4PFYA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.5 a resolution
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
TFERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 180
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfyA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfyA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfyA02
3O2AA 2YPNA 3OMBA 5I2KB 1SI1A 2F7BA 4Q8RA 5B7DA 4F3GA 4KYEA 5I57A 1B0LA 4EQ9A 3U93A 4DXBA 4GF8A 1SYIA 2OK2A 3PMVA 3OD7A 3VVDA 3T9HB 1IZ1A 1IXCA 4RY1A 4DCXA 4ZDMA 1A55A 2VP1A 4F3PA 1A7LA 1GVCA 4OYVA 2Z8DA 2CMOA 5FHOA 4I1DA 1FQBA 2V3TA 4KYSA 4DLDA 3KOSA 5I58A 1T0KA 4LVQA 4ELQA 3K6VA 1MY3A 1Y1ZA 1M5FA 2REGA 3K1NA 3TTKA 1TXFA 2QS2A 4ZECA 3UORA 4YKJA 1QKAA 4YMAA 1PC3A 2X7QA 1O7TA 4IO2A 4QFPA 3FUZA 1JEVA 3EHUA 4I9DA 3PD9A 5TPAB 2QS4A 3O28A 2I3WA 2ESNA 4GL8A 3RYBA 4PE5B 4ZZAA 5TP9B 3M3LA 1PBQA 2Y7PA 1B4ZA 5HBCA 2ONKE 5KZTA 4NF5A 5KDTA 3LVUA 1ZKBA 4H8JA 1DTGA 3KSJA 3S9MC 3G3IA 3E3KA 3RUMA 1MY1A 1FTLA 2XXVA 4LATA 4DE8A 3Q25A 4X1DA 3DRHA 4IGRA 3CIJA 1Q1KA 1MQIA 1UTBA 2YJPA 3OO9A 3SEWA 2ANJA 2H4IA 5ITOA 3QUFA 4HCWA 1B3GA 3WAFA 3K02A 1IXGA 3CG3A 4YMBA 2M8CA 2O7UA 5LOMA 2DOJA 1O64A 4JSDA 5K2YA 4JXIA 2H25A 1MXWA 3G3JA 5A5XB 3TAJA 1B51A 1IXIA 3PGFA 3CFLA 3E4RA 3UP9A 1B05A 2RCBA 4R2FA 1FCKA 3LUYA 2OBGA 3RYAA 2D21A 3SEYA 5L9SA 5CRYA 1SW5A 4QF9A 1S50A 4MF3A 4GD5A 3UIFA 2IEEA 1UTHA 2WKYA 4FATA 4G2ZA 3VV5A 2HAVA 2RF1A 3OELA 1TWYA 2R71A 1MH4A 3K4UA 3RY3A 4F3BA 3DP6A 3RQTA 3IJXB 3T96B 3GZGA 2ZNUA 4GOTA 5CMBA 2Z23A 1YCJA 3MJNA 3T9XB 4FIMA 2XX8A 1B4HA 1URGA 4N6PA 1PEBA 4OFOA 3UK4A 3G7WA 4F1VA 1N76A 4QHQA 3H6TA 4EXKA 2OWSA 4U4XA 2DVZA 4U2RA 2UVHA 3IB1A 4NF6A 1B58A 2QL3A 3HPIA 1B7ZA 3TKDA 1LLSA 