1Y20A

Crystal structure of the nr1 ligand-binding core in complex with acpc
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
287
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 84
structure length 287
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A02
5J1DA 2ONKE 4F1YA 3TTMA 2QMWA 2F7CA 5L9SA 2Y7KA 1MXZA 5CMKA 1B4HA 2AL4A 4GQOA 3VLUA 4NF4B 3LSLA 5CRYA 3TFLA 2A5SA 4R73A 4EXLA 3C36A 4P0GA 1M5CA 1MY1A 3QAXA 3QUFA 3IB0A 3CI8A 3KJ7A 4I62A 5BUUA 2WKYA 3H03A 4NF6B 4G68C 4H8IA 5AA2D 3RTFB 3D4GA 3LSFB 3T9HB 1QKAA 1SBPA 2RC8A 2VOZA 1B3HA 3OEKA 2I4BA 1JETA 2H9BA 2D3IA 1D4NA 4IGTA 4ESWA 3TDJA 3E3KA 1OVBA 2QS4A 5TP9B 4YAHX 3LSXA 1XC1A 3TZAA 4OZ9A 2F78A 5DVJA 1P1WA 4GFRA 1MG1A 4QRZA 3TUSA 1DTZA 3CRBA 4NWDA 1IXIA 4RK9A 3HSTA 3SESA 4P11A 3QXMA 3UA8A 1B32A 1SVXB 1PB8A 3R6UA 5CMBA 4R6YA 3H6VA 1GV8A 1B46A 4X1DA 2I0BA 1EZOA 1JW5A 3RPWA 2Z23A 2UVIA 3T66A 1B0LA 2VD2A 1LBCA 1M5DA 1B7ZA 1LLSA 1NNKA 3S9EA 1FTMA 3T9VA 1H44A 1MQGA 3H7MA 1TT1A 3TKDA 2R71A 2F8DA 5K2XA 3KN8A 3C34A 1D3KA 4H67A 5H8HA 1SI1A 4IY6A 1B1XA 3B6WA 4L17A 3V8XB 2Z8FA 3ZKKA 1DOTA 4O3AA 1LAFE 3OELA 4ZDMA 3K1NA 3TQWA 4LATA 1JQFA 3FJMA 3N26A 1QKBA 4FIMA 3TTLA 3FZVA 1YTVA 3CSGA 1QUIA 2D21A 3IAZA 3H6TA 3KSJA 2HAVA 1SQYA 3SEWA 3TODA 3IORA 2XD2A 1WDNA 2PT2A 2DWJA 5H8FA 2DQVA 5CMMA 4XXUA 3DLNA 3VE1B 5H8HB 1EZ9A 3FV1A 4YMBA 3A09A 1VFEA 1PC3A 1LFGA 3VVDA 1AH5A 5I56A 3LSWA 1A8FA 2UVJA 3SEYA 3EHUA 3PUYE 3TPAA 3MVZA 4MLQA 3MAMA 4PP0A 1XVYA 4ONYA 4YB6A 3R7XA 4FATA 5CC2A 3VLVA 4FAJA 5I2KA 2ZYOA 3EF7A 2QSXA 3OENA 4LQ2A 1GVCA 3CVGA 4OENA 3S9LC 3RT6B 1S9TA 2NUVA 3IL1B 4F31B 2I58A 1MXYA 2PT1A 4EF1A 1B3EA 3H3GA 3O29A 3CG1A 1SYHA 5I56B 5CBSA 3L6GA 4F39A 3A3UA 1BTJA 4F3GA 1FQAA 4PFYA 3K00A 1R9QA 4FEDA 2Z8DA 2O68A 2LAOA 1Z7ME 4C1TA 4QSCA 4UACA 3B7DA 3MPLA 3MZBA 4YKIA 3MUQA 1P1OA 3U72A 3THIA 5I2KB 4PQJA 1Y1MA 3N5LA 4R9GA 2RCBA 1I6QA 3S9MC 2O51A 2F36A 5A5XA 1DTGA 4BDOA 2OJTA 5DEXA 4DIGA 3O6HA 1ZU0A 3B6TA 3ILUB 1B4ZA 3OSQA 5JTYA 5ITOA 3HO7A 1MDP1 4KYEA 3HN0A 4NF5A 1N7XA 4KI0E 4RA1A 3O9PA 5EYFA 5DVIA 5FTIA 4ZZEA 4F3PA 4OQOA 3LUYA 3PMVA 2ONRA 3BFUA 