3FGSA

Crystal structure of g65r/k206e double mutant of the n-lobe human transferrin
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDARLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVEHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Functional Consequences of the Substitution of Glycine 65 with Arginine in the N-Lobe of Human Transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serotransferrin
total genus 99
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fgsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fgsA02
3FJGA 3KOTA 2I58A 3GXAA 3PGFA 4G68B 1FTKA 5KDTB 2DOJA 3VVFA 1YTVA 3B6WA 3KFMA 1Y1MA 3TTKA 3OELA 1NNFA 3E3KA 2ZYOA 4ELPA 1OLAA 4RPOA 4YKIA 4GXSB 2O84X 4F19A 1D4NA 3UK4A 3MZBA 4G8NA 3PUVE 1SI1A 2OLBA 3VVEA 4ELOA 4H6DA 3SEWA 1PEBA 1D9YA 4IO4A 1FQCA 1GGGA 2B3BA 2XXWA 4GIZA 3CFLA 5I2KA 2V93A 2QMWA 2RKMA 3PMVA 3DLNA 3M3KA 3N94A 4GQOA 3W9VA 2XD2A 3P7IA 3PMXA 5I2NB 5KCJB 1B5HA 2OWSA 1N3XA 2X7PA 2YJPA 1US4A 3VXBA 3KN8A 2XXQA 4F29A 4U2RA 1B51A 2ABHA 3JZJA 2AL4A 4G4PA 1QKAA 2ZYKA 3D4CA 3UORA 2X26A 2G93A 1O63A 3S4UA 1URGA 3KEIA 2CMOA 3KJ7A 2YPNA 2H98A 3SEYA 3R6UA 3FJ7A 1I6QA 4DCYA 1SW1A 1A54A 4DCXA 3MP1A 4R9FA 4DDDA 3IB1A 4LATA 1FCKA 4N6PA 3RTWB 4I62A 4DZ1A 3R7XA 1SYIA 4R75A 4U1ZA 3GLBA 3I6VA 4F1UA 5A5XB 5CI5A 4QRZA 3KSJA 5I59B 3LSXA 5I2KB 3G3HA 4G8HA 2OZZA 3TTRA 4PFUA 2PX1A 1LCTA 3Q29A 1MM7A 4F1YA 3CIJA 4EQBA 4ZECA 2I4BA 3OSRA 1N84A 2X7QA 2F36A 3KBRA 2QS4A 2H9BA 2RCBA 2O68A 4ZZEA 1DPEA 3O29A 4DLDA 3SEXA 1I69A 3G3KA 3PUZE 1R1NA 2Z22A 4THIA 1SQYA 4RXLA 1JW4A 4OQOA 1Y1ZA 4ECFA 1MQGA 4EXLA 2V3QA 4TOZA 2OWTA 3PV0E 4YICA 2NUVA 1B1HA 2F5XA 5CBRA 3PU5A 4KR5A 3VLVA 2I6EA 3C9HA 1Q35A 1JW5A 2AIXA 3N6TA 1FTJA 3MVZA 3IO4A 1A99A 4TLMB 4HCYA 3ILUB 4OWDA 4BDQA 4POXA 4Q30B 4C1TA 3QYTA 5I56A 4G8MA 4NF6A 4H0WA 1BIYA 4PP0A 3WAFA 4YKJA 3FATA 4KHZE 3ODBA 2Z8FA 3CRBA 1AIVA 1Y4CA 4NF8A 4NE4A 1IEJA 1DPPA 4R6YA 1TXFA 2DP8A 4H1XA 1NNKA 2ZNSA 