3TAJA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with nabumetone at 1.7a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of C-lobe of bovine lactoferrin complexed with Nabumetone at 1.7A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tajA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tajA02
3DP6A 4NF5B 3TTLA 3KG2A 2H5YA 1Y4CA 3K1MA 1SW4A 3V8XB 2RC9A 2QRYA 1VR5A 1MPDA 1MH3A 2O1MA 2DVZA 1B40A 1OLCA 1N3XA 3T93B 4RA1A 5I2KB 3HO7A 5I56A 1SW5A 3IO6A 3TODA 4OWDA 2AIXA 4ONYA 2DQVA 3K02A 3Q28A 1QULA 4OTEA 4DXCA 4NE4A 3QSLA 5JTYA 4C0RA 3KSXA 3U94A 2RCBA 4ESWA 2CMOA 5IKBA 2ONRA 4ELRA 4FAJA 3QAXA 4OERA 4P11A 3FXRA 1VFDA 4FJPA 3RTFB 3H3GA 4BLAA 2DWJA 2DE2A 5EHSA 3U92A 3VXCA 5TP9B 2QMWA 3RY3A 2DXRA 1FQEA 4F3BA 1QJMA 2ZNUA 1Q1KA 5BUUA 4ND9A 3B7DA 1H43A 3QUFA 2ZYOA 1B6HA 2RKMA 4OYVA 3O6HA 3HV1A 4QSDA 3U8QA 5I59B 3FZVA 3IAZA 3K6VA 3MPKA 4MH5A 4IO3A 2Z8DA 2W7YA 2IEEA 4EQBA 4MFIA 4G68A 4GL0A 1YPNA 4YAHX 2Q89A 4F18A 4KYSA 3KGCA 3FIRA 1B2HA 1US5A 4EF1A 2RC8A 3GLBA 2PT2A 1JVXA 3MJNA 1PDAA 3SEYA 4MLVA 5H8NB 4U22A 2F8DA 4ZECA 4WXJA 4FORA 4H8JA 3MWBA 3UN6A 4NF6B 2GHBA 3U72A 2Y7WA 2OLBA 1O64A 3LSXA 3IJXB 3W9VA 1GGGA 4KCDA 4RY1A 3DELB 3TUSA 4OEUA 2A5TA 3T9VA 2F78A 2QSXA 3OOAA 1D9YA 3G3IA 3T66A 1HSJA 3HHFA 3ILUB 4ZEKA 1A54A 3UORA 4H8IA 3I6VA 3M3LA 4FECA 5KCJB 4YKKA 1LAHE 4R9FA 1NNFA 2OCUA 2VD3A 4X48A 2KLFA 1XHYA 3PUVE 4U4XA 3G3GA 4YB7A 4ZEDA 3OO8A 1ZKBA 3FATA 5CRYA 5JTYB 5I2NB 1DTGA 4TLLB 1SVXB 1QUIA 1R6ZA 4BDLA 4PFTA 4BDRA 5EHMA 3WAFA 5H8FA 3FV1A 5AA3A 1O63A 1ZBMA 2GFEA 3H06B 4GQOA 4F3SA 4ELOA 3E13X 2NXOA 1P1UA 3IL1B 3KN8A 2O68A 2D3IA 3ZS6A 2HAUA 4GIZA 1DMBA 4RK2A 3PPQA 1B7ZA 4DXUA 3B6TA 2OWSA 1LAGE 