4E0XA

Crystal structure of the kainate receptor gluk1 ligand-binding domain in complex with kainate in the absence of glycerol
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
publication title Kainate induces various domain closures in AMPA and kainate receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4e0xA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4e0xA02
3VDFA 4Z0IA 4EXLA 3H7MA 1Y4TA 1MRPA 1II5A 1Y3PA 1BKAA 1IIWA 3ILTB 3LSWA 1FTKA 1NNTA 1MQHA 5CMBA 1MQDA 3EN3A 2I4BA 2V25A 3TFLA 1QJMA 2AIXA 5HPQA 1MQJA 3K6VA 3VXCA 2ZNSA 4F3SA 3OO7A 3MZBA 1GV8A 2G93A 1Z7NE 4DLDA 3EF7A 2Y84A 4QFKA 4U21A 1QKAA 3HCQA 4WXJA 4LQ2A 4N6PA 1B1XA 3F11A 2DE4A 3O6GA 2YJPA 4LATA 4WKMA 1LB9A 3TODA 4Q5TA 4I62A 3WAEA 2DWJA 1SYHA 3G3GA 1A40A 3KSXA 1P99A 3O6IA 1R9QA 3FVGA 3QUFA 1JW1A 1SW4A 3PPRA 3MP6A 4U4XA 5JK4A 4IO6A 3C32A 1P1QA 3M8UA 3VVDA 4YKKA 1ZBMA 1MY2A 1XHYA 3W9WA 3S9LC 5ITPA 1MXVA 2VGQA 3A3CA 4GIZA 2I58A 4QRZA 1PEBA 1H43A 1B5HA 2Z8EA 3Q25A 4QFPA 4G8HA 3OOAA 1YTVA 3CFXA 5FHOA 3T9XB 5LOMA 1LB8A 3SEXA 3S4UA 4F3GA 3DP8A 3IK6B 1SI0A 4O3CA 3TTNA 1FTLA 2ZYOA 3PV0E 4U23A 2B3FA 4LONB 2Q2AA 3TAJA 3KG2A 3U72A 5HBCA 4ZDMA 4OERA 4O3AA 4AQ4A 3C35A 4OFLA 4OYVA 3HN0A 5FTIA 3RT6B 1T0KA 4F18A 2QS3A 1IQ7A 4FAJA 1M5EA 2ONSA 3ZSFA 3OMBA 3C9HA 4NE4A 2F6GA 3W15C 3KEIA 3RN8A 2YPNA 4POWA 1LSTA 1PB9A 2HFBA 4R9FA 5FHNA 1MM6A 3FD3A 3MVZA 4ZZAA 2D3IA 4DCYA 2RC7A 3RNNA 4F1UA 4FEBA 2Z23A 4EQBA 1EZOA 3HPIA 2B3BA 1UTBB 1VFDA 5H8HB 4HCYA 5L9MA 4C1UA 2UXAA 1JW4A 1NNKA 3CRBA 2G29A 5ICQA 3UN6A 2PX1A 4H5GA 1NH8A 3LSLA 2DOJA 4OQOA 3MPLA 1NNFA 3TCHA 1ZTYA 3RLFE 5IAIA 4DXUA 1SBPA 1RYXA 3MC2A 1Y1ZA 2HAUA 2XXUA 3CIJA 1VSOA 3V8XB 4EUOA 4H8JA 4IB2A 4R75A 