3TAJA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with nabumetone at 1.7a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal structure of C-lobe of bovine lactoferrin complexed with Nabumetone at 1.7A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tajA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tajA02
1XVXA 3I3VA 1URDA 4WXJA 2A5TA 2O1LA 4POXA 1HSEA 2XXPA 2IA4A 1PB8A 4XKRA 5CM6A 1UIUA 4YMAA 1AOVA 3KG2A 3C4MA 4DE8A 4YKJA 4JWOA 1M5CA 4R72A 4F3SA 4NF6B 4R75A 2F6PA 3SEWA 3H6TA 1B52A 2KLFA 1MM6A 1USYE 1LBBA 1I6BA 2Z8FA 5JK4A 4X1BA 3VLWA 4IGRA 4L17A 4JSOA 1MY4A 3WAEA 1ZIUA 3B7DA 3K6UA 5A5XB 4FJPA 4LUBA 1B1HA 4G4PA 2UVGA 3MVZA 1UQWA 1ZKBA 5B7DA 1EZOA 1UIVA 4P0GA 4ELRA 1BKAA 5AE4A 3Q26A 1LLSA 1UTBA 4M1VA 4ZEFA 2ZNTA 3FXQA 1ZJLA 3UN6A 3ZKKA 4MLVA 1D9YA 1SDXA 3KOSA 1ZU0A 1MH4A 2NOOA 3HHGA 4IO5A 3K6VA 1N84A 4H5FA 1XT8A 2O51A 3QK6A 1XOCA 4OTEA 1XC1A 1A40A 4YMBA 3IR1A 3PV0E 4P0IA 2YLNA 2Z22A 1ANFA 3TKDA 1H3DA 1WVJA 5JTYB 3PMXA 3QUJA 4X48A 1UTHB 2Q2CA 2ZNSA 5ICTA 5BWJA 3FATA 3R26A 3GLBA 1GR2A 1Y3PA 2XXHA 4H8JA 2AL5A 3CFXA 4LATA 3R6UA 4F18A 4KI0E 2ZYKA 4THIA 4TLLB 5DVJA 2OBGA 4RK9A 5CMCA 5AA2A 1B5HA 4OWDA 3FASA 3FV1A 1WDNA 1P99A 3MZBA 3MAMA 4KYEA 3S9NC 4FEBA 3K00A 4GD5A 3Q27A 1AMFA 4U2RA 1DSNA 2M8CA 4PFUA 3UP9A 2P1SA 3M3KA 3VV5A 2O69A 2XD2A 4EQBA 4F1UA 2R6GE 1PEBA 2ZYNA 2Y7PA 3DLNA 1IXCA 4R9GA 4RPNA 4UACA 5TPAB 2GRVA 4OXVA 2XXRA 2FYIA 4ZDMA 1AH5A 2UVJA 3H6WA 2F5XA 2I48A 2DWHA 3MW0A 1A7LA 1IQ7A 3VE1B 2O7UA 5DEXB 1LAXA 2H9BA 3E4RA 1P1QA 4OENA 3E13X 3FVKA 2DWAA 4C0RA 3LSXA 4H65A 3CSBA 4QF9A 2A5SA 2RC8A 3U94A 1IUDA 1OMPA 1FCKA 1I6QA 3IJXB 3TEPA 3EPEA 1IZ1A 1FW0A 3MVYA 5H8QA 1IXHA 4GXSB 4OFJA 