3TCFA

Crystal structure of e. coli oppa complexed with endogenous ligands
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVTLAEKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNISRDLFEGLLVSDLDGHPAPGVAESWDNKDAKVWTFHLRKDAKWSDGTPVTAQDFVYSWQRSVDPNTASPYASYLQYGHIAGIDEILEGKKPITDLGVKAIDDHTLEVTLSEPVPYFYKLLVHPSTSPVPKAAIEKFGEKWTQPGNIVTNGAYTLKDWVVNERIVLERSPTYWNNAKTVINQVTYLPIASEVTDVNRYRSGEIDMTNNSMPIELFQKLKKEIPDEVHVDPYLCTYYYEINNQKPPFNDVRVRTALKLGMDRDIIVNKVKAQGNMPAYGYTPPYTDGAKLTQPEWFGWSQEKRNEEAKKLLAEAGYTADKPLTINLLYNTSDLHKKLAIAASSLWKKNIGVNVKLVNQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSNSSMNTAHYKSPAFDSIMAETLKVTDEAQRTALYTKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNTYTRNMYIVKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Protein transport
source organism Escherichia coli
publication title Escherichia coli peptide binding protein OppA has a preference for positively charged peptides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
total genus 172
structure length 517
sequence length 517
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3tcfA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tcfA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3tcfA02
1UIVA 2Y7KA 3FXUA 2DE4A 1VFEA 3PD8A 1S9TA 3T9UA 1B58A 3LSWA 2XX8A 3PU5A 1FQBA 4X1DA 1IUDA 4POWA 1H76A 3K02A 4OEVA 3KN8A 4RPNA 2I0CA 3FD3A 4PFWA 1B7UA 1B4HA 1MRPA 3RT8A 1LSTA 3O29A 4PETA 3C33A 3TMGA 1NNTA 1II5A 1LAHE 1JVXA 3TQWA 5FHOA 2GFEA 4EUOA 1UTBB 3LR1A 3OO9A 3UN6A 5I2NA 3VLWA 4BDQA 3OMBA 4H1XA 3FTOA 3H06B 4G8NA 2UVGA 2HAVA 1NNKA 3MZBA 3G3GA 3VVEA 4BLAA 3N26A 3SEVA 3CVGA 4BDRA 4JXIA 2I6EA 1H44A 4Z7EA 4DCYA 3PMWA 1AH5A 3M3LA 2F36A 1Y3NA 1JETA 3KGCA 4OQOA 4GFRA 5IAIA 1UIUA 3MBPA 1R9LA 