5HBCA

Intermediate structure of iron-saturated c-lobe of bovine lactoferrin at 2.79 angstrom resolution indicates the softening of iron coordination
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
Knots found
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Structure of iron saturated C-lobe of bovine lactoferrin at pH 6.8 indicates a weakening of iron coordination
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 348
sequence length 348
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2015-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hbcA02
4LQ5A 5F1QA 2Q9TA 3JZJA 1B9JA 2DWHA 3LSFB 1I6BA 2GHAA 2RC7A 3SEYA 2I0BA 4Q8RA 1QULA 3JV9A 1DTGA 4Q0CA 1L5TA 3K6UA 3PMXA 4ELOA 4OEUA 5CM6A 4C0RA 1FQCA 3W9WA 3CR9A 4IY6A 1QW0A 3IORA 1LB9A 5I2NB 2NOOA 3MC2A 1P1UA 2H25A 4FATA 2F36A 1TFDA 5DYHA 3D4CA 1LCTA 3TFLA 2G93A 1B3LA 4GL0A 1AOVA 2AL5A 3TMGA 1POTA 4O3CA 4OEVA 5M2VA 4AB6A 3GZGA 4PQJA 1A54A 4YMAA 3SEUA 4ESWA 3A3CA 4NEDA 3DP8A 3OO8A 1A8EA 5TP9B 4JB7A 4P0GA 4IGRA 3TELA 2R71A 2WKYA 5I2NA 1MPCA 1LBCA 5FHMA 3IAZA 1NKXA 4Q5TA 3FXRA 2DWIA 3K2DA 2F34A 1B05A 2YJPA 3G3FA 1UIVA 4IGTA 1MM7A 2QS2A 2R9JA 5AA2B 4U21A 3PUXE 1TFAA 1AMFA 4F31B 4YB6A 3FXUA 1EZ9A 3L6GA 3M3KA 2XXQA 1IXHA 4KQPA 2I4CA 1B5IA 1AL3A 4GRKA 2PVUA 3FJGA 3FVKA 3OMBA 4F2OA 4H5FA 4POWA 4JWXA 1URSA 1N0TA 1P1NA 2GRVA 3FUZA 1R9QA 4XKPA 3MP8A 3UP9A 3I6VA 1NNKA 1NL5A 4FECA 3MPKA 1XOCA 1WODA 1QUKA 2CMOA 1UQWA 3CG1A 5AA3A 3K4UA 3RQTA 3RNNA 3G3IA 3IOUA 3PU5A 1IEJA 3TTNA 2F8DA 4GOTA 4RYAA 4NF5B 4GXAA 1IXIA 1MH4A 4RXLA 4LP2B 3IK6B 4LQ2A 3TTRA 3CI8A 1MXYA 1BKAA 1ZLQA 3FVOA 2F97A 1B4HA 4KR5A 1DMBA 3A3UA 4RK9A 4QFNA 4RPNA 3O6HA 3IJXB 2UVIA 2KLFA 5HM4B 2ZYKA 3EHUA 5I56B 1B4ZA 3FD3A 4NF5A 4U1ZA 4H8IA 3D4GA 3Q26A 4QFOA 4I9DA 2XXRA 3RTWB 5ELVA 2G29A 3T9UA 4JWOA 4ZEDA 3LSXA 3SESA 1USYE 5EYFA 5I59B 4PFWA 1UTBA 3ZKKA 1AH5A 1D3KA 3O6GA 2QL3A 2THIA 5I56A 3V8XB 4F3BA 5CBSA 2HZKA 3M8UA 5FTIA 3TTKA 4KFQA 3UN6A 