4I1DA

The crystal structure of an abc transporter substrate-binding protein from bradyrhizobium japonicum usda 110
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
NAQITFVSQGGAYQAAQTVAILDPSAKKLGITINQDSIPDAWPAIKTQVGSGKPIWDVVDTPTGYCLRGGEQGLIEKLDFSKIPNAAAMPEAYRSPYSVSYEFYSSVLAYSQKTFPKDAPNSWVDFWDVKKFPGRRALRNHPIATLEAALMADGVAPDKLYPLDVDRAFKKLEEIKPHITVWWTSGAQSAQLLNDGEVDMEMAWNGRVSAVAKEGAKVSFTYNQGILQSTSLCILKGAPNLETAVKFLNEAVDPVHQANLPLHIDYGPGNPKAFETNVIKPERAAQLPSEPANAAKQALMSYAWWSSPAGEAAEKRWASFMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bradyrhizobium japonicum
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 114
structure length 322
sequence length 322
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i1dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i1dA01
2OK2A 3CSBA 5I56B 4R2BA 4C1UA 4H67A 4MLQA 3TEPA 3U93A 3RN8A 2F5XA 3ZKLA 1IXHA 4WEPA 3ONMA 4OESA 2OCUA 3VFJA 2XX9A 3IJOB 2F7CA 1NNFA 2V3TA 1S7YA 4HCYA 2PBWA 4YICA 1FQDA 1USYH 1DPEA 1B2HA 4R6YA 3MC2A 3VV5A 3QIMA 3BFTA 2F8DA 2UVGA 2F97A 2P1SA 2O7UA 3TTNA 3EHUA 3HO7A 3RTFB 1Y3QA 2Q9TA 3FV2A 2R9JA 1QUKA 5M2VA 3MVWA 2VHAA 3TAJA 3KSXA 2PT1A 4XTCQ 4KPTA 2G93A 3HHFA 1SDXA 4QSEA 4BDNA 4I8CA 4ZECA 1OQHA 1UTHA 2DE4A 4Z0IA 3I5OA 2I3WA 2F78A 1SW1A 5H8HA 1Y9UA 3B7DA 3N94A 3PUYE 1MPCA 4HW8A 4KYSA 5I57A 1EZOA 1LB9A 2FYIA 1ZBMA 1DOTA 3IB2A 4NE4A 1SYIA 1MXWA 4AB6A 1NKXA 1Y4TA 1NMUA 3Q26A 4U2RA 4E0WA 4JSOA 3MBPA 4IO2A 1USYE 1H43A 2XHDA 2OJTA 1PC3A 2ABHA 2ZNUA 3O29A 3CI8A 3R6UA 4QFOA 2R6GE 3TKDA 5DVJA 4FEBA 3CG3A 4ISUA 1B1HA 1Y20A 3ZS6A 1I69A 1XHYA 4ELPA 2XXWA 1S50A 4F3BA 5KCJB 4LUBA 2XXIA 4TLLB 4AB5A 1PB8A 4DCYA 3IR1A 5I84A 5TU0A 3KFMA 1B4ZA 1SW4A 3TQWA 4XKNA 1GVCA 3C36A 2AL5A 3WAEA 4BDLA 3B6WA 5H8NB 1SD3A 3T9HB 4KI0E 3SESA 3VVDA 4HCWA 