2DWAA 3RNNA 1ZLQA 3MP6A 3K1MA 4RK2A 2F5XA 1VE4A 4JWOA 1MY4A 4DCYA 3PUXE 3R26A 1ZKBA 2G29A 4JXIA 4FEBA 3UN6A 1O64A 3IR1A 4OETA 4GD5A 4G4PA 5A5XB 3FASA 1H45A 3LR1A 5FHOA 1Z7NE 1TFDA 3HHFA 3I5OA 5JTYB 5DT6A 3U92A 3H6UA 4ZEFA 4DE8A 3KJTA 4THIA 2O69A 4OMBA 3K01A 4G8NA 3SEXA 4TLLB 2RCAA 4NF5B 1FQFA 2ZNSA 1VFDA 1LAHE 2F97A 1MXUA 3DP6A 2ZXTA 1TXFA 1JVYA 2VP1A 4HTGA 4IO5A 2V25A 4F2QA 2NVUB 3M3KA 4AB5A 2THIA 4ZEDA 3MBPA 1MDQA 1OQGA 2ZNTA 1GR2A 1M5BA 4IO3A 3I6VA 1SW5A 3G3IA 1NH8A 3EQ1A 5AE4A 3BFTA 1UQWA 2Q2CA 1FQCA 3P7IA 3BBRA 3T93B 2M8CA 3G3FA 3CIJA 2QMXA 4U4SA 1B9JA 3Q25A 4RJZA 5KCJA 5CMCA 1MQDA 2H99A 5HBCA 4KHZE 4LONB 5LOMA 5TP9A 3KG2A 1Y20A 2I3VA 3N6UA 1D9YA 2XXTA 2QS3A 3KFMA 2XX8A 1LSTA 4ZEKA 4Z0IA 1JNFA 2V93A 3TCGA 1BKAA 3DELB 5TPAA 1NL5A 5IKBA 1HSJA 1UTHB 4XTCQ 3KN7A 1IZ1A 3IOVA 1FQDA 1A54A 3S2VA 1WVJA 2IA4A 3RTWB 4WEDA 4KQPA 3OO6A 4G68A 1B6HA 1RKMA 4HW8A 2OBGA 5KCJB 4NEDA 2XX9A 3QUJA 1LCTA 3K0VA 1MXXA 1Y4TA 4EQ9A 4H1XA 2Q88A 4WKMA 2RC9A 1LB9A 2E0SA 1Y4CA 4FECA 4F3SA 5TPAB 2RKMA 2AL5A 1OLCA 5AA4A 1SYIA 3OXNA 4U1ZA 4R74A 3TMGA 5I57A 4NF8A 4GL8A 1B05A 3TQLA 4R72A 3MZ9A 3OOAA 3MWBA 4JB7A 4N13A 2H5YA 2ZNUA 5EHMA 2XD3A 3T9UA 2V84A 1AMFA 3FIRA 3CG3A 4FE8A 3ZS6A 1IXCA 1FTLA 4G68B 4RNSA 3RY3A 1J1NA 2XXVA 3VFJA 2ZMBA 3Q26A 2H98A 3RT8A 4I1DA 3PU5A 1II5A 1HSEA 1LFHA 1N3WA 1O63A 2VGQA 4BLAA 4YICA 4U22A 3QSLA 4R2FA 3TTRA 2Y84A 5ISUA 1A8EA 1B5IA 2HQ0A 1VR5A 5AA4B 1I6BA 4KYSA 3U93A 4TQUQ 2A5TA 3KGCA 5I57B 4NF8B 2XXPA 3M3FA 4GIZA 2CZLA 4Q5TA 3KEIA 4QFLA 1JVXA 4IGRA 1IUDA 2RF1A 2UYFA 2PMSA 1B7HA 3FD3A 3MPKA 1LAGE 2ZYMA 4PFTA 1SW4A 4QFKA 4QFNA 3UORA 1TFAA 3QIMA 3GLBA 4OYVA 1CE2A 2DWHA 4P0IA 4KD5A 2X26A 1BLFA 1EU8A 2YJPA 2QS2A 1DMBA 4EXKA 1QUJA 4OESA 4H6DA 3VLWA 4QF9A 4MFIA 4X48A 4JWYA 1R1NA 1YCJA 2VD3A 4QSEA 3VVFA 4RPNA 5I59A 4PFWA 2OLBA 4F1VA 2I4CA 1MY2A 3MP1A 4NTLA 2ALUA 2GFEA 1URGA 3UIFA 2A5TB 2G93A 1B3GA 4G8MA 4KCCA 1LAXA 1Y1ZA 1FQBA 2B3BA 3V5AA 4I8CA 3O66A 3C4MA 4ECFA 1MQJA 4GVOA 1QW0A 4F1UA 4Z7EA 3DP8A 4FORA 3OSRA 3EN3A 1PBQA 1D9VA 3KZGA 2I3WA 1FTJA 4XKPA 1ZTYA 2GHBA 3TTKA 3FXQA 4F2OA 4ZZAA 1R6ZA 