5HBCA

Intermediate structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at 2.79 angstrom resolution indicates the softening of iron coordination
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of iron saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 6.8 indicates a weakening of iron coordination
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA02
1ZIUA 4GVOA 2DWIA 4KPTA 3N5LA 2F7BA 2DS9A 3UIFA 5JK4A 1D3KA 4IO4A 4Q30B 2Z8FA 4DXCA 4FJPA 4IY6A 5AA2A 3OENA 4PE5B 5JTYB 3WAEA 5I59B 1QUKA 5H8NA 4BDQA 2W7YA 1DPPA 5TPAA 3E3KA 4ZE9A 1XC1A 3DELB 4YB5A 3USDA 3K02A 4RA1A 4M4GA 1OMPA 3C33A 1B3FA 1H3DA 3O97A 2UVGA 4Z7EA 2P1SA 2XXQA 1MRPA 5BUUA 1YCJA 1B4ZA 4ZZAA 2DVZA 2E0SA 2NWJA 3LC8A 4RYAA 3B6WA 4YB7A 1PB7A 3FIRA 3LUYA 3T9HB 4GFRA 2H99A 3CRBA 3IJXB 4QFNA 1EZOA 2Y7RA 4QFPA 3TZAA 3CSBA 4MLVA 4ZEDA 2QL3A 3V83A 1EH3A 4YKJA 3TFLA 4OFLA 5DTBA 4F1UA 3EHUA 1P99A 2Y7PA 4KYSA 2Y84A 3LR1A 3W9WA 3IOWA 4F29A 1MH4A 3TCGA 4HCWA 3OSRA 2AL5A 1JEVA 1ZTYA 1URDA 3MP6A 1B4HA 5JTYA 4PQJA 3O6GA 4UA8A 5I59A 1H43A 3MVWA 2V25A 1NNFA 3K1PA 3FJMA 2XXUA 4O3CA 1NNTA 1I6AA 4MF3A 3VFJA 2PX1A 1P1QA 2R6GE 1MQHA 4U4SA 2F97A 2XXXA 3C4MA 4PFWA 3S9MC 1OQGA 1N3XA 2H5YA 1A8EA 1ZMGA 4QFOA 2XXRA 2F5XA 1XVXA 3PPQA 4XKNA 3A09A 3BKIB 4L17A 3FVKA 4NMYA 1A7LA 2Y7WA 2G93A 1MY4A 2O1LA 2RCAA 3Q29A 3ILTB 4FIMA 3HPIA 1TT1A 4HTGA 4FATA 5KZTA 4EXKA 4F3SA 3PV0E 4F1YA 1BP5A 2THIA 4JDFA 4U4XA 3H6WA 4OYVA 4U2RA 3SEYA 5BWJA 1IQ7A 3MP1A 5CI5A 1SI0A 3EQ1A 3KBRA 3OO6A 2VGQA 2I4BA 3MW0A 2I3WA 3ZKKA 3SERA 5CMCA 3KZGA 3OO7A 3H03A 5L9MA 4ECFA 5H8HA 3DP8A 4GIZA 3K6XA 2DWJA 4QSDA 3C35A 3F11A 4ZEFA 2P2AA 5FTHA 1P1WA 1B7HA 2I0CA 3HHFA 1A8FA 2DQVA 3QK6A 4RPNA 3MZ9A 