4NF8B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate in peg2000mme
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
DDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein, receptor
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 87
structure length 280
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8B02
1LLSA 1B7UA 3VFJA 1P1OA 5I58B 5JTYB 1ZKBA 4LZ5A 4Q5TA 3RGYA 2QS2A 3LBSA 3H4ZA 2XD2A 2QL3A 5I59B 4QFLA 1IQ7A 3KN8A 2QS1A 4X9TA 3ZKLA 3I5OA 3FUZA 2OJTA 2V93A 3EHSA 1LFHA 1SDXA 4KD5A 2QRYA 1B5IA 2DYXA 2ESNA 1LGBC 3UP9A 4Q0CA 5L9MA 1PB7A 3N5LA 1DOTA 2HFBA 1B3EA 2Y7RA 3PPNA 4LVQA 1Y1MA 1Y3NA 1GV8A 4IO2A 4QFNA 4JSOA 4X48A 4WEDA 3SDFA 4DIGA 3HN0A 5KCJA 1BP5A 3VLWA 1MQIA 4LZ8A 1Z7NE 5H8FB 3FGSA 3FXRA 4KI0E 2F7BA 3S9MC 2UYFA 2XXVA 3IK6B 3AXFA 3JYRA 1NH7A 3FXQA 3TDJA 2F34A 1MRPA 3KBRA 4ELPA 4NF8A 3A09A 1WDNA 4DCXA 4KR5A 4EXKA 4FORA 1MPCA 3Q28A 2FA7A 4JDFA 1XHYA 2DE2A 4MFIA 4LA9A 4I1DA 4IO3A 3TCHA 3OO8A 5BWJA 1POY1 3T9XB 3ONMA 4IY5A 3OELA 4KHZE 2VOZA 2V3QA 1SBPA 5H8QA 2UVGA 3CG3A 1B52A 3G3GA 3W15C 1JETA 1EZPA 2LAOA 1USYE 4KPTA 1MXZA 1TXFA 1DPPA 4OERA 3O97A 3IJXB 1B7HA 1MM6A 1T0KA 1Q1KA 2M8CA 3N26A 4O3BA 3TELA 1I6AA 3OSQA 4C0RA 4KYDA 4OEUA 2XXXA 1Y9UA 1WODA 1TFDA 3K6VA 4NF4A 2I4CA 1XT8A 3FVOA 3U92A 1MM7A 3VXBA 3IOUA 1DTGA 3MJNA 3PUYE 3CSGA 1UQWA 3O6HA 3E4RA 1TWYA 4H8IA 4F29A 1J1NA 3OOAA 4JWOA 1P1NA 1TT1A 3B6TA 4X1BA 4XKRA 3FJ7A 4WXJA 1P1WA 1AMFA 1IEJA 3T66A 3Q26A 5I56B 4RJZA 1GTKA 4RA1A 1N3XA 4F3BA 2B65A 4G8MA 2QMXA 1POTA 4EF1A 1NNKA 2Q2CA 2Y7WA 3KJ7A 2G29A 1PEBA 4U22A 5KDTB 3K1NA 2I3WA 1EZOA 2RF1A 5AA2D 4ZDMA 1B46A 3EF7A 1MH3A 1VSOA 2ANJA 4EQBA 3FJMA 3MUQA 1R6ZA 2PMSA 2R71A 3OEMA 1CB6A 2I58A 3S9LC 4DLDA 4G77A 3KN7A 2UVIA 2D21A 4ONYA 5ELVA 2XXRA 4Q30B 1FQEA 3QSLA 4FEBA 2HXWA 3PPPA 1RYOA 2I4BA 4PFYA 3IOWA 1BIYA 3W9VA 3QK6A 4NEDA 4UA8A 1B0LA 3O6GA 4KYSA 1QW0A 3RTFB 1FW0A 1UTBA 1S9TA 5AA2A 1KWHA 4NF5B 2R6GE 1NMUA 3RQTA 2HZKA 1XC1A 4Q8RA 3USDA 3T9HB 3CIJA 3KZGA 3UIFA 2Y7KA 3ODBA 4EQ9A 1Q35A 1B3FA 1M5FA 1QJMA 4YU0A 5M2VA 2OK2A 3I3VA 4RK2A 2OCUA 3BFUA 3OO6A 5I57A 2DWJA 1DSNA 2O1MA 4FIMA 