4I1DA

The crystal structure of an abc transporter substrate-binding protein from bradyrhizobium japonicum usda 110
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
NAQITFVSQGGAYQAAQTVAILDPSAKKLGITINQDSIPDAWPAIKTQVGSGKPIWDVVDTPTGYCLRGGEQGLIEKLDFSKIPNAAAMPEAYRSPYSVSYEFYSSVLAYSQKTFPKDAPNSWVDFWDVKKFPGRRALRNHPIATLEAALMADGVAPDKLYPLDVDRAFKKLEEIKPHITVWWTSGAQSAQLLNDGEVDMEMAWNGRVSAVAKEGAKVSFTYNQGILQSTSLCILKGAPNLETAVKFLNEAVDPVHQANLPLHIDYGPGNPKAFETNVIKPERAAQLPSEPANAAKQALMSYAWWSSPAGEAAEKRWASFMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids.
pubmed doi rcsb
source organism Bradyrhizobium japonicum
total genus 114
structure length 322
sequence length 322
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i1dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i1dA01
1N76A 2DWAA 3RUMA 3G3GA 4WKMA 4WXJA 1JQFA 2ZNSA 1H44A 3SEWA 3UA8A 2ANJA 4DXBA 2Z8DA 2THIA 1Y3NA 1FW0A 3PU5A 3H6WA 3FVOA 4IO5A 4ZEKA 4ELQA 4BDMA 2Q9TA 4NWDA 3S9LC 2QS1A 1N3WA 2O7IA 1MY1A 1MM6A 3PPNA 2HAUA 1B46A 2UVIA 1N84A 5A5XB 5K2YA 1ZMGA 2GH9A 3IB1A 1LBCA 1FQBA 1JW4A 1B7UA 1YTVA 3RTFB 3S2VA 4ND9A 1FQCA 3ZS6A 2ONKE 5H8HA 1GGGA 5JEIA 1MM7A 1Z7ME 2HZKA 3N5LA 3FV1A 5I58A 3O28A 4Q5TA 4PQJA 4G8NA 1SI1A 4OYVA 1Q35A 4C1UA 2F97A 4YMBA 2PMSA 5IAIA 1PB8A 4DCYA 2OCUA 1FQEA 2E0SA 1Y1MA 3IB0A 4R75A 4NF4B 2XXYA 3Q26A 3DM0A 3EHTA 1AOVA 1RKMA 1H76A 3PUYE 1NMUA 3K1MA 2ZMBA 1PEBA 4AB5A 4MFIA 3C32A 3OSRA 2QJEA 2I6EA 5TPAB 1MXYA 4LQ5A 3MAMA 1ZJLA 3Q25A 2PX1A 4YKPA 1MY2A 1UTHB 2A5TB 4F39A 2NXOA 4GD5A 3PPQA 4POXA 4OVJA 2OBGA 4Z7EA 3PMWA 4OFLA 5FHNA 4XIGQ 4HW8A 5F1QA 4BDOA 1LLSA 4LUBA 3QUFA 5AA2B 1A54A 1MXXA 4YB7A 1OIBA 4F29A 1NNPA 4OHNA 1VSOA 2VD2A 3G3IA 2HQ0A 4XXUA 4F19A 4ELPA 1GR2A 1LAHE 2F7AA 2ZYMA 3VDFA 3FJMA 1US5A 3S9EA 3UK4A 1PB7A 1RYOA 1QKAA 2FA7A 3T66A 5CBRA 1B7ZA 3B6TA 1PBQA 1B9JA 2H25A 4U23A 5H8QA 3T93B 1MPBA 1MDP1 4JWOA 2F6PA 4KPTA 3OOAA 2DWHA 1JW5A 3TTLA 5H8NB 3IK6B 1A8EA 4KR5A 1ZLQA 3CG3A 3IO6A 3TELA 2NOOA 1FTLA 4NWCA 2DXRA 4NMYA 3GBBA 