4RJZA 1Y3QA 3K6WA 2IEEA 1B5HA 3O9PA 4GL8A 1B3GA 2XXIA 4NF8B 1TWYA 3FJGA 3SESA 3G3JA 4RXLA 4X48A 4F3GA 1Q35A 4KHZE 5FTIA 3FVGA 4LP2B 2H4IA 1JW4A 2F8DA 3MP8A 4JWOA 3V8XB 1YPNA 1WODA 2HXWA 3PPOA 3P7IA 3PUYE 3W15C 3GLBA 3O2AA 3RGYA 2HEUA 5DYHA 4TLMB 2CMOA 4JBZA 3IK6B 4KD5A 4JSOA 4PFTA 4IGRA 3TKDA 3ODBA 3K00A 3IB0A 5F7VA 2I49A 4AB6A 5J1DA 2QS4A 4LZ8A 2UYFA 5ITPA 3MVZA 3PUXE 4MLQA 3KEIA 4ESWA 3IR1A 2XX9A 3OOAA 1URSA 4NWDA 3FJ7A 3AXFA 2AL4A 3QXMA 3C9HA 3U92A 3IB2A 3FVOA 2QRYA 2R9JA 4G8MA 5F1QA 3D4GA 3A3UA 4NF8A 1ZBMA 1POY1 1M5FA 4QSCA 4KFQA 1OLCA 4C0RA 2V93A 3H06B 4QF9A 3KSJA 4OERA 2REJA 3TTNA 2ZMBA 3FATA 1Y1MA 5H8QB 1QUJA 1B05A 5AA3A 4ZS9A 3CG3A 3GXAA 2ONSA 1NMUA 5CC2A 5TP9B 4FECA 3TTMA 3VVEA 4EQBA 4YAHX 1NFTA 1UTBB 5KCJA 3S9LC 2ZNSA 1BTJA 2O69A 4GLIA 1MPDA 2LAOA 2CZLA 2F34A 3EF7A 3C32A 3K01A 2ZNUA 4GRKA 2ZYKA 3RQTA 4F1VA 3K6VA 1GR2A 3TPAA 1ZU0A 1XHYA 1N76A 3BFTA 1MH3A 3IB1A 1B51A 3ZSFA 3SEVA 1MY0A 5DVFA 1XOCA 1Z7NE 5DVJA 5I84A 1HSJA 3UORA 1IZ1A 4OVJA 1UTHB 3LSXA 2QS3A 4MH5A 1TFAA 4FEBA 2VD3A 1M5BA 5L8DA 4R75A 4U22A 4BDNA 2Q8JA 4ND9A 4N6PA 4BDMA 1MXYA 1D9VA 3MQ9A 1BKAA 4R9FA 5ISUA 5HPQA 3GBBA 1MQIA 1JEUA 1FQEA 1SI1A 1XT8A 1QJMA 4ISUA 3T22A 1B3LA 5H8QA 3HN0A 4LQ5A 4R2FA 1MPBA 4YKIA 2FYIA 3LSFB 3IOTA 2QPQA 4LONB 1S50A 3PUWE 4ZZEA 1WDNA 1VFDA 1B7UA 3VLVA 4I62A 3RN8A 3H4ZA 4ZE8A 1UIVA 4GL0A 2F6GA 2DE2A 2RF1A 4P0IA 3RPWA 3UGWA 2OK2A 4JXIA 5KDTB 5EYFA 3T96B 4HW8A 1B46A 1CE2A 3EHTA 3SEUA 2H9BA 3PMWA 2OBGA 3N94A 1UTHA 3I6VA 2HZKA 3FV1A 3G3FA 4N13A 1IXCA 1TFDA 3FZVA 1GTKA 1NH7A 3FXUA 1FTLA 2I3VA 1US5A 2NXOA 4RK2A 5H8FB 1L5TA 3KOSA 3CSGA 1MXUA 1SBPA 1A54A 2RINA 4ZECA 3FV2A 3O28A 4GWOA 4XXUA 3I3VA 4PFYA 4JWXA 1MXXA 2O7IA 