1ZTYA 1MQHA 5TP9B 3LSLA 3GXAA 2UYEA 2GRVA 3DRIA 2QPQA 2DP8A 5H8SA 4MF3A 4YAHX 1A55A 3MWBA 4KYDA 2ZYNA 1FTLA 3SEUA 3VLUA 4NF8A 1DSNA 3IOUA 4MH5A 3L6HA 1R6ZA 1MXVA 1ZMGA 1Y9UA 1FTKA 3I3VA 4QFOA 2M8CA 3IB1A 4NF8B 4LUBA 5FTHA 1EU8A 4F19A 1BTJA 4PP0A 1JNFA 3PMXA 3Q27A 4JDFA 4F1YA 1P1WA 3U94A 5B70A 3CFXA 1SD3A 4TLLB 3ILTB 5CMCA 4POXA 1LB9A 4GIZA 5HBCA 2ANJA 3N6UA 3VXCA 4NF6A 1XC1A 4AQ4A 3Q26A 3O2AA 4NF4A 4ZEKA 5M2VA 3IAZA 3EHSA 3DM0A 4IO5A 2F7CA 1SW1A 2P0SA 1J1NA 5H8NA 5JK4A 1IZ1A 5ICTA 3IB2A 4QF9A 5ICQA 4NF6B 2V25A 3T9HB 3TEPA 3TCFA 3B6QA 3G7WA 1LBCA 5ELVA 3RY3A 5H8NB 1GTKA 5KDTB 3LSFB 1WODA 4LZ8A 1N3WA 1Y3PA 2P1SA 4YU0A 4LATA 1AIVA 3IOWA 3G3JA 5L9OA 1FTOA 4IY6A 3UA8A 3PUYE 5I56A 3S9LC 1XOCA 2O1LA 1PDAA 4TQUQ 4FATA 2IA4A 1IXGA 3TTLA 5B7DA 5I2KB 2F6PA 2RF1A 2ZNSA 4H0WA 3QK6A 1ZBMA 2OZZA 3C31A 2H4IA 3KSXA 1OVTA 2ONRA 2UYFA 3OD7A 3RGYA 1PB9A 2R9JA 4F31B 5F7VA 4GXSB 1LFHA 4IGRA 3TQLA 4ZEBA 1B05A 3T9XB 3ODBA 3KZGA 3PPOA 4Z0IA 1FW0A 4NWDA 3S4UA 2I3VA 4ZE8A 3H6TA 3VV5A 1MM7A 2ZYKA 1N7XA 1B6HA 2ZYMA 3KOSA 2D21A 1QVSA 2HQ0A 3SESA 4GQOA 2AYSA 4KD5A 1BKAA 2QSXA 4P0GA 5FTIA 1Q35A 1DTZA 2O6AA 4HW8A 2F7BA 4NF5A 3MPLA 4LP2B 2Y7PA 5K2YA 3FV2A 1FTJA 4LA9A 1MPBA 4ZZAA 2VD3A 2ABHA 4OZ9A 4R9GA 2V84A 5A5XA 4AB6A 4NF5B 1OLCA 2H5YA 4WXJA 4ZEFA 2DWAA 2F6GA 2XHDA 3T93B 1B9JA 3K01A 3D4GA 4OEUA 5L9MA 3MVWA 1QUKA 1D3KA 2OWSA 3QXMA 3ONMA 5AA3A 4ZEIA 5A5XB 4GD5A 1BIYA 4LVQA 2GH9A 4R73A 4I1DA 2RCAA 2QMWA 4R75A 1NNFA 4YKJA 1MQJA 1ZKBA 1NH8A 1HSJA 2V3UA 3WAFA 4Q8RA 1D9VA 3K4UA 1N76A 2B4MA 1B51A 4R2BA 1XT8A 3K0VA 5DVIA 3A3UA 1ANFA 3LC8A 4QSDA 3U93A 5J1DA 4TOZA 5I59A 4G8HA 4R72A 3O9PA 4F29A 4IO2A 1OVBA 2OBGA 2W7YA 3K6UA 2UVIA 1FTMA 3MJNA 1M5CA 2GHAA 3PGFA 4F1UA 2DSFA 1N84A 5I59B 2Z22A 4RXLA 3B7DA 1MXXA 