3TAJA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with nabumetone at 1.7a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Crystal structure of C-lobe of bovine lactoferrin complexed with Nabumetone at 1.7A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tajA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tajA02
4PFUA 4WXJA 4OYVA 2H4IA 1ZTYA 5J1DA 4EXKA 3S2VA 3RNNA 1D9YA 2XD3A 1B51A 4RYAA 1A8EA 1QKBA 4GIZA 4U2RA 3CR9A 2REJA 3K1NA 4F29A 3TQLA 1Y20A 2ZYMA 4ISUA 3T9UA 3VVFA 3IOTA 5I2NA 4C1UA 1BP5A 4R6YA 1UQWA 2HXWA 4YU0A 1ZJLA 3UIFA 3FATA 4PETA 3EPEA 3B6WA 2THIA 3H03A 3PD8A 3KFMA 3FUZA 4R74A 3H7MA 3CVGA 5JTYA 3ONMA 3K02A 2I4BA 3CI8A 3E4RA 5H8FB 1MY1A 2GRVA 1NFTA 3KN7A 3KSXA 2FNCA 4LATA 3CSBA 5TPAA 4NF8B 1H3DA 1Q35A 2V25A 2RCAA 1Y4CA 3ILUB 5KDTB 1QUJA 1XC1A 4OETA 1N3WA 1JVXA 4O3AA 3W9VA 1DPEA 4THIA 1EU8A 1Y9UA 4NF6A 2RC7A 3LBSA 1O64A 4RK2A 1FQFA 1DTGA 3OO7A 2Q2CA 1OQHA 4PFTA 1FTJA 1M5FA 1MG1A 2O84X 3TFLA 4EXLA 5I56A 1FTMA 4G4PA 4R73A 3O2AA 1QUKA 4N6PA 4PFYA 5ICQA 1JVYA 1MDQA 5EHSA 3TTKA 4P11A 2OCUA 3MWBA 2Q88A 3IO6A 1AL3A 3TEPA 1TXFA 1LB8A 4MBPA 1QKAA 2YJPA 2Y7KA 4YKKA 4F1UA 5I58A 2HQ0A 4ZDMA 5EYFA 5H8NB 2XXHA 1ELJA 2XX7A 2BJJX 3CG3A 1D9VA 3RT8A 2QMXA 4OEUA 4C0RA 4GQOA 3TTMA 1OVTA 1H45A 2F7BA 1BIYA 3KGCA 4BDRA 3MUQA 4OFLA 4RK9A 3RPWA 1AOVA 1IXGA 4F22A 3RGYA 4R2BA 3CG1A 2OBGA 5A5XA 1MXXA 4AQ4A 3TDJA 4NWCA 1URDA 4BDMA 3U92A 4NF5A 2NOOA 3VVEA 1N3XA 3GLBA 1BTJA 1CB6A 2QMWA 4ZEBA 3N6TA 1DTZA 3T9VA 1S9TA 2X7PA 2O7IA 5CC2A 3JYRA 2XXVA 1B5IA 4GL0A 3QAXA 3H06B 2QRYA 3IB0A 1XT8A 2VD2A 3FD3A 1EZ9A 1B3EA 1NNFA 2XXRA 1PC3A 2DSFA 1MM6A 4HCWA 3ODBA 4DDDA 5M2VA 5JTYB 2ZYKA 3VVDA 3DP4A 4UACA 5FHMA 