1YPNA 3DLNA 3PUVE 4M4GA 3T22A 1MY2A 1OLAA 4OWDA 3MZ9A 3TUSA 2DVZA 3M3LA 5AA2D 4PETA 1LFGA 2QPQA 2H4IA 3CG3A 3TAJA 3K01A 3RN8A 1NH8A 3CFXA 4F39A 5I59A 3H6UA 1B0LA 1MY1A 1FTOA 3R7XA 1LLSA 4DDDA 1LAGE 2RINA 3IOTA 4NMYA 1MQGA 1SYIA 4RJZA 4PFUA 4XKQA 5DTBA 1LB8A 1RYOA 2A5SA 4RY1A 4GF8A 3PPQA 3VXBA 3UK4A 4ZEKA 3V89B 2DQVA 5BUUA 2VD2A 4R2BA 4HS7A 3VLWA 3FJMA 2HFBA 1B6HA 2I58A 3ODBA 4H8JA 3VVDA 4C1UA 2V25A 4KI0E 3G3GA 4GLIA 4NF6B 4F3GA 1M5FA 2V3TA 4FEDA 5ICQA 2X7QA 1B3GA 3OSQA 3VLVA 2GHBA 4TLMB 1LAXA 4ZS9A 2LAOA 1GGGA 3CIJA 1D4NA 4ELPA 4U22A 5I57B 3E9XA 3P7IA 4EQBA 2DE3A 2XXIA 1EU8A 3FIRA 2QS3A 3H6TA 1B46A 3MAMA 5ISUA 5AA4A 2PT1A 3OEMA 1LAHE 4OVJA 2I6EA 4H67A 1HSJA 1PDAA 4NF6A 4UA8A 3HO7A 4K3FA 2REJA 4N6PA 2Y7WA 1H43A 2UVHA 2ZMBA 4EXLA 4EDPA 4JDFA 3MVWA 1Q1KA 1JW5A 3FVNA 4ZE8A 1Z7NE 4X1DA 1HSEA 2D3IA 4OZ9A 5I57A 4WEDA 2XX8A 4OFLA 2V93A 1MQHA 1XC1A 1JVXA 4QFPA 4RPOA 1OMPA 5KZTA 3DM0A 4KYSA 3ILTB 1T0KA 3QSLA 1MXXA 5CC2A 5DT6A 2A5TB 5CMKA 3E4RA 1GV8A 4R73A 5FTHA 3TQLA 3Q29A 3KJTA 2HEUA 3IB0A 1ZIUA 1LFIA 4XKNA 1B40A 3H6WA 1JEVA 2DXYA 5H8FA 2W7YA 1S7YA 3HV1A 4EF1A 2QJEA 1RKMA 3TCHA 4YB7A 3RTFB 3RT8A 2Y7KA 4H6DA 2Y7PA 1R1NA 3PUYE 4OQOA 1SW1A 3T9VA 3W9VA 2ZYMA 4G68A 2F35A 4ZEBA 4RNSA 1HSLA 3C35A 4EF2A 3PMWA 3K6XA 3SETA 1A8FA 3S4UA 3TCGA 3LSWA 4HCYA 3SDFA 1B51A 1CB6A 1OIBA 1OLCA 3V83A 2QSXA 1OVTA 2O1MA 1LGBC 1JEUA 3U93A 3Q27A 1KWHA 4QSCA 1II5A 3RUMA 2XXUA 1ANFA 4F3PA 5TPAA 3OOAA 2XX9A 2X26A 2O1LA 2Y7IA 3FGSA 4AQ4A 3K1NA 3U1OA 3KFMA 2M8CA 2NWJA 2PBWA 3I3VA 3H03A 4U23A 1B2HA 4FJPA 4YKKA 4QSEA 3FVGA 3K1PA 4OESA 5H8QA 1MPDA 3C34A 4PFYA 1Q35A 2ANJA 1US4A 4DCYA 2XX7A 1N76A 3U8QA 3UGWA 2OWTA 3SKPA 5J1DA 4OHNA 1Y3QA 4GD5A 2O51A 1S9TA 4O3BA 4R6HA 4QF9A 4NF4B 2DWAA 3FASA 1TXFA 1QUIA 5CI5A 5LOMA 2DE2A 3IOVA 2H99A 4F1UA 4FAJA 2H98A 2XD2A 4EQ7A 2RCBA 1JQFA 3U72A 4MBPA 3K02A 1MXZA 4XTCQ 3LC8A 2ZXTA 4OFJA 3H7MA 1SYHA 4F18A 4IO3A 5TU0A 4KYDA 3T96B 3QXMA 4NF4A 3KJ7A 5DVIA 2RKMA 3Q28A 