4OFLA 1QUIA 1MDQA 5K2YA 1GGGA 4RK2A 3O66A 1BTJA 3LR1A 2QS2A 2I49A 2VD3A 2DP8A 4QFNA 3E4RA 3QSLA 3FV1A 3K00A 1MDP1 2RF1A 4EDPA 3C32A 3HCQA 3K01A 5L9SA 2QMWA 4U1ZA 4BDQA 1M5DA 4O3BA 4C1TA 3IO4A 1DTZA 2B3FA 2UVJA 2DWJA 3TDJA 1VR5A 1B40A 3EQ1A 4FIMA 1JW5A 4F1YA 4FEDA 3MAMA 4KCCA 3S2VA 2V93A 3HSTA 5HBCA 3V83A 1B3FA 4OWDA 3UA8A 1A40A 2B65A 4R9FA 1FW0A 2O1LA 4R2FA 2ALUA 1IITA 1RYXA 1H3DA 1MH4A 2I48A 1OQGA 4R73A 1JEVA 1FTMA 1MXVA 4GIZA 1LAHE 3S4UA 4EF2A 1P1NA 2PMSA 4G68B 2A5TB 4F2OA 2XXUA 1LBCA 1XS5A 4OFJA 4FECA 4NF8A 2ONRA 4BDRA 2ZMBA 3U1OA 1UTBA 1B3LA 3M3FA 3PD8A 3GLBA 1N3XA 5DT6A 4OVJA 3IK6B 1FQEA 3T9VA 2XXQA 3N26A 4I9DA 3UIFA 5EHMA 1IXGA 4IY6A 2I6EA 4FE8A 4NWDA 3LBSA 3LUYA 1MXZA 4JBZA 4ND9A 2F34A 3V5AA 1D9YA 2H4IA 4OENA 3EPEA 4RPNA 1MQJA 4WKMA 1ATGA 2XD2A 1LAFE 3F11A 3H3GA 2GHBA 1SQYA 4OQOA 4ZE9A 1RYOA 4EQ9A 4KCDA 1LCFA 5I2KB 4WEDA 1NL5A 1EU8A 2QSXA 1DMBA 5JTYA 3CFXA 5IAIA 2IEEA 4PP0A 1QVSA 1QJMA 1N3WA 1PBPA 4GVOA 4X1BA 3E9XA 3ILTB 2Q8JA 4IO7A 2THIA 1MY3A 3JV9A 4G4PA 3LSWA 3O6GA 2HZKA 3PUWE 4QHQA 2ZYNA 1SYHA 4ZEFA 4PFUA 3OOAA 3H7MA 3FIRA 4PE5B 5ITPA 5H8HB 1SVXB 3I3VA 4G77A 3TELA 4G2ZA 2YLNA 2YPNA 5AA4B 2O1MA 4EXKA 4DZ1A 5A5XA 1CB6A 1B5JA 2O69A 5CRYA 3GBAA 3C31A 4NF5B 3G3HA 2I0BA 1B7ZA 4F19A 4FATA 1PBQA 4G8NA 2ONKE 4ELQA 2E1SA 4K3FA 2GRVA 1MQDA 2OZZA 4RA1A 1O63A 3M3LA 1MRPA 3LSLA 4NF4A 4OTEA 1JVXA 4X48A 1LBBA 1HSJA 4MH5A 3R26A 3W15C 3ECRA 4RXLA 2D5WA 4R6HA 2QL3A 5TPAA 2XXTA 4LZ8A 5CMMA 4PFYA 1OVBA 4YMAA 1Q1KA 5I58B 5K2XA 3K1MA 3MVXA 1B3EA 3OSRA 4RNSA 5DYHA 1A8FA 3W9WA 2I4CA 2QS1A 3CR9A 3PUXE 2VGQA 1DPPA 2HZLA 3KBRA 3FXQA 2DYXA 1P1OA 3K1NA 2ZYKA 3KSJA 1UIVA 2V25A 3A09A 1H76A 1VFEA 2CZLA 2DS9A 3U94A 4RK9A 1BIYA 3K6XA 5BUUA 3TQLA 4DCXA 1QKBA 2DSFA 5I2NB 2Y7WA 2O7IA 5H8QB 4IGRA 2F35A 3RLFE 2XXHA 