1JQFA 1I6AA 4P0GA 4LA9A 2QL3A 2XXRA 3TYHA 3PUYE 5L8DA 3K02A 3E9XA 5I56B 3M3KA 3SERA 4NF8A 1Y3NA 4U22A 5CBRA 4HW8A 3MJNA 5BUUA 1MH3A 1FTOA 4F3BA 1OQGA 4JWYA 1AL3A 4X9TA 2XXWA 3PUZE 4MLQA 3QIMA 4QF9A 3A3UA 3MUQA 5I59B 3FJMA 3O29A 1LAXA 3G3FA 3FXUA 4EQ9A 1OVBA 3KGCA 4H67A 2RF1A 4GVOA 5IKBA 3CI8A 2AL4A 4RPOA 3QXMA 4HS7A 1B1HA 2OLBA 1UIUA 3S9MC 1MY1A 3T22A 1LCTA 5H8QB 1FQDA 2O84X 4EXKA 2O7IA 3PD9A 5EHSA 4QSEA 1P1NA 1I6BA 3IX1A 3VXBA 1YCJA 5H8FB 3RGYA 3H6WA 2DS9A 3PMWA 1S9TA 4H65A 4ZE8A 5H8HA 2REJA 1ZKBA 2QJEA 4RYAA 4LZ8A 4RK9A 1LFGA 1H3DA 4G68B 2V84A 2I48A 2RCAA 5I58A 4IO3A 3V5AA 2E0SA 3ONMA 3C36A 3BKIB 3RT8A 3KFMA 4MH5A 4G77A 1A55A 2F7AA 2XD2A 4ELQA 1M5DA 4F29A 3IL1B 3MW0A 2RC8A 4XKPA 3QYTA 2QS1A 1US4A 1Y9UA 4F3PA 4Q8RA 1SI1A 2VHAA 5KDTB 4DXCA 1MM7A 3VE1B 4OFOA 1VE4A 3RUMA 2V3UA 5I56A 5L9SA 5DYHA 3PPQA 2OWSA 3FVOA 1GTKA 1Y1MA 1ZU0A 3K1PA 2Q88A 4IO4A 1MXUA 2IA4A 1UQWA 4O3BA 2V93A 5I59A 3BFTA 4OXVA 2ZYNA 5M2VA 3V89B 1B0HA 3H6UA 3TZAA 4OZ9A 1F9BA 3PGFA 3LC8A 2W7YA 1WODA 1IXIA 2Y7KA 4XXUA 2A5SA 2XX8A 3G3HA 4KR5A 4DCXA 4RPNA 4BDLA 4GL0A 2QS2A 1PC3A 1QKBA 3FZVA 4FIMA 4M4GA 2KLFA 2O51A 3JV9A 2V3TA 3FUZA 1H76A 3N6TA 3RPWA 4IY5A 3T9VA 3D4GA 2DYXA 2H5YA 4G68A 2ZNTA 3K6UA 3VV5A 4H8IA 3OO9A 4NF6B 5L9OA 4X1BA 2H99A 2DVZA 4ZECA 2DP8A 3VFJA 2OBGA 5B7DA 1M5CA 1QUIA 5A5XB 2XXHA 4RXLA 5DEXB 5AE4A 2Z8DA 5CMMA 4KFQA 4YAHX 1XVYA 4G8MA 1Y20A 5I84A 2V3QA 4FATA 3V83A 2R6GE 2THIA 2UVHA 4R6YA 4X1DA 3TELA 2H25A 2I0CA 5KDTA 3H6TA 3HHFA 4IY6A 4KI0E 2DSFA 1H45A 1HSLA 3E3KA 4QSCA 5I57B 1MY3A 1QUJA 5H8NB 2FNCA 2CZLA 2XD3A 3SKPA 3T9UA 4GOTA 3Q29A 1PBQA 2P2AA 1B4HA 1LAHE 1CE2A 4E0WA 2HQ0A 4OEVA 4YKJA 1URSA 2PVUA 1MY0A 2VOZA 2RKMA 4OFJA 1NH7A 