4PFYA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.5 a resolution
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
TFERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 180
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfyA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfyA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfyA02
4MH5A 2I48A 4LZ7A 4ZS9A 1BP5A 3CIJA 2XX9A 4ONYA 5L8DA 3Q25A 1IIWA 2XXRA 4ESXA 1SDXA 1AH5A 1S7YA 2FA7A 1B5IA 2HXWA 4NWDA 1ZKBA 2ZYMA 3OD7A 2XXVA 5H8HB 4XKPA 3SDFA 3TYHA 3TCGA 3E13X 5FHOA 4YB7A 2IEEA 1SW5A 3B7DA 3TPAA 1HSJA 4M1VA 4TOZA 5DVFA 3OO7A 4BDNA 3T96B 3QSLA 3TODA 1OQHA 1I6AA 3TTLA 3T9VA 3R6UA 5L9SA 1OQGA 4ESWA 1O63A 3KN3A 1IQ7A 1LCFA 4IO5A 2I58A 1GVCA 3F11A 1R9QA 3RUMA 3MWBA 4FORA 3VVEA 3FVNA 3LR1A 4G68B 3CG3A 3KEIA 3EQ1A 3WAEA 4DCXA 3SETA 2Z8EA 4RNSA 4WXJA 3TFLA 2IA4A 1UIVA 1A8EA 3HN0A 4RPNA 1NH8A 1OIBA 3M3KA 3TAJA 1DTGA 4OEVA 4C0RA 4ZZAA 2F36A 3USDA 4JSDA 4F29A 2Q89A 2OLBA 4JWYA 3CG1A 4DCYA 1YTVA 2DSFA 3SKPA 3RPWA 2R9JA 3PGFA 2XD3A 3Q26A 3I3VA 1ZIUA 1AOVA 3C36A 3CHGA 2V84A 3W9WA 3QUJA 2LAOA 2XD2A 1GGGA 5H8HA 3C9HA 1JETA 3QK6A 4KYSA 3TCFA 2OK2A 4MF3A 2E1SA 5DT6A 3TTRA 2VP1A 5DTBA 2PVUA 2Y7KA 1B51A 5I57B 3PD9A 3CR9A 1N84A 5I56A 2XXQA 1MXWA 4EUOA 3O6GA 2VOZA 1MDP1 4YB6A 1B32A 1OLAA 4E0XA 4K3FA 3UA8A 3O6HA 4OMBA 4ZE9A 4F3PA 1B52A 5DVJA 5A5XA 5B7DA 4U2RA 2XXIA 2DXRA 1SW4A 3G3KA 3SEXA 3M3FA 3ZSFA 5CM6A 2UVHA 2O1LA 1UTBA 5BUUA 1B7HA 4R6YA 2XXUA 3DP8A 4G68C 4NF5A 3U93A 1ZLQA 1POTA 1YAEA 2DS9A 3KSXA 4P0GA 4F2OA 3BFUA 1B3GA 1BLFA 2DOJA 2ESNA 1DOTA 2KLFA 2RCBA 3UIFA 3TQWA 1LSTA 4RK2A 4R9GA 1JVYA 3S9LC 1A40A 4Q8RA 3U8QA 3FJMA 2Z22A 2HAVA 2V25A 1OVTA 3HCQA 1RYXA 2ZXTA 3C33A 3MVWA 1XS5A 1IXCA 4DXCA 1MXYA 2O7IA 4YKIA 3ILTB 5H8FA 1USYE 4JWXA 4GL8A 1JNFA 3C35A 4HCYA 4PFYA 1QW0A 2PBWA 1JQFA 3LBSA 2B3BA 5AA2D 2H25A 3RY3A 2ZYNA 2OCUA 5CBSA 3MJNA 1N0TA 3G3JA 4NF4A 3IOVA 3IL1B 4IO7A 4F2QA 