4E0XA

Crystal structure of the kainate receptor gluk1 ligand-binding domain in complex with kainate in the absence of glycerol
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Kainate induces various domain closures in AMPA and kainate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 82
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4e0xA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4e0xA02
4GXSB 4NWCA 4NWDA 4ELPA 4R2FA 4UA8A 2DWJA 5CM6A 1H76A 4H8JA 1M5CA 2NUVA 3BKIB 2I49A 2Q2CA 1OLAA 4OFOA 4NE4A 1FTOA 1MH4A 4TQUQ 4R72A 4DE8A 1B3LA 4GQOA 3LBSA 3DP6A 1B7HA 1GV8A 3MPLA 4I8CA 4R73A 5FHMA 3IOTA 4XKNA 4R9GA 3PPQA 4TLMB 2G93A 1R1NA 1EZPA 2OJTA 3PV0E 5I2NA 4U2RA 1LBCA 1OMPA 3C4MA 3LR1A 1DOTA 4OFLA 5F1QA 2AIXA 2XXQA 3VVFA 1IIWA 2YLNA 2DSFA 1HSEA 1LB8A 3VVEA 2O68A 4DDDA 1Y3PA 3CFLA 3H3GA 4KCCA 5ISUA 1IXHA 3K6XA 1D4NA 4C1UA 3KN8A 1MH3A 1JEUA 2DE2A 5FHNA 1NNPA 3A3UA 1FQCA 3TFLA 4IY6A 4O3BA 4DZ1A 4XXUA 1NL5A 1CB6A 3K1PA 1ZU0A 3DELB 1MXXA 4H5GA 3R6UA 4BLAA 5JK4A 3TTNA 3SESA 5LOMA 4GWOA 2XXRA 3FJ7A 3R26A 1MM6A 2VGQA 1B1XA 4KHZE 1AH5A 2XXXA 5FTIA 3SERA 4XKPA 4Q5TA 3TCGA 1A40A 1QVSA 3FXQA 1XS5A 4R9FA 3MJNA 3PUZE 4JWYA 4X1DA 5I57A 1DTGA 3C35A 4JWOA 2HXWA 5DEXA 3V8XB 3TQWA 1POY1 3H6UA 1B3HA 1L5TA 2PMSA 2PT1A 2ANJA 3FZVA 3T93B 3OENA 2X26A 2UXAA 5H8QB 3TAJA 3IJXB 3T9UA 3IORA 2PBWA 1DTZA 5KCJB 2OZZA 3IB2A 5ICTA 3L6HA 4G68C 1QJMA 1SVXB 4KYDA 2O51A 1B40A 4POWA 3WAFA 4AB5A 4U1ZA 3RT6B 3LUYA 1B7UA 1EU8A 4PE5B 2V3UA 1UTHA 2HZLA 1NNTA 1B6HA 4H65A 4F19A 3N6UA 1B4ZA 1SI1A 3MVYA 2OLBA 3IR1A 3KSJA 3PPOA 3KFMA 2XX7A 1I6BA 3K6UA 3HN0A 3M3LA 1MG1A 3B6TA 3AXFA 1HSLA 1LB9A 3VLVA 2HAUA 4ELRA 1DPEA 3ZKKA 3KSXA 1JVXA 3M3KA 2I58A 