3K00A 1BP5A 3JYRA 1UTHB 5HPQA 2DWAA 3K6UA 3MP6A 3N6UA 3O9PA 2ABHA 3S9EA 2XX7A 4DLDA 1Z7ME 4ZEFA 2B3BA 5DVFA 1FQCA 2Z8FA 1B3FA 1MXYA 1XC1A 4F3GA 2VOZA 4G77A 1N7WA 2Z8EA 3L6GA 4POXA 2UXAA 4LQ5A 2WKYA 4I1DA 3FVKA 5DT6A 5CBSA 5I84A 5FTIA 4FE8A 1ZTYA 3FVNA 4BDNA 2HFBA 4YB5A 5TPAA 4KD5A 3OO7A 1PC3A 1LFHA 2XD2A 3RUMA 2DYXA 1ZLQA 3PUXE 2O7IA 3TQLA 4JSOA 4X1DA 2B3FA 3VLUA 2QS3A 3N5LA 5L9OA 3C35A 2UVJA 2F5XA 3FJMA 4YKIA 1FTMA 1VFEA 5I58A 1N0TA 1OQHA 3SEWA 1NMUA 4F19A 2XXTA 1UIVA 1Q35A 4Q0CA 4HCYA 3SETA 1B3EA 1ZJLA 3PPNA 5AA1A 4I8CA 4IO7A 2ZXTA 1MXXA 4GFRA 1MM7A 4K3FA 5JK4A 4XXUA 5ITPA 1MY0A 2ONSA 3IX1A 4PETA 2P1SA 1MXWA 3HHGA 4P0GA 3FXQA 2O6AA 1TFDA 4F39A 3OMBA 3H6VA 3PPPA 1OLAA 1MM6A 4RPOA 1SD3A 1L5TA 3VDFA 3PMXA 2ZYNA 3S2VA 1XOCA 3T9UA 2ZNTA 3K0VA 2XX9A 1ANFA 3FJ7A 4YZZA 2DWIA 5I2KA 5AA4B 3IB1A 4KYDA 1J1NA 4LZ8A 2ESNA 3R26A 1MY2A 4QSCA 3DM0A 1JEVA 3BFTA 4IO4A 1B52A 3TQWA 3H4ZA 3A3CA 3MPLA 1IZ1A 3M3FA 3C31A 2X26A 2XXPA 4PFYA 5IAIA 4C1UA 4LZ7A 2AYSA 5TP9A 2XXWA 4IGRA 2HEUA 3EPEA 3O2AA 3PU5A 5TPAB 4U2RA 1EU8A 3O6GA 4KCCA 1MH4A 3TZAA 1SYHA 2Y7RA 1JVYA 3KBRA 1CE2A 4R6YA 1DOTA 3Q26A 1FQFA 5I59A 5DVJA 4HTGA 3EHTA 4R2FA 3E3KA 2DP8A 1B4HA 4NF4A 1MY3A 5CMMA 2O84X 4M1VA 3LSFB 3KJTA 4KQPA 3GBAA 3O6IA 2OJTA 4LP2B 4PQJA 1WODA 5H8QB 2V25A 4KPTA 1OMPA 2QMXA 1NNTA 1JW5A 2DXYA 4RPNA 4NF6A 2I6EA 1YAEA 1OVTA 4YKJA 1LFIA 1YTVA 4PE5B 1H3DA 1Y9UA 1B4ZA 2FA7A 4JSDA 4F29A 4TLMB 3FD3A 3ILTB 2DVCA 1KWHA 1QVSA 3S4UA 3KN7A 3MP1A 1FQDA 2R6GE 3ZKKA 4KYEA 3MZ1A 3TFLA 3G3HA 4WKMA 1M5DA 5KCJA 1FQBA 2DS9A 4R75A 2PX1A 3VVFA 3IO4A 2V3QA 1B32A 3SKPA 4OETA 4GVOA 3LUYA 1B5IA 3PPOA 2D5WA 1B58A 5EYFA 1GTKA 3UA8A 1TWYA 2ALUA 1A99A 3C33A 5I2NA 