4BDMA 4PFTA 4RK2A 3USDA 1A40A 4U2RA 1H3DA 4YMBA 3AXFA 2Z8DA 1MDQA 4Z0IA 1USYH 3CFZA 4ZDMA 3MVYA 4I8CA 4ZEIA 4ZEFA 2F7CA 1H45A 4GVOA 1YTVA 1BP5A 4NE4A 4DLDA 4E0XA 4YAHX 1QJMA 1UTHB 2ESNA 2O7IA 4IY5A 3KEIA 2DYXA 3C9HA 5BWJA 4MLQA 4JBZA 3PD8A 4OXVA 1N84A 3LBSA 1VE4A 2QS4A 3OSRA 4WXJA 3C32A 1B32A 1UTBB 3OELA 3MBPA 3IL1B 4F22A 4PE5B 3KBRA 4OENA 3BFTA 3PGFA 3MPLA 2UYEA 1ZTYA 2I48A 3RLFE 4C1TA 3HCQA 2QS1A 3MVXA 2P0SA 3CFLA 1UTHA 5A5XB 3PD9A 1SD3A 2OJTA 3S9LC 3FV2A 2GFEA 4BDLA 2OK2A 5IKBA 2OBGA 2QMWA 2DP8A 1JW1A 4R6YA 2XXPA 3HHFA 1IZ1A 2QRYA 3PPOA 2H5YA 4P11A 1IITA 2XXYA 5B7DA 5L9SA 1LBBA 1B58A 5L9OA 2XXVA 3T9XB 1ATGA 2ZNUA 2XXWA 2O68A 5H8HA 3THIA 3JYRA 2F7BA 1VSOA 1SI0A 2E0SA 4GXSB 3KGCA 3S2VA 3F11A 1FQEA 4IO6A 4LONB 2PT2A 5A5XA 4M1VA 1PB9A 2HAUA 4R2FA 3IO4A 1OQHA 1IXCA 4MFIA 3PMVA 3R6UA 4IO5A 3HN0A 3G3KA 1NH7A 3UORA 3C33A 3EPEA 2O6AA 3O97A 3ZS6A 2AIXA 3HSTA 4R75A 1M5BA 2RF1A 5H8SA 4BDRA 3T66A 1WVJA 4I1DA 1PBQA 1URGA 3GBBA 3IB2A 2QMXA 3TPAA 2Z8FA 1JVYA 3M3FA 1DOTA 1SBPA 4EQ9A 5ITPA 2F6PA 1JW4A 3QUFA 3KOSA 3KN8A 3VVFA 4ESXA 5AA4B 2Q2CA 3WAFA 5KDTA 5AA1A 3EQ1A 3DELB 4NF8B 2O7UA 3H4ZA 2YLNA 3IX1A 1H44A 3I5OA 4P0IA 2FNCA 4ELQA 3QIMA 4OERA 3U94A 3IO6A 3MUQA 3W15C 3H3GA 3KOTA 3OO6A 4RA1A 2E1SA 4OTEA 3IR1A 3VV5A 1R6ZA 2ONSA 4MF3A 2RC9A 2F7AA 1LCFA 2B65A 4LA9A 4BDOA 3O6IA 3T9HB 3LUYA 3GBAA 1N7WA 4NF8A 4LZ8A 4R9GA 3OO7A 2UXAA 2Q88A 1Y1MA 4QFKA 5L9MA 1M5DA 4DZ1A 3PPRA 3SEXA 3PUZE 2HZLA 4XXUA 3S9EA 3S9NC 2RC8A 4G4PA 5H8FB 2HXWA 2I3VA 3FJ7A 1B1XA 4ZZAA 3WAEA 3V5AA 3ILUB 1P99A 4U4SA 2CZLA 3ZSFA 2P1SA 5CMMA 1B3HA 2ABHA 4F1YA 3RGYA 4DCXA 1B7HA 2FYIA 3O66A 5DVFA 4R74A 4G68B 1I6QA 1SI1A 1F9BA 1YAEA 4FEBA 4BLAA 5ITOA 5H8NA 2AYSA 2REGA 3C31A 4OFOA 4R72A 4GQOA 4THIA 1PB8A 3OO9A 3VE1B 4F1VA 5FHNA 3GLBA 3RPWA 1ZU0A 4TOZA 3RY3A 4F19A 4G2ZA 4KPTA 4WKMA 2PMSA 2DOJA 3SEVA 3KSJA 3O28A 3MP6A 1FQBA 5TPAB 2I0CA 5I58A 2B3FA 3E13X 3K1MA 1MM6A 2V3UA 3OEKA 2IEEA 3SERA 4LZ7A 1MQIA 2XHDA 4YKIA 