3Q27A 3RQTA 2AIXA 4XKRA 2P2AA 3L6HA 1WODA 3QUFA 3G7WA 3MP8A 5ELVA 3G3IA 2F6PA 5B70A 3CIJA 1MM7A 4MFIA 3L6GA 2D3IA 4GLIA 5L9OA 4OETA 3DLNA 3K02A 3RPWA 4ONYA 1M5CA 1YAEA 4R6KA 2WKYA 3PMWA 3K0VA 3E13X 3M3KA 2BJJX 2NXOA 1P99A 1RKMA 4F1VA 3H03A 2Y84A 1LAGE 4UA8A 3MP1A 2Q88A 2VP1A 4I62A 3PUZE 4POWA 3QXMA 1TWYA 4H1XA 2Y7RA 3T22A 3OMBA 4P0GA 1AL3A 3MZBA 3U72A 4IO5A 4G8MA 4X1DA 4X9TA 4F3PA 2KLFA 4G68C 2XXRA 3VDFA 1A7LA 1II5A 2X7QA 5JK4A 3S9MC 1MQHA 3VE1B 2QS3A 3PD9A 4GXAA 3PPQA 4POXA 4H8JA 1BKAA 4IO3A 3RT8A 3SEVA 4NTLA 3TUSA 1POTA 2ESNA 3IAZA 3PUVE 3I6VA 4BDMA 1B46A 5TP9A 3D4CA 3PPRA 3UORA 3H6UA 4JWOA 3PMVA 4G8HA 3H6WA 3MW0A 5BWJA 4O3CA 4U23A 1FQFA 3LSFB 1L5TA 1Z7ME 3RY3A 1B7HA 3TTRA 1FTLA 4UACA 2HXWA 3BFUA 4OXVA 4DXCA 1F9BA 1IXCA 1XOCA 5JTYB 2QMXA 3BKIB 1US4A 4PFTA 4IGTA 2M8CA 4GRKA 1JW1A 4F31B 1Y1ZA 1JQFA 2CMOA 3FD3A 2XD3A 4QRZA 1Y3PA 3TTLA 3H4ZA 4EQBA 5AA3A 3KN3A 1H45A 2NUVA 1A8EA 2IA4A 2NVUB 3N5LA 2AL4A 1GR2A 2Z8FA 1T0KA 3RGYA 1SW2A 3IOVA 4F18A 1ZIUA 1LSTA 5JEIA 5A5XB 5FHMA 2X26A 3SEWA 5CMCA 5KDTA 1NH8A 1MS7A 2XXVA 4KQPA 5DEXB 3KJTA 3PPPA 2PVUA 3OSQA 1YTVA 3MP6A 2DVCA 3PPOA 1ZKBA 1FTKA 4OFOA 4RPOA 3RUMA 1VFDA 1LFHA 3C9HA 1AIVA 2XXYA 3CG1A 4KYDA 4H0WA 4GFRA 2PX1A 4TQUQ 1R9QA 5TPAB 2HAVA 2UVHA 1KWHA 4QF9A 5I56A 4L17A 4XIGQ 5CC2A 2G29A 1MXXA 4JWYA 1YCJA 3PPNA 1TXFA 3EF7A 3MUQA 4U1OA 4LZ7A 3FASA 5CM6A 1FQBA 1US5A 1MPBA 5I59B 4Q5TA 3TTMA 1NNKA 4PFWA 2B3BA 1Y3NA 4YB7A 2Q2AA 1NFTA 4NF6B 1JVYA 4YZZA 2XX7A 3DP4A 3SERA 2OLBA 1TFDA 1QKAA 1GV8A 1B5IA 1ZU0A 4EF1A 2F7BA 1N84A 2PYYA 4LZ5A 4BLAA 1B5HA 1OMPA 2YJPA 1MG1A 2Z23A 3DP8A 4ELOA 3MZ1A 1Y1MA 1N04A 1J1NA 1WDNA 5FTIA 4KFQA 4QSCA 3FJMA 1XC1A 1Z7NE 1I6AA 3GBBA 1R9LA 4GQOA 1H44A 3JZJA 5CBRA 3RTWB 5AA2D 1NH7A 1B05A 1R6ZA 3OEKA 4LVQA 2Q89A 2HCAA 1TFAA 3TZAA 