4NF8B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate in peg2000mme
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
DDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein, receptor
source organism Rattus norvegicus
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
total genus 87
structure length 280
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8B02
5I2KB 4BLAA 1MPDA 3PD9A 1F9BA 1B4ZA 1QVSA 4WXJA 4LVQA 3TMGA 5TP9A 5AA2A 1XHYA 4RK9A 1JW5A 1Y3QA 4PETA 2VOZA 1B40A 4M1VA 1MXYA 1I6BA 3A3UA 2O84X 4ZEIA 3ONMA 1A55A 3PUWE 3OO7A 4OVJA 3C31A 1MPCA 2PYYA 4JWYA 3UIFA 1B5JA 3G3KA 1LCFA 3FVKA 2AYSA 4ONYA 4F3GA 1DTGA 1D4NA 4Q0CA 3S9NC 3MAMA 2QS4A 3U72A 3EHUA 1NL5A 2A5TA 4IO5A 4HCYA 3RNNA 2FYIA 4KCCA 4BDOA 4TOZA 3GLBA 1R9QA 4C1UA 4IO4A 2HZLA 5DVJA 2I0CA 3O9PA 1JVXA 2O7UA 4YKKA 3Q25A 3OXNA 3QAXA 3W9WA 1NNFA 5ITPA 1I69A 1LAXA 1Z7ME 3DELB 1VFDA 3CRBA 3SERA 2F5XA 3EF7A 3IOTA 1LSTA 3ZSFA 1P1UA 3UA8A 4QHQA 5HPQA 4KD5A 2B3FA 3T22A 1ATGA 2THIA 1UTHB 1QULA 1US4A 3U92A 4KPTA 2ZXTA 4H67A 4NF8B 1P1WA 3SKPA 1QUKA 2OJTA 4IO7A 2DS9A 3ILTB 3T9XB 4R6HA 5F1QA 2O69A 2ZYOA 4LQ2A 2GH9A 2LAOA 3KEIA 1USYH 3O29A 2RINA 4XKNA 4JB7A 1PBQA 1QUJA 4GVOA 2P0SA 1UIUA 4N07A 2H25A 4IY6A 3KJ7A 2XX9A 5EHMA 2PT1A 5F7VA 5KZTA 1P99A 4JWXA 1DPEA 2PVUA 1XOCA 2F97A 5I2NB 1JQFA 3G3GA 5CBSA 5ITOA 2G29A 3K00A 1B7UA 2HFBA 2RKMA 4RXLA 4XKPA 2ZYNA 3MP1A 2F36A 3BBRA 1EZOA 3KGCA 3B7DA 3RTFB 4MLVA 3CG1A 5I2KA 4IGTA 3CFLA 3GBBA 3O6HA 3HCQA 4OESA 5ISUA 1B51A 3MW0A 2M8CA 4OERA 1A8FA 2DP8A 2Y7KA 4Q5TA 3O66A 5ELVA 3E3KA 3CG3A 3N94A 4FORA 1N3XA 5KCJA 3RLFE 2XXXA 1FQAA 3B6WA 1YPNA 3QUFA 5CC2A 2HZKA 1H76A 1MG1A 4QFOA 5H8QB 3VV5A 4JXIA 1B46A 1YCJA 1AH5A 2H5YA 4G8MA 4YKIA 1B3LA 2YLNA 4RA1A 4GL8A 3HPIA 3KN7A 1MS7A 3PGFA 1GV8A 2D5WA 1OQHA 3Q27A 2Q89A 4YB6A 3MJNA 4OQOA 1HSJA 1LB8A 1XC1A 1B7ZA 4RNSA 4ZEBA 2E1SA 1JEVA 4DCXA 1SYIA 1QUIA 4F1VA 1TWYA 3B6TA 1N84A 2QS2A 1XT8A 4KYDA 1RYOA 2GHAA 1B3GA 2UVHA 1JVYA 1OLAA 3H03A 2ONRA 5FHNA 2Y84A 5TP9B 1Y9UA 3D4GA 3LSFB 1BKAA 2ZNUA 3RUMA 4YMAA 3PUZE 1UTHA 4KI0E 5J1DA 1MRPA 4I8CA 2QRYA 5FHOA 4NF8A 2F8DA 2VP1A 3PPQA 2B3BA 