1MXYA 1LAFE 1RYXA 3HHFA 4OQOA 1T0KA 2GFEA 1JW1A 3C35A 3RLFE 1ZIUA 4YKJA 2PX1A 3TCHA 5DEXA 1BKAA 4FEBA 1NL5A 3ZKKA 4POWA 2F36A 4U1ZA 4WEDA 1B3HA 5H8HA 3TAJA 1DMBA 1HSEA 3O66A 2XXWA 2QS3A 3MP8A 4N13A 4DCXA 4QSCA 3K6XA 1MH4A 4OTEA 4DXBA 4RPOA 2DWIA 5HBCA 3K00A 3PGFA 2HZLA 2F5XA 2I4CA 3B6QA 2ZYOA 2UVGA 2UYEA 3OELA 4LQ5A 2XX9A 2DP8A 2ZNUA 2X7QA 4L17A 4HCYA 1GR2A 2PT2A 1UTHB 3FGSA 3DP6A 2F7CA 4QSEA 1M5CA 1NKXA 3M3FA 2R6GE 4YB6A 4GD5A 2R9JA 4Q8RA 3MQ9A 1AMFA 4RNSA 3TODA 3KOTA 4G68B 4H5GA 1MPCA 1AIVA 4FORA 1XHYA 1RYOA 3O28A 5FTHA 2M8CA 1P1NA 1LAHE 3O9PA 3L6HA 1SYHA 3V83A 3MPKA 1FQDA 2QS1A 4IB2A 1TWYA 3QYTA 4IY6A 4OEVA 1JW5A 3OD7A 1FQCA 2ABHA 3PD9A 5FHOA 4F39A 2XXYA 4QFOA 5K2XA 4P0IA 2F78A 5A5XB 1B0LA 4Z7EA 4IGRA 3U72A 1YAEA 3PPPA 1A40A 4LQ2A 3QXMA 1FQBA 4P0GA 2RCBA 2YLNA 2AYSA 4F19A 3Q28A 1LLSA 5H8QA 1A99A 4QHQA 2XXXA 4GXSB 5DVJA 1USYH 1IZ1A 2I0BA 3A3UA 5LOMA 4IGTA 2WKYA 4H8IA 3RT6B 3TZAA 3FJMA 3LUYA 4M4GA 1AH5A 3VXCA 3IJOB 1H43A 4TLMB 3FV2A 3MVXA 3Q27A 2QS2A 2NWJA 5DYHA 3SKPA 5DT6A 1Y4TA 5B70A 1LFGA 3E9XA 3KJ7A 1XS5A 1SBPA 1B7ZA 2DVZA 2F34A 4H8JA 3TUSA 3HSTA 2XXTA 1WVJA 1IUDA 2Z8FA 1LBCA 4FECA 4U23A 1P1OA 4ZS9A 3TYHA 3TTRA 1QJMA 4R9FA 3K2DA 1B6HA 5ITOA 2Q2AA 3GBAA 1QVSA 4LZ7A 4ZZAA 4WEPA 3T22A 2V84A 3PMXA 4KCDA 3V8XB 4C1TA 3N6UA 5F1QA 1J1NA 4U4SA 3FV1A 4LA9A 3QUFA 1IIWA 4LVQA 4KCCA 4G8NA 1MPDA 2ONKE 3T93B 4GVOA 1DOTA 1ZLQA 5CRYA 3EHTA 4WKMA 1SYIA 3BKIB 2FA7A 5IAIA 1S7YA 2DYXA 3IO4A 3SESA 4DCYA 4DIGA 4H5FA 3VLVA 3Q25A 3IB1A 5I57A 2AL5A 1B1XA 2REGA 4BDOA 4EUOA 2UXAA 4LUBA 5AA3A 3QIMA 3K4UA 4PP0A 4QFNA 4DXCA 1UTBB 1JEVA 1Z7NE 3OMBA 3RQTA 5EHMA 2H99A 4F31B 3JV9A 4MFIA 1Z7ME 5ELVA 1POTA 5I2KB 1Y3QA 3OEKA 3I5OA 