3VLUA 1IZ1A 3MPKA 4H8IA 4IB2A 5CBSA 1FQCA 1BLFA 3DELB 4BDOA 2NOOA 3ODBA 2ONSA 3A3CA 3SKPA 4ECFA 3EHSA 1FCKA 2RC8A 3PU5A 3IOWA 4F39A 3G3JA 4GL0A 2RCAA 2XXXA 4JSDA 4OZ9A 5ICQA 4H5FA 4QFLA 2Z8DA 3H6VA 1N7WA 3T93B 2O84X 4EUOA 3T96B 4Z7EA 2O51A 5KCJA 3IORA 3G3KA 3U92A 3GXAA 1UTHB 3TPAA 4OHNA 3K6VA 1XVYA 3MVYA 2HQ0A 1ZTYA 2P0SA 3Q25A 5I57B 3FVOA 1ELJA 3KGCA 3VVFA 3QAXA 4F3GA 1EZ9A 4R74A 2W7YA 3VXCA 1ANFA 3H6TA 3CRBA 4LONB 2V3UA 5H8NA 5ITOA 3FXRA 4U21A 1A99A 2O6AA 3N6UA 1MQGA 2QS4A 3ILUB 5FHNA 2ZYMA 4XXUA 4OEUA 3S9EA 3MQ9A 2V3QA 1PDAA 4Q0CA 4OEVA 3CVGA 4WXJA 1BP5A 4MF3A 2Y7PA 4H5GA 5CMKA 2F7AA 1JW4A 3K2DA 4YMBA 5J1DA 1LFIA 1O7TA 2VOZA 3S9NC 1EH3A 4OERA 2DXYA 3TMGA 4QSDA 1XVXA 3S9LC 3WAFA 5FHOA 4JXIA 4FJPA 3UK4A 3FVKA 4NWCA 1B9JA 2ZNTA 4FORA 2Z22A 5H8FA 2DWHA 3FZVA 1ZJLA 1B51A 3MZ9A 3B6TA 1IUDA 1Y4CA 4ZDMA 3TTKA 3IB1A 1MY0A 3U8QA 2RKMA 1ZLQA 3IOUA 4F29A 4ESXA 3IOTA 5DTBA 1POY1 2R71A 4G68A 2OWSA 2A5TA 1PEBA 4PETA 1B7UA 4DXBA 1AMFA 3EN3A 4ESWA 3O6IA 3VLVA 1B3HA 3O2AA 2H98A 1CE2A 3V89B 2OWTA 4LQ5A 1AH5A 4NMYA 3PV0E 3QUJA 4RYAA 4KYEA 4DDDA 1P1QA 2NWJA 4HS7A 5L8DA 3THIA 1N7XA 3UGWA 4GF8A 4GOTA 2ZYOA 1A55A 4ZE8A 1HSEA 3GZGA 2I58A 3MPLA 4N13A 3MVZA 4LP2B 1O64A 2RC9A 4MLVA 1MY4A 1UQWA 3VVEA 5IKBA 3TFLA 1LFGA 2UVIA 1SI1A 5I2KA 3KZGA 3IB0A 3A3UA 3FJ7A 4U22A 2I0CA 4QFKA 3VLWA 4IO6A 4GXSB 3IX1A 3OO9A 1MM6A 3OD7A 3PGFA 3QK6A 4AQ4A 1OVTA 5AA2A 3K4UA 3HPIA 1IEJA 1LLSA 1P1UA 1SBPA 4NF8B 1HSLA 1QW0A 5CMBA 1UTBB 1FTJA 4LATA 2RINA 1D9VA 1LB8A 1MY1A 4GL8A 1MY2A 4RY1A 1B3GA 3OO6A 1SI0A 5F7VA 3T9UA 2OBGA 4GWOA 4DE8A 5AA4A 2HEUA 2Y7KA 4M1VA 1PB9A 4YKKA 4Q8RA 4TOZA 4NF5A 2Z8EA 3MWBA 3O97A 1D4NA 4EQ7A 5DVIA 3LC8A 5B7DA 3W9VA 1N76A 1OIBA 2H99A 1JEUA 3E3KA 4F1UA 3RNNA 1N0TA 5EHSA 4F2QA 4IO4A 1AOVA 1UIUA 5I58A 4JB7A 2XXPA 