2ZYMA 3IOVA 4YKPA 3RT8A 3K6WA 4ND9A 3H06B 5H8SA 4OEVA 1B2HA 3H03A 5TPAB 1PBPA 1FTLA 4ESXA 5L9SA 3WAEA 4GVOA 4NE4A 3VDFA 3VE1B 2OBGA 4XTCQ 5CBRA 2AL5A 2XHDA 2X7PA 4YAHX 1DTZA 1IZ1A 2ONSA 3GZGA 2V3TA 2DXRA 2Z8DA 2DQVA 4ZEIA 2OZZA 3HV1A 2DWAA 1OVTA 3TZAA 1CE2A 1B6HA 4U4XA 4KYEA 4H1XA 4JB7A 4N6PA 4H8JA 1JQFA 1IXHA 4H6DA 5TP9B 1NNPA 1QUIA 1ZMGA 4I8CA 4EF2A 2NXOA 2HAUA 4U2RA 4F3PA 4JWYA 4EDPA 4QFOA 5A5XA 2O6AA 3R6UA 1B1HA 4F1YA 3N6UA 2GRVA 1QKBA 1SYHA 3IB1A 5H8NB 1MXXA 4YKIA 1HSLA 1M5CA 5HM4B 3CVGA 3MVYA 4THIA 3HPIA 3VV5A 3SEWA 4NF6A 5B7DA 1Y20A 1Y3PA 4OENA 5LOMA 3U8QA 1IIWA 1M5BA 3DELB 4NWCA 4GF8A 1RKMA 2KLFA 4P0IA 1MDP1 3WAFA 3RY3A 3U1OA 1AL3A 3PV0E 2NOOA 2QSXA 4DZ1A 3Q29A 3MP6A 1LFIA 1MY2A 4IO5A 4P0GA 1Z7ME 3THIA 4QSDA 4X1DA 1LCTA 1YPNA 1Y4CA 3FVKA 2GH9A 3C35A 3FD3A 1A8FA 3FZVA 3F11A 1ATGA 3RT6B 3PD8A 1MPBA 4TQUQ 2DP8A 4OMBA 1VE4A 3I6VA 3VLVA 5FTIA 1FCKA 4OHNA 4F3GA 3GLBA 4QF9A 4OYVA 2F97A 2DWHA 2HEUA 4N13A 4NMYA 1HSEA 1AOVA 1D9VA 3CRBA 1MY0A 1US4A 2A5SA 4BDMA 1IUDA 4ZEDA 2AL4A 4YB5A 1IITA 4ZEKA 3R26A 1XOCA 4EQ7A 3LC8A 5DT6A 4YZZA 1MG1A 3JV9A 3TQLA 2DS9A 3CFLA 4LUBA 4QHQA 5TU0A 3FV1A 3V89B 1MH4A 2O7UA 4XKQA 3VVDA 2V25A 1LBBA 3TCFA 1MXYA 2RINA 2DXYA 1JEUA 3FV2A 1LAXA 2O84X 1JVYA 3KOSA 5CM6A 1LAHE 4RXLA 4R73A 4E0XA 1ZJLA 4GWOA 3GBBA 4U1OA 1VFDA 5IKBA 3PUWE 1SQYA 3IJOB 4EUOA 1MXWA 4FEDA 3N94A 3E3KA 1ZLQA 4DXUA 4JWXA 4POXA 4G68B 2B3BA 3M3KA 3L6HA 2ZNUA 4OZ9A 1P1QA 5JEIA 2QS4A 4G2ZA 1FQFA 2RC7A 3CI8A 3HHFA 4F1VA 2REGA 3TCGA 2D5WA 3SEXA 3O66A 3O29A 4TOZA 3K2DA 3PU5A 3IL1B 1B4ZA 1SI0A 1LBCA 4H0WA 2QJEA 1P1UA 4BDRA 4LONB 3MP8A 4KFQA 3C31A 4O3AA 3QYTA 2DSFA 4PFTA 2HZLA 3UK4A 2NWJA 2Y7PA 1FTJA 4G4PA 3GXAA 2D3IA 3UN6A 2X26A 5I2NA 2P2AA 5DEXA 4M1VA 3VLUA 2F35A 2OWSA 3PUVE 1H43A 3EPEA 3RN8A 3IX1A 4RY1A 3RLFE 5KCJB 4OFOA 3PGFA 2DOJA 4TLMB 5ITOA 4JSDA 1B4HA 3TKDA 1RYXA 3FJGA 4NWDA 4G8HA 4MLVA 3TPAA 2XXQA 1EZ9A 1QULA 3G3JA 4K3FA 5AA1A 3OO9A 2ZXTA 3TQWA 4ZE9A 2REJA 5K2YA 2I48A 5K2XA 1R9LA 4WKMA 2ABHA 3QAXA 4NF8B 3TTNA 2HAVA 1XS5A 3UA8A 1MXVA 1LFGA 2AIXA 2O7IA 2ZYNA 1IXIA 4XXUA 3QUFA 3T93B 4LP2B 3SERA 4H65A 4LQ2A 4F19A 