3MJNA 3K4UA 3WAEA 4ZE8A 4ISUA 1Y3PA 4ND9A 2HZKA 5I59B 4GXAA 1LB8A 3E4RA 3KOSA 4FJPA 3IOTA 1MS7A 3JZJA 2GRVA 4PETA 4NMYA 3V83A 3K1PA 3O97A 5CM6A 5FTHA 3H06B 3M8UA 3MQ9A 3IK6B 2DE4A 3SDFA 4X9TA 1MY0A 3OO7A 3N94A 3GBBA 3OMBA 2DXRA 2OWSA 1IITA 1POY1 3VXCA 1FTOA 4R2BA 4AB6A 3CSBA 2P2AA 2Q89A 2HZLA 2O84X 3RUMA 4R6KA 3TYHA 1NNPA 1OLAA 4GOTA 1MY3A 5H8NA 3G7WA 4IO4A 4LUBA 4OXVA 4U1OA 4RYAA 3FV2A 3EHSA 1PBPA 3B6QA 1OQHA 4RXLA 3IJXB 2ANJA 1IEJA 3DM0A 3FJ7A 4RPOA 3IB1A 1B52A 1URDA 1S7YA 1DPPA 2F34A 3JV9A 2UVHA 4HCYA 1A99A 3T22A 3IO6A 3Q27A 3IO4A 2OCUA 3QK6A 3SKPA 1QULA 3O6GA 2KLFA 2XXXA 4GL0A 5AA1A 4U23A 4OWDA 5KZTA 3TELA 1P1QA 3F11A 2D5WA 4F29A 2P0SA 4LVQA 1QJMA 3K6VA 4BDRA 5TU0A 3CFLA 4IO7A 4YB7A 1USYE 3OD7A 1A7LA 1ZJLA 5H8NB 2BJJX 3RQTA 4IO6A 1HSLA 2QRYA 1USYH 1DSNA 1MXVA 3K2DA 1KWHA 2YLNA 4JSDA 2PBWA 3E9XA 1AL3A 1B0HA 4KCDA 3FVKA 1UIUA 4IY5A 3OO8A 2Q8JA 4LZ5A 4GRKA 5F1QA 2AYSA 3IX1A 2X7PA 2QJEA 1GGGA 4G2ZA 1PDAA 4Q8RA 1AIVA 4YU0A 1FTKA 1N0TA 2V3TA 3ECRA 3U1OA 2QL3A 4DDDA 4AQ4A 5HPQA 2F35A 1MRPA 2XXRA 4QHQA 2O7IA 3O28A 3PD8A 1UTHA 5B70A 4O3CA 5B7DA 4ZECA 4R9FA 1B51A 1NH7A 2V3UA 1B1HA 2HCAA 1Q35A 2HXWA 1UIVA 2O6AA 2OZZA 1POTA 3W15C 2FA7A 4DXBA 2I49A 3U94A 1Q1KA 3IJOB 4OEUA 4KPTA 1Y9UA 2DE2A 1T0KA 3OO9A 4BDQA 1TWYA 1XOCA 2REJA 3MVYA 4YZZA 4H0WA 4GF8A 4I9DA 4XKRA 4DCXA 2X7QA 3KN3A 4YMAA 2XXWA 2DSFA 3LBSA 3N6TA 3PMWA 4BDLA 4OFJA 2DS9A 4EQ7A 4OFOA 3SERA 3MC2A 2PX1A 3CFZA 4K3FA 1ZIUA 1B3FA 4H8JA 3USDA 4DXUA 4ELPA 3Q29A 1S50A 2XHDA 4ZEBA 3S9NC 3TEPA 1IXGA 2V3QA 1N76A 3C31A 4PE5B 3LC8A 3PD9A 1O7TA 2HAUA 3DP4A 3VV5A 2RINA 1OIBA 4H5FA 4ESXA 3UP9A 4E0WA 4R6HA 5ITPA 4MBPA 2ZYNA 2QS1A 4R75A 4YKJA 4C0RA 4OEVA 4TLMB 4RY1A 3FVNA 5FHMA 3CFXA 2AIXA 3K6XA 2PYYA 4F19A 5F7VA 4GWOA 4Q0CA 1I6AA 2DYXA 3HCQA 1N04A 1Y3QA 1A55A 3RN8A 3PPRA 3CR9A 1P99A 2FYIA 3C33A 2O7UA 3EHTA 1ZBMA 3K6UA 4OHNA 1I69A 4YKKA 2Q2AA 3ZKLA 1B40A 1PB7A 1B7UA 2DE3A 1WODA 3FVGA 1BIYA 2DOJA 3TCFA 1NNTA 3PGFA 4OTEA 1B3LA 1H3DA 3QYTA 2P1SA 5FHNA 3W9VA 4M1VA 1SW2A 2Y7RA 2Y7WA 1H76A 4DXCA 1B5JA 4NE4A 1NFTA 4BDNA 2GH9A 3TAJA 3VXBA 2VHAA 2B65A 4PFUA 