4HCYA 2XD3A 1LB8A 4ONYA 1YTVA 2PX1A 3CG3A 4QRZA 2Z8EA 2DXRA 4U23A 2Y7KA 1IEJA 1JEUA 4H67A 2VD2A 1FQBA 4MF3A 1N3XA 3P7IA 3SESA 3RN8A 4YKIA 1A8EA 4I1DA 2O68A 2QMXA 3BFUA 3ILTB 3H03A 3AXFA 2F7CA 1B32A 4U4SA 2GFEA 4YKPA 3O2AA 2F97A 1OQHA 2F34A 2F36A 4O3CA 2DWIA 3TELA 1NH8A 3MZ9A 1R1NA 1DTZA 3OO7A 4F31B 4U4XA 4NEDA 1YAEA 4PFYA 1B3FA 2UYFA 5H8HB 3IORA 4AB5A 5I57B 5DTBA 5I59B 3IO6A 3KSJA 4R6HA 3C34A 3K6XA 5I56A 1D4NA 3LSFB 4LQ5A 1NMUA 1B46A 2RC9A 4FAJA 3LR1A 5I2NA 3TMGA 4FIMA 1FQDA 1GV8A 2FNCA 4NF5A 4FEDA 3VDFA 3O29A 3RPWA 4ESWA 1B05A 3SERA 4POWA 4NWDA 3KN3A 1HSLA 2P0SA 5DYHA 2QSXA 2HZKA 4H6DA 4GQOA 1MXYA 4OERA 4MLQA 5IAIA 1ZTYA 3DM0A 5LOMA 3L6GA 3HN0A 3JV9A 5AA1A 2O7IA 4LONB 3TQWA 4KD5A 4ZEDA 3OELA 3QUFA 2OWSA 3TTLA 4P11A 5CBRA 4HTGA 4KPTA 4QFNA 5L9OA 4N07A 4OETA 5AA4B 3L6HA 3OD7A 3VLVA 1OLAA 4O3AA 5K2XA 4RK2A 2B3FA 3KFMA 1LAFE 1OVTA 2DYXA 3T66A 4F2OA 2HCAA 4GL0A 2UYEA 3KZGA 5CMKA 4F1VA 1TT1A 1P1UA 4I8CA 3PMVA 2O84X 3B6WA 4K3FA 1OQGA 3T9HB 1QULA 5FHOA 1A8FA 5FHNA 4G68C 4GIZA 2OLBA 2QS2A 2DE2A 3MWBA 4NF4B 4EQ7A 4DZ1A 1N7XA 5CMBA 4PQJA 5H8FB 3Q29A 1MXUA 4PFTA 5EHMA 2B65A 3U1OA 4ZEBA 2V84A 1QKAA 1SBPA 2Z8DA 3QSLA 1S50A 4ELPA 5I84A 3MC2A 4ZECA 5KZTA 2DQVA 1LCFA 2F35A 5H8NA 4U1ZA 3E3KA 2F78A 2AYSA 3EN3A 1DMBA 4NF8A 3TZAA 3H6VA 4LZ7A 5CI5A 3A3CA 3G3KA 1XHYA 3LC8A 1MQHA 3LUYA 4GFRA 4RJZA 3TPAA 2HEUA 4DLDA 3FVNA 1FQFA 1O7TA 3FZVA 4KCCA 3ODBA 3TFLA 1RKMA 2R71A 3DELB 4FORA 1L5TA 2HXWA 4YAHX 3N6TA 2NVUB 3PPPA 3TCFA 1KWHA 3BKIB 1JW4A 3S9EA 4OHNA 4XXUA 1TFAA 1NNPA 2DS9A 1MM7A 3IB1A 3PPOA 4PP0A 4AB6A 1LB9A 3KSXA 1O63A 1MY2A 4H8IA 2V93A 3RY3A 3O66A 1XVYA 3TUSA 3QXMA 3D4GA 4WEDA 1B5JA 1M5EA 4QHQA 1FTMA 4OESA 4LP2B 2ZYMA 