1Y20A

Crystal structure of the nr1 ligand-binding core in complex with acpc
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
287
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Ligand binding protein
total genus 84
structure length 287
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A02
3LSXA 3KFMA 3UA8A 3RT8A 1SDXA 1FQEA 3MVXA 1MXUA 4NF4B 4XIGQ 1A8FA 1US5A 3TYHA 2H4IA 5H8NB 4ZS9A 5JK4A 3P7IA 1P1WA 2DOJA 1ZLQA 4FE8A 1B7UA 1Y3PA 3SEYA 3ZSFA 3MZ1A 2R9JA 4R2BA 4PQJA 2XXHA 3RNNA 4U1OA 2H98A 4BDRA 3Q25A 4KFQA 3C36A 1R9LA 4QHQA 1LBCA 2X26A 1SI1A 3FVGA 4H1XA 4H6DA 4UA8A 3A3CA 4F3BA 3FASA 3MP1A 1D9YA 1LAXA 1UIUA 2Y7IA 1MPDA 3H06B 2ZYOA 5KDTA 3MW0A 2RC7A 1AIVA 3MUQA 1MY3A 4YICA 1ZIUA 3QSLA 1D3KA 2V25A 1UTBB 5B7DA 3G3IA 2HZLA 3IB1A 4PP0A 1N0TA 3FVNA 3H6WA 4YKPA 1FCKA 3PMWA 5CI5A 1D9VA 2ABHA 3N6TA 1IXHA 3TAJA 3N5LA 4BLAA 3R26A 2H25A 1CE2A 3K0VA 1M5EA 4LZ7A 3T66A 5B70A 2M8CA 2XXYA 1FW0A 2QMWA 4YKIA 4ZEKA 4POXA 2XXVA 3FV1A 1JEVA 1BTJA 1MXVA 1IITA 3BKIB 3TTMA 5CMBA 3MWBA 3TCFA 1JW5A 4PFWA 4Q0CA 4GQOA 2ZNSA 2Y7RA 2ONSA 1B2HA 3MP8A 2F78A 3QK6A 2XD3A 1PBQA 1YTVA 2DE3A 4GL0A 2REGA 2UVHA 1MQDA 3WAEA 1JNFA 1B3LA 2FNCA 2QS4A 4AB5A 4YB6A 4KCCA 3F11A 1MQJA 1JW1A 2UXAA 1S7YA 3S2VA 1B7ZA 3S4UA 3IX1A 4NF4A 4PFYA 1N7WA 4ZEFA 1YCJA 5H8NA 5CMMA 1MG1A 4NEDA 3VV5A 1I6AA 2OJTA 2ZYKA 5TU0A 3IK6B 1HSJA 1ZU0A 2XX9A 4EQBA 1Y20A 4ZEIA 3SEWA 3FIRA 1JW4A 1M5BA 3VLWA 1A7LA 3K1NA 2QS1A 3CR9A 5FTIA 3VE1B 4P0IA 3RLFE 4OEUA 1JQFA 1MPBA 4XKRA 3S9EA 1SQYA 2OBGA 1NNKA 1B3HA 5DYHA 3O97A 1QKAA 4PE5B 3M3LA 2DQVA 5I84A 4Q5TA 3RN8A 1UTBA 3JYRA 3KGCA 5L8DA 1P1OA 2O7UA 5AA2D 1Y1MA 2XXTA 3C31A 4FEBA 3PD8A 4GRKA 3VXBA 1VE4A 3TTRA 