3PUXE 3H7MA 1TXFA 3OSRA 1JEUA 4ELQA 1A8EA 4FAJA 5HPQA 4FORA 1DPPA 1YAEA 3DRJA 1P99A 3H6UA 4ZEDA 4RY1A 1US4A 2DVZA 1TWYA 1NNPA 2CMOA 2I4CA 3RT6B 1YCJA 1B0LA 5LOMA 5DEXA 3C35A 4OETA 2ZNTA 2ALUA 2QJEA 1KWHA 4G2ZA 1B4ZA 2XXTA 5KCJA 1RYXA 2O68A 3BBRA 4U22A 5ITPA 2HXWA 4IO7A 4PFUA 3R26A 3IB0A 1SI0A 1B52A 2I48A 3HCQA 3K00A 4QFLA 3MVZA 4DLDA 2ONSA 3O6PA 1M5EA 1H3DA 4U23A 1NL5A 4R74A 2F78A 1NH7A 4EF2A 2KLFA 2HAUA 4H65A 4OTEA 4OFLA 2Y7RA 4U2RA 4E0XA 2AL5A 3CG1A 1USYE 3CG3A 3TCGA 1IXCA 4AB5A 3MP8A 4P0IA 1S7YA 1SI1A 4PFYA 1TFAA 1R9QA 4RPOA 1LCTA 2OWTA 2NVUB 1URSA 1GV8A 4DCXA 3DP8A 1VR5A 4IGTA 4LQ2A 2OJTA 2HZKA 1MY0A 3R7XA 1MH4A 3JYRA 4H5GA 1SW2A 1YPNA 3RTFB 3RN8A 2DS9A 4DIGA 5I2NB 1MQIA 1LB8A 4EXLA 3HV1A 5I58A 3MC2A 3E3KA 1VE4A 3KJTA 3C36A 2F97A 2DYXA 4GLIA 4ELOA 1QKBA 3FVKA 2XXUA 1LCFA 3RPWA 5AA2A 4ZDMA 1MG1A 1M5BA 4KI0E 4ZZEA 2XXPA 2F8DA 2O84X 4QFNA 5CMMA 1Y1MA 3N6TA 3OELA 4EDPA 5AA2B 2O7UA 1I6QA 1JVYA 1USYH 1XS5A 4YB7A 1A7LA 3TELA 1OIBA 3M3FA 1A40A 2QRYA 3FGSA 4L17A 3IO4A 4NTLA 3ZSFA 1SW4A 3HO7A 3W15C 1SVXB 2VD2A 3CFZA 4Q30B 1JEVA 1B7ZA 5L9SA 4GOTA 2YLNA 2WOKA 2QS2A 3VVFA 1S50A 2D3IA 3E13X 3TTMA 1B3EA 3O97A 5KZTA 3MZ9A 1PB8A 1MPDA 1DMBA 2VOZA 4Q5TA 1B3FA 4R9FA 4RYAA 1PEBA 1POY1 3O66A 4IO3A 3OO7A 2ONKE 1T0KA 4KHZE 3OOAA 2E0SA 4GF8A 2Z8EA 2QS1A 1B3GA 1US5A 2QMXA 2I49A 1H45A 5CMBA 3H4ZA 3TKDA 4YB5A 4FEBA 4XKPA 3TODA 2Q88A 3GBBA 3DLNA 1FCKA 2RC8A 1PC3A 4H67A 3OEMA 1I6BA 4XKQA 4R6HA 2O7IA 4KPTA 2AL4A 4NF4B 3OO6A 3EHUA 3K1MA 1NKXA 4C1TA 4LQ5A 4P11A 4FIMA 4F1VA 4OXVA 5FHMA 1MQDA 4EXKA 1I69A 2DVCA 1OMPA 3LBSA 1QW0A 1SYIA 2Y7IA 4OFJA 4RNSA 4XKNA 1N7WA 5JEIA 1IQ7A 3VXBA 2XXQA 2DXRA 5CBRA 4R2FA 3HPIA 2DWJA 4KR5A 2DWHA 2B3FA 4DXUA 1NFTA 5AA1A 1MY4A 4ELPA 1OLAA 1PBQA 1BLFA 4MLVA 1YTVA 