3WAFA 5JEIA 2HQ0A 1B5JA 3GBAA 3ILUB 4KYDA 3G3GA 3PPPA 1VSOA 4MBPA 3CG1A 3CR9A 3MPLA 4O3BA 2OLBA 2DE4A 4Z0IA 1ZKBA 3L6HA 4OZ9A 3RT6B 2OWTA 2PYYA 2ONRA 3R6UA 4U21A 3BFUA 4H1XA 1Z7ME 3N6TA 3H6TA 2YPNA 1FQBA 3UP9A 3S9EA 5KDTA 1ANFA 2REGA 4RK9A 1Y20A 2UVJA 3IJOB 3B7DA 2I0BA 4DDDA 4PFUA 2ZXTA 1JNFA 1MG1A 1B40A 1SDXA 2X26A 4OQOA 5FHMA 5HM4B 3JZJA 3T9UA 2GHBA 4FE8A 3TAJA 3MAMA 3KG2A 3Q27A 3KN3A 1EU8A 3GZGA 4IO6A 3IOUA 1TXFA 5M2VA 5L9SA 5DVIA 3FXRA 4JSDA 1PB9A 2OCUA 3FVNA 2P0SA 4G8NA 2V3UA 3MVYA 5AA1A 2GRVA 2D5WA 1QUIA 3S9NC 4GOTA 2XXWA 5B7DA 4IO5A 1LAXA 3SDFA 4X9TA 2OZZA 2ABHA 2ALUA 2D21A 1N7XA 3K4UA 1PBPA 1Y9UA 1D9YA 1B58A 1M5CA 4H8IA 4M1VA 1YTVA 1SW4A 1AIVA 2YLNA 1XS5A 1SVXB 2XXHA 4WKMA 2RC8A 1LB8A 2X7QA 3U8QA 4ELQA 1SD3A 1AL3A 2HCAA 3G7WA 5CRYA 5FHOA 2OJTA 2F35A 3TUSA 2Q89A 2DWHA 1IIWA 5CM6A 1JW5A 4DCYA 2F7CA 1FQDA 3QYTA 3N6UA 2G29A 1URGA 3PPRA 4XTCQ 3QIMA 1CB6A 4C1TA 4Q5TA 4ZEIA 2FA7A 3RLFE 3VV5A 3G3IA 3LBSA 1M5DA 1IXIA 2IA4A 4U1ZA 3V5AA 3CFZA 2XD2A 1OIBA 3LSLA 3K2DA 3OSQA 4E0WA 2ZYOA 4NWCA 4Q0CA 2QJEA 3TDJA 1SYHA 2PBWA 1AOVA 4MFIA 2BJJX 4JB7A 3TTKA 1GVCA 3LSWA 4TOZA 4LVQA 2UVHA 4EF1A 3TTLA 3PD8A 5DEXB 5I2NB 1FTOA 4P11A 1PEBA 4OETA 3VLUA 3MUQA 3KJ7A 2A5SA 3CI8A 4BLAA 3M8UA 4IB2A 2HZLA 4IO7A 4OHNA 3RY3A 4OEUA 3M3LA 2H98A 2F36A 2PMSA 3S2VA 1GGGA 3VLWA 5H8SA 1T0KA 5ICQA 3FD3A 2F6PA 1UIUA 3DP4A 4OESA 1HSEA 3KN7A 4OXVA 2DE3A 1P1OA 2DXYA 4OFJA 1P1UA 4F31B 3QAXA 4F22A 1PB8A 5FHNA 2V3QA 3FXQA 2QS1A 3SEWA 4TQUQ 4DLDA 4ZEBA 3TQWA 3OEKA 4GXSB 4EUOA 3HSTA 1XVYA 4G4PA 2Z8DA 1B32A 1SW5A 3TELA 5EHMA 3MZBA 1Y3PA 2O7UA 4HCYA 4P0GA 4O3AA 2ZYNA 4F2OA 2GFEA 1FTKA 4H0WA 2Z23A 3T9XB 3W9VA 3L6GA 1H44A 3THIA 4LA9A 3B6QA 5HBCA 1FTJA 3VXBA 