1Y3QA 3Q29A 1IZ1A 3VV5A 4NF8B 1BTJA 3SKPA 3IB0A 4F3BA 1IXGA 2RCBA 1O63A 2DQVA 3P7IA 4FE8A 2F7BA 3OMBA 5M2VA 1QW0A 4G8NA 1MXZA 3ZSFA 4MF3A 3O6IA 5L9OA 3VXCA 3CSGA 4THIA 5F7VA 4HCWA 3FD3A 1GGGA 3QSLA 3Q25A 1RYOA 3UK4A 4YKPA 3EN3A 3G3GA 3OO8A 1Y4CA 1MXWA 2OWSA 3MBPA 3G3FA 4YB7A 4RY1A 3ODBA 4YAHX 3CFZA 3MZ9A 2D3IA 5CC2A 3MPKA 4G2ZA 5IAIA 4F1UA 3OSRA 4Q30B 2QS3A 4X48A 2X7QA 4QFKA 4OEVA 3Q28A 3RT8A 3G3HA 3PUVE 5FTHA 3RGYA 1MXUA 2ZXTA 2FNCA 2VD2A 2A5TB 3SEXA 3E4RA 1URSA 3S9EA 3FJMA 4F1VA 3LSXA 4F3GA 3F11A 3K4UA 1B2HA 4BDQA 5CMKA 4PP0A 2V93A 4QFNA 2QMWA 1Q35A 1AL3A 1NMUA 3TELA 1N7WA 1DSNA 3HPIA 3O66A 4NF4A 1UTBB 5HBCA 4R6YA 5CMBA 3QIMA 1YAEA 4GRKA 3KGCA 3BFTA 1VFEA 4N07A 5JTYB 4POXA 4ZS9A 5AE4A 1TFAA 3PPNA 4GLIA 2CMOA 3T9VA 2O7IA 4R74A 3FGSA 3RUMA 4X1BA 4LZ8A 3N26A 4Z7EA 1P1UA 2NWJA 5EHSA 1VSOA 4G8MA 2HEUA 4QSCA 3KJTA 4EXKA 1TFDA 3MAMA 1A55A 1BKAA 2VD3A 1A7LA 4I62A 2D21A 3UGWA 4RPOA 2A5TA 2F7CA 1P99A 2XD2A 5ICQA 1B52A 2HCAA 3D4GA 3LSFB 4RXLA 3FVOA 1IXCA 3R7XA 1WDNA 2M8CA 3UN6A 1TWYA 1LCTA 1SW4A 5I58A 2ZMBA 3USDA 1R9LA 3OD7A 1PB7A 2W7YA 3ONMA 3T66A 3KN3A 5H8NA 3T9HB 1PDAA 4GL0A 3IOWA 1USYH 3KOSA 3GLBA 2Y84A 1MDP1 3CG3A 1POTA 1B9JA 3ZS6A 1B4HA 2DE4A 3JV9A 4P11A 2GHAA 2PVUA 1DPPA 2QSXA 4OFJA 2O69A 4R6KA 4QFOA 1FW0A 5K2XA 4ZZAA 1MPCA 2CZLA 4UACA 1XC1A 4FIMA 4XTCQ 2V3TA 1Y1MA 1SYIA 3HHFA 1PBPA 2FA7A 4MLQA 4U1OA 1GVCA 1SQYA 2XXHA 2NVUB 2UYEA 3FATA 3U8QA 1II5A 4GIZA 1JETA 4I9DA 3O9PA 2RC9A 1AIVA 1NNFA 4ESWA 3DP4A 4FAJA 4JWXA 3O6GA 1FQEA 2RF1A 3KZGA 1LFGA 1JNFA 3MVXA 3RLFE 4KFQA 2XX8A 4RPNA 1PB9A 2FYIA 2R9JA 1B5IA 2VP1A 3CG1A 5AA4B 2DWAA 1LAXA 4KYEA 2ONSA 3PMXA 2Y7RA 4IO7A 4QFLA 1A8FA 1UIVA 5A5XA 3U94A 3U72A 1OVTA 4LZ7A 5AA2B 3N94A 