2O6AA 4LQ2A 1VR5A 1B0HA 4R6YA 3C36A 4H5FA 2XXXA 2RC7A 1MS7A 2ABHA 4G68C 1B1XA 3G3GA 4FJPA 5ITPA 4TLMB 3FVNA 4Q30B 3TPAA 4F1YA 3OO7A 3K6WA 3HCQA 2GHBA 2RCAA 5H8FB 2B3FA 3EF7A 3QAXA 3RNNA 2OZZA 5DT6A 4BLAA 4DCYA 4R75A 1B1HA 4O3AA 4BDLA 1PB9A 2V84A 3Q28A 1DOTA 2UVGA 2H5YA 1MXUA 5EHMA 3IL1B 4KCCA 3IORA 3FXRA 3MP1A 3K01A 5L9MA 5FTIA 4XKRA 3C35A 3TELA 3B6QA 5J1DA 1NNFA 4O3BA 4GXSB 5CM6A 1LAHE 5I2KA 2VGQA 2OLBA 4OZ9A 3IOTA 1Y9UA 4ISUA 2ONRA 1Q35A 1VSOA 4OENA 1URDA 2O68A 4F19A 1MQHA 2P1SA 2ONSA 1H43A 3H6WA 2DQVA 4JWXA 3V5AA 4MLVA 1FQFA 1QUIA 1SI0A 3MWBA 1MDQA 4KR5A 3TMGA 1MXVA 1A40A 4QRZA 1MM7A 3C32A 2DS9A 3H4ZA 3EQ1A 4LUBA 4M4GA 1XOCA 3LR1A 3BKIB 1OIBA 3HHFA 3S9NC 4U23A 5KCJB 5ICQA 4LZ7A 5JK4A 4PFYA 4QSEA 3WAEA 4JBZA 4FECA 4PFWA 3PUZE 4GQOA 4YKKA 2PVUA 2PMSA 3IB2A 1EZ9A 2DE3A 3QSLA 1BIYA 3FVGA 4XKQA 5TPAA 1MRPA 4OQOA 3O6PA 3GXAA 4FEBA 3H3GA 4HS7A 4MBPA 4G68A 5TP9A 1J1NA 3S9EA 4MH5A 1H45A 3R26A 1EH3A 4GL0A 3LSXA 1PDAA 4EQBA 2Z8FA 2OCUA 4LP2B 5HPQA 5AA4A 1VE4A 1ZIUA 5F7VA 3EHTA 1POY1 1ZTYA 1IXHA 1FQEA 3UGWA 4OXVA 1GV8A 3SDFA 4WKMA 2O51A 1WDNA 2HAUA 1KWHA 2PBWA 2DE2A 3TTMA 4U1OA 2KLFA 3SEVA 5DEXB 4BDQA 5EYFA 1Y3NA 4I62A 2YLNA 4NF8A 3JYRA 2H98A 4F29A 1I6BA 1B46A 1FTOA 1P1WA 2QRYA 3MZ9A 3UN6A 3SKPA 3UA8A 2B3BA 3G3FA 2I0CA 3B6TA 2GHAA 4KI0E 3I6VA 3U8QA 4R9GA 5H8QB 4AQ4A 3MUQA 2Y7RA 5I59B 4RYAA 1OQGA 1MY4A 1NNKA 4NMYA 4EF1A 2XD3A 1B32A 3K00A 2BJJX 3TCFA 4XTCQ 2H9BA 1P1NA 2ALUA 2I6EA 5I84A 2PT1A 5DTBA 2DVCA 1B3EA 1MY0A 1N04A 3A3UA 1LB9A 1HSJA 4XXUA 3H06B 4U4SA 1LAGE 1B40A 3QIMA 4I8CA 2W7YA 2R6GE 2P2AA 4JB7A 3IK6B 1DPPA 1MXXA 4PETA 4GLIA 1B52A 1B2HA 4WEPA 4HW8A 4IGTA 5CBSA 1ANFA 3OXNA 2F35A 2VD3A 3FATA 3MPKA 3KJ7A 4DXUA 4JSOA 1MG1A 3LSFB 3SEXA 