3PMXA 4MF3A 2ONSA 1US5A 1VSOA 4JWXA 4HCWA 5I58A 3A3CA 3PUWE 1XT8A 2HFBA 2HEUA 4JBZA 5I2NA 2IEEA 1SD3A 3SEUA 4OFLA 4ZS9A 3ODBA 3PUZE 1URSA 3G3JA 3O6IA 3MP8A 2RC7A 4ZE9A 1ELJA 2I48A 3GXAA 4TOZA 2OK2A 5AA2A 1EH3A 4LZ7A 5L8DA 4YKPA 5H8QA 1NKXA 3M3LA 3C32A 5I84A 2ABHA 4U4XA 1EZPA 4F3BA 4E0XA 3WAFA 1B58A 2F7AA 5IAIA 3KSXA 3T9XB 1MPDA 1MXWA 4QSDA 3I3VA 1F9BA 1M5FA 4G77A 3E13X 1FW0A 5I58B 3MW0A 2O1LA 3KBRA 3PUVE 3ZSFA 1UTBA 3UK4A 1MQIA 3PV0E 3EPEA 3TTNA 3K02A 3SEVA 5I2NB 1RYXA 1XS5A 4Q30B 2NXOA 4XKQA 4DLDA 2Z8EA 1QUKA 5L9MA 1NMUA 1M5EA 5AA2B 4ELQA 4OERA 1B2HA 1ANFA 3FXRA 5BWJA 5H8QB 2CMOA 1IIWA 3K6WA 3GZGA 4H65A 2OWTA 4ELRA 5ICTA 5ICQA 1IXHA 5H8FB 1JEUA 2XXQA 1MPBA 1LBBA 2XX7A 1MM7A 1DPEA 1JW1A 1P1NA 4QFOA 1B5HA 1LGBC 3MZ1A 4LP2B 1UTBB 1OMPA 5M2VA 3Q28A 2FNCA 3S4UA 1YPNA 4EQBA 4JSOA 4IB2A 5ELVA 3MVXA 1OVTA 1SI0A 5HM4B 2DWIA 2E1SA 4IO2A 5DTBA 3HV1A 2I0CA 1AOVA 2DVCA 4LQ5A 1N84A 3PPPA 3O2AA 3KOTA 4H5GA 3SETA 2UVGA 4XIGQ 3FVOA 2R6GE 2Y7IA 2YPNA 3MVWA 1MH4A 5CI5A 4WEPA 3VDFA 3ILTB 5EHSA 5L9OA 2XXIA 4UA8A 2DVZA 1MM6A 4BDMA 1SW1A 2UXAA 1YAEA 2I6EA 1JEVA 4X1BA 4ELOA 2F6PA 1IQ7A 2UYEA 2ZYKA 2GHAA 1FCKA 2XXYA 2DXYA 3IOUA 1H43A 3FJGA 3VVEA 4NWCA 1US4A 3RGYA 3RLFE 3G3GA 1BP5A 5KDTA 3FXUA 4LA9A 4N6PA 1PB9A 1GTKA 3H4ZA 3G3KA 2R9JA 2QPQA 5CBRA 1L5TA 3HPIA 1XVXA 3C35A 4EDPA 3GBAA 4F22A 3IOWA 3W9WA 2XXUA 3AXFA 5DVFA 4XKNA 1ATGA 3U8QA 5DEXB 3L6HA 3T96B 4EUOA 3UGWA 2H25A 3PPNA 2O1MA 3FGSA 3C9HA 1N7WA 1QVSA 1A40A 4MH5A 4POXA 3FUZA 1NNFA 4KR5A 2DP8A 1PEBA 1LCFA 4GLIA 5AA3A 2W7YA 1RYOA 5KDTB 3PPOA 5H8SA 3IB2A 4KYDA 1N3XA 2ESNA 4LZ8A 4KFQA 1ZMGA 4ZEIA 4WXJA 4OVJA 2Q9TA 5DYHA 1P1UA 1CB6A 2F6GA 1FQEA 1MQHA 3D4CA 2NOOA 3PPQA 3HHGA 2NWJA 5JEIA 4F18A 4M4GA 4HS7A 2Y7PA 5JK4A 4NF4A 2B3FA 3G3HA 4C1UA 1R9LA 1MH3A 4GXSB 4U2RA 4YB5A 3JYRA 2H4IA 4NF6A 2PVUA 1XHYA 4EF2A 1JW4A 3BKIB 3OEMA 3ONMA 4G8HA 2REGA 3TCHA 2XXHA 2Z22A 4POWA 2F7BA 1SDXA 4DZ1A 1LFIA 4QFPA 4U21A 4O3BA 4MLVA 4N07A 3FATA 3H6WA 1MPCA 5K2YA 1Y3NA 4JDFA 3V89B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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