3FUZA 3E4RA 1A55A 5ISUA 4H8JA 1FTJA 3CSBA 3SEYA 2NOOA 1NL5A 4XKRA 1LAGE 3UN6A 1LBCA 5EHSA 3E3KA 2CZLA 1MY0A 5BWJA 2F7BA 2DWIA 1Q35A 3PUZE 2Q2CA 1LB9A 3GLBA 1CB6A 1PBPA 1LFHA 4OFJA 4BDQA 1QUJA 2H4IA 4PE5B 2I3WA 2ZNUA 3UP9A 4KHZE 4HTGA 1B5HA 3PMWA 4PQJA 4POWA 1MM7A 2DE3A 2XXYA 2R71A 4THIA 1NFTA 3SEVA 5I59B 3FXUA 1JW5A 1Q1KA 4QFOA 4JXIA 4AQ4A 3TTMA 3BBRA 4PFUA 2THIA 1T0KA 4BDOA 1US5A 3FASA 4HW8A 3K2DA 4POXA 1D9VA 3H6VA 3DRGA 1BIYA 2P0SA 5DEXB 3QXMA 3TUSA 3UK4A 4GXAA 2DYXA 3ILUB 1B0LA 3DRFA 4IO2A 3O66A 3LVUA 4N6PA 2F8DA 4ZDMA 2A5SA 4AB6A 2ONRA 2FYIA 1N04A 3OEMA 5TPAA 4OEUA 1VFEA 4NF8A 3R7XA 3RLFE 1Y1ZA 4EF2A 3BFTA 5HPQA 5IAIA 1TFDA 4P11A 1B4HA 3FIRA 4XTCQ 4LA9A 1ZBMA 4YB5A 3EPEA 1TWYA 1N3XA 2NWJA 3CSGA 4YMBA 3DRIA 3FVGA 5F1QA 3IB2A 3S4UA 3RNNA 5CMKA 3VXCA 3HHFA 3FZVA 4JWOA 1M5EA 4XXUA 3MP1A 2I3VA 1GTKA 4F31B 3B6TA 2XXHA 2I49A 5FTHA 4ELRA 1XVYA 3K6UA 4GL0A 4FEBA 1MM6A 4OESA 3FATA 3C32A 1B6HA 3CI8A 4FAJA 4BDRA 1B7UA 3SEUA 4QFPA 4H6DA 2DWJA 2RCAA 3LSXA 3MP8A 3THIA 2UVJA 2HCAA 3G3HA 4WKMA 1B4ZA 1JW1A 1NKXA 2WOPA 2QS4A 1POY1 4OXVA 3HHGA 3T9UA 1P99A 3O28A 2QMXA 4IY5A 2RC9A 2QJEA 1SBPA 2DWHA 3GBAA 3N6TA 4KPTA 2V3TA 4LUBA 3TZAA 4FJPA 2OBGA 2ANJA 3IK6B 4MLQA 3G3FA 1QVSA 3VLVA 4N13A 1D4NA 2DP8A 1H43A 3W9VA 4UACA 3DRJA 4DE8A 2YJPA 3T9HB 1B1XA 1KWHA 4X9TA 3P7IA 4EQBA 1FTKA 3G3GA 4KD5A 4LZ8A 3T66A 1B5JA 1R1NA 1EZ9A 5DVIA 1IXGA 4F19A 4Q5TA 2ZMBA 2QS1A 5JTYB 1ZMGA 5ITOA 5I2KB 3AXFA 3IOUA 4LONB 4H5GA 4R75A 1SW2A 5CBRA 3JYRA 4NE4A 4UA8A 2W7YA 1TXFA 4FIMA 2HZLA 3K4UA 5FHNA 4GOTA 4MFIA 4NF6B 3S9EA 3I5OA 3FJ7A 2GRVA 4QSDA 1Y3NA 4KCDA 4GF8A 3TCHA 3O97A 3OEKA 1N7XA 3DP6A 4P0IA 3PUVE 2RC8A 4ZZEA 5JEIA 1J1NA 1H45A 2O69A 3TTKA 3VVDA 3MVZA 4U4SA 2H5YA 4H1XA 3VV5A 4IGTA 3K1MA 4LQ5A 4KQPA 4R73A 4F18A 3WAFA 4ZEBA 5B70A 2Q88A 3OMBA 1LLSA 3MW0A 2QPQA 3O29A 3PPPA 3LSLA 2OWTA 2Y7PA 4GLIA 4U22A 2A5TB 5KDTB 3PUWE 4U1ZA 4M4GA 1H76A 1R9LA 1Y3PA 5CI5A 4QFNA 3I6VA 2BJJX 