3QK6A 1B5IA 4FATA 4YAHX 4OEVA 4AB5A 1HSJA 4OEUA 2DQVA 3M3FA 2E1SA 1SW4A 2YLNA 4GXAA 3L6GA 4LONB 5TPAB 2ONKE 2Y7RA 3G3IA 3G3FA 4LVQA 1R9QA 1DMBA 4EF1A 1B3FA 1B5JA 4XKNA 3Q26A 3GZGA 4NF5A 5HBCA 4OTEA 1Y4TA 2DSFA 5AA3A 5H8QA 4JXIA 3BFTA 3IB2A 1VFDA 1ZTYA 4YZZA 1N3WA 1R6ZA 3ECRA 1LFIA 1B0HA 4H8JA 3O6GA 1II5A 4FEBA 1OIBA 3TPAA 4RPNA 4IO5A 3FGSA 2D21A 4OETA 4X9TA 3M3LA 2XXYA 3MVXA 3QAXA 4YB6A 2XXTA 1CE2A 4JB7A 1SW2A 5DTBA 3EHTA 4LUBA 2BJJX 3T9UA 2REJA 3U1OA 1B7UA 3VXCA 2DXYA 3H6WA 4ZZAA 3U92A 1FTLA 4Q5TA 1ZBMA 2O7IA 5IAIA 4R72A 3RUMA 1QKBA 4QF9A 1LAGE 2XD3A 4BLAA 2F34A 3C32A 3T9HB 4NF5B 3HSTA 1N04A 2RC7A 5H8QB 1JVYA 2DE4A 2VHAA 4QFKA 2I3WA 1N76A 3RT6B 2A5SA 2GHAA 1O64A 1MXYA 4U4SA 1GR2A 5I84A 3Q28A 4ISUA 4Q0CA 2O6AA 3K00A 3FV2A 3H6TA 4EF2A 5ISUA 1P1WA 4NTLA 5JK4A 2RINA 4F2QA 1XVYA 2FYIA 1S50A 3ZKKA 2I3VA 4ZEIA 4G68A 1JEVA 3OD7A 4F18A 3UP9A 2W7YA 3RT8A 3TCGA 3F11A 4PFWA 3SKPA 3IO6A 2VGQA 1T0KA 4DXCA 4OENA 4H5FA 1LB9A 3HHFA 3VLWA 3CSBA 2B3FA 3QXMA 3OEMA 2H4IA 3WAEA 3L6HA 3LSLA 3MVYA 4ELRA 3TFLA 1P99A 3V8XB 3CR9A 1JETA 3KN7A 2HCAA 2VD2A 4KYEA 4OERA 3VFJA 1UQWA 3MZ1A 2I49A 1QJMA 3BKIB 5DEXB 1MY3A 3S9MC 1IIWA 3RQTA 5KCJA 4GVOA 4U4XA 1B05A 1Y3QA 1FQFA 3CG1A 1NNTA 4O3CA 1A7LA 1DSNA 4ZE9A 2LAOA 3QUJA 3K1MA 3HV1A 2Q9TA 3SEVA 2P1SA 3KSXA 1PC3A 2V25A 5L9MA 5ICTA 3FV1A 2F7AA 3CVGA 1A55A 4IO7A 2UYEA 3KN3A 2NOOA 1B1XA 2Q88A 4EDPA 4BDLA 2OBGA 3ONMA 1MH4A 1MPBA 4XKQA 3IOVA 2DYXA 5TP9A 2H5YA 3W9WA 4PQJA 4N07A 5A5XA 4OFJA 5I59A 3LC8A 3EHSA 3RY3A 1MXWA 3FVOA 1MDQA 3TQLA 1B3GA 3HO7A 1ZIUA 4R74A 4GF8A 4DIGA 3CI8A 2XXRA 1S7YA 5F1QA 1NNPA 1H3DA 4IO3A 3IAZA 1YCJA 4LQ2A 1XT8A 4JSDA 3S9LC 1IXHA 3OO6A 2ONRA 1MS7A 2DWHA 3QIMA 3FXQA 4IY6A 3HHGA 3TEPA 2FNCA 4N13A 5EYFA 4NWCA 4EUOA 3E4RA 4HW8A 2CZLA 4KYSA 3LR1A 4E0WA 1NL5A 5BUUA 2P2AA 3TQWA 4FJPA 4E0XA 3O9PA 4NMYA 5AA1A 3FXUA 4XXUA 3EQ1A 3UA8A 3LSWA 3GBBA 4M4GA 1ZMGA 2DE2A 3EN3A 4HTGA 3QSLA 5CC2A 4GWOA 4JDFA 2O51A 5TP9B 2I0CA 4QSEA 