4GWOA 4EQ9A 3T22A 1A54A 5I56B 4NEDA 1ZIUA 1LAXA 5EHSA 3FJMA 1PBPA 1PB7A 4QSEA 1D9YA 5ITOA 3HHFA 3TYHA 1CB6A 3H3GA 1Q1KA 1DTGA 4DE8A 4BDLA 1JW1A 2FA7A 3Q25A 4ISUA 1ZLQA 1O7TA 2VHAA 2XD3A 3DRGA 3LVUA 2V3TA 1IITA 4O3BA 3PPRA 1ELJA 5DVFA 4QHQA 3ILUB 1I6AA 4G77A 3K2DA 1B5IA 1MY3A 1URGA 4DZ1A 1A8FA 2X7QA 1DPEA 4F39A 4X1BA 4R6YA 3D4CA 1MS7A 3B6WA 2V3QA 3CR9A 4JB7A 3UK4A 1Z7NE 3SDFA 1F9BA 3OO8A 4GL8A 3IX1A 3C4MA 2UVJA 1P1NA 3P7IA 3C32A 3O6HA 1B3LA 4LZ5A 4BDMA 1FQFA 4FJPA 4OWDA 3KOTA 3T9VA 3T66A 4G68C 3VVDA 3MP6A 1OQGA 2DQVA 3M8UA 5CM6A 4XIGQ 1ZU0A 4MFIA 1QKAA 2A5TA 3R6UA 1P1UA 5BWJA 3QUJA 2V93A 1Y4TA 4KCCA 5H8FA 2YPNA 4K3FA 1MXUA 4JBZA 4FECA 3MVYA 4H8IA 3FUZA 3U72A 3FASA 1Y1ZA 3U1OA 2ESNA 2O51A 1P1QA 1MM6A 2O1MA 3OXNA 1IXHA 2E1SA 1RKMA 5H8FB 3B6TA 3I5OA 3IJOB 2H99A 3RYAA 5HM4B 4U1OA 3MVXA 4YMAA 1IIWA 3QYTA 3ZS6A 3FV1A 4F2QA 3OSQA 3K1NA 2RC7A 4YMBA 3G3KA 2H25A 2Z23A 3H03A 5K2XA 4G68A 4MBPA 2FYIA 2B3BA 3QUFA 3KEIA 5EHMA 1QULA 3RQTA 4THIA 1FQCA 2HEUA 3A09A 3QSLA 4G68B 3KFMA 3IOVA 4KYEA 4BDOA 1A99A 4EQ7A 4M1VA 3KG2A 4YKPA 3U8QA 3TCHA 3V8XB 3RYBA 2ZYOA 3BFTA 3I6VA 3EQ1A 2H9BA 3KSJA 2I3WA 3FJ7A 1UTHA 1MDP1 3O28A 3S9NC 3LSXA 2XXVA 3RUMA 3MAMA 2F7AA 3C9HA 5H8QA 4XXUA 2THIA 5DEXB 3T96B 1TFDA 3G3HA 5KCJB 3EHTA 2H98A 3DRKA 3GZGA 1D4NA 3M3KA 4OFOA 4C1UA 3CRBA 3IJXB 3DRHA 1MH3A 3FATA 2NWJA 1FQEA 2QL3A 4PE5B 5H8QB 3HHGA 1POTA 2ZXTA 4RJZA 3SEWA 3VLVA 2RCBA 5CC2A 4O3AA 2DXYA 2XX9A 2HCAA 2DWIA 2ZMBA 2Q9TA 3MW0A 5L8DA 4WEDA 2IEEA 1XVYA 1UTBA 4F22A 3V5AA 4R6KA 2VP1A 5ISUA 3VDFA 4WKMA 2O69A 1O63A 3USDA 3PUVE 1GVCA 1ATGA 4ND9A 4F2OA 4YZZA 3TTRA 4IY5A 1Y4CA 1OQHA 5DTBA 3S9MC 2GHBA 1B0HA 1Y3QA 3WAEA 4U4XA 4KFQA 4ELRA 3O6IA 4PQJA 1LGBC 2Z8FA 3Q29A 3FVOA 3IORA 3IL1B 3FJGA 5TP9A 3CSGA 3MPKA 5I58B 