1XT8A 5KZTA 1OMPA 1IITA 5AA4B 5JTYA 2HAUA 3DP4A 4ELOA 1D9YA 3V83A 1II5A 4G68A 3O2AA 1MPCA 1D3KA 4LZ5A 5HM4B 4QHQA 2F34A 2XX8A 4H5FA 4DIGA 4H8IA 4Z0IA 4RXLA 3CFXA 4G77A 3EHUA 4OVJA 1SVXB 1Y9UA 2XXXA 2V3QA 1Y3QA 1US4A 3N6UA 3RYBA 5K2XA 1FTMA 3TELA 3GXAA 3FVOA 3HO7A 1PDAA 1SI1A 3BKIB 3T93B 1P1NA 4GVOA 1N76A 3K02A 1LAFE 1PC3A 5CRYA 1IEJA 3M3LA 1VR5A 2REJA 2I4BA 4G2ZA 1A99A 2Y84A 5FTIA 2DE4A 2REGA 4YKJA 2WOLA 1O64A 4DXUA 4GQOA 2ZYKA 5L9MA 5CMCA 4H67A 1B40A 1ZU0A 3O6PA 4YKKA 4L17A 4I8CA 2QS2A 1LCTA 4FE8A 3H06B 4JBZA 5I57A 3PPNA 3IORA 2B4LA 3K1PA 4KR5A 3OXNA 3G7WA 4U23A 3PPOA 2NVUB 4LVQA 4YMAA 4GRKA 4WEDA 4I9DA 1A8FA 3T22A 1PB7A 2G29A 5AA4A 3IJXB 5DYHA 4U1OA 3QIMA 3VE1B 2X7PA 5TP9B 3RGYA 3EN3A 5TU0A 5I2NB 4EDPA 1FQDA 2GFEA 1P1UA 1MQHA 3MBPA 1Y20A 4ZEIA 1B3HA 4G8HA 3VXBA 3CFLA 2QS3A 1NNFA 1FQEA 3H3GA 4HCWA 5ICTA 3EHSA 3QAXA 2AIXA 1AL3A 3KJ7A 3S9MC 1B3EA 1FQBA 1S50A 3MPKA 3PUYE 3HV1A 1GV8A 1GR2A 4QFLA 4NEDA 1ZJLA 1FQCA 4TLLB 3HPIA 3RQTA 1P1WA 1LAXA 1LBBA 4YICA 1HSLA 5CMMA 5KCJB 1NNKA 3DLNA 1WVJA 3OSQA 4JSOA 4F1YA 3S9NC 3FXQA 1UTHB 4YZZA 3LC8A 4MLVA 4G4PA 2I4CA 1L5TA 3K6WA 1RYOA 2ONSA 1SW1A 3MZBA 2NXOA 4PFTA 3A3UA 3A3CA 3ONMA 5EHMA 1B7ZA 2I0BA 3UORA 5M2VA 2QL3A 2VD3A 3ECRA 3JV9A 5TP9A 3RYAA 1JEVA 1JEUA 5H8QB 5I2NA 2F7AA 2G93A 3IB0A 1F9BA 1PB9A 4F1VA 2O68A 3N26A 1MY2A 4QSEA 4ELPA 4FECA 3SESA 5CC2A 4EXLA 2PT2A 4OENA 2D21A 2Q9TA 1B3FA 4YU0A 3HSTA 3CRBA 1A7LA 2PT1A 2P2AA 4QF9A 3K00A 4KFQA 2Q2AA 2Q8JA 1LFGA 4NWCA 1URDA 3GBBA 3RT6B 4RA1A 1EZOA 1YPNA 1LFIA 5JK4A 1YCJA 3LSFB 5I59A 3TDJA 3LUYA 1M5FA 1SYIA 3CVGA 2F6GA 1EH3A 5H8SA 4G8MA 4R2FA 3DRKA 4ISUA 4YAHX 1AIVA 4ELQA 3K0VA 4F1UA 4ND9A 3IO4A 4R74A 2I0CA 1QKBA 3PU5A 2F97A 3B6QA 2DVZA 4GWOA 1Y4CA 5DEXA 3E9XA 4XKNA 3DRHA 4EQ9A 5AA2B 4F39A 4OYVA 3KOTA 5FHMA 1BKAA 3PMXA 2HEUA 1FTOA 1MY1A 1SI0A 4O3CA 4RJZA 2PYYA 2F78A 3KGCA 3U92A 4ZECA 4F3SA 3IX1A 3R26A 3FV1A 2VD2A 1MY3A 5HBCA 3DELB 4ZEFA 5J1DA 3FD3A 3K6VA 