3MVWA 2OK2A 3I5OA 1SI0A 1IQ7A 3O66A 1I6AA 2H99A 2ESNA 1B9JA 1B4HA 2HZKA 2REGA 4RK2A 4X48A 4KI0E 3A3CA 2PT2A 4KFQA 2ZYNA 4JBZA 3VV5A 4NF4A 5L8DA 2NWJA 3FASA 4H8IA 5H8SA 1FQAA 3IB0A 4M1VA 1EZ9A 4FECA 3SDFA 1MXZA 1KWHA 1SVXB 4FORA 1AMFA 2F7BA 4X1DA 1J1NA 2Z8DA 4NWDA 2UVHA 1LAXA 3RTFB 4QFPA 2WKYA 1B32A 4LA9A 2IEEA 3USDA 2QRYA 3IX1A 2XXVA 3TTLA 4RNSA 1MQHA 5TPAA 1USYE 3FXRA 3OSQA 1IXGA 4GOTA 1POTA 3V5AA 4Q8RA 1A8EA 1JQFA 4AQ4A 5K2XA 4U21A 2DVCA 4PETA 1WDNA 4RA1A 1D3KA 3GBAA 2ANJA 3R26A 1MY1A 1MXUA 2F78A 3O6IA 1JVXA 4NF4B 2Y7IA 1MPCA 5ITPA 4U22A 1F9BA 2O1LA 4R6KA 1O7TA 3K1PA 4OESA 2I0BA 4U23A 2ALUA 1JW1A 4IO2A 5H8NA 4NEDA 1LAFE 4ZE8A 4YB5A 1R9LA 5L9OA 1JNFA 3H7MA 1QUJA 3OO9A 2PVUA 1NH8A 4O3AA 4FEDA 5CRYA 4QFLA 4GFRA 3UIFA 1IXCA 4UA8A 1PB9A 3T9VA 3K4UA 3PPPA 4IO6A 3LUYA 3N6UA 2I48A 2QSXA 1PB8A 2R6GE 1MG1A 3C34A 4L17A 2QJEA 3K0VA 4I1DA 2VP1A 2RC9A 3TYHA 4XIGQ 4DXBA 1M5EA 2F8DA 3BFUA 3TAJA 1SD3A 3UGWA 4IGTA 2KLFA 3K1NA 1B40A 1UIVA 2GHBA 3KGCA 3SEUA 5EHMA 2QS1A 2Y7WA 3MUQA 1ELJA 4GL0A 1B7HA 3IR1A 4JWXA 1LLSA 4XTCQ 1LB8A 4LZ7A 3O6HA 3BBRA 1B3HA 1N0TA 3MBPA 3HCQA 4F31B 3PPNA 2Q89A 4QFOA 1VR5A 5FHNA 2XXHA 2ZMBA 3TKDA 4ESWA 3TUSA 3RNNA 1A40A 5H8NB 4KCCA 1MRPA 4ND9A 4QSCA 2F7CA 5AA2B 3K6VA 2Y7KA 1B6HA 4LZ8A 2ZNUA 4EXKA 5B70A 5FHOA 5H8FB 2B65A 3LSFB 1MQJA 3C35A 1UTBB 4QHQA 3TCFA 1PBPA 1OVTA 2UYFA 2OCUA 3G3JA 3MW0A 2A5TA 3H6UA 3MJNA 1ZKBA 2Q2CA 5CMBA 3B7DA 1M5CA 3MAMA 2E0SA 5DEXA 5IKBA 3Q27A 1MXXA 1FQBA 1HSLA 2F35A 5AA4A 2QPQA 2PYYA 1BLFA 2G29A 5DVFA 1B2HA 5I57A 2V3TA 3TDJA 4ELQA 3PPRA 4ZEKA 3MZ9A 2RC8A 1TFAA 1AL3A 2ZXTA 4F2OA 4WKMA 4ZEBA 3PUWE 3S2VA 1B7ZA 3PMWA 4F1VA 4KD5A 5J1DA 4YB7A 1USYH 1JEUA 2DE3A 3MP6A 2A5TB 5LOMA 1QUIA 3PPQA 1OQHA 2THIA 2HAVA 3LBSA 5B7DA 4YKPA 1IZ1A 4F39A 1PDAA 5EHSA 5CMMA 4OFLA 1UIUA 2XX9A 3UN6A 3B6TA 3HPIA 4UACA 5AA4B 4LP2B 1PB7A 1L5TA 1EU8A 3THIA 4H67A 1XVXA 4ONYA 3H3GA 5I57B 4GD5A 3T93B 3MWBA 5ELVA 1POY1 4XKPA 2VD3A 5H8HA 3TCHA 2NXOA 1WODA 