5HBCA

Intermediate structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at 2.79 angstrom resolution indicates the softening of iron coordination
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of iron saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 6.8 indicates a weakening of iron coordination
pubmed doi rcsb
total genus 112
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA02
1LFIA 3H4ZA 3OO7A 3MAMA 3CG3A 3KN8A 3H3GA 5AA2D 2PT1A 2I48A 4OWDA 5H8QA 3KEIA 3U93A 4F31B 5HM4B 5I56B 5FHOA 1A40A 4TQUQ 1QULA 2HEUA 4G77A 3FXRA 5ICTA 3VDFA 1P1UA 1UIVA 1AH5A 1B6HA 1OLAA 3GXAA 1N7WA 2XX7A 3RT8A 3P7IA 3VXCA 1H76A 2ALUA 1OQGA 3C31A 1LCTA 3CFZA 3RNNA 3V5AA 1SBPA 1QKBA 3CR9A 1LSTA 3GZGA 2VD2A 3I3VA 4EXLA 4NWDA 1MDQA 4U22A 5I56A 4F2QA 5KCJA 5CBRA 4OFLA 1EZPA 2XXTA 3LBSA 3IB2A 1EU8A 3IO4A 1XVYA 3ECRA 3C4MA 4LZ5A 1L5TA 4RPOA 3K02A 3D4CA 3VXBA 2ZYMA 3V8XB 1PB7A 1PB9A 3IX1A 3CFXA 5ICQA 1B3FA 2DYXA 4QFOA 1D9YA 3RTFB 1P1WA 3C35A 3HV1A 1R9LA 2HZLA 1I6AA 3TTRA 1FTLA 5L9MA 3OOAA 4PFWA 3O6GA 3FIRA 4PETA 5FHNA 3ILUB 3O6IA 4QFPA 1ZBMA 1URDA 5CMBA 3I5OA 3GLBA 4X9TA 4F29A 1Z7ME 3FXUA 2H99A 3UK4A 4NEDA 2DOJA 1LAXA 1P1OA 4K3FA 2DE2A 3PU5A 1N76A 2F36A 4NWCA 3S9NC 2XX9A 3DP6A 3MP1A 2G29A 3U1OA 4RK9A 4IB2A 2IA4A 2Q2CA 4OMBA 1YPNA 1OMPA 3PUXE 3G3HA 4R9GA 3FGSA 2D3IA 1IXGA 4YKIA 1M5BA 1B5JA 3G3IA 5I2NB 5HPQA 4ISUA 3M3LA 5H8HB 1NH8A 4OEUA 3IOVA 5DVJA 5FTHA 3D4GA 4GQOA 2F7AA 4OETA 3FASA 3MVYA 4E0XA 2RKMA 2Z8DA 4JSDA 3KGCA 3RTWB 2F78A 4I62A 3ONMA 3A09A 1MXWA 2ESNA 2XX8A 1IUDA 1R1NA 1Y3PA 4F2OA 3PPPA 3O2AA 3H03A 4POWA 4GVOA 1RYOA 1B3GA 4M1VA 4F1VA 1Y4CA 4C1UA 1TFDA 1M5CA 2R9JA 5I2NA 2OLBA 5H8HA 2I0BA 4QFKA 3VE1B 3VVEA 3FATA 1AL3A 3T93B 3EHUA 4HW8A 3CSBA 1SW2A 1SW1A 2AIXA 2YJPA 3KJTA 2VD3A 4Z0IA 1B1HA 2NOOA 4FAJA 2XXPA 4M4GA 4H67A 3QAXA 3H6TA 5CC2A 3G3GA 3RUMA 4NMYA 4RXLA 1IZ1A 1URGA 2F34A 3V89B 4G68A 4GXSB 4OERA 4F19A 2QMWA 4AB6A 1Y20A 