3FV1A 2ZYNA 1BKAA 5AA1A 1L5TA 1MH3A 5BWJA 2REJA 3IX1A 1B5HA 5IAIA 4QSCA 4BDRA 1NH8A 1DPEA 1MXZA 2XHDA 3ILTB 2DWJA 3MVXA 3LSWA 3FVOA 3ECRA 4NF4B 3VFJA 3RN8A 3VXBA 1CE2A 1SVXB 2V3QA 1MXYA 3T93B 2ZYOA 1B7UA 1UIUA 2UXAA 2HXWA 3O97A 1MPDA 5DYHA 1SD3A 1SW4A 2O84X 2IA4A 2F97A 3TDJA 2B4MA 2HZLA 3JZJA 4R6KA 2GFEA 3PAMA 5K2XA 4P0IA 5FHNA 2QSXA 4O3CA 1FQCA 3K1MA 5H8FA 1Y4CA 1D9VA 1EZOA 1Y4TA 4R9FA 4GWOA 3N5LA 3FJGA 5CI5A 3PPOA 4HTGA 4DIGA 1N0TA 1SQYA 2R9JA 4KQPA 1O63A 1A54A 3HN0A 2NVUB 4YB6A 1MQJA 3LC8A 4ZEKA 5AE4A 1JW5A 3RTWB 3IR1A 3K1PA 5ISUA 2DXYA 3B7DA 2NXOA 3TQLA 3PMWA 2QMWA 1Y20A 4PP0A 4N13A 2UVJA 2F7CA 2DWAA 5EHSA 3DRIA 1SW2A 1FTMA 4PFUA 4POXA 2F8DA 2NOOA 3TYHA 3KOTA 1WODA 3OSQA 3O6HA 1JQFA 2RC9A 1XT8A 2A5TB 3OO6A 3KBRA 2E0SA 2RC8A 3JV9A 4H6DA 1LFHA 1JVXA 3M3KA 1MY2A 1RYXA 3S9LC 3CSGA 1NL5A 2LAOA 3KN3A 1XVXA 1N84A 2CZLA 3ZKKA 3P7IA 3E9XA 1HSLA 2X7PA 3L6GA 4OETA 5H8HA 1S7YA 1R9LA 3K6UA 2VHAA 1H76A 3T9UA 3AXFA 2V93A 3TCHA 3RTFB 4ZEIA 3IOWA 5KDTB 1QW0A 2E1SA 1B7HA 1EZPA 1BLFA 2GRVA 2F5XA 4PQJA 3VLVA 3PPPA 3KZGA 1AH5A 3USDA 1OLAA 1IIWA 1RKMA 1B6HA 5JTYB 1MQDA 1VFDA 3GBAA 2WOLA 1IITA 4RPOA 2NUVA 3T9VA 3QYTA 1ATGA 1JW1A 3HHGA 4ZEFA 4DXCA 1M5EA 3U72A 1YAEA 3E13X 4YAHX 2XX7A 1QULA 2VOZA 1M5BA 4KPTA 3K2DA 5I59A 1DMBA 3FIRA 1IEJA 2Q2AA 1PB8A 1URSA 4TLLB 3EHSA 3ONMA 4RK2A 2DXRA 4IO5A 1TFDA 1IUDA 2XXQA 4POWA 3DRJA 1USYE 3FXQA 3PUXE 4OESA 4EF2A 1N7WA 3DP4A 4Q0CA 2O69A 3Q27A 3T66A 4KCDA 2AL4A 2FYIA 4ECFA 2B65A 3RT8A 4NEDA 2F6PA 3LSLA 1Z7NE 3S2VA 3SERA 4BDOA 2V3UA 1P99A 4ZZEA 4OFJA 3IOUA 4XKPA 4P11A 3DRFA 3MP6A 3THIA 1AMFA 1OVTA 3MVWA 3VLUA 1NNTA 3SESA 2ZNTA 4F39A 3MVYA 1I69A 2GH9A 3RT6B 3ZSFA 1M5CA 1SW1A 5AA3A 2FNCA 3FV2A 4N07A 1N7XA 4YB5A 