2FA7A 3IK6B 4BDMA 1OLCA 1B3LA 3I3VA 3VE1B 3FIRA 2Z23A 4ZDMA 2HAUA 1H44A 3FVKA 3N5LA 1MY0A 1MY4A 4YMAA 2Q8JA 4FE8A 1OMPA 4OFOA 2XXUA 3U93A 3PD8A 2F97A 4AB6A 5FTHA 1P1UA 3K01A 3VVDA 2Q2AA 2Z8EA 3CFXA 5ITOA 3W15C 1US5A 2GFEA 4F22A 1URSA 2F6PA 2XXXA 1H76A 3SESA 3K6XA 3T22A 3RLFE 4F3PA 4ESXA 3HN0A 2HQ0A 5FHMA 4XKRA 5JTYA 2H25A 5CBSA 3RGYA 5H8HB 3MP8A 3DELB 3DP8A 4JSOA 4Z7EA 3IJXB 4LZ5A 3FUZA 4H65A 4RY1A 1GV8A 5CMCA 1PBQA 3CG3A 4WXJA 3Q25A 1N7WA 1Z7NE 4I9DA 1UTHA 3T96B 3ILTB 3O97A 4HS7A 3QUFA 4BDOA 1IITA 2ZYMA 3U72A 1VE4A 5ICQA 2RCAA 2XX8A 4MH5A 5CM6A 3PD9A 3IOTA 4OMBA 3K2DA 3KG2A 1ZLQA 1EZOA 4G2ZA 5KZTA 5DVIA 1FQDA 1MXVA 2V84A 1Z7ME 3ZKLA 1Y20A 3C31A 2DXRA 1MQIA 2GH9A 4PFYA 2DWIA 1B58A 4P11A 5JTYB 1M5FA 1P1NA 2HXWA 4ZS9A 5I58A 1SDXA 1LFHA 1GVCA 2QL3A 4YU0A 4F3GA 3B6QA 1MQDA 3EF7A 2OJTA 4YMBA 3TODA 1URDA 4R2BA 3PUYE 5DT6A 1BP5A 4WEPA 4QSDA 1UTHB 4C1UA 3PUXE 2O7UA 3V83A 1B3EA 2I4CA 4RJZA 1Y3NA 3C4MA 1ANFA 3C36A 3IOWA 2Y84A 3OOAA 3ZS6A 3H6VA 3SERA 3FVGA 2P0SA 1XS5A 4MFIA 4POWA 4PFTA 3G7WA 5AA2D 4IB2A 4U1OA 1RYOA 3IL1B 3MPLA 4R2FA 4F3SA 2XXPA 5DVJA 1LBCA 4OXVA 2HZLA 2UVGA 3TTNA 4G77A 5DYHA 2DVZA 4I8CA 5HM4B 1IUDA 5L9SA 5JEIA 3A3UA 1SBPA 3PPOA 2F6GA 1DOTA 1ATGA 1BTJA 1MM6A 3K6UA 4OZ9A 4QFNA 5AA2A 1LGBC 3IJOB 1FQEA 3RN8A 1I6BA 4GLIA 5I58B 5H8FA 4C0RA 5K2YA 4ZEDA 1VFEA 1MDP1 1QVSA 4LQ5A 1EZPA 1M5DA 1S9TA 3FJMA 1UTBA 1D9VA 3DM0A 1AOVA 1P1QA 4Z0IA 3TTMA 3RPWA 2O1MA 4YKKA 3OMBA 2V3UA 3E13X 3S9EA 2IA4A 1EH3A 1B4ZA 1H43A 5FTIA 5AE4A 4HCWA 1IXIA 3O28A 3IORA 1WVJA 3MQ9A 4TLLB 3DP6A 2PT1A 3K02A 4O3BA 3MPKA 5CMKA 2QMXA 4DXUA 4GL8A 2R9JA 1RKMA 2ONSA 3MC2A 1P1OA 3EPEA 3K6WA 5I56B 3EHUA 2VOZA 4FAJA 4NF6B 3OO8A 3O2AA 4MBPA 3OO7A 4F3BA 1SYHA 3OXNA 2D5WA 4IGRA 1CB6A 3U94A 1OVBA 3U8QA 3OEKA 4K3FA 1VSOA 4KPTA 3H4ZA 1QW0A 4NF8B 3OENA 4G68C 4ZEFA 1FTMA 1QULA 2DWJA 2PBWA 3D4GA 1SW5A 1LBBA 1NKXA 2UXAA 2XHDA 2UVJA 1TWYA 4PE5B 4MF3A 2R71A 4RK9A 2AYSA 4OHNA 5TU0A 3DP4A 3JYRA 1H45A 