1P1NA 5IKBA 3IL1B 5DEXA 5I2NA 4I1DA 3Q26A 2UVIA 2ANJA 4I9DA 1N04A 3E9XA 4E0XA 3KFMA 1MPCA 3QUJA 1ELJA 3HHGA 1VR5A 1D4NA 3PGFA 3VDFA 3S4UA 1EZPA 1RYXA 3MC2A 4PP0A 5ITOA 3CVGA 2XX7A 4WEPA 2I4CA 4R73A 5A5XB 1MQJA 3C36A 1OLAA 3IOVA 4F3BA 3E4RA 2ESNA 3SKPA 1LAGE 1EZ9A 1J1NA 3VXCA 3OD7A 2F78A 5K2XA 1LAHE 1QULA 3OEMA 3U94A 1JVXA 3TCHA 1OQHA 1DSNA 3OO9A 4ZEKA 2ZYMA 4KI0E 1MXWA 1MY3A 4EF2A 2O1MA 1VE4A 1O63A 1JETA 4FEDA 1MDQA 1N3WA 4BDOA 5AA4B 1O64A 3MZ1A 2Z8EA 3TMGA 2Q88A 1N0TA 1B3HA 3PD9A 4DXBA 4LZ7A 1SYIA 3HO7A 1LCFA 2NOOA 4POXA 2UXAA 3UK4A 4ELPA 1AH5A 5LOMA 3MVXA 1N84A 3M3KA 2DXRA 1IUDA 4K3FA 1QKBA 5CMKA 2YJPA 5TP9A 2O6AA 2Q2CA 4U1OA 5I56B 4RY1A 1UTBA 4YICA 3BBRA 3G3KA 1JQFA 5A5XA 1JW1A 2XHDA 3R26A 1BIYA 1MM6A 2Y7IA 4LUBA 3TODA 2VP1A 2WKYA 4ZDMA 1B9JA 2B3BA 5CBSA 3C31A 2RC9A 4OMBA 1WVJA 1R6ZA 1PBQA 5IAIA 4BDRA 1Y4TA 1F9BA 3ZKLA 3PPNA 3IX1A 1OVBA 3OO8A 5EHSA 4DIGA 4I8CA 1QW0A 2A5TB 2V3TA 5AA4A 1NL5A 1S7YA 3OELA 1NNPA 3DM0A 1B1XA 3MJNA 4KCDA 4H6DA 4X1BA 4YB6A 3O6HA 2QMWA 2Q9TA 3N26A 4TLLB 5I58B 2HAUA 1NH8A 2D3IA 2O51A 4DE8A 5I56A 4DZ1A 2OWSA 3VVDA 1SQYA 2R71A 3G3HA 3KJTA 1MQDA 3H6UA 3H7MA 2GH9A 4H8JA 2HAVA 3QUFA 2RKMA 1H45A 5CBRA 1FQFA 4GQOA 5AA2D 1MY2A 4ELOA 3RTWB 3ONMA 2O84X 3RT8A 1KWHA 4XIGQ 1PDAA 4G2ZA 3OXNA 4FAJA 3IAZA 1LFIA 3B6TA 1RKMA 3PMVA 1NNKA 1LBBA 1DMBA 4RPOA 1FW0A 4OEVA 4EDPA 2DP8A 4NF5B 1LAFE 1B3EA 4GXAA 1DOTA 4EXLA 4F2QA 5L9OA 2A5TA 2XXTA 2DVCA 3I5OA 2ZNTA 1Y4CA 1I6BA 5H8FA 4G77A 3MBPA 4F18A 2DSFA 4H5FA 1M5EA 3EHSA 1OVTA 4YU0A 2F7AA 1MXVA 3PMXA 4OENA 1USYE 1N7WA 5H8HB 2B65A 5I58A 2RCBA 3IO4A 4QRZA 2X7PA 3TEPA 4QSEA 4G68B 1S9TA 1LBCA 4RNSA 2PT2A 1PC3A 2I6EA 4G8HA 4N07A 1II5A 2VHAA 4R6YA 3D4CA 2PVUA 