2CZLA 4LZ8A 1JETA 2R9JA 4C1TA 3IX1A 4N13A 3U92A 5L8DA 3EPEA 2QPQA 2V3TA 3RPWA 4OEUA 2DQVA 3PD8A 3N6UA 1IXIA 4H65A 4OEVA 3O6HA 3FJGA 1O63A 3MZ1A 3I5OA 2RCAA 2O1MA 1SVXB 2I0CA 1UTBA 4FORA 2A5SA 1TT1A 2P1SA 3UIFA 4ZZAA 3T9HB 3QUJA 2V93A 1HSEA 4R73A 3I6VA 2XXTA 3PGFA 4KYSA 3O29A 3TTKA 1OQHA 1J1NA 1A8FA 3FATA 1B0HA 1FTMA 4F3GA 1B58A 1MY3A 4PFUA 2D21A 1QUKA 4KD5A 3OEKA 3PUXE 2DOJA 3IOVA 5DEXA 1M5FA 4ZEBA 1TFAA 4MH5A 5DVIA 4ZEIA 4EQBA 1M5BA 3CFXA 4MLVA 3M3KA 5AA4A 4ELRA 5KCJB 3KSXA 4IO3A 3OXNA 3G7WA 2UYEA 2XXWA 2F36A 4DXCA 4HS7A 2PT2A 4N07A 4EUOA 1MQJA 4XKNA 4RK2A 2QMWA 2QS4A 3HPIA 4LVQA 3KN7A 4GQOA 1A99A 2F6GA 3FVNA 3B6QA 5F7VA 1XVYA 4ONYA 4QSEA 3KEIA 2AYSA 1MDQA 3MZ9A 2ESNA 3VLUA 3FGSA 5AA2D 1USYE 3MC2A 2B3FA 2O68A 1GV8A 1NFTA 4R9FA 2CMOA 3G3KA 3RY3A 1TFDA 5KDTB 4QFLA 2BJJX 1P1QA 1NNTA 1JNFA 2H9BA 3H7MA 3IR1A 3MPLA 5ICQA 4F2QA 2YJPA 2DWJA 2I0BA 2XXXA 3C9HA 3IL1B 3IORA 5DT6A 3GZGA 1SDXA 3MVXA 3RN8A 3K6XA 3KN3A 1I6QA 1MY4A 4NF8B 2XXQA 2VP1A 3H6TA 4QFOA 3DLNA 3CI8A 1UIUA 4F1UA 1FCKA 4XKQA 4F22A 1Y4CA 3T9XB 4FATA 1PDAA 4OQOA 2DSFA 3VVFA 4H5GA 1UIVA 3IB2A 4PETA 4G4PA 4H67A 2F5XA 3HCQA 1MQIA 2UVJA 3DELB 2PVUA 4YB6A 1FTJA 2XD3A 1M5CA 3SEYA 2LAOA 4H1XA 2XX7A 5CI5A 1GTKA 2G29A 2FYIA 4YB5A 2RF1A 3SERA 5I56A 2ONRA 4DDDA 2F34A 1OLCA 4KI0E 2RC8A 1S7YA 2DXYA 2GRVA 4P0IA 4U1ZA 3PPRA 3DP6A 3MWBA 5HPQA 4G68C 3LC8A 5I57B 1MPCA 3K02A 4THIA 1B51A 1ZBMA 5ELVA 4H8JA 2B3BA 1SW5A 3TZAA 1I69A 3FJ7A 3G3JA 3UGWA 3K00A 4MLQA 3EN3A 3FV2A 4ZE9A 1MG1A 1NKXA 1NL5A 4UA8A 3G3FA 3PUVE 2XXPA 3DP4A 1YCJA 4JWYA 4NF5A 3S4UA 1URSA 3E9XA 3I3VA 4LZ7A 4OERA 5AA3A 1MS7A 1B1XA 1IITA 1ZKBA 2H5YA 2I48A 3IOTA 3T96B 4RJZA 3DP8A 5DVJA 1B52A 1D9YA 4GVOA 3QAXA 5ICTA 3W9VA 3OEMA 3C35A 4ZZEA 1SW2A 3K01A 3ILUB 2OWTA 5I2NA 3FUZA 1MQHA 4YICA 3ECRA 4NF6B 4R6HA 3TODA 2Q88A 4FEBA 2HXWA 4G8HA 1M5EA 3GXAA 4EXLA 4QFKA 4Q30B 3CG1A 1LSTA 1POY1 1OMPA 5EYFA 3Q28A 2QS3A 1DTGA 2B65A 1FQDA 2Z8FA 1ANFA 1AIVA 3IAZA 1VFEA 4G68A 1B7HA 3Q29A 1HSLA 3TQLA 2IA4A 4U1OA 1SD3A 