4PFUA 2XXIA 1TFAA 4EDPA 2AYSA 4LZ7A 5FHMA 4GLIA 3SEUA 4PFTA 1TWYA 1PDAA 4TLLB 3L6GA 3K00A 1B7HA 2H98A 3MBPA 3MZ9A 2O69A 3R6UA 4L17A 2HZLA 3FV2A 3ZKKA 5I2KB 1A99A 4KPTA 1B40A 4NF8B 2F34A 3RTFB 3TKDA 4EF1A 3W9VA 1DPPA 3FATA 2PYYA 1FQCA 3IOVA 1HSJA 1PB8A 4F1YA 1IITA 1XVXA 2ZXTA 1B3FA 1L5TA 2H9BA 3FV1A 2HXWA 1B0LA 3H06B 4QFNA 3RY3A 4PP0A 4NF6A 1LAGE 1O7TA 3M3FA 4NEDA 3IB1A 1GVCA 3VLVA 4QSDA 3R26A 1MDQA 5A5XA 1A54A 1BLFA 1B3LA 1P1WA 2OK2A 4RNSA 5DEXA 1PB7A 2ONRA 4Z7EA 4UACA 1BIYA 3ILUB 3IR1A 4DXBA 2VD2A 5I2NB 3R7XA 2ZMBA 2X26A 3I6VA 3K0VA 2F7BA 2P1SA 4U1ZA 2O1LA 5ITOA 4THIA 4EF2A 4XKRA 1GR2A 4F2QA 3THIA 1Y4CA 4XTCQ 2DWAA 3WAFA 5I57A 3KOTA 4IO5A 1D4NA 2R9JA 1S7YA 4ESXA 5H8NA 4PFYA 5I58B 1POY1 3IOTA 4QHQA 2R71A 2DWHA 1IXCA 1FCKA 3H4ZA 3PUXE 2ZNUA 4BLAA 2F36A 1D9YA 1MQGA 4YMBA 1LFIA 2F5XA 2IEEA 5AA4B 1I69A 2OCUA 3RQTA 1ZJLA 3D4CA 3K1MA 1OQHA 3S2VA 4P11A 2XXPA 1LFHA 4ZS9A 1H44A 3G3JA 2Q9TA 2I6EA 1NMUA 3OO6A 4GRKA 2F8DA 5CRYA 3TEPA 1N7XA 3FASA 1XT8A 1FQFA 1MG1A 1FQAA 2XX9A 4ZEBA 2VP1A 1B3EA 3GBBA 1Z7ME 5I2KA 3ODBA 1VFEA 3IORA 4YZZA 1FQBA 2I49A 3CG3A 1LCFA 4GL8A 2QS4A 5JTYB 5EHMA 3SDFA 3KZGA 1Q1KA 1LBBA 2B65A 3BBRA 4OESA 1AH5A 1TFDA 1GGGA 3E13X 3ZS6A 3OELA 2UYEA 2PBWA 3TTRA 2XXYA 5CMCA 5DVIA 1IXHA 3QK6A 4ZEIA 5DTBA 3LSFB 3G7WA 2QMWA 1OVTA 1N3XA 5TP9A 1B7UA 4MBPA 5ISUA 4F22A 3ZKLA 2X7QA 5I2NA 1M5BA 3CSGA 4F2OA 1OLCA 3FGSA 1SW5A 3FJ7A 4GD5A 4R2BA 3TQWA 3HV1A 1P1OA 3K1NA 4NWDA 3G3IA 2GFEA 1R9LA 5K2YA 1POTA 4WEDA 1B4ZA 3T9HB 3MP1A 1ATGA 5CC2A 3Q26A 4XIGQ 4ECFA 1XOCA 2QMXA 3GXAA 4KCCA 1B9JA 1J1NA 1Q35A 5AA2B 1B58A 3EHSA 3IJOB 4FE8A 3K01A 1DPEA 3C34A 2I0BA 4H0WA 5AA4A 1IXGA 1B46A 3IO6A 1O63A 1JVXA 3PUVE 3T96B 1A7LA 1B2HA 2NOOA 