4PFYA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.5 a resolution
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
TFERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 180
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfyA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfyA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfyA02
3Q27A 3TMGA 2RF1A 2WKYA 4RA1A 1SQYA 4WEPA 3FJMA 3TDJA 4XKNA 5EHSA 3D4GA 3QXMA 4MFIA 1FW0A 5I2KB 5I58A 1B4HA 1B3LA 4KFQA 3G3IA 5ITPA 2DWIA 1SYHA 3V5AA 4ZEIA 3TFLA 4OEVA 3GBBA 2WOPA 3MVWA 1OLCA 5JEIA 4LONB 4KYEA 1BIYA 2ZNTA 4PFYA 3T9UA 1DTGA 5I56B 1P99A 4N07A 5DVIA 3H6VA 2XX8A 3DRFA 3VV5A 3OENA 4IO2A 2IEEA 4R72A 4C1TA 1FQFA 3TYHA 4ZEKA 3EHUA 2O7UA 4OERA 1B7HA 3TZAA 1UTBB 4Q5TA 2Q88A 1JW4A 3PD9A 3TPAA 4OQOA 4X48A 1MQHA 3FVKA 4F18A 2F8DA 3K4UA 3MUQA 1LLSA 4GFRA 4X1BA 1SBPA 2VP1A 3DRHA 2PMSA 1QW0A 3O6GA 1WODA 2ZYMA 1S7YA 1BLFA 3IORA 3MZ1A 4DCXA 1VE4A 3HHGA 3R6UA 2F78A 1LAXA 1MY4A 3K00A 1MQDA 4MLQA 2DE3A 3N5LA 1O64A 1EZ9A 3IO6A 4XXUA 4OVJA 4U1OA 1ZBMA 2F5XA 2HQ0A 3CG1A 3TCHA 4H5FA 4F22A 2XXRA 4OEUA 2HZLA 3SDFA 1NKXA 3UORA 1IITA 1FQAA 3W9VA 1OQHA 2Y7RA 4MF3A 3ECRA 4IB2A 4LZ8A 2P1SA 3SEXA 4U2RA 3TTLA 1P1UA 1B3HA 2DWJA 4OHNA 4NF6B 1EZOA 2PYYA 1PBQA 5H8SA 1AL3A 1VR5A 2LAOA 2QS2A 5A5XB 3DRJA 3Q26A 3JYRA 3PGFA 3KN8A 4QFLA 3U92A 1POTA 2HFBA 2XXXA 1A99A 3IOVA 3MPLA 1DMBA 4GRKA 4YKJA 1QUKA 3IOTA 3DLNA 1XT8A 1H44A 1N7XA 1FTJA 3PMVA 2NUVA 4G8HA 1XVXA 5I59A 1II5A 2XD3A 3G3JA 5ELVA 1O63A 3DELB 4RPNA 2NVUB 4DCYA 3CR9A 1SI0A 3DRGA 4FJPA 2F7CA 4JB7A 3G3FA 3O6IA 4YZZA 2D21A 2Z8DA 1USYH 2RC7A 1JW5A 3RN8A 2QS3A 3VFJA 4NTLA 1IXGA 3ODBA 4FECA 1UQWA 3RNNA 4N13A 4YKKA 4ZDMA 3MZ9A 1Q35A 1US5A 3QUJA 4KD5A 2B3BA 2QJEA 3K1PA 3LSXA 2THIA 4R73A 3B7DA 3M3KA 2XHDA 1OMPA 2H4IA 4QFKA 1MPCA 3VLVA 4I8CA 1SDXA 3I6VA 1AOVA 2F34A 2REJA 4G2ZA 4RXLA 4G68C 1B4ZA 4BDOA 2F36A 4GL8A 3PPRA 3R7XA 1B52A 1PB9A 4GXSB 2H25A 3MPKA 