2X7PA 1I6AA 3OO6A 1A40A 1R9LA 4EXKA 4AB5A 3RPWA 3K01A 3O29A 2DSFA 1I69A 5FTHA 1NL5A 5KDTB 4E0WA 5BWJA 3USDA 1JQFA 5LOMA 2CZLA 2V3TA 2X7QA 1A8FA 3FGSA 3L6HA 1JNFA 4XTCQ 3QYTA 1PBPA 3C36A 1RKMA 2QS2A 1QW0A 4R73A 2VHAA 1B0LA 1ELJA 1MXZA 3EHSA 3RT6B 3MC2A 4PP0A 5CMCA 1PB8A 1P99A 1XS5A 1UTHA 4ZE8A 3TYHA 4WEPA 2NVUB 5AE4A 2I4CA 1JW1A 3CR9A 4NF4B 4O3AA 3BKIB 4H5FA 3MQ9A 5CI5A 3SEVA 3JZJA 3CSGA 1BTJA 4OFJA 4BDMA 3Q29A 1P1NA 1Y4TA 5F1QA 1MDQA 3IB0A 4XKQA 2OBGA 3V83A 2ZNSA 4OEVA 3SDFA 4IO2A 2Z22A 1Y1ZA 2OZZA 1MQDA 4UACA 4QRZA 2P2AA 4RJZA 1MDP1 4OENA 4ZS9A 3G7WA 3ZKLA 2GHAA 4R6KA 3ODBA 1SDXA 1LAXA 4F22A 1VSOA 1FTJA 4PFWA 5J1DA 3R6UA 5M2VA 3H6TA 3HN0A 4G8MA 5ITOA 3G3JA 1PB9A 2DOJA 3PD9A 1YCJA 4IGTA 2R9JA 4MBPA 1US4A 3VLWA 3HPIA 1P1QA 1FW0A 1Z7NE 4NTLA 2ZMBA 4AQ4A 3LR1A 3TPAA 1Y3QA 1B7HA 2PT1A 4H5GA 3FASA 5K2YA 3TELA 4ECFA 4ZEBA 2YPNA 3CI8A 2Y7PA 1B3GA 3K1NA 2F97A 3GZGA 1ATGA 1LLSA 3CG1A 2NUVA 2ZYMA 4OZ9A 2I0CA 4KR5A 3T9XB 4FIMA 2RCAA 4DXBA 3MP8A 2HZKA 3OSRA 5ISUA 3OXNA 3I5OA 3JV9A 2I0BA 2Y84A 4JB7A 1XVXA 1UTBB 3B6QA 3T22A 2F7AA 3MZ9A 3TEPA 4GD5A 4F1UA 1F9BA 3FVGA 2XXIA 2QS1A 4DCYA 4EXLA 5AA4A 1N04A 3TCFA 1GVCA 4OHNA 4ZEIA 3FJGA 4Z7EA 4HCWA 3PUZE 2VD2A 4M4GA 1POTA 4OXVA 4RYAA 2FNCA 1EZOA 3VLVA 5AA2B 5DEXA 2F35A 3PGFA 3AXFA 1MPBA 3PD8A 2YJPA 1SW1A 1EH3A 3H7MA 4PFUA 1OQGA 3GXAA 4DIGA 3EQ1A 4MF3A 3MUQA 2XXUA 5B7DA 3VV5A 4R6HA 1URDA 1N76A 1T0KA 2H98A 3HSTA 3RGYA 3UIFA 1QUKA 4DDDA 3K1PA 5B70A 1AMFA 3W9WA 4F1VA 3OENA 3C34A 3LC8A 1MPCA 3M8UA 4H67A 1AL3A 1Y1MA 1GV8A 3FUZA 1CB6A 5H8QA 1D9VA 1RYOA 1LBCA 2Q9TA 3W15C 3E4RA 1N84A 2QJEA 2BJJX 3V5AA 4JWYA 3KOSA 3KOTA 3O97A 5L9SA 1AIVA 2G29A 3CFLA 2QS4A 3TCGA 2AL5A 4HS7A 1HSLA 