3H6WA 4QFLA 4NF6B 4F1UA 3IB1A 1TWYA 1SI1A 3A3UA 3MZBA 1WDNA 3FJMA 3TTNA 2ABHA 1MQDA 3S9MC 3TCGA 2R6GE 2V3UA 4IO7A 3G3FA 3B7DA 5EHMA 1CB6A 3RN8A 2BJJX 4PE5B 3N6TA 2F8DA 3C32A 5CBSA 1LB8A 4NF8B 2DQVA 4RNSA 3FD3A 2CZLA 1IXIA 1H43A 1WVJA 4NF6A 1DOTA 4NF5B 1B5IA 1FTKA 1URSA 4WEPA 3M3FA 2UYEA 4I9DA 1B32A 1GV8A 1NFTA 4AB5A 1QUJA 1US4A 4ONYA 1EH3A 3SEVA 1S9TA 4O3CA 3K6WA 3ZSFA 1VE4A 4KCCA 3R26A 3SKPA 5M2VA 1A7LA 3B6WA 3O29A 4NF8A 4G4PA 1JEVA 3BFUA 3MPLA 2YLNA 3EQ1A 3IJOB 4G68C 4ELQA 1ATGA 1I69A 4ESWA 3MW0A 1Y1ZA 3PGFA 1PEBA 4NF5A 2O7IA 3TZAA 3ZKKA 2RF1A 2Z23A 3SEWA 4GRKA 4YB6A 5KDTB 3MP8A 1ZTYA 5DT6A 4RYAA 4U21A 4TLMB 3S4UA 2VOZA 3SETA 3QSLA 1Q1KA 3KBRA 1FQDA 3DP4A 2E1SA 3UGWA 4LQ2A 4O3BA 4KQPA 4U1OA 3MWBA 1OVTA 4UACA 5I2KB 4Q5TA 2REJA 2PMSA 3K4UA 2ZNUA 1B7HA 4OXVA 4YB7A 2QS3A 4QHQA 2M8CA 3UORA 1XT8A 3O6HA 4EXKA 4ZZEA 4KFQA 4LP2B 5KDTA 4OFJA 4IO2A 4MLVA 4P0IA 5LOMA 1B51A 5AA1A 2ZMBA 1P99A 1FQEA 3OXNA 3UA8A 1HSJA 4WKMA 3VLWA 2V25A 4BDRA 2I3VA 4G8HA 2GHAA 4U2RA 4LQ5A 5I2KA 3FJ7A 1JVYA 1LLSA 1MM7A 2X26A 4C0RA 4F18A 5JK4A 2Q2AA 4QSCA 4GD5A 3OEMA 2X7QA 3IJXB 3Q25A 3FVGA 4GXAA 1YAEA 1QUKA 4ZEDA 2Z22A 2QJEA 2I4CA 3K6VA 3OSRA 1D4NA 4KPTA 4N07A 5KCJB 2ZNSA 4DDDA 2PVUA 2FNCA 3KZGA 4QF9A 1USYH 1DPPA 3HO7A 3ILTB 3E9XA 3IL1B 2H25A 2DVCA 2HAVA 1MY0A 1RYXA 3MVZA 1UTHB 1BIYA 4LATA 4N6PA 2B3FA 4H65A 1LBBA 2DSFA 1RKMA 3MUQA 4DXCA 1H3DA 4FEDA 2GH9A 3E13X 4LUBA 1B3LA 1SI0A 2Y84A 5TU0A 4FECA 4FEBA 3M8UA 1SYIA 4R72A 3EPEA 4I1DA 3K1PA 2RC8A 1LGBC 1SVXB 1JW1A 3IR1A 3CSGA 1CE2A 2YPNA 3LSFB 3OD7A 1I6BA 2QMXA 1MY3A 4OTEA 1B5HA 1DTGA 2XXXA 3T9UA 1MRPA 1R9QA 1QW0A 4R6HA 4GL0A 2VP1A 2XXVA 4YU0A 5CRYA 1UTHA 3QYTA 3BFTA 1WODA 1FQBA 4KYDA 3ZKLA 1Y3NA 1T0KA 4N13A 4ELPA 4KD5A 4ZDMA 4G2ZA 3PMWA 3C33A 4H5GA 4RA1A 4DE8A 3EN3A 2E0SA 1ELJA 1IIWA 3C9HA 4U4SA 1Y9UA 4Q8RA 3TYHA 4R6KA 1MY4A 1MXYA 1SD3A 3K00A 4MLQA 3G3KA 1B52A 1JVXA 3TAJA 3KN7A 3C34A 3EHSA 1AIVA 1HSLA 