2REGA 3PV0E 4GXSB 2F35A 2F78A 4I9DA 3UGWA 5H8HA 3D4CA 5DT6A 1AL3A 1MY2A 3V8XB 1VR5A 2P2AA 3O2AA 3T9UA 4WKMA 1FCKA 1H44A 3DP8A 2GFEA 4PP0A 5H8FB 3TODA 3QSLA 5A5XB 1PDAA 4OFLA 3FD3A 2A5TB 3FVGA 4EQ7A 4BDQA 4KYSA 1IXGA 4PFYA 5I2NA 4PFUA 2GRVA 4OENA 1B3FA 3JV9A 5AA4A 4LA9A 2HEUA 1O64A 1WVJA 2XXPA 1PB8A 4HCWA 4HTGA 4NMYA 1URSA 1SW1A 2DE4A 1MQJA 4NWDA 4U4XA 1LBBA 2BJJX 3O97A 3G3JA 3VXCA 4JDFA 4P11A 1LB9A 3M3LA 1MQGA 1Y3PA 4EQ9A 3K02A 4EXLA 5L9OA 1B3HA 4ZS9A 4FJPA 3IOVA 2FNCA 2WKYA 2DVZA 2DXYA 4U23A 4NWCA 5JK4A 5FHMA 1R9LA 1EU8A 2RCBA 1VSOA 4ELRA 4N6PA 3VVEA 4G8NA 1B7HA 4DCYA 1JEUA 5I84A 1N76A 4IB2A 4H8JA 3V83A 5H8QA 3C32A 3SEVA 4XXUA 4OEVA 1GGGA 1R6ZA 3DM0A 4LP2B 3EHSA 4OFOA 3LUYA 3T93B 4NF6A 1IEJA 2OZZA 5CI5A 4JSDA 4U1ZA 4XTCQ 1S7YA 3BFTA 3ZS6A 4XKRA 4QFKA 3TDJA 2R9JA 3FJMA 1B1HA 3RN8A 3DP4A 4BDMA 3LR1A 4G68B 4R75A 3SEYA 1L5TA 4LZ5A 4OXVA 2ESNA 1EZPA 2FA7A 3C36A 3QK6A 1P1NA 1SW2A 4LONB 3PPRA 2UXAA 4N13A 1B4HA 5H8NB 2H9BA 4C0RA 2Z22A 5LOMA 1Y1MA 4NF5B 3MVYA 3IO4A 2W7YA 1M5BA 4O3AA 3T9VA 4C1TA 1OQGA 3T66A 3IK6B 2ZNSA 1VFEA 1MQHA 5DVFA 2O1LA 4UA8A 4GQOA 4ELPA 3PUVE 4ZEDA 2QJEA 2F34A 3TCHA 5KCJB 1R1NA 4MF3A 1A40A 4PE5B 4ZEFA 1AOVA 3K1MA 3ECRA 3RPWA 1B32A 3QXMA 4DLDA 3TELA 3OMBA 3N26A 3R6UA 5BUUA 5H8FA 5I57B 1MXXA 2DQVA 3SEXA 5A5XA 3V5AA 4RK2A 3IB2A 4YZZA 2XXHA 1JW4A 3MBPA 2IEEA 4IGRA 3OELA 3Q29A 1B05A 4QF9A 4P0GA 3WAFA 4OMBA 2ONKE 2HXWA 3TUSA 4H6DA 4QSCA 1ZU0A 1EH3A 4K3FA 1SQYA 3TCFA 1URGA 3R26A 2DSFA 2D21A 2XX7A 3U93A 1PEBA 2V93A 3JZJA 2ZMBA 2VD2A 5FTHA 3HN0A 5I58B 2YJPA 2O1MA 1FQFA 3RQTA 1MH3A 3VVFA 3O6GA 1A99A 2RC7A 1H45A 3CFZA 3O28A 3TEPA 2I3WA 1BLFA 5CMBA 4WEDA 4ZECA 4F2QA 1DPPA 4GFRA 3DP6A 3ILUB 4F29A 1CB6A 3E4RA 2Y7PA 1N04A 4GXAA 4FATA 1POY1 3PMWA 1LLSA 2NUVA 2RF1A 5H8HB 3IJOB 5TU0A 3OEKA 1FTLA 5EHSA 1Q35A 1OLCA 5AE4A 4QSDA 1B2HA 5DVIA 1B52A 3W15C 5DTBA 1KWHA 4EDPA 4H5GA 1LFGA 3K0VA 3FASA 4G68A 2UYEA 2Y7IA 3AXFA 3K1PA 1FTMA 4ESXA 3N6UA 1B0LA 3LSLA 2G93A 2P1SA 4RYAA 3IB0A 5JEIA 5AA4B 4GLIA 3MVZA 5H8NA 3PPPA 5BWJA 2HAVA 3PUYE 3IL1B 4HW8A 4X48A 4NF5A 1ZIUA 4AB5A 3UP9A 3MZBA 1MXUA 4H1XA 3MPKA 3CVGA 3RGYA 1IITA 1Z7NE 