1JETA 2ONSA 3IK6B 4IY5A 1PC3A 4KYSA 4KR5A 4JBZA 1IXGA 1ELJA 3MQ9A 3UIFA 3U93A 1JEVA 3N26A 3EF7A 1BTJA 1DPPA 3SEYA 4NWCA 1B1XA 2VP1A 2I49A 3G7WA 4TLMB 3UORA 1FTKA 5I2KB 1NL5A 3T22A 4XIGQ 1BLFA 2G29A 1S7YA 3O6HA 1SW5A 2ZMBA 4KFQA 1MQGA 4ECFA 2UVIA 1B3EA 5KCJB 5F1QA 4PFWA 3T9XB 1LAHE 4G68A 3CSGA 3I6VA 4WKMA 2O6AA 4IO6A 2B3BA 2F8DA 5TP9A 5HBCA 1RYXA 2PT2A 1CB6A 1GTKA 4GL8A 2PT1A 4OMBA 4JWYA 1QJMA 4ND9A 4IY6A 3HPIA 1B7HA 1A54A 3TTRA 1EU8A 3KN8A 4R73A 5DVFA 5FTHA 1Y4CA 1PBQA 4HW8A 3PPQA 3GXAA 3GBBA 4ZEIA 3CG1A 1VSOA 4YB6A 4IO7A 1TWYA 4UA8A 2ABHA 1Y3NA 3VVEA 1URGA 3T96B 2AL4A 5J1DA 1CE2A 2XX9A 3DP6A 2I3WA 1MPCA 5ISUA 3MBPA 3IOVA 3PUXE 3RT8A 1MQIA 1EZPA 1AL3A 3ZSFA 1H45A 5FHMA 3UA8A 1PBPA 4Z0IA 4BDOA 4QFKA 4R9FA 3PUZE 4X9TA 1LAGE 2F7AA 5I58B 4XKNA 3O6GA 1Y1MA 2DP8A 3QIMA 2Y7WA 1Y4TA 1NNTA 3HSTA 2H5YA 4F3PA 2ZYOA 4YZZA 4DXCA 2QJEA 1DPEA 2QRYA 1JVXA 4ZZAA 5KDTB 5CRYA 1LSTA 5L8DA 2H25A 1FQEA 1N04A 4NF6A 3TCHA 1MXZA 4IB2A 2A5TB 3IL1B 4I9DA 3SETA 3U92A 3D4CA 4DDDA 1VE4A 2ZXTA 3C32A 1MXXA 3K0VA 1MXWA 2Y7IA 3Q28A 2CZLA 5A5XA 1ZMGA 4KQPA 4XKQA 1N3WA 1TXFA 1B40A 4F2QA 2LAOA 3CR9A 1BP5A 4Q8RA 3KEIA 2DWJA 4BDNA 1MXVA 1NKXA 2H99A 2HAVA 1SVXB 4U21A 3VXBA 4KHZE 3HO7A 3IO4A 1M5BA 3E9XA 4DXUA 3W9WA 2XXWA 3TODA 4ZE9A 4OVJA 2Y7RA 1ZLQA 2PYYA 2IEEA 3V5AA 4OYVA 3CVGA 1D9VA 3IB0A 4YB7A 4BDRA 3EHSA 3RNNA 4HCWA 1SYIA 1QUKA 1IITA 3VLUA 3O28A 4R6YA 5L9MA 4QFPA 2V3UA 1B0LA 4R74A 4ZS9A 1UTBB 4G8NA 5AA3A 5JTYA 5ITOA 4IO2A 1OIBA 5EYFA 1UTHA 1B9JA 2REGA 5AA2D 2VD3A 1M5DA 1II5A 3SEXA 1LGBC 2HAUA 2I3VA 4QSCA 1R9LA 3ONMA 5H8SA 3KGCA 3EHTA 4IO3A 5EHSA 2G93A 4IGTA 1I6AA 1Y3QA 4C1TA 2XHDA 5F7VA 1R6ZA 3S2VA 2QS3A 3CFLA 3H6UA 1FTOA 5CMMA 1US4A 