4F29A 2Y7WA 4OFJA 2ZNSA 2DS9A 4H1XA 3O28A 3RQTA 4NEDA 2A5TB 4YMAA 2O6AA 4G68B 5I2KA 3Q28A 2VGQA 3OO8A 4IO3A 2B4LA 3IOWA 1Y4TA 3MVZA 3K6VA 1KWHA 2DVCA 3VVDA 4ND9A 4JDFA 5I57B 4IO5A 1URDA 3PUZE 4U21A 1AMFA 3C4MA 4IY5A 3UN6A 5B7DA 3VVEA 3Q25A 4LQ2A 4KPTA 1JEVA 3HCQA 4Q0CA 4K3FA 3PV0E 2Q9TA 1B5JA 3HV1A 4ZEBA 4LA9A 5KDTB 3ZKLA 4F3PA 1MG1A 1H43A 1UTBA 1N76A 1YAEA 1FQDA 4RNSA 1R1NA 1MS7A 1AIVA 2V93A 4ZS9A 1P1QA 4H8IA 3CI8A 2X7QA 5CBRA 4RJZA 4R9FA 4P0IA 4JSOA 2Y7PA 2PX1A 1A8EA 3T22A 4U1ZA 2H9BA 3ILTB 2O68A 4IO4A 3IO4A 5CMKA 2G93A 2XXQA 3PUXE 2R9JA 2AL5A 3LUYA 1B05A 1FTKA 3G3GA 2XXTA 3SETA 3KN7A 3EN3A 5DVJA 4DLDA 4O3CA 5F7VA 4NF5B 4ELPA 4X1DA 3DP4A 1MY2A 4LATA 2NXOA 3EQ1A 2I0CA 3SEUA 1Y3NA 3VXBA 3RPWA 5B70A 1MQGA 3MBPA 4OFLA 2I0BA 3H6TA 4ZZAA 3JV9A 1VSOA 2VD2A 2D5WA 3ZSFA 2KLFA 2ZYNA 1XOCA 2DVZA 1OQGA 4KYDA 4OESA 1Z7NE 3KFMA 3KSJA 4DDDA 4AB5A 3TUSA 3DRKA 3O6PA 1PB7A 1UIVA 1P1OA 2Y7IA 4NF4B 1QKBA 3K6XA 4YB7A 1B0LA 1MH4A 4LVQA 2A5SA 2HXWA 4MLVA 4BDRA 2B4MA 2Q8JA 3TTNA 2G29A 1T0KA 2WOKA 2OBGA 3PPQA 4GLIA 3M3LA 4TLMB 5K2YA 5IKBA 2QRYA 1BTJA 3V8XB 2Z23A 2QMWA 3MQ9A 3AXFA 3T9HB 3IB1A 5I2NB 4C1UA 1JVYA 2XX9A 5CMMA 3A3UA 3SKPA 1MDP1 2HZKA 3SERA 2F6PA 4EUOA 3N94A 1LSTA 1F9BA 4RYAA 4PE5B 3KBRA 3UK4A 3RTFB 4R9GA 1XVYA 3R26A 5CBSA 3OEKA 5KCJA 4RY1A 4EXKA 3RGYA 3V89B 2WOLA 2OLBA 5BWJA 3L6GA 5H8NB 4GF8A 3K0VA 1JEUA 4I1DA 4ESWA 1Y1MA 1B3EA 4ZE8A 2F35A 5FTHA 2V25A 2XXYA 1B5IA 5DYHA 5CMCA 1LFIA 3CFZA 3T96B 3U72A 1JETA 3OO7A 4OTEA 5BUUA 2QL3A 5H8HB 3MWBA 4LQ5A 3M8UA 1NH8A 3OO9A 2ONKE 2BJJX 2F6GA 2I3VA 2F7BA 3SEVA 3EHSA 1BKAA 2A5TA 2AIXA 3O2AA 4G68A 5AA4B 3TTRA 2Z22A 3RLFE 3MW0A 1B6HA 2HAVA 4IGRA 2VOZA 4F1YA 2UYFA 2Y84A 1LCFA 5TP9A 4OENA 4DXUA 2XXIA 3CHGA 3FD3A 3RT6B 1A7LA 1HSJA 1DSNA 3CIJA 2UVGA 3EPEA 2I58A 4U4SA 1JW1A 1SVXB 1PC3A 2Z8EA 1A8FA 4YKPA 4JWYA 2FYIA 1GV8A 4KR5A 2UVHA 2VD3A 1UTHA 4BDQA 4OXVA 5KDTA 4R6HA 3CFXA 4F3SA 3HSTA 1N3XA 3H3GA 1LGBC 3BFUA 1MXYA 