4PFYA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.5 a resolution
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
b'TFERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKHH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 180
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfyA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfyA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfyA02
3FASA 4U23A 3E9XA 1Y3QA 3QAXA 1ANFA 1P1WA 4LATA 1N3WA 2PT1A 4C0RA 3DELB 4F39A 2XX7A 4Q30B 3VDFA 5EYFA 2I0CA 4DCYA 3PGFA 3T96B 2QS3A 4GVOA 4R2BA 2A5TA 5I58B 4LQ2A 1QUKA 2ZYKA 3R7XA 3U93A 2ONKE 3Q29A 4ZEDA 4G68C 1NH8A 1MQDA 4I1DA 1URSA 3KZGA 1MY0A 2V3TA 4ZEKA 1H43A 5CMCA 5L9MA 3U92A 1S7YA 4NWDA 4BDOA 2XD2A 3T9XB 4GXAA 1SVXB 5I2NA 2P1SA 1B51A 4I62A 2QJEA 4YKIA 5FTHA 4OEVA 4NF8B 3MUQA 4QHQA 1N7XA 5I84A 1D3KA 3FD3A 1B40A 3K6VA 3I5OA 3FVGA 1HSEA 3GXAA 4XTCQ 1B3HA 3VLUA 4IO3A 1Y20A 4LZ5A 3MP8A 5KCJB 4H0WA 4YAHX 2V3QA 3A3CA 2ZYNA 3EPEA 2OCUA 4HCYA 1B5JA 3TUSA 1FQAA 4R6HA 1OIBA 3PPQA 2V84A 5HPQA 3FUZA 5I58A 1POY1 1MM7A 4R73A 2UVIA 4X48A 4ESWA 5ICQA 4EXKA 4NE4A 5DEXB 3DRGA 3TCGA 3BFTA 4H8IA 3CHGA 4R74A 4PFWA 4F18A 4GFRA 4DE8A 3K1PA 4GL8A 4G68B 3QIMA 1SW1A 1D4NA 1IXCA 4Z7EA 2GHAA 1M5BA 4NWCA 3QXMA 3UK4A 4G4PA 4NF8A 4QSCA 1FTMA 1B7UA 2GH9A 2I49A 1XOCA 3G3FA 3O6IA 3CRBA 1PBQA 4KFQA 1RKMA 1B46A 1R6ZA 4F3PA 1P99A 1Z7NE 5CI5A 3D4CA 1XC1A 5KCJA 2REJA 1JQFA 3MBPA 4HCWA 3M3FA 3ZKLA 1MXZA 4GF8A 3IAZA 4DXCA 1IXGA 3T9HB 3K00A 2AIXA 1H44A 2QPQA 2THIA 4YKKA 4OTEA 4FAJA 2QRYA 3LR1A 3PPPA 2Q2CA 3KBRA 4KYEA 2O1LA 4IGRA 1BLFA 5DEXA 4PFUA 3SEYA 5I2KB 3KFMA 1MH4A 1H76A 5TU0A 2XXWA 3VFJA 3KJTA 4G68A 3LUYA 4KCDA 4KR5A 3CVGA 2WOLA 3H3GA 4PQJA 3TCFA 2IA4A 3S9LC 1A55A 4KCCA 1Z7ME 4LZ8A 2O7UA 3FZVA 4GIZA 3K0VA 3CR9A 1URDA 3M8UA 1MY4A 3TYHA 3TTKA 1HSLA 2RCBA 4NTLA 2DE3A 1PB8A 3RT6B 3CSBA 4GOTA 3R26A 5AA1A 1A7LA 4RK9A 2DXYA 1P1OA 4WKMA 4F3GA 4QFLA 2QSXA 3OEMA 5CRYA 