4R6HA 4KCDA 1MH3A 3A09A 4IY5A 3T9XB 1NH7A 3V89B 3TELA 1TT1A 3KJTA 3KZGA 3FZVA 1GTKA 3FVNA 2O69A 2XXIA 5BWJA 4KYDA 2DWAA 2AL5A 4BDNA 4MLVA 2HFBA 2QS2A 4OYVA 4KQPA 4WEDA 4FIMA 3N26A 1XHYA 1N7XA 3KOSA 5HPQA 3CSGA 2QS3A 3FD3A 1OQGA 2PMSA 4RYAA 2Y7PA 5M2VA 5F7VA 3VLUA 1B46A 1BKAA 1FTOA 5KDTA 1RYXA 1YPNA 1TFDA 1B52A 3TMGA 1MPDA 3SETA 3VDFA 1DTZA 3C33A 4R9GA 2RF1A 1DTGA 1XOCA 1ZU0A 2HEUA 1QUKA 1ZJLA 4P0GA 2XX7A 1LFGA 3G3GA 1LCFA 1AH5A 4DE8A 3JV9A 3TZAA 4X1BA 4JWOA 4OVJA 4JWYA 2GRVA 3H03A 2NVUB 1A8FA 1B0LA 2DS9A 1HSEA 3T66A 4P0IA 4GRKA 1FW0A 2M8CA 1Q1KA 2UVIA 4TQUQ 1Y9UA 3S9NC 4MLQA 1Y3PA 1YAEA 1LSTA 3M8UA 1NFTA 2ZNTA 4EQ7A 5I2NA 4R73A 1MY2A 1XC1A 1M5BA 1NMUA 3ZSFA 3H06B 3CFZA 4BDRA 4H5GA 1LAHE 2D3IA 4EQ9A 3E9XA 3AXFA 3IOUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FJGA 3KOTA 2I58A 3GXAA 3PGFA 4G68B 1IMDA 1FTKA 4P1LA 5KDTB 2DOJA 3VVFA 1YTVA 3B6WA 3KFMA 1Y1MA 3TTKA 3OELA 1NNFA 3E3KA 2ZYOA 4ELPA 1OLAA 4RPOA 4YKIA 4GXSB 2O84X 4F19A 1D4NA 3UK4A 3MZBA 4G8NA 3PUVE 1SI1A 2OLBA 3VVEA 3CHGA 4ELOA 4H6DA 3SEWA 5ESYA 1PEBA 1D9YA 4IO4A 1FQCA 1GGGA 2B3BA 2XXWA 4GIZA 3CFLA 5I2KA 2V93A 2QMWA 1NUYA 2RKMA 3PMVA 3DLNA 3M3KA 3N94A 4GQOA 4N17A 3W9VA 4MEVA 1NV3A 2XD2A 3P7IA 3PMXA 4JVCA 4N6DA 5I2NB 5KCJB 1B5HA 2OWSA 3EKIA 1N3XA 2X7PA 2YJPA 1US4A 3VXBA 3KN8A 2XXQA 4F29A 4U2RA 1B51A 2ABHA 3JZJA 2AL4A 4G4PA 1QKAA 2ZYKA 3D4CA 3UORA 3B8BA 1FPDA 2X26A 2G93A 1O63A 3S4UA 5I7IA 1URGA 3KEIA 2CMOA 3KJ7A 2YPNA 2H98A 3SEYA 3R6UA 3FJ7A 1I6QA 4DCYA 1SW1A 3NOHA 2HPGA 1A54A 4DCXA 3MP1A 4R9FA 4DDDA 3IB1A 4LATA 1FCKA 4MNIA 4N6PA 3RTWB 4I62A 4DZ1A 3R7XA 1SYIA 4R75A 4U1ZA 3IFCA 3GLBA 3I6VA 4F1UA 5A5XB 5CI5A 4QRZA 3KSJA 5I59B 3LSXA 4PDHA 5I2KB 3G3HA 4G8HA 2OZZA 3TTRA 4PFUA 2PX1A 1LCTA 3Q29A 1MM7A 4F1YA 3CIJA 4EQBA 4ZECA 1FPEA 2I4BA 3OSRA 1N84A 2X7QA 2F36A 3KBRA 2QS4A 2H9BA 2RCBA 2O68A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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