2GRVA 4U1ZA 1MQIA 1WDNA 4MLQA 4L17A 5CBRA 2Q8JA 4YB6A 1AOVA 3S9MC 2I49A 1DPPA 1Y20A 1SBPA 3OD7A 5ICQA 4G2ZA 1TFAA 1NH8A 3RQTA 2XXXA 4YKPA 5F7VA 1OIBA 2XX8A 1VE4A 2XHDA 3EN3A 4Q5TA 3IJOB 1DSNA 2V3UA 2REGA 3V89B 5DEXB 5KDTA 2ONKE 3TTKA 4E0XA 2UVHA 1DTZA 4R2BA 4LZ5A 2DWHA 4QF9A 4ZZAA 3PPRA 1QUJA 1S7YA 1D3KA 3OSQA 2I3WA 4O3BA 1LGBC 2LAOA 3RN8A 4IB2A 1FTKA 1POY1 1NNKA 3TAJA 4AB6A 3CSBA 2PBWA 4Q8RA 4H6DA 3LSLA 4Z0IA 3K2DA 3N6TA 3ONMA 3PMVA 1O7TA 5DVIA 4N13A 4NMYA 3SEXA 4RNSA 1PB7A 1B9JA 3I3VA 1MRPA 4GXSB 1MXUA 3TTMA 1M5EA 4F2OA 5I57B 5ICTA 3MVXA 4R74A 3RNNA 1UQWA 2HAVA 2RC7A 1A7LA 3KEIA 4YMAA 4F31B 5H8SA 1MQHA 3FV2A 5HBCA 1WVJA 5CM6A 4GRKA 1I6QA 2I58A 1XVYA 3K6WA 3B6WA 4NF8A 3PV0E 4YU0A 4OMBA 4BDOA 2DE4A 1A8EA 3IOUA 2NWJA 3VFJA 1DPEA 4TQUQ 3CVGA 3MBPA 3VVDA 3GBBA 1BIYA 2YLNA 4IO6A 4LUBA 1FQAA 2F34A 4TOZA 2UVIA 1B05A 4EUOA 1B1HA 4NWCA 3TCHA 1URGA 4ZZEA 1LBBA 1AH5A 2QPQA 1SW2A 3K6XA 1GR2A 1IXCA 4IO5A 1R1NA 4FATA 2VP1A 1UTBA 3C9HA 3LSWA 5KZTA 1QKBA 4DZ1A 4H1XA 3CFZA 2G93A 2Q2CA 1NNPA 3SEUA 3H03A 1B46A 3PUYE 3MVZA 5A5XB 4KHZE 2THIA 3T9HB 1NKXA 2R71A 3IOTA 4HW8A 2AL4A 3FXUA 4LQ2A 3Q27A 1BLFA 4EQ9A 5AA2D 2NOOA 1N7XA 1II5A 2REJA 5ELVA 4GF8A 1FTOA 3DP4A 4XKPA 4NEDA 1NH7A 4GXAA 3IR1A 5AA2A 4N6PA 1EZPA 3M3KA 2HQ0A 4GWOA 1LFGA 1UIUA 2FYIA 2PVUA 1HSEA 3RLFE 3QK6A 4C1TA 3R7XA 3BFUA 2I3VA 3TMGA 2A5SA 4OFOA 2UYFA 4P0IA 1LAFE 5L8DA 3IOVA 2IA4A 3K4UA 2XXYA 5CMBA 1H44A 1MY1A 5CMKA 5L9MA 1P1WA 3MZBA 1MS7A 3CIJA 1MQJA 3PUWE 4NF8B 4Q30B 3RTWB 1B51A 2O69A 4FEDA 5I56B 1BKAA 3H6WA 4GOTA 4QFKA 4ZDMA 1SI0A 3IORA 3RT8A 1IITA 2I4BA 1Y3PA 3KJ7A 4YMBA 4QFNA 4FEBA 1B5HA 3Q25A 3TKDA 4JXIA 3HCQA 5FHMA 1MY4A 4LATA 2PMSA 2DE3A 1ZIUA 