3S9LC 1Y1MA 3MQ9A 4F1YA 1OQHA 3PMXA 1LAHE 2NWJA 3AXFA 2PYYA 1N0TA 2UYFA 2VGQA 1PB8A 3FVOA 4ND9A 3MP6A 3R7XA 3T9VA 3MJNA 1BKAA 2PBWA 2WKYA 3IAZA 2QPQA 3QXMA 2GFEA 4C1TA 4QFNA 2RCBA 1FQCA 2HXWA 4KR5A 3CRBA 3H6UA 4JWXA 2DWHA 1D9VA 4YMBA 1VFDA 1R6ZA 3DELB 5A5XB 1FTMA 5K2XA 3K1MA 3T66A 3T22A 4G68B 3FV2A 1MXVA 3PPRA 4WXJA 1LCFA 1MH3A 2XXRA 2UVHA 1ZKBA 3VVFA 3I6VA 2OK2A 5TP9B 4BDQA 5J1DA 4U1ZA 4GIZA 3F11A 3L6HA 4XIGQ 4LZ7A 3PD9A 3HPIA 4YAHX 1FW0A 3PUWE 1MXUA 3WAFA 3TTKA 4ZZAA 2O51A 1JETA 5A5XA 4H5FA 3U94A 4NTLA 4LZ8A 4ZECA 4XKNA 4TLLB 2Q89A 1EZ9A 4BDNA 1B40A 2F97A 5ISUA 2ZXTA 1QVSA 4O3AA 2P0SA 3HSTA 4JBZA 4EDPA 5I84A 4ZS9A 5TP9A 4JWOA 5F1QA 4IO5A 4BDLA 4FATA 2QL3A 1P1QA 1FQFA 4NE4A 4X1DA 1B2HA 4PQJA 1UQWA 2A5TA 2F7BA 4JDFA 4DCXA 2QSXA 1JNFA 3HCQA 5L9OA 3RPWA 2I6EA 3USDA 3WAEA 2F7CA 1F9BA 2HAUA 5I59B 1A99A 4OESA 4IY6A 4KCDA 4LVQA 3U72A 1NNFA 1ZLQA 5H8FB 1LB9A 4EQ7A 1LFHA 4ZEBA 5H8NB 3GBBA 4JXIA 1MH4A 1B1XA 3VLVA 2I0CA 5EHSA 1B3HA 4IGRA 5L9SA 4U23A 1M5EA 1EZOA 1QJMA 4F3SA 2UXAA 2QS2A 4Q0CA 5CMMA 4F3GA 4RK2A 3TODA 3Q28A 4MF3A 2XXYA 4NF4B 5CMCA 4MFIA 1MS7A 4YKJA 4R73A 3L6GA 5BWJA 5I57A 5EYFA 5I59A 3LR1A 4EUOA 1NL5A 3KSJA 4FE8A 3HHGA 5HBCA 5H8FA 3TUSA 5H8NA 1ZU0A 4TOZA 1FTJA 3KG2A 5CM6A 4JB7A 1P1NA 3TTLA 2OCUA 2ZYNA 2ONRA 4YZZA 3T9HB 4OHNA 4P0GA 4NF4A 3H06B 5BUUA 3OENA 2XHDA 4THIA 5AA2B 4ZEKA 2B3BA 2NVUB 1BTJA 1MQHA 3K1NA 4H8JA 2ZYOA 2Y7WA 4YMAA 3EHTA 4YKPA 1XHYA 1BP5A 2RC7A 1SDXA 1SQYA 4BDMA 4R6YA 1FTOA 3PUVE 4JSOA 2O1MA 4QRZA 1IXHA 2DS9A 3CIJA 1GGGA 3MVWA 1B0HA 3FZVA 4HS7A 3MVXA 1B9JA 2W7YA 4EF2A 4EF1A 4IO3A 2UVIA 4QSDA 3IOWA 1FCKA 3N5LA 5F7VA 3W9WA 3PMVA 1NMUA 2Y7KA 3LSLA 5AA2A 2O1LA 2NXOA 2O7UA 2ZYKA 3QUJA 5ITPA 2H5YA 1LBCA 1GTKA 2D5WA 1B58A 3UIFA 1IITA 4F39A 3U92A 3UN6A 4U4XA 3M3KA 2G93A 3TCHA 4FIMA 1Z7NE 2HZKA 2QRYA 3MBPA 4H0WA 2HQ0A 1SYHA 3EF7A 3Q27A 5B7DA 4F22A 1J1NA 3OMBA 1QKAA 1A55A 2AL5A 3IOTA 3ZS6A 1DPEA 2ZNTA 2PT2A 