4LUBA 4WXJA 2I3WA 3P7IA 1GTKA 3IB2A 4R2FA 3TODA 4ONYA 5IAIA 4O3BA 2Z8FA 4GIZA 1AH5A 4DIGA 1LFHA 4THIA 3S4UA 2XX7A 4EXLA 3H03A 3T9VA 2I6EA 4TQUQ 1MDQA 3FGSA 4Q30B 4QSCA 2GH9A 5TPAB 4GL0A 1MPBA 4QRZA 4G4PA 5JTYB 3JZJA 1ZMGA 3IOUA 5CI5A 3VXCA 3A3CA 3C33A 1IXIA 1A40A 3B6WA 3PD8A 3OXNA 4X9TA 3BBRA 4I62A 4QFPA 3FV1A 3D4CA 4H5GA 1B7UA 1PDAA 2UVIA 4BLAA 1IXHA 3QUFA 3A09A 5DEXA 1IZ1A 3S9LC 4IO6A 4YICA 3E3KA 3C32A 3PMXA 4FIMA 1I6AA 4F3BA 1D9YA 4RK2A 4U23A 4NE4A 2DSFA 3FASA 4ZEDA 2GHAA 1B5HA 4YKIA 1NNFA 4HW8A 2F7AA 2YJPA 3ILUB 3GBAA 2XXVA 2B65A 1OVTA 2OZZA 4C0RA 2ESNA 4NF8B 2E1SA 3S2VA 4ESXA 1B3GA 1POY1 1MY1A 3VE1B 5TU0A 1ZJLA 3IJXB 5AA1A 2DYXA 3CFLA 4XKRA 4RK9A 4IY6A 2CZLA 1LB8A 4DXCA 1IIWA 5L9MA 1Y4CA 1SW5A 1GVCA 4MH5A 5I58B 2DQVA 4PP0A 3E4RA 3FVOA 4FE8A 3TKDA 2D3IA 1CB6A 3PUWE 2RCAA 4QFOA 5I2NA 4F1UA 4ZE9A 2O69A 3I3VA 4ECFA 1Y3QA 4KHZE 3G7WA 2FNCA 3UGWA 4YB6A 4FATA 3OO6A 1FQEA 1MXZA 3H7MA 3K6WA 5ISUA 1M5BA 3TTKA 4EQBA 1CE2A 5DTBA 1QJMA 3CSBA 4QFNA 5H8NA 3GLBA 3B6TA 4NWCA 1H45A 3WAEA 1MQJA 3VLWA 1YTVA 3OMBA 4Z7EA 3PU5A 1FTLA 2B3FA 4HS7A 5I56A 1MM7A 5AA3A 3FVGA 3MJNA 5HBCA 1NMUA 4GWOA 4R2BA 4G77A 2PVUA 3C34A 5H8HA 3G3HA 2AYSA 1R9LA 4DZ1A 3BKIB 3LSLA 1B3FA 3Q29A 3IK6B 2H5YA 1OLAA 5AE4A 1JQFA 5H8QB 1M5FA 3MVXA 2ZNUA 1TT1A 1ZIUA 1FQBA 5AA2D 5L8DA 3O9PA 1GGGA 3KOTA 5K2XA 1BP5A 3LC8A 3K01A 1FTOA 5JK4A 1ATGA 4GD5A 3SEWA 4JXIA 2QSXA 1YPNA 4N6PA 2Y7KA 4ELQA 3ZS6A 4F3GA 5F1QA 4OFOA 4JWXA 2O1LA 1I6QA 3C35A 3OEMA 3W15C 2RCBA 3H06B 3TQLA 2V3TA 3RTWB 2ZYKA 4F39A 1LAGE 3LSWA 3UP9A 4I9DA 3KSXA 2ANJA 2H98A 3KJ7A 5ICQA 2HEUA 3KN3A 2DE2A 3KJTA 4KQPA 1XS5A 1N7WA 1M5EA 3UIFA 1N04A 3PUYE 4P11A 4NF6A 5CMBA 5TPAA 3IB0A 5JTYA 3K2DA 3DP6A 1QUJA 5LOMA 5A5XA 1FQCA 1TXFA 1H76A 2YLNA 4ISUA 2HAUA 3TCFA 3KGCA 3RT8A 3FXQA 3FTOA 1ELJA 1IQ7A 3HHFA 3QAXA 3QK6A 4OYVA 2E0SA 3H6UA 2ALUA 1JNFA 2DWAA 4POWA 2DP8A 4BDMA 4DXBA 3U94A 4PFTA 4XKPA 4OETA 4R6KA 3QYTA 1US4A 1ZLQA 5ITOA 