1ZKBA 1AOVA 5I56A 4OETA 4ELQA 3MZ1A 3SEWA 4IO6A 4ZDMA 5I59B 1Z7ME 2XD3A 5H8FB 4IO2A 1B05A 4EQBA 2F35A 2OK2A 3N6TA 4YMBA 3JYRA 3VVDA 3HCQA 3LSWA 1YPNA 3CVGA 1N76A 2HQ0A 3TPAA 4BDOA 4OEUA 4F3SA 4U22A 3LC8A 5L9SA 3OO7A 1FTLA 2XXYA 2ABHA 3PUWE 1MY3A 4EUOA 1SD3A 3QAXA 4Q8RA 1PB8A 2V84A 5K2YA 2DP8A 3FXRA 4F3PA 4XKQA 3C34A 4M4GA 4XIGQ 5DVIA 5AA4A 2V25A 3IO6A 3FUZA 3H06B 3MZBA 2F6PA 3M8UA 4ESXA 5CMMA 1MDQA 1MY0A 3OSQA 4L17A 3UORA 2HZKA 2RKMA 3V89B 5AA3A 5H8SA 4DIGA 5AA2A 4RYAA 5DTBA 1R6ZA 4YU0A 1FTJA 1B5JA 5I59A 2P1SA 2UVIA 3CR9A 2XXPA 4JBZA 4RK9A 2RC7A 2I4BA 1Y20A 4E0WA 3W9WA 1P1NA 5CBSA 3B6WA 4PQJA 3A3CA 4KYSA 2DWIA 2Z8EA 4QSDA 1SBPA 2Y7PA 3TUSA 4MH5A 5I84A 2ZNTA 3H03A 1USYE 1B0HA 4ZE9A 1BLFA 2UVJA 2HFBA 4G77A 4OZ9A 5B7DA 3IK6B 1R9QA 1LAGE 1XOCA 4NF6B 3RTFB 5B70A 4R6HA 1MQGA 3UIFA 4DCXA 4FEDA 3OOAA 1B0LA 4N6PA 2Y7KA 3IX1A 2BJJX 1TT1A 1MY2A 3K0VA 3TCHA 2VOZA 3PU5A 4LONB 2B65A 2A5SA 3TEPA 3G3JA 1IEJA 3O97A 1H3DA 4NTLA 4C1TA 4NF5B 1HSJA 3EPEA 4GFRA 5H8QA 3TTRA 1I6AA 3WAEA 1YCJA 3T9XB 4OXVA 3EHUA 5KCJA 2XXUA 2Q9TA 4ND9A 4IB2A 3S4UA 4ECFA 2XXWA 3GZGA 4LQ5A 3TYHA 5TU0A 4ONYA 1N84A 2F36A 3RPWA 1J1NA 1P1QA 5CRYA 5IKBA 1ZTYA 4OQOA 1SW5A 5H8HB 2ZYMA 4PFYA 2ONKE 2H99A 2XHDA 4HS7A 2DS9A 4ZEDA 5EHMA 3FJGA 4QFPA 4QHQA 4R75A 3VFJA 1JW5A 2I3WA 3MUQA 2O84X 4GF8A 1A54A 4RNSA 1US5A 2ONRA 4F2QA 1LFHA 1OQGA 5CI5A 4OENA 3E13X 1EZ9A 5DT6A 1NKXA 3H4ZA 3ECRA 1SDXA 3PMVA 2ZNUA 3IL1B 3OXNA 1N3XA 3SEUA 4C0RA 3CIJA 1XT8A 2ZYKA 3B6QA 3V5AA 2WKYA 3IOUA 1VFDA 4YICA 3V83A 1B3FA 4IO4A 4NF8A 3VE1B 3EQ1A 4TLLB 2UVGA 3PPPA 4IO5A 5ITPA 3IB1A 1T0KA 3MP8A 4N13A 1ANFA 5KDTB 1ZIUA 3K6VA 4U4XA 5TP9B 4DXCA 3M3FA 4FJPA 5AA1A 2GFEA 4O3CA 1CE2A 2QS4A 3D4CA 1EH3A 1MS7A 