2NUVA 2DWJA 1Y3QA 2DE4A 4MBPA 3N26A 2OWTA 2XXHA 3TDJA 1Q35A 5DEXB 1LAGE 1PC3A 3KN3A 2H9BA 4XXUA 2XXWA 3O28A 2H4IA 2PX1A 1O63A 4P11A 3RY3A 2I3WA 1QUIA 2GHBA 2OBGA 2XD3A 2Q9TA 1POTA 3KFMA 4H6DA 4GLIA 4ESXA 2P1SA 3K6UA 1XVXA 2XXQA 2DVZA 4HCWA 5I58B 4R75A 3Q26A 3JZJA 4ECFA 3JYRA 3K01A 2H98A 2V3QA 5ELVA 2XXIA 2REGA 4ZEFA 2KLFA 1NNKA 1DMBA 3PUZE 3G7WA 5L8DA 4EQ9A 1UTBB 1O64A 4UA8A 5DEXA 3OEKA 2RCAA 2FA7A 3THIA 2UVJA 4QSEA 4ZE9A 3CI8A 3OO9A 5CI5A 3H6VA 5JTYB 4OYVA 4GOTA 1USYE 1ANFA 3K0VA 3TFLA 3DM0A 4RJZA 2DE3A 3U8QA 1KWHA 2LAOA 3FV1A 2UVGA 2Q8JA 2QS1A 2O6AA 5I58A 2Y7IA 3QIMA 2I4BA 1D3KA 2DWAA 2XD2A 3MC2A 5DVIA 1UTBA 3VFJA 3R6UA 3T96B 4YICA 4H8IA 3DP8A 2I49A 3LSWA 3MZ1A 4Q30B 1XS5A 4R9FA 1DSNA 1MPCA 1S50A 4KYSA 3T9XB 3RLFE 1XC1A 5JTYA 1TT1A 4PFYA 1JW5A 3KOTA 4IY5A 3FVNA 4DXUA 1JW4A 4LONB 3TKDA 2Z8EA 3PV0E 2DXRA 5DVFA 1LFGA 3PPNA 4HCYA 1SW4A 3LC8A 2DWIA 2IEEA 1XOCA 1OLCA 3RQTA 1MXXA 3OELA 3HHFA 4R74A 1A8EA 3GBAA 4LA9A 3FXQA 1NH7A 5AA4B 4ELRA 3HN0A 1US5A 2I58A 1B7ZA 2DP8A 2A5SA 1SW5A 1YCJA 4BDOA 1PBPA 3KSXA 1A54A 2OZZA 1M5FA 3FJGA 3N6UA 3TMGA 3SERA 3PUYE 4JWYA 2VHAA 3B6TA 1HSEA 3Q29A 5FHMA 1GVCA 3G3JA 4GFRA 3MPKA 2CMOA 3IB0A 1GR2A 3TTMA 4GL8A 3PD8A 1AMFA 3VVDA 2GRVA 1B05A 2V84A 1O7TA 2ANJA 4OENA 3BKIB 5AA3A 5FTIA 1YTVA 3TQWA 4DZ1A 2F6PA 4PFUA 2A5TB 5AA4A 1JQFA 3OO8A 4RPNA 4KYEA 5JEIA 4PFTA 5DYHA 1B4HA 1ZIUA 4DCYA 4IO6A 1POY1 2X7PA 3IORA 2O84X 2HCAA 5AE4A 4ELOA 3KJ7A 1N3XA 3OO6A 3IOUA 2V93A 3PPQA 3W15C 1M5DA 4FORA 4H1XA 4DIGA 1H45A 4X1BA 1BLFA 3RT6B 3MZ9A 1LAFE 4R2FA 4XKRA 3TPAA 1VFEA 4ZE8A 4F3BA 3H7MA 1II5A 2R71A 4I8CA 3IK6B 4WEDA 2B65A 2RC9A 4Z7EA 5I57B 2HFBA 4OVJA 4XKPA 5CMKA 1TFAA 4GWOA 3S2VA 4GF8A 4IO4A 1NNTA 2Z8FA 5ITOA 5KZTA 4YKKA 1N7XA 4OQOA 3TELA 2RINA 2OWSA 3C36A 1N3WA 1MPBA 3W9VA 1N04A 1IEJA 1OIBA 1S7YA 1B3EA 5K2YA 4MH5A 3BBRA 3N94A 4L17A 3DLNA 3E3KA 4OEVA 2DXYA 2ONSA 4F3PA 3JV9A 4R2BA 5H8SA 1B4ZA 1B46A 3QUFA 1B0LA 