2O7IA 4Z7EA 3OO8A 5B70A 3MAMA 4OEUA 1D4NA 4TOZA 4AB5A 1AIVA 4QFNA 5H8NB 3N6UA 1WVJA 4NF6B 5I56B 5I2NB 4NF4A 4RA1A 2I4BA 3V83A 1ZMGA 1ELJA 1LAFE 2Q9TA 4KFQA 3MC2A 2I0BA 1MM6A 3DRKA 1MPBA 4LQ5A 4H1XA 2Q88A 4ZS9A 4XIGQ 3VLWA 3CHGA 2HFBA 4GIZA 4KYDA 3TZAA 1UQWA 3CI8A 1FQDA 1CB6A 1P1UA 3U94A 3C33A 3C9HA 4QFLA 4YU0A 3IO6A 1LBBA 4R2BA 3TQWA 3D4CA 1TT1A 4F2QA 3DRGA 4ZEDA 4X9TA 3PUYE 4FAJA 3PU5A 5CMMA 1SBPA 2Q2CA 5A5XA 2PT2A 3N6TA 3TUSA 4ZE8A 5H8SA 3C4MA 1QUKA 4DZ1A 4ONYA 3V8XB 1US5A 2HQ0A 1B3FA 5HM4B 2ZYMA 1YPNA 3VDFA 4YICA 3N94A 1MPCA 2I4CA 4G77A 4FE8A 1XVYA 4NWCA 5CBRA 1SYHA 2UVIA 4BDMA 2XXWA 5F1QA 4F3SA 3D4GA 5FHMA 3CRBA 4IY6A 1NH7A 1M5DA 3M8UA 2OJTA 4U1ZA 4LZ5A 1NFTA 2DP8A 3MZ1A 2ZMBA 3QXMA 2WOPA 3G3KA 2FA7A 2QJEA 3CSBA 4EQ7A 1NNPA 4X1BA 1Z7ME 3FZVA 5L9OA 4C1UA 2RINA 4F18A 1LGBC 2A5TA 2XXTA 3Q26A 4HCYA 4G8NA 5CC2A 4R73A 1LFIA 3CVGA 4ESXA 1P1QA 3HSTA 1Y3QA 4KD5A 1Y3PA 3O6IA 4F22A 2F34A 3A3CA 1UIVA 4OERA 2Q89A 1QJMA 4FORA 2PYYA 4FEDA 4YKPA 3T22A 1JEUA 4P0GA 3H7MA 3OEMA 3FJ7A 3K6XA 3FJMA 3MPLA 2B4LA 1JVYA 4G68B 2OWTA 4H5GA 2DYXA 5AA2B 2DE4A 1R9QA 4IO3A 1DTZA 3EN3A 5DVIA 4RJZA 2I49A 4WXJA 5AA4B 1GR2A 3PPNA 3KEIA 3OENA 4H8IA 3L6HA 2AIXA 2RKMA 4ZEBA 4YKIA 3SETA 3BBRA 2O1LA 4LONB 3DELB 3ZKLA 3W15C 1JW4A 3I5OA 1P1OA 1QUJA 5JTYA 3FASA 1ZU0A 1A99A 3PPQA 4R72A 4NF8B 1B3LA 4G8MA 3KG2A 4GXAA 3MQ9A 2Q8JA 4OMBA 4GVOA 2D5WA 2Y7WA 3OEKA 4M1VA 1AL3A 3F11A 3DP8A 2XXRA 4F2OA 3V89B 3CG1A 3IB0A 4C0RA 5I57B 4L17A 2AL5A 3FTOA 3OSRA 2DWIA 4TQUQ 1FQAA 3S4UA 4YZZA 2V25A 2XXUA 3PMXA 1DSNA 4LZ8A 3VVEA 2VD2A 3CR9A 3K0VA 3PUVE 1OVBA 1XC1A 4NE4A 3W9WA 1R1NA 4JDFA 2HCAA 4QFKA 4ND9A 1FTKA 2XXHA 3N26A 4OEVA 3O29A 4H0WA 2I58A 1A8EA 2D3IA 1RYOA 3RLFE 4Q5TA 3BFTA 1II5A 