3G7WA 3GBAA 1NH7A 2AL5A 3TCFA 4JB7A 4E0XA 3CSBA 4G8HA 2UYFA 1RKMA 2X7PA 1B5HA 3GXAA 4P0IA 1P1OA 4WXJA 1FTKA 4RA1A 1SI0A 1IUDA 3G3IA 1QKAA 1LBBA 2Q88A 4PETA 3TKDA 3BBRA 3H6WA 3UA8A 3K2DA 2F34A 4H0WA 1S50A 3C32A 3O28A 1ZLQA 3DM0A 2DOJA 4OVJA 3PD8A 3IJOB 1OLCA 1JQFA 4MFIA 1JVYA 5KDTA 1JW1A 3H6VA 4EF1A 3FVGA 1JEVA 1B3EA 2Z8FA 1US4A 4KI0E 1ELJA 4LVQA 1UTBA 4QSEA 1PEBA 3SETA 4RK2A 2YPNA 1A99A 2OCUA 5JTYA 2QL3A 4FORA 4MLVA 4YKIA 1GR2A 1URGA 2DXYA 4H5FA 4JXIA 2ALUA 2PYYA 5I2KB 4GOTA 1F9BA 1JW4A 1GTKA 1EZOA 1N04A 4LATA 2HAVA 4ZEFA 1WVJA 5J1DA 3MVWA 5I2NB 1B58A 4OWDA 4JDFA 2R71A 4EQ7A 4AQ4A 3TZAA 2GHBA 2ZYOA 1TXFA 3DLNA 4F31B 3I6VA 1QUJA 3PD9A 4F39A 4EXLA 2F5XA 3DP8A 4DXUA 3KJ7A 4TOZA 2RCAA 1Q1KA 1MQIA 1MQJA 3I5OA 5CBRA 3QUFA 1D9YA 3B7DA 2PX1A 3O2AA 3TTKA 1D3KA 4DCYA 4YMAA 4IGTA 5KZTA 3T22A 3N5LA 3RQTA 3G3KA 3T96B 1Z7NE 2H25A 2Y7IA 2PT2A 5TPAB 4HW8A 1S9TA 3MP6A 2DVCA 4YB5A 1ATGA 1IQ7A 3IO4A 3PGFA 1LCFA 5I2KA 1N7XA 2QJEA 3S9LC 1B3GA 1H45A 2Z23A 3UP9A 4F18A 5L8DA 3W9VA 4KCDA 4MBPA 2OWTA 3H7MA 3TODA 3OO9A 2XXVA 3KN7A 1URDA 1SW2A 2F78A 1QULA 1B32A 3RY3A 1LLSA 1MQDA 1PC3A 3C31A 1MQHA 5I57B 1Y9UA 4I1DA 3SEYA 5BUUA 3KOTA 5DEXB 1SYHA 4BDMA 4IO3A 3CRBA 4FEBA 2NXOA 2Y7WA 1QUKA 1WODA 4H6DA 4U21A 1Y4TA 4U4SA 1A8EA 2H4IA 4F22A 5DYHA 1AMFA 3KBRA 3EF7A 1O64A 1SW1A 3O6HA 3FV2A 4JSOA 1FQDA 1B7ZA 4HCYA 2E0SA 3KEIA 2QPQA 3C9HA 4ZE8A 5TPAA 2REGA 4F2OA 2R6GE 3C33A 5DVFA 2Z22A 4LQ2A 2DE3A 4YKKA 1MM7A 1ZBMA 1UTHB 3EHSA 1FTMA 1UIUA 1MXYA 3FASA 4F29A 4Q0CA 3JZJA 1DMBA 2RC8A 3RTWB 1MXVA 1B51A 5H8FA 5ELVA 3QUJA 4IY5A 2H98A 2GRVA 4KQPA 1QKBA 3S2VA 2B3FA 2XXIA 3FVKA 2DWHA 4GXAA 3ILUB 4OTEA 4WEDA 1OIBA 4YZZA 3TDJA 2D5WA 3PUXE 3OELA 1H44A 2O1MA 3HHGA 3TTLA 