5IKBA 4U21A 4N13A 4F3PA 4E0WA 2I0BA 1WDNA 1UQWA 3EPEA 4EF1A 4F18A 3KN3A 3V83A 1EZPA 4ZS9A 1WVJA 4HS7A 1MPCA 1GR2A 1B7HA 4OYVA 4DXCA 1LFGA 3BFUA 3W9VA 4JSDA 3ZKLA 2LAOA 2X7PA 3ECRA 2Y84A 1QJMA 1B2HA 2Q89A 1P1OA 1B5HA 1JQFA 2BJJX 1B46A 2OLBA 2I4BA 3KN7A 2F5XA 3RNNA 4OESA 3SEYA 1VFDA 2QS3A 3SETA 4KCDA 4EQBA 1FQAA 3PAMA 2DOJA 2REJA 3K6XA 3PUZE 2ZNUA 4U4SA 4HCWA 1LLSA 2UVHA 3MP1A 3DRFA 1SQYA 5DVJA 3G3IA 2Q2CA 3O6GA 3HN0A 4FE8A 4RK2A 4XKRA 1MY1A 3VFJA 2VGQA 3JZJA 3GLBA 1HSEA 3TAJA 4QFKA 4I62A 1B1HA 1TT1A 1EH3A 3CSBA 3OEKA 3THIA 3U92A 1B32A 4I9DA 3N94A 3UIFA 2RINA 1FQDA 4RA1A 4BDNA 4YKKA 5KDTA 2NUVA 2PT2A 4NWCA 4F3GA 5EYFA 3QIMA 4JWXA 5CMKA 5AA2D 3CIJA 2Z8DA 2YJPA 2XXYA 3F11A 2PVUA 2WOPA 2XXIA 2CZLA 4H5FA 4MLQA 3K6VA 4Q0CA 1JW4A 5FHNA 4I8CA 1M5FA 3N5LA 3FZVA 1AMFA 2PX1A 1B3HA 5I2KA 5AA4A 2REGA 3TTNA 4OERA 4GVOA 2R6GE 3G3FA 2XXRA 3TFLA 3PMVA 5JTYA 5TPAA 4M4GA 4RK9A 1HSLA 1N0TA 1MY2A 1QUIA 4XTCQ 1AL3A 4YICA 4QSCA 5AA4B 3EF7A 3GBAA 1SYHA 3S9EA 4YB6A 5CBSA 1LAFE 2R71A 3KBRA 3OENA 3PPQA 3PPNA 5JTYB 5TPAB 2WKYA 1MXYA 1CE2A 3S2VA 1NMUA 3C34A 3MQ9A 4JWYA 1XVXA 4HCYA 3CFLA 2QS4A 3E4RA 1XHYA 3FVNA 1EZOA 3RTWB 3UP9A 3TDJA 2PMSA 1B1XA 3KJ7A 3Q28A 4X48A 4H8JA 1AOVA 4U1ZA 2HZLA 5I57A 3ZKKA 3H6VA 3FXRA 1DOTA 2A5SA 4N07A 4OMBA 4C0RA 5BUUA 5F1QA 3IOTA 1IEJA 1ZJLA 2G29A 3MUQA 4OVJA 1VSOA 2Y7WA 3TUSA 3A3CA 3MZ1A 2OK2A 1RYOA 5I57B 1MDQA 2NXOA 4LZ7A 5AE4A 3BKIB 2F34A 1M5DA 2X26A 3E9XA 3IO6A 4QFPA 3DP4A 3EN3A 3JV9A 3IK6B 1URDA 3RLFE 4ZECA 4ONYA 3DELB 1H43A 2P2AA 3K1PA 1SBPA 4NE4A 4G4PA 3FVGA 4ECFA 3SERA 2XX7A 4TLMB 5I84A 4LONB 4O3CA 3PD9A 2F35A 5CI5A 1O64A 4WEPA 4OHNA 4DDDA 2FNCA 5DYHA 3UGWA 2AIXA 4QRZA 2A5TB 3PV0E 2NOOA 3DP6A 4JWOA 2XXWA 4HTGA 4KQPA 1Z7ME 5TU0A 1GGGA 1R1NA 3L6GA 3UORA 1LFIA 