4JXIA 4JB7A 2NXOA 2DOJA 5DVIA 3TTNA 2I4CA 1MG1A 4H1XA 3RUMA 3C35A 3DP8A 3VVDA 1F9BA 1B2HA 2GH9A 4QSEA 1YPNA 3B6QA 1SI0A 1LCTA 2XX8A 4G77A 3OOAA 4OZ9A 4DCXA 5AA2B 3K6WA 4H5GA 3UGWA 3V8XB 4FECA 3MVWA 4NTLA 2HZLA 2DXYA 4Q30B 5TPAA 5TU0A 3S9MC 4OFOA 4EUOA 3F11A 3N94A 4DCYA 1EH3A 4R6KA 2PBWA 3C31A 3MP6A 3TDJA 5DEXA 3CIJA 1O64A 3H7MA 3T9VA 4LZ8A 3PGFA 1MS7A 4LVQA 1URSA 4ZZEA 3PPRA 3N5LA 2QS4A 1B0HA 1P1NA 1YCJA 1I69A 1JVYA 4RPOA 3I5OA 2WKYA 4RXLA 3FV2A 3CI8A 3KBRA 2Y84A 1MH3A 3U8QA 2PVUA 3FXUA 3S4UA 1VFEA 2YJPA 1LFHA 3ECRA 3ZKLA 2ANJA 5L9SA 1Z7NE 2I0CA 3MP1A 5K2YA 3SDFA 3MJNA 4G8HA 2RF1A 1PB9A 2V25A 1N76A 3VFJA 2NUVA 2Q88A 4EDPA 4ELQA 2NWJA 4ISUA 5H8QB 3H06B 3G3HA 2RCAA 1QVSA 3FIRA 3WAFA 5ICQA 3SEVA 3V89B 1S9TA 2DE3A 1MDP1 3OSRA 1ATGA 2DVCA 1DTGA 1USYH 2GHAA 2ALUA 4X1DA 2D21A 3IOWA 4PE5B 1NH7A 4RA1A 5M2VA 3BBRA 1VFDA 2QMWA 2Q89A 3HCQA 2W7YA 2F7BA 3A3UA 3CRBA 5BUUA 2XXTA 3A09A 4GWOA 3T93B 3SEUA 5ITPA 1WODA 4OQOA 2X26A 3TCGA 3QAXA 5H8HA 2XXIA 3K1PA 2E1SA 4FATA 5I57A 2ESNA 5I59A 3MVXA 3VXCA 3OO6A 4MFIA 3MP8A 1JQFA 3H3GA 2YPNA 3BFTA 3UK4A 3W15C 3KN7A 1A55A 4I62A 4KYDA 3K2DA 3HV1A 1M5FA 1SYHA 1EZ9A 3U72A 2QS1A 3EQ1A 4E0WA 5CC2A 5IKBA 3ILUB 3KJ7A 3FJGA 5I56B 4F3GA 3O6IA 3M3FA 1JW5A 5I2NB 4PETA 4R2BA 3C33A 4NF5B 3FXRA 1B7ZA 1POY1 4E0XA 1ZBMA 5AA4A 2E0SA 2I4BA 1LFGA 4NE4A 4XKPA 4OEVA 3LSWA 1XS5A 3RLFE 2BJJX 2UXAA 3C36A 4TOZA 4BDLA 3M8UA 3IJOB 4EQ9A 2UVHA 4MBPA 2V3TA 3THIA 5HM4B 1QUIA 4M4GA 4G8MA 3B6TA 1Y9UA 4TQUQ 4EF1A 4BDMA 4YB5A 3PD9A 4ZE8A 3OO9A 2OZZA 4GF8A 2DVZA 3M3LA 3ZS6A 2H4IA 1B4HA 3RTFB 3O97A 3IX1A 1A99A 1Y1ZA 4G2ZA 2OJTA 4F3BA 2I58A 5CBSA 3OSQA 4NF4A 2R9JA 1US5A 5H8FA 1BIYA 2X7PA 1N0TA 1H43A 3FJMA 