4LP2B 4YMBA 5CMBA 2F8DA 3IJXB 2I0CA 5AA1A 1O63A 2AL4A 2A5TA 3E3KA 3MZ9A 2V93A 2DWAA 1N84A 3S9LC 3VFJA 4H1XA 4XKPA 1VFDA 3FVKA 4TLLB 3IR1A 1PB9A 1VR5A 1YCJA 3KOSA 1NNKA 5L8DA 5AA2A 1MS7A 4NTLA 3N94A 4NMYA 3E13X 1KWHA 1Y1MA 3PMVA 3EHSA 1CE2A 2G29A 5I59B 3LSWA 2Y7WA 4OFJA 1MY2A 5B7DA 4JSOA 1A54A 3HO7A 5BWJA 1F9BA 2IEEA 2OK2A 3CIJA 3QUJA 3FXUA 5DVFA 1I6AA 4AB5A 1I69A 4OVJA 1EH3A 4YAHX 4GL8A 4OXVA 1JW4A 4FATA 3OSRA 3A09A 2P1SA 1A7LA 4GXAA 3DM0A 4ND9A 3V89B 3EN3A 4KHZE 2RF1A 3C31A 1OLAA 1P1WA 3G3FA 5L9SA 4F3BA 2AIXA 4XXUA 5HM4B 2Q89A 2PMSA 1MXUA 1NNPA 3V5AA 4MF3A 4XIGQ 3FXRA 2ZNTA 3C36A 4O3BA 5FHNA 3OSQA 2ESNA 4I8CA 1FCKA 2XX8A 3WAFA 1DSNA 4ELOA 4JB7A 4RY1A 3PPOA 3D4GA 3IL1B 4EQ9A 3L6GA 5I2NB 4JWXA 1MY4A 2DE4A 2DE2A 3PUWE 4HW8A 1B3FA 1FTOA 3VLWA 4AB6A 3BFTA 4N07A 1TFDA 4H0WA 1QULA 3T96B 5KZTA 4KQPA 4KYDA 3KZGA 2ONSA 3N26A 3SEUA 1EZOA 4OHNA 2D21A 1B32A 3I3VA 1B0HA 2I6EA 2O1MA 2VD3A 3M8UA 2R71A 4ZZEA 4F1VA 1YTVA 5TPAB 2FYIA 4R6KA 5BUUA 3TTLA 3IAZA 3O6IA 3PPNA 5AA4A 4IY5A 5KCJA 4U22A 1PB8A 4R2FA 4I1DA 1BLFA 3OXNA 3MAMA 3TCGA 2Z22A 4LZ8A 2OWSA 3FVNA 3EQ1A 4JSDA 3THIA 3KN3A 4NF6B 2H98A 1LCTA 2HCAA 2ZMBA 1B58A 2DXRA 3K6WA 5ICTA 1NNTA 4EQ7A 2CMOA 3K1MA 3PUYE 2VP1A 5I56B 4Q5TA 4RXLA 3KSJA 4R75A 4Q30B 3TKDA 4KI0E 1SI0A 1B46A 3GXAA 4U21A 2PBWA 2OWTA 1MH3A 2P2AA 5DVIA 4RPNA 2KLFA 1LAXA 4YZZA 1URSA 3T66A 1URGA 4LONB 3R26A 3TELA 1FQEA 1Q1KA 4TQUQ 4PQJA 2HEUA 1MXVA 1MY0A 1ZU0A 1GVCA 3TTNA 3PUXE 4MLVA 4ESWA 2F6GA 2LAOA 2XXPA 3HN0A 4QRZA 4O3CA 2OLBA 3S9NC 3BBRA 4PE5B 1O7TA 4ZEIA 3CFZA 3OEMA 3AXFA 2O68A 5I58B 3U93A 3HHGA 1TFAA 3K0VA 1MQJA 2E1SA 4XKQA 3H3GA 4NF8A 2VGQA 1SW4A 1VFEA 3VXBA 4OENA 3QK6A 3JZJA 4M1VA 1SI1A 5KDTA 