2O68A 4PP0A 3VLUA 3SESA 3KOSA 1MXZA 4XTCQ 1NNPA 4XKQA 4OFOA 3PPOA 1NKXA 3O66A 2AYSA 2OJTA 1VSOA 2F5XA 5DTBA 1H44A 1Y4TA 3S9EA 1MDP1 1FQAA 3TEPA 1I6QA 3V83A 1MG1A 1ZMGA 3A3CA 3VV5A 1VR5A 5B70A 1ZJLA 2Y7RA 2ONKE 2P2AA 4KHZE 1UIUA 2D21A 2V3TA 3CG1A 1MY2A 4POXA 1PDAA 4ZEIA 4BLAA 1AOVA 1MPDA 3LSXA 2Q88A 3SDFA 1A8FA 1JEUA 3E4RA 1B7UA 1N84A 4RY1A 4X48A 4KI0E 2O69A 3CVGA 4OZ9A 3ODBA 1DTZA 1IXCA 3FVKA 4HTGA 1TXFA 5IAIA 5TPAB 4AQ4A 4EQBA 3TQLA 3B6QA 3K2DA 3SEXA 3LUYA 4G8NA 3QK6A 3TCFA 4YB5A 1MQJA 1MM6A 2AL4A 2Y7PA 3FUZA 3CFLA 4G8MA 5IKBA 4IGTA 3UP9A 2THIA 5H8QB 3O97A 2F35A 1MQIA 1IQ7A 3RGYA 3SEYA 2FYIA 3K6XA 3SEUA 4E0WA 1OVBA 3O9PA 4FJPA 1MY1A 4DXBA 1MQGA 2F6GA 2XXUA 2QS4A 1PBQA 5TPAA 3IO6A 3OSQA 4DLDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NV2A 1LFIA 3H4ZA 3OO7A 3MAMA 2PFZA 3CG3A 3KN8A 3H3GA 5AA2D 2PT1A 2I48A 4OWDA 5H8QA 3KEIA 3U93A 4F31B 5HM4B 5I56B 5FHOA 1A40A 4TQUQ 1QULA 2HEUA 4G77A 3FXRA 2ZZWA 2XWKA 5ICTA 3VDFA 1P1UA 1UIVA 4DI4B 1AH5A 2ZZVA 1B6HA 1OLAA 3GXAA 1N7WA 2XX7A 3RT8A 3P7IA 3VXCA 1H76A 2ALUA 2R8TA 1OQGA 3C31A 4GWZA 1LCTA 3CFZA 3RNNA 3V5AA 1SBPA 1QKBA 3CR9A 1LSTA 3GZGA 2VD2A 4PC9A 2GQ1A 1LBVA 3I3VA 4EXLA 4NWDA 1MDQA 4U22A 5I56A 4F2QA 5KCJA 5CBRA 4OFLA 1EZPA 2P3NA 2XXTA 3LBSA 3IB2A 1EU8A 3IO4A 1XVYA 3ECRA 3C4MA 4QBAA 4LZ5A 1L5TA 4RPOA 4N6DA 3K02A 3D4CA 3VXBA 2ZYMA 3V8XB 1PB7A 4O94A 1PB9A 3IX1A 3CFXA 1KZ8A 5ICQA 1B3FA 2DYXA 4QFOA 1D9YA 3RTFB 1P1WA 3C35A 4HE1A 3HV1A 1R9LA 2HZLA 1I6AA 4PFBA 3TTRA 1FTLA 4O8MA 1NI9A 5L9MA 3OOAA 4PFWA 3O6GA 2VT5A 3FIRA 4PETA 5FHNA 3ILUB 3O6IA 4N4UA 4XFEA 4QFPA 1ZBMA 1URDA 5CMBA 3I5OA 3GLBA 4X9TA 4F29A 2XWOA 4AS4A 1Z7ME 4GWYA 3FXUA 2H99A 3UK4A 4NEDA 1DBZA 5EYHA 2OX3A 2DOJA 1LAXA 1P1OA 4PE3A 4K3FA 2DE2A 1NV4A 3PU5A 1N76A 2F36A 4NWCA 3S9NC 2XX9A 3DP6A 3MP1A 2G29A 3U1OA 4RK9A 4IB2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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