3N94A 3IOVA 4DCXA 5A5XB 4FEDA 2BJJX 3KBRA 3PGFA 1WVJA 3TODA 4H8JA 4DLDA 2OCUA 5JTYB 4LATA 4YMAA 3FUZA 3CI8A 1DMBA 2HZKA 4G68B 1PB9A 4KYSA 3PPPA 3FD3A 4OHNA 2P2AA 2ONRA 3OELA 1XOCA 4C0RA 1SI0A 4IO3A 3O2AA 3PMVA 2O68A 2AIXA 3ILUB 3LUYA 4DXUA 1EU8A 1S50A 2P0SA 4X1DA 3FZVA 4JWOA 4HTGA 4H67A 3KZGA 4UACA 3SEUA 4ESWA 3OSQA 1LB9A 1USYH 4QSEA 3Q29A 3OO6A 3K6XA 4ZZAA 3MPLA 3RTWB 2P1SA 1MY4A 1DSNA 3DP8A 2XXXA 1JETA 2PVUA 3E13X 4P11A 4JXIA 2OLBA 3VVEA 3TDJA 3PPNA 4NE4A 4YAHX 1KWHA 3U92A 5I59B 4XKNA 2F8DA 1MXZA 3IB0A 2Z8DA 1DOTA 3ZS6A 5I2KB 3THIA 4EXLA 3Q26A 1URDA 1QVSA 2D3IA 1MQHA 4O3CA 3GLBA 1OMPA 4OFOA 3HPIA 3TKDA 2E0SA 1EZPA 3B6WA 3FJMA 4Q8RA 3OMBA 4NWCA 5HBCA 5K2YA 3G3FA 1XS5A 2HEUA 4DCYA 2DWJA 4LZ8A 1B0LA 1MDP1 3IB2A 3TFLA 1B3EA 2ALUA 4RK9A 3CFLA 1ZTYA 3FATA 3MC2A 4LP2B 3DP6A 4R72A 1TWYA 2AL5A 3DM0A 4IY6A 1VFEA 1PBPA 3QUJA 3BFUA 1Q35A 5H8SA 3I6VA 4M4GA 2PT1A 5ITOA 4YB7A 4RPNA 4IGRA 3TCHA 3K1MA 1NNPA 5H8FA 1B52A 4WXJA 1A8EA 4IO4A 5A5XA 3OO8A 3VFJA 3K4UA 3RT6B 5EYFA 2PYYA 4PFTA 2DE2A 1JVXA 4E0WA 1HSLA 1ANFA 4F1UA 4IO6A 3C35A 4R6KA 3IORA 5H8HB 2F35A 1SW1A 4MLQA 3HHGA 4KI0E 4G68A 5L9OA 3T9UA 3T96B 3RGYA 3H7MA 4ZZEA 3N6UA 3E9XA 4LQ5A 1GV8A 2F34A 3KOTA 4NF5A 5FHMA 3CVGA 1FQFA 3K6UA 4PETA 4NTLA 2I4CA 1LAFE 2F7AA 2HAUA 1B4HA 1BLFA 3O9PA 1FTKA 2E1SA 3PUYE 3K00A 4G4PA 1XVXA 4FECA 1MS7A 4GIZA 2XX7A 1URSA 4JWYA 1M5DA 3MZ9A 5I57B 5ITPA 1LCFA 4OYVA 3S9LC 4KQPA 3MBPA 3SDFA 1DPEA 2ZNUA 5DTBA 2Y7WA 1B4ZA 1SBPA 4HS7A 1JEUA 5I59A 4EXKA 2RC9A 3C33A 3KN8A 5DVIA 1ZBMA 4XXUA 4QF9A 2IA4A 4IO5A 5I2KA 2I6EA 2UVJA 2HXWA 2CZLA 1OQGA 1POY1 1B05A 1DTZA 3RUMA 3IO4A 1AH5A 3G3HA 3OEKA 4F3GA 3G3KA 3LSLA 4Z0IA 3OD7A 3PPOA 3SERA 4FORA 