1FTKA 4OWDA 2VHAA 3USDA 3CFXA 3SEWA 3H4ZA 1LFIA 2I49A 1D3KA 3OENA 3W15C 4EDPA 2RC9A 2UYFA 2ZXTA 1UIUA 3VDFA 2H9BA 3MVZA 2D5WA 4KR5A 1QW0A 4NF5B 1IXIA 4F3PA 4JBZA 4U1OA 3R6UA 3TCFA 1ZBMA 3Q26A 1JQFA 2W7YA 1Y3NA 4GRKA 4PFWA 4RJZA 3CRBA 4UA8A 5JEIA 1EZPA 2E0SA 2RKMA 4Q0CA 4GF8A 1B4HA 1WODA 1ZKBA 1SDXA 2NXOA 3B7DA 3K6VA 1HSLA 1MQDA 1MQIA 1IEJA 1US5A 3ECRA 4QF9A 4GOTA 5H8NA 1QUIA 3G3IA 5TU0A 5I84A 2PYYA 3G7WA 5L9MA 3R7XA 2NUVA 4YMAA 3RTWB 3GBBA 3LSFB 2ANJA 4F3GA 4E0XA 3TQWA 1LGBC 1FQAA 2UVHA 3Q29A 1MM7A 1JEUA 3RY3A 5DEXB 2I3WA 4NE4A 1B05A 4I62A 4U4XA 5H8HB 3FJ7A 3PU5A 3OO6A 1MDP1 1II5A 4KYEA 3G3JA 2V3UA 3B6TA 3RUMA 3K01A 4G8HA 1B3GA 3CSGA 1I6BA 3HV1A 3G3KA 2DOJA 1L5TA 3W9WA 1N0TA 1M5BA 4OMBA 4ONYA 1P1QA 3O6GA 3LSLA 3UA8A 2H5YA 1OVBA 1PB7A 3FASA 2DQVA 1N7XA 3M3KA 1A8FA 3K1PA 4X48A 3C34A 4QFPA 4IO5A 3FVGA 1GV8A 2Y7RA 3C33A 4R9GA 1RKMA 2UVIA 2XXUA 3LR1A 2IA4A 3LC8A 3OO9A 1FTLA 2A5SA 3H6VA 4KYSA 4LZ5A 3A3CA 3PPRA 1GGGA 1NMUA 3O97A 2DWJA 1USYE 1ATGA 2PT1A 5AA2D 4FJPA 5CMCA 1NH7A 4JDFA 1SW2A 5TP9A 1US4A 4KFQA 1Y3PA 4F2QA 4G2ZA 1MPBA 5AE4A 2HAUA 4TOZA 2ZNSA 1HSJA 3DP8A 3BFUA 3VLUA 4R72A 3IK6B 3C9HA 4X1DA 1OLCA 4RA1A 2OJTA 2B3BA 3IB2A 2YPNA 3FXQA 3MC2A 4FE8A 1M5EA 2RC8A 1S50A 3SERA 1XVXA 3TMGA 1OQGA 4IO3A 5H8QB 4BLAA 3KN8A 2HFBA 3VV5A 1N76A 2Y7PA 3ILTB 4IO7A 1ZMGA 2OZZA 5CI5A 3SEXA 3SETA 4OZ9A 3MZBA 1B4ZA 3HPIA 4K3FA 1GTKA 1UTHA 4ZECA 1IQ7A 3H6UA 4FAJA 4Z0IA 3D4CA 3H6TA 2DWHA 5CMMA 1FW0A 4IO2A 2O7UA 2Z23A 1VSOA 3IOWA 1N7WA 5ISUA 4R6HA 1LAGE 1OIBA 4G68A 3MJNA 4BDQA 3T9HB 4DE8A 4YICA 5HPQA 1LFHA 3FJGA 1SQYA 2F7AA 4H67A 4E0WA 1R6ZA 1I6QA 2F97A 2F35A 3SEVA 2B3FA 3O6HA 5CBSA 4EQBA 1B9JA 1A55A 4KD5A 5IKBA 2DS9A 1WDNA 