5ITOA 1FQFA 2E1SA 5HPQA 4EF2A 5EYFA 4BDLA 2H9BA 2NOOA 1LAFE 3EHTA 4KPTA 1N0TA 1D9VA 3O29A 4FATA 2O6AA 4DXBA 4KR5A 4H1XA 4EDPA 4P0GA 3RN8A 4GL8A 4R2BA 4Z0IA 3A09A 4H8IA 3U1OA 1IITA 1FQAA 1IXIA 3LSLA 2O1LA 3L6GA 3U93A 1ZJLA 1B1HA 1BIYA 3MP1A 2F8DA 5JEIA 2I6EA 1FCKA 3E9XA 2H5YA 4F1YA 4M1VA 4OESA 2ZYNA 3I3VA 4YB6A 1MY1A 1Y3NA 4YKJA 2F6GA 3CI8A 3K6WA 2DYXA 3ZKLA 2XXTA 4K3FA 4LZ5A 4ZEBA 3K1MA 4NF6A 1KWHA 2UVHA 4EQ9A 1B46A 2GH9A 3MQ9A 4G68B 4OERA 5HM4B 1XVXA 1M5EA 3K02A 4LA9A 4PFUA 4OHNA 3PPRA 4NF4B 3TTMA 3FVNA 4PFWA 3K1NA 2I4CA 2XX9A 5BWJA 3VDFA 4WKMA 4XKRA 3KG2A 4ISUA 3TQLA 3BFUA 4ZECA 2REJA 3SEVA 1XVYA 3OEKA 4PFTA 1BP5A 3MW0A 2I0CA 3HSTA 4ZZEA 3VXBA 1NNKA 5L9MA 5FHOA 2P2AA 3K00A 4NF5A 2I3VA 1MRPA 1UQWA 4NMYA 4FECA 3FV1A 3OO6A 3GBBA 1QUIA 3QK6A 4LUBA 4WEPA 4H67A 2QMXA 4JSDA 2DVZA 3PUYE 4BDRA 1H43A 1VR5A 2G29A 2Q2AA 1Y1ZA 5H8HA 4QF9A 3VLWA 5I58B 2ESNA 1OQHA 2VHAA 4G68A 1LAHE 2I48A 3FIRA 3MVZA 4X9TA 3IAZA 5H8NB 3HV1A 4HTGA 3PMWA 2AYSA 3K01A 2QS2A 2IA4A 2ZNSA 3W15C 4RJZA 2RINA 5AA2D 4GVOA 4AB6A 1S7YA 4GD5A 3SDFA 3VLUA 1LGBC 3OEMA 2P0SA 4ZEKA 4U23A 2DXRA 2O7UA 1M5DA 2AL4A 3QYTA 5DVJA 3QXMA 4IGRA 3U92A 3S9NC 2V3QA 1MY4A 4O3AA 4G4PA 1LFIA 3CFXA 3MC2A 1XHYA 2Q8JA 2F7AA 3HO7A 5TP9A 3THIA 1FQBA 1I6QA 1M5FA 1N3WA 3FXUA 2QRYA 3Q26A 1PBQA 4OYVA 3RNNA 3S9MC 1MPBA 1NFTA 3ILTB 4LP2B 4DLDA 2Z8DA 3E3KA 3MWBA 2THIA 2I0BA 3C36A 5CMCA 4OMBA 2QS1A 2YJPA 1VE4A 1I69A 4BDNA 3IOVA 2B3BA 3TMGA 1LSTA 2KLFA 2Q89A 4ELOA 1RYXA 1NH8A 4QRZA 4KD5A 2LAOA 1M5BA 1MPDA 5A5XB 1ZMGA 1P1WA 3Q27A 4NEDA 4ZEIA 1O7TA 1OVBA 2F97A 2OBGA 5I56B 1YTVA 3H6TA 2IEEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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