2DXYA 4DDDA 1FTMA 4ELRA 2I49A 3KG2A 4U23A 5CM6A 1B51A 4GL8A 1R9QA 3PU5A 3R6UA 2XXIA 3WAFA 1SW5A 3LSFB 4K3FA 3QUFA 2H99A 4QRZA 4OFJA 3UP9A 5AE4A 3O6GA 4EDPA 4X9TA 4ZE8A 2OWSA 1QKBA 4R74A 3HCQA 2GFEA 2Y7KA 2DWIA 2O69A 4YKKA 2NXOA 3KSJA 3KEIA 1ATGA 1A55A 2FYIA 3G7WA 5ICTA 4YMBA 2O51A 5IKBA 4N07A 1LFIA 5H8HA 4U2RA 4F29A 2UYEA 1MXYA 1MQGA 5KZTA 1MY2A 5EHMA 4MF3A 2H9BA 4IY5A 4U21A 2RCAA 4ELOA 3CG3A 4F22A 2RF1A 5I56B 4KPTA 3LBSA 4LZ5A 1OLCA 1URGA 4RPOA 3FXQA 5DT6A 3MQ9A 3C34A 3W9WA 5CMCA 3TTNA 3PUWE 3I5OA 4TOZA 2DXRA 4ZEDA 3M3FA 4EF2A 3H6VA 4F39A 3O66A 4GD5A 3IOWA 1BIYA 3TEPA 1P1NA 1IZ1A 3V5AA 4XKQA 3TQLA 3VDFA 2ONKE 1B32A 3TPAA 1GR2A 4U1ZA 4U22A 1LLSA 3AXFA 4X1BA 5ICQA 4PFUA 4QFPA 3IJOB 3TTKA 1I6QA 2XHDA 1B5IA 2ESNA 3K1PA 2RC8A 2VHAA 1B3FA 1IEJA 1NFTA 2Q9TA 4OQOA 3KN7A 3RY3A 5AA4B 4FAJA 4C1UA 1LFHA 1LSTA 3KSXA 4ZDMA 2DS9A 2GRVA 2PBWA 3PUXE 1LB8A 1I6BA 5CBSA 2QPQA 2DVCA 2RINA 4OFLA 3BBRA 1H44A 3LR1A 3KJTA 1P1UA 2ZMBA 4G2ZA 1EH3A 1J1NA 1R6ZA 1MQIA 1B5JA 3FXUA 1FQCA 1NMUA 3UN6A 3V8XB 2DVZA 2AL4A 1N76A 4DXBA 4ISUA 2PMSA 2GHAA 2O7IA 2YJPA 2I58A 3SETA 4OXVA 1IIWA 1LAHE 1MM6A 1QUIA 5F7VA 2F6PA 3QAXA 5HPQA 1RKMA 1BKAA 4OVJA 4RY1A 3FV2A 1B5HA 5LOMA 4GOTA 1B3GA 1NH7A 3QIMA 4GWOA 3FXRA 4OESA 2ZNTA 3W15C 3T22A 5I56A 4I1DA 1B0HA 1IXIA 2V93A 4G8NA 3GBAA 2F97A 3T9HB 1B6HA 2XD2A 3H3GA 2I0CA 3UORA 2QRYA 5AA1A 4ZEBA 1F9BA 2X7PA 4QSDA 1UIVA 4ESXA 4R75A 1MY0A 4FJPA 1N7XA 2NVUB 3HSTA 1QUKA 1MH3A 3CSGA 4ONYA 2UYFA 3B6QA 3EHUA 4NF6B 2DWHA 3IR1A 4IGTA 1N3WA 3G3GA 4RA1A 3H6TA 1OVBA 3S9MC 4THIA 2NWJA 2ZXTA 1PEBA 2Z22A 3ZKLA 1H43A 2RKMA 3IO6A 4I62A 4DZ1A 2XXQA 2QSXA 3RQTA 2H5YA 5AA3A 3TQWA 1T0KA 2B3FA 4YB5A 1MY1A 4ECFA 2ZYNA 