1ATGA 3TEPA 4YMAA 1BIYA 4I8CA 2ONSA 4WEDA 1P1UA 4PE5B 4G8MA 4F1YA 4PP0A 1WDNA 1Y1ZA 3KG2A 3UP9A 3MP6A 3SETA 4G2ZA 1XS5A 1BP5A 4YKIA 2ZNTA 4E0XA 3UORA 1ZU0A 1TWYA 4PFWA 4QFPA 2Y7IA 1MXUA 3UN6A 3VVEA 3CVGA 4U2RA 5JTYA 4X1BA 3FASA 3T9UA 1TXFA 4F31B 3CSGA 2VD3A 4FAJA 3K1NA 4P0GA 1XT8A 1PC3A 3IO4A 4KYDA 2ZXTA 3B7DA 1BKAA 4LA9A 3MJNA 2W7YA 1F9BA 4NEDA 4FECA 4F3BA 4ZEDA 2OK2A 1R9LA 2KLFA 3PUWE 2Q8JA 1N0TA 3KJ7A 4OMBA 5H8FB 4IB2A 1YPNA 4Q0CA 4BDNA 1R6ZA 3MZBA 1AL3A 1POTA 1XHYA 5L9SA 2Q2AA 3S9NC 3BBRA 2YPNA 2Y7RA 1B5IA 4UACA 1O64A 5CC2A 4LATA 4EF1A 5CMBA 3U72A 1EZOA 4GXSB 2V3QA 3BKIB 3E13X 3FZVA 4QFNA 4TLMB 3E3KA 1SW4A 2RC7A 3D4GA 4XTCQ 1KWHA 4GL8A 3N6TA 3SEVA 1QJMA 3TYHA 2HFBA 4I62A 1EU8A 5A5XA 2QS2A 4ECFA 1LFHA 2I49A 3K2DA 4R9GA 2I3VA 1VR5A 3T22A 2XXUA 3C34A 1Y9UA 3IOWA 3F11A 5J1DA 1D4NA 3QSLA 3PV0E 1M5DA 3TAJA 4YZZA 3CSBA 4U22A 2I4CA 3TTMA 2O7UA 5IKBA 1GVCA 3R6UA 1DOTA 3HHGA 2FNCA 3V83A 4GF8A 3OENA 1H45A 1AH5A 4F18A 1H3DA 5I59B 5I2KB 3CFZA 4RXLA 3ZKLA 5FTHA 2DE2A 4K3FA 1LB8A 1JVXA 3K6UA 3LR1A 4NF4A 3LUYA 3K6WA 4FJPA 4DCXA 2O69A 2GHAA 4R2BA 3HN0A 1PB9A 3TDJA 3BFUA 3V5AA 5TP9B 5TPAA 4R6YA 3WAFA 2DVZA 3CRBA 3LBSA 3IOUA 4OENA 2ABHA 5AA1A 4JDFA 2NWJA 1UTHA 4KFQA 2A5TA 4MF3A 1MY0A 4HTGA 3MP1A 3OSQA 1T0KA 1I6AA 3VLWA 2UVHA 5EHSA 5DVFA 3HSTA 3RGYA 2HZLA 1A40A 1B3HA 3FXRA 4EQ9A 4BDQA 3SESA 1MXWA 5AA2A 5HM4B 4X48A 2V3UA 3P7IA 4POWA 1Y3PA 5AE4A 4OESA 5EHMA 4AQ4A 1LAXA 4QSDA 2F78A 1B3FA 1QW0A 4DE8A 1B5JA 2YLNA 3LSXA 1JVYA 1BTJA 4LQ2A 2UVGA 5H8HB 1JEVA 4C0RA 3OO8A 2PBWA 5I58B 2F35A 4F1VA 3QK6A 3M8UA 1XOCA 2F8DA 4O3AA 3RTWB 3QIMA 4ESWA 3EQ1A 5TU0A 1N7XA 5H8NA 4RYAA 3JZJA 4RY1A 4BLAA 4XKPA 5B7DA 4JSOA 2OZZA 3K4UA 4OWDA 4RPOA 3C31A 4KCCA 1IZ1A 2H99A 4ZE8A 3A09A 3U93A 3U94A 4R2FA 3SDFA 2ZNUA 4EQ7A 4DXUA 2P2AA 1H43A 4F3SA 2O1LA 3FXUA 4PFTA 3HV1A 4DZ1A 1FQFA 1MH4A 3A3UA 3TQWA 1QVSA 2P0SA 1ELJA 4IY5A 4FEDA 2UYFA 3L6HA 2DYXA 4RA1A 2XHDA 4HCWA 4O3CA 4OETA 5CMMA 3M3LA 4DLDA 1MQGA 1MPDA 4M4GA 1QUJA 2VGQA 1USYH 4TQUQ 