 4NWDA 3USDA 3B7DA 3LUYA 3HO7A 3VVEA 4FAJA 3MWBA 4NF4A 2RC8A 2P2AA 4GLIA 4NF5A 2GRVA 5L9MA 1XS5A 1UIVA 3OENA 4KYSA 5EHSA 3ILUB 3K2DA 3UIFA 2DQVA 3A09A 2R71A 2QMWA 4F2QA 2XXHA 3HN0A 4NWCA 4MFIA 1URDA 3FJ7A 2HZLA 4ZEKA 1SW4A 3PU5A 4EXKA 1NFTA 2HZKA 4GOTA 4DCXA 1LFHA 3DM0A 3FXUA 1P1OA 3S2VA 3KGCA 1SBPA 2W7YA 1AMFA 4RYAA 1DSNA 4FEBA 3RQTA 3PUXE 4IGTA 1QKAA 1MDQA 2QS2A 3U8QA 2P1SA 3S4UA 1MXWA 2B3FA 4OFJA 3W9WA 3QXMA 5KDTA 4MLQA 1A40A 1OVBA 1MXZA 5CC2A 4IO6A 3IB1A 3PMVA 4Q30B 4XKRA 1RKMA 5AA2A 3O29A 4QF9A 4RPNA 3C4MA 1MH3A 2ZMBA 3T22A 4OVJA 5AE4A 5KCJB 1QUIA 3CFZA 5ISUA 1A8FA 3FD3A 1MM7A 3MC2A 3M3LA 5CBSA 4QRZA 2F35A 1BKAA 1EZ9A 5I58A 3G3FA 2KLFA 2Q9TA 1MXVA 3W15C 3WAFA 4HTGA 1XVXA 4KI0E 3TPAA 4JDFA 3L6HA 1ZKBA 3P7IA 4LA9A 2DXRA 3SETA 1IXCA 4GQOA 1UQWA 4YAHX 2PBWA 2UYFA 1GGGA 4HCWA 2Y7PA 1DTZA 1EU8A 4EUOA 3U1OA 2XXQA 2RC9A 5L9OA 3I6VA 4JXIA 3TTLA 3KOSA 4BDRA 3FVNA 1ATGA 1OMPA 1ZBMA 1B40A 3UORA 1QUKA 3MP1A 3FASA 4AB6A 1JEUA 1IIWA 4F3SA 4R75A 2H9BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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