4FJPA 3H7MA 1JW5A 1SW2A 1LSTA 4F2QA 5H8QB 1TFAA 5AE4A 5CC2A 5IAIA 5DVJA 3O6IA 5H8HA 2PX1A 4GFRA 3OMBA 2CMOA 1I6BA 3H3GA 2ONRA 2P1SA 1L5TA 1URSA 3K02A 3MZ1A 4HTGA 1ELJA 1MS7A 1N7XA 2XXTA 4PFUA 4RPOA 2O69A 4IGTA 5EYFA 4NF4B 2THIA 1A40A 4F18A 1HSJA 2RC8A 3IR1A 4F2OA 3UORA 1VR5A 3EHTA 2F8DA 2ZYKA 4ZS9A 4AB6A 4DCYA 1S7YA 4R6YA 1AH5A 3LUYA 1N3WA 3B6QA 2V84A 3C34A 5AA4A 1UTHA 3MZBA 1FTKA 3G3IA 4PP0A 2FYIA 3DM0A 3K01A 4FATA 3DP4A 3S4UA 2DVZA 5CMBA 5JK4A 4QFPA 1FTOA 4ZECA 3MAMA 5ICQA 3RPWA 2XXUA 2F36A 2X7QA 3H6UA 3HCQA 2PVUA 3N6TA 5DVIA 5L8DA 4FECA 1US5A 5FHMA 1MQDA 5KZTA 2E0SA 3JZJA 1PBQA 4GOTA 2I0CA 4HS7A 3PMWA 4MLQA 1ZIUA 4YB7A 3CFZA 1IXGA 3KEIA 1A7LA 3VXCA 2RCAA 5ITPA 1UIVA 1LAFE 2XXPA 3PUXE 3E9XA 2YLNA 4YMAA 4QSCA 1ZTYA 4OVJA 3SETA 3DP8A 5I2KA 1B05A 4FAJA 1NKXA 4BDNA 2V3UA 2UVHA 1UTBB 3P7IA 3G7WA 3O9PA 4Z0IA 3Q27A 5AA2B 5I58A 4F22A 4BLAA 1A99A 1EU8A 5JTYA 4F3SA 3KJTA 2O51A 2F6GA 3K1MA 5I59A 1VFEA 3K0VA 1JVXA 2ZNTA 4IB2A 1B1XA 2R9JA 5CRYA 4ZEBA 1ZU0A 3G3FA 1URDA 3FXUA 3O28A 2O1LA 5I57B 1JNFA 4GRKA 1SI1A 1UIUA 3TAJA 2RKMA 2UVJA 5L9OA 3LSLA 4R9FA 2XX7A 3MPLA 4QFKA 1R1NA 5AA4B 3FASA 5AA3A 3MW0A 4IO6A 3LR1A 4U21A 2VP1A 1OQHA 4IY6A 3MQ9A 1B7ZA 1Y3QA 1B5JA 2FNCA 3MPKA 5H8FA 2H5YA 2OWTA 3KN3A 3E13X 1N04A 3V8XB 1LAGE 2RCBA 2ZNSA 3TTKA 4I62A 1IXCA 3T9VA 1A54A 2WKYA 3VVFA 4YICA 3C4MA 1OLAA 2Z23A 3G3HA 4XKNA 4ESWA 4PFWA 4ZEFA 1N0TA 1BTJA 5A5XB 1H3DA 2H25A 3IORA 1NFTA 3SEYA 2I49A 3Q25A 1LB9A 1M5EA 2H4IA 1OVBA 2QS3A 2PT1A 2GHBA 3IO6A 3MVZA 4ISUA 2DVCA 4OFLA 3K00A 2IA4A 3PPRA 1FQDA 3TTMA 1N7WA 2OLBA 1EH3A 2PT2A 2XXYA 1D4NA 4IO7A 4P11A 4NF6B 1I6QA 2VD3A 3KFMA 4RYAA 4GL0A 3VVEA 2ZMBA 2QMWA 4ZE8A 3RNNA 3ILTB 4DE8A 3ZS6A 1NNTA 3TTRA 2XXWA 1S50A 3K6UA 5I84A 4R6HA 4YB6A 3SEUA 2ZYOA 4G8NA 1MQHA 3TUSA 1MY4A 3CSBA 4U23A 1JEVA 4R2FA 4GXSB 3IAZA 2HQ0A 4NTLA 4R74A 2F7CA 4RNSA 3BFTA 2YJPA 1AIVA 3KGCA 4G68C 1DPEA 5I56A 4OQOA 3C9HA 3PMXA 3IB0A 2YPNA 4R72A 4XIGQ 2VGQA 3TEPA 4I9DA 5KDTA 1B58A 2H99A 3UGWA 4GLIA 4XKPA 3W9WA 3C32A 4JBZA 1FQCA 3EQ1A 2I0BA 4MF3A 2XD3A 5DTBA 4YMBA 1I69A 1FQBA 3G3KA 3D4GA 3QXMA 3MC2A 4JXIA 5ICTA 3RTWB 