4BDQA 1TWYA 1QKAA 3BFUA 1WDNA 4MLVA 1DPPA 3E3KA 3DP6A 1ELJA 5K2XA 4H0WA 1MXUA 1GR2A 4QSDA 5H8QB 3VFJA 4OETA 1LAFE 3MQ9A 1FTJA 3TEPA 3MJNA 1O63A 2HAVA 3UA8A 1GTKA 2B3BA 3KSXA 1FQDA 3QK6A 2D5WA 1XVXA 1NNFA 1FQFA 1PC3A 5JK4A 4I62A 5I84A 4KCDA 1IQ7A 1Y4TA 2NVUB 4IB2A 1MH3A 5CRYA 4F3SA 4MH5A 1VR5A 1XT8A 1DTZA 2Y84A 4R6KA 3IOWA 1DSNA 3IB1A 1OQGA 1B5HA 1P1QA 1YCJA 1PEBA 4L17A 4ONYA 1IXGA 3B6QA 3PPNA 1B3EA 1NNTA 4ISUA 1Y1ZA 3HPIA 4AB5A 4ECFA 4HW8A 2OCUA 5HBCA 3EHTA 2UVGA 2DSFA 3QYTA 1O7TA 3PV0E 4G8NA 4EUOA 1XVYA 1D9YA 1FTLA 4QFLA 1B52A 5JTYB 4ND9A 5DVJA 2ZYOA 1P1OA 4FORA 5AE4A 1NMUA 2F5XA 3KZGA 1LSTA 3CSBA 4WEPA 3CRBA 3T93B 5TP9A 2F6GA 1BTJA 2FA7A 3H06B 5DEXB 1BLFA 2AL4A 4ELRA 5IAIA 1FTMA 4NWCA 2V3QA 1QKBA 4F2QA 1ZBMA 2ONKE 3G3HA 4DE8A 5CBRA 2NUVA 3G7WA 1QUJA 1N04A 2Q8JA 5JTYA 5HPQA 3TODA 1MXWA 1B0HA 1JETA 2PX1A 3TTLA 1MY3A 2OWSA 4FIMA 4JSOA 3B7DA 4DXCA 5AA2A 4YB5A 5L8DA 5CMBA 3N6UA 4Q30B 2UYFA 5DEXA 1IUDA 2ALUA 4H1XA 3KG2A 2Z22A 1PBPA 1ZKBA 3FATA 3K6VA 3TYHA 1VFDA 4G68C 2I49A 2GH9A 2VP1A 1NFTA 1D9VA 4JSDA 1BIYA 3EN3A 3K6WA 5H8HB 1URDA 3TZAA 1B1HA 1B5JA 2BJJX 3C4MA 4POXA 3L6HA 4LZ5A 2Q2AA 4ZECA 3PUWE 3OXNA 3BBRA 3VDFA 2VGQA 4U1OA 4PP0A 2IA4A 4ZE9A 1SW2A 1I6AA 3IJOB 4ZZEA 1RYXA 4LATA 2XXHA 4TQUQ 1MDP1 3B6TA 5FHOA 2I3WA 1Y9UA 4BDNA 3OENA 3G3JA 2Z23A 4FE8A 3MWBA 2VHAA 4XKRA 1TT1A 3VVEA 2Y7RA 3EF7A 1Y3PA 1N3WA 2VD3A 1M5EA 1B7UA 2H9BA 2RCAA 4QHQA 2ONRA 3TQWA 1ZJLA 1I69A 3ZKLA 3GXAA 1UIUA 2X7PA 5B70A 4QRZA 5I2KB 1POY1 1N7XA 4YKPA 3MZBA 3KN7A 4YZZA 2D21A 3EHSA 3UIFA 4HTGA 5F7VA 2Z8EA 2ZYNA 5KDTB 3N5LA 1A99A 1J1NA 3MVZA 2I4BA 4N07A 3SEWA 1JNFA 2XXXA 2NXOA 4OYVA 3TKDA 2XXTA 1MY4A 3PPPA 1FCKA 2DE4A 3C36A 3BKIB 1A55A 5I2KA 3CVGA 2ZNTA 4G8MA 1CE2A 4JXIA 1MS7A 2Q89A 2R6GE 1EZOA 1FQAA 5JEIA 3DP4A 4LUBA 5EHSA 1Y3NA 1SW5A 4DXBA 3FXQA 4IO7A 3MP1A 4DXUA 1SVXB 1PB7A 4X48A 4OMBA 3Q25A 4GIZA 3S9MC 1Y20A 2DVCA 3TTMA 1P1WA 1MQDA 1A7LA 4UACA 1AIVA 2UVJA 4GWOA 2V84A 4F29A 2DXRA 1MQJA 