2X7PA 1MH3A 3FTOA 3DRFA 5HBCA 2P2AA 4O3BA 4THIA 2REGA 4H5GA 3TTMA 1ZLQA 3LBSA 1B3FA 1Y3NA 3QSLA 2XXUA 4KD5A 3K6XA 4PFTA 3C35A 3PMVA 3WAFA 1B2HA 1XVYA 2RINA 5HM4B 4H1XA 1CB6A 2QMXA 3FATA 1DMBA 3EHUA 3C31A 1XS5A 4EQ9A 2XXVA 3A3UA 3TPAA 3O2AA 3Q28A 2VHAA 4JDFA 4ZEIA 1PBPA 4EUOA 3N26A 1OVTA 1B6HA 2ZNTA 3HSTA 3SKPA 2CZLA 3ODBA 4LA9A 4RXLA 4XKPA 2OWTA 4H8JA 2XXXA 3FIRA 2UVJA 3RPWA 2OLBA 1IXIA 3N6TA 4IGTA 3FXRA 2PMSA 4ELPA 4FECA 1OLCA 3IORA 2Y7WA 1B9JA 3DP4A 4RPNA 2FYIA 1LAFE 2I4BA 3N94A 4KQPA 4XKNA 1US4A 4EQ7A 1JW5A 1UTBB 3W9VA 4U22A 4P0IA 2X7QA 1F9BA 1PEBA 2YPNA 1IEJA 1SQYA 2HEUA 1FCKA 4R9FA 3O6GA 5H8HB 4BDQA 2R9JA 1LBBA 2Y7KA 2AL5A 3RN8A 3E13X 1SI1A 4R75A 1P1QA 4FIMA 3TQLA 1DTGA 2YLNA 2Z8FA 1LAGE 4N6PA 1AMFA 4M1VA 1Y9UA 2PT2A 1NNKA 4RYAA 1Y1ZA 4MBPA 1MDP1 3BKIB 2F36A 4MLVA 4R72A 3U94A 1DPEA 3V89B 1BKAA 5AA2D 1AOVA 4ECFA 1OLAA 1R1NA 1RYOA 3HN0A 2DXRA 1B05A 3IO4A 1RYXA 1A40A 4OZ9A 2D5WA 4YMAA 2B65A 3A09A 4FATA 1UTBA 4YB5A 5CMKA 5L9OA 2DOJA 2Q8JA 3C36A 2A5SA 2WOPA 4OEUA 5M2VA 3O28A 1ELJA 3CI8A 4YKJA 3THIA 2NUVA 3FVOA 1MG1A 2F7CA 4ONYA 3MC2A 5DVIA 5BWJA 3TTNA 4OFLA 3JYRA 2O1MA 2ZYOA 3UGWA 3M3KA 2FA7A 3MPKA 1BIYA 2F8DA 5F7VA 1GV8A 5LOMA 3LSFB 3H7MA 1I6AA 1EZOA 1B0HA 1QUIA 1ZMGA 4ZE9A 2BJJX 4G77A 3VV5A 2Q89A 1LCTA 3SEWA 2UXAA 3KEIA 5DT6A 2NVUB 1LLSA 1M5CA 1XVXA 2XXIA 3EF7A 4YB6A 3DP6A 4PP0A 3K1NA 3FVNA 1WDNA 4GXSB 4EDPA 4XXUA 4LQ5A 2DWHA 2XD3A 1B52A 4RNSA 3O29A 4G8NA 4LONB 4G8HA 4RA1A 1I69A 3K6UA 1MQJA 2RCAA 3ILTB 4NEDA 3HV1A 1SW4A 4RPOA 5H8QB 3FJ7A 2XHDA 4JB7A 2DYXA 3IB0A 4POXA 3TFLA 1IIWA 3IL1B 1NNPA 4ELOA 3LSLA 5L9SA 4QF9A 1QULA 3GBAA 4H6DA 2DWJA 5EHSA 3ECRA 1ZTYA 2F6GA 3CG1A 4WEPA 2H25A 3MW0A 5K2YA 4F29A 1ZIUA 2H98A 1O63A 5ICTA 4U4XA 3IJXB 2W7YA 1MQGA 4Q5TA 2ZMBA 2F7AA 1FQEA 1ZJLA 1D9YA 3OXNA 2ZNUA 4ZZAA 2ZNSA 2DE2A 3PUYE 1B7HA 3RT8A 1L5TA 3KN7A 3VE1B 1JVYA 4U4SA 4IO5A 2D21A 4OMBA 2PVUA 3Q26A 5J1DA 4MF3A 1H3DA 2AYSA 1B1XA 4X9TA 4F3SA 3V83A 2Z8DA 3N5LA 