2RKMA 3H6WA 5AE4A 3A09A 3KOSA 4I62A 2DQVA 2F35A 3L6GA 2RF1A 1B3LA 2PX1A 2ZNSA 4I1DA 1O7TA 3FVKA 1B05A 1Y1MA 2UYEA 3FTOA 1UIUA 1CE2A 5IKBA 3H6UA 4Q30B 2QRYA 3ODBA 4DDDA 2GH9A 2UVGA 2V3UA 4RYAA 1MPBA 5I56B 4LQ2A 1NNPA 4RY1A 1MRPA 1PB8A 3KJTA 2H9BA 4GIZA 4H0WA 2X7QA 1H44A 1ANFA 1Z7ME 4R9FA 5AA2A 4RPOA 3FGSA 2F6PA 1I69A 5A5XB 1ATGA 3MUQA 1H3DA 1XC1A 4GD5A 3C4MA 1PEBA 3OSRA 4X1BA 3ZKLA 5CMBA 4QRZA 1UTBB 3TTNA 2AL4A 5ELVA 1URGA 4E0WA 3VFJA 3KFMA 4PETA 4F3BA 1AMFA 4ECFA 4U21A 4NF5B 1NH7A 2X26A 3T9XB 3PPQA 3H6TA 4H65A 3C31A 3OO6A 3RTFB 2YLNA 4ZEDA 3PPRA 4F22A 1B46A 4XKQA 2OZZA 3PV0E 4F3GA 4ZEKA 4DXBA 1N3WA 1MXXA 3C34A 2I6EA 4GFRA 3VLWA 1OLCA 3MVXA 3OO8A 1M5DA 2E0SA 1DPPA 1DPEA 5F7VA 1MS7A 1B58A 1NMUA 5H8FB 4G8NA 3ZS6A 2DWAA 3FV2A 2PMSA 1UQWA 2QMWA 3D4CA 1USYH 4X48A 3VDFA 3MC2A 1R6ZA 4O3AA 3QYTA 2OWSA 5I2KA 1HSEA 3VLUA 3D4GA 2YPNA 2GHAA 4EQ7A 1MH3A 4NTLA 2VHAA 4NF4B 1IXHA 4NF6A 1FQFA 3SERA 2DXYA 2Y7RA 4JDFA 2H98A 4AB5A 2QSXA 4TLMB 4LP2B 1VE4A 3IOTA 4OERA 5AA3A 4OFLA 2XXWA 5K2YA 3PD8A 3K6XA 3FJGA 1IXIA 1MQIA 1B9JA 3S2VA 4C1TA 3PAMA 3H7MA 3U72A 1M5CA 1LAHE 2GHBA 1S9TA 4NMYA 1LGBC 3TQLA 5I58B 3PMVA 1DTZA 5ITPA 1B0HA 1MXVA 3MPLA 1MQGA 2OJTA 3K1NA 3OENA 1SD3A 2ALUA 5H8NB 1QKAA 3KG2A 3O9PA 3UGWA 3N94A 3IOWA 4OFOA 4WEPA 3IR1A 2UYFA 3EF7A 2D5WA 2A5TA 5KDTA 1SYHA 4IB2A 3JZJA 2RC7A 3QUFA 1SQYA 2UVIA 3M8UA 2CMOA 1I6BA 4KYDA 2AL5A 4R72A 3TKDA 4KCCA 2O1MA 4GXSB 2XXPA 2XHDA 4FEDA 1IZ1A 2V93A 1QJMA 2HFBA 3RN8A 1WODA 3O6IA 3V89B 1JW4A 3Q29A 2UXAA 5ICQA 4PP0A 3KSJA 4IY6A 1RKMA 3KBRA 4R6HA 2B4MA 3Q27A 4OZ9A 5TPAB 4NF8B 4X1DA 4ZE8A 2XX7A 3OO9A 4DZ1A 3PUXE 3DM0A 1NNTA 3LSWA 3MAMA 1MXZA 4OQOA 2D3IA 3FXRA 4FATA 2WOKA 4IO6A 4IGRA 4DLDA 2Z8FA 3K01A 1FW0A 5I58A 4KYEA 3RT8A 3MVYA 4RK9A 4OWDA 1DSNA 1VFDA 1EZPA 1URSA 2ZYOA 3U1OA 3V5AA 4BDMA 3MZ1A 5H8NA 1MH4A 2FNCA 1JVXA 4XIGQ 1Z7NE 2XXTA 4YKPA 1QULA 1A54A 3L6HA 3OOAA 1XHYA 1M5BA 4EXKA 2ONKE 2AYSA 2NUVA 1TT1A 3U94A 