3QUJA 3CSGA 1US5A 3O9PA 4GL8A 2DWJA 1ZMGA 3ECRA 1SQYA 2O69A 2XD3A 4XIGQ 4JWYA 4Z7EA 1FTKA 2HQ0A 1EH3A 2P2AA 5CMCA 1QVSA 4KCCA 4TLLB 3MZ1A 4X9TA 1Y4CA 4GFRA 1MRPA 1GVCA 3U92A 2DS9A 2PYYA 4HCWA 1OVBA 1MG1A 3N26A 5H8NB 4KHZE 4R9FA 4LVQA 3TCFA 1H76A 3K00A 4N13A 4YICA 1Z7ME 4NWDA 3B6WA 4H5GA 3FV1A 4IO2A 3MW0A 4X1BA 4DIGA 4H65A 2ZNSA 3LR1A 1DPEA 3RT6B 3TDJA 4E0WA 3N94A 5I58B 4IO4A 1R9LA 5KCJB 4G8HA 1B3FA 1LFHA 3HHGA 1XS5A 1N3XA 1EZPA 1MXVA 1SDXA 1O64A 1S50A 4KD5A 3N6TA 2YPNA 2F78A 4G77A 3VLUA 2OLBA 3ONMA 4YKJA 1XHYA 4EXKA 1NNPA 4YU0A 4KYEA 5EHMA 1MY0A 5ICTA 3LSLA 2VOZA 3K0VA 1VFEA 1FW0A 1SW4A 5K2YA 1IIWA 2OZZA 3KN3A 3O29A 3O2AA 4U4XA 5KCJA 3OD7A 4NTLA 3FZVA 2A5TA 3H6VA 3R26A 2O84X 3VXCA 1M5CA 3QAXA 1MPBA 3A09A 2HCAA 4O3AA 1B7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LQ5A 5F1QA 2Q9TA 3JZJA 1B9JA 2DWHA 3D1RA 3LSFB 1I6BA 2GHAA 2RC7A 3SEYA 2I0BA 4Q8RA 1QULA 3JV9A 1DTGA 4Q0CA 1L5TA 3KBZA 3K6UA 1LBVA 3PMXA 4ELOA 4OEUA 5CM6A 4C0RA 1FQCA 3W9WA 3CR9A 4P8BA 4IY6A 1QW0A 3IORA 1LB9A 5I2NB 2NOOA 3MC2A 1NUXA 1P1UA 2H25A 2JJKA 4OVPA 4FATA 2F36A 1TFDA 5DYHA 3D4CA 4PFIA 1LCTA 3TFLA 2G93A 1B3LA 4GL0A 1AOVA 2AL5A 3TMGA 1POTA 2XWVA 4O3CA 4OEVA 5M2VA 4AB6A 3GZGA 4PQJA 4GWZA 1A54A 4YMAA 3SEUA 4ESWA 3A3CA 4NEDA 3DP8A 3OO8A 1JP4A 1A8EA 5TP9B 4JB7A 1FBCA 4P0GA 4IGRA 3TELA 2R71A 2WKYA 5I2NA 1MPCA 1LBCA 1FPKA 5FHMA 3IAZA 1NKXA 1EYKA 4Q5TA 4MIJA 3FXRA 2DWIA 3K2DA 2CEYA 2F34A 4MX6A 1B05A 2YJPA 3G3FA 1UIVA 4IGTA 1MM7A 2QS2A 2R9JA 5AA2B 4MAGA 4U21A 3PUXE 1TFAA 1AMFA 4F31B 1IMBA 4YB6A 3FXUA 1EZ9A 3L6GA 1FBEA 3M3KA 2XXQA 4PE3A 1IXHA 4KQPA 2I4CA 1B5IA 1AL3A 4GRKA 2PVUA 3FJGA 3FVKA 3OMBA 4F2OA 4PAIA 4H5FA 4POWA 4JWXA 1URSA 1N0TA 1P1NA 2GRVA 2HPGA 3FUZA 1R9QA 4XKPA 3MP8A 4MNPA 3UP9A 4P1EA 3I6VA 1NNKA 1NL5A 4FECA 3MPKA 5IZ3A 1XOCA 1WODA 1QUKA 2CMOA 1UQWA 3CG1A 5AA3A 3K4UA 3RQTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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