3DP8A 4NWDA 2M8CA 4EF2A 1USYH 2ZYKA 3A3UA 1QKAA 2B65A 2O7UA 2Z23A 5DYHA 1LB8A 3KN3A 4LA9A 4QFPA 1SYIA 3C4MA 2F7CA 4G68B 2P0SA 3MAMA 3G3FA 3ZSFA 2Y7KA 1Y3NA 3VXBA 3IOWA 3O66A 2H9BA 3CG3A 4KFQA 3SERA 1TT1A 3A09A 1B3LA 1IXGA 4XIGQ 1A55A 1SI1A 2O1LA 2I48A 3U1OA 3UGWA 5DTBA 5TU0A 5JEIA 3EHUA 3G3KA 4H65A 3ECRA 2Q88A 5K2XA 2UYEA 1MXVA 4WEDA 1JW4A 2A5TB 2XXHA 1FCKA 1IXHA 4U23A 4JBZA 1R9QA 2F36A 4G8HA 1PEBA 5FHNA 2XXVA 4IY6A 1LCFA 1LCTA 1PBQA 1LSTA 1B5JA 1H76A 2VGQA 2V84A 1S50A 4ELPA 3D4CA 4JWXA 2RF1A 3MVYA 3U93A 3PMWA 5H8HA 2HZLA 4OESA 3UK4A 1D4NA 4RK9A 3OELA 2H99A 4JDFA 1URSA 2O51A 2D21A 4OQOA 3THIA 1MQGA 3QUJA 5H8FB 1JEUA 1IXIA 5I57A 2E0SA 1RYXA 2V93A 4OVJA 4I9DA 2XXQA 4F2QA 4EDPA 2OWTA 1IUDA 4H0WA 4QFOA 4RXLA 1ZU0A 3MW0A 4R72A 4DCXA 3TDJA 4NF5A 4ZE9A 3FVOA 1B1XA 1SQYA 4I62A 1ZMGA 3QXMA 4POWA 3IK6B 3VVEA 3KFMA 4R9GA 4OFLA 1S9TA 3OO9A 2QL3A 3DLNA 2RINA 1XT8A 4QSEA 3IB2A 2H4IA 4F3PA 2OK2A 3O28A 3TTNA 3C32A 3OEMA 3E9XA 4IY5A 4G8NA 2F6GA 2GH9A 1NFTA 2Q2AA 4U21A 4X1BA 1FTLA 3H6UA 3OEKA 3KZGA 3TTRA 3KSJA 4THIA 1JETA 4ESXA 1M5FA 3QIMA 1P1OA 4U1OA 3T96B 3SESA 2UVGA 3P7IA 2Y7IA 5CC2A 3S9LC 1B3HA 1IQ7A 1USYE 5HM4B 4X9TA 1H45A 4ISUA 4DE8A 3CRBA 4LONB 4GLIA 4EQ7A 4GL8A 1M5CA 3EF7A 1N3WA 3VE1B 4QFLA 3N94A 4UA8A 1TXFA 5A5XA 1I6BA 4ELQA 2PYYA 4F1YA 3N26A 4XKNA 4LVQA 3UP9A 2H25A 4BDQA 5I58B 2F7BA 5FHOA 4G68C 4KI0E 4JWOA 3S9NC 5H8HB 2XD3A 3D4GA 3BBRA 2F6PA 1IIWA 2ANJA 3CFXA 4O3CA 1LB9A 1MG1A 2HCAA 4U4SA 1M5BA 4G4PA 4QHQA 1EZ9A 2HXWA 3WAEA 3LBSA 2E1SA 4N07A 4YICA 1IEJA 1B7UA 3MVWA 2XXRA 1B0HA 5H8NA 1OVBA 4XKRA 3F11A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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