5CMCA 1QUJA 1XVYA 4TLLB 5FHNA 3LSFB 2H98A 1SW4A 4IGRA 3HO7A 1O7TA 4ELOA 4PE5B 3FVGA 5ISUA 1R9QA 4DXCA 5CI5A 3V83A 3A3CA 4HCWA 1MQGA 3S2VA 2XXIA 3PUZE 4LATA 5HPQA 3FATA 4GIZA 5J1DA 4NF5A 4F31B 1OMPA 1GGGA 1PDAA 3HSTA 4KQPA 4BDLA 3SEVA 4R6KA 1URGA 4C1TA 2ONKE 1B51A 4OETA 3T22A 3C36A 3EN3A 2B3FA 3A3UA 1YTVA 3CR9A 2Q9TA 2UYEA 2Q8JA 3U94A 4KCCA 3OO7A 1SYIA 1NL5A 1MQJA 4GXAA 3MWBA 1H76A 2G93A 2XXHA 3MVWA 4DXBA 1OQGA 5FHOA 1P99A 4PQJA 2DE3A 4RPNA 5TPAA 2ALUA 4ECFA 2Z8FA 3B7DA 1II5A 1SVXB 3QUJA 1SW5A 3S9NC 1O64A 4F39A 1MXUA 2CZLA 4E0WA 1SW1A 1B0HA 3T96B 1QKAA 1BKAA 1QVSA 3MZ9A 3U72A 2F78A 1PC3A 3TODA 5CBSA 4WEPA 3KOTA 1USYH 5F7VA 3KSJA 4RK9A 2Z22A 1B9JA 2GHAA 3L6GA 2I6EA 3TFLA 2H9BA 1OLCA 2W7YA 3TYHA 5TP9A 1XVXA 3B6WA 4OXVA 1FQAA 2VD2A 4BDOA 2F5XA 1WVJA 3H6TA 3K6XA 4GD5A 3ZKKA 1PB8A 3K1PA 3HHGA 4UACA 2XX8A 4HW8A 4PETA 2Y84A 5EHMA 3OD7A 4EXLA 5I2NB 5H8NA 4ELRA 5CMMA 4MBPA 5DEXB 5HBCA 4M4GA 5DYHA 4O3CA 1B3GA 4H67A 4AQ4A 1MY3A 2Y7IA 2AYSA 3H6VA 3T9UA 4N07A 3IO4A 1LCFA 1YCJA 1PB9A 2NUVA 2Q2AA 1LB8A 3OSRA 2IEEA 1YAEA 4L17A 4QSEA 1GR2A 4LZ7A 1M5DA 1MDQA 2UXAA 3QIMA 2BJJX 3GBAA 1B3LA 3FVNA 2HCAA 1JW4A 1A55A 4IO4A 1B5HA 3EHUA 4R2BA 1JW1A 5DVFA 3TMGA 2XX9A 4C1UA 2DWIA 4R75A 1B40A 4OESA 2A5TA 1O63A 3D4CA 4QRZA 3ECRA 1ANFA 3H6WA 4HCYA 1B3HA 3M3LA 2Z8EA 4DDDA 3SESA 4LQ5A 3MBPA 3OENA 3ZSFA 3V5AA 5H8HB 3CG1A 1OIBA 4MH5A 3DP6A 1ZBMA 3RUMA 4F1UA 3ILUB 5CMKA 2F6PA 1H44A 3TTLA 2RC9A 4POWA 4FE8A 1B32A 4OTEA 4YKJA 2DE4A 3KG2A 2GFEA 2I3VA 1NNFA 3BKIB 2VHAA 4R9GA 5EHSA 3PPOA 4OWDA 2Q88A 1H45A 1SD3A 2E1SA 4GL8A 3IOTA 2P0SA 3LSXA 3O2AA 1UTHB 3OEKA 4ELQA 1QUKA 1GVCA 3PMVA 1FTMA 4Z7EA 3K4UA 4H5GA 4BDQA 4GQOA 4ZZEA 5FTHA 3DLNA 3R7XA 3BBRA 3CFXA 4KCDA 4AB5A 3U93A 2Q89A 3SKPA 3S9EA 3PD9A 2O68A 3IB2A 2PYYA 4H5FA 1NH8A 3KSXA 3FIRA 1N84A 1Y4TA 1MY1A 1BLFA 1F9BA 4OFJA 4ZZAA 4U4SA 1D3KA 1Y1ZA 1MPDA 3C33A 2A5TB 3M3FA 3M8UA 4YKKA 2QPQA 2PBWA 2NVUB 3PPQA 5F1QA 3MVXA 2F7AA 1D9YA 1DMBA 5I2KB 1N76A 3OXNA 3MP1A 4G68A 4U1ZA 5B70A 5BUUA 1A8EA 3LSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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