2R71A 3VE1B 1ZIUA 3JYRA 1OLAA 1Y20A 3EF7A 1B05A 1P99A 3PD9A 1ZTYA 2D3IA 4LONB 3MPKA 4DIGA 3T9VA 4IGRA 4ZDMA 4GL0A 2PT1A 5H8QB 4RNSA 3MVYA 5CMKA 1B2HA 1P1NA 4IO2A 1WODA 2DP8A 3C4MA 3MQ9A 1I6BA 2DWIA 4ESXA 1JEUA 4OFJA 4LZ5A 3OO6A 5KCJA 3KGCA 1VFDA 4QHQA 1R1NA 3M3FA 2XXVA 4QF9A 4EF2A 2ALUA 4WEPA 2ZYKA 4O3BA 1IUDA 1LAGE 5M2VA 4GRKA 3C33A 3KZGA 3VFJA 2GFEA 4YKJA 1QULA 3N26A 3ZSFA 2Z22A 4L17A 1URDA 3A3CA 1DSNA 2DS9A 3KSJA 2VHAA 3PUZE 4EXKA 1D3KA 2I3WA 1NNFA 1O7TA 1UTBB 4R72A 2XX9A 4OXVA 2G93A 2H4IA 1S50A 3PPPA 4MBPA 5KDTA 4F2OA 3FVKA 3LSFB 2QL3A 4G77A 1FQAA 2PYYA 1Z7NE 1US4A 4N6PA 2RC9A 3FIRA 1DPEA 5L9MA 1NH7A 2F7BA 2ZYOA 4NF8A 1B32A 4IO7A 3E4RA 1SYIA 5I84A 4R6KA 3W15C 3SKPA 2QMXA 2XD2A 3THIA 1CE2A 1WVJA 2X26A 3MBPA 3RT6B 2Y7WA 3K1PA 3O6GA 5ITPA 3S9MC 5DEXB 2Z23A 3EHSA 3TKDA 3HHFA 3CIJA 2DVCA 4U4XA 5BWJA 4QRZA 4ZECA 4TOZA 1B6HA 5AA4B 2REJA 3U8QA 3KFMA 1D9VA 4I9DA 2Y7KA 1MQDA 4GIZA 2I4BA 2QSXA 4AB6A 3FD3A 2Q2CA 4M1VA 3TFLA 3G3HA 4RK9A 1B5HA 3QXMA 4BDLA 1IXHA 1DTZA 3FVGA 3Q27A 5I57A 4H0WA 1A7LA 2AIXA 3WAEA 3SEUA 4H6DA 4XKRA 1PBPA 3RLFE 2I58A 1EH3A 4OZ9A 2NVUB 1P1WA 3ONMA 4TLLB 5ISUA 1B40A 5FHOA 4BDRA 4IY6A 3VXBA 3U1OA 4FIMA 3H4ZA 3O97A 5DTBA 4U4SA 4HCYA 4KCDA 3KOSA 1RYXA 3AXFA 3ODBA 3ILTB 1MXZA 1VE4A 4RPNA 1JW1A 3RQTA 1OVTA 1LCFA 1DMBA 3KN8A 3V8XB 3VXCA 3H3GA 2DE4A 4FE8A 2ZYNA 1B4ZA 1LB9A 1YAEA 3D4CA 1Y4TA 3MVZA 4IGTA 3W9WA 1B4HA 3GLBA 1HSJA 4OTEA 4YKKA 1B1HA 3O66A 1Q1KA 3BFTA 4NF6A 1MXVA 3TUSA 1IIWA 2GHBA 5FTIA 3MUQA 3KJTA 5CRYA 1SBPA 1A55A 3OO9A 5DYHA 2Z8EA 4EDPA 3PMXA 1II5A 3OELA 4U21A 3R26A 1IEJA 4IO6A 2M8CA 1SI0A 5ITOA 1IXGA 1B0LA 4LP2B 1CB6A 4OFOA 3VV5A 5I56B 5LOMA 2D5WA 4YAHX 1LAFE 3TTRA 3OD7A 4ZEFA 2QRYA 4QSCA 2O84X 1B3EA 1N7WA 4X9TA 2R6GE 4GFRA 2OLBA 4NTLA 1S9TA 2F7CA 2H98A 2O6AA 2RINA 3O6IA 1SQYA 3RT8A 1B3GA 4JBZA 4YU0A 1QKBA 4E0WA 2HAVA 3GBAA 1P1OA 3TCHA 4GWOA 4ISUA 3O9PA 4F3PA 2XXIA 4R74A 4JXIA 3IJXB 3FXQA 4NF5B 4JSDA 2RKMA 3LSLA 3IJOB 1EZPA 4H8IA 4KHZE 1LFIA 3JV9A 3B6WA 1IXCA 3TCGA 1LCTA 