4C1UA 1MQGA 1B0LA 2DWAA 3KOTA 1B7ZA 1Q1KA 3QSLA 2E1SA 1ZLQA 3HCQA 1B5IA 1US4A 4EQ9A 5I57B 5ICTA 1I6QA 2M8CA 4IO3A 1FTMA 2XXYA 4IGTA 3CFXA 4LATA 3TCFA 3VE1B 3PU5A 4YMAA 4WEDA 4NF5A 4IY5A 1IXHA 1DTGA 1YAEA 4LQ2A 4GD5A 3SEXA 4NE4A 2HFBA 3MWBA 4Q8RA 4HS7A 2KLFA 2PT1A 3K1MA 2XXVA 1FQCA 1USYH 3VVFA 4POWA 3FASA 2XXPA 2NUVA 1LLSA 1IXGA 4R72A 2V84A 1QVSA 2RC7A 4H67A 4R6HA 4G68A 1Y1ZA 1RYOA 3T9VA 1Y3NA 4XKPA 4ONYA 3RTFB 5I2KB 4YKKA 2ONKE 4YZZA 1R9LA 3SETA 1A55A 3JYRA 2Q2AA 4ELRA 3UA8A 3FUZA 3Q25A 1A40A 1LGBC 4G68C 3TTRA 5I57A 3EN3A 1SW1A 3IO6A 4KQPA 1B0HA 1LB9A 4QFLA 3A3CA 4OWDA 1B2HA 2AIXA 1B1HA 3V89B 2QMXA 2I58A 3MPKA 2UYEA 1FQAA 3EPEA 4XKRA 5K2YA 1JVYA 3PUZE 4AQ4A 2XD3A 4LZ5A 4QFKA 4H5GA 4JWYA 4BDLA 5KCJB 1LFGA 5DT6A 1ATGA 1UQWA 1LCTA 1DTZA 4GF8A 4WXJA 3RNNA 1GV8A 2I48A 5AE4A 2DYXA 3T66A 3JV9A 1VFEA 1QKAA 3O66A 1LFHA 3PUVE 4QHQA 4NTLA 4R6KA 1MDP1 3O29A 4DCXA 3T93B 3FGSA 3U93A 2GHAA 2QS2A 4KYEA 3R7XA 4NF4B 5I2KA 2Y7KA 2DOJA 1IITA 4KCCA 4F19A 4YMBA 3KGCA 4FORA 2VOZA 2NVUB 2QSXA 4XKQA 4PETA 2VD2A 3KN8A 3HV1A 1MY1A 4NF6B 1DPEA 1LSTA 4R74A 4THIA 3H3GA 1R9QA 1B6HA 3ECRA 4DXUA 1H76A 1IEJA 2AYSA 1HSLA 3TYHA 2B3FA 3K0VA 5ELVA 1O7TA 2O68A 1MXZA 3CFLA 4UACA 3M3FA 5CMMA 4R9GA 1BLFA 5B70A 5TU0A 4OTEA 4ESXA 1FCKA 1A99A 1I69A 3Q28A 4H65A 3U72A 5AA2B 1ZJLA 4OFOA 1SW2A 1B52A 3DP6A 5H8NB 1R1NA 1POTA 3DLNA 2XX8A 5TPAB 1MS7A 3TQLA 4AB5A 3KSXA 3K1NA 3O6IA 1MM7A 4NF4A 5CMBA 3K6UA 3U1OA 3OMBA 4R2BA 2FNCA 2Z22A 3E13X 4NEDA 2H25A 4YKPA 4X1DA 3H6VA 4KR5A 4EQ7A 4NF6A 3IORA 1AMFA 4U23A 4F39A 3CIJA 4F3PA 4IO2A 1NKXA 3C34A 3UN6A 3ZS6A 3RUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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