3SKPA 3W9WA 2PBWA 4IO4A 3PPPA 2HFBA 4UACA 3K6WA 4X9TA 4ESWA 1N04A 1MXWA 3FIRA 2B4LA 3TPAA 3TTKA 4NMYA 1JW5A 1QUJA 4FEDA 4G8MA 1LBBA 5DT6A 1MQGA 4F3SA 1EZ9A 4KYSA 2I58A 1B5JA 3FXQA 3HSTA 3AXFA 4OENA 4F3BA 4PFTA 2PT1A 4IO6A 4H6DA 4N6PA 1IXIA 2B65A 2XD2A 3CI8A 1SDXA 3IR1A 4GXAA 4DXBA 3QAXA 4IB2A 4YKIA 3VE1B 3SEXA 2Q8JA 3TZAA 3PUWE 1N3XA 1BP5A 2G93A 3CHGA 5H8HA 2Q2AA 3H6WA 3V89B 4UA8A 2RKMA 2PYYA 2RC9A 5CRYA 4JSOA 2DE3A 1Y20A 2XXHA 1B40A 1MXZA 5H8HB 4ESXA 4GL0A 2UXAA 2DE2A 1LAGE 1UTHB 1L5TA 2D5WA 2OCUA 2WOLA 1SW5A 4ZE9A 2XXXA 3LUYA 4GRKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIVA 2Y7KA 2CEXA 3FXUA 2DE4A 1VFEA 3PD8A 1S9TA 3T9UA 2V4CA 1NV1A 1B58A 3LSWA 2XX8A 3PU5A 1FPDA 1FQBA 4H46A 2Y5KA 4X1DA 1IUDA 4POWA 1H76A 3K02A 4OEVA 3KN8A 4RPNA 2I0CA 3FD3A 4PFWA 1B7UA 1B4HA 1MRPA 3RT8A 1LSTA 3O29A 4PETA 3C33A 2MKZA 3TMGA 1NNTA 1II5A 1LAHE 2FBPA 1JVXA 3TQWA 5FHOA 2GFEA 4EUOA 1UTBB 1YYZA 3LR1A 4P1EA 3OO9A 3UN6A 5I2NA 3VLWA 4BDQA 3OMBA 2KR0A 1AWBA 4H1XA 3FTOA 3H06B 4G8NA 2UVGA 2HAVA 1NNKA 4MJOA 3EKIA 3MZBA 3G3GA 5IZZA 3VVEA 4BLAA 3N26A 3SEVA 3CVGA 4PF6A 4BDRA 5I5PA 4JXIA 2I6EA 1H44A 1EYJA 4Z7EA 4DCYA 3PMWA 1AH5A 3M3LA 2F36A 1Y3NA 1JETA 3KGCA 4OQOA 4GFRA 5IAIA 1UIUA 3MBPA 1R9LA 1ZTYA 3FXBA 4O94A 1MQHA 4DI4B 5TP9B 3D1RA 3LSLA 4NGUA 3GXAA 2JJKA 1DCUA 2UYEA 4OVQA 2GRVA 3DRIA 2QPQA 2DP8A 5H8SA 4MF3A 4YAHX 1A55A 3MWBA 4KYDA 2ZYNA 3KC1A 1FTLA 3SEUA 3VLUA 4NF8A 3MYUA 1DSNA 3IOUA 4MH5A 1LEVA 3L6HA 2PCRA 1R6ZA 1MXVA 1ZMGA 1Y9UA 1FTKA 2VPOA 3I3VA 4QFOA 2M8CA 4NG7A 3IB1A 4X04A 4NF8B 4LUBA 5FTHA 1EU8A 1Q9DA 4F19A 1BTJA 4PP0A 4JVIA 1JNFA 3PMXA 3Q27A 2CZKA 4JDFA 4F1YA 1P1WA 4DI3D 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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