2DVCA 4EF1A 3B6WA 2O6AA 4TQUQ 2B65A 3V8XB 3GZGA 1B1HA 2R6GE 5AA1A 4BDLA 3RTWB 4U4XA 3KN7A 4QFKA 1IUDA 4HS7A 4O3BA 1XOCA 1VSOA 4KI0E 2M8CA 1I6QA 1FTLA 4QSCA 1MXUA 2HZKA 2F5XA 4JB7A 3G3IA 2ABHA 4OTEA 1MDQA 5I84A 3KZGA 1MG1A 1BTJA 3MP6A 1ZTYA 1P1QA 3SEWA 4C1UA 4OHNA 2HQ0A 3N5LA 1QUKA 3MZ9A 3VVFA 2H99A 1ELJA 3Q28A 1LB8A 1EU8A 2O7UA 1MY4A 1MQJA 4IO4A 2Z8DA 3OELA 3IO6A 2ZNTA 2WKYA 3H03A 2B3FA 2P1SA 5KCJA 4MBPA 1B2HA 1Y4TA 1PBQA 4Q0CA 2Y7IA 1MPDA 3CFZA 3KN8A 1QUIA 1UTHA 1P1OA 3IB1A 3TMGA 4IO3A 2DE2A 5L9OA 1FQAA 4BLAA 2O84X 1N7WA 4Z7EA 3ZKKA 2Z23A 3MQ9A 1DMBA 3IAZA 1WDNA 4PFWA 4R2BA 2RINA 3W15C 2VGQA 5LOMA 1OVBA 3EHTA 1MQDA 4N07A 1TFAA 2F7CA 3TEPA 3IJOB 2O51A 4OETA 5H8QA 1XVXA 1FCKA 4R6KA 3H4ZA 4LATA 2Y7WA 5EYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MH5A 2I48A 4LZ7A 4ZS9A 1BP5A 3CIJA 2XX9A 4ONYA 5L8DA 1FPGA 3Q25A 1IIWA 2XXRA 4ESXA 1FTAA 1EYKA 1SDXA 1AH5A 1S7YA 5EQAA 2FA7A 4GWSA 1B5IA 2HXWA 4NWDA 4GWXA 1ZKBA 2ZYMA 5F24A 3OD7A 2XXVA 5H8HB 4XKPA 4XEQA 3SDFA 3TYHA 3TCGA 3E13X 5FHOA 1Q9DA 4YB7A 2IEEA 1SW5A 3B7DA 3TPAA 1HSJA 4PFBA 4M1VA 5EYHA 4TOZA 5DVFA 3OO7A 4BDNA 3T96B 3QSLA 2L5VA 3TODA 1OQHA 1I6AA 3TTLA 3T9VA 3R6UA 5L9SA 1OQGA 4ESWA 1O63A 3KN3A 1IQ7A 1LCFA 4IO5A 2I58A 1GVCA 3F11A 1R9QA 4GWYA 3RUMA 1AWBA 1NV6A 1FBPA 3MWBA 4FORA 3VVEA 4NGUA 1EYJA 3FVNA 3LR1A 4G68B 3CG3A 3KEIA 4HE2A 2HPGA 4O7IA 3EQ1A 3WAEA 4DCXA 3SETA 2Z8EA 4RNSA 4WXJA 4OVPA 3TFLA 2IA4A 1UIVA 1A8EA 3HN0A 2PFZA 1NV5A 4N15A 4RPNA 1NH8A 1OIBA 3M3KA 3TAJA 1DTGA 4OEVA 4C0RA 4P1EA 4ZZAA 2F36A 3USDA 4N4UA 3MSTA 4JSDA 4F29A 2WBDA 2Q89A 2OLBA 4JWYA 2WEFA 3CG1A 4DCYA 1YTVA 2DSFA 3SKPA 3RPWA 2R9JA 3PGFA 2XD3A 3Q26A 3I3VA 1ZIUA 1AOVA 3C36A 3CHGA 4GWWA 4OVSA 2V84A 3W9WA 4QBAA 3QUJA 2LAOA 2XD2A 1GGGA 3KBZA 5H8HA 4HE1A 4N6DA 3C9HA 1JETA 2FVZA 3QK6A 4KYSA 3TCFA 2OK2A 4MF3A 2E1SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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