1B40A 1LAGE 4KR5A 3JV9A 1LFGA 2XX8A 1H3DA 4BDMA 2NUVA 3KJ7A 3SEVA 4GF8A 2XXWA 4F19A 2O84X 3L6GA 3O28A 2GH9A 3MPKA 5I58B 3VLVA 3LSWA 1PB7A 4U4SA 5J1DA 4TQUQ 1VR5A 2Q8JA 5CRYA 1AMFA 3ECRA 4R6YA 2OZZA 5H8QB 5JTYA 4GVOA 4F2OA 1N84A 1TT1A 3PPRA 4LVQA 3IOUA 4OEVA 3ZKKA 1TFAA 3B7DA 2DP8A 4RXLA 5IAIA 4R9FA 4EUOA 4QFKA 5BUUA 3OENA 2V3TA 3A09A 3S9NC 1A40A 4AB6A 5I2NB 1UQWA 3CFXA 2Q2CA 3MVZA 1N04A 3GXAA 4F2QA 1AL3A 3PPQA 4NF8B 1B1XA 1MXWA 1PB8A 3O6IA 4F1YA 1SYIA 2HAVA 5TP9B 1B9JA 1Y3QA 2OWTA 1Y4TA 3EHTA 1RYXA 2I3VA 1LBBA 2CMOA 3TZAA 5FHOA 5L9MA 1IUDA 2DYXA 3C4MA 4OETA 1O64A 4OENA 1WODA 1MXXA 2D21A 2I48A 3EF7A 3HV1A 4RYAA 2VP1A 2F36A 4LA9A 1Y1ZA 2QMXA 2I3WA 3UGWA 4F3PA 4WEPA 3U8QA 4G68C 1Z7ME 2R6GE 1OIBA 4NF6A 4HW8A 4EF1A 2GHBA 3FVKA 3M8UA 2QS2A 5CC2A 1O63A 1M5CA 3DP4A 4LONB 4F3SA 1SW4A 4G77A 2F5XA 1SYHA 4BDQA 4F18A 4OTEA 3PUZE 2Y84A 3OEMA 2PT2A 3RTFB 4MLVA 4C1TA 5DEXB 5CBRA 1AOVA 4GFRA 2A5TB 4OMBA 4QFNA 1ZMGA 4WKMA 3B6TA 4LQ2A 3PD9A 4QSCA 4FIMA 2Q89A 4JSOA 1Y9UA 1A54A 4FATA 3H4ZA 4BDOA 4NMYA 2QJEA 1MRPA 3H03A 2AYSA 1B46A 1P1QA 1NL5A 2HQ0A 4I8CA 4Q30B 4DIGA 2DE4A 1MM7A 4LUBA 3V89B 5I58A 4QFOA 4EQ9A 3K01A 4L17A 1FQBA 1HSEA 5ELVA 2QS3A 3W9VA 3TUSA 3U94A 1RYOA 1QJMA 5H8QA 2HFBA 4QFLA 4R9GA 3EN3A 3RPWA 4O3AA 4I9DA 3U93A 3M3KA 4YU0A 1DTGA 3PMXA 1R1NA 4DXCA 3K2DA 4RJZA 5EHSA 2UVGA 1Y4CA 4WEDA 2I4BA 3CFZA 3SEXA 2G29A 1UTHB 2VOZA 3T93B 3MP6A 1IXGA 2O1LA 3G3JA 2ANJA 1A99A 1XT8A 4H5GA 2V84A 5I2NA 2OK2A 2Q88A 2THIA 3C32A 4ZE9A 3ONMA 3OSRA 1LGBC 3DLNA 5DVFA 3Q27A 3PUVE 4NF8A 5AA2B 4YZZA 5JEIA 1TXFA 3SKPA 3U1OA 4RNSA 5TP9A 1US4A 1NNTA 3HO7A 4X48A 4KD5A 1FTOA 4F1VA 3E4RA 4IO7A 3K02A 4JBZA 4HCYA 5FHNA 1VSOA 5I57A 3C9HA 