4LUBA 3OEKA 1N76A 1B5JA 2CMOA 2RCBA 4H1XA 2X7PA 4ELPA 4FJPA 4DIGA 3C31A 1N7WA 3PU5A 1AMFA 4JDFA 3UK4A 5CM6A 1B3GA 3H3GA 2XX7A 3KBRA 3H03A 4FEDA 1USYH 2ONKE 1B32A 2O7UA 2GHBA 4YKPA 5JTYA 2PT2A 3KN3A 1URDA 1SW2A 2ESNA 4N07A 3MP8A 3TMGA 4RJZA 4EQ7A 3A09A 3GLBA 3FJGA 1ZMGA 4OTEA 3SESA 1N84A 2I3VA 2OJTA 4TQUQ 2ANJA 5J1DA 2NXOA 2NVUB 1B6HA 3CVGA 4OVJA 3OXNA 4WEPA 4YMAA 1US5A 2YLNA 4OHNA 2I3WA 3MVXA 1LBCA 2PMSA 4R6KA 3DM0A 4PFWA 4U2RA 3RTWB 1ANFA 1D3KA 3CG1A 1SVXB 2FYIA 3PUWE 3O97A 3E4RA 4BDOA 4HTGA 4P0IA 2QPQA 4F1VA 2UVIA 3HSTA 5DVJA 5TPAB 1MQIA 3I3VA 2A5TB 3M3LA 4PE5B 3MVWA 4LZ5A 2ALUA 3OENA 1YPNA 4JWXA 2O6AA 5CBSA 5AA2A 3G3KA 3JZJA 4IO7A 1JNFA 3OSRA 4YB5A 4HCWA 1XC1A 4OMBA 2FA7A 2BJJX 1O64A 3SETA 4KYDA 4FORA 2F7CA 3FIRA 3K6WA 3O6HA 1NKXA 5CMKA 4H5FA 5TU0A 1AIVA 3OO8A 4IGTA 2M8CA 4JBZA 4ZEKA 2XXTA 3UGWA 4JB7A 5F1QA 5AA1A 2UVJA 4NTLA 2GHAA 1WVJA 4BDRA 1QVSA 4RY1A 3QSLA 4OETA 3KN8A 1R1NA 3MQ9A 5BWJA 3LBSA 2WKYA 1A8FA 1B3HA 1QW0A 4U1OA 3VLWA 1IZ1A 3O28A 4KQPA 3BFUA 5F7VA 4C1TA 4K3FA 4PETA 3OD7A 3HO7A 3H6VA 3IOWA 1JEVA 4G2ZA 3PPPA 2Y7RA 2P0SA 4BDQA 3FXRA 3USDA 3EHUA 3DP4A 1JVYA 3TCGA 1JEUA 5K2XA 3TTKA 1DTGA 1MY4A 2GRVA 1I6QA 3B6QA 1MPDA 5H8SA 3EQ1A 3S9EA 3DELB 4DDDA 1MXYA 3KOSA 4DE8A 4OENA 5EYFA 3DP6A 1NL5A 1AOVA 5TPAA 1KWHA 1FQEA 1B05A 2I4CA 5CI5A 3EPEA 2A5TA 2DXRA 4ZEFA 1DMBA 1OLAA 1N3WA 2Y7PA 4ZZEA 1UTHB 1TXFA 1MDP1 3CSBA 2Y7WA 3LR1A 3IO4A 5B70A 4JXIA 3N5LA 3KJTA 4XKNA 4NMYA 2VD3A 4KYEA 4JWOA 1B5IA 3B6TA 1EZPA 1RKMA 4LP2B 4OEUA 3PD8A 1MS7A 5TP9B 4YU0A 1DSNA 3IB2A 2GH9A 3OEMA 1ZIUA 4R73A 3UA8A 3UIFA 2LAOA 3MZ1A 1MXWA 4G4PA 4IGRA 5AA3A 4YB7A 3TUSA 4NF4B 3LSXA 4C0RA 1NNPA 3P7IA 3CFZA 1N04A 3GBAA 5ICTA 1MPCA 4XKQA 4ELOA 