4GVOA 1P1NA 1N84A 3MP8A 3LVUA 4KCCA 4Z0IA 2DE4A 1B40A 1L5TA 1VFEA 4FEDA 3FV2A 4LZ5A 4YB5A 1URGA 3U8QA 2R71A 3PMWA 2ZMBA 4NF8A 5FHMA 3FATA 3MVYA 4YMBA 2OCUA 2PT1A 1IEJA 2ONSA 3UA8A 3MAMA 4R74A 2FA7A 4POXA 3ZKKA 3V83A 1MPDA 4O3AA 3RYBA 4WKMA 4HTGA 1URSA 4EQ9A 5L9SA 4M4GA 5FHOA 1NNTA 5H8FB 1O7TA 3ONMA 4EF1A 4JBZA 2DXYA 4F2QA 4Q8RA 1MRPA 5CRYA 4KI0E 4KCDA 2XD2A 1RYOA 3N6TA 3SESA 1VFDA 3H4ZA 1OVBA 3S9EA 3K6UA 1J1NA 3TEPA 3DP8A 3TCGA 5I84A 1WVJA 2W7YA 3TAJA 5HPQA 3U93A 2QMXA 3PPPA 3IL1B 1D3KA 4E0WA 2R6GE 4FEBA 1NNKA 1YCJA 5I57A 1RYXA 2OJTA 4XKQA 2XXPA 3SEYA 3N6UA 3FJ7A 3THIA 4WEDA 4MBPA 3OD7A 4RPOA 1B0HA 4UA8A 3LSFB 2I4BA 1Y3PA 1WDNA 1DOTA 2XXWA 3E13X 2GRVA 4U22A 4FAJA 1USYE 3VLUA 4EDPA 3O29A 1B32A 2RKMA 2RINA 1D4NA 4PFUA 3S9NC 4OWDA 1EU8A 1Y20A 5H8QA 1NFTA 3KG2A 3QIMA 2OWTA 1Q1KA 1I6BA 3K02A 1HSLA 5FTIA 1R6ZA 1ANFA 2OWSA 3FUZA 4H67A 1B51A 3EHTA 3RYAA 4EF2A 4ZEFA 2Q2AA 5M2VA 3F11A 1LAHE 1FCKA 4HCYA 4HCWA 4BDLA 3LR1A 2PT2A 3IAZA 1S9TA 2O7IA 2UYEA 1DPEA 3MP1A 2OK2A 3EF7A 4NF5A 1TWYA 4ZZEA 2O1MA 4BDNA 4EQ7A 1SYIA 1SD3A 2YPNA 2UVJA 1DPPA 3USDA 4XTCQ 2M8CA 2RC9A 3CRBA 1B58A 3TTMA 5L9OA 3OSRA 3CG3A 2XXHA 4FORA 2V3QA 4YU0A 4H0WA 1SI1A 3L6HA 3FZVA 3OELA 3C31A 3K1MA 3O66A 4QSDA 2ABHA 1ZU0A 3H6WA 4KYSA 3O6HA 1LBBA 3IR1A 1PB8A 1LB9A 5DVFA 1NH7A 2X26A 4PETA 5AA2B 3W9WA 1NNPA 1A54A 1MY0A 2I48A 3DRIA 4NF4A 4DE8A 5EYFA 1MH3A 1RKMA 1TFDA 4GOTA 2DWHA 3T66A 4H8JA 3TQWA 4XIGQ 1Y9UA 2O51A 2CMOA 2RC8A 5HM4B 5KCJB 2P0SA 2Q2CA 3FVNA 5EHMA 3RUMA 4U4XA 1QUIA 4F31B 3C36A 1QKAA 1H3DA 3T93B 1R9QA 5DT6A 2GFEA 4OZ9A 1QULA 3VVFA 1MM6A 1A55A 1LAFE 3I5OA 1XHYA 2QPQA 3HPIA 4OMBA 1HSEA 2V84A 2DXRA 1LFGA 3PPOA 1LBCA 1IUDA 1MXVA 4AQ4A 2NWJA 1LCTA 2GHBA 3FIRA 4UACA 1S50A 1M5DA 4NMYA 5H8FA 1FTMA 5TP9B 4F2OA 2I4CA 4ELRA 3T9XB 3GXAA 3C9HA 2AL4A 2H99A 4JSDA 3N26A 1B1XA 5FHNA 1M5CA 1ZKBA 1NL5A 1MXUA 4M1VA 3KOSA 1MXWA 1UTHB 5AA4A 1OIBA 2HCAA 3OOAA 2REGA 4QSEA 3B6QA 4QF9A 5CC2A 