4IO2A 2Y7PA 4OWDA 3D4CA 4BDLA 2Z8FA 4G8MA 1NH8A 1OVTA 1IQ7A 3LC8A 2NOOA 2ZYMA 4BDNA 4GXSB 3CIJA 4R2FA 1SW2A 2Q2AA 4HCWA 4JDFA 1MDQA 3HHFA 4EQ7A 4TLMB 2D5WA 1N3XA 3FJ7A 1QUJA 5BWJA 3VVDA 1JVYA 3Q28A 3K6WA 4JB7A 1II5A 2Z23A 1VFDA 1H45A 3MZBA 5DEXA 4RK2A 3O29A 2A5TA 1EZOA 1FQDA 4MFIA 3E3KA 5TPAB 1XVYA 1TFDA 3TCGA 4H0WA 2WKYA 4Z7EA 2G93A 3CG1A 4H8IA 1BP5A 2VGQA 3GBBA 1Y3NA 2F6GA 1P99A 5H8FB 4GLIA 3MVYA 3VLUA 2DSFA 5M2VA 1PDAA 3K6VA 2DWAA 4N6PA 2QL3A 3GZGA 2O6AA 4E0XA 2REJA 3OOAA 2W7YA 2XXRA 4R73A 3D4GA 1OQHA 1USYE 4NWDA 3FJGA 1YAEA 3ODBA 3I3VA 3MJNA 2R71A 1ZJLA 4H65A 1MPCA 2LAOA 1ZKBA 3BFTA 4KYEA 1S9TA 1UTHA 4NF5B 4KHZE 1FQAA 4U4XA 3VXCA 5KCJB 1GGGA 1CB6A 3U72A 2F7CA 1FTJA 2PX1A 4ZECA 3UK4A 3T9VA 1Q1KA 1EZ9A 5HM4B 5AA2A 1M5FA 4KYDA 3USDA 2VD3A 1B1HA 3IJXB 5ISUA 4AQ4A 4XKPA 2I0BA 3OO9A 3KOSA 3QYTA 3IL1B 4KCDA 3CSBA 4ND9A 2XXPA 4IB2A 1PC3A 3TMGA 3TELA 1Z7NE 4P0GA 1L5TA 4OERA 2B65A 4M1VA 1POTA 3EPEA 2IEEA 2VD2A 3QXMA 4YKJA 3EHSA 3FGSA 3OO7A 5F1QA 3L6HA 3N26A 5FTHA 1QW0A 1DPPA 2B3BA 5KDTB 3IAZA 2V3UA 1NNFA 1GTKA 1I69A 2Z8EA 2RCBA 4POWA 2KLFA 4JWXA 4N13A 4TLLB 3H6UA 3V83A 3TTLA 1NKXA 5AA4A 2O1MA 2HCAA 2F7BA 3JZJA 2YLNA 1B7HA 1H76A 5TPAA 5L9SA 1B58A 1LCTA 4R6HA 3UIFA 2XXUA 4MH5A 1SD3A 2X7QA 2A5SA 3T9XB 2FA7A 4H5FA 4OZ9A 5CMKA 1GVCA 1MH4A 3HN0A 3OXNA 5DVJA 1YPNA 2UVIA 3O6HA 4G8HA 3CRBA 1SVXB 4XTCQ 3KN3A 3IOTA 3PV0E 3EQ1A 3DELB 1FTLA 4JSDA 1OLAA 3MVWA 1WDNA 4O3BA 4ELPA 4DE8A 4MBPA 3VVFA 4GXAA 5K2XA 2YPNA 1O7TA 3MAMA 1XC1A 3ILTB 1ELJA 3R7XA 1QULA 3SESA 1IXCA 1XHYA 5KCJA 1D4NA 4F31B 2V3QA 3FVOA 4ELQA 3A3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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