5K2YA 4KCDA 3S9EA 3HV1A 3IO6A 2O51A 4TQUQ 5DEXB 3K4UA 3EN3A 3K6VA 3VLUA 3QIMA 1B5IA 3SDFA 5TPAB 2DE3A 1FTKA 3B6QA 4OETA 4POWA 4IO3A 5HM4B 1Y3NA 4OTEA 1B6HA 1IZ1A 3EHTA 2UVGA 3KFMA 4Q8RA 1B3EA 3OSRA 3TQLA 2XXVA 2Z8EA 5I57A 2DWHA 2I0BA 4GL0A 5IAIA 1CE2A 3KOTA 3U1OA 5I59A 1JETA 3KSXA 5CBRA 3K6XA 4NF6B 3ZKLA 3I5OA 3P7IA 4HS7A 2A5SA 1LFIA 1O63A 1B5HA 4YMBA 2Q9TA 1FTJA 3HHFA 2QMXA 4ND9A 4QFNA 1SI0A 1NH7A 2E0SA 3FVOA 2DWJA 2PX1A 4OHNA 4YKPA 3C34A 4FIMA 2H99A 1N3WA 2D3IA 3S2VA 3U94A 5FTIA 2XXYA 1B0HA 3GBAA 3R7XA 2V3UA 3PPOA 3ODBA 5I58A 2XD2A 2NXOA 3H4ZA 1FTOA 5ICQA 1AMFA 3LC8A 3KOSA 3M3KA 1SYHA 4IY5A 3UK4A 4NTLA 2XXRA 1A8EA 3FXQA 1IXHA 4F18A 4H65A 3IOWA 3S9LC 3USDA 1MY3A 3CFXA 2DE2A 3U8QA 3PMXA 2DVCA 4RJZA 1WDNA 2PT2A 5L8DA 2ANJA 2F6PA 4QFPA 4ISUA 3N6TA 1SDXA 4Z7EA 3IB1A 3CSBA 2UVJA 2Q2AA 4R2FA 5L9SA 3PD8A 3M8UA 3FXRA 4WEPA 4U1OA 3O6IA 1FQEA 1IXCA 2OBGA 2I4BA 1ZTYA 5M2VA 1MDP1 1Y20A 3MWBA 1GTKA 1FQBA 4F2OA 2I58A 3VLWA 3V89B 2F7BA 1OVTA 4G4PA 3CI8A 1NNTA 3FUZA 2OCUA 3M3FA 2IA4A 3PUXE 1P1OA 2QSXA 5CMKA 4NF4A 1SW4A 3UORA 2R71A 2XXQA 4ELOA 5H8SA 2X7PA 3K01A 3LBSA 4G68C 4DE8A 1IIWA 2V3TA 1QKAA 5DEXA 2O6AA 4LUBA 4OZ9A 3SESA 1HSLA 4EF1A 5ICTA 1I6QA 4F3BA 4JSOA 4OFJA 3RT8A 2XX8A 4NEDA 3LSWA 5TPAA 2VHAA 3TTLA 2I4CA 3PU5A 4GOTA 4O3CA 3VXBA 1Q1KA 2XXIA 1PBPA 1OMPA 3H06B 1M5DA 4ZEKA 2V84A 3IORA 4R72A 2DWIA 4FE8A 4EF2A 4G2ZA 1D9VA 2V25A 1IQ7A 4NE4A 3S9MC 1LAHE 2O7IA 2I49A 3TKDA 1FQDA 3TCGA 2XXUA 1MY0A 1MPBA 4H0WA 1Y4TA 3LSXA 1S50A 4F22A 3IOUA 4F1YA 4GD5A 3BFUA 2YPNA 4THIA 3MP8A 1TXFA 3TPAA 1M5FA 4QRZA 5EYFA 3C33A 3UN6A 4OWDA 3HO7A 1MDQA 1XVYA 1MXWA 3KBRA 3FVNA 3GXAA 4KFQA 2R6GE 2B65A 4ZE9A 1O7TA 3VE1B 2OK2A 3MP6A 3CSGA 1GR2A 3C9HA 3DLNA 1N7XA 4EUOA 1LGBC 1I6AA 4LATA 3I6VA 1YTVA 1LAFE 2CMOA 2I48A 1LCTA 4YB5A 1LAGE 3SETA 2H98A 1DSNA 3OO8A 2Z8FA 4I62A 4Z0IA 3MPLA 5I59B 3RTWB 3E13X 2F7CA 1WODA 3KN8A 1IXIA 2HAUA 4R6KA 1LBCA 2PBWA 1QKBA 4LQ5A 4X9TA 4R73A 2VD3A 3G7WA 3OEMA 5B70A 4BDNA 1PB9A 3TTRA 4R74A 3TQWA 2AL4A 1B58A 4KQPA 1M5EA 1A7LA 3VVDA 4H5FA 4XKQA 3HSTA 1UTBA 1UQWA 4O3BA 1J1NA 1MY1A 3FZVA 4DDDA 2V3QA 3SEUA 5AA1A 1Y1ZA 4F39A 