5IAIA 3PUVE 1LB9A 3RTFB 4BLAA 3Q27A 2QS2A 5H8QA 3KGCA 3H06B 3BFUA 3C32A 5AA4B 3UN6A 3MWBA 2F34A 1IXHA 1B3LA 3D4GA 4R6KA 2Y7IA 1SD3A 3C34A 2ANJA 1ZKBA 1II5A 3IJOB 3H6TA 1OQHA 1LCFA 4UACA 2I48A 3HPIA 4KI0E 4OENA 5H8FB 2VD2A 3I6VA 3E4RA 1Y3PA 3EHSA 1N04A 2OZZA 1BTJA 3H6WA 3RTWB 4RJZA 5AA2B 3TEPA 4XIGQ 4R9GA 3PV0E 4ESXA 5ELVA 2Q88A 1UIUA 4ELQA 3PPNA 3KN8A 1JEVA 1R9LA 1QVSA 5BUUA 4H65A 1LGBC 2H9BA 4F1VA 1PB9A 3N6UA 4F3BA 5A5XB 3OO7A 5AA4A 3TZAA 4O3CA 4BDRA 5ITPA 4RY1A 2DWIA 1BP5A 2OK2A 1Q1KA 4MLQA 3TDJA 2OBGA 3CIJA 2F5XA 3HO7A 2CMOA 4HTGA 1DOTA 3MVYA 4MH5A 1A54A 3ILUB 3MZBA 2HZLA 4TLLB 1B58A 3IO6A 2GHBA 1SW2A 3BBRA 1MQHA 1XHYA 2RC7A 4UA8A 1FQDA 3QUFA 2V93A 1LSTA 4N07A 4PETA 2XXYA 5H8FA 4F31B 3FVKA 5KZTA 1S9TA 4IO4A 4AB5A 4GL0A 3KJ7A 4BDNA 4JWXA 4OYVA 3KSJA 1JNFA 5AA3A 4F19A 1QKBA 1IQ7A 4KYSA 4U21A 5AA2A 1MXWA 1NFTA 3CFLA 2DVZA 3TTLA 5FHOA 5CMBA 4K3FA 1M5EA 2OWSA 1IITA 2P0SA 2Z23A 4F2OA 1O64A 1QW0A 1TXFA 3MJNA 3IOVA 5CBSA 3OELA 1M5DA 2HAUA 1N76A 5FHMA 3V5AA 3OOAA 1B5IA 3RQTA 4F22A 5CMMA 2Y7PA 2H5YA 3EQ1A 4JWYA 5A5XA 4FORA 1MXVA 3KSXA 2O84X 4XKQA 2NXOA 2DQVA 2VD3A 4ZZEA 4EF1A 2YJPA 4F2QA 4GWOA 1B4HA 2Y84A 3OENA 3H6UA 4OFJA 5FHNA 5I57B 1GVCA 3S9EA 4NF4A 3B6QA 4EXLA 2HXWA 3O66A 2UVHA 4FEBA 4BDLA 3OEKA 4YKPA 3R6UA 1GGGA 1FQCA 1LBCA 4TLMB 3H6VA 1POTA 2DWAA 1D9VA 2F7BA 3S9NC 2DE4A 3W9WA 1NNFA 2H4IA 4OWDA 3RYAA 1MM6A 1WVJA 3DLNA 1JEUA 3T66A 2F6PA 2HFBA 1MRPA 1MS7A 1TFDA 3RGYA 2NWJA 4GQOA 5JTYB 1OQGA 3C4MA 3DM0A 3AXFA 3OMBA 2QS4A 1FTLA 4RK2A 1GTKA 2B4LA 4EQBA 3SERA 1QUJA 4N13A 3MVZA 4OFOA 1XT8A 3H03A 3OO6A 3C33A 1T0KA 1B3EA 3UORA 4DZ1A 2I3VA 4ND9A 4OHNA 3U8QA 4EF2A 4U1OA 4IB2A 4LUBA 3TCHA 5I57A 2ONRA 5F1QA 3FXUA 3VVEA 3EN3A 2Z8EA 3OO9A 3JZJA 2O6AA 3DRJA 1SYIA 3JV9A 1UTHB 4PFYA 1UIVA 4I9DA 2DVCA 3FJGA 3S4UA 2R71A 1Y1MA 3PPRA 3OSRA 4QFNA 3GZGA 2D3IA 2Y7RA 4DXBA 4KYDA 1YCJA 3G7WA 1FQFA 4DCXA 5JTYA 2UVGA 1LAHE 4YU0A 3L6HA 3RLFE 1O7TA 2OJTA 3IB1A 4DDDA 3MVXA 