1PB7A 3LSXA 3B6QA 2E0SA 2D21A 3RT6B 3FUZA 3IJXB 4R72A 2ZXTA 3TCFA 2DVZA 5EYFA 1FTOA 4C0RA 2XX8A 4ZEIA 2DOJA 4ZEDA 1IIWA 1B1XA 1S9TA 3H06B 1TT1A 1GTKA 5I2NA 4F22A 5H8QA 1OLCA 4R75A 3ZSFA 4ZEBA 4P0IA 2X7PA 3KJ7A 2Q2CA 1XT8A 1WVJA 2HFBA 4YB5A 2PT2A 4NF4B 4IY5A 2FA7A 1B58A 3FVGA 1EZPA 3HHGA 4ZZAA 5HPQA 3ZKKA 5CI5A 1B6HA 4N07A 5AE4A 3TODA 3IO6A 4YB6A 4EXLA 4H65A 1VSOA 3CFLA 3M8UA 1URDA 3TCGA 3TCHA 2GH9A 3SETA 1Q35A 4JDFA 4Q30B 1A54A 2RC7A 2DQVA 5FTHA 3TYHA 4M4GA 1OLAA 1B0HA 4ZZEA 1I6QA 5AA1A 5F1QA 5H8FB 3KOSA 1DSNA 2A5SA 1MXYA 1B52A 3R7XA 5KZTA 4E0XA 1ZMGA 4LA9A 4O3AA 3DP6A 1QUJA 3N6TA 1URSA 4DLDA 1IXIA 1MPDA 2V84A 1SW5A 3OELA 4DIGA 4THIA 3Q29A 2QRYA 3C35A 4ELRA 1M5FA 2UXAA 3KN7A 3V8XB 5ISUA 1B32A 3P7IA 4XKQA 4R9GA 4GD5A 3PMXA 1I6BA 3KOTA 2FNCA 4FAJA 2UYFA 2UYEA 2DE2A 3FXUA 2AYSA 1FQAA 2HAUA 1P1WA 1URGA 4DXUA 2DWIA 2GFEA 4YKJA 3EHTA 4N6PA 3C4MA 3T9XB 4I1DA 2F36A 4JWXA 3D4GA 1NNTA 1R1NA 3K1PA 2DXRA 3K6UA 2QPQA 2F6GA 3CFZA 3FATA 5AA2B 3FJGA 4XKPA 3VXBA 4ZEKA 4LQ2A 3SEUA 4NEDA 1M5EA 2VD2A 1LGBC 3KEIA 4YAHX 3JYRA 4YU0A 4OYVA 3UP9A 3USDA 3O9PA 2ZNSA 5TP9B 5ICTA 5L9MA 1DTGA 4ZS9A 1MQIA 1VE4A 3K6WA 3DM0A 1YPNA 4QFPA 5H8SA 3HV1A 4F3SA 5DEXA 4YKIA 5DVFA 3FGSA 3SEYA 1JNFA 3UN6A 1LCTA 2DE3A 2H9BA 4H6DA 3O28A 1JETA 3CSGA 3OXNA 3BBRA 4HTGA 3IL1B 3AXFA 5HM4B 1M5BA 3C33A 3T66A 3FVNA 3G3FA 2H5YA 2REJA 3OEMA 3SEXA 4RJZA 2O68A 2H25A 1LAXA 1IQ7A 2REGA 4OMBA 4U4XA 3O6HA 4KHZE 3G3GA 5I59A 3HN0A 4TLMB 3SDFA 4YKPA 4KR5A 4PQJA 2DWAA 2I3VA 4NF6A 5KDTB 2ANJA 3KG2A 1MXUA 1QULA 3OENA 1B0LA 5LOMA 4U4SA 2Y7IA 1NNPA 3OO7A 4MBPA 3Q28A 3OO8A 1B4HA 3C34A 1D3KA 2GHAA 1MH3A 3QYTA 4P11A 4KD5A 3KN8A 2RCBA 2I4BA 2LAOA 2QJEA 3MJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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