4L17A 1DOTA 4AQ4A 5HBCA 5AA2D 3E9XA 1IUDA 3OSQA 4IO2A 4M4GA 1SW5A 2DYXA 3A09A 2HCAA 2ABHA 1MXVA 1MM7A 4LZ7A 1DMBA 3H6WA 4RY1A 3TFLA 5L9MA 3FV2A 4GRKA 1ANFA 1LFHA 2DXRA 4F19A 4ESWA 4PQJA 3FIRA 4DXUA 4DXBA 2RC9A 3OO6A 2Q88A 1JNFA 3KSJA 2ALUA 4R2BA 1MH4A 4FEDA 4YU0A 3THIA 2AL5A 2I3VA 5DYHA 1H43A 3PMVA 3MZ1A 2X26A 4G8HA 4H8IA 2ZYKA 4E0XA 3OOAA 1NNKA 4QSEA 4EQBA 4U21A 5B7DA 2QPQA 3FV1A 1FW0A 1UIVA 5K2XA 3K6UA 2F6GA 4NF4B 4YKJA 2QS3A 5CRYA 4ZDMA 2HQ0A 1RYXA 4GWOA 4KHZE 3ZKKA 4TLLB 1Y4CA 3H7MA 2XHDA 5AA3A 3C35A 2X7QA 4BDLA 1SVXB 4DZ1A 5JTYB 3EPEA 1US5A 3H6TA 3IR1A 4EXKA 1D9YA 4POXA 3T96B 1H3DA 1OIBA 2Z8DA 4YICA 4ECFA 3MVWA 3C4MA 2NOOA 3OO9A 1OVBA 4KR5A 1BIYA 1II5A 3S4UA 4FECA 3QUJA 3H6UA 3FXUA 4R9FA 4RPOA 3RT6B 3GZGA 2OWSA 2O68A 3TTMA 4X1BA 1TFAA 4YB7A 3VFJA 2NVUB 3K6WA 2RCAA 3L6GA 4U2RA 3TAJA 4RPNA 1N7WA 3TZAA 3IAZA 3CIJA 1N0TA 3MC2A 1SD3A 5I56B 3RY3A 1AIVA 4FAJA 5KDTB 3MQ9A 1SBPA 4F1UA 4ZZAA 1VE4A 4U4SA 4FEBA 3Q28A 3SEWA 3MZ9A 4F3PA 4IO6A 1MY4A 5CM6A 2I6EA 3KZGA 2VGQA 3G3IA 4Q30B 4AB6A 1ZBMA 1NKXA 1NFTA 3I3VA 1ZLQA 4JBZA 5IKBA 4DIGA 1POTA 3L6HA 4ZZEA 5AA2B 4PFWA 3BKIB 3K1NA 1PB7A 3OD7A 2UVIA 1NNPA 1HSEA 4ELQA 2OLBA 3A3CA 3F11A 1SI1A 3FGSA 4XIGQ 2REJA 3TYHA 2AIXA 3PPNA 5CMMA 1D3KA 2ZNTA 2OWTA 1B9JA 2DOJA 1QJMA 4MBPA 2GHBA 3CR9A 4OEUA 2F7AA 1USYE 2KLFA 3T9HB 3MUQA 3IX1A 5CMCA 1ZJLA 4UACA 4E0WA 3MVXA 1TT1A 2XXWA 3FATA 3OENA 4F31B 4GF8A 3N5LA 3KG2A 1FQCA 3EQ1A 3VDFA 1XVXA 2QL3A 3IJXB 4G77A 1TFDA 2XXTA 3H3GA 3W9VA 3HHGA 4R9GA 1UTBB 4U22A 2Q8JA 1NMUA 1MQDA 2Y7RA 1URDA 5JTYA 4DXCA 2Y7WA 4GIZA 3JYRA 4F3SA 1B1XA 1NH8A 2PMSA 3K2DA 4KYEA 3Q26A 1S9TA 4X1DA 1BTJA 4BDRA 3G3FA 2CZLA 3KJTA 4PFTA 1MQIA 1RKMA 1P1QA 4R6YA 1ELJA 3FJGA 1XS5A 2DWAA 2NWJA 4JWOA 1ZKBA 2Q2CA 4OYVA 1JW1A 3H6VA 2UYFA 1YAEA 2QMWA 1ZMGA 1A54A 2RC8A 1GVCA 2Z23A 3TTKA 1QW0A 4I1DA 4P0IA 3KN3A 4LZ8A 5I56A 4YAHX 1MXZA 3WAEA 5KDTA 4MFIA 3VLVA 1DTZA 2XD3A 1M5CA 4MLQA 2QS1A 1BP5A 4MH5A 3FJ7A 2H4IA 4ZE8A 4QFLA 1PC3A 4TLMB 2ONSA 3TTNA 1EZ9A 1T0KA 2ZYMA 3G3HA 3QYTA 1MM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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