5DTBA 2B3FA 5ISUA 2XX9A 2I3WA 1QKAA 3TKDA 3RY3A 5JK4A 1PB7A 1USYH 2VOZA 4WEDA 1MY3A 4JWOA 3TODA 5B70A 5I59B 2QS1A 2XXTA 4L17A 1Y4CA 4ISUA 4GLIA 5K2XA 1B7ZA 1FTOA 2XXRA 5TP9B 5L8DA 3V8XB 2I0BA 5IKBA 2H99A 4WXJA 3G3GA 2Q2AA 2HZKA 4G2ZA 4QSEA 4DIGA 2F97A 4ZDMA 1ZU0A 3ZSFA 1EU8A 2V25A 4YICA 2HQ0A 3OSQA 3PMWA 3FV2A 1A8EA 1UTHA 3SEVA 3VLVA 4JBZA 3QUJA 3S9MC 4IO7A 1VR5A 3T9UA 1Q35A 4NF6B 4Q8RA 4E0WA 1ATGA 1I6QA 3GBBA 4YMBA 2DP8A 2I4CA 4PE5B 3IX1A 5H8NB 4AB6A 1UQWA 3PUZE 2G29A 3MAMA 1NKXA 3HHGA 4P0GA 3G3JA 4LVQA 3U72A 2B4MA 2ALUA 2E1SA 3EHTA 3ONMA 4NMYA 1MDQA 3B7DA 4IY5A 4JSOA 3FV1A 1JW4A 2O7IA 3MQ9A 1LFGA 4R2FA 3TQWA 5I59A 3K02A 4U2RA 1TT1A 2HAVA 2DSFA 1Y4TA 2E0SA 5TP9A 3I3VA 5CC2A 3PD9A 3P7IA 3K01A 3FJMA 3OO8A 2DS9A 2RF1A 5FTIA 4I8CA 1SDXA 3IB2A 2PYYA 3IR1A 4KPTA 5AE4A 3DRHA 5I56B 1GR2A 3TTRA 1IZ1A 4XKRA 3KN3A 1VE4A 3UP9A 1A99A 4QFOA 4NF6A 3CSGA 2GRVA 2RKMA 1MY2A 1M5FA 3IOTA 4ELRA 3SETA 2XXPA 3VVFA 5H8NA 1DPPA 3MVWA 4DLDA 1LAXA 2AL4A 1I6BA 3VLWA 2KLFA 1IUDA 2VP1A 1JW1A 4NF5B 1PC3A 3USDA 2ESNA 1DTZA 2PX1A 4IO2A 1EZ9A 2F35A 1MXXA 4Q0CA 4O3AA 4OESA 3PUWE 3LSWA 3MPLA 4TQUQ 4C1UA 5TPAB 3F11A 3K6WA 4LP2B 3OD7A 1A8FA 1LFIA 3DRIA 2XXQA 2M8CA 4MFIA 1H45A 3ZKKA 3PD8A 2LAOA 1VFEA 1MPBA 5CM6A 4F1YA 3Q25A 5DVFA 2FNCA 3UA8A 3LVUA 4ZECA 2F78A 1AL3A 4ZEBA 4FE8A 3O9PA 3ZS6A 3T9VA 2O68A 5I56A 1MXYA 3CG3A 1MPCA 1JVXA 3UIFA 4G8MA 2V3UA 3U1OA 1NL5A 3KG2A 4H67A 1SYHA 4YB7A 1MPDA 2WOKA 1US5A 1B5HA 1LB8A 1AH5A 3KOTA 1MY1A 4IO6A 5KDTB 3E3KA 4NF5A 3G3IA 3DRKA 3KOSA 4NF4B 1ZBMA 3GLBA 1WODA 2R6GE 4JSDA 1CE2A 3PUXE 2IEEA 3FXQA 1B4ZA 1S50A 3L6GA 4OETA 3H4ZA 1EZPA 5TPAA 3S2VA 2RC9A 3IOUA 3VXBA 3CFZA 1R9QA 1B0LA 3PMXA 4GRKA 1URGA 4LZ7A 5EHMA 5I2KA 1TWYA 1YAEA 4QFKA 3K1MA 3G3KA 1MXUA 3K4UA 1P1NA 3QYTA 2WKYA 4ZS9A 3SEXA 4GD5A 1N7WA 2VGQA 2X26A 5DVJA 2XX8A 4ZE8A 4QFPA 1FW0A 4M4GA 1SW5A 1VFDA 3HHFA 3RYBA 4HS7A 3MP1A 4H5FA 3MZ9A 2ABHA 1B3GA 3RNNA 1FTJA 1B1HA 4Z0IA 5KDTA 1FTKA 2RC8A 