3RNNA 5H8SA 4GLIA 2HCAA 3K0VA 4H5FA 5CM6A 3SEXA 3ZKKA 5I2NB 3N94A 4P11A 3PMVA 1UQWA 5H8FA 1OVBA 2VOZA 1MRPA 1SW1A 1NNKA 1LGBC 3USDA 1FTOA 2XXHA 1LFGA 2RCBA 2OJTA 3TPAA 2Q89A 1SYHA 1MH3A 2O51A 2E1SA 3H6UA 3R7XA 3OO7A 4I1DA 1URGA 2HEUA 5CMCA 5B70A 1EZ9A 3CFLA 5L9OA 2IEEA 1BLFA 3O2AA 4GOTA 4Z0IA 4JB7A 2Y84A 3TCFA 3TTNA 1B3LA 4G68B 3HO7A 3TMGA 1OQGA 1FTKA 3H6VA 4NE4A 2OWSA 2UXAA 2X7PA 2V25A 3EHUA 1N04A 3V89B 2XX8A 3PPOA 1N3XA 1XVXA 3KBRA 1AMFA 2XXRA 1Y3QA 2V84A 5HBCA 4ZS9A 4KYEA 1IQ7A 5BUUA 5KZTA 3H06B 1XC1A 1QUIA 3VVDA 1L5TA 3LSWA 5CBSA 5FHMA 5JTYB 3K6VA 3OMBA 4ELOA 1NH8A 3QYTA 2AL4A 4X1DA 2X7QA 3MW0A 2NUVA 1R9QA 2REGA 4JWXA 3C36A 5I59A 4IO4A 5I2KA 5JK4A 3MP8A 4KQPA 4Q8RA 3CR9A 3KOTA 2WKYA 3L6GA 4GXAA 2Y7PA 3H03A 2DE3A 4PFYA 1DPPA 3MVWA 3VLVA 2AL5A 5K2XA 1LBBA 5TP9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N76A 2XWIA 4NN3A 2DWAA 3RUMA 3G3GA 4WKMA 4WXJA 1JQFA 3FBPA 2ZNSA 3MYUA 1H44A 3SEWA 3UA8A 1XI6A 2ANJA 3SZPA 4DXBA 2Z8DA 2THIA 1Y3NA 4AS4A 2OX3A 1FW0A 3PU5A 3H6WA 3FVOA 4IO5A 4ZEKA 4ELQA 4BDMA 2Q9TA 4NWDA 3S9LC 2QS1A 1N3WA 2O7IA 1MY1A 1MM6A 3PPNA 2HAUA 1B46A 2UVIA 1N84A 2VT5A 5A5XB 1NV5A 5K2YA 2HXRA 1LBZA 1ZMGA 2ZZVA 2GH9A 3IB1A 1LBCA 4OA4A 1FQBA 5ET5A 1JW4A 1B7UA 2HPGA 1FPBA 1YTVA 4MNIA 3RTFB 3S2VA 4ND9A 1FQCA 3ZS6A 2ONKE 2KQZA 5H8HA 1GGGA 5JEIA 5IM2A 1MM7A 1Z7ME 2HZKA 3N5LA 1INPA 3FV1A 5I58A 3O28A 4Q5TA 4PQJA 5EYGA 4G8NA 1SI1A 4MEVA 4OYVA 1Q35A 4C1UA 2F97A 4YMBA 4PAIA 2PMSA 5IAIA 1PB8A 4DCYA 2OCUA 1FQEA 4MHFA 2E0SA 1Y1MA 3IB0A 4R75A 4NF4B 2XXYA 3Q26A 3DM0A 3EHTA 1AOVA 1RKMA 1H76A 5ET7A 3PUYE 4MAGA 1NMUA 3K1MA 2ZMBA 5IZ3B 1PEBA 4AB5A 4MFIA 3KBZA 3C32A 3OSRA 2QJEA 3KC0A 2I6EA 5TPAB 1MXYA 4LQ5A 3MAMA 1ZJLA 3Q25A 2PX1A 4YKPA 2PCRA 1MY2A 1UTHB 2A5TB 4F39A 4N15A 2NXOA 4GD5A 3PPQA 4POXA 4OVJA 2OBGA 4Z7EA 4HE2A 3PMWA 4OFLA 1FSAA 5FHNA 4XIGQ 4HW8A 5F1QA 4BDOA 2WBBA 1LLSA 1RDZA 4LUBA 3QUFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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