3DP4A 3JZJA 1MY1A 4O3BA 3S9LC 3MPKA 2D5WA 4R2FA 4HS7A 1SW1A 2RCBA 1QKBA 4YU0A 3TTKA 4F29A 3GZGA 1B51A 2Q2AA 4EXLA 2I6EA 2PMSA 4GVOA 1POTA 1GGGA 2XXQA 1MQJA 3K02A 3RTWB 3FVOA 4DXBA 1H44A 4U22A 1LFIA 1B7UA 2DSFA 1QW0A 2VHAA 2XXUA 3FD3A 2Q8JA 4Q0CA 2OK2A 1Q1KA 3IAZA 5H8NB 1OLCA 2FA7A 4GLIA 3IB2A 4NF8B 2CMOA 4F39A 1MDQA 4BLAA 3PD8A 4GOTA 3RGYA 4RY1A 3LSLA 5B70A 4QFOA 4LA9A 1Z7ME 3PMWA 3K01A 2HFBA 2I0BA 1Y20A 4C1UA 1B3LA 4Q5TA 3K1MA 3K1NA 1TFDA 3QYTA 5JEIA 3FVGA 3OEKA 3O9PA 1NNKA 1MQDA 3PPNA 1MRPA 4N6PA 4KCDA 4ESXA 2ZNUA 1AIVA 3CFZA 3OMBA 3KOTA 3TYHA 1PB7A 4LQ2A 1SD3A 1MPDA 4F19A 2OWTA 3RQTA 2ONKE 2XXYA 3FGSA 1D3KA 3JYRA 3TAJA 1SW4A 1FQAA 2P2AA 4QFLA 1LBCA 3FUZA 3T9UA 5I2KA 3EHUA 1R9QA 2THIA 4F22A 3OEMA 1VR5A 4IO4A 3OO8A 3IOTA 1NNFA 2OCUA 3PUYE 1JNFA 3TTMA 3IOUA 2H98A 2XXVA 2AIXA 1JW1A 3RT6B 1J1NA 1GVCA 1MY3A 5KCJA 2D3IA 2XX7A 5ELVA 1NFTA 4U1OA 4H0WA 1IXIA 3USDA 1B3HA 4EXKA 5HPQA 2XXXA 4JDFA 3H4ZA 2HQ0A 1FTJA 3FJ7A 3TQLA 2VGQA 2RKMA 3OENA 4ELOA 1FQCA 4WEPA 1Q35A 4JWXA 1H76A 2V3QA 4G68B 1B4ZA 4F1YA 5DT6A 1N7WA 3G3IA 3LBSA 2O1MA 3PU5A 2REJA 2VOZA 3KJTA 4BDQA 3PUVE 5TP9B 1B58A 2QPQA 3W9VA 1B3GA 1QUJA 1SI1A 4YICA 3MZ1A 4OFLA 1PDAA 3PUWE 4YKKA 3MUQA 3K4UA 3C9HA 1HSJA 4MH5A 1B6HA 2X7QA 1SW2A 2RINA 3Q25A 1B5IA 3G3FA 4GXAA 3OXNA 2GHBA 1RYOA 3R7XA 4RNSA 1P1OA 4QSDA 4LZ5A 2Q9TA 5FTIA 1MPBA 4ZEKA 4GRKA 4JSDA 4FE8A 2Z23A 2RC7A 4N13A 3N6UA 4RYAA 1P1WA 3GBAA 4XTCQ 4AQ4A 5I58A 2QL3A 2F6GA 4DIGA 4NMYA 1OVBA 1SQYA 1T0KA 4EF2A 3G3GA 3MPLA 1IIWA 1DOTA 1FTLA 4Z7EA 3HHFA 3V83A 1MY0A 2ONRA 3SKPA 3G3JA 5KDTA 3VVFA 2DE4A 4OEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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