2PBWA 4POWA 3T22A 2O51A 1NMUA 4OERA 3TELA 2Z22A 1J1NA 1QJMA 2Q9TA 4IY6A 3LSXA 4DXUA 4X1DA 1B32A 1PDAA 3CFXA 3WAEA 3TAJA 3TMGA 3QK6A 1NH7A 3B6TA 3K2DA 2UYFA 2UYEA 4U1ZA 1N84A 1JETA 3DP8A 3HCQA 3MZ1A 1VSOA 4FEDA 1N3XA 3W15C 3O97A 4TOZA 4E0XA 5B7DA 2NOOA 5ITOA 2B3BA 3M3LA 1LFHA 2QL3A 3RUMA 3SESA 2XXHA 3O6PA 4AQ4A 5CBRA 1FQBA 4HW8A 4ZEFA 2QMWA 3PAMA 3IOWA 2I58A 4JXIA 3G3HA 3PU5A 1P1UA 2ONSA 4X1BA 4QSDA 2A5TB 2ZYMA 3VVDA 4FJPA 2O69A 4C1TA 1YTVA 3FGSA 2HCAA 1HSJA 1SI0A 1KWHA 4BDMA 1EH3A 5DYHA 1OMPA 3PPOA 3T93B 4OXVA 2I6EA 2GFEA 4R6YA 4P11A 1DSNA 3VXCA 3SDFA 3LC8A 3SEUA 1SBPA 3MP6A 4OQOA 5I2NB 1USYE 2ZXTA 1N0TA 1AIVA 4KHZE 1OVBA 5H8SA 4F1UA 1YPNA 3C9HA 1NNTA 4OVJA 5JEIA 2G93A 1MQIA 3B6WA 1TFAA 4QRZA 5H8HA 3IK6B 3O6HA 4YZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FASA 4U23A 1AWBA 3E9XA 1Y3QA 3RPLB 3QAXA 1ANFA 1P1WA 4LATA 1N3WA 2PT1A 4C0RA 3DELB 4N4UA 4N6DA 4I3YA 4F39A 2XX7A 4Q30B 3VDFA 5EYFA 2I0CA 4DCYA 3PGFA 3T96B 4GBVA 4OVSA 2QS3A 4GVOA 4R2BA 2A5TA 5I58B 4LQ2A 1QUKA 1LBYA 2ZYKA 3R7XA 3U93A 2ONKE 3Q29A 4ZEDA 4G68C 1NH8A 1MQDA 4I1DA 1URSA 3KZGA 1MY0A 2V3TA 4PFRA 4ZEKA 1H43A 5CMCA 5L9MA 3U92A 1S7YA 4NWDA 4BDOA 2XD2A 3T9XB 4GXAA 1SVXB 4N91A 5I2NA 2P1SA 1B51A 4I62A 4P47A 2QJEA 4YKIA 3KC1A 4OEVA 1G0HA 5FTHA 4NF8B 3MUQA 4QHQA 1NUZA 1N7XA 5I84A 1D3KA 3FD3A 1B40A 3K6VA 3I5OA 2P3VA 3FVGA 1HSEA 3RPLA 3GXAA 4XTCQ 1B3HA 3VLUA 4IO3A 4MNIA 1Y20A 4LZ5A 3MP8A 5KCJB 4H0WA 4YAHX 2V3QA 3A3CA 2ZYNA 3EPEA 2OCUA 4HCYA 1B5JA 3TUSA 1FQAA 4R6HA 1OIBA 3PPQA 2V84A 5HPQA 3FUZA 5I58A 1POY1 5IM2A 1MM7A 4R73A 2UVIA 4X48A 4ESWA 5ICQA 4EXKA 4NE4A 5DEXB 3DRGA 3TCGA 5LDZA 5LTCA 5ET8A 3BFTA 2ZZVA 4H8IA 3CHGA 4JVCA 4PFWA 4R74A 4F18A 4GFRA 4DE8A 3RYDA 3K1PA 4GL8A 4G68B 5F24A 3KC0A 3QIMA 1SW1A 1D4NA 1IXCA 4Z7EA 2GHAA 1M5BA 4NWCA 3QXMA 1LBZA 3UK4A 4OVPA 4G4PA 4NF8A 4QSCA 1FTMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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