3KGCA 2G29A 5I58B 5L8DA 4EDPA 2QMXA 1IQ7A 2H99A 5KCJA 3KSXA 4ELPA 3FVKA 1PB7A 1FTJA 3MBPA 3C34A 1TFAA 2F36A 2QPQA 3IO4A 4U21A 1BP5A 4IY5A 1ZBMA 3FXUA 4XKNA 3PV0E 3VE1B 3KN7A 1D3KA 3MP8A 4QFOA 1NKXA 1QKBA 1I6AA 4EUOA 4RPNA 3HO7A 5BUUA 1LBCA 3O66A 4ELOA 1JETA 1LFGA 2I48A 1I6QA 4THIA 2Y7IA 4JWOA 2I3VA 4C1TA 3I3VA 3ODBA 1B9JA 1VFEA 4MFIA 5H8NA 1MDP1 4NF5B 4F1UA 5I56A 3O9PA 5I2NA 3A09A 3CFZA 4H65A 4PFTA 2UYFA 1HSEA 2AYSA 4LA9A 3ZS6A 4QSDA 4ELRA 2XXPA 3QUJA 5JEIA 3IOVA 1GGGA 3KN8A 2XXYA 5FTHA 4RNSA 4E0XA 1ZLQA 1N3XA 2XXIA 5DEXA 3U1OA 3VVFA 2ZNSA 3KFMA 3IAZA 1UTBB 5M2VA 1F9BA 2XX9A 3U92A 3Q29A 2WOKA 3DLNA 2O1MA 3M3FA 2G93A 4R74A 4X48A 5ELVA 1Y1MA 5DVFA 1LCTA 2ZYKA 5H8QA 1H44A 4ZE9A 1OMPA 4GRKA 1YTVA 4RXLA 4OVJA 3PPRA 3FD3A 1SDXA 3H03A 2P0SA 1PBPA 3GBBA 1ZJLA 4U22A 4NTLA 3H6UA 1UTHB 4IO4A 2X26A 3O6GA 3B6WA 1LCFA 4G8HA 5CMKA 1XS5A 4BDNA 1S9TA 3R7XA 1FW0A 4E0WA 4JWYA 4OWDA 3TTRA 3C31A 5IKBA 3R6UA 4OFLA 1NMUA 2Y84A 3FGSA 3OOAA 4H67A 3VXCA 1D9YA 3HV1A 3KJTA 2A5SA 1USYH 2DWHA 3MW0A 3TEPA 1JNFA 4KHZE 1N3WA 4G4PA 5CMCA 1B5JA 4IB2A 2F7AA 2HEUA 3W9VA 4NWDA 2NWJA 1B3HA 3TFLA 5AA2D 4ESWA 2Z22A 2THIA 3TTLA 3QK6A 1LB8A 1XHYA 2ZXTA 3EPEA 5H8HB 1H3DA 3GLBA 1BTJA 3BFUA 1B5IA 3SEUA 2Y7KA 1EU8A 4AB6A 3DM0A 2QS1A 5ICTA 5AA2A 3IJOB 1A8FA 2QS3A 4DDDA 1MQGA 4F31B 2Z8EA 4IO6A 3PUWE 4EXLA 3G3HA 1R6ZA 4K3FA 3CFXA 1OQHA 3LBSA 4IO7A 1LAXA 1POTA 2DSFA 2XD2A 4MLQA 4OTEA 4WEDA 2F6GA 2PX1A 2F78A 4YB7A 3PD8A 3RPWA 3MVZA 3H6VA 1QVSA 4RK9A 3MZBA 1GTKA 1US4A 4GFRA 4R6HA 2UYEA 3RGYA 3TTNA 3ILUB 4OHNA 4Z0IA 5TU0A 2HZKA 3TCGA 1LSTA 1OLCA 5DVJA 4UA8A 1AOVA 3TODA 4UACA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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