5ELVA 4G8NA 4JSOA 5FTHA 2F97A 3N26A 4F39A 1JETA 4I1DA 3GZGA 1EU8A 1D9VA 2XXQA 3HHGA 3C33A 3ECRA 4ND9A 3QUJA 4POXA 1FTMA 1ELJA 2DE2A 2QRYA 4KYSA 3T66A 1SDXA 3TQLA 3PPOA 4LQ5A 3B7DA 3PMVA 3O66A 1BP5A 4QFLA 1TT1A 4QFOA 1P1UA 4U4SA 4MFIA 1B52A 4IO2A 1EH3A 3MVYA 3SEYA 4GFRA 5KCJB 3N6UA 4E0XA 4R74A 5DVFA 5DT6A 3PMXA 2DQVA 5AA2D 2F6PA 4LVQA 2HZKA 5KZTA 3VVEA 3IB0A 2Y7IA 2UYFA 1UTHA 2ZYKA 3IAZA 1SD3A 1URGA 4MF3A 1MH4A 3U92A 4MLVA 3Q28A 4G68C 1USYE 1UIVA 4KD5A 4I9DA 1DOTA 4KCDA 2DVCA 4R2FA 4Q0CA 3K2DA 1BTJA 4ONYA 2E1SA 2XHDA 3U1OA 1A8EA 4M1VA 2H4IA 1JW5A 1OIBA 2HAVA 3N94A 1N0TA 2PT1A 2HCAA 1LLSA 1SYIA 4BDNA 3AXFA 1LAFE 3O9PA 1MPBA 1QULA 1QUKA 4NF4A 3FXQA 3CFLA 1R6ZA 4NF5B 3UORA 3TTLA 3DLNA 3I5OA 3Q27A 1WDNA 1UTBA 3K4UA 2UVGA 3KN7A 2DE3A 3LUYA 3PPNA 1HSEA 4TLMB 1SQYA 3SEVA 3B6WA 1VR5A 3T93B 4H6DA 4TOZA 2RC9A 3KJ7A 4I8CA 2RINA 4UA8A 1DTZA 1MXXA 2AL5A 4AB6A 4GXAA 4YB6A 1FTJA 3SEWA 1M5FA 4R72A 2Q2CA 3U8QA 2F35A 4AB5A 2D21A 2O1MA 4ESWA 1S50A 3S9NC 4FECA 3MAMA 2D5WA 4R6HA 4PQJA 3CR9A 5KCJA 1SW1A 3TCFA 2HEUA 1MXZA 3O2AA 4ZE9A 3C4MA 4RA1A 3MWBA 4YKIA 4KHZE 3VVFA 1XS5A 3UP9A 1IUDA 1IEJA 3FVKA 3IJXB 4ELRA 2OWTA 2Z22A 3OSQA 5JEIA 4Q30B 4GWOA 4BDMA 4JSDA 4OWDA 2REGA 4NWCA 2DWIA 2QSXA 3VLUA 2O68A 4X48A 2NWJA 3KSJA 2ZYMA 5HM4B 4RK2A 3U93A 4F19A 3TPAA 1PBPA 1YAEA 2Q8JA 3K6XA 2XXXA 3QAXA 3TTMA 1B7ZA 3TDJA 2Z8FA 4GXSB 4YICA 4F31B 2DXYA 1EZ9A 3IOUA 4GQOA 4GF8A 1B51A 5H8QA 3FVNA 4DZ1A 3JYRA 1OMPA 4ISUA 1ZLQA 2XXVA 1CB6A 3EHTA 3U94A 5H8FA 1NFTA 1FW0A 2Q89A 1RYOA 2F78A 4NF5A 4R9GA 2NUVA 1Y3QA 4ZEDA 1LGBC 4N13A 2ABHA 2OZZA 3MPKA 3L6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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