3OSQA 4H65A 3HO7A 3S9MC 2ONRA 1Z7ME 1B9JA 3FJGA 4F19A 4H6DA 4IO7A 2F97A 3G3KA 2XXUA 3VDFA 4ZECA 1DTZA 1B7ZA 1I69A 3PPNA 4QHQA 1UIUA 4NWDA 2X7PA 2NOOA 2ZXTA 2QS1A 3RY3A 4F1VA 4LZ7A 4YAHX 3CVGA 1P1WA 1QVSA 2UXAA 4GQOA 2P2AA 4LP2B 3FXUA 1SW1A 2DOJA 4R6YA 3U1OA 3M3FA 2Q89A 4R75A 4G8MA 3MP6A 4ELOA 2QS4A 3KZGA 4G8NA 1PEBA 1SW4A 3BFTA 4AB6A 4IGTA 1TFAA 1EH3A 1MXXA 3FXRA 5CM6A 1N3WA 5DEXB 1B1HA 3K1NA 1N0TA 2O84X 5I59B 4JWOA 3MC2A 2VHAA 1B46A 1PBPA 3O97A 3WAFA 3TELA 2IA4A 3HN0A 4PQJA 4TLLB 3PAMA 3IJOB 2V3UA 1EZPA 4PFWA 5J1DA 4L17A 1XC1A 4P0GA 2ZYOA 1JVXA 3LBSA 1Y1ZA 2PBWA 1MY3A 1SW2A 4GXAA 3KEIA 3PUVE 3E9XA 1GR2A 5AA2A 3MZBA 1IXCA 3DM0A 3GZGA 1B2HA 3QSLA 3CSGA 1ZTYA 2I49A 1MQIA 4TOZA 1D9VA 4E0XA 5ICTA 5KZTA 3IX1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3Q27A 3TMGA 2RF1A 5I7IA 2WKYA 4RA1A 1SQYA 4WEPA 3FJMA 3TDJA 4XKNA 5EHSA 3D4GA 3QXMA 4MFIA 1FW0A 4GX3A 5I2KB 4NG7A 5I58A 1B4HA 1B3LA 4KFQA 3G3IA 5ITPA 2DWIA 1SYHA 3V5AA 4ZEIA 4OVQA 3TFLA 4OEVA 3GBBA 2WOPA 3MVWA 1OLCA 5JEIA 4LONB 4KYEA 1BIYA 4GBVA 2ZNTA 4PFYA 3KC0A 3T9UA 1DTGA 5I56B 1P99A 4N07A 5DVIA 3H6VA 2XX8A 3DRFA 3VV5A 3OENA 2F3DA 4IO2A 2IEEA 4R72A 4C1TA 1FQFA 3TYHA 4ZEKA 3EHUA 2O7UA 4OERA 3KC1A 1B7HA 2HPGA 3TZAA 1IMEA 1UTBB 4Q5TA 2Q88A 3RYDA 1JW4A 3PD9A 3TPAA 4OQOA 4X48A 1FBCA 1MQHA 2WEFA 3FVKA 4F18A 2F8DA 3K4UA 3MUQA 1LLSA 4GX4A 4GFRA 4X1BA 1SBPA 2VP1A 3DRHA 1YXIA 2PMSA 1QW0A 3O6GA 1WODA 2ZYMA 1EYKA 1S7YA 1BLFA 2XWOA 3IORA 3MZ1A 4DCXA 1VE4A 3HHGA 3R6UA 2F78A 1LAXA 1MY4A 3K00A 1MQDA 4MLQA 2BJIA 2DE3A 3N5LA 1O64A 1EZ9A 3IO6A 4XXUA 4OVJA 2HXRA 4U1OA 1ZBMA 2F5XA 2HQ0A 3CG1A 4GWWA 3TCHA 4OVRA 4H5FA 4F22A 2XXRA 4OEUA 2HZLA 4H46A 1NKXA 3SDFA 3UORA 1IITA 1FQAA 3W9VA 1OQHA 2Y7RA 4MF3A 3ECRA 4IB2A 4O7MA 4LZ8A 2P1SA 3SEXA 4U2RA 3TTLA 1NV2A 4JVDA 4I3YA 1P1UA 4PDHA 1B3HA 2DWJA 1NV4A 4OHNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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