2F6PA 4NF4A 4GWOA 4ECFA 3UK4A 3TPAA 4YB7A 4BDLA 2DXYA 4DLDA 1P1UA 3SDFA 3VE1B 2XXIA 2V3QA 3OO8A 3LSXA 5K2YA 1B7HA 1MQGA 4JWYA 4HS7A 4X1BA 3MVYA 3EF7A 1B5HA 1MQHA 3IOUA 3CFLA 3KBRA 5I57B 4GLIA 5ITPA 2Y84A 1B52A 2QPQA 2HZKA 3ZSFA 4F2OA 1VE4A 4ZEDA 1LB9A 3MW0A 4G68C 4ELPA 4EF2A 1PBPA 4DZ1A 3PPQA 2X26A 4XTCQ 2Y7IA 2QJEA 4BDNA 1TT1A 3PUZE 4ELQA 3KG2A 5DTBA 3S9EA 3KJTA 4F3SA 2NVUB 2XXQA 5TP9B 2A5TB 1MXWA 3F11A 3OOAA 3U94A 2HAVA 2XHDA 4ZE8A 2DVCA 5AA2B 1LBBA 3EHUA 1PDAA 4G8MA 4QFKA 4POXA 3U1OA 4QFLA 4GFRA 2QL3A 3KEIA 1SVXB 2D3IA 5L9OA 1D4NA 2ZYNA 3PV0E 1YPNA 1XVYA 3DELB 2PVUA 1MXZA 1R1NA 2G93A 3S4UA 4MH5A 3PMWA 1MRPA 2O69A 2H25A 4YKIA 3T9XB 4FIMA 5CM6A 3FZVA 4F18A 1M5DA 3MZ1A 2Z8DA 5H8FA 1PBQA 2I58A 1B7UA 1UTBA 3K6UA 1NH8A 4ELRA 3MPLA 4QSDA 1B3LA 3UGWA 4ESXA 3QSLA 1B5JA 2O1LA 4EF1A 5CBRA 4YB5A 5I2KA 3DLNA 1N04A 3PUVE 4KPTA 1B1HA 4JXIA 3M3LA 3HCQA 2GHAA 1JNFA 5CMKA 4H6DA 1IITA 2UVJA 4OESA 2QSXA 1SD3A 5H8SA 3MVWA 4ZE9A 1H44A 5F7VA 3IORA 2XD2A 4X9TA 3G3GA 3WAEA 2GH9A 3GZGA 4OFOA 3UP9A 4HTGA 3FVOA 2DE3A 2Z8EA 3ZKLA 3UN6A 3C32A 1IXCA 4JWOA 4XKNA 4F1YA 3MBPA 1MY3A 2P0SA 3MP6A 1R9LA 5I59A 4NF4B 3C4MA 3P7IA 4ZEKA 1LCFA 2CZLA 3U8QA 2ONRA 4OERA 1UIVA 2B65A 5JK4A 1OMPA 4ZEFA 3ZS6A 2O51A 1SW5A 3FIRA 4FEDA 4G77A 4XKRA 2I48A 2RINA 3IX1A 1POY1 1LSTA 2VOZA 1IXHA 4DXUA 1DPPA 3H6WA 3RTFB 2ALUA 2O6AA 1R9QA 3O29A 1B40A 1H76A 1XOCA 4IO4A 2V3TA 3G3HA 4NWDA 3UORA 2Q8JA 3RN8A 4H65A 4MLQA 4IO6A 2QS4A 5AA4B 5KCJB 3IOVA 1PEBA 1SW1A 3MP1A 4YKPA 1JETA 3SEYA 3S